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Coproculture

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Indications: diarrhe aigu

Selon loms: diarrhe aigu = mission dau moins 3

selles liquides et/ou molles par jour depuis moins de14 jours

Si volution > 2 semaines: diarrhe persistante

Si volution > 4 semaines: diarrhe chronique

Gnralits

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Toutes les diarrhes aigus ne sont pas infectieuses

Les diarrhes infectieuses ne sont pas toutes bactriennes

Au final Interrogatoire minutieux

Aspect selles

Symptmes associs

Terrain

Gravit

volution clinique

Gnralits

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Gnralits

Flore commensale du tube digestif:Bactries anarobies (99%)Bactries arobies: entrobactries+++

Jeunes enfants nourris au lait maternel:Bactries acidophiles (Bifidobacterium, Lactobacillus,

Enterococcus) qui s'opposent l'implantation des

entrobactries par la cration d'un ph acide

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Rappels sur la flore commensale intestinale

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Gnralits

Cette flore va progressivement se modifier en fonctiondes habitudes alimentaires

Rle de l'environnement: hospitalisation: bactriestypiquement d'origine hospitalire (Pseudomonasaeruginosa,Staphylococcusaureus) dans la flore

intestinale

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Gnralits

Les mcanismes physiopathologiques varient selonles bactries impliques

-Les bactries entro-invasives

-Les bactries entrotoxinognesCelles qui scrtent sur place les toxines au niveau de

l'intestin grle

Celles qui scrtent leurs toxines dans lalimentingre: TIAC

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Germes pathognes invasifs

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Shigella

Pntration dans la muqueuse colique

Multiplication - ulcrations

Clinique: douleurs abdominales et coliques

Tnesme, fivre

Diarrhe sanglante, glaireuse

Bactrie strictement humainePas de portage

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Salmonella

Salmonella responsable de la fivre typhode:

- Multiplication dans les ganglions lymphatiques -

septicmie - localisations secondaires- le seul rservoir est lhomme

- les hmocultures sont souvent positives

- la diarrhe est caractristique du secondseptnaire

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Salmonella

Salmonella responsable des fivres paratyphodes:

- Tableau dentrite fbrile

- Multiplication dans les ganglions msentriques

- Complications septiques et localisationssecondaires possibles surtout chez les patients

affaiblis- Rservoir lanimal

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Salmonella

Salmonella responsables des gastro-entritessimples

- Spontanment rsolutives- Bactrie pntre jusqu la lamina propria et sy

multiplie

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Yersinia enterocolitica

- Tableau de gastro-entrite fbrile avec

douleurs abdominales et

diarrhe sanglante ou non

- Parfois tableau de pseudoappendicite

- Porte dentre alimentaire

- Hte danimaux de boucherie

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Escherichia coli

E. Coli entro-pathognes (E.P.E.C):

nouveau-ns et les jeunes enfants

selles liquides avec mucus, fivre et dshydratation

pathognie: bactries senchssent et dtruisent les

cellules en brosse de la muqueuse intestinale

Srogroupes O dfinis : 20, 26, 44, 55, 86, 111, 114,119, 125, 126, 127, 128, 141, 158

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Escherichia coli

Escherichiacoli ntroinvasif (EIEC):

Pouvoir pathogne identique celui desShigella

Srogroupes O : 28, 32, 112, 115, 124, 136, 143, 144,147, 152, 164

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Staphylococcus aureus

Rare et suit le plus souvent un traitement ayantslectionn le germe

Fivre et diarrhe muco-sanglante

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Germes toxinognes

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Germes toxinognes

Clostridium difficile

Tableau de colites pseudo-membraneuses induitespar les antibiotiques

Diarrhe mucosanglante et formation in situ depseudo-membranes

Commensale de la flore normale de lenfant et plus

rarement de ladulteProlifration induite par la prise par dantibiotiques

(clindamycine, lincomycine, cphalosporines)

