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Atelier "Bioinformatique et analyse de données NGS" IRD Ouagadougou, Burkina Faso
14/10/2016
Christine Tranchant-Dubreuil Équipe RICE, UMR DIADE
Alexis Dereeper
UMR IPME
Guide de survie à Linux
Theobjec)f!Lancezvosanalysesbioinforma)quessousLinux
Applica)ons
ConnaîtrelesprincipalescommandessousLinux- Manipulerdesfichiers(sort,cut,wc,tr)- Trieretfiltrerlesdonnées(grep/sed/awk)- LancerdeslogicielsbioinformaCquesenlignedecommande
Programme
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.2
▪ Systèmed’exploita)onréputépour:sasécuritésesmisesàjourfréquentessonprixetsesprogrammesgratuits
Qu’estceLinux?
▪ Crééen1991parLinusTorvalds
▪ Basésurl’OSpropriétaireUnix(1969)
▪ Linuxgratuitetlibreonpeutavoirlecodesource,la“rece]edefabricaCon”onpeutcopier,modifier,redistribuer
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.3
▪ Systèmerobusteetmul)-plateforme▪ Systèmemul)-u)lisateursPlusieursuClisateurspeuventtravaillerenmêmetemps▪ Systèmemul)-tâches(processus/programmes)ChaqueuClisateurpeutlancerplusieursprogrammesenmêmetemps
Qu’estceLinux?
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.4
Distribu)on:Noyau/Coeur+logiciels/programmes
SHELL
KERNEL
SOFTWARES
Distribu)onsousLinux?
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▪ 2façonsd’uCliserlinux:
enmodegraphique(équivalentwindows)
Commentu)liserLinux?
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▪ 2façonsd’uCliserlinux:
enmodegraphique(équivalentwindows)enmodeconsole(équivalentDOS)
Commentu)liserLinux?
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.7
▪ Installerlinuxetwindowssursonordinateuretchoisiraudémarragedesonordinateur
CommentaccéderàLinux?
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▪ Installer linux et windows sur son ordinateur et choisir audémarragedesonordinateur▪ Sursonordinateur,àparCrdewindowsoumacosviaunemachinevirtuelleoudocker
CommentaccéderàLinux?
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▪ Installerlinuxetwindowssursonordinateuretchoisiraudémarragedesonordinateur▪ Sur son ordinateur, à parCr dewindows oumac os via unemachinevirtuelleoudocker▪ Enseconnectantsurunserveurlinuxdistantdewindowsoumac(vialeprotocolessh)
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.10
CommentaccéderàLinux?
▪ Nombreuxprogrammesrapides&puissants▪ Facile de lier des commandes/programmes entre eux(workflow)▪ NombreuxouClsbioinformaCquedisponibles
▪ Pasbesoinderessourcesmatériellesimportantes
▪ 90%desserveursfoncConnentsousLinux
Pourquoiu)liserLinux?
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Pourquoiu)liserLinux?
Pasd’interfacesgraphiques
Convivialitédelalignedecommande?
▪ Nombreuxprogrammesrapides&puissants,▪ Facile de lier des commandes/programmes entre eux(workflow)▪ NombreuxouClsbioinformaCquedisponibles
▪ Pasbesoinderessourcesmatériellesimportantes
▪ 90%desserveursfoncConnentsousLinux
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Pourquoiu)liserLinux?
NécessitédelapraCqueetdel’expérience⬄ Inves)ssement non négligeable pourdebonsrésultatsrapidement
▪ Nombreuxprogrammesrapides&puissants,▪ Facile de lier des commandes/programmes entre eux(workflow)▪ NombreuxouClsbioinformaCquedisponibles
▪ Pasbesoinderessourcesmatériellesimportantes
▪ 90%desserveursfoncConnentsousLinux
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Seconnectersousunemachinelinuxdistante
- Installerpu]y- SeconnecterenSSH
Taperssh server_name -l YOUR_LOGIN
TP
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Prisedecontactavecleprompt
Prompt
Toujoursprésentsurleterminal,justeavantdetaperlacommande
][
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Prisedecontactavecleprompt
NomuClisateur
Nomserveur
Prompt
Répertoirecourant
Toujoursprésentsurleterminal,justeavantdetaperlacommande
][
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1èrecommande pwd
CommandeAffichelenomdurépertoirecourant
pwdPresentWorkDirectory
affichenomdu répertoirecourant (et sonchemincomplet)
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2ndcommande ls
CommandeListedesfichiersdurépertoirecourant(pardéfaut)
lslist
listelesfichiersetrépertoiresprésentsdansunrépertoire
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2ndcommandeavecopCon: ls -l
Commandeavecl’opConletlenomd’unrépertoireenargument
listedétailléedesfichiers
ls-llistlong
listelesfichiersavecdesinforma>onspourchaquefichier/répertoire
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Commentobtenirdel’aidesurunecommande?
