Cahier de Procédures - archimer.ifremer.frarchimer.ifremer.fr/doc/00393/50389/51100.pdf · Le présent document annule et remplace les prescriptions concernant la surveillance du

Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes Valorisation de l'Information pour la Gestion Intégrée Et la Surveillance Catherine Belin Nadine Neaud‐Masson Janvier 2017 – ODE/VIGIES/17‐01

Cahier de Procédures REPHY

Document de prescription. Version 1.

Photos Nadine Neaud‐Masson

Photos de la couverture

Phytoplancton vu au microscope optique, les noms des espèces sont ci‐dessous

Auteur : Nadine Neaud‐Masson

Asteromphalus

Chaetoceros decipiens

Ditylum brightwellii

Dictyocha speculum

Cahier REPHY 2016 1/59

Historique des révisions :

Création en 2016, le Cahier REPHY est scindé en deux documents distincts pour séparer les deux composantes : phytoplancton‐hydrologie (REPHY) et phycotoxines (REPHYTOX). Le présent Cahier REPHY est dédié au « Réseau d’Observation et de Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie dans les eaux littorales ». Les principales modifications par rapport au Cahier REPHY 2012‐2013 (révision "e") sont indiquées en police bleue.

Liste de diffusion interne contrôlée

(Le document est transmis aux intéressés avec un accusé de réception pour signature et retour)

Tous responsables des Laboratoires Environnement et Ressources Aquacoles (LERs) Tous responsables ou correspondants Qualité des LERs Tous correspondants REPHY / REPHYTOX des LERs Responsable de l’Unité Littoral

Liste de diffusion interne non contrôlée

PDG ; DCOM ; DS Directeurs de Centres métropolitains Directeurs des Départements ODE et RBE Délégué Qualité Référent P7 Responsable du service ODE/VIGIES Responsables des laboratoires ODE/DYNECO/PHYC, ODE/DYNECO/PELAGOS Coordinateurs (trices) de réseaux nationaux et régionaux Experts phytoplancton, toxines et hydrologie Autres intervenants REPHY

Liste de diffusion externe non contrôlée

MEEM / Direction de l’Eau et de la Biodiversité MEEM / DPMA / Bureau de la Conchyliculture et de l’Environnement Littoral

(ONEMA) AFB AEAP, AESN, AELB, AEAG, AERMC MAAF / DGAL / Sous‐Direction de la Sécurité Sanitaire des Aliments MAS / DGS / Bureau Alimentation et Nutrition ANSES / Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons‐Alfort ‐ LNR biotoxines marines ANSES / Direction de l’Evaluation des Risques InVS / Unité Biosurveillance et Toxicovigilance


Sommaire

1 Préambule 5

2 Introduction 5

3 Domaine d’application 7

4 Objectifs du REPHY 7

4.1 REPHY Observation 8

4.2 REPHY Surveillance 9

4.3 Ensemble Observation + Surveillance 10

4.4 REPHY sanitaire 10

5 Organisation et fonctionnement 11

5.1 Organisation générale 11

5.2 Contexte réglementaire et processus Qualité 11

5.3 Prélèvements et analyses 12

Prélèvements d’eau et mesures in situ 12

Observations du phytoplancton 13

Analyses des paramètres physico‐chimiques et chimiques 13

Conclusion sur l’organisation des prélèvements et analyses 14

5.4 Bancarisation des données 14

5.5 Soutien et expertise 15

Prélèvements d’eau et mesures in situ 15

Observations du phytoplancton 15

Analyses hydrologiques 16

Bancarisation et valorisation 16

6 Stratégie d’échantillonnage 16

6.1 Lieux de prélèvement 16

6.2 Zonages : zones marines et masses d’eau DCE 17

Zones marines 17

Masses d’eau DCE 17

6.3 Prélèvements d’eau et mesures in situ 17

6.4 Stratégies détaillées 29

Stratégie Phytoplancton total 29

Stratégie Phytoplancton Indicateur 29

Stratégie Phytoplancton Toxique 30

Stratégie Hydrologie 30

Stratégie Lagunes 31

7 Méthodes d'observations et d'analyses 31

7.1 Observation du phytoplancton 31

Flores Totales (FLORTOT) 31

Flores Indicatrices (FLORIND) 32

Flores Partielles (FLORPAR), également nommées Flores Toxiques 32

7.2 Paramètres physico‐chimiques et chimiques 32


8 Bancarisation des données dans Quadrige² 33

9 Liens avec le réseau REPHYTOX 33

9.1 Seuils d’alerte phytoplancton 33

9.2 Diffusion des résultats du phytoplancton toxique 34

10 Mise à disposition des informations et des données 34

10.1 Mise à disposition des données 34

10.2 Listes dynamiques 35

10.3 Site WEB Environnement Littoral (Envlit) 35

11 Bibliographie 36

Annexe 1. Sigles et acronymes 38

Annexe 2. Principales entités intervenant pour le REPHY 40

Annexe 3. Documents de référence et détails de la démarche qualité pour le phytoplancton et l’hydrologie 42

Normes 44

Documents qualité généraux 44

Documents qualité Ifremer 44

Pour l’ensemble de la surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie 45

Pour les lieux de prélèvement 45

Pour l’hydrologie 45

Pour le phytoplancton 46

Pour la bancarisation dans Quadrige 47

Pour la diffusion des résultats sanitaires 48

Chlorophylle et nutriments 51

Phytoplancton 54

Phytoplancton : formations organisées au cours des dix dernières années 56

Hydrologie 57

Annexe 4. Laboratoires Ifremer équipés pour les mesures physico‐chimiques et chimiques. Informations sur les accréditations pour les nutriments 59


1 Préambule

En 2016, le REPHY est divisé en deux réseaux distincts pour séparer :

le « nouveau » REPHY, pour la composante phytoplancton‐hydrologie, qui a désormais pour intitulé : « Réseau d’Observation et de Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie dans les eaux littorales »

le REPHYTOX, pour la composante phycotoxines, qui a pour intitulé : « Réseau de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins »

Bien que distincts, les deux réseaux restent étroitement associés, puisque la surveillance du phytoplancton toxique, toujours assurée par le REPHY, est utilisée pour le déclenchement d’analyses de toxines et pour une meilleure compréhension des épisodes de contamination des organismes marins.

Le présent Cahier est dédié au REPHY, toutes les procédures relatives aux phycotoxines étant décrites dans un autre document (Cahier REPHYTOX, version en vigueur1).

Les principales modifications par rapport au Cahier REPHY 2012‐2013 sont indiquées en police bleue

Les sigles utilisés dans le document sont explicités dans l’annexe 1.

2 Introduction

L’Ifremer est chargé d’apporter à l’État et aux autres personnes morales de droit public son concours pour l’exercice de leurs responsabilités notamment pour le contrôle de la qualité des produits de la mer et du milieu marin (Décret du 5 juin 1984 modifié).

La mise en œuvre par Ifremer d’une surveillance du phytoplancton et des phycotoxines depuis 1984 répond à cette mission, et le concours apporté à l’Administration Centrale se concrétise particulièrement en un soutien :

au Ministère de l’Environnement, de l’Energie et de la Mer (MEEM), à l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA) intégré récemment à l’AFB (Agence Française pour la Biodiversité), et aux Agences de l’Eau des façades littorales (AEAP, AESN, AELB, AEAG, AERMC2) pour la réponse aux Directives européennes DCE et DCSMM sur les parties relatives à la surveillance de l’élément phytoplancton et des paramètres hydrologiques dans le milieu littoral

à la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) du Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), pour l’application de la réglementation relative au suivi de la salubrité des zones de production de coquillages, incluant la surveillance du phytoplancton toxique qui contribue à la mise en œuvre de la surveillance des phycotoxines.

1 Le Cahier REPHYTOX en vigueur est disponible sur le site http://envlit.ifremer.fr/ 2 AEAP Agence de l’Eau Artois Picardie – AESN Agence de l’Eau Seine Normandie – AELB Agence de l’Eau Loire Bretagne – AEAG Agence de l’Eau Adour Garonne – AERMC Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse


La surveillance du phytoplancton et des paramètres hydrologiques dans les masses d’eaux désignées en contrôle de surveillance et en contrôle opérationnel dans le cadre de la DCE, fait l’objet de conventions avec l’ONEMA‐AFB et avec les cinq Agences de l’Eau concernées par le littoral.

La surveillance des espèces phytoplanctoniques toxinogènes ou suspectes est incluse dans la subvention pour charge de services publics, en application de la Loi de Finances (programme 206 ‐ sécurité et qualité sanitaires de l’alimentation, sous‐action n°37) attribuée dans le cadre d’une convention avec la DGAL.

Les modalités de la surveillance assurée par le REPHY sont détaillées dans ce document de prescription qui rassemble les contraintes et obligations nationales en termes de programmation. Celles‐ci incluent les aspects institutionnels, par exemple les obligations relevant de la DCE, mais aussi les recommandations scientifiques ayant émergé ces dernières années, suite aux travaux réalisés et publiés sur les données historiques de surveillance, et aux groupes de réflexion qui ont contribué à l’optimisation du REPHY. Cette optimisation s’est déroulée entre mi 2013 et mi 2016, et a abouti à déterminer trois composantes :

le REPHY Observation, qui a pour objectif de répondre à des questions de recherche, et dont une partie fait l’objet d’une demande de labellisation dans un cadre national

le REPHY Surveillance, qui complète le réseau d’Observation pour répondre aux directives européennes (DCE et DCSMM) pour le phytoplancton et l’hydrologie3

le REPHY Sanitaire, qui complète les deux autres pour le déclenchement de prélèvements de coquillages effectués dans le cadre du REPHYTOX

Pour en savoir plus sur les évolutions du REPHY et sur ses perspectives à court et moyen terme, il convient de se référer au document de référence :

Belin C., 2016. Observation et Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie en France métropolitaine, dans le cadre du REPHY et des réseaux régionaux SRN, RHLN, ARCHYD et RSLHYD. Etat des lieux octobre 2016. Version interne complète. Rapport ODE/VIGIES/16‐14. Tome 1 (61 p.) et tome 2 (283 p.)

Belin C., 2016. Observation et Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie en France métropolitaine, dans le cadre du REPHY et des réseaux régionaux SRN, RHLN, ARCHYD et RSLHYD. Etat des lieux octobre 2016. Version publique. Rapport ODE/VIGIES. Tome 1 (55 p.) et tome 2 (282 p.). http://envlit.ifremer.fr/content/download/83277/602600/version/10/file/Phyto+et+Hydro+2016+‐+REPHY+‐+Tome+1.pdf http://envlit.ifremer.fr/content/download/83280/602628/version/11/file/Phyto+et+Hydro+2016+‐+REPHY+‐+Tome+2.pdf

3 le nombre de lieux du REPHY Observation n’étant pas suffisant pour couvrir toutes les masses d’eau requises par la DCE


Le document référencé ci‐dessus décrit de façon détaillée le format à partir de 2016 de l’observation et de la surveillance du phytoplancton et des paramètres hydrologiques associés, dans le cadre des réseaux REPHY, SRN4, RHLN5, ARCHYD6, RSLHYD7). Il a donc une portée plus large que le présent Cahier REPHY, sachant que les prescriptions des réseaux régionaux ne sont en aucun cas incompatibles avec celles du REPHY, mais qu’elles sont adaptées à des problématiques régionales.

Ce document retrace également l’historique de la restructuration du REPHY qui a abouti à la définition des trois composantes (observation, surveillance, sanitaire). Il traite également de la complémentarité du REPHY et des réseaux régionaux. Il fait un examen des paramètres mesurés et des modifications ou améliorations souhaitables. Enfin il décrit les nouveaux paramètres et les nouvelles méthodes envisageables. Un inventaire des lieux d’échantillonnage (à la date de publication du document8), ainsi qu’une cartographie simplifiée sont disponibles dans le tome 2 du document.

3 Domained’application

Le présent document annule et remplace les prescriptions concernant la surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie du Cahier de Procédures REPHY précédent. Il implique tous les chefs des Laboratoires Environnement et Ressources (LERs), et leurs équipes ainsi que leurs partenaires intervenant dans le cadre du REPHY en métropole. Il reste applicable jusqu’à parution du Cahier REPHY suivant.

Le cahier REPHY ne s'applique pas formellement aux Départements d’Outre‐Mer (DOMs) comprenant des points REPHY9, car ceux‐ci ont leur propre programmation.

Des documents de méthodes d’un contenu plus technique sont également mis à disposition des organismes et laboratoires intervenant pour le REPHY.

4 ObjectifsduREPHY

L’objectif principal du REPHY est la connaissance de la biomasse, de l’abondance et de la composition du phytoplancton marin des eaux côtières et lagunaires, ainsi que du contexte hydrologique afférent. Cette connaissance recouvre notamment celle de la distribution spatio‐temporelle des différentes espèces phytoplanctoniques et de leur évolution, et le recensement des efflorescences exceptionnelles. L’acquisition simultanée de paramètres hydrologiques et physico‐chimiques et chimiques permet de caractériser et de comprendre les processus gouvernant les écosystèmes côtiers.

4 SRN : Suivi Régional des Nutriments 5 RHLN : Réseau Hydrologique du Littoral Normand 6 ARCHYD : Arcachon Hydrologie 7 RSLHYD : Réseau de Suivi Lagunaire 8 Pour un inventaire à jour, consulter le produit SURVAL : http://envlit.ifremer.fr/resultats/acces_aux_donnees/presentation 9 Des points REPHY existent en Martinique, Guadeloupe, Guyane, Réunion, Mayotte ; ils sont essentiellement utilisés dans le cadre de la DCE phytoplancton et hydrologie


Cet objectif principal se décline plus précisément selon les trois composantes du REPHY : observation, surveillance, sanitaire.

4.1 REPHY Observation

Le REPHY Observation a pour objectif de répondre à des questions de recherche, dont certaines ont été précisées lors des travaux de thèse de Hernandez‐Farinas (2015), et formalisées par Bacher (comm. pers.), par exemple :

analyser les réponses des communautés phytoplanctoniques aux changements environnementaux, celles‐ci ayant des impacts à plus grande échelle, sur le réseau trophique ou sur la santé humaine. Ces réponses peuvent être par exemple examinées en termes d’abondance globale, de proportions des principaux groupes taxonomiques, de structure des communautés et de fluctuations de l’abondance d’une espèce. Comprendre les réponses aux changements et aux gradients environnementaux nécessite donc l’étude de plusieurs niveaux taxonomiques et fonctionnels à plusieurs échelles spatio‐temporelles, ainsi que la confrontation des concepts écologiques aux observations in situ.

reconnaître les niches écologiques du phytoplancton et les habitats pélagiques. La niche écologique décrit les combinaisons de paramètres environnementaux correspondant aux conditions favorables à une espèce. Les études portant sur la niche écologique permettent de comparer entre elles plusieurs espèces et d’informer sur l'organisation de la communauté. Cette notion de niche écologique, encore peu utilisée dans le domaine du phytoplancton, pourrait aider à prévoir les réactions des espèces du phytoplancton face aux divers facteurs de stress agissant simultanément.

détecter les variations de phénologie, qui est l’étude des variations périodiques du cycle de vie d’une espèce en relation avec les variations saisonnières et climatiques. Le phytoplancton, notamment sous les hautes latitudes, présente de fortes variations saisonnières caractérisées par des taux nets de croissance élevés durant les conditions favorables, suivis d'un maximum de l'abondance puis d’une diminution. Les études relatives à la phénologie peuvent mettre en évidence des efflorescences plus précoces, avec des conséquences potentiellement importantes sur le fonctionnement des écosystèmes, pouvant entraîner des effets en cascade qui se propagent jusqu’aux niveaux trophiques supérieurs. Ces effets sont actuellement peu documentés pour le phytoplancton.

caractériser les traits et groupes fonctionnels. Le modèle CSR (espèces compétitrices « C », tolérantes au stress « S », rudérales « R ») peut être appliqué à la classification d'espèces phytoplanctoniques d’après leur morphologie et leurs traits physiologiques. Ces traits biologiques peuvent être directement liés à la phénologie et à la niche des espèces, et conduire à une méthode pertinente pour évaluer la réponse des communautés à des variations environnementales.