Recherche faite sur indications prcises

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Germes toxinognes

Vibrio

Vibrio cholerae

Scrtion dune entrotoxine thermolabile

Toxine cholrique

Diarrhe aqueuse massive afcale, avec des grainsriziformes et odeur de poisson

Maladie strictement humaine

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Germes toxinognes

Vibrio

Vibrio non O1 ou NAG

Proche du cholra par scrtion de toxines voisines

de la toxine cholriqueEntrites sporadiques

Pas de contamination secondaire

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Germes toxinognes

Vibrio

Vibrio parahaemolyticus

diarrhes aqueuses + vomissements

Consommation de poissons, fruits de mer crus

Germe marin

Pas de transmission inter humaine

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Germes toxinognes

Escherichia coli

Escherichia coli entrotoxinognes (ETEC)

Toxine thermolabile LT proche de celle du cholra

Et / ou une toxine thermostable

Toxine: cholra-like

Diarrhe modre ou peu svre

Contamination alimentaire: diarrhe des voyageurs

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Agents dintoxications alimentaires


Souches productrices dentrotoxines

Toxine partiellement thermostable dans les aliments

(ptisseries, mayonnaise, plats cuisins contenantde la crme)

toxine produite dans les aliments lors de la

croissance du germeSymptmes: nauses, vomissements et diarrhe

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Agents dintoxications alimentaires

Autres

Clostidium perfringens type A

Diarrhe avec douleurs intestinales intenses

Courte dure et bon pronostic

Bacillus cereus:

Vomissements intenses + diarrhe sans fivreToxine thermostable ou toxine thermolabile prsente

dans laliment

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Autres agents de gastroentrites

Dautres bactries peuvent porter un facteur de

virulence pour lintestin ou scrter une

entrotoxine

Ex: Plesiomonas, Pseudomonas,AeromonasRecherche non systmatiqueMais culture pure ou trs prdominante: interprtation

en fonction des symptmes et du terrain

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Cas particuliers

Germes retrouvs chez le nouveau-n

Streptococcusagalactiae et Listriamonocytogenes,

Escherichia coli

Germes chez le nourrisson hospitalis

Staphylococcusaureus,Bacilles gram ngatif en culture pure

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Chez les immunodprims hospitaliss

On recherche la prsence :

- dune bactrie gram ngatif largementdominante,

- de germes potentiellement pathognes

(Pseudomonas,Staphylococcusaureus, levures)

Cas particuliers

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Recherche de BMR

Chez malades hospitaliss dans services risque

(ranimation, ou onco-hmatologie) Entrobactries productrices de BLSE

Entrocoques rsistant la vancomycine

Cas particuliers

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Objectifs

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- Mettre en vidence des germes qui ont un rlepathogne chez un malade au sein dune flore

complexe. Germes pathognes par eux-mmes (nombrelimit despces rputes pathognes)

. Germes commensaux qui peuvent par leurimportance relative crer un dsquilibrefonctionnel

- Mettre en vidence des germes qui sont prsentschez un porteur sain

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Types de coproculture

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Coproculture classique ou coproculturesystmatique

Recherche deSalmonella ,Shigella,Yersinia

Campylobacter

Coproculture oriente

En vue dune recherche dtermine :

Vibrio cholerae

Listeria monocytogenes

Mycobacterium tuberculosis

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Dmarche au laboratoire

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Prlvement

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Selles fraichement mises:

Rcipient propre pas obligatoirement strile, type pot vis

Munis dune cuillre ou dune spatule: prlvementensemencement plus pratiques

Choisir chantillon muco-purulent ou sanglant siprsence

couvillonage rectal

Recueil sur papier filtre

Biopsies de muqueuse rectale sous rectoscopie

Prlvement

Recueil

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Prlvement

Transport

Achemin sans dlai au laboratoire

Sinon milieux de transport:

