L’accréditation en mycologie médicale - labac.eu · mycoses soulèvent des problèmes de diagnostic et de thérapeutique. Les mycoses transmises par les animaux de ... La biologie

feuillets de Biologie/N° 324 - MAI 2015

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ACCRÉDITATION Mycologie médicale

L’accréditation en mycologie médicaleJ.-P. KLEIN1, T. GORSY2, B. GUILLARD2

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ONMycologie médicale

I. - INTRODUCTION

Les infections fongiques à champignons filamenteuxou à levures, du fait de leur prévalence et de leur gravité,constituent un problème de santé publique dans le mondeentier. Les candidoses et les aspergilloses sont responsablesd’infections profondes (1). Très communes, les onycho-mycoses soulèvent des problèmes de diagnostic et de thérapeutique. Les mycoses transmises par les animaux decompagnie sont des infections cosmopolites en expansion(2). Les teignes du cuir chevelu, qui atteignent les enfantsd’âge scolaire, doivent pouvoir être diagnostiquées pourprévenir et contrôler leur dissémination dans les collecti-vités d’enfants (3). Par ailleurs, les flux migratoires parti-cipent à la diffusion des mycoses exotiques. Depuisplusieurs années, on assiste à l’émergence de mycoses touchant le plus souvent des patients fragilisés du fait d’uncontexte sous-jacent (transplantation d’organe, greffe demoelle osseuse, infection par le VIH, diabète, toxicomanie,port de cathéter veineux central, etc.) et/ou du fait destraitements reçus (chimiothérapie, corticothérapie, immu-nosuppresseur) (4-8). Ajoutons encore le risque d’infec-tion nosocomiale fongique liée à l’air et à l’eau dans lesétablissements de soins (9-10).

La spectrométrie de masse a révolutionné le domainede l’identification fongique et promet de nouvelles avan-cées pour l’identification des levures et des champignonsfilamenteux (11-12). Avec le développement de nouveauxoutils en mycologie moléculaire, en cas de difficultéd’identification par des techniques phénotypiques conven-tionnelles, il est indiqué de recourir à un séquençage nucléotidique. La biologie moléculaire appliquée au diagnostic biologique permet une identification rapidelorsque les cultures fongiques ne poussent pas ou sont sansfructification (13). L’imagerie médicale ainsi que les tech-niques d’anatomopathologie trouvent aussi toute leurplace pour le diagnostic de certaines mycoses profondes.

Comment faire pour accréditer la paillasse de mycolo-gie ? Quelles sont les différentes étapes à suivre ? Commentsécuriser les processus de réalisation et les processus supports ? Comment s’y prendre pour réaliser un audit de

1 Laboratoire Syndibio, 98 rue des Capucins, 55200 Commercy.

2 Laboratoire Syndibio, 24 route de Behonne, 55000 Bar-Le-Duc.

résumé

Les difficultés et contraintes de l’examen mycologique sont liées à la multiplicité des étapes au sein des processus deréalisation (préanalytique, analytique, postanalytique) : diversité des prélèvements et des matrices biologiques, examendirect, durée d’incubation des cultures, observation macroscopique et observation microscopique, utilisation de clésd’identification basées sur la morphologie, vocabulaire spécialisé, interprétation des résultats, etc. L’analyse des risquesconcernant l’accréditation en mycologie a permis d’identifier six étapes essentielles pour structurer la démarche qualité,du prélèvement au diagnostic et jusqu’à la transmission des résultats. La présente synthèse est consacrée aux thématiquesclés pour rationnaliser une démarche d’accréditation (état de l’art, gestion documentaire, sécurisation des processusde réalisation et des processus supports). Notre propos sera illustré par des expériences vécues à travers la présentationde cas concrets (dossier de vérification des performances, habilitation des opérateurs, évaluation des connaissances,audits de paillasse, etc.). L’objectif de ce travail est de proposer un cadre méthodologique, afin de fournir aux biologistesdes lignes directrices pour répondre aux exigences réglementaires et normatives, au bénéfice du patient et du corpsmédical.

mots-clés : accréditation, mycologie médicale, infection fongique, sécurisation des processus, NF EN ISO 15189.


