Tour d’horizon des programmes de barcoding d'Arthropodes ... · J.Y. Rasplus C. Cocquempot...

Tour d’horizon des programmes de barcoding d'Arthropodes au CBGP

Jean-Claude Streito

17 janvier 2013

INRA – UMR CBGP 1062,

Campus International de Baillarguet - CS 30 016 34988

34988 MONTFERRIER-SUR-LEZ

Tél.: 04.30.63.04.36

Mail : jean-claude.streito@supagro.inra.fr

Centre de Biologie pour la Gestion des Populations

Tour d’horizon des programmes de barcoding d'Arthropo des au CBGP – janvier 2013

Plan de la présentation

Introduction

1. Sys3D KA du Métaprogramme SMaCH!

2. Structuration d’un programme de Barcoding

3. Barcoding des ravageurs et auxiliaires

4. Biodiversité et taxonomie

5. Autres projets autour de Sys3D

Conclusion

Introduction

Le barcoding au CBGP a 10 ans

Pourquoi faire un tour d’horizon début 2013 ?Envie personnelle2012 dépôts de nombreux projets dernière synthèse 2 0072013 lancement sys3DPas sûr que tout le monde soit au courant de toutMontrer la cohérence de l’ensemble

Ce dont je ne parlerai pas!TechniqueTaxonomieRongeurs et nématodesCentré sur ravageur et auxiliaires, survol des proj ets biodiversité et taxo non agronomique

IntroductionC’est quoi le barcoding?Le concept est de créer un catalogue exhaustif de séquences d’ADN de toutes lesespèces du globe.

1. Sys3D KA du Métaprogramme SMaCH!

Sys3D :Systematics for the Detection, the Diagnostic and t he DeterminationSystématique pour la Détection, le Diagnostic et la Détermination

Métaprogramme SMaCH :Sustainable management of Crop HealthProtection durable des cultures

KA :Key ActionsActions Clés

Défis et chantiers de l’INRA pour 2010-2020

Sécurité alimentaire mondiale

et changements globaux

Méta-programmes

�SMaCH: Sustainable Management of Crop Health

�GISA: Gestion intégrée de la santé animale

�ACCAF: Adaptation au Changement Climatique de l’Agriculture et de la Forêt

�M2E: Meta-omics of Microbial

Ecosystems

�GenSel: Genomic Selection

�DID’IT: Diet Impact & Determinants:

interactions and transitions

Schémas

Stratégiques des

Départements

PartenariatsAcad. / Socio-éco.

F / EU / WW

Intégration des performances

économiques, sociales et

environnementales de l’agriculture

Développement de systèmes

alimentaires sains et durables

Valorisation de la biomasse

pour la chimie et l’énergie

Atténuation de l’effet de serre et

adaptation de l’agriculture et de la

forêt au changement climatique

Biologie

prédictive

écologie

Métaprogramme SMaCH

Métaprogramme SMaCH : Sustainable management of Crop Healt h« Protection durable des cultures »

- Assurer une production en quantité et qualité- Diminuer l’impact environnemental de la protection des pl antes

Métaprogramme versus Départements?- faire avancer les axes stratégiquesdéfinis par la gouvernance- le département fabrique des briques- le métaprogramme le ciment

Autres particularités d’un Métaprogramme- intégration : transversalité, pluridisciplinarité- généricité- visibilité internationale

Sys3D action clé du Métaprogramme SMaCH

Les métaprogrammes sont organisés en Actions Clés

To build reference

DAMAGE: Evaluation of the damage caused by pestsMODEL: Modeling for crop protectionEMERGE: Emerging diseases and bioinvasionsSys3D: Systematics for the Detection, the Diagnosis and the iDentification of pestsLOCKIN: Technological lock-in and transition processesSONDES: a data set to support micro-economics and micro-econometrics of the farmers’ choicesEcoTox: Ecotoxicology