Le REPHY Observation correspond à un nombre limité de lieux, suffisant pour fournir une connaissance satisfaisante de la biodiversité du phytoplancton sur le littoral français, ainsi que de la distribution spatiale et des variations temporelles des divers taxons phytoplanctoniques le long des côtes françaises (Beliaeff et al., 2001 ; Gailhard, 2003 ; Gailhard et al., 2003 ; Hernandez‐Farinas, 2015 ; Hernandez‐Farinas et al. (2014 ; 2015)).

Les principales caractéristiques du REPHY Observation sont : (i) une période d’échantillonnage couvrant toute l’année, (ii) une fréquence d’échantillonnage élevée (une fois par quinzaine), (iii) une observation du phytoplancton total (identification et dénombrement de tous les taxons identifiables


au microscope optique), (iv) de nombreux paramètres mesurés en accompagnement, afin de répondre au mieux aux questions citées ci‐dessus.

Ces caractéristiques permettent d’envisager de nombreuses autres potentialités d’utilisation des données acquises dans ce cadre, par exemple : (i) la participation au calcul des indicateurs prévus pour évaluer la qualité des eaux littorales dans le cadre de la DCE (voir ci‐dessous le REPHY Surveillance), (ii) la détection de nouvelles espèces, incluant les espèces toxiques ou nuisibles pour la faune et la flore marine, et les espèces toxiques pour les consommateurs de produits marins, permettant ainsi d’anticiper d’éventuels épisodes toxiques émergents, (iii) un retour sur les observations historiques d’espèces rares, si nécessaire, par exemple en cas de doute sur une éventuelle toxicité, etc

4.2 REPHY Surveillance

Le REPHY Surveillance a pour principal objectif de répondre aux directives européennes (DCE et DCSMM) pour le phytoplancton et l’hydrologie, en complétant le réseau d’Observation (le nombre de lieux de ce dernier n’étant pas suffisant pour couvrir toutes les masses d’eau requises par la DCE). Dans le contexte actuel, plusieurs indicateurs peuvent être calculés selon les critères fixés par la DCE, à partir des données de l’ensemble Observation + Surveillance : un indicateur phytoplancton (incluant les observations de phytoplancton et les mesures de chlorophylle), et des indicateurs physico‐chimiques (température, turbidité, oxygène dissous et nutriments).

Les contraintes du REPHY Surveillance sont moindres que celles du REPHY Observation, puisqu’elles s’appuient sur les critères DCE : (i) période d’échantillonnage parfois réduite, (ii) fréquence d’échantillonnage plus basse (une fois par mois), (iii) observation du phytoplancton allégée. Les paramètres accompagnateurs sont identiques à ceux du REPHY Observation.

Il faut noter que l’observation « allégée » du phytoplancton prévue dans le cadre du REPHY Surveillance inclut celle des espèces proliférantes (nécessaire pour le calcul de l’indicateur DCE10), mais aussi celle de toutes les espèces connues pour être toxiques pour les consommateurs de coquillages, permettant de ce fait de répondre en termes de suivi sanitaire si nécessaire. Ces caractéristiques permettent donc d’envisager d’autres potentialités d’utilisation des données acquises dans ce cadre, par exemple : (i) le suivi des proliférations algales, espèce par espèce, (ii) le suivi des espèces toxiques pour l’écosystème, dans la mesure où celles‐ci sont généralement nuisibles à forte concentration, (iii) le suivi des espèces toxiques pour les consommateurs, y compris à faible concentration.

10 pour mémoire, la métrique actuellement utilisée pour l’abondance est le pourcentage d’échantillons comportant des blooms > 100 000 cellules par litre ou > 250 000 cellules par litre selon qu’il s’agit de grandes ou de petites cellules


4.3 Ensemble Observation + Surveillance

Pour cet ensemble, la mesure des paramètres hydrologiques de base, en complément des observations du phytoplancton, permet de caractériser et de comprendre les processus gouvernant les écosystèmes côtiers :

la température et la salinité, dont les variations influent sur la production et la diversité phytoplanctonique

la turbidité, qui, par l’estimation de l’opacité du milieu, permet de déterminer la quantité de lumière disponible pour le développement du phytoplancton

l’oxygène dissous, qui est un paramètre vital gouvernant la majorité des processus biologiques des écosystèmes

la chlorophylle‐a, qui permet de quantifier la biomasse phytoplanctonique, en donnant une information complémentaire des observations phytoplanctoniques

les nutriments, qui représentent l’ensemble des composés nécessaires à la nutrition du phytoplancton

La surveillance phytoplancton – hydrologie assurée par l’ensemble REPHY Observation + REPHY Surveillance est, sur certaines zones, complémentaire à celle menée par des réseaux de surveillance régionaux (SRN en Artois Picardie, RHLN en Normandie, ARCHYD pour le bassin d’Arcachon, RSLHYD pour les lagunes méditerranéennes).

Cette surveillance phytoplancton – hydrologie permet de répondre non seulement aux obligations de la DCE, mais aussi à d’autres directives ou conventions internationales. Par exemple, si les indicateurs DCSMM restent à déterminer, ils devraient, dans un premier temps, s’appuyer sur les résultats des travaux menés dans le cadre de la définition d’indicateurs pour la DCE (voir en particulier Belin et al., 2014). Les données sont également utilisées dans le cadre de la convention OSPAR11 pour les aspects phytoplancton, chlorophylle et hydrologie en Manche‐Atlantique. Les données acquises en Méditerranée ont également vocation à être transmises à MEDPOL12 dans le cadre de la convention de Barcelone.

4.4 REPHY sanitaire

Le REPHY sanitaire a pour objectif d’affiner le déclenchement de prélèvements de coquillages effectués dans le cadre du REPHYTOX, en complétant de façon ponctuelle les résultats acquis sur les espèces toxiques par les deux autres composantes Observation et Surveillance. Il suit les espèces phytoplanctoniques en se restreignant à celles qui sont productrices de toxines susceptibles de s’accumuler dans les produits marins de consommation. Les contraintes du REPHY sanitaire sont bien moindres que celles des deux autres composantes : échantillonnage variable (régulier ou épisodique), en liaison avec le contexte de toxicité dans la zone concernée.

11 OSPAR : Convention d’Oslo et de Paris 12 MEDPOL : Mediterranean Pollution Monitoring Programme


5 Organisationetfonctionnement

5.1 Organisation générale

Dans l’organisation Ifremer, le REPHY est une action du projet PHY3 (Phytoplancton, Phycotoxines, Physico‐chimie) géré par le département ODE (Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes). La mise en œuvre opérationnelle du REPHY repose sur neuf LERs (Laboratoires Environnement Ressources de l’Ifremer) implantés sur treize sites répartis sur tout le littoral, qui assurent, chacun pour sa zone littorale de compétence, la mise en œuvre des prélèvements d’eau, des mesures in situ, des observations du phytoplancton, des analyses physico‐chimiques, de la saisie des données, de la valorisation et de la diffusion des résultats au niveau régional. La majorité de ces activités est réalisée par le LER lui‐même, mais certaines peuvent être sous traitées.

La cohérence de l’ensemble est gérée par une coordination nationale, positionnée à ODE / VIGIES / Nantes, et chargée de la programmation, du suivi opérationnel, de la valorisation et de la diffusion des résultats aux niveaux national et international, et de l’interface avec les unités de recherche. La coordination s’appuie sur les experts pour chacun des domaines concernés par le REPHY.

Des correspondants REPHY, identifiés dans chaque LER, sont les contacts privilégiés de la coordination nationale.

Les principales entités intervenant pour le REPHY sont listées en annexe 2, avec : les localisations géographique, les contacts, les compétences géographiques (nationale ou régionale).

Des journées REPHY‐REPHYTOX sont organisées régulièrement par la coordination nationale, et rassemblent l'ensemble des personnes concernées, en particulier les correspondants REPHY‐REPHYTOX. Deux de ces journées sont ouvertes aux partenaires nationaux et régionaux de l’Ifremer : une journée est consacrée aux aspects environnementaux et concerne donc seulement le REPHY, l’autre journée est consacrée aux aspects sanitaires et concerne de ce fait le REPHY (phytoplancton toxique) et le REPHYTOX (toxines). Une journée supplémentaire, interne, est réservée aux aspects plus techniques et organisationnels. Les comptes rendus de ces journées sont disponibles sur le site WEB Environnement Littoral de l’Ifremer dans la rubrique Publications : http://envlit.ifremer.fr/documents/publications

5.2 Contexte réglementaire et processus Qualité

L’annexe 3 liste de façon détaillée :

Les documents réglementaires internationaux et nationaux

Les normes et les documents de qualité (généraux et propres à Ifremer), avec mention de la certification ISO 9001 de l'Ifremer, du processus P7, et des manuels Qualité des LERs

Les documents de prescription, documents de références et manuels de méthodes o pour l’ensemble de la surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie o pour les lieux de prélèvement o pour l’hydrologie o pour le phytoplancton o pour la bancarisation dans Quadrige o pour la diffusion des résultats sanitaires

Les documents d'appui aux identifications du phytoplancton et le référentiel taxinomique

Les modalités d’accréditations et d’agréments


Les modalités pour les intercalibrations et les Essais d’Aptitude par Comparaisons Inter Laboratoires (CILs)

o pour la chlorophylle et les nutriments o pour le phytoplancton

Les formations proposées, avec rappel des historiques o les journées REPHY o pour le phytoplancton o pour l’hydrologie

Les modalités du processus de qualification des données dans Quadrige

5.3 Prélèvements et analyses

Les prélèvements et analyses effectuées dans le cadre du REPHY sur un lieu de prélèvement donné sont majoritairement effectués par le LER concerné par ce lieu. Dans un certain nombre de cas cependant, le LER peut faire appel à un prestataire extérieur dans le cadre d’un partenariat ou d’une sous‐traitance.

Le partenariat concerne les échanges scientifiques avec bénéfice des deux parties, par exemple dans le cas des échanges REPHY‐SOMLIT/RESOMAR, ou REPHY‐STARESO, pour lesquels des prélèvements et/ou analyses sont réalisés par l’une ou l’autre partie, et utilisés par les deux, quel que soit le mode de contrepartie financière.

La sous‐traitance concerne les cas de contrats unilatéraux, pour lesquels une commande est passée par Ifremer pour une prestation bien ciblée, et faisant l’objet d’un contrat financier.

Dans la suite du document, le partenariat et la sous‐traitance sont souvent nommées de la même façon comme « prestation extérieure », car ils engagent les mêmes obligations en termes de procédures.

Les partenariats et sous‐traitances peuvent être formalisés via une lettre d’accord de fonctionnement, une convention de partenariat, une convention avec un organisme, une lettre contrat, etc. La coordination REPHY peut vérifier ou valider les modalités techniques et financières des conventions relatives aux prestations extérieures.

Prélèvements d’eau et mesures in situ

Les prélèvements d’eau et les mesures in situ réalisées simultanément au prélèvement, sont effectués par le LER concerné, ou par un prestataire extérieur. Dans ce dernier cas, le matériel nécessaire au prélèvement n’est pas financé par l’Ifremer mais peut faire l’objet de prêts ponctuels.

Les cas d’utilisation d’une prestation extérieure sont par exemple les suivants :

lieu inaccessible ou trop dangereux avec les moyens nautiques dont dispose le LER

lieu trop éloigné du LER

moyens humains ou nautiques indisponibles, ou surcharge momentanée du LER Dans tous les cas, le LER doit s’assurer que les mesures in situ, les prélèvements, le traitement et le stockage des échantillons, sont réalisés selon les prescriptions exigées dans les manuels de méthodes ad hoc (cf. annexe 3), complétées par les procédures internes au laboratoire demandeur. Les


modalités sont définies dans le SMQ13 des laboratoires et/ou dans les contrats ou conventions passés avec le prestataire extérieur. Un protocole détaillé doit être fourni au partenaire ou sous‐traitant de façon à ce que le service soit effectué dans les conditions recommandées par les LERs. La réalisation du service doit être maîtrisée par le LER concerné par tout moyen jugé efficace par ce dernier.

Quand le choix est fait d’un nouveau prestataire, une formation initiale des personnels doit être prévue lors des premiers prélèvements sur tous les lieux concernés. Tous les documents nécessaires doivent être fournis.

Il est fortement conseillé de prévoir une tournée commune avec le prestataire au minimum une fois par an, si possible en début de campagne.

Le LER doit s'assurer que les engins utilisés par le prestataire pour les mesures in situ font l'objet d'un contrôle métrologique régulier.

Observations du phytoplancton

Dans la mesure du possible, les observations du phytoplancton doivent être effectuées par le LER concerné. Ceux qui ne sont pas en mesure d’effectuer toutes leurs observations doivent s’adresser prioritairement à un autre LER si c’est pour une période déterminée. Il est possible de s’adresser à un autre laboratoire Ifremer ou à un laboratoire extérieur.

Tous les laboratoires effectuant des observations du phytoplancton (LERs ou prestataires) doivent impérativement suivre les méthodes de référence décrites dans les manuels Ifremer, et participer à des CILs (Comparaisons Inter‐Laboratoires) organisées par un laboratoire accrédité (cf. annexe 3).

Dans le cas d’une prestation extérieure, tous les documents nécessaires doivent être fournis au prestataire, en particulier le référentiel taxons phytoplancton de Quadrige (contacter la coordination REPHY si nécessaire). Il est fortement conseillé de prévoir une réunion avec le prestataire une fois par an. Le LER doit s'assurer que le microscope utilisé pour les observations du phytoplancton fait l'objet d'un contrôle métrologique régulier.

Analyses des paramètres physico-chimiques et chimiques

Dans la mesure du possible, les analyses hydrologiques doivent être effectuées par le LER concerné. Les LERs qui ne sont pas en mesure d’effectuer toutes leurs analyses hydrologiques peuvent s’adresser, soit à un des LERs équipés (listés en annexe 4), soit à un autre laboratoire Ifremer, soit à un laboratoire extérieur.

L’agrément délivré par le MEEM pour les laboratoires effectuant des analyses dans le domaine de la surveillance des milieux aquatiques, nécessite une accréditation préalable. A titre transitoire, les LERs de l’Ifremer sont habilités en interne à analyser les paramètres hydrologiques.

