La liste des projets de recherche doctorale qui suit, correspond aux sujets de thèse sur lesquels seront auditionnés les candidats lors du concours du 28 Juin et 29Juin 2012 à

l’Université de Rouen. Deux candidats, sélectionnés par le futur directeur de thèse seront auditionnés par sujet de thèse, dont au plus, un est titulaire d’un Master

recherche du périmètre de l’EdN BISE. Les informations relatives aux auditions sont précisées sur le site internet. Les convocations des candidats au concours interviendront durant la deuxième quinzaine de Juin. Pour faire acte de candidature, il est nécessaire

de contacter le futur directeur de thèse.

Caractérisation moléculaire des coronavirus équins et impact des infections à coronavirus dans la population équine française

Evaluation de la participation du canal cationique TRPM4 dans les troubles cardiaque d’origine

auriculaire

Contribution à l’évaluation et à la gestion de la qualité microbiologique de l’air dans l’habitat bas-normand : étude des habitations humides.

Chondrosarcomes : Physiopathologie et thérapie innovantes

Synthèse de ligands iodés en série indazole : application en imagerie SPECT

des récepteurs 5-HT4 centraux

Implication des récepteurs sérotoninergiques 5-HT7 dans le déclin mnésique lié à l’âge

Caractérisation du secretome bioactif impliqué dans la protection de l’œuf de seiche

Intérêt des ions carbones versus rayons X pour le traitement des glioblastomes : études des effets secondaires sur le tissu sain cérébral

Evaluation des effets résiduels attentionnels de traitements chroniques par hypnotiques associés ou

non à d’autres psychotropes chez le rat

EdNBISE Ecole doctorale

Normande Biologie Intégrative,

Santé, Environnement

Mécanismes de régulation de l’activation de la desintégrine et métalloprotéinase à motifs thrombospondines de type 4 (adamts-4) par l’activateur tissulaire du plasminogène (tPA) dans les

traumatismes médullaires

N-glycosylation et morphogénèse chez la diatomée, Phaeodactylum tricornutum

Mise en évidence du rôle des cellules gliales olfactives dans la neurogenèse du système olfactif primaire

Rôle de la consommation en acides gras polyinsaturés sur la physiopathologie des maladies

inflammatoires chroniques de l’intestin

Recherche de ligands du senseur bactérien pour les peptides natriurétiques, possédant une activité anti-bactérienne

Analyse des modifications de la spermiogenèse induites après maturation in vitro de tissu testiculaire

immature de souris

Transferts sédimentaires large-littoral en domaine macrotidal (Manche Est). Cas de la Baie de Somme

Cartographie mutationelle et caractérisation fonctionnelle d’éléments de régulation de l’épissage dans

des gènes de prédisposition aux cancers

Rôle de la circulation lymphatique cardiaque dans l'insuffisance cardiaque : impact fonctionnel de biothérapies pro-lymphangiogéniques

Réponses immunitaires vis-à-vis des antigènes exprimés par le muscle: étude des mécanismes de

tolérance et développement d'approches de tolérisation dans des modèles expérimentaux

Rôle neuroprotecteur de la sélénoprotéine T au cours du développement

Unité de recherche

EA 4655 Unité de Recherche Risques Microbiens U2RM

Sujet de thèse

Caractérisation moléculaire des coronavirus équins et impact des infections à coronavirus dans la population équine française Molecular characterization of Equine Coronavirus (E CoV) and disease burden of coronavirus infections in French horse po pulation.

Les thématiques principales de l’Unité de Recherche Risques Microbiens, concernent l’étude des réponses au stress et de la virulence chez les entérocoques (équipe E1 Stress et Virulence), l’étude de mécanismes de résistance aux antibiotiques chez les coques à Gram-positif dont les entérocoques (équipe E2 Antibio-Résistance) et des études d'épidémiologie virale (équipe E3 Virologie Respiratoire Comparée). C’est dans cette troisième équipe dont les travaux concernent plus précisément l’épidemiologie moléculaire à partir d'isolats recrutés pour les paramyxoviridae, la rougeole, et les virus de l'ordre des Nidovirales et des études du franchissement de barrières d'espèces que se déroulera la thèse Les coronavirus représentent un grand groupe de virus infectant de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux. Ces virus sont caractérisés par une diversité génétique importante et un potentiel évolutif élevé. Le coronavirus équin (ECoV) a été isolé la première fois en 1999 en Caroline du Nord. La souche ECoV NC99 constitue actuellement la seule souche prototype disponible. Un autre ECoV a été détecté en 2009 au Japon, il s’agit de l’isolat Tokachi09. Ce dernier, à ce jour, n’a été que partiellement caractérisé sur le plan moléculaire et semble appartenir à un lignage différent. Actuellement, aucune publication ne rapporte la détection d’un ECoV en Europe. Nous avons débuté en 2011, dans le cadre d’un Master 2, un travail préliminaire visant à mettre en évidence la présence éventuelle du ECoV sur le territoire français. Ce travail (en cours) a permis la détection moléculaire de trois ECoV (premiers résultats présentés sous forme de communication affichée au XIIth International Nidovirus Symposium, Michigan, US, 2011). L’objectif du travail de thèse est double : 1- la détermination du mode circulatoire et de l’impact des infections à ECoV dans la population équine française. Il s’agit d’étudier l’existence d’une éventuelle saisonnalité dans la survenue des infections à ECoV, de préciser la population cible (notamment la susceptibilité plus marquée des jeunes poulains), ainsi que le cadre nosologique, respiratoire, entérique, ou systémique. Les outils utilisés seront le dépistage moléculaire direct ainsi que la détection sérologique d’anticorps spécifiques permettant une étude de séroprévalence. Les échantillons

The main themes of the research unit “Unité de Recherche Risques Microbiens” are: the study of stress responses and virulence in enterococci (team E1 “Stress et Virulence”), the study of mechanisms of antibiotic resistance among Gram-positive cocci including enterococci (team E2 “Antibio-Résistance”) and studies of viral epidemiology (team E3 “Virologie Respiratoire Comparée”). It is in this third team whose work more precisely concerns the molecular epidemiology from isolates recruited for paramyxoviridae, measles, and viruses of the Nidovirales order and studies of crossing species barriers that the thesis will take place

Coronaviruses represents a great group of viruses infecting various species of mammals and birds. These viruses are characterized by an important genetic diversity and an high evolutive potential. Equine coronavirus (ECoV) have been isolated for the first time in 1999 in North Carolina. The ECoV NC99 strain constitutes the only prototype strain available. Another ECoV have been detected in 2009 in Japan, it is the Tokachi09 strain. This last, to date, have only been partially characterized on the molecular plan and seems to belong to a different lineage. Actually, there is no publication that reports the detection of an ECoV in Europe. We have started in 2011 (Master 2), a preliminary work aimed at bring out the possible presence of ECoV (first results submitted through a communication displayed at XIIth International Nidovirus Symposium, Michigan, US, 2011). Objectives of this thesis work are double: - The determination of the circulatory mode and

the impact of ECoV infections in the equine population in France. It is to study the existence of a possible seasonality in the occurrence of ECoV infections, to specify the target population (especially the greater susceptibility of young foals, as part of nosologic, respiratory, enteric or systemic. Tools used will be the direct molecular screening as the serologic detection of specific antibodies allowing a seroprevalence study. Sample necessaries for this type of study will be sampled as part of a protocol implemented with the collaboration of the Laboratoire Departemental Frank Duncombe and the Pôle de Compétitivité du cheval.

- The second objective is the study of the genetic diversity of this virus, within the

nécessaires à ce type d’étude seront prélevés dans un cadre protocolaire mis en place avec la collaboration du laboratoire départemental Frank Duncombe et le Pôle de compétitivité du cheval. 2- le second objectif est l’étude de la diversité génétique de ce virus, au sein du groupe « bovine-like » des beta-coronavirus. La caractérisation moléculaire complète des génomes viraux devrait permettre la mise en évidence éventuelle de différends lignages, de formes recombinantes notamment avec les coronavirus bovins et humains OC43 circulant sous formes d’épidémies annuelles hivernales en France. Un point important à souligner est la collaboration avec le Gluck Equine Research Center, à l’Université du Kentucky (Lexington, US, Pr. U. Balasuriya).

“bovine-like” group of beta-coronaviruses. The complete molecular characterization of the viral genomes should allow the possible highlight of different lineages, recombinant forms in particular with bovine and human coronaviruses OC43 circulating as annual winter outbreaks in France.

An important point to highlight is the collaboration with the Gluck Equine Research Center, at the University of Kentucky (Lexington, US, Pr. U. Balasuriya).

le candidat souhaité doit idéalement avoir obtenu un Master 2 de microbiologie, si possible dans le domaine virologique. Il doit avoir acquis les connaissances et le savoir faire technique minimum en biologie moléculaire, en bioinformatique, et en culture cellulaire

The desired candidate should ideally have obtained a Master in Microbiology, if possible in virology. He must have acquired the knowledge and technical expertise minimum in molecular biology, bioinformatics, and cell culture.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : VABRET Astrid, vabret-a@chu-caen.fr EA 4655 Risques microbiens

Université de Caen Tél. : + 33 2 31 27 25 54

Unité de recherche

EA 4650 Signalisation, électrophysiologie des lésio ns d'ischémie-reperfusion myocardique

Sujet de thèse

Evaluation de la participation du canal cationique TRPM4 dans les troubles cardiaque d’origine auriculaire Evaluation of the cationic channel TRPM4 participat ion in auricular cardiac dysfunctions

L’EA 4650 s’intéresse aux troubles cardiaques liés à l’Ischémie-reperfusion myocardique à la recherche de méthodes de cardioprotection. Nous étudions différents champs de l’activité cardiaque à l’aide des techniques suivantes: imagerie in-vivo (IRM) ; échographie ; techniques d’électrophysiologie permettant d’identifier les arythmies et leurs sources (ECG, microélectrode, patch-clamp) ; mesure de contractilité in-vitro ; techniques de biochimie (identification des voies de signalisation). Un point fort de l’équipe réside dans la participation, à la fois, de praticiens hospitaliers et de fondamentalistes, tant au niveau des statutaires que des étudiants accueillis. Cette pluridisciplinarité nous pousse à rechercher des protocoles expérimentaux au plus près des situations cliniques, dans un souci de transfert rapide chez l’homme

Un des thèmes de recherche de notre laboratoire concerne l’étude d’un canal cationique non-sélectif (NSCCa) correspondant à la protéine TRPM4, sur lequel nous avons une expertise depuis une douzaine d’année (16 publications). Nous avons décrit ses propriétés ainsi que son profil d’expression cardiaque. Nous venons de montrer son implication dans les arythmies d’ischémie-reperfusion myocardique au niveau du ventricule. Par ailleurs, nous avons participé à une étude identifiant des mutations de ce canal chez des personnes atteintes de troubles de la conduction cardiaque. Dans le cœur, le canal TRPM4 est majoritairement exprimé au niveau de l’oreillette. Nous avons récemment montré son implication dans le potentiel d’action auriculaire. Il reste à évaluer son implication dans les troubles liés aux pathologies auriculaires, une des causes majeures de troubles cardiaques. Ceci sera le thème central de cette thèse.

L’approche principale utilisée sera le

patch-clamp soit sur des cellules cardiaques isolées, sur une lignée cellulaire auriculaire cardiaque (HL-1) ou sur la lignée cellulaire (HEK) après expression hétérologue du TRPM4. L’utilisation de souris transgéniques est également envisagée. Le courant sera étudié à la fois au niveau global et au niveau moléculaire. Parallèlement, nous utiliserons la technique de microélectrode intracellulaire permettant l’enregistrement des potentiels d’actions sur des portions de tissus cardiaque. Les expériences utiliseront du tissu de petit mammifère (rat,

Our group (EA 4650) investigates myocardial ischemia-reperfusion induced perturbation, looking for cardioprotective proceedings. We study several fields in cardiac activity using the following techniques: in vivo-imagery (MRI); echography; electrophysiological technics to identify arrhythmias and their source (ECG, microelectrodes, patch-clamp); contractility in-vitro; biochemical techniques (identification of signaling pathways). One of our resources comes from the participation in the group of fundamental scientists and physicians from the hospital in both permanent staff and students. According to these multidisciplinary approaches, we looked for experimental protocols close to clinical situations, to facilitate rapid application to human.

During the last twelve years, we were interested on a non-selective cationic channel (NSCCa), corresponding to the TRPM4 protein, on which we have now a high expertise (16 publications). We already described its properties and its expression profile in the heart. We showed recently its implication in cardiac ischemia-reperfusion induced arrhythmias at the ventricular level. In addition, we participated in a study showing human mutations of the channel in patients with cardiac conduction diseases. In the heart, TRPM4 is mainly expressed in the atrium. We demonstrated its implication in auricular action potential. However, its implication in arrhythmias related to auricular dysfunction remains to be evaluated. This last point will be the aim of the thesis.

The main approach will be the patch-

clamp technique either on isolated cardiomyocytes or the cardiac cell line (HL-1) or a cell line (HEK) after heterologous TRPM4 expression. Experiments on transgenic mice are also considered. The current will be evaluated at the global level and at the molecular level. In parallel, we will use the intracellular microelectrode technique allowing the recording of action potentials on cardiac specimens. Experiments will be conducted on cardiac tissues from small mammals (mouse, rat). In addition, due to the presence in our group of cardiologist from the hospital of Caen, we also have tissues from human atrium. Finally, we develop an approach on pig hearts that will also be benefit since cardiac properties of this animal are close

souris). De plus, compte tenu de la participation dans l’équipe de cardiologues du CHU de Caen, nous auront aussi à disposition du tissu d’auricule humain, sur lequel nous avons une bonne expertise. Enfin, nous développons actuellement une étude sur le gros animal (cochon) qui sera également mise à profit, comme modèle animal ayant de très fortes similitudes au niveau cardiaque avec l’homme.

from those of human hearts.

Le candidat devra posséder une bonne connaissance théorique de l’électrophysiologie et, si possible, avoir déjà pratiqué la technique de microélectrode intracellulaire ou celle du patch-clamp

Candidate will have a good background in academic electrophysiology. An expertise in the practice of intracellular microelectrode or patch-clamp will be appreciated.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : GUINAMARD Romain, romain.guinamard@unicaen.fr EA 4650, Université de Caen, Tél. : 02.31.56.51.39

Unité de recherche

EA 4651 Aliments, Bioprocédés, Toxicologie, Environ nements

Sujet de thèse

Contribution à l’évaluation et à la gestion de la q ualité microbiologique de l’air dans l’habitat bas-normand : étude des hab itations humides Microbial Quality of Indoor Air: A Study of Damp Bu ildings in Low-Normandy.