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paillasse ? Pour alimenter la réflexion sur l’accréditation,nous vous proposons d’essayer de répondre à ces questions, afin de franchir plus facilement les prochaineséchéances de l’accréditation.

L’objectif de cet article est de mettre à disposition desbiologistes et des personnes impliquées (qualiticien, audi-teur, technicien(ne), interne, étudiant) un accompagne-ment de l’accréditation en mycologie médicale. Aussi,nous indiquerons une conduite à suivre en plusieursétapes, basée sur une évaluation des risques et mettant enexergue les points critiques pour améliorer et sécuriser lespratiques professionnelles.

II. - POURQUOI LA MYCOLOGIE MÉDICALEEST-ELLE LE PARENT PAUVRE

DE L’ACCRÉDITATION ?

La mycologie médicale est une discipline bioclinique. Elleest encore souvent délaissée de la démarche d’accréditation,sans doute en raison de son apparente complexité. La litté-rature professionnelle est pourtant très riche mais, à ce jour,rares sont les publications traitant de l’accréditation danscette discipline (14). Sur 363 laboratoires accrédités enFrance (chiffres d’octobre 2014), seuls 19 le sont en myco-logie (Figure 1).

Encore peu automatisée, la mycologie nécessite des opérateurs expérimentés qui maîtrisent un savoir-faire technique dans la pratique journalière. L’identification deschampignons filamenteux repose sur l’examen macro-scopique des cultures (couleur,texture) et sur l’examen micro-scopique de la morphologie des filaments et de la conidiogénèse.Pour les levures, l’identification sefait classiquement par des testsphysiologiques d’orientation (mi-lieu chromogène, milieu sélectif,étude de la sensibilité au cyclo-heximide (Actidione®)) et pardes tests d’étude de l’assimilationdes sucres (auxanogramme) et dela fermentation des sucres (zymo-gramme).

Actuellement, de nouvellestechniques sont utilisées comme laspectrométrie de masse ou des outils de biologie moléculaire : sé-quençage des régions ITS (InternalTranscribed Spacer), PNA-FISH (Pep-tide Nucleic Acid Fluorescence In SituHybridization), etc.

La Nomenclature des Actes de Biologie Médicale (NABM) distingue les champignons à croissance rapide (délai inférieurà 5 jours), des champignons à

croissance lente (plus de 7 jours) (15). Les cultures mycolo-giques doivent donc faire l’objet d’un examen régulier etminutieux deux fois par semaine, idéalement tous les jourspendant 5 jours. Les observations microscopiques répétéesdes structures fongiques imposent donc des contraintespour arriver à l’identification de l’agent pathogène. De surcroît, la plasticité phénotypique des champignons est àl’origine de caractères macroscopiques et microscopiquesatypiques pouvant conduire à des difficultés d’identification(16).

L’interprétation des examens (contamination, colonisa-tion, maladie avérée) dépend aussi de la localisation du sitede prélèvement et de la sémiologie : mycose superficielle,mycose profonde, mycose cosmopolite (candidémie, cryptococcose, aspergillose, zygomycose), mycose profondetropicale (histoplasmose, coccidioïdomycose, paracoccidioï-domycose, blastomycose, pénicilliose à Penicillium marmeffei,sporotrichose). En effet, les échantillons peuvent être issus :

– d’un site anatomique stérile (sang, liquide céphalorachi-dien (LCR), ponction pleurale, articulaire, etc.),

– ou d’un site anatomique avec une flore commensale poly-morphe associée (cutanée, broncho-pulmonaire, digestive,vaginale, etc.).