Seules les analyses de nutriments sont actuellement effectuées sous accréditation à Ifremer. Les autres mesures, pour le phytoplancton et l’hydrologie, doivent cependant être réalisées selon les méthodes recommandées et les procédures décrites pour le REPHY, et sous démarche qualité. La liste des laboratoires de l’Ifremer accrédités est tenue à jour et disponible sur le site du Cofrac : www.cofrac.fr

13 SMQ : Système de Management de la Qualité


Tous les LERs doivent impérativement participer à des CILs organisés par un organisme accrédité, pour la chlorophylle‐a, et pour les nutriments pour les laboratoires concernés. Pour les nutriments, l’organisme accrédité recommandé est QUASIMEME.

Pour le choix d’un prestataire extérieur, une sélection doit être faite pour identifier les laboratoires agréés pour le paramètre recherché dans la matrice « eaux salines ». Ce prestataire sera impérativement agréé et/ou accrédité. Il doit effectuer les analyses selon les méthodes de référence décrites dans les manuels Ifremer (Aminot & Kérouel 2004, Aminot & Kérouel 2007). Il est impératif que ce prestataire participe à des CILs (nutriments et chlorophylle), organisés par un organisme accrédité (cf. annexe 3).

La liste des laboratoires extérieurs agréés est accessible sur : http://www.labeau.ecologie.gouv.fr/defaut/liste‐labo‐agrees.php#

Ce site fournit le couple analyte/matrice pour lequel le laboratoire est agréé. L’information sur la méthode employée est à rechercher dans les annexes techniques du laboratoire.

La validité et la portée de l’accréditation pour les laboratoires accrédités sont vérifiées sur le site du Cofrac : www.cofrac.fr

Conclusion sur l’organisation des prélèvements et analyses

Il est recommandé que tous les laboratoires impliqués dans les prélèvements, mesures in situ, observations du phytoplancton, ou analyses hydrologiques, qu’ils soient Ifremer ou extérieur, participent aux Journées d’information / formations / ateliers proposés, par exemple, et selon le cas : les Journées REPHY, les Journées Hydrologie, les Ateliers taxinomie du phytoplancton co‐organisés par REPHY et RESOMAR, etc.

5.4 Bancarisation des données

Tous les résultats acquis dans le cadre du REPHY doivent être saisis dans la base de données Quadrige².

Il est fortement recommandé que les opérations de saisie / contrôle / validation de données soient effectuées par le LER producteur de la donnée, y compris si la prestation (prélèvement ou analyse) a été réalisée par un prestataire extérieur. Toute nouvelle délégation de saisie devra désormais faire l’objet d’une demande préalable circonstanciée à la coordination REPHY. Les prestations de saisie actuellement réalisées par un prestataire doivent être régulièrement évaluées par le LER concerné, en termes de délai et de qualité de la saisie.

Comme pour les prélèvements et analyses, les opérations dans la base Quadrige doivent être effectuées par du personnel habilité, ayant participé à une formation organisée par la cellule Quadrige.

La saisie des résultats est effectuée, le plus rapidement possible après obtention des résultats, si possible en temps réel. Le contrôle et la validation des résultats doivent être réalisés le plus rapidement possible après la saisie, au minimum une fois tous les deux mois.


La qualification des données est à l’initiative de la coordination REPHY et du service VIGIES (voir annexe 3). Cependant les LERs s’engagent à répondre dans des délais raisonnables aux demandes et questions qui émanent de VIGIES sur leurs données.

5.5 Soutien et expertise

Le soutien, l’expertise, ainsi que la formation des intervenants REPHY, sont assurés par les experts phytoplancton, hydrologie et bancarisation, chacun pour son domaine de compétence. Ces experts sont également responsables de la mise à jour des documents de méthodes, et de la mise à disposition d’outils (tels que guides, diaporamas, produits de traitement et de valorisation, etc).

Les informations relatives aux entités de soutien et expertises sont explicitées dans l’annexe 2. Si besoin, l’expertise peut également être assurée par des spécialistes extérieurs à l’Ifremer, ponctuellement ou dans le cadre d’une collaboration.

Prélèvements d’eau et mesures in situ

La responsable de l’action « Harmonisation de la surveillance hydrologique » du projet PHY3, située à DYNECO‐PELAGOS‐Brest, assure l’expertise sur les stratégies d’échantillonnage, les prélèvements et les mesures in situ, pour tout ce qui concerne l’échantillonnage destiné aux mesures hydrologiques. A noter qu’une partie de l’expertise est assurée par la coordination REPHY pour ce qui concerne les prélèvements pour le phytoplancton (cf. manuel Neaud‐Masson, 2015), et par DYNECO‐PELAGOS pour ce qui concerne les prélèvements pour les pigments (cf. Belin & Lampert, 2016)

Observations du phytoplancton

Taxinomie

Le soutien et l’expertise sont assurés par les experts du LER‐BO à Concarneau. En cas de doute sur l’identification d’une espèce, des photos de l’espèce en question sont envoyées par messagerie, pour expertise. Ces images, de la meilleure définition possible, devront être renseignées avec un minimum de données comme la date et le lieu de prélèvement, la température, la salinité, la nature (eau brute, pêche au filet, etc) et l’état (vivant, lugolé, formolé, etc) de l’échantillon examiné, la concentration cellulaire de l’espèce en question, voire des espèces dominantes accompagnatrices. La détermination de l’espèce, lorsque les images le permettent et les commentaires sur les photos envoyées sont ensuite transmises à l’ensemble des observateurs (via l’intranet du LER‐BO, ou par courriel).

Une autre partie du soutien est assurée par la coordination REPHY à Nantes, pour ce qui concerne les méthodes d’observation du phytoplancton et la coordination au niveau Ifremer des participations aux Compararaisons Inter‐Laboratoires (CILs) pour l’identification et le dénombrement du phytoplancton (cf. annexe 3).

Ecologie

L’expertise est assurée par le laboratoire DYNECO‐PELAGOS à Brest. Selon les sujets et les domaines de compétence, d’autres laboratoires (LERs ou autres) peuvent être sollicités.


Analyses hydrologiques

Le soutien méthodologique et l’expertise, pour tous les paramètres physico‐chimiques et chimiques, sont assurés par la responsable de l’action « Harmonisation de la surveillance hydrologique » à DYNECO‐PELAGOS‐Brest.

Bancarisation et valorisation

Le service ODE‐VIGIES assure le soutien et l’expertise pour tout ce qui relève de la bancarisation des données, leur traitement, la valorisation, la diffusion et la transmission des données.

En particulier, le service VIGIES héberge la cellule d’administration Quadrige qui gère les référentiels, assure les formations des nouveaux utilisateurs et assiste les utilisateurs Quadrige pour toute question.

Par ailleurs, l’équipe de traitement et de valorisation des données à VIGIES, développe des outils destinés à faciliter la valorisation des données, au niveau national ou au niveau régional, par exemple :

outils pour la réalisation des bulletins de la surveillance régionaux, sous un format homogène

outils d’évaluation DCE pour les éléments de qualité phytoplancton et hydrologie

outils permettant la mise à jour de produits sur le site WEB Envlit (ParamMaps, Synoptiques)

outils de suivi des échantillonnages, destinés à alimenter des bilans réguliers et des indicateurs (par ex pour le processus P7)

6 Stratégied’échantillonnage

6.1 Lieux de prélèvement

Pour répondre à ses objectifs, le REPHY assure des mesures in situ dans la masse d’eau, et des prélèvements d’eau destinés à l’observation du phytoplancton et aux analyses de certains paramètres physico‐chimiques.

Ces mesures et prélèvements sont effectués sur un réseau de lieux de prélèvement répartis sur l’ensemble du littoral, et définis pour répondre aux différents objectifs. La couverture spatiale répond à un double impératif de pertinence scientifique et d’optimisation du rapport coût / efficacité. Les paramètres à mesurer sur chacun des lieux, ainsi que la période et la fréquence d’échantillonnage pour chacun d’entre eux, sont définis dans le contexte d’une mutualisation des différentes stratégies de surveillance correspondant aux différents objectifs. Par exemple, les mêmes observations de phytoplancton peuvent être utilisées à la fois pour des aspects environnementaux ou sanitaires.

Les lieux de prélèvement REPHY sont tous des lieux ponctuels, dont la position géographique est fixe, et pour lesquels l’échantillonnage doit être effectué « précisément » sur les coordonnées définies pour ce lieu (à l’aide d’un GPS ou de tout autre repérage géographique) ; la précision évoquée ici est de 200 m autour des coordonnées géographiques du lieu, sachant que dans certaines configurations (présence d’un obstacle naturel ou artificiel, de type pointe rocheuse ou digue), cette précision doit être adaptée à la morphologie du lieu.


N.B. Les lieux de prélèvement du REPHY peuvent être communs avec des lieux du REPHYTOX. En tout état de cause, l’association entre lieux REPHYTOX et lieux REPHY utilisés pour les aspects sanitaires est étroite, les résultats phytoplancton sur les lieux REPHY d’une zone donnée déterminant le déclenchement de la recherche de toxines sur des lieux REPHYTOX de la zone ou de zones adjacentes.

6.2 Zonages : zones marines et masses d’eau DCE

Zones marines

Le zonage commun à tous les domaines couverts par Quadrige² est celui des zones marines : il est constitué de zones contiguës, dont un certain nombre sont décrites au large, permettant d’englober tous les lieux existants. Ce zonage a été défini pour être utilisé comme référentiel à la fois sur des aspects environnementaux, sanitaires et aquacoles. 92 zones marines sont décrites pour la Manche et l’Atlantique (001 à 092 du nord au sud), 31 zones marines sont décrites pour la Méditerranée (093 à 123 de l’ouest à l’est).

La numérotation des zones marines constitue les trois premiers numéros du mnémonique d'un lieu de surveillance. Par exemple 006‐P‐009 est un lieu ponctuel (P) de la zone marine 006.

Masses d’eau DCE

Le terme de masse d’eau est employé en référence aux masses d’eau officiellement désignées pour la surveillance DCE. Le référentiel des masses d’eau et de leur typologie est géré par le SANDRE14 : il consiste en un découpage des eaux littorales en zones contiguës, dont la limite au large est de 1 mille marin au‐delà de la ligne de base servant pour la mesure de la largeur des eaux territoriales. Les masses d’eau sont divisées en deux catégories :

masses d’eau côtières, qui ne sont pas ou peu sous l’influence d’eaux douces, et dont la salinité est supérieure à 25

masses d’eau de transition : elles comprennent les estuaires, les deltas, les zones intermédiaires entre eaux douces et eaux marines avec des eaux plus ou moins saumâtres (salinité inférieure à 25), et les lagunes en Méditerranée

Les lieux REPHY sont tous rattachés à une zone marine, mais ne sont pas tous rattachés à une masse d’eau du fait de la limitation au large. Le référentiel des masses d’eau est donc essentiellement utilisé pour la DCE.

6.3 Prélèvements d’eau et mesures in situ

Des sorties sont effectuées régulièrement tout au long de l’année sur les lieux du REPHY Observation et du REPHY Surveillance.

En revanche, les lieux du REPHY sanitaire peuvent être échantillonnés de façon épisodique ou bien régulière, selon le contexte de toxicité dans la zone concernée, déterminé par les données historiques disponibles sur les toxines dans le cadre du REPHYTOX. En effet, dans les zones suffisamment couvertes par les résultats sur le phytoplancton toxique provenant de lieux

14 SANDRE = Service d’Administration National des Données et Référentiels sur l’Eau


Observation ou Surveillance, les lieux du REPHY sanitaire de ces zones ne sont utilisés que pendant les épisodes toxiques pour renforcer la surveillance du phytoplancton toxique. Par contre, dans les zones non représentées par un lieu Observation ou Surveillance, l’échantillonnage sur le ou les lieux du REPHY sanitaire de ces zones peut être régulier, toute l’année ou pendant la période la plus propice aux développements de phytoplancton toxique.

Rappelons que les principales caractéristiques des stratégies d’échantillonnage pour chacune des trois composantes du REPHY sont :

pour le REPHY Observation : (i) période d’échantillonnage couvrant toute l’année, (ii) fréquence d’échantillonnage élevée (une fois par quinzaine), (iii) observation du phytoplancton total (identification et dénombrement de tous les taxons identifiables au microscope optique), (iv) nombreux paramètres mesurés en accompagnement

pour le REPHY Surveillance : (i) période d’échantillonnage ne couvrant pas toujours toute l’année, (ii) fréquence d’échantillonnage d’une fois par mois, (iii) observation du phytoplancton allégée (flore indicatrice), (iv) paramètres accompagnateurs identiques à ceux du REPHY Observation

pour le REPHY sanitaire : (i) échantillonnage pouvant être épisodique et limité dans le temps, (ii) observation du phytoplancton limitée aux espèces toxiques (flore toxique)

Les tableaux 1.1 à 3.3 détaillent les stratégies d’échantillonnage à suivre pour chacune des trois composantes du REPHY, en tenant compte des spécificités de chacune des façades maritimes. Le tableau 1 concerne les eaux côtières et les eaux de transition de Manche et Atlantique, le tableau 2 concerne les eaux côtières et les eaux de transition de Méditerranée sans les lagunes, le tableau 3 concerne les eaux de transition de type lagunes de Méditerranée. Chaque tableau est en trois parties correspondant aux trois composantes du REPHY.

Dans chaque tableau sont détaillés : (i) les paramètres à mesurer obligatoirement, (ii) les paramètres additionnels ou facultatifs, à mesurer selon le type de lieu, ou selon le contexte.

Pour chacun des paramètres, sont décrits la période, la fréquence et le niveau d’échantillonnage à respecter. Ces prescriptions sont à suivre impérativement. Il existe néanmoins des exceptions ou des cas particuliers sur quelques lieux, qui sont identifiés et argumentés dans le document de référence Phytoplancton et Hydrologie (Belin, 2016). Ces cas particuliers peuvent concerner par exemple l’impossibilité de mesurer l’oxygène au fond pour des lieux trop brassés, ou bien des mesures de phytoplancton et de quelques paramètres physico‐chimiques accompagnateurs au fond pour des raisons diverses.

Les paramètres additionnels concernent les cas suivants :

certains lieux du REPHY Observation font l’objet d’un échantillonnage pour des analyses de pigments, ils sont identifiés dans la note Belin & Lampert (2016), et reportés dans le document Belin (2016)

certains lieux du REPHY Observation ou du REPHY Surveillance, identifiés dans le document Belin (2016) comme « Observation + Sanitaire » ou « DCE + Sanitaire » font l’objet de sorties supplémentaires pour les seuls aspects sanitaires, en cas d’épisode de toxicité, avec des observations ciblées sur le phytoplancton toxique


Les prélèvements d’eau et les mesures hydrologiques in situ, sont effectués selon les recommandations suivantes :

pour les eaux côtières de Manche et d’Atlantique, de préférence en dehors de la zone estran, à pleine mer plus ou moins deux heures

pour les eaux côtières de Méditerranée, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée, et hors influence directe de sources de perturbation (rejets, émissaires, etc.)

pour les lagunes méditerranéennes, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée et hors période de vent

pour les eaux de transition estuariennes, au centre du fleuve, à pleine mer plus ou moins deux heures

Les mesures de température, salinité, turbidité et oxygène dissous doivent être effectuées in situ en sub‐surface (‐1 m). L’oxygène dissous doit être en plus mesuré au fond, en période à risque d’anoxie (voir tableaux 1.1. à 3.3.) : à ces périodes, la température et la salinité sont également mesurées au fond. Lorsque le matériel le permet, il est souhaitable d’effectuer un profil de ces trois paramètres sur l’ensemble de la colonne d’eau.