L’unité ABTE est une unité pluridisciplinaire rassemblant des microbiologistes, toxicologues et chimistes se préoccupant de la qualité des aliments et des milieux aquatiques et aériens. Au sein de l’unité, le travail de l’équipe ToxEMAC consiste en la caractérisation des contaminants aériens, l’étude de leurs potentiels génotoxiques, pro-inflammatoires et mutagènes ainsi que l’évaluation de leur impact sanitaire. La qualité de l’air intérieur est une préoccupation croissante en terme de développement durable et de santé publique tant au plan régional que national. Certaines conditions d’humidité favorisent le développement de moisissures capables de dégrader les habitations et détériorer la santé des occupants. Ces contaminants biologiques sont susceptibles de produire des molécules toxiques telles que des mycotoxines ou des composés organiques volatils microbiens (COVM), aux propriétés génotoxiques et/ou inflammatoires. Le projet QUALITAIR propose de suivre la qualité microbiologique de l’air dans 100 à 150 habitats humides, en étudiant le lien entre la présence de ces contaminants et les facteurs environnementaux, structuraux (type d’habitation, matériaux) et comportementaux. L’étude conduite en partenariat avec le Service Communal d’Hygiène et de Santé de la Ville de Caen est basée sur des prélèvements d’air (bioaérosols) au sein d’habitations humides et leur analyse selon 2 volets expérimentaux complémentaires. Un volet microbiologique concerne la recherche et la quantification de contaminants microbiens majeurs tels que les moisissures, l’ergostérol (biomarqueur d’une exposition fongique), les mycotoxines, les endotoxines, les COVM et les β-1,3-D-glucanes. Un volet toxicologique consistera en l’étude des effets cytotoxiques, inflammatoires et génotoxiques des bioaérosols et des isolats fongiques d’intérêt préalablement caractérisés. Cette étude doit permettre de dresser un descriptif de la contamination microbiologique de l’air intérieur dans l’habitat humide, de déterminer les indicateurs les plus pertinents afin de préconiser des recommandations permettant au gestionnaire une meilleure maîtrise de la qualité de l’air intérieur. Elle doit également permettre une approche multi-contaminants par l’évaluation de la toxicité des composés présents en mélange dans les bioaérosols collectés.

ABTE is a multidisciplinary unit consisting of Microbiology, Toxicology and Chemistry. Its focus is research in 2 areas: - food safety and quality, - air pollution and health impact. The team ToxEMAC studies the characterization of air contaminants (chemical and biological pollutants) and their mechanisms associated with cancer and inflammatory effects. Its objective is to evaluate human exposure and health impact of contaminated aerosols.

Indoor air quality is an increasing problem with regard to sustainable development and public health. Indoor conditions characterized by dampness become a critical factor for mold proliferation and are recognized to cause deteriorations of the buildings and diverse adverse effects on the occupants. Microorganisms in buildings are likely to produce toxic compounds such as mycotoxins, endotoxins or microbial volatile organic compounds (MVOCs) that show cytotoxic, genotoxic and/or pro-inflammatory effects. The project QUALITAIR investigates the microbial constituents of bioaerosols collected in 100 to 150 damp homes. The houses are selected by the “Service Communal d’Hygiène et de Santé de la Ville de Caen” and data on building structure, health symptoms and housing conditions are reported in a standardized questionnaire. Bioaerosols are collected and analyzed with microbiological and toxicological tests. Microbiological analyses consist in the quantification of major microbial contaminants such as molds, ergosterol (biomarker for quantification of the fungal biomass), mycotoxins, endotoxins, MVOCs and β-1,3-D-glucans. Cytotoxic, genotoxic and inflammatory properties are evaluated from previously characterized bioaerosols and fungal isolates. The purpose of this study is to establish the microbiological profile of indoor air in damp homes. These results can be used to identify and choose the most relevant indicators for indoor air management. Moreover, this study gives new informative data on the toxicity of components and mixtures that form bioaerosols

le candidat devra posséder des compétences en Microbiologie (méthodes classiques de cultures, méthodes moléculaires), idéalement dans le domaine des champignons filamenteux. Il devra aussi posséder des compétences dans le domaine de la Toxicologie cellulaire et moléculaire (culture cellulaire en particulier). Le candidat devra également posséder de bonnes qualités relationnelles, le projet reposant sur un travail de terrain (prélèvements de bioaérosols et enquête auprès des habitants).

The candidate will have to possess skills in Microbiology (cultures and molecular methods), ideally in the field of Mycology. He will also have to possess skills in the field of the cellular and molecular Toxicology. Some knowledges on aerosol sampling and good relational capacities would be appreciated.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : David Garon, david.garon@unicaen.fr EA 4651, Université de Caen, Tél. : 02-31-45-52-21

Unité de recherche

EA 4652 Microenvironnement cellulaire et pathologie s

Sujet de thèse

Chondrosarcomes : Physiopathologie et thérapie inno vantes Chondrosarcomas : Physiopathology and innovative th erapies

L’unité EA 4652 MILPAT « Microenvironnement Cellulaire et Pathologies » de l’Université de Caen Basse-Normandie, est située au CHU de Caen. Les thématiques principales sont les suivantes : Physiopathologie du cartilage, thérapie cellulaire du cartilage, hémopathies malignes, radiobiologie. Elle dispose de plusieurs laboratoires de biologie moléculaire, de biochimie et de culture cellulaire. De plus, elle a un accès à différentes plateformes de la SFR ICORE (cytométrie, Animalerie CURB, Séquençeur haut débit Sésame, microscopie, etc). Les chondrosarcomes sont des tumeurs radio- et chimiorésistantes dont les traitements n’ont pas progressé depuis 30 ans. Leur prise en charge consiste à réaliser une résection suivie éventuellement d’une radiothérapie. Toutefois, cette dernière n’est pas systématique notamment lorsque la tumeur est située autour d’organes sensibles (cerveau, base du crâne, cou, moëlle épinière) mais également du fait de la résistance des chondrosarcomes aux radiothérapies conventionnelles (Rayons X). C’est une des raisons principales qui font de l’utilisation des ions carbone (en lieu et place des rayons X) un outil de choix pour ce genre de traitement. En effet, ce genre d’ions (appelés hadrons) possèdent un meilleur avantage balistique qui permet de sauvegarder les tissus aux alentours de la tumeur. Dans des expériences précédentes, nous avons montré i) Un effet différentiel sur différentes lignées de chondrosarcomes vis-à-vis des rayonnements (Rayons X Vs Ions Carbone), ii) une influence du microenvironnement (hypoxie) sur le comportement de certains chondrosarcomes lors de traitements par rayonnements et iii) une prédisposition des chondrosarcomes à une thérapie épigénétique par ciblage de la méthylation de la lysine 27 de l’Histone H3 (H3K27). Notre projet est accompagné de programmes financés par La Ligue contre le Cancer, le Cancéropôle Nord-Ouest, ainsi que la région Basse Normandie. Il vise donc à étudier la réponse des chondrosarcomes à de nouvelles stratégies thérapeutiques (hadronthérapie et thérapie épigénétique) tout en tenant compte du type de tumeur et de son environnement. Les résultats attendus apporteront des données nécessaires pour implémenter les TPS (« Treatment Planning System ») qui planifient les traitements en tenant compte du patient et de l’environnement tumoral. De plus, l’approche

The MILPAT Resarch unit belongs to University of Caen Basse-Normandie and is hosted in University Hospital Center of Caen. Our main research areas are: Cartilage physiopathology, Cell therapy of cartilage, Malignant hemopathies, and radiobiology. The unit is composed of different laboratories of cell culture, cell biology, biochemistry. Moreover, we have an access to several facilities (flow cytometry, NGS, animal facility, microscopy).

Chondrosarcomas are both chemo- and radioresistant tumors for which treatment did not evoluate during the last three decades. Their treatment consists in realizing a resection followed possibly by a radiotherapy. However, this latter is not used when the tumor is located around organs such as brain, base of the skull, neck or spinal cord, but also due to the resistance of chondrosarcomas to conventional radiotherapies (X-rays). It is one of the main reasons which make carbon ions use as a tool of choice for this kind of treatment. Indeed, these ions (called hadrons) possess a better ballistic efficiency which allows to protect tissues surrounding the tumor. In a previous study, we showed i) a differential response of different chondrosarcoma cell lines to radiations (X-rays Vs Carbon Ions), ii) an influence of the microenvironment (namely the hypoxic environment) on the behavior of some chondrosarcomas to radiations and iii) a predisposition of chondrosarcomas to an epigenetic therapy targeting the methylation of the lysine 27 of Histone H3 (H3K27). Our project aims to complete these observations and is accompanied by grants from the “Ligue contre le Cancer”, the “Cancéropôle Nord-Ouest”, as well as the “Région Basse-Normandie”. It also aims at studying the response of chondrosarcomas to new therapeutic strategies (hadrontherapy and epigenetic therapy) while taking into account the kind of tumor and its environment. The expected results will bring necessary data to implement the TPS (treatment planning system) which serve to schedule appropriate treatments by taking into account the patient and the tumor environment. Furthermore, the chemical approach by modulation of the methylation of histone H3 lysine 27 will allow to bring an adjuvant solution to the current treatments.

chimique par modulation de la méthylation de la lysine 27 de l’histone H3 permettra d’apporter une solution adjuvante aux traitements actuels. Le candidat devra être titulaire d’un M2R de Biologie ou équivalent et posséder une bonne expérience en biologie cellulaire et moléculaire. Il devra se montrer entreprenant, autonome tout en s’intégrant dans une équipe de recherche. Enfin, une première expérience d’irradiations de cellules (Rayons X, éventuellement Carbone) serait un atout supplémentaire.

The candidate must have a master degree (or M2R equivalent) in Cell Biology and have good skills in both cell and molecular biology. Candidates should be enterprising, autonomous while integrating a research group. Additionally, a first experience in irradiating cells (X Rays or Carbon ions) will be greatly appreciated.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : BOUMEDIENE Karim, karim.boumediene@unicaen.fr EA 4652, Université de Caen, Tél. : 02 31 06 82 18

Unité de recherche

EA 4258 Centre d'études et de Recherche sur le Médi cament de Normandie

Sujet de thèse

Synthèse de ligands iodés en série indazole : appli cation en imagerie SPECT des récepteurs 5-HT4 centraux Synthesis of ligands iodized in series indazole: ap plication in imaging SPECT of the receivers 5-HT4 exchanges

Le CERMN – UPRES EA4258 est un laboratoire de recherche de l’UFR des Sciences Pharmaceutiques de l’Université de Caen Basse-Normandie (http://www.cermn.unicaen.fr/). Le CERMN est membre de l’école doctorale normande de biologie intégrative, santé, environnement (EdN BISE 497), des réseaux interrégionaux CRUNCh Orga, LARC Neurosciences, de la Fédération de Recherche CNRS 3038 INC3M (Institut Normand de Chimie Moléculaire, Médicinale et Macromoléculaire) et du GIS CNRS « Chimiothèque Nationale ». Les activités du laboratoire se situent dans le domaine pharmaceutique principalement en Chimie Médicinale et Chémoinformatique ce qui place l’Unité à l’interface des domaines de la chimie, de l’Informatique, de la Biologie et de la Santé. Les domaines d’application sont plus particulièrement les neurosciences et la cancérologie. L’implication du récepteur 5-HT4 a été récemment démontrée dans certaines maladies neurodégénératives et notamment la maladie d’Alzheimer et représente de ce fait une cible prometteuse dans le traitement curatif de cette maladie. Outre cet aspect thérapie, le développement de ligands affins et sélectifs pour cette cible peut être mis à profit dans les techniques d’imagerie fonctionnelle. Celles-ci sont devenues essentielles pour l’étude du fonctionnement cérébral in vivo sans altérer son fonctionnement normal. Le succès de ces techniques d’imagerie est étroitement lié à l’obtention de radiotraceurs efficaces, et c’est dans cette thématique émergente au laboratoire que s’inscrit ce projet au travers de la recherche de radiotraceurs pour l’imagerie cérébrale des récepteurs 5-HT4. Il s’agira de concevoir et synthétiser de nouveaux ligands iodés des récepteurs 5-HT4 en série indazole qui constituera des précurseurs de radioligands marqués à l’iode 123 pour l’imagerie in vivo non invasive des récepteurs 5-HT4. De premiers résultats obtenus au laboratoire montrent en effet que les esters d’indazoles MR31700 et MR31702 sont très affins pour les récepteurs 5-HT4 et constituent à ce titre un point de départ prometteur pour la conception de ligands iodés. Les meilleurs composés seront radiomarqués à l’iode 123 en collaboration avec le Service de Neuropsychiatrie des Hôpitaux Universitaires de Genève (Dr Y. Charnay, P. Millet) puis évalués en tant que radiomarqueurs

The main activity of the research unit CERMN - EA4258 FR CNRS 3038 INC3M (http://www.cermn.unicaen.fr/) is focused on Drug Design projects in different therapeutics areas such as neurosciences and cancer and could beneficiate from its interdisciplinary expertise with specialist in synthetic chemistry, formulation science, chemoinformatics but also in chemolibrary constitution and valorization. 5-HT4R has recently been related to many neuropsychiatric disorders such as Alzheimer’s disease. Molecular imaging techniques, such as Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT) coupled with effective radioligands constitute suitable tools to explore functional roles of this receptor in vivo according to a non-invasive procedure. The proposal of this study aims at synthesizing new iodinated 5-HT4R ligands to evaluate their binding properties toward 5-HT4R Very recently, we started to explore a new scaffold for the design of 5-HT4R ligands. The first results show that indazole esters MR31700 and MR31702 exhibit high affinities for 5-HT4R and could be a promising starting point for the design of new potential iodinated compounds. The best iodinated compounds will then be used to synthesize precursors able to be radioiodinated. Radiolabelling of these precursors will be achieved in Geneva (Service de Neuropsychiatrie des Hôpitaux Universitaires de Genève (Dr Y. Charnay, P. Millet)) before being evaluated as SPECT radiotracers. These biological studies will take place first on in vitro models to evaluate their potency to bind 5-HT4R-containing brain structures and then in vivo on animals to evaluate their potential as new radiotracers. The objective of the project is to find a new suitable radiotracer of 5-HT4R which could be further used in vivo in imaging to study the functional role of 5-HT4R. This work will benefit from the strong experience of the two partners in chemistry and biology in a transversal collaborative project.

des récepteurs 5-HT4 par autoradiographie post-mortem et enfin ex vivo chez la souris pour déterminer leur passage de la barrière hémato-encéphalique. Les études en nano-SPECT seront également effectuées dans le cadre de cette collaboration déjà effective. Ce projet s’appuie sur la solide expérience du CERMN dans le domaine du développement de ligands sérotoninergiques des récepteurs 5-HT4, de la chimie de l’indazole et sur la grande expertise du Service de Neuropsychiatrie en radiomarquage et imagerie nano-SPECT.

