View
3.545
Download
3
Category
Preview:
DESCRIPTION
Formation dispensée à l'URFIST de Rennes en Décembre 2011. Intitulé de la formation : "Optimiser sa recherche d'information dans le domaine biomédical"
Citation preview
Optimiser sa recherche d’information dans le domaine biomédical
Patricia Volland-Nail - Inra
URFIST Rennes -9 décembre 2011
Ce que nous allons voir … Rechercher l’information : une stratégie simple à mettre en
place : identifier ses besoins, connaître les ressources Mettre en place un système de veille efficace TD sur la mise en place d’un système de veille
Les sources d’information dans le domaine biomédical et comment mieux les utiliser (TD) Le Web en général et quelques sites biomédicaux en particulier Les périodiques biomédicaux Les bases de données bibliographiques : Pubmed, Embase, … Nouvelles ressources : les « avatars » de Pubmed (GoPumed,
Quertle, etc…), les blogs, … Utilisation de moteurs spécialisés : exemple de Scirus
Une stratégie à mettre en place
Des besoins à définir
La stratégie, c’est quoi ? Avoir de la méthode : Connaître ou mieux déceler ses besoins Connaître et identifier l’offre disponible Adapter l’offre à ses besoins Utiliser les bons « outils » aux bons moments
S’organiser : se ménager du temps régulièrement pour « faire sa biblio » … Mettre en place un système de « veille » bibliographique
adapté Evaluer et exploiter l’information obtenue
Gérer l’information collectée de manière efficace : Pour ne pas refaire ce qui a déjà été fait Ne pas rechercher plusieurs fois la même chose
Le besoin d’information Comment l’exprimer ?
Définir son besoin : Explorer les sources d’information générales et spécifiques sur
un sujet : vue d’ensemble et idées quant à la terminologie à utiliser pour rechercher l’information
Définir ou modifier le besoin pour arriver à un besoin ciblé et opérationnel : restreindre un sujet large ou élargir un sujet trop restreint
Identifier les concepts et les termes clés qui décrivent le besoin d’information
D’après : Simonnot B. (2006). Le besoin d’information : principes et compétences. In Themat’IC 2006, Information : besoins et usages.
En matière de besoin d’information dans le domaine biomédical : différentes situations Pour le chercheur : Au démarrage d’un sujet de recherche : Connaissance globale et plus ou moins spécifique du
sujet : Qu’est-ce qui est connu sur la question ? Identification des questions spécifiques sur le sujet
Tout au long d’un travail de recherche : Suivi de l’actualité sur le sujet pour une mise à jour
régulière des connaissances Réponse à des questions ponctuelles
Tout au long de sa carrière de scientifique … Culture générale scientifique
Mettre en place un système de « veille » et de suivi de l’information
Mettre en place un système de veille Indispensable pour tout scientifique ou toutes personnes
voulant suivre actuellement au plus près l’actualité sur un sujet Face à la surabondance de l’information, via Internet en
particulier, le scientifique est confronté à différents problèmes : Connaître les sources d’information et les évaluer Maîtriser des fonctionnalités de veille et utiliser des outils
appropriés Suivre l’évolution constante des sources et des outils
Sans mettre en place un système de veille trop sophistiqué, on peut néanmoins utiliser des techniques permettant de maintenir un flux régulier et ciblé d’informations dans son champ d’intérêt : c’est la veille documentaire
Comment ?
Mise en place d’alertes sur les sommaires des périodiques d’intérêt après les avoir sélectionnés
Elaboration de « profils d’alerte » spécifiques sur des bases de données bibliographiques spécialisées (ex : profil sur Pubmed)
Suivi de l’actualités sur certains sites Web ciblés et spécialisés sur le(les) sujet(s) à l’aide des « flux » RSS
Abonnement à des bulletins d’information (news), à des blogs, listes de diffusion ciblées
Se tenir informé sur les congrès,colloques, rencontres à venir
Utiliser un « agrégateur » de contenu type Netvibes
Les « fils » RSS ou « flux » RSS
Utilisés par les producteurs et utilisateurs d’information : Producteur : diffuser de l’information en produisant
des fils RSS sur ses actualités Utilisateur : accéder à l’information dans une
démarche de « veille » scientifique ou autre Les « fils »ou « flux » RSS doivent être lus via un
agrégateur ou un lecteur de flux : IE, Firefox, Thunderbird, intègrent par défaut des outils
de lecture de fils RSS Il existe des agrégateurs clients : exemple FeedReader
http://www.feedreader.com/ Intégration dans des pages Netvibes, Google Reader,
Bloglines ou MyYahoo, etc…
Exemple de Netvibes
Qu’est-ce-que Netvibes ?
