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Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 1
LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE
MALDI-TOF
ET LE DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
Cristina Cariello
ICHV, Laboratoire de microbiologie, Sion
Travail de diplôme
2011-2012
Mentor : Lysiane Tissières Lovey
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 2
Sommaire
La spectrométrie de masse MALDI-TOF est une nouvelle technologie apparue ces dernières
années en microbiologie. Si les techniques conventionnelles d’identification des différents
germes se basent sur leurs aspects phénotypiques, il est possible aujourd’hui d’identifier les
microorganismes en analysant directement leurs protéines.
Depuis février 2011, le laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion s’est muni d’un Vitek MS
utilisant la spectrométrie de masse MALDI-TOF. Le but de ce travail est d’analyser les
performances de cet appareil. 1022 souches de diverses espèces ont été testées sur le MS
en comparaison avec les méthodes usuelles d’identification : le Vitek 2 et les galeries de
tests biochimiques.
Les résultats du Vitek MS se sont avérés fiables avec un pourcentage d’identification au
genre de 99%, à l’espèce de 94% et les identifications sans résultats ne représentent que
5.6% des cas. Les atouts majeurs du Vitek MS sont la fiabilité des résultats, la rapidité et le
faible coût de l’analyse.
Mots–clés
Spectrométrie de masse MALDI-TOF
Ionisation douce
Vitek MS
Vitek 2
Galeries de tests biochimiques
Identification de bactéries et de levures
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Summary
MALDI-TOF mass spectrometry is a new technology appeard recently in microbiology.
Conventional techniques of bacterial identification are based on phenotypic
characterizations. Since a few years, it is possible to identify microorganisms by using
protein identification.
Since February 2011, the laboratory of microbiology of the ICHV in Sion, has acquired a
Vitek MS using the MALDI-TOF mass spectrometry method. The aim of this study is to
analyse performances of this apparatus. 1022 isolates of different species have been tested
on Vitek MS in comparison with conventionnal methods : Vitek 2 and inoculated strips tests.
Vitek MS results are reliable, with 99% of correct identifications to the genus level, 94% to
the species level and the percentage of identifications with no results in 5.6% of cases. The
most important benefits of Vitek MS are the fiability, the rapid indentification and the low cost
of analysis.
Keywords
MALDI-TOF mass spectrometry
Soft ionization
Vitek MS
Vitek «2
Inoculated strips tests
Bacterial and yeast identification
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Table des matières
1 Introduction .................................................................................................................... 6
1.1 La spectrométrie de masse ..................................................................................... 6
1.2 La spectrométrie de masse MALDI-TOF ................................................................. 7
1.2.1 Principe ............................................................................................................ 7
1.2.2 La matrice ........................................................................................................ 7
1.2.3 Désorption-Ionisation ....................................................................................... 7
1.2.4 La spectrométrie à temps de vol (TOF) ............................................................ 8
1.2.5 Le spectre ........................................................................................................ 9
2 Objectif de l’étude ..........................................................................................................10
3 Matériel et méthode .......................................................................................................10
3.1 Vitek MS .................................................................................................................10
3.1.1 Présentation de l‘instrument ............................................................................10
3.1.2 Matériel ...........................................................................................................11
3.1.3 Mode opératoire ..............................................................................................12
3.1.4 Traitement des échantillons : ...........................................................................12
3.1.5 Préparation des échantillons : .........................................................................13
3.1.6 Lecture et interprétation des résultats .............................................................15
3.2 Vitek 2 ....................................................................................................................15
3.2.1 Principe ...........................................................................................................15
3.2.2 Matériel ...........................................................................................................15
3.2.3 Mode opératoire ..............................................................................................16
3.2.4 Lecture et interprétation ..................................................................................16
3.3 Galeries de tests biochimiques ...............................................................................16
3.3.1 Principe ...........................................................................................................16
3.3.2 Matériel ...........................................................................................................17
3.3.3 Mode opératoire ..............................................................................................18
3.3.4 Lecture et interprétation ..................................................................................18
4 Analyse des résultats ....................................................................................................19
4.1 Résultats ................................................................................................................19
4.2 Interprétation : points forts et points faibles ............................................................24
4.2.1 Cocci Gram positif ...........................................................................................24
4.2.2 Cocci Gram négatif et Haemophilus ................................................................24
4.2.3 Germes difficiles ..............................................................................................25
4.2.4 Bacilles Gram positif aérobies .........................................................................25
4.2.5 Entérobactéries ...............................................................................................25
4.2.6 Campylobacter ................................................................................................26
4.2.7 Non-fermentatifs ..............................................................................................26
4.2.8 Germes anaérobies .........................................................................................26
4.2.9 Levures ...........................................................................................................26
4.2.10 Champignons ..................................................................................................26
4.2.11 Mycobactéries .................................................................................................26
5 Discussion .....................................................................................................................27
5.1 Améliorations de l’identification des germes en routine ..........................................27
5.1.1 Staphylocoques ...............................................................................................27
5.1.2 Lactobacillus ...................................................................................................27
5.1.3 Gardnerella vaginalis .......................................................................................27
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5.1.4 Levures ...........................................................................................................27
5.1.5 Urotubes .........................................................................................................27
5.1.6 Entérocoques ..................................................................................................28
5.1.7 Contaminations ...............................................................................................28
5.1.8 Peudomonas aeruginosa ................................................................................28
5.1.9 Campylobacter ................................................................................................28
5.2 Lacunes du Vitek MS .............................................................................................28
5.2.1 Shigella ...........................................................................................................28
5.2.2 Champignons ..................................................................................................29
5.2.3 Mycobactéries .................................................................................................29
5.3 Avantages et inconvénients du MS ........................................................................29
6 Conclusion ....................................................................................................................31
7 Références bibliographiques .........................................................................................32
8 Lexique .........................................................................................................................34
9 Remerciements .............................................................................................................35
10 Annexes.....................................................................................................................36
10.1 Annexe 1: Résultats des souches testées ..............................................................36
10.1.1 Staphylocoques ...............................................................................................37
10.1.2 Entérocoques ..................................................................................................41
10.1.3 Streptocoques .................................................................................................43
10.1.4 Streptococcus pneumoniae traités ..................................................................47
10.1.5 Autres coques Gram positif .............................................................................48
10.1.6 Neisseria/Branhamella ....................................................................................48
10.1.7 Gardnerella vaginalis .......................................................................................49
10.1.8 Corynébactéries ..............................................................................................50
10.1.9 Autres bacilles Gram positif aérobes ...............................................................51
10.1.10 Entérobactéries ...........................................................................................52
10.1.11 Pseudomonas sp .........................................................................................60
10.1.12 Autres non-fermentatifs ...............................................................................62
10.1.13 Germes difficiles ..........................................................................................63
10.1.14 Haemophilus sp ...........................................................................................64
10.1.15 Campylobacter sp ........................................................................................66
10.1.16 Anaérobies ..................................................................................................67
10.1.17 Levures ........................................................................................................71
10.1.18 Champignons ..............................................................................................73
10.1.19 Mycobactéries .............................................................................................74
10.2 Annexe 2: Tableau des galeries de tests biochimiques ..........................................75
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1 Introduction
Ce travail de diplôme a été effectué au laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion et a
pour but d’étudier les performances d’un spectromètre de masse MALDI-TOF dans le
diagnostic microbiologique.
En microbiologie, l’identification traditionnelle des bactéries se fait principalement en étudiant
leurs aspects morphologiques (macro- ou microscopiquement) et leurs caractères
biochimiques. Ces tests requièrent la croissance des bactéries dans des galeries de tests
biochimiques et nécessitent une incubation allant de 4 à 18 heures.
Une nouvelle méthode basée sur la spectrométrie de masse peut être utile au laboratoire de
bactériologie pour l’identification rapide des différents pathogènes. Contrairement aux
méthodes classiques, la spectrométrie de masse analyse directement les macromolécules
des différents germes, notamment les protéines, permettant ainsi d’obtenir des résultats plus
rapidement.
1.1 La spectrométrie de masse
La spectrométrie de masse consiste à séparer et identifier des molécules selon leur masse
et leur charge [12]. Les applications de la spectrométrie de masse sont nombreuses et
touchent divers domaines: en biotechnologies pour l’analyse des peptides1 ou
oligonucléotides, en pharmacologie pour le dosage de médicaments, dans le domaine de
l’environnement pour l’analyse de l’eau, en clinique pour la recherche de drogues [1], etc.
Il existe plusieurs types de spectromètres de masse pouvant séparer des molécules plus ou
moins grandes et leurs méthodes ont toutes en commun les étapes suivantes [7] :
Préparation et introduction de l’échantillon
Ionisation des molécules d’intérêt
Séparation des ions en fonction de leur rapport masse/charge
Détection et amplification du signal
Analyse des données et identification de l’échantillon
Les premiers spectromètres de masse datent du début du 20ème siècle et ont servi en
physique à rechercher les différents isotopes d’un élément chimique. C’est Francis William
Aston qui conçut le premier spectromètre de masse en 1922. Il réussit à démontrer
l’existence des isotopes en les séparant selon leur masse et leur charge [11].
Au cours du 20ème siècle, la spectrométrie de masse prend de plus en plus d’ampleur et de
nombreuses nouvelles techniques d’ionisation et de séparation des ions ont été mises en
place.
Le développement de la méthode MALDI-TOF se fait dans les années 80. À cette période,
l’ionisation se faisait sur des molécules ayant une taille d’environ 1000 Daltons et il était
impensable d’ioniser des molécules excédant 10 000 Daltons car trop fragiles [4]. En 1985,
Koichi Tanaka, chimiste japonais ayant reçu un Prix Nobel en 2002, constate que des
macromolécules peuvent être séparées en mélangeant l’échantillon avec une solution
contenant de la poudre métallique ultrafine et du glycérol [8]. Il réussit à ioniser la molécule
de lysozyme d’une taille de 14 300 Daltons. Durant la même période, Michael Karas et
Franz Hillenkamp réussissent à ioniser l’albumine possédant une taille de 66 600 Daltons [9].
Les différentes recherches menées pas les équipes de K. Tanaka et Karas/Hillenkampf ont
permis de mettre au point la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF utile dans
l’analyse des biomolécules.
1À partir de ce point, les mots soulignés sont cités dans le lexique.
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1.2 La spectrométrie de masse MALDI-TOF
1.2.1 Principe
Le spectromètre de masse MALDI-TOF est un spectromètre utilisant une source d’ionisation
laser assistée par une matrice (MALDI = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation) et un
analyseur à temps de vol (TOF = Time-Of-Flight) [10]. La séparation des molécules par cette
technique est plus douce qu’avec les autres méthodes. Elle permet d’ioniser des molécules
de grande taille, peu volatiles et sensibles à la chaleur sans les dégrader [13]. La méthode
MALDI-TOF s’applique aux biomolécules plus fragiles comme les peptides, les protéines, les
glycoprotéines et les oligonucléotides [1].
L’échantillon est mélangé à la matrice et placé sur une lame. Le dépôt (ou spot) formé est
appelé cible. Une source laser est dirigée sur la cible afin d’ioniser les molécules de
l’échantillon. Les ions sont ensuite détectés en mesurant le temps que mettent les différentes
particules à atteindre le détecteur. La vitesse de chaque particule dépend du rapport
masse/charge. Les molécules plus grandes mettront plus de temps à atteindre le détecteur,
tandis que les molécules plus petites arriveront plus vite. Une fois l’ion arrivé au détecteur, le
signal est amplifié et envoyé à un ordinateur qui traite les données et donne les résultats
sous forme de spectre [9].
1.2.2 La matrice
La matrice est constituée de molécules cristallisées dont les plus utilisées sont l’acide 2,5
dihydroxybenzoïque (DHB), l’acide sinapinique et l’acide α-cyano-4-hydroxycinnamique
(CHCA). Ces molécules sont ajoutées à un solvant (acétonitrile, éthanol ou acide
trifluoroacétique) [10]. Le DHB convient pour l’analyse des échantillons organiques
hydrophobes ou des polymères aromatiques, tandis que l’acide sinapinique et l’acide α-
cyano-4-hydroxycinnamique sont destinés pour l’analyse des protéines [6].
Un solvant composé d’eau et d’acétonitrile est ajouté à la matrice [6] afin de permettre aux
substances de l’échantillon de se dissoudre dans le mélange : les substances hydrophobes
de l’échantillon auront une affinité pour l’acétonitrile et les substances hydrophiles auront une
affinité pour l’eau [10].
Après avoir mélangé la matrice à l’échantillon, le spot est séché à l’air. Le solvant va ainsi
s’évaporer et il ne restera plus que la matrice cristallisée et l’analyte à l’intérieur [10].
Les composants de la matrice doivent avoir plusieurs caractéristiques :
ils doivent pouvoir se mélanger avec les solvants organiques et l’eau [10]
ils doivent être assez grands afin de ne pas s’évaporer lors de la préparation de
l’échantillon ou lorsque celui-ci est introduit dans le spectromètre [10], [5]
ils doivent être assez petits afin d’avoir une bonne volatilité et se vaporiser sous
l’action du rayon laser [5]
ils doivent être acides afin de transmettre des protons à l’analyte et ainsi l’ioniser [10],
[5]
ils doivent pouvoir absorber fortement et rapidement les rayons ultra-violets du laser
[10]
1.2.3 Désorption-Ionisation
Un laser UV (337 nm de longueur d’onde) d’azote (N2) est pulsé en direction de la cible. La
matrice ayant une grande réactivité pour l’absorption de la lumière UV absorbe l’énergie du
laser protégeant ainsi les molécules protéiniques de la dégradation. L’énergie du laser
produit deux phénomènes : tout d’abord, la matrice se vaporise libérant les peptides
(désorption), ensuite, elle transfert ses protons à l’analyte qui s’ionise [5].
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Les ions peuvent être chargés positivement ou négativement selon leur nature. Les
protéines et peptides ont des groupements accepteurs de protons et sont ionisé
positivement. Les oligonucléotides et les saccharides ont des groupements qui perdent un
proton et sont ionisés négativement [1].
Peptides :
R-NH2 + H+ → R-NH3+ (ionisation positive)
Saccharides :
Acides carboxyliques R-CO2H → R-CO2- (ionisation négative)
Fonction alcoolique R-OH → R-O- (ionisation négative)
1.2.4 La spectrométrie à temps de vol (TOF)
La spectrométrie à temps de vol est une technique séparant les substances ionisées en
fonction de leur charge et de leur poids moléculaire. La séparation se fait entre une anode et
une cathode dirigeant ainsi les molécules ionisées vers l’électrode portant la charge inverse
des ions à analyser [5]. Les ions passent ensuite à travers un champ électrique de force
connue accélérant leur progression [9]. Le spectromètre mesure le temps que mettent les
différents ions à atteindre le détecteur. Les grosses molécules mettent plus de temps à
atteindre le détecteur que les petites molécules. Elles sont ainsi séparées en fonction de
leur rapport masse/charge [5].
Figure 1: Principe d'ionisation par la technique MALDI.
L’analyte (en vert) est cristallisé dans la matrice (en violet).
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Figure 2: Technique Time of flight (TOF)
Le détecteur envoie ensuite les informations enregistrées à l’analyseur qui va traiter les
données et les présenter sous forme de spectre.
1.2.5 Le spectre
Les données enregistrées sont calculées afin de transposer les résultats dans un spectre où
chaque pic correspond à un type de molécule. L’axe des ordonnées représente l’intensité
relative du signal et l’axe des abscisses indique la taille de la molécule en Daltons.
L’appareil intègre les différents pics enregistrés et recherche dans la base de données
l’identification du germe correspondant.
Figure 3: Spectre MALDI-TOF
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2 Objectif de l’étude
En janvier 2011, le laboratoire de microbiologie a fait l’acquisition d’un spectromètre de
masse, le Vitek MS, utilisant la méthode MALDI-TOF. La spectrométrie de masse est une
toute nouvelle technologie en microbiologie pouvant offrir un gain de temps dans
l’identification des germes pathologiques en routine.
L’objectif de cette étude est de tester différents germes sur le Vitek MS en comparant les
résultats obtenus avec les résultats des méthodes d’identification de références du
laboratoire, notamment l’automate Vitek 2 et les galeries d’identification.
L’analyse des résultats du Vitek MS a pour but de mettre en évidence les points forts et les
points faibles de l’appareil et d’énumérer les avantages et les inconvénients de cette
technologie dans le diagnostic microbiologique.
3 Matériel et méthode
3.1 Vitek MS
3.1.1 Présentation de l‘instrument
Figure 4: Vitek MS Figure 5 : Fonctionnement du Vitek MS
Face avant, avec la porte (1) qui
permet de charger les échantillons
et des diodes (2), témoins du
fonctionnement de l’appareil.
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3.1.2 Matériel
Pipettes (0.1-3 µl) et embouts (0.1-10 µl)
Anses jetables de 1µl
Lames DS 48 puits (cibles)
ECAL: Escherichia coli ATCC 8739 pour la calibration
Acide formique 25%
Matrice : CHCA (Acide α-cyano-4-hydroxycinnamique)
Isolats à tester
Pour ce travail, 1022 souches ont été testées sur le Vitek MS. Les souches utilisées
proviennent soit de la souchothèque, soit d’échantillons de la routine. Les souches de la
souchothèque ont été analysées par moi-même, tandis que les souches de la routine ont été
traitées par les techniciennes en analyses biomédicales du laboratoire de microbiologie qui
m’ont ensuite transmis leurs résultats.
Sur l’ensemble des résultats de l’étude, j’ai testé 250 souches provenant de la souchothèque
et récolté 772 résultats de la routine.
Voici une répartition représentant la proportion des différents groupes de germes utilisés :
Plus de la moitié des souches testées concernent des bactéries que l’on rencontre le plus
souvent en routine, c'est-à-dire les entérobactéries, les staphylocoques, les anaérobies et les
streptocoques. Ces germes sont suivis par les non-fermentatifs, constitués par la plupart de
Pseudomonas sp, les Entérocoques et les levures. Les germes difficiles sont composés de
bactéries à culture lente et requérant des milieux de culture spéciaux. Ils sont constitués
majoritairement par des Legionella et des Pasteurella.
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Les « b+ aérobies » sont constitués principalement par des Bacillus, des Lactobacillus et des
Listeria monocytogenes. Les « autres c+ » sont composés par des coques Gram positif,
catalase négative (Aerococcus urinae et Leuconostoc lactis).
3.1.3 Mode opératoire
Calibration
La calibration se fait à l’aide d’une
souche d’Escherichia coli ATCC 8739.
Cette souche est stockée au
congélateur à une température de -
80°C. Une subculture S1 est effectuée
sur gélose au sang et conservée au
frigo durant quatre semaines. La
souche calibrante est obtenue en
repiquant la souche S1 sur gélose au
sang. Celle-ci est repiquée tous les
jours afin d’avoir une souche fraîche
pour la calibration. Une fois par
semaine, la souche calibrante est
repiquée à partir de la souche S1
conservée au frigo.
Après quatre semaines, la souche S1 est repiquée sur gélose au sang pour obtenir la
souche S2, conservée également à son tour au frigo pendant quatre semaines et repiquée 1
fois par semaine pour la souche calibrante.
On procède ainsi de suite jusqu’à la souche S7, après laquelle, on repart à partir de la
souche stockée au congélateur.
En pratique, on a constaté qu’il n’y a pas besoin de changer la souche du frigo tous les mois.
Ainsi, la souche congelée est repiquée seulement s’il y a des problèmes de calibration (on
ne s’arrête pas à la souche S7).
Le dépôt de la souche calibrante se fait sur la lame DS, sur un puits prévu à cet effet. Le
puits est légèrement plus petit que les autres et est situé au milieu de chaque série de 16
échantillons (cf. Figure 7). Le calibrateur est lu avant et après chaque série et le résultat doit
être bon pour pouvoir valider les résultats des échantillons. Si le MS n’arrive pas à intégrer
les pics et à identifier la souche calibrante, il n’analyse pas les échantillons.
3.1.4 Traitement des échantillons :
Les souches provenant de la souchothèque sont traités de la manière suivante :
Les différentes souches sont recherchées dans la souchothèque du laboratoire à
l’aide du logiciel « Access 2002 ».
Les souches choisies sont décongelées et isolées sur une gélose adéquate, puis
incubées pendant 24 heures à l’étuve.
Le 2ème jour, les germes sont testés sur le Vitek MS.
Remarque : Les bactéries testées sur le MS doivent être si possible fraîches. Il est
déconseillé d’utiliser des souches incubées plus de 72 heures car les pics seront décalés
(shift) et les résultats peuvent être faussés. Les conditions de culture ont une influence
sur l’expression des protéines et peuvent ainsi altérer les résultats du MS [2].
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3.1.5 Préparation des échantillons :
La préparation des échantillons se fait à partir de la Prep Station (Figure 6). C’est un module
constitué d’un ordinateur et d’un scanner optique servant à introduire les différentes données
des échantillons (NLAB, bactérie, levure) et leur emplacement sur la lame. La Prep Station
est reliée au programme Myla qui intègre et gère les résultats du Vitek MS et du Vitek 2
avant leur transfert au SIL (système informatique du laboratoire).
