Comprendre La Biologie Moleculaire

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  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    1/23

    Ann Fr Anesth R6anim 1999 ; 18 : 725-47

    0 Elsevier, Paris

    Revue gCnCrale

    Comprendre la biologie mol6culaire

    V. Laudenbach, 2, J. Mantz, J.M. Desmontsl

    Dkpartement danesthksie-rtfanimation chirurgicale, hdpitaux Bichat-Claude Bernard-Robert Deb 75018 Paris ;

    21aboratoire de neurologie du dkveloppement, unite E-9935, h6pital Robert-Deb 48, boulevard Seruriel; 7.5019 Paris, France

    RiSUME

    Objectifs : Exposer les bases theoriques et methodologi-

    ques de la biologie moleculaire. lndiquer ses principales

    applications dans le domaine medical.

    Sources des don&es : Pour cette revue, les publications

    en langues francaise et anglaise, parues dans les journaux

    consacres a la recherche en biologie moleculaire et a

    Ianesthesie-reanimation chirurgicale, referencees dans la

    banque de don&es Medline@, ont ete analysees, ainsi que

    les ouvrages de la specialite.

    Selection des articles : Ont ete selectionnes : 1) les arti-

    cles originaux correspondant aux principales avancees

    ayant abouti a Ietat actuel de la specialite, en particulier

    dans le domaine de Ianesthesie-reanimation chirurgicale ;

    2) les revues et mises au point ; 3) certains chapitres

    douvrage de synthese.

    Extraction des donnbes : Les donnees extraites corres-

    pondent : 1) aux connaissances actuelles concernant les

    mecanismes de conservation et dexpression du genome ;

    2) aux principes des techniques experimentales les plus

    courantes ; 3) aux possibilites dexploitation de ces

    connaissances et de ces techniques en anesthesie et en

    reanimation chirurgicale ; 4) aux developpements les plus

    recents et aux perspectives offertes par les techniques de

    biologie moleculaire.

    SyntMse des don&es : Le terme de biologie molecu-

    laire employe en biologie medicale correspond essentiel-

    lement a letude des acides nucleiques. Cette mise au

    point rappelle les principes generaux selon lesquels le ge-

    nome est organise. Elle decrit brievement la facon dont il

    sexprime. Le developpement de la biologie moleculaire re-

    pose sur Iutilisation doutils enzymatiques, dont les pre-

    miers ont ete les enzymes de restriction bacteriennes. Ces

    outils permettent de couper, lier, synthetiser et lire IADN.

    Quelques-unes des techniques les plus representatives

    Requ le 29 dkcembre 1998 ; accept6 aprhs hision le 19 avril 1999.

    sont detaillees. Certaines, telles que la PCR, sont couram-

    ment employees dans le domaine clinique. Lexperimenta-

    tion in viv o a donne naissance a des modeles animaux

    dont on sait modifier le genome. II devient possible dana-

    lyser, sur un organisme entier, les consequences de ces

    modifications. Recemment, la possibilite de cloner un

    mammifere, puis celle de cultiver des cellules humaines to-

    tipotentes, ont bouleverse les previsions en termes dap-

    plications a Ihomme. Les principes de ces voies de recher-

    the sont exposes. Le point est fait sur Ietat davancement

    des programmes de therapie genique et de cartographic

    du genome humain. 0 1999 Elsevier, Paris

    biologie mol&ulaire

    ABSTRACT

    To understand molecular biology.

    Objectives: To display theorical and methodological basis

    of the molecular biology. To point out its main medical ap-

    plications.

    Data sources: For this review, we analysed the English

    and French literature concerning the research and clinical

    aspects of the molecular biology, especially in anaesthesio-

    logy and intensive care, using the Medline@ database. The

    current textbooks were also used.

    Study selection: We selected: 1) the original articles cor-

    responding to the main advances that resulted in the

    present state of this discipline; 2) the reviews; 3) some

    chapters of textbooks.

    Data extraction: In this review, we report: 1) the current

    knowledge concerning the conservation and the expres-

    sion of the genome; 2) the principles of the most widely

    used experimental techniques; 3) the medical applications

    of this knowledge in anaesthesiology and intensive care;

    4) the more recent developments of this research field.

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    726

    V. Laudenbach et al.

    Data synthesis: Within medical biology, molecular biology

    essentially corresponds to the study of nucleic acids. In this

    review, the general principles governing the organization

    and expression of the genome are discussed. The expan-

    sion of molecular biology has been a consequence of the

    widespread use of enzymatic tools, of which bacterial re-

    striction enzymes were the firs t. Numerous enzymes are

    now available, permitting DNA strands to be cut, linked,

    synthesized and sequenced. Several of the most repre-

    sentative molecular biology techniques are described.

    Some of them, such as PCR, are commonly used in clini-

    cal situations. Animal experimental models have also been

    generated by genome altering methods, in order to ana-

    lyse the phenotypic consequences of these modifications.

    Recent ly, a viable mammal, deriving from a differentiated

    cell, has been cloned. Human embryonic totipotent stem

    cells are now available in cultures. These advances have

    important ethical implications whilst, at the same time, of-

    fering new opportunities for medical applications. The state

    of gene therapy and human genome sequencing pro-

    grammes is discussed. 0 1999 Elsevier, Paris

    molecular biology

    Abreviations : ADN : acide dCsoxyribonuclCique ; ARN : acide

    ribonuclkique ; ADNc : ADN complkmentaire ; ARNm : ARN

    messager ; ARNr : ARN ribosomal ; ARNt : ARN de transfert.

    La biologie moleculaire correspond a lintegration

    de toutes les donnees moleculaires necessaires a la

    comprehension des mecanismes biologiques. Le

    terme de biologie moleculaire utilise couramment en

    biologie medicale designe letude des acides nuclei-

    ques, lacide desoxyribonucleique (ADN) et lacide

    ribonucleique (ARN). Ces molecules sont a lorigine

    des phbnomenes biologiques impliques dans la

    structure et le fonctionnement des cellules et des or-

    ganismes entiers. Ces phenomenes sont la synthese,

    la modification et la degradation des proteines, lipi-

    des et sucres, mais aussi des acides nucleiques eux-

    memes. LADN est le support de linformation ge-

    netique. Ses modifications peuvent Ctre a lorigine

    de pathologies congenitales ou acquises. Les travaux

    realids ces 30 dernieres annees ont permis une des-

    cription extremement precise, quoique inachevee,

    des bases moleculaires de phenomitnes observes

    chez differents organismes. Lidentification de cer-

    taines modifications pathologiques du genome peut

    etre realisee en pratique courante. On peut detecter

    la presence d ADN exogene, bacterien ou viral, dans

    un organisme humain. 11 est desorrnais possible de

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    Tableau I. Le code genetique.