manls pourobtenirlemanueld’aidesurunecommandels--help
Quelquescommandespourcommencer
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Commentobtenirdel’aidesurunecommande?
manls pourobtenirlemanueld’aidesurunecommandels--help
Commandes
pwd Affichelecheminabsoluls Listetouslesfichiers/répertoiresls–l affichetouteslesinformaConssurlesfichiers
Quelquescommandespourcommencer
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Exécutersespremièrescommandes
Sousunterminal:- Quel est le répertoire courant/de travail affiché par le
prompt?- Vérifier avec la commande pwd le nom de répertoire de
travail
TP
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/
bin etc lib usr home
Arborescencesouslinux
Répertoireracine(slash)
▪ Arborescence=systèmedefichiers
▪ Répertoireracineappelé“/”
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/bin commandesprincipales/usr,/opt Applica)onsetlibrairies/usr/bin Autrescommandes /home répertoiredesu)lisateurs(1paru)lisateur/login)
Principauxrépertoires
/
bin etc lib usr home
répertoireRoot(slash)
Arborescencesouslinux
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Chemind’unfichier
▪ Chemin(path):chemind’accèsàunfichier/répertoire
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Chemind’unfichier
▪ Chemin(path):chemind’accèsàunfichier/répertoire
- Chemin absolu : chemin complet du fichier en partant durépertoireracine/
- commencetoujourspar/Toujourscorrectpeutimporteoùonl’ontravaille
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Chemind’unfichier
▪ Chemin(path):chemind’accèsàunfichier/répertoire
- Chemin absolu : chemin complet du fichier en partant durépertoireracine/
- commencetoujourspar/Toujourscorrectpeutimporteoùonl’ontravaille
- Chemin rela)f : chemin du fichier défini par rapport où on estdansl’arborescence
- Necommencejamaispar/Changeselononl’ontravaille
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Cheminabsolud’unfichier- chemincompletdufichierenpartantdurépertoireracine/
ócommencetoujourspar/Toujourscorrectpeutimporteoùonl’ontravaille
bin etc lib sbin usr
script
blast.pl
sequence.fasta
/
home
data
fasta
tranchantgranouill
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Cheminabsolud’unfichier- chemincompletdufichierenpartantdurépertoireracine/
ócommencetoujourspar/Toujourscorrectpeutimporteoùonl’ontravaille
bin etc lib sbin usr
script
blast.pl
sequence.fasta
/
home
data
fasta
tranchantgranouill
Chemincomplet:
/home/granouill/data/fasta/sequence.fasta
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.29
bin etc lib sbin usr
script
blast.pl
sequence.fasta
/
home
data
fasta
tranchantgranouill
/home/granouill/data/script/blast.pl
Chemincomplet:
- chemincompletdufichierenpartantdurépertoireracine/ócommencetoujourspar/
Toujourscorrectpeutimporteoùonl’ontravaille
Cheminabsolud’unfichier
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bin etc lib sbin usr
script
blast.pl
sequence.fasta
/
home
data
fasta
tranchantgranouill
chemindufichierdéfiniparrapportoùonestdans l’arborescence óNecommencejamaispar/
Changeselononl’ontravaille
sequence.fasta
Cheminrela)fàpar)rdurépertoirefasta:
Cheminrela)fd’unfichier
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chemindufichierdéfiniparrapportoùonestdans l’arborescence óNecommencejamaispar/
Changeselononl’ontravaille
fasta/sequence.fasta
Cheminrela)fàpar)rdurépertoiredata:
Cheminrela)fd’unfichier
bin etc lib sbin usr
script
blast.pl
sequence.fasta
/
home
data
fasta
tranchantgranouill
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.32
chemindufichierdéfiniparrapportoùonestdans l’arborescence óNecommencejamaispar/
Changeselononl’ontravaille
../data/fasta/sequence.fasta
Cheminrela)fàpar)rdurépertoirescript:
Cheminrela)fd’unfichier
bin etc lib sbin usr
script
blast.pl
sequence.fasta
/
home
fasta
tranchantgranouill
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data
3èmecommande cd
cdChangeDirectory
pour se déplacer dans l’arborescence
cd nom_repertoire(chemin absolu ou relatif)!
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!cd nom_repertoire(chemin absolu ou relatif)!
