Cours 6

VII. Exemples réels publiés

1. Génétique des populations d'Ixodes ricinus et borréliose de Lyme en Suisse

B. burgdorferi

Borrelia valaisiana

B. garinii

B. afzelii

B. Spielmanii

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

IR8 IR25 IR27 IR32 IR39 All

f ( F

is e

stim

ator

)

-1

-0.75

-0.5

-0.25

0

0.25

0.5

0.75

1

109 111 113 115 117 119 121 123 125 127 129 131

Allele size

Fis

(pa

rtia

ls)

Déficits en hétérozygotes

Distribution sexe spécifique du polymorphisme

B. burgdorferi

B. valaisiana

B. gariniiB. afzelii

Biais de dispersion sexe spécifique des tiques

Détection des Borrelia dans les tiques

Pour Borrelia burgdorferi

P =0.012

0.02

0.03

0.04

0.05

0.06

0.07

0.08

F M

Sex of the tick

Prév

alen

ce o

f B

. bur

gdor

feri

ss

Pour Borrelia afzelii

Saines Infectées

Détection des borrélies dans les tiques

Saines Infectées

2. Candida albicans à Abidjan (Côte d'Ivoire)

42 Patients SIDA

19 femmes 23 hommes

FPatient≈0.5 (P<0.001)

FSex≈0.08 (P<0.02)

14 loci enzymatiques

Fis=-0.66 Fis=-0.97

Clones structurés en de nombreux dèmes

is

is

F

FNm

4

1

T

TIIT

T

TSST

S

SIIS

Q

QQF

Q

QQF

Q

QQF

1

1

1

0

1

IT

SST

S

SIS

F

QF

Q

QF

Structuration de Candida albicans chez des patients HIV+ de Côte d'Ivoire

Week 1, with the seven most polymorphic loci

-1

-0.8

-0.6

-0.4

-0.2

0

0.2

Womenuncombined

Womencombined

Menuncombined

Men combined Women andmen combined

Fis

Nm=0.09 Nm=0.01

Conclusions

Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé-Echantillonner des individus de la même cohorte-Equilibrer le mieux possible les tailles des sous-échantillons-Au moins 20 individus par échantillons est souhaitable, et pas moins de 5- Au moins 5 sous-échantillons mais plutôt 10-Tenir compte de tous les facteurs susceptibles d'avoir un rôle (autant que faire se peut) et noter les coordonnées GPS

t1 t1+x

Echantillonnage: une problème clé et pourtant trop souvent négligé-Echantillonnages des mêmes sites espacés dans le temps en tenant compte du temps de génération (au moins une génération entre deux échantillons temporels)

Le choix des marqueurs est capital- Diploïde

- Codominants- Autosomiques- Pas moins de 5, 10-20 c'est mieux- Microsatellites dinucléotidiques (non codants) représentent en principe le meilleur rapport qualité/prix- SNPs beaucoup plus chers, deux allèles, pas forcément non-codant, méthode d'isolement biaisante- RFLP chers et gourmands en ADN- MLST chers et matériel codant- Pas d'allèles nuls- Pas de dropout d'allèles- Pas de stuttering- Pas de dominance d'allèles courts- Ne jamais laisser un FIS>0 inexpliqué- Vérifier la constance d'un signal d'un locus à l'autre- Ne jamais hésiter à laisser de côté quelques loci outliers

Les marqueurs (ou organismes) haploïdes ne donnent pas accès à la structure locale (pas d'hétérozygotie)

Le cas des haploïdes

Bactériophage Dengue Grippe HIV

Mosaïque du tabac

Ebola

Virus

Escherichia coliBorrelia

Salmonella Vibrio cholerae

Helicobacter pilori

Bactéries

Plasmodium

Dinophysis

Gregarina

Eucaryotes haploïdes (Alvéolaires)

Taenia solium

Diploïdes homozygotes

Le cas des haploïdes

Virus Séquence complète Peu ou pas de zones non codantes

Bactéries Séquence complète, séquences, microsatellites Peu ou pas de zones non codantes

Eucaryotes haploïdes ou ultra consanguins (homozygotes)

A→AA→FST→

Structure, BAPS, AFC, ACP...

Le choix des analyses- Privilégier les analyses multi-locus plus puissantes et plus faciles à interpréter (une seule valeur, une seule P-value)- Se débarrasser des déséquilibres de liaison en 1er

- Analyser la structure locale ensuite mais après s'être assuré à quel niveau se situe la plus petite unité démographique (ppud)- Analyser la différenciation aux différents niveau possibles- N'utiliser les tests de différentiation par paire que s'il n'existe pas d'autre solution mais le faire alors de façon planifiée (ne comparer que les paires de ppud pertinentes) pour éviter la perte de puissance liée aux corrections de seuil (Bonferroni)- Ne pas pooler des ppud hétérogènes: il existe des méthodes qui utilisent les individus (isolement par la distance entre individus)- Bien se demander quel est le risque le plus grave dans la décision statistique prise au final: H0 ou H1

- Bien se demander ce que signifient biologiquement H0 et H1

Ne jamais hésiter à demander conseil aux personnes compétentes dans un domaine ou l'autre:

Ils sont payés pour ça