    Comprendre la biologie moleculaire

    727

    I base

    T

    2 base 3 base

    c A G

    T

    l-l-T

    TTC

    I

    Phe

    TTA

    TTG I

    Leu

    CTT \

    C

    CTC

    CTA

    CTG

    Leu

    A

    ATTTT

    ATCTC I

    Ileuleu

    ACT

    ACC

    ATATA

    Met

    ACA

    ATGTG

    Met

    ACG

    G

    GTC

    GTA

    I

    Val

    GTG

    TCT

    TCC

    TCA

    TCG

    CCT

    ccc

    CCA

    CCG

    GCT

    GCC

    GCA

    GCG

    TAT

    TAC

    TAA

    TAG

    CAT

    Ser

    Pro

    CAC

    CAA

    CAG

    A AT

    Thr

    AAC

    AAA

    Ala

    AAG

    GAT

    GAC

    GAA

    GAG

    TY~

    stop

    TGT

    TGC

    TGA

    TGG

    His

    CGT

    CGC

    Gin

    CGA

    CGG

    Asn

    AGT

    AGC

    LYS

    AGA

    AGG

    Asp

    GGT

    GGC

    I

    Glu

    GGA

    GGG

    CYS

    T

    C

    stop A

    V-J

    G

    T

    Arg

    C

    A

    G

    Ser

    T

    C

    Arg

    A

    G

    T

    GUY

    C

    A

    G

    Buses; T: thymine ; C : cytosine ; A : adenine, G : guanine ; Acide s a minb correspondant aux codons : Phe : phtnylalanine ; Leu : leucine ;

    Ileu : isoleucine ; Met : methionine ; Val : valine ; Ser : serine ; Pro : proline ; Thr : threonine ; Ala : alanine ; Tyr : tyrosine ; His : histidine ;

    Gin : glutamine ; Asn : asparagine ; Lys : lysine ; Asp : acide aspartique ; Glu : acide glutamique ; Cys : cysteine ; Trp : tryptophane ; Arg :

    arginine ; Gly : glycine. Stop : codons

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    728

    V. Laudenbach et al

    5

    jr- --

    -

    - 5

    Figure 1. Double hClice de Watson, Crick et Wilkins [2].

    tre, , e groupement OH sit& en 3 dun

    desoxyribose et, , le groupement phos-

    phate situ6 en 5 du desoxyribose suivant. Chaque

    brin a une orientation, possedant un groupement 5

    phosphate libre a une extremite et un groupement 3

    hydroxyle (OH) libre a lautre. Lorientation 5 vers

    3 est appelee

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    Comprendre la biologie molCculaire

    729

    nien est une sorte de chapelet de particules appelees

    nucleosomes. Ce sont des groupes de prottines nom-

    mees histones. Elles sont regroupees en octameres

    autour desquels senroule 1ADN. Les histones per-

    mettent ainsi un premier niveau de compactage de

    1ADN. Elles ont Cgalement un role dans la rbgula-

    tion de lexpression des genes [8, 91. Lagencement

    de 1ADN et des histones realise une fibre dont le

    diametre en microscopic Clectronique est de 10 na-

    nometres. Cette fibre peut elle-mCme former une he-

    lice, dont le diametre apparent est de 30 nanometres.

    Lorganisation spatiale de la double helice participe

    aux mecanismes de regulation de lexpression des

    genes. Elle determine laccessibilite de 1ADN a di-

    vers facteurs proteiques. Ces facteurs peuvent etre

    impliques dans la transcription des genes ou dans la

    replication. Le compactage de la molecule d ADN

    permet Cgalement des interactions entre des sequen-

    ces qui seraient distantes les unes des autres si

    1ADN Ctait linearise [lo, 111.

    Organisation g&hale des ghes

    Lhomme possbde entre 60 000 et 70 000 genes.

    Leur expression aboutit a un nombre de proteines

    differentes non determine. Les differents elements

    dune meme sequence codante peuvent Ctre em-

    ploy& de facon variable selon lenvironnement cel-

    lulaire, aboutissant a differentes modalites de traduc-

    tion. Cest le cas du gene de la calcitonine, proteine

    produite par les cellules thyroidiennes. Ce gene peut

    Cgalement coder pour le CGRP (calcitonin gene

    related peptide), un neuropeptide, selon le choix des

    exons effectivement transcrits [12]. En fait, la ma-

    jeure partie de 1ADN total est non codant. Certaines

    des sequences de cet ADN non codant ont un role

    dans lorganisation de la structure de la chromatine

    ou, au tours de la mitose, dans celle des chromoso-

    mes.

    On distingue trois classes de genes, definies en

    fonction de la nature de IARN polymerase (I, II ou

    III) assurant leur transcription. Les genes de classe I

    sont les genes des ARN du ribosome (ARNr). Le ri-

    bosome traduit les ARNm dans le cytoplasme. La

    classe III est celle des ARN de transfert (ARNt),

    Cgalement impliques dans la traduction. Les genes

    de ces deux classes sont tres rep&es dans le genome.

    Au contraire, la plupart des genes codant pour les

    proteines, dits genes de classe II, sont presents en un

    seul exemplaire. Leur organisation g&-i&ale est illus-

    tree par la Jigwe 2. En amont (5) de la sequence

    codante, on trouve une region appelee promoteur.

    Cette region est celle sur laquelle se fixe 1ARN po-

    lymerase. Cette enzyme fait partie dun complexe

    proteique qui va transcrire en ARNm la sequence si-

    tuee plus en aval. Elle se fixe au promoteur par lin-

    termediaire de cofacteurs, au niveau dune sequence

    particuliere, appelee

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    730 V. Laudenbach et al.

    Initiation de Is

    5

    L__ I

    . . . .

    3

    Promoteur -. 2. ..__ j. _.~

    qui est traduit.

    Le transcrit primaire, ou ARN pre-messager, de lARNm, doit subir une matura-

    tion. Elle a egalement lieu dans le noyau. La pre-

    miere &ape est la fixation dune coiffe nucleotidique

    a lextremite 5. Sa presence est necessaire au trans-

    port vers le cytoplasme et a linitiation de la traduc-

    tion. Une fois la transcription achevee, une polyA

    polymerase lie a lextremite 3 une sequence de

    quelques centaines dadenosines. Cette sequence

    polyA est impliquee dans la stabilisation du trans-

    crit, cest-a-dire linhibition des systemes enzymati-

    ques de degradation des ARNm [20-221. Enfin,

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    7/23

    Comprendre la biologic moltculaire 731

    1ARNm doit subir un Cpissage (splicing). Cet Cpis-

    sage aboutit a lelimination des sequences non tra-

    duites. A chaque extremite des introns, se trouvent

    des sequences conservees, dites sequences consen-

    sus.

    Elles definissent un site donneur et un site accepteur,

    au niveau desquels 1ARN pre-messager est clive.

    Lintron est lib&C et les deux exons situ& de part et

    dautre sont lies par une reaction de transesterifica-

    tion. Lepissage necessite la cooperation des snRNP

    (Small Nuclear RiboNucleoProteins), associant des

    proteines et des ARN de petite taille, les snRNA

    (pour Small Nuclear RNA). Lordre dans lequel les

    introns et les exons sont elimines nest pas constant.

    Les &apes successives de la maturation produisent

    plusieurs transcrits intermediaires. Le choix des

    exons elimines peut varier selon le contexte cellu-

    laire, generant des transcrits specifiques de tissus.

    Cette variabilite dans le choix des exons traduits est

    appelee Cpissage alternatif [23, 241.

    Traduction

    LARNm est exporte vers le cytoplasme pour etre

    traduit. Cest un processus actif qui necessite une

    maturation complete de 1ARNm [25]. Dans le cas

    de molecules dARN de tres grande taille, la traduc-

    tion peut debuter avant quelles ne soient totalement

    exportees. La synthese dune chaine peptidique fait

    intervenir deux nouveaux acteurs : les ribosomes et

    les ARNt. Le ribosome est form6 par lassociation

    de proteines et dARNr. I1 comporte deux sous-

    unites : la petite (coefficient de sedimentation 40s)

    et la grande (60s). Sa fonction est de lier successi-

    vement les acides amines correspondant aux codons

    align& sur 1ARNm. 11coop&e avec les ARNt, ARN

    de transfer-t. Ces ARN, constitues de 75 a 85 nucleo-

    tides, ont une structure secondaire, cest-a-dire une

    organisation spatiale qui realise une forme de feuille

    de trefle. Lun des

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    8/23

    732 V. Laudenbach et al.

    RCgulation de lexpression des g&es

    Elle permet de nexprimer que les genes requis selon

    le stade du developpement de lorganisme, selon le

    type cellulaire, ou en reponse a des stimuli externes.