/
home
granouill
blast.pl
sequence.fasta
fasta
datascriptcd/home/granouill/data/fastacd/home/granouill/script/
Cheminabsolu:
3èmecommande cd
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!cd nom_repertoire(chemin absolu ou relatif)!
Répertoire courant
Répertoire final Chemin relatif
granouill fasta cddata/fasta
fasta data cd..
fasta granouill cd../..
? granouill cd
Remonted’1répertoire
Remontede2répertoires
Retouraurépertoiredel’u)lisateurcouranthome
/
home
granouill
blast.pl
sequence.fasta
fasta
datascriptcd/home/granouill/data/fastacd/home/granouill/script/
Cheminrela)f:
Cheminabsolu:
3èmecommande cd
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Commandes
pwd Affichelecheminabsoluls Listetouslesfichiers/répertoirescdrep_name sedéplacedansrep_name
Quelquescommandespourcommencer
mkdirrep_name CréaCond’unrépertoirermnom_fichier Suppressiondufichierenargument
cpsourcetarget Copiefichiersourceverscible
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Recommanda)onspournommerlesfichiers
▪ Linuxestsensibleàlacase▪ UCliseruniquementdesle]res,chiffresetcaractères_.–
▪ PASd’espaces,accentsetcaractèresspéciauxLescaractèresspéciauxontdessignificaConsparCculières&~#”'{([|`\^@)]}$*%!/;,?
▪ Lesuffixedesnomsdefichiers(.txt)estopConneletpeutcontenirdeschiffresoudesle]res
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Sedéplacerdansl’arborescencelinux
Aller dans le répertoire ~/Script/ et vérifier que vous avezbienchangéderépertoire(commandepwd)
Listerlecontenudurépertoire Allerdans~/Data/Fasta/enuClisant../ Revenirdans~/Data/. Sans sedéplacer, regarder le contenududossier~/Data/Autres/ Lister le contenu du répertoire /Data/Sample_Data enuClisantl’opCon-R.QueconCentcerépertoire? Revenirdanslerépertoireprincipal
TP~,cd,pwd,ls,.(«point»)et..(«pointpoint»)
Sedéplacerdansl’arborescencelinux
Créerlerépertoirerawdans~/Data/projetAB.!Déplacerlesfichiers.fastaet.qualdurépertoire~/Data/projetAB/danslerépertoireraw.Listerlecontenudurépertoireraw.
TPCommandesmkdir,cp,rm,cd
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2ndcommandeavecopCon: ls -l
Commandeavecl’opConletlenomd’unrépertoireenargument
listedétailléedesfichiers
ls-llistlong
listelesfichiersavecdesinforma>onspourchaquefichier/répertoire
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.41
2ndcommandeavecopCon: ls -l
ls-llistlong
listelesfichiersavecdesinforma>onspourchaquefichier/répertoire
OnpeutuCliserlacommandelssurunjeudefichiersdontonne connait pas les noms en uClisant les caractères spéciaux(Metacharacters)
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.42
Quelquescaractèresspéciaux* N’importequellechaînedecaractère[ensemble] Touslescaractèresdansl’ensemble[!ensemble] Touslescaractèrespasdansl’ensemble
ls *fastq
KYVF-01.R1.fastqKYVF-01.R2.fastq
Exemple:
Significa)ondescaractèresspéciaux
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KYVF-02.R1.fastqKYVF-02.R2.fastq
ZO16.fastqZO16.bam
KYVF.samKYVF.bam
KYVF-01.R1.fastqKYVF-01.R2.fastq
KYVF-02.R1.fastqKYVF-02.R2.fastq
ZO16.fastq
Quelquescaractèresspéciaux* N’importequellechaînedecaractère[ensemble] Touslescaractèresdansl’ensemble[!ensemble] Touslescaractèrespasdansl’ensemble KYVF-01.R1.fastqKYVF-01.R2.fastq
Exemple:
Significa)ondescaractèresspéciaux
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.44
KYVF-02.R1.fastqKYVF-02.R2.fastq
ZO16.fastqZO16.bam
KYVF.samKYVF.bam
ls KYVF*fastq
KYVF-01.R1.fastqKYVF-01.R2.fastq
KYVF-02.R1.fastqKYVF-02.R2.fastq
Quelquescaractèresspéciaux* N’importequellechaînedecaractère[ensemble] Touslescaractèresdansl’ensemble[!ensemble] Touslescaractèrespasdansl’ensemble
ls *.[sb]am
KYVF-01.R1.fastqKYVF-01.R2.fastq
Exemple:
Significa)ondescaractèresspéciaux
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.45
