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BiogenouestAvril 2014
Le réseau des plates-formes du Grand Ouest en sciences du vivant et de l’environnement
Réseau interrégional : Bretagne et Pays de la Loire
Directeur : Christian Diot (Inra)
Qu’est-ce que Biogenouest ?
Avec le soutien de :
Mutualiser les ressources et les compétences Participer de manière collective à l’évolution
technologique Soutenir la recherche en sciences du vivant et la
création de nouvelles entreprises de biotechnologie Participer à des programmes de recherche
européens Attirer des chercheurs
Missions et objectifs
Petit historique…Création du Réseau National des Génopoles (RNG) via un appel d'offres dans le cadre du programme national "Génomique" : instituts régionaux 'sans murs' qui développent et gèrent des plates-formes technologiques associées à des projets à grande échelle. Ils intègrent un ou des programmes de formation en génomique, un fort pôle de bio-informatique et les structures de valorisation adéquates
Labellisation par le Ministère de la recherche de OUEST-genopole®
Dissolution du RNG qui fédérait les 8 génopoles françaises
Création du GIS IBiSA "Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie", instance de coordination des plates-
formes de recherche en sciences du vivant
OUEST-genopole® devient la structure de relais du GIS IBiSA en régions pour la Bretagne et les Pays de la Loire
OUEST-genopole® ouvre son dispositif aux plates-formes en Sciences du vivant et ne se restreint plus à la génomique et
la post-génomique, et devient Biogenouest
Biogenouest s’engage sur les questions liées à l’environnement
Signature de la convention du Groupement d’intérêt scientifique (GIS) OUEST-genopole®
1999 2002 2007 2008 2009 2010 2012
Biogenouest fête ses 10 ans
Groupement d‘intérêt scientifique (GIS) créé en novembre 2002 par 11 membres fondateurs et des organismes associés
Organisation juridique
Anses CNRS Ifremer Inra Inria Inserm Université d'Angers Université de Bretagne Occidentale Université de Bretagne Sud Université de Nantes Université de Rennes 1
Agrocampus Ouest Irstea CHU d’Angers, Brest, Nantes et Rennes Ecole nationale supérieure Cachan Bretagne Ecole nationale supérieure de chimie de
Rennes (ENSCR) Telecom Bretagne Oniris Groupe d'étude et de contrôle des variétés
et des semences (Snes/Geves) Université Pierre et Marie Curie (Paris VI)
Instances de Biogenouest
Comité directeurAssure la mise en oeuvre des décisions, le suivi permanent de l’activité du GIS et de
ses différentes instances, etc.
Cellule d'animationAnime et coordonne les activités
de Biogenouest
Conseil scientifiquePropose la politique scientifique, les
orientations à long terme et leur évolution, la déclinaison des moyens nécessaires à la mise
en œuvre de ces orientations, etc.
Conseil de groupementDéfinit la stratégie, veille à la cohérence des
actions mises en œuvre et approuve le programme des activités de Biogenouest.