    Chez les eucaryotes, on distingue schematiquement

    cinq niveaux de regulation possibles : chromatinien,

    transcriptionnel, post-transcriptionnel, traductionnel

    et post-traductionnel. La regulation de lexpression

    des genes bacteriens est presque exclusivement

    transcriptionnelle.

    Conformation spatiale de la chromatine

    Lexpression des genes necessite que des proteines

    regulatrices accedent a 1ADN chromatinien, ce qui

    est impossible en cas de compactage excessif . Les

    regions actives, contenant des genes effectivement

    exprimes, sont souvent delimitees par des zones

    dancrage au feuillet interne de la membrane nu-

    cleaire. Ces replis encadrent des boucles chromati-

    niennes dont lorganisation peut ainsi Ctre modifiee

    independamment des regions adjacentes. Certaines

    sequences, comme le LCR (Locus Control Region)

    du gene de la chaine B de la globine, sont impliquees

    dans les variations de compaction de regions de la

    chromatine [26]. Un gene peut Ctre a lorigine inac-

    tif, en raison de lagencement de ses differents Cl&

    ments. Une recombinaison peut etre necessaire a

    leur expression. Cette recombinaison aboutit au de-

    placement dune partie du gene sur la molecule

    dADN. Elle se fait avec le contours de systemes

    enzymatiques (recombinases) capables de cliver

    1ADN double brin sur des sites specifiques (endo-

    nucleases) puis de lier la sequence deplacee sur son

    nouveau site (ligases). Un des modeles de ce meca-

    nisme de regulation est le rearrangement des genes

    codant pour les immunoglobulines ou pour les re-

    cepteurs des lymphocytes T [27, 281.

    Rbgulation de la transcription

    La notion de sequence reconnue par des proteines

    trans-regulatrices a emerge avec lidentification du

    represseur du bacteriophage h. Les phages sont des

    virus infectant les batteries. Le represseur est une

    proteine codee par le genome viral. Lorsque celui-ci

    est integre a 1ADN bacterien, cette proteine se fixe

    aux elements regulateurs des genes viraux. Elle in-

    hibe lexpression des proteines necessaires a la syn-

    these de nouvelles particules virales. Son site de

    fixation recouvre partiellement celui de 1ARN po-

    lymerase, quelle empeche de se lier a 1ADN. Le

    represseur autorise ainsi le virus a rester quiescent et

    a beneficier de lappareil de replication de 1ADN

    bacterien pour amplifier ses propres sequences [29].

    Les facteurs proteiques truns-regulateurs eucaryo-

    tes appartiennent a quatre grandes categories : pro-

    teines helice-tour-helice, helice-boucle-helice, en

    doigt de gant a ion Zinc (Zn++ finger) ou en

    fermeture-eclair a leucines (leucine-zipper) [30, 3 11.

    Ces facteurs peuvent agir sous forme de monombres

    ou de dim&es, parfois en coop&ant avec dautres

    proteines. Leur expression est elle-meme soumise a

    une regulation. Lactivite de certains facteurs trans-

    criptionnels necessite une induction par un signal

    intra- ou extracellulaire. Differents mecanismes

    dactivation sont decrits : dephosphorylations, pro-

    teolyses, facteurs sequestres dans le cytoplasme et

    qui gagnent le noyau apres lyse dune liaison pepti-

    dique, facteurs qui ne peuvent gagner le noyau

    quapres liaison avec leur ligand. Le recepteur des

    glucocorticoides est une proteine cytoplasmique, as-

    sociee a la proteine hsp 90. La fixation du ligand du

    recepteur entraine la rupture de cette liaison. Le re-

    cepteur se deplace alors vers le noyau et active les

    genes dont le promoteur possede le GRE (Glucocor-

    ticoid Responsive Element), sequence cis-regulatrice

    (voir le chapitre sur lorganisation g&r&ale des ge-

    nes). Cest le cas du gene IKB, codant une proteine

    qui sequestre a son tour dans le cytoplasme un autre

    facteur, FKB, capable dactiver les genes de differen-

    tes cytokines [32]. Cette cascade devenements cel-

    lulaires illustre la man&e dont le mode daction

    dune molecule, ici anti-inflammatoire, peut etre dis-

    sCquC a lechelon moleculaire.

    R&ulation post-transcriptionnelle

    La notion depissage alternatif a deja CtC abordee.

    Lattenuation transcriptionnelle est un mecanisme

    rencontre chez les adtnovirus ou le virus VIH. Lac-

    tivite de 1ARN polymerase peut etre diminde,

    voire interrompue au niveau de sites situ& en amont

    du site de terminaison normal de la transcription.

    Les ARN incomplets produits de cette facon ne peu-

    vent pas etre polyadenyles. 11s exercent un retrocon-

    trble negatif sur IARN polymerase. Ce retrocontrole

    negatif peut Ctre 1evC par des facteurs proteiques

    liant les ARN incomplets [33]. Dans dautres situa-

    tions, les variations du site de coupure du transcrit

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    9/23

    Comprendre la biologie mokulaire

    133

    primaire saccompagnent dune polyadenylation

    normale par la polyA polymerase. Elles entrainent

    des modifications de la portion carboxy-terminale

    de la proteine. Cest le cas pour les immunoglobuli-

    nes produites par les lymphocytes B. Dans les cel-

    lules pluripotentes initiales, elles comportent une

    portion COOH terminale hydrophobe, ancree dans

    la membrane cellulaire. Ce sont alors des recepteurs

    membranaires aux antigenes. Apres une stimulation

    antigenique induisant une proliferation clonale, la

    portion 3 du transcrit qui correspond aux acides

    amines hydrophobes est clivee. La proteine est alors

    secretee [33].

    La maturation de 1ARNm est un phenomene nu-

    cleaire. La traduction necessite au prealable le trans-

    port du transcrit vers le cytoplasme au travers des

    pores de la membrane nucleaire. Ce transport se fait

    de man&e active. 11 nest possible que si la matura-

    tion est complete. Lexistence dune regulation du

    transport nest pas demontree a ce jour, mais cha-

    curie des modifications de 1ARNm requises peut

    Ctre soumise a un mecanisme de controle [34]. Une

    fois dans le cytoplasme, 1ARNm peut etre specifi-

    quement adresse vers un compartiment cellu-

    laire [35]. LARNm codant lactine chez les mam-

    miferes est adresse au , region

    riche en filaments dactine. Dans ce cas, le signal

    dadressage est sit& dans la region 3 transcrite non

    traduite. L ARNm peut etre stock6 dans le noyau ou

    le cytoplasme. A la suite de signaux inducteurs, les

    stocks peuvent &r-e mobilises et la traduction rapi-

    dement augmentee saris necessiter de variations de

    la transcription. La cellule peut aussi modifier la

    concentration dARNm et le taux de traduction, saris

    modification transcriptionnelle, en agissant sur la

    stabilite metabolique des messagers [36]. Les se-

    quences regulatrices impliquees dans les variations

    de stabilite sont localisees dans les regions non tra-

    duites. Elles fixent des facteurs capables de faciliter,

    ou au contraire dinhiber, laction des endonuclea-

    ses, enzymes responsables de la degradation des

    messagers. Deux autres mecanismes de regulation

    post-transcriptionnelle sont connus. 11s sont em-

    ployes par le trypanosome, le protozoaire responsa-

    ble de la maladie du sommeil. Le trans-Cpissage est

    un Cpissage qui aboutit a la liaison de deux transcrits

    differents. Les differentes combinaisons de transcrits

    participent a lextreme variabilite des glycoprotei-

    nes de surface qui permet au trypanosome dechap-

    per au systeme immunitaire [37]. Rarement, on peut

    observer une modification de la structure primaire de

    1ARNm (RNA editing), par clivage-introduction

    duraciles supplementaires. Des ARN y-

    toplasmiques jouent le role de matrice et de 38].