Figure 6: Prep Station
À l’aide d’une anse calibrée de 1 µl, prélever une colonie à tester et la déposer sur les
puits cibles. Tester l’échantillon à double.
Sur les 2 dépôts, ajouter 1µl de matrice CHCA.
Pour les levures et certaines bactéries pour lesquelles une extraction des protéines
est nécessaire (Strepto. pneumoniae), déposer l’échantillon et traiter avec 0.5 µl
d’acide formique. Laisser sécher, puis ajouter 1µl de matrice.
Pour la calibration, faire un dépôt avec la souche E. coli 8739 dans le puits prévu à
cet effet, puis déposer 1µl de matrice.
Indiquer les emplacements de chaque échantillons sur la lame en spécifiant s’il s’agit
de bactéries ou de levures car les spectres d’acquisition sont séparés dans deux
bases de données différentes.
Une fois la lame terminée, transférer les données de la Prep Station vers le Vitek MS,
placer la lame (Figure 7) sur le porte-lame (Figure 8), l’introduire dans le Vitek MS et
lancer l’analyse.
Figure 7: Lame DS Figure 8 : Porte-lames
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Pour les champignons et les mycobactéries, il faut réaliser une étape d’inactivation avant de
faire le dépôt de l’échantillon sur la lame DS afin d’éviter que les spores ne se disséminent
dans l’instrument :
Travailler sous la hotte.
Préparer un microtube de 2 ml pour chaque échantillon contenant 50 µl de TFA
(Trifluoroacetic acid).
Prélever une quantité suffisante de culture de germes et l’introduire dans le tube
contenant le TFA. Il faut prélever assez de matériel pour qu’il soit visible au fond du
tube à l’œil nu.
Mélanger en vortexant le tube durant quelques secondes.
Laisser incuber sous la hotte pendant 30 minutes.
Diluer la suspension à 1/10 en ajoutant 450 µl d’eau déminéralisée dans le microtube.
Vortexer quelques secondes.
Déposer 1 µl de suspension sur le puits.
Bien laisser sécher, puis déposer 1 µl de matrice.
Tester la lame immédiatement.
Schéma : Préparation de l’échantillon
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3.1.6 Lecture et interprétation des résultats
Une fois l’analyse terminée le MS affiche les résultats dans le programme « Myla » et
indique le pourcentage d’identification. Les résultats sont classés par famille dans des
tableaux Excel (cf. Annexe 1 : Résultats des souches testées) afin de déterminer le
pourcentage d’identification pour les différents germes.
Les souches provenant de la routine, sont testées sur le MS en parallèle avec une méthode
de référence afin de pouvoir confirmer l’identification. En cas de discordance, une troisième
méthode est utilisée pour confirmer le résultat (galeries de tests biochimiques, optochine,
séquençage, Gram, etc.).
Les souches de la souchothèque n’ont pas besoin d’être testées parallèlement avec une 2ème
méthode car elles ont déjà été identifiées au préalable. Seuls les germes présentant des
résultats discordants sont gardés afin de procéder à une confirmation avec une troisième
méthode.
3.2 Vitek 2
3.2.1 Principe
Le Vitek 2 permet d’effectuer de manière automatisée des identifications et des
antibiogrammes à l’aide de cartes contenant des cupules avec différents réactifs ou des
doses précises d’antibiotiques. Pour ce travail, seulement des identifications ont été
réalisées : la procédure des antibiogrammes ne sera donc pas décrite.
Les cartes d’identification sont constituées de cupules étanches contenant différents réactifs
nécessaires pour les tests biochimiques. Une suspension bactérienne de Mac Farland 0.55-
0.65 est effectuée dans un tube en plastique qui est placé sur un portoir spécial. Une paille
accolée à la carte est introduite dans le tube. L’appareil prend ensuite en charge toutes les
dilutions nécessaires, l’aspiration de la suspension dans chaque cupule et l’incubation de la
carte. Le module analytique procède à des lectures toutes les 15 minutes en mesurant le
trouble ou le changement de couleur présent dans chaque cupule. Il donne ensuite une
identification du germe en fonction des profils biochimiques trouvés.
3.2.2 Matériel
Tubes en plastiques
Module de préparation de l’échantillon comprenant :
o Un portoir pour poser les tubes et les cartes
o Un lecteur de code barre pour lire les numéros d’échantillon et les cartes
o Un ordinateur récoltant les informations nécessaires (numéro de
l’échantillon, numéro de la carte, positions sur le portoir…)
o Un densitomètre
Module d’analyse de l’échantillon Vitek 2
Figure 9 : Carte Vitek 2
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B A
Figure 10: Module de préparation de l'inoculum (A) et module analytique (B) du Vitek 2
Le module analytique est relié à un ordinateur permettant d’accéder aux résultats et de les
imprimer.
Les cartes à dispositions sont les suivantes et sont choisies selon le germe à identifier :
Cartes Vitek 2 Germes
GN Bacilles Gram négatif
GP Cocci Gram positif
YST Levures
ANC Anaérobies
Corynébactéries
3.2.3 Mode opératoire
À partir d’une culture fraîche, prélever à l’aide d’un écouvillon stérile quelques
colonies bien isolées et les dissoudre dans 3 ml d’eau déminéralisée en effectuant un
Mac Farland de 0.55-0.65
Vérifier la pureté de la suspension bactérienne en ensemençant une plaque de
pureté
Placer le tube sur le portoir et introduire la paille de la carte correspondante dans le
tube
Placer le portoir dans le module analytique
3.2.4 Lecture et interprétation
L’analyse dure entre 4 et 10 heures et le programme imprime les résultats obtenus lorsque
l’analyse est terminée. Sur la feuille de résultat, apparaissent le nom du germe identifié ainsi
que le pourcentage de l’identification. S’il y a le message « Low Discrimination », cela
signifie que l’automate hésite entre plusieurs identifications et il faut procéder à des tests
complémentaires afin de choisir le germe adéquat.
3.3 Galeries de tests biochimiques
3.3.1 Principe
Les galeries de tests biochimiques sont utilisées pour étudier les différents caractères
biochimiques des bactéries et ainsi permettre de les identifier à l’aide d’une base de
données. Chaque galerie permet l’identification du genre et de l’espèce d’un certain nombre
de germes indiqués dans la notice d’utilisation.
Les galeries de tests biochimiques sont constituées de microtubes ou de cupules contenant
des substrats réactionnels. En incubant une suspension bactérienne avec les différents
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substrats, il se crée un changement de couleur spontané ou révélé à l’aide d’un révélateur.
Chaque galerie a sa méthode d’inoculation et son temps d’incubation.
3.3.2 Matériel
Composition d’un kit :
Galeries de tests biochimiques (microtubes ou cupules) emballées individuellement
avec un déshydratant
Boîtes d’incubation et couvercles
Notice du kit contenant le protocole et les résultats du test
Ampoules contenant un milieu spécial (facultatif)
Figure 11 : Galerie à microtubes (API 20 A)
Figure 12: Galerie à cupules (API ID 32 STAPH)
Matériel non fourni :
Densitomètre
NaCl 0.85% 3 ml
Pipettes en verre
Pipettes calibrées et embouts
Pipettes automatiques et embouts ATB
Galeries de tests biochimiques disponibles au laboratoire :
Plusieurs galeries ont été utilisées pour confirmer l’identification d’une souche testée au
Vitek MS suite à une discordance. Les galeries de tests biochimiques sont choisies selon les
différents groupes auxquels le germe appartient. Voici un tableau des différentes galeries de
tests biochimiques mises à disposition pour ce travail et les groupes de germes pouvant être
identifiés :
Galeries Germes
Rapid ID 32 E Entérobactéries
ID 32 E Entérobactéries
Rapid ID 32 STREP Streptocoques
ID 32 STAPH Staphylocoques
ID 32 C Levures
Rapid ID 32 A Anaérobies
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3.3.3 Mode opératoire
Chaque galerie a un mode opératoire différent. Il faut respecter le protocole pour la
préparation de l’inoculum et le remplissage des galeries de tests biochimiques selon le
tableau « Tableau des galeries de tests biochimiques » (cf. Annexe 2).
3.3.4 Lecture et interprétation
Après incubation, les résultats sont lus à l’aide de la notice fournie avec le kit.
Lire les réactions spontanées en les indiquant comme positives (+) ou négatives (-)
selon le changement de couleur indiqué dans la notice.
Ajouter 1 goutte des réactifs demandés dans les microtubes et lire les résultats en
respectant le temps d’incubation.
Rem : certains microtubes sont bifonctionnels et peuvent permettre la réalisation de 2
réactions dans le même tube en lisant le résultat avant et après adjonction du réactif
demandé.
Une fois les résultats notés, les introduire dans le logiciel Api Web après avoir choisi
la galerie correspondante et ensuite, imprimer le rapport avec l’identification du
germe.
Api Web est un lien internet qui met à disposition la banque de données des
différentes bactéries. Ce service de Biomérieux permet l’identification des
microorganismes testés. Après avoir introduit les résultats obtenus avec les galeries
de tests biochimiques, le logiciel donne l’identification correspondante.
Remarque : parfois le logiciel hésite entre plusieurs identifications. Il faut procéder à des
tests complémentaires afin de déterminer la bonne espèce.
Galeries Germes
API Coryne Corynébactéries
API NH Neisseria
Haemophilus
API 20 NE Bacilles Gram négatif
Non-fermentatifs
API 20 E Entérobactéries
API 20 A Anaérobies
API 20 STREP Streptocoques
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4 Analyse des résultats
4.1 Résultats
Ce tableau reprend les résultats obtenus pour la totalité des souches testées sur le Vitek
MS. Les différentes bactéries ont été classées par groupes dans différents tableaux (cf.
Annexe 1: Résultats des souches testées). Pour chaque espèce, le pourcentage
d’identification correcte a été calculé afin de pouvoir comparer les résultats entre les
différentes espèces.
Les discordances au genre représentent des erreurs du MS pour lesquels les identifications
sont mauvaises pour le genre. Ce sont des discordances majeures car le MS a donné un
résultat complètement différent.
Les discordances à l’espèce correspondent aux erreurs d’identification à l’espèce
uniquement. Ces erreurs représentent des discordances mineures car le MS a donné une
identification correcte au genre, mais incorrecte à l’espèce.
La colonne « aucun résultat » représente les cas pour lesquels le Vitek MS n’a pas donné de
résultat. Ces cas peuvent être dues à différentes raisons : mauvaise qualité du spot,
insuffisance du nombre de pics d’intégration, échec de calibration ou absence de l’espèce
dans la base de données du Vitek MS (microorganismes en rouge dans la colonne
« Catégorie »).
Catégorie Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
Staphylocoques
S.aureus
S.capitis
S.caprae
S.epidermidis
S.haemolyticus
S.hominis
S.lugdunensis
S.saprophyticus
S.schleiferi
S.simulans
S.warneri
S.xylosus
126
43
7
1
44
8
9
4
3
2
3
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
0
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
1.6
0
0
0
4.5
0
0
0
0
0
0
0
0
Entérocoques
E.avium
E.casseliflavus
E.durans
E.faecalis
E.faecium
E.gallinarum
Enterococcus sp
68
5
2
1
34
23
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
0
0
0
0
2
0
1
0
0
0
0
0
0
1
100
100
100
100
100
100
100
100
97
100
100
100
100
100
0
100
1.5
0
0
0
0
0
0
100
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Catégorie Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
Streptocoques
Abiotrophia defectiva
S.agalactiae
S.alactolyticus
S.anginosus
S.constellatus
S.dysgalactiae
S.gallolyticus
S.gordonii
S.infantarius
S.intermedius
S.mitis/oralis
S.parasanguinis
S.pneumoniae
S.pneumoniae traîtés2
S.pyogenes
S.salivarius
110
2
23
1
13
9
6
3
2
2
2
10
3
21
23
8
5
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
3
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
9
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
2
0
5
1
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
97
100
100
100
100
89
83
100
100
50
100
100
100
100
100
100
100
8.2
0
0
0
0
0
17
0
0
50
0
20
0
24
4.3
0
0
Autres c+ aérobies
Aerococcus urinae
Leuconostoc lactis
4
3
1
0
0
0
1
0
1
0
0
0
100
100
100
75
100
0
0
100
100
Neisseria/Branhamella
B. catarrhalis
M. non-liquefaciens
Moraxella sp
N. gonorrhoeae
N. meningitidis
Neisseria sp
N. zoodegmatis
23
9
1
1
5
4
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
-
0
0
-
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
-
100
100
-
100
0
0
0
0
0
0
0
0
Gardnerella vaginalis 17 0 1 0 100 94 0
Corynebactéries
Arcano. haemolyticum
C.amycolatum
C.diphteriae
C.glucoserum
C.glucuronolyticum
C.jeikeium
C.pseudodiphteriticum
C.striatum
C.urealyticum
Turicella otidis
Corynebacterium sp
41
2
6
1
1
1
7
15
1
2
1
4
3
0
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
9
0
6
0
0
0
0
0
0
0
0
3
6
0
0
0
1
0
3
1
0
0
0
1
93
100
100
100
100
0
100
93
100
100
0
100
78
100
0
100
100
100
100
100
100
100
100
25
15
0
0
0
100
0
43
6.7
0
0
0
25
2 Streptococcus pneumoniae traités à l’acide formique (ne sont pas comptabilisés dans le nombre de souches totales).
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Catégorie Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
Autres b+ aérobies
Bacillus sp
Erysipel. rhusiopathiae
Lactobacillus sp
Listeria monocytogenes
Nocardia sp
Rhodococcus equi
Rothia dentocariosa
20
4
1
7
5
1
1
1
1
0
0
0
0
0
1
0
2
2
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
95
100
100
100
100
100
0
100
90
50
100
100
100
100
100
100
5
0
0
0
0
100
0
0
Entérobactéries
Citrobacter braakii
Citrobacter freundii
Citrobacter koseri
Citrobacter youngae
Edwardsiella tarda
Enterobacter aerogenes
Enterobacter cloacae
Enterobacter sakazakii
Escherichia coli
Hafnia alvei
Klebsiella oxytoca
Klebsiella pneumoniae
Kluyvera ascorbata
Morganella morganii
Plantoa agglomerans
Proteus mirabilis
Proteus penneri
Proteus stuartii
Proteus vulgaris
Salmonella sp
Salmonella enteritidis
Salmonella typhi
Salmonella typhimorium
Serratia liquefaciens
Serratia marcescens
Serratia odorifera
Shewanella putrefaciens
Shigella sp
Shigella sonnei
Vibrio parahaemolyticum
Yers. pseudotuberculosis
Yokenella regensburgei
226
2
4
4
2
1
4
18
1
87
3
11
26
1
5
1
14
1
1
2
12
4
1
1
1
8
1
1
3
2
1
2
1
6
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
3
2
0
0
0
25
1
0
0
1
0
0
14
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
-
4
1
1
0
0
1
1
-
0
0
0
0
4
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
97
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
91
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
100
100
100
89
50
100
100
50
100
100
22
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
50
-
0
0
0
100
100
0
0
-
100
100
100
100
1.8
50
0
25
50
0
0
0
0
0
0
0
3.8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 22
Catégorie Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
Pseudomonas
P.aeruginosa
P.fluorescens
P.oryzihabitans
P.pseudoalcaligenes
P.putida
Pseudomonas sp
46
40
1
2
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
-
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
0
98
100
100
100
100
0
-
0
0
0
0
0
0
0
Autres non-fermentatifs
Acinetobacter johnsonii
Acinetobacter baumanii
Acinetobacter lwoffii
Acinete. radioresistens
Acinetobacter sp
Alcaligenes faecalis
Bordetella bronchiseptica
Burkholderia cepacia
Rhizobium radiobacter
Steno.maltophilia
22
1
2
1
1
2
1
2
8
1
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
8
0
0
0
0
0
0
0
8
0
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
64
100
100
100
100
100
100
100
0
100
100
4.5
0
0
0
0
50
0
0
0
0
0
Germes difficiles
Bergeyella zoohelcum
Capnocytophaga sp
Cardiobacter hominis
Eikenella corrodens
Kingella denitrificans
Legionella sp
Legionella anisa
Legionella pneumophila
Legionella taurinensis
Pasteurella bettyae
Pasteurella multocida
39
1
1
1
2
2
6
2
12
2
1
9
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
-
0
0
0
0
1
11
0
0
0
0
0
6
2
0
2
1
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
97
100
100
100
100
100
-
100
100
100
100
89
28
0
0
0
0
0
100
100
0
100
100
0
Haemophilus
Aggr.aphrophilus
H.influenzae
H. parahaemolyticus
H.parainfluenzae
49
3
31
2
13
0
0
0
0
0
2
1
0
0
1
2
0
2
0
0
100
100
100
100
100
94
67
100
100
92
4
0
6.5
0
0
Campylobacter
C.coli
C.fetus
C.jejuni
20
6
1
13
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
95
83
100
100
0
0
0
0
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Travail de diplôme 2011-2012 23
Catégorie Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
Germes anaérobies
Actinomyces sp
Bacteroides fragilis
Bact. thetaiotaomicron
Bacteroides vulgatus
Bifidobacterium sp
Clostridium difficile
Clostridium perfringens
Clostridium ramosum
Clostridium sordelii
Clostridium sp
Eggerthella lenta
Finegoldia magna
Fusobacter. mortiferum
Fusobact. necrophorum
Fusobact. nucleatum
Parabacter. distanosis
Parvimonas micra
Peptino.asaccharolyticus
Peptostreptococcus sp
Porphyro.asaccharolytica
Prevotella bivia
Prevotella denticola
Prevo.melaninogenica
Propionibacterium acnes
Propionibacterium sp
Staph.saccharolyticus
Veillonella sp
122
8
21
5
1
1
2
6
2
1
1
7
6
1
6
7
1
6
2
2
1
6
1
1
13
6
6
2
1
0
0
0
0
0
0
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0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
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0
0
0
0
0
0
2
-
0
0
0
-
0
0
0
0
-
0
0
0
0
1
0
0
0
-
0
0
0
1
0
-
0
-
13
8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
99
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
83
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
98
-
100
100
100
-
100
100
100
100
-
100
100
100
100
86
100
100
100
-
100
100
100
0
100
-
100
-
10.6
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
0
14.3
0
0
0
0
100
0
0
0
7.7
0
0
50
Levures
Candida albicans
Candida dubliniensis
Candida glabrata
Candida kefyr
Candida krusei
Candida lusitaniae
Candida parapsilosis
Candida pelliculosa
Candida tropicalis
Candida sp
Crypto.neoformans
Geotrichum capitatum
Rhodo.mucilaginosa
Saccharo.cerevisae
65
16
1
16
1
2
1
12
1
8
1
1
1
2
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
98
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 24
Catégorie Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
Champignons
Aspergillus flavus
Aspergillus fumigatus
Apergillus niger
Aspergillus terreus
Aspergillus versicolor
Trichosporon mucoides
16
3
4
3
1
4
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
6
0
0
1
1
4
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
38
0
0
33
100
100
0
Mycobactéries 8 0 4 1 100 50 13
TOTAL SOUCHES 1022 12 61 57 99 94 5.6
4.2 Interprétation : points forts et points faibles
4.2.1 Cocci Gram positif
De manière générale, le MS donne une bonne identification des cocci Gram positif, avec
néanmoins des résultats moins satisfaisants pour les pneumocoques.
Il est excellent dans l’identification au genre et à l’espèce des Staphylocoques et des
Entérocoques. Les seules erreurs pour les Staphylocoques concernent l’espèce S.
epidermidis (42/44)3. Pour ce qui concerne les Entérocoques, les erreurs d’identification se
portent sur l’Enterococcus gallinarum (0/2) pour lequel il ne donne pas de bonne
identification à l’espèce.
Concernant les cocci Gram positif, catalase négative, le MS est bon pour l’identification des
Aerococcus urinae (3/3).
En ce qui concerne les Streptocoques, il est très bon pour l’identification des S. agalactiae
(23/23) et S. pyogenes (8/8), un peu moins pour les S. dysgalactiae (4/6). Les autres
Streptocoques sont également bien identifiés même si parfois le MS ne donne pas de
résultat pour les S. mitis/oralis (8/10).
Le point faible du Vitek MS en ce qui concerne les cocci Gram positif sont les
pneumocoques. Parfois, il ne donne pas de résultats (16/21). On a pu constater que ces
erreurs sont dues à l’étalement de la cible : si la colonie est difficile à prélever ou trop
muqueuse, le Vitek MS ne donne aucun résultat. Une étude complémentaire sur les
pneumocoques a été effectuée. 23 souches de la souchothèque ont été reprises et traitées
avec de l’acide formique 25%, avant de rajouter la matrice. Les pneumocoques ont donc été
traités comme des levures. Les résultats se sont avérés très satisfaisants avec seulement
4% d’identifications ne donnant pas de résultat, au lieu de 24% sans traitement. Il est donc
conseillé de traiter les pneumocoques avec l’acide formique pour obtenir de meilleures
identifications.
4.2.2 Cocci Gram négatif et Haemophilus
L’identification des Neisseria et des Branhamella est excellente. La réussite d’identification
au genre et à l’espèce est de 100% (23/23).