NH

N

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N

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MR-31700 R=H pKi(5-HT4)=8.39MR-31702 R=Br pKi(5-HT4)=7.82

NH

N

OO

N

R

MR-31700 R=H pKi(5-HT4)=8.39MR-31702 R=Br pKi(5-HT4)=7.82

Le doctorant aura pour mission la synthèse et la caractérisation physicochimique de nouveaux composés hétérocycliques iodés en série indazole. Titulaire d'un Master recherche en chimie organique ou pharmacochimie, le candidat possèdera une solide expérience en chimie organique et particulièrement en chimie hétérocyclique ainsi qu'une maîtrise des méthodes analytiques (RMN, Spectroscopie de masse).

Applicants should have a M2 degree in Organic chemistry or medicinal chemistry with significant experience in modern synthetic methods, purification, and characterization of organic molecules using modern chromatographic and analytical techniques including NMR, LC/MS.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : COLLOT Valérie, valerie.collot@unicaen.fr EA 4258, Université de Caen, Tél. : 02 31 56 68 15

Unité de recherche

EA 4259 Groupe mémoire et plasticité comportemental e

Sujet de thèse

Implication des récepteurs sérotoninergiques 5-HT7 dans le déclin Imnésique lié à l’âge involvement of 5-HT 7 receptors in age-related memory decline

A l'aide de modèles animaux (souris, rat et seiche), le GMPc cherche à mieux comprendre les bases neurologiques et comportementales ainsi que les processus adaptatifs de la construction mnésique. Cette approche est réalisée par la mise au point de nouveaux outils comportementaux, l'identification des réseaux neuronaux impliqués dans ces processus, et l'étude de la plasticité comportementale. Le laboratoire s'intéresse plus particulièrement à l'implication du système sérotoninergique (notamment les récepteurs couplés positivement à l'adenylyl cyclase) dans la modulation des processus d'apprentissage et de mémoire. Ceci est réalisé à la fois en conditions physiologiques et physiopathologiques (vieillissement, maladies neurodégénératives et maladies psychiatriques) avec pour objectif d’identifier et de valider de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles dans ces domaines.

L’incidence croissante d’altérations cognitives liées au vieillissement de la population, ainsi que son poids socio-économique, sont un enjeu de santé publique. L’identification de nouvelles cibles, dans une perspective d’approches préventives et curatives optimales et non plus uniquement symptomatiques, est cruciale. Les récepteurs 5-HT7 (5-HT7R) pourraient constituer une cible idéale puisque 1) leur expression génique diminue de façon précoce au cours du vieillissement chez le rat, 2) la plasticité synaptique de l’hippocampe est altérée lorsqu’ils sont invalidés et 3) leur modulation pharmacologique améliore les performances de mémoire de type épisodique chez la souris comme démontré dans nos études préliminaires. Ces éléments suggèrent un rôle prépondérant des 5-HT7R dans la modulation des processus mnésiques ainsi que dans le déclin cognitif lié au vieillissement. Dans ce contexte, notre projet vise à mieux caractériser l’implication des 5-HT7R dans le déclin mnésique lié à l’âge et à en identifier ses mécanismes. A cette fin, des approches génétiques (souris invalidées pour le gène du 5-HT7R (5-HT7-/-) et pharmacologiques (ligands sélectifs pour les 5-HT7R) complémentaires seront mises en œuvre au cours du vieillissement chez la souris. Ainsi, nous évaluerons à travers ces modèles l’implication des 5-HT7R dans les performances en particulier de mémoire de type épisodique dont le déclin est précoce, (paradigmes de mémoire de reconnaissance) ainsi que les profils d’activation des circuits neuronaux (c-fos) et d’expression de

Through the use of animal models (mouse, rat and cuttlefish), the GMPc aims at understanding the neurobiological and the behavioural bases, as well as the adaptive processes of memory construction. This goal is achieved by setting up new behavioural tools, identifying neuronal networks involved in these processes, and studying behavioural plasticity. The laboratory is particularly interested in the involvement of the serotonergic system (especially the receptors positively coupled to the adenylate cyclase) in the modulation of learning and memory processes. These experiments are conducted in physiological and pathological conditions (aging, neurodegenerative and psychiatric disorders), with the ultimate aim to identify and validate potential new therapeutic targets against these pathologies. Increasing incidence of cognitive impairments related to population ageing and its socioeconomic impact, are a major public health challenge. Then it is crucial to identify new therapeutic targets, not only focusing on symptomatic strategies, but also aiming in prevention and health recovering. In this way, modulation of serotonergic 5-HT7 receptors (5-HT7R) could be an innovative approach since 1) gene expression of 5HT7R early decreases during senescence in rats, 2) synaptic plasticity of the hippocampus is altered in 5HT7R knocked-out mice, and 3) as we recently have showed in preliminary experiments, pharmacological modulation of 5HT7 improves episodic-like memory performance in mice. These data suggest a involvement of 5-HT7R in the modulation of memory processes and in the age-related cognitive decline. In this context, our project aims to shed light on the involvement of 5-HT 7 receptors in the age- related memory decline and to better understand the underlying mechanisms. To this end, the complementary use of knock-out mice with homozygous disruption of the 5HT7R gene (5-HT7-/ -) and selective ligands for 5HT7R, respectively, will be implemented throughout mice lifespan. More specially, we will assess, using these models, the implication of 5HT7R of episodic-memory decline in aging mice (paradigms of recognition memory) and its correlates in neural activation profiles particularly in the hippocampus (immunohistochemical study of c-fos). The expression of molecular partners involved in such memory processes will be also determined (e.g. ERK, CREB, BDNF). With

partenaires moléculaires (tels que ERK, CREB, BDNF) impliqués dans les processus mnésiques associés (immunohistochimie). Une attention particulière sera apportée à la neuroplasticité hippocampique avec une évaluation de la neurogenèse (immunohistochimie) et des phénomènes de renforcement synaptique (électrophysiologie). A plus long terme, ce projet pourra contribuer au développement d’une nouvelle stratégie thérapeutique en clinique.

immunohistochemistry and electrophysiological recordings as tools, a particular attention will be paid to hippocampal neuroplasticity during aging. The fulfillment of this project will help to develop a new therapeutic strategy in human.

Le candidat devra posséder des compétences en expérimentation animale, notamment dans la conduite de tests comportementaux d’ordre mnésique (modèles d’étude de la mémoire), et en pharmacologie. Une expérience en histologie est également souhaitable (cryomicrotome, immunohistochimie). Une formation en Neurosciences (incluant plus particulièrement la neurobiologie et la pharmacologie de la mémoire) est souhaitable.

The applicant must have skills in animal experimentation, particularly for behaviour related to memory functions and pharmacological studies. Expertise in histology (cryosection, metabolic histochemistry, immunohistochemistry) is required. The applicants profile should include a training in Neuroscience (a background in neurophysiological and neuropharmacological bases of learning and memory would be appreciated).

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Michel Boulouard, michel.boulouard@unicaen.fr EA 4259, Université de Caen, Tél. : 02 31 56 68 76

Unité de recherche

FRE 3484 Biologie des Mollusques marins et Ecosystè me Associés

Sujet de thèse

Caractérisation du secretome bioactif impliqué dans la protection de l’œuf de seiche Characterization of the bioactive secretome involve d in the protection of the egg of cuttlefish

La FRE3484 BioMEA est reconnue par l'institut écologie et environnement (INEE) du CNRS. Elle regroupe 31 personnels permanents et accueille une vingtaine de contractuels, L’objectif scientifique de BioMEA est l’étude écosystémique de mollusques marins exploités en développant une approche intégrative par la prise en compte de différents niveaux d'étude : moléculaire, cellulaire, au niveau de l’organisme et de son environnement. Ses recherches sont organisées selon 2 équipes thématiques (« Physiologie de la reproduction des Mollusques marins » et « Fonctionnement des écosystèmes marins exploités ») et s’inscrivent dans des programmes état-région (CPER ICORE, CPER GR2TC), nationaux (ANR Gametogene, Pharm@ecotox, Comanche) et européens (FP7 REPROSEED, Interreg IVA CHRONEXPO, CHARM3, CRESH). Le développement embryonnaire des juvéniles de seiches se déroule en milieu côtier dans un œuf ayant sa capsule pour seule protection vis-à-vis des microorganismes et des prédateurs. Il s’agit d’une structure complexe sécrétée par des glandes de l’appareil génital femelle (GAGF) avec la participation des glandes salivaires postérieures (GSP). Ce sujet propose d’identifier les mécanismes qui permettent aux pontes de résister aux agressions biotiques du milieu, par des investigations ciblées sur le secretome peptidique de l’œuf qui est composé de phéromones, de facteurs antimicrobiens, de répulsifs et de toxines. Ces composés majoritairement peptidiques seront identifiés par une approche combinant peptidomique et transcriptomique, les données transcriptomiques déjà disponibles sont par ailleurs en cours de complémentation grâce à une série de séquençages de novo en Illumina. Analyses in silico et peptidomique permettront de discriminer les produits d’expression sécrétés, alors que l’analyse structurale (ponts disulfures multiples, richesse en certains acides aminés, amidation C-ter, charge nette, etc.) et la mesure d’activité biologique sélectionneront les peptides bioactifs. Le profil d’expression des peptides bioactifs impliqués dans la protection des œufs permettra de comprendre les rôles respectifs des GAGF et des GSP dans la mise en place de mécanismes protecteurs pendant les premiers jours du développement embryonnaire. Notre groupe possède une expérience importante dans la caractérisation de peptides

FRE3484 BioMEA is supported by the CNRS Institute of Ecology and Environment (INEE). Its staff is composed of 31 permanent and about 20 contractual persons. The scientific project of BioMEA is to develop an ecosystemic approach on commercially exploited marine molluscs by taking into account studies at the molecular, cellular, organism and its environment levels. The unit’s research are organized in 2 thematic teams (“Reproductive physiology of marine mollusks” and “Functioning of exploited marine ecosystems”) and are listed in state-region (CPER ICORE, CPER GR2TC), national (ANR Gametogene, Pharm@ecotox, Comanche) and European ((FP7 REPROSEED, Interreg IVA CHRONEXPO, CHARM3, CRESH) programs.

The embryonic development of the young of cuttlefish takes place in coastal environment in an egg having its capsule for only protection towards microorganisms and predators. The capsule is a complex structure secreted by glands of the female genital apparatus (GFGA) with the cooperation of the posterior salivary glands ( PSG). This subject suggests identifying the mechanisms which allow the eggs to resist the attacks bioticks of the environment, by investigations targeted at the peptide secretome of the egg which consists of pheromones, antimicrobial factors, repulsive and of toxin. These mainly peptide compounds will be identified by a combining approach transcriptomics and peptidomics. The transcriptomic data already available are besides in the course of complementation thanks to a series of de novo sequencings by Illumina. Analyses in silico and peptidomic will allow discriminating between the secreted products of expression, while the structural analysis (multiple disulfide bonds, wealth in certain amino acids, C-ter amidation, net charge, etc.) and the measure of biological activity will select the bioactive peptides. The expression pattern of the bioactive peptides involved in the protection of eggs will allow understanding the respective roles of the GFGA and the PSG in the implementation of protective mechanisms during the first days of the embryonic development. Our group possesses an important experience in the characterization of bioactive peptides associated to the function of reproduction as well as patents and publications targeted at the

bioactifs associés à la fonction de reproduction ainsi que des brevets et publications ciblés sur les peptides antibactériens. Les résultats attendus viendront compléter des données fondamentales obtenues sur le contrôle de la ponte et le rôle des phéromones sexuelles (en cours de publication), l’ensemble étant en lien direct avec le recrutement printanier, paramètre déterminant pour le maintien de la ressource que constitue la seiche sur les côtes françaises.

antibacterial peptides. The expected results will come to complete fundamental data obtained on the control of the egg-laying and the role of sexual pheromones (in the course of publication), the set being in direct link with the spring recruitment, the parameter determining for the preservation of the resource which constitutes the cuttlefish on French coasts.

L’étudiant devra avoir une formation en physiologie des organismes marins, acquis des connaissances théoriques et pratiques en génomique, peptidomique et protéomique. Des notions de bioinformatique et traitement de données seront très appréciées

The student will have to have a training in physiology of the marine organisms, and have acquired the theoretical and practical knowledge in genomics, peptidomics and protéomics. Notions of biocomputing and data processing in the field will be very appreciated.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Céline Zatylny-Gaudin, celine.gaudin@unicaen.fr FRE 3484, Université de Caen, Tél. : 0231565596

Unité de recherche

UMR 6301 Imagerie et stratégies thérapeutiques des pathologies cérébrales et tumorales

Sujet de thèse

Intérêt des ions carbones versus rayons X pour le t raitement des glioblastomes : études des effets secondaires sur l e tissu sain cérébral Interest of carbon ions versus X-rays for the treat ment of glioblastoma: a comparative study of side effects on the healthy brain

Les recherches de l'unité «» (ISTCT) ont pour objectifs majeurs 1/ de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques impliqués dans certains désordres observés en oncologie, neurologie et psychiatrie et 2/ de développer des nouvelles stratégies thérapeutiques pour ces pathologies ainsi que des nouveaux outils d'imagerie biomédicale (TEP et IRM) pour le diagnostic et/ou pour l'évaluation de l’efficacité du traitement (marqueurs multimodaux, radiotraceurs, marqueurs anatomiques et fonctionnels du cerveau). Au sein de cette unité les recherches de l’équipe CERVOxy « Hypoxie, physiopathologies cérébrovasculaire et tumorale » se concentrent sur l’ischémie et les tumeurs cérébrales, pathologies qui, malgré une recherche intensive, demeurent des causes majeures de mortalité et pour lesquelles les thérapies efficaces sont encore très limitées. Ainsi, en dépit d'un traitement conventionnel associant la résection chirurgicale, la chimio- et la radiothérapie, la médiane de survie des patients atteints d'un glioblastome (GBM) ne dépasse pas 15 mois. La résistance aux traitements cytotoxiques de chimio- et radiothérapie de ces tumeurs s’explique en partie par le caractère hypoxique des GBM. Ce constat clinique amène à optimiser ces stratégies thérapeutiques conventionnelles. Le projet de recherche proposé s’inscrit dans cet objectif et ce dans le contexte de la radiothérapie (RT). Ainsi, si la RT conventionnelle appliquée aux patients atteints d’un GBM est basée sur l’utilisation des rayons X (RX), l’hadronthérapie, basée notamment sur l’utilisation d’ions carbones pourrait être d’une meilleure efficacité clinique pour le traitement des GBM, tumeurs hypoxiques particulièrement résistantes aux photons. En effet, les protons ou les ions carbones utilisés en hadronthérapie ont des propriétés balistiques qui assurent une efficacité anti-tumorale 1,5 à 3 fois supérieure aux RX. De façon tout aussi importante, la qualité de vie des patients est un critère majeur à prendre en considération dans l’identification du meilleur traitement. L’irradiation par ionisation directe permettrait également de limiter l’irradiation non-spécifique, propriété qui serait particulièrement pertinente pour préserver au mieux le cerveau sain environnant la tumeur. Toutefois, les données actuelles concernant le rapport bénéfice/risque de cette méthode innovante de radiothérapie sont encore fragmentaires. C’est pourquoi, l’objectif de ce

The main objectives of the researches of the proposed unit entitled “Imaging and therapeutical strategies in cerebral and tumoral pathologies” (ISTCT) are 1/ to better understand the pathophysiological mechanisms of major disorders in oncology, neurology and psychiatry and 2/ to develop novel therapeutic applications as well as new imaging tools (PET and MRI) for diagnosis and/or treatment efficiency evaluation (multimodal markers, radiotracers, cerebral anatomical and functional markers). In this unit, CERVOxy team « Hypoxia, cerebrovascular and tumoral physiopathologies », focus its researches on stroke and brain tumors, which, despite extensive research efforts, remain major causes of death with yet very limited therapies.