    R&&ion de la traduction

    Linitiation de la traduction necessite la participa-

    tion des facteurs dinitiation. Lun dentre eux, eIF2,

    peut etre inactive par phosphorylation [39]. Les ki-

    nases responsables de cette inactivation sont indui-

    tes a la suite de signaux, tels que la production de

    >. La consequence de ces si-

    gnaux est une reduction du taux de traduction. Elle

    nest pas equivalente pour toutes les proteines.

    Linactivation des facteurs dinitiation est un des

    mecanismes de reduction des syntheses proteiques

    dans les cellules qui entrent en phase dite ,

    cest-a-dire qui quittent le cycle proliferatif. Lini-

    tiation de la traduction peut Ctre bloquee Cgalement

    par la fixation de facteurs represseurs sur 1ARNm.

    Dans certains cas, la petite sous-unite ribosomale

    nidentifie pas le codon ATG situe en premiere place

    en 5 comme &ant le codon initiateur. Cest alors le

    second ou le troisieme ATG rencontre sur 1ARN qui

    marque le debut de la chaine peptidique [40]. On

    peut Cgalement trouver un site de fixation du ribo-

    some interne a la phase codante, a distance du codon

    initiateur [41]. Ces CX IRES) peuvent etre employ& a des fins expe-

    rimentales. 11spermettent a un vecteur recombinant,

    par exemple adenoviral, dexprimer simultanement

    dans le meme tissu deux proteines distinctes. Pour

    cela, il faut avoir introduit chacune des deux sequen-

    ces dans le vecteur, separees par un IRES et placees

    sous le controle dun meme promoteur.

    Les differents systemes regulateurs que nous

    venons de voir representent autant de moyens de

    moduler le produit des informations du genome. On

    peut les employer afin danalyser les effets de la

    surexpression ou de linhibition dun gene dans un

    organisme. 11 est necessaire de comprendre leurs

    variations, qui peuvent Ctre a lorigine de maladies.

    Leur exploitation thtrapeutique est possible, soit en

    les considerant comme des cibles chez des agents in-

    fectieux, soit, a lavenir, en cherchant a corriger

    leurs erreurs chez Ihomme.

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    10/23

    734

    V. Laudenbach et al.

    QUELQUES OUTILS ET TECHNIQUES

    DE BIOLOGIE MOLkCULAIFW

    Enzymes

    Enzymes de restriction

    Ce sont des endonucleases dorigine bacterienne, ca-

    pables de couper IADN double brin apres avoir re-

    connu des sequences specifiques (&we 4). Le site

    de reconnaissance est appele site de restriction. Elles

    permettent de cliver une molecule dADN en plu-

    sieurs fragments, dont la taille est reproductible pour

    un meme couple ADN-enzyme. On parle de diges-

    tion de 1ADN. I1 sagit dun mecanisme de defense

    des batteries vis-a-vis des virus bacteriophages. Les

    enzymes bacteriennes clivent 1ADN viral et empe-

    chent ainsi son integration au genome. Elles respec-

    tent 1ADN bacterien car celui-ci est methyl6 sur les

    adenines ou les cytosines des sequences qui pour-

    raient etre reconnues comme sites de restriction, ce

    qui les empeche dy acceder. La protection enzyma-

    tique vis-a-vis des virus est restreinte a certaines

    souches bacteriennes, en fonction des enzymes

    quelles produisent, doti le terme denzymes de res-

    triction Elles permettent de determiner le profil de

    restriction dun ADN, cest-a-dire la repartition des

    sites de coupure, reflet de la sequence nucleotidique.

    En fonction de cette repartition, la digestion enzy-

    matique va produire un nombre donne de fragments

    dADN, dont la taille peut etre determinCe par mi-

    gration en Clectrophorese sur gel. Une autre applica-

    tion frequente est le clonage de sequences, par

    coupure-ligation dans un vecteur.

    Polymerases dacides nucleiques

    Les polymerases sont capables de lier entre eux une

    succession de nucleotides et ainsi de synthetiser un

    acide nucleique.

    Les ADN polymerases synthetisent le brin com-

    plementaire dune matrice (ADN monobrin) a partir

    dune amorce (ARN ou ADN).

    La transcriptase inverse est une ADN polyme-

    rase ARN dependante. Elle est employee pour pro-

    duire des banques dADN dits complementaires

    (ADNc) a partir des ARN extraits de cellules ou de

    tissus.

    La Taq polymerase est une ADN polymerase ex-

    traite de batteries du genre Thermus aquaticus, de-

    couvertes dans des sources chaudes. Elle est stable a

    Mw

    IkMophor~se SW gel dagmse

    color.6 ubromured&hidiwn

    nae 111

    5 GG CC 3

    (3c enzyme emaite

    dH. inq7uenzar)

    3CC

    I

    GG 5

    Coupure B bous francs

    (blunt ends)

    Figure 4. Digestion de IADN par des enzymes de restriction. Cer-

    taines enzymes de restriction coupent IADN au niveau du site de

    restriction, dautres a distance de ce site. Seules les premieres ont

    une utilisation courante. Deux types de coupure peuvent etre obser-

    ves . Les coupures a bouts f rancs (blunt ends) correspondent a une

    coupure realisee au m&me niveau sur les deux brins dADN. II ne

    peut pas y avoir de reassociation spontanee des deux brins. Les cou-

    pures a bouts cohesifs (sticky ends) sont des coupures realisees en

    un point different sur chaque brin, les deux points &ant separes de

    quelques bases. Les fragments simple brin situ& de part et dautre

    de la zone de coupure peuvent se reapparier spontanement.

    des temperatures depassant 90 C. Sa principale ap-

    plication est la methode damplification par reaction

    de polymerisation en chaine ou PCR.

    Les ARN polymerases sont capables de transcrire

    un des brins dun ADN double brin.

    Ligases

    Elles sont capables de creer des liaisons phospho-

    diester entre des molecules dacides nucleiques. La

    T4 DNA ligase, produite a partir de batteries infec-

    tees par le phage T4, peut lier deux molecules

    dADN double brin. Elle est necessaire au clonage

    dune sequence.

    Clonage

    Cloner une sequence dADN consiste a lintegrer

    dans un vecteur, de facon a pouvoir lamplifier et la

    conserver a des fins experimentales. Le vecteur est

    lui-meme une sequence dADN, dont la fonction est

    dincorporer la sequence que lon souhaite cloner,

    puis dautoriser sa multiplication dans une cellule-

    h8te. Ce vecteur doit done etre replique dans la cel-

    lule-hate. 11 doit posseder des proprietes permettant

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    11/23

    Comprendre la biologie moleculaire

    735

    de lidentifier de faGon certaine, telles que la pre-

    sence dun gene de resistance a certains antibioti-

    ques. Afin de faciliter la manipulation des sequences

    recombinantes, il doit etre de taille aussi petite que

    possible et posseder un grand nombre de sites de res-

    triction uniques. Un

    CColylinker

    >> succession de si-

    tes de restriction uniques) peut y etre introduit. Dif-

    ferents vecteurs peuvent Ctre employ& : plasmides,

    phages, autres virus, cosmides, chromosomes artifi-

    ciels de levure. Leur choix depend de la taille de

    linsert desire, les plasmides &ant capable dintegrer

    des sequences dont la taille nexcede pas 10 kiloba-

    ses, contre plusieurs centaines pour les chromoso-

    mes de levure. Un vecteur peut etre destine a la mul-

    tiplication et a lanalyse de linsert, mais il peut aussi

    exprimer une proteine dont il renferme le gene. La

    nature de la cellule-hate du vecteur varie. Dans la

    majorite des cas, les batteries de type E. cob sont

    employees. Elles ont lavantage dun faible coQt et

    dun temps de doublement court (20 minutes a

    37 C), autorisant une amplification rapide de la se-

    quence clonee. Lemploi des cellules eucaryotes (le-

    vures, cellules animales ou humaines) est necessaire

    si lon veut obtenir lexpression dune proteine ne-

    cessitant des modifications post-traductionnelles

    specifiques des eucaryotes. Elles constituent Cgale-

    ment le stade initial de la generation dorganismes

    gtnetiquement modifies.