Comité des axes technologiques
Commission valorisation
Commission formation
Instance d'évaluationet de conseil
Comité d’experts extérieurs
Budget de Biogenouest
Fort soutien des 2 Régions depuis 2001 : env. 1 M€ / an / Région
Un soutien de l’Etat via IBiSA
2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 20130
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
6101203 1382
1074 929 8781214 977 1021 1077 935 1062 1069
806
556
981980 1231 1125
9901009 1161 1259
1151 1164 13940
809
500608
726 771850
783
12561368
931 630491
Budget global de Biogenouesten Keuro
Région Bretagne Région Pays de la Loire Etat (RNG, ANR PFTV 2007, IBiSA)
Région Bretagne Région Pays de la Loire
Etat (RNG, ANR PFTV 2007,
IBiSA)
Total05
10152025303540
13.4 13.89.7
37.0
Budget global 2001 - 2013en millions d'euros
Budget de Biogenouest
Budget global 2013 : 2 954 000 €(Régions Bretagne & Pays de la Loire, IBiSA)
94%
6%
Répartition du budget :
Plates-formes
Biogenouest
94% du budget à destination des plates-formes (Organismes et Universités)
6% pour le fonctionnement de Biogenouest (Postes communication et qualité, budget animation)
Le réseau Biogenouest4 thématiques etprès de 70 unités de recherche
68 unités de recherche en Sciences du vivant en Bretagne et Pays de la Loire
Accès privilégié au réseau des plates-formes technologiques Destinataires des informations diffusées au sein du réseau Visibilité grâce à l’annuaire en ligne sur www.biogenouest.org
Unités membres de Biogenouest
10
19
31
8
MerAgroSantéBio-informatique
Le réseau Biogenouest
6 axes technologiques et 29 plates-formes
20 plates-formeslabellisées IBiSA
14 plates-formes certifiées ISO 9001
Plates-formes technologiques
Définition par Biogenouest Une plate-forme est le regroupement sur un ou plusieurs sites des
équipements et des moyens humains destinés à offrir à une communauté d’utilisateurs des ressources technologiques de haut niveau. La plate-forme s’engage à une ouverture large a minima au niveau inter-régional, non seulement aux équipes du site, mais aussi aux expérimentateurs extérieurs, quel que soit leur rattachement (organismes publics, entreprises…).
Critères essentiels : Ouverture Originalité et innovation (développement technologique) Formation
Acquisition d'équipements collectifs de haute technologie Recrutement de personnels hautement qualifiés : ingénieurs spécialisés
dans plusieurs domaines des biotechnologies Développement de compétences spécifiques (veille technologique, R&D…) Organisation de journées d’animation et de formations destinées aux
chercheurs (mini-colloques, rencontres, sessions technologiques…) Ouverture au monde industriel : partenariats commerciaux, collaborations
scientifiques, prestations de services…
Offres des plates-formes
Règles pour une utilisation optimale : Accessibilité garantie pour les unités
membres de Biogenouest : min. 50%
Comité scientifique
Management de la qualité
Gestion de l'information (site web)…
Le réseau des plates-formes
Protéomique
• Plate-forme Protéomique - Rennes
• Impact - Nantes
Génomique
• Biogenouest Génomique - Nantes, Rennes & Roscoff
Bio-imagerie
• MRic - Rennes
• PRISM - Rennes
• H2P2 - Rennes
• MicroPICell - Nantes
• Cyclotron Arronax - Nantes
• Neurinfo - Rennes
• Cytogénétique moléculaire - Le Rheu
• APEX - Nantes
Analyse structurale et
Métabolomique
• BiBS - Nantes
• Corsaire
Angers, Brest, Nantes, Rennes & Roscoff
Bio-informatique
• IFB Grand Ouest :
GenOuest, BiRD et ABiMS
Nantes, Rennes & Roscoff
Exploration fonctionnelle
Vectorisation virale et non virale
• Production de vecteurs viraux - Nantes
• SynNanoVect - Rennes & Brest
Transgenèse et modèles animaux
• Transgenèse Xénope - Rennes
• TRIP - Nantes
• LGA – Nantes
Criblage et analyses fonctionnelles
• Cardiex - Nantes
• ImPACcell - Rennes
• Biodimar - Brest
• KISSf - Roscoff
• CHEM-Symbiose - Nantes
14 plates-formes Biogenouest sont certifiées ISO 9001
Biogenouest affirme une volonté d’excellence, de transparence et d’innovation vis-à-vis de la société et de l’ensemble de ses partenaires publics ou privés.