KYVF-02.R1.fastqKYVF-02.R2.fastq
ZO16.fastqZO16.bam
KYVF.samKYVF.bam
ZO16.bamKYVF.samKYVF.bam
Sedéplacerdansl’arborescencelinux
Listerlecontenudurépertoire~/Data/Sample_Data/t-coffee.Yatilquedesfichiersfasta?ListeruniquementlesfichierscommençantparsampleListerlesfichiersfastaCréerlerépertoire~/Data/Fasta/T-coffee-bisCopierlesfichierscommençantparsampledetypefastaprésentsdanslerépertoire~/Data/SampleData/t-coffeedanslerépertoirequevousvenezdecréer
TPCommandescp,mkdir,ls
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.46
Sedéplacerdansl’arborescencelinux
DétruirelefichierScript/string-array.plDétruirelerépertoire~/Data/Fasta/T-coffee-bisQuefaut-ilfairepourdétruireunrépertoire?DétruiretoutcequeconCent~/Data/Fasta/T-coffee-bis/Détruirelerépertoire~/data/Fasta/T-coffee-bis
TPCommandesrm,cd
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.47
Commande: less
catnom_fichier Affichelecontenud’unfichier
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.48
Commande: less
lessnom_fichier
Affichelecontenud’unfichier<space>/q
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.49
less Data/Fasta/EST-68566-Coffeacanephora.fasta
Lireetfiltrerlecontenud’unfichier
head! Affiche les n premières lignes d’un fichier (n=10 par défaut)
head –n 20 script.pl
tail! affiche les n dernières lignes d’un fichier (n=10 par défaut)
tail –n 5 script.pl
wc! Compter le nombre de lignes, mots ou caractères d’un fichier
wc script.pl wc –l script.pl
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.50
exo7:Blastdeséquences
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.51
Suiteàunséquençaged’ADNc,nousavonsréaliséunassemblagedesséquencesobtenues.Nous souhaitons savoir si ces séquences correspondent à desséquencesdegènesdéjàiden)fiéessurnotremodèlelecaféier.
exo7:Blastdeséquences
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.52
100 transcrits issusdel’assemblage Banque de séquences d’ESTs
(caféier)téléchargéesdeNCBI
blastn
exo7:Indexa)ondelabanqueblast
Nousavonstéléchargéunebanquedeséquenced’ESTsàparCrdeNCBI;elleeststockéedanslerépertoire~/BankcsouslenomdefichierAll-EST-coffea.fasta.
makeblastdbpourindexerunebanquedeséquencesnouvelle
!makeblastdb -inbanque_de_sequence-dbtypenuclouprot-parse_seqids
!
Typedeséquence
Nomdelabanque
Indispensablepouru)liserleprogrammeblastdbcmd
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.53
exo7:Indexa)ondelabanqueblast
Nousavonstéléchargéunebanquedeséquenced’ESTsàparCrdeNCBI;elleeststockéedanslerépertoire~/BanksouslenomdefichierAll-EST-coffea.fasta.
makeblastdbpourindexerunebanquedeséquencesnouvelle
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.54
-Indexerlabanquedeséquencesd’ESTsavecleprogrammemakeblastdb-Listerlecontenudurépertoirepourobserversilesnouveauxfichiersindexontbienétécréés
TP
exo7:BlastdeséquencesBlastn
!blastn –query fichier-fasta -db banque –outfmt [0-11] -out fichier_sortie!
Banquedeséquences
Fichierfastaaveclesséquencesàblaster
6=formatdesor)etabulaire
Nous allons réaliser un blast du fichier ~/Data/100_transcrits/100transcrits.fa contre la banque de séquence d’ESTsnouvellementindexée.
Fichierderésultat
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.55
exo7:BlastdeséquencesBlastn
Nous allons réaliser un blast du fichier ~/Data/100_transcrits/100transcrits.fa contre la banque de séquence d’ESTsnouvellementindexée.
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.56
Lancer le blast du fichier 100transcrits.fa et sauvegarder lesr é s u l t a t s a u f o r m a t t a b u l é d a n s l e fi c h i e r100_transcrits.fasta.blastn
TP
Exo8:Résultatdublast
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.57
Bon,leblastestfait!R e g a r d o n s c e srésultatsdeplusprès!