    La situation la plus simple est celle dun insert de

    quelques kilobases que lon veut cloner dans un

    plasmide (figure 5). Le plasmide est une molecule

    dADN double brin circulaire, qui doit dabord etre

    linearise par coupure enzymatique. Pour Cviter la re-

    fermeture du plasmide sur lui-meme, ses extremites

    sont traitees a la phosphatase alcaline, qui dephos-

    phoryle les nucleotides en 5. Le vecteur ne peut se

    recirculariser quen integrant linsert, dont les extre-

    mites sont phosphorylees. La ligation de linsert au

    vecteur est assuree par une ligase. Le plasmide re-

    combinant est alors introduit dans des batteries,

    prealablement fragilisees pour etre permeables a

    IADN (on parle de ).

    Lintroduction de lADN, ou transformation bacte-

    rienne, est obtenue par un choc thermique bref. Les

    batteries transformees sont etalees sur une boite de

    Petri. Lidentification des clones recombinants ne-

    cessite un marqueur de selection. Le plus courant, le

    gene de resistance a lampicilline, est present dans

    de nombreux plasmides commerciaux. Sur un mi-

    Coupure par un ou plusieurs

    enzyme(s) de restriction

    Ghe

    Gist

    A lampicil l ine

    Plasmide linhts~

    5 P

    OH

    OHS

    I

    P 3

    Phosphatase

    t

    alcaline

    Ligase

    -I

    :: OH OHS

    OH OH 3

    5 p OHs

    OH P 1

    ADN B cloner _I

    Transfection et amplification dans E. coli

    sur milieu ampicilline+

    Figure

    5. Clonage dun ADN double brin dam un plasmide. On

    doit disposer au moins dun site de coupure unique pour une en-

    zyme de restriction. Dam ce cas, Iinsert est orient6 au hasard par

    rapport au plasmide. Si on veut sassurer de IJorientation de linsert,

    il fau t choisir deux enzymes a sites uniques. A condition que chaque

    extrtmite de Iinsert ait une sequence compatible avec un seul des

    deux sites, le clonage ne pourra se faire que dam un seul sens. Si

    Iinsert est une sequence codant pour une proteine que Ion souhaite

    exprimer, Iexpression ne peut se faire correctement que si les CIC-

    ments de la construction dADN sont agences dans le bon ordre

    avec la bonne orientation.

    lieu de culture contenant de lampicilline, seules les

    batteries ayant integre le plasmide peuvent pousser.

    On peut alors les repiquer sur un autre milieu, les

    laisser se multiplier et extraire ensuite 1ADN desire,

    dont la quantite aura CtC augmentee de facon expo-

    nentielle.

    Le terme de clonage peut avoir un sens plus large,

    puisquil peut designer lamplification, non seule-

    ment dune sequence dADN, mais aussi dune li-

    gnee cellulaire ou dun organisme entier. Dans tous

    les cas, il sagit dexpandre lobjet analyse sous for-

    mes de copies parfaitement identiques.

    Analyse du projil de restriction dun ADN :

    la mt%hode du Southern Blotting

    Cette methode a Cte mise au point par Southern [42].

    Elle necessite de posseder une sonde nucleotidique

    capable de shybrider sur une portion de 1ADN ana-

    lyse, dont elle possede la sequence complementaire.

    Cette sonde est marquee par un compose permettant

    sa detection. 11 existe differents systemes de mar-

    quage reposant sur lutilisation de composes ra-

    dioactifs (marquage G chaud >>) ou non (marquage

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    12/23

    736 V. Laudenbach et al.

    G froid >x). LADN est dig&C par une ou plusieurs

    enzymes de restriction. On fait migrer le produit de

    cette digestion enzymatique en Clectrophorese sur

    gel, qui &pare les differents fragments en fonction

    de leur poids molbculaire. Afin de pouvoir hybrider

    la sonde, on transfere les fragments du gel de migra-

    tion a une membrane de nitrocellulose ou de nylon

    (blotting). Lhybridation de la sonde radioactive est

    rCvClCe en autoradiographie. Chaque fragment

    contenant la sequence complementaire de la sonde

    apparait sous la forme dune bande dont la taille, qui

    determine lemplacement sur le gel, depend de la po-

    sition des sites de restriction.

    Lanalyse du profil de restriction permet de detec-

    ter des modifications du genome. 11 peut sagir de

    deletions, qui diminuent la taille de certains frag-

    ments, ou de mutations, supprimant ou g&Grant un

    site de coupure pour une enzyme. Dautre part, les

    variations dans la repartition des sites de restriction

    constituent des marqueurs, transmis de facon stable

    dune generation a lautre. On parle de polymorphis-

    mes de restriction ou RFLP (Restriction Fragment

    Length Polymorphism). Ce sont des alleles, transmis

    sur le mode mendelien. 11s permettent des analyses

    de liaison gtnetique. 11 existe Cgalement des poly-

    morphismes de repetition. Ce sont des variations

    dans le nombre de copies de sequences de quelques

    nucleotides rCpCtCes en tandem. On parle de sequen-

    ces minisatellites ou VNTR (Variable Number of

    Tandem Repeats).

    En clinique, cette methode pet-met daffirmer le ca-

    ractere Cpidemique dune serie dinfections a un

    germe donne. Si les ADN genomiques des differents

    isolats bacteriens ont un profil de restriction super-

    posable, il sagit t&s probablement de la meme sou-

    the. Dans le cas contraire, sauf mutation, il sagit de

    souches differentes du meme germe et non pas dune

    Cpidemie [43].

    Amplification du matkriel g&ktique :

    rt action de polymbisation en chafne

    (polymerase chain reaction-PCR)

    Cette technique a CtC developpee en 1985 par Mul-

    lis [44]. Elle a offert une solution au probleme des

    quantites dacides nucleiques disponibles pour lex-

    perimentateur. Elle permet deviter un grand nombre

    de clonages. Elle est aujourdhui employee dans pra-

    tiquement tous les laboratoires de bacteriologic et vi-

    rologie hospitaliers. Le principe de la PCR est indi-

    quC dans la$gure 6. La reaction necessite plusieurs

    composants : a) lechantillon contenant 1ADN a

    amplifier ; b) la Taq ADN polymerase ; c) des de-

    soxyribonucleotides libres ; d) des amorces, sequen-

    ces dADN simple brin, courtes, complementaires

    des deux extremites de la sequence a amplifier. Len-

    semble des composants est soumis a des variations

    thermiques cycliques. Ces variations entrainent une

    succession de denaturation-renaturation de 1ADN.

    Comme les oligonucleotides amorces sont presents

    en large excbs et sont beaucoup plus courts que les

    brins dADN natif, ils vont shybrider de facon pre-

    ferentielle aux regions flanquant la sequence a am-

    plifier. A partir de ces amorces, la Taq ADN poly-

    merase synthetise le brin complementaire de chacun

    des brins matrices. La repetition des cycles permet,

    par duplications successives, une augmentation

    quasi-exponentielle de la quantite dADN total. En

    fait, le rendement de chaque cycle est plutot de lor-

    dre de 80 % initialement et diminue progressive-

    ment. Cette diminution est due a lhybridation dune

    partie des brins dADN entre eux plutot quavec les

    amorces, et a une baisse du rapport des concentra-

    tions entre les composants de la reaction, en particu-

    lier la Taq polymerase et 1ADN amplifie. Lampli-

    fication dune sequence de 1 000 bases est assez

    aisee. Des appareils automatises assurent maintenant

    en routine et avec une grande precision les variations

    cycliques de temperature. Cette methode extreme-

    ment sensible peut detecter des concentrations

    d ADN inferieures au fentomolaire ( lo-l5 molLi).