Sur 20 plates-formes Biogenouest labellisées IBiSA, 14 sont certifiées ISO 9001 soit 70% (contre 35% au niveau national)
Management de la qualité
Novembre 20061ère plate-forme certifiée
Mars 2014 14 plates-formes certifiées
Les missions de l’ingénieur Qualité de Biogenouest :
Management de la qualité
Missions de l'Ingénieur
Qualité
Conduire les plates-
formes à la certification
Soutenir les plates-formes
certifiées
Participer aux réunions des réseaux
Qualité
Former et communiquer
Animer le réseau des
Responsables Qualité de
Biogenouest
Projets fédérateurs : soutien de thèmes unificateurs et d’approches transdisciplinaires autour des plates-formes technologiques Vectorisation non virale (2006 – 2008) Génome, adaptation et environnement : effets d’un stress sur une large
échelle évolutive (de la bactérie à l’homme) (2006 – 2008) Biologie intégrative (2009 – 2011) e-Biogenouest (2012 – 2014) : Olivier Collin et Yvan Le Bras
Une initiative e-science de la communauté Biogenouest pour favoriser le développement de projets exploitant les nouvelles technologies de l'information et de la communication (calcul à haute performance, cloud, gestion et exploitation des données…).
Journées technologiques par les plates-formes Conférences scientifiques (8 par an) Gen2Bio, le congrès annuel Biotech organisé par Biogenouest
Animation scientifique
Le rendez-vous annuel des chercheurs de l’Ouest et des entreprises biotech, pour : Présenter les avancées scientifiques des travaux
menés au sein de Biogenouest et les perspectives pour l'avenir
Accélérer les projets de développement en découvrant l’offre de services des laboratoires et plates-formes technologiques
Faire connaissance avec les entreprises innovantes du secteur
Elargir son offre en rencontrant ses futurs partenaires
Découvrir de nouveaux prospects, initier des alliances et des contacts privilégiés
Gen2Bio
Gen2Bio 2015 le 26 mars à La Baule !
Favoriser le développement des biotechnologies à partir deslaboratoires de recherche et des plates-formes, en s’appuyant sur les structures existantes Mutualiser les pratiques Développer les projets de valorisation à l’aide d’un ensemble de
services et moyens en réseau
Professionnaliser les plates-formes et en faciliter l’accès aux entreprises
Valorisation
Quelques exemple de partenariats industriels sur 2012 : Affilogic, Amaxa, Artimmun, Atlab pharma, Atlantic Bone Screen, Berthold
Technologies, Biofortis, Biogen Idec, Biopredic International , Bioprojet-Biotech, Biotrial , Bristol Myers-Squibb, C.Ris Pharma, Cameca, Cargill, Cerfac, Cisbio , Clean Cells, Codif , Cytoo, Diana Food, Effimune , Eli Lilly, Epsilon Chimie, ERI europe, genOway , Goémar, Guerbet, Hemarina (Roscoff), HTL Biotechnologies, In-Cell-Art, InVivo Nutrition et santé animale, Kelia , Lafarge, Les fromageries Bel, ManRos Therapeutics, Mauna Kea technologies, Neovax, Neurokin , Noscira, Novartis, Nutrinov, OMT, Pasquier, Pellenc, Photonlines, Roche, Sanofi-Aventis, Sojasun, Sorin groupe, Steba Biotech S.A., Straticell, TCL pharma, Timac Agro international, Unilever, Vectalys, Végénov, Venometech, Xenoblis …
Valorisation
0
10
20
30
40
50
60
70
80
2009 2010 2011 2012
56
73
48
59
Nombre d'entreprises partenaires
Fondateur et soutien depuis 2004 à l’Ecole de l’ADN des Pays de la Loire Plus de 2500 stagiaires / an Une centaine de professionnels / an (agents des EPST, associations
de malades, enseignants de l’éducation nationale, commerciaux des équipementiers …)
Une offre de formation à l’année par les plates-formes A destination des doctorants (écoles doctorales) A destination de la communauté académique et des industriels
