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Phase pré analytique enPhase pré‐analytique en microbiologie et norme NF EN g
ISO 15 189
Dr. Patrice LAUDAT, ,Laboratoire Arnaud, Tours
54 ème Journée de Biologie Clinique Necker-Institut Pasteur-18 janvier 2012-Paris.
Phase pré‐analytique en microbiologie et norme NF EN ISOmicrobiologie et norme NF EN ISO
15 189.
Patrice LAUDATPatrice LAUDAT
Laboratoire ARNAUD – Toursplaudat@laboarnaud.fr
Le contexte réglementaire français a changé
• Ordonnance du 13 janvier 2010 relative à la biologie médicale
• Code de la Santé Publique: Art. L 6221‐1 « Un laboratoire de biologie médicale (LBM) ne peut réaliser d’examen debiologie médicale (LBM) ne peut réaliser d examen de biologie médicale sans accréditation »
• Accréditation délivrée par le COFRAC selon la Norme NF EN ISO 15 189ISO 15 189
Contexte de la MicrobiologieContexte de la Microbiologie
É• Étapes pré‐analytiques, analytiques (examen direct , ensemencement, quantification parfois, identification, antibiogramme et interprétation) et post analytiquesantibiogramme et interprétation) et post‐analytiques.
• Microorganismes vivants potentiellement virulents• Microorganismes vivants , potentiellement virulents.
• Méthodes manuelles et automatisées qualitatives et• Méthodes manuelles et automatisées, qualitatives et « quantitatives ».
• Traçabilité de l’ensemble du processus• Traçabilité de l ensemble du processus
• Validations indispensables pour toutes les étapes et techniques.techniques.
Les trois phases d’un examen de microbiologie médicale
é l i élè d’ é h illPré‐analytique ‐Prélèvement d’un échantillon‐ Recueil des éléments cliniques pertinentsP é ti t t t ti‐Préparation , transport et conservation de l’échantillon jusqu’au laboratoire
Analytique ‐ Processus technique permettant l’obtention du résultat de l’analyse microbiologique
Post‐analytique ‐Validation ‐ Interprétation contextuelle du résultat‐ Communication appropriée du résultat au prescripteur dans un délai compatible avec l’état de l’art
Ce qui n’est pas du pré analytiqueCe qui n est pas du pré‐analytique
• Analyses de biologie délocalisée : norme NF EN ISO 22870 = responsabilité du biologistep g
• Dépistage « au lit du malade », au cabinet médical ou par le patient (exemplemédical ou par le patient (exemple bandelette urinaire ‐ BU) : les BU disposent ’ ( f é ld’un marquage DMDIV ( dispositif médical
pour diagnostic in vitro) mais relèvent du décret actes infirmiers ( art. R.4311‐5.39 du CSP) = pas de responsabilité du biologisteCSP) pas de responsabilité du biologiste
Examens microbiologiques : principaux objectifs
• Mise en évidence du ou des microorganismes impliqués dans le processus infectieuxp q p
• Mesurer leurs sensibilités aux antimicrobiens
Dé l d i• Détecter le portage de certains agents
• Étudier l’épidémiologie communautaire et p gnosocomiale
Dét i l t t t i it i i à i• Déterminer le statut immunitaire vis‐à‐vis d’un microorganisme
• Suivre l’évolution d’une infection traitée ou non
Microbiologie : une place particulière en bi l ibiologie.
• Au service :
– D’un patient• Diagnostic d’une infection suspectée ou avérée
• En amont : prévention d’infection (MRSA, BLSE, VanR , C. difficile)
• En aval : assistance thérapeutique.
– De la collectivité locale ou régionale : hôpital• Alerte sur les phénomènes épidémiques
• Gestion des épidémies
• Coopération avec EOH CLIN et C CLIN• Coopération avec EOH, CLIN et C‐CLIN
– De la collectivité nationale• Niveaux 1 2 et 3 du réseau Biotox• Niveaux 1, 2 et 3 du réseau Biotox
Echantillon Expression de la demandeet données cliniquesJ0
Aliquotage, PrétraitementC ti
Examen microscopique
Mise en culture
Saisie des donnéesanalytiques ± TransmissionConservation p q y q
Saisie cumulative des donnéesanalytiques ± Transmission
Lecture des cultures
Procédure DÉCISIONNELLEC.A.T. en f° microscopie,
Identif présomptive colonies J≥1Identif présomptive colonies,données cliniques, demande
J≥1
Procédure OPERATIONNELLESelon décisions prises :
Identification, Abg, BM, téléph, …
Saisie cumulative des donnéesanalytiques ± Transmission
Résultat final
Phase Pré-Analytique J≤0Phase Pré Analytique J≤0 Echantillons biologiques
PatientEchantillons
Personnel préleveur Enregistrement
Conformité
TransportMatériel
Phase préanalytique Phase pré-analytique
Diagramme d’Ishikawa
Phase pré analytique : ≤ J0Phase pré‐analytique : ≤ J0
Etape cruciale pour le processus en aval
Responsabilité du biologiste– Responsabilité du biologiste
– Clarté de la prescription médicale
– Choix du matériel de prélèvement
– Conditions de transport: délai, température…
– Documents associés (prescription adaptée?)