    La PCR peut etre appliquee a toutes sortes de prelit-

    vements susceptibles de contenir de 1ADN : liqui-

    des biologiques, cultures bacteriennes, coupes histo-

    logiques, cheveux, voire fossiles. Plusieurs virus

    (CMV, herpes) ou batteries (BK, coqueluche) peu-

    vent Ctre recherches en pratique courante. Les conta-

    minations et les amplifications parasites, principal

    ecueil a Cviter, sont le prix de lefficacite de cette

    mtthode. Pour les prevenir, des conditions experi-

    mentales rigoureuses doivent Ctre respectees : choix

    des amorces autorisant un minimum de

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    13/23

    Comprendre la biologie moleculaire

    731

    ADN B amplifier

    Tampon+Mg++

    Amorces

    (OligonuclCotides)

    dATP, dGTP

    dCTP, dTTP

    Dhatura tion ( 94C)

    lmin

    (Sparation des brins dADN)

    17

    J

    Hybridatio;{xnorc es ( 60C)

    n Cycles

    5 - 5

    3 -

    3

    Elongation ( 72C)

    5

    min / IOOOpb)

    3

    Figure 6. Amplification dun ADN par polymerisation en chaine

    (Polymerase Chain Reaction, PCR). Le melange est soumis a une

    denaturation par chauffage a 94C. A cette temperature, les deux

    brins de IADN a amplifier sont stpares par rupture des liaisons hy-

    drogene. 11souent le role de matrices pour la Taq polymerase. On

    ram&e ensuite la temperature a une valeur de lordre de 55 a 60 C,

    de facon a rehybrider les brim complementaires. La temperature

    dhybridation optimale varie selon la nature des amorces choisies et

    de IADN pourront transmettre le transgene a leur

    descendance. Toutefois, lintegration dun transgene

    nest pas toujours synonyme dexpression. Selon le

    site dinsertion dans le genome, les conditions loca-

    les sont plus ou moins favorables (conformation de

    la chromatine, interactions avec des sequences voi-

    sines ou des facteurs de regulation transcription-

    nelle). La presence du transgene peut Ctre detectee

    par PCR sur 1ADN de lanimal, extrait dun tissu

    (en pratique courante, on preleve un bout de queue).

    Son expression peut Ctre recherchee par differents

    moyens tels que lhybridation in situ, qui detecte

    1ARNm sur coupes histologiques, ou limmunomar-

    quage avec un anticorps specifique de la proteine

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    14/23

    738

    V. Laudenbach et al.

    RLeioo

    RCioa

    Promat eur codante nanqunote

    I I

    dans Put us -

    I

    I

    dune fe melle pseudo-g ante

    r

    Souris transghiques

    (PCR+)

    Figure 7. La transgenkse (voir texte).

    exprimee. Parmi les nombreuses lignees danimaux

    transgeniques produites, citons les animaux surex-

    primant le peptide b amyloide, implique dans la ma-

    ladie dAlzheimer [47]. Dans le domaine des xeno-

    greffes, une approche testee consiste a exprimer chez

    le port les genes de proteines humaines regulatrices

    du complement (CD46, CD55, CD59), dans le but

    de prevenir les reactions de rejet vasculaire hyper-

    aigu [48].

    Recombinaison homologue in vivo :

    invalidation dun gtne ou H knock-out M

    Au lieu dintroduire un transgene dans un orga-

    nisme, il sagit ici de supprimer un gene endogene,

    puis detudier les consequences de cette suppression.

    11 est ainsi possible de creer des modeles de mala-

    dies genetiques transmises sur le mode autosomique

    recessif. Le prealable a la production danimaux re-

    combinants a CtC la possibilite de cultiver des cellu-

    les embryonnaires totipotentes. Ces cellules sont ex-

    traites du blastocyste, la pat-tie de lceuf feconde en

    tours de division destinee a devenir le fetus. Le sys-

    t&me le plus robuste est celui des cellules ES de sou-

    ris (Embryonic Stem CeEls). La strategic employee

    est resumte par la$gure 8. Elle consiste a inoculer

    aux cellules ES en culture une construction dADN

    appelee vecteur dinsertion. La recombinaison est

    effectuee par les recombinases cellulaires. Ces enzy-

    mes font partie des systemes de

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    15/23

    Comprendre la biologie moleculaire

    739

    GENE >

    I

    / -Y

    Celuleri ES

    0

    rugion 5 banalogue i

    ,.... ;i

    .Y R ion 3 hmologue

    Cdulea

    ,./ ;

    ES @

    .,..... ,; /.

    R DINSERTION

    ccKNOCK OUT P

    Descendaoce chimhique

    Nee-R: g e de r stance P a nhomycine

    NLS-hcZ: ~Galactosidax

    TK : thymidine kinnse virnle

    egn KO fond ice

    Figure 8. La recombinaison homologue in vivo (knock-ours). On

    introduit dans des cellules ES un vecteur de recombinaison. Cette

    construction dADN comporte un ou plusieurs marqueurs de selec-

    tion encadres par deux sequences, homologues a celles si tuees de

    part et dautre du gene (>est le cat-act&e l&al de la mutation, si

    le gene recombine est critique pour le developpe-

    ment embryonnaire. On peut contourner cette diff i-

    cult& en produisant des

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    16/23

    740 V. Laudenbach et al.

    ThCrapie gCnique

    Le decryptage des mecanismes moleculaires de ma-

    ladies a conduit a envisager la correction des ano-

    malies responsables au niveau de IADN. Cette ap-

    proche permettrait deviter le recours a des drogues

    defficacite limitee, aux effets secondaires parfois

    graves. Elle se heurte a de nombreuses difficult&

    methodologiques. Ses applications en clinique sont

    limitees a des protocoles de recherche dont les re-

    sultats sont encore tres preliminaires. 11apparait plus

    simple de tenter de corriger une perte de fonction,

    enzymatique par exemple, en apportant a lorga-

    nisme un gene exogene qui code pour la proteine de-

    ficiente, que de > directement lanomalie

    de 1ADN. Un gene peut alors devenir .

    Le premier probleme a resoudre est celui du choix

    du gene sur lequel on doit agir. Ce probleme est as-

    sez facilement resolu dans le cas de maladies gene-

    tiques a Iorigine dun deficit en une proteine. Tou-

    tefois, si lon cherche a apporter un gene sain pour

    pallier ce deficit, on doit pouvoir controler son ni-

    veau dexpression, afin deviter une surproduction

    deletere. Lexpression du gene apporte doit souvent

    etre limitee a un tissu. Dans certains cas, elle devrait

    pouvoir &i-e regulee.