• Organisée et proposée directement par les plates-formes• Proposée par les services de formation continue des universités
Formation
Chaque plate-forme propose des formations à ses utilisateurs :
Formation
Nombre d'utilisateurs formés sur les plates-formes
349 337 337
687
2009201020112012
5 formations doctorales sont proposées en 2014 :
Formation bio-informatique
Formation à l’étude des interactions moléculaires
Formation en analyse de la structure des biopolymères aux différentes échelles
Formation à la microscopie
Formation au fonctionnement de la plate-forme Transgenèse Rat (TRIP Nantes)
Formation
Communication interne Fédérer les unités de recherche autour d’un réseau commun Amener les équipes de recherche à mieux se connaître Accompagner les plates-formes dans leurs actions en lien avec
Biogenouest
Communication externe Accroître la visibilité et la lisibilité de Biogenouest à l’extérieur Faire connaître les activités et programmes de recherche de
Biogenouest Faire rayonner les biotechs du Grand Ouest
Communication
Outils de communicationRetrouvez-les sur www.biogenouest.org
Plaquette BiogenouestLivrets des plates-formes(Recherche et Entreprises)
Mais aussi : Agenda et actu, newsletter, communiqués de presse, conférences…
Annuaire en lignedes unités Biogenouest
Rapport d’activités 2012
Carte interactive des plates-formes
Plus d'infos sur…
www.biogenouest.org
Une volonté de partager et de concourir à l’excellence scientifique Un besoin de mutualiser les outils technologiques pour mieux
répondre aux problématiques de recherche Des plates-formes multi-sites et multi-activités
Des thématiques axées sur des secteurs économiques locaux forts : Mer - Agro - Santé
Un soutien fort des Régions Une bonne coordination inter-régionale et une équipe d’animation
opérationnelle
Les clés du succès de Biogenouest
Equipe d’animation Véronique Blin - Ingénieur Qualité
Démarche qualité et certification
02 23 48 54 07 - [email protected]
Roxanne Amelot – Chargée de communication Communication interne et externe
02 23 48 54 07 - [email protected]
Jocelyne Le Seyec - Chargée de mission Animation des plates-formes et animation scientifique
02 23 23 45 81 - [email protected]
Eric Mathieu - Chargé de mission Animation des volets Valorisation et Formation
02 41 72 86 17 - [email protected]
Marilène Vallois - Secrétaire de direction
02 23 48 50 51 - [email protected]
Christian Diot - Directeur
Merci de votre attention !
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ANNEXES
Titre présentation | Nom de la réunion | Lieu, date
Plate-forme Biogenouest Génomique
Biogenouest Génomique met à la disposition de la communauté scientifique les outils nécessaires pour mener à bien des projets de génomique structurale et/ou fonctionnelle dans les domaines de la mer, de l’agronomie, de l’environnement et de la santé. Elle fonctionne en étroite collaboration avec les plates-formes de bio-informatique de l’IFB Grand Ouest pour le traitement, l’analyse et le stockage des données.
GenomerGénomique Santé
Génomique environnementale et fonctionnelle
Génomique Nantes
EXPERTISE SCIENTIFIQUESéquençage (classique et massif) ; Génotypage (classique et ultra haut débit) ; Analyses d'expression (par puce ou par séquençage massif) ; Analyses de méthylation ; Analyses CNA ; Analyse de données (préliminaires ou expertes) pour ces différentes applications.
Responsable : Philippe VANDENKOORNHUYSE
Plate-forme Protéomique
La plate-forme protéomique offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l’analyse des protéomes, depuis l´identification de protéines jusqu'à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur.