Exo8:Affichagedecontenudefichier
Le fichier 100_transcrits.fasta.blastn a été généré par un blast de 100transcrits contreunebanquedeséquenced’EST.Lefichierrésultataunformattabuléde12colonnes:
Commandesls,head,tail,wc
1.queryid2.subjectid3.percentidenCty4.alignmentlength
5.numberofmismatche-6.numberofgapopenings7.querystart8.queryend
9.subjectstart10.subjectend11.expectvalue12.bitscore
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.58
Exo8:Affichagedecontenudefichier
Afficherles10èreslignesdufichierderésultatblastAfficherles15èreslignesdufichierderésultatblastAfficherles15dernièreslignesdufichierderésultatblastCompterlenombredeligne(résultat)
Commandesls,head,tail,wc
TP
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.59
Rechercherunmo)fdansunfichier?
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.60
- Unecommandetrèsu)le…
- Grep
grep:Rechercheunmo)fdansunfichier
Syntaxe : grep [options] motif [file1 …]
Rechercherunmo)fdansunfichier?
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.61
Ex:grep“AP1”*fasta
grep:Rechercheunmo)fdansunfichier
Syntaxe : grep [options] motif [file1 …]
Op)on Descrip)on-c AffichelenombredelignesdanslesquelleslemoCfaété
trouvé.IleslignesnesontpasaffichésensorCe.
-l AfficheseulementlenomdesfichiersdanslesquelslemoCfaététrouvé.LeslignesnesontpasaffichésensorCe.
-i Rechercheinsensibleàlacase(pasdedisCncConentreminisculesetmajuscules)
-v AffichagetoutesleslignesnecontenantpaslemoCf
Rechercherunmo)fdansunfichier?
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.62
grep:Quelquesexemplesd’u)lisa)ondegrep
Exemple Descrip)ongrep“AP1”*fasta RecherchetouslesmoCfs“AP1”danslesfichiers
ayantuneextension.fasta
grep–c“>”*fasta Comptelenombredeséquencesdes.fasta
ls-l|grep“^a” Affichetouslesfichierscommençantpar'a'
grep“^[a-d]”adress_book.txt
Affichetoutesleslignescommençantpara,b,c,d
Rechercherunmo)fdansunfichier?
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.63
AllerdansledossierRaw
TrouverdansquelfichierfastaestlaséquenceGLX2YC304JYZ1P
Visualiserl’undesfichiersfasta
Compterlenombredeséquencesparfichier
Ex.10
TP
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.64
Lireetfiltrerlecontenud’unfichier
sort! sort fichier sort –k2g,2g fichier sort –k2gr,2gr fichier sort –k2g,2g –k1r,1r fichier sort -t: -k3g,3g fichier
Trie un fichier
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sort! sort fichier sort –k2g,2g fichier sort –k2gr,2gr fichier sort –k2g,2g –k1r,1r fichier sort -t: -k3g,3g fichier
Trie un fichier
cut! cut –d séparateur –f champs [fichiers] cut –d “:” -f1,5 /etc/passwd
S é l e c t i o n d e colonnes/champs d’un fichier
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Trierleslignessurle2ndchamp(subjectid)croissantpuisdécroissantTrierleslignesdufichierderésultatblastsurlae-value(croissant)etlongueurdel’alignement(décroissant)Extraireuniquementles4premierschampsdufichierExtrairel’idenCfiantdesséquences(queryetsubject),lalongueurdel’alignement,l’e-value.Extrairel’idenCfiantdesESTsayantunmatchavecles2èresséquences
Commandessort,cut
Exo8:Visualiserlecontenud’unfichier
TP
Lefichier100_transcrits.fasta.blastnaétégénéréparunblastde100transcritscontreunebanquedeséquenced’EST.Lefichierrésultataunformattabuléde12colonnes.
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<Tab> ComplèteautomaCquementunnoms'ilestunique<Tab><Tab> Affichelalistedesdifférentespossibilitéssilechoix
n'estpasunique<><> permetdepasserenrevuelescommandesuClisées
<Ctrl>+r Rechercherunecommandeprécédemmenttapée<Ctrl>+c Tueleprocessusencoursdanslaconsole
Astuces
QUELQUESRACCOURCISCLAVIERBIENPRATIQUES
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.68
Estilpossibledesauvegarderlasor)ed’une
commande dans un fichier au lieu de
l’affichersurl’écran?