Un agrégateur en ligne avec une double fonction : lecture de flux et gestion de signets http://www.netvibes.com
Exemple : BiblioCNRS via Netvibes
Pourquoi Netvibes ?
Outil servant à la fois à la « veille » par la lecture de « flux » RSS et gestionnaire « signets » via des « widgets » (interfaces graphiques spécifiques)
Outil totalement personnalisable qui peut être rendu « public » ou rester « privé »
Simple à utiliser et rapide à mettre en œuvre Nomade : accès à distance à partir de n’importe quel
ordinateur
Netvibes : Comment ça marche ?
Va permettre la gestion globale de ses accès et de son suivi de l’information
1. Se créer un compte sur le site de Netvibes 2. Créer sa(ses) propre(s) page(s) 3. Inclure ses fils RSS pour le suivi de l’information 4. Mais attention ! Ne pas vouloir chercher l’exhaustivité
et pointer sur de trop nombreuses sources au risque d’induire des pertes de temps…
Démonstration http://www.netvibes.com
Séance TP/TD
Netvibes
TD 1 (15 min)
Si vous n’en avez pas, mettre en place une page Netvibes qui servira à positionner vos alertes et vos profils au fur et à mesure des TD de la session de formation
Si vous avez déjà une page Netvibes, explorez les possibilités de Google Reader ou autre agrégateur de flux pour comparer
Les sources d’information du domaine biomédical
Présentation des différentes ressources
Différents types de sources d’information Le Web en général et les sites biomédicaux en particulier Les périodiques scientifiques spécialisés dans les
thématiques biomédicales Les bases de données bibliographiques généralistes et
spécialisées : Medline (Pubmed) Embase Web of Science, base généraliste
Nouvelles sources d’information : Les « avatars » de Pubmed les blogs spécialisés
Le Web en général
Le Web en général
Prudence quant à l’utilisation du Web en général … et à Google ou Wikipedia en particulier …
Wikipedia peut être utilisé (avec prudence) pour un premier sondage sur un sujet inconnu
Google Scholar peut permettre d’avoir une première approche des documents scientifiques sur le sujet
Permet d’avoir quelques idées sur le vocabulaire à utiliser pour une recherche plus ciblée de l’information
Exemple : Que savons-nous des « perturbateurs endocriniens » ?
Des sites Web thématiques spécialisés
Sites d’exploration et/ou de suivi spécifique
Des moteurs de recherche spécialisés
Système « Entrez » du NCBI « Entrez » : moteur de recherche spécialisé « Sciences de la
Vie » pour interroger les bases de données du NCBI, dont PubMed, PubMed Central et GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
OmniMedical Search
Un moteur de recherche spécialisé pour les ressources du domaine biomédical
http://www.omnimedicalsearch.com/index.html
Panorama de quelques sites Web spécialisés
Portail Inserm
http://biblioinserm.inist.fr/
Nombreux liens vers des sites et services gratuits sélectionnés par l’Inserm : à explorer en détail
Information « vulgarisée » mais permettant d’avoir une 1ère approche sur un sujet http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/
Medpedia : un Wikipedia « médical »
http://www.medpedia.com/
Répertoires de bases de données biomédicales
http://databases.biomedcentral.com/browsecatalog
Sites francophones CiSMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue
Française http://www.chu-rouen.fr/cismef/ Projet initié par la CHU de Rouen depuis 1995
BDSP : Banque de Données en Santé Publique http://www.bdsp.ehesp.fr/ La Banque de données en santé publique est un réseau
documentaire d'informations en santé publique dont la gestion est assurée par l'Ecole des hautes études en santé publique (EHESP)
Le réseau BDSP est un groupement d'organismes qui développe, depuis 1993, des services d'information en ligne destinés aux professionnels des secteurs sanitaire et social
Produit par le CHU de Rouen : catalogue et Index des Sites médicaux francophones http://www.chu-rouen.fr/cismef/
Produit par le CHU de Rouen : catalogue et Index des Sites médicaux francophones http://www.chu-rouen.fr/cismef/
Sites « Sciences de la Vie »
Sites non spécifiques du domaine biomédical mais importants et incontournables pour suivre certaines thématiques, particulièrement les recherches en biologie moléculaire ou autres
EMBL Base de données de séquence nucléotidiques
http://www.ebi.ac.uk/embl/
EBI – European Bioinformatics Institute
Pour la recherche de séquences en particulier
Toutes les bases du NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/
NextBio associé avec ScienceDirect
Nextbio et SciVerse : Exemple
Lien vers NextBio
Les périodiques du domaine biomédical
Les périodiques du domaine biomédical
Les périodiques scientifiques
Source d’information primaire la plus importante dans le domaine scientifique
Véhiculent une information contrôlée et validée (via le système du « peer-review ») : articles de recherche, articles de synthèse
L’information « article de périodique » représente 80% du contenu des bases de données bibliographiques
Différents types de périodiques : Périodiques scientifiques d'intérêt général,
pluridisciplinaires Périodiques spécialisés : dans le domaine scientifique ou
dans le type d'article publié
Identifier les périodiques intéressants dans son domaine
Périodiques « généralistes » incontournables pour
l’actualité médicale de base : BMJ, JAMA, New England Journal of Medicine, The Lancet, …
Périodiques spécialisés dans son domaine : Les identifier via la connaissance des « pairs » Les identifier plus précisément via les principales plateformes
éditoriales : ScienceDirect (Elsevier), Springer, Wiley … Les identifier par une interrogation ciblée de base de données :
exemple avec l’interrogation du Web of Science et l’utilisation de la fonction « Analyze results »
Comment identifier les revues d’intérêt sur un sujet ?
