Enquête sur les causes du dépérissement des fraisiers au ...€¦ · R Hogue, Conférence diffusée février 2015 ... tableau du bas présente les résultats des zones de plants

Enquête sur les causes dudépérissement des fraisiers au Québec

Richard Hogue, Ph.D. biologisteLaboratoire d’écologie microbienne

IRDA

Conférence diffusée février 2015

Projet de recherche

Projet de recherche Innov’Action IA113103Identification des causes du dépérissement des fraisiers pourélaborer des stratégies de lutte intégrée.

Requérant: Richard Hogue Ph.D. IRDA période 2014-2016

Le projet est réalisé grâce à une aide financière du Programmelnnov’Action agroalimentaire, un programme issu de l’accord Cultivonsl’avenir 2 conclu entre le Ministre de l’Agriculture, des Pêcheries etde l’Alimentation, et Agriculture et Agroalimentaire Canada.

R Hogue, Conférence diffusée février 2015 ©

Collaborateurs MAPAQ Liette Lambert, Stéphanie Tellier et tous les agronomes et

conseillers(ères) en horticulture fruitière du comitédépérissement des fraisières.

Gérard Gilbert et François Bélanger du Laboratoire dediagnostic en phytoprotection.

Producteurs et conseillers(ères) des clubs-conseils IRDA Nathalie Daigle, Véronique Gagné du LAB Thomas Jeanne, Vanessa Villeneuve du LEM

USDA Horticultural Crops Research Laboratory Robert «Bob» Martin (Corvallis, Oregon)


Dépérissement du fraisier

Les principaux symptômes du dépérissement Décoloration, chlorose , rougissement des feuilles. Réduction du développement des feuilles, des racines

et des stolons, nécrose des racines. Réduction du rendement, mortalité précoce du plant.


Les agents pathogènes mis en cause Complexe de champignons de pourriture racinaire Infection des plants par 2 virus ou plus

Dépérissement du fraisier : Virus

Photo Liette Lambert


Phytophthora cactorumCœur rouge du rhizome……

Photo Liette LambertR Hogue, Conférence diffusée février 2015 ©

Dépérissement du fraisier : Champignons

Photo Liette LambertR Hogue, Conférence diffusée février 2015 ©

Dépérissement du fraisier : Champignons

Commentaire associé à la diapositive précédente:

Lors de l’examen des plants en dépérissement, l’on ne peutpas toujours facilement différencier l’agent pathogène qui estla cause inititiale du dépérissement, de celui ou ceux quiprofitent du changement de l’état physiologique des plantsinfectés pour déjouer les barrières de défense naturelle dufraisier et accélérer ou non le déclin des plants.

Contexte et objectifs• 2003-2012: Épisodes graves de dépérissements• 2013-2014: Enquête au Québec volet: virus

Objectifs généraux du projet Préciser les causes du dépérissement; Dresser un inventaire des pratiques culturales adoptées

par les producteurs de plants et de fruits au Québec; Identifier des facteurs prépondérant au dépérissement Offrir des services diagnostiques qui aideront les

producteurs à identifier rapidement les causes réelles dudépérissement.


Formulaire d’enquête

Formulaire d’enquête pour chaque champ ciblé Pré-sélection de 2 champs par producteur Source des plants et type de plants Recouvrement des entre-rangs et texture du sol Intensité du dépérissement des plants

échantillonnés Nombre de foyers et intensité du dépérissement

au champ Diagnostic préalable Type de cultures adjacentes


Objectifs spécifiques du projet Objectifs spécifiques du projet Combien de virus par plant et lesquels Comparer nombre de virus des zones plants sains

versus des zones de plants dépéris Comparer le type et la fréquence des combinaisons

de virus Comparer pour les zones de plants sains VS dépéris: Le nombre d’espèces de champignons des racines par plant Le nombre d’espèces de nématodes dans le sol par plant La fréquence des phytoplasmes dans les feuilles par plant


Zone de plants dépéris Zone apparence plants sains

Échantillons issus de deux zones

Zone of seamingly healthy plantsZone of declining plants zone


Plant d’apparence sain SMoVPlant dépéris SMoV-SMYEV-SVBV





Plant dépéris rougeâtre

Plants d’apparence saine





Dépérissement du fraisier




Echantillonnage - Analyses

Échantillonnage 30 fraisières – 13 régions Zone de plants d’apparence saine et

Zone de plants avec symptômes de dépérissement 3 plants entiers avec le sol des racines/zone 3 feuilles/plant de 5 plants adjacents/zone


