Cours de Microbiologie générale L2 Ecologie et ...€¦ · de l'écologie microbienne, A partir...
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Cours de Microbiologie générale L2 Ecologie et environnement - Hydrobiologie marine et continentale Réalisé par Mme LADAIMIA.S CHAPITRE I : LE MONDE MICROBIEN 1. Introduction La microbiologie est une discipline qui étudie les micro-organismes et leurs relations avec l'environnement. Les microorganismes aussi appelés protistes, sont des organismes vivants de taille microscopique vivant en milieux aquatiques et terrestres, où ils assurent principalement la décomposition des substances organiques mortes. Parmi eux, on trouve ceux qui sont responsables de maladies, ceux qui sont bénéfiques et d'autres qui sont inoffensifs. Les microorganismes, découverts bien après les plantes et les animaux, se caractérisent par leur très grande diversité (plus de 500 000 espèces) et leur mode de vie. La microbiologie étudie les microorganismes sous tous leurs aspects: leurs caractéristiques et habitats, les relations existant entre eux et avec les animaux et végétaux, leur importance pour notre santé, l'environnement et l'industrie. Selon les groupes microbiens étudiés, on distingue la mycologie (champignons), la phycologie (algues), la parasitologie (parasites), la virologie (virus) et la bactériologie (bactéries). Toutefois, les virus (microorganismes particuliers) possèdent un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN) et ne peuvent se multiplier qu'à l'intérieur des cellules qu'ils infectent. 2. Historique Au début du 18ème siècle, Antonie van Leeuwenhoek fut le premier à observer des « animalcules » grâce à des microscopes de sa fabrication (Fig.1). Il fallut cependant attendre 200 ans pour que la microbiologie connaisse un réel essor, amorcé avec les travaux fondateurs de Louis Pasteur et Robert Koch. En une quarantaine d'années, d'incroyables progrès conceptuels et techniques seront réalisés. L'étude des bactéries pathogènes conduit à l'invalidation de la théorie de la génération spontanée, la conception des premiers vaccins, la mise en évidence des antibiotiques et des processus de fermentation. Un peu plus tard, Martinus Beijerinck et Sergei Winograsky démontrent l'existence de métabolismes variés. Leurs travaux sur les bactéries du sol et de l'eau ouvrent la voie de l'écologie microbienne,
Cours de Microbiologie générale L2 Ecologie et ...€¦ · de l'écologie microbienne, A partir des années 50, après la découverte de la structure de l'ADN par James Watson,
continentale
1. Introduction
La microbiologie est une discipline qui étudie les micro-organismes
et leurs relations avec
l'environnement. Les microorganismes aussi appelés protistes, sont
des organismes vivants de
taille microscopique vivant en milieux aquatiques et terrestres, où
ils assurent principalement
la décomposition des substances organiques mortes. Parmi eux, on
trouve ceux qui sont
responsables de maladies, ceux qui sont bénéfiques et d'autres qui
sont inoffensifs. Les
microorganismes, découverts bien après les plantes et les animaux,
se caractérisent par leur très
grande diversité (plus de 500 000 espèces) et leur mode de
vie.
La microbiologie étudie les microorganismes sous tous leurs
aspects: leurs caractéristiques et
habitats, les relations existant entre eux et avec les animaux et
végétaux, leur importance pour
notre santé, l'environnement et l'industrie.
Selon les groupes microbiens étudiés, on distingue la mycologie
(champignons), la phycologie
(algues), la parasitologie (parasites), la virologie (virus) et la
bactériologie (bactéries).
Toutefois, les virus (microorganismes particuliers) possèdent un
seul type d'acide nucléique
(ADN ou ARN) et ne peuvent se multiplier qu'à l'intérieur des
cellules qu'ils infectent.
2. Historique
Au début du 18ème siècle, Antonie van Leeuwenhoek fut le premier à
observer des «
animalcules » grâce à des microscopes de sa fabrication (Fig.1). Il
fallut cependant attendre
200 ans pour que la microbiologie connaisse un réel essor, amorcé
avec les travaux fondateurs
de Louis Pasteur et Robert Koch.