– Formation du personnel préleveur et à– Formation du personnel préleveur et à l’enregistrement.
La phase la plus concernée par les non‐conformités
PLAN EXPOSEPLAN EXPOSE
• Prescription médicale/ NF EN ISO 15 189
• Réalisation du prélèvementRéalisation du prélèvement
• Délai de transport et conservation des é h illéchantillons
• La sécurité
• Les risques d’erreurs
• Refus d’analyse par le biologiste
• Automatisation et robotisation à J0Automatisation et robotisation à J0
• Le personnel en microbiologie
Prescription médicale / norme NF EN ISO 15 189
• Acte de réflexion intellectuel
• Objectif diagnostique, pronostique,Objectif diagnostique, pronostique, thérapeutique ou préventif
V l é d édi li i d l f i• Volonté de médicalisation de la profession
• Possibilité de modifier la prescriptionp p
• L’interprétation biologique est faite « en f ti d élé t li i ti tfonction des éléments cliniques pertinents que le clinicien lui aura communiqués »
Aide au processus d’accréditation en microbiologie: les sources d’information
Norme NF EN ISO 15 189• Documents COFRAC: avec points fastidieux
• Recueil des exigences spécifiques pour l’accréditation des LBM : SH REF 02 (septembre 2010)
G id h i d’ édi i bi l i édi l SH• Guide technique d’accréditation en biologie médicale : SH GTA 01 (mai 2011)
• Une Société Savante: SFM• Une Société Savante: SFM
• Référentiels: REMIC V4, 2010, SFM et CA‐SFM, 2011/12
REVIR V2 2007 SFMREVIR, V2, 2007, SFM
• Groupe de travail: QUAMIC, SFM
D d t é li é t d i bi l i t• Des documents réalisés par, et pour des microbiologistes
Norme EN NF ISO 15 189: contenu et butNorme EN NF ISO 15 189: contenu et but
• Chapitres 1 à 3 pas d’exigences spécifiques, introduction et terminologie.
Ch it 4 t l l d tè d il t ù• Chapitre 4 est le socle du système de « pilotage » où management: achats (logiciels), recours aux consultants, recrutements, investissements…..mais à quel coût ? À suivrerecrutements, investissements…..mais à quel coût ? À suivre
• Chapitre 5: formalisation des pratiques techniques avec des exigences renforcées sur la traçabilité et les validations des g çméthodes: partie métier
But final: obtenir la confiance dans la validité des résultats
5.4 NF EN ISO 15 189 :Procédures pré‐analytiques
• 5.4.1 : feuille de prescription ,ordonnance avec données démographiques et g p qrenseignements cliniques et/ou épidémiologiques (fiche)épidémiologiques (fiche)
‐ prélèvements à visée diagnostique/ é é lépidémiologique
‐ spécimen et nature des analysesspécimen et nature des analyses
‐date et heure de prélèvement et de réception
• Contrat tacite entre 3 parties : prescripteur, patient et biologiste
Procédures pré‐analytiques : Articles L.6211‐14 et L.6211‐17
• Impose la signature d’une convention entre LBM et préleveurs externes qui fixe les p qprocédures applicables.
• En cas de prélèvement par un auxiliaire• En cas de prélèvement par un auxiliaire paramédical extérieur au LBM, le patient
é l bl lprend toujours contact préalablement avec le LBM. Le biologiste détermine les examens à réaliser et les procédures applicables.