Analyse de 3 plants/zone

Analyses de détection d’agents pathogènes 6 virus: SMoV, SMYEV, SVBV, SCrV, SPaV et BPYV Champignons pourriture racinaire et du collet Nématodes Phytoplasmes


Analyse de 3 plants/zone


Commentaire associé à la diapositive précédente:

Les 3 plants entiers échantillonnés par zone ont été soumis à des analyses dedétection;- de 6 virus à l’aide de la technique RT-PCR; Strawberry mottle virus (SMoV),Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry vein banding virus (SVBV),Strawberry Crinkle Virus (SCrV), Strawberry pallidosis-associated virus (SPaV) etBeet pseudo yellow virus (BPYV),- des champignons pathogènes isolés des racines ou du collet des plants par des

examens sur géloses sélectives,- des champignons pathogènes et bénéfiques isolés du sol et identifié et quantifié à

l’aide de méthodes moléculaires,- des nématodes pathogènes et non-pathogènes isolés du sol par la technique de

filtration et dénombré au microsocope,- Des phytoplasmes isolés des nervures et détectés par PCR.

Champignons pathogènes

Une vingtaine de champignons infectent les fraisiers Des Phytophthora, Verticillium et Pythium causent des

pourritures du collet Des Cylindrocarpon, Rhizoctonia, Fusarium et Pythium

forment un complexe qui cause des pourritures de racines

Difficile de différencier les infections primaires etsecondaires.

Doit comparer le patron de dispersion des plants endépérissement au patron de dispersion au champ deschampignons pathogènes et au patron de dispersion auchamp des virus.


Virus des fraisiers

Plus d’une trentaine de virus infectent les fraisiers Enquêtes en Amérique du Nord: 12 virus dont 6 sont dominants 7 virus transmis par les pucerons, dont le puceron du fraisier,

les 4 virus SMoV, SMYEV, SVBV, SCV sont détectés souvent . Transmission circulante SMYEV (2-5 jours) et SCV (10-25 jours) Transmission non persistante SMoV (2-10 minutes) et SVBV (1-

10 heures) 2 virus transmis par les aleurodes: SPaV et BPYV

Infection d’un virus : ± symptômes sans dépérissement Infections de 2 virus ou + : symptômes sévères,

dépérissement


Classes de % de dépérissement des plants au champ en 2014Cycle de production Échantillons 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

1re année 368 16 16 80 80 80 962e année 112 16 48 32 16

Total général 480 32 16 80 128 112 112

Répartition des échantillons selonle taux (%) de dépérissement du champ

13 régions et 30 champs23 champs (1re année production)

7 champs (2e année production)

Pour 1 champ/fraisière : 8 échantillons de plants d’apparence saineet 8 échantillons de plants dépéris ont été prélevés.

27% 23% 23%27%


Provenance des plantset type de plants


Variétés échantillonnées

50

13

10

1313

Nombre de variétés par champ

1 variété2 variétés3 variétés4 variétés5 variétés et plus

33

3730

27

Variété (%) par champ

Jewel seuleJewel en mélangeWendy en mélangeSunset Valley en mélange


Nombre devirus/plant

Zone Plants sains(%)

Zone Plants dépéris(%)

0 13,3 2,51 45,4 21,72 28,8 48,83 10,8 22,94 1,7 4,2

Proportion des plants infectéspar un ou plusieurs virus


Zone plants sains Classes de dépérissement des fraisiers (%) observés pour le champ completNombre virus/plant Échantillons 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

0 32 5 9 15 31 109 6 28 30 23 222 69 4 6 3 13 26 173 26 1 2 6 6 114 4 1 3

Total 240 16 8 40 64 56 56

Zone plants dépéris Classes de dépérissement des fraisiers (%) observés pour le champ completNombre virus/plant Échantillons 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