To propose/optimize/integrate action levers

PReSuME: Plant Resistance Sustainable ManagementBIODIV: Biodiversity and Crop ProtectionBIOCONTROL: Biological controlCROPSYS: Design of cropping systems and agricultural landscapes for a low pesticide useEpiArch: Epidemiology and ArchitectureIPM-Net: Integrated Pest ManagementEndure-ERG: Global Initiative on IPMSUCHI: Sustainable Use of CHemIstry

Les métaprogrammes c’est du ciment

Les métaprogrammes sont organisés en Actions Clés

Les moyens

1 million d’Euros par an- financement de thèses (3 demi thèses par an)- workshops, écoles chercheurs, conférences…- AMI (appels à manifestation d’intérêt) pour financer des p rojetsde recherche

Objectifs :

- Création d’un outil universel de diagnostic à destination desprofessionnels et de la protection des plantes

Animateurs :

- Jean-Claude Streito- Valérie Laval (INRA Versailles)

Objectif : Création d’un outil universel de diagnostic à destination des professionnels et de la protection des plantes

Outil(s) d’analyse

un ou des outils d’analyseautomatiques (type puce à ADN)

Interfaces web

une interface web à destinationdes utilisateurs

Bases de données

une base de données phénotypique, génétique etbibliographique sur les agents pathogènes et lesravageurs des plantes cultivées

Champs d’investigation de Sys3D :

- Arthropodes, nématodes- Maladies cryptogamiques, bactéries, virus, phytoplasme s…- Plantes adventices

- Ravageurs- Auxiliaires

- Cultures- Forêts

- France métropolitaine- Départements d’Outre-mer

Étapes de la mise au point :

- Lister les organismes qui doivent intégrer la base- Rechercher et séquencer les organismes retenus- Compléter la base de données- Compléter l’interface web- Veille et mise à jour- Mettre au point le ou les outils d’analyse

Le barcoding au CBGP a 10 ans:

Des dizaines de milliers de séquences produitesAu départ sans crédits, personnels et organisation dédiésRationalisation et exploitation en cours

Des objectifs et une organisation commune à tous le s programmes

Objectifs communs

� Développer une base de données + interface web, permettant l’identification à l’aide de marqueurs moléculaires des insectes ravageurs des cultures européennes et d’insectes d’importance écologique

� Disposer d’une fiche pour chaque espèce, identifiée par des spécialistes, contenant des informations taxonomiques, écologiques, biologiques, agronomiques.

� Séquencer, gène mitochondrial (COI) et gène ribosom ique (ITS)

� Développer une interface utilisateur conviviale donnant une information pertinente, une estimation de la qualité des séquences soumises et de la probabilité d’erreur sur l’identification

Collections

Acleris rhombanaAcleris varieganaAdoxophyes oranaArchips podanaArchips rosanaArchips xylosteanaArgyrotaenia ljungianaCacoecimorpha pronubanaChoristoneura hebenstrietellaClepsis spectranaCydia pomonellaGrapholita (Aspila) janthinanaGrapholita (Aspila) lobarzewskiiGrapholita (Aspila) molestaHedya nubiferanaPammene rhediellaPandemis cerasanaPandemis corylanaPandemis heparanaPtycholoma lecheanaRhopobota naevanaSpilonota ocellana

IdentificationCollecte

conditionnement stockage

Liste de spécimens

Extraction et stockage ADN

PCR amplification COI + nuDNA

Séquençage

Correction des séquences1er contrôle qualité

Analyse phylogénétique

2ème contrôle qualité

Base de données interface Web

Les principaux acteurs du Barcoding ravageurs/auxil iaires au CBGP

Bases de données interface webEmmanuelle ArtigeAstrid CruaudSylvain PiryVincent Robert (Biolomics)

Collecte Identification Taxonomie:Jean-Yves RasplusChristian CocquempotÉric PierreJean-Claude StreitoMarie-Stéphane TixierArmelle Cœur d’AcierLSV