Les Haemophilus sont également bien identifiés avec le MS. Dans 2 cas sur 31, il ne donne
pas de résultat pour l’Haemophilus influenzae et n’arrive pas à identifier l’Haemophilus
parainfluenzae à l’espèce dans 1 cas sur 13. Mais dans l’ensemble, les résultats sont très
satisfaisants.
3 Entre parenthèses : score des bonnes identifications au genre et à l’espèce (nbre d’identifications
correctes/nbre de souches testées).
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 25
4.2.3 Germes difficiles
Les germes difficiles sont bien identifiés par le MS. Les bactéries du groupe HACEK4 testées
(Capnocytophaga, Eikenella et Kingella) ont été bien identifiées. Les souches de
Cardiobacter hominis et Bergeyella zoohelcum ont également été correctement identifiées.
Le nombre de souches testées est cependant insuffisant pour s’exprimer sur les
performances du MS concernant ces germes.
La Pasteurella multocida est également bien identifiée (8/9).
Par contre, si le MS identifie très bien les Legionella pneumophila (12/12), il n’en est pas de
même pour les autres Légionelles (L. anisa et L. taurinensis). Le Vitek MS ne possède pas
ces dernières espèces dans sa base de données, ce qui rend l’identification impossible.
4.2.4 Bacilles Gram positif aérobies
Le MS identifie bien les Bacillus au genre, mais pas à l’espèce. Le point positif est que le
Vitek MS peut différencier les différents groupes de Bacillus, notamment le Brevibacillus.
Une souche d’Erysipelothrix rhusiopathiae a été testée et l’identification est correcte pour le
genre et l’espèce.
Les Corynébactéries sont bien identifiées au genre (93%), un peu moins à l’espèce (78%).
Certaines espèces ne donnent pas de résultats car elles ne sont pas dans la base de
données comme C. glucoserum, C. glucurolonyticum et Turicella otidis. Le MS ne différencie
pas le C. amycolatum du C. xerosis et n’identifie que la moitié des C. jeikeium (4/7). Par
contre, l’identification du C. pseudodiphteriticum (13/15) et C. striatum (2/2) sont très
satisfaisantes.
Les Nocardia autres que N. asteroïdes et Rhodococcus equi ne peuvent pas être identifiés
par le MS car la base de données ne contient pas ces espèces.
Un point fort et utile pour la routine, est l’excellente identification des Lactobacillus (7/7) et
des Gardnerella vaginalis (16/17). La seule mauvaise identification pour les Gardnerella
vaginalis comporte une discrimination entre Gardnerella vaginalis et Bifidobacterium sp.
4.2.5 Entérobactéries
Les entérobactéries sont bien identifiées par le MS de manière générale.
Parmi les Citrobacter, c’est le C. freundii qui est le mieux identifié à l’espèce (4/4), suivi par
le C. koseri (3/4). Les Citrobacter braakii et C. youngae sont mal identifiés par le MS. Pour
ce genre d’entérobactéries, on peut dire que le Vitek 2 est plus performant.
En ce qui concerne les Enterobacter, le MS ne différencie pas l’E. asburiae de l’E. cloacae
(4/18). Le Vitek 2 identifie mieux ce genre de bactéries que le MS.
Par contre, le MS identifie mieux les Klebsiella que le Vitek 2. Il différencie très bien les K.
pneumoniae des K. oxytoca. L’identification des Klebsiella présente parfois quelques
problèmes. Parfois, elles sont difficiles à prélever et à obtenir un dépôt homogène. Dans ce
cas, le Vitek MS ne donne aucun résultat.
L’identification des E. coli, des Morganella morganii et des Proteus est très bonne.
Les salmonelles sont bien identifiées au genre, mais pour l’identification à l’espèce, il faut
recourir à la sérologie (recherche des antigènes O, H et, Vi).
Le point négatif le plus problématique est l’identification des Shigella. Le MS fausse
complètement le diagnostic : à la place de Shigella, il donne le résultat Escherichia coli. Il ne
faut donc pas utiliser le MS en cas de suspicion de Shigella.
4 Bactéries responsables d’endocardites sur valves lésées ou prothétiques. Le groupe HACEK est constitué des
germes suivants : Haemophilus spp, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Capnocytophaga spp,
Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens, Kingella kingae.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 26
4.2.6 Campylobacter
Les résultats sont très bons en ce qui concerne les Campylobacter. L’identification est fiable
pour le genre et l’espèce (19/20) que ce soit pour le C. coli ou le C. jejuni.
4.2.7 Non-fermentatifs
Les non-fermentatifs sont bien identifiés au genre et à l’espèce. Les erreurs d’identification
sont peu nombreuses et ne concernent que quelques espèces précises.
Par exemple, il identifie très bien les Pseudomonas (44/46), les Stenotrophomonas
maltophilia (3/3) et les Acinetobacter (6/7).
Par contre, il ne différencie pas les différentes espèces de Burkholderia et n’identifie pas
bien le Pseudomonas putida à l’espèce.
4.2.8 Germes anaérobies
De manière générale, les résultats d’identification des germes anaérobies sont satisfaisants.
Le MS est excellent pour l’identification au genre et à l’espèce des Bacteroides (27/27), des
Clostridium (12/12) et Parvimonas micra (6/6) où les résultats sont meilleurs que le Vitek 2. Il
identifie également très bien les Eggerthella lenta (7/7), Finegoldia magna (6/6) et
Propionibacterium (18/19).
Les Prevotella sont bien identifiés (7/8). Il reconnaît également moins bien les
Fusobacterium (10/14) et ne reconnaît pas les Actinomyces car ils ne sont pas présents
dans la base de données.
4.2.9 Levures
Les identifications des levures sont excellentes au genre et à l’espèce (64/65). Le Vitek MS
donne de meilleurs résultats que le Vitek 2 (52/65).
4.2.10 Champignons
Les résultats obtenus ne sont pas très bons (63%). Le MS identifie bien l’Aspergillus flavus,
l’A. fumigatus, et le Trichosporon mucoides.
Par contre, il identifie moyennement bien les Aspergillus niger (2/3) et mal les Aspergillus
terreus (0/1) et A. versicolor (0/4).
4.2.11 Mycobactéries
Les résultats sont mauvais pour les mycobactéries car la base de données du MS reste
limitée. L’appareil n’a identifié correctement que l’espèce M. fortuitum (3/3) car elle figure
dans la base de données. Les autres espèces n’y figurant pas (M. goodii et M. gordonae)
n’ont pas pu être correctement identifiées.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Travail de diplôme 2011-2012 27
5 Discussion
5.1 Améliorations de l’identification des germes en routine
5.1.1 Staphylocoques
En routine, il est important de distinguer les Staphylocoques aureus des autres
Staphylocoques. Le laboratoire utilise plusieurs tests pour différencier ces deux groupes : la
DNase et le Slidex Staph Plus.
La fiabilité du Vitek MS en ce qui concerne l’identification des Staphylocoques, permet de ne
plus effectuer de DNase et ainsi gagner 24 heures dans le diagnostic. Il peut également être
utile en cas de Slidex Staph Plus douteux, pour confirmer ou infirmer le résultat.
De plus, le Vitek MS permet d’obtenir rapidement l’identification à l’espèce de tous les
Staphylocoques non-aureus. Ce dernier point est très utile pour l’identification des
Staphylocoques non-aureus responsables d’infections nosocomiales dues à des corps
étrangers (prothèses osseuses, valves cardiaques, cathéters…) ou à des infections urinaires
(Staphylococcus saprophyticus).
On peut dire que le Vitek MS est un atout majeur dans l’identification des Staphylocoques.
Sa rapidité d’analyse permet de prendre les dispositions nécessaires (antibiogramme,
recherche de MRSA…) de manière plus fiable et rapide, utile surtout pour l’identification des
germes dans les hémocultures positives.
5.1.2 Lactobacillus
Avant d’avoir le MS, cette bactérie ne pouvait pas être identifiée autrement que par le Gram
et la résistance à la vancomycine. L’identification des Lactobacillus est utile lorsque le germe
est présent dans les hémocultures. Avec le MS, on peut avoir une identification du genre et
de l’espèce sans envoyer la souche pour le séquençage.
5.1.3 Gardnerella vaginalis
Ce germe ne peut être identifié que par sa morphologie au Gram. Le Vitek MS permet une
identification plus fiable, surtout pour les prélèvements autre que vaginaux, comme le
sperme par exemple.
5.1.4 Levures
Auparavant, les levures étaient repiquées sur CAN2 (milieu chromogène) afin de distinguer
les différentes espèces de Candida. Leur croissance peut prendre entre 48 et 72 heures
(Candida glabrata). De plus, pour les Candida autres que C. albicans, on effectuait
également une identification au Vitek 2, ce qui prend 24 heures supplémentaires au
diagnostic.
L’identification des levures par le MS est très bonne. La différenciation des différentes
espèces de Candida permet d’avoir des résultats fiables en peu de temps sans devoir
repiquer les germes sur CAN2.
5.1.5 Urotubes
Les urotubes permettent de différencier les germes urinaires par plusieurs moyens : ils sont
sélectifs grâce aux milieux de culture CLED et Mac Conkey, et différentiels de part la couleur
que prennent les colonies sur les différents milieux. Les urotubes aident à l’identification des
germes urinaires, mais nécessitent des tests supplémentaires pour leur identification (Vitek
2, repiquage sur un milieu de culture).
Le Vitek MS permet une identification rapide des germes sans devoir attendre le lendemain.
Par exemple, pour l’identification du Staphylococcus saprophyticus, il fallait lancer une carte
au Vitek 2 et le résultat était obtenu le lendemain matin. Avec le Vitek MS, l’identification se
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 28
fait le jour même. De même pour les Entérobactéries, l’identification des Escherichia coli ne
nécessitent plus la confirmation de l’aspect morphologique sur Mac Conkey et le spot indole,
ce qui permet de gagner 24 heures.
5.1.6 Entérocoques
Avant le MS, l’identification des Entérocoques dans l’urine ne se faisait qu’au genre car cela
suffisait pour effectuer l’antibiogramme. Avec le MS, l’identification systématique à l’espèce
est utile en cas de septicémie pour savoir si le germe retrouvé dans l’urine est le même que
celui retrouvé dans le sang.
5.1.7 Contaminations
Le Vitek MS permet également d’identifier des bactéries dont on a un doute sur leur
pathogénécité. Le Vitek MS permet d’identifier les éventuelles contaminations d’un
prélèvement et ainsi ne pas continuer les recherches inutilement (économie de cartes Vitek 2
ou galeries de tests biochimiques).
5.1.8 Peudomonas aeruginosa
Le Vitek MS est très bon pour l’identification des Pseudomonas. Il permet ainsi d’éliminer
l’utilisation de la gélose PAID pour le Pseudomonas aeruginosa.
Il est également pratique dans la différenciation des Pseudomonas des autres non-
fermentatifs, oxydase positive (Schewanella, Agrobacterium, Alcaligenes). Cette
différenciation est nécessaire pour l’antibiogramme : l’antibiogramme des Pseudomonas se
fait sur le Vitek 2, alors que pour les autres non-fermentatifs, l’antibiogramme se fait
manuellement avec la méthode de Kirby-Bauer.
5.1.9 Campylobacter
Les Campylobacter sont des bactéries à croissance lente (48 heures). Leur identification se
fait à l’aide du Gram, du test de l’hippurate et de la résistance à l’acide nalidixique. Le
Campylobacter jejuni ne peut être identifié qu’après avoir effectué un Gram et le test à
l’hippurate (positif) qui prend 4 heures. Pour les Campylobacter coli, il faut confirmer
l’identification par un disque d’acide nalidixique (sensible). Si le germe est résistant, on
l’envoie à Zürich pour l’identification à l’espèce.
Le Vitek MS permet non seulement une identification rapide des Campylobacter, mais il évite
d’envoyer les souches à Zürich pour le séquençage.
5.2 Lacunes du Vitek MS
5.2.1 Shigella
Non seulement le MS n’identifie pas les Shigella au genre, mais en plus, il donne comme
résultat Escherichia coli. Les résultats du MS faussent complètement le diagnostic. D’ailleurs
ce problème est bien connu par le fournisseur et la remarque suivante apparaît dans le
logiciel Myla lorsqu’un E. coli est identifié :
Attention!: Escherichia coli identifié, possibilité de Shigella spp ou Escherichia coli O157.
Les Shigella sont des entérobactéries extrêmement proches des E. coli [3] et peuvent parfois
être confondues avec les tests biochimiques en cas de présence d’E. coli immobiles (indole
négatif et ne fermentant pas le lactose en 24 heures).
Les ressemblances génotypiques des Shigella et des E. coli expliquent la confusion du MS à
les distinguer. Par contre, dans le diagnostic microbiologique, il est très important de ne pas
les confondre et de ne pas passer à côté d’une Shigella de part son pouvoir de
pathogénécité. L’utilisation du MS est donc déconseillée en cas de suspicion de Shigella.
Dans ce cas, il faut recourir aux méthodes d’identification habituelles.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 29
5.2.2 Champignons
Le MS ne convient pas pour l’identification des champignons. La principale difficulté réside
dans la formation du dépôt. Les champignons sont très friables et secs, il est difficile
d’obtenir un dépôt homogène et les filaments mycéliens ne se mélangent pas facilement
avec la matrice. On a constaté qu’on obtient de meilleurs résultats si on n’effectue pas
l’étape d’inactivation et qu’on traite les champignons avec de l’acide formique à 25% avant
de laisser sécher le dépôt et d’ajouter la matrice.
5.2.3 Mycobactéries
Le MS n’identifie bien que M. fortuitum. Les autres espèces sont mal différenciées ou
incorrectement identifiées, car elles sont absentes de la base de données. Le séquençage
reste la meilleure méthode d’identification des Mycobactéries.
5.3 Avantages et inconvénients du MS
Avantages :
Rapidité de l’identification
Le Vitek MS est la technique d’identification la plus rapide. Alors qu’il faut entre 4 et 8
heures pour les identifications sur le Vitek 2 et entre 4 et 18 heures sur les galeries de
tests biochimiques, avec le Vitek MS, une demi-heure suffit pour lire une lame contenant
24 échantillons.
Simplicité de l’analyse
La préparation de l’échantillon est simple à réaliser. Contrairement au Vitek 2 ou aux
galeries, il n’y a pas besoin de faire de suspension du germe à analyser ou de plaque de
pureté.
Petit volume d’échantillon nécessaire
Il faut très peu de matériel pour effectuer le dépôt. En général, une colonie bien isolée
suffit, parfois plusieurs si elles sont très petites. Avec le Vitek 2 ou les galeries, il faut
assez de colonies pour effectuer un Mac Farland de 0.5, voire plus pour certains germes
ayant du mal à pousser (cf. Annexe 2).
Coûts
Voici trois tableaux représentant approximativement les coûts pour une analyse
effectuée sur le Vitek MS, le Vitek 2 et avec les galeries d’identification.
N.B : Les prix des automates et des maintenances n’ont pas été pris en considération pour
l’évaluation du coût de l’analyse.
Vitek MS
Désignation du
matériel
Prix en
CHF Unités
Unité/analyse Prix/analyse
Bactéries Levures Bactéries Levures
Lame DS
Embouts 0.1-10 µl
Anses 1 µl
Matrice CHCA
Acide formique 25%
14.40
98.20
125.80
98.30
98.30
48 puits
960
1000
2.5 ml
2.5 ml
2
2
2
2 µl
-
2
4
2
2 µl
1 µl
0.60
0.20
0.25
0.08
-
0.60
0.40
0.25
0.08
0.04
Total 1.15 1.35
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Travail de diplôme 2011-2012 30
Vitek 2
Désignation du
matériel Prix en CHF Unités Unité/analyse Prix/analyse
Cartes Vitek 2
Plaque de pureté
179.50
26.30
20
20
1
1
9.00
1.30
Total 10.30
Galeries d’identification
Désignation du matériel Prix/analyse en CHF
Galerie
NaCl 0.85% (3 ml)
Plaque de pureté
7.00 (Entérobactéries) à 12.50 (Corynébactéries)
1.20
1.30
Total 9.50 à 15.00
Les analyses sur le Vitek 2 ou les galeries nécessitent du matériel (cartes, galeries) et des
réactifs (révélateurs pour les tests biochimiques en galeries qui n’ont pas été pris en
considération dans les calculs). On peut constater que les analyses sur le Vitek MS
requièrent peu de réactif et du matériel moins cher. De plus, ces tableaux montrent qu’une
analyse du MS coûte presque dis fois moins cher qu’une analyse au Vitek 2 ou avec les
galeries.
Inconvénients :
Ne convient pas pour certaines espèces qui ne sont pas dans la base de données du Vitek
MS, notamment les Actinomyces et les Legionella autre que pneumophila.
En revanche, la liste de la base de données est exhaustive est peut être mise à jour afin
d’élargir le panel des espèces pouvant être identifiées par le MS.
Hémocultures :
Dans les bouteilles d’hémoculture, il y a du charbon. Lorsqu’on a des petites colonies, le
Vitek MS ne donne aucun résultat. Il semblerait que le charbon interfère avec l’analyse. Le
Vitek MS ne convient donc pas pour les hémocultures lorsque les colonies sont très petites.
Il est préférable d’utiliser dans ce cas le Vitek 2.
Urotubes :
Il est important de noter que certaines bactéries sur urotube sont difficiles à prélever,
notamment les entérobactéries, et que par conséquent, l’étalement des colonies sur la lame
est mauvais rendant l’identification difficile.
Germes difficiles à prélevés ou trop muqueux :
Les bactéries trop muqueuses (Klebsiella, pneumocoques) ou difficiles à prélevées
(Haemophilus parainfluenzae) ne sont pas bien identifiées par le MS. Ce problème n’est pas
dû à l’appareil, mais à la qualité de l’étalement. L’échantillon doit être bien étalé sur le puits
et mélangé à la matrice de façon homogène. Si ce n’est pas le cas, le MS ne peut pas
identifier le germe. La qualité de l’étalement est un point important à respecter pour
l’identification correcte des germes.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 31
6 Conclusion
Malgré certains points faibles du MS (Shigella, bactéries granuleuses ou muqueuses), la
spectrométrie de masse MALDI-TOF est une technique donnant des résultats fiables et dans
un délai plus court que les méthodes habituelles (Vitek 2 et galeries). Les avantages du Vitek
MS sont la rapidité d’identification, le peu d’échantillon nécessaire et le faible coût de
l’analyse.
L’acquisition du Vitek MS a modifié le processus analytique du laboratoire. Auparavant, les
identifications et les antibiogrammes étaient lancés en même temps dans la matinée et on
attendait le lendemain pour avoir les résultats et lancer éventuellement les analyses
complémentaires. Avec le MS, comme les identifications sont obtenues le jour même, il faut
accorder du temps l’après-midi pour gérer les résultats et effectuer les tests
complémentaires.
En conclusion, cet étude montre que la spectrométrie de masse MALDI-TOF a une grande
utilité dans le diagnostic microbiologique.
Conclusion personnelle
Ce travail m’a permis tout d’abord de connaître une toute nouvelle technologie en
microbiologie qu’est la spectrométrie de masse MALDI-TOF.
J’ai également eu l’occasion de travailler avec un grand nombre d’espèces de bactéries
différentes et de mettre en pratique plusieurs méthodes d’identification. Les bactéries qui
m’étaient inconnues, m’ont permis d’apprendre à faire des recherches de façon autonome
afin de pouvoir étudier leurs caractéristiques biochimiques et les identifier.
Perspectives
Il serait intéressant de mettre en place un protocole utile à l’identification des germes
directement à partir de bouteilles d’hémocultures positives. En effet, il serait possible
d’obtenir des bouteilles d’hémoculture exemptes de charbon afin d’avoir des identifications
avec le Vitek MS sans interférences. Ceci permettrait de gagner du temps dans le
diagnostic.