En une quarantaine d'années, d'incroyables progrès conceptuels et
techniques seront réalisés.
L'étude des bactéries pathogènes conduit à l'invalidation de la
théorie de la génération
spontanée, la conception des premiers vaccins, la mise en évidence
des antibiotiques et des
processus de fermentation.
Un peu plus tard, Martinus Beijerinck et Sergei Winograsky
démontrent l'existence
de métabolismes variés. Leurs travaux sur les bactéries du sol et
de l'eau ouvrent la voie
de l'écologie microbienne,
Crick et Rosalind Franklin, le développement des outils de la
biologie moléculaire va
véritablement révolutionner notre vision du monde bactérien.
Les progrès de la génétique moléculaire et de la biochimie donnent
une image complexe de
la cellule bactérienne, avec des processus métaboliques extrêmement
variés, précis et
parfaitement régulés. Les études de taxonomie ont également
progressé de façon spectaculaire
grâce à la rapidité avec laquelle on peut maintenant accéder à la
séquence d'un acide
nucléique. En 1977, Carl Woese et George Fox développent les
théories et les outils de
la phylogénie moléculaire pour étudier les processus de
l'évolution. C'est grâce à ces études
que l'arbre universel de la vie, avec les trois règnes du vivant,
les Archaea, les Bacteria et les
Eukarya, a été construit. Ces outils sont utilisés à l'heure
actuelle en écologie microbienne pour
décrire les nouvelles espèces et étudier la structure des
populations bactériennes dans
l'environnement.
3. Place des microorganismes dans le monde.
Bien avant, les êtres vivants étaient classés dans le règne des
végétaux ou dans le règne des
animaux.
La découverte des microorganismes a rendu difficile leur classement
à cause de leurs caractères
qui ne correspondent ni à l’un ni à l’autre des deux règnes.
Un troisième règne, protiste, est alors proposé par Haeck en 1886.
Il rassemble les algues, les
protozoaires, les champignons et les bactéries. Les
Archéobactéries, découvertes récemment,
qui ont des caractéristiques qui ne ressemble ni aux eucaryotes ni
aux procaryotes, font l’objet
d’une troisième classe des protistes.
Les microorganismes représentent la forme dominante de la vie sur
terre. Les microbes ont
dominé la terre pendant plus de 3 milliards d’années et sont la
source de toutes les autres formes
de vie. Les microbes représentent plus de 60% de toute la matière
organique sur terre.
4. Les protistes
4.1. Structure et reproduction :
Les protistes sont définis par des propriétés communes et
spécifiques : leur taille microscopique,
leur organisation simple et unicellulaire pour la plus part. Si
pluricellulaires, alors leurs cellules
sont équivalentes, sans aucune différence morphologique,
physiologique ou fonctionnelle. Les
protistes ont une taille plus réduites que celles des cellules
animales et végétales. Leur taille
réduite les confère des avantages physiologiques. Les protistes et
en particulier les bactéries ont
des modes de reproduction simples, spécifiques et rapides (temps de
génération courts).
*Escherichia coli par exemple, se reproduit par simple division
binaire en 20 minutes. Cela se
produit bien sûr en conditions optimales de culture en laboratoire.
Ces taux de croissance
exceptionnels induisent des rendements de croissances
incomparables.
4.2. Métabolisme et écologie :
Les microorganismes ont une propriété fondamentale qui est la
diversité de leur métabolisme.
Chaque micro-organisme est spécifiquement adapté à la
métabolisation d’un nombre plus ou
moins limité de substrats. Ce qui explique leur distribution en
fonction des caractéristiques
nutritionnelles et physicochimiques du milieu. Les microorganismes
peuvent métaboliser toutes
les substances organiques naturelles et même synthétiques. Ce
processus constitue la
minéralisation de la matière vivante et le recyclage des éléments
chimiques qui forment la
matière organique. Ceci permet de préserverl’environnement.