Les prélèvements d’eau destinés aux observations du phytoplancton, aux mesures de chlorophylle‐a ou de pigments, et aux mesures de nutriments doivent être effectués en sub‐surface (– 1 m).


Tableau 1.1. Stratégies d'échantillonnage pour le Phytoplancton et l'Hydrologie : paramètres mesurés, période, fréquence et niveau Manche et Atlantique, eaux côtières et de transition

REPHY Observation Paramètres obligatoires

phyto ‐ flore totale toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m

chlorophylle‐a toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m

température et salinité toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m (+ fond de juin à septembre avec l'oxygène)

turbidité toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m

oxygène dissous juin à septembre une fois par quinzaine à ‐1 m et au fond

nutriments (NH4+, NO3

‐+NO2‐, PO4

3‐, SiOH4) toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m

Paramètres additionnels, pour tous les lieux désignés pour la surveillance des pigments (cf. note pigments)

pigments toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m

Paramètres additionnels, pour tous les lieux désignés comme Observation + Sanitaire (cf. doc. phyto‐hydro)

phyto ‐ flore toxique pendant épisode toxique, + éventuellement pendant périodes et selon modalités précisées dans doc. phyto‐hydro

une fois par semaine, lors des semaines sans flore totale

à ‐1 m

température et salinité en même temps que l'échantillonnage du phyto toxique


à ‐1 m



REPHY Surveillance Paramètres obligatoires pour tous les lieux de la Surveillance Phyto‐Hydro

phyto ‐ flore indicatrice toute l'année une fois par mois à ‐1 m

chlorophylle‐a de mars à octobre une fois par mois à ‐1 m

température et salinité toute l'année une fois par mois à ‐1 m (+ fond de juin à septembre avec l'oxygène)

turbidité toute l'année une fois par mois à ‐1 m

oxygène dissous juin à septembre une fois par mois à ‐1 m et au fond


‐+NO2‐, PO4

3‐, SiOH4) de novembre à février une fois par mois à ‐1 m

Paramètres obligatoires pour tous les lieux de la Surveillance Hydro seulement (sélection de lieux en eaux de transition, cf. doc. phyto‐hydro)





‐+NO2‐, PO4

3‐, SiOH4) de novembre à février une fois par mois à ‐1 m

Paramètres additionnels, pour tous les lieux désignés comme DCE + Sanitaire (cf. doc. phyto‐hydro)


une fois par semaine, lors des semaines sans flore indicatrice

à ‐1 m



à ‐1 m



REPHY Sanitaire Paramètres obligatoires


généralement une fois par semaine

à ‐1 m

Paramètres facultatifs, selon le contexte


à ‐1 m

turbidité en même temps que l'échantillonnage du phyto toxique

à ‐1 m

oxygène dissous en même temps que l'échantillonnage du phyto toxique

à ‐1 m, + éventuellement au fond


Tableau 2.1. Stratégies d'échantillonnage pour le Phytoplancton et l'Hydrologie : paramètres mesurés, période, fréquence et niveau Méditerranée, eaux côtières et eaux de transition de type delta (sauf lagunes)






oxygène dissous juin à septembre une fois par quinzaine à ‐1 m et au fond


‐+NO2‐, PO4

3‐, SiOH4)

toute l'année une fois par quinzaine (à titre transitoire, les nutriments ne sont mesurés qu'une fois par mois et sans les silicates (cf. note nutriments) ; à revoir en 2017

à ‐1 m

Paramètres additionnels, pour tous les lieux désignés pour la surveillance des pigments (cf. note pigments)

pigments toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m


phyto ‐ flore toxique pendant épisode toxique, + pendant périodes et selon modalités précisées dans doc. phyto‐hydro


à ‐1 m



à ‐1 m



REPHY Surveillance Paramètres obligatoires

phyto ‐ flore indicatrice toute l'année une fois par mois à ‐1 m

chlorophylle‐a toute l'année une fois par mois à ‐1 m





‐

+NO2‐, PO4

3‐, SiOH4) toute l'année, une fois tous les trois ans une fois par mois à ‐1 m




à ‐1 m



à ‐1 m






à ‐1 m



à ‐1 m


à ‐1 m


à ‐1 m, + éventuellement au fond


Tableau 3.1. Stratégies d'échantillonnage pour le Phytoplancton et l'Hydrologie : paramètres mesurés, période, fréquence et niveau Méditerranée, eaux de transition de type lagunes






oxygène dissous de juin à septembre une fois par quinzaine à ‐1 m et au fond


‐+NO2‐, PO4

3‐, SiOH4) toute l'année une fois par quinzaine à ‐1 m




à ‐1 m



à ‐1 m



REPHY Surveillance Paramètres obligatoires

synthèse nano‐pico‐phyto de juin à août une fois par mois à ‐1 m

chlorophylle‐a de juin à août une fois par mois à ‐1 m

température et salinité de juin à août une fois par mois à ‐1 m et au fond

turbidité de juin à août une fois par mois à ‐1 m

oxygène dissous de juin à août une fois par mois à ‐1 m et au fond


‐+NO2‐,

PO43‐, SiOH4)

de juin à août, tous les ans ou tous les trois ans une fois par mois à ‐1 m



une fois par semaine à ‐1 m


une fois par semaine à ‐1 m






à ‐1 m



à ‐1 m


à ‐1 m


à ‐1 m, éventuellement au fond


6.4 Stratégies détaillées

Chacune des composantes du REPHY est associée à une stratégie précise pour ce qui concerne les observations du phytoplancton :

Phytoplancton Total pour les lieux du REPHY Observation

Phytoplancton Indicateur pour une grande partie des lieux du REPHY Surveillance

Phytoplancton Toxique, pour les lieux du REPHY Sanitaire

Deux autres stratégies sont applicables aux lieux du REPHY Surveillance non concernés par celles ci‐dessus : une spécifique aux lagunes (phytoplancton mesuré sous une autre forme), une spécifique à certains lieux des eaux de transition de Manche‐Atlantique.

Toutes ces stratégies sont détaillées ci‐dessous. Les noms des stratégies et des paramètres reprennent la terminologie Quadrige.

Stratégie Phytoplancton total

La stratégie Phytoplancton Total (PhyTot) est obligatoirement appliquée aux lieux du REPHY Observation.

Les observations phytoplanctoniques effectuées sur les lieux à stratégie PhyTot doivent être des Flores Totales (FLORTOT), c’est à dire l’identification et le dénombrement de l’ensemble des taxons reconnaissables dans les conditions d’observation. Les flores totales sont obligatoirement accompagnées des mesures suivantes : chlorophylle‐a, mesures physico‐chimiques (température, salinité, turbidité, oxygène dissous), nutriments.

Les résultats des flores totales contenant de facto les espèces proliférantes, sont utilisés pour le calcul de l’indicateur phytoplancton dans le cadre de la DCE.

Les résultats des flores totales contenant également les espèces toxiques, sont utilisés aussi pour le suivi sanitaire. Selon les cas (détaillés dans le document phyto‐hydro Belin (2016)), les lieux du REPHY Observation peuvent faire l’objet d’un échantillonnage supplémentaire dont l’objectif est purement sanitaire, par exemple une fois par semaine pendant les épisodes toxiques : dans ce cas les observations supplémentaires (en plus de celles faites toutes les quinzaines) sont des flores simplifiées (flores partielles/toxiques : voir plus bas).

Stratégie Phytoplancton Indicateur

La stratégie Phytoplancton Indicateur (PhyInd) est appliquée aux lieux du REPHY Surveillance n’appartenant pas au REPHY Observation, et désignés pour répondre à la DCE d’un point de vue Phytoplancton et Hydrologie.

Les observations phytoplanctoniques effectuées sur les lieux à stratégie PhyInd sont des Flores Indicatrices (FLORIND), c'est‐à‐dire l’identification et le dénombrement d’une liste ciblée de taxons, dont ceux en concentration importante (au‐delà de 100 000 cellules par litre), et ceux qui sont avérés toxiques. Les flores indicatrices sont obligatoirement accompagnées des mesures suivantes : chlorophylle‐a, mesures physico‐chimiques (température, salinité, turbidité, oxygène dissous), nutriments.


Les résultats des flores indicatrices contenant également les espèces toxiques, sont utilisés aussi pour le suivi sanitaire. Selon les cas (détaillés dans le document phyto‐hydro Belin (2016)), les lieux du REPHY Surveillance peuvent faire l’objet d’un échantillonnage supplémentaire dont l’objectif est purement sanitaire, par exemple une fois par semaine pendant les épisodes toxiques : dans ce cas les observations supplémentaires (en plus de celles faites tous les mois) sont des flores simplifiées (flores partielles/toxiques : voir plus bas).

N.B. Les lieux Phytoplancton + Hydrologie appartenant à une masse d’eau de transition de Manche Atlantique peuvent être associés dans la même masse d’eau à des lieux strictement Hydrologie : voir détails ci‐dessous dans Stratégie Hydrologie.

Stratégie Phytoplancton Toxique

La stratégie Phytoplancton Toxique (PhyTox) est appliquée aux lieux du REPHY Sanitaire.

Les observations phytoplanctoniques effectuées sur les lieux à stratégie PhyTox sont des Flores Partielles/Toxiques (FLORPAR), correspondant le plus souvent à l’identification et au dénombrement des seuls taxons toxiques. Les flores partielles/toxiques sont accompagnées seulement de mesures physico‐chimiques de base (température et salinité généralement).

Stratégie Hydrologie

La stratégie Hydrologie (Hyd) est appliquée aux lieux du REPHY Surveillance n’appartenant pas au REPHY Observation, et désignés pour répondre à la DCE d’un point de vue Hydrologie seulement.

Ces lieux sont présents dans certaines eaux de transition de Manche Atlantique. En effet, une masse d’eau de transition peut être représentée en Manche Atlantique par deux ou trois lieux de prélèvement (par exemple, dans les estuaires bretons). Dans ce cas, deux cas sont à considérer selon que la masse d’eau a été jugée turbide ou non (Belin & Daniel, 2013 a et b) :

dans les masses d’eau considérées comme turbides : seules les mesures de température, salinité, turbidité, oxygène et nutriments sont effectuées sur tous les lieux de la masse d’eau ; les observations phytoplanctoniques et la mesure de chlorophylle ne sont pas prévues car l’évaluation du phytoplancton n’y est pas jugée pertinente15 ; tous ces lieux relèvent donc de la stratégie Hydrologie

dans les masses d’eau non turbides : les mesures de température, salinité, turbidité, oxygène et nutriments sont effectuées sur tous les lieux de la masse d’eau ; les observations phytoplanctoniques et la mesure de la chlorophylle sont réalisées en plus sur un seul de ces lieux (généralement le lieu le plus en aval), qui est alors soumis à la stratégie Phytoplancton Indicateur, les autres relevant de la stratégie Hydrologie

15 par contre, si un lieu est susceptible d’apporter une information de type sanitaire, des flores toxiques peuvent être effectuées sur ce lieu


Stratégie Lagunes

La stratégie Lagunes est appliquée aux lieux du REPHY Surveillance présents dans les lagunes méditerranéennes.

Dans ces lagunes, le phytoplancton n’est pas évalué pour la DCE par des observations microscopiques, mais par des mesures de cytométrie en flux, qui ciblent le nano‐phytoplancton (paramètre NANOSUP3) et le pico‐phytoplancton (paramètre PEUKINF3), dominants dans ces écosystèmes. Ces mesures sont systématiquement accompagnées des mesures suivantes : chlorophylle‐a, mesures physico‐chimiques (température, salinité, turbidité, oxygène dissous), nutriments.

7 Méthodesd'observationsetd'analyses

7.1 Observation du phytoplancton

Les observations phytoplanctoniques sont effectuées au microscope selon les modalités décrites dans les manuels de méthodes référencés en annexe 3 pour le phytoplancton (le principal étant : Neaud‐Masson, 2015).

Trois types de flores sont décrits ci‐dessous, correspondant aux trois paramètres Quadrige² (FLORTOT, FLORIND et FLORPAR) :

les Flores Totales (FLORTOT) dénombrent tous les taxons reconnaissables

les Flores Indicatrices (FLORIND) dénombrent une liste minimale obligatoire de taxons

les Flores Partielles/Toxiques (FLORPAR) sont des flores simplifiées, sans liste obligatoire de taxons

Flores Totales (FLORTOT)

C’est l’identification et le dénombrement de toutes les espèces phytoplanctoniques pouvant être identifiées dans les conditions d’observation, c’est à dire globalement toutes les espèces dont la taille est supérieure à 20 µm, et celles dont la taille est inférieure mais qui sont en chaîne. Les espèces plus petites sont dénombrées seulement quand elles concernent des espèces potentiellement toxiques (ex : Chrysochromulina).

La liste de référence des espèces potentiellement identifiables se trouve dans le référentiel taxinomique de Quadrige², qui s’appuie sur le référentiel mondial WoRMS16. L’identification doit se faire au plus précis (espèce ou genre) si possible, sinon à un niveau taxinomique supérieur (genre, famille, voire ordre ou classe). Dans de nombreux cas, des groupes de genres ou d’espèces (taxons virtuels) ont été créés dans le référentiel, permettant aux observateurs de cibler au mieux l’identification.

16 WoRMS = World Register of Marine Species ‐ http://www.marinespecies.org/index.php


Flores Indicatrices (FLORIND)

C’est l’identification et le dénombrement :

de tous les taxons présents à une concentration supérieure à 100 000 cellules par litre (toxiques ou non)

des taxons avérés toxiques pour le consommateur et présents sur nos côtes, c’est à dire les genres ou les espèces suivants : Alexandrium, Dinophysis, Pseudo‐nitzschia et Ostreopsis, quelle que soit leur concentration

des espèces suivantes connues pour produire des toxines lipophiles : Gonyaulax spinifera, Lingulodinium polyedra, Protoceratium reticulatum, Prorocentrum lima

Les taxons à dénombrer sont donc moins nombreux que pour les Flores Totales, ce qui conduit à un gain de temps en dénombrement et en saisie des résultats, tout en gardant une information pertinente. Il n’y a pas d’inconvénient à ajouter des taxons supplémentaires à une FLORIND, en cas de besoin local ou ponctuel.

Flores Partielles (FLORPAR), également nommées Flores Toxiques

Ce sont des flores simplifiées pour lesquelles aucune contrainte n’est imposée : elles peuvent même être réduites au seul genre toxique présent sur les lieux voisins, par exemple.

Les flores partielles sont essentiellement utilisées pour l’identification et le dénombrement des taxons toxiques, ce qui fait qu’elles sont communément nommées Flores Toxiques. Elles peuvent néanmoins être utilisées pour rendre compte d’une concentration importante sur n’importe quel autre taxon.

