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7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
1/23
Ann Fr Anesth R6anim 1999 ; 18 : 725-47
0 Elsevier, Paris
Revue gCnCrale
Comprendre la biologie mol6culaire
V. Laudenbach, 2, J. Mantz, J.M. Desmontsl
Dkpartement danesthksie-rtfanimation chirurgicale, hdpitaux Bichat-Claude Bernard-Robert Deb 75018 Paris ;
21aboratoire de neurologie du dkveloppement, unite E-9935, h6pital Robert-Deb 48, boulevard Seruriel; 7.5019 Paris, France
RiSUME
Objectifs : Exposer les bases theoriques et methodologi-
ques de la biologie moleculaire. lndiquer ses principales
applications dans le domaine medical.
Sources des don&es : Pour cette revue, les publications
en langues francaise et anglaise, parues dans les journaux
consacres a la recherche en biologie moleculaire et a
Ianesthesie-reanimation chirurgicale, referencees dans la
banque de don&es Medline@, ont ete analysees, ainsi que
les ouvrages de la specialite.
Selection des articles : Ont ete selectionnes : 1) les arti-
cles originaux correspondant aux principales avancees
ayant abouti a Ietat actuel de la specialite, en particulier
dans le domaine de Ianesthesie-reanimation chirurgicale ;
2) les revues et mises au point ; 3) certains chapitres
douvrage de synthese.
Extraction des donnbes : Les donnees extraites corres-
pondent : 1) aux connaissances actuelles concernant les
mecanismes de conservation et dexpression du genome ;
2) aux principes des techniques experimentales les plus
courantes ; 3) aux possibilites dexploitation de ces
connaissances et de ces techniques en anesthesie et en
reanimation chirurgicale ; 4) aux developpements les plus
recents et aux perspectives offertes par les techniques de
biologie moleculaire.
SyntMse des don&es : Le terme de biologie molecu-
laire employe en biologie medicale correspond essentiel-
lement a letude des acides nucleiques. Cette mise au
point rappelle les principes generaux selon lesquels le ge-
nome est organise. Elle decrit brievement la facon dont il
sexprime. Le developpement de la biologie moleculaire re-
pose sur Iutilisation doutils enzymatiques, dont les pre-
miers ont ete les enzymes de restriction bacteriennes. Ces
outils permettent de couper, lier, synthetiser et lire IADN.
Quelques-unes des techniques les plus representatives
Requ le 29 dkcembre 1998 ; accept6 aprhs hision le 19 avril 1999.
sont detaillees. Certaines, telles que la PCR, sont couram-
ment employees dans le domaine clinique. Lexperimenta-
tion in viv o a donne naissance a des modeles animaux
dont on sait modifier le genome. II devient possible dana-
lyser, sur un organisme entier, les consequences de ces
modifications. Recemment, la possibilite de cloner un
mammifere, puis celle de cultiver des cellules humaines to-
tipotentes, ont bouleverse les previsions en termes dap-
plications a Ihomme. Les principes de ces voies de recher-
the sont exposes. Le point est fait sur Ietat davancement
des programmes de therapie genique et de cartographic
du genome humain. 0 1999 Elsevier, Paris
biologie mol&ulaire
ABSTRACT
To understand molecular biology.
Objectives: To display theorical and methodological basis
of the molecular biology. To point out its main medical ap-
plications.
Data sources: For this review, we analysed the English
and French literature concerning the research and clinical
aspects of the molecular biology, especially in anaesthesio-
logy and intensive care, using the Medline@ database. The
current textbooks were also used.
Study selection: We selected: 1) the original articles cor-
responding to the main advances that resulted in the
present state of this discipline; 2) the reviews; 3) some
chapters of textbooks.
Data extraction: In this review, we report: 1) the current
knowledge concerning the conservation and the expres-
sion of the genome; 2) the principles of the most widely
used experimental techniques; 3) the medical applications
of this knowledge in anaesthesiology and intensive care;
4) the more recent developments of this research field.
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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726
V. Laudenbach et al.
Data synthesis: Within medical biology, molecular biology
essentially corresponds to the study of nucleic acids. In this
review, the general principles governing the organization
and expression of the genome are discussed. The expan-
sion of molecular biology has been a consequence of the
widespread use of enzymatic tools, of which bacterial re-
striction enzymes were the firs t. Numerous enzymes are
now available, permitting DNA strands to be cut, linked,
synthesized and sequenced. Several of the most repre-
sentative molecular biology techniques are described.
Some of them, such as PCR, are commonly used in clini-
cal situations. Animal experimental models have also been
generated by genome altering methods, in order to ana-
lyse the phenotypic consequences of these modifications.
Recent ly, a viable mammal, deriving from a differentiated
cell, has been cloned. Human embryonic totipotent stem
cells are now available in cultures. These advances have
important ethical implications whilst, at the same time, of-
fering new opportunities for medical applications. The state
of gene therapy and human genome sequencing pro-
grammes is discussed. 0 1999 Elsevier, Paris
molecular biology
Abreviations : ADN : acide dCsoxyribonuclCique ; ARN : acide
ribonuclkique ; ADNc : ADN complkmentaire ; ARNm : ARN
messager ; ARNr : ARN ribosomal ; ARNt : ARN de transfert.
La biologie moleculaire correspond a lintegration
de toutes les donnees moleculaires necessaires a la
comprehension des mecanismes biologiques. Le
terme de biologie moleculaire utilise couramment en
biologie medicale designe letude des acides nuclei-
ques, lacide desoxyribonucleique (ADN) et lacide
ribonucleique (ARN). Ces molecules sont a lorigine
des phbnomenes biologiques impliques dans la
structure et le fonctionnement des cellules et des or-
ganismes entiers. Ces phenomenes sont la synthese,
la modification et la degradation des proteines, lipi-
des et sucres, mais aussi des acides nucleiques eux-
memes. LADN est le support de linformation ge-
netique. Ses modifications peuvent Ctre a lorigine
de pathologies congenitales ou acquises. Les travaux
realids ces 30 dernieres annees ont permis une des-
cription extremement precise, quoique inachevee,
des bases moleculaires de phenomitnes observes
chez differents organismes. Lidentification de cer-
taines modifications pathologiques du genome peut
etre realisee en pratique courante. On peut detecter
la presence d ADN exogene, bacterien ou viral, dans
un organisme humain. 11 est desorrnais possible de
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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Tableau I. Le code genetique.