La synthèse d’enzymes inductibles uniquement en présence de leurs
substrats spécifiques.
Les micro-organismes sont ubiquitaires, ils sont présent dans tous
les écosystèmes, on les
retrouve dans les mers et les océans, ils constituent la biomasse
(base du 1er échelon de la
chaine alimentaire) qui nourrit l’ensemble de la faune marine. Dans
le sol, ils jouent un rôle
dans la décomposition de la matière organique, la fourniture de
l’azote assimilable aux plantes,
la minéralisation de la matière organique. Les micro-organismes
participent activement aux
équilibres gazeux de l’atmosphère, en étant à la fois producteurs
et consommateurs, d’O2, H2,
N2 CO2, CH4. Le long de l’appareil digestif des animaux, ce dernier
est tapissé de bactéries
utiles à notre bien-être digestif, elles nous procurent les enzymes
nécessaires à la digestion de
certains aliments. De plus, elles évitent que d’autres
micro-organismes dangereux colonisent le
tube digestif et nous rendent malades.
4.3. Organisation biologique des protistes
4.3.1. Protistes unicellulaires
C’est le cas de la plus part des protistes, bactéries,
protozoaires, levures et de nombreuses
algues. Une cellule unique qui se suffit à elle-même et qui
constitue un organisme complet et
autonome, donc doué de toutes les fonctions de la vie : nutrition,
croissance et reproduction
(Fig. 2).
Fig.2 : Protistes unicellulaires
4.3.2. Protistes pluricellulaires
Ce sont principalement des champignons (Fungi) et des algues formés
de plusieurs cellules
identiques, sans aucune différence structurale ou physiologique
(Fig.3).
Fig. 3 : Protistes pluricellulaire.
4.3.3. Protistes coenocytiques
Des organismes de grande taille, se composent d’un cytoplasme
important incluant de
nombreux noyaux sans cloisonnement (septum) entre eux. Ils sont
majoritairement aquatiques,
parasites ou saprophytes. Ce sont les seuls membres des champignons
possédant le caractère de
la mobilité (Fig. 4).
Fig. 4: Protistes coenocytiques
1. Généralités :
La cellule bactérienne est un microorganisme procaryote
unicellulaire simple, de morphologie
variable et de très petite taille, présentant des caractéristiques
propres:
L’absence de noyau : le matériel génétique (ADN) est libre dans le
cytoplasme.
Sa taille : varie entre 1 et 10 μm.
La présence d’un seul chromosome circulaire.
L’absence de mitochondries.
Son mode de reproduction : division simple par scissiparité (y’a
pas de mitose et de méiose).
2. Techniques d’observation de la cellule bactérienne :
Compte tenu de leur taille (de l'ordre du micron), les bactéries
sont visualisées au microscope
optique sans coloration (état frais) ou après coloration (état
coloré).
Observation à l’état frais : entre lame et lamelle en milieu
liquide sans l’utilisation de
colorants.
Observation à l’état coloré : Observation des frottis séchés, fixés
et colorées. Diverses
techniques de coloration existent, mettant en évidence des
affinités tinctoriales différentes telle
la coloration de Gram, coloration de Ziehl-Nielsen.
3. Différentes tailles et formes et bactériennes
Au sein du monde bactérien, la taille et la forme sont très
variable.
Les bactéries les plus petites ont une taille d’environ 0,2 μm et
les plus longues peuvent
atteindre 250 μm de long (certains Spirochètes). En moyenne la
taille des bactéries se situe entre
1 et 10 μm.
On distingue plusieurs formes :
Des formes sphériques (coques ou cocci).
Des formes cylindriques sous forme de bâtonnet droit ou bacille
(allongée) Exp : E.coli,
Salmonella, Bacillus.
Certains bacilles peuvent être incurvés comme le Vibrio
cholerae.
