~6Cique ae Côte a/voire 'Union-Discipline-Travaii

:Ministère de I'Œnseignement Supérieure et de [a ~cnercne Scientifique

UFR des sciences de la nature Année universitaire 2013-2014 -

Biodiversité et Gestion Durable des Ecosystèmes(BioQDE)

Thème:

Evaluation d'une contamination microbiologique environnementale : cas de la lagune Ebrié

Présenté par

M. KOUDOU Amian Aristid

Soutenu publiquement le 16 février 2015

Devant le jury composé de :

• Prof. YEO Kolo Maître de Conférences Université Nangui Abrogoua Président

• Dr. KAKOU N'gazoa Solange Chargée de recherches Institut Pasteur Examinateur

• Dr. KONE N'golo Abdoulayc Assistant Université Nangui Abrogoua Encadreur

DEDICACE

Au DIEU tout puissant qui rend possible la réatisation de tous nos projets. Lui qui

W\ a accordé la santé) la force) l inte{(igence et la sagesse dans la réalisation de ce

travail.

A Mes parents biologiques : Mon père KOUDOU SAMUEL et à Ma Mère ZEBf

MARTHE pour tout le soutien qu'ils Mont apporté jusqu'ici

ParticulièreMent à deux de Mes grande sœurs biologiques ; j'ai noMMé KOUDOU

LUCIE épouse QUEMf et KOUDOU ROSALIE épouse KOBLI pour leur soutien Morale)

Matériel et surtout financier dont je bénéficie da.-,.s dérouleMent de Mes études.

REMERCIEMENTS

Mes remerciements vont d'abord à l'endroit des autorités de l'université NANGUI \BROGOllA . .I'ai nommé Prof TANOH YAO et Prof COULIBALY IACINA respectivement président et vice-président de ladite université, Prof TIRO SEYDOU en tant que doyen de l'UFR des sciences de la nature qui m'a recommandé à l'Instruit Pasteur de Côte d'Ivoire dans le cadre de la recherche de mon stage, Prof YEO KOLO pour tous les efforts consentis dans l'organisation des cours qui nous a permis d'avoir une période favorable au déroulement de mon stage mais pour tous ses conseils et directives en sa qualité de responsable de filière. Je remercie à leur suite mon directeur de mémoire, Dr KONE N'GOLO ABDOUIAYE pour toutes les instructions, les conseils, les orientations el l'attention particulière qu'il m'a accordé pour la réalisation de ce travail. j 'adrcssc mes sincères remerciements à Prof MIREil.LE DOSSO en sa qualité de directrice de l'Institut Pasteur de Côte d'Tvoire(IPCI) qui m'a accueilli pour mon stage. J'exprime également ma profonde gratitude à Dr SOLANGE KAKOU N'GAZOA (chargée de recherche à l 'IPCT et responsable de la plateforme de biologie moléculaire) qui a non seulement Iacilité l'obtention de mon stage et a Lous mis en œuvrc pour le meilleur déroulement de mes travaux au laboratoire. Enfin à Lous ceux qui ont participé de près ou de loin à la réalisation de ce travail, j'adresse mes sincères remerciements.

Résumé

La lagune Ebrié couvre une grande partie de la ville d'Abidjan. Cette lagune est devenue le

réceptacle de toutes sortes de déchets en provenance de diverses sources de production.

Toutefois, les études relatives aux estimations quantitative et qualitative de la communauté

bactérienne, qui constitue un volet fondamental dans l'étude de la qualité de cet écosystème

aquatique reste très peu fournies. Pour ce faire, un prélèvement d'échantillons

environnementaux hydriques a été fait à différents endroits soumis à diverses sources de

pollutions (Boribana, Carena, Adiopodoumé et la fusion de Locodjoro et Abobo-doumé), afin

d'en estimer la diversité microbienne et analyser la contamination microbienne de cette

lagune à travers des tests microbiologiques (culture sur gélose et tests biochimiques)

L'analyse des échantillons de Boribana, Carena, Adiopodoumé et la fusion de Locodjoro et

Abobo-doumé a révélée la présence des germes du genre Ecoli. Les germes du genre

Pseudomonas n'ont été retrouvés que dans les échantillons des sites de Boribana et de la

Carena. Cependant, même en l'absence de germes du genre Vibrio dans les échantillons. la

seule présence des germes du genre E. coli suffit à confirmer la contamination

rnicrobiologique d'origine fécale de cette lagune.

Mots clés

Lagune Ebrié, contamination microbienne, diversité microbienne, abondance bactérienne

germes pathogènes,.

Table des matières

Résumé i

LISTE DES ABREVIATIONS iv

LISTE DES TABLAUX V

LISTE DES FIGURES··············································································································· V