A partir d’une recherche sur le sujet
Recherche thématique via le Web of Science
Exemple : perturbateurs endocriniens et fertilité
A partir des résultats, utilisation de la fonction « Analyze Results » du WoK
« Analyze » sur le champ « Source Title »
Via Pubmed : « Sort by Journal »
Plus laborieux … mais néanmoins possible
Via les « avatars » de Pubmed Les « avatars » de Pubmed permettent pour certains de
trier l’information par journaux Exemple : GoPubMed http://www.gopubmed.org
Connaître les revues via les plateformes éditoriales
Principales « plateformes » éditoriales
Sciverse / ScienceDirect de l’éditeur Elsevier http://www.sciencedirect.com/
Springer http://www.springerlink.com/ ou http://www.springer.com
Highwire Press http://highwire.stanford.edu/
Wiley Interscience http://onlinelibrary.wiley.com/
Nature Publishing Group http://npg.nature.com/
ScienceDirect /SciVerse : Elsevier
Diffuse des périodiques édités par des « petits » éditeurs, des sociétés savantes, des associations …
Caractéristique : prône et encourage le « libre accès » à l’Information Scientifique et Technique et encourage les périodiques qu’il diffuse à « ouvrir » leurs accès au texte intégral des articles après un délai plus ou moins long (entre 4 mois et 24 mois)
Plateforme HighWire Press
Exemple « d’archives » en libre accès via Highwire Press
Molecular Cancer Research diffusé via Highwire Press Archives en libre accès au bout de 12 mois
Recherche dans HighWire
Recherche dans HighWire
Outils d’aide à la recherche d’information : d’une thématique générale à un article spécifique …
Outils d’aide à la recherche d’information : d’une thématique générale à un article spécifique …
Périodiques en libre accès Plateforme BioMed Central
http://www.biomedcentral.com/
Novembre 2011 : 223 revues à comité de lecture en libre accès en biologie, médecine, bioinformatique, …
Accès à ces revues totalement gratuit Le chercheur qui publie paie les frais administratifs du « peer
review » et de la mise en ligne Revues compatibles OAI Copyright laissé au chercheur
Périodiques en libre accès PLoS : Public Library of Science
A l'origine une coalition de chercheurs soucieux de rendre librement accessible les résultats de la recherche scientifique
PLOS Biology paru en octobre 2003 PLOS aujourd’hui : 7 périodiques dans le domaine biomédical
« élargi »
http://www.plos.org/
Alertes sur les périodiques
Flux RSS ou alertes par mail
Alertes sur les tables des matières
Alertes de 2 types possibles : Via les flux RSS : Manière très efficace de récupérer les dernières tables des
matières ou les derniers articles publiés mais … Pas toujours possible sur tous les périodiques Il faut faire la démarche d’aller surveiller ses flux via son
agrégateur de flux
Alertes par e-mail : Idem aux flux, mais nécessite souvent de s’enregistrer sur le site Arrivent régulièrement, au fur et à mesure de la parution, dans sa
boîte aux lettres Encombrement possible de sa boîte mail si trop d’alertes
Exemples
E-mail Alerts ou RSS
Sur les plateformes éditoriales
Il est souvent obligatoire de s’inscrire sur la plateforme pour mettre en place des alertes par e-mail
L’inscription est gratuite et apporte d’autres services
Quelques exemples …
94
Mise en place d’une alerte e-mail sur plusieurs périodiques de Highwire Press
1 - Enregistrement sur la plateforme
2 - « My Alerts »
95
Mise en place d’une alerte e-mail sur plusieurs périodiques de Highwire Press
Mise en place d’une alerte e-mail directement sur le site d’un périodique de HighWire Press
96
Ouvrir un numéro : numéro en cours ou les archives
97
PNAS (2) Sign up for PNAS Online eTOC Alerts
98
Enregistrement avec adresse e-mail
PNAS (3)
Alertes par e-mail : Springer http://www.springer.com/
100
Enregistrement préalable sur la plateforme puis SpringerAlerts
101
Exemple de ScienceDirect (1)
Enregistrement préalable sur le site puis login/mot de passe http://www.sciencedirect.com
102
