•Dans une cellule eucaryote:•La queue poly A est ajoutée après la transcription•Les ARN ribosomaux et les ARNm sont synthétisés par la même ARN polymérase.•La coiffe est le 7-méthyl cytosine•On peut produire deux ARNm à partir d’un seul transcrit primaire

•Pour transformer des bactéries:•Prendre les bactéries dans la phase exponentielle •Mettre les bactéries dans un tampon qui contient NaCl•Ajouter X-gal•Faire un choc thermique à 42°C

•Une sonde d’ADN est :•Très souvent radioactive, marquée avec l’isotope 35 S•Très souvent radioactive, marquée avec l’isotope 32 P•Utilisée pendant le criblage des banques d’ADN•Peut être synthétisée en utilisant l’enzyme Klenow

•Pendant la traduction d’un ARNm :•L’ARN est lu par le ribosome dans le sens 5’-3’•Le codon AUG code pour le premier acide aminé•Le codon AUG code pour l’acide aminé à l’extrémité C-terminal de la protéine•Les codons ‘Stop’ sont UAA, UGA et UAG

•Pendant le criblage d’une banque d’ADN :•On traite les membranes avec de la soude pour dénaturer l’ADN•On fait toujours l’hybridation à 65°C•La sonde n’a pas besoin d’être dénaturée•La sonde est toujours un oligonucléotide de 6 à 9 nucléotides

•La molécule d’ARN de transfert :•Est transcrit dans le cytoplasme chez les eucaryotes•Porte un anticodon•Fixe un acide aminé•Reconnaît un anticodon sur l’ARN messager

•Les enzymes de restriction sont :•Des exonucléases•Des endonucléases•Synthétisées par des bactéries•Utilisées normalement à 4°C

•Pendant la réplication de l’ADN :•Les chaînes d’ADN sont synthétisées à partir d’une amorce d’ARN•Les fragments d’Okazaki se produisent sur le brin précoce•Les erreurs sont éliminées par une activité 5’-3’ exonucléase•Les deux brins d’ADN restent séparés grâce aux hélicases

•En ce qui concerne l’information génétique dans le noyau d’une cellule humaine :•La majorité de l’ADN code des protéines•Les gènes qui codent des protéines ont tous la même taille•Les télomères se situent au centre des chromosomes•Le nombre de nucléotides est à peu près mille fois plus important que dans une bactérie

•Lesquels des constats suivants sont vrais :•La nucléase S1 digère l’ADN•La Klenow a une activité 5’-3’exonucléase•La transcriptase inverse peut copier l’ADN en ARN•Le clonage avec des extrémités franches permet d’orienter l’insert

•La PCR (Polymerase Chain Reaction) :•La synthèse de l’ADN est toujours dans le sens 5’-3’•On peut se servir pour ajouter des sites de restriction•On dénature l’ADN à 72°C•On utilise des amorces d’ARN

•Dans une banque d’ADNc eucaryote:•On ne trouve que les séquences qui codent des acides aminés•On ne trouve pas la séquence des promoteurs•On trouve toujours la séquence Poly dA à une extrémité •La taille de la banque est le nombre de colonies recombinantes indépendantes produites après la transformation des bactéries par le produit de la ligation

•La transcription chez les eucaryotes : 1.Est toujours faite par l’ARN polymérase II2.Est inhibée par l’ampicilline3.Est réalisée par une ARN polymérase ADN dépendante4.Correspond à l’élongation d’une chaîne d’ARN dans le sens 3’-5’

•Pour faire une réaction PCR il faut :1.Deux amorces complémentaires2.Purifier le fragment d’ADN qu’on veut amplifier3.Une ADN polymérase qui est stable à 95°C4.Une ligase

1.La transcriptase inverse est capable de :1.Synthétiser de l’ARN à partir de l’ADN2.Synthétiser de l’ADN à partir de l’ARN3.Synthétiser l’ADN sans besoin d’une amorce4.Faire la duplication de l’ADN monocaténaire (= simple brin)

•Au cours d’un Southern blot :•il faut réaliser une digestion partielle de l’ADN génomique avec une enzyme de restriction•il faut transférer les fragments d’ADN génomique sur une membrane pour les rendre accessibles à la sonde•il faut transférer les fragments d’ADN génomiques sur une membrane par capillarité•on peut utiliser de l’ADN de sperme de saumon afin d’augmenter la stringence pendant l’hybridation

•Lors de la transgénèse végétale :•l’ADN de transfert s’intègre toujours au même endroit dans le génome végétale•on réalise une co-culture de cellules végétales et d’agrobactéries•Il faut ajouter des hormones ( auxines, cytokinines)•on utilise un virus pour infecter les plantes

•On sait que le gène Sry décide le sexe d’une souris parce que :•les souris XY et transgènique pour le gène Sry sont des mâles•les souris XX et transgènique pour le gène Sry sont des mâles•les souris XY dépourvues du gène Sry sont des mâles •les souris XY dépourvues du gène Sry sont des femelles

•La technique des puces à ADN nous permet de :•étudier l’expression des gènes dans un cas précis •comparer deux lots d’ARNm marqués•séquencer plusieurs gènes•identifier des gènes en relation avec certaines maladies génétiques

•Si je veux comparer un même tissu dans des conditions différentes. Je choisirais préférentiellement d’analyser :•Le génome•Le transcriptome•Le protéome•Les régions non-codantes du génome