Comprendre la biologie moleculaire
727
I base
T
2 base 3 base
c A G
T
l-l-T
TTC
I
Phe
TTA
TTG I
Leu
CTT \
C
CTC
CTA
CTG
Leu
A
ATTTT
ATCTC I
Ileuleu
ACT
ACC
ATATA
Met
ACA
ATGTG
Met
ACG
G
GTC
GTA
I
Val
GTG
TCT
TCC
TCA
TCG
CCT
ccc
CCA
CCG
GCT
GCC
GCA
GCG
TAT
TAC
TAA
TAG
CAT
Ser
Pro
CAC
CAA
CAG
A AT
Thr
AAC
AAA
Ala
AAG
GAT
GAC
GAA
GAG
TY~
stop
TGT
TGC
TGA
TGG
His
CGT
CGC
Gin
CGA
CGG
Asn
AGT
AGC
LYS
AGA
AGG
Asp
GGT
GGC
I
Glu
GGA
GGG
CYS
T
C
stop A
V-J
G
T
Arg
C
A
G
Ser
T
C
Arg
A
G
T
GUY
C
A
G
Buses; T: thymine ; C : cytosine ; A : adenine, G : guanine ; Acide s a minb correspondant aux codons : Phe : phtnylalanine ; Leu : leucine ;
Ileu : isoleucine ; Met : methionine ; Val : valine ; Ser : serine ; Pro : proline ; Thr : threonine ; Ala : alanine ; Tyr : tyrosine ; His : histidine ;
Gin : glutamine ; Asn : asparagine ; Lys : lysine ; Asp : acide aspartique ; Glu : acide glutamique ; Cys : cysteine ; Trp : tryptophane ; Arg :
arginine ; Gly : glycine. Stop : codons
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728
V. Laudenbach et al
5
jr- --
-
- 5
Figure 1. Double hClice de Watson, Crick et Wilkins [2].
tre, , e groupement OH sit& en 3 dun
desoxyribose et, , le groupement phos-
phate situ6 en 5 du desoxyribose suivant. Chaque
brin a une orientation, possedant un groupement 5
phosphate libre a une extremite et un groupement 3
hydroxyle (OH) libre a lautre. Lorientation 5 vers
3 est appelee
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Comprendre la biologie molCculaire
729
nien est une sorte de chapelet de particules appelees
nucleosomes. Ce sont des groupes de prottines nom-
mees histones. Elles sont regroupees en octameres
autour desquels senroule 1ADN. Les histones per-
mettent ainsi un premier niveau de compactage de
1ADN. Elles ont Cgalement un role dans la rbgula-
tion de lexpression des genes [8, 91. Lagencement
de 1ADN et des histones realise une fibre dont le
diametre en microscopic Clectronique est de 10 na-
nometres. Cette fibre peut elle-mCme former une he-
lice, dont le diametre apparent est de 30 nanometres.
Lorganisation spatiale de la double helice participe
aux mecanismes de regulation de lexpression des
genes. Elle determine laccessibilite de 1ADN a di-
vers facteurs proteiques. Ces facteurs peuvent etre
impliques dans la transcription des genes ou dans la
replication. Le compactage de la molecule d ADN
permet Cgalement des interactions entre des sequen-
ces qui seraient distantes les unes des autres si
1ADN Ctait linearise [lo, 111.
Organisation g&hale des ghes
Lhomme possbde entre 60 000 et 70 000 genes.
Leur expression aboutit a un nombre de proteines
differentes non determine. Les differents elements
dune meme sequence codante peuvent Ctre em-
ploy& de facon variable selon lenvironnement cel-
lulaire, aboutissant a differentes modalites de traduc-
tion. Cest le cas du gene de la calcitonine, proteine
produite par les cellules thyroidiennes. Ce gene peut
Cgalement coder pour le CGRP (calcitonin gene
related peptide), un neuropeptide, selon le choix des
exons effectivement transcrits [12]. En fait, la ma-
jeure partie de 1ADN total est non codant. Certaines
des sequences de cet ADN non codant ont un role
dans lorganisation de la structure de la chromatine
ou, au tours de la mitose, dans celle des chromoso-
mes.
On distingue trois classes de genes, definies en
fonction de la nature de IARN polymerase (I, II ou
III) assurant leur transcription. Les genes de classe I
sont les genes des ARN du ribosome (ARNr). Le ri-
bosome traduit les ARNm dans le cytoplasme. La
classe III est celle des ARN de transfert (ARNt),
Cgalement impliques dans la traduction. Les genes
de ces deux classes sont tres rep&es dans le genome.
Au contraire, la plupart des genes codant pour les
proteines, dits genes de classe II, sont presents en un
seul exemplaire. Leur organisation g&-i&ale est illus-
tree par la Jigwe 2. En amont (5) de la sequence
codante, on trouve une region appelee promoteur.
Cette region est celle sur laquelle se fixe 1ARN po-
lymerase. Cette enzyme fait partie dun complexe
proteique qui va transcrire en ARNm la sequence si-
tuee plus en aval. Elle se fixe au promoteur par lin-
termediaire de cofacteurs, au niveau dune sequence
particuliere, appelee
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730 V. Laudenbach et al.
Initiation de Is
5
L__ I
. . . .
3
Promoteur -. 2. ..__ j. _.~
qui est traduit.
Le transcrit primaire, ou ARN pre-messager, de lARNm, doit subir une matura-
tion. Elle a egalement lieu dans le noyau. La pre-
miere &ape est la fixation dune coiffe nucleotidique
a lextremite 5. Sa presence est necessaire au trans-
port vers le cytoplasme et a linitiation de la traduc-
tion. Une fois la transcription achevee, une polyA
polymerase lie a lextremite 3 une sequence de
quelques centaines dadenosines. Cette sequence
polyA est impliquee dans la stabilisation du trans-
crit, cest-a-dire linhibition des systemes enzymati-
ques de degradation des ARNm [20-221. Enfin,
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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Comprendre la biologic moltculaire 731
1ARNm doit subir un Cpissage (splicing). Cet Cpis-
sage aboutit a lelimination des sequences non tra-
duites. A chaque extremite des introns, se trouvent
des sequences conservees, dites sequences consen-
sus.
Elles definissent un site donneur et un site accepteur,
au niveau desquels 1ARN pre-messager est clive.
Lintron est lib&C et les deux exons situ& de part et
dautre sont lies par une reaction de transesterifica-
tion. Lepissage necessite la cooperation des snRNP
(Small Nuclear RiboNucleoProteins), associant des
proteines et des ARN de petite taille, les snRNA
(pour Small Nuclear RNA). Lordre dans lequel les
introns et les exons sont elimines nest pas constant.
Les &apes successives de la maturation produisent
plusieurs transcrits intermediaires. Le choix des
exons elimines peut varier selon le contexte cellu-
laire, generant des transcrits specifiques de tissus.
Cette variabilite dans le choix des exons traduits est
appelee Cpissage alternatif [23, 241.
Traduction
LARNm est exporte vers le cytoplasme pour etre
traduit. Cest un processus actif qui necessite une
maturation complete de 1ARNm [25]. Dans le cas
de molecules dARN de tres grande taille, la traduc-
tion peut debuter avant quelles ne soient totalement
exportees. La synthese dune chaine peptidique fait
intervenir deux nouveaux acteurs : les ribosomes et
les ARNt. Le ribosome est form6 par lassociation
de proteines et dARNr. I1 comporte deux sous-
unites : la petite (coefficient de sedimentation 40s)
et la grande (60s). Sa fonction est de lier successi-
vement les acides amines correspondant aux codons
align& sur 1ARNm. 11coop&e avec les ARNt, ARN
de transfer-t. Ces ARN, constitues de 75 a 85 nucleo-
tides, ont une structure secondaire, cest-a-dire une
organisation spatiale qui realise une forme de feuille
de trefle. Lun des
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732 V. Laudenbach et al.
RCgulation de lexpression des g&es
Elle permet de nexprimer que les genes requis selon
le stade du developpement de lorganisme, selon le
type cellulaire, ou en reponse a des stimuli externes.
Chez les eucaryotes, on distingue schematiquement
cinq niveaux de regulation possibles : chromatinien,
transcriptionnel, post-transcriptionnel, traductionnel
et post-traductionnel. La regulation de lexpression
des genes bacteriens est presque exclusivement
transcriptionnelle.
