De E-Biomed à PubMed Central, Biomed Central, High Wire Press, …

1998, 1999, 2000,…

Initiatives publiques et privées,conséquences des nouveaux modes

de diffusion des connaissanceset de collaboration

ContexteLa publication électronique est un nouveau mode

de fonctionnementet non le transfert sur support électronique

du support papier

• Les résultats de recherche sont souvent contenusdans des données quantitatives, des graphes, des images, des données brutes et des produits biologiques qu’il faut enregistrer, mainteniret rendre accessibles• Le concept de publication doit évoluer, pour prendreen compte les nouvelles technologies et les “nouvelles” collaborations, ce qui nécessite reproductibilité, évaluation, liens dynamiques entre banques de données,…

En conséquence

Quelques grandes évidences du modede diffusion électronique des connaissancesscientifiques du secteur biomédical

• Le “manuscrit” soumis doit contenir toute l’informationet les liens avec les références, les réseaux et bases de donnéesconnexes • Il faut un format “unique”, tel celui mis en place pour les banquesde séquences, structures,…(SGML, XML,…) sous-jacent à la sélection et la visualisation de pages html

•Ce format unique devra s’imposer, pour permettre la mise en placed’archives vivantes et d’outils de recherche, non plus de documents,mais de sections de poids variable d’informations “pertinentes”

• Les publications électroniques sont très étroitement liées au développement des bases de données (en médecine, santé, biologiemoléculaire et cellulaire, microbiologie,…) à harmoniser, préserver et rendre accessibles

• Des résultats de recherche proviennent de l’apprentissageet de l’utilisation de techniques (ex: Maniatis, SAGE) qui font partiedes connaissances

• Les commentaires, revues et opinions sont liés aux publicationsélectroniques

En En conclusionconclusion

• L’accès et le traitement informatique

font partie intégrante de la recherche

biomédicale (projets et financements)

• Les structures finançant la recherche doivent participer activement

à la coordination internationale

De E-Biomed à PubMed Central

(mars 2000)

• Début 1999, les NIH et le NCBI-NLM lancent l’idée de mise en place d’un système de publication électroniquedans le domaine biomédical et les disciplines connexes

• Annonce publique, le 24 mai 1999, sur Internetpar H. VarmusHttp://www.nih.gov/welcome/director/ebiomed/ebiomed.htmLe système proposé correspond à la mise à dispositionde rapports de recherche complets, libres d’accès sans souscription, sans coût pour les utilisateurs

• Sont concernés les manuscrits “peer reviewed”.• Les manuscrits non évalués seront gérés indépendamment

Leurs quelques objectifs explicitesou implicites

• Le coût des publications ou de l’accès aux données de la recherche doit diminuer ou être maintenu au niveau actuel, tenant comptede l’augmentation très importante du volume de donnéesproduites dans le domaine biomédical

• Les délais de sélections et de diffusion des résultats publiés actuellement doivent être diminués, en tenant compte des moyens de traitement électronique

• Une bonne visibilité doit être assurée à tout articlepar l’utilisation de moteurs de recherche et d’une structure unique

•Une mise à disposition immédiate et un archivage accessible doivent être garantis

• Permettre des échanges et des collaborations autourdes informations accessibles, qui deviennent des sujets vivants

• Assurer les liens avec les différentes natures de données et les bases de données

• Organiser et préserver l’évaluation scientifiqueet la politique scientifique des organismes finançantla recherche

• Préserver la propriété intellectuelle des auteurset des structures finançant la recherche

• Les NIH paient plus de 100 M$ par an pour les abonnements

• Le coût total des publications électroniques serait de 2 à 3 M$,ce qui reviendrait à un coût estimé par article de 200-1000 $ y compris la prise en charge de l’évaluation

• La nouvelle structure serait gérée par un conseil comprenant 4 Américains 1 pour l’Afrique4 Européens 1pour l’Amérique du Sud 2 pour l’Asie

3 représentants des sociétés savantes3 représentants des groupes commerciaux3 représentant du secteur public et de juristes2 représentants des bibliothèques

Les plus vives discussions on porté sur :

• la qualité scientifique des documents diffusés

• la diffusion d’informations cliniques

• la faillite du système d’édition actuel et des sociétés savantes.

• l’identité des journaux et le besoin d’une “hiérachie” • la création d’une nouvelle structure ou l’évolutionde l’existant

La NLM et les NIH ont décidé de développer le projet “PubMed Central”

• Ce serveur permettra l’accès complètement libreaux publications dans le domaine des sciences de la vieLes soumissions se feraient sur BioMed Central ou par les revues existantes

• Il ne contiendra que des données primairesissues de la recherche après “peer reviewing”

•Un site associé “PubMed Express” contiendrales manuscrits “non peer reviewed but screened”L’intérêt d’un tel site n’est pas vraiment confirmé - sa mise en placeest donc “différée”

Le site est actuellement en développement pour la définition et la mise en place

d’un format général uniqueet d’outils d’interrogation

•Le budgetbudget de PubMed Central : 2,5 M$ en 2000reconduits en 2001Pour plus de la moitié consacré aux salaires,le reste aux équipement et logiciels

•Les manuscrits en SGML ou XML sont acceptés selon un format unique (ceci est modulable)Ces documents sont gérés par une base de donnéesrelationnelle et convertis en HTML en temps réel

BioMed Central

Une structure commerciale de publication électronique, assurant l’évaluation de résultats

de recherche primaires dans le domainedes sciences de la vie

http://www.biomedcentral.com

BioMed Central (BMC) est une nouvelle sociétécommerciale, filiale du Current Science Group

ayant pour objectif d’être complémentairede PubMed Central

BMC accepte les soumissions de manucrits originauxen biologie et médecine, même déjà accessibles

sous forme de preprintLes articles sont “peer reviewed” par des experts

des cinquante domaines identifiés

Le financement de BMC se ferait par la valeur ajoutée (offres de prestations, de logiciels, de services)

HighWire PressUne structure (Stanford) contractuelle

fournissant l’accès aux journauxsur plusieurs années (DL):

références bibliographiques et archives en texte complet par interrogation en langage naturel

A suivre...