LISTE DES Pl--IOTOGRAPHŒS V

Introduction 1

T - Généralités 2

1 - Contamination microbiologique 2

2 -Quelques micro-organismes de notre environnement.. 2

3-Notion d'indicateur de contamination 3

4-Pouvoir néfaste des micro-organismes 4

5 - Sources de contamination microbienne des eaux urbaines 4

6 - Conditions de croissance des micro-organismes 5

7 - Devenir des micro-organismes d'origine fécale dans le milieu aquatique 6

8-Facteurs influençant la teneur microbienne globale 7

9-Impact de la contamination microbiologique sur le milieu aquatique 8

10-Impact de la contamination microbiologique sur la biodiversité aquatique 8

11-Impact de la contamination microbiologique sur la santé de la population 9

Il- Matériels et méthodes 10

1-Présentation de la zone d'étude 10

!-!-situation géographique et description de la lagune EBRIE !O

1-2-Choix de la lagune EBRIE en milieu urbain 11

1-3-Choix des sites de prélèvement 11

2-Matériels 14

2-2-Matériels de prélèvement. 14

ii

3-Méthodes 15

3- 1 - Méthode de prélèvement des échantillons 15

3-2-Méthode d'identification des germes 16

III - Résultats et discussion 21

l-Résultats 21

Discussion 27

Références bibliographiques 29

Conclusion 28

Perspectives de recherche 28

iii

LISTE DES ABREVIATIONS

CF: Coliformes Fécaux

DO: Disque d'Oxydase

DU : Déchets Urbains

EP A : Eau Peptonée Alcaline

EPT : Eau Peptonée Tamponnée

Glu : Glucose

GO : Gélose Ordinaire

H2S : Hydrogène de Soufre

IPCI : Institut Pasteur de Côte d'Ivoire

Lac : Lactose

LDA: Lysine Désaminase

LDC : Lysine Décarboxylase

OM : Ordures Ménagères

REC : Rapide Escherichia. Coli

STEP : Station d' Epuration

TBX : Tryptone Bile X-glucuronidase

TCBS : Thiosulfate Citrate Bile Saccharose

UCME : Unité de Chimie et de Microbiologie Environnementale

URIS : Uri Select

iv

LISTE DES TABELAUX

Tableau 1 : Enrichissement des prélèvements environnementaux

Tableau 2 : Ensemencement des échantillons sur des géloses spécifiques

Tableau 3 : Caractéristiques biochimiques d' E.coli et Vibrio

Tableau 4: Test positif de Pseudomonas aeruginosa

Tableau 5 : Présence ou absence de germes dans les différents sites

LISTE DES FIGURES

Figure l : Présentation de la lagune ebrie et les sites de prélèvements

Figure 2: Principales étapes de l'identification des germes

Figure 3 : Etapes de l'identification de Pseudomonas

Figure 4 : Etapes de l'identification de Vibrio

Figure 5 : Etapes de l'identification d' E.coli

LISTE DES PHOTOGRAPHIES

Photographie l : Site de prélèvement d' Abobo-doumé

Photographie 2 :Site de prélèvement de Locodjoro

Photographie 3 : Site de prélèvement de la Carena

Photographie 4 : Site de prélèvement de Boribana

Photographie 5 : Site de prélèvement d' Adiopodoumé (témoin)

Photographie 6 :Prélèvement d'eau à l'aide d'une bouteille de 250ml reliée à une corde

Photographie 7: Colonie d' E. Coli sur gélose URIS

Photographie 8 : Colonie de Pseudomonas sur gélose cétrimide

Photographie 9 : Colonie de Vibrio sur gélose TCBSPhotographie 10 : Test biochimique

positif d 'E. Coli

Photographie 11 : Test biochimique négatif de Vibrio

V

Introduction

La lagune Ebrié est le plus grand des systèmes lagunaires d'Afrique de l'Ouest. Sa forte

production en ressource halieutique est profitable à la population à travers la pêche de

poissons, crevettes et crabes (Bamba et al 2008). Cette lagune est devenue le réceptacle de

toutes sortes de déchets en provenance de diverses sources de production (ménages

industries, hôpitaux, animaux, activités commerciales à proximité, défécations ... ). Cela a

entrainé un changement de la couleur de cette lagune puis le dégagement d'une odeur

nauséabonde qui représente un potentiel risque de santé publique pour la population. Ces

changements observés sont tributaires des diverses contaminations auxquelles elle est soumise

et qui favorisent les activités microbiennes. Toutefois, les études se focalisant sur une

estimation quantitative et qualitative de la communauté bactérienne de cet écosystème

aquatique sont très peu fournies. Pourtant de telles études constituent un volet fondamental

dans l'étude de la qualité des écosystèmes aquatiques (Dosso et al 1988 ; Kouassi et al 1990).

En effet, la connaissance de l'importance bactériologique dans le fonctionnement des

écosystèmes aquatiques est nécessaire à la compréhension des interactions entre ceux-ci et

leur milieu environnant. L'identification et le dénombrement des densités bactériennes est un

maillon primordial dans le milieu aquatique du fait de la contamination des eaux qui assurent

un service d'approvisionnement aux populations riveraines et exposant celles-ci aux risques

sanitaires. En vue de connaître les différents microorganismes présents dans la lagune Ebrié

cette étude se propose d'évaluer la contamination microbiologique environnementale de la

lagune Ebrié. Spécifiquement, elle vise à rechercher les bactéries entériques dans la lagune

Ebrié et d'estimer leur diversité.

Dans ce mémoire, nous présenterons dans un premier temps, les généralités, puis le matériel

et le protocole expérimental de ce travail seront présentés. Enfin. les résultats obtenus seront

discutés, suivie d'une conclusion.

1

I - Généralités

1 - Contamination microbiologique

Les microorganismes représentent la plus grande partie de la diversité du monde vivant

(Harndi et Kaci 2008). La contamination est la modification d'un milieu (liquide, solide

gazeux) due à l'introduction d'une nouvelle matière ou substance. La contamination

microbiologique aquatique désigne donc l'état de l'eau caractérisée par la présence des micro­

organismes pouvant induire un risque sanitaire plus ou moins grand {George, 2004). En effet

ces organismes se rencontrent dans divers types d'habitats (sol, eau, air) quelque soit les

paramètres climatiques qui s'y rencontre, ce qui leur confère le caractère ubiquitaire (George

2004). Seule la connaissance des relations entre changement environnementaux et

changements de la diversité des communautés des microorganismes peut permettre à terme. la

maîtrise des processus microbiens qui gouvernent le fonctionnement et la pérennité de notre

environnement (Hamdi et Kaci 2008).

1

2 -Quelques micro-organismes de notre environnement

Les staphylocoques sont des cellules sphériques dont la taille varie entre 0,5 et 25 µm.

Généralement regroupés en amas, ils sont immobiles et ne forment pas de spores. Ils sont

aérobies ou anaérobies facultatifs GRAM (+) et catalase (+). Ils fermentent les sucres en

produisant de l'acide lactique (Edberg et al 2000).

Les Pseudomonas: Ce sont des bactéries GRAM négatif, bacille droit et très mobile grâce à

a flagelle polaire. Ils apparaissent la plus part du temps isolés ou diplobacilles c'est-à-dire

doublé. Cette bactérie peut dans certaines conditions être pathogène. Très résistante, elle est

avec d'autre bactérie GRAM négatif de plus en plus souvent responsable des infections

nosocomiales. C'est l'une bactérie les plus difficile à être traité cliniquement. Les formes de

pathologies qu'elle engendre sont diverses: infection de l'œil, des plaies (surtout plaies de

brûlures et opérationnelles), infections intestinales, des urines, des poumons. Le taux de

mortalité atteint 50% chez les patients vulnérables. Germe ubiquitaire vivant dans le sol et

milieu humide. elle fait partie des germes couramment recherchés lorsque l'on procède à une

analyse microbiologique d'un échantillon d'eau (Edberg et al 2000).

Escherichia coli: également appelé colibacille, c'est une bactérie intestinale GRAM négatif

radio résistant très commune chez l'être humain (80% de la flore intestinale). Sa taille varie

en fonction des conditions de croissance entre 0.5 et 3µm C'est Lm coliforme fécal

généralement commensal. Cependant certaines souches d' E. coli peuvent être pathogènes

entrainant alors des gastro-entérites, des infections urinaires, méningites (Edberg et al 2000).