Exemple de ScienceDirect (2)
Formulaire d’enregistrement
Exemple de ScienceDirect (3)
103
Sur un périodique spécifique, cocher la case Alert-me
Il est aussi possible de se faire des alertes par lots
104
Exemple de ScienceDirect (4)
Le mail d’alerte
Lien sur la table de matières et liens direct sur les articles
105
Utilisation des fils ou flux RSS
Séance TP/TD
Sélection et mise en place d’alertes
TD (30 min)
Sélectionner quelques périodiques généralistes et les principaux périodiques de sa spécialité par l’exploration des plateformes éditoriales ou par l’interrogation d’une base de données
Mise en place d’alertes e-mail ou par flux RSS dans Netvibes
Des bases de données bibliographiques spécialisées
Pubmed, Embase
Medline via Pubmed Quelques rappels
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Medline
LA base de données internationale du domaine biomédical
Produite par la NLM aux USA depuis 1966
Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, biologie moléculaire, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, médecine vétérinaire, toxicologie …
Indexe des articles depuis 1950 (OldMedline) voire plus anciens (1940)
Plus de 5200 périodiques indexés dans Medline
Spécificité : indexation contrôlée avec le thésaurus MeSH
Les sites complémentaires de la NLM
http://www.nlm.nih.gov/ Toxnet PubChem Bioassay MedlinePlus Etc…
Toxnet
Bases et ressources de la NLM
Pubmed
Interface d’interrogation gratuite de Medline via le web, produite par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) et connectée avec les autres bases du NCBI
Pubmed et le NCBI Nombreux sites associés et complémentaires
Exemples de quelques services complémentaires du NCBI : Nucleotide : recherche de nucleotides dans GenBank Protein : séquences protéiques de Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB Genome : références et données sur le génome Structure : Molecular Modeling Database structure 3D PMC : PubMed Central : accès aux articles accessibles en texte intégral via PubMedCentral Bookshelf : livres biomédicaux mis en ligne Etc …
Système « Entrez » du NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
Exemple de recherche dans « Entrez »
Indication du nombre d’occurrences trouvées dans chaque base
Saisie d’une requête simple
Pubmed
Rappels et démonstration
Page d’accueil : services disponibles
« Outils »
Recherche « avancée »
Recherche basique • Entrer un terme ou une expression (entre « ») • Utilisation possible de la troncature * • Utilisation des AND, OR, NOT à mettre en majuscule
Tutoriels & aide
Autres ressources dont le MeSH
Interrogation par défaut
Se fait dans tous les champs des références, dont le champ mots-clés (MeSH), les mots du texte (titre, abstract), etc…
Quand on entre plusieurs termes à la suite les uns des autres, Pubmed les combine avec l’opérateur AND
Pour rechercher une « expression » spécifique : la mettre entre guillemets « »
« Mapping » automatique : traduction automatique des mots en termes « MeSH » grâce à une table de transcodage
Exemple de recherche sur la vitamine H
Utilisation du MeSH Term « biotin »
Une référence dans Pubmed
Affiliation 1er auteur
Display Settings : Abstract
Lien vers le texte intégral
LinkOut More ressources
LinkOut : propose des liens externes à PubMed :
Web d’éditeurs pour les articles en texte intégral bases de données complémentaires autres ressources Web diverses complémentaires comme
MedlinePlus
Lien vers MedlinePlus
Lien vers MedlinePlus
Statut des références dans PubMed Différent selon l’état de mise à jour : Mise à jour quotidienne : références pas encore « indexées » :
pas de termes MeSH : mention [PubMed - in process] Soumission directe des sommaires des périodiques
dès leur parution par l’éditeur : pas de termes MeSH [PubMed - as supplied by publisher]
Références indexées avec les termes du MeSH [PubMed - indexed for MEDLINE]
Références d’avant 1966 [PubMed - OLDMEDLINE]
