Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28 Janvier 2009 Eduardo E. DAVILA S. Laboratoire : CREATIS-LRMN

Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique.

28 Janvier 2009

Eduardo E. DAVILA S.

Laboratoire : CREATIS-LRMN Ville : Lyon France

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CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

http://creatis.insa-lyon.fr

Eduardo E. Davila [email protected]

http://imagine.uniandes.edu.co

Marcela Hernandez [email protected]

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes

Acquisition d’images

Traitementd’images

Interprétationclinique


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CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique

• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :

prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique

• Aide aux développements logiciels

• Support et formation aux outils de développement

• Simplification de la gestion de logiciels:• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation


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CREATIS-LRMN

Acquisition d’images• Imagerie Ultrasonore • Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN • Imagerie RMN et Optique • Imagerie Spectroscopique en RMN

Traitement d’images• Imagerie Dynamique • Imagerie Volumique

Interprétation clinique• Imagerie Morphologique et Fonctionnelle (Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire , Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à l’Agression)• Microarchitecture et Tissus Osseux

8 équipes de recherche 180 personnes


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Librairies de développement• Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de

traitement• DaVaW~2001 : Collection de widgets

sophistiqués• BBTK ~2006

Applications de traitement d’images• CreaTools Python ~2003 (DaVaW)• Maracas ~2004• CreaTools suite ~2008 (BBTK)

Savoir faire


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MaracasMAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted analysiS

C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Logiciel d’aide à l’analyse d’images médicales 3D

Logiciel interactif 3D pour la visualisation, l’analyse et la quantification de sténoses vasculaires

- IHM conviviale et utilisable par des médecins- Manipulation et traitement d’images 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets


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http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas/

BBTK Black

Box

Tool

Kit

C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de

traitements d’images et de maillages

- Capitalisation, pérennisation et auto-documentation d’algorithmes - Prototypage rapide : description de workflows par langage de script - Mécanisme de plug-in- Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants d’interface graphique et widgets évolués


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http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes





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Chaîne detraitement

Dev

. lo

gici

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel

Développement d’applications


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Chaîne detraitement

Dev

. lo

gici

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel

Développement d’applications Développement de librairies

BBTK

• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation

Efficacité de développement


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Problèmes:- Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de l’informatique nécessaire

Avantages:- Capitalisation du travail du laboratoire- Génération des interfaces rapide & simple- Documentation automatique

Problématique

//

Application

withEx. script définition

Module A

Module B

Module C

Module C

Module A Box A Box B Box C

ApplicationEx. Maracas - Creatools Python BBTK

Module B

Avant Aujourd'hui


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12/21

BBTKBBTK

CREACREA


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BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx

bbvtkbbvtkbbitkbbitk

CREACREA

bbwxbbwx bbwxvtkbbwxvtkbbvtkitkbbvtkitk

boostboost


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bbcreaImageIObbcreaImageIO

bbcreaMaracasVisubbcreaMaracasVisu

vtkvtk

wxwx

gdcmgdcm

SQLiteSQLiteBBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost

bbNewPackagebbNewPackage


12/21

Bbs: box, appli, examplesData

bbNewPackage

Bbs: box, appli, examplesData

bbNewPackage

box1box1 Box2Box2

personalLIBpersonalLIB

EXEEXE

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost

Box3Box3


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newProject-doc-appli (endUser)-libsrc-bbNewPackage

-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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CREA

newProject


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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BBTK

bbNewPackage


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BBTK


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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BBTK

box1


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12/21

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


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BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


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BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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-newProject-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProject-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProjectBIN -sln/Makefile-debug/release-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProjectBIN -sln/Makefile-debug/release-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

CMakeCode source Project to be compiled

Compilervisual C++ / gcc

Compilervisual C++ / gcc

lib.dllbblibappli.exe

lib.dllbblibappli.exe


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12/21


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12/21


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Collaboration avecL’ECAM pour la

visualisation en stéréo


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Images• img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été

repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée

• img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique

• img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail

• img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution

Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A


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img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de

produire une prothèse adaptée


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img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail


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img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique


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img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution


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Maracas IRM Quantification


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BBTK


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Merci

pour votre attention …

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Documents

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