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Lorsd’exécu)ond‘unecommande:3fluxsontouvertsparleShell
ProcessSTDIN
Entrée standard =datas/fichiers et/ouprocessenentréed’unprocess
STDOUT
SorCestandard=dataset/ou affichage ensorCed’unprocess
Error standard = liste deserrors rencontrés lors del’éxécuCond‘unprocess
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.70
Theshell:No)onsd’entréeetsor)estandard
Lorsd’exécu)ond‘unecommande:3fluxsontouvertsparleShell
ProcessSTDIN
Entrée standard =datas/fichiers et/ouprocessenentréed’unprocess
STDOUT
SorCestandard=dataset/ou affichage ensorCed’unprocess
Error standard = liste deserrors rencontrés lors del’éxécuCond‘unprocess
onpeutredirigerlasor)estandarddansunfichierdestockageavecle
caractère>
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.71
Theshell:No)onsd’entréeetsor)estandard
Redirection Action Command > file Redirige la sortie vers un nouveau
fichier qui sera créé
Command >> file Redirige la sortie : - à la fin d’un fichier si le fichier existe
déjà - sinon crée un nouveau fichier
$cut -d: -f1 /etc/passwd > user_name.list
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.72
Theshell:EntréeetSor)eStandard-exemple
Redirection Action
Extrairel’idenCfiantdesESTsayantunmatchavecles2èresséquencesStockerlerésultatdelacommandeprécédentedanslefichier2_ESTs_accession.list
Commandescut,>
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.73
Exo8
TP
Le fichier 100_transcrits.fasta.blastn a été généré par un blastde 100 transcrits contre une banque de séquence d’EST. Lefichierrésultataunformattabuléde12colonnes.
exo7:Blastdeséquences
blastdbcmdpourextrairedesséquencesd’unfichierfasta!
blastdbcmd –db banque_sequence –entry_batch file_accession –out fichier_sortie!!
Fichiercontenantlesaccessionsdesséquences
Nomdelabanquecontenantlesséquencesàextraire Fichierfasta
Extrairelesséquencesfastades2ESTsdontlesaccessionssontdanslefichier2_ESTs_accession.list
TP
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.74
Lorsd’exécu)ond‘unecommande:3fluxsontouvertsparleShell
ProcessSTDIN
Entrée standard =datas/fichiers et/ouprocessenentréed’unprocess
STDOUT
SorCestandard=dataset/ou affichage ensorCed’unprocess
Error standard = liste deserrors rencontrés lors del’éxécuCond‘unprocess
on peut rediriger la sor)estandardenentréed’uneautrecommande (workflow) avec lecaractère|(pipe)
Theshell:No)onsd’entréeetsor)estandard
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.75
• TubeouPipepermetd’enchainerl’exécuConde2programmes• RedirecConsansuClisaCondefichierintermédiaire• Possibilitéd’enchainerlesprogrammes/commandes:
cmd1|cmd2|cmd3Lescommandessontliéesavecle“pipe”symbol:|(AltGr+6)
Theshell:Tube/Pipederedirec)on
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$cut -d: -f1 /etc/passwd Root troot iroot ctroot // $cut -d: -f1 /etc/passwd | sort $cut -d: -f1 /etc/passwd | sort | head abate adm adroot ais #albar alvaro-wis anthony apache
Theshell:Redirec)ontube
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Combien de contigs de C. x ont une homologie avec les ESTs de C. canephora?
Ex.9:U)liserlepipe
TP
Commandescut,sort-u
UClisercommandesortavecl’opCon–u
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Lesplusintéressantes,puissantesmaiscomplexesaussi:
- grep- sed
- awk
Dernièrescommandeslinux
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.79
Lesplusintéressantes,puissantesmaiscomplexesaussi:
- grep
- sed- awk
Dernièrescommandeslinux
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.80
sed:rechercheretmodfieruneligne
SelecCondelignesdansunfichiervérifiantuneexpressionrégulièreETapplicantunemodificaConouuntraitement
Rechercherunmo)f&modifierunfichier?
!Sed “s/motif recherché/nouveau motif/” file!
mo)frecherchésubs)tu)on nouveaumo)f fichieràparser
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Sed:Quelquesexemples
Example Descrip)on
sed"s/linux/LINUX/"file Change la 1ère occurrence de “linux” par“LINUX”
sed"s/linux/LINUX/3“file Change la3ème occurrencede “linux”par“LINUX”
sed"s/linux/LINUX/g“file Change toutes occurences de “linux” par“LINUX”
Rechercherunmo)f&modifierunfichier?
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Example Descrip)onseds/>/>VS1-/gseq.fasta>new_seq.fasta
SubsCtuConde>par>VS1-danstouteslesSéquences
seds/\|/-/gconCgs_m_f_specif.fasta
SubsCtuConde|par–
Sed:Autresexemplesavecexpressionrégulière
Rechercherunmo)f&modifierunfichier?