EXPERTISE SCIENTIFIQUELa plate-forme travaille sur tous les systèmes biologiques. Elle propose de répondre à vos questions biologiques grâce à la maîtrise d’un panel complémentaire de technologies et de savoir-faire spécifiques :• Préparation d'échantillons biologiques• Préfractionnement sur gel ou chromatographique• Electrophorèse 1D/2D• Protéomique Shotgun, Top-down, middle-down• Analyses différentielles (DIGE, ICPL)
• Analyses de modifications post-traductionnelles• Imagerie MALDI
Plate-forme Protéomique
Responsable : Charles PINEAU
Plate-forme « Impact »
La plate-forme IMPACT offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l'étude globale des interactions moléculaires depuis le criblage à haut débit jusqu'à leur caractérisation et l'analyse structure-fonction par un ensemble d'approches biophysiques. Plate-forme Impact
EXPERTISE SCIENTIFIQUE
• Profiling : Etude du profil d’expression de protéines - Analyse de la modulation des modifications post-traductionnelles de protéines : phosphorylation, ubiquitination, SUMOylation glycosylation... Technologies associées : Puces à protéines, SPR Imaging, Alpha surefire.
• Criblage : Criblage modèle dédié à l’étude de la fonctionnalité de récepteurs membranaires - Criblages de chimiothèques sur la base de modèles. Technologies associées : SPR, BRET FRET, Label free, Alpha screen.
• Caractérisation - Validation : Validation de l’interaction protéine/ligand - Détermination de l’affinité - Etude des paramètres thermodynamiques. Technologies associées : SPR, iTC, Label free, fluorescence.
• Contrôle qualité : Analyse de l’intégrité structurale ou de la fonctionnalité - Evaluation de la pureté des protéines.
Responsable : Pierre WEIGEL
Plate-forme de production de vecteurs viraux
La plate-forme de production de vecteurs viraux a développé et validé des procédés de production et caractérisation de 2 types majeurs de vecteurs viraux de transfert de gènes : les adénovirus et les virus adéno-associés. Destinés à des applications in vitro et in vivo, ces vecteurs sont régulièrement utilisés pour évaluer ou moduler l'expression d'un gène dans un modèle cellulaire ou pour étudier des stratégies thérapeutiques en cancérologie, pour le traitement de maladies génétiques, acquises ou dégénératives.
Le groupe R&D de la plate-forme développe des outils biologiques et des procédés de production et purification de vecteurs viraux compatibles avec une utilisation en clinique humaine (contraintes GMP).
Plate-forme de production de vecteurs viraux
Responsable : Philippe MOULLIER
Plate-forme SynNanoVect
La plate-forme « SynNanoVect » propose :
• Une large gamme de vecteurs synthétiques efficaces aussi bien in vitro qu’in vivo pour le transfert de constructions d’acides nucléiques et de molécules thérapeutiques
• Un service de caractérisation et de formulation des nanocomplexes
• Un système d’imagerie du petit animal par bioluminescence et fluorescence
• Des évaluations pré-cliniques (toxicité et inflammation)
• Un plateau technique d’électroporation
Plate-forme SynNanoVect
Responsables : Tristan MONTIER et Thierry BENVEGNU
Plate-forme Transgenèse Xénopes
La plate-forme propose à toute équipe de recherche la possibilité d'utiliser les modèles xénopes (X. laevis et X. tropicalis) pour ses travaux. Les animaux adultes, embryons, têtards, ovocytes sont produits au centre.
Le plateau de recherche propose différentes prestations : • Création de lignées transgéniques• Mutagenèse• Criblage phénotypique• Microinjection dans l'ovocyte et criblage
électrophysiologique d'ovocytes microinjectés
• Etc.
Plate-forme Transgenèse Xénopes
Responsable : Daniel BOUJARD
Plate-forme TRIP
La plate-forme « Transgenic Rats and Immunophenomics Platform Nantes » (TRIP-Nantes) propose :
• Production à façon et en routine de rats transgéniques par microinjection embryonnaire de fragments d’ADN ou de vecteurs lentiviraux
• Génération de rats KO/KI par microinjection embryonnaire de nucléases spécifiques de gènes (Zinc-Finger Nucleases, TALE nucléases, Méganucléases, CRISPR-Cas9 nucléases)
• Génotypage (PCR, qPCR, southern blot, LAM-PCR)
• Cryoconservation d’embryons transgéniques
• Immunophénotypage et analyse de la réponse immune de rats génétiquement modifiés
Plate-forme TRIP
Responsable : Ignacio ANEGON
Plate-forme LGA
Le LGA (laboratoire des grands animaux) est spécialisé dans la chirurgie expérimentale de modèles pré-cliniques de transplantation, ainsi que dans diverses procédures chirurgicales et/ou immunomonitorage sur porcs et primates.