0 6 1 1 1 31 52 4 13 13 14 82 117 6 5 23 24 26 333 55 4 2 3 22 11 134 10 1 2 5 2

Total 240 16 8 40 64 56 56

Répartition des échantillons selon la classe du tauxde dépérissement observé au champ et selon le

nombre de virus détectés par plant


Zoneplants sains

Nb virus/plant Échantillons

SMoVSMYEVSVBVSCV

SMoVSMYEVSVBVSPaV

SMoVSMYEVSVBV

SMoVSMYEV

SCV

SMoVSMYEVSPaV

SMoVSVBVSPaV

SMoVSMYEV

SMoVSVBV

SMoVSCV

SMoVSPaV SMoV SMYEV SPaV

Aucunvirus

0 32 321 109 96 10 32 69 31 15 1 223 26 13 2 8 34 4 4

Total 240 4 13 2 8 3 31 15 1 22 96 10 3 32

Zoneplants dépérisNb virus/plant Échantillons

SMoVSMYEVSVBVSCV

SMoVSMYEVSVBVSPaV

SMoVSMYEVSVBV

SMoVSMYEV

SCV

SMoVSMYEVSPaV

SMoVSVBVSPaV

SMoVSMYEV

SMoVSVBV

SMoVSCV

SMoVSPaV SMoV SMYEV SPaV

Aucunvirus

0 6 61 52 48 42 117 95 18 43 55 28 4 15 84 10 2 8

Total 240 2 8 28 4 15 8 95 18 4 48 4 6

Répartition des échantillons selon le nombre devirus par plant et lescombinaisons de virus

détectés par plant


Répartition des échantillons selon le nombre devirus par plant et lescombinaisons de virus

détectés par plant


Commentaires assoicées à la diapositive précédente:

Ce tableau-ci présente la répartition des échantillons toujours selon le nombre de virus par plant, mais endétaillant toutes les combinaisons de virus qui ont été détectées dans les échantillons.

Le tableau du haut présente les résultats des échantillons prélevés en zone de plants sains, tandis que letableau du bas présente les résultats des zones de plants en dépérissement.

Les zones de plants sains ont un nombre plus élevé d’échantillons dans lesquels aucun virus ou un seul virusa été détecté. Le virus SMoV est le plus fréquemment détecté, suivi du SMYEV et le virus SPaV a été plusrarement détecté seul dans les échantillons.

Lorsque les plants sont infectés par des combinaisons de 2 virus, ce sont les échantillons prélevés dans leszones de plants dépéris qui sont en plus grand nombre comparativement aux nombre échantillons détectés enzone saine.

Les plants prélevés en zone de dépérissement étaient aussi plus nombreux à être infectés par 3 ou 4 viruscomparativement aux plants prélevés en zone saine.

NOTE IMPORTANTE À PRÉCISER:La fréquence relativement élevée de plants prélevés en zone saine qui sont infectés par des combinaisons de2, 3 ou même 4 virus soulève des doutes sur l’hypothèse que les virus seraient les seuls agents pathogènesen cause dans le dépérissement des fraisiers.

Conclusions des analyses dedétection des virus

Zone de plants d’apparence saine Détecte un plus grand nombre de plants sains 45 % des plants sont infectés par un virus (SMoV) Détecte les combinaisons (SMoV-SPaV et SMoV-SCrV) 32 % des plants sont infectés par 2 virus et plus

Zone de plants en dépérissement Détecte cinq fois moins de plants sains 22 % des plants sont infectés par un virus (SMoV) La combinaison (SMoV-SMYEV) domine et les virus

SVBV et SPaV s’ajoutent à cette combinaison 74 % des plants sont infectés par 2 virus et plus


Infections fongiques du collet

Genre fongiquesdétectés aucollet

Zones deplants sains

Zone deplants

dépéris

Fréquencetotale dedétection

Acremonium 18 12 30Fusarium 6 18 24Cylindrocarpon 7 12 19Rhizoctonia 4 8 12Verticillium 0 8 8Gliocladium 0 5 5Autres 4 9 13Total détectés 39 72 111


Champignons vs Taux de dépérissementPlants d’apparence saine

Détection fongique sur gélose SNA - Plants sainsTotal 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

Nombre de sites Zone plants sains (n=15) 15 1 1 2 3 4 4Détection de Pythium (n= 15x6=90) PYT 57 4 2 10 15 20 23Détection de Rhizoctonia (n=15x6=90) PYT 5 3 1 1Détection de Cylindrocarpon (n=15x6=90) PYT 2 2Détection de Pythium (n= 15x6=90) 2 1 1Détection de Rhizoctonia (n=15x6=90) 25 4 2 4 5 6 4Détection de Cylindrocarpon (n=15x6=90) 44 5 1 3 8 8 19Détection de Fusarium (n=15x6=90) 26 1 2 3 4 8 8Détection de Trichoderma (n=15x6=90) 7 1 6Détection de Gliocladium (n=15x6=90) 1 1Détection de Verticilium (n=15x6=90) 0Détection d'autres genres (n=15x6=90) 8 0 0 2 1 4 1Détection de 20 genres sur gélose SNA (n=90x20=1800) 113 10 6 12 19 27 39Détection de 3 genres sur gélose PYT (n=90x3=270) 64 4 2 13 18 21 23