Une autre perspective serait également de mettre à jour la base de données afin d’élargir le
nombre de germes pouvant être identifiés par le Vitek MS et de poursuivre les tests avec les
nouveaux microorganismes rajoutés.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 32
7 Références bibliographiques
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[11] Wikipedia. (17 août 2011). Wikipedia, L’encyclopédie libre [Page Web]. Accès : http://fr.wikipedia.org/wiki/Joseph_John_Thomson (page consultée le 17 août 2011)
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Biomérieux (novembre 2011) (s.d.). Tarif Janvier 2012 : Microbiologie, Immunoessais, Diagnostic moléculaire. Genève : Biomérieux
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Travail de diplôme 2011-2012 33
Dusch, H., Burren, K. & Hinrikson, H.P. Unilabs [Page Web] Accès:
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Murray, P.R., Baron, E. J., Jorgensen, J. H., Pfaller, M. A. & Yolken, R. H. (2003). Manual of Clinical Microbiology (8
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Iconographie :
Figure 1 : Wikipedia. (27 mai 2009). Wikipedia, L’encyclopédie libre [Page Web]. Accès :
http://fr.wikipedia.org/wiki/D%C3%A9sorption-ionisation_laser_assist%C3%A9e_par_matrice (page
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Figure 2 : Leblanc, B. (15 juillet 2011). Université de Sherbrooke [Page Web]. Accès : http://pages.usherbrooke.ca/bcm-514-bl/6a.html (page consultée le 10 aout 2011)
Figure 3 : Logiciel Myla
Figures 4 et 5 : Biomérieux (2011). Vitek MS : Workflow : User Manual. Marcy l’Etoile : Biomérieux
Figures 6, 7 et 8 : Biomérieux. Vitek MS Workflow. In Société luxembourgeoise de biologie clinique
[Page Web]. Accès: http://www.slbc.lu/fileadmin/editor_uploads/download_files/presentation-
pdf/Conference-2011/Conference_BioMerieux_30.06.11.pdf (page consultée le 1er mars 2012)
Figure 9: Yunycom : Medical Equipment and Diagnostic Materials. (2008). Yunycom : Medical
Equipment and Diagnostic Materials [Page Web]. Accès :
http://www.yunycom.rs/program/img/test_kit.jpg (page consultée le 23 août 2011)
Figure 10 : Les laboratoires Bioxa [Page Web]. Accès : http://unibioreims.pagesperso-
orange.fr/Images/Vitek 2.jpg (page consultée le 23 août 2011)
Figure 11 : Philippon, A.,Oghina, G & Prots, L. Campus de Microbiologie médicale [Page Web]. Accès : http://www.microbes-edu.org/diagnostics/db31/api20A-a.jpg (page consultée le 12 mars 2012)
Figure 12 : , A.,Oghina, G & Prots, L. Campus de Microbiologie médicale [Page Web]. Accès : http://www.microbe-edu.org/professionel/diag/imgsapro/apisapro.jpg (page consultée le 12 mars)
Table des illustrations :
Figure 1: Principe d'ionisation par la technique MALDI. ......................................................... 8
Figure 2: Technique Time of flight (TOF) ............................................................................... 9
Figure 3: Spectre MALDI-TOF ............................................................................................... 9
Figure 4: Vitek MS ................................................................................................................10
Figure 5 : Fonctionnement du Vitek MS ................................................................................10
Figure 6: Prep Station...........................................................................................................13
Figure 7: Lame DS ...............................................................................................................13
Figure 8 : Porte-lames ..........................................................................................................13
Figure 9 : Carte Vitek 2 .........................................................................................................15
Figure 10: Module de préparation de l'inoculum (A) et module analytique (B) du Vitek 2 ......16
Figure 11 : Galerie à microtubes (API 20 A) .........................................................................17
Figure 12: Galerie à cupules (API ID 32 STAPH) .................................................................17
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8 Lexique
Anode : Électrode vers laquelle se dirige les anions (ions négatifs).
Biomolécule : Molécule entrant dans les processus métaboliques des organismes
vivants (glucides, lipides, protéines et acides nucléiques).
Cathode : Électrode vers laquelle se dirigent les cations (ions positifs).
Dalton (Da): Unité de masse des atomes utilisé en biochimie pour mesurer la masse
des molécules. Un Dalton correspond à la masse d’un atome
d’hydrogène. Á titre d’exemple, un acide aminé représente 110 Da, tandis
qu’un nucléotide (base d’ADN+désoxyribose+phosphate) est égal à 330
Da.
Désorption : Rupture des liaisons ioniques entre les molécules et le substrat, ce qui
libère les molécules du substrat.
Électrode : Dispositif conduisant le courant électrique ou ionique.
Ion : Molécule chargée électriquement, soit positivement après avoir perdu un
électron (cation), soit négativement en gagnant un électron (anion).
Ionisation : Transformation d’une molécule neutre en molécule chargée
électriquement.
Isotope : Groupes d’atomes correspondant au même élément chimique, mais ayant
des masses atomiques différentes. Les isotopes d’un élément possèdent
dans leur noyau un nombre de neutrons différent.
Matrice: En biologie, la matrice est une matière englobant des éléments plus
spécifiques. Dans notre cas, la matrice est un réactif utilisé pour
« englober » les molécules fragiles d’intérêt afin d’éviter leur dégradation
sous l’action du laser durant l’analyse.
Oligonucléotide : Segment court d’un brin d’ADN ou ARN.
Organique : Molécule composée d’atomes de carbone et qui entre dans les processus
du monde du vivant.
Peptide : Molécule composée d’au moins deux acides aminés liés par une liaison
peptidique. À partir de dix acides aminés, la molécule forme un
polypeptide.
Polymère aromatique : Composé chimique formé par plusieurs monomères de forme
cyclique (ex : polystyrène).
Protéine : Molécule formée par de très longues chaînes d’acides aminés. Les
protéines sont des constituants essentiels des organismes vivants.
Saccharide : Synonyme de sucre.
Spectre: Graphique sur lequel sont classés les différents ions d’une molécule selon
leur masse et leur charge.
Volatile [16]: Qui a la capacité de se vaporiser.
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9 Remerciements
Je souhaite remercier tout d’abord le Dr. Gérard Praz, médecin chef du laboratoire de
bactériologie, qui m’a permis de réaliser ce travail au sein du laboratoire de bactériologie de
l’ICHV à Sion.
Je remercie également toute l’équipe du laboratoire de bactériologie pour leur disponibilité,
leur patience, leurs conseils et pour avoir contribué à la partie pratique de cette étude.
Je remercie tout particulièrement Mme Lysiane Tissières Lovey, laborantine cheffe du
laboratoire de bactériologie et mentor de mon travail de diplôme, pour m’avoir accordé son
temps et ses précieux conseils tout au long de mon travail théorique et pratique.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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10 Annexes
10.1 Annexe 1: Résultats des souches testées
Les différents germes testés ont été classés par catégories dans plusieurs tableaux. Dans
chaque tableau, figurent le nombre de souches testées, le numéro NLAB pour la traçabilité
des échantillons, le résultat du Vitek MS avec le pourcentage d’identification, le résultat de la
deuxième méthode utilisée ainsi que la méthode utilisée entre parenthèses et l’identification
rendue au final. La colonne « Confirmation » indique le résultat d’une éventuelle troisième
méthode utilisée en cas de discordance entre le Vitek MS et la deuxième méthode.
Pour les germes provenant de la souchothèque, une deuxième méthode a été effectuée
uniquement pour les résultats présentant une discordance. Pour les souches provenant de la
routine, signalées en gras, la deuxième méthode d’identification a été effectuée en parallèle
avec l’analyse du Vitek MS afin de pouvoir comparer les résultats rendus par celui-ci.
On peut constater en regardant les tableaux des Staphylocoques et des Entérocoques que
certains résultats ont été rendu à l’espèce sans avoir effectué de tests approfondis. Par
exemple, il a été rendu Enterococcus faecium en ayant uniquement un test de PYR positif. Il
est important de préciser qu’il n’a pas été possible d’effectuer des analyses sur le Vitek MS
pour la totalité des ces bactéries et que les identifications rendues sont fiables car ils
correspondent aux résultats rendus par la technicienne en analyse biomédicale en routine.
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10.1.1 Staphylocoques
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
1 21103-19299 S.aureus 87.7
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
2 21103-19450 S.aureus 93.2
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
3 21103-27348
S.aureus 99.6 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
4 21103-25185
S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
5 21103-24015
S.aureus 99.9 S.aureus (Vitek2)
99 Staphylococcus
aureus
6 21103-25164
S.aureus 99.9 S.aureus (Vitek2)
99 Staphylococcus
aureus
7 21103-21477
S.aureus 99.8 S.aureus (Vitek2)
99 Staphylococcus
aureus
8 21103-36667 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
9 21103-33000 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
10 21103-33814 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
11 21104-03926 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
12 21104-23915 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
13 21104-22819 S.aureus 99.9
S.aureus (Vitek2)
Staphylococcus
aureus
14 21104-23140
S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
15 21104-23516 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
16 21104-22325
S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
17 21104-22817
S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
18 21104-20276
S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
19 21103-30884
St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
20 21103-35257
St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
21 21103-34427
St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
22 21104-06664
St. aureus 99 St.aureus (Vitek2)
100 Staphylococcus
aureus
23 21104-06522
St. aureus 99 St.aureus (Vitek2)
95 Staphylococcus
aureus
24 21104-05895
St. aureus 99 St.aureus (Vitek2)
95 Staphylococcus
aureus
25 21104-04317
St. aureus 99.9 St.aureus (Vitek2)
99 Staphylococcus
aureus
26 21103-41161
St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
27 21103-02723
Sta. aureus 99.9 Sta.aureus
(Vitek2) 100
Staphylococcus aureus
28 21103-16125
Sta.aureus 77.7 Sta.aureus
(slidex+)
Staphylococcus aureus
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N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
29 21103-20483 Sta.aureus 98
Sta.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
30 21103-20745
Sta.aureus 99 Sta.aureus
(Vitek2) 99
Staphylococcus aureus
31 21104-25580
St.aureus 99.9 Sta.aureus
(slidex+)
Staphylococcus aureus
32 21105-01971
Sta.aureus 99.9 Sta.aureus
(slidex+)
Staphylococcus aureus
33 21103-02607
Staph. aureus 99.9 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
34 21102-01075
Staph. aureus 88.2 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
35 21101-08517
Staph. aureus 99.9 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
36 21010-31331
Staph. aureus 99.9 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
37 21007-04980
Staph. aureus 99.9 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
38 21006-10775
Staph. aureus 98.3 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
39 21005-12046
Staph. aureus 99.9 Staph. aureus Staphylococcus
aureus
40 21105-14596 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
41 21105-27192
S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
42 21105-21206 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
43 21106-16011 S.aureus 99.9
S.aureus (slidex+)
Staphylococcus
aureus
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
44 21103-25973
Sta.capitis 96.7 Sta.capitis
(Vitek2) 99
Staphylococcus capitis
45 21103-32175
Sta.capitis 99.6 Staphylococcus capitis (Vitek2)
99 Staphylococcus
capitis
46 21105-00344
Sta.capitis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus capitis
47 21104-35262
Sta.capitis 99.9 Sta.capitis
(Vitek2) 98
Staphylococcus capitis
48 21103-01417
Staphylococcus capitis
99.9 Staphylococcus
capitis
Staphylococcus capitis
49 21105-34326
Sta.capitis 99.9 Sta.capitis Sta.caprae
(Vitek2)
Staphylococcus capitis
50 21105-04648
Sta.capitis 99.9 Sta.capitis
(Vitek2) 99
Staphylococcus capitis
51 21105-35638
Sta.caprae 99.9 Sta.caprae
(Vitek2) 99
Staphylococcus caprae
52 21105-26396
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
53 21103-19347
S.epidermidis 72.8 Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
54 21103-19730 S.epidermidis 99.9
Sta. coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
55 21103-20793 S.epidermidis 63.9
Sta. coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
56 21103-19300
S.epidermidis 95.9 Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
57 21104-25127 Sta.epidermidis 99.9
Sta. coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
58 21103-18102
Sta.epidermidis 99.2 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
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N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
59 21103-19833
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
98 Staphylococcus
epidermidis
60 21103-19972
Sta.epidermidis 94.4 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
61 21103-25973
Sta.epidermidis 98.4 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
62 21103-22717
Pas de résultat Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
63 21103-25311
Pas de résultat Staph.
epidermidis (Vitek2)
98 Staphylococcus
epidermidis
64 21103-27896
Sta.epidermidis 66.2 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
65 21103-27727
Sta.epidermidis 97.1 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
66 21104-15189
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
67 21104-25023 Sta.epidermidis 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
68 21104-19033 Sta.epidermidis 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
69 21104-22012 Sta.epidermidis 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
70 21104-19401
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
71 21104-20276 S.epidermidis 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
72 21103-34672
Sta.epidermidis 95.7 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
73 21103-36174
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
74 21104-12031
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
95 Staphylococcus
epidermidis
75 21105-02088
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
76 21104-35266
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
77 21104-17755
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
100 Staphylococcus
epidermidis
78 21104-35441
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
79 21104-30846
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
80 21105-37394
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
81 21105-32723
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
82 21105-38801 Sta.epidermidis 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
83 21105-26391
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
84 21105-20060
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
85 21105-11040
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
93 Staphylococcus
epidermidis
86 21105-03698
Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
87 22105-05781
Sta.epidermidis 99.9 Staphylococcus
epidermidis (Vitek2)
98 Staphylococcus
epidermidis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 40
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
88 21105-02401
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
95 Staphylococcus
epidermidis
89 21105-03675
Sta.epidermidis 98.5 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus epidermidis
90 21105-39683
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermis (Vitek2)
98 Staphylococcus
epidermidis
91 21105-03382
Sta.epidermidis 99.9 Staph.
epidermis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermidis
92 20909-02453
Staphylococcus epidermis
99.9 Staphylococcus
epidermis
Staphylococcus epidermis
93 20908-04900
Staphylococcus epidermis
99.9 Staphylococcus
epidermis
Staphylococcus epidermis
94 21101-30921
Staphylococcus epidermis
99.9 Staphylococcus
epidermis
Staphylococcus epidermis
95 21106-14920
Sta. epidermidis 99.9 Staph.
epidermidis (Vitek2)
99 Staphylococcus
epidermis
96 21103-21477 Sta.haemolyticus 99.7
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus haemolyticus
97 21103-35066
Sta.haemolyticus 68.4 Sta.coag.neg
(Novo: S)
Staphylococcus haemolyticus
98 21104-16225
Sta.haemolyticus 99.9 Staph.
haemolyticus (Vitek2)
95 Staphylococcus haemolyticus
99 21105-00552 Sta.haemolyticus 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus haemolyticus
100 21104-35470 Sta.haemolyticus 99.9
Sta.coag.neg (slidex-)
Staphylococcus haemolyticus
101 21101-29296
Staphylococcus haemolyticus
99.9 Staphylococcus haemolyticus
Staphylococcus haemolyticus
102 21105-20060
Sta.haemolyticus 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus haemolyticus
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
103 21106-06379
Sta.haemolyticus 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus haemolyticus
104 21103-14493
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 98
Staphylococcus hominis
105 21103-25310
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 88
Staphylococcus hominis
106 21104-04400
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 98
Staphylococcus hominis
107 21104-21714
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 98
Staphylococcus hominis
108 21105-01016
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 94
Staphylococcus hominis
109 21105-02076
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 95
Staphylococcus hominis
110 21103-12048
Staphylococcus hominis
99.9 Staphylococcus
hominis
Staphylococcus hominis
111 21012-06407
Staphylococcus hominis
99.9 Staphylococcus saprophyticus
98 Staphylococcus hominis (Vitek2)
Staphylococcus hominis
112 21105-03617
Sta.hominis 99.9 Sta.hominis
(Vitek2) 93
Staphylococcus hominis
113 21104-03781 Sta.lugdunensis 99.9
Sta.lugdunensis (Vitek2)
99 Staphylococcus
lugdunensis
114 21104-00465 Sta.lugdunensis 99.9
Sta.lugdunensis (Vitek2)
99 Staphylococcus
lugdunensis
115 21104-22363
Sta.lugdunensis 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus lugdunensis
116 21105-27022
Sta.lugdunensis 99.9 Sta.lugdunensis
(Vitek2) 99
Staphylococcus lugdunensis
117 21103-17872
S.saprophyticus 99.9 S.saprophyticus
(Novo: R)
Staphylococcus saprophyticus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 41
N° NLAB Vitek MS %
2ème méthode
% Confirmation Identification
118 21103-08993
Sta.saprophyticus 99.9 Staph.
saprophyticus (Novo: R)
Staphylococcus saprophyticus
119 21103-26758
Sta.saprophytucus 99.9 Staph.
saprophyticus (Novo: R)
Staphylococcus saprophytucus
120 21104-25383
Sta.schleiferi 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus schleiferi
121 21103-13209
Staph. schleiferi 99 Staph. schleiferi
(Vitek2) 93
Staphylococcus schleiferi
122 21105-00307
Sta.simulans 99.9 Sta.simulans
(Vitek2) 94
Staphylococcus simulans
123 21106-01220
Sta.simulans 99.9 Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus simulans
124 21106-06220 Sta.simulans 99.9
Sta.simulans (Vitek2)
98 Staphylococcus
simulans
125 21103-02930
Sta.warneri 99.9 St. warneri
St.lugdunensis (Vitek2)
50 50
Staphylococcus
warneri
126 21101-27100
Staphylococcus xylosus
99.9 Staphylococcus
xylosus
Staphylococcus xylosus
10.1.2 Entérocoques
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21103-32682
Ent.avium 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus avium
2 21104-23810
Ent.avium 99.9 Ent.avium
(Vitek2) 86
Enterococcus avium
3 21104-11944 En.avium 99
Ent.avium (Vitek2)
99 Enterococcus
avium
4 21101-12332
Enterococcus avium
97.1 Enterococcus
avium
Enterococcus avium
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
5 21105-32013
Ent.avium 99.9 Ent.avium
(Vitek2) 99
Enterococcus avium
6 20902-08335
Enterococcus casseliflavus
99.9 Enterococcus casseliflavus
Enterococcus casseliflavus
7 20809-27226
Enterococcus casseliflavus
99.9 Enterococcus casseliflavus
Enterococcus casseliflavus
8 21012-02892
Enterococcus durans
99.9 Enterococcus
durans
Enterococcus durans
9 21103-09162
Ent.faecalis 90.2 Ent.faecalis
(Vitek2) 99
Enterococcus faecalis
10 21103-10394
Ent.faecalis 99 Ent.faecalis
(Vitek2) 99
Enterococcus faecalis
11 21103-19481
Ent.faecalis 92.5 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
12 21103-12285
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
13 21103-20335
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
14 21103-28659
Ent.faecalis 99.8 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
15 21103-28771
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
16 21103-29398
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
17 21103-31949
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
18 21103-31772
Ent.faecalis 96.5 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
19 21103-34435 Ent.faecalis 99.9
Enterococcus sp (PYR+)
Enterococcus
faecalis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 42
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
20 21104-15933
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
21 21104-16292
Ent.faecalis 99.9 Ent.faecalis
(Vitek2) 99
Enterococcus faecalis
22 21104-22325
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
23 21104-21952
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
24 21104-22325
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
25 21104-22130
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
26 21104-22050
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
27 21104-19453
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
28 21105-03925 Ent.faecalis 99.9
Enterococcus sp (PYR+)
Enterococcus
faecalis
29 21104-35700
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
30 21104-36213
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
31 21104-34076
Ent.faecalis 99.9 Ent.faecalis
(Vitek2) 99
Enterococcus faecalis
32 21106-01351
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
33 21106-02182
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
34 21105-39657
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
35 21105-36374
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
36 21105-24570
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
37 21105-11076
Ent.faecalis 99.9 Ent.faecalis
(Vitek2) 99
Enterococcus faecalis
38 21105-03863
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
39 21106-08178
Ent.faecalis 99.9 Ent.faecalis
(Vitek2) 99
Enterococcus faecalis
40 21106-05889
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
41 21106-06040
Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecalis
42 21106-04829 Ent.faecalis 99.9
Enterococcus sp (PYR+)
Enterococcus
faecalis
43 21101-25338
Enteroccocus faecium
99.9 Enteroccocus
faecium
Enterococcus faecium
44 21103-13002
E.faecium 99.9 E.gallinarum
(Vitek2) 99
E.faecium (Rapid ID 32 Strep)
Enterococcus faecium
45 21103-16419
Ent.faecium 99.7 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
46 21103-18917
Ent.faecium 99.7 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
47 21103-27911
Ent.faecium 99.5 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
48 21103-32233
Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
49 21003-32682
Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 43
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
50 21104-25029
Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
51 21104-25025
Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
52 21003-30578
Ent.faecium 98.6 Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
53 21105-00553
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 97
Enterococcus faecium
54 21104-31733
Ent.faecium Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus faecium
55 21104-31167
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 99
Enterococcus faecium
56 21003-10248
Enter.faecium 98.8 Enter.faecium Enterococcus
faecium
57 21103-07446
Enter.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 90
Enterococcus faecium
58 21105-28584 Ent.faecium 99.9
Ent.faecium (Vitek2)
96 Enterococcus
faecium
59 21105-30452
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 96
Enterococcus faecium
60 21105-31077
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 96
Enterococcus faecium
61 21105-12622
Ent.faecium 99.9 E.gallinarum 99 Ent.faecium
(Rapid ID 32STREP)
Enterococcus faecium
62 21105-20135
Ent.faecium 99.9 Ent.sp (PYR+) Enterococcus
faecium
63 21105-08100
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 97
Enterococcus faecium
64 21105-37414
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 99
Enterococcus faecium
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
65 21106-16270
Ent.faecium 99.9 Ent.faecium
(Vitek2) 96
Enterococcus faecium
66 21105-35642
E.gallinarum L. mesent.