Références anciennes non indexées [PubMed]
Related Articles : accès à une nouvelle liste de références sélectionnées via un algorithme basé sur les mots communs du titre, du résumé et des descripteurs du document source
Substance : accès à PubChem (sélection avec les termes MeSH – Substances) du document source
Related articles - Substance
MeSH : Medical Subject Headings : thesaurus de Medline Vocabulaire contrôlé et hiérarchisé qui permet de décrire précisément le contenu d’un article Les descripteurs « MeSH » sont choisis parmi un ensemble de synonymes pour décrire un concept de façon univoque
Le « MeSH »
… etc
Thesaurus : arborescence qui permet d’aller d’un concept général à un concept plus spécifique … Exemple : quand on recherche un terme comme « Reproduction », via le Mesh on aura tous les termes « sous » le terme « Reproduction »
Thesaurus MeSH
Notion de mapping : quand c’est possible, remplacement automatique d’un terme « non-MeSH » par un terme MeSH Dans Pubmed, le mapping se fait par défaut : facilite la recherche de base, transparent pour l’utilisateur
Notion de pondération : utilisation des descripteurs MeSH « majeurs » : intéressant quand on veut limiter sa recherche aux documents où le terme MeSH recherché est le sujet principal de l’article
Le MeSH : détail sur le descripteur
Qualificatifs : blood pathology cytology metabolism
Les « Subheadings » ou qualificatifs
Précisent le sens d’une terme
Le MeSH : détail sur le descripteur
Attention ! En utilisant le MeSH, on trouve uniquement les références indexées : cela exclut le PreMedline [PubMed in Process], [PubMed - as supplied by publisher] des éditeurs ou les références anciennes non indexées
Recherche avancée
Rassemble sur un seul écran, via différents blocs, l’accès à différentes fonctions de recherche et de limites
Recherche sur champs spécifiques
Historique de la recherche
Pour « affiner » ses résultats, restriction possible (« Limits ») sur certains critères : • disponibilité du texte intégral … • groupe de population spécifique (âge, genre) • type de publication • langue • groupe de revues • Attention : les limites sont actives tant que l’utilisateur ne les a pas désactivées
Recherche avancée – « Limits »
Séance TP/TD
TD (30 min)
Requête sur le thème de votre choix Exploration des différentes bases ou fonctionnalités non
connues de Pubmed Utilisation du MeSH
Un exemple de recherche à réaliser avec « MeSH Database »
Question : Quelles sont les études réalisées sur
la leptine et l’obésité chez les jeunes enfants ?
Méthode : décomposer sa requête en concepts choisir les termes appropriés dans le MeSH les associer entre eux
Concepts : leptine obésité jeunes enfants
Enregistrer un historique de recherche : My NCBI
Mise en place d’une alerte sur profil
« My NCBI »
Espace personnel gratuit sur inscription (Register) qui permet de : sauvegarder des stratégies de recherche et de recevoir
automatiquement des alertes ou dernières mises à jour (cliquer sur Save Search après une recherche)
sauvegarder définitivement des références à partir d’une liste de résultats (option : My collections)
d’appliquer des filtres automatiques sur les résultats
Sauvegarde d’une recherche pour créer une alerte par mail ou RSS
Sauvegarde d’une recherche pour créer une alerte par mail ou RSS
Sauvegarde d’une recherche pour créer une alerte par mail ou RSS
PubMed Single Citation Matcher Permet de rechercher la référence bibliographique d'un article
bien précis ou la table des matières d'un numéro particulier d'un périodique
Séance TP/TD
S’enregistrer dans MyNCBI et créer une alerte
Les « avatars » de Pubmed
Outils pour interroger Pubmed autrement
Un certain nombre d’outils qualifiés d’« avatars » ont été développés autour de Pubmed pour des thématiques, des besoins et des attentes spécifiques …
Pubmed et ses « avatars » …
Ils sont recensés par le NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/search/
Pourquoi des avatars … ?