Conformation spatiale de la chromatine
Lexpression des genes necessite que des proteines
regulatrices accedent a 1ADN chromatinien, ce qui
est impossible en cas de compactage excessif . Les
regions actives, contenant des genes effectivement
exprimes, sont souvent delimitees par des zones
dancrage au feuillet interne de la membrane nu-
cleaire. Ces replis encadrent des boucles chromati-
niennes dont lorganisation peut ainsi Ctre modifiee
independamment des regions adjacentes. Certaines
sequences, comme le LCR (Locus Control Region)
du gene de la chaine B de la globine, sont impliquees
dans les variations de compaction de regions de la
chromatine [26]. Un gene peut Ctre a lorigine inac-
tif, en raison de lagencement de ses differents Cl&
ments. Une recombinaison peut etre necessaire a
leur expression. Cette recombinaison aboutit au de-
placement dune partie du gene sur la molecule
dADN. Elle se fait avec le contours de systemes
enzymatiques (recombinases) capables de cliver
1ADN double brin sur des sites specifiques (endo-
nucleases) puis de lier la sequence deplacee sur son
nouveau site (ligases). Un des modeles de ce meca-
nisme de regulation est le rearrangement des genes
codant pour les immunoglobulines ou pour les re-
cepteurs des lymphocytes T [27, 281.
Rbgulation de la transcription
La notion de sequence reconnue par des proteines
trans-regulatrices a emerge avec lidentification du
represseur du bacteriophage h. Les phages sont des
virus infectant les batteries. Le represseur est une
proteine codee par le genome viral. Lorsque celui-ci
est integre a 1ADN bacterien, cette proteine se fixe
aux elements regulateurs des genes viraux. Elle in-
hibe lexpression des proteines necessaires a la syn-
these de nouvelles particules virales. Son site de
fixation recouvre partiellement celui de 1ARN po-
lymerase, quelle empeche de se lier a 1ADN. Le
represseur autorise ainsi le virus a rester quiescent et
a beneficier de lappareil de replication de 1ADN
bacterien pour amplifier ses propres sequences [29].
Les facteurs proteiques truns-regulateurs eucaryo-
tes appartiennent a quatre grandes categories : pro-
teines helice-tour-helice, helice-boucle-helice, en
doigt de gant a ion Zinc (Zn++ finger) ou en
fermeture-eclair a leucines (leucine-zipper) [30, 3 11.
Ces facteurs peuvent agir sous forme de monombres
ou de dim&es, parfois en coop&ant avec dautres
proteines. Leur expression est elle-meme soumise a
une regulation. Lactivite de certains facteurs trans-
criptionnels necessite une induction par un signal
intra- ou extracellulaire. Differents mecanismes
dactivation sont decrits : dephosphorylations, pro-
teolyses, facteurs sequestres dans le cytoplasme et
qui gagnent le noyau apres lyse dune liaison pepti-
dique, facteurs qui ne peuvent gagner le noyau
quapres liaison avec leur ligand. Le recepteur des
glucocorticoides est une proteine cytoplasmique, as-
sociee a la proteine hsp 90. La fixation du ligand du
recepteur entraine la rupture de cette liaison. Le re-
cepteur se deplace alors vers le noyau et active les
genes dont le promoteur possede le GRE (Glucocor-
ticoid Responsive Element), sequence cis-regulatrice
(voir le chapitre sur lorganisation g&r&ale des ge-
nes). Cest le cas du gene IKB, codant une proteine
qui sequestre a son tour dans le cytoplasme un autre
facteur, FKB, capable dactiver les genes de differen-
tes cytokines [32]. Cette cascade devenements cel-
lulaires illustre la man&e dont le mode daction
dune molecule, ici anti-inflammatoire, peut etre dis-
sCquC a lechelon moleculaire.
R&ulation post-transcriptionnelle
La notion depissage alternatif a deja CtC abordee.
Lattenuation transcriptionnelle est un mecanisme
rencontre chez les adtnovirus ou le virus VIH. Lac-
tivite de 1ARN polymerase peut etre diminde,
voire interrompue au niveau de sites situ& en amont
du site de terminaison normal de la transcription.
Les ARN incomplets produits de cette facon ne peu-
vent pas etre polyadenyles. 11s exercent un retrocon-
trble negatif sur IARN polymerase. Ce retrocontrole
negatif peut Ctre 1evC par des facteurs proteiques
liant les ARN incomplets [33]. Dans dautres situa-
tions, les variations du site de coupure du transcrit
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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Comprendre la biologie mokulaire
133
primaire saccompagnent dune polyadenylation
normale par la polyA polymerase. Elles entrainent
des modifications de la portion carboxy-terminale
de la proteine. Cest le cas pour les immunoglobuli-
nes produites par les lymphocytes B. Dans les cel-
lules pluripotentes initiales, elles comportent une
portion COOH terminale hydrophobe, ancree dans
la membrane cellulaire. Ce sont alors des recepteurs
membranaires aux antigenes. Apres une stimulation
antigenique induisant une proliferation clonale, la
portion 3 du transcrit qui correspond aux acides
amines hydrophobes est clivee. La proteine est alors
secretee [33].
La maturation de 1ARNm est un phenomene nu-
cleaire. La traduction necessite au prealable le trans-
port du transcrit vers le cytoplasme au travers des
pores de la membrane nucleaire. Ce transport se fait
de man&e active. 11 nest possible que si la matura-
tion est complete. Lexistence dune regulation du
transport nest pas demontree a ce jour, mais cha-
curie des modifications de 1ARNm requises peut
Ctre soumise a un mecanisme de controle [34]. Une
fois dans le cytoplasme, 1ARNm peut etre specifi-
quement adresse vers un compartiment cellu-
laire [35]. LARNm codant lactine chez les mam-
miferes est adresse au , region
riche en filaments dactine. Dans ce cas, le signal
dadressage est sit& dans la region 3 transcrite non
traduite. L ARNm peut etre stock6 dans le noyau ou
le cytoplasme. A la suite de signaux inducteurs, les
stocks peuvent &r-e mobilises et la traduction rapi-
dement augmentee saris necessiter de variations de
la transcription. La cellule peut aussi modifier la
concentration dARNm et le taux de traduction, saris
modification transcriptionnelle, en agissant sur la
stabilite metabolique des messagers [36]. Les se-
quences regulatrices impliquees dans les variations
de stabilite sont localisees dans les regions non tra-
duites. Elles fixent des facteurs capables de faciliter,
ou au contraire dinhiber, laction des endonuclea-
ses, enzymes responsables de la degradation des
messagers. Deux autres mecanismes de regulation
post-transcriptionnelle sont connus. 11s sont em-
ployes par le trypanosome, le protozoaire responsa-
ble de la maladie du sommeil. Le trans-Cpissage est
un Cpissage qui aboutit a la liaison de deux transcrits
differents. Les differentes combinaisons de transcrits
participent a lextreme variabilite des glycoprotei-
nes de surface qui permet au trypanosome dechap-
per au systeme immunitaire [37]. Rarement, on peut
observer une modification de la structure primaire de
1ARNm (RNA editing), par clivage-introduction
duraciles supplementaires. Des ARN y-
toplasmiques jouent le role de matrice et de 38].
