Bases de données mitoBases de données mitopb conceptuels et pb ergonomiquespb conceptuels et pb ergonomiques

BDD: pourquoi ?BDD: pourquoi ?

° ° incontournable : imposée par le financeur incontournable : imposée par le financeur pour la tutelle politico-technocratique,pour la tutelle politico-technocratique, BDDBDD = = - preuve que le demandeur a le matériel d’étude.- preuve que le demandeur a le matériel d’étude.- pré-structuration logique du travail- pré-structuration logique du travail- Saisie - Saisie chiffréechiffrée de l’activité et des besoins de l’activité et des besoins

° ° BDD déjà présentes à l’état +/- sauvageBDD déjà présentes à l’état +/- sauvageAdministration, DSIAdministration, DSI ……

personnelles: tableaux word, excel … personnelles: tableaux word, excel …

° ° puisque BDD incontournable: puisque BDD incontournable:

autant la rendre fonctionnelle pour objectifs médico-scientifiques? autant la rendre fonctionnelle pour objectifs médico-scientifiques?

Objectifs médico-scientifiquesObjectifs médico-scientifiquesd’une BDD mito pour CRMRd’une BDD mito pour CRMR

retrouver facilement des retrouver facilement des dossiersdossiers, des résultats, , des résultats, à partir de critères divers.à partir de critères divers.

partager l’information en réseau local (+/- partager l’information en réseau local (+/- multicentrique)multicentrique)

Recherche clinique: requêtes basiques, analyse Recherche clinique: requêtes basiques, analyse croisée, extraction d’ensembles syndromiques, croisée, extraction d’ensembles syndromiques, corrélations gen/phen…corrélations gen/phen…

(+ si affinité: substitution totale au dossier)(+ si affinité: substitution totale au dossier)

ContraintesContraintes

LogiquesLogiques techniquestechniques FinancièresFinancières HumainesHumaines

Contraintes humainesContraintes humaines

persuader l’utilisateur quepersuader l’utilisateur que- pas un « travail de secrétariat »- pas un « travail de secrétariat »- pas compliquer sa vie:- pas compliquer sa vie:

* substitution à base perso pour travail #* substitution à base perso pour travail #* insertion naturelle dans son emploi du temps* insertion naturelle dans son emploi du temps* gains de temps divers* gains de temps divers* facilitation relations inter-disciplines * facilitation relations inter-disciplines

- ratio investissement/rentabilité: favorable à court terme - ratio investissement/rentabilité: favorable à court terme

période d’adaptation accompagnéepériode d’adaptation accompagnée       

Adapter BDD aux impératifs humainsAdapter BDD aux impératifs humains: : quelle durée raisonnable par dossierquelle durée raisonnable par dossier? ?

Limiter nombre d’onglets/ items à renseignerLimiter nombre d’onglets/ items à renseigner Structuration logique Structuration logique Ne renseigner que les items informatifs pour Ne renseigner que les items informatifs pour

ce dossier ce dossier «un onglet= une page (surface plein écran)»«un onglet= une page (surface plein écran)» Cliquer plutôt que dactylographierCliquer plutôt que dactylographier Ouverture automatique de menus optionnelsOuverture automatique de menus optionnels

Objectif pour primo-consultant: 5 mn ?Objectif pour primo-consultant: 5 mn ?

« Temps Utile par Dossier »: « Temps Utile par Dossier »: dépend du sitedépend du site

Sites de référence (ex NEM)Sites de référence (ex NEM)quatre onglets = quatre informateurs :quatre onglets = quatre informateurs :

° ° onglet « infos générales »:onglet « infos générales »: secrétariat (?)secrétariat (?)

° ° onglet Clinique:onglet Clinique: clinicien clinicien (couplage à consult(couplage à consult))

° ° onglet Imagerieonglet Imagerie:  :   radiologue radiologue (couplage à CR radio(couplage à CR radio))

° ° onglet Bioch spécialisée-BMonglet Bioch spécialisée-BM: Biologiste : Biologiste (couplage à rendu de (couplage à rendu de

résultat)résultat)

Site où un seul PH renseigne la BDDSite où un seul PH renseigne la BDD::

possibilité de ne renseigner que les entités génériquespossibilité de ne renseigner que les entités génériques