Les bactéries sont en général groupées entre elles selon des modes
de groupement spécifiques.
Chez les coques, on peut distinguer les diplocoques (paires), les
streptocoques (en chaînes), les
staphylocoques (en amas, sous forme de grappes de raisin) ou les
tétrades (sarcines).
Les bacilles se présentent soit en paires soit en chaînes
(streptobacilles).
Le mode de groupement est déterminé par le mode de division; il
peut aider dans l'orientation
de l'identification des bactéries.
Chez les bactéries, on distingue des structures obligatoires,
présentes chez toutes les bactéries
et des structures dont la présence est facultative et caractérisent
certains groupes bactériens
(Fig.2).
hyaloplasme où baignent essentiellement des ribosomes et parfois
des éléments
supplémentaires comme les substances de réserve. Dans le
cytoplasme, on trouve l’appareil
nucléaire diffus non entouré par une membrane.
La membrane cytoplasmique qui entoure le cytoplasme possède deux
feuillets
phospholipidiques contenant des protéines. Au-dessus de la membrane
cytoplasmique, on
trouve la paroi qui forme une enveloppe rigide.
Les structures facultatives, quant à elles, peuvent être des
polymères de surface comme la
capsule, des appendices comme les flagelles et les pili ou des
structures génétiques comme les
plasmides (molécules d'ADN extrachromosomiques). Les endospores
caractérisent quelques
genres bactériens (Bacillus et Clostridium).
Fig.2 : Représentation schématique montrant les différentes
structures bactériennes
1. La paroi bactérienne :
C’est une enveloppe rigide assurant l'intégrité de la bactérie,
responsable de la forme des
cellules. Elle constitue le squelette externe de la bactérie et
représente environ 30 % du poids
total de la bactérie. La partie commune de toutes les parois
bactériennes est le peptidoglycane
(ou muréine). Elle est mise en évidence par la coloration de
Gram.
La Coloration de Gram
En 1884, le médecin danois, Christian Gram a fait la distinction
entre deux types de bactéries:
Les bactéries à Gram positif (Gram +) et les bactéries à Gram
négatif (Gram -).
Ceci a été possible après avoir coloré un frottis bactérien comme
suit:
1. Coloration des bactéries par le violet de Gentiane
2. Addition d'une solution de lugol (solution iodo-iodurée, de
mordançage)
3. Traitement par l'alcool ou un mélange alcool + acétone.
Après la troisième étape, certaines bactéries restent colorées en
violet, elles sont dites Gram+
d'autres se décolorent, elles sont dites Gram-.
Ceci montre donc qu'il existe des différences structurelles et/ou
chimiques entre ces deux types
de bactéries.
Pour pouvoir bien observer les bactéries décolorées, on utilise un
deuxième colorant, la
fuchsine de couleur rosâtre. Les bactéries à Gram+ gardent leur
coloration violette alors que
les Gram- prennent une nouvelle coloration celle de la fuchsine et
apparaissent ainsi de couleur
rose (figure 2).
Fig. 3 : Observation microscopique d’un mélange de bactéries à
Gram+ (violettes) et à
Gram - (roses).
Protoplastes et sphéroplastes
- Des bactéries à Gram positif colorées en violet et traitées par
le lysozyme qui attaque le
peptidoglycane de la paroi; ceci a pour résultat l'obtention de
formes cellulaires dépourvues de
paroi, appelées protoplastes. Pour éviter que les protoplastes
éclatent, il faut travailler dans
un milieu légèrement hypertonique (addition de saccharose).
- Les bactéries à Gram négatif, traitées par le lysozyme,
produisent des formes cellulaires qui
gardent une partie de leur paroi; elles sont appelées
sphéroplastes.
Les protoplastes gardent leur coloration violette ce qui montre que
la coloration a lieu au niveau
du cytoplasme. Quand on traite ces protoplastes par l'alcool, ils
se décolorent; ceci prouve que
c'est la paroi qui empêche les bactéries à Gram positif de se
décolorer. La paroi des Gram
négatives, par contre, est perméable à l'alcool.