Among brain tumors, Glioblastoma (GBM) is a common and malignant primary brain tumor, the survival of which is estimated to be about 15 months after diagnosis despite current standard care with surgery, chemo and radiotherapy. The resistance of GBM to cytotoxic treatments (chemo and radiotherapy) is mainly due to the presence of hypoxic area in these tumors. Consequently, GBM need the use of high doses of radiotherapy which are associated with high rates of side effects. These clinical data encourage improving the current conventional radiotherapeutic approaches for GBM. In this context, hadrontherapy with carbon ions is a promising treatment alternative. Indeed, due to their inverted dose profile and the high local dose deposition within the Bragg peak, precise dose application and sparing of normal tissue is possible. Moreover, in comparison to photons, carbon ions, offering an increased relative biological effectiveness, should be evaluated for the treatment of patients with recurrent glioma. On the other hand, the maintenance of quality of life in patients with high-grade glioma is an important endpoint during treatment and primary aims of new therapies are to reduce morbidity, restore or preserve neurologic functions in particular by limiting adverse side effects. Carbon ions would also allow limiting the non-specific irradiation of the healthy brain surrounding the tumor. However, current data concerning the benefit/ risk ratio of this innovative method of radiotherapy are still fragmentary. Accordingly, the objective of this project is to undertake a reference study allowing to compare at the preclinical level, the effects of carbon ions to photons on the cerebral healthy tissue, and so ,to estimate the side effects of this

projet est de mener une étude de référence permettant de comparer à l’échelle pré-clinique, les effets des ions carbones à ceux des RX sur le tissu sain cérébral et ainsi d’évaluer les effets secondaires de cette radiothérapie innovante sur le tissu cérébral sain environnant la tumeur dont les conséquences peuvent être particulièrement délétères lorsqu’on s’adresse au cerveau.

innovative radiotherapy which could be particularly deleterious when we address the cerebral tissue.

Formation : Master2 Recherche avec des connaissances en Neurosciences. Le candidat aura des connaissances sur les processus de neurogenèse, gliomagenèse dans le cerveau adulte ; sur les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans les processus de plasticité cérébrale. Des compétences en cultures cellulaires, cultures primaires de cellules nerveuses (astrocytes, neurones), immunohistochimie (perfusion intracardiaque, coupes histologiques) seraient souhaitées avec ou non des compétences en comportement chez le rongeur et/ou des compétences en radiobiologie.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Edwige Petit, epetit@cyceron.fr UMR 6301, Université de Caen, Tél. : 02 31 47 01 05

Unité de recherche

U 1075 Mobilités : Attention, Orientation & Chronob iologie

Sujet de thèse

Evaluation des effets résiduels attentionnels de tr aitements chroniques par hypotoniques associés ou non à d’autres psychot ropes chez le Valuation of attention a residual effects of chroni c treatments by hypnotic associated or not to other psychotropic du gs in the rat

Le projet d’équipe est l’étude des processus cognitifs intervenant dans les mobilités ainsi que leurs facteurs de variation temporels - en conditions normale et pathologique - et leur réhabilitation. Trois axes complémentaires sont déclinés au sein des thématiques de l’équipe : deux concernent chacun un type de mobilité - les déplacements routiers et la déambulation - et le troisième concernant un modèle de mobilité, l’oculomotricité. Selon les études épidémiologiques, les hypnotiques augmenteraient d’un facteur 2 à 5 le risque d’accidents routiers. Depuis plusieurs années et dans le but d’objectiver les résultats obtenus par les études épidémiologiques, notre équipe de recherche s’intéresse aux effets des hypnotiques sur les aptitudes à la conduite automobile en utilisant notamment des tests sur simulateur. Des effets résiduels du zolpidem sur les performances de conduite automobile ont été pour la première fois mis en évidence chez des sujets vieillissants (55-65 ans) et suggèrent une sous-estimation du risque lié à la prise de ce type d’hypnotiques. Si les effets résiduels d’une administration unique de zolpidem à des sujets naïfs d’hypnotiques peuvent facilement être étudiés chez l’Homme, les effets résiduels d’une administration réitérée de cette molécule sur les processus attentionnels et les aptitudes à la conduite automobile sont plus difficiles à concevoir en termes de coût et de contraintes. Or, la plupart du temps, les patients ayant recours aux hypnotiques consomment ces traitements sur plusieurs semaines et non en prise unique. De plus, dans certains cas, la consommation conjointe d’autres psychotropes, en particulier d’anxiolytiques, d’analgésiques de type morphinique mais également d’alcool pourrait encore accroître le risque accidentogène. Les effets de ce type d’association paraissent encore plus compliqués à étudier chez l’Homme pour des raisons évidentes d’éthiques. Dans ce contexte et afin de compléter les données obtenues chez l’Homme, nous proposons donc d’étudier les effets résiduels de prise chronique d’hypnotiques chez le rat, grâce à des tests comportementaux adaptés aux rongeurs et permettant d’étudier les processus attentionnels et les fonctions exécutives (Test ID/ED, 5CSRTT). Dans un second temps des études d’association à d’autres psychotropes en prise aiguë seront également mises en œuvre et les mécanismes neuronaux sous-tendant ces effets seront également

The team project concern the study of the cognitive processes occurring in the mobilities as well as their temporal factors of variation - in normal and pathological conditions - and their rehabilitation. Three additional axes are declined within the research themes: two concern each a type of mobility - the road movements and the ambulatory processes - and third concerning a model of mobility, the oculomotricity According to the epidemiological studies, hypnotic would increase the risk of road crash by a factor of 2 from 5. For several years and with the aim to objectivize the results obtained by the epidemiological studies, the INSERM ERI27 team studied the hypnotic effects on the capacities in the driving by using simulated driving test. Residual effects of the zolpidem on driving performance were highlighted for the first time in ageing subjects (55-65 years) and suggest an underestimate of the risk linked to the consummation of this type of hypnotic. If the residual effects of a unique administration of zolpidem on subjects naive to hypnotic can be easily studied in Human, the residual effects of repeated administration on the attentionnels processes and the driving perfomance are more difficult to design in terms of cost and constraints. Indeed, most of time, patients using hypnotics over several weeks and not in unique intake. Furthermore, the joint consumption of psychotropic drugs is frequent, particularly anxiolytics, analgesic derivate from morphine but also alcohol could also increase the driving risk. The effects of this type of association seem even more complicated to study in Human for evident reasons of ethics. In this context, and to complete the data obtained in Human, we would studied the residual effects of chronic intake of hypnotic in the rat with behavioral tests adapted to study attentionnel processes and executive functions in rodents (Test ID/ED and 5CSRTT). In a second time, effects of association with other psychotropics drugs in acute intake were also evaluated. The neuronal mechanisms underlying these effects will also be studied

caractérisés. Le candidat, de formation scientifique (Master 2 validé avant le début de la thèse) avec si possible des connaissances dans le domaine de la neuropharmacologie, devra avoir une expérience acquise de la mise en œuvre de tests comportementaux chez le rongeur (avoir effectué un ou des stages au sein d’équipes spécialisées dans les études comportementales chez l’animal).

The candidate must have a scientific formation (5th year of university (master 2) validated before the beginning of the thesis), with if possible, some knowledge in neuropharmacology field. He must have acquired experience in behavioral research in rodents (have made one or several training period in teams specialized in the behavioral studies in animals).

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Dr LELONG-BOULOUARD Véronique, lelongboulouard-v@chu-caen.fr U 1075, Université de Caen, Tél. : 02.31.06.33.41 (06.80.38.77.74)

Unité de recherche

U 919 Sérine protéases et physiopathologie de l'uni té neurovasculaire

Sujet de thèse

Mécanismes de régulation de l’activation de la desi ntégrine et métalloprotéinase à motifs thrombospondines de type 4 (adamts- 4) par l’activateur tissulaire du plasminogène (tPA) dans les traumatismes médullaires Mechanisms underlying the activation of the disinte grin and metalloproteinase with thrombospondin motifs (ADAMT S-4) by the tissue-type plasminogen activator (tPA) in spinal c ord injuries.

L'unité INSERM UMR-S919 « sérine protéases et physiopathologie de l'unité neurovasculaire » est une équipe travaillant dans le domaine des protéases et leurs fonctions aux sein du système nerveux central. Cette équipe a été la première à démontrer les mécanismes par lesquels l'activateur tissulaire du plasminogène (tPA) influençait la neurotransmission glutamatergique et est aujourd’hui une équipe « leader » du domaine. Ses expertises s’étendent de la biologie moléculaire et cellulaire jusqu’à la physiologie animale chez le rongeur et le primate. L'unité INSERM UMR-S U919 est hébergée au sein du GIP Cyceron, à Caen. Elle bénéficie d’une grande expérience de projets collaboratifs nationaux et internationaux. La prise en charge et le traitement des traumatismes médullaires (TM) sont des enjeux médicaux et économiques importants, sources de nombreuses études cliniques et expérimentales. Malgré ces efforts il n’existe à ce jour aucun traitement pour cette pathologie. Afin de limiter l’étendue des lésions secondaires à un TM, la recherche oriente ses efforts vers des stratégies de neuroprotection/neurorégénération dont le but est de contrer les effets délétères de la cicatrice gliale. De récents travaux menés au sein de l’unité INSERM UMR-S U919 ont montré que l’activateur tissulaire du plasminogène (tPA) régule la désintégrine et métalloprotéinase à motifs thrombospondines de type 4 (ADAMTS-4) in vivo (TM par compression chez le rat) et in vitro (cultures mixtes de neurones et de cellules gliales de la moelle épinière). Le tPA est une sérine protéase, initialement caractérisée dans le système vasculaire, et plus récemment décrite comme jouant des rôles pléiotropiques au sein du système nerveux central (SNC), dont la neuromodulation et des effets neurotrophiques. ADAMTS-4 a été identifiée dans le SNC mais ses rôles ne sont pas encore connus. De façon intéressante, ADAMTS-4 est décrite dans le cartilage où elle promeut la dégradation des chondroïtine-sulfate protéoglycanes (CSPG). Les CSPGs, libérées par les astrocytes présents dans la cicatrice gliale, sont des molécules inhibitrices de la régénération axonale. Bien que les mécanismes de l'activation d'ADAMTS- 4 par le tPA soient encore mal connus, leur compréhension pourrait apporter les bases

INSERM UMR-S U919 « serine proteases et pathophysiology of the neurovascular unit » is a leading group in the field of proteases and their influences in functions and dysfunctions of the central nervous system. This group was the first one to demonstrate the mechanisms through which the protease, tissue plasminogen activator (tPA), is capable to promote the glutamatergic neurotransmission. Its expertises extend from molecular and cellular biology to animal physiology in rodents and primates. INSERM UMR-S U919 is hosted in GIP Cyceron, in Caen. It benefits from a large experience of collaborative projects including EU networks. The management and treatment of spinal cord injuries (SCI) represent important medical and economical challenges and are accordingly the focus of a number of clinical and experimental studies. Despite these efforts, no treatment has proven its efficacy so far. To limit the extent of the secondary lesions occurring after SCI, research has turned its efforts towards strategies of neuroprotection/neuroregeneration. Altogether, the aims of these approaches are to limit the deleterious effects of the glial scar. Recent data obtained in our team, INSERM UMR-S U919, showed that tissue-type plasminogen activator (tPA) is regulating a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs (ADAMTS-4) in vivo in a model of SCI by compression in rats and in vitro in mixed cultures of spinal cord-derived neurons and glial cells. tPA is a serine protease, initially characterized in the circulation and more recently described to display pleiotropic functions within the central nervous system (CNS), including neuromodulation and neurotrophic effects. ADAMTS-4 is a thrombospondin containing metalloproteinase, identified in the CNS, but so far with no identified roles. Interestingly, this metalloproteinase is reported in the cartilage to promote the degradation of chondroitine sulfate proteoglycans (CSPGs). Remarkably, CSPGs, released by reactive astrocytes forming the glial scar, are growth inhibitory molecules regulating axonal regeneration. Thus, although the mechanisms underlying the activation of ADAMTS-4 by tPA remain poorly understood, they could provide original targets to improve the efficacy of SCI treatment. Thus, we will focus our research on

nécessaires à l’amélioration de la prise en charge des patients atteints. Ainsi, notre intérêt se porte autour de deux grands axes : i/ comprendre l'influence d'ADAMTS-4 dans la physiopathologie du SNC à l’aide de souris déficientes en ADAMTS-4, ii/ décrire les mécanismes moléculaires par lesquels le tPA régule l’activation d’ADAMTS-4 in vivo et in vitro et ceci avec un intérêt particulier pour les traumatismes de la moelle épinière.

two main goals: i/ to understand the influence of ADAMTS-4 in the physiopathology of the CNS by using ADAMTS-4 knock-out animals subjected to a set of CNS injuries, ii/ to describe the molecular mechanisms by which tPA may control the activation of ADAMTS-4 both in vitro and in vivo, with a particular interest in SCI.

