Plan du cours Analyse des donnes exprimentales en Biologie Cours
introductifAnne B Dufour Quest-ce que la Biomtrie ? Statistique vs
Biologiele programme classique du DEUG
Biologie vs Statistiqueexemple de la morphomtrie
Prsentation dun problme cologique
Biomtrie La biomtrie est la science de la variabilit, des
phnomnes qui sy attachent et des problmes qui en dcoulent Schreider
(1952) Etat actuel de la biomtrie Comment les objets sont relis
entre eux ? Quelle est leur diversit, leur complexit, leur stabilit
au niveau o on les approche ? Legay (1986)
BiomtrieBIOLOGIE MATHEMATIQUE gomtrie, analyse algbre,
statistique
information structure
Logiciel de StatistiqueGeneral Public License Version Actuelle
1.9.1 Disponible dans les archives du rseau CRAN : Comprehensive R
Archive Network
Logiciel de StatistiqueDe nombreux packages couvrent un large
champ de la statistique comme la modlisation linaire et non
linaire, la classification, les sries chronologiques et
ade4Analyses des Donnes cologiques : mthodes Exploratoires et
Euclidiennes en sciences de l'Environnement
Ross Ihaka and Robert Gentleman (1996) R: A language for data
analysis and graphics.
Chessel, Dufour, Thioulouse (2004) The ade4 package I: one table
methods. R news
et ade4Enseignements de Statistique en BiologieA.B. Dufour, D.
Chessel, J. Lobry & J.ThioulouseNotes de cours, illustrations,
exercices, problmes Fiches de Travaux Dirigs, jeux de donnes
Description des donnesPopulation tudie : Gerris costae males
Variables mesures : longueurs tho = thorax ant = segment de la
premire antenne mf = fmur de la patte postrieure hf = fmur de la
patte du milieu Provenance gographique : Alpes, Grce et Pyrnes>
gerris = read.table("gerris.txt",h=TRUE)
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html
Klingenberg et al (1996) Advances in Morphometrics
Statistique descriptive classiqueEtude de la variable
quantitative longueur du thorax> summary(gerris$tho) Min. 1st
Qu. Median 4.640 5.060 5.180 > var(gerris$tho) [1] 0.0557738
> sd(gerris$tho) [1] 0.2361648
Statistique descriptive classiquelongueur du thorax>
hist(gerris$tho,main="histogramme,col=antiquewhite) >
boxplot(gerris$tho,main="boite moustaches,col=antiquewhite)
Mean 3rd Qu. 5.228 5.420
Max. 5.740
minimum, maximum moyenne quartiles (mdiane) variance,
cart-type
Statistique descriptive classiqueEtude de la variable
qualitative origine gographique> summary(gerris$group) alpes
grece pyrenees 32 33 28
Statistique descriptive classiqueorigine gographique>
pie(groupie,col=c("brown","antiquewhite","orange2"),main="camembert")
> barplot(groupie,col=c("brown","antiquewhite","orange2"),
main="reprsentation en batons")
Frquence absolue
> options(digits=4) >
summary(gerris$group)/sum(summary(gerris$group)) alpes grece
pyrenees 0.3441 0.3548 0.3011
Frquence relative
Statistique descriptive classiqueCroisement de deux variables
quantitatives longueurs du thorax et du segment de la premire
antenne> cor(tho,ant) [1] 0.7580122 >
plot(tho,ant,pch=20,cex=1.5)
Statistique descriptive classiqueCroisement dune var.
quantitative et dune var. qualitative longueur du thorax et origine
gographique> anova(lm(tho~gerris$group)) Analysis of Variance
Table Response: tho Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
gerris$group 2 3.27 1.64 79.2 boxplot(tho~gerris$group)
Rgression linaire simple
?
Analyse de la variance un facteur
?
Analyse des donnesEtude simultane des 4 variables
morphomtriques> cov(gerris2) tho ant mf hf tho 0.05577380
0.01796751 0.05124743 0.07328205 ant 0.01796751 0.01007380
0.02116344 0.02680817 mf hf 0.05124743 0.02116344 0.07062821
0.09050722 0.07328205 0.02680817 0.09050722 0.13230252 tho ant mf
hf
Analyse en composantes principales : Effet taille
> cor(gerris2) tho 1.0000000 0.7580122 0.8165220 0.8530970
ant 0.7580122 1.0000000 0.7934153 0.7343220 mf hf 0.8165220
0.7934153 1.0000000 0.9362893 0.8530970 0.7343220 0.9362893
1.0000000
Analyse en composantes principales
Cercle des corrlations
Reprsentation des gerris costae
A.C.P. : vecteur Forme
Morphologie & origine gographique
Cercle des corrlations
Reprsentation des gerris costae
Axes 1 et 2
Axes 2 et 3
Problmatique biologiqueEffet taille Vecteur forme Landmarks
Prsentation dun problme cologique : lavifaune de la
TarentaiseLebreton, Lebrun, Martinot, Miquet et Tournier (1999)
Approche cologique de lavifaune de la Vanoise. Travaux
scientifiques du Parc de la Vanoise, 21, 7-304
Lobjet tudier est une liste de 5 composantes :
morphomtrie98 espces 376 relevs 14 variables environnement
noms 29 variables biologiques
Jolicoeur et Mosiman (1960) Size and shape variation in the
painted turtle. A principal component analysis Bookstein (1991)
Morphometric tools for Landmark data: geometry and biology
Dveloppement danalyses multivaries spcifiques
altitude
espces