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Avantdegénérerunfichieruniquecontenantl’ensembledesséquences,onsouhaite«taguer»lesséquencesparbanquedelafaçonsuivante:FileVS.MID1.clean.fastabefore>GLX2YC304JWSXMlength=420xy=3947_0232region=4run=R_2010_0…CCACCCCTCTTACAGTCTTCACCAAATGTCC…FileVS.MID1.clean.fastaaNer>VS1-GLX2YC304JWSXMlength=420xy=3947_0232region=4run=R_2010_0…CCACCCCTCTTACAGTCTTCACCAAATGTCC….Rq:unefoislacommandesedtestéesurunfichier,stockerlerésultatdansunnouveaufichiernomméRN-VS.MID1.clean.sff.fasta…- GénérerlefichierRN-VS.ALLMID.clean.sff.fastacontenantl’ensembledesséquences(MID1+MID2)- Compterlenombredeséquencesdanschaquefichierfastadurépertoire.
Commandessed,cat,grep
exo11:Renommerlesséquences
TP
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.84
Lesplusintéressantes,puissantesmaiscomplexesaussi:
- grep- sed
- awk
Dernièrescommandeslinux
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awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
• Nomdesauteurs:“Aho,Weinberger,andKernighan”
Rechercheretmodifierducontenu?
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• Nomdesauteurs:“Aho,Weinberger,andKernighan”• UnlangagedeprogrammaConquipermetfacilementdemanipulerdesfichiers
tabulés(blast,sam,vcf)etd’extraireuneparCedesdonnées.•UnlangageuClisépourrechercherdesmoCfsetpoureffectuerdesopéraCons,desacConsassociées.
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.87
• UnlangagedeprogrammaConquipermetfacilementdemanipulerdesfichiers
tabulés(blast,sam,vcf)etd’extraireuneparCedesdonnées.•UnlangageuClisépourrechercherdesmoCfsetpoureffectuerdesopéraCons,desacConsassociées.
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Principalescaractéris)quesd’awk
• Pourawk,lefichierenentréeesttabulé• CommetoutlangagedeprogrammaCon,awkadesvariablesetpeutappliquerdes
condiCons• awkpeutfairedesopéraConssurlesnombresetleschaînesdecaractères• Awkpeutgénéreretafficherdesdonnées/rapportssuiteàdesmanipulaCons
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.88
Syntax : awk [-F] 'program' file
Op)on Descrip)on
-F Donnelanaturedesséparateursdechamps
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.89
Rechercheretmodifierducontenu?
Variable Descrip)on
$0 ligneenCère
NR Numérodelalignelue
NF Nombredechampsdanslaligne
VariablesprédéfiniesuCliséesparawk
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Syntax : awk [-F] 'program' file
Op)on Descrip)on
-F Donnelanaturedesséparateursdechamps
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Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected]
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
awkvoitlefichierenentréecommedesenregistrementsetdeschamps
File:contact.txt
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.91
Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected] !!!
Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected]
!awk '{print $0}’ contact.txt!
Affichechaqueligne
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.92
Awk:expressionrégulière
1 Helene 56
2 jean 32
3 julie 22
4 michel 24
5 richard 25 !!
Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected]
$awk '{print NR,$1,$2}’ contact.txt!!
Affichelenumérodelalignelue
Puisle1erchampspuisle3èmechampsdu
fichiertabulé
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.93
Awk:expressionrégulière
Helene 56
Jean 32
Julie 22
Michel 24
Richard É(
5 lignes lues en tout !!
Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected]
$awk ’{print $1,$2};’ !END { print NR « lignes lues en tout »; } contact.txt!
!
Instruc)onexécutéeunefoislefichierludansson
intégralité
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.94
Awk:expressionrégulière
Helene edu
jean ri
julie adm
michel inf
richard inf
Somme des ages égale à 159 !!
Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected]
$awk ’{print $1,$3; somme+=$2}’ !END { print « Somme des ages égale à », somme; } contact.txt!!
Onajoutel’âge($2)àlavariablesommeàchaque
lignelue
Puisonaffichelasommecalculéeàlafindelalecture
dufichier
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.95
Awk:expressionrégulière
Age moyen = 31,8 !!
Helene 56 edu [email protected]
jean 32 ri [email protected]
julie 22 adm [email protected]
michel 24 inf [email protected]
richard 25 inf [email protected]
$awk ’{somme+=$2}’ !END { print « Age moyen = », somme/NR; } contact.txt!
!