7.2 Paramètres physico-chimiques et chimiques

Les paramètres température, salinité, turbidité et oxygène sont mesurés in situ au moment du prélèvement à l’aide d’une sonde multi‐paramètres (sauf exception pour la salinité et la turbidité qui peuvent être mesurées sur échantillon).

La chlorophylle a et les phéopigments sont analysés au laboratoire sur des échantillons d’eau brute, par spectrophotométrie ou fluorimétrie, selon les modalités décrites dans les manuels de méthodes référencés en annexe 3 (Aminot & Kerouel, 2004).

Les nutriments sont analysés au laboratoire sur des échantillons d’eau pré‐filtrés lors du prélèvement, par spectrophotométrie ou fluorimétrie, selon les modalités décrites dans les manuels de méthodes référencés en annexe 3 (Aminot & Kerouel, 2007 ; Daniel et al., 2010).

Les pigments seront analysés selon l’une des méthodes préconisées dans Lampert (2015), avec des modalités qui seront précisées ultérieurement.


8 BancarisationdesdonnéesdansQuadrige²

Tous les résultats acquis dans le cadre du REPHY sont stockés dans la base de données Quadrige², sous le programme REPHY.

A noter que des résultats provenant d’études sur le phytoplancton et/ou l’hydrologie, et produisant des résultats similaires à ceux du REPHY, peuvent être bancarisés sous le programme REPHY‐ETUDES. Ces cas concernent des études non pérennes et limitées à une ou des zones géographiques précises, avec une stratégie d'échantillonnage proche du REPHY mais ne correspondant pas aux contraintes du REPHY Observation ou du REPHY Surveillance.

Les modalités de bancarisation des résultats sont décrites dans le manuel de méthode référencé en annexe 3 pour la bancarisation (Neaud‐Masson & Belin, 2013).

Les informations nécessaires au stockage des données se trouvent dans les référentiels de Quadrige² (lieux de prélèvement, paramètres, méthodes, etc) : en particulier, les paramètres à mesurer sur chaque lieu de prélèvement sont décrits dans la stratégie. En effet, une stratégie est ici définie comme la liste des paramètres / supports / fractions / méthodes (PSFM), qui doivent être mesurés sur un lieu de prélèvement pour un programme donné, pendant une période donnée, et à une fréquence donnée. La stratégie contient également les informations sur les services préleveurs et les analystes et éventuellement les engins d’analyse. Une stratégie est appliquée à un ensemble de lieux. Les stratégies sont mises à jour en temps réel dans Quadrige².

La saisie des résultats REPHY est effectuée, le plus rapidement possible après obtention des résultats. La validation des résultats doit être réalisée le plus rapidement possible après contrôle des saisies, dans un délai maximum de deux mois.

Dans Quadrige², l’intervenant saisisseur est le plus souvent décrit pour le programme REPHY comme une personne identifiée dans le référentiel : une saisie faite par un intervenant saisisseur donné sur l’un des éléments de la chaîne passage‐prélèvement‐échantillon‐résultat, ne peut être modifiée ou validée que par lui‐même.

L’incertitude de la mesure attachée aux résultats n’est pas précisée dans le cadre de la saisie dans Quadrige².

La qualification des données est une opération à l’initiative de la coordination REPHY et du service VIGIES ‐en particulier la cellule d’administration Quadrige². Elle est effectuée sur la base des procédures et documents de travail gérés par la cellule, des échanges avec les producteurs de données (en particulier les LERs), et les experts des domaines concernés.

9 LiensavecleréseauREPHYTOX

9.1 Seuils d’alerte phytoplancton

Un seuil d'alerte est défini pour chaque groupe d'espèces phytoplanctoniques toxiques actuellement présentes sur les côtes françaises. La mise en évidence d’espèces toxiques à partir et au‐delà de ces seuils, doit déclencher la recherche des toxines concernées dans les coquillages dans le cadre du REPHYTOX.


Les seuils d’alerte phytoplancton sont détaillés dans le Cahier REPHYTOX (Neaud‐Masson & Belin, 2016), chapitre 8.1.

9.2 Diffusion des résultats du phytoplancton toxique

La diffusion de l’ensemble des résultats sanitaires (phytoplancton toxique et toxines) est réalisée via le produit WEB REPHY info toxines, selon les modalités décrites dans le manuel de méthode référencé en annexe 3 pour la diffusion des résultats sanitaires (Belin, 2013). Cette diffusion est assurée par le LER géographiquement responsable des prélèvements effectués par ses soins ou sous‐traités par lui. Les instructions de diffusion sont précisées dans le Cahier REPHYTOX (Neaud‐Masson & Belin, 2016), chapitre 9.

10 Miseàdispositiondesinformationsetdesdonnées

10.1 Mise à disposition des données

L’accès à la base de données Quadrige² est limité aux utilisateurs autorisés. Cependant les données Quadrige² peuvent être obtenues soit en faisant une demande à un utilisateur autorisé (LER concerné ou coordination REPHY), soit en consultant le produit de consultation SURVAL sur le site WEB de l’Ifremer : http://envlit.ifremer.fr/resultats/acces_aux_donnees/presentation

Les données non disponibles dans SURVAL peuvent faire l’objet d’une extraction à partir de Quadrige² pour une demande précise. Cette extraction est faite par le LER concerné pour des données locales, ou par la coordination REPHY pour des données nationales ou concernant plusieurs LERs. L’envoi de données doit toujours être accompagné d’un message avertissant le destinataire que l’utilisation de ces données est sous sa responsabilité, et lui demandant de citer la source des données de la façon suivante :

« Ces données devront être citées comme : données Ifremer/Quadrige/Rephy. L'utilisation de ces données et leur traitement sont sous votre responsabilité ».

Si les données ne sont pas toutes validées et/ou qualifiées, il faut ajouter la mention suivante :

« Attention, ces données n'ont pas encore été toutes qualifiées, certaines d'entre elles ne sont pas encore validées, elles sont donc susceptibles de contenir des erreurs. L'utilisation de ces données et leur traitement sont sous votre responsabilité ».

S’il s’agit d’un envoi à un non‐francophone, ci‐dessous un exemple de message :

"Raw data are fully free and available upon request to the following contacts: [email protected] and/or [email protected].

Partial data are available at: http://envlit.ifremer.fr/resultats/surval.

However, due to the complexity and the large amount of data available, data should be requested by contacting people mentioned above. Any use, processing or analysis of this data is under your own responsibility. The source of these data should be cited as : data Ifremer/Quadrige/REPHY".


10.2 Listes dynamiques

Les listes internes Ifremer (listes « SYMPA » Système de Multi‐Postage Automatique) sont utilisables par tous, et permettent à chacun de gérer son adhésion ou non à l’une ou l’autre de ces listes. La liste intéressant le REPHY est la suivante : [email protected]

Cette liste est utilisée pour toutes les informations relatives au fonctionnement général du REPHY, ou à un domaine thématique particulier (phyto, hydro, DCE, Quadrige², etc). Etant donné son caractère très général, tout courriel utilisant cette liste doit comporter en SUJET une description explicite du domaine concerné.

Attention : les boîtes aux lettres de service « LITTORAL » ne sont pas incluses dans ces listes « SYMPA » car ce sont des comptes virtuels qui ne peuvent pas être intégrées dans ce type de listes. Ces adresses de service sont cependant systématiquement intégrées à tout envoi de courriels fait par la coordination REPHY aux LERs.

Abonnement – désabonnement, suivre le lien : http://listes.ifremer.fr/sympa/home

10.3 Site WEB Environnement Littoral (Envlit)

Différents types d’informations et de résultats sont disponibles sur le site WEB Environnement Littoral de l’Ifremer : http://envlit.ifremer.fr/

Par exemple :

Documents : procédures, rapports scientifiques et techniques, etc http://envlit.ifremer.fr/documents/publications

Synthèses nationale de la surveillance, à partir de l’année 2009 http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/nationaux_de_la_surveillance Bulletins régionaux de la surveillance, un par année et par région depuis 1999 http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/regionaux_de_la_surveillance

Synthèses cartographiques : le phytoplancton toxique sur le littoral français http://envlit.ifremer.fr/var/envlit/storage/documents/parammaps/phytoplancton/index.html

Synthèses cartographiques : animation Dinophysis sur 20 ans http://envlit.ifremer.fr/var/envlit/storage/documents/parammaps/dinophysis/

Données et couches géographiques des points, consultables ou téléchargeables http://www.ifremer.fr/surval2/


11 Bibliographie

Beliaeff Benoit, Gros Philippe, Belin Catherine, Raffin Bernard, Gailhard Isabelle, Durbec Jean‐Pierre (2001). 'Phytoplankton events' in French coastal waters during 1987–1997. Oceanologica Acta, 24(5), 425‐433. Publisher's official version : http://doi.org/10.1016/S0399‐1784(01)01156‐2 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00013/12403/

Belin C. & Daniel A., 2013 a. Méthodes de bio‐indication en eaux littorales. Indicateur phytoplancton et physico‐chimie. Livrable A2 : Synthèse des conclusions du GT phytoplancton ‐ hydrologie. Validation intermédiaire des grilles biomasse dans les MET de Manche Atlantique. Révision de la définition des masses d'eau turbides pour la prise en compte de l'indicateur phytoplancton. Rapport final pour la convention 2012 Ifremer / ONEMA, février 2013, 63 p.

Belin C. & Daniel A., 2013 b. Addendum au rapport final sur la définition des masses d’eau turbides (Méthodes de bio‐indication en eaux littorales. Indicateur phytoplancton et physico‐chimie. Livrable A2). Convention 2012 Ifremer / ONEMA, décembre 2013, 51 p.

Belin C., 2016. Observation et Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie en France métropolitaine, dans le cadre du REPHY et des réseaux régionaux SRN, RHLN, ARCHYD et RSLHYD. Etat des lieux octobre 2016. Version interne complète. Rapport ODE/VIGIES/16‐14. Tome 1 (61 p.) et tome 2 (283 p.)


Belin C., Lamoureux A. & Soudant D., 2014. Evaluation de la qualité des eaux littorales de la France métropolitaine pour l'élément de qualité Phytoplancton dans le cadre de la DCE. Etat des lieux des règles d’évaluation, et résultats pour la période 2007‐2012. Rapport DYNECO / VIGIES / 14‐05, avril 2014. Tome 1 ‐ Etat des lieux, méthodes et synthèse des Résultats. http://envlit.ifremer.fr/content/download/81901/580117/version/3/file/Evaluation+DCE+phytoplancton+2007‐2012+‐+Tome+1.pdf. Tome 2 ‐ Résultats détaillés : fiches par masse d’eau et éléments d’expertise. http://envlit.ifremer.fr/content/download/81902/580120/version/4/file/Evaluation+DCE+phytoplancton+2007‐2012+‐+Tome+2.pdf

Gailhard Isabelle (2003). Analyse de la variabilité spatio‐temporelle des populations microalgales côtières observées par le REseau de surveillance du PHYtoplancton et des phycotoxines (REPHY). PhD Thesis, Université de la Méditerranée Aix‐Marseille ll. http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7/

Gailhard Isabelle, Gros Philippe, Durbec Jp, Beliaeff Benoit, Belin Catherine, Nezan Elisabeth, Lassus Patrick (2002). Variability patterns of microphytoplankton communities along the French coasts. Marine Ecology Progress Series, 242, 39‐50. Publisher's official version : http://doi.org/10.3354/meps242039 , Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/10033/


Hernandez Farinas Tania (2015). Analyse et modélisation des évolutions à long terme de la biodiversité phytoplanctonique dans les zones côtières sous l’effet des pressions environnementales et anthropiques. PhD Thesis, Université Nantes. http://archimer.ifremer.fr/doc/00315/42648/

Hernandez‐ Farinas Tania, Soudant Dominique, Barillé Laurent, Belin Catherine, Lefebvre Alain, Bacher Cedric (2014). Temporal changes in the phytoplankton community along the French coast of the eastern English Channel and the southern Bight of the North Sea. Ices Journal Of Marine Science, 71(4), 821‐833. http://dx.doi.org/10.1093/icesjms/fst192

Hernandez‐Farinas Tania, Bacher Cedric, Soudant Dominique, Belin Catherine, Barille Laurent (2015). Assessing phytoplankton realized niches using a French National Phytoplankton Monitoring Network. Estuarine Coastal And Shelf Science, 159, 15‐27. Publisher's official version : http://dx.doi.org/10.1016/j.ecss.2015.03.010. Open Access version : http://archimer.ifremer.fr/doc/00255/36627/

Lampert, Luis. 2015. Test d’un Indice de composition pigmentaire pour les secteurs Atlantique et Manche (DCE). Rapport scientifique et technique ODE/DYNECO/PELAGOS 2015‐02. http://archimer.ifremer.fr/doc/00254/36556/.

Neaud‐Masson N. & Belin C., 2016. Cahier de Procédures REPHYTOX. Document de prescription. Version 1. Rapport ODE/VIGIES/16‐08, juin 2016, 48 p. http://envlit.ifremer.fr/content/download/83181/601705/version/9/file/Cahier‐Procedures‐REPHYTOX_v1.pdf


Annexe1. Siglesetacronymes

AEAG Agence de l’Eau Adour‐Garonne

AEAP Agence de l’Eau Artois‐Picardie

AELB Agence de l’Eau Loire‐Bretagne

AERMC Agence de l’Eau Rhône‐Méditerranée‐Corse

AESN Agence de l’Eau Seine‐Normandie

AFB Agence Française pour la Biodiversité

ANSES Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, de l’alimentation, de l’environnement et du travail

AQUAREF Laboratoire National de Référence pour la surveillance des milieux aquatiques

ARCHYD Réseau hydrologique du Bassin d’Arcachon

BEQUALM Biological Effects Quality Assurance in Monitoring Programmes

CIL Comparaison Inter‐Laboratoires

CNRS Centre National de la Recherche Scientifique

COFRAC Comité Français d’Accréditation

DCE Directive Cadre sur l’Eau

DEB Direction de l’Eau et de la Biodiversité

DGAL Direction Générale de l'Alimentation

DGS Direction Générale de la Santé

DYNECO Unité Ifremer : Dynamique de l’Environnement Côtier

FLORIND Flore Indicatrice

FLORPAR Flore Partielle/Toxique

FLORTOT Flore Totale

ICES/CIEM International Council for the Exploration of the Sea / Conseil International pour l'Exploration de la Mer

InVS Institut national de Veille Sanitaire

IOC/COI Intergovernmental Oceanographic Commission / Commission Intergouvernementale Océanographique

IRD Institut de Recherche pour le Développement

LER Laboratoire Environnement et Ressources aquacoles

LNR Laboratoire National de Référence

MAAF Ministère de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire et de la Forêt

MAS Ministère des Affaires sociales et de la Santé

MEDPOL Mediterranean Pollution Monitoring Programme

MEEM Ministère de l’Environnement, de l’Energie et de la Mer

MNHN Muséum National d’Histoire Naturelle

ODE Département Ifremer : Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes


ONEMA Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques, intégré depuis le 1er janvier 2017 dans l’AFB