2

Vibrio : ou bacille virgule est une bactérie GRAM négatif en forme de bâtonnet incurvé,

mobile et responsable du choléra chez ! 'homme. Cette bactérie vit dans l'eau et a une grande

capacité de survie environnementale. Elle tolère bien la salinité mais ne se retrouve pas

vraiment en mer. Elle est plutôt rencontrée dans les estuaires, les rivières et les nappes

phréatiques et toutes les sources d'eau contaminées par des déjections humaines. Il semble

que certains crustacés notamment les crevettes jouent un rôle de vecteur grâce à des

récepteurs situés sur leurs carapaces dorsales (George, 2004).

Klebsiella: bactéries GRAM négatif présentes dans le tube digestif e dans l'appareil

respiratoire des hommes et des animaux en tant que bactéries commensales. Elles sont

fréquentes dans les selles et peuvent être un indicateur d'une contamination fécale. Elles sont

abondantes dans Je sol, les eaux et sont fixateurs de l'azote atmosphérique (George. 2004).

3-Notion d'indicateur de contamination

Différents groupes de bactéries sont utilisés comme indicateurs de contamination fécale dans

différents pays et sous différentes juridictions (Servais et al, 2009). Les coliformes totaux et

fécaux ont été très longtemps les principaux indicateurs de contamination fécale mais

aujourd'hui, Escherichia coli et les entérocoques intestinaux sont reconnus comme plus

appropriés pour évaluer le risque sanitaire associé aux diverses utilisation de l'eau (Edberg et

al. 2000;). Il est important de comprendre les potentialités et les limitations de ces différents

indicateurs. Quelques caractéristiques des indicateurs les plus couramment utilisés sont

présentées ci dessous :

• Coliformes Totaux (CT). La pertinence de ce groupe comme indicateur est aujourd'hui

fortement contestée du fait que toutes les espèces inclues dans les CT ne sont pas spécifiques

de la flore intestinale des animaux à sang chaud (Talion et al. 2005). En effet, certaines

espèces sont d'origine tellurique ou aquatique et sont capables de se développer dans

l'environnement aquatique.

-Coliformes Fécaux (CF) (aussi appelés Coliformes Thermo tolérants). Les CF constituent un

sous-groupe des CT capables de se développer à 44 °C. Les CF sont considérés comme pl us

appropriés que les CT comme indicateurs de contamination fécale. Ce groupe est

majoritairement constitué de Escherichia coti mais comprend aussi des Klebsiella, des

Enterobacter et desCitrobacter Certains auteurs ont rapporté la présence de ces dernières

espèces dans des eaux sans qu'aucune contamination fécale ne soit suspectée (Maclellan et al,

2001; Gauthier et Archibald, 2001 ).

3

E. coli. De nombreuses études ont montré que cette espèce était généralement associée à une

source fécale. Aujourd'hui E.coliest considéré comme le meilleur indicateur d'une

contamination récente du milieu aquatique par du matériel fécal humain ou d'animaux à sang

chaud (Edberg et al. 2000).

• Entérocoques Intestinaux. Ce groupe est aussi considéré comme un bon indicateur

spécifique de la contamination fécale. Plusieurs études ont montré que l'abondance des

entérocoques intestinaux était mieux corrélée à l'apparition de maladies gastro-intestinales

chez les baigneurs fréquentant des plages aux eaux contaminées que l'abondance des CT ou

CF (Ferley el al., 1989). Le fait que les entérocoques intestinaux survivent plus longtemps

dans le milieu naturel que les E. coli peut constituer un avantage de ce groupe si l'on cherche

à identifier une contamination fécale ancienne (Pornmepuy et al., 1992)

4-Pouvoir néfaste des micro-organismes

Les micro-organismes peuvent avoir un caractère pathogène ou non selon leur rapport avec

l'organisme humain. Le caractère pathogène est propre aux micro-organismes qui affectent la

santé humaine. Leur adsorption ou absorption par l'organisme humain provoque des maladies

chez celui-ci (Servais et al. 2009)

Les espèces considérées comme pathogènes à transmission hydrique sont reparties au sein de

quatre genres: Salmonella (bacille de la typhoïde, des paratyphoïdes A et B et de diverses

gastro-entérites), Shigella (bacille dysentérique), Escherichia (essentiellement E. coli ou

colibacille), parmi les entérobactéries et Vibrio (vibrion du choléra) parmi les vobrionacés

(Han1di et Kaci 2008)

Certaines espèces pathogènes des genres Klebsiel/a Enterobacter, Flavo -bacterium, Vibrio

(V parahemolyticus el V. vulnificus), Pseudomonas (P. aeruginosa) et Aeromonas (A.

hydrophi/a) sont également largement présentes dans la microflore habituelle des eaux et des

sols. Ces pathogènes opportunistes affectent essentiellement des sujets sensibles comme les

enfants, les personnes âgées ou les immunodéprimés (Hamdi et Kaci 2008).

Notons également que certaines bactéries pathogènes telles que les Salmonelles et des E. coli

toxiques sont aujourd'hui plus souvent transmises à l'homme par de la nourriture contaminée

lors de sa production, de sa préparation et de sa conservation que par l'eau.

5 - Sources de contamination microbienne des eaux urbaines

Les micro-organismes pathogènes entériques proviennent du tube digestif des hommes et des

animaux à sang chaud et sont amenés vers le milieu aquatique via les excréments (Servais et

4

al 2009). Les potentielles sources de contamination sont nombreuses. Elles incluent les rejets

d'eaux usées domestiques traitées au pas en station d'épuration (STEP), les rejets d'eaux

usées industrielles, les rejets d'eau de ruissellement urbain lorsque celles-ci sont collectées par

un réseau d'assainissement séparatif ou encore les rejets directs d'effluents d'élevage. En plus

des apports par les sources ponctuelles, le milieu naturel reçoit également des

microorganismes fécaux par des sources diffuses de contamination, difficilement localisables

dans l'espace et parfois très variables dans le temps (Servais et al 2009).

Les eaux usées domestiques contiennent des concentrations très importantes en micro­

organismes d'origine fécale. Par exemple les concentrations en CF dans les eaux usées brutes

arrivant en STEP sont de l'ordre de 107à 108 CF/100 ml. L'objectif des traitements en STEP

est prioritairement d'éliminer les matières en suspension et la matière organique des effluents

et, pour les plus performantes d'entre elles, la pollution azotée et éventuellement phosphorée

(Servais et al 2009). Bien que les eaux usées transportent de nombreux microorganismes

parmi lesquels certains sont pathogènes, très peu de STEP sont équipés de traitements

spécifiquement conçus pour éliminer les microorganismes (traitement de désinfection).