R&&ion de la traduction
Linitiation de la traduction necessite la participa-
tion des facteurs dinitiation. Lun dentre eux, eIF2,
peut etre inactive par phosphorylation [39]. Les ki-
nases responsables de cette inactivation sont indui-
tes a la suite de signaux, tels que la production de
>. La consequence de ces si-
gnaux est une reduction du taux de traduction. Elle
nest pas equivalente pour toutes les proteines.
Linactivation des facteurs dinitiation est un des
mecanismes de reduction des syntheses proteiques
dans les cellules qui entrent en phase dite ,
cest-a-dire qui quittent le cycle proliferatif. Lini-
tiation de la traduction peut Ctre bloquee Cgalement
par la fixation de facteurs represseurs sur 1ARNm.
Dans certains cas, la petite sous-unite ribosomale
nidentifie pas le codon ATG situe en premiere place
en 5 comme &ant le codon initiateur. Cest alors le
second ou le troisieme ATG rencontre sur 1ARN qui
marque le debut de la chaine peptidique [40]. On
peut Cgalement trouver un site de fixation du ribo-
some interne a la phase codante, a distance du codon
initiateur [41]. Ces CX IRES) peuvent etre employ& a des fins expe-
rimentales. 11spermettent a un vecteur recombinant,
par exemple adenoviral, dexprimer simultanement
dans le meme tissu deux proteines distinctes. Pour
cela, il faut avoir introduit chacune des deux sequen-
ces dans le vecteur, separees par un IRES et placees
sous le controle dun meme promoteur.
Les differents systemes regulateurs que nous
venons de voir representent autant de moyens de
moduler le produit des informations du genome. On
peut les employer afin danalyser les effets de la
surexpression ou de linhibition dun gene dans un
organisme. 11 est necessaire de comprendre leurs
variations, qui peuvent Ctre a lorigine de maladies.
Leur exploitation thtrapeutique est possible, soit en
les considerant comme des cibles chez des agents in-
fectieux, soit, a lavenir, en cherchant a corriger
leurs erreurs chez Ihomme.
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
10/23
734
V. Laudenbach et al.
QUELQUES OUTILS ET TECHNIQUES
DE BIOLOGIE MOLkCULAIFW
Enzymes
Enzymes de restriction
Ce sont des endonucleases dorigine bacterienne, ca-
pables de couper IADN double brin apres avoir re-
connu des sequences specifiques (&we 4). Le site
de reconnaissance est appele site de restriction. Elles
permettent de cliver une molecule dADN en plu-
sieurs fragments, dont la taille est reproductible pour
un meme couple ADN-enzyme. On parle de diges-
tion de 1ADN. I1 sagit dun mecanisme de defense
des batteries vis-a-vis des virus bacteriophages. Les
enzymes bacteriennes clivent 1ADN viral et empe-
chent ainsi son integration au genome. Elles respec-
tent 1ADN bacterien car celui-ci est methyl6 sur les
adenines ou les cytosines des sequences qui pour-
raient etre reconnues comme sites de restriction, ce
qui les empeche dy acceder. La protection enzyma-
tique vis-a-vis des virus est restreinte a certaines
souches bacteriennes, en fonction des enzymes
quelles produisent, doti le terme denzymes de res-
triction Elles permettent de determiner le profil de
restriction dun ADN, cest-a-dire la repartition des
sites de coupure, reflet de la sequence nucleotidique.
En fonction de cette repartition, la digestion enzy-
matique va produire un nombre donne de fragments
dADN, dont la taille peut etre determinCe par mi-
gration en Clectrophorese sur gel. Une autre applica-
tion frequente est le clonage de sequences, par
coupure-ligation dans un vecteur.
Polymerases dacides nucleiques
Les polymerases sont capables de lier entre eux une
succession de nucleotides et ainsi de synthetiser un
acide nucleique.
Les ADN polymerases synthetisent le brin com-
plementaire dune matrice (ADN monobrin) a partir
dune amorce (ARN ou ADN).
La transcriptase inverse est une ADN polyme-
rase ARN dependante. Elle est employee pour pro-
duire des banques dADN dits complementaires
(ADNc) a partir des ARN extraits de cellules ou de
tissus.
La Taq polymerase est une ADN polymerase ex-
traite de batteries du genre Thermus aquaticus, de-
couvertes dans des sources chaudes. Elle est stable a
Mw
IkMophor~se SW gel dagmse
color.6 ubromured&hidiwn
nae 111
5 GG CC 3
(3c enzyme emaite
dH. inq7uenzar)
3CC
I
GG 5
Coupure B bous francs
(blunt ends)
Figure 4. Digestion de IADN par des enzymes de restriction. Cer-
taines enzymes de restriction coupent IADN au niveau du site de
restriction, dautres a distance de ce site. Seules les premieres ont
une utilisation courante. Deux types de coupure peuvent etre obser-
ves . Les coupures a bouts f rancs (blunt ends) correspondent a une
coupure realisee au m&me niveau sur les deux brins dADN. II ne
peut pas y avoir de reassociation spontanee des deux brins. Les cou-
pures a bouts cohesifs (sticky ends) sont des coupures realisees en
un point different sur chaque brin, les deux points &ant separes de
quelques bases. Les fragments simple brin situ& de part et dautre
de la zone de coupure peuvent se reapparier spontanement.
des temperatures depassant 90 C. Sa principale ap-
plication est la methode damplification par reaction
de polymerisation en chaine ou PCR.
Les ARN polymerases sont capables de transcrire
un des brins dun ADN double brin.
Ligases
Elles sont capables de creer des liaisons phospho-
diester entre des molecules dacides nucleiques. La
T4 DNA ligase, produite a partir de batteries infec-
tees par le phage T4, peut lier deux molecules
dADN double brin. Elle est necessaire au clonage
dune sequence.
Clonage
Cloner une sequence dADN consiste a lintegrer
dans un vecteur, de facon a pouvoir lamplifier et la
conserver a des fins experimentales. Le vecteur est
lui-meme une sequence dADN, dont la fonction est
dincorporer la sequence que lon souhaite cloner,
puis dautoriser sa multiplication dans une cellule-
h8te. Ce vecteur doit done etre replique dans la cel-
lule-hate. 11 doit posseder des proprietes permettant
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
11/23
Comprendre la biologie moleculaire
735
de lidentifier de faGon certaine, telles que la pre-
sence dun gene de resistance a certains antibioti-
ques. Afin de faciliter la manipulation des sequences
recombinantes, il doit etre de taille aussi petite que
possible et posseder un grand nombre de sites de res-
triction uniques. Un
CColylinker
>> succession de si-
tes de restriction uniques) peut y etre introduit. Dif-
ferents vecteurs peuvent Ctre employ& : plasmides,
phages, autres virus, cosmides, chromosomes artifi-
ciels de levure. Leur choix depend de la taille de
linsert desire, les plasmides &ant capable dintegrer
des sequences dont la taille nexcede pas 10 kiloba-
ses, contre plusieurs centaines pour les chromoso-
mes de levure. Un vecteur peut etre destine a la mul-
tiplication et a lanalyse de linsert, mais il peut aussi
exprimer une proteine dont il renferme le gene. La
nature de la cellule-hate du vecteur varie. Dans la
majorite des cas, les batteries de type E. cob sont
employees. Elles ont lavantage dun faible coQt et
dun temps de doublement court (20 minutes a
37 C), autorisant une amplification rapide de la se-
quence clonee. Lemploi des cellules eucaryotes (le-
vures, cellules animales ou humaines) est necessaire
si lon veut obtenir lexpression dune proteine ne-
cessitant des modifications post-traductionnelles
specifiques des eucaryotes. Elles constituent Cgale-
ment le stade initial de la generation dorganismes
gtnetiquement modifies.