Le candidat devra démontrer de bonnes connaissances dans les domaines des neurosciences cellulaires et intégrées, et une bonne compréhension des problématiques relatives aux traumatismes médullaires

The candidate should have a good background in cellular and integrated neurosciences and an experience on the topic of spinal cord injuries

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Emery Evelyne, emery-e@chu-caen.fr U 919, Université de Caen, Tél. : 02 31 06 46 05

Unité de recherche

EA4358 Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Vég étale

Sujet de thèse

N-glycosylation et morphogénèse chez la diatomée, Phaeodactylum tricornutum N-glycosylation and morphogenesis in the diatom, Phaeodactylum tricornutum

Le laboratoire Glyco-MEV mène une recherche axée sur l’étude de la structure et des fonctions des polysaccharides et glycoconjugués chez les végétaux (plantes supérieures et microalgues). Les principaux aspects de cette recherche sont l’étude de: 1- les fonctions des polysaccharides de la paroi dans les processus d’adhésion cellulaire, 2- l’organisation golgienne des enzymes de biosynthèse des polysaccharides, 3- les fonctions des polysaccharides dans la mise en place et la dynamique de la paroi et 4- la biosynthèse des N-glycannes chez les microalgues et la production par celles-ci de protéines thérapeutiques. La N-glycosylation est un processus de modification post-traductionnel essentiel dans la biosynthèse des protéines chez les eucaryotes. Ce processus est bien décrit chez les plantes et les mammifères. Au contraire, peu d’informations sont disponibles chez les microalgues. Le laboratoire a initié récemment une étude visant à étudier les processus de N-glcosylation chez une diatomée pennée, Phaeodactylum tricornutum. Cette microalgue est particulièrement intéressante car elle est capable de vivre sous 3 morphotypes distincts qui sont ovale, fusiforme et triradié. Les études préliminaires ont permis d’identifier dans le génome du morphotype fusiforme, des gènes orthologues de N-glycosylation (Cadoret et al., 2009 patent; Baiet et al., 2011). De plus, l’analyse des glycannes présentes sur les protéines endogènes du morphotype fusiforme a démontré la présence de N-glycannes oligommanosidiques (Baiet et al., 2011). Le gène codant pour la N-acétylglucosaminyltransférase I (GnT I) a été cloné et exprimé dans les cellules de Hamster chinois Lec1 déficientes en activité GnT I. Cette complémentation fonctionnelle a permis de caractériser la première glycosyltransférase de microalgue (Baiet et al., 2011). Cependant, aucun N-glycanne reflétant l’action de cette enzyme n’a été identifié dans le morphotype fusiforme alors que les données d’EST démontrent la présence d’ARNm de GnT I dans le morphotype ovale. L’objectif de cette thèse est donc d’étudier la N-glycosylation en relation avec la morphogénèse chez P. tricornutum. Des expériences de « gene silencing » et de surexpression de la GnT I seront réalisées afin d’évaluer le rôle joué par cette enzyme dans la maturation des glycannes au sein des différents morphotypes. Parallèlement, des études

The objectives of the laboratory « Glyco-MEV » aim at investigating the structure-function relationship of polysaccharides and glycoconjugates in plants and microalgae. Main aspects of this research concern the study of: 1- the function of plant cell wall polysaccharides in cell adhesion, 2- the sub-cellular organisation of Golgi enzymes involved in the biosynthesis of polysaccharides, 3- the function of polysaccharides in the formation and dynamic of the plant cell walls and 4- the biosynthesis of N-linked glycans and the production of therapeutic proteins in microalgae.

N-glycosylation is a major post-translational modification of the proteins in eukaryotes. While N-glycan processing and functions are well known in mammals and plants, little information regarding this pathway in microalgae is currently available. Microalgae are a group of microorganisms which are really diverse. Among those, the GLYCO-MEV laboratory had recently started to characterize the glycosylation pathway of one pennate diatom called Phaeodactylum tricornutum which is able to live under 3 different morphotypes, fusiforme, ovale and triradiate. Preliminary studies lead to the identification of N-glycosylation orthologs genes present in the fusiforme morphotype genome (Cadoret et al., 2009 patent; Baiet et al., 2011). Moreover, P. tricornutum fusiforme endogenous glycoproteins are bearing mainly oligomannosides going from Man-5 to Man-9 (Baiet et al., 2011). The predicted N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I) gene from P. tricornutum is able to complement the maturation of complex-type N-glycans in the Chinese Hamster Ovary Lec1 mutant which is defective in its endogenous GnT I. However, no N-glycans reflecting the effect of this particular enzyme has been identified in the P. tricornutum fusiform morphotype (Baiet et al., 2011, Bardor et al., 2011 patent). However, EST data suggest the expression of this gene in the ovale morphotype. Based on those results, the aim of this PhD project is to understand the maturation of the N-glycans during P. tricornutum morphogenesis. First, gene silencing and overexpression of the endogeneous GnT I will help to demonstrate the importance of such enzyme on the different morphotypes. The comparative N-glycosylation analysis and transcriptomic study will be performed on the 3 morphotypes and will help to discover the differential N-glycosylation

comparées de la N-glycosylation, du protéome golgien et du transcriptome des 3 morphotypes permettront de lever le voile sur la maturation différentielle des N-glycannes durant la morphogénèse.

maturation in the morphogenesis. In complement, a golgi proteomic study performed in parallel will unravel which particular glycoenzymes are expressed in the 3 morphotypes.

Le candidat devra posséder une solide formation en Biochimie et Biologie moléculaire, notamment en ce qui concerne le clonage et la caractérisation de glycosyltransférases. Une formation complémentaire en chromatographie et spectrométrie de masse sera également appréciée

The suitable candidate should have biochemistry background as well as some molecular biology, especially regarding the cloning and characterisation of glycosyltransferases. Training regarding chromatography and mass spectrometry analysis would be appreciate.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012 Contact : Muriel BARDOR, muriel.bardor@univ-rouen.fr

EA 4358, Université de Rouen, Tél. : 02 35 14 6394

Unité de recherche

EA 3830 Groupe de recherche sur le handicap ventila toire

Sujet de thèse

Mise en évidence du rôle des cellules gliales olfac tives dans la neurogenèse du système olfactif primaire Highlighting the role of olfactory ensheathing cell s in neurogenesis of primary olfactory system

La thématique de notre équipe de Recherche est centrée sur la mise au point de nouveaux outils thérapeutiques du Handicap Ventilatoire, entité qui concerne à travers ses étiologies pulmonaires et ORL près de 500000 patients à l’heure actuelle en France. Notre groupe - constitué de chercheurs issus d'équipes cliniques hospitalières, d'un laboratoire spécialisé dans le traitement mathématique du signal et d'un laboratoire de chirurgie expérimentale - mène ses travaux selon deux axes de recherche complémentaires et imbriqués Le système olfactif primaire possède la capacité unique de former de nouveaux neurones et ce même à l’âge adulte. La capacité de régénération des neurones olfactifs primaires (NOP) est en partie due à la présence de cellules gliales spécialisées ; les cellules gliales olfactives (CGO). En effet, les CGO vont accompagner les axones des neurones en repousse, en les engainant sans les myéliniser et sans spécificité, depuis la lamina propria jusqu’aux bulbes olfactifs. Au niveau bulbaire, les neurones organisés de manière non spécifique seront défasciculés puis refasciculés spécifiquement afin de permettre une reconnaissance des odeurs. Dans le Laboratoire nous avons pu identifier différentes sous populations de CGO pouvant expliquer ces différents phénomènes physiologiques (fasciculation, défasciculation et adressage spécifique). Nous avons également pu identifier in vitro que les facteurs diffusibles sécrétées par les fibroblastes (FDF) étaient capables d’induire cette différentiation cellulaire. Le but de ce travail doctoral est dans un premier temps d’isoler in vitro les facteurs diffusibles fibroblastiques, puis dans un second temps de valider ces mécanismes dans des modèles in vivo. En effet, à ce jour le rôle précis des CGO dans la spécificité de repousse des NOP n’a pas pu être démontré. Ainsi, il est envisager la mise au point d’un modèle de souris KO pour le FDF. En particulier, il est espéré qu’une perte d’expression de ce facteur dépléterait la sous population cellulaire responsable de la guidance axonale, de ce fait l’adressage spécifique des NOP vers leurs glomérules cibles seraient perdus. La perte de spécificité olfactive serait alors validée par des techniques électrophysiologiques et comportementales. Un tel projet permettrait une meilleure compréhension des mécanismes régulant la régénération du système olfactif primaire, ce qui

The main concern of our Research Group EA 3830, GRHV (Ventilatory Handicap Research Group) is the comprehensive approach of the ventilatory handicap, and its treatment. Our research team works on 3 main subjects : 1) rehabilitation of the neuromuscular dysfunctions of the aerodigestive tract, 2) rehabilitation of diaphragm dysfunctions, and 3) treatment of chronic and acute respiratory failure by mechanical ventilation.

Our team, with its researchers from different origins, mainly provided by medical departments, with mathematic interface, physiology laboratory, and experimental surgery laboratory, develops basic, experimental and clinical research. The olfactory system is unusual in that the olfactory neurons are regularly renewed throughout life. This remarkable ability is thought to be in part due to a unique type of glial cells, the olfactory ensheathing cells (OECs). Indeed, OECs participate in the growth and guidance of primary olfactory neurons from olfactory epithelium to olfactory bulbs (OB). In OB, olfactory axons, which are randomly arranged, were defasciculated and specifically conducted to their target glomeruli. Our team has previously isolated and characterized the distinct sub-populations of OECs present in OB (OB-OECs) which could explain neurogenesis of primary olfactory neurons. Thus, it has been hypothesized, based on in vitro studies, that distinct populations of OB-OECs could be implicated in fundamental and opposite biological processes, such as fasciculation, cell sorting and axonal guidance. Moreover, we have demonstrated that Fibroblasts play a crucial role for induction of these specific populations via secretion of Diffusible Factors (FDF). The main aim of this thesis project is, in a first time, to isolate in vitro the FDF and in a second time to validate these mechanisms by in vivo approaches. In fact, to our knowledge, there is no evidence about the main role that could be played by OECs during neurogenesis of primary olfactory neurons (PON). Thus, it could be envisaged to create a KO mouse for FDF. We could explain a complete depletion of the sub populations of OECs implicated in PON targeting and a loss of odor recognition. This loss of odor recognition could be demonstrated by electrophysiological and behavioral analyses. This project could permit to increase knowledge

permettrait de mieux comprendre pourquoi une telle régénération est aussi limitée dans le reste du système nerveux central.

about the cellular and molecular mechanisms implicated in olfactory neurogenesis, and permit, in part, to explain why these processes do not occur after injury in central nervous system.

Master 2 sciences biologiques. Connaissances en culture cellulaire. Capacité à collaborer avec d’autres équipes scientifiques (écoute, dialogue)

Expertise in culture cell. Capacity to collaborate with other teams

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Jean Paul Marie, Jean-Paul.Marie@chu-rouen.fr EA3830, Université de Rouen, Tél. : 06 11 30 58 85

Unité de recherche

EA 4312 Laboratoire de Microbiologie Signaux et Mic roenvironnement

Sujet de thèse

Recherche de ligands du senseur bactérien pour les peptides natriurétiques, possédant une activité anti-bactéri enne Anti-virulence activity of agonists and antagonists of the natriuretic peptide bacterial sensor.

Le LMSM est une mono-équipe dont la thématique générale est définie comme étant l’étude du rôle de la communication et des facteurs environnementaux ou eucaryotes dans l’adaptation et la virulence bactériennes. Notre programme de recherche aborde la question des mécanismes physiologiques et moléculaires de l'adaptation bactérienne à deux niveaux: la transduction immédiate des signaux par les protéines membranaires et les systèmes de régulation génomiques ou épigénétiques impliqués dans cette adaptation. Le modèle principal du LMSM demeure les bactéries à Gram négatif du genre Pseudomonas. L'objectif de cette thèse est d'identifier le senseur de Pseudomonas aeruginosa pour les peptides natriurétiques et de proposer de nouveaux agents thérapeutiques capables de bloquer ce senseur et de réduire la virulence bactérienne.

Nous avons mis en évidence au sein de notre Laboratoire (LMSM) que les peptides natriurétiques, des hormones et neuromodulateurs de mammifères, sont capables d'augmenter la cytotoxicité (in vitro) et la virulence globale (in vivo) de P. aeruginosa (Veron et al., 2007; Blier et al., 2011). Cet effet pro-virulent des peptides natriurétiques (CNP en particulier) sur P. aeruginosa apparaît consécutif à l’activation d’un senseur bactérien pour ces hormones (Veron et al., 2007) qui, via une cascade de signalisation intra-bactérienne aujourd’hui décrypté en partie, aboutit à une augmentation de la sécrétion d’HCN et d’exotoxine A ainsi qu’à une réorganisation de la structure du LPS (Blier et al., 2011).

Cependant, la nature exacte du senseur bactérien pour ces peptides reste inconnue. Un faisceau de données physiologiques et issues de modélisation suggère que la protéine AmiC pourrait être ce senseur. Nous avons également observé par docking moléculaire que le CNP et l'isatine, un antagoniste des récepteurs pour les peptides natriurétiques chez les eucaryotes, se lient à la protéine AmiC sur le même site, suggérant que l'isatine pourrait aussi constituer un antagoniste pour les peptides natriurétiques au niveau bactérien.

Cette allocation de thèse permettra d’identifier le senseur bactérien du CNP et de proposer la synthèse d'antagonistes (isatine-like) de ce senseur capables de bloquer la virulence des bactéries du genre Pseudomonas. Au-delà de la valorisation par voie de publication de cette stratégie de lutte anti-bactérienne par des

The LMSM is a single team group whose central research topic is the role of communication, environmental and host factors on bacterial adaptation and virulence. Our research program approaches the question of the physiological and molecular mechanisms of bacterial adaptation at two levels: the immediate transduction of the signals by membrane proteins and the genetic, or epigenetic, regulatory systems involved in this adaptation. The main model of the LMSM remains Gram-negative bacteria of the genus Pseudomonas.

This project aims at identifying the bacterial natriuretic peptide sensor in the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa and to designing drugs able to block this sensor in order to reduce bacterial virulence.

Studies performed in our Laboratory (LMSM) have shown that natriuretic peptides, eukaryotic hormones and neuromodulators, are able to increase in-vitro and in-vivo the cytotoxicity and virulence of P. aeruginosa (Veron et al., 2007; Blier et al., 2011). The pro-virulent effect of natriuretic peptides (CNP particularly) on P. aeruginosa appears mediated by the activation of a bacterial sensor sensitive to these hormones (Veron et al., 2007) which, via a intra-bacterial signalling cascade nowadays essentially decrypted, leads to an increase of HCN and exotoxin A production and to rearrangement of LPS structure (Blier et al., 2011).