OSPAR Convention d’Oslo et de Paris

PELAGOS Laboratoire Ifremer dans l’unité ODE‐DYNECO

PHY3 Projet Ifremer : Phytoplancton, Physico‐chimie, Phycotoxines

PhyInd Stratégie Quadrige : Phytoplancton Indicateur

PhyTot Stratégie Quadrige : Phytoplancton Total

PhyTox Stratégie Quadrige : Phytoplancton Toxique

PSFM Terme Quadrige : Paramètre‐Support‐Fraction‐Méthode

Quadrige Base de données de la surveillance des eaux littorales

REPHY Réseau d’Observation et de Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie dans les eaux littorales

REPHYTOX Réseau de Surveillance des Phycotoxines dans les organismes marins

RESOMAR Réseau des Stations et Observatoires Marins

RHLN Réseau Hydrologique du Littoral Normand

RSLHYD Réseau Suivi Lagunaire, composante hydrologie

SANDRE Service d’Administration National des Données et Référentiels sur l’Eau

SHOM Service Hydrographique et Océanographique de la Marine

SMQ Système de Management de la Qualité

SOMLIT Service d'Observation en Milieu Littoral

SRN Suivi Régional des Nutriments (Nord Pas de Calais)

STARESO Station de Recherches Océanographiques et sous‐marines

SURVAL Visualisation des points et des données de la surveillance du littoral

VIGIES Service Ifremer dans le département ODE. Valorisation de l’Information pour la Gestion Intégrée et la Surveillance

WoRMS World Register of Marine Species


Annexe2. Principales entités intervenant pour leREPHY

Les différentes entités sont présentées à l’adresse : http://wwz.ifremer.fr/L‐institut/Organisation/Organigramme‐interactif

Entité Département‐unité‐laboratoire

Site IfremerContact

Compétence géographique

Direction de département Pilote processus P7

ODE Brest [email protected]

France entière

Délégué Qualité Référent P7

DCA Nantes [email protected]

Coordination nationale du REPHY

ODE‐VIGIES Nantes [email protected] [email protected]

([email protected])

Soutien et expertise taxinomie phytoplancton

ODE‐LITTORAL‐LER‐BO Concarneau [email protected] [email protected] [email protected]

Soutien phytoplancton – méthodes et EILs

ODE‐VIGIES Nantes [email protected]

Soutien et expertise écologie phytoplancton et biodiversité génétique

ODE‐DYNECO‐PELAGOS Brest [email protected]

Soutien et expertise hydrologie et physico‐chimie

ODE‐DYNECO‐PELAGOS Brest [email protected]

Soutien et expertise pigments

ODE‐DYNECO‐PELAGOS Brest [email protected] [email protected] [email protected]

Soutien et expertise cytométrie en flux

ODE‐LITTORAL‐LER‐MPL‐NT Nantes [email protected]

Administration Quadrige ODE‐VIGIES Nantes [email protected]

Valorisation et soutien statistique

ODE‐VIGIES Nantes [email protected] [email protected]


Entité Département‐unité‐ laboratoire

Site IfremerContact

Compétence géographique

Direction Unité Littoral

ODE‐LITTORAL Brest [email protected]

LITTORAL‐LERs

ODE‐LITTORAL‐LER‐BL Boulogne

Boulogne [email protected] 03 21 99 56 00

Nord, Pas de Calais et Somme ‐ de la frontière belge à la limite des départements de la Somme et de la Seine Maritime (embouchure de la Bresle)

ODE‐LITTORAL‐LER‐N Normandie

Port‐en‐Bessin [email protected] 02 31 51 56 00

Seine Maritime, Eure, Calvados, Manche ‐ du Tréport (extrémité nord du département de Seine Maritime) au Mont St Michel (limite sud du département de la Manche)

ODE‐LITTORAL‐LER‐BN Bretagne Nord

Dinard [email protected] 02 23 18 58 58

Ille et Vilaine et Côtes‐d’Armor ‐ du Mont St Michel (limite sud du département de la Manche) à la rivière du Douron

ODE‐LITTORAL‐LER‐BO Bretagne Occidentale

Concarneau [email protected] 02 98 10 42 80 Site de Brest [email protected]

Finistère ‐ de la rivière du Douron à la rivière de la Laïta

ODE‐LITTORAL‐LER‐MPL Morbihan – Pays de Loire

site de La Trinité [email protected] 02 97 30 19 19 site de Nantes [email protected] 02 40 37 40 00

Morbihan, Loire‐Atlantique et nord de la Vendée ‐ de la rivière de la Laïta (Morbihan) à l’embouchure de la Vie (Vendée)

ODE‐LITTORAL‐LER‐PC Pertuis Charentais

site de l’Houmeau [email protected] 05 46 50 94 40 site de La Tremblade [email protected] 05 46 76 26 10

Vendée (partie sud) et Charente‐Maritime ‐ de Saint‐Gilles Croix de Vie (Vendée) au nord, à la Gironde (limite des départements Charente‐Maritime et de la Gironde) au sud, y compris les îles de Ré, d'Aix et d’Oléron

ODE‐LITTORAL‐LER‐AR Arcachon

Arcachon [email protected] 05 57 72 29 80

Gironde, Landes et Pyrénées Atlantiques ‐ de la rive gauche de l’estuaire de la Gironde à la frontière espagnole

ODE‐LITTORAL‐LER‐LR Languedoc ‐ Roussillon

Sète [email protected] 04 99 57 32 00

Pyrénées Orientales, Aude, Hérault et Gard ‐ de la frontière espagnole au petit Rhône

ODE‐LITTORAL‐LER‐PAC Provence ‐ Azur ‐ Corse

site de Toulon La Seyne sur Mer courriel : [email protected] 04 94 30 48 00 site de Corse courriel : [email protected] 04 95 38 00 24

Bouches du Rhône, Var, Alpes Maritimes, Haute‐Corse et Corse‐du‐Sud ‐ du petit Rhône à la frontière italienne + l’ensemble de la Corse


Annexe3. Documents de référence et détails de ladémarche qualité pour le phytoplancton etl’hydrologie

Documents réglementaires internationaux et nationaux

Convention de Barcelone, 1976. Convention pour la protection de la mer Méditerranée contre la pollution, Barcelone, 16 février 1976. Amendée le 10 juin 1995 (Convention sur la protection du milieu marin et du littoral méditerranéen).

Convention OSPAR 1992. Convention pour la protection du milieu marin de l’Atlantique du nord‐est. Paris, 21‐22 septembre 1992.

Directive n° 2000/60/CE du 23 octobre 2000 du Parlement européen et du Conseil, établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau.

Cette directive établit un cadre pour la protection des eaux intérieures de surface, des eaux de transition, des eaux côtières et des eaux souterraines. Elle définit le « bon état écologique » à atteindre pour une « masse d’eau » déterminée géographiquement. Pour les eaux côtières, ce bon état écologique englobe (annexe 5 de la Directive, éléments de qualité biologique) la composition et l’abondance des taxons phytoplanctoniques.

Directive 2008/56/CE du Parlement européen et du Conseil du 17 juin 2008 établissant un cadre d’action communautaire dans le domaine de la politique pour le milieu marin (directive‐cadre «stratégie pour le milieu marin»)

Cette directive conduit les États membres de l'Union européenne à prendre les mesures nécessaires pour réduire les impacts des activités sur ce milieu afin de réaliser ou de maintenir un bon état écologique du milieu marin au plus tard en 2020. En France, la directive a été transposée dans le code de l'environnement (articles L. 219‐9 à L. 219‐18 et R. 219‐2 à R. 219‐17) et s'applique aux zones métropolitaines sous souveraineté ou juridiction française, divisées en sous‐régions marines.

Directive 2008/105/CE du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2008 établissant des normes de qualité environnementale dans le domaine de l'eau, modifiant et abrogeant les directives du Conseil 82/176/CEE, 83/513/CEE, 84/156/CEE, 84/491/CEE, 86/280/CEE et modifiant la directive 2000/60/CE

Loi 2004‐338 du 21 avril 2004 (JORF du 22 avril 2004) portant transposition de la directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau.

Circulaire DCE 2005/11 du 29 avril 2005, relative à la typologie nationale des eaux de surface (cours d’eau, plans d’eau, eau de transition et eaux côtières) en application de la directive 2000/60/DCE du 23 octobre 2000.


Circulaire DCE 2007/20 du 5 mars 2007, relative à la constitution et la mise en œuvre du programme de surveillance (contrôle de surveillance, contrôles opérationnels, contrôles d’enquête et contrôles additionnels) pour les eaux littorales (eaux de transition et eaux côtières) en application de la directive 2000/60/DCE du 23 octobre 2000.

Circulaire DCE 2007/25 du 27 décembre 2007, relative à la constitution et la mise en œuvre du programme de surveillance (contrôles opérationnels) pour les eaux littorales (eaux côtières et eaux de transition).

Arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R.212‐10, R.212‐11 et R.212‐18 du code de l’environnement.

Arrêté du 27 juillet 2015 modifiant l’arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R.212‐10, R.212‐11 et R.212‐18 du code de l’environnement.

Arrêté du 7 Août 2015 modifiant l’arrêté du 25 janvier 2010 établissant le programme de surveillance de l’état des eaux en application de l’article R.212‐22 du code de l’environnement.

Arrêté du 27 octobre 2011 portant modalités d'agrément des laboratoires effectuant des analyses dans le domaine de l'eau et des milieux aquatiques au titre du code de l'environnement.

Avis du 21 janvier 2012 relatif aux limites de quantification des couples « paramètres‐matrices ».

Les méthodes d'analyse hydrologiques utilisées doivent répondre à des critères de performance (limite de quantification, incertitude) qui sont définis dans l’arrêté du 27 octobre 2011 et les textes qui en sont issus, notamment l’avis du 21 janvier 2012. Les méthodes décrites dans Aminot & Kérouel (2004 et 2007) développées pour le milieu marin répondent à ces critères de performance. Ces méthodes, référence nationale, font l’objet de fiches méthodes validées par Aquaref (http://www.aquaref.fr/methodes_validees?order=field_organisme_expert_value&sort=asc)

Par ailleurs, l'arrêté du 27 octobre 2011 précise que le laboratoire national de référence pour la surveillance de l’eau et des milieux aquatiques (AQUAREF) définit les méthodes associées aux éléments de qualité biologiques. Ces méthodes sont publiées conformément aux conditions définies dans l’article 12 de l’arrêté. Ceci concerne, entre autres, le paramètre phytoplancton avec de plus un délai maximal de 18 mois pour s'assurer que les prélèvements sont réalisés soit par un organisme accrédité, soit par une personne habilitée des services de police de l'environnement.

Avis du 04 février 2012 relatif aux méthodes des couples « élément de qualité biologique – méthode » sur lesquels porte l’agrément des laboratoires.

Ces méthodes ainsi que leurs dates d’entrée en vigueur sont mises en ligne sur le site Internet de gestion des agréments du ministère chargé de l’environnement (www.labeau.ecologie.gouv.fr).


Normes et documents de qualité

Normes

Norme NF EN ISO 9001 :2015 : Systèmes de management de la qualité – Exigences.

Norme NF EN ISO/CEI 17025 : Exigences générales concernant la compétence des laboratoires d’étalonnages et d’essais. Version en vigueur.

NF EN 15204, Qualité de l’eau – Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode d’Utermöhl). Parue en décembre 2006.

NF EN 15972, Guide pour l'étude quantitative et qualitative du phytoplancton marin. Parue en décembre 2011.

Documents qualité généraux

LAB Ref 02. Document du COFRAC. Version en vigueur. Exigences pour l'accréditation des laboratoires selon la norme NF EN ISO/CEI 17025.

LAB Ref 18. Document du COFRAC. Version en vigueur. Exigences spécifiques – analyses dans le domaine de l’eau et des milieux aquatiques au titre du code de l’environnement.

LAB GTA 05. Analyse physico‐chimiques des eaux. Version en vigueur

Documents qualité Ifremer

L'Ifremer dispose d'un site intranet dédié au management de la qualité : http://w3z.ifremer.fr/qualite.

La certification ISO 9001 de l'Ifremer, tous sites, toutes activités, a été obtenue en novembre 2012.

Les modalités de la mise en œuvre de la surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie font l'objet du présent document de prescriptions REPHY et des documents de prescription ou de méthode associés. Ces documents s'inscrivent dans la première étape du processus P7 « Surveiller l'environnement littoral et les ressources biologiques », dont la fiche descriptive est disponible sur le site intranet qualité de l'Ifremer17.

Au niveau de chaque Laboratoire Environnement Ressources, les modalités de la mise en œuvre de la surveillance sanitaire réglementaire sont décrites dans le Manuel Qualité du LER et ses documents associés.

Documents de prescription, documents de référence et manuels de méthodes

Sont listés ci‐dessous les documents de prescription et les manuels de méthode nationaux.

17 http://w3z.ifremer.fr/qualite/Systeme‐qualite‐ISO‐9001/Approche‐processus/P7‐Surveiller‐l‐environnement‐littoral‐et‐les‐ressources‐biologiques


Les versions indiquées sont les versions en vigueur à la date de mise en application du présent document.

Pour l’ensemble de la surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie

Belin C., 2016. Observation et Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie en France métropolitaine, dans le cadre du REPHY et des réseaux régionaux SRN, RHLN, ARCHYD et RSLHYD. Etat des lieux octobre 2016. Version interne complète. Rapport ODE/VIGIES/16‐14. Tome 1 (61 p.) et tome 2 (283 p.).


Pour les lieux de prélèvement

L'inventaire cartographique des lieux de prélèvement disponible sur le site WEB de l'Ifremer est mis à jour quotidiennement à partir du référentiel « lieux de prélèvement » de la base de données Quadrige. Il comprend un descriptif détaillé des lieux de prélèvement actifs des programmes REPHY et REPHYTOX. Ce site permet le téléchargement des couches cartographiques. Il est consultable via l'adresse suivante : http://www.ifremer.fr/surval2/

Pour l’hydrologie

De façon générale, il convient de se référer au site intranet « Hydrologie des écosystèmes marins » : http://w3z.ifremer.fr/intrahydro/Presentation

Ce site a pour but de rassembler les documents pouvant servir communément à l’ensemble des réseaux et études utilisant des mesures hydrologiques, avec :

des documents de référence internes (guides méthodologiques, budgétaires, etc.)

des informations sur le matériel de prélèvement et sur le matériel de laboratoire

des documents réglementaires et normatifs

des informations sur les Essais Inter Laboratoires hydrologie

des tables de calcul et de conversion d’unité

Les principaux documents de référence sont listés ci‐dessous, une grande partie d’entre eux sont accessibles sur internet.