Interfaces de Recherche Recherche guidée Recherche par similarité Recherche en langage naturel Recherches prédéfinies pour
identifier un expert, un périodique de publication, des références pertinentes autrement que par des mots-clés …
Indexation – Aide linguistique MESH thésaurus bilingue/multilingue Utilisation de taxonomies / ontologies
Affichage, tri Par pertinence Par journal, par auteur… Catégorisation - clustérisation
(traitement statistique de résultats) Cartographies - représentation graphique
Sauvegarde Export direct Alertes
Services associés Annotations / Folksonomies Accès aux PDF
Pour disposer d’outils permettant d’améliorer / d’enrichir la recherche ou l’analyse de résultats dans Pubmed
GoPubmed
http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/
Doms A, Schroeder M, 2005. GoPubMed : exploring PubMed with the Gene Ontology. Nucleic Acids Res, 33 (suppl 2): W783-W786. doi: 10.1093/nar/gki470
Qu’est-ce que GoPubmed ?
Interface de recherche de Pubmed qui marche comme un nouveau type de « moteur de recherche »
La recherche via GoPubmed renvoie les références recherchées, mais permet ensuite d’analyser les résultats et de répondre à des questions spécifiques
GoPubmed exploite différents systèmes de classification sémantique, dont le thésaurus MeSH et la Gene Ontology, pour développer des analyses statistiques des résultats, accessibles de façon conviviale à l’utilisateur
Gene Ontology
Gene Ontology : permet de décrire des produits de gènes
(protéines, ARNs)(« gene product ») dans un organisme donné : Fonctions moléculaires (kinase, protéase, liaison à l’ADN …) Processus biologiques (signalisation, métabolisme …) Composants cellulaires (noyau, cytoplasme, membrane …)
C’est l’ontologie la plus développée et la plus utilisée (depuis 2000)
Exploitation des résultats
Les résultats de recherche sont analysés et clustérisés selon 4 filtres prédéfinis : What : regroupement thématique When : filtre sur la date Who et Where : pour cerner un auteur et son laboratoire :
aspect « Social Network » qui permet de visualiser les réseaux de collaborations d’auteurs sous forme de cartes
En bref … Avec GoPubmed, on obtient : le « top 20 » des auteurs ayant le plus publié sur le sujet le « top 20 » des publications classées par pays le « top 20 » des journaux dans lesquels on trouve le plus de
publications en rapport avec le sujet une courbe temporelle qui permet de visualiser la
progression (ou le recul) du nombre de publications par an sur le sujet
une visualisation sous forme de graphe des réseaux de collaboration entre auteurs (répondant à la question « qui publie avec qui ? »)
Comment travailler dans GoPubmed ?
Deux façons de travailler : Pour une requête simple : interrogation directe de GoPubmed Pour une requête plus « complexe » : réaliser la recherche
dans Pubmed au préalable et faire un copier/coller de l’équation de recherche
Exemple d’une requête « complexe » : Allergies aux cacahuètes : (("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR
"Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh])) AND (« Arachis hypogaea »[Mesh] OR « arachis oil » [Substance Name])
(("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh])) AND ("Arachis hypogaea"[Mesh] OR "arachis oil "[Substance Name])
Copier – Coller de la requête Pubmed dans la fenêtre de
recherche GoPubmed
Recherche simple
Par sujet, auteur, journal … : la recherche est exécutée (et peut être saisie) selon la syntaxe de Pubmed Exemples :
Si on ne précise pas de champ de recherche, le terme saisi est recherché dans l’ensemble des champs
Pour rechercher un concept dans les champs Title et/ou Abstract, utiliser [TIAB]
Pour rechercher un nom d’auteur, utiliser [AU] Pour rechercher une affiliation (University, Institute, Company,
etc), utiliser [AD] Pour rechercher un mot-clé, utiliser [MeSH]
Clusters selon 4 axes
Résultats : 2887 références analysées de façon sémantique
Accès direct aux statistiques générales
Résultats
top author
Affichage de l’auteur le plus représenté dans le lot des 2887 références
Statistiques générales Tous les éléments sont cliquables
Nombre de publications / année
Localisation / monde
Statistiques générales
Cartographie : réseaux de collaboration / auteurs
Affichage des références résultats
Possibilité d’affinage selon 4 axes différents
Affichage des références
Quelle utilisation ?
Exploration d’un résultat de recherche issu de Pubmed Quel est le bon mot ? : l’exploration facilite l’identification de
termes intéressants Analyse rapide et conviviale d’un lot de références
Analyse statistique et mise en forme Recherche de partenaires, de collaborations Qui publie le plus sur un concept ? Quels sont les thèmes de prédilection d’un laboratoire ? et ses
principaux partenaires ?