However, the bacterial sensor for these peptides remains to be identified. Several lines of evidences from physiological and in-silico studies suggest that the protein AmiC should be this sensor. We also observed by a molecular docking approach that both CNP and isatine, a eukaryotic natriuretic peptide receptor antagonist, can bind AmiC on the same site, suggesting that isatine should be also an antagonist of natriuretic peptides in bacteria.

This grant will allow the identification of the bacterial sensor of CNP and the design of synthetic isatin-like antagonists of this sensor able to reduce the virulence of bacteria of the genus Pseudomonas. Besides valorization by publication of this anti-bacterial strategy through non-antibiotic molecules, yet protected by a French Soleau deposit, we can plan that this work will lead to patenting of one or several active compounds

molécules non-antibiotiques, déjà protégée par une enveloppe Soleau, cette étude devrait aboutir à la rédaction d’un ou plusieurs brevets.

Le candidat devra identifier le senseur bactérien exprimé par les Pseudomonas en utilisant une double approche moléculaire et pharmacologique. Le candidat devra donc posséder des connaissances transdisciplinaires, de la microbiologie à la biologie cellulaire des cellules eucaryotes (liaison aux récepteurs et transduction du signal) et également maîtriser les approches protéomiques. Le candidat devra posséder une solide expérience en Microbiologie, Biologie Moléculaire et dans les outils d'identification cellulaire et moléculaire (microscopie confocale, résonance plasmonique de surface, biopuces). Des compétences en bio-informatique seront un plus. Le candidat devra maîtriser l'anglais et présenter les qualités nécessaires au travail en équipe.

The applicant will have to identify the bacterial sensor of natriuretic peptides expressed in Pseudomonas using both molecular and pharmacological approaches. Then, he/she will have transdisciplinary formation both in microbiology and eukaryotic cell biology (receptor binding and signal transduction). Experience in proteomic techniques will be also necessary. The applicant should have good skill in microbiology, molecular biology and in tools used for cellular and molecular identification (confocal microscopy, surface plasmon resonance and biochips). Knowledge in in-silico modelig should be appreciated. The candidate should also have sufficient written and oral English language levels and good capacities to work in a structurated team.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012 Contact : Olivier Lesouhaitier, olivier.lesouhait@univ-rouen.fr

EA 4312, Université de Rouen, Tél. : 02 32 29 15 42

Unité de recherche

UMR 6143 Morphodynamique continentale et côtière

Sujet de thèse

Transferts sédimentaires large-littoral en domaine macrotidal (Manche Est). Cas de la Baie de Somme Sediment transfer offshore-coast in macrotidal envi ronment (East English Channel). Case of Baie de Somme

L’UMR M2C développe des recherches sur la morphodynamique de l’interface océan/continent, de la dynamique des bassins versants à l’évolution des zones côtières, depuis le très court terme (mesure instantanée) jusqu'à l'échelle plurimillénaire. Les mécanismes étudiés sont complexes (non stationnaires et non linéaires) en raison de la forte hétérogénéité spatiale des objets étudiés. L'’UMR M2C est structurée en deux équipes « surfaces continentales » et « systèmes côtiers » traitant :(i) la dynamique des hydrosystèmes et des forçages hydrodynamiques, (ii) la mobilité et les flux particulaires (iii) les forçages physiques et anthropiques sur les cycles biogéochimiques et les habitats benthiques (iv) la dégradation des reliefs, l’érosion et les archives sédimentaires. La connaissance de l’évolution morphodynamique des environnements côtiers et littoraux est un enjeu majeur en matière d’aménagement du littoral, spécifiquement en contexte de rehaussement du niveau marin et de changement climatique (tempêtes, précipitations). Tout comme de nombreux estuaires français en Manche, les baies picardes sont en cours de comblement, naturel et anthropique, principalement par des sables marins. Les échanges sédimentaires entre le large et les baies sont mal connus et peu quantifiés, et nécessitent d’être mieux contraints afin d’améliorer la compréhension de l’évolution morpho-sédimentaire actuelle complexe en vue de pouvoir prédire l’évolution future du littoral. Les objectifs de la thèse sont de définir les transferts de sédiments entre le prisme picard sablo-graveleux, modelé de vastes champs de dunes et de grands bancs sableux, situé au large de la Haute-Normandie et de la Picardie, et les estuaires picards auxquels le prisme est venu s’accoler au cours de la dernière transgression marine. Il s’agira de définir et quantifier : (i) les stocks sédimentaires disponibles et mobilisables, (ii) les voies et modalités de transfert du sédiment, (iii) les flux et les processus sédimentaires, ainsi que les agents forçants impliqués. Un soin particulier sera apporté : (i) à la connaissance de la variabilité spatio-temporelle des processus et phénomènes qui contrôlent les transferts de sédiment, avec une analyse aux pas de temps événementiels à pluriannuels, et (ii) à l’étude de la morphodynamique des petites dunes qui tapissent les petits fonds marins et les surfaces intertidales. L’étude de la Baie de Somme,

The M2C research unit conducts research on morphodynamics of the ocean/continent interface (watershed dynamics and coastal areas), from the short term (instantaneous measurement) to the millennial scale. The mechanisms studied are complex (non-stationary and nonlinear) due to the strong spatial heterogeneity of environmental patterns. The UMR M2C is structured into two teams, « continental surfaces » « coastal systems », which conduct research on: (i) surface/subsurface watershed hydrology and hydrodynamic forcing, (ii) sediment mobility and particle fluxes (iii) natural and anthropogenic forcings on biogeochemical cycles and benthic habitats (iv) relief degradation, erosion and sediment recording. The knowledge of the morphodynamic evolution of the coastal and littoral environments is a major stake in development of the coast, specifically in context of the sea level raise and the climate change (storms, rain fall). Quite as of numerous French estuaries in the English Channel, the bays of Picardie are in a natural and human process of infilling, mainly by marine sands. The sedimentary exchanges between offshore and bays are badly known and require to be better quantified to improve the understanding of the complex actual morpho-sedimentary evolution to be able to predict the future evolution of the coast. The objectives of the thesis are to define the transfers of sediments between the Picard gravely-sand prism, characterized by fields of dunes and large sandbanks, situated off Haute-Normandie and off Picardie, and the Picard estuaries to which the prism came to cling during the last transgression. It will be a question of defining and of quantifying: i) the available and mobilizable sedimentary stocks, ii) ways and processes of transfer of the sediment, iii) fluxes and sedimentary processes, as well as forcing involved. A particular care will be brought: i) in the knowledge of the spatiotemporal variability of the processes and the phenomena which control the transfers of sediment, with an analysis from events to multiannual variability, and ii) in the study of the morphodynamic of the small dunes which cover the sea bed and the intertidal zone. The study of the Baie de Somme, the main zone of accumulation will be privileged. The approach is based on the in situ measurement by the implementation of tools, essentially acoustic and optical. These tools allow to investigate at the same time domains sub- and intertidal and to

principale zone d’accumulation du secteur sera privilégiée. L’approche repose sur la mesure in situ par la mise en œuvre d’outils, essentiellement acoustiques et optiques. Ces outils permettent d’investiguer à la fois les domaines sub- et intertidaux et de caractériser la morphologie, les sédiments et l’évolution dynamique des fonds et, en particulier, des corps sédimentaires

characterize the morphology, the sediments and the dynamic evolution of seabed and, in particular, sedimentary bodies.

Le candidat devra posséder une solide formation de base en géosciences des environnements côtiers et littoraux avec des connaissances plus spécifiques en sédimentologie et hydrodynamique. Seront appréciées des compétences dans les domaines : (i) du traitement et de l'interprétation des données de bathymétrie, d'imagerie, de sonar latéral et de sismique réflexion THR, (ii) de l'analyse de prélèvements sédimentaires, (iii) du traitement et de l'analyse des mesures courantométriques, et (iv) de la géomatique et des géostatistiques.

The applicant will have to possess a robust basic training in geosciences of the coastal and littoral environments with more specific knowledge in sedimentology and hydrodynamics. The skills in domains will be appreciated: i) of the processing and the understanding of the data of bathymetry, imaging, side sonar and seismic survey reflection THR, ii) of the analysis of sedimentary samplings, iii) of the processing and the analysis of the current measurements, and iv) of the geomatics and the geostatistics.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Robert Lafite, robert.lafite@univ-rouen.fr UMR 6143, Université de Rouen, Tél. : 02 35 14 81 81

Unité de recherche

U 1079 Génétique médicale et fonctionnelle du cance r et des maladies neuropsychiatriques

Sujet de thèse

Cartographie mutationnelle et caractérisation fonct ionnelle d’éléments de régulation de l’épissage dans des gènes de prédi sposition aux cancers Mutational mapping and functional characterization of splicing regulatory elements in cancer predisposition genes

L’axe stratégique de l’unité Inserm U1079, créée en janvier 2011 (évaluation AERES A+) dans le prolongement de l' Inserm U614 et composée de 2 équipes "Génétique du Cancer et Neurogénétique", est le développement de nouvelles méthodes d’exploration du matériel génétique permettant d’une part la compréhension de la physiopathologie des maladies génétiques et, d’autre part, l’optimisation du diagnostic et la prise en charge de ces maladies. L’unité U1079 fait partie de l'Institut de Recherche et d'Innovation Biomédicale de Haute-Normandie (IRIB). Les altérations de l’épissage de l’ARN représentent une fraction importante des défauts responsables des maladies génétiques à déterminisme mendélien et sont souvent impliquées dans les maladies à déterminisme complexe. Nous avons récemment démontré qu’une fraction importante des variations nucléotidiques de signification inconnue (VSI) détectées chez des patients atteints de certains cancers héréditaires sont en fait des mutations d’épissage. Plusieurs de ces mutations altèrent des séquences régulatrices d’épissage appelées ESE/ISE (exonic/intronic splicing enhancer) ou ESS/ISS (exonic/intronic splicing silencer) qui favorisent l’inclusion ou l’exclusion des exons au niveau de l’ARN messager. Ce type de mutation est particulièrement difficile à identifier car, à ce jour, les prédictions informatiques de séquences régulatrices d’épissage sont peu fiables et l’ARN des patients est rarement disponible pour analyse. De plus, avec l’implantation du séquençage à haut débit en diagnostic, il est prévu que le nombre de VSI identifiées chez chaque patient augmente considérablement.

Le sujet de thèse proposé consiste à consolider des stratégies pour identifier des mutations qui touchent des sites de régulation d’épissage dans des gènes de prédisposition aux cancers, et à élucider le mécanisme moléculaire des anomalies d’épissage résultantes. Les modèles d’étude utilisés sont : (i) le syndrome de Lynch (cancer colorectal héréditaire non polyposique) et (ii) les cancers héréditaires du sein et de l’ovaire. Le projet combine des approches de biologie cellulaire et moléculaire, biochimie, et bioinformatique pour évaluer l’effet de mutations

The strategic axis of the Inserm unit U1079, created in January 2011 (AERES evaluation A+) in the continuation of the Inserm U614 and composed of 2 teams "Cancer genetics" and Neurogenetics”, is the development of new methods of exploration of the genetic material to allow, on one hand, the comprehension of the physiopathology of genetic diseases and, on the other hand, the optimisation of the diagnosis and the management of these diseases. U1079 is part of the Institute for Research and Biomedical Innovation of Haute Normandie (IRIB).

Aberrant RNA splicing is among the most frequent defects underlying genetic diseases including diseases characterized by Mendelian determinism as well as those featuring a complex determinism, such as cancer. We have recently shown that a large fraction of the variations of unknown significance (VUS) identified in patients with certain hereditary cancers are, in fact, splicing mutations. Several of these mutations affect splicing regulatory sequences, i.e. sequences that either stimulate or inhibit exon inclusion, and which are named ESE/ISE (exonic/intronic splicing enhancer) or ESS/ISS (exonic/intronic splicing silencer), respectively. This type of mutation is particularly difficult to identify because the currently available bioinformatics prediction tools are unreliable and patient RNA is rarely available for analysis. What’s more, with the implantation of New Generation Sequencing in molecular diagnostics, it is anticipated that the number of VSI identified in each patient will increase considerably.

The goals of the proposed thesis are to consolidatestrategies to identify mutations affecting splicing regulatory elements in genes implicated in cancer predisposition, and to elucidate the molecular mechanisms underlying the resulting aberrant splicing. The models of study are: (i) Lynch syndrome (hereditary non-polyposis colorectal cancer), and (ii) hereditary breast and ovarian cancers.

The project combines approaches of cellular biology, molecular genetics, biochemistry and bioinformatics to estimate the effect of exonic mutations on splicing. This project, which will take advantage from the international recognition of the team and from numerous French and European collaborations, will allow us to better

exoniques sur l’épissage. Ce projet, qui bénéficie de l'expertise internationale de l'équipe et de nombreuses collaborations nationales et européennes, permettra de mieux comprendre la régulation de l’épissage dans les cellules humaines, d’optimiser le diagnostic moléculaire du syndrome de Lynch et des cancers héréditaires du sein et de l’ovaire et, à long terme, d’envisager des stratégies de correction de l’ARNm par modulation de l’épissage.

understand the regulation of splicing in human cells, to optimize the molecular diagnosis of Lynch syndrome and of hereditary breast and ovarian cancers and, in the long run, to envision strategies of mRNA correction by modulating splicing.

Le candidat devra avoir des connaissances approfondies en biologie moléculaire et biochimie. Expérience en biologie de l’ARN souhaitable.

Good knowledge in molecular biology and biochemistry. Experience in RNA biology will be a plus.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Alexandra MARTINS, alexandra.martins@univ-rouen.fr U 1079, Université de Rouen, tel : 02 35 14 82 80

Unité de recherche

U 905 Physiopathologie et biothérapies des maladies inflammatoires et autoimmunes

Sujet de thèse

Réponses immunitaires vis-à-vis des antigènes expri més par le muscle: étude des mécanismes de tolérance et développement d'approches de tolérisation dans des modèles expérimentaux Immune responses toward muscle-expressed antigens: study of tolerance mechanisms and development of tolerizatio n approaches in experimental models.