6 - Conditions de croissance des micro-organismes

Tous les groupes des micro-organismes se développent aussi bien dans les eaux douces (le

plus souvent dans des zones stagnantes) qu'en eaux saumâtres (lagunes) et milieux marin(les

zones côtières). A 1' instar de tous les autres organismes, la croissance des micro-organismes

requiert des conditions favorables. En milieu aquatique, ils exigent des conditions

hydrodynamiques, des nutriments, de l'oxygène. de la lumière ... (Hamdi et Kaci 2008)

Une fois déversées dans les eaux, les microorganismes peuvent se présenter sous plusieurs

formes. Certains microbes se retrouvent sous la forme libre. Mais cette forme leur est

défavorable car ne permet pas la croissance de ceux-ci. La survie ne peut que modestement se

prolonger. La cellule se trouve ainsi dans une situation de carence cru· n'ayant rencontré aucun

support, ni refuge, reste donc vulnérable. L'impossibilité de leur reproduction, les conduit par

conséquence è une disparition (Servais et al 2009)

Il existe des bactéries qui vivent dans des habitats relativement stables, qui ne sont soumis à

des modifications physico-chimiques profondes. Tel est Je cas des bactéries pathogène

parasite ou saprophytes des organismes hôtes.

5

D'autres organismes au contraire résistent en s'adaptant à des habitats contrastés et survirent

dans un milieu hostile à des variations de température, de PH et à des carences nutritionnelles.

Les spores sont une forme de résistance et d'évolution que prennent certaines bactéries pour

sw·vivre dans des conditions hostiles et attendre des conditions plus propices afin qu'elles

puissent germer et donner de nouvelles cellules végétatives identiques aux cellules originelles

(Hamdi et Kaci 2008).

Les formes L représentent des états par lesquels toutes les bactéries peuvent passer un

moment de leur existence. Ces formes sont considérées comme des instantanés de la vie

microbienne en fonction de l'environnement. Par exemple salmonella et E. coli prennent une

forme inhabituelle de serpent et de poire en milieu marin légèrement enrichi en matières

organiques.

Les kystes : à l'instar des spores, ils appartiennent à une forme de résistance beaucoup pl us

pécifique aux parasites. C'est le cas des amibes par exemple.

7 - Devenir des micro-organismes d'origine fécale dans le milieu aquatique

La capacité des eaux de surface à éliminer progressivement les bactéries d'origine entérique

par un ensemble de processus naturels divers est un fait reconnu depuis longtemps. On

observe en effet qu'une fois rejetées dans les milieux aquatiques, ces bactéries disparaissent

relativement rapidement de la colonne d'eau. Les manières les plus courantes de caractériser

les vitesses de disparition des bactéries fécales sont, soit une constante de premier ordre (k

exprimée soit en h.1, soit en j") ou un T90, le temps nécessaire pour que 90 % de la

population initiale ait disparue. Les processus contrôlant la disparition des bactéries fécales

dans l'environnement peuvent être divisés en processus hydrodynamiques, processus

biotiques et processus physiologiques (Troussellier et al., 1998; Rozen et Belkin, 2001). Les

processus hydrodynamiques incluent la dilution dans le milieu aquatique récepteur,

La dispersion, la sédimentation et la resuspension: les deux premiers processus dépendent

uniquement de l'hydrodynamique du système tandis que les deux derniers sont conditionnés

par l'attachement des bactéries fécales à des matières en suspension. Les processus

physiologiques font référence à la réponse cellulaire de ces bactéries face aux conditions

stressantes rencontrées dans ce nouvel environnent. Les paramètres environnementaux

responsables des conditions de stress sont entre autres: la température de l'eau, la lumière

solaire, la carence en nutriments et la salinité (lorsque que le rejet a lieu dans des eaux

6

saumâtres ou marines). Soumises à des conditions de stress, les bactéries peuvent montrer des

changements dans leur composition, leur taille, leur hydrophobicité. Certains auteurs

suggèrent que l'entrée dans un stade VBNC ou ANC serait également une réponse à ces

conditions stressantes (Trousselier et al., 1998) Ainsi, le rayonnement solaire, qui est reconnu

depuis longtemps comme bactéricide, semble selon de nombreux auteurs provoquer l'entrée

des bactéries fécales dans Je stade VBNC ou ANC (Servais et al 2009).

8 - Facteurs influençant la teneur microbienne globale

La teneur microbienne des milieux aquatiques est influencée par plusieurs facteurs, au nombre

desquels : La dilution : elle intervient immédiatement après rejet. Elle est favorisée par le

mélange des eaux : courants, turbulence et actions des marées l'adsorption: c'est la fixation

des polluants sur les particules organiques et minérales en suspension dans Je milieu aquatique

(Rozen et Belkin 2001). C'est le phénomène bien connu par lequel les microbes s'accrochent

à des corpuscules dont ils suivent le sort. L'adsorption contribue donc à l'isolement des

germes la lumière : elle intervient sur la dispersion (dilution et adsorption) dans le sens où elle

conditionne les mouvements verticaux et horizontaux des masses planctoniques, des actions

bactéricides directe de la lumière ultra-violet est en principe admise mais est très modeste. La

température de l'eau; la décroissance des bactéries augmente avec la température de l'eau.

Ainsi en période estivale, celle-ci est un facteur majeur de l'épuration microbienne .. la

variation de pH: au plan microbiologique, les fluctuations naturelles du pH n'interviennent

pratiquement pas. Par contre elles jouent un rôle dans les mouvements de masse planctonique.

La salinité: les fortes variations de salinité d'un milieu à l'autre ont tendance à empêcher

l'accoutumance des bactéries allochtones à leur nouveau milieu. Quelque soit l'habitat

considéré, tous les organismes qui vivent interagissent. Cette interaction peut être gouvernée

par des facteurs abiotiques ou biotiques. Naturellement, il existe dans Je milieu aquatique

plusieurs types d'interactions entre les micro-organismes. Les processus biotiques sont: la

prédation par des protozoaires, la lyse induite par des bactériophages et la compétition avec

les flores autochtones. (Rozen et Belkin2001 ).

7

9 - Impact de la contamination microbiologique sur le milieu aquatique

L'augmentation de la teneur microbienne des milieux aquatiques est majoritairement causée

par les différents déchets (liquides, solides et gazeux) que reçoit ce milieu. Les déchets

arrivant au milieu aquatique sont également chargés de nutriments (Ramade, 1995). Les

nutriments concernés sont principalement l'azote et le phosphore qui proviennent

généralement des nitrates et phosphates agricoles et des eaux usées. Mais aussi des pollutions

automobiles. Par ailleurs des facteurs naturels peuvent produire des milieux plus ou moins

chargés de nutriments indépendamment de toute action humaine.