La situation la plus simple est celle dun insert de
quelques kilobases que lon veut cloner dans un
plasmide (figure 5). Le plasmide est une molecule
dADN double brin circulaire, qui doit dabord etre
linearise par coupure enzymatique. Pour Cviter la re-
fermeture du plasmide sur lui-meme, ses extremites
sont traitees a la phosphatase alcaline, qui dephos-
phoryle les nucleotides en 5. Le vecteur ne peut se
recirculariser quen integrant linsert, dont les extre-
mites sont phosphorylees. La ligation de linsert au
vecteur est assuree par une ligase. Le plasmide re-
combinant est alors introduit dans des batteries,
prealablement fragilisees pour etre permeables a
IADN (on parle de ).
Lintroduction de lADN, ou transformation bacte-
rienne, est obtenue par un choc thermique bref. Les
batteries transformees sont etalees sur une boite de
Petri. Lidentification des clones recombinants ne-
cessite un marqueur de selection. Le plus courant, le
gene de resistance a lampicilline, est present dans
de nombreux plasmides commerciaux. Sur un mi-
Coupure par un ou plusieurs
enzyme(s) de restriction
Ghe
Gist
A lampicil l ine
Plasmide linhts~
5 P
OH
OHS
I
P 3
Phosphatase
t
alcaline
Ligase
-I
:: OH OHS
OH OH 3
5 p OHs
OH P 1
ADN B cloner _I
Transfection et amplification dans E. coli
sur milieu ampicilline+
Figure
5. Clonage dun ADN double brin dam un plasmide. On
doit disposer au moins dun site de coupure unique pour une en-
zyme de restriction. Dam ce cas, Iinsert est orient6 au hasard par
rapport au plasmide. Si on veut sassurer de IJorientation de linsert,
il fau t choisir deux enzymes a sites uniques. A condition que chaque
extrtmite de Iinsert ait une sequence compatible avec un seul des
deux sites, le clonage ne pourra se faire que dam un seul sens. Si
Iinsert est une sequence codant pour une proteine que Ion souhaite
exprimer, Iexpression ne peut se faire correctement que si les CIC-
ments de la construction dADN sont agences dans le bon ordre
avec la bonne orientation.
lieu de culture contenant de lampicilline, seules les
batteries ayant integre le plasmide peuvent pousser.
On peut alors les repiquer sur un autre milieu, les
laisser se multiplier et extraire ensuite 1ADN desire,
dont la quantite aura CtC augmentee de facon expo-
nentielle.
Le terme de clonage peut avoir un sens plus large,
puisquil peut designer lamplification, non seule-
ment dune sequence dADN, mais aussi dune li-
gnee cellulaire ou dun organisme entier. Dans tous
les cas, il sagit dexpandre lobjet analyse sous for-
mes de copies parfaitement identiques.
Analyse du projil de restriction dun ADN :
la mt%hode du Southern Blotting
Cette methode a Cte mise au point par Southern [42].
Elle necessite de posseder une sonde nucleotidique
capable de shybrider sur une portion de 1ADN ana-
lyse, dont elle possede la sequence complementaire.
Cette sonde est marquee par un compose permettant
sa detection. 11 existe differents systemes de mar-
quage reposant sur lutilisation de composes ra-
dioactifs (marquage G chaud >>) ou non (marquage
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
12/23
736 V. Laudenbach et al.
G froid >x). LADN est dig&C par une ou plusieurs
enzymes de restriction. On fait migrer le produit de
cette digestion enzymatique en Clectrophorese sur
gel, qui &pare les differents fragments en fonction
de leur poids molbculaire. Afin de pouvoir hybrider
la sonde, on transfere les fragments du gel de migra-
tion a une membrane de nitrocellulose ou de nylon
(blotting). Lhybridation de la sonde radioactive est
rCvClCe en autoradiographie. Chaque fragment
contenant la sequence complementaire de la sonde
apparait sous la forme dune bande dont la taille, qui
determine lemplacement sur le gel, depend de la po-
sition des sites de restriction.
Lanalyse du profil de restriction permet de detec-
ter des modifications du genome. 11 peut sagir de
deletions, qui diminuent la taille de certains frag-
ments, ou de mutations, supprimant ou g&Grant un
site de coupure pour une enzyme. Dautre part, les
variations dans la repartition des sites de restriction
constituent des marqueurs, transmis de facon stable
dune generation a lautre. On parle de polymorphis-
mes de restriction ou RFLP (Restriction Fragment
Length Polymorphism). Ce sont des alleles, transmis
sur le mode mendelien. 11s permettent des analyses
de liaison gtnetique. 11 existe Cgalement des poly-
morphismes de repetition. Ce sont des variations
dans le nombre de copies de sequences de quelques
nucleotides rCpCtCes en tandem. On parle de sequen-
ces minisatellites ou VNTR (Variable Number of
Tandem Repeats).
En clinique, cette methode pet-met daffirmer le ca-
ractere Cpidemique dune serie dinfections a un
germe donne. Si les ADN genomiques des differents
isolats bacteriens ont un profil de restriction super-
posable, il sagit t&s probablement de la meme sou-
the. Dans le cas contraire, sauf mutation, il sagit de
souches differentes du meme germe et non pas dune
Cpidemie [43].
Amplification du matkriel g&ktique :
rt action de polymbisation en chafne
(polymerase chain reaction-PCR)
Cette technique a CtC developpee en 1985 par Mul-
lis [44]. Elle a offert une solution au probleme des
quantites dacides nucleiques disponibles pour lex-
perimentateur. Elle permet deviter un grand nombre
de clonages. Elle est aujourdhui employee dans pra-
tiquement tous les laboratoires de bacteriologic et vi-
rologie hospitaliers. Le principe de la PCR est indi-
quC dans la$gure 6. La reaction necessite plusieurs
composants : a) lechantillon contenant 1ADN a
amplifier ; b) la Taq ADN polymerase ; c) des de-
soxyribonucleotides libres ; d) des amorces, sequen-
ces dADN simple brin, courtes, complementaires
des deux extremites de la sequence a amplifier. Len-
semble des composants est soumis a des variations
thermiques cycliques. Ces variations entrainent une
succession de denaturation-renaturation de 1ADN.
Comme les oligonucleotides amorces sont presents
en large excbs et sont beaucoup plus courts que les
brins dADN natif, ils vont shybrider de facon pre-
ferentielle aux regions flanquant la sequence a am-
plifier. A partir de ces amorces, la Taq ADN poly-
merase synthetise le brin complementaire de chacun
des brins matrices. La repetition des cycles permet,
par duplications successives, une augmentation
quasi-exponentielle de la quantite dADN total. En
fait, le rendement de chaque cycle est plutot de lor-
dre de 80 % initialement et diminue progressive-
ment. Cette diminution est due a lhybridation dune
partie des brins dADN entre eux plutot quavec les
amorces, et a une baisse du rapport des concentra-
tions entre les composants de la reaction, en particu-
lier la Taq polymerase et 1ADN amplifie. Lampli-
fication dune sequence de 1 000 bases est assez
aisee. Des appareils automatises assurent maintenant
en routine et avec une grande precision les variations
cycliques de temperature. Cette methode extreme-
ment sensible peut detecter des concentrations
d ADN inferieures au fentomolaire ( lo-l5 molLi).