Onajoutel’âge($2)àlavariablesommeàchaque
lignelue
Puisonaffichelamoyenneunefoislefichierlu
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.96
L age d Helene est superieur a 24 et egal a 56
L age d jean est superieur a 24 et egal a 32
L age d richard est superieur a 24 et egal a 25
avecunelisted’instrucConsetdecondi)onsaussi
CondiCon{Instr-1;Instr-2;...;Instr-n}
awk ’ $2>24 && $2<50{ print « Age de », $1, « compris entre 24 et 50, egal a », $2; }’ contact.txt
Avec2condi)ons
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.97
jean 32 ri [email protected] julie 22 adm [email protected]
!!
michel 24 inf [email protected] richard 25 inf [email protected]
awk ’$3 == “inf" {print $0}' ’ contact.txt
$awk ’/j/ {print $0}' ’ contact.txt
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.98
jean 32 ri [email protected]
!!
Helene 46 Jean 12 Julie 12 Michel 14 Richard 15 !!
!!
awk ’ {print $1,$2-10} ’ contact.txt
awk ’ $2 > 30 && $3 == “ri" {print $0} ’ contact.txt
Cescommandespeuventêtreu)liséesavecenentréelasor)estandardouunfichiertabulé(comme.gff,fichierblastm8,.vcf)
Rechercheretmodifierducontenu?
awk:Langagepourmanipulerunfichierligneparligne
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.99
Mercipourvotrea�en)on!!!
Pourlinux:LapenséemagiquenefoncConnepas
IlfautpraCquer!!!!
Guidedesurvieàlinux,A.Dereeper,C.Tranchant-Dubreuil|Ouagadougou–14-18Novembre2016|p.100
Compresserdesfichiers-créerunearchive.tar: tar –cvf tarfile directory gzip file_name
Décompresserunearchive:
gunzip file.gzip tar –xvf file.tar
Afficherlecontenud’unearchive:
zmore data.txt.gz Rechercheruneexpression/moCfdansunearchive:
zgrep ‘NM_000020’ data.gz
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.102
Compresserdesfichiers
rename–renommerdesfichiers
Exemple Descrip)on
rename‘s/.txt/.fasta/’* renametheextensionofallfiles
rename‘y/a-z/A-Z/’* renamefilesinuppercase
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.103
Renommerdesfichiers
Commandels–l
$ ls –l filename!drwxrwrwx 3 user user 4096 2012-02-11 20:21 file_name!!
Type
Permissions Proprio Groupe Taille HeureetdatedeladernièremodificaCon
- InterprétaCon/Légendesdespermissions- :fichiernormald:répertoirel:liensymbolique
IntroducContoLinuxandCommands,B.Granouillac,C.Tranchant-Dubreuil|11-12Septembre2013|p.104
A�ributsdesfichiers/Permissions
ls–lcommand
drwxrwrwx 3 user user 4096 2012-02-11 20:21 file_name!!
A�ributsdesfichiers/Permissions
3typesofpermissions:
Permission File Directory
Read r Ouverture et Lecture Lister et copier les fichiers
Write w Modiier et supprimer Manipuler le contenu : copier, créer, modifier, écraser
Execution x Executer le fichier Accès seulement au fichier pour l’exécuter
Permissions
othergroupuser
3classes
commandepourlages)ondespermissions:chmod
chmod <perm> file_name!
A�ributsdesfichiers/Permissions
Chaquepermission=1valeue
R 4 W 2
X 1
none 0
Exemple chmod 740 script.sh # Owner=rwx Group=r–- Other=--- chmod 755 script.sh # Owner=rwx Group=r-x Other=r-x
ex5:visualiseretchangerdespermissions
chmod,ls
Donnerlenomdupropriétaire,dugroupeetlesdroitsdesfichierscontenusdanslerépertoire“~/Data/454-projet1/raw”!!ChangerlesdroitsdufichierScripts/blast.plpourqu’ilsoit:enlecture/écriturepourlegroupe,lecture/écriture/exécuConpourlepropriétaireetlectureaupublic
TP
Ex.6:Manipulerdesfichiers
Créerunfichiermonfichier.txtcontenantuneoudeuxphrasesdans~/documents/.Visualiserlecontenudemonfichier.txtsansl'éditer.Quelleestlatailledemonfichier.txt?Éditezmonfichier.txt.Queconstatez-vous?Afficherlefichier~/Data/454-projet1/Raw/VS.MID1.clean.sff.fastapageparpage
TP
Commandesnano,cat,more,ls
Commande pour créer un fichier >file Editordetexte(modeTerminal):nanonano filename Ctr X : quit & save Ctr k / ctrl u : copy paste Ctrl w search Ctrl Y V : page by page