De toutes les manières, ce processus d'accumulation de nutriments va conduit à un

phénomène d'eutrophisation (Ramade. 1995). A travers ce phénomène. le milieu va

développer une forte croissance du phytoplancton que le zooplancton ne pourra totalement

consommer. Il s'en suivra le comblement du milieu avec apparition de végétaux (annexe 1 ).

La notion d'eutrcphisaticn décrit bien les réponses des écosystèmes concernés à l'apport de

nutriments supplémentaires. Ce qui conduit progressivement à leur disparition.

L'eutrophisation devient un problème écologique quand il y a déséquilibre entre un apport

(excessif) et la consommation naturelle de nutriments dans les écosystèmes Ramade, 1995).

10 - Impact de la contamination microbiologique sur la biodiversité aquatique

La nature, l'intensité et l'étendue de la pollution de tous les milieux continentaux et

océaniques menace non plus seulement la santé publique mais aussi et surtout la pérennité de

la biosphère toute entière.(Ramade, 1995)

En effet, la dégradation de plus en plus accentuée et étendue qui résulte de la contamination

ou la pollution des écosystèmes naturels compromet la vie des organismes qui s'y trouvent.

En effet, dans la nature, les agents polluants (chimique, thermique et biologique) n'agissent

uniquement pas sur les individus isolés mais surtout sur les .populations, les peuplements et

en définitive sur la biocénose toute entière (Ramade, 1995).

Les milieux aquatiques restent préférentiellement l'habitat d'un grand nombre d'invertébrés

notamment les mollusques, les crustacés et bien d'autres y compris les micro-organismes

(Ramade, 1995). Un déséquilibre de ce biotope du à la pollution peut influencer la diversité

biologique (en quantité et en qualité) qui s'y trouvent.

8

11 - Impact de la contamination microbiologique sur la santé de la population

Pour un niveau de contamination microbiologique donné, le risque sanitaire dépend de

l'emploi qui est fait de l'eau. Ses différents usages n'exposent évidemment pas aux mêmes

risques sanitaires. (Servais et al 2009). Les eaux douces et côtières polluées par des matières

fécales humaines et animales transportent divers microorganismes pathogènes pour l'homme

notamment des bactéries, des virus et des protozoaires. Ceux-ci sont le plus souvent transmis

par voie féco-orale, et la contamination de l'homme se réalise alors soit par consommation

d'eau de boisson, soit par consommation d'aliments contaminés par l'eau. soit encore lors d'un

bain ou d'un contact avec des eaux à usage récréatif. La contamination des eaux de surface par

des microorganismes d'origine fécale existe depuis longtemps, dès que l'eau a été utilisée

comme vecteur d'élimination des déchets. Avec le développement de l'urbanisation, les

problèmes d'hygiène et de santé publique liés à la contamination bactérienne de l'eau sont

devenus de plus en plus critiques. Au cours du J 9èmc siècle, les maladies d'origine hydrique

ont été responsables en Europe de vastes épidémies de dysenterie (Shigella dysenteriae)

fièvre typhoïdes paratyphoïde (Salmonella typhi et paratyphi), choléra (Vibrio cholerae), ...

(Servais et al 2009). A l'opposé de la situation dans les pays industrialisés, les chiffres publiés

par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 2004 révèlent que, dans les pays en voie

de développement, chaque année 1,8 million de personnes dont 90 % d'enfants de moins de

cinq ans meurent de maladies diarrhéiques. Or. à l'échelle mondiale, près de 90 % des

maladies diarrhéiques sont imputables à la mauvaise qualité de l'eau de boisson et à un

assainissement insuffisant des eaux usées. L'eau est devenue aujourd'hui un enjeu stratégique

mondial dont la gestion doit impérativement s'intégrer dans une perspective politique de

développement durable. (Servais et al 2009)

9

II - Matériels et méthodes

1 - Présentation de la zone d'étude

1-1 - situation géographique et description de la lagune EBRIE.

La lagune Ebrie s'étend sur 130 km le long de la façade littorale entre 3°40' et 4°50'longitude

ouest et 5°20'et 5°10' latitude nord. Avec une superficie de 566 krrr', sa largeur n'excède pas

7km. Sa profondeur moyenne est de 4,8m. Elle présente quelques fosses profondes dépassant

20m dans la zone urbaine d'Abidjan. Elle est en communication directe avec l'océan

atlantique depuis l'ouverture en 1951 du canal de vridi. (Varlet 1978).Au niveau de la ville

d'Abidjan, la lagune Ebrie côtoie plusieurs communes, notamment Yopougon, Plateau,

Triechville, Marcory, Koumassi et Cocody. (Figure 1 ).

10

1 '""11.IC'

- sites prélevements

'

0.02S 0 0.02S m

- 011rrr: l.ill>omtvirt 1/r Crv~or11crs ri [1mrvrmrmr11t dr l'l/11wm1t ·'tw.~ur Abrogo11111 201:

Figure 1 : présentation de la lagune~ et les sites de prélèvements

1-2 - Choix de la lagune EBRIE en milieu urbain

En côte d'ivoire, le mouvement des populations vers ies zones urbaines a pris de l'ampleur.

Cette tendance qui n'est malheureusement pas réversible augmente exagérément l'effectif de

la population dans en milieux urbains. Aujourd'hui Abidjan est le point le plus attractif car

regorge la quasi-totalité des activités économiques et administratives du pays. Les déchets y

sont produits non seulement en grande quantité et en qualité à cause de la diversité des

activités. La lagune EBRIE est le dépotoir de toute sorte de déchets (liquide, solide et gazeux)

qui sont en grande partie responsables de sa contamination microbiologique. Or ce milieu

aquatique rend d'énormes services éco systémiques à la population Abidjanaise.

1-3 - Choix des sites de prélèvement

Pour avoir un échantillon représentatif de notre zone d'étude en termes de composition

microbienne, il été choisi différents sites de la lagune EBRIE permanemment soumis à la

11

pollution des déchets ménagers, industriels et urbains. Ainsi cinq sites ont fait l'objet de

prélèvement in situ à savoir :

- Abobo-doume : site recevant les déchets de plusieurs activités telles que : la pêche. la

transformation du manioc, la vente du bois, la vente du charbon et d'autres activités

commerciales voir (photographiel )

Photographie 1 : le site de prélèvement d' Abobo-doumé

- Locodjoro : site recevant régulièrement les ordures ménagères (OM) et la matière fécale des

riverains voir (photographie2)

Photographie 2 : le site de prélèvement de Locodjoro

12

- , aréna: site recevant les eaux de ruissellement chargées de déchets urbains (DU) et aussi en

grande partie les effluents des bateaux voir (photographie3).

