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BCM311 - TP de biochimie II
Automne 2014
Évolution des TPs - vers autonomie
BCM111 - TP conventionnel– projet décrit, méthodes données,
matériel préparé
BCM311 - TP semi autonome– projet décrit, méthodes données
Pourquoi des T.P. semi-autonomes
Rendre autonome
Apprendre à planifier
Apprendre à évaluer des résultats
Apprendre de ses erreurs
Comprendre ce que vous faites
Mime la vraie vie
T.P. semi-autonome - fonctionnement
préparation des solutions par équipe par table par groupe
entretien des appareils
dîner
labo partagé avec d'autres cours continu des tiroirs étiquetage des échantillons entreposés
préparation et distribution
Plan de la présentation
équipe de support
Plan de cours - dans mes mots
BCM311 - les séances
fonctionnement et ressources
formation des équipes
pause café
sécurité - vidéo
Équipe de support
Professeur: Daniel Lafontaine (D8-3064)
Coordonnateur: Will Home (D8-2059)
Auxiliaires d'enseignement: Jade Degrandmaison
(ATCase)
Alexandre Paradis (biomol)
Marie-Ève Pépin (LDH)
Techniciennes: Guylaine Nolet (ATCase+LDH)
Chantal Masse (biomol)
Plan de cours - objectif général
faciliter l’acquisition des connaissances sur le métabolisme et les macromolécules biologiques
LDH
LDH
foie
muscle
sang
cycle de Cori
Objectifs spécifiques
mieux connaître les grandes voies métaboliques
établir les relations qui existent entre ces voies métaboliques
connaître et appliquer les techniques modernes de la biochimie
Objectifs spécifiques
développer l'esprit d'analyse et de synthèse
porter un jugement sur les résultats de ses expériences
apprendre à communiquer des informations scientifiques
Les laboratoires
journées complètes en laboratoire
3 gros laboratoires de 2-3 jours chacun
sujets différents
laïus (D4-2019)
préparation des solutions
manipulations (+analyses)
ménage + vérification du cahier
dîner
ATCase
2 journées (11 et 18 septembre)
préparation de l'enzyme
cinétique allostérique
ATCase - contrôle d'activité
ATCase - cinétique
0 10 20 300
1
2
3
native+CTP
+ATPVmax ave A=B=C=
[aspartate] mM
Vit
esse
Vmax/2
+ATPnative+CTP
Biologie moléculaire
3 journées (25 septembre, 2 + 9 octobre)
préparation d'ADN plasmidique
enzymes de restriction (carte de restriction)
PCR
gel d'agarose
extraction et analyse d’ARN de foie de lapin
Biologie moléculaire - REN et cartes
1. EcoRI
2. HindIII
3. ScaI
4. 1 kpb ladder
5. EcoRI/ScaI
6. EcoRI/HindIII
7. HindIII/ScaI
8. Non-digeré
Biologie moléculaire - PCR
Biologie moléculaire - extraction d'ARNt
foie de lapin
Purification de protéines
3 journées (23 +30 octobre, 6 novembre) extraction et purification de la LDH de lapin homogénéisation
précipitation au (NH4)2SO4
colonne d'affinité bleu sepharose comparaison des niveaux dans les tissus "Western blot" (gel SDS-PAGE) gel natif (gel d'activité, isoenzymes)
Purification de protéines - gel SDS-PAGE
LDH purifiée
Purification de protéines - gel SDS-PAGE
Gel Blot
LDH
Purification de protéines - gel natif
Examens
deux journées (13 et 20 novembre)
examen pratique
examen écrit
Pondération
En équipe
15% rapport ATCase
15% rapport et comptes rendus LDH
10% comptes rendus biologie moléculaire
5% cahier de laboratoire
Individuel
10% travail de session
10% examen pratique
35% examen écrit
À noter:
• heure de remise est TOUJOURS 8H30 à l'exception des comptes rendus de biologie moléculaire