Documents de méthodes

Aminot A., Kérouel R., 2004. Hydrologie des écosystèmes marins. Paramètres et analyses. Éd. Ifremer, 336 p. ISBN 2‐84433‐133‐5. http://www.quae.com/fr/r449‐hydrologie‐des‐ecosystemes‐marins‐parametres‐et‐analyses.html


Aminot A., Kérouel R., 2007. Dosage automatique des nutriments dans les eaux marines. Méthodes en flux continu. Éd. Ifremer, 188 p. . ISBN 978‐2‐7592‐0023‐8. http://www.quae.com/fr/r1172‐dosage‐automatique‐des‐nutriments‐dans‐les‐eaux‐marines.html

Daniel A. & Lampert L., 2016. Consignes pour le prélèvement d’échantillons d’eau en vue de mesures hydrologiques. Document de méthode hydrologie. Version 2. Rapport Ifremer ODE/DYNECO/PELAGOS/16‐03. Novembre 2016. http://envlit.ifremer.fr/content/download/83285/602681/version/10/file/doc_methode_hydrologie_prelevement_V2‐novembre+2016.pdf

DVD Technique de prélèvement hydrologique. Version décembre 2009. Textes A Daniel / Ifremer / DYNECO / Pelagos. Images S. Lesbats. Réalisation Illipack. http://envlit.ifremer.fr/var/envlit/storage/documents/dossiers/prelevementhydro/index.html

Daniel A., Kérouel R., Aminot A., Décembre 2010. Document de méthode hydrologie ‐ Compléments au manuel de méthodes d’analyses en milieu marin « Dosage automatique des nutriments dans les eaux marines » (2007). Accessible uniquement en intranet : https://w3.ifremer.fr/archimer/doc/00051/16267/13766.pdf

Lien vers les fiches Aquaref concernant les analyses de nutriments

Lien général vers toutes les fiches : http://www.aquaref.fr/methodes_validees?order=field_organisme_expert_value&sort=asc

Lien direct vers chaque fiche nutriment : http://www.aquaref.fr/system/files/MA41_Ammonium_VF.pdf http://www.aquaref.fr/nitrate‐nitrite‐eaux‐salines‐dosage‐colorimetrique‐flux‐continu‐segmente‐sfa http://www.aquaref.fr/system/files/MA‐43_nitrites_VF.pdf http://www.aquaref.fr/phosphate‐eaux‐salines‐dosage‐colorimetrique‐flux‐continu‐segmente‐sfa http://www.aquaref.fr/system/files/Fiche_MA‐45_VF.pdf

Notes sur stratégies d’échantillonnage

Belin C., Daniel A. & Neaud‐Masson N., 2016. Echantillonnage des nutriments dans le cadre du REPHY Observation. Conclusions tenant compte de la visio‐conférence sur les nutriments du 15 mars 2016 et des échanges ultérieurs. Note interne technique. ODE/VIGIES, juin 2016, 17 p.

Belin C. & Lampert L., 2016. Mise en place d’analyses pigmentaires dans le cadre du REPHY Observation. Contribution à la finalisation d’un indice composition pour la DCE. Note technique. Version définitive. ODE/VIGIES et PELAGOS, décembre 2016, 26 p.

Pour le phytoplancton

Neaud‐Masson N., 2015. Observation et dénombrement du phytoplancton marin par microscopie optique photonique ‐ Spécifications techniques et méthodologiques appliquées au REPHY. Document de méthode. R.INT.ODE/DYNECO/VIGIES/15‐13. 54 p. http://envlit.ifremer.fr/content/download/82996/600020/version/8/file/REPHY‐Manuel‐Phyto‐oct2015.pdf

Grossel H., mars 2007, actualisé décembre 2007. Mode opératoire de prélèvement d’espèces phytoplanctoniques épi‐benthiques, en vue de leur dénombrement dans le cadre d’un réseau de surveillance.


http://w3.ifremer.fr/surveillance/rephy/pdf/methodes/protocole_prelevements_epi_benthiques_mar07_actualise_dec07.pdf

Grossel H. (novembre 2010). Mise au point d’une méthode de détection et de quantification de la microalgue Ostreopsis sp. dans les prélèvements des eaux de baignade. Transfert de la méthode aux laboratoires en charge des analyses des eaux de baignade. Convention DGS/Ifremer, référence Ifremer n° 09/3211361/F. Rapport RST.DOP/LER‐PAC/10‐18

Pour la bancarisation dans Quadrige

De façon générale, il convient de se reporter au site de la cellule Quadrige² : Support Quadrige – cellule d’administration : http://wwz.ifremer.fr/quadrige2_support/

Ce site rassemble des documents et outils variés, par exemple :

manuels généraux (saisie, extraction, etc), en particulier

o Cellule d'Administration Q², décembre 2014. Guide de l'utilisateur Quadrige² ‐

Configuration de l'application et saisie des données

http://wwz.ifremer.fr/quadrige2_support/content/download/84471/1053930/versio

n/1/file/Guide_Utilisateur_Q2_150130_saisie.pdf

o Durand G. & Lamoureux A., 2016. Guide de l’utilisateur Quadrige². Extraction de

données

http://wwz.ifremer.fr/quadrige2_support/content/download/100854/1475161/versi

on/1/file/20160722_Guide_Utilisateur_Q2_Extractions_Resultats.pdf

manuels de consignes de saisie

o http://wwz.ifremer.fr/quadrige2_support/Mon‐support‐Quadrige/Je‐consulte‐les‐

manuels/Consignes‐thematiques‐aux‐utilisateurs/REPHY

outils de recherche ou de consultation de certains référentiels (taxons, stratégies, codes

Sandre, zones marines, etc)

formulaires de demandes d’ajout aux référentiels

manuels d’intégration de données via Quadrilabo

outil de volumétrie par programme, année, paramètre, etc


Le document concernant spécifiquement le REPHY est le suivant :

Neaud‐Masson N. & Belin C., 2013. Quadrige² ‐ Manuel de saisie pour les programmes REPHY et REPHYTOX. Document de prescription. Rapport DYNECO / VIGIES / 13‐14. 54 p. http://envlit.ifremer.fr/content/download/81705/561740/version/1/file/Quadrige2+manuel+saisie+REPHY‐REPHYTOX+version+b.pdf

A titre d’information :

Belin C., 2015. Manuel de consignes de saisie pour QUADRILABO, pour le programme REPHY. Mise à jour août 2015. Note, 3 p. Ce manuel a pour objectif de compléter et préciser le manuel de référence QUADRILABO : Intégration des données QUADRILABO à Quadrige². Antoine Huguet – V1.0. ODE / DYNECO / Vigies / 13‐03 / AH. Mars 2013

Belin C., 2015. Modèle de fichier pour la saisie des résultats REPHY via QUADRILABO incluant les taxons phytoplancton. Fichier Excel.

Pour la diffusion des résultats sanitaires

La diffusion des résultats ayant un caractère sanitaire concerne les toxines dont les données sont acquises par le REPHYTOX, mais aussi le phytoplancton toxique, dont les données sont acquises par le REPHY. Ces résultats sont diffusés toutes les semaines en temps réel par chacun des LERs via les bulletins du produit WEB REPHY info toxines : https://envlit‐alerte.ifremer.fr/accueil.

Le manuel pour la rédaction des bulletins de REPHY info toxines, destiné à tous les rédacteurs des LERs, est le suivant :

Belin C., décembre 2013. Produit « Alerte ». Diffusion sur le site WEB Ifremer / Environnement Littoral, des bulletins de résultats de la surveillance sanitaire. Manuel Rédacteur et Responsable. Document Ifremer / DYNECO / VIGIES / 13‐16. Version originale du 27 décembre 2013. 54 p.

Un autre manuel est destiné aux administrateurs du produit, et donc réservé à la coordination REPHY et à la cellule Q² :

Belin C., 2014. Produit « Alerte ». Diffusion sur le site WEB Ifremer / Environnement Littoral, des bulletins de résultats de la surveillance sanitaire. Manuel Administrateur. Document Ifremer / DYNECO / VIGIES. 27 p.

N.B. ces deux manuels sont en cours de modification pour des versions destinées à sortir début 2017.

Documents d'appui aux identifications du phytoplancton et référentiel taxinomique

La liste de référence des espèces phytoplantoniques potentiellement identifiables se trouve dans le référentiel taxinomique de la base de données Quadrige, qui s’appuie sur le référentiel mondial


WORMS18. La bibliographie indicative des documents de référence pour l’identification du phytoplancton est la suivante :

Revue : Harmful Algae News – An IOC Newsletter on toxic algae and algal blooms (IOC of Unesco) http://hab.ioc‐unesco.org/

Bérard‐Therriault L., Poulin M., Bossé L., 1999. Guide d’identification du phytoplancton marin de l’estuaire et du Golfe du Saint‐Laurent incluant également certains protozoaires, Publ. Spéc.can. halieut.aquat.128. 387p.

Delgado M., Fortuño J.M., 1991. Atlas de Fitoplancton del Mar Mediterráneo, 133 p.

Drebes G., 1974. Marines Phytoplakton. Ed : Georg Thieme Verlag Stuttgart. ISBN 3 13 503901 3

Hoppenrath M., Elbrächter M., Drebes G., 2009. Selected microphytoplankton species from the North sea around Helgoland and Sylt. ISBN 978‐3‐510‐61392‐2

Hoppenrath M., Murray S. A., Chomérat N., Horiguchi T., 2014. Marine benthic dinoflagellates – Unveiling their worldwide biodiversity. ISBN 978‐3‐510‐61402

Kraberg A., Baumann M., Dürselen C.D., 2010. Coastal Phytoplankton – Photo Guide for Northern European Seas. ISBN 978‐3‐89937‐113‐0

Lassus P., 1978. Catalogue descriptif des principaux organismes responsables d’eaux rouges. 60 p.

Lassus P., 1980. Mise à jour des données sur les organismes responsables d’eaux colorées. Extension au phytoplancton produisant des toxines, 200 p.

Lassus P., 1988. Plancton toxique et plancton d’eaux rouges sur les côtes européennes, 111 p.

Lassus P., Chomérat N., Hess P., Nézan E., 2016. Toxic and Harmful Microalgae of the World Ocean – Micro‐algues toxiques et nuisibles de l’océan mondial. ISBN 978‐87‐990827‐6‐6

Nézan E., Piclet G., 1996. Guide pratique à l’usage des analystes du phytoplancton. Ce guide comprend des fiches par taxon. ISBN 2‐919373‐21‐5

Nézan E., 1996. Surveillance du phytoplancton marin, (les principales classes hormis les diatomophycées). Manuel illustré pour la formation des opérateurs de laboratoires – lecture flore totale. Document IFREMER.

Nézan E., Rocher G., 2003. Les microalgues productrices de toxines. Guide illustré de présentation des micro‐algues productrices de toxines à l’usage des analystes du REPHY, Document IFREMER Concarneau. https://wwz.ifremer.fr/lerfbn/content/download/62269/845948/version/1/file/Guide_MicroalguesToxiques.pdf

Nézan E. & Rocher G. Diaporama didactique sur les diatomées. Disponible sur : http://w3.ifremer.fr/surveillance/rephy/dia‐taxinomie.htm

Nézan E. & Rocher G. Animation interactive permettant la visualisation des caractères morphologiques du genre Alexandrium : http://envlit.ifremer.fr/documents/documents_pedagogiques/alexandrium_minutum_plaques

18 WORMS : World Register of Marine Species ‐ http://www.marinespecies.org/index.php


Nézan E. & Rocher G. Animation interactive permettant de visualiser les différences morphologiques entre les populations d'Alexandrium minutum : http://envlit.ifremer.fr/documents/documents_pedagogiques/alexandrium_minutum_morphotypes

Paulmier G., 1992. Catalogue illustré des microphytes planctoniques et benthiques des côtes normandes. Rapport IFREMER/DRV/RH/92.007, 107 pp.

Paulmier G., 1997. Atlas des diatomophycées des côtes françaises et des aires océaniques adjacentes. Rapport interne IFREMER/DRV/RH/97‐014, 148 pp.

PhytoQuiz1, 1997. Flagellés marins – Marine flagellates, un outil d’auto‐formation pour l’identification du phytoplancton, CD‐ROM, IFREMER production, IBSN 2‐905434‐90‐2.

Sournia A. (ed.), 1986 – 1990. Atlas du phytoplancton marin (éditions du CNRS) :

Sournia A., 1986, volume 1 : cyanophycées, dictyochophycées, dinophycées, raphidophycées.

219 pp, 46 pl.

Ricard M. 1987, volume 2 : diatomophycées. 297 pp, 71 pl.

Chrétiennot‐Dinet M.J., 1990, volume 3 : chlorarachniophycées, chlorophycées,

chrysophycées, cryptophycées, euglénophycées, eustigmatophycées, prasinophycées,

prymnésiophycées, rhodophycées, tribophycées. 260 p, 49 pl.

Sournia A., Belin C., Berland B., Erard‐Le Denn E., Gentien P., Grzebyk D., Marcaillou‐Le Baut C., Lassus P., Partensky F., 1991. Le phytoplancton nuisible des côtes de France : de la biologie à la prévention, 154 p.

Tomas C. (Editor) 1997. Identifying Marine Phytoplancton. ISBN‐13 978‐0‐12‐693018‐4. ISBN‐10 0‐12‐693018‐X

Trégouboff G., Rose M., 1957. Manuel de planctonologie méditerranéenne, 2 vol.

Accréditations et agréments

L’agrément délivré par le MEEM pour les laboratoires effectuant des analyses dans le domaine de la surveillance des milieux aquatiques, nécessite une accréditation préalable. A titre transitoire, les LERs de l’Ifremer sont habilités à analyser les paramètres hydrologiques.

Seules les analyses de nutriments sont actuellement effectuées sous accréditation à Ifremer. Les autres mesures, pour le phytoplancton et l’hydrologie, doivent cependant être réalisées selon les méthodes recommandées et les procédures décrites pour le REPHY, et sous démarche qualité.

La liste des laboratoires accrédités est tenue à jour et disponible sur le site du Cofrac : www.cofrac.fr

La liste des laboratoires extérieurs agréés pour la matrice « eaux salines » est accessible sur : http://www.labeau.ecologie.gouv.fr/defaut/liste‐labo‐agrees.php#

La validité et la portée de l’accréditation pour les laboratoires accrédités sont vérifiées sur le site du Cofrac : www.cofrac.fr


Intercalibrations et Comparaisons Inter Laboratoires

Chlorophylle et nutriments

Les Comparaisons Inter Laboratoires pour l’analyse des nutriments et de la chlorophylle‐a sont organisés par le laboratoire DYNECO/PELAGOS depuis 2005 dans le cadre de sa participation au consortium AQUAREF (Laboratoire national de référence pour la surveillance des milieux aquatiques). Ils sont proposés une ou deux fois par an à l’ensemble de la communauté océanographique française de métropole et d’outre‐mer (Ifremer, CNRS, IRD, SHOM, sous‐traitants privés des LERs), soit une trentaine de laboratoires. Ces essais ont démontré qu’ils sont un outil d’assurance qualité efficace pour fiabiliser la qualité des mesures et pour améliorer la comparabilité des données (Daniel et al, 2005 à 2014). Les derniers rapports sont les suivants :

Daniel Anne, Caradec Florian, Youenou Agnes (2015). Rapport de synthèse de l’essai interlaboratoire pour la mesure de la chlorophylle‐a en milieu marin ‐ Essai du 25/11/14 Rapport DYNECO/PELAGOS/15.02 https://w3.ifremer.fr/archimer/doc/00293/40394/38891.pdf

Daniel Anne, Caradec Florian (2015). Rapport de synthèse de l’essai interlaboratoire pour la mesure des nutriments en milieu marin ‐ Essai du 13/11/14 Rapport DYNECO/PELAGOS/15.02 https://w3.ifremer.fr/archimer/doc/00293/40390/38888.pdf

De plus, le laboratoire DYNECO/PELAGOS participe à l’ensemble des essais internationaux préparés par le MRI au Japon depuis 2003 dans le cadre du groupe de travail IOC/CIEM SGONS.