Cary blair+++Glycrine tamponne

Milieu de Stuart

Papier filtre sch

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Prlvement

Conservation

12h +4c

Dessiccation

Prolifration des bactries commensalescarts de ph

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Prlvement

Bulletin danalyse

Doit accompagner tout prlvement

Indications cliniques:

gefivre

sjour en zone dendmie

cas dans lentouragetraitement pris

Recherche particulire doit tre prcis

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Examen macroscopique

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Selles liquides

fcales jus de melon afcales eau de riz gairo-sanglantes ou sanglantesmuqueuses

pseudomembranes

Selles pteuses

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Examen microscopique ltat frais

Technique

- Dposer sur une lame une petite goutte de mucusfcal ou de selle liquide ajouter un gal volume de

bleu de mthylne ou de lugolMlanger avec une baguette de bois

recouvrir dune lamelle, laisser la coloration se faire

pendant 2 3 minutes examiner lobjectif 40

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Examen microscopique ltat frais

Rsultats

Permet de dceler la prsence

leucocytes: signe dinfection bactrienne invasivehmaties dans les selles

ventuellement de parasites

dune mobilit vocatrice

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Examen dun talement color au gram

Permet dobserver lquilibre de la flore :

Flore normale : 1/3 gram +, 2/3 gram

Flore anormale: prdominance de Gram +prdominance de Gram -

flore monomorphe

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Mise en culture Milieux disolementGlose slective: SS, TCBS, CIN, CCDA, Karmali.

Milieux denrichissementBouillonsSlnite, Rappaport, EPHARepiquage sur milieux slectifs

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Identification

Identification biochimique

Galeries en tubes

Galeries miniaturises

Identification antigniqueSrogroupe

Srotype

Biotypes Antibiogramme

Tests de sensibilit aux antibiotiques

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Identification

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Coproculture classiqueRecherche de Salmonelles et de Shigelles

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Recherche de Salmonelles et de Shigelles

Examen macroscopique Examen microscopiqueprsence de leucocytes +/- hmaties

dsquilibre de la flore en faveur des Gram-

CultureMilieux slectifs lactoss: SS, HK, DCL

Bouillon denrichissement: bouillon slnitemilieu de Rappaport

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Culture

Milieux denrichissement Rappaport

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Recherche de Salmonelles et de Shigelles

Glose Hektoen

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R h h d S l ll t d

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Recherche de Salmonelles et deShigelles

Glose Mac Conkey

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R h h d S l ll t d

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Glose Drigalski

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R h h d S l ll t d

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Recherche de

Escherichia coli

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Recherche de Escherichia coli

Identification

Galerie en tubes: KH, MM, UI, CS

Agglutination: ECEP, ECEH O157H7

Recherche de toxine: ECEH, ECEI partir de la souche isole

des selles

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Recherche de

Yersiniaenterocolitica

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Recherche de Yersiniaenterocolitica

Glose CIN

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Recherche de Yersiniaenterocolitica

Identificationmobiles 25 C, immobiles 37 C

Caractres biochimiques: Urase positive

lactose ngatif saccharose positifVP, ONPG, ODC gnralement positifs 28 C et

ngatifs 37 C

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Recherche de

Vibrio cholerae

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Recherche de Vibrio cholerae

Examen macroscopique Examen microscopique

absence de leucocytes

bacilles mobiles polaires vol de moucheron Culture

Milieux slectifs: TCBS, GNA

Bouillon denrichissement: EPHA

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Recherche de Vibrio cholerae

LectureColonies suspectesTCBS: colonies lisses, transparentes, jaunes

(saccharose+)

GNA: colonies lisses, translucides

Tests dorientation

etat frais sur une colonie: mobilit polaireoxydase sur GNA: positiveagglutination avec srum anti 01