•lors de la régénération de plantules à partir de cals :•un excès d’auxines par rapport aux cytokinines entraine la formation de racines •un excès d’auxines par rapport aux cytokinines entraine la formation de bourgeons•une concentration équivalente de cytokinines et d’auxines entraine la formation de cals •un excès de cytokinines par rapport aux auxines entraine la formation de bourgeons

•Au cours de la réalisation d’une expérience de Western blot, on devra :•faire migrer des protéines sur un gel d’agarose en présence de SDS qui est un détergent•réaliser un transfert (ou « blotting ») en respectant l’ordre suivant : électrode positive, papier imbibé d’électrolyte, gel contenant les protéines, membrane de nitrocellulose, papier imbibé d’électrolyte, électrode négative•saturer la membrane de nitrocellulose avec du lait ou de la « BSA » •utiliser un anticorps primaire spécifique de la protéine que l’on souhaite détecter

•Pour produire des souris transgéniques :•il faut injecter le transgène avant la première division cellulaire•la sélection avec G418 est essentielle•il faut des mâles vasectomisés•il faut utiliser les deux hormones LH et FSH pour rendre des femelles pseudo-gestante

•Je veux hybrider des ADNc marqués radioactivement sur une puce à ADN :•Je contrôle la température et la concentration en sels•Plus je serais dans des conditions de forte stringence moins l’hybridation sera spécifique•Plus ma concentration en sels est basse plus j’augmente la stringence•J’ai deux conditions différentes à analyser, je peux mélanger ces ADNc

•Dans le système de transgénèse végétale, le vecteur binaire est un plasmide :•dépourvu de l’ADN de transfert•qui ne porte pas de gènes de synthèse d’auxine et de cytokinine.•de taille d’environ 10 à 12 kb•qui porte la région de virulence

•Un anticorps secondaire utilisé en Western blot :•reconnait l’anticorps primaire et s’y fixe•reconnait la protéine que l’on souhaite détecter et s’y fixe •reconnait une enzyme appelée HRP et s’y fixe•permet de saturer la membrane afin que l’anticorps primaire ne s’y fixe pas

•En ce qui concerne la production d’une souris knock-out il faut :•injecter un gène dans le pro-noyau mâle•les souris mâles vasectomisées•cibler les deux allèles du gène dans les cellules ES (cellules souche)•sélectionner avec G418 les cellules où le gène à été ciblé

•Les plasmides Ti des agrobactéries :•contiennent des gènes d’origine de réplication eucaryotes •contiennent une région vir portant l’ADN de transfert•Ont été développés dans une laboratoire•possèdent des gènes impliqués dans la synthèse des hormones végétales

•Quand on utilise le système cre-lox :•il faut mettre les sites lox dans un exon•la souris qui exprime le cre est une souris transgènique•le cre est une enzyme de restriction•Avec un cre sous le contrôle d’un promoteur inductible on peut décider à quel moment on efface un gène

•En utilisant les puces à ADN, il est possible :•d’analyser des mutations au niveau de l’ADN•d’identifier des microorganismes présents dans l’eau•d’étudier les protéines•de diagnostiquer des maladies infectieuses

Biologie en AnglaisBiologie en Anglais est un UEL pour les étudiants en biologie de la première année. Les intervenants font des présentations en anglais sur leur recherche et les discussions suivent les présentations. L’idée est de sensibiliser des étudiants sur l’importance d’anglais dans le monde scientifique et il est aussi une vitrine pour les laboratoires sur le campus.Exam : Chaque étudiant fera une présentation orale de 20 minutes en anglais. Une partie de la note se base aussi sur la présence aux cours.UEL de 3 créditsResponsable : Pr Keith Dudley

UEL pour les Biologistes S2

UEL « d’un livre de cours à la recherche » S2 Biologie : 24 étudiants

Cette UE propose de faire un lien entre un livre de cours de biologie : le livre « Molecular biology of the cell », et des sujets de recherche actuellement développés dans les laboratoires du campus. Les étudiants organisés en petits groupes auront à choisir parmi différents sujets de recherche proposés par les enseignants chercheurs impliqués dans cette option. Le groupe d’étudiants devra rechercher des informations permettant d’exposer à l’ensemble des étudiants inscrits dans l’UE, des notions, des principes et les grands axes de recherche liés à cette thématique. L’acquisition de notions de base se fera par la lecture de chapitre du livre en anglais « Molecular biology of the cell » permettant d’apprendre, ou de se familiariser, avec la terminologie scientifique en anglais (langue couramment employée dans les laboratoires de biologie). Le travail de recherche sera encadré par les enseignants au cours de réunions hebdomadaires. Le travail de recherche sera exposé devant l’ensemble des étudiants. La note finale sera composée de trois partie : une note sur le travail de recherche effectué ; une sur la présentation ; une sur des réponses apportées à un questionnaire. Yannick Azou

UEL S2 Biologie La Génétique Léo Kurz Objectif :Donner aux étudiants une vue générale des problèmes relatifs à la transmission des caractères héréditaires tel que décrit par Mendel et Morgan, mais aussi maîtriser le vocabulaire, les définitions et la nomenclature utilisés en Génétique « classique ». Comprendre l'importance et les enjeux de la génétique dans la biologie moderne. Principalement basée sur des raisonnements logiques, cette discipline particulièrement formatrice est toujours d'actualité parallèlement à l'essor prodigieux pris de nos jours par la génétique moléculaire et le séquençage systématique. L'enseignement se fera à partir de cours introductifs suivis d'exercices commentés et expliqués en relation avec les différents sujets traités.Effectif :Pas de limite. Evaluation :Examen final. Pas de TP. Support :Livret en dépôt à la reprographie.