Extraction séquençage :Isabelle MeusnierGwenaelle GensonCécile Clouet

AphididaeA. Cœur d’acier

ANR Brachycaudus

Arthropodes quarantaineCBGP - UZF

LSVQBoL FP7

Agro PestsCBGP

AgriotesM. MartinezM. Freitas

S. PuissantBayer

Arthropodes émergents

CBGPBiofis

Tortricidae des vergersJ.Y. Rasplus

C. CocquempotCTIFL

PsammotettixM. MartinezM. Freitas

PsyllidaeC.Cocquempot

N. Sauvion

AgromyzidaeM. MartinezR. Gil Ortiz

Ravageurs du PatrimoineM. Martinez

F. FohrerCICRP

Prédateurs et parasitoïdes de puceronsCBGP-Rennes

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP-Sophia

Auxigen

PhytoseidaeM.S. Tixier

ChacidoideaG. DelvareA. Cruaud

J.Y. Rasplus

CerambycidaeC. Cocquempot

Divers CBGPTetranyquesSpodoptera

Ostriniaetc.

Qbol (Arthropodes de quarantaine : 200 espèces)

3. Barcoding des ravageurs et auxiliaires - janvier 2013

Dendroctonus spp.Thrips spp.Tetranychus evansi

Bactrocera dorsalis

Anoplophora glabripennis

LSV QBoL FP7

Homalodisca coagulata

Development of a new diagnostic tool using DNA barc oding to identify quarantine organisms in support of plant h ealth

Projet Européen FP7

Consortium 20 partenaires

CBGP : WP3 Arthropodes (J.Y. Rasplus)

A. Cruaud, I. Meusnier, G. Genson, E. Artige, J.Y. Rasplus, C. Cocquempot, E. Pierre, J.C. Streito, LSV

2010-2012

Bactrocera dorsalis

LSVQBoL FP7

1. Générer 5-10 séquences (Cox1 and ITS) pour 100 es pèces de Quarantaine et 50 espèces proches

2. Établir une liste de priorité des espèces à séque ncer

3. Collecter les Arthropodes de Quarantaine de diffé rentes cultures et localités, les identifier, les conserve r en collection

4. Développer un protocole d’extraction d’AND pour l es larves et adultes

5. Développer et tester des amorces pour amplificati on par PRC

6. Implémenter une base de données avec les séquence s

7. Tester cette base dans le cadre d’une identificat ion en routine

Objectifs

Base de données (Biolomics) implémentée

- spécimens de 153 espèces Q-Arthropodes (77%)- spécimens de 20 espèces non Q mais importantes- spécimens de 128 espèces proches- séquences (COI, ITS) 5600 séquences- photos (partiellement)

Protocole extraction/amplification validé

Site internet opérationnelwww.q-bank.eu

Bactrocera dorsalis

LSVQBoL FP7

Site internet opérationnelwww.q-bank.eu

Démonstration :AACATTATATTTTATTTTTGGAATTTGAGCTGGTATAGTAGGAACTTCTTT AAGATTATTAATTCGAGCAGAATTAGGTAATCCAGGTTCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTA TAATACTATTGTTACTGCACATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTAATACCTATTATAA TTGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTACCATTAATATTAGGTGCCCCAGATATAGCTTTCCCCC GAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCTTCTATTTTATTATTAATCTCCAGTAG AATTGTAGAAAATGGAGCAGGAACAGGATGAACTGTGTACCCCCCACTATCATCTAATATTGC TCATAGAGGAAGCTCAGTAGACTTAGCAATTTTTTCTTTACATTTAGCAGGTATTTCTTC AATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTACAACTATTATTAATATACGACCAAATAATATATCTT TAGATCAAATACCATTATTTGTTTGAGCTGTTGGTATTACAGCTCTTTTATTACTACTTTCAC TACCAGTATTAGCTGGTGCTATTACTATACTTTTAACAGATCGAAATCTTAATACTTCATTTT TTGACCCTGCAGGAGGAGGAGATCCTATTCTTTATCAACATTTATTT

Bactrocera dorsalis

LSVQBoL FP7

Thrips spp.