Photographie 3 : le site de prélèvement de la Caréna

- Boribana : site recevant les ordures ménagères (OM) et la matière fécale des riverains puis

connecté à un canal transportant les déchets urbains (DU) de toute nature voir (photographie4)

Photographie 4 : le site de prélèvement de Boribana

13

- Adiopodoumé : site éloigné de la zone urbaine où la contamination est supposée atténuée.

Celui-ci est considéré comme site témoin voir (photographie5).

Photographie 5 : le site de prélèvement d' Adiopodoumé (témoin)

2 - Matériels

2-1 - Matériels biologique

Dans la réalisation de cette étude, il a été utilisé comme matériels biologiques:

Les bactéries entériques qui ont été les germes recherchés

2-2 - Matériels de prélèvement

Le prélèvement des échantillons d'eau a nécessité

;-Une blouse pour éviter le contact avec les germes ;

-5 fiches de prélèvement pour noter toutes les informations relatives à l'échantillonnage

réalisé ( annexe 7) ·

-un marqueur permanent pour étiqueter les flacons·

-50 ml d'éthanol dilué à 70% pour désinfecter les mains après chaque prélèvement·

-une petite glacière pour la conservation et le transport des échantillons d'eau·

-2 aspirateurs pour maintenir la température de la glacière afin d'éviter la dénaturation de

l'échantillon ·

-une paire de gants pour la protection des mains ·

-5 bouteilles de prélèvement stériles de 250 ml pour la prise d'eau dans la lagune ·

-5 bouteilles (Falcon) stériles de 50 ml recueillir la quantité d'eau prélevée ·

-un thermomètre pour la prise de la température de chaque site de prélèvement ·

14

2-3 - Matériels d'identification

L'identification des germes recherchés a nécessité plusieurs matériels dont:

- Des tubes coniques ayant servis de milieux d'enrichissement des échantillons, avec les

bouillons (EPT et EPA), Des pipettes pour le prélèvement des échantillons et des bouillons ;

-Des boîtes de pétris ayant servis de lieux d'ensemencement des germes :

-Des géloses (TCBS, cétrimide, URlS GO, King A et B) ayant servis de milieux de culture

pour les tests phénotypiques et biochimiques des germes,( annexe4) :

-Une pipette pasteur ayant servi à porter le semence sur la gélose ·

- Un bac benzène pour stériliser l'environnement de travail (annexes);

-Une étuve pour contrôler les températures de l'ensemencement,( annexe6) ;

- Un disque d'oxydase (DO) et eau distillée stérile pour le test d'oxydase·

- L'urée, le citrate, le réactif de Kovacs. Le Kligler Hajna, la LOC et LDA ont servi au test de

portoir réduit de LE MINOR

3 - Méthodes

3-1 - Méthode de prélèvement des échantillons

La méthode utilisée pour le prélèvement est celle de Manizan (2010) qui a été adaptée à

notre étude. L'échantillonnage a été réalisé sur un jour en raison d'une prise par site de

prélèvement. Les prélèvements d'eau en vue d'une analyse bactériologique ont été réalisés au

moyen de flacon en verre stérile de 250ml que pour le prélèvement d'eau sur chaque site, le

flacon (usage unique) relié à une corde est jeté dans l'eau. Jusqu'à une profondeur de 15 à

20cm (Photographie 6), ensuite la quantité d'eau puisée est transvasée dans des tubes stériles

de 50 ml puis fermées hermétiquement. Les tubes sont placés dans une glacière contenant des

aspirateurs.

15

,.

Photographie 6: Prélèvement d'eau à l'aide d'une bouteille reliée à une corde

Dans cette étude. les échantillons ont été séparément prélevés sur les différents sites.

Cependant, lors de leur transport au laboratoire, ceux des sites Abobo-doumé et Locodjoro ont

été accidentellement déversée dans la glacière. Ainsi fusionnés, les échantillons de ces deux

sites ont été considéré comme celui d'un seul site appelé « Locodjoro+ Abobo-dourné » dans nos différents tablaux.

3-2 - Méthode d'identification des germes

L'identification des germes a été réalisée à travers la méthode de culture bactérienne et des

tests biochimiques. La figure 1 présente les principales étapes de la méthode d'identification

des germes recherchés.

Prélèvement

environnementa Q/ Enrichissement / r\

des échantilJons Y Ensemencement u Identification

sur gélose n biochimique

Figure 1 : Les principales étapes de l'identification des germes

16

• Enrichissement

Après leur prélèvement, les germes environnementaux contenus dans les échantillons

se retrouvent dans des conditions non identiques à leur milieu naturel (température,

nutriments, oxygène ... ). Cela peut créer un état de stress. Afin de redonner la vigueur

aux germes, les échantillons ont été enrichir dans les bouillons qui sont des milieux

nutritifs des germes dans les proportions 9ml du bouillon et lm] de l'échantillon.

• Ensemencement

Vingt-quatre heures après leur enrichissement, les échantillons ont été répliqués sur

des géloses (milieu solide) à l'aide d'une pipette Pasteur puis placées à l'étuver. Dans

cette étude les trois genres de germes recherchés ( Pseudomonas, Vibrio et E. coli) ont

des géloses spécifiques.

17

• Identification biochimique

Pour la confirmation de l'identité des germes des tests biochimiques ont été réalisé sur

d'autres géloses tels que le citrate, King a et b, Kliggler Hagina, l'urée et l'indole pour

apprécier l'activité enzymatique des germes à travers la coloration des milieux

Dans le déroulement du processus d'identification, chaque germe recherché a connu des

traitements particuliers. Les figures ci-dessous présentent les étapes d'identification de Vibrio,

Pseudomonas et E.coli

Prélèvement environnemental Prélèvement environnemental

D D Enrichissement (bouillon EPA) Enrichissement (bouillon EPT)

D Ensemencement (gélose au cétrirnide) Ensemencement (gélose TCBS)

Ensemencement (gélose KINGA et B) Ensemencement (GO)

_[J_ Test d'oxydase (réactif de KOVACS)

D Test d'oxydase (réactif de KOVACS Figure

-CL figure2 : Etapes d'identification du Pseudomonas Portoir réduit de LEMINOR

Figure 3 : Etapes d'identification du Vibrio

18

Prélèvement environnemental

..[J_

Enrichissement (bouillon EP A)

Ensemencement (gélose URIS)

Purification (eau distillée)

..[J.. Nouvel ensemencement (gélose URIS)

Portoir réduit de LEMINPOR

Figure 4 : Etapes d'identification d' E. coli

L'enrichissement des échantillons a été fait dans un mélange de 9 ml du bouillon et 1ml de

l'échantillon d'eau. Les huit tubes (deux de chaque échantillon contenant les bouillons EPA

et EPT) ont été placés à 1 'étuve à 37°c durant 24h. Après l'ensemencement des germes sur

leur milieu de culture spécifique, les géloses ont été placées à l'étuve durant 24h à une

température donnée de 44°C pour E. coli et de 37°c pour Pseudomonas et Vibrio.