Toutes ces raisons et difficultés cumulées, associées à desvolumes d’activités restreints et une nécessaire spécialisationdes opérateurs, sont à l’origine du peu d’engouement desLaboratoires de Biologie Médicale (LBM) pour l’approchequalité en mycologie, du moins pour l’instant.

Fig 1 - Répartition des laboratoires accrédités par sous-domaine (Cofrac, octobre 2014).

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III. - MATÉRIEL ET MÉTHODES

La conformité des dispositionsorganisationnelles et techniquesdu LBM doit être confrontée auréférentiel d’accréditation SHREF 02 (17) fondé sur la normeISO 15189 (18). Afin de respecterles exigences de l’accréditation,nous avons utilisé les documentsdu Cofrac suivants : SH GTA 01,SH GTA 04, SH GTA 06, LABGTA 12, et SH INF 50 (19-23).Lors de la vérification des perfor-mances analytiques, la méthodesuivie a été celle de la méthodequalitative décrite dans les docu-ments du Cofrac SH GTA 04 etSH FORM 44 (24).

Les actes de mycologie de laNABM figurent au sous-chapitre6-04, alors que pour les examensmycologiques associés à un exa-men bactériologique, il convientde se reporter au sous-chapitre 6-01 (examen microbiologiqued’un ou plusieurs prélèvementsde même nature). La cotationforfaitaire d’un examen micro-biologique standard prend en compte l’identification del’espèce Candida albicans ; en revanche l’isolement et/oul’identification d’une levure autre que C. albicans ou d’uneespèce filamenteuse est un acte distinct de la NABM (codeacte : 0252, B 50).

Tout comme en bactériologie, la démarche méthodo-logique proposée est basée sur l’analyse et la gestion desrisques pour sécuriser les processus de réalisation et lesprocessus supports. L’analyse des risques permet de mettreen évidence les points critiques qui fragilisent les processus(Figure 2), ainsi que les conduites à tenir pour leur maî-trise. Il est important de bien cerner les points critiques,notamment ceux liés au manque de sensibilité de certainsoutils conventionnels utilisés pour poser le diagnostic del’agent causal. Il appartient aux biologistes de les connaîtrepour consolider l’ensemble des étapes du parcours, duprélèvement à la transmission des résultats aux personnesconcernées. Avec les systèmes d’assurance qualité desLBM, le fait nouveau est d’être en mesure de prouver lesperformances des méthodes employées par une démons-tration cohérente et scientifique. Les exigences normativesont pour vocation de mener les LBM vers de meilleuresperformances. Pour garantir la qualité des examens de la-boratoire, le biologiste doit déterminer au préalable lescritères ou objectifs de performance analytique (spécifica-tion, valeur seuil, limite d’acceptabilité, justesse, fidélité,etc.) (25). Ces critères ou objectifs sont établis en fonctionde besoins des patients et doivent conduire à :

– Identifier les agents pathogènes au niveau de l’espèce ;le contrôle des performances est vérifié par les évalua-tions externes de la qualité (EEQ) des organismes decontrôles interlaboratoires (OCIL) et par l’utilisation decontrôles internes de qualité (CIQ), réalisés avec dessouches ATCC (American Type Culture Collection) ou CIP(Collection de l’Institut Pasteur), ou bien encore avec desespèces parfaitement identifiées par un centre de réfé-rences ;– Prendre en compte les recommandations de bonnes pratiques pour harmoniser les gestes techniques des opérateurs, ainsi que l’interprétation des résultats et lesprestations de conseils.

Enfin, pour évaluer la pertinence des dispositions priseset appliquées, les audits permettent de donner un avis surles pratiques du LBM au regard des référentiels choisis. Ilsdonnent l’occasion au LBM de démontrer la fiabilité deses examens en plus d’être un excellent outil de manage-ment de la qualité.

Cette approche méthodologique a permis de distinguersix étapes pour développer l’accréditation en mycologiemédicale. La stratégie proposée est de décomposer le pro-cessus d’accréditation en une séquence d’étapes qui sontvalidées séparément. Il s’agit de conseils, avec des repèrespour respecter les exigences normatives et éviter ainsi lesprincipaux écueils (Encadré 1).