• modification de la note: limite d'une semaine après la remise
Pondération - plagiat
mentionnez vossources
déclaration d'intégrité
Travail de session
protocole pour la purification d’une enzyme
Objectifs: travailler individuellement
utiliser la littérature scientifique
analyser un article scientifique
voir autres techniques de purification
Travail de session - l'hypothèse
votre patron pense faire des études sur l'enzyme assignée
vous demande de faire les recherches préliminaires sur les méthodes de purification et de dosage
Travail de session
trouvez un article récent (après 1991) sur comment purifier une enzyme assignée
faut être de la source originale(c.-à-d. pas de clonage/expression)
résumer la méthode de purification
résumer la technique pour la doser
liste du matériel requis (i.e. non-commun)
vérifiez si la protéine a déjà été clonée
Travail de session - organisation
6 sections
1. Introduction
2. Purification (organigramme)
3. Quantification (dosage)
4. Matériel
5. Discussion
6. Documentation
Travail de session - détails
Dates attribution 11 septembre approbation de l’article 9 octobre remise 13 novembre
Cahier de laboratoire
5% de la note finale
lien direct avec la qualité des rapports
organisé + clair
rédigé au laboratoire (i.e. protocole +résultats – utilisez des tableaux)
faire vérifié + signé avant que vous quittiez
voir détails dans les notes de cours
Cahier de laboratoire
utilisez des tableaux
De quoi ??
Cahier de laboratoire - tableaux
C'est quoi ??
Cahier de laboratoire
exemples de calculs
présence des unités à toutes les étapes
réponse claire avec les unités
Cahier de laboratoire
si vous faites une erreur...
Fonctionnement et ressources
site internet
Fonctionnement - comportement
appareils en commun
banc
paillasse (faire approuver avant de quitter)
laїus
verrerie
Verrerie
verrerie sale
pipettes sales
Verrerie
enlever les bouchons des bouteilles
enlever les pieds des cylindres gradués
enlever toutes les étiquettes
immédiatement rincer toute trace d’agarose
récupération
Verrerie
enlever les bouchons des bouteilles
enlever les pieds des cylindres gradués
enlever toutes les étiquettes
immédiatement rincer toute trace d’agarose
récupération
Verrerie
récupération
verre brisée
éprouvettes jetables
Fonctionnement - ménage quotidien
labo partagé avec d'autres cours
liste dans votre tiroir
avant de partir
sera vérifié
embouts• ne pas mettre dans le tiroir• boîte moitié vide - retournez au buffet• boîte vide - remplissez (gants) et envoyer à stériliser
Ménage quotidien
1. Vos solutions sont étiquetées (cours, date, contenu, No d'équipe, initiales) et à 4oC (places désignées par cours et tables). Manque d’échantillon = perte de points.
2. La verrerie utilisée est rincée et déposée dans les bacs de verrerie sale.
3. Les boîtes d'embouts sont remplies (portez des gants, envoyé à l'autoclave au besoin).
4. Les bacs de glace sont vidés.
Ménage quotidien
5. Les poubelles de table sont vidées (remplacer le sac seulement si sale).
6. Tout matériel se retrouve dans les tiroirs dans les quantités indiquées.
7. Les instruments sont fermés, propres et rangés.
8. Remplir les flacons laveurs.
9. Les paillasses sont propres - désinfectant.
Ménage quotidien
10.Les bancs sont replacés sous les tables.
11.Vos effets personnels partent avec vous.
12.Vos mains sont propres.