99.9 99.9
Ent.gallinarum (Vitek2)
98 Enterococcus
gallinarum
67 20907-11597
Enterococcus faecium
99.9 64.4
Enterococcus gallinarum
54 Rapid ID 32
STREP Enterococcus
gallinarum
68 21103-35280
Pas de résultat Enterococcus sp
(PYR+) Enterococcus sp
10.1.3 Streptocoques
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21102-26680
Abiotrophia defectiva
99.9 Abiotrophia
defectiva
Abiotrophia defectiva
2 21007-03820
Abiotrophia defectiva
99.9 Abiotrophia
defectiva
Abiotrophia defectiva
3 21103-21365
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
4 21103-21364
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
5 21103-30377
Streptococcus agalactiae
99.1 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
6 21103-21849
Streptococcus agalactiae
99 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
7 21103-27277
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
8 21103-28901
Streptococcus agalactiae
91.5 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
9 21103-33805
Streptococcus agalactiae
98.1 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 44
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
10 21104-01105
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
11 21104-03926
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
12 21104-15282
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
13 21105-02416
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
14 21103-08812
Streptococcus agalactiae
99.4 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
15 21103-08778
Streptococcus agalactiae
98.2 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
16 21103-08782
Streptococcus agalactiae
98.2 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
17 21103-15566
Streptococcus agalactiae
99.8 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
18 21103-15320
Streptococcus agalactiae
99.7 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
19 21011-22853
Streptococcus agalactiae
86.2 Strepto. Groupe
B
Streptococcus agalactiae
20 20908-29404
Streptococcus agalactiae
99.9 Strepto. gr. B (Agglut gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
21 21103-07806
Streptococcus agalactiae
99.9 Streptococcus
agalactiae
Streptococcus agalactiae
22 21105-38912
Str.agalactiae 99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
23 21105-40499
Str.agalactiae 99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
24 21105-19536
Str.agalactiae 99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
25 21106-15043
Str.agalactiae 99.9 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus agalactiae
26 21102-22815
Streptococcus alactolyticus
99.9 Streptococcus alactolyticus
Streptococcus alactolyticus
27 21103-15240
S.anginosus 99.6 S.anginosus
(Vitek2) 97
Streptococcus anginosus
28 21105-01595
S.anginosus 99.9 S.anginosus +
autres (Vitek2)
Streptococcus
anginosus
29 21103-10033
Str. anginosus 62
Str. anginosus Str. gordonii Str. sanguis
(Vitek2)
Streptococcus
anginosus
30 21103-25071
Str.anginosus 99 Str.gordonii Str.sanguinis
(Vitek2)
Streptococcus anginosus
31 21104-00326 Str.anginosus 99.9
Str.anginosus (Vitek2)
94 Streptococcus
anginosus
32 21104-00470
Str.anginosus 99.9 Str.anginosus
(Vitek2) 93
Streptococcus anginosus
33 21104-11915
Str.anginosus 99.9 Str.anginosus Str.sanguinis
(Vitek2)
Streptococcus anginosus
34 21003-18197
Str.anginosus 77 Str.anginosus Str. grodonii
(Vitek2)
Streptococcus anginosus
35 21103-06723
Strepto. anginosus 97 Strepto.
anginosus (Vitek2)
97 Streptococcus
anginosus
36 21103-18197
Streptococcus anginosus
99.9 Streptococcus
anginosus
Streptococcus anginosus
37 21105-33381
St.anginosus 99.9 Str.anginosus Str.gordonii
(Vitek2)
Streptococcus anginosus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 45
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
38 21105-35621
St.anginosus 99.9 Str.anginosus Str.gordonii
(Vitek2)
Streptococcus anginosus
39 21105-30924
Str.anginosus 99.9 Str.anginosus
(Vitek2) 94
Streptococcus anginosus
40 21104-24556
Streptococcus constellatus
99.9 Streptococcus constellatus
Str. anginosus (Poss. Str.
constellatus) (Agglut gr.C +RapID 32
STREP)
Streptococcus constellatus
41 21104-34833 Str. constellatus 99.9
Str.alpha-hémolytique
Streptococcus constellatus
42 21104-21656
Str.constellatus Str.anginosus
99.9 84.3
Str.constellatus (Vitek2)
Streptococcus constellatus
43 21104-21639 Str.constellatus 87.3
Str.constellatus (Vitek2)
97 Streptococcus constellatus
44 21104-07719
Strept. constellatus
97.9 Pas de résultat
(Vitek2)
Strepto. constellatus (Api
20 Strep)
Streptococcus constellatus
45 21104-12034
Strepto. constellatus
999 Pas de résultat
(Vitek2) 98
Strepto. constellattus
(Api 20 Strept)
Streptococcus constellatus
46 21105-35638
Str.constellatus 99.9 Str.constellatus
pharyngis (Vitek2)
85 Streptococcus constellatus
47 21105-12475
Str.constellatus 99.9 Str.constellatus
(Vitek2) 86
Streptococcus constellatus
48 20810-16500
Streptococcus constellatus
99.9 Streptococcus morbillorum
61 Rapid ID 32
STREP Streptococcus constellatus
49 21103-06955
Strepto. dysgalactiae
99.7 Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus dysgalactiae
50 21103-24138
Pas de résultat Str.dysgalactiae
(Vitek2) 99
Streptococcus dysgalactiae
51 911-27322
Strepto. dysgalactiae/
equisimilis 95.6
Strepto. dysgalactiae
Streptococcus dysgalactiae
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
52 21104-25491
Str. dysgalactiae ssp dys./ssp equi.
99.9 Streptococcus
dysgalactiae ssp equisimilis
99 Agglut gr. G
RapID 32 STREP
Streptococcus dysgalactiae ssp
equisimilis
53 09-00948
Str. dysgalactiae ssp equisimilis/ssp
dysgalatiae 99.9
Streptococcus gr. G
Streptococcus dysgalactiae ssp equisimilis/ssp
dysgalatiae
54 912-26526
Strepto. dysgalactiae ssp dysgalaciae/ ssp
equisimilis
60 Streptococcus
gr. G
Streptococcus dysgalactiae/
equisimilis
55 21104-20282
Str.gallolyticus 99.9 Str.gallolyticus
(Vitek2) 96
Streptococcus gallolyticus
56 21010-19728
Strepto. gallolyticus ssp
pasteurianus ssp gallolyticus
99.9 Streptococcus
gallolyticus
Streptococcus gallolyticus
57 20804-18428.2
Strepto. gallolyticus ssp pasteurianus/ ssp
gallolyticus
99.9 Streptococcus
gallolyticus
Streptococcus gallolyticus
58 21103-31678
Str. gordonii 99.1 Str. mitis/oralis
(Vitek2)
Connu pour gordonii
Streptococcus gordonii
59 21103-23608
Streptococcus gordonii
99.9 Streptococcus
gordonii
Streptococcus gordonii
60 21103-19691
Pas de résultat Strepto.
infantarius (Vitek2)
97 Streptococcus
infantarius
61 21103-19691
Str. bovis/Str. infantarius ssp infantarius/Str. infantarius ssp coli=lutetiensis
99.9 Streptococcus
gr. bovis 97
Streptococcus infantarius ssp
infantarius (Vitek2)
Streptococcus infantarius ssp
infantarius
62 21103-14784
Str.intermedius 99.9 S.intermedius S.constellatus
(Vitek2)
Str.intermedius (Rapid ID 32
Strep)
Streptococcus intermedius
63 21105-29543
Str.intermedius 99.9 Str.intermedius
Str.gordonii (Vitek2)
Streptococcus intermedius
64 21104-02059
Strepto. mitis/oralis
98.4 Strepto. alpha-
hémol.
Streptococcus mitis/oralis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 46
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
65 21103-02716
Strepto. mitis/oralis
71.8 Strepto
mitis/oralis
Streptococcus mitis/oralis
66 21101-39772 Pas de résultats
Strepto mitis/oralis
Streptococcus
mitis/oralis
67 21103-27815
Pas de résultat Strepto.
mitis/oralis (Vitek2)
Streptococcus
mitis/oralis
68 21104-13157
Strepto. mitis/oralis
99.9 Strepto.
mitis/oralis (Vitek2)
99 Streptococcus
mitis/oralis
69 21104-10349
Strepto. mitis/oralis
99.9 Granulicatella
adjacens (Vitek2)
93 Streptococcus
mitis/oralis
70 21103-35480
Strepto. mitis/oralis
99.9
Strepto. mitis/oralis K.
kristinae (Vitek2)
Streptococcus
mitis/oralis
71 21105-37221
Str.mitis/oralis 99.9 Strepto.
mitis/oralis (Vitek2)
99 Streptococcus
mitis/oralis
72 21105-18630
Str.mitis/oralis 99.9 Strepto.
mitis/oralis (Vitek2)
99 Streptococcus
mitis/oralis
73 21103-02716
Streptococcus mitis/oralis
99.9 Streptococcus
oralis
Streptococcus oralis
74 21103-17736 S.parasanguinis 99
S.parasanguinis (Vitek2)
99 Streptococcus parasanguinis
75 21008-37598
Streptococcus parasanguinis
99.9 Streptococcus parasanguinis
Streptococcus parasanguinis
76 21005-02678
Streptococcus parasanguinis
99.9 Streptococcus parasanguinis
Streptococcus parasanguinis
77 21103-21693 Pas de résultat
S.pneumoniae (Vitek2)
97 Streptococcus pneumoniae
78 21103-21622
Pas de résultat S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
79 21104-10478
S.pneumoniae 99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
80 21104-12235
S.pneumoniae 99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
81 21104-22058
Pas de résultat S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
82 21007-04972
Strepto. pneumoniae
98.1 Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
83 20808-29759
Pas de résultats Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
84 20807-01044
Strepto. pneumoniae
98.4 Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
85 20801-09812
Strepto. pneumoniae
85.8 Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
86 20711-21440
Strepto. pneumoniae
84.2 Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
87 20711-14070 Pas de résultats
Strepto. pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
88 20710-30013
Strepto. pneumoniae
68.6 Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
89 20706-04719
Strepto. pneumoniae
99.1 Strepto.
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
90 21104-33987
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
91 21104-29303
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
92 21104-29337
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
93 21104-22058
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
94 21104-19204
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 47
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
95 21104-01166
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
96 21104-01049
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
97 21103-30389
Streptococcus pneumoniae
99.9 S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus pneumoniae
98 21105-01892 Str.pyogenes 99.9
Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
99 21105-01697 Str.pyogenes 99.9
Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
100 21103-39877
Strepto.pyogenes 99.9 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
101 21103-39876
Strepto.pyogenes 99.9 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
102 21103-35421 Strepto. pyogenes 98.7
Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
103 21102-29418
Streptococcus pyogenes
99.9 Streptococcus
pyogenes
Streptococcus pyogenes
104 21006-02081
Str.pyogenes 99.9 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
105 21105-35691 Str.pyogenes 99.9
Strepto. gr. A (Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
106 21103-17736 Str.salivarius 99.9
Str.salivarius (Vitek2)
99 Streptococcus
salivarius
107 21104-21328 Str.salivarius 99.9
Str.salivarius (Vitek2)
97 Streptococcus
salivarius
108 21104-17965
Strepto. salivarius 99.9 Leuconostoc
(Vitek2)) 89 Vanco: S
Streptococcus salivarius
109 21105-08327 Str.salivarius 99.9
Leuconostoc (Vitek2)
91 Streptococcus
salivarius
110 21102-28953
Streptococcus salivarius ssp
salivarius 99.9
Streptococcus salivarius
Streptococcus
salivarius
10.1.4 Streptococcus pneumoniae traités
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21007-04972
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
2 20808-29759
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
3 20807-01044
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
4 20801-09812
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
5 20711-21440
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
6 20711-14070
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
7 20710-30013
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
8 20706-04719
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
9 21203-04579
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
10 21202-41531
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
11 21202-38970
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
12 21202-35233
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
13 21202-30386
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
14 21202-20746
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 48
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
15 21202-12098
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
16 21110-30741
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
17 21110-30665
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
18 21110-17503
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
19 21110-15528
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
20 21110-12074
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
21 21109-35072
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
22 21109-32205
Streptococcus pneumoniae
99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
23 21109-31914
Pas de résultat 99.9 Streptococcus pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus pneumoniae
10.1.5 Autres coques Gram positif
Nbre NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21103-22722 Aerococcus urinae 99.8
Aerococcus urinae (Vitek2)
93 Aerococcus
urinae
2 21104-35440 Aerococcus urinae 99.9
Pas de résultat (Vitek2)
Aerococcus
urinae
3 21106-12586
Aerococcus urinae 99.9 Granulicatella
adjacens (Vitek2)
Aerococcus
urinae (Rapid ID 32 Strep)
Aerococcus urinae
4 21012-13672
Leuconostoc lactis Leuc.
mesenteroïdes 99.9
Leuconostoc lactis
Leuconostoc
lactis
10.1.6 Neisseria/Branhamella
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21104-16521
Branhamella catarrahalis
99.9 Branhamella catarrahalis
(Vitek2) 100
Branhamella catarrahalis
2 21103-21110
Branhamella catarrahalis
99.9 Branhamella catarrahalis
(API NH) 100
Branhamella catarrahalis
3 21103-36840
Branhamella catarrahalis
99.9 Branhamella catarrahalis
(API NH)
Branhamella catarrahalis
4 21103-34427
Branhamella catarrahalis
99.9 Branhamella catarrahalis
(API NH)
Branhamella catarrahalis
5 21105-37225
Branhamella catarrahalis
99.9 Branhamella catarrahalis
(API NH)
Branhamella catarrahalis
6 21006-10768
Branhamella catarrhalis
99.9 Branhamella catarrhalis
Branhamella catarrhalis
7 20810-25854
Branhamella catarrhalis
99.9 Branhamella catarrhalis
Branhamella catarrhalis
8 20708-30360
Branhamella catarrhalis
99.9 Branhamella catarrhalis
Branhamella catarrhalis
9 20506-09614
Branhamella catarrhalis
99.9 Branhamella catarrhalis
Branhamella catarrhalis
10 21011-12835
Moraxella non-liquefaciens
99.9 Moraxella non-
liquefaciens
Moraxella non-liquefaciens
11 21103-17729
Moraxella osloensis
93.6 Moraxella sp Moraxella sp
12 21008-03092
Neisseria gonorrhoeae
99.9 Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria gonorrhoeae
13 21101-15911
Neisseria gonorrhoeae
99.9 Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria gonorrhoeae
14 21007-03488
Neisseria gonorrhoeae
99.9 Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria gonorrhoeae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 49
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
15 21106-15904
Neisseria gonorrhoeae
99.9 Neisseria
gonorrhoeae (API NH)
99 Neisseria
gonorrhoeae
16 20910-33086
Neisseria gonorrhoeae
99.9 Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria gonorrhoeae
17 21101-35517
Neisseria meningitidis
99.9 Neisseria
meningitidis
Neisseria meningitidis
18 21101-35347
Neisseria meningitidis
99.9 Neisseria
meningitidis
Neisseria meningitidis
19 21101-35252
Neisseria meningitidis
99.9 Neisseria
meningitidis
Neisseria meningitidis
20 21103-02711
Neisseria meningitidis
99.9 Neisseria
meningitidis
Neisseria meningitidis
21 21104-15835
Neisseria mucosa 99.9 Neisseria sp Neisseria sp
22 21104-22303
Neisseria subflava 99.9 Neisseria sp Neisseria sp
23 20911-14399
Neisseria zoodegmatis
99.9 Neisseria
zoodegmatis
Neisseria zoodegmatis
10.1.7 Gardnerella vaginalis
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21011-12295
Gardnarella vaginalis
99.9 Gardnarella
vaginalis
Gardnerella vaginalis
2 21103-11266
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
3 21104-03829
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
4 21104-05598
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
5 21104-13647
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
6 21104-13160
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
7 21104-15114
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
8 21104-16504
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
9 21104-22536
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
10 21104-32347
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
11 21104-33703
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
12 21104-35304
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
13 21105-12909
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
14 21105-30811
G.vaginalis Bifido. sp
99.9 99.4
Gardnerella vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
15 21105-31861
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
16 21105-04914
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
17 211006-14394
Gardnerella vaginalis
99.9 Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella vaginalis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 50
10.1.8 Corynébactéries
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 Souche BM
Arcano. haemolyticum
99.9 Arcano.
haemolyticum
Arcanobact.
haemolyticum
2 Souche BM
Arcano. haemolyticum
99.9 Arcano.
haemolyticum
Arcanobact.
haemolyticum
3 21103-16303
C. amycolatum C. xerosis
99.9 99.9
C. amycolatum (Vitek2)
91 Corynebact. amycolatum
4 20911-14393
Coryne amycolatum
Coryne. xerosis 99.9
Corynebact. amycolatum
Corynebact. amycolatum
5 21102-05026
Coryn. amycolatum
Coryn. xerosis 99.9
Corynebact. amycolatum
Corynebact. amycolatum
6 21008-24775
Coryn. amycolatum
Coryn. xerosis 99.9
Corynebact. amycolatum
Corynebact. amycolatum
7 21106-26885
C.amycolatum C.xerosis
99.9 C.amycolatum
(Vitek2) 89
Corynebact. amycolatum
8 21104-06365
C. xerosis C. amylocatum
99.9 C. amylocatum
(Vitek2) 98
Corynebact. amylocatum
9 20909-34793
Corynebacterium diptheriae
99.9 Corynebact. diptheriae
Corynebact. diptheriae
10 Souche BM
Pas de résultat (pas dans la base
de données)
Coryne. glucoserum
Corynebact. glucoserum
11 Souche BM
Plusieurs résultats autres (pas dans la base de données)
Coryne. glucuro-
nolyticum
Corynebact. glucuro-
nolyticum
12 Souche BM
Coryne.jeikeium 99.9 Coryne. jeikeium
Corynebact.
jeikeium
13 21104-07135
Pas de résultat Corynebact.
jeikeium (Vitek2)
92 Corynebact.
jeikeium
14 Souche BM
Corynebact. jeikeium
99.9 Corynebact.
jeikeium
Corynebact. jeikeium
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
15 20906-14113
Pas de résultats 99.9 Corynebact.
jeikeium
Corynebact. jeikeium
16 21101-34941
Pas de résultats Corynebact.
jeikeium
Corynebact. jeikeium
17 21006-30034
Corynebacterium jeikeium
99.9 Corynebact.
jeikeium
Corynebact. jeikeium
18 21106-01220
C. jeikeium 99.8 Low discrimin.
Corynebact. (Vitek2)
Corynebact.
jeikeium
19 21103-05632
Corynebacterium peudodipht.
97.3 Corynebact. peudodipht.
(Vitek2) 99
Corynebact. pseudodipht.
20 21104-07208
Corynebacterium peudodipht.
99.9 Corynebact. peudodipht.
(Vitek2) 91
Corynebact. peudodipht.
21 21104-05810
Corynebacterium peudodipht.
99.9 Corynebact. peudodipht.
(Vitek2) 95
Corynebact. pseudodipht.
22 21103-13129
Pas de résultat Corynebact.
pseudodipht. (Vitek2)
91 Corynebact.
pseudodipht.
23 21103-26742
Corynebact. pseudodipht.
96.4 Corynebact.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudodipht.
24 21104-26991
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudodipht.
25 21101-31679
Corynebacterium pseudo-
diphteriticum 99.9
Corynebact. pseudo-
diphteriticum
Corynebact. pseudo-
diphteriticum
26 21008-09708
Plusieurs résultats autres
99.9 Corynebact.
pseudo-diphteriticum
Corynebact.
pseudo-diphteriticum
27 21105-26382
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudo-diphteriticum
28 21105-27966
Coryne. pseudodipht.
99.9
Low discrimin. Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
Corynebact.
pseudo-diphteriticum
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 51
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
29 21106-03541
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudo-diphteriticum
30 21105-25604
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudo-diphteriticum
31 21105-07679
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudo-diphteriticum
32 21105-11512
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudo-diphteriticum
33 21106-23993
Coryne. pseudodipht.
99.9 Coryne.
pseudodipht. (Vitek2)
99 Corynebact.
pseudodipth.
34 21103-41437
Pas de résultat Coryne. sp
(Gram) Corynebact. sp
35 21105-00344
C. amycolatum C. xerosis
99.9 99.9
Coryne. sp (Vitek2)
Corynebact. sp
36 21105-34045
C.pseudodiph. C.xerosis
C.amycolatum
Pas de résultat (Vitek2)
Corynebact. sp
37 21106-15690
C.xerosis C.amycolatum
99.9 99.9
Low discrimin. Corynebact.