Ces expériences montrent clairement que la différence de
comportement des bactéries vis à vis
de la coloration de Gram est due à des différences entre la paroi
Gram+ et la paroi Gram-.
Fig.4 : Structure de protoplaste (a) et de sphéroplastes (b).
Le microscope électronique et le développement des techniques
d'analyse biochimiques ont
permis de bien élucider les différences structurales et de
composition chimique existant entre
la paroi G+ et la paroi G-. (Tab. 1).
La paroi des bactéries Gram- est riche en lipides (tableau 1), ce
qui la rend perméable à
L’alcool qui décolore le cytoplasme, alors que la paroi des Gram+
est imperméable à l’alcool
et le cytoplasme reste coloré en violet.
Tab1 : Comparaison entre parois des bactéries à Gram positif et à
Gram négatifs.
Structure de la paroi
L'un des constituants essentiels qui caractérisent les parois
bactériennes est le peptidoglycane
ou la muréine (mucopeptide). Il s'agit d'un hétéropolymère complexe
formé de 3 éléments
différents :
1. une structure composée d'une alternance de molécules de N-acétyl
glucosamine et d'acide N-
acétyl muramique.
2. des chaînes latérales peptidiques, composées de 4 acides aminés
et attachées à l'acide N-
acétyl muramique ;
3. un ensemble de ponts inter-peptidiques.
Dans le monde bactérien, on rencontre essentiellement deux types de
paroi :
1- Paroi épaisse et dense:
Elle est constituée essentiellement de muréine, pouvant représenter
jusqu'à 90 % des
constituants de la paroi bactérienne, à laquelle sont associés des
acides téichoïques. Cette
structure caractérise la paroi des bactéries à Gram+ (figure
7).
Fig. 5 : Composition de la paroi des bactéries à Gram
positif.
Fig. 6 : Paroi des bactéries à Gram positif vue au microscope
électronique.
2. Paroi fine et lâche :
Elle caractérise les bactéries à Gram négatif. Elle a une structure
relativement complexe
constituée d'une fine couche de mucopeptide à structure lâche (5 à
20 % des constituants de la
paroi bactérienne) recouverte à l'extérieur d'une membrane
externe.
Cette paroi est séparée de la membrane cytoplasmique par un espace
dit espace périplasmique.
La membrane externe est constituée de lipides (phospholipides et
lipopolysaccharides)
organisés en deux couches hydrophiles séparées par une couche
hydrophobe.
Dans l'épaisseur de cette membrane sont associées des protéines,
qui peuvent être des protéines
de structure ou des porines qui permettent le passage de petites
molécules telles que les
antibiotiques.
Les lipopolysaccharides les plus externes portent les antigènes O
des bactéries et constituent
l'endotoxine des bactéries.
Fig. 7 : Composition de la paroi des bactéries à Gram
négatif.
Fig. 8 : Paroi des bactéries à Gram négatif vue au microscope
électronique.
2. Membrane plasmique
Composition chimique et structure moléculaire
Deux techniques sont largement utilisées pour l’étude des membranes
plasmiques, l’expérience
de plasmolyse en milieu hypertonique et l’observation en microscope
électronique. La
membrane plasmique des bactéries est une structure flexible et
dynamique. Elle est organisée
en bicouche asymétrique, avec un côté polaire hydrophile et un
autre non polaire hydrophobe
ce qui lui confère un caractère amphipatique.
La membrane plasmique possède le même type de structure que celle
d’une cellule eucaryote
(bicouche phospholipidique) mais avec moins de glucides et
dépourvue de stérols, comme le
cholestérol, à l’exception des Mycoplasmes.
Fig. 9: Modèle de la mosaïque fluide de la structure de la membrane
plasmique d’une cellule
bactérienne.
hopanoïdes, qui ont un rôle de stabilisation des membranes.