Ecoute et contractualisation avec les clients
• Besoins clients identifiés : tous moyens
• Contrats formalisés : exigences etContrats formalisés : exigences et engagements des 2 parties, respect du guide du préleveur renseignements cliniques delaidu préleveur, renseignements cliniques, delai de réponse…
• Revue régulière des contrats : indicateurs de suivi, non‐conformités, délais …suivi, non conformités, délais …
• Réclamations des clients tracées : actions ticorrectives
• Enquêtes de satisfaction des clients à faire
Exemples de renseignement cliniques à obtenir
• Bactériologie : nature du prélèvement, site , urgence de la réponse (examen g p (direct/cytologie), symptômes cliniques , antibiothérapie infection nosocomialeantibiothérapie , infection nosocomiale, endocardite , méningite………
l lé l l hl• Biologie moléculaire : simple si Chlamydiae , si VIH VHC VHB quantification , génotypage ,.
• Sérologie infectieuse : hors femme enceinte et réglementaire informationset réglementaire , informations complémentaires ( vaccins……)……..
5.4.2 : manuel de prélèvements
• Liste des analyses du LBM
• Informations sur le choix des méthodesInformations sur le choix des méthodes disponibles et les indications médicales
I f i l i / é i• Informations pour le patient / préparation pour le prélèvement
• Procédures : identification de l’échantillon primaire prélèvement matérielprimaire, prélèvement, matériel…
• Instructions : type et quantité d’échantillon, exigences particulières (délai, transport, °C..)
Manuel de prélèvements suiteManuel de prélèvements, suite
• Fourni aux préleveurs
• Formation et contractualisation : traçabilitéFormation et contractualisation : traçabilité de la formation et de la prise de connaissanceconnaissance
• Investissement des microbiologistes dans la formation des préleveurs : choix du matériel adaptéadapté
• Tout échantillon non‐conforme refusé et t étracé
• Dérogations possibles formalisées
Points critiques en microbiologieSH GTA 01 ‐COFRAC
• Prélèvement réalisé de manière aseptique avant antibiothérapiep
• Réactifs commerciaux et non périmés
Dél i élè l i i• Délai entre prélèvement et analyse : critique
• Cas des échantillons pré‐traités dans un autre plaboratoire : mêmes exigences
Q lifi ti lid ti d i• Qualification : validation des acquis
• Actes opérateurs‐dépendant : compétence
• Analyses de bactériologie à traiter en 1er
Réalisation du prélèvement : acte‐cléRéalisation du prélèvement : acte clé
• Préleveur : habilité, identifié et « respect des précautions standard »p
• Prélèvement : respect des procédures du LBM choix du matériel identificationLBM, choix du matériel, identification, conditionnement, quantité
• Si visée diagnostique : début du processus infectieux, avant antimicrobiens, éviter lesinfectieux, avant antimicrobiens, éviter les flores commensales, privilégier les prélèvements profonds ou invasifsprélèvements profonds ou invasifs
Schéma général de la significativité des microorganismes dans les prélèvements
d élè l l S il d i ifi i éNature du prélèvement Flore commensale Seuil de significavité
Catégorie 1 :Prélèvements au niveau
Non Non
des sites « normalement stériles »: LCR, hémocultures, liquides séreuses, biopsies…
Catégorie 2 :Autres prélèvements :
Oui Oui
urines, respiratoires
Catégories 3 :Prélèvements fortement
Oui Non Prélèvements fortement colonisés : peau, selles, téguments, muqueuses,gorgeg g
Délai de transport et conservation des échantillons
• Analyse d’organismes vivants, parfois virulents et sujets à leur environnement: jtransport, délai, conditionnement inadaptés faussent les résultats par excèsfaussent les résultats par excès (prolifération)ou par défaut (germes fragiles).
é é ’é h ll• Variété du type d’échantillons : sang, urines, selles, liquides , pus, pièces anatomiques….
• Ce qui impose :prélèvement ciblé ,milieu de transport adapté (délai idéal < 2 h sinon ) untransport adapté (délai idéal < 2 h sinon ), un dialogue avec les cliniciens.
Milieux spéciaux « dits de transport » : milieu Amies et milieu M4RT
• Permettent la survie et non croissance de nombreux microorganismesg
• Milieux tamponnés , réducteurs et pauvres en éléments nutritifsen éléments nutritifs
• Conservent l’humidité de l’échantillon
• Evitent le stress oxydatif
M i ti t l t t l• Maintiennent le rapport entre les populations microbiennes initiales
Dispositif médical pour diagnostic in vitro : DMDIV (CE)
• Le laboratoire doit maitriser la phase pré‐analytique et doit procéder à la vérification y q p(validation) des modifications apportées lors d’écarts aux recommandations fournisseursd écarts aux recommandations fournisseurs
• Important pour les milieux transports : / l l fCLSI/NCCLS, 2003, Quality control of
microbiological transport systems, Approved standard M40‐A vol 23 N°34.