Autres outils d’analyse à partir de Pubmed
• Analyse statistique des résultats et présentation sous forme de tableaux cliquables (pas plus de 1000 références)
• Ajustement de la requête manuellement ou via les liens disponibles / colonnes
http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
Pubmed PubReminer
Accès à la liste des références dans Pubmed
Traitement des références
ClusterMed : http://clustermed.info
Basé sur le moteur de recherche Vivisimo
Clustermed
A partir d’une requête, liste d’articles En cliquant sur chaque article : liens vers les Related
Articles
Clustermed
A partir d’une requête, liste d’articles En cliquant sur chaque article : liens vers les Related
Articles
Recherche sémantique ou par similarité
Quertle : recherche « sémantique » eTBLAST : recherche par similarité (résumé) JANE : Journal/Author Name Estimator : recherche par similarité (résumé)
Quertle : http://www.quertle.info/v2/
Moteur de recherche sémantique gratuit qui traite l’information biomédicale (PubMed/MEDLINE, full-text articles, news, whitepapers …)
Utilise des traitements linguistiques et du langage naturel pour détecter des relations conceptuelles au sein des documents (par exemple : A régule B, C est causé par D)
L’utilisation de Power Terms (qui représentent de grandes classes de concepts, par exemple « les maladies ») permet de construire des requêtes du type : « quels produits chimiques causent le cancer »
Interface simple et intuitive avec des possibilités d’affinage (filtres de date, types de document …) qui facilitent la navigation au sein d’un corpus de résultats
Exemple
Notion de Power Terms
Leur utilisation permet de construire des requêtes en langage naturel du type : « endocrine disruptors $AdverseEffects»
180
Notion de « Power term »
eTBLAST http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/
Propose une recherche par similarité à partir d’un texte
pertinent, un résumé par exemple ou un extrait d’article, ou n’importe quel autre texte …
Présenté aussi comme un outil de détection de plagiats Permet aussi une analyse des résultats : principaux auteurs,
journaux, mots-clés et évolution dans le temps du nombre d’articles
Copier / Coller d’un abstract
Jane : Journal/Author Name Estimator http://biosemantics.org/jane
Saisir : - soit le titre ou le résumé d’un article - soit une requête de recherche
Pour identifier : - des personnes (reviewers potentiels) ou des journaux qui ont publié des articles « similaires » - des articles proches d’un point de vue sémantique
Outils d’aide linguistique
189
Aide linguistique de CISMef • Exploration du MeSH, de l’arborescence des termes et des qualificatifs • Interrogation de PubMed à partir de l’onglet
190
Interface de recherche multilingue pour Medline/PubMed développée à l’intention des utilisateurs non anglophones http://babelmesh.nlm.nih.gov/index_fre.php?com
Aide linguistique avec BabelMeSH
Séance TP/TD
TD (30 min) Recherches à partir des avatars de PubMed sur la requête
de son choix et comparaison des résultats GoPubmed Quertle eTBLAST …
Embase
Embase
Produit par Elsevier, concurrent européen de Medline Plus de 7600 périodiques (dont environ 2000 titres non
indexés dans Medline Indexation de Congrès du domaine biomédical : environ
800 congrès répertoriés et indexés Indexation par un thesaurus : Emtree Accès moyennant abonnement préalable privé ou
institutionnel
Autres sites Web d’intérêt pour le domaine biomédical
Scirus, Bases de données sur les brevets
Scirus (1) Moteur de recherche d’information scientifique Réalisé par Elsevier en association avec un moteur de
recherche (All the Web) et avec des producteurs de bases de données
Permet des recherches sur le Web « scientifique » en général, sur la collection des titres Elsevier et éditeurs associés : ScienceDirect, sur Medline/PubMed, Beilstein on ChemWeb, Neuroscion, BioMed Central, les brevets de USPTO, les archives ouverts
Donne à la fois des références d’articles et/ou des adresses de pages Web répondant à la question posée
http://www.scirus.com/
Scirus (2)
La recherche se fait sur : les sites des universités américaines des sites « académiques » en anglais des sites en .com ou en .org des sites d’archives ouvertes (OAI)
Scirus (3)
Privilégier l’interface « Recherche avancée » qui permet des options et des choix
Séance TP/TD
203
TP (15 min)
Faire une recherche dans Scirus Utiliser les fonctions « Refine » et filtres divers
Information Brevets
Information Brevets : essentiel dans le domaine pharmaceutique
Pour une première exploration sur les brevets, exploiter