Le laboratoire est ouvert à la recherche, à l'enseignement mais également à des tests réglementaires in vivo. Il est spécialisé dans la chirurgie, en particulier d’allo et de xénotransplantation rénale dans des modèles pré-cliniques, mais également dans d’autres procédures chirurgicales (test de nouvelles techniques, nouveaux matériels, etc.) et enfin l'immunomonitorage des animaux en expérimentation.
Plate-forme LGA
Responsable : Gilles BLANCHO
Plate-forme Cardiex
Cardiex est une plate-forme d'exploration fonctionnelle sur le petit animal. Elle offre les moyens techniques et l’expertise pour l’analyse de nouvelles voies thérapeutiques ou nutritionnelles, depuis la validation de cibles d’intérêt jusqu’à l’évaluation de molécules en pharmacologie de sécurité :
• Exploration fonctionnelle des pathologies cardiovasculaires, métaboliques, musculaires, digestives, respiratoires et cancéreuses sur le petit animal
• Validation à un niveau pré-clinique de nouvelles cibles d’intérêt thérapeutique
• Evaluation des effets thérapeutiques ou protecteurs de molécules ou de composés alimentaires
• Caractérisation des effets d’un produit : identification de son action, des organes cibles, des doses actives
Plate-forme Cardiex
Responsable : Flavien CHARPENTIER
Plate-forme ImPACcell
La plate-forme ImPACcell propose un service d’analyse du contenu cellulaire par l'image (HCS/HCA) pour détecter, analyser et quantifier des phénomènes biologiques tels que la toxicité, la motilité cellulaire, le cycle cellulaire, l'apoptose, la perturbation de voies de signalisation au niveau cellulaire et dans des petits organismes.
Elle est configurée autour de 3 plateaux : • Plateau automatisé de cultures et de tests cellulaires• Plateau de microscopie automatisée pour l'analyse
multifactorielle et multiparamétrique d'images• Plateau de bioscreening de molécules exogènes basé
sur l'étude de différentes lignées cellulaires adhérentes sur support pour culture cellulaire (plaques de 6 à 384 puits).
Plate-forme ImPACcell
Responsable : Anne CORLU
Plate-forme Biodimar
BIODIMAR offre un savoir-faire en extraction, purification et analyses de biomolécules d'origine marine :
• Collecte d’échantillons ou d’organismes marins et mise à disposition de biomasse ou d’extraits
• Purification de molécules• Screening d’activités biologiques• Lyophilisation, broyage, extraction,
concentration• Analyses physico-chimiques• Détermination d'activités enzymatiques
spécifiques
Plate-forme Biodimar
Chargée de projets : Elise PETIT-RODAT
Plate-forme KISSf
La plate-forme spécialisée de criblage d’inhibiteurs de protéines kinases « KISSf » (pour Kinase inhibitor specialized screening facility) offre un service d'évaluation à moyen débit (2500 composés/jour) de la bioactivité de composés chimiques.
En utilisant un panel de kinases, les analyses réalisées permettent d'évaluer les propriétés thérapeutiques de molécules d'intérêt.
Plate-forme KISSf
Responsable : Sandrine RUCHAUD
Plate-forme CHEM-Symbiose
La plate-forme CHEM-Symbiose est compétente pour la synthèse de molécules organiques à différentes échelles allant du milligramme à la dizaine de grammes.