Ce travail a pour vocation de contribuer à une amélio-ration de pratiques de qualité en mycologie. L’accréditation

Fig 2 - Analyse des risques pour consolider les processus.Les facteurs d’incertitude sont précisés en rouge. Schématiquement et par ordre d’importance,le poids de chacun des 5 M est : i) la main d’œuvre (expérience professionnelle) ; ii) la méthodeet la matière ; iii) le matériel ; iv) le milieu.

MatièreQualité et quantité de l’échantillonConditions d’acheminement

au laboratoireSuivi et conservation des cultures fongiques

MilieuDétermination des spores

Risque des agents pathogènes et allergisants

(histoplasmose, Aspergillus)Ensemencement des prélèvements

sous PSM

MatérielMicroscope et loupe binoculaire

PSMGestion des contrôles qualitéMaîtrise métrologiques desenceintes thermiques

MéthodeUtilisation de milieux de culture

appropriésDurée d’incubation

Protocole d’identification (examen direct, milieu chromogénique, tests de filamentation, tests biochimiques)

Veille documentaire

Main d’œuvreRespect des règles de l’artCompétences des opérateurs

Formations internesPrise de renseignements cliniques

POINTS

CRITIQUES

Non conforme

Non entretenus,déréglés, non adaptés

Non compétente non sensibiliséeNon adapté

Non adaptée,non définie,non appliquée

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nécessite que les LBM puissent prouver que les activitéstechniques et organisationnelles sont performantes.

IV. - RÉSULTATS

A) La revue de l’état de l’art L’analyse préliminaire de la littérature est indispensablepour bien cerner la problématique et ce qui fait l’unicitéde la mycologie. La période couverte par la recherche delittérature en langue française est de 15 ans, de 2000 à2014, avec l’aide des bases de données PubMed et EMconsulte. Elle doit porter, d’une part, sur les référentielset, d’autre part, sur une revue des travaux scientifiques. Lalecture critique de la littérature scientifique a été faite en

s’aidant de la grille AGREE (grille d’évaluation de la qua-lité des recommandations pour la pratique clinique), quiest un outil d’appréciation de la qualité méthodologique(26-28).

Tableau I - Les principaux référentiels français applicables en mycologie médicale.

Organismes/Auteurs Titre du document

ANOFELParasitoses et mycoses des régions tempérées et tropicales, 3ème édition, Elsevier Masson, 2013 (45)

Badillet G. Les dermatophytes, Atlas clinique et biologique. 3ème édition, 1991, Varia Paris (46)

Bioforma Les moisissures, Cahier de formation n°25 (47)

Bioforma Les dermatophytes, Cahier de formation n°31 (48)

Bioforma Les levures et les levuroses, Cahier de formation n°44 (49)

CA-SFM /EUCAST 2014 Comité de l’antibiogramme. Recommandations 2014 (50)

SFAR/SPILF/SRLFPrise en charge des candidoses et aspergilloses invasives de l’adulte. Conférence de consensus 2004 (51)

SF2HRisque infectieux fongique et travaux en établissement de soins. Hygiènes 2011 ; 19/1 : 1-52 (52)

SFM Référentiel en microbiologie médicale (bactériologie et mycologie) Rémic 2010 (53)

SFM/ESCMID European manual of clinical microbiology, 2012 ; 1st edition (54)

SFM Quamic (55)

Union National des Caisses d’Assurance Maladie

NABM (15)

Antibiolor Antibioguide, Référentiel lorrain d’antibiologie en établissements de soins, 2014 (56)

Antibiolor Antibioville, Référentiel lorrain d’antibiologie en pratique ambulatoire, 2014 (57)

CHU de Clermont-FerrandAntibioguide du CHU de Clermont-Ferrand et des établissements de santé de la région Auvergne, 2014 (58)