(Vitek2) Corynebact. sp
38 21105-23044
Coryne.striatum 99.9 Coryne. striatum (Vitek2)
95 Corynebact.
striatum
39 Souche BM
Coryne. urealyticum
99.9 Coryne.
urealyticum
Corynebact. urealyticum
40 Souche BM
Corynebact. urealyticum
99.9 Corynebact. urealyticum
Corynebact. urealyticum
41 Souche BM
Plusieurs résultats autres (pas dans la base de données)
Turicella otitidis Turicella otitidis
10.1.9 Autres bacilles Gram positif aérobes
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21008-23499
Bacillus pumilus 99.9 Bacillus Bacillus pumilus
2 21011-36003
Bacillus cereus Bacillus
thuringiensis Bacillus mycoïdes
99.9 Bacillus Bacillus sp
3 21011-25628
Bacillus cereus Bacillus
thuringiensis Bacillus mycoïdes
99.9 Bacillus Bacillus sp
4 21009-11977
Brevibacillus5 spp 99.9 Bacillus Brevibacillus spp
5 Souche BM
Erysipelothrix rhusiopathiae
99.9 Erysipelothrix rhusiopathiae
Erysipelothrix rhusiopathiae
6 21105-04633
Lactobacillus acidophilus
97.9 Lactobacillus sp
(Gram) Lactobacillus sp
7 21106-05322
Lactobacillus fermentum
99.9 Lactobacillus sp
(Gram) Lactobacillus sp
8 21103-41446
Lactobacillus rhamnosus
99.9 Lactobacillus sp
(Vanco R) Lactobacillus sp
9 21101-30103
Lactobacillus rhamnosus
99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp
10 21009-30782
Lactobacillus rhamnosus
99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp
11 21003-13267
Lactobacillus rhamnosus
99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp
12 21001-15536
Lactobacillus rhamnosus
99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp
13 21103-41613
Listeria monocytogenes
99.9 Listeria
monocytogenes (Vitek2)
99 Listeria
monocytogenes
5 Le genre Bacillus est divisé en plusieurs groupes dont Brevibacillus.
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 52
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
14 21104-19598
Listeria monocytogenes
99.9 Listeria
monocytogenes (Vitek2)
95 Listeria
monocytogenes
15 21105-32571
Listeria monocytogenes
99.9 Listeria
monocytogenes (Vitek2)
99 Listeria
monocytogenes
16 21105-34550
Listeria monocytogenes
99.9 Listeria
monocytogenes (Vitek2)
99 Listeria
monocytogenes
17 20910-33063
Listeria monocytogenes
99.9 Listeria mono-
cytogenes
Listeria mono-cytogenes
18 21102-01065
Pas de résultats (seulement
N.asteroides dans la base de données)
Nocardia spp Nocardia spp
19 21001-12289
Plusieurs résultats (pas dans la base
de données) 99.9
Rhodococcus equi
Rhodococcus
equi
20 20911-14398
Rothia dentocariosa
99.9 Rothia
dentocariosa
Rothia dentocariosa
10.1.10 Entérobactéries
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21103-25974
Pas de résultat Citrobacter
braakii (Vitek2)
95 Citrobacter
braakii
2 21104-21878
Citrobacter freundii
Citrobacter braakii
99.3 99.9
Citrobacter braakii (Vitek2)
99 Citrobacter
braakii
3 21104-22325
Citrobacter freundii
99.6 Citrobacter
freundii (Vitek2)
98 Citrobacter
freundii
4 21105-27900
Citrobacter freundii
99.9 Citrobacter
freundii (Vitek2)
99 Citrobacter
freundii
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
5 21105-27973
Citrobacter freundii
99.9 Citrobacter
freundii (Vitek2)
97 Citrobacter
freundii
6 21105-30860
Citrobacter freundii
99.9 Citrobacter
freundii (Vitek2)
99 Citrobacter
freundii
7 21103-25983
Pas de résultat Citrobacter
koseri (Vitek2)
99 Citrobacter
koseri
8 21103-28588
Citrobacter koseri 91.7 Citrobacter
koseri (Vitek2)
99 Citrobacter
koseri
9 21104-11187
Citrobacter koseri 99.9 Citrobacter
koseri (Vitek2)
98 Citrobacter
koseri
10 21105-40385
Citrobacter koseri 99.9 Citrobacter
koseri (Vitek2)
89 Citrobacter
koseri
11 21003-36840
Pas de résultat Citrobacter
youngae (Vitek2)
95 Citrobacter
youngae
12 21106-10145
Citrobacter youngae/freundii
99.9 Citrobacter
youngae (Vitek2)
99 Citrobacter
youngae
13 21106-09633
Edwarsiella tarda 99.9 Edwarsiella
tarda 95
Edwardsiella tarda
14 21105-02000
Enterobacter aerogenes
99.9 Enterobacter
aerogenes (Vitek2)
98 Ent.aerogenes
15 09-35463
Enterobacter aerogenes
99.7 Enterobacter sp Enterobacter
aerogenes
16 21102-31183
Enterobacter aerogenes
99.9 Enterobacter
aerogenes (Vitek2)
99 Enterobacter
aerogenes
17 21105-30452
Enterobacter aerogenes
99.9 Enterobacter
aerogenes (Vitek2)
98 Enterobacter
aerogenes
18 21104-21904
Enterobacter cloacae
99.8 Enterobacter
cloacae
Enterobacter cloacae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 53
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
19 21103-29267
Ent.cloacae Ent.asburiae
Enterobacter
cloacae (Vitek2)
Enterobacter cloacae
20 21103-29272
Ent.cloacae Ent.asburiae
Enterobacter
cloacae (Vitek2) 99
Enterobacter cloacae
21 21103-28136
Ent.cloacae 99.3 Enterobacter
cloacae (Vitek2) 94
Enterobacter cloacae
22 21103-08020
Enterobacter cloacae
Enterobacter asburiae
92.4 92.4
Plusieures résultats
Enterobacter (Vitek2)
99 Enterobacter
cloacae (Rapid 32E)
Enterobacter cloacae
23 21103-26166
Enterobact. cloacae
Enterobact. asburiae
99.9
Plusieures résultats
Enterobacter (Vitek2)
Enterobacter
cloacae
24 21103-08264
Enterobacter cloacae
80.1 Enterobacter
complex cloacae (Vitek2)
Enterobacter
cloacae
25 21105-21092
Ent.cloacae 99.9 Enterobacter
cloacae (Vitek2)
Enterobacter cloacae
26 21105-03385
Ent.cloacae Ent.asburias
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
98 Enterobacter
cloacae complex
27 21103-20483
Ent.asburiae Ent.cloacae
Ent.cloacae
complex (Vitek2)
98 Enterobacter
cloacae complex
28 21104-21709
Ent.asburiae Ent.cloacae
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
Enterobacter
cloacae complex
29 21105-12161
Ent.cloacae Ent.asburias
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
99 Enterobacter
cloacae complex
30 21105-03698
Ent.cloacae Ent.asburias
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
99 Enterobacter
cloacae complex
31 21104-03711
Enterobacter cloacae/asburiae
99.9
Plusieurs résultats
Enterobacter (Vitek2)
Enterobacter
cloacae complex
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
32 21106-17541
Ent.cloacae Ent.asburias
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
99 Enterobacter
cloacae complex
33 21106-15944
Ent.cloacae Ent.asburias
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
99 Enterobacter
cloacae complex
34 21106-06716
Ent.cloacae Ent.asburias
99.9 99.9
Ent.cloacae complex (Vitek2)
98 Enterobacter
cloacae complex
35 21104-33876
Ent.asburiae Ent.cloacae
99.9 99.9
Ent. cloacae complex (Vitek2)
99 Enterobacter
cloacae complex
36 11-12293
Cronobacter sakazakii
98.4 Enterobacter
sakazakii
Enterobacter sakazakii
37 21105-29203
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
38 21105-28203
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
39 21105-30516
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
40 21105-09954
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 98 Escherichia coli
41 21105-35733
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
42 21105-27165
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
43 21105-24862
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
44 21105-13138
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
45 21105-21910
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 54
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
46 21105-21883 E.coli 99.9
E.coli (Vitek2)
99 Escherichia coli
47 21105-21628
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
48 21105-21370
E.coli 99.9 E.coli
(indole+) Escherichia coli
49 21105-21331
E.coli 99.9 E.coli
(indole+) Escherichia coli
50 21105-15674
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 96 Escherichia coli
51 21105-15239
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
52 21105-11355
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
53 21105-11898
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
54 21105-04072
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
55 21105-05773
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 97 Escherichia coli
56 21105-05821
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 98 Escherichia coli
57 21106-06335
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
58 21106-06530
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
59 21106-17541
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
60 21106-06712 E.coli 99.9
E.coli (L+, indole+)
Escherichia coli
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
61 11-29492
E. coli 99.9 E. coli Escherichia coli
62 09-09346
E. coli 97.9 E. coli Escherichia coli
63 08-03100
E. coli 92.4 E. coli Escherichia coli
64 06-10736
E. coli 99.5 E. coli Escherichia coli
65 04-14622
E. coli 92.9 E. coli Escherichia coli
66 03-03028
E. coli 99.9 E. coli Escherichia coli
67 03-04004
E. coli 99.8 E. coli Escherichia coli
68 21103-08991
E.coli 99.6 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
69 21103-08666
E.coli 89.4 E.coli
(Vitek2) 93 Escherichia coli
70 21103-16247
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 98 Escherichia coli
71 21103-14349
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
72 21103-17503
E.coli 87 E.coli
(Vitek2) 98 Escherichia coli
73 21103-18288 E.coli 99.8
E.coli (L+, indole+)
Escherichia coli
74 21103-19794 E.coli 99.9
E.coli (Vitek2)
98 Escherichia coli
75 21103-20335 E.coli 99.9
E.coli (Vitek2)
96 Escherichia coli
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 55
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
76 21103-27421
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
77 21103-27368
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
78 21103-25804
E.coli 98.1 E.coli
(Vitek2) 97 Escherichia coli
79 21103-31772
E.coli 93.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
80 21103-31665
E.coli 65.2 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
81 21103-31583
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
82 21103-31818
E.coli 78.1 E.coli
(Vitek2) 97 Escherichia coli
83 21103-33135
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
84 21103-35935
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
85 21103-35710
E.coli 83.7 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
86 21104-04774
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
87 21104-05835
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 97 Escherichia coli
88 21104-03407
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 98 Escherichia coli
89 21104-06963
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
90 21103-41136
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
91 21103-41232
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
92 21104-02490
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
93 21104-04115
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 96 Escherichia coli
94 21104-04904
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
95 21104-03606
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
96 21104-05240
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
97 21104-23810
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
98 21104-23352
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
99 21104-22531
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
100 21104-22039
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 97 Escherichia coli
101 21104-2250
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
102 21104-20856
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
103 21104-20194
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 56
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
104 21103-07051
E.coli 99.8 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
105 21103-19702
E.coli 93.5 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
106 21103-20987
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 98 Escherichia coli
107 21103-27362
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
108 21103-30144
E.coli 99.8 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
109 21103-27818
E.coli 73.5 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
110 21104-21160
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
111 21104-22191
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 95 Escherichia coli
112 21104-26324
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
113 21104-21033
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 95 Escherichia coli
114 21104-33373
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
115 21104-34193
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
116 21104-33930
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
117 21104-33794
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
118 21104-35423
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
119 21105-01790
E.coli 99.9 E.coli
(Vitek2) 99 Escherichia coli
120 21105-03384
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
121 21105-02620
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
122 21105-01436
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
123 21104-35550
E.coli 99.9 E.coli
(L+, indole+) Escherichia coli
124 21103-02620
Hafnia alvei 99.9 Hafnia alvei
(Vitek2) 96 Hafnia alvei
125 03-02620
Hafnia alvei 99.9 Hafnia alvei Hafnia alvei
126 21106-14327
Hafnia alvei 99.9 Hafnia alvei
(Vitek2) 95 Hafnia alvei
127 21104-15924
K.oxytica 99.9 K.oxytoca (Vitek2)
99 Klebsiella oxytoca
128 21104-22064
K.oxytica 99.9 K.oxytoca (Vitek2)
99 Klebsiella oxytoca
129 21104-22067
K.oxytica 99.9 K.oxytoca (Vitek2)
99 Klebsiella oxytoca
130 21104-07208
Klebs.oxytoca 99.9 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella oxytoca
(indole +)
Klebsiella oxytoca
131 21104-04341
Klebs.oxytoca 99.9 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella oxytoca
(indole +)
Klebsiella oxytoca
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 57
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
132 21104-04344
Klebs.oxytoca 99.9 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella oxytoca
(indole +)
Klebsiella oxytoca
133 21104-04320
Klebs.oxytoca 99.9 Klebs.oxytoca
(Vitek2) 100
Klebsiella oxytoca (Rapid
ID 32E)
Klebsiella oxytoca
134 21104-03486
Raoultella ornithinolytica
99.9 Raoultella planticola (Vitek2)
99 indole+ Klebsiella oxytoca
135 21106-14327
K.oxytoca 99.9 K.oxytoca (Vitek2)
95 Klebsiella oxytoca
136 21106-14429
K.oxytoca 99.9 K.oxytoca (Vitek2)
99 Klebsiella oxytoca
137 21103-20693
K. oxytoca 99.6 K. oxytoca
K. pneumoniae (Vitek2)
Klebsiella oxytoca
(Indole+)
Klebsiella oxytoca
138 21105-25228
K.pneumoniae 99.9 K.pneumoniae
(Vitek2) 99
Klebsiella pneumoniae
139 91103-06578
K. pneumoniae 74.3 K. pneumoniae
(Vitek2) 99
Klebsiella pneumoniae
140 21103-08386
K. pneumoniae 99.6 K. pneumoniae
(Vitek2) 99
Klebsiella pneumoniae
141 21103-26751
K. pneumoniae 98.8 K. pneumoniae
(Vitek2) 99
Klebsiella pneumoniae
142 21104-12058
K.pneumoniae 99.9 K.pneumoniae
K.oxytoca (Vitek2)
Klebsiella
pneumoniae (Indole-)
Klebsiella pneumoniae
143 21104-23046
K.pneumoniae 99.6 K.pneumoniae
(Vitek2) 99
Klebsiella pneumoniae
144 21104-15005
Kl.pneumoniae 99.9 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella pneumoniae
(Indole-)
Klebsiella pneumoniae
145 21103-26496
Klebs.pneumoniae 99.4 K.pneumoniae
K.oxytoca (Vitek2)
Klebsiella
pneumoniae (indole-)
Klebsiella pneumoniae
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
146 21103-28490
Klebs.pneumoniae 92.2 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
147 21103-31887
Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
148 21104-11272
Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
149 21104-04774
Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
97 Klebsiella
pneumoniae
150 21104-04774
Pas de résultat Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
94 Klebsiella
pneumoniae
151 21104-03022
Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
152 21104-02621
Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
97 Klebsiella
pneumoniae
153 03-02731
Klebs. pneumoniae 95.6 Klebs.
pneumoniae
Klebsiella pneumoniae
154 10-31335
Klebs. pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae
Klebsiella pneumoniae
155 21103-31982
Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
156 21105-36374
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
157 21105-12867
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
158 21105-21895
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
159 21105-21410
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 58
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
160 21105-21405
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
161 21105-03925
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
162 21105-05337
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
163 21106-15069
K.pneumoniae 99.9 Klebs.
pneumoniae (Vitek2)
99 Klebsiella
pneumoniae
164 21106-05004
Kluyvera ascorbata
99.9 Kluyvera ascorbata (Vitek2)
97 Kluyvera ascorbata
165 21103-11855
Morganella morganii
99.9 Morganella
morganii (Vitek2)
95 Morganella
morganii
166 21104-01835
Morganella morganii
99.9 Morganella
morganii (Vitek2)
95 Morganella
morganii
167 21104-32042
Morganella morganii
99.9 Morganella
morganii (Vitek2)
95 Morganella
morganii
168 21105-02214
Morganella morganii
99.9 Morganella
morganii (Vitek2)
95 Morganella
morganii
169 21106-00413
Morganella morganii
99.9 Morganella
morganii (Vitek2)
92 Morganella
morganii
170 21106-04777
Pantoea agglomerans
99.9 Pantoea
agglomerans (Vitek2)
95 Pantoea
agglomerans
171 21104-24874
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
172 21104-23915
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
173 21103-16295
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
174 21105-02013
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-)
Proteus mirabilis
175 21105-00805
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-)
Proteus mirabilis
176 21104-05674
Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
177 21104-16302
Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 98
Proteus mirabilis
178 21104-20137
Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
179 02-05504
Proteus mirabilis 99.8 Salmonella sp P.mirabilis
(gélose SM2) Proteus mirabilis
180 21102-35230
Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
181 21105-32663
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-)
Proteus mirabilis
182 21105-12765
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-)
Proteus mirabilis
183 21105-03309
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
184 21105-04211
P.mirabilis 99.9 P.mirabilis
(Vitek2) 99
Proteus mirabilis
185 21103-08699
Proteus penneri 99.9 Proteus penneri
(Vitek2) 100 Proteus penneri
186 21103-41313
P.stuartii 99.9 P.stuartii (Vitek2)
95 Proteus stuartii
187 21103-20832
P. vulgaris 99.9 P. vulgaris
(Vitek2) 99 Proteus vulgaris
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 59
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
188 21104-23810
P.vulgaris P.penneri
99.9 P.vulgaris (indole+)
Proteus vulgaris
189 08-04907
Salmonella group 95.7 Salmonella enteritidis
Salmonella enteritidis
190 04-12246
Salmonella group 98.5 Salmonella enteritidis
Salmonella enteritidis
191 904-17336
Salmonella group 92.1 Salmonella enteritidis
Salmonella enteritidis
192 702-05825
Salmonella group 80.4 Salmonella enteritidis
Salmonella enteritidis
193 21103-25667
Salmonella group 62.7 Salmonella
group (Vitek2)
99 Salmonella sp
194 21104-33834
Salmonella group 99.9 Salmonella
group (Vitek2)
93 Salmonella sp
195 21105-12765
Salmonella group 99.9 Salmonella
group (Vitek2)
91 Salmonella sp
196 21105-39774
Salmonella group 99.9 Salmonella
group (Vitek2)
91 Salmonella sp
197 21106-02718
Salmonella group 99.9 Salmonella
group (Vitek2)
91 Salmonella sp
198 21106-14595
Salmonella group 99.9 Salmonella
group (Vitek2)
91 Salmonella sp
199 21104-13589
Salmonella sp 99.9 Acineto.sp
(Vitek2) 86
Salmonella (ID 32E)
Salmonella sp
200 02-01068
Salmonella group 99.9 Salmonella sp Salmonella sp
201 08-03096
Salmonella group 99.6 Salmonella sp Salmonella sp
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
202 05-12044
Salmonella group 99.2 Salmonella sp Salmonella sp
203 09-34795
Salmonella group 97.7 Salmonella sp Salmonella sp
204 21011-21611
Salmonella group 95.4 Salmonella sp Salmonella sp
205 06-04709
Salmonella group 99.9 Salmonella typhi Salmonella typhi
206 701-07683
Salmonella group 90.7 Salmonella
typhimorium
Salmonella typhimorium
207 21104-22014
S.liquefaciens 99.9 S.liquefaciens
group (Vitek2)
95 Serratia
liquefaciens group
208 21104-06738
S.marcescens 99.9 S.marcescens
(Vitek2) 99
Serratia marcescens
209 21103-40859
S.marcescens 99.9 S.marcescens
(Vitek2) 99
Serratia marcescens
210 21103-19676
S.marcescens 96.1 S.marcescens
(Vitek2) 99
Serratia marcescens
211 21104-25408
Serratia marcescens
99.9 Serratia
marcescens (Vitek2)
Serratia
marcescens
212 21101-33449
Serratia marcescens
99.9 Serratia
marcescens (Vitek2)
99 Serratia
marcescens
213 21105-38524
S.marcescens 99.9 S.marcescens
(Vitek2) 99
Serratia marcescens
214 21105-15256
S.marcescens 99.9 S.marcescens
(Vitek2) 99
Serratia marcescens
215 21105-06736
S.marcescens 99.9 S.marcescens
(Vitek2) 99
Serratia marcescens
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 60
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
216 21105-08347
S.odorifera S.liquefac.