CHEM-Symbiose vous propose la préparation de molécules non commerciales (ou trop onéreuses) décrites dans la littérature, ou d’analogues, répondant à une nécessité de recherche ponctuelle.
Cette plate-forme a aussi pour objectif d’accompagner des projets de recherche collaboratifs en préparant des molécules originales pour l’innovation thérapeutique ou la validation de concept.
Plate-forme CHEM-Symbiose
Responsable : Jacques LEBRETON
Plate-forme MRic
La plate-forme d’imagerie MRic s'articule autour de 3 plateaux techniques :
• MRic-Photonics : microscopie de fluorescence pour le vivant, FRAP, FRET, FLIM, FCS
• MRic-TEM : cytologie ultrastructurale, immunomicroscopie électronique, coloration négative, cryo-microscopie électronique
• MRic-NANO : imagerie chimique et isotopique à haute résolution
Plate-forme MRic
Responsable : Claude PRIGENT
Plate-forme PRISM
La plate-forme rennaise d’imagerie et spectroscopie structurale et métabolique (PRISM) propose :
• Imagerie fonctionnelle et morphologique in vivo pour le petit animal et l’animal moyen
• Chirurgie interventionnelle guidée par l’image
• Imagerie appliquée à la physiologie animale
• Imagerie des bio-produits par Résonance magnétique
• Spectrométrie RMN haute résolution et HR-MAS : structures et interactions moléculaires
• Diffusion moléculaire par RMN à gradient de champ appliquée aux milieux poreux
Plate-forme PRISM
La plate-forme PRISM est articulée en 4 composantes :• Ani-Scans - Imagerie multi-
modalité appliquée au modèle porc
• Agro-Scans - IRM multi-échelle et RMN en agronomie et agro-alimentaire
• Bio-Scans - IRM et SRM du petit animal et applications cliniques
• Bio-RMN - Spectroscopie RMN structurale et biologique
Responsable : François MARIETTE
Plate-forme H2P2
La plate-forme d’histopathologie H2P2 met à disposition de la communauté scientifique les outils d’histologie classiques :
• Congélation, fixation, inclusion de tissus, coupes fines au microtome et cryostat, coloration, immuno-histochimie, hybridation in situ sur coupes de tissus, etc.
Et des technologies plus innovantes telles que :• La microdissection laser• Le tissue multi array (TMA)
Plate-forme H2P2
Responsable : Alain FAUTREL
Plate-forme MicroPICell
La plate-forme MicroPICell propose un ensemble de prestations axées autour de l’imagerie cellulaire à fluorescence et de l’histologie.
La plate-forme propose :• La visualisation et quantification de
fluorescence sur cellules adhérentes ou tissus
• Des mesures intracellulaires de flux ionique
• L’évaluation de l’interaction protéine/protéine
• Le criblage à haut débit (HCS)• Le Tissue micro array• Des techniques histologiques
Plate-forme MicroPICell
Responsable : Jacques LE PENDU
Cyclotron Arronax
Le cyclotron ARRONAX est un accélérateur de particules qui produit de radioisotopes innovants, maiségalement de médicaments radioactifs à finalités diagnostique (imagerieTEP) et thérapeutique (radiothérapie vectorisée).
Cyclotron ARRONAX
Responsable : Jacques BARBET
Plate-forme Neurinfo
La plate-forme d'imagerie et de neuroinformatique (Neurinfo) offre des ressources d'acquisition, de gestion et de traitement d'images pour le développement et la valorisation d'activités de recherche clinique, méthodologique et technologique :
Plate-forme NEURINFO
• Réalisation, suivi et coordination du volet imagerie IRM d’études de recherche clinique et de recherche fondamentale menées sur la plate-forme
• Mise au point des protocoles d’acquisition IRM et optimisation des séquences
• Acquisition des données• Mise au point d’outils de traitement de données et exploitation
des données• Gestion des données, etc.