Taux de dépérissement moyen des plants des zones du champ


Champignons vs Taux de dépérissementPlants dépéris

Détection fongique sur gélose SNA - Plants dépérisTotal 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

Nombre de sites Zone plants dépéris (n=15) 14 1 1 2 3 3 4Détection de Pythium (n= 15x6=90) 65 6 3 11 13 16 16Détection de Rhizoctonia (n=15x6=90)Détection de Cylindrocarpon (n=15x6=90)Détection de Pythium (n= 15x6=90) 3 2 1Détection de Rhizoctonia (n=15x6=90) 12 1 2 3 6Détection de Cylindrocarpon (n=15x6=90) 42 2 1 7 9 8 15Détection de Fusarium (n=15x6=90) 24 2 4 2 3 3 10Détection de Trichoderma (n=15x6=90) 13 1 10 2Détection de Gliocladium (n=15x6=90) 3 1 1 1Détection de Verticilium (n=15x6=90)Détection d'autres genres (n=15x6=90) 10 0 1 2 1 2 4Détection de 20 genres sur gélose SNA (n=90x20=1800) 107 6 7 14 16 31 33Détection de 3 genres sur gélose PYT (n=90x3=270) 65 6 3 11 13 16 16


Les fréquences de détection observées pour les genres fongiquesdans les racines des plants sains sont similaires à celles observéesdans les racines des plants dépéris.

Nématodes vs Taux de dépérissement

Nombre de sites pour lesquels des nématodes étaient pathogènesTotal 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

Nombre de sites Zone plants sains (n=30) 25 2 1 4 6 6 6Nombre de nématodes pathogènes 1026 71 43 27 274 492 119

Nombre de sites Zone plants dépéris (n=30) 27 2 2 5 6 6 6Nombre de nématodes pathogènes 1083 25 16 48 320 489 185

Nombre de sites pour lesquels des Pratylenchus étaient détectésTotal 00-10 10-20 20-40 40-60 60-80 80-100

Nombre de sites Zone plants sains (n=30) 24 2 1 4 6 6 5Nombre de nématodes Pratylenchus 884 63 15 23 226 439 118

Nombre de sites Zone plants dépéris (n=30) 26 2 2 4 6 6 6Nombre de nématodes Pratylenchus 1002 20 15 44 272 469 182



Les fréquences de détection observées pour les nombres denématodes pathogènes dans le sol des plants sains sont similairesà celles observées dans le sol des plants en dépérissement.


Conclusions de la première annéepour la détection des champignons,

nématodes et phytoplasmes

La fréquence de détection des champignonspathogènes dans les plants d’apparence saine estassez similaire à celle observée avec les plants endépérissement.

La fréquence de détection des nématodes pathogènesdans le sol des plants d’apparence saine est similaire àcelle observée avec le sol des plants en dépérissement.

Des phytoplasmes ont été détectés dans deux plantsdépéris parmi les 480 échantillons analysés.


Conclusions et Perspectives

Nous allons poursuivre l’analyse des résultats dedétection en utilisant la base de données établie avecles informations des formulaires pour mieux nuancernos interprétations par rapport aux plants «sains».

Nous allons mettre davantage d’efforts à détecter etidentifier les champignons pathogènes à l’aide desméthodes moléculaires, puisque les méthodes deculture sur gélose sous-estiment certains genresfongiques


Conclusions et Perspectives

Un rapport complet des résultats associés à un champsera transmis au conseiller-agronome et au producteur.

Nous sommes disponibles en février-mars 2015 àprésenter les résultats du projet à des groupes deproducteurs–conseillers en région.

Le projet se poursuit en 2015 pour une 2e année,les producteurs et conseillers qui veulent soumettredes échantillons pourront remplir le formulaired’échantillon disponible en 2015.



Documents

Enquête sur les causes du dépérissement des fraisiers au ...€¦ · R Hogue, Conférence diffusée février 2015 ... tableau du bas présente les résultats des zones de plants