De plus, la membrane plasmique est composée de plus de protéines
(60 à 70%) que de lipides
(30 à 40 %). Ces protéines remplissent un rôle fonctionnel
(enzymatique) et structural.
- Les protéines extrinsèques ou périphériques (20-30%), facilement
extraites des
membranes, sont solubles dans l’eau.
- Les protéines intrinsèques ou intégrales (70-80%) sont
amphipatiques, les régions
hydrophobes sont enfouies dans la couche lipidique.
Les protéines peuvent se déplacer latéralement et se terminent
souvent à leurs surfaces externes
de la membrane plasmique par des glucides.
Fonction de la membrane plasmique :
La membrane plasmique assure plusieurs rôles dans la cellule
bactérienne :
- Maintien le cytoplasme et le sépare du milieu extérieur.
- Sert de barrière perméable sélective (barrière semi-perméable)
permettant le passage de
molécules lipophiles et empêche le passage des molécules
hydrophiles.
- Possède des systèmes de transport de beaucoup d’éléments
incapables de traverser seuls
la membrane (nutrition, rejet de déchets, sécrétion). On distingue
2 grands types de
transport :
Le transport passif : se fait dans le sens du gradient de
concentration sans exigence d’énergie.
Le transport actif : se fait en sens inverse du gradient de
concentration des molécules, ce qui
nécessite l’utilisation d’énergie généralement fournie sous forme
d’ATP.
- Site de beaucoup de processus métaboliques (respiration,
photosynthèse, synthèse
lipidique et constituants de la paroi…)
- La membrane plasmique possède des protéines membranaires ayant
pour rôles :
Enzymes responsables de la biosynthèse et de l’excrétion dans
l’espace périplasmique de
molécules nécessaires à la synthèse de la paroi
Enzymes de la chaîne respiratoire permettant la synthèse
d’ATP
Transporteurs de diverses molécules (ions, sucres, …) dans les deux
sens de part et d’autre de
la membrane plasmique.
- Site de fixation des flagelles.
- De plus, la membrane joue un rôle important dans la détection de
composés présents dans
le milieu environnant grâce à la présence de protéines
transmembranaires du
chimiotactisme. Ceci permet aux bactéries dotées de flagelles de «
nager » vers les
endroits qui leur sont les plus favorables, les plus riches en
nutriments par exemple et de
s’éloigner des endroits défavorables comme ceux qui contiennent des
substances
toxiques. Ces protéines interviennent dans le sens de rotation des
flagelles.
3. Cytoplasme :
Le cytoplasme des bactéries est plus simple que celui des cellules
eucaryotes. Il est constitué
de :
- Granulations de réserve (Glycogène, polyphosphate,
β-hydroxybutirate…)
- ARN solubles (ARN messager et ARN de transfert) et surtout en ARN
ribosomal
(Ribosomes).
L'ensemble des constituants cytoplasmiques est placé dans un gel
colloïdal, qui contient 80 %
d'eau et des substances organiques et minérales, à une pression
interne variable (5 à 20
atmosphères).
4. Ribosomes :
A un nombre voisin de 15000 unités par bactérie (18000 chez
Escherichia coli), les ribosomes
représentent 90 % de l'ensemble de l'ARN. Se sont de petite
granulation sphérique de 10 à 30
nm de diamètre, leur constante de sédimentation est 70S pour une
masse moléculaire de 3×106
Daltons. Les ribosomes sont constitués de protéines (37%) et d'ARN
ribosomales (63%). La
sous-unité 30S contient de l'ARNr 16S; la sous-unité 50S est
constituée d'ARNr 23S et d'ARNr
5S. La ligature entre les deux sous-unités des ribosomes est
assurée par des liaisons ARN-
protéine et protéine-protéine.
Les ribosomes sont le siège de la synthèse des protéines suite à la
traduction de l’ARNm et
l’union des acides aminés les uns aux autres.
Les ribosomes restent associer entre eux par l’ARNm et forme des
structures en chapelet
appelées polysomes.