Pour E. coli, les colonies apparues ne sont pas nettement isolées à cause de la présence des

protéus qui représentent une sorte de germes opportunistes. Afin d'isoler ces colonies de

façon distincte, la purification de celles-ci a été nécessaire. Ainsi, une colonie prélevée sur la

gélose a été mise dans de l'eau distillée stérile pour la débarrasser des potéus. Après cela, un

nouvel ensemencement des germes nettoyés a été fait sur la gélose URIS. Les nouvelles

colonies ainsi obtenues ont été ensemencés au portoir réduit de LE MINOR. A cette étape les

caractères biochimiques des germes du genre E. Coli sont recherchés. Ceux-ci ont été

appréciés dans le Kligler Hajna, le citrate. l'urée et l'indole.

Un prélèvement sur une colonie souche des germes du genre E. Coli a été introduit dans

l'urée puis dans le Kligler Hajna pour y faire des stries à l'aide d'une pipette pasteur. Un

autre prélèvement sur la même colonie a été introduit dans le citrate pour y faire un trait sur la

pente. Les géloses ont été placées à ! 'étuve à 44°C durant 24h. Ensuite une goutte du réactif

de Kovacs a étét ajoutée à l'urée et l'indole (photographie 5 et 6)

19

Pour Pseudomonas, la deuxième étape de l'identification consiste à ensemencer une colonie

sur des King A et Ben vue de rechercher le type de Pseudomonas (Tableau 4)

La confirmation de l'identité du germe du genre E.co/i a nécessité un test d'oxydase. A

l'aide d'une pipette pasteur, une goutte d'eau distillée stérile a été déposée sur le disque

d'oxydase (DO) posé sur un papier essuie-tout. Ensuite un prélèvement de la colonie a été

déposé sur le DO. Lorsque le disque a viré au violet, le test d'oxydase est considéré comme

positif. Dans le cas contraire il est négatif.

Pour la confirmation de l'identité du germe du genre Pseudomonas, une colonie a été

répliquée sur une gélose ordinaire (GO)

Pour les germes du gène Vibrio, la deuxième partie de l'identification a consisté à ensemencer

les colonies obtenues sur GO en vue d'obtenir des colonies bien isolées. Ensuite. un test

d'oxydase a été réalisé.

L'identification des germes du genre vibrio s'est poursuivi jusqu'a l'ensemencement

des colonies au portoir réduit de LE MINOR. Ce test a consisté à prélever une colonie de

vibrio sur GO. Puis à leur introduire dans l'urée à l'aide d'une pipette Pasteur. La même

pipette a été introduite dans le Kligler Hajna pour faire des stries sur la gélose. Un autre

prélèvement est fait sur GO puis introduire dans le citrate pour faire un trait sur la pente de la

gélose. Pour! 'urée et l'indole, une goutte du réactif de Kovacs y a été ajoutée.

20

III - Résultats et discussion

1 - Résultats

- Enrichissement des échantillons

L'inoculation des échantillons dans les bouillons Eau Peptonée Alcaline (EPA) et Eau

Peptonée Tamponnée (EPT) a donné pour les quatre sites un aspect trouble signifiant un

résultat positif due à l'activité des germes qui s'y trouvent(voir tableau l ).

Tableau 1 : Enrichissement des prélèvements environnementaux

Sites boribana

Bouillons

carena locodjoro+

abobo-doumé

adiopodoumé

(témoin)

Eau peptonnée alcaline

(E.coli et pseudomonas) + + + +

Eau peptonnée tamponnée

(vibrio) + + + +

- Ensemencement des germes

L'ensemencement a conduit à la présence ou non de colonies de bactéries sur les géloses

solides. Les sites d'adiopodoume (témoin) et du mélange (Locodjoro+Abobo-doume) ne

présentent aucune colonie pour les germes du genre Vibrio et Pseudomonas. Par ailleurs, tous

les sites présentent des colonies pour du genre E. coli. (tableau 2)

Tableau 2 : Ensemencement des échantillons sur des géloses spécifiques

Géloses URIS TCBS cét:rimide

sites ( E.coli) ( vibrio) (pseudomonas)

borobana + + +

carena + + + locodjoro+abobodoume + adiopodoume (témoin) +

L'ensemencement a permis d'observer des colonies de bactéries avec des colorations

spécifiques. Dans cette étude les trois germes recherchés (E .coli, Pseudomonas et Vibrio).

21

iprésentent sur Leur milieu de culture respectif: des colonies rose-violacées, des pigments vert

fluorescent et des grosses colonies vertes ou jaunes( photographies 2, 3 et 4).

Photographie 7: colonie d'E.coli sur gélose URIS

Photographie 8 : Colonie de Pseudomonas sur gélose cétrimide

22

Photographie 9 : Colonie de Vibrio sur gélose TCBS

- Identification biochimique

Pour leur identification biochimique les germes du genre, Vibrio, et E.coli présentent des

caractéristiques spécifiques qui représentent des résultats positifs. Le tableau 3 présente

les résultats attendus de ces deux germes ..

Tableau 3 : caractéristiques biochimiques positives des germes du genre 'Ecoli et Vibrio

Géloses H2S Glucose Gaz Lactose Citrate Urée Indole

Germe -- E.coli Pas noir Jaune Décollement Jaune Vert Jaune Anneau rouge

+ + + - - + Vibrio Pas noir Jaune Décollement Jaune Bleu Jaune Pas d'anneau rouge

+ + + + - +

23

La réaction des milieux de cultures matérialisées par la coloration des géloses sont conformes

aux résultats attendus des germes du genre E.coli (selon tableau 3) pour les quatre sites de

prélèvement ( photographies 10).

