Epidémiologie moléculaire des souches - SF2H · 1 Epidémiologie moléculaire des souches d’Aspergillus fumigatus isolées dans l’environnement et chez des patients infectés

1

Epidémiologie moléculaire des souches d’Aspergillus fumigatus isolées dans l’environnement et chez des

patients infectés et/ou colonisés lors de travaux majeurs à l’hôpital

Loeffert Sophie1, Melloul E2, Gustin M-P3,Hénaff L1, Guillot C2, Dupont D4, Wallon M4, Cassier P5, Dananché C6, Bénet T6, Botterel F2, Guillot J2, Vanhems P1,6

1 Emergents Pathogens Laboratory - Fondation Mérieux, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Inserm U1111, CNRS UMR5308, ENS of Lyon, UCBL1, Lyon, France. 2 EA 7380 Dynamyc, Paris East University, Ecole nationale vétérinaire d’Alfort, UPE, 94000 Créteil, France, 3 Institut of Pharmaceutical Sciences and Biology (ISPB), Claude Bernard 1 University, Lyon, France. 4 Institut of Parasitology and Medical Mycology, Croix Rousse Hospital, Lyon, France. 5 Environmental Safety and Biology Laboratory, Edouard Herriot Hospital, Lyon, France. 6 Infection control- Epidemology Unit, Edouard Herriot Hospital, Lyon, France.

www.sf2h.net

DÉCLARATION DE LIENS D'INTÉRÊTS

J'ai un ou plusieurs liens(s) d'intérêt(s) : Bourse CIFRE Laboratoires ANIOS

Les établissements de santé sont confrontés à des opérations d’infrastructures majeurs:

• Construction • Démolition • Rénovation • Maintenance • Réhabilitation…

Etablissements de santé

Allergie -> Infection fongique invasive: Aspergillose Invasive (AI)

Agent responsable: A. fumigatus

Travaux -> contribuent à la re-suspension des spores fongiques

CONTEXTE

Prouver le lien entre les isolats cliniques et environnementaux: GENOTYPAGE

3

Risque d’infection nosocomiale

OBJECTIFS: Déterminer la diversité génétique d’Aspergillus fumigatus (AF) et évaluer les liens pouvant exister entre les souches cliniques et environnementales collectées

Hôpital Edoaurd Herriot Localisé dans zone urbaine

Site de déconstruction

SITE DE L’ETUDE

PERIODE D’ETUDE Février à Décembre 2015

Monitoring environnemental • Extérieur • Intérieur des unités à risque

Investigations épidémiologiques des patients hospitalisés

4

Risque important d’aspergillose invasive (IA)

Identification moléculaire des isolats d’A. fumigatus (séquençage du gène de la β-tubulin)

6

48h incubation à 37°C

5 j incubation à 30°C

Examination microscopique

Examination macroscopique

28 prélèvements / jour

• 100L intérieur • 250L extérieur

4 colonies par jour étaient conservées pour analyse (génotypage)

PROTOCOLE (Prélèvements environnementaux)

Génotypage par : Multiple locus Variable-number tandem repeat Analysis (MLVA)

SITES DE PRELEVEMENTS

Unité de Réanimation

Site des prélèvements extérieurs

Unité médicale

Site de déconstruction

Unité de transplantation foie-pancréas

Prélèvement d’air

7

Recherche des facteurs de risque d’AI

8

Cas d’Aspergillose Invasive (AI)

INVESTIGATIONS EPIDEMIOLOGIQUES CLINIQUES

*EORTC criteria (European organization for research and treatment of cancer)

Prélèvement Clinique*

Séquençage du gène de la β-tubulin

Génotypage (MLVA)

Alerte par les praticiens

Consommation d’antifongiques

Données microbiologiques

Bases médico-administratives

MLVA (Multiple Variable-number tandem repeat Analysis)

Technique MLVA décrite et développée par:

Index Simpson des VNTR 0.361 to 0.814

Index combiné avec tous les marqueurs

0.9938

BMC Microbiology 2010

EA 7380-Equipe Dynamyc (UPEC, EnvA, France)

9

10 VNTR marqueurs

A. fumigatus isolate

Isolat d’A. fumigatus

Extraction d’ADN

PCR des sites VNTR

Primer

Mise au point de MULTIPLEX

Anlayse Minimum Spanning Tree (MST)

10

RESULTATS – ISOLATS ENVIRONNEMENTAUX

COLLECTION 383 isolats

229

Extérieur

Identification microscopiques de 3073 colonies d’A. fumigatus 4 colonies/j ont été conservées pour génotypage

Total de 3885 prélèvements d’air

Soins intensifs

(n=46) Transplantation

(n=17) Unité médicale

(n=91)

154 Intérieur

404 isolats environnementaux 9 isolats -> pas de profil MLVA

11

RESULTATS – ISOLATS CLINIQUES

9 patients

AI nosocomiale probable (n=2)

AI nosocomiale possible (n=1)

Aspergillose non-invasive localisée (n=1)

Colonisation respiratoire (n=5)

