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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター　藤井 信之　　　

セルイノベーションデータ解析拠点

NGS解析システムのご紹介

国立遺伝学研究所 生命情報研究センター

藤井　信之, 門間 則和, 山本 圭介, 吉武 和敏, 池尾 一穂 ご連絡はこちらまで cip-contact@cello.lab.nig.ac.jp

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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター　藤井 信之　　　

解析の学習障壁を下げる取り組み

コースパイプラインで詳しい ことを調べなくとも結果参照

メニューwikiでツールの違い、 結果の見方やポイント紹介

単品パイプラインで カスタマイズ

インストールログ 実行ログで自身の 環境での再現

http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki2/

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国立遺伝学研究所 生命情報研究センター　藤井 信之　　　

ゲノムへの マッピング

ゲノムビューワに展開 発現量計算

複数サンプルマージと 発現量マトリクス作成

群間比較検定と 絞り込み用テーブル化

セルイノベーションのサイトに登録して 配列ファイル(x3)とアノテーション

(既知遺伝子情報)を投入

Pipeline history view In our pipeline execution system Maser

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ChIP-seq

RNA-seq / CAGE 多型解析

Bisulfite-Seq Bismark-pileup-FET検定 CG/CHG/CHHを区別したメチル化の可視化。 全ゲノムレベル対応。領域ごとのサンプル比較。

MACS他各種ピークコール 新規モチーフ検出と既知モチーフDBへの検索

BWA-GATKによるSNV、ショートInDel検出 SnpEffによる多型の影響度アノテーション付加 1000ゲノム情報からの既知/未知SNV判別。 Long InDel、CNV検出

Trinityによるde novo転写物予測と比較。 TopHat-Cufflinksによる新規転写物検出。 DESeq群内のばらつきを考慮した群間比較 。 GO解析、発現パターンクラスタリング。

Fig by REVIGO http://revigo.irb.hr/revigo.jsp MAplot

k-means by Trinity

Motif search by MotIV Read level view of GenomeExplorer

Reformated SNV list annotated by SnpEff

GenomeExplorer

ご興味ある方は　http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki2/ 　までアクセスください。