LSVQBoL FP7A l’issue de Qbol :

- mise au point d’une technique d’extraction non des tructive- mise au point d’un cocktail de primers - mise au point d’un pipeline pour la validation des séquences- base et interface web structurées

- une étude particulière sur l’identification molécu laire des Epitrix

Molecular identification of Epitrix potato flea beetles (Coleoptera: Chrysomelidae) in Europe and North America. Jean-François Germain, Catherine Chatot, Isabelle M eusnier, Emmanuelle Artige, Jean-Yves Rasplus and A strid Cruaud. Accepté dans le Bulletin of Entomological Research .

CaractérisationBases de donnéesInterfaces

LSVQBoL FP7

Outils d’analyse

ANR Brachycaudus

LSVQBoL FP7

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

Divers CBGPCTetranyquesSpodoptera

OstriniaEtc.

Biofis (Arthropodes émergents : 1 000 espèces)

CBGPBiofis

Bioagressors and invasive species: from individual to population to species

Grand Federative Project 2010 – 2014Agropolis fondation, RTRA, Montpellier, France

Deux grands axes de recherche :1/ identification/caractérisation (Resp. Tixier M.S.)Construction base de données et fiches : M.S. Tixier, J.Y. Rasplus, J.C. Streito, A. Cruaud, E. Artige, I. Meusnier, E. Pierre, C. Cocqu empot, G. Genson, A. Migeon, A. Coeur d’Acier, LSVCartographie du risque : J.P. Rossi, M. Godefroid

2/ compréhension des mécanismes d’évolution et démo graphiques (Resp. Estoup A.)

CBGPBiofis

1. Générer des séquences (Cox1 and ITS) pour 1000 es pèces d’Arthropodes émergents ravageurs et leurs auxiliai res

2. Établir une liste de priorité des espèces à séque ncer

3. Collecter les Arthropodes émergents de différente s cultures et localités, les identifier, les conserver en collect ion

4. Générer des fiches didactiques pour chaque espèce

5. Implémenter une base de données avec les séquence s et les occurrences pour les espèces présentant un intérêt particulier

6. Prédire le risque phytosanitaire, générer des car tes de prédiction

Objectifs

CBGPBiofisBiofis (Arthropodes émergents : 1 000 espèces)

Travail en cours, déjà fait

- la liste de 1000 espèces - mise au point d’une technique d’extraction non des tructive

- mise au point d’un cocktail de primers

- mise au point d’un pipeline pour la validation des séquences

- #4000 COI et ITS barcodes pour #400 espèces d’Arthropodes

- base et interface web structurées

- masque de saisie pour la rédaction des fiches

- premières cartes de prédiction du risque

(Scolytidae, Tephritidae)

- clé des Phytoseiides associés à la vigne en ligne- publication d’une clé morpho et moléculaire des Epitrix

Travail en cours, déjà fait- masque de saisie pour la rédaction des fiches

CBGPBiofis

Homalodisca vitripennis

Dendroctonus ponderosae

Occurences

Projections(Profile methods for climate envelope modelling)

En cours- collecte, identification, séquençage- fiches : bibliographie, biologie et occurrences- implémentation de la base de données- développement d’outils de caractérisation

- Projet deposé (EFPA) : développement de nouvelles méthodes pour caractériser les complexes d’espèces (RAD-seq)- Projet en preparation (SPE) : RAD-seq Trichogramma

- développement de modèles de prédiction d’aires- une thèse Martin Godefroid financée par SPE/SMaCH (octobre 2012)

CBGPBiofis

Estimation du risque d’invasion d’arthropodes de quarantaine: rôle du climat, de l’histoire évolutiv e et des traits d’histoire de vie

LSVQBoL FP7

CBGPBiofis

Outils d’analyse

ANR Brachycaudus

LSVQBoL FP7

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

OstriniaEtc.