    Dans le traitement des cancers, plusieurs voies de

    recherche sont possibles. Certaines Cquipes ont tent6

    dinduire une reponse immune antitumorale en

    transferant les genes codant pour differentes cytoki-

    nes (IL2, IL4, IL7, GM-CSF) dans des cellules ma-

    lignes, prelevees puis reinoculees [59]. Dautres ont

    cherche a surexprimer un anti-oncogene (gene sup-

    presseur de cancer), comme le gene de la proteine

    ~53. Cette proteine est normalement impliquee dans

    linduction de la mort cellulaire. La mutation ou la

    deletion du gene correspondant est a lorigine de cer-

    tains cancers [60, 611. On peut Cgalement tenter

    dinhiber lexpression dun oncogene, ou gene im-

    plique dans la naissance de tumeurs, en inoculant un

    ARN antisens, cest-a-dire un ARN capable de shy-

    brider avec 1ARNm de loncogene et ainsi den em-

    p&her la traduction [62]. On peut donner un avan-

    tage selectif aux cellules saines en transferant un

    gene dit > hepatite B, virus

    influenza, VIH). La voie dinoculation depend du

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

    17/23

    Comprendre la biologie molkulaire

    741

    vecteur et de lindication : greffe de moelle, injec-

    tions, aerosols, etc.

    Environ 300 protocoles devaluation clinique sont

    en tours [65]. Un seul a atteint le stade des essais de

    phase III. 11 sagit de limplantation intratumorale,

    dans des glioblastomes, de cellules murines infec-

    tees par un retrovirus porteur du gene HSV-tk [68].

    Dans la plupart des autres protocoles, les benefices

    se sont pour linstant limit& a certains patients

    consider& incurables par une prise en charge

    conventionnelle. En revanche, la faisabilite et lin-

    nocuite de ce type dapproche ont pu &tre demon-

    trees dans de nombreux cas. Le cas du deficit conge-

    nital en adenosine-desaminase (ADA), a lorigine

    dune immunodepression severe (severe combined

    immunodeficiency syndrome, SCID), doit Ctre sou-

    ligne. Deux enfants, atteints de cette maladie rare et

    jusqualors toujours fatale, ont Cte trait& par inocu-

    lation ex vivo de retrovirus ADA + dans leurs lym-

    phocytes T [69]. Letude a debut6 en 1990, avec suc-

    c&s a ce jour. Plusieurs autres enfants ont CtC inclus

    depuis cette date. En dehors des maladies genetiques

    et candreuses, la rest&rose arterielle apres angio-

    plastie est un exemple de theme de recherche. Dans

    des systemes experimentaux, les phenomenes dhy-

    perplasie intimale et de remodelage arteriel peuvent

    etre inhibes par expression locale de facteurs cytos-

    tatiques (proteines Rb, Gax, NO synthase endothe-

    liale) ou cytotoxiques (gkne tk) [70]. Si le grand

    nombre detudes experimentales et cliniques off re

    des espoirs, lessor de la therapie genique est actuel-

    lement limit6 par les difficult& rencontrees pour in-

    fetter un grand nombre de cellules, de facon stable

    et definitive. Les problemes de cotit sont incontour-

    nables et le recul pris sur les applications cliniques

    reste insuffisant a ce jour.

    Biologie molbculaire, anesthbsie et &animation

    Sur le plan experimental, la comprehension des me-

    canismes daction dagents anesthesiques a pu Ctre

    facilitee par le clonage des recepteurs des neuro-

    transmetteurs et par lemploi de lignees animales ge-

    netiquement pures ou modifiees. Lexpression de re-

    cepteurs des neurotransmetteurs dans des systemes

    in vitro (ovocytes de x&rope) permet danalyser la

    contribution respective de leurs differentes sous-

    unites aux effets des anesthesiques [71, 721. Par

    ailleurs, lutilisation de lignees animales pures per-

    met des etudes de liaison genetique entre un poly-

    morphisme du genome et la sensibilite aux anesthe-

    siques [73]. Simpson et al. ont identifie un locus,

    Lorpl, sit& sur le chromosome 7, dont le polymor-

    phisme de restriction est associe a un delai de reveil

    variable apres injection de propofol chez la sou-

    ris [74]. Lidentification de la sequence du gene en

    cause devrait foumir des informations sur les voies

    de signalisation cellulaire, impliquees dans laction

    des anesthesiques ou sur leurs voies delimination.

    Les lignees employees (souris LSX-SS et LSX-LS

    pour Short Sleep et Long Sleep) ont Cgalement une

    sensibilite differente a lethanol, a la k&amine, a

    letomidate, a lisoflurane et a lenflurane [75]. En

    revanche, leur comportement en reponse a lhalotane

    est identique. Ces observations plaident en faveur

    dun determinisme polygenique de la sensibilite aux

    agents depresseurs du systeme nerveux central.

    Plusieurs Cquipes ont produit des lignees de souris

    mutantes, deficitaires en recepteurs de neurotrans-

    metteurs ou de neuromodulateurs. Les genes des re-

    cepteurs des opidides (p, K) ont ainsi CtC invali-

    d& [76, 771. Letude des animaux porteurs de ces

    mutations a permis detablir la responsabilite respec-

    tive de ces differents recepteurs dans les mecanis-

    mes controlant la douleur, lanxiete et lactivite lo-

    comotrice spontanee. Le

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    742

    V. Laudenbach et al

    domaine des maladies infectieuses. Le profil de res-

    triction du genome de batteries responsables din-

    fections nosocomiales a CtC realise dans differentes

    structures (reanimations medicales, chirurgicales,

    neonatales). Les informations recueillies, sajoutant

    aux caracteres phenotypiques (antibiogramme) et

    immunologiques des souches isolees, permettent de

    distinguer une Cpidemie de lemergence simultade

    de plusieurs souches du meme germe. On peut ainsi

    Cvaluer limpact des mesures de prevention ou des

    traitements employ& [ lOO-1021. Sur un plan plus

    fondamental, les mecanismes cellulaires de situa-

    tions graves et complexes (traumatismes cerebraux,

    chocs septiques, syndromes de detresse respiratoire

    aigus

    de ladulte) peuvent maintenant etre

    decrypt& [ 103- 1051. Plusieurs travaux cliniques ont

    cherche a Cvaluer la valeur pronostique du niveau

    dexpression de proteines impliquees dans ces mt-

    canismes [106, 1071. Leurs resultats doivent toute-

    fois etre consider& avec prudence car ils sont obser-

    ves sur des effect ifs de patients relativement limit&.

    11pourrait exister un determinisme genetique des ca-

    pacites de defense dun individu vis-a-vis des agres-

    sions responsables de telles situations. En particu-

    lier, en pathologie infectieuse, certaines mutations de

    proteines des systemes de defense immunitaire, ex-

    posant a un risque particulier, ont et& identi-

    frees [108]. Les genes, dont lexpression est activee

    ou reprimee dans ces circonstances, pourraient cons-

    tituer des cibles therapeutiques.

    AVANCtiES RlkENTES

    Projet gCnome humain

    I1 a CtC lance en 1986. Trois tendances compltmen-

    taires se sont developpees. La cartographic des loci

    morbides, cest-a-dire pour lesquels il existe un lien

    genetique avec une pathologie, repose sur lanalyse

    des RFLP et des polymorphismes de repetition. Le

    sequencage des banques d ADNc, obtenues par

    transcription inverse a partir des ARNm, limite

    lanalyse a 1ADN codant. Le clonage de fragments

    dADNc de grande taille est rendu possible par les

    vecteurs de type YAC (Yeast Artijcial Chromoso-

    mes) ou cosmides. Enfin, en parallele du genome hu-

    main, la cartographic et le sequencage dautres ge-

    nomes sont realises, en raison de la conservation

    dun grand nombre de sequences entre les especes.

    Lensemble des resultats publies est regroup6 dans

    plusieurs banques de don&es, dont certaines sont

    generales (GenBank/NIH/EMBL) et dautres specia-

    lisees (Fly Base, Mouse Genome Informatics, Sac-

    charomyces Genome Database, etc.). A ce jour, en-

    viron 5 % du genome humain ont CtC entierement

    sequences.