L’unité U905 a pour projet de mieux comprendre la physiopathologie des maladies auto-immunes ou inflammatoires, et de développer des approches de biothérapies dans ce domaine. Les objectifs de l'équipe 1 (Immunopathologie et biothérapies des maladies musculaires) sont: 1/ l'étude des mécanismes de tolérance immunologiques vis-à-vis des autoantigènes musculaires, à travers l'utilisation et le développement de modèles murins transgéniques; 2/ l'étude des mécanismes physiopathologiques des myopathies inflammatoires; 3/ la modulation thérapeutique de la réponse immunitaire dirigée contre le produit des transgènes dans le cadre de la thérapie génique par administration musculaire de vecteurs adéno-associés (AAV); 4/ le développement pré-clinique et clinique de la thérapie cellulaire musculaire. Site vaccinal majeur et cible de maladies auto-immunes (MAI), le muscle demeure mal connu sur le plan immunologique. Par ailleurs, la thérapie génique (TG) des myopathies héréditaires se heurte à la réponse immunitaire détruisant les fibres musculaires transduites. Cette thèse approfondira la connaissance des mécanismes de tolérance immunologique vis-à-vis des antigènes exprimés naturellement ou artificiellement par le muscle et développera une approche de tolérisation pour la TG. Nous avons précédemment développé des souris transgéniques SM-Ova exprimant l’ovalbumine (Ova) spécifiquement dans le muscle squelettique et montré que, paradoxalement, l’injection de lymphocytes T (LyT) CD8+ anti-Ova n’induit pas de MAI musculaire alors qu'ils rejettent une tumeur exprimant l'Ova. Ceci est probablement lié à l'absence d'expression du complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (CMH-I) par le muscle en l'absence d'inflammation. Le projet de thèse consiste donc à: 1/ déterminer les conditions de rupture de tolérance dans le modèle SM-Ova après injection de LyT anti-Ova et expression forcée de CMH-I (injection de cytokines pro-inflammatoires, de vecteurs codant pour le CMH-I ou possiblement en utilisant un nouveau modèle de souris transgénique 'H-2Kb-b2m’ en cours de développement), 2/ développer, dans le contexte de la TG

The general objective of U905 is to better understand the regulation of the immune response in health and autoimmune/inflammatory diseases and to develop biotherapies in this field. Team 1 (Immunopathology and biotherapy of muscle diseases) objectives are: 1/ to study the mechanisms of immunological tolerance to muscle autoantigens through the use and development of transgenic mouse models; 2/ to study the pathophysiological mechanisms of myositis; 3/ to modulate the immune response toward muscle-expressed transgene products in the context of adeno-associated virus gene therapy; 4/ to develop at pre-clinical and clinical levels muscle cell therapy. Although muscle is a major site for vaccination and may be targeted by several autoimmune diseases (AID), our understanding of muscle immunology remains very limited. Also, the efficacy of gene therapy (GT) for hereditary myopathies is impaired by the development of immune responses against transduced muscle fibers. This doctoral project will reinforce our knowledge on the mechanisms of immune responses towards antigens that are naturally or artificially expressed in muscle and will aim to develop a tolerization strategy for GT. We previously developed SM-Ova transgenic mice that express ovalbumin (Ova) specifically in skeletal muscle and showed that, paradoxically, injection of Ova-specific CD8+ T cells does not induce a muscle AID while they efficiently reject an Ova-bearing tumor. This is likely due to the lack of major histocompatibility complex class I (MHC-I) molecules on muscle fibers in the absence of inflammation. The thesis project will therefore aim to: 1/ determine the conditions for breaking tolerance in SM-Ova mice after injection of anti-Ova T cells and forced expression of MHC-I (injection of pro-inflammatory cytokines or MHC-I encoding viral vectors, or possibly by use of a new model of transgenic 'H-2Kb-b2m’ mice currently under development), 2/ develop, in the context of muscle GT, a strategy of oral tolerization toward the Ova model antigen, compare the efficacy of different strategies of oral vectorization (soluble Ova in drinking water, incorporation into food or oral

musculaire, une approche de tolérisation par voie orale vis-à-vis de l’antigène modèle Ova, comparer l’efficacité de différentes stratégies de vectorisation orale (Ova soluble dans l’eau, incorporation dans l’alimentation ou production directe par des probiotiques ingérés oralement) et définir les mécanismes impliquées dans la mise en place de cette tolérance. Ce travail devrait permettre de mieux comprendre les mécanismes permettant d’instaurer une tolérance aux antigènes musculaires et d'améliorer l'expression à long terme des transgènes véhiculés par des vecteurs adéno-associés dans le cadre de la TG musculaire.

administration of Ova-producing probiotics) and define the corresponding tolerance mechanisms. This work should allow to better understand the tolerance mechanisms toward muscle-expresed antigens and to ameliorate long term expression of transgene products after adeno-associated virus-mediated muscle GT.

Le candidat devra être titulaire d’un Master 2 Recherche et avoir une expérience de travail en laboratoire de recherche en immunologie. Il devra avoir des compétences théoriques et pratiques attestées en immunologie fondamentale et immunopathologie (notamment maladies inflammatoires et auto-immunes), et des connaissances en biologie moléculaire et en biologie cellulaire. Une expérience en matière de transfert de gènes par vecteur viral serait un plus.

The candidate must have a Research Master Degree and a working experience in an immunology research laboratory. She or he must have significant theoretical and practical competences in fundamental immunology and immuno-pathology (notably inflammatory and auto-immunes diseases), and knowledge in molecular and cellular biology. An additional experience in viral gene transfer would be a plus.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Sahil Adriouch, sahil.adriouch@univ-rouen.fr U 905, Université de Rouen, Tél. 02 35 14 85 35

Unité de recherche

U 982 Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine

Sujet de thèse

Rôle neuroprotecteur de la sélénoprotéine T au cour s du développement Neuroprotective role of selenoprotein T during deve lopment

De nombreuses pathologies des systèmes nerveux et neuroendocrine sont associées à des anomalies de la différenciation, la survie et l'intercommunication cellulaire. Les travaux de recherche menés au sein de l’INSERM U982 visent à élucider des mécanismes cellulaires et moléculaires de la différenciation et de la communication neuronale et neuroendocrine en physiologie et physiopathologie. L’Unité INSERM 982 a été créée en 2010 et fédère 4 équipes de recherche évaluées A+ ou A par l’AERES. Grâce à une approche multidisciplinaire, le soutien de plateformes régionales, ainsi que des collaborations avec de nombreux autres partenaires au sein de l’IRIB, les recherches menées par les différentes équipes constituent un continuum depuis l’identification de nouveaux gènes, notamment des peptides et leurs récepteurs, et la caractérisation de leur fonction, jusqu’au développement de marqueurs diagnostiques et pronostiques, et des outils thérapeutiques aussi bien pour les tumeurs nerveuses et neuro-endocrines que pour les maladies neurodégénératives. Le cerveau en développement est extrêmement vulnérable aux effets de facteurs intrinsèques ou extrinsèques générant une production anormale d’espèces réactives de l’oxygène (ROS). En effet, le stress oxydatif est à la base de nombreux troubles neurodéveloppementaux (hypoxie, trauma, exposition à des agents neurotoxiques), dont les conséquences peuvent se manifester chez l’enfant par des déficits cognitifs et/ou moteurs. Ces déficits touchent environ 2% des enfants, et les formes les plus graves nécessitent une prise en charge lourde et parfois à vie. L’organisme possède un système de défense antioxydante, reposant sur l’action d’enzymes contenant du sélénium (sélénoprotéines), de peptides (glutathion) et de vitamines (A, C, E) ; toutefois les mécanismes participant spécifiquement à la protection du système nerveux sont encore mal connus. La sélénoprotéine T (SelT) est un nouveau membre de la famille des sélénoprotéines, identifiée comme étant fortement et transitoirement exprimée pendant l’ontogenèse cérébrale. Chez la souris, l’invalidation du gène codant la SelT produit une létalité précoce des embryons. Grâce à la technologie Cre Lox, nous avons réalisé l’invalidation conditionnelle cerveau-spécifique de la SelT chez la souris. Nous nous proposons d’analyser le phénotype de ces souris à l’échelle morphologique, histologique et fonctionnelle. Nos premiers résultats suggèrent que l’absence de

Several diseases of the nervous and neuroendocrine systems are associated with abnormalities of cell differentiation, survival and intercommunication. The research work conducted in INSERM U982 aims at elucidating the cellular and molecular mechanisms involved in neuronal and neuroendocrine differentiation and communication, in physiology and pathophysiology. The INSERM Unit 982 was opened in 2010 and federates four research teams evaluated A+ or A by AERES. Through a multidisciplinary approach, with the support of regional platforms, as well as collaborations with many other partners within the IRIB institute, research conducted by the different teams constitutes a continuum from the identification of new genes, including peptides and their receptors, and characterization of their function, to the development of diagnostic and prognostic markers and therapeutic tools for both nervous and neuroendocrine tumors as well as for neurodegenerative diseases.

The developing brain is particularly vulnerable to intrinsic and extrinsic factors promoting abnormal Reactive Oxygen Species (ROS) production. Indeed, oxidative stress is a common feature of many neurodevelopmental disorders (hypoxia, trauma, exposure to environmental toxicants), whose consequences can manifest as cognitive and/or motor impairments. These deficits affect about 2% of children, and their most severe forms require costly therapies and sometimes during the lifetime. To counter the oxidative insult, cells trigger an antioxidant defense system, based on the action of selenium-containing enzymes (selenoproteins), peptides (glutathione) and vitamins (A, C, E); however, the mechanisms specifically involved in the protection of the nervous system are poorly understood. Selenoprotein T (SelT) is a new member of the selenoprotein family, identified as a highly and transiently expressed gene during brain ontogeny. In mice, the knockout of the gene encoding SelT provokes early embryonic lethality. Using Cre Lox technology, we have generated a model of brain-specific conditional SelT invalidation. We propose to analyze the phenotype of these animals at the morphological, histological and functional levels. Our preliminary results suggest that the absence of SelT results in neuronal loss in certain brain structures of the newborn such as cortex and hippocampus. We will study the cellular and molecular mechanisms leading to this phenotype, and then we will

SelT se traduit chez le nouveau né par une perte neuronale dans certaines structures telles que le cortex et l’hippocampe. Nous rechercherons les mécanismes cellulaires et moléculaires aboutissant à ce phénotype, puis nous analyserons leurs répercussions anatomiques et fonctionnelles chez l’adulte. Nous utiliserons différentes approches in vitro et in vivo incluant : i) la culture de neurones corticaux et hippocampiques, ii) l’électroporation in utero et iii) des études du comportement. A terme ces études devraient permettre d’identifier la fonction de la SelT au cours du neurodéveloppement, et de proposer des approches de neuroprotection basées sur l’exploitation des mécanismes ainsi mis en évidence.

analyze their anatomical and functional consequences in adults. We will use different in vitro and in vivo approaches including: i) culture of cortical and hippocampal neurons, ii) in utero électroporation and iii) behavioral studies. Ultimately, these studies should help identifying the function of SelT during neurodevelopment, thus allowing to propose new neuroprotective approaches based on the identified mechanisms.

Le candidat devra avoir des connaissances solides en neurosciences et en biologie du développement. D’un point de vue technique, il/elle devra présenter une expérience théorique et pratique en biologie cellulaire et moléculaire, ainsi qu’en imagerie cellulaire. Une expérience préalable en expérimentation animale est nécessaire.

The applicant should have a strong knowledge in neuroscience and developmental biology. From a technical standpoint, he/she must have a theoretical and practical experience in molecular and cell biology and in cell imaging. Previous experience in animal experimentation is required (ideally, the candidate will hold a training level I). The practice of English is essential.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : Youssef Anouar, youssef.anouar@univ-rouen.fr, U 982, Université de Rouen, Tél : 02 35 14 66 61

Unité de recherche

U 1096 Nouvelles cibles pharmacologiques du traitem ent de la dysfonction endothéliale et de l'insuffisance cardi aque

Sujet de thèse

Rôle de la circulation lymphatique cardiaque dans l 'insuffisance cardiaque : impact fonctionnel de biothérapies pro-lymphangiogéniques Role of cardiac lymphatics in chronic heart failure : functional impact of pro-lymphangiogenic biotherapies

La recherche menée par l’Inserm U1096, intégrée à l’IRIB à l’Université de Rouen, concerne les mécanismes et le traitement de pathologies cardiovasculaires, et en particulier, la protection vasculaire et l’amélioration de la fonction contractile cardiaque. Cette recherche est abordée de façon transversale, au plan expérimental et chez le malade. Dans le domaine vasculaire, ces travaux portent essentiellement sur la recherche de protection de certaines cellules vasculaires, les cellules endothéliales, face aux agressions subies par les facteurs de risque (hypertension, diabète) et pathologies cardiovasculaires (infarctus, insuffisance cardiaque, choc septique, etc.). Nos recherches visent également à développer de nouvelles stratégies de biothérapie permettant de stimuler l’angiogenèse et la vasculogenèse cardiaques. Dans le domaine cardiaque, les travaux portent essentiellement sur l’amélioration de la détection non invasive de la dysfonction contractile cardiaque (en particulier diastolique), et sur l’évaluation de nouveaux traitements de la dysfonction diastolique et de l’insuffisance cardiaque. Nous avons développé une nouvelle voie d’approche du traitement de l’insuffisance cardiaque (IC), basée sur la stimulation de la croissance vasculaire (angiogenèse). Nous avons montré qu’une délivrance locale d’une combinaison des facteurs de croissance pro-angiogéniques restaurait la perfusion et améliorait l’IC (Banquet et coll. Circulation 2011) démontrant ainsi le rôle bénéfique de la stimulation de l’angiogenèse cardiaque dans cette pathologie. L’objectif de cette thèse est d’évaluer le rôle du réseau cardiaque lymphatique et de sa stimulation (lymphangiogenèse) dans l’IC. Le système lymphatique joue un rôle majeur dans la balance hydrostatique tissulaire, et son dysfonctionnement peut induire un œdème cardiaque, contribuant à la fibrose et la dysfonction cardiaques. L’impact de la lymphangiogenèse et de la fonction lymphatique cardiaques sur l’IC n’ont jamais été étudiés. Nos objectifs sont de déterminer si la thérapie lymphangiogénique, induite par l’administration ciblée, intramyocardique, de facteurs de croissance pro-lymphangiogéniques dans des modèles d’IC, pourrait augmenter le flux lymphatique cardiaque et prévenir l’œdème

The research performed in Inserm U1096 concerns mechanisms and treatments of cardiovascular diseases, and especially vascular protection and improvement of cardiac contractile function. This research is translational, performed both in experimental/pre-clinical models and in humans (healthy volunteers and patients). Regarding the vascular research, our work is focused on protection of vascular endothelial cells against injury or dysfunction induced by risk factors (hypertension, diabetes) or cardiovascular diseases (myocardial infarction, heart failure, septic shock etc.). We also develop new biotherapeutic strategies aimed at stimulating cardiac angiogenesis and vasculogenesis. Regarding the cardiac research, our work essentially concerns the improvement of early detection of cardiac dysfunction (especially diastolic), as well as the evaluation of new treatments of diastolic dysfunction or heart failure.