Contraintes logiques Contraintes logiques

Mitochondrie =Mitochondrie =

- pathologie polymorphe, multisystémique, intensité variablepathologie polymorphe, multisystémique, intensité variable

- Multiplicité des fonctions biologiquesMultiplicité des fonctions biologiques

- Limites imprécises: Limites imprécises: - Maladies OXPHOSMaladies OXPHOS• Diabète(s)Diabète(s)• ParkinsonParkinson• Sclérose latérale amyotrophique, CMTSclérose latérale amyotrophique, CMT• CancersCancers• Inflammations génétiques…Inflammations génétiques…

- atteinte primitive/ atteinte secondaire ?atteinte primitive/ atteinte secondaire ?

nombre élevé d’items cliniquesnombre élevé d’items cliniquesde dossiers de dossiers

Apoptosis and mitochondria

Peut on délimiter la pathologie mitochodriale?

BDD mitoBDD mito

Concepts ergonomieConcepts ergonomiegènes nucléairesgènes nucléaires

-Option 1:

dactylographier le gène, mémorisé dans un thésaurus international entré dans la base . Non disponible!

- Option 2

listing alphabétique des gènes N à destinée mito

menu déroulant avec 2000 entités?..

-Option 3

Catégories génériques de gènes

combien de catégories, lesquelles ?

Gènes nucléaires:Gènes nucléaires: comment catégoriser les fonctions mitochondriales?comment catégoriser les fonctions mitochondriales?

- Catégorie princeps: CRCatégorie princeps: CR s-u enzyms-u enzymassemblage, régulationassemblage, régulation....

- Machinerie mtDNA et transcritsMachinerie mtDNA et transcritsreplication/reparation/transcription mtDNAreplication/reparation/transcription mtDNA

Translation : Processing tRNA, ribosomal proteinsTranslation : Processing tRNA, ribosomal proteins……

- - Fonctionnement mitochondrialFonctionnement mitochondrialcanaux ioniques/potentiel membranairecanaux ioniques/potentiel membranairetargeting/ translocation de petites moléculestargeting/ translocation de petites molécules de protéinesde protéinesfusion, fission, déplacementfusion, fission, déplacement

- - Fonctions cellulaires à maillons mitochondriauxFonctions cellulaires à maillons mitochondriauxApoptoseApoptosehoméostasie calciumhoméostasie calciumhoméostasie ROS (reactive oxygen species) homéostasie ROS (reactive oxygen species)

BDD existantes: BDD existantes: gdes caractéristiquesgdes caractéristiques

fusion ou interopérabilité?fusion ou interopérabilité? BDD « C Béroud/P Reynier »BDD « C Béroud/P Reynier »

biochimiebiochimie corrélations gen/phen dossiers corrélations gen/phen dossiers

résolusrésolussimplicité ergonomique, plasticitésimplicité ergonomique, plasticité

BDD microsoft (Access) unicentreBDD microsoft (Access) unicentre: : Bicêtre, Nice..Bicêtre, Nice..

BDD GrenobleBDD Grenoble : ? : ? BDD CemaraBDD Cemara

option DHOS pour saisie activité CRMR option DHOS pour saisie activité CRMR recherche génétique à p de phénotypesrecherche génétique à p de phénotypes

Diverses bases existantesDiverses bases existantes

Bases 4D en langage SQL:Bases 4D en langage SQL:

interopérabilité théoriqueinteropérabilité théorique

Condition n°1: entités sémantiques identiquesCondition n°1: entités sémantiques identiques

+/- facile: bioch, enzymo, gènes..+/- facile: bioch, enzymo, gènes..Difficultés: clinique Difficultés: clinique

Base Cemara MitoBase Cemara Mito

quatre onglets quatre onglets

° ° onglet « infos générales »:onglet « infos générales »: secrétariat (?)secrétariat (?)

° ° onglet Clinique:onglet Clinique: clinicienclinicien (couplage à consult(couplage à consult))

° ° onglet Imagerieonglet Imagerie:  :   radiologue radiologue (couplage à CR radio(couplage à CR radio))

° ° onglet Bioch spécialisée-BMonglet Bioch spécialisée-BM: Biologiste : Biologiste (couplage à rendu de résultat)(couplage à rendu de résultat)

Base Cemara MitoBase Cemara Mito

Clinique: Clinique:

quelles sont les entrées pertinentes?quelles sont les entrées pertinentes?