    Les marqueurs de polymorphisme ont

    permis detablir une carte physique de 30 18 1 genes

    humains. La demiere carte physique avait CtC Ctablie

    en 1996 et ne comportait que 16 000 genes envi-

    ron [109].

    Clonage dun mammifke

    Jusquen 1997, seul le clonage damphibiens a partir

    de cellules differenciees avait CtC rapport& Lequipe

    de Campbell a reussi a obtenir le developpement

    dune brebis a partir du noyau dune cellule Cpithe-

    liale mammaire [ 1 o]. Les ovocytes de brebis ges-

    tantes ont CtC preleves puis CnuclCCs. Le noyau de

    cellules Cpitheliales differenciees, provenant dune

    autre lignee de brebis, a CtC transfere dans ces ovo-

    cytes Cnuclees. Les ceufs ont CtC ensuite reimplantes.

    Le developpement dune descendante normale de la

    lignee a laquelle appartenait la cellule mammaire a

    montre que le genome dune cellule differenciee

    contient toute linformation necessaire au develop-

    pement dun organisme entier. La possibilite de dis-

    poser de >dun individu produites a partir

    de cellules somatiques conduit a sinterroger sur les

    applications medicales Cventuelles.

    Cultures de cellules embryonnaires humaines

    Plusieurs lignees de cellules souches totipotentes ont

    tte developpees a partir de tissus embryonnaires

    (cellules ES) ou de cellules germinales (cellules

    EG), chez la souris et chez dautres mammiferes,

    dont le singe. Jusqua une date tres recente, aucune

    lignte totipotente humaine netait disponible. Deux

    Cquipes ont finalement reussi, de facon indepen-

    dante, a produire des cellules souches >.Une Cquipe a extrait des cellules de blastocys-

    tes humains produits par fecondation in vitro [ 1111.

    Ces cellules ont un caryotype normal. Elles ont mon-

    tre leur capacite a se differencier en tissu musculaire,

    neural, digestif ou renal. Shamblott et al. ont publie

    parallelement la production de cellules humaines

    totipotentes d&iv&es de cellules germinales,

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    Comprendre la biologie moleculaire

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    precurseurs dovocytes et de spermatozoides, ex-

    traits de produits dinterruption de grossesse [ 1121.

    Ces resultats offrent des perspectives tres larges, en

    particulier en ce qui conceme les greffes de tissus ou

    dorganes. 11 est envisageable, dans un avenir pro-

    the, que des banques de tissu soient creees et mises

    a disposition des malades (cellules neuronales, os-

    seuses, hCmatopoii%iques). De telles banques per-

    mettraient detablir, en dehors de lurgence, le phe-

    notype HLA des tissus .On peut meme

    imaginer de modifier le phenotype HLA des cellu-

    les, par recombinaison et transgenese, de faGon a of-

    frir le plus faible degre de au patient

    receveur. Toutefois, dimportantes questions Cthi-

    ques devront etre prises en compte avant den par-

    venir a ce stade.

    AUTRES CHAMPS DAPPLICATION

    DE LA BIOLOGIE MOLlkULAIRE

    MCdecine ICgale

    Lanalyse du profil de restriction de 1ADN genomi-

    que est employee pour des etudes de liaison. On re-

    cherche, par la technique de Southern Blot, les simi-

    litudes entre deux ADN, en comparant les

    polymorphismes de restriction et de repetition. On

    peut ainsi etablir une filiation ou determiner le profil

    dun suspect. Lamplification par PCR est un autre

    outil developpe par les laboratoires de medecine cri-

    minelle. Son extreme sensibilite autorise la detec-

    tion dADN depose sur une surface par simple

    contact de la peau.

    Industrie

    Industrie biomhdicale

    La liste des medicaments et hormones produits dans

    des systemes recombinants aprbs clonage du gene

    correspondant sallonge regulierement (tableau ZZ).

    Ce mode de production permet de limiter les proble-

    mes de purification des proteines ou de contamina-

    tion par des agents infectieux dans le cas de mole-

    cules times, a lorigine, dorganismes vivants.

    Lhormone de croissance recombinante est venue

    ainsi remplacer lhormone humaine, extraite dhypo-

    physes de cadavres, a lorigine de la transmission

    Tableau II.

    Exemples de molecules recombinantes employees en

    clinique.

    Insuline

    Hormone de croissance

    Erythropoietine

    Interferons

    tPA (activateur tissulaire du plasminogene)

    Urokinase

    Facteurs VIII et IX

    Antithrombine III

    G-CSF (Granulocyte Colony Stimulating Factor)

    ctl-antitrypsine

    Vaccin antihepatique B (HB VAX DNA)

    aux malades dagents infectieux non conventionnels.

    La plupart des enzymes employees en biologie mo-

    leculaire sont Cgalement produites a partir de vec-

    teurs recombinants.

    Zndustrie agro-alimentaire

    Lutilisation dorganismes transgeniques a Cte deve-

    loppee afin dameliorer les rendements. 11 sagit

    dintegrer au genome un gene codant pour un carac-

    t&e qui augmente les capacites dadaptation a Ien-

    vironnement. Cest le cas des mais, soja et coton

    transgeniques, deja commercialist%. Dans le cas du

    mais, le transgene code pour une toxine, extraite de

    Bacillus thurengiensis, active sur les parasites habi-

    tuels de la plante. Des lignees de tomates et de pom-

    mes de terre surexprimant une anti-protease sont a

    letude. Cette anti-protease inhibe les mecanismes

    de la digestion des insectes qui colonisent ces plan-

    tes. Un des objectifs de ces travaux est la reduction

    de la consommation de pesticides chimiques dans

    lagriculture industrielle. Neanmoins, un debat pas-

    sionne entoure la mise de ces produits a la disposi-

    tion du public. Un des arguments avancts par leurs

    detracteurs est le risque dun transfert de genes vers

    une autre espece. Le probleme pourrait se poser, par

    exemple, pour le gene de resistance a lampicilline,

    utilise comme marqueur de selection lors de la rea-

    lisation des constructions dADN. Le risque de re-

    combinaison dans des batteries de la flore digestive

    est diffkilement Cvaluable.

    CONCLUSION

    En moins de trente ans, les techniques de biologie

    moleculaire ont permis detablir une carte de la

  • 7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire

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    moitie des genes humains. A lhorizon des annees

    2010, on pense disposer de lensemble des sequen-

    ces d ADN humain codant et de marqueurs genoty-

    piques pour la plupart des 5 000 maladies genetiques

    dont les genes sont actuellement inconnus. On aura

    obtenu en mCme temps des informations sur les ma-

    ladies polygeniques, telles que lhypertension arte-

    rielle essentielle ou le diabete. Lautomatisation des

    techniques, en particulier pour lamplification de

    1ADN et le sequen$age, permet une acceleration

    constante du rythme des recherches. La therapie ge-

    nique conserve actuellement un champ dapplication

    restreint. En revanche, les outils a vi&e diagnosti-

    que font dores et deja partie des pratiques courantes

    en infectiologie, en onto-hematologie et dans les

    maladies genetiques. Les traitements, en particulier

    hormonaux, font appel a un nombre croissant de mo-

    lecules recombinantes. Les programmes de recher-

    the decryptent quotidiennement les mecanismes de

    conservation et de regulation de notre patrimoine ge-

    netique. 11s ont developpe des outils puissants pour

    lanalyse in vivo (transgenese, recombinaison homo-

    logue, cultures de cellules totipotentes). Actuelle-

    ment, les limitations techniques a une progression

    accClCrCe des connaissances semblent Ccartees. Mais

    le volume total dactivite developpe pose un pro-

    bleme de financement. En outre, les modeles expe-

    rimentaux employ& et lacces direct a linformation

    contenue dans le genome humain soul&vent des

    questions Cthiques extremement diffrciles.

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