Photographie 10 : Test biochimique positif des germes du genre E. coti pour les quatre sites

La réaction des milieux de cultures matérialisées par la coloration des géloses ne sont pas

conformes aux résultats attendus des germes du genre vibrio i (selon tableau 3) pour le site de

prélèvement de Borinana (voir photographie 6)

24

Photographie 11 : Test biochimique négatif des oermes du genree Vibrio pour le site de

Boribana

Parmi les quatre échantillons analysés, seulement ceux de boribana et carena ont révélé la

présence du germe du genre pseudomonas à l'étape de l'ensemencement. Ainsi, le test sur les

King a et b pour la confirmation de l'identité de ce germe a été réalisé avec les échantillons de

carena et boribana La réaction des milieux de culture matérialisée par la coloration des

géloses King a et b Pour l'identification biochimique du germe du genre Pseudomonas

aéruginosa a présenté un test positif sur les échantillons de boribana et carena, (Ttableau4)

Tableau 4 : Test positif de Pseudomonas aeruginosa pour les sites de boribana rt carena

Sites

Géloses Carena boribana

Kinga + +

Kingb + +

Les quatre échantillons analysés contiennent tous les germes du genre E. coli. Par contre le

germe du genre vibrio est absent dans tous les échantillons. Par ailleurs, présent dans les

25

échantillons de boribana et carena, Pseudomonas est absent dans les échantillons témoin

(adiopodoume) et et la fusion (locodjoro+abobo-doume) (tableau5)

Tableau 5 : Présence ou absence de germes dans les différents sites

Germes

Sites E.co/i Vibrio Pseudomonas

Boribana + + Carena + +

Loco + abobo d. + Adiopodoumé +

26

Discussion

L'analyse bactériologique des échantillons s'est faite en plusieurs étapes. pendant

l'enrichissement, les quatre échantillons ont présenté un aspect trouble signifiant un résultat

positif. Ce qui s'expliquerait par le fait que les germes contenus dans ces échantillons

rejettent dans leur milieu des déchets après leur nutrition et aussi à l'augmentation de leur

nombre à travers leur multiplication. A l'étape de l'ensemencement des échantillons des

différents sites. certaines géloses ont présenté des colonies après 24h par contre d'autres n'ont

pas présenté de colonies. En effet, les milieux de culture (géloses) présentent une composition

nutritive spécifique à la croissance à chaque bactérie. Cela signifie que les colonies de

bactéries ne se présentent que sur des géloses compatibles à leur croissance. Le nombre

d'étapes de l'identification des bactéries a varié selon le type de germe. Le processus

d'identification a permis d'observer des résultats positifs à certains stades. Toutefois, les tests

finaux n'ont pas permis de confirmer la bactérie en question. C'est le cas des germes du genre

vibrio dans les échantillons de Boribana et Carena, qui, au stade de l'ensemencement (Carena)

a montré la présence de germes du genre vibrio et un test négatif sur la gélose ordinaire. Par

contre avec l'échantillon de Boribana, c'est au stade du test du portoir que l'identité de la

bactérie n'a pas été confirmée. Pour ce même type de bactérie recherchée dans les deux sites

l'analyse qui a conduit à leur identification devrait connaître le même nombre d'étapes

jusqu'à la fin. Mais parfois un test positif au début qui n'est pas confirmé à la fin serait due à

une contamination de la gélose lors de la manipulation au laboratoire. D'autre part,

l'échantillon prélevé contiendrait des bactéries qui présentent sensiblement les mêmes

caractéristiques phénotypiques ou biochimiques que celles recherchées.

Le site témoin où la pollution de la lagune semble atténuée à cause des odeurs et de la couleur

qui sont moins désagréables présente peu de bactéries en termes de diversité. Par contre les

autres sites d'échantillonnage où la pollution est plus accentuée présentent plus de bactéries.

Cela s'expliquerait par le fait que la contamination rnicrobiologique de la lagune serait

tributaire du degré (intensité et nature) de pollution de celles-ci.

Certains sites sont sensiblement soumis aux mêmes types de pollutions (déchets ménagères

matières fécales) tels Boribana et la fusion Locodjoro Abobodoumé. n'ont pas présenté la

même diversité microbienne. Cela pourrait s'expliquer par le fait que les conditions

écologiques telles que l'interaction entre les différents genres de germes d'un milieu sont

différentes. Mais aussi des paramètres physico-chimiques de leur environnement (pH,

température, turbidité, turbulence et matière en suspension) selon Manizan 2010. Toutefois la

27

bactérie E. coli a été retrouvée dans tous les échantillons collectés. Cela pourrait s'expliquer

par le fait que la lagune Ebrié soit à tout endroit soumise à la contamination microbienne qui

est généralement associée à une source d'ordre fécale. En effet, la présence du germe du

genre 'E. coli est indicateur de la contamination fécale d'origine humaine ou animal à sang

chaud (Edberg et al. 2000, Servais et al 2009, Pommpuy 1998).

Conclusion

L'évaluation de la contamination microbienne de la lagune Ebrié a conduit à des prélèvements

hydriques à différents endroits soumis à diverses sources de pollutions (Boribana, Carena,

Adiopodoumé et la fusion de Locodjoro et Abobo-doumé), afin d'en estimer la diversité

microbienne. Trois germes (Vibrio, Pseudomonas et E.coli) ont été recherchés et identifiés

selon deux grandes étapes. à savoir l'enrichissement des échantillons et l'ensemencement des

germes sur des géloses spécifiques. L'analyse des échantillons de Boribana. Carena

diopodoumé et la fusion de Locodjoro et Abobo-doumé a révélée que la présence des

germes du genre E.coli. Les germes du genre Pseudomonas n'ont été retouvés que dans les

échantillons des sites de Boribana et de la Carena. Cependant, même en l'absence de germes

du genre Vibrio dans les échantillons, la seule présence des germes du genre E. coli suffit à

confirmer la contamination microbiologique d'origine fécale de cette lagune.

Perspectives de recherche

Le germe du genre vibrio est la cause du choléra. Or cette bactérie n'a pas été mise en

évidence dans cette étude. Cela est certainement du au déficit de prélèvement sur chaque site

Ainsi, dans la prochaine étude plusieurs prélèvements seront faits sur chaque site. Toute fois,

l'identification sera faite aves la méthode moléculaire pour une identification distincte des

bactéries. Aussi d'autres bactéries entériques seront récherchée afin de prévenir la population

des éventuels dangers. Par ailleurs les interactions entre les bactéries et leur biotope pourra

également faire l'objet d'étude. Cela pourra aider à contrôler la communauté des bactéries

dans cet écosystème aquatique pour sa gestion durable.

28

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Orstom 1-15.

30

ANNEXE

Annexel: la lagune EBRIE en voie de disparition {HUGUETTE AKPOUE 26 fév.2010. in WIKI LOVE

AFRICA)

Annexe2 : les services éco systémiques de la lagune EBRIE{source : WIKI LOVE AFRIKA)

Annexe3 : échantillons prélévés

Annexe4: ensemencement de germes sur gélose autour d'un bec benzène

Annexes : bouillons ayant servis à l'enrichissement des échantillons

Annexe 6: étuve pour le maintien de la température dans les boîtes de pétri