la base Espacenet via l’OEB ou l’INPI http://www.epo.org/searching_fr.html http://fr.espacenet.com/
Attention ! La recherche de brevets est une affaire de spécialistes
Recommandation : si nécessaire suivre un stage de recherche de brevets par l’INPI
Information Brevets
Brevets
PatentLens http://www.patentlens.net/patentlens/structured.html
PatentLens Permet de faire des recherches sur les brevets au niveau
mondial Liens direct vers le texte intégral des brevets Bases de brevets recensées : World Intellectual Property Organisation (WIPO) European Patent Office (EPO) US Patent Office (USPTO) Australian Patent Office (AU)
Recherches sur les séquences protéiques publiées dans la littérature brevet : ce n’est pas exhaustif, mais permet d’avoir un aperçu des séquences publiées
Les blogs et autres réseaux sociaux du Web 2.0
Dans le domaine biomédical comme ailleurs
Les blogs
Un blog : site Web constitué de billets agglomérés au fil du temps, souvent classés par ordre anté-chronologique (les plus récents en premier) : espace individuel d’expression, enrichi d’échanges avec les internautes
Ces billets (ou « notes » ou « articles ») sont écrits par une personne physique en général (homme politique, artiste, scientifique…) selon un rythme périodique (tous les jours, chaque semaine, au fil du temps…)
Le contenu souvent textuel, mais pas seulement, est enrichi d'hyperliens et d'éléments multimédias, sur lequel chaque lecteur peut généralement déposer des commentaires
(Cf. Wikipédia - http://fr.wikipedia.org/wiki/Blog)
Les blogs scientifiques
Blogs de chercheurs, de doctorants, de séminaires, blogs thématiques, etc…
« According to Adam Bly from Science Blogs (Seed Media Group), around 33% of scientists are now using blogs for writing, reading or as a lab notebook » Source : Judith Kamal Ski in « Blogging about science », Researchtrends, May 2010 http://www.info.scopus.com/researchtrends/archive/RT17/beh_dat_17.html
http://scienceblogs.com/
Trouver des blogs scientifiques
http://blogsearch.google.com/
http://researchblogging.org/
Autres annuaires de blogs scientifiques
Postegenomic : http://postgenomic.com Annuaire de blogs et de billets scientifiques Classement par disciplines et par tags Sélection d’articles et de livres par les blogueurs
Sites de « partage » Réseaux « sociaux » scientifiques Plateformes de partage de références bibliographiques :
citeulike, delicious,Connotea, et aussi : Zotero, Mendeley…
Sites de « partage » Réseaux « sociaux » scientifiques Plateformes de partage de références bibliographiques :
citeulike, delicious,Connotea, et aussi : Zotero, Mendeley…
A la fois logiciel de gestion de la bibliographie et réseau « social » de partage de références
http://www.mendeley.com/
Suivi de l’information « Congrès »
Quelques sites d’intérêt
AllConferences.com
http://www.allconferences.com/Health/Medicine/
Merci de votre attention
SAV : patricia.volland@tours.inra.fr
Eléments de bibliographie Lu Z - PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.
Database 2011 - doi: 10.1093/database/baq036 http://database.oxfordjournals.org/content/2011/baq036.long
Connor E - Pubmed Search Interface Alternatives : A Descriptive Comparison Journal of Electronic Resources in Medical Libraries 2010, 7:126-134.
Henderson M - Pubmed Alternatives Guide [en ligne] http://guides.library.vcu.edu/content.php?hs=a&pid=111410
Markland MJ- New tools for searching PubMed http://www.slideshare.net/mjmarkland/new-tools-for-pub-med
Mokrý J- Alternatives Medline Interfaces. 2009 [en ligne] http://web.vscht.cz/mokryj/Content/AlternativeMedlineInterfaces.html
Présentation des différentes interfaces Medline : Bibliothèque Universitaire de Médecine, Lausanne, mars 2007 par Isabelle de Kaenel et Pablo Iriarte : http://www.bium.ch/wiki/lib/exe/fetch.php?cache=cache&media=interfacespub.pdf
Site des Bibliothèques Universitaires de Médecine et Santé Publique - CHUV http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=developpements:medline_et_pubmed
Site de la « Galter Health Sciences Library » - PubMed : Alternative Search Interfaces http://www.galter.northwestern.edu/GalterLists/PubMed-Alternative-Search-Interfaces/Page1/Perpage20
L’Hostis D & Volland-Nail P - Interroger Pubmed différemment – Infodoc Express Inra - Présentation PPT (Décembre 2010) – 48 diapos. Mise à jour par C Baracco et D Fournier (Inra) (Novembre 2011)
Volland-Nail P – Maîtriser l’Information Scientifique et Technique en Recherche – Séminaire de l’Ecole Doctorale de l’Université de Tours (Janvier 2011) – 204 diapos
Volland-Nail P – Medline via l’interface PubMed. Formation INRS (Juin 2007) – 90 diapos
Recommended