5. Appareil nucléaire (ADN) :
L’ADN bactérien est le support de l’information génétique, c’est le
vecteur des caractères
héréditaires de la bactérie.
La constitution chimique de l’appareil nucléaire des procaryotes
est semblable à celles des
eucaryotes. Il est constitué d’unités de nucléotides, chacune est
composée de :
-Un groupement phosphoré (Phosphate diester en position 3’ et
5’).
-Un désoxyribose
-Une base purique (Adénine et Guanine) ou pyrimidique (Cytosine et
Thymine).
Le coefficient de Chargaff, exprimé en CG%, est le rapport (C+G) /
(A+T). Il varie d’une
espèce à l’autre mais reste constant chez la même espèce.
Exemple : CG% = 50% chez E. coli
Le chromosome bactérien se caractérise par :
- Existence d’un seul chromosome par appareil nucléaire,
- Absence de l’enveloppe nucléaire,
- Forme circulaire qui n’a ni début ni fin, c’est un filament d’une
double chaine d’ADN
unique, continu et circulaire.
Chez E. coli, l’AND circulaire mesure environ 1360 µm avec une
masse molaire de 3 x 109
daltons et 5 x 106 paires de bases.
6. Flagelles
Les flagelles, encore appelés cils, sont des structures
bactériennes facultatives. Ce sont des
organes filamenteux, permettant la locomotion des bactéries. Chez
les entérobactéries ils
permettent une vitesse de déplacement de 10 à 20 micromètres par
seconde; à l'échelle humaine,
cette vitesse correspondrait à environ une soixantaine de km /
h.
Ils sont longs d'une dizaine de μm et ont un diamètre qui varie
entre 12 à 30 nanomètres. Ils
sont composés de protéines (flagellines), d'un PM de 15 à 70 kDal.
Leur nombre varie de 1 à
30 selon les espèces bactériennes. Ils sont souvent rencontrés chez
les bacilles et rarement chez
les coques. Ils jouent un rôle important dans la spécificité
antigénique des bactéries (antigènes
H). Vu leur faible épaisseur, pour pouvoir les observer au
microscope photonique, on fait appel
à des techniques de coloration spéciales qui permettent
l'épaississement des flagelles.
Les flagelles sont attachés dans le cytoplasme bactérien par une
structure complexe. Ils sont
constitués de trois parties: un filament hélicoïdal, un crochet
(hook) et un corpuscule basal avec
deux ou quatre disques.
Selon la disposition des flagelles, on distingue les bactéries
monotriches (un seul flagelle
polaire), amphitriche (un flagelle à chaque pôle), lophotriches
(une touffe de flagelles polaires)
ou péritriches (flagelles répartis sur toute la surface de la
bactérie). Les spirochètes possèdent
un flagelle interne appelé filament axial.
Fig. 10 : Différents systèmes ciliaires bactériens.
7. Les Pili
Il s'agit d'appendices de surface plus fins que les flagelles que
l'on trouve fréquemment chez les
bactéries à Gram négatif et rarement chez les bactéries à Gram
positif. On en distingue deux
types :
- Les pili communs (ou fimbriae):
Courts et cassants, très nombreux (parfois quelques centaines par
bactérie), de 2 à 3 μm de long,
disposés régulièrement à la surface de la bactérie (figure 13). Ils
jouent un rôle dans
l'agglutination des bactéries et leur attachement aux muqueuses par
exemple.
Fig.11 : Pili communs chez Escherichia coli.
- Les pili sexuels :
Plus longs que les pili communs (jusqu'à 20 μm) mais en nombre plus
restreint (1 à 4). Ils sont
codés par des gènes plasmidiques (le prototype = facteur F). Ils
existent uniquement chez les
bactéries mâles (donatrices). Ils jouent un rôle essentiel dans
l'attachement des bactéries entre
elles au cours de la conjugaison. Ils peuvent aussi servir de
support de fixation pour certains
bactériophages.