Conditions pré‐analytiques conformes au REMIC – SFM (V4 – 2010)
è é é él i l é i lParamètre Fréquence Température Délai analyse Matériel
Urines ECBU Continue Ambiante 24 h Flacon stérile + ac.borique
Urines ECBU Continue 2‐8 °C < 12 h Flacon stérile
Pus Continue Ambiante 24 h Écouvillon transporttransport (Amies)
Pus Continue Ambiante < 2 h Écouvillon
Hémocultures 5‐10 ml sang Continue
Ambiante < 12 h Flacons aéroet/ou ana
LCR Continue Ambiante < 2 h Flacons stérilesLCR Continue 24/24 h
Ambiante < 2 h Flacons stériles 2
Génital Continue Ambiante 24 h Écouvillons 2 (Amies)(Amies)
Génital PCR ,virologie
Continue Ambiante 24 h Écouvillons M4RT
Conditions pré analytiques :SuiteConditions pré‐analytiques :Suite
è é é él i l é i lParamètre Fréquence Température Délai analyse Matériel
CoprocultureSelles (3 noix)
Continue 2‐8 °C < 12 h Flacon stérile
Toxine C.difficile
7/7 jContinue
2‐8 °C < 12 h Flacon stérile
Asp bronchique Continue Ambiante < 2 h Flacon stérileAsp.bronchiqueSpermoculture
Continue Ambiante < 2 h Flacon stérile
Crachats BK Continue 2‐8 °C < 48 h Flacon stérile 3j
Liquideponction
Continue Ambiante < 2 h<12 h
Flacon stérileFlacon hémoculture
Per‐opératoireorthopédie
Continue Ambiante < 2 h Flacons stériles (5 idéal) broyagey g
Anaérobies Continue Ambiante Vol > 2ml < 6 hVol < 2ml <1h*
Flacon stérile *ou 24 h+ M transport
La sécuritéLa sécurité
• Respecter les « Précautions dites standard »
• Fermeture hermétique des flaconsFermeture hermétique des flacons
• Procédures de désinfection connues et é li éréalisées
• Sachets protecteurs et séparés du bonp p
• Gestion des DASRI
• Ne jamais décapuchonner les aiguilles , pas de seringue transport avec aiguille
Les risques d’erreursLes risques d erreurs
• Identification et étiquetage
• Antiseptique préalableAntiseptique préalable
• Transport ou stockage impropre
• Milieu de transport absent ou inaproprié
• Traitement en coursTraitement en cours
• Contamination par flore endogène
• Site inaccessible : ponction hémorragique
• Matériel de prélèvement deffectueux• Matériel de prélèvement deffectueux
Echantillons justifiant d’un refus pour analyse microbiologique
• Non ou mal étiquetés ( sauf dérogation)
• Reçus dans des flacons endommagés et nonReçus dans des flacons endommagés et non étanches (en particulier pour site stérile)
Vi ibl i é• Visiblement contaminés
• Conditions de conservation non respectéesp
• Inappropriés aux analyses demandées
• Identique à un autre échantillon reçu le même jour ( sauf LCR, Hémoc.,état clinique, contrôle sérologique légal..)
Automatisation et robotisation à J0Automatisation et robotisation à J0
• Disponibilité de nouveaux automates et robots en Microbiologie et en Biologie Moléculaire.
• Evolution réglementaire: permet d’envisager des plateauxtechniques partagés pour plusieurs sitestechniques partagés pour plusieurs sites.