Landscaphid (Parasitoïdes de pucerons et Syrphidae)

Partenaires : INRA AgroCampus Ouest Université rennes 1 UMR BiO3P - RennesCNRS UPR 1934 Centre d'études Biologiques de Chizé - Villiers en Bois (Coordinateur) INRA INPT ENSAT UMR 1201 Dynamiques forestières dan s l'espace rural - Castanet Tolosan INRA UMR 1062 Centre de Biologie et Gestion des Pop ulations - Montferriez/Lez IFR CAREN. The CAREN (Centre Armoricain de Recherch e en ENVironnement

LandscaphidsInfluence du paysage sur les pucerons ravageurs des cultures et le potentiel de contrôle biologique - Application à l'i ngénierie écologique pour la gestion des ravageurs.

Financement : ANR (Coord. Plantegenest M., INRA Rennes)

2010-2014

Task 3 : Molecular tools for the study of ecologica l web (Resp. JY Rasplus)

Objectifs

Prédateurs et parasitoïdes de PuceronsCBGP-Rennes

Landscaphids

1. Produire une base de données moléculaire permetta nt l’étude des communautés d’Arthropodes associés aux agrosyst èmes par barcoding

2. Développer des protocoles et méthodes pour étudie r les interractions prédateurs/proies

3. Groupes concernés : Syrphidae, Carabidae, Braconi dae Aphidiinae, Chalcidoidea

4. Liens vers AphidBase d’Armelle Coeur d’acier en développement

Travail en cours

Landscaphids- Environ 400 spécimens reçus

- Braconidae Aphidiinae: 156 adultes de 45 espèces s équencés COI, LWrH et 16S rRNAmtDNA plusieurs problèmes d’introgr essions et taxonomiques détectés.

- Syrphidae: 191 spécimens de 9 espèces séquencés COI et ITS2 (66% au stade larvaire, 11% non identifiables à l’espèce par comparaison ADN). Quelques problèmes d’identificati on.

- Aphididae: > 274 espèces européennes barcodées COI p ar Armelle Coeur d'acier (INRA, CBGP). Un site internet en cou rs de construction qui sera connecté au site Landscaphid �� pour permettre les Blasts

- Carabidae et proies potentielles (S. Kamenova en t hèse)

- Site internet dédié en ligne et en cours d’impléme ntation

(http://www.q-bank.eu/Landscaphid/)

Landscaphid (Parasitoïdes de pucerons et Syrphidae)Prédateurs et parasitoïdes de PuceronsCBGP-Rennes

Landscaphids

Arthropodes quarantaineCBGP - UZFLSV - USDAQBoL FP7

CBGPBiofis

Landscaphids AphididaeA. Cœur d’acier

ANR Brachycaudus

Outils d’analyse

ANR Brachycaudus

LSVQBoL FP7

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

Ostriniaetc.

CICRP (Ravageurs du patrimoine)

www1.montpellier.inra.fr/CBGP/insectes-du-patrimoine

F. FohrerCICRP

Centre Interrégional de Conservation et Restauratio n du Patrimoine (Marseille).

Développement d’une base de données permettant l’id entification des insectes ravageurs des œuvres d’art (tableau, tapisserie, etc…), soit pr ès de 300 espèces d’insectes.

www1.montpellier.inra.fr/CBGO/insectes-du-patrimoin e

F. FohrerCICRP

www1.montpellier.inra.fr/CBGO/insectes-du-patrimoin e

LSVQBoL FP7

CBGPBiofis

Landscaphids

F. FohrerCICRP

ANR Brachycaudus

Outils d’analyse

ANR Brachycaudus

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

OstriniaEtc.

Stakeholders (Taupins, Cicadelles, Tordeuses)

- Projets en collaboration et supportés financièreme nt par des acteurs professionnels (stakeholders : Bayer, CTIFL , Syngenta, FDGDON)

- Bayer : Taupins ( Agriotes ) et Cicadelles ( Psammotettix ). Financement ciblé. Barcode des bioagresseurs (Resp. M. Martinez)

- CTIFL/Syngenta/FDGDON : Identification des Tordeus es des arbres fruitiers (Resp. C. Cocquempot CBGP et Siham Myrima CTIFL Lanxade)

S. PuissantBayer

BayerTortricidae des vergers

C. CocquempotJ.Y. Rasplus

Objectifs

Résoudre des problèmes concrets d’identification

Stakeholders (Taupins, Cicadelles, Tordeuses)