8. Capsule
pneumoniae, Klebsiella pneumoniae) . Il s'agit de la formation la
plus superficielle. Sa mise en
évidence s'effectue par coloration négative (encre de Chine); la
capsule apparaît alors en clair
sur fond noir. On peut aussi l'observer par la coloration de
Gram.
La capsule est généralement de nature polysaccharidique et rarement
polypeptidique. Les
bactéries capsulées, après développement sur milieu gélosé, donnent
des colonies lisses
(appelées "S" pour "Smooth") ou muqueuses, alors que les bactéries
non capsulées donnent des
colonies rugueuses (dites "R" pour "Rough"); il s'agit dans ce
dernier cas de bactéries ayant
perdu la capacité de synthèse de la capsule suite à une
mutation.
La capsule joue un rôle important non seulement dans l'attachement
des bactéries mais aussi
dans leur virulence en les protégeant contre la phagocytose. Les
cellules non capsulées sont
avirulentes.
La capsule est antigénique, les antigènes capsulaires sont dénommés
antigène K. Leur étude
permet la distinction de plusieurs sérotypes au sein de la même
espèce bactérienne.
Fig.13 : Streptocoques avec capsule (coloration à l'encre de
Chine)
9. Endospores
Les bactéries appartenant à certains genres, notamment les genres
Bacillus et Clostridium,
placées dans des conditions défavorables de survie, (lorsque leur
milieu s'épuise, par exemple),
forment des endospores ; on parle alors de sporulation.
La spore est donc une forme de résistance aux conditions
défavorables de vie, avec conservation
de toutes les aptitudes génétiquement déterminées. Durant la
sporulation, la cellule végétative
subit une déshydratation progressive du cytoplasme, par
l'apparition de certaines composés
(dipicolinate de calcium), une densification des structures
nucléaires et enfin la synthèse d'une
paroi sporale épaisse, imperméable, et donc hautement résistante.
Elle est douée d'une
résistance à la chaleur, à la dessiccation et aux radiations et est
imperméable à plusieurs agents
chimiques.
Replacée dans des conditions favorables, la spore germe et redonne
une cellule végétative
identique à celle qui lui a donné naissance.
La spore contient, sous forme condensée, le génome et une partie du
cytoplasme déshydraté
autour d'une enveloppe très résistante. La spore intracellulaire
est libérée dans le milieu
extérieur et y survit des années. Elle peut résister pendant
longtemps voire des milliers d'années
(certaines espèces de Bacillus).
Fig.14 : Mise en évidence de la spore.
Le processus de sporulation débute à la fin de la phase de
croissance exponentielle et il se
déroule en plusieurs étapes:
- stade I : dit du filament axial caractérisé par la présence d’un
matériel nucléaire qui s’étend
sur toute la longueur de la cellule et qui correspond à 2
génomes.
- stade II, les deux génomes se séparent et en même temps la
membrane cytoplasmique
s’invagine près d’un pôle de la cellule pour former un septum de
sporulation qui partage la
cellule en deux parties inégales.
- stade III : le septum de sporulation va envelopper le cytoplasme
de la plus petite partie pour
former une préspore.
- stade IV : la paroi sporale se forme entre les deux membranes
limitant la pré spore, puis
apparaît le cortex.
- stades V et VI : les tuniques sont élaborées et, après
maturation, la cellule mère se lyse et
libère la spore mature.
La forme et la situation de la spore dans la cellule sont
caractéristiques de l'espèce. Elle permet
l'orientation de l'identification des bactéries sporulantes. Elle
peut être sphérique ou ovale,
centrale, terminale ou subterminale, déformante (diamètre >
diamètre de la bactérie) ou non
déformante (figure 19). Sauf exception (Clostridium disporicum), on
ne trouve qu'une seule
spore par cellule.
Les spores peuvent être la cause de certaines contaminations
d'origine tellurique (tétanos par
exemple) ou de toxi-infections (botulisme).
Fig.15: Représentation schématique de la sporulation.