11 isolats cliniques

A. fumigatus

12 isolats cliniques d’A. fumigatus, de 10 patients -> 1 prélèvement clinique: pas de profil MLVA

CARACTERISTIQUES PATIENTS

Âge moyen Homme Femme

≥ 70 ans N=5 N=4

2 prélèvements

RESULTATS - GENOTYPAGE

AI nosocomiale probable (n=2) AI nosocomiale possible (n=2) Aspergillose non-invasive localisée (n=2) Colonisation respiratoire (n=5)

Extérieur (n=229) Intérieur(n=154)

Isolats environnementaux

Isolats clinques 7 isolats cliniques partagent le même génotype que des

isolats environnementaux

383 isolats environnementaux 11 isolats cliniques (total:394 isolats) -> 234 génotypes différents

12


CLUSTER • 99 isolats d’A. fumigatus • 53 génotypes différents

Isolat clinique AI nosocomiale possible

01/01/15

Isolat Clinique AI nosocomiale possible

03/01/15

Environnement Extérieur

10/09/15

Environnement Intérieur


22/10/15 17/11/15


18/11/15 13

AI nosocomiale probable (n=2) AI nosocomiale possible (n=2)




Isolats clinques



14





Isolats clinques


7 isolats cliniques partagent le même génotype que des isolats environnementaux

Patient F (N°2)

Patient F (N°1)

Patient K

Patient C Patient A

(2 prélèvements)

Patient B

• Proviennent de 5 patients : A, B,C ,F et K • 3 matches patient/ environnement pour qui on a retrouvé

les isolats en premier dans l’environnement : C, F et K

Retrouvé dans la même unité 10 jours avant de le retrouver chez

le patient C


15

Début hospitalisation

20/04/15


22/04/15

Clinique Colonisation

04/05/15


10/08/15


10/11/15


25/11/15

1

1 3

3

4

4

5

5

2

2

Patient C

Patient C

Fin de séjour

07/05/2015

CLUSTER • 115 isolats d’A. fumigatus • 61 génotypes différents

1 génotype partagé par 14 isolats d’A. fumigatus 13 isolats environnementaux (extérieur n=8, intérieur n=5) 1 isolat clinique (aspergillose non-invasive localisée n(=2))

Entre mars et août 2015:


16



Extérieur (n=229) Intérieur (n=154)


Isolats clinques


1

3

4

5

7

14 9

12

2

Unité de soins intensifs Unité médicale

Unité de transplantation foie-pancréas Site de déconstruction

11 13

10

6

Isolat collecté à l’extérieur

Isolat collecté à l’intérieur

Isolat clinique

8

RESULTATS- GENOTYPAGE & LOCALISATION

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

04/03/15

04/03/15

23/03/15

31/03/15

28/04/15

12/05/15

18/05/15

29/05/15

04/06/15

09/06/15

15/06/15

06/07/15

13/07/15

13/08/15

Isolat clinique

17

DISCUSSION-CONCLUSION

Des profils génétiques similaires ont été retrouvés entre les isolats cliniques et environnementaux confirmant un rôle de l’environnement hospitalier dans l’infection ou la colonisation des patients

3 questions majeures demeurent:

- Est-ce que les isolats d’A. fumigatus persistent dans l’environnement ? - Y a-t-il une source commune à ces isolats ? Site de déconstruction ? - Y a-t-il des isolats qui prédominent dans l’environnement ce qui expliquerait leur présence tout le long de l’année ?

• Des prélèvements, une fois les travaux finis à différents sites (hospitaliers, ruraux) • Utiliser une autre technique de génotypage afin de comparer les résultats

PERSPECTIVES

• L’importante diversité des isolats circulant à l’hôpital a été confirmée

18

COAUTEURS - REMERCIEMENTS

• Unité d’Hygiène, Epidémiologie et Prévention, Hôpital Edouard Herriot, Lyon:

- Pr P. Vanhems (directeur de thèse), M.P. Gustin (co-encadrante), T. Bénet, C. Dananché, L. Henaff • Laboratoire de Biologie Environnementale Hôpital Edouard Herriot ,

Lyon: M. Perraud, P. Cassier, les techniciennes P. Bouché, C. Lion, M. Filoni, A. Chevrot

• Laboratoires ANIOS (CIFRE): G. Rauwel et J. Criquelion • Membres du Comité de pilotage de thèse: S. Aho, X. Bertrand • Les stagiaires: A. Réville, Z. Ohren, M. Janez et M. Sidibé

• Chefs de services de Hôpital Edouard Herriot participant à l’étude SEAL:

Dr T. Rimmelé, Pr L. Argaud, Pr R. Roland, Pr E. Morelon

• Mention spéciale pour le soutien apporté par N. Khanafer et H. Favier

15

Merci!

Loeffert Sophie

mail: [email protected]

20

Documents

Epidémiologie moléculaire des souches - SF2H · 1 Epidémiologie moléculaire des souches d’Aspergillus fumigatus isolées dans l’environnement et chez des patients infectés