99.9 99.9
S.odorifera (Vitek2)
99 Serratia
odorifera
217 03-02632
Shewanella algae 99.9 Shewanella
putrefasciens 97
Shewanella putrefasciens
(ID 32 E)
Shewanella putrefasciens
218 21004-14616
E. coli 99.9 Shigella sp 99 Shigella group
(Vitek2) Shigella group
219 907-16192
E. coli 99.9 Shigella sp 99 Shigella group
(Vitek2) Shigella group
220 808-29763
E. coli 99.9 Shigella sp 99 Shigella group
(Vitek2) Shigella group
221 10-31325
E. coli 99.9 Shigella sonnei Shigella sonnei (Vitek2 + Rapid
ID 32 E) Shigella sonnei
222 911-14395
E. coli 99.8 Shigella sonnei 99 Shigella sonnei
(ID 32 E) Shigella sonnei
223 Souche BM
Vibrio. Para-haemolyticum
99.9 Vibrio. para-
haemolyticum (Vitek2)
Vibrio. para-
haemolyticum
224 21106-09629
Yersinia pseudo-tuberculosis
99.9
Yersinia pseudo-
tuberculosis (Vitek2)
99 Yersinia peudo-
tuberculosis
225 11-29481
Yersinia pseudo-tuberculosis
99.9 Yersinia sp Yersinia pseudo-
tuberculosis
226 21104-04138
Yokenella regensburgei
99.9 Yokenella
regensburgei (Vitek2)
99 Yokenella
regensburgei
10.1.11 Pseudomonas sp
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21103-15433
Ps. aeruginosa 99.8 Ps.aeruginosa
Ps. putida (Vitek2)
Ps.aeruginosa
(42 °C) Ps. aeruginosa
2 21103-29134
Ps. aeruginosa 98.9 Ps.aeruginosa
(Vitek2) 96 Ps. aeruginosa
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
3 21103-5820
Pseudo. aeruginosa
99.5 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
4 21103-09824
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
5 21103-30510
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
6 21103-31846
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
7 21103-36343
Pseudo. aeruginosa
99.8 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
8 21103-41021
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
9 21104-01975
Pseudo. aeruginosa
99.8 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
10 21107-16454
Pseudo. aeruginosa
99.9 Pseudo.
aeruginosa (Vitek2)
99 Ps. aeruginosa
11 21104-15863
Pseudo. aeruginosa
99.9 Pseudo.
aeruginosa (Vitek2)
99 Ps. aeruginosa
12 21104-25445
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
13 21104-25379
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
14 21104-02623
Pseudo. aeruginosa
99.8 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
15 21104-35728
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
16 21105-01698
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
17 21104-23907
Pseudo. aeruginosa
99.9 Pseudo.
aeruginosa (Vitek2)
99 Ps. aeruginosa
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 61
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
18 21104-26911
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
19 21104-33938
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
20 21104-20264
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
21 21104-35028
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
22 21009-00959
Pseudomonas aeruginosa
99.9 Pseudomonas
aeruginosa Ps. aeruginosa
23 21005-12048
Pseudomonas aeruginosa
99.9 Pseudomonas
aeruginosa Ps. aeruginosa
24 20908-04900
Pseudomonas aeruginosa
99.9 Pseudomonas
aeruginosa Ps. aeruginosa
25 20906-11059
Pseudomonas aeruginosa
99.9 Pseudomonas
aeruginosa Ps. aeruginosa
26 21105-37184.1
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
27 21105-37184.2
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
28 21105-29434
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
29 21105-29044
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
30 21106-02959
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
31 21105-13912.1
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
32 21105-13912.2
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
33 21105-30452
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
34 21105-18837
Pseudo. aeruginosa
99.9 Pseudo.
aeruginosa (Vitek2)
94 Ps. aeruginosa
35 21105-12729
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
36 21105-03589
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
37 21105-5773
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
38 21106-04234
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
39 21106-14512
Pseudo. aeruginosa
99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
40 21103-27521
Pseudo. aeruginosa
93.1
Ps.aeruginosa Ps.fluorescens
Ps.putida (Vitek2)
Ps. aeruginosa (42 °C, PAID)
Ps. aeruginosa
41 21104-22014
Ps.fluorescens 99.9 Ps.aeruginosa Ps.fluorescens
(Vitek2) Ps. fluorescens
42 21103-19833
Ps. putida 99 P.aeruginosa P. fluorescens
P.putida
PS.putida Ps.fluorescens (séquençage)
Pseudomonas sp
43 21103-24134
Pseudo. oryzihabitans
99.9 Pseudo.
oryzihabitans (Vitek2)
95 Ps.
oryzihabitans
44 20810-33696
Pseudomonas oryzihabitans
99.9 Pseudomonas oryzihabitans
Ps. oryzihabitans
45 20010-661598
Pseudomonas pseudo-alcaligenes
99.9 Pseudomonas
alcaligenes 56
Possibilité de Pseudo.
pseudoalcali-genes (API 20
NE)
Ps. pseudo-alcaligenes
46 20607-17824
Ps. putida Ps. stutzeri
99.9 84.9
Pseudomonas putida
60 Ps.putida
(API 20 NE) Ps. putida
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 62
10.1.12 Autres non-fermentatifs
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21104-25735
Acineto. johnsonii
99.9
Alc.faecalis Achromo sp Acineto. sp
(Vitek 2)
Oxydase nég. Acinetobacter
johnsonii
2 21009-09333
Acinetobacter baumanii
99.9 Acinetobacter
baumanii
Acinetobacter baumanii
3 21105-09681
Acineto.baumannii complex
99.9 Acineto.baumannii complex (Vitek2)
99 Acinetobacter
baumannii complex
4 21005-29174
Acinetobacter lwoffii
99.9 Acinetobacter
lwoffii
Acinetobacter lwoffii
5 21103-27461
Acineto. radioresistens
Acineto lwoffi
(Vitek2) 99
Acineto. radioresistens
(API NE)
Acinetobacter radioresistens
6 21103-05980
Pas de résultat Acineto.
haemolyticus/ lwoffi (Vitek2)
Acinetobacter
sp
7 21105-29707
Acineto.lwoffi 99.9 Acineto sp Acinetobacter
sp
8 21104-15717
Alcaligenes faecalis
99.9 Alcaligenes
faecalis (Vitek2) 99
Alcaligenes faecalis
9 21009-09350
Bordetella bronchiseptica
99.9 Bordetella
bronchiseptica
Bordetella bronchiseptica
10 21105-14601
Bordetella bronchiseptica
99.9 Bordetella
Bronchiseptica (Vitek2)
99 Bordetella
bronchiseptica
11 21001-12265
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis 99.9
Burkholderia cepacia
Burkholderia
cepacia
12 20905-35019
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis Burk. gladioli
95.9 99.9 70.3
Burkholderia cepacia
Burkholderia
cepacia
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
13 20806-05906
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis Burk. stabilis
99.9 Burkholderia
cepacia
Burkholderia cepacia
14 20805-26803
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis
99.9 99.7
Burkholderia cepacia
Burkholderia
cepacia
15 20607-17737
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis 99.9
Burkholderia cepacia
Burkholderia
cepacia
16 20607-14520
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis
98.5 78.1
Burkholderia cepacia
Burkholderia
cepacia
17 20607-21140
Burk. cepacia Burk.
vietnamiensis
99.9 92.8
Burkholderia cepacia
Burkholderia
cepacia
18 20511-00391
Burkholderia multivorans
99.9 Burkholderia
cepacia (Vitek 2)
100 Burkholderia
cepacia (API 20 NE)
Burkholderia cepacia
19 21003-04015
Rhizobium radiobacter
99.9 Rhizobium radiobacter
Rhizobium radiobacter
20 21102-01063
Stenotrophomonas maltophilia
99.9 Stenotropho-
monas maltophilia
Stenotropho-monas
maltophilia
21 21106-05878
S.maltophilia 99.9 S. maltophilia
(Vitek2) 95
Stenotropho-monas
maltophilia
22 21106-14457
S. maltophilia 99.9 S. maltophilia
(Vitek2) 91
Stenotropho-monas
maltophilia
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 63
10.1.13 Germes difficiles
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 Souche BM
Bergeyella zoohelcum
99.9 Bergeyella zoohelcum
Bergeyella zoohelcum
2 Souche BM
Capnocytophaga sputigena
99.9 Capnocyto-
phaga sp
Capnocyto-phaga sp
3 Souche BM
Cardiobact. hominis
99.9 Cardiobact.
hominis
Cardiobacter hominis
4 Souche BM
Eikenella corrodens
99.9 Eikenella corrodens
Eikenella corrodens
5 Souche BM
Eikenella corrodens
99.9 Eikenella corrodens
Eikenella corrodens
6 21003-04013
Kingella denitrificans
99.9 Kingella
denitrificans
Kingella denitrificans
7 20706-06178
Kingella denitrificans
99.9 Kingella
denitrificans
Kingella denitrificans
8 2001-04cl
Pas de résultat (pas dans la base
de données) Legionella anisa Legionella anisa
9 2001-09cl
Pas de résultat (pas dans la base
de données) Legionella anisa Legionella anisa
10 Aigle 1
Pas de résultat Legionella autre
que pneumophila
Legionella sp
11 Aigle 2
Pas de résultat Legionella autre
que pneumophila
Legionella sp
12 Aigle 3
Pas de résultat Legionella autre
que pneumophila
Legionella sp
13 Aigle 4
Pas de résultat Legionella autre
que pneumophila
Legionella sp
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
14 Aigle 5
Pas de résultat Legionella autre
que pneumophila
L Legionella sp
15 St-Amé 4
Pas de résultat Legionella autre
que pneumophila
Legionella sp
16 Martigny 1
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila 2-14
Legionella
pneumophila 2-14
17 Martigny 2
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila 2-14
Legionella
pneumophila 2-14
18 Martigny 3
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila 2-14
Legionella
pneumophila 2-14
19 St-Amé 1
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila 2-14
Legionella
pneumophila 2-14
20 St-Amé2
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila 2-14
Legionella
pneumophila 2-14
21 St-Amé 3
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila 2-14
Legionella
pneumophila 2-14
22 21101-08514
Legionella pneumophilia
99.9 Legionella Legionella
pneumophilia
23 2002-1
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila gr. 1
Legionella
pneumophila gr. 1
24 2001-11.1s
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila gr. 10
Legionella
pneumophila gr. 10
25 2001-1s
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila gr. 10
Legionella
pneumophila gr. 10
26 2001-06s
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila gr. 4
Legionella
pneumophila gr. 4
27 2001-20m
Legionella pneumophila
99.9 Legionella
pneumophila gr. 8
Legionella
pneumophila gr. 8
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 64
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
28 2001-19s
Pas de résultat (pas dans la base
de données)
Legionella taurinensis
Legionella taurinensis
29 2001-11.2s
Pas de résultat (pas dans la base
de données)
Legionella taurinensis
Legionella taurinensis
30 20704-32392
Pas de résultat (pas dans la base
de données)
Pasteurella bettyae
Pasteurella
bettyae
31 21105-03415
P.multocida H.parahaemolyticus
99.9 96.6
P.multocida (Vitek2)
97 Pasteurella multocida
32 21104-38075
P.multocida 99.9 P.multocida
(Vitek2) 98
Pasteurella multocida
33 21103-06564
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida (Vitek2)
93 Pasteurella multocida
34 Souche BM
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida
Pasteurella multocida
35 21009-00948
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida
Pasteurella multocida
36 20809-05235
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida
Pasteurella multocida
37 21006-27254
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida
Pasteurella multocida
38 20708-30532
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida
Pasteurella multocida
39 20708-18634
Pasteurella multocida
99.9 Pasteurella multocida
Pasteurella multocida
10.1.14 Haemophilus sp
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 20409-06843
Aggreg. aphrophilus
Aggreg.actino-mycetemcomitans
99.9 94.3
Pasteurella canis (Vitek2)
91.0
API NH oxy+/ cat- /pas
de dép. en facteurs en suculture
Haemophilus aphrophilus6
2 20410-04426
Aggregatibacter aphrophilus
99.9 Haemophilus
parainfluenzae (facteurs XV)
94
API NH /oxy+ / cat- / XV+ / V+
dép. en facteurs en subculture
Haemophilus paraphrophilus5
3 97-726126
Aggregatibacter aphrophilus
99.9 Haemophilus aphrophilus
94 API NH /cat -
/oxyd +/dép. en fact.V
Haemophilus paraphrophilus5
4 21103-06317
H. influenzae 80.7 H. influenzae (facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
5 21103-19629
H. influenzae 97.7 Past.canis
Actino.ureae (Vitek2)
Facteurs XV+ Haemophilus
influenzae
6 21103-30817
H. influenzae 99.4 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
7 21103-30483
H. influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
8 21103-35931
H. influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
9 21103-36792
Pas de résultat H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
10 21104-01968
H. influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
11 21104-03692
H. influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
12 21104-01977
H. influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
6 H.aphrophilus et H.parapharophilus forment une seule espèce depuis 2006: Aggregatibacter
aphrophilus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 65
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
13 21104-01980 H. influenzae 99.9
H.influenzae (facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
14 21140-14270
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
15 21104-37193
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
16 21104-27849
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
17 21011-29488
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
18 21010-31314
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
19 21003-03016
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
20 20911-29374
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
21 20911-29361
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
22 20907-16207
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
23 20809-05238
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
24 20711-21440
Haemophilus influenzae
99.9 Haemophilus
influenzae
Haemophilus influenzae
25 21105-21086 H.influenzae 99.9
H.influenzae (facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
26 21105-16058
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
27 21105-03925
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
28 21105-23517
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
29 21106-23690
Pas de résultat H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
30 21106-05874
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
31 21105-31238
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
32 21105-32329
H.influenzae 99.9 H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus influenzae
33 21106-16178 H.influenzae 99.9
H.influenzae (facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
34 21106-06370 H.influenzae 99.9
H.influenzae (facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
35 Souche BM
Haemophilus parahaemolyticus
99.9 Haemophilus
para-haemolyticus
Haemophilus
para-haemolyticus
36 Souche BM
Haemophilus parahaemolyticus
99.9 Haemophilus
para-haemolyticus
Haemophilus
para-haemolyticus
37 21104-13870
H. parainfluenzae Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
38 21104-14722
H. parainfluenzae Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
39 21104-25436
H.parainfluenzae 99 Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
40 21104-25425
H. parainfluenzae 99.9 Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
41 21104-22303
Haemophilus parainfluenzae
99.9 Haemophilus
parainfluenzae (API NH)
Haemophilus
parainfluenzae
42 20302-04837
Haemophilus parainfluenzae
99.9 Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus parainfluenzae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 66
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
43 20111-00731
Haemophilus parainfluenzae
99.9 Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus parainfluenzae
44 99-10464933
Haemophilus parainfluenzae
99.9 Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus parainfluenzae
45 97-742718
Haemophilus parainfluenzae
99.9 Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus parainfluenzae
46 99-10642069
H. influenzea H. haemolyticus
99.9 99.9
Haemophilus parainfluenzae (facteurs XV)
71 API NH Haemophilus
parainfluenzae
47 21105-14128
H.parainfluenzae 99.9 Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
48 21105-18140
H.parainfluenzae 99.9 Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
49 21105-04961
H.parainfluenzae 99.9 Haemophilus
parainfluenzae (facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
10.1.15 Campylobacter sp
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 20603-12337
Campylobacter coli 99.9 Campylobacter
coli
Campylobacter coli
2 21105-38751
Campylo.coli Campylo.jejuni
99.9 99.9
Campylo.coli (Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
3 21105-08915
Campylobacter coli
99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
4 21105-24686
Campylobacter coli
99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
5 21105-01455
Campylobacter coli
99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
6 21105-24090
Campylobacter coli
99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
7 21105-02076
Campylobacter fetus
99.9 Campylo.fetus (séquençage)
Campylobacter
fetus
8 21103-30841
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
9 21103-30126
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
10 21104-02581
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
11 21104-14464
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
12 21104-12038
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
13 21104-20180
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
14 21105-00600
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
15 21103-02718
Campylobacter jejuni
99.9 Campylobacter
jejuni
Campylobacter jejuni
16 21011-12298
Campylobacter jejuni
99.9 Campylobacter
jejuni
Campylobacter jejuni
17 20707-02736
Campylobacter jejuni
99.9 Campylobacter
jejuni
Campylobacter jejuni
18 20607-03216
Campylobacter jejuni
99.9 Campylobacter
jejuni
Campylobacter jejuni
19 20511-07635
Campylobacter jejuni
99.9 Campylobacter
jejuni
Campylobacter jejuni
20 21105-04872
Campylobacter jejuni
99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 67
10.1.16 Anaérobies
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21104-10349
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Actino. naeslundii
(Vitek2)
Actinomyces naeslundii
2 21102-36028
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Pas de résultat (Vitek2)
56 Actino.meyeri (Rapid ID 32 A)
Actinomyces meyeri
3 21103-20038
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Actinomyces meyeri (Vitek2)
89 Actinomyces
meyeri
4 21106-04074
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Actinomyces meyeri (Vitek2)
99 Actinomyces
meyeri
5 21105-23539
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Actinomyces meyeri (Vitek2)
89 Actinomyces
meyeri
6 21103-15499
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Actinomyces naeslundii
(Vitek2) 95
Actinomyces naeslundii
7 21103-02628
Pas de résultat (pas dans la base de
données)
Actino.neuii (Vitek2)
100 Actinomyces
neuii
8 21105-08239
Pas de résultat (pas dans la base de
données) Actino sp ?
Actino.neuii (séquençage)
Actinomyces neuii
9 21009-35437
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
10 20909-02440
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
11 20906-11079
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
12 20603-07984
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
13 20803-03666
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
14 20610-23324
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
15 21010-01100
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides capillosus
91 Bacteroides
fragilis (Vitek2)
Bacteroides fragilis
16 21101-28458
Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides sp 98 Bacteroides
fragilis (Vitek2)
Bacteroides fragilis
17 21105-35644
Bact.fragilis 99 Bact. stercoris
(Vitek2) 88
Stercoris = groupe fragilis
Bacteroides fragilis
18 21105-36370
Bact.fragilis 99.9 Bact.fragilis Bacteroides
fragilis
19 21103-06572
Bacteroïdes fragilis 99.9 Prevotella oralis
(Vitek2) 93
Bacteroïdes fragilis
(Rapid ID 32 A)
Bacteroïdes fragilis
20 21103-05694
Bacteroïdes fragilis 90.1 Bacteroïdes
fragilis (Vitek2)
96 Bacteroïdes
fragilis
21 21103-10460
Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes
fragilis (Vitek2)
98 Bacteroïdes
fragilis
22 21103-10444
Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes
fragilis (Vitek2)
99 Bacteroïdes
fragilis
23 21103-09644
Bacteroïdes fragilis 99.9 Prevotella oralis
(Vitek) 93
Bacteroïdes fragilis
(Rapid ID 32A)
Bacteroïdes fragilis
24 21103-09644
Bacteroïdes fragilis 99.5 Bacteroïdes
fragilis (Vitek2)
95 Bacteroïdes
fragilis
25 21104-20851
Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes
fragilis (Vitek2)
98 Bacteroïdes
fragilis
26 21106-04821
Bact.fragilis 99.9 Bact.fragilis / thetaiotao.
(Vitek2)
Bacteroïdes fragilis
27 21104-18806
Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes
stercoris (Vitek2)
95 B.stercoris =
groupe fragilis Bacteroïdes
fragilis
28 21105-37694 Bact.fragilis 99.9 Bact.fragilis
Bacteroïdes fragilis
29 21104-22158 Bactéroïdes fragilis 99.9
Bactéroïdes fragilis (Vitek2)
95 Bactéroïdes
fragilis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 68
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
30 21103-15700
Bact.thetaiotaomicron 99.9 Bact.
thetaiotao-micron
93 Vitek2 Bacteroides thetaiotao-
micron
31 21003-35694
Bacteroides thetaiotaomicron
99.9 Bacteroides thetaiotao-
micron
Bacteroides thetaiotao-
micron
32 20911-09573
Bacteroides thetaiotaomicron
99.9 Bacteroides thetaiotao-
micron
Bacteroides thetaiotao-
micron
33 21105-37201
Bact.thetaitaomicron 99.9 Bact.
thetaitaomicron (Vitek2)
99 Bacteroides thetaitao-
micron
34 21105-37202
Bact.thetaitaomicron 99.9 Bact.
thetaitaomicron (Vitek2)
97 Bacteroides thetaitao-
micron
35 21105-19621
Bac.vulgatus 99.9 Pas de résultat
(Vitek2)
Bac.vulgatus (Rapid ID 32A)
Bacteroides vulgatus
36 21105-21649
Bifidobacterium sp 99.9 Bifidobacterium
sp (Vitek2)
91 Bifidobact. sp
37 20809-26092
Clostridium difficile 99.9 Clostridium
difficile
Clostridium difficile
38 20811-20213
Clostridium difficile 99.9 Clostridium
difficile 99
Clostridium difficile (Vitek2)
Clostridium difficile
39 21104-12736
Clostridium perfringens
99.9 Clostridium perfringens
(Vitek2) 94
Clostridium perfringens
40 21008-03088
Clostridium perfringens
99.9 Clostridium perfringens
Clostridium perfringens
41 20906-11084
Clostridium perfringens
99.9 Clostridium perfringens
Clostridium perfringens
42 21105-27053
Clos.perfringens 99.9 Pas de résultat
(Vitek2)
Clostridium perfringens
(Camp Test+)
Clostridium perfringens
43 21105-31077
Clos.perfringens 99.9 Clos.
perfringens (Camp Test+)
Clostridium perfringens
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
44 21105-22956
Clos.perfringens 99.9 Clos.