CMITLe POPI. Maladies Infectieuses et Tropicales 2012. 11ème édition. Vivactis Plus éditeur. 460 p. (59)

AFURecommandations du comité d’infectiologie de l’AFU. Diagnostic, traitement et suivi des candiduries, 2011 (60)

ANOFEL : Association française des enseignants de Parasitologie et Mycologie ; CA-SFM /EUCAST 2014 : Comité de l’Antibiogramme de la Société Françaisede Microbiologie /European Committee of Antimicrobial Susceptibility Testing ; SFAR /SPILF /SRLF : Société Française d’Anesthésiologie et de Réanimation/Société Française de Pathologie Infectieuse de Langue Française /Société de Réanimation de Langue Française ; SF2H : Société Française d’Hygiène Hospitalière ; SFM : Société Française de Microbiologie ; SFM /ESCMID : Société Française de Microbiologie / European Society of Clinical Microbiology and in-fectious Diseases ; NABM : Nomenclature des Actes de Biologie Médicale ; CMIT : Collège français des universitaires de Maladies Infectieuses et Tropicales ;AFU : Association Française d’Urologie.

1ère étape : la revue de l’état de l’art

2ème étape : la gestion documentaire

3ème étape : la sécurisation du processus préanalytique

4ème étape : la sécurisation du processus analytique

5ème étape : la sécurisation du processus postanalytique

6ème étape : la sécurisation des processus supports

Encadré 1 - L’accréditation de la paillasse de mycologie en sixétapes.

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Cette première étape a pour vocation de vérifier la conformité des pratiques professionnelles au regard des référentiels, de la NABM, des recommandations(conduites à tenir) de la Haute Autorité de Santé (HAS),des sociétés savantes, des conférences de consensus ou encore des publications scientifiques. Rappelons qu’un référentiel est un ensemble de dispositions de référence,servant de guide pour la construction et la vérificationd’un système. Le tableau I reprend les principaux référen-tiels qu’il convient de consulter. Ces référentiels peuventêtre complétés par des ouvrages de références (29-32). Larecherche bibliographique a montré que de nombreux articles ont été consacrés au diagnostic mycologique (33-44).

Les sources documentaires La liste ci-dessous n’est bien entendu pas exhaustive. Sociétés savantes et institutions :• Société Française de Mycologie Médicale, Société Fran-çaise de Microbiologie, Société Française d’Anesthésieet de Réanimation, Société de Pathologie Infectieuse deLangue Française, Société Française d’Hygiène Hospita-lière, Société de Réanimation de Langue Française.• Centre national de référence (CNR) des mycoses inva-sives et antifongiques.• Observatoire des levures de l’Ile-de-France.

Revues :• Journal de Mycologie Médicale, Feuillets de Biologie, Lalettre de l’infectiologue, Option Bio, Revue Franco-phone des Laboratoires, Spectra Biologie, Annales deBiologie Clinique, Biologiste Infos, etc.

Sites internet :• Anofel • MycoBank• e-Pilly TROP • Doctor Fungus

• Index Fungorum • Mycology online• The AspergillusWebsite

B) La gestion documentaire : rédaction des procédures

La deuxième étape pourra être consacrée à la rédactiond’une procédure générale de mycologie. Elle est utile, carelle permet d’apporter une vue d’ensemble et une cohé-rence au système de management de la qualité (SMQ),afin de favoriser sa compréhension par tous les membresde l’équipe et par les auditeurs dans la logique de la maîtrise des facteurs d’influence (analyse des risques). Lesdocuments qualité doivent également traiter les aspectstechniques (mode opératoire, instruction, enregistrement,etc.). La gestion documentaire concerne aussi bien les documents internes qu’externes. Un soin particulier devraêtre porté à la conservation des notices fournisseurs pourles consommables.

Le tableau II propose une synthèse de l’analyse et de lagestion des risques appliquée à la gestion documentaire.