We have developed a novel approach for the treatment of chronic heart failure (CHF), based on stimulation of blood vessel growth (angiogenesis). We recently showed that intramyocardial targeted delivery of a synergistic combination of angiogenic growth factors, in a rat model of CHF, prevented myocardial perfusion deficits, and cardiac fibrosis and dysfunction (Banquet et al Circulation 2011), establishing the beneficial role of angiogenic therapy in this pathology. The objective of the current thesis project is to evaluate the role of the cardiac lymphatics and specifically myocardial lymphangiogenesis during CHF. The lymphatic system plays a major role in tissue interstitial fluid balance, and lymphatic dysfunction may cause myocardial edema, leading to increased cardiac fibrosis and contractile dysfunction. However, the impact of lymphangiogenesis and lymphatic function during CHF has never been addressed. We aim to determine whether lymphangiogenic therapy, induced by targeted intramyocardial administration of pro-lymphangiogenic growth factors in animal models of CHF, may increase cardiac lymphatic flow and prevent myocardial edema leading to a reduction of the severity of cardiac fibrosis and dysfunction in CHF. Further, the potential benefits of combining therapeutic angiogenesis and lymphangiogenesis will be

cardiaque et avoir un retentissement sur la sévérité de l’IC. Nous pourrons également évaluer l’effet additif de des thérapies pro-angiogéniques et pro-lymphangiogéniques. Nous utiliserons des modèles animaux d’IC chez le rat et la souris et des approches innovantes de délivrance de facteurs de croissance pour lesquels nous avons récemment déposé un brevet via Inserm transfert, couplés au développement de techniques d’imagerie de la circulation lymphatique cardiaque (collaboration avec la plateforme PRIMACEN) et d’évaluation de l’œdème par IRM. La fonction et le remodelage cardiaque seront évalués par IRM et échocardiographie. Ces études permettront ainsi d’aborder pour la première fois l’hypothèse que la lymphangiogenèse pourrait constituer une nouvelle cible thérapeutique dans les maladies cardiovasculaires.

evaluated. We will use rat and mouse models of CHF coupled with innovative approaches for targeted growth factor delivery that we recently patented through Inserm transfert. Furthermore, we will apply state-of-the-art imaging techniques, including macroscopic visualization of cardiac lymphatics (in collaboration with PRIMACEN core facility) and in vivo evaluation of cardiac edema through MRI. Cardiac function and remodeling will be assessed via MRI and echocardiography. The overall aim of these studies is to answer the question whether cardiac lymphangiogenesis may represent a novel therapeutic target for cardiovascular diseases.

Expérience théorique: le candidat devrait avoir des connaissances en physiologie intégrée, spécifiquement autour du système cardiovasculaire. Il devrait pouvoir maîtriser des notions sur la signalisation des récepteurs aux facteurs de croissance. Expérience pratique : il devrait posséder des notions d’évaluation in vivo chez l’animal, ainsi que des connaissances des techniques immuno-histologiques, de RT-PCR, ou de western-blot, et des notions de microscopie et d’analyse d’images.

Theoretical knowledge: the candidate should have basic knowledge in integrated physiology, especially cardiac function and vascular cell biology, The candidate should also have good notions of growth factor receptor signaling. Practical skills: the candidate should be familiar with in vivo experiments in mice and rats, as well as immunohistochemistry, RT-PCR, Western-blot, microscopy, and image analysis.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012

Contact : BRAKENHIELM, Ebba, Ebba.Brakenhielm@inserm.fr U 1096, Université de Rouen, Tél. : 0235148370

Unité de recherche

EA 4308 Gamétogenèse et qualité du gamète

Sujet de thèse

Analyse des modifications de la spermiogenèse indui tes après maturation in vitro de tissu testiculaire immature de souris Analysis of spermiogenesis modifications after in v itro maturation of immature mice testicular tissue

L’équipe d’Accueil EA4308 développe ses recherches sur le thème « Gamétogenèse et Qualité du Gamète (GQG) », au travers de l'évaluation de la qualité et la fonctionnalité du gamète mâle ou femelle sous l’effet de facteurs toxiques endogènes ou exogènes. Cette recherche s'intègre parfaitement dans l'évolution de la prise en charge de l'infertilité masculine ou féminine et s'articule autour de trois thèmes : (i) qualité des spermatozoïdes humains et altérations morphologiques ; (ii) spermatogenèse in vitro et in vivo : Ce thème comporte non seulement la possibilité de reproduire in vivo ou in vitro une spermatogenèse active à partir d’un tissu testiculaire immature frais ou décongelé mais aussi permet d’appréhender les mécanismes physiopathologiques des dysfonctionnements de la spermatogenèse observés dans les azoospermies non obstructives ; (iii) folliculogenèse et endométriose. L'équipe EA 4308 développe une activité de recherche translationnelle innovante, à la fois au niveau du diagnostic de l'infertilité masculine mais aussi de la thérapeutique au travers de procédures nouvelles de préservation de la fertilité masculine. Les cellules germinales souches mâles sont les cibles de thérapeutiques toxiques qui peuvent altérer leur génome, comme la chimiothérapie ou la radiothérapie utilisées dans le traitement du cancer. La conséquence principale est une altération irréversible de ces cellules entrainant la mort cellulaire et une stérilité à l'âge adulte. Chez le jeune garçon, la congélation du tissu testiculaire avant ces thérapeutiques à fort potentiel gonadotoxique apparaît la stratégie la plus adaptée pour préserver ces cellules germinales souches. Le tissu testiculaire pré pubère décongelé pourrait être utilisé: (i) par maturation in vitro ou (ii) par maturation in vivo chez le patient après greffe. La maturation in vitro des cellules germinales souches est non complètement réalisable in vitro, en culture organotypique en phase liquide. En revanche, la culture organotypique en phase solide (matrice ou gel d'agarose) ouvre des perspectives intéressantes dans la mesure où une spermatogenèse complète a pu être obtenue in vitro par l'équipe de Sato en 2011. Les travaux récents de notre équipe, confirme cette possibilité à partir du tissu testiculaire prépubère de souris frais ou congelé. Cependant, il apparaît indispensable de vérifier si le processus de spermiogenèse obtenu in vitro permet la

The research team EA4308 develops a research centred on "Gamete Quality and Gametogenesis". The research project performed aims to assess quality and functionality of male and female gametes within the context of endogenous or exogenous toxic factor effects. The research team has been defined around male and female gametogenesis as well as gamete quality and on evolution of male and female infertility management. Three main themes are developed: (i) quality of human sperm and morphological changes; (ii) in vitro and in vivo spermatogenesis; (iii) folliculogenesis and endometriosis. The research team develops technological and biomedical innovations, while trying to better understand the pathophysiology of particular situations of male and female infertility. Male germline stem cells are the targets of toxic therapeutics that can alter their genome, such as chemotherapy or radiation used in cancer treatment. The main consequence is an irreversible alteration of these cells leading to cell death and infertility in adulthood. In young boys, freezing testicular tissue before these gonadotoxic therapeutic is the best strategy to preserve these germinal stem cells. Immature thawed testicular tissue could be used: (i) after in vitro maturation or (ii) after in vivo maturation using grafting or transplantation. In vitro maturation of germinal stem cells is not completely feasible in vitro with organ culture system in liquid phase. However, organ culture in solid phase (matrix or agarose gel) opens interesting perspectives since a complete spermatogenesis could be obtained in vitro by Sato's team in 2011. Recent work by our team, confirms the possibility to mature in vitro fresh and frozen-thawed mice testicular tissue. However, it is essential to determine whether the process of spermiogenesis obtained in vitro allows the production of spermatids whose nuclear quality is comparable to spermatids from in vivo spermiogenesis. The main objectives of the thesis will evaluate the nuclear and cytoplasmic changes observed between spermatids resulting from in vitro and in vivo spermiogenesis (round spermatids, during elongation, elongated spermatids) by studying : the expression of markers of early (caspase activation) and late (DNA fragmentation) apoptosis ; the chromosome constitution of their nucleus (aneuploidy screening) ; changes in the

production de spermatides dont la qualité nucléaire est comparable à celles de spermatides issues d'une spermiogenèse in vivo. Les principaux objectifs de la thèse seront d'évaluer les modifications nucléaires et cytoplasmiques observées entre les spermatides issues de culture in vitro et in vivo et ceci pour les différents stades de la spermiogenèse (spermatides rondes, en cours d'élongation et allongées) en étudiant: � L'expression de marqueurs de l'apoptose

précoce (activations de la voie des caspases) et tardive (fragementation de l'ADN)

� la constitution chromosomique de leur noyau pour rechercher la présence d'aneuploïdie

� les modifications de l'expression des protamines, des protéines de transition et des histones.

Ce travail constituera un préalable avant d'envisager une application humaine. Ce projet s’appuiera sur les moyens présents au sein de l'EA 4308 et toute la méthodologie qui a été développée jusqu'à présent sur la thèmatique "préservation de la fertilité masculine" au travers de deux thèses (Jean-Pierre Milazzo ; Albanne Travers). Le doctorant aura à sa disposition les moyens financiers de l'équipe issu du contrat quinquennal. Un technicien sera mis à sa disposition pour l'aider dans la réalisation technique de ses travaux.

expression of protamines, transition proteins and histones. This work will be a prerequisite before considering human application. This project will be build on the resources present in the EA 4308 and the entire methodology has been developed so far on the theme "Preservation of male fertility" through two theses (Jean-Pierre Milazzo; Albanne through). The student will have at its disposal the financial means to the team from the five-year contract. Technician will be made available to assist in the technical realization of its work.

Le candidat devra avoir validé une licence et un master 1 en biologie ou physiologie cellulaire, incluant éventuellement une ou plusieurs unités d’enseignement en Bbiologie ou Physiologie de la Reproduction. Le candidat devra avoir validé un master 2 recherche issu de l’Université de Rouen ou de toute autre université. Une expérience dans le domaine de la culture cellulaire, de l'immuncytochimie et de la biologie moléculaire serait souhaitable

The candidate should have validated license and a master's in biology or cell physiology, including possibly one or more teaching units on Biology or Physiology of Reproduction. The candidate should have a master 2 research enabled from the University of Rouen or any other university. Experience in the field of cell culture, immuncytochemistry and molecular biology would be preferable.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012 Contact : Nathalie Rives, nathalie.rives@chu-rouen.fr EA 4308, Université de Rouen, Tél. : 02 32 88 82 25

Unité de recherche

U 1073 Nutrition, Inflammation et Dysfonction de l 'axe Intestin-Cerveau

Sujet de thèse

Rôle de la consommation en acides gras polyinsaturé s sur la physiopathologie des maladies inflammatoires chroni ques de l’intestin Role of PUFAs consumption on inflammatory bowel dis ease development

L’unité de recherche - INSERM UMR1073 - est dirigée par le Pr Pierre Déchelotte et est localisé au sein de la faculté de médecine-pharmacie de l’Université de Rouen. Les travaux de l’unité sont focalisés sur des problèmes majeurs de santé publique que représentent trois groupes de pathologies: le Syndrome de l’Intestin Irritable, les Troubles du Comportement Alimentaire et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Au cœur de la problématique physiopathologique de ces maladies, nous focalisons nos recherches d’une part sur les mécanismes amenant l’intestin, en réaction à son environnement, à développer une inflammation inappropriée ou modifier sa fonction de barrière, d’autre part sur le dysfonctionnement de l’axe intestin-cerveau dans les perturbations de la prise alimentaire ou de l’hypersensibilité viscérale et enfin sur le potentiel d’approches thérapeutiques innovantes telles que la pharmaconutrition ou la neurostimulation.

Dans plusieurs modèles animaux d’inflammation intestinale, nous évaluerons le rôle de la consommation de différents types de graisses sur le développement d’une inflammation intestinale. L’inflammation intestinale sera évalué par des scores macroscopiques, histologiques, des médiateurs de l’inflammation et par une colo-IRM. De plus, nous comparerons le transcriptome colique d’animaux rats colitiques en fonction du régime lipidique reçu avant l’induction de la colite. En fonction des résultats obtenus, nous pourrons ensuite déterminer les mécanismes potentiels impliqués dans les effets des acides gras en testant différentes voies de signalisation dans différents modèles in vitro d’inflammation intestinale (cellules épithéliales, cellules endothéliales, co-culture). Conclusion et perspectives : Ce travail permettrait de fournir un rationnel scientifique pour rechercher de nouvelles hypothèses nutritionnelles dans la physiopathologie des MICI et de développer des stratégies nutritionnelles pour la prévention ou le maintien en rémission.

Our Research Unit INSERM UMR1073 ( Head of department: Prof Pierre Déchelotte) is located in Rouen Medical Faculty. Our research topic focused on three diseases: irritable bowel syndrome, eating disorders and inflammatory bowel diseases. We are interested in the crosstalk of the gut and the environment leading to an inappropriate inflammatory response or an altered gut barrier function. We also aimed to study modifications of gut-brain axis in altered food intake behavior or visceral hypersensitivity.

Rationale: Inflammatory bowel diseases (IBD) are chronic disorders. In addition to genetic susceptibility, environmental factors are involved in their etiology. Recent epidemiological studies have highlighted the role of dietary habits, in particular fatty acids consumption, in the IBD development. Schematically, n-3 and n-9 polyunsaturated fatty acids consumption appears beneficial while n-6 seems deleterious. The present project aimed to evaluate the intestinal inflammatory response to dietary fatty acids pattern. Methods: In models of colitis, we will study the role of dietary fatty acids on the inflammatory response. Intestinal inflammation will be studied by histology and by magnetic resonance imaging. Inflammatory mediators will be measured. Comparison of colon transcriptome of colitic rats will be performed. Obtained resulted will allow us to study potential mechanisms behind dietary fatty acids effects. Signaling pathways will be studied in vitro (epithelial cell lines, endothelial cells, co-culture model). Conclusions: This study will allow us to provide scientific basis to evaluate novel nutritional hypothesis in IBD pathophysiology and to provide dietary advice to prevent or maintain remission in IBD patients.

Le doctorant aura une formation en biologie cellulaire ou physiologie et un intérêt affirmé pour la nutrition. Le candidat devra posséder une bonne expérience des modèles animaux. Le candidat devra avoir une forte capacité à travailler en équipe transversale. Des connaissances en biologie moléculaire seraient un atout.

We are looking for an enthousiastic PhD who has hands-on experience with: Cellular biology or physiology and who is interested in nutrition-related research. Experience with animal handling will be appreciable. The applicant has to be a good team player. Knowledge in molecular biology techniques is a plus.

Date limite de dépôt : 22 juin 2012 Contact : Pr Guillaume SAVOYE, guillaume.savoye@chu-rouen.fr U 1073, Université de Rouen, Tél. : 02 32 88 81 01/02 35 14 82 45