S. PuissantBayer

BayerTortricidae des vergersJ.Y. Rasplus

C. CocquempotCTIFL

Clés des larves d’Agriotes prête pour publicationClés des larves de Tordeuses en cours de validation moléculairePsammotettix toujours en cours d’étude au BGPI

Outils d’analyse

LSVQBoL FP7

CBGPBiofis

Landscaphids Ravageurs du PatrimoineM. Martinez

F. FohrerCICRP

S. PuissantBayer

C. CocquempotCTIFL

ANR Brachycaudus

LSVQBoL FP7

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

PsyllidaeC. Cocquempot

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

OstriniaEtc.

Marottes de taxonomistes (Psyllidae, Cerambycidae,Agromyzidae, Cecidomyies, Aleurodes…)

Agro PestsC.Cocquempot

E. PierreJ.C. Streito

LSVEtc.

- Compétences taxonomiques au CBGP- Quelques groupes de prédilections parmi lesquels des rava geurs etdes auxiliaires- Les plus avancés : Phytoseiidae, Chalcidiens, Psylles, Cé rambycidés,Agromyzides. Plusieurs centaines de tubes séquencés ou prê ts à l’être.- Ravageurs et auxiliaires divers : plusieurs centaines de t ubes et deséquences à exploiter (Cecidomyidae, Aleurodes, Punaises , ravageursémergents et de quarantaine, etc.)- Programmes divers ayant comme sujet d’étude des ravageurs et desauxiliaires. Tetranyques ( M. Navajas, A. Migeon, P. Auger ), Spodoptera ,Bruches ( G. Kergoat ), Pyrales ( D. Bourguet ) etc.

ChacidoideaG. Delvare

J.Y. RasplusA. Cruaud

Divers CBGPTetranyquesSpodoptera

Ostriniaetc.

ANR Brachycaudus

CBGPBiofis

LandscaphidsRavageurs du

PatrimoineM. Martinez

F. FohrerCICRP

S. PuissantBayer

C. CocquempotCTIFL

PsyllidaeN. Sauvion

C.Cocquempot

AgromyzidaeM. MartinezR. Gil Ortiz Cerambycidae

C. Cocquempot

LSVEtc.

DiversCBGPC

G. KergoatD. Bourguet

J.Y. Rasplus

Outils d’analyse

ANR Brachycaudus

LSVQBoL FP7

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

OstriniaEtc.

AUXIgene (Auxiliaires commercialisés)

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

AuxigenPourquoi ?- Diminuer l’utilisation les produits phyto, dévelop per la lutte biologique- Lever un verrou au développement de la lutte biolo gique

- Décret n°2012-140 (30 jan. 2012) et son arrêté d’application (28 juin 2012)- Blocage réglementaire si mauvaise caractérisation de l’auxiliaire- Dépôt et expertise : CBGP art. 4 de l’arrêté

Comment ?- Barcoding des espèces d’auxiliaires commercialisées(parallèlement caractérisation d’un complexes d’esp èces du genreTrichogramma, projet SPE déposé par A. Cruaud)

Attendus ?- Référentiel français (espèce/ADN) pour application Décret 2012-140- Outil générique d’identification à destination des professionnels(Caractérisation d’un complexe d’espèces de Trichogramma )(Développement méthodologique et analytiques innova nts)

Qui ?- UMR 1062 CBGP (INRA, CIRAD, Supagro) - Anses- UMR1355 ISA Sophia Antipolis

Identification moléculaire d’auxiliaires des cultur es

Refusé à PSPEReproposé à SPE

ANR Brachycaudus

Agro PestsCBGP

S. PuissantBayer

CBGPBiofis

C. CocquempotCTIFL

N. Sauvion

F. FohrerCICRP

Landscaphids

Auxiliaires lutte

biologiqueCBGP

Auxigen

J.Y. Rasplus

OstriniaEtc.