Responsable : Christian BARILLOT
Plate-forme Cytogénétique moléculaire
L’outil principal de la plate-forme est l’Hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur préparation chromosomique en mitose, méiose et fibres d’ADN. Le pouvoir de résolution de la FISH permet une analyse fine de la structure des chromosomes.
Plate-forme Cytogénétique moléculaire
La plate-forme met à disposition un savoir-faire en matière d'hybridation in situ fluorescente (FISH) sur chromosomes en mitose et en méiose :
• Localisation sur les chromosomes de séquences d'ADN répétée (FISH)• Hybridation génomique in situ (GISH) qui permet la différentiation des
chromosomes parentaux chez des structures hybrides interspécifiques ou polyploïdes
• Localisation et organisation physique de clones BAC sur les chromosomes (BAC-FISH) sur chromosomes en mitose et en méiose (stade pachytène) pour une résolution plus fine
• Le BAC-Fiber-FISH sur fibres d'ADN peignées permet l'analyse d'arrangements de séquences et l’identification de la longueur physique en kilobases.
Responsable : Olivier CORITON
Plate-forme Apex
La plate-forme d’expertise en anatomie pathologique pour la recherche (APEX) apporte à la communauté scientifique une expertise en histopathologie animale et en phénotypage tissulaire et cellulaire.
Pour évaluer l’impact d’une maladie ou d’un agent exogène sur l’organisme, APEX combine une exploration morphologique tissulaire à celle par bio-imagerie en fluorescence.
Plate-forme Apex
Responsable : Marie-Anne COLLE
Plate-forme BIBS
La plate-forme BIBS propose de caractériser la structuration à différentes échelles des biopolymères dans des systèmes biologiques (organes de plantes, algues…) ou recomposés (aliments, matrices alimentaires…). Elle permet de décrire précisément l’architecture des systèmes, en lien avec leurs propriétés biologiques, fonctionnelles ou technologiques.
Plate-forme BIBS
Ses outils analytiques permettent de déterminer et caractériser les compositions et la variabilité en biopolymères (GC, GCMS), les structures moléculaires (spectrométries de masse, RMN), les interactions (RMN, microscopie à force atomique), les assemblages et la localisation (microscopies optiques, électroniques, macrovision).
Responsable : Hélène ROGNIAUX
Plate-forme Corsaire
La plate-forme « Corsaire » repose sur le fonctionnement en réseau de plateaux analytiques aux champs de compétences technologiques et thématiques complémentaires, offrant la possibilité de réaliser des :• Analyses ciblées de métabolites• Profils métaboliques• Empreintes métaboliques• Approches métabolomiques• Caractérisations structurales de métabolites
Les compétences analytiques et méthodologiques développées au sein des différents plateaux permettent de proposer des analyses approfondies, qualitatives ou quantitatives, sur une très large gamme de famille de métabolites extraits de matrices biologiques d’origines diversifiées (animale, végétale, microbienne).
Plate-forme Corsaire
Responsable : Alain BOUCHEREAU et Michel KREMPF
Plate-forme IFB Grand Ouest
L'éventail de l'offre technique de la Plate-forme de Bio-informatique du Grand Ouest se compose de 4 grands volets :• Le développement de méthodes et outils : recherche
de nouveaux algorithmes et de nouvelles méthodes qui seront exploités par les chercheurs.
• Un service bio-informatique, qui propose un environnement outillé complet : une infrastructure matérielle (e.g. : 2000 coeurs) et logicielle, bases de données, chaines de traitements (Galaxy, Mobyle…), etc.
• La formation pour la maîtrise des méthodes, outils et environnements bio informatiques.
• L’accompagnement de projets de bio-analyse, sur des données issues de diverses technologies (séquençage nouvelle génération (NGS), puces à ADN, etc.).
Plate-forme IFB Grand Ouest
ABiMS
GenOuest
BiRD
Responsable : Audrey Bihouée et Christophe Caron