perfringens (Vitek2)
98 Clostridium perfringens
45 21012-33656
Clostridium ramosum 99.9 Clostridium ramosum
Clostridium ramosum
46 21010-12827
Clostridium ramosum 99.9 Clostridium ramosum
Clostridium ramosum
47 21104-208887
Clostridium sordelii 99.9 Actino.meyeri
(Vitek2) 85
Clost.sordelii (rapid ID32A)
Clostridium sordelii
48 21103-39856
Clostridium tertium 99 Francisella
tularensis !! (Vitek2)
96 Clostridium sp
(Rapid ID ANA II) Clostridium sp
49 21103-10444
E.lenta 99.9 Eggerthella
lenta (Vitek2)
99 Eggerthella
lenta
50 21104-29152
E.lenta 99.9 Eggerthella
lenta (Vitek2)
99 Eggerthella
lenta
51 21103-16203
Egg.lenta 99.9 Eggerthella
lenta (Vitek2)
99 Eggerthella
lenta
52 21103-31901
Eggerthella lenta 99.9 Eggerthella
lenta (Vitek2)
99 Eggerthella
lenta
53 21005-14714
Eggerthella lenta 99.9 Bacteroides ureolyticus
100 Eggerthella lenta
(RapID ANA II) Eggerthella lenta
54 21103-31901
Eggerthella lenta 99.9 Eggerthella lenta Eggerthella lenta
55 21103-16203
Eggerthella lenta 99.9 Eggerthella lenta Eggerthella lenta
56 21103-11938
Finegoldia magna 97.7 Finegoldia
magna (Vitek2)
99 Finegoldia
magna
57 21103-19440
Finegoldia magna 99.7 Finegoldia
magna (Vitek2)
99 Finegoldia
magna
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 69
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
58 21103-38649
Finegoldia magna 99.9 Finegoldia
magna (Vitek2)
99 Finegoldia
magna
59 21103-01023
Finegoldia magna 99.9 Finegoldia
magna (Gram)
Finegoldia magna
60 21104-36717
Finegoldia magna 99.9 Finegoldia
magna (Vitek2)
99 Finegoldia
magna
61 21105-08974
Fingegoldia magna 99.9 Pepto.sp (Gram) Fingegoldia
magna
62 21011-37453
Pas de résultats Fusobacterium
mortiferum
Fusobacterium mortiferum
63 21103-06723
Fusobacterium necrophorum
99.9 Fusobacterium necrophorum
(Vitek2) 99
Fusobacterium necrophorum
64 207-30383
Plusieurs résultats autres
Fusobacterium necrophorum
Fusobacterium necrophorum
65 21102-34188
Fusobacterium necrophorum
99.9 Fusobacterium necrophorum
Fusobacterium necrophorum
66 21106-03393
Fuso.necrophorum 99.9 Fuso.
necrophorum (Vitek2)
Fusobacterium necrophorum
67 21106-16937
Fusobacterium necrophorum
99.9 Fusobacterium necrophorum
(Vitek2) 99
Fusobacterium necrophorum
68 21106-03393
Fuso.necrophorum 99.9 Fuso.
necrophorum (Vitek2)
Fusobacterium necrophorum
69 20906-11083
Fusobacterium nucleatum
99.8 Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium nucleatum
70 21102-22497
Fusobact. nucleatum Bacillus thuringensis
Bacillus mycoides Bacillus cereus
99.9 71.2 71.2 71.2
Fusobacterium nucleatum
Fusobacterium nucleatum
71 21010-27556
Fusobacterium nucleatum
99.9 Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium nucleatum
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
72 21105-06736
Pas de résultat Fusobacterium
nucleatum (Vitek2)
99 Fusobacterium
nucleatum
73 21106-10078
Fuso.nucleatum 99.9 Fuso.sp (Gram)
Fusobacterium
nucleatum
74 21106-12803
Fuso.nucleatum 99.9 Fuso.sp (Gram)
Fusobacterium
nucleatum
75 21103-18913
Fusobacterium nucleatum
96.1 Fusobacterium
nucleatum (Vitek2)
Fusobacterium
nucleatum
76 20912-12385
Parabacterium distanosis
99.9 Parabacterium
distanosis 99
Parabact. distanosis (Vitek2)
Parabacterium distanosis
77 21102-10563
Parvimonas micra 99.9 Parvimonas
micra
Parvimonas micra
78 21102-16938
Parvimonas micra 99.9 Parvimonas
micra
Parvimonas micra
79 21105-13783
Parvimonas micra 99.9 Parvimonas
micra (Vitek2) 91
Parvimonas micra
80 21106-08204
Parvimonas micra 99.9 Parvimonas
micra (Vitek2) 99
Parvimonas micra
81 21104-21662
Parvimonas micra 99.9 Parv.micra Fin.magna
(Vitek2)
Parvimonas micra
82 21104-35095
Parvimonas micra 99.9 Parvimonas
micra (Vitek2)
98 Parvimonas
micra
83 21103-11938
Peptinophilus asaccharolyticus
99
Fin.magna Peptinophilus
asaccharolyticus (Vitek2)
Peptinophilus
asaccharolyticus
84 21106-04107
Peptinophilus asacch. 99.9 Pepto.sp (Gram)
Peptinophilus
asaccharo-lyticus
85 20906-11074
Peptostreptococcus anaerobius
99.9 Pepto-
streptococcus
Pepto-streptococcus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 70
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
86 21105-12642
Pepto.anaerobius 99.9 Pepto.
anaerobius (Vitek2)
99 Peptos-
treptococcus anaerobius
87 21004-21350
Pas de résultats 99.9 Porphyromonas asaccharolytica
Porphyromonas asaccharolytica
88 21103-15687
Prevotella bivia 99.9 Prevotella bivia
(Vitek2) 99 Prevotella bivia
89 21103-15320
Prevotella bivia 99.9 Prevotella bivia (Rapid ID 32 A)
Prevotella bivia
90 21105-14422 P.bivia 99.9
P.bivia (connu)
Prevotella bivia
91 21105-12082 P.bivia 99.9
P.bivia (Vitek2)
Prevotella bivia
92 21105-12154 P.bivia 99.9 P.bivia Prevotella bivia
93 21106-03393
Prev.bivia 99.9 Prev.bivia (Vitek2)
99 Prevotella bivia
94 21105-00504
P.denticola 99.9 P.oralis
P.melanino (Vitek2)
Prevotella denticola
95 21103-08702
Prevotella bivia 99.9 Prevotella
melaninogenica (Vitek2)
94 Pigment noir Prevotella melanino-
genica
96 21103-12548
P.acnes 99.8 P. acnes (Vitek2)
95 Propionibact.
acnes
97 21003-13039 P.acnes 99.9 P.acnes
Propionibact. acnes
98 21103-05396
Pas de résultat Propionibact.
acnes (Vitek2)
97 Propionibact.
acnes
99 21102-37288
Propionibacterium acnes
98.8 Propionibact.
acnes (Vitek2)
99 Propionibact.
acnes
100 21103-01372
Propionibacterium acnes
91.2 Propionibact.
acnes (Vitek2)
97 Propionibact.
acnes
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
101 21103-35370
Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.
acnes (Vitek2)
92 Propionibact.
acnes
102 21103-32054
Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.
acnes (Vitek2)
97 Propionibact.
acnes
103 21104-28243
Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.sp
(Gram) Propionibact. sp
104 21009-35433
Propionibacterium acnes
Propionibact.
acnes
Propionibact. acnes
105 20906-11081
Propionibacterium acnes
99.9 Propionibact.
acnes
Propionibact. acnes
106 21104-25140
Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.
acnes (Vitek2) 92
Propionibact. acnes
107 21104-28615
Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.
acnes (Vitek2) 99
Propionibact. acnes
108 21104-25099
Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.
acnes (Vitek2)
93 Propionibact.
acnes
109 21105-21335
P.acnes 99.9 Propioni.sp
(Gram) Propionibact. sp
110 21105-03481 P.acnes 99.9 P.acnes (Vitek2) 93
Propionibact. acnes
111 21105-03149
P.acnes 99.9 Popioni.sp
(Gram) Propionibact. sp
112 21106-20941 P.acnes 99.9
Popioni.sp (Gram)
Propionibact. sp
113 21105-35454
Prop.avidum Prop.granulosum
99.9 99.7
Pas de résultat (Vitek2)
Propioni.sp
(Gram) Propionibact. sp
114 21105-21411
Propioni.avidum/ granulosum
99.9 Popioni.sp
(Gram) Propionibact. sp
115 21105-05762
Sta.saccharolyticus 99.9 Pas de résultat
(Vitek2)
Staphylococcus saccharolyticus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 71
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
116 21104-33637
Sta.saccharo. 99.9 Peptostr.sp
Sta.saccharo. (Vitek2)
Staphylococcus saccharolyticus
117 21101-37819
Staphylococcus saccharolyticus
99.9 Staphylococcus saccharolyticus
Staphylococcus saccharolyticus
118 21101-29298
Staphylococcus saccharolyticus
99.9 Staphylococcus saccharolyticus
Staphylococcus saccharolyticus
119 21105-13688
Sta.saccharolyticus 99.9 Pas de résultat Staphylococcus saccharolyticus
120 21104-35173
Sta.saccharolyticus 99.9 Sta.
saccharolyticus (Vitek2)
95 Staphylococcus saccharolyticus
121 21008-35361
Veillonella parvula 99.9 Veillonella sp
Veillonella sp
122 21006-17304
Pas de résultats Veillonella sp Veillonella sp
10.1.17 Levures
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21103-25080
C.albicans 88.5 C.albicans (Vitek2)
99 Candida albicans
2 21103-24306
C.albicans 99.9 C.albicans (Vitek2)
99 Candida albicans
3 21103-28940
C.albicans 99.9 C.albicans (Vitek2)
98 Candida albicans
4 21104-24735
C.albicans 99.9 C.albicans (Vitek2)
99 Candida albicans
5 21104-38092 C.albicans 99.9
C.albicans (CAN2)
Candida albicans
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
6 21103-08264
Candida albicans 75.7 C.albicans
(CAN2)
Candida albicans
7 21103-13865
Candida albicans 98.4 C.albicans
(CAN2)
Candida albicans
8 21103-15433
Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans
9 21103-10431
Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans
10 21012-30064
Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans
11 21012-14531 Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans
12 21105-38455 Candida albicans 99.9
C.albicans (CAN2)
Candida albicans
13 21105-40082 Candida albicans 99.9
C.albicans (CAN2)
Candida albicans
14 21105-37204
Candida albicans 99.9 C.albicans
(CAN2)
Candida albicans
15 21105-15590 Candida albicans 99.9
C.albicans (Vitek2)
96 Candida albicans
16 21106-04246
Candida albicans 99.9 C.albicans (Vitek2)
96 Candida albicans
17 21105-37258
Candida dubliniensis
99.9 Pas de résultat
(Vitek2)
Candida dubliniensis
18 21106-05931
Candia glabrata 99.9 Candia glabrata
(Vitek2) 99
Candida glabrata
19 21105-26316
Candia glabrata 99.9 Candia glabrata
(Vitek2) 99
Candida glabrata
21 21105-08234
Candia glabrata 99.9 Candia glabrata
(Vitek2) 99
Candida glabrata
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 72
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
22 21103-18881
C.glabrata 99.9 Candia glabrata
(Vitek2) 99
Candida glabrata
23 21104-10349
C.glabrata 99.9 Candia glabrata
(Vitek2) 99
Candida glabrata
24 21103-15421
C.glabrata Low
discrimation (Vitek2)
C.glabrata
(ID32C) Candida glabrata
25 21103-07594
Candida glabrata Candida
sphaerica (Vitek2)
Candida glabrata
(ID 32 C) Candida glabrata
26 21103-41446
Candida glabrata 99.9 Candida glabrata (Vitek2)
99 Candida glabrata
27 21104-01171
Candida glabrata 99.9 Candida glabrata (Vitek2)
99 Candida glabrata
28 21104-04852
Candida glabrata 99.9 Candida glabrata (Vitek2)
95 Candida glabrata
29 21103-37676
Candida glabrata 99.9 C.glabrata
C.magnoliae (Vitek2)
Candida glabrata
29 21104-20198
Candida glabrata 99.9 Candida glabrata (Vitek2)
96 Candida glabrata
30 21104-20256
Candida glabrata 99.9 Candida glabrata (Vitek2)
99 Candida glabrata
31 21005-11550 Candida glabrata 99.9 Candida glabrata Candida glabrata
32 21104-12598
Candida glabrata 99.9
C.lipolytica C. famata
C.sake (Vitek2)
Candida glabrata
33 21105-26554
Candida glabrata 99.9 Pas de résultat
(Vitek2) Candida glabrata
34 21104-00995
Candida kefir 99.9 Candida kefir
(Vitek2) 99 Candida kefir
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
35 21103-04146 Candida krusei 99.9
Candida krusei (Vitek2)
99 Candida krusei
36 21010-29966 Candida krusei 99.9 Candida krusei Candida krusei
37 21106-03000
Candida lusitaniae 99.9 Candida
lusitaniae (Vitek2)
99 Candida
lusitaniae
38 21106-24012
Candia parapsilosis
99.9 Candia
parapsilosis (Vitek2)
97 Candida
parapsilosis
39 21106-04260
Candia parapsilosis
99.9 Candia
parapsilosis (Vitek2)
96 Candida
parapsilosis
40 21106-13626
Candia parapsilosis
99.9 Candia
parapsilosis (Vitek2)
97 Candida
parapsilosis
41 21105-07904
Candia parapsilosis
99.9 Candia
parapsilosis (Vitek2)
99 Candida
parapsilosis
42 21103-05784
C. parapsilosis 96.8 C. famata
C. parapsilosis (Vitek2)
Candida
parapsilosis
43 21104-16517 C.parapsilosis 99.9
C.parapsilosis (Vitek2)
95 Candida
parapsilosis
44 21104-18810
C.parapsilosis 99.9 Stephanoascus
ciferri (Vitek2)
88 Candida
parapsilosis
45 21103-21206
C.parapsilosis 98.7 C.haemulonii C.parapsilosis
(Vitek2)
Candida parapsilosis
46 21104-04056
Candida parapsilosis
99.9 Candida
parapsilosis (Vitek2)
95 Candida
parapsilosis
47 21103-37676
Candida parapsilosis
99.9 Candida
parapsilosis (Vitek2)
93 Candida
parapsilosis
48 21007-04643
Candida parapsilosis
99.9 Candida
parapsilosis
Candida parapsilosis
49 21105-37781
Candida parapsilosis
99.9 Candida
parapsilosis (Vitek2)
97 Candida
parapsilosis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 73
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
50 21104-31163
C.pelliculosa 99.9 C.pelliculosa
(Vitek2) 90
Candida pelliculosa
51 21003-13759
S.cerevisiae Low
discrimation (Vitek2)
Candida sp
(ID 32C) Candida sp
52 21104-19038
C.tropicalis 99.9 C.tropicalis
(Vitek2) 98
Candida tropicalis
53 21103-29237
Candida tropicalis 95.4 C.tropicalis
(Vitek2) 99
Candida tropicalis
54 21104-10190
Candida tropicalis 99 C.tropicalis
(Vitek2) 99
Candida tropicalis
55 21104-21001
Candida tropicalis 99.9 C.tropicalis
(Vitek2)
Candida tropicalis
56 21007-16583
Candida tropicalis 99.9 Candida tropicalis
Candida tropicalis
57 21105-27050
Candida tropicalis 99.9 Candida tropicalis (Vitek2)
96 Candida tropicalis
58 21105-08404
Candida tropicalis 99.9 Candida tropicalis (Vitek2)
99 Candida tropicalis
59 21106-04236
Candida tropicalis 99.9 Candida tropicalis (Vitek2)
99 Candida tropicalis
60 Souche BM
Cryptococcus neoformans
99.9 Cryptococcus neoformans
(Vitek2)
Cryptococcus neoformans
61 21103-35821
Geotrichum capitatum
99.9 Geotrichum capitatum
(Vitek2) 96
Geotrichum capitatum
62 21103-17744
Rhodotorula mucilaginosa
99.9
Rhod. mucilaginosa Rhod.glutinis
(Vitek2)
Rhod.
mucilaginosa (ID 32C)
Rhodotorula mucilaginosa
63 21106-08215
Rhodotorula mucilaginosa
99.9 Rhod. glutinis / mucilaginosa
(Vitek2)
Rhodotorula mucilaginosa
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
64 21106-22638 S.cerevisiae 99.9
S.cerevisiae (Vitek2)
95 Saccharomyces
cerevisiae
65 21106-26515
S.cerevisiae 99.9 Low
discrimination (Vitek2)
Saccharomyces
cerevisiae
10.1.18 Champignons
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 CQ 902-04596
Aspergillus flavus 99.9 Aspergillus
flavus
Aspergillus flavus
2 706-04725
Aspergillus flavus 99.9 Aspergillus
flavus
Aspergillus flavus
3 902-04596
Aspergillus flavus 99.9 Aspergillus
flavus
Aspergillus flavus
4 CQ 501-15832
Aspergillus fumigatus
99.9 Aspergillus fumigatus
Aspergillus fumigatus
5 CQ 21102-
05525
Aspergillus fumigatus
99.9 Aspergillus fumigatus
Aspergillus fumigatus
6 CQ 702-05830
Aspergillus fumigatus
99.9 Aspergillus fumigatus
Aspergillus fumigatus
7 21003-03024
Aspergillus fumigatus
99.9 Aspergillus fumigatus
Aspergillus fumigatus
8 CQ 603-12330
Aspergillus niger 99.9 Aspergillus
niger
Aspergillus niger
9 603-12330
Pas de résultat Aspergillus niger Aspergillus niger
10 809-26073 Aspergillus niger 99.9 Aspergillus niger Aspergillus niger
11 21102-01079
Pas de résultats (pas dans la base
de données)
Aspergillus terreus
Aspergillus
terreus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 74
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
12 CQ 906-18909
Pas de résultat Aspergillus versicolor
Aspergillus versicolor
13 CQ 2008-2720
Pas de résultat Aspergillus versicolor
Aspergillus versicolor
14 802-06455
Pas de résultats Aspergillus versicolor
Aspergillus versicolor
15 21103-37974
Pas de résultat Aspergillus versicolor
Aspergillus versicolor
16 909-34841
Trichosporon mucoides
97.4 Trichosporon
mucoides
Trichosporon mucoides
10.1.19 Mycobactéries
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
1 21104-34222
Mycobact. fortuitum
99.9 Mycobact. Fortuitum
(envoi CHUV)
Mycobact. fortuitum
2 21104-15136
Mycobact. fortuitum
99.9 Mycobact. fortuitum
(envoi CHUV)
Mycobact. fortuitum
3 21102-11941
Mycobact. fortuitum
99.9 Mycobact. fortuitum
(envoi CHUV)
Mycobact. fortuitum
4 21103-00599
M.tuberculosis M. bovis
M.scrofulaceum (pas dans la base
de données)
99.9 99.9 99.9
Mycobact. goodii
(envoi CHUV)
Mycobact. goodii
5 21103-09866
M.kansasii (pas dans la base
de données) 99.9
Mycobact. gordonae
(envoi CHUV)
Mycobact. gordonae
6 21103-13868
M.tuberculosis M. bovis
(pas dans la base de données)
99.9 99.9
Mycobact. gordonae
(envoi CHUV)
Mycobact. gordonae
N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification
7 21102-09866
M.tuberculosis M. bovis
(pas dans la base de données)
99.9 99.9
Mycobact. Gordonae
(envoi CHUV)
Mycobact. gordonae
8 21104-20871
Pas de résultat Mycobact. sp (envoiCHUV)
Mycobact. sp
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012 75
10.2 Annexe 2: Tableau des galeries de tests biochimiques
Galerie Incubation Bactéries Suspension Mc farland Volume
transféré Milieu d’inoc. Temp/Atm. Vol. cupule
Tests
complémentaires
Rapid ID 32 E 4-5 h Entérobactéries NaCl 0.5 35°C Aérobie 55 µl IND : James
Id 32 E 18-24 h Entérobactéries NaCl 0.5 35°C Aérobie 55 µl IND : James
Rapid ID 32
STREP 4-5 h Streptococcus NaCl 4 35°C Aérobie 55 µl
VP : VP A + VP B
HIP : NIN
APPA à GTA : FB
ID 32 C 24-48 h Levures Susp. Medium 2 250 µl C Medium 30°C Aérobies 135 µl -
Rapid ID ANA
ll System 4 h Anaérobies
Liquide d’inoc.
RapID 3 35°C Aérobie - Réactif RapID ANA
Rapid ID 32 A 4-5 h Anaérobies NaCl 4 35°C Aérobie 55 µl
NIT: NIT1 + NIT2
IND: James
PAL → SerA : FB
ID 32 STAPH 24 h Staphylococcus NaCl 0.5 35°C Aérobie 55 µl
NIT : NIT1 + NIT2
VP : VP A + VP B
βGAL → PyrA : FB
API Coryne 24 h Corynebactéries Susp. Medium
3 ml >6 500 µl
NIT → GEL :
idem milieu
susp. GP
Medium
35°C
Aérobie/Hum. -
NIT : NIT1 + NIT2
PYZ : PYZ
PyrA → βNAG :
ZYM A + ZYM B
API NH 2 h Neisseria
Haemophilus NaCl 4
35°C
Aérobie/Hum. -
ProA, GGT : ZYM B
IND : James
API 20 NE 24-48 h Bacilles Gram-
Non-fermentatifs NaCl 0.5 200 µl
NO3 → PNPG :
idem milieu
susp. AUX
Medium
30°C
Aérobie/Hum. -
NO3 : NIT1 + NIT2
Si NO3 Θ : Zn
TRP : James
API 20 E 18-24 h Entérobactéries H2O dist.
5 ml 1 colonie
35°C
Aérobie/Hum. -
TDA : TDA
IND : James
VP : VP1 + VP2
API 20 STREP 4-24 h Streptococcus Susp. Medium
2 ml 4 500 µl
VP → ADH :
idem milieu
susp. GP
Medium
35°C
Aérobie/Hum. -
VP : VP1 + VP2
HIP : NIN
PyrA → LAP : ZYM
A + ZYM B