CarabusJ.Y. Rasplus

T. Deuve

ATBI Mercantour

CBGPEDIT

Barcoding du vivant

MNHN-CBGPBI4I

FigWaspsJ.Y. RasplusA. Cruaud

S. Van NoortANR Nicefigs

TenebrionidaeL. Soldati

G. Kergoat

Barcoding du vivant

MNHN-CBGPSpeedID

Barcoding du vivant

MNHN-CBGPBdV

MyrmeleontidaeB. Michel

G. Kergoat

4. Biodiversité et taxonomie

Nouvelle CalédonieG. Kergoat

F. CondamineL. Soldati

BioNeoCAL

BrentidaeG. Kergoat

Mercantour (ATBI www.atbi.eu/mercantour-maritime)

ATBI Mercantour

CBGPEDIT

Terminé:Récolte identificationImplémentation base ATBI

En cours:SéquençagePlusieurs ravageurs et auxiliaires

Mercantour (ATBI www.atbi.eu/mercantour-maritime)

ATBI Mercantour

CBGPEDIT

ANR Brachycaudus

CBGPBiofis

LandscaphidsRavageurs du

PatrimoineM. Martinez

F. FohrerCICRP

S. PuissantBayer

C. CocquempotCTIFL

PsyllidaeN. Sauvion

C.Cocquempot

AgromyzidaeM. MartinezR. Gil Ortiz Cerambycidae

C. Cocquempot

LSVEtc.

DiversCBGPC

G. KergoatD. Bourguet

J.Y. Rasplus

MercantourCBGPATBI

Outils d’analyse

Le soutien du Génoscope

Tour d’horizon des programmes de barcoding d'Arthrop odes au CBGP – janvier 2013

BI4I Barcoding insects for identificationCoodinateur M. Veuille (MNHN) et JY. Rasplus. 120 000 séquences .Créer un catalogue exhaustif de séquences d’ADN de toutes es pècesd’insectes.

@SPEED-ID Accurate SPEciEs Delimitation and IDentification of Eukaryotic biodiversity using DNA markersCoordinateurs J.Y. Rasplus et L. Le Gall (MNHN). 200 000 séquences.Approche multi-locus de délimitation des entités sp écifiques. Séquençage (gènes nu, mt et ct DNA) sur 50 000 espèces d’Eucaryotes et le s symbiontes impliqués dans les modes de reproduction. Environ 50 unités de recherc he en France.

BdV Bibliothèque du VivantCoordinateurs J.Y. Rasplus et G. Lecointre (MNHN). 600 000 séquences.Responsable plateforme CBGP I. Meusnier

Phylogénie et Barcoding Eucaryotes. Projet national CNRS- INRA-MNHN. Env. 120projets soutenus dont 13 au CBGP.

Apport au CBGP :Environ 180 000 séquences financées par ces projets ausein du CBGP

Tour d’horizon des programmes de barcoding d'Arthrop odes au CBGP – janvier 2013

Arthemis la base de données arthropodes du CBGP

Conception et maintenance : Artige E., Cruaud A., Pierre E., Piry S., Rasplus J.Y. et Rob ert V. (Biolomics)Séquençage et DNAthèque : Meusnier I., Genson G.Provenance des données : Cœur d’acier A. (Pucerons), Cruaud A. (Chalcidiens, Carabes), CocquempotC. (Cerambycidae, Psyllidae, Tortricidae, ravageurs etc.), Delvare G. (Chalcidiens), Pierre E. (Diptères),Streito J.C. (Aleyrodidae, Punaises, ravageurs etc.) , Puissant S. (Cicadelles, Agriotes), Rasplus J.Y.(Chalcidiens, ravageurs etc.) , Tixier M.S. (Phytoseidae). Balmès V., Ramel J.M., Germain J.F., Reynaud P.(Ravageurs) . Malausa T. (Cochenilles), Ris N. (Parasitoïdes).

Structure développée dans Biolomics (http://www.bio -aware.com)

Espèces arthropodes ravageurs, auxiliaires et autre s en dépôt dans les collections du CBGPInformations taxonomiques, biologiques, iconographi ques et de distribution.