Les tableaux ci‐dessous listent la distribution par année des participations aux CILs chlorophylle et nutriments organisés par DYNECO‐PELAGOS depuis 2005, pour chacun des laboratoires Ifremer ou partenaires qui ont effectué des analyses pour le REPHY ou pour un réseau régional pendant cette période.


Participation aux CILs chlorophylle organisés par DYNECO‐PELAGOS, pour les laboratoires intervenant dans la surveillance de ce paramètre pour le REPHY et les réseaux régionaux.

2005 2006 2007 2008 2009 2014

ODE‐DYNECO‐PELAGOS x x x x x x

LER‐BL x x x x x x

LER‐N x x x x x x

LER‐BN x x x x x

LER‐BO x x x x x

LER‐MPL‐ La Trinité x x x x x(2) x(2)

LER‐MPL‐Nantes x x

LER‐PC‐ La Rochelle x x x x x

LER‐PC‐La Tremblade x x x x x

LER‐AR x x x x x

LER‐LR x x x x (2) x

LER‐PAC x x x x x x

SMEL x x x x x x

LABOCEA Brest/Quimper x x x x

Observatoire Océanologique Banyuls x x x x x x

Université Montpellier x x

Observatoire Océanologique Villefranche x xx x x

Remarques :

Les laboratoires d'outre‐mer ne peuvent pas participer à ces EIL en raison du délai de réception des échantillons > à 48 h

Les essais de 2006 et de 2009 n'ont pas été validés respectivement en raison de problème sur les cultures de phytoplancton et d'un pourcentage de résultats aberrants trop élevé


Participation aux CILs nutriments organisés par DYNECO‐PELAGOS, pour les laboratoires intervenant dans la surveillance de ce paramètre pour le REPHY et les réseaux régionaux.

2006 2007 2008 2009a 2009b 2010a 2010b 2011 2012 2013 2014

ODE‐DYNECO‐PELAGOS x x x x x x x x x x x

LER‐BL x x x x x x x x

LER‐N x x x x x x x x x x x

LER‐MPL x x x x x x x x x x

LER‐PC x x x x x

LER‐AR x x x x x x x x x x x

LER‐LR x x x x x x x x x

SMEL x x x x x x x x x x x

Laboratoire Rouen x x x x x x x x x

LABOCEA Brest x x x x x x x x x x

LIENs Université La Rochelle x

CIRAD x x x

LDA Martinique x x x x x x x x x x

Institut Pasteur Guadeloupe x x x

IRD Guyane x x x

ARVAM La Réunion x x x x x x x x x x

Remarque :

Certains participants n'ont pas analysé les cinq nutriments


Phytoplancton

Pour le dénombrement du phytoplancton par la méthode d'Utermöhl, dans chaque laboratoire, des Comparaisons Inter‐Analystes sont régulièrement organisés. Ces essais impliquent les analystes d'un même laboratoire et portent sur l'identification et le dénombrement des cellules phytoplanctoniques dans la même chambre à sédimentation. Les résultats de ces essais permettent d'identifier, le cas échéant, des actions nécessaires pour améliorer les performances des analystes.

En amont de ces actions, des Essais Inter Laboratoires inspirés de la méthodologie mise en œuvre par BEQUALM (Biological Effect Quality Assurance in Monitoring, programme européen initié en 1998) ont été organisés dans un premier temps au niveau de la coordination du REPHY par Hubert Grossel. Tous les laboratoires réalisant des observations du phytoplancton dans le cadre du REPHY ont participé à ces EILs. Un premier exercice a été réalisé en octobre 2006 (Grossel H., 2007). L'exercice était limité au dénombrement cellulaire. Les trois échantillons analysés étaient constitués de mélanges en parts variables de quatre espèces phytoplanctoniques issues de cultures in vitro. Cet EIL a permis aux laboratoires participants de se situer vis à vis de l'ensemble des résultats obtenus et de mener le cas échéant la réflexion en vue de l'optimisation de leurs pratiques. Un deuxième exercice a été réalisé en décembre 2007 (Grossel H., 2009). Centré surtout sur les aspects qualitatifs (déterminations spécifiques), il avait également porté, pour quelques taxons représentatifs, sur une approche quantitative (dénombrements de cellules).

Depuis 2014, un observateur phytoplancton par LER est inscrit à un exercice d’inter comparaison international (IPI19), organisé par le Marine Institute Phytoplankton Unit de Galway (Irlande) en association avec le NMBAQC20 . Depuis 2015, les échantillons reçus dans le cadre de cette IPI, sont utilisés pour évaluer aussi les compétences des autres analystes de chaque laboratoire impliqué dans le REPHY. Les résultats de ces essais d’aptitudes font l’objet d’un rapport. Pour 2015, ce rapport est le suivant :

Neaud‐Masson Nadine, Brun Melanie (2016). Essai inter‐analystes Ifremer pour l’évaluation de la qualité des connaissances en taxinomie et dénombrement du phytoplancton marin – Rapport d'évaluation des analystes du phytoplancton marin dans le cadre du REPHY. https://w3.ifremer.fr/archimer/doc/00340/45158/

19 IPI : International Phytoplankton Intercomparison 20 NMBAQC : NE Atlantic Marine Biological Analytical Quality Control Scheme. http://www.nmbaqcs.org/


Le tableau ci‐dessous liste la distribution par année des participations aux CILs ou aux CIAs, depuis 2014, pour chacun des laboratoires Ifremer intervenant dans l’observation du phytoplancton pour le REPHY :

Laboratoire

Nombre d'analystes habilités (état en juin 2016)

Un(e) des analystes a participé à

pour flore totale pour flore partielle

CIL Bequalm 2014

CIL Bequalm 2015

CIA Ifremer 2015

CIL Bequalm 2016

CIA Ifremer 2016

LER‐BL 2 X X X X X

LER‐N 2 X X X X X

LER‐BN 1 2 X X X X

LER‐BO 2 1 X X X X

LER‐MPL TM (1) départ en 2015 4 X X X X X

LER‐MPL NT 1 arrivée en 2016 1

X X

X

LER‐PC 1 + (1) départ en 2016 1 X X X X X

LER‐AR 2 X X X X X

LER‐LR 1 1 X X X

LER‐PAC TL 1 1 X X X X

LER‐PAC CO 1 X X

X

DYNECO‐VIGIES

1 X

X X X

CIL : Comparaison Inter‐Laboratoire BEQUALM : Programme européen Biological Effect Quality Assurance in Monitoring CIA : Comparaison Inter‐Analystes


Formations

Les journées REPHY organisées régulièrement depuis la création du réseau, sont le lieu d'échanges et d'informations sur les actions de surveillance et de recherche en relation avec les domaines concernés par le REPHY. Les comptes rendus de ces journées sont disponibles sur le site WEB Environnement Littoral de l’Ifremer dans la rubrique Publications : http://envlit.ifremer.fr/documents/publications

Des formations collectives ou individuelles sont régulièrement dispensées pour chacun des domaines par les laboratoires experts. Les formations les plus récentes en taxinomie, en écologie du phytoplancton et en physico‐chimie sont détaillées ci‐dessous.

Phytoplancton : formations organisées au cours des dix dernières années

Atelier de taxinomie du phytoplancton RESOMAR / IFREMER Station Biologique de Roscoff du 8 au 10 décembre 2015 :

Diatomées Chaetoceraceae et Pseudo‐nitzschia par Diana Sarno de la Stazione Zoologica

Anton Dohrn de Napoli et Elisabeth Nézan (Ifremer Concarneau).

Dinoflagellés – Généralités et Dinoflagellés nanoplanctoniques (Heterocapsa, Azadinium,

Amphidoma, Pfiesteria, Karlodinium, Karenia) par Nicolas Chomérat et Elisabeth Nézan

(Ifremer Concarneau)

Metabarcoding aspects techniques pour l’analyse de la biodiversité phytoplanctonique – De

l’échantillon à la production de séquence par Sarah Romac (EPEP SB Roscoff) – Des

séquences aux tableaux d’abondance par Stéphane Audic (EPEP SB Roscoff) – Barcoding et

metabarcoding pour l'écologie fondamentale et appliquée par Colomban de Vargas (EPEP SB

Roscoff) ‐ Variabilités spatio‐temporelles des données de métabarcode par Tania Hernandez‐

Farinas (Ifremer Brest).

N. Chomérat, R. Siano, C. Le Bec. 26 au 28 novembre 2013. Taxinomie et écologie des microalgues. Deux journées théorie et une journée travaux pratiques.

E. Nézan et N. Chomérat, novembre 2011. Perfectionnement à l’identification du phytoplancton. Identification des Pseudo‐nitzschia.

E. Nézan et N. Chomérat, mars 2010. Perfectionnement à l'identification du phytoplancton. Identification des Pseudo‐nitzschia.

E. Nézan et N. Chomérat , mars 2008 taxinomie des microalgues.

Nicolas Chomérat. 2007. Introduction à la systématique des micro‐algues (notions de nomenclature, présentation des différentes classes, TP)

Ifremer, Universités d’Aix‐Marseille et de Caen, CNRS Montpellier. 12 au 14 décembre 2006. Formation Ecologie du Phytoplancton.

Alain Couté (MNHN, Paris). 28 au 30 novembre 2006. Formation à la connaissance des Cyanophytes


Hydrologie

Des journées « hydrologie » sont régulièrement organisées par le laboratoire DYNECO/Pelagos sous forme de réunions d'une à deux journées ou de visioconférences.

Visioconférence, septembre 2015 : divers analyses

Journées hydrologie Brest, septembre 2014 : analyse, prélèvement, métrologie

Visioconférence, avril 2013 : analyse nutriments

Journée hydrologie Port en Bessin, avril 2012 : accréditation nutriments

Visioconférence, mars 2011 : accréditation nutriments

Journée hydrologie Arcachon, février 2010 : prélèvement, analyse, saisie quadrige

Journée hydrologie Nantes, décembre 2008 : incertitudes de mesure pour l'analyse des

nutriments

Journées hydrologie Brest, février 2007 : prélèvement, analyse, métrologie, mesure haute

fréquence, mise en œuvre de la DCE

Journée hydrologie Brest, septembre 2006 : Journées "capteur de fluorescence"

Des formations techniques sur le prélèvement et l’analyse des paramètres hydrologiques sont organisées à la demande des LERs ou des partenaires, par exemple :

Analyse des nutriments en flux continu segmenté : quatre sessions de formation pratique

entre 2006 et 2008 pour les LERs

Perfectionnement au dosage automatique des nutriments dans les eaux marines : une

session en 2010 pour les laboratoires CNRS participant au SOMLIT

Analyse de la chlorophylle‐a dans les eaux marines : trois sessions de formation pratique

entre 2012 et 2014 pour les laboratoires partenaires de l’Ifremer (LDA Martinique, Pasteur

Guadeloupe, LABOCEA)

Formation au prélèvement des paramètres hydrologiques : quatre sessions en métropole et

en Guyane pour les CQEL, DEAL et Office de l’Eau entre 2007 et 2012

Qualification des données

Un processus de qualification a été mis en place il y a quelques années pour attribuer un niveau de qualité à chacune des données stockées dans Quadrige². La qualification est la troisième étape d’une procédure qui commence par le contrôle des données saisies (vérification), puis leur validation (attestant que les données sont conformes aux résultats du cahier de laboratoire). La qualification se traduit ensuite idéalement par : (i) la recherche des données douteuses ou fausses, (ii) la correction éventuelle des données lorsque cela est possible, (iii) l’attribution d’un niveau de qualité aux données.

Le processus de qualification a été décrit en deux grandes étapes : (i) une qualification dite « simple », qui concerne surtout les métadonnées accompagnant le résultat, avec en plus une comparaison du résultat à une fenêtre des valeurs possibles pour le paramètre (ii) une qualification dite « experte » qui consiste à mettre en évidence les données statistiquement aberrantes dans une série de mesures, via des méthodes adaptées (séries temporelles, tests statistiques…).

Seule la première étape (qualification simple) a été mise en œuvre. Les niveaux de qualité possibles retenus pour cette première étape sont : BON (les métadonnées ne sont pas incohérentes),


DOUTEUX (les informations apportées par les métadonnées sont de nature à mettre en doute le résultat lui‐même) ou FAUX (le résultat est manifestement hors du champ des possibles quel que soit le contexte, et ne peut être retrouvé).

Le processus de qualification a permis de qualifier les métadonnées correspondant aux résultats relatifs à l’hydrologie et au phytoplancton sur une grande partie de l’historique des données depuis 1987. Ce processus est actuellement suspendu.

Les principes d’une qualification experte restent à valider et à mettre en œuvre, mais il existe d’ores et déjà des pistes.

Pour le phytoplancton par exemple, il est désormais jugé nécessaire de traiter les données à un niveau taxinomique tenant compte des fluctuations entre observateurs : le principe d’un regroupement des taxons pouvant être confondus, dans une entité nommée « Unité Taxinomique », principe décrit dans la thèse de Hernandez‐Farinas (2015), est désormais systématiquement utilisé pour tout traitement des données phytoplancton. Ceci constitue en soi une phase importante de qualification experte de ces données. Ce principe de regroupement pour l’utilisation des données sera d’ailleurs également inscrit dans la demande de labellisation 2017 pour un Observatoire national du micro‐phytoplancton réunissant le REPHY et le SOMLIT.

Par ailleurs, pour l’ensemble des données phytoplancton et hydrologie, l’examen des séries temporelles au travers des outils de modélisation DLM (Dynamic Linear Model) montre qu’il s’agit d’une piste très intéressante pour mettre en évidence des ruptures ou des valeurs exceptionnelles dans les séries de données. Il reste maintenant à mettre en place un processus de recherche d’explication de ces ruptures ou de ces valeurs exceptionnelles, afin de documenter les séries de données.


Annexe4. Laboratoires Ifremer équipés pour lesmesures physico‐chimiques et chimiques.Informations sur les accréditations pour lesnutriments

laboratoires

mesures physico‐chimiques

(température, salinité, turbidité, oxygène

dissous)

analyses chlorophylle‐a

analyses pigmentaires

analyses nutriments

(accréditation : analyses physico‐chimiques des eaux. Flux continu. Nitrate+nitrite. Nitrite. Phosphates. Silicate.

Ammonium

BL (Boulogne)

N (Port en Bessin) en cours d’installation accrédité

(1‐2048)

BN (Dinard)

BO (Brest)

BO (Concarneau) en cours d’installation

MPL/TM (La Trinité)

MPL/NT (Nantes) accrédité(1‐2349)

PC/LR (L’Houmeau)

PC/LT (La Tremblade)

AR (Arcachon) accrédité(1‐2062)

LR (Sète) accrédité(1‐1655)

PAC/TL (Toulon)

PAC/CO (Bastia)

laboratoires équipés