• Preuve que le processus est déjà engagé: nombre des LBM• Preuve que le processus est déjà engagé: nombre des LBM inscrits au contrôle national de qualité en bactériologie:
2009: 2905‐ 2009: 2905
‐ 2011: 1118 données Afssaps
Phase Analytique J 0Phase Analytique J 0Automates
Echantillons Personnel EnvironnementContexte
AutomatesTechnique
Phase préanalytique Phase analytique
Diagramme d’Ishikawa
Automates à J0Automates à J0
• Colorateurs : (Gram, Auramine, Ziehl, MGG)
• Automates pour HémoculturesAutomates pour Hémocultures
• Cytomètre en flux pour les urines :
‐ IQ 200 (Iris)
‐ Sysmex UF 1000 (bioMérieux)‐ Sysmex UF 1000 (bioMérieux)
‐ Urised (i2A)
Ensemenceurs
Biologie moléculaire temps réelBiologie moléculaire temps réel
Automates à J0 : ensemenceursAutomates à J0 : ensemenceurs
• Non robotisé :
‐ Prévi Isola bioMérieuxPrévi Isola bioMérieux
• Robots :
‐WASP COPAN/SIEMENS‐WASP COPAN/SIEMENS
‐ INNOVA BD
‐ Kiestra Lab Automatisation
Prélude I2A‐ Prélude I2A
Les ensemenceurs à J0
• Automatisation de certaines phases de culture• Automatisation de certaines phases de culture• Facteur de :
– Standardisation– Traçabilité – Gain de temps – Réduction de la variabilité interopérateurRéduction de la variabilité interopérateur
• Etiquetage boite par boite suivi du dossier• Etiquetage boite par boite : suivi du dossier patient
• Suivi des N° de lot des milieux
Réduction de la variabilité inter opérateur
é i l ill 100 C li• Matériel : pastille 7100 CFU E.coli• WASP/ Manuel
N° 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
NBColWA
71 75 61 66 63 84 73 76 67 75
WASP
NB 70 50 38 55 15* 3*
• WASP Valeur moyenne : 71.1 (écart type 6.59 ).
ColMa
NC NC
y ( yp )
• Manuel Valeur moyenne : 38.5 (écart type 23.13 ).
Traçabilité et respect du temps minimal d’incubation de 18 H
• Essentiel pour les prélèvements polymicrobiens : ECBU, pus superficiels, p y p psuppurations de classe II et III..
• Indispensable pour les milieux sélectifs :• Indispensable pour les milieux sélectifs : MRSA, EBLSE ……
• Gestion avec « 2 étuves » ce qui permet d’assurer la lecture correcte des milieux.d assurer la lecture correcte des milieux.
• En attente d’une gestion automatisée idéale : l’i b ti i t lli t« l’incubation intelligente».
Le personnel en microbiologie
• Formation complexe pour le personnel spécialiséFormation complexe pour le personnel spécialisé– Techniques de bactériologie classique (savoir‐faire acquis sur plusieurs années)
– Connaissances anatomiques solides– Connaissance des divers dispositifs médicaux– Connaissances en pathologie infectieuse pour lier la bactériologie à la cliniqueConnaissance de ses propres limites et responsabilités po r– Connaissance de ses propres limites et responsabilités pour faire intervenir le biologiste
– Communication positive, esprit d’équipeCommunication positive, esprit d équipe– Formation permanente dans le laboratoire et hors de celui‐ci : lectures, réunions
– Programme de contrôle des connaissances
Accréditation: état des lieux ( site du COFRAC‐11/ 2011). Norme 15 189
• Nombre total LBM accrédités en Santé Humaine (SH) : 205.
• Mais : 60 types EFS, spécialisés ( toxicologie, génétique….).
• Soit 145 LBM à activité médicale: 133 privés et 12 CH.
• Accréditation en bactériologie: 23 / 145 (16 %).
22 privés et 1 CH
• Accréditation en virologie: 4 (2 CH et 2 privés)
• Idem en mycologie‐parasitologie
Coûts liés à l’accréditation / norme ISO 15189total = 444 000 euros dépenses initiales
Données SNMB mai 2011
Surcoût personnel ETP 40 000
Qualiticien 40 000
V lid i é h d 240 000Validation méthodes 240 000
CIQ et EEQ 5 000
Logiciel dédié 45 000Logiciel dédié 45 000
Mise niveau matériel 25 000
Agencements locaux 10 000
Maintenances supplémentaires 5 000
Achats métrologie 8 000
Accompagnement 15 000
Audits 3 000
Audits COFRAC 8 000Audits COFRAC 8 000
+ Suivi : 145 000 euros / an
ConclusionConclusion
Si l’ l d’ é h ill d l• Si l’analyse d’un échantillon ne donne pas le résultat escompté : revoir les modalités des prélèvements autre site moment du prélèvementprélèvements, autre site, moment du prélèvement, milieux de transport, délai…..5M
• La qualité du dialogue entre le prescripteur et le biologiste est primordialebiologiste est primordiale
S t é it ( l élè t) t• Supports écrits (manuel prélèvement) et procédures diffusées sont indispensables
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