Fonctionnement - retards
pas tolérés
laïus commence à 8h30 (porte sera fermée)
remise des travaux - 8h30 (sauf biomol)
note = 0 si en retard
Fonctionnement - préparation
longues journées
arriver préparé:
lecture-notes de cours-site web (changements, consignes)-calculs (au besoin)
écouter pendant le laїus
Jour 1 - ATCase I lecture préparatif
section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe
standard et [aspartate] pour les dosages
GraphPad
logiciel pour faire les graphiques il faut le télécharger sur votre portable http://graphpad.com/apps/index.cfm/register/subscription/
ID/10982/subscription/LGQXKGLA
GraphPad
Remplir leschamps
Jour 1 - ATCase I lecture préparatif
section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe
standard et [aspartate] pour les dosages
Jour 1 - ATCase I lecture préparatif
section d’Introduction générale théorie du laboratoire ATCase révision de cinétique (Annexe I, site web) protocoles pertinents (I-III, p. 14-16) télécharger le logiciel GraphPad toujours apporter vos portables solutions à préparer calculs de [carbamyl asparte] pour la courbe
standard et [aspartate] pour les dosages
Jour 1 - préparation du cahier
achat noms, # équipe, # des pages, table de
matières titre date objectif référence protocole écrit AU LABORATOIRE
Fonctionnement - sécurité
acides-bases entreposage de concentrés produits chimiques
centrifuges et rotors
sarrau et lunettes obligatoire en tout temps
gants (plus fourni par le département)
1 minuteur/étudiant (cellulaire)
Fonctionnement - sécurité
aujourd'hui à 11h30
D8-2019
Fonctionnement - sécurité vente
5 ou 8 $ 14$ 22$(nitrile, bte de 250)(régulières;
par-dessus)
règlements (p. Introduction-10)
BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire
Internet: http://santesecuritebiologie.espaceweb.usherbrooke.ca
Installations
évacuation
Fonctionnement - sécurité
811
règlements (p. Introduction-10)
BCM111: Annexe 4 - sécurité en laboratoire
Internet: http://santesecuritebiologie.espaceweb.usherbrooke.ca
Installations
évacuation
Vidéo: « Sécurité en laboratoire » (30 min)
Fonctionnement - sécurité
811
1 par équipe (p.LDH-67)
remettre la semaine prochaine (8h30)
Compte rendu LDH I - solutions
1 par équipe (p.LDH-67)
remettre la semaine prochaine (8h30)
Attention quantités (faut que ça soit réalisable, au
besoin utiliser des solutions mères, etc.). détails de la préparation précautions à prendre
Compte rendu LDH I - solutions
plusieurs solutions sont dans du Tris-Cl 50mM pH7,4 (et seulement 10 ml est demandé)
simplement dissoudre le peu de grammes du produit requis dans ce tampon
ne pas peser le Tris de nouveau à chaque reprise
respecter le volume demandé
Compte rendu LDH I - solutions
Ex.:
10 ml de Tris-Cl 50 mM pH 7,4 / NADH 1mM
10 ml Tris-Cl 50 mM pH 7,4 7,1 mg NADH
et non 60,6 mg Tris 7,1 mg NADH Dissoudre dans <10 ml, ajuster pH à 7,4,
compléter le volume à 10 ml avec de l'eau.
Solutions dans TRIS-Cl 50 mM pH 7,4
Pas évidentavec 10 ml !
même chose = 1 volume + 4 volumes solvant, car on voit le mot dilution
Dilutions 1/5 et 1:5
Solutions 1:5
si on voit le mot solution (e.g. pour CCM)
1:5 = 1 part + 5 parts des 2 composées(c.-à-d. un rapport des volumes)
Ex. solvant pour CCM des lipides en BCM111
30 : 34 : 8 : 35
CHCl3 Et2O H20 triéthylamine
remettre compte rendu LDH#1 (1/équipe)
apporter vos portables
télécharger GraphPad sur vos portable(instructions dans les notes de cours)
calculs de [carbamyl asparte] et [aspartate]
lunettes de sécurité, gants et minuteurs (aujourd'ui au D8-2019 à 11h30, chèque payable à l’Université de Sherbrooke)
cahier
Rappels - semaine prochaine
BCM311 - Questions ?
Automne 2013
Formation des équipes
formations des équipes
pause de 15 min
vidéo sur sécurité en laboratoire