Identification

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h h d C l b

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Recherche de Campylobacter

Prlvement: pas dcouvillonnage

Examen macroscopique

Examen microscopique

prsence de leucocytes+/- hmaties

bacilles mobiles polaires, spirals

R h h d C l b t

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Recherche de Campylobacter

Milieux de cultureMilieu CCDA: charcoal, cfoprazone, desoxycholate

agar

Milieu de Skirrow

Milieu de Butzler

Milieu de Karmali

Milieu de Preston

Glose au sangGlose Columbia au sang de mouton

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Recherche de

Clostridiumdifficile

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Milieu de Wilkins Chalgren

Recherche de Clostridium difficile

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Autre techniqueSlectionner de spores de C. Difficile par chauffage

dun chantillon de selles pendant 10 mn 80c,

Traitement de cet chantillon par une solution dethioglycolate de sodium

Suspension ensuite tale sur milieux TGY

Incubation en anarobiose pendant 24 48 h

Recherche de Clostridiumdifficile

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Autres recherches

Autres recherches

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Autres recherches

Recherche de staphylocoque

Culture facile sur milieu de chapman

Pas dantibiogramme sur les staphylocoques isols

des selles

Intoxication et non dinfection

Antibiothrapies abusives qui modifient la flore

normale

Autres recherches

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Autres recherches

Recherche de Listria monocytogenesSe fait surtout sur le mconium

Ensemencement sur glose au sang

Milieu slectif:(acide nalidixique 40 g/ml,colimycine 4 g/ml, ou trypaflavine 45 g/ml)

Milieu denrichissement plac + 4c

Autres recherches

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Autres recherches

Recherche de Listria monocytogenesSur GS: colonies bte hmolytiques

Sur GO: fines colonies translucides

Examen direct:petits bacilles immobiles 37C

mobiles 33C

Gram positif

Autres recherches

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Autres recherches

Recherche de Listria monocytogenes

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Recherche de BMR

Recherche de BMR

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Recherche de BMR

Entrobactries rsistantes aux C3G Milieu chromogne: glose BLSE

Milieux MH, BCP ou REB) supplmente en

ceftazidime Glose glucos REB

Colonies rouges (glucose +) entrobactrie ouAcinetobacter(diffrencier sur le gram)

Colonies blanches oxydase + Pseudomonas spp

Colonies blanches oxydase -Acinetobacter

Recherche de BMR

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Recherche de BMR

Entrobactries rsistantes aux C3GIdentification biochimique

Distinction EBCASE/BLSE: test de synergie ac.Clavulanique/C3G ( bouchon de champagne )

CMI (e-tests)

Recherche de BMR

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Entrocoques rsistants la vancomycine

Milieux spciaux supplment en vancomycine

Bouillons: enterococcosel, esculine

Gloses: glose bile/esculine

BHI agar

Vancomycine screen agar

Recherche de BMR

Recherche de BMR

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Recherche de BMR

Entrocoques rsistants la vancomycineMthode en disque: disque de vancomycine 30g

S si D 17 mm. Pour D < 17 mm, mesurer la CMI

Etest cmi vancomycine, ticoplanine

S : CMI 4 mg/L I: 4< CMI 16 R: CMI > 16

PCR : dtermination des phnotypes de rsistancevana, vanb, vanc

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Cas des TIAC

Germes les plus frquemment isols

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Germes les plus frquemment isols

Salmonella


Clostridium perfringens

Recherche de bactries et/ou toxines

possibles dans selles, aliments, vomissements

Salmonella dtectes dans coproculture

standard

Autres germes: toxiniques

Conclusion

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Conclusion

Lantibiogramme des bactries isoles des matires

fcales doit tre systmatique, mais ne doit pas

inciter une antibiothrapieCela permet de dpister lapparition de rsistances

nouvelles

Conclusion

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Conclusion

La prsence des bactries pathognes dans les sellesnimplique pas de maladie

Une recherche ngative nimplique pas labsence de

maladieNe pas rpondre pas de bactries entropathognes mais doit donner la liste des bactries effectivementrecherches, par exemple : recherche deSalmonella,

Shigella, Yersinia, Campylobacter ngative

Documents

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