La PCR peut etre appliquee a toutes sortes de prelit-
vements susceptibles de contenir de 1ADN : liqui-
des biologiques, cultures bacteriennes, coupes histo-
logiques, cheveux, voire fossiles. Plusieurs virus
(CMV, herpes) ou batteries (BK, coqueluche) peu-
vent Ctre recherches en pratique courante. Les conta-
minations et les amplifications parasites, principal
ecueil a Cviter, sont le prix de lefficacite de cette
mtthode. Pour les prevenir, des conditions experi-
mentales rigoureuses doivent Ctre respectees : choix
des amorces autorisant un minimum de
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
13/23
Comprendre la biologie moleculaire
731
ADN B amplifier
Tampon+Mg++
Amorces
(OligonuclCotides)
dATP, dGTP
dCTP, dTTP
Dhatura tion ( 94C)
lmin
(Sparation des brins dADN)
17
J
Hybridatio;{xnorc es ( 60C)
n Cycles
5 - 5
3 -
3
Elongation ( 72C)
5
min / IOOOpb)
3
Figure 6. Amplification dun ADN par polymerisation en chaine
(Polymerase Chain Reaction, PCR). Le melange est soumis a une
denaturation par chauffage a 94C. A cette temperature, les deux
brins de IADN a amplifier sont stpares par rupture des liaisons hy-
drogene. 11souent le role de matrices pour la Taq polymerase. On
ram&e ensuite la temperature a une valeur de lordre de 55 a 60 C,
de facon a rehybrider les brim complementaires. La temperature
dhybridation optimale varie selon la nature des amorces choisies et
de IADN pourront transmettre le transgene a leur
descendance. Toutefois, lintegration dun transgene
nest pas toujours synonyme dexpression. Selon le
site dinsertion dans le genome, les conditions loca-
les sont plus ou moins favorables (conformation de
la chromatine, interactions avec des sequences voi-
sines ou des facteurs de regulation transcription-
nelle). La presence du transgene peut Ctre detectee
par PCR sur 1ADN de lanimal, extrait dun tissu
(en pratique courante, on preleve un bout de queue).
Son expression peut Ctre recherchee par differents
moyens tels que lhybridation in situ, qui detecte
1ARNm sur coupes histologiques, ou limmunomar-
quage avec un anticorps specifique de la proteine
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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738
V. Laudenbach et al.
RLeioo
RCioa
Promat eur codante nanqunote
I I
dans Put us -
I
I
dune fe melle pseudo-g ante
r
Souris transghiques
(PCR+)
Figure 7. La transgenkse (voir texte).
exprimee. Parmi les nombreuses lignees danimaux
transgeniques produites, citons les animaux surex-
primant le peptide b amyloide, implique dans la ma-
ladie dAlzheimer [47]. Dans le domaine des xeno-
greffes, une approche testee consiste a exprimer chez
le port les genes de proteines humaines regulatrices
du complement (CD46, CD55, CD59), dans le but
de prevenir les reactions de rejet vasculaire hyper-
aigu [48].
Recombinaison homologue in vivo :
invalidation dun gtne ou H knock-out M
Au lieu dintroduire un transgene dans un orga-
nisme, il sagit ici de supprimer un gene endogene,
puis detudier les consequences de cette suppression.
11 est ainsi possible de creer des modeles de mala-
dies genetiques transmises sur le mode autosomique
recessif. Le prealable a la production danimaux re-
combinants a CtC la possibilite de cultiver des cellu-
les embryonnaires totipotentes. Ces cellules sont ex-
traites du blastocyste, la pat-tie de lceuf feconde en
tours de division destinee a devenir le fetus. Le sys-
t&me le plus robuste est celui des cellules ES de sou-
ris (Embryonic Stem CeEls). La strategic employee
est resumte par la$gure 8. Elle consiste a inoculer
aux cellules ES en culture une construction dADN
appelee vecteur dinsertion. La recombinaison est
effectuee par les recombinases cellulaires. Ces enzy-
mes font partie des systemes de
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Comprendre la biologie moleculaire
739
GENE >
I
/ -Y
Celuleri ES
0
rugion 5 banalogue i
,.... ;i
.Y R ion 3 hmologue
Cdulea
,./ ;
ES @
.,..... ,; /.
R DINSERTION
ccKNOCK OUT P
Descendaoce chimhique
Nee-R: g e de r stance P a nhomycine
NLS-hcZ: ~Galactosidax
TK : thymidine kinnse virnle
egn KO fond ice
Figure 8. La recombinaison homologue in vivo (knock-ours). On
introduit dans des cellules ES un vecteur de recombinaison. Cette
construction dADN comporte un ou plusieurs marqueurs de selec-
tion encadres par deux sequences, homologues a celles si tuees de
part et dautre du gene (>est le cat-act&e l&al de la mutation, si
le gene recombine est critique pour le developpe-
ment embryonnaire. On peut contourner cette diff i-
cult& en produisant des
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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740 V. Laudenbach et al.
ThCrapie gCnique
Le decryptage des mecanismes moleculaires de ma-
ladies a conduit a envisager la correction des ano-
malies responsables au niveau de IADN. Cette ap-
proche permettrait deviter le recours a des drogues
defficacite limitee, aux effets secondaires parfois
graves. Elle se heurte a de nombreuses difficult&
methodologiques. Ses applications en clinique sont
limitees a des protocoles de recherche dont les re-
sultats sont encore tres preliminaires. 11apparait plus
simple de tenter de corriger une perte de fonction,
enzymatique par exemple, en apportant a lorga-
nisme un gene exogene qui code pour la proteine de-
ficiente, que de > directement lanomalie
de 1ADN. Un gene peut alors devenir .
Le premier probleme a resoudre est celui du choix
du gene sur lequel on doit agir. Ce probleme est as-
sez facilement resolu dans le cas de maladies gene-
tiques a Iorigine dun deficit en une proteine. Tou-
tefois, si lon cherche a apporter un gene sain pour
pallier ce deficit, on doit pouvoir controler son ni-
veau dexpression, afin deviter une surproduction
deletere. Lexpression du gene apporte doit souvent
etre limitee a un tissu. Dans certains cas, elle devrait
pouvoir &i-e regulee.
Dans le traitement des cancers, plusieurs voies de
recherche sont possibles. Certaines Cquipes ont tent6
dinduire une reponse immune antitumorale en
transferant les genes codant pour differentes cytoki-
nes (IL2, IL4, IL7, GM-CSF) dans des cellules ma-
lignes, prelevees puis reinoculees [59]. Dautres ont
cherche a surexprimer un anti-oncogene (gene sup-
presseur de cancer), comme le gene de la proteine
~53. Cette proteine est normalement impliquee dans
linduction de la mort cellulaire. La mutation ou la
deletion du gene correspondant est a lorigine de cer-
tains cancers [60, 611. On peut Cgalement tenter
dinhiber lexpression dun oncogene, ou gene im-
plique dans la naissance de tumeurs, en inoculant un
ARN antisens, cest-a-dire un ARN capable de shy-
brider avec 1ARNm de loncogene et ainsi den em-
p&her la traduction [62]. On peut donner un avan-
tage selectif aux cellules saines en transferant un
gene dit > hepatite B, virus
influenza, VIH). La voie dinoculation depend du
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
17/23
Comprendre la biologie molkulaire
741
vecteur et de lindication : greffe de moelle, injec-
tions, aerosols, etc.