Géolocalisation des spécimens avec projection sur G oogle EarthStockage de données moléculaires multigènesBlast et analyse séquencesLiens vers des sites extérieurs : GenBank, EPPO, Fa una Europea, Kew GardenCréation d’interface web multiples par mot-clésFiche personnalisée pour les contributeurs qui le s ouhaitentDémonstration rapide et détail de la base lors d’u ne prochaine réunion

Outils d’analyseWorkshop : nouvelles méthodes d’analyse

(RFSV GT8)

KBBE : Q-collect

Réflexion et mise en place d’un réseau de collections de référence au niveau Européen pour les organismes de quarantaine

Pourquoi ?- Collections indispensables (taxonomie, fiabilité d es analyses, essais interlaboratoires, traçabilité…)- Constituer, pérenniser, dynamiser et diffuser les collections et le matériel de référence- Cadrer la gestion des collections (assurance quali té)

Qui ?WP1 Coordination : Peter Bonants (DLO)WP2 Inventory : Jean-Claude Streito (INRA) ; Franco ise Petter (EPPO)WP3 Quality : John Elphinstone (FERA) ; Marianne vd Blom (PD)WP4 Access : Perrine Portier (INRA) ; Pascal Gentit (Anses)WP5 Info-portal : Vincent Robert (CBS) ; Francoise Petter (EPPO)WP6 Reference collections : Sylvia Blümel (Ages) ; Paul de Vos (UGent)WP7 Dissemination : Françoise Petter (EPPO) ; Peter Bonants (DLO)

KBBE Q -Collect

En cours de rédactionDépôt le 05 Février 2013

Équipes INRA impliquées- CBGP (Streito Jean-Claude, Artige Emmanuelle, Jean-Yv es Rasplus, Pierre Éric)- Bordeaux (Candresse Thierry, Danet Jean-Luc, Jagoueix -Eveillard Sandrine)- Grignon (Laval Valérie)- Dijon (Steinberg Christian, Hérault Cécile)- Angers (Portier Perrine, Le Saux Marion, Briand Mart ial)- Sophia (Castagnone Philippe)

- Budget INRA 59 300€

Workshop RFSV : réseau Français de la santé des Végétaux

Pourquoi ?- Lancer Sys3D auprès des professionnel de l’analyse- Recherche de méthodes - Recherche de partenariats

Quand ? 28-29 mars 2013

Où ? Geves Angers

Qui ? 80 professionnel (laboratoires, sociétés techniques d’analyses, spécialistes diagnostic, recherche, instituts techniques…)

Programme ?- Jeudi 28 matin : présentation techniques innovantes- Jeudi 28 après-midi : démonstrations- Jeudi 28 17h30 : présentation Sys3D- Vendredi 29 matin : présentations techniques suite- Vendredi 29 après-midi : Sys3D (groupe de travail)

Workshop RFSV : réseau Français de la santé des Végétaux

www.geves.fr/

Conclusion : Sys3D le retour

Bases de données

Base de données : et R-Syst ?

Bases de données

Interfaces web

Interface : et e-Phytia et Diagnoplant ?

Di@gnoPlant

Bases de données

Interfaces web

Interface : et e-Phytia et Diagnoplant ?

Outil(s) d’analyse

Outil universel : désir ou réalité ?

(RFSV GT8)

KBBE : Q-collect

(RFSV GT8)

Universalité de Sys3D

KBBE : Q-collect

Arthropodes > 5 000 espèces

Bactéries

Virus et autres phytoplasmes

Champignons

Nématodes

Plantes

Universalité des marqueurs?

Universalité de l’outil?

Conclusion :

CBGP précurseur du barcodingGros investissementsImmense réservoir de compétencesImmense réservoir de séquencesAttente très forte :

ProfessionnelsRecherche environnementale

Phase de valorisation en marche!

MERCI !

Tour d’horizon des programmes de barcoding d'Arthropodes ... · J.Y. Rasplus C. Cocquempot...

Documents

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Comité Scientifique Vincent Cocquempot Professeur, USTL Lille

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