Environ 300 protocoles devaluation clinique sont
en tours [65]. Un seul a atteint le stade des essais de
phase III. 11 sagit de limplantation intratumorale,
dans des glioblastomes, de cellules murines infec-
tees par un retrovirus porteur du gene HSV-tk [68].
Dans la plupart des autres protocoles, les benefices
se sont pour linstant limit& a certains patients
consider& incurables par une prise en charge
conventionnelle. En revanche, la faisabilite et lin-
nocuite de ce type dapproche ont pu &tre demon-
trees dans de nombreux cas. Le cas du deficit conge-
nital en adenosine-desaminase (ADA), a lorigine
dune immunodepression severe (severe combined
immunodeficiency syndrome, SCID), doit Ctre sou-
ligne. Deux enfants, atteints de cette maladie rare et
jusqualors toujours fatale, ont Cte trait& par inocu-
lation ex vivo de retrovirus ADA + dans leurs lym-
phocytes T [69]. Letude a debut6 en 1990, avec suc-
c&s a ce jour. Plusieurs autres enfants ont CtC inclus
depuis cette date. En dehors des maladies genetiques
et candreuses, la rest&rose arterielle apres angio-
plastie est un exemple de theme de recherche. Dans
des systemes experimentaux, les phenomenes dhy-
perplasie intimale et de remodelage arteriel peuvent
etre inhibes par expression locale de facteurs cytos-
tatiques (proteines Rb, Gax, NO synthase endothe-
liale) ou cytotoxiques (gkne tk) [70]. Si le grand
nombre detudes experimentales et cliniques off re
des espoirs, lessor de la therapie genique est actuel-
lement limit6 par les difficult& rencontrees pour in-
fetter un grand nombre de cellules, de facon stable
et definitive. Les problemes de cotit sont incontour-
nables et le recul pris sur les applications cliniques
reste insuffisant a ce jour.
Biologie molbculaire, anesthbsie et &animation
Sur le plan experimental, la comprehension des me-
canismes daction dagents anesthesiques a pu Ctre
facilitee par le clonage des recepteurs des neuro-
transmetteurs et par lemploi de lignees animales ge-
netiquement pures ou modifiees. Lexpression de re-
cepteurs des neurotransmetteurs dans des systemes
in vitro (ovocytes de x&rope) permet danalyser la
contribution respective de leurs differentes sous-
unites aux effets des anesthesiques [71, 721. Par
ailleurs, lutilisation de lignees animales pures per-
met des etudes de liaison genetique entre un poly-
morphisme du genome et la sensibilite aux anesthe-
siques [73]. Simpson et al. ont identifie un locus,
Lorpl, sit& sur le chromosome 7, dont le polymor-
phisme de restriction est associe a un delai de reveil
variable apres injection de propofol chez la sou-
ris [74]. Lidentification de la sequence du gene en
cause devrait foumir des informations sur les voies
de signalisation cellulaire, impliquees dans laction
des anesthesiques ou sur leurs voies delimination.
Les lignees employees (souris LSX-SS et LSX-LS
pour Short Sleep et Long Sleep) ont Cgalement une
sensibilite differente a lethanol, a la k&amine, a
letomidate, a lisoflurane et a lenflurane [75]. En
revanche, leur comportement en reponse a lhalotane
est identique. Ces observations plaident en faveur
dun determinisme polygenique de la sensibilite aux
agents depresseurs du systeme nerveux central.
Plusieurs Cquipes ont produit des lignees de souris
mutantes, deficitaires en recepteurs de neurotrans-
metteurs ou de neuromodulateurs. Les genes des re-
cepteurs des opidides (p, K) ont ainsi CtC invali-
d& [76, 771. Letude des animaux porteurs de ces
mutations a permis detablir la responsabilite respec-
tive de ces differents recepteurs dans les mecanis-
mes controlant la douleur, lanxiete et lactivite lo-
comotrice spontanee. Le
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
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742
V. Laudenbach et al
domaine des maladies infectieuses. Le profil de res-
triction du genome de batteries responsables din-
fections nosocomiales a CtC realise dans differentes
structures (reanimations medicales, chirurgicales,
neonatales). Les informations recueillies, sajoutant
aux caracteres phenotypiques (antibiogramme) et
immunologiques des souches isolees, permettent de
distinguer une Cpidemie de lemergence simultade
de plusieurs souches du meme germe. On peut ainsi
Cvaluer limpact des mesures de prevention ou des
traitements employ& [ lOO-1021. Sur un plan plus
fondamental, les mecanismes cellulaires de situa-
tions graves et complexes (traumatismes cerebraux,
chocs septiques, syndromes de detresse respiratoire
aigus
de ladulte) peuvent maintenant etre
decrypt& [ 103- 1051. Plusieurs travaux cliniques ont
cherche a Cvaluer la valeur pronostique du niveau
dexpression de proteines impliquees dans ces mt-
canismes [106, 1071. Leurs resultats doivent toute-
fois etre consider& avec prudence car ils sont obser-
ves sur des effect ifs de patients relativement limit&.
11pourrait exister un determinisme genetique des ca-
pacites de defense dun individu vis-a-vis des agres-
sions responsables de telles situations. En particu-
lier, en pathologie infectieuse, certaines mutations de
proteines des systemes de defense immunitaire, ex-
posant a un risque particulier, ont et& identi-
frees [108]. Les genes, dont lexpression est activee
ou reprimee dans ces circonstances, pourraient cons-
tituer des cibles therapeutiques.
AVANCtiES RlkENTES
Projet gCnome humain
I1 a CtC lance en 1986. Trois tendances compltmen-
taires se sont developpees. La cartographic des loci
morbides, cest-a-dire pour lesquels il existe un lien
genetique avec une pathologie, repose sur lanalyse
des RFLP et des polymorphismes de repetition. Le
sequencage des banques d ADNc, obtenues par
transcription inverse a partir des ARNm, limite
lanalyse a 1ADN codant. Le clonage de fragments
dADNc de grande taille est rendu possible par les
vecteurs de type YAC (Yeast Artijcial Chromoso-
mes) ou cosmides. Enfin, en parallele du genome hu-
main, la cartographic et le sequencage dautres ge-
nomes sont realises, en raison de la conservation
dun grand nombre de sequences entre les especes.
Lensemble des resultats publies est regroup6 dans
plusieurs banques de don&es, dont certaines sont
generales (GenBank/NIH/EMBL) et dautres specia-
lisees (Fly Base, Mouse Genome Informatics, Sac-
charomyces Genome Database, etc.). A ce jour, en-
viron 5 % du genome humain ont CtC entierement
sequences.
Les marqueurs de polymorphisme ont
permis detablir une carte physique de 30 18 1 genes
humains. La demiere carte physique avait CtC Ctablie
en 1996 et ne comportait que 16 000 genes envi-
ron [109].
Clonage dun mammifke
Jusquen 1997, seul le clonage damphibiens a partir
de cellules differenciees avait CtC rapport& Lequipe
de Campbell a reussi a obtenir le developpement
dune brebis a partir du noyau dune cellule Cpithe-
liale mammaire [ 1 o]. Les ovocytes de brebis ges-
tantes ont CtC preleves puis CnuclCCs. Le noyau de
cellules Cpitheliales differenciees, provenant dune
autre lignee de brebis, a CtC transfere dans ces ovo-
cytes Cnuclees. Les ceufs ont CtC ensuite reimplantes.
Le developpement dune descendante normale de la
lignee a laquelle appartenait la cellule mammaire a
montre que le genome dune cellule differenciee
contient toute linformation necessaire au develop-
pement dun organisme entier. La possibilite de dis-
poser de >dun individu produites a partir
de cellules somatiques conduit a sinterroger sur les
applications medicales Cventuelles.
Cultures de cellules embryonnaires humaines
Plusieurs lignees de cellules souches totipotentes ont
tte developpees a partir de tissus embryonnaires
(cellules ES) ou de cellules germinales (cellules
EG), chez la souris et chez dautres mammiferes,
dont le singe. Jusqua une date tres recente, aucune
lignte totipotente humaine netait disponible. Deux
Cquipes ont finalement reussi, de facon indepen-
dante, a produire des cellules souches >.Une Cquipe a extrait des cellules de blastocys-
tes humains produits par fecondation in vitro [ 1111.
Ces cellules ont un caryotype normal. Elles ont mon-
tre leur capacite a se differencier en tissu musculaire,
neural, digestif ou renal. Shamblott et al. ont publie
parallelement la production de cellules humaines
totipotentes d&iv&es de cellules germinales,
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
19/23
Comprendre la biologie moleculaire
743
precurseurs dovocytes et de spermatozoides, ex-
traits de produits dinterruption de grossesse [ 1121.
Ces resultats offrent des perspectives tres larges, en
particulier en ce qui conceme les greffes de tissus ou
dorganes. 11 est envisageable, dans un avenir pro-
the, que des banques de tissu soient creees et mises
a disposition des malades (cellules neuronales, os-
seuses, hCmatopoii%iques). De telles banques per-
mettraient detablir, en dehors de lurgence, le phe-
notype HLA des tissus .On peut meme
imaginer de modifier le phenotype HLA des cellu-
les, par recombinaison et transgenese, de faGon a of-
frir le plus faible degre de au patient
receveur. Toutefois, dimportantes questions Cthi-
ques devront etre prises en compte avant den par-
venir a ce stade.
AUTRES CHAMPS DAPPLICATION
DE LA BIOLOGIE MOLlkULAIRE
MCdecine ICgale
Lanalyse du profil de restriction de 1ADN genomi-
que est employee pour des etudes de liaison. On re-
cherche, par la technique de Southern Blot, les simi-
litudes entre deux ADN, en comparant les
polymorphismes de restriction et de repetition. On
peut ainsi etablir une filiation ou determiner le profil
dun suspect. Lamplification par PCR est un autre
outil developpe par les laboratoires de medecine cri-
minelle. Son extreme sensibilite autorise la detec-
tion dADN depose sur une surface par simple
contact de la peau.
Industrie
Industrie biomhdicale
La liste des medicaments et hormones produits dans
des systemes recombinants aprbs clonage du gene
correspondant sallonge regulierement (tableau ZZ).
Ce mode de production permet de limiter les proble-
mes de purification des proteines ou de contamina-
tion par des agents infectieux dans le cas de mole-
cules times, a lorigine, dorganismes vivants.
Lhormone de croissance recombinante est venue
ainsi remplacer lhormone humaine, extraite dhypo-
physes de cadavres, a lorigine de la transmission
Tableau II.
Exemples de molecules recombinantes employees en
clinique.
Insuline
Hormone de croissance
Erythropoietine
Interferons
tPA (activateur tissulaire du plasminogene)
Urokinase
Facteurs VIII et IX
Antithrombine III
G-CSF (Granulocyte Colony Stimulating Factor)
ctl-antitrypsine
Vaccin antihepatique B (HB VAX DNA)
aux malades dagents infectieux non conventionnels.
La plupart des enzymes employees en biologie mo-
leculaire sont Cgalement produites a partir de vec-
teurs recombinants.
Zndustrie agro-alimentaire
Lutilisation dorganismes transgeniques a Cte deve-
loppee afin dameliorer les rendements. 11 sagit
dintegrer au genome un gene codant pour un carac-
t&e qui augmente les capacites dadaptation a Ien-
vironnement. Cest le cas des mais, soja et coton
transgeniques, deja commercialist%. Dans le cas du
mais, le transgene code pour une toxine, extraite de
Bacillus thurengiensis, active sur les parasites habi-
tuels de la plante. Des lignees de tomates et de pom-
mes de terre surexprimant une anti-protease sont a
letude. Cette anti-protease inhibe les mecanismes
de la digestion des insectes qui colonisent ces plan-
tes. Un des objectifs de ces travaux est la reduction
de la consommation de pesticides chimiques dans
lagriculture industrielle. Neanmoins, un debat pas-
sionne entoure la mise de ces produits a la disposi-
tion du public. Un des arguments avancts par leurs
detracteurs est le risque dun transfert de genes vers
une autre espece. Le probleme pourrait se poser, par
exemple, pour le gene de resistance a lampicilline,
utilise comme marqueur de selection lors de la rea-
lisation des constructions dADN. Le risque de re-
combinaison dans des batteries de la flore digestive
est diffkilement Cvaluable.
CONCLUSION
En moins de trente ans, les techniques de biologie
moleculaire ont permis detablir une carte de la
7/23/2019 Comprendre La Biologie Moleculaire
20/23
744 V. Laudenbach et al.
moitie des genes humains. A lhorizon des annees
2010, on pense disposer de lensemble des sequen-
ces d ADN humain codant et de marqueurs genoty-
piques pour la plupart des 5 000 maladies genetiques
dont les genes sont actuellement inconnus. On aura
obtenu en mCme temps des informations sur les ma-
ladies polygeniques, telles que lhypertension arte-
rielle essentielle ou le diabete. Lautomatisation des
techniques, en particulier pour lamplification de
1ADN et le sequen$age, permet une acceleration
constante du rythme des recherches. La therapie ge-
nique conserve actuellement un champ dapplication
restreint. En revanche, les outils a vi&e diagnosti-
que font dores et deja partie des pratiques courantes
en infectiologie, en onto-hematologie et dans les
maladies genetiques. Les traitements, en particulier
hormonaux, font appel a un nombre croissant de mo-
lecules recombinantes. Les programmes de recher-
the decryptent quotidiennement les mecanismes de
conservation et de regulation de notre patrimoine ge-
netique. 11s ont developpe des outils puissants pour
lanalyse in vivo (transgenese, recombinaison homo-
logue, cultures de cellules totipotentes). Actuelle-
ment, les limitations techniques a une progression
accClCrCe des connaissances semblent Ccartees. Mais
le volume total dactivite developpe pose un pro-
bleme de financement. En outre, les modeles expe-
rimentaux employ& et lacces direct a linformation
contenue dans le genome humain soul&vent des
questions Cthiques extremement diffrciles.
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