C) La sécurisation du processus préanalytique

Les infections fongiques sont susceptibles de touchertous les organes. Les prélèvements sont ciblés en fonctiondes points d’appel cliniques et concernent de nombreuxsites anatomiques, entraînant une diversité des matricesbiologiques (urine, peau et phanères, sang, sécrétion desmuqueuses digestives, vaginales et oro-pharyngées, LCR,liquide de ponction, biopsies, etc.). La qualité du prélève-ment va de pair avec le recueil systématique d’un certainnombre de renseignements à l’interrogatoire, qui permet-tent d’orienter l’examen mycologique : immunodépres-sion, voyages, traitements antifongiques, contact avec desanimaux, etc.

Le tableau III présente une synthèse des conditionspréanalytiques requises pour les examens de mycologie

Tableau II - Analyse et gestion des risques : processus gestion documentaire.

Identification des risques Facteurs à maîtriser Facteurs de maîtrise

Qualité des prestations du laboratoire non assurée

Non prise en compte d’une évolution de la documentation réglementaire, normative, scientifique ou des fournisseurs

Mise en place d’une veille documentaire

Utilisation de document non approuvé

Modification manuscrite des documents qualité non maîtrisée

Règle définie : modification datée et signéeRespect de la procédure interne H1-PR01 « Structure et gestion du système documentaire »Audits de poste

Utilisation de document obsolète

Mise à jour des documents édités

Traçabilité de l’édition papier dans le logiciel informatiqueAudit et surveillance

Procédures, modes opératoires,protocoles d’exécution non appliqués

Prise de connaissance des documents

Surveillance des attestations de lectureAudits de posteIndicateur trimestriel des demandes de lecture en retard

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(53, 54, 61). Elles sont à intégrer dans le manuel de prélè-vement ou son équivalent. D’une manière générale, dansles LBM privés polyvalents, les prélèvements mycologiquessont traités avec les prélèvements bactériologiques.

Les écouvillons avec milieu (Amiès, Stuart) de transport(Medical Wire®, Copan®, Sarstedt®) peuvent se conserver24 heures à température ambiante (21 ± 7 °C, SH GTA01). Les urines recueillies dans un flacon avec du boratese conservent 48 heures à température ambiante selon lesnotices des différents fabricants. L’utilisation de milieuxde transport permet d’allonger de façon notable les délaisd’acheminement (24 heures) et par conséquent de mieuxmaîtriser les conditions préanalytiques. On remarqueraque la conservation des champignons n’est pas mention-née par les fournisseurs précités, hormis pour deux milieux de Copan® : « catBroth » (transport des Candidaet Trichomonas vaginalis pour les prélèvements uro-génitaux)et « UriSwab » (urines). Les fabricants de milieu de trans-port signalent que leur milieu respecte la norme M40-Adu CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute). L’exigenceessentielle de la norme M40-A est de démontrer que laqualité microbiologique des échantillons des patients estmaintenue stable pendant la durée de transport.

Le tableau IV est consacré à une synthèse de l’analyseet de la gestion des risques appliquées au processus préa-nalytique.

D) Le processus analytique

L’objectif est d’utiliser la meilleure technique pouridentifier l’agent pathogène et ainsi répondre aux attentesdes patients et aux besoins des cliniciens.

1) Harmonisation des pratiques professionnelles

Dans les lignes qui suivent, nous indiquerons les mesures à prendre pour harmoniser les pratiques profes-sionnelles des opérateurs.

a) Lectures microscopiques : numération

Les examens directs microscopiques à la recherched’éléments fongiques sont réalisés à l’état frais (urines) ouaprès coloration de May-Grünwald Giemsa (MGG) pourles expectorations, les épanchements et les liquides deponction, ou encore après ajout d’un agent éclaircissantde type rouge Congo ou bleu de lactophénol (peau et phanères).

ParamètresTempérature (T) de transport

ou de conservationDélai d’acheminement

appropriéMatériel de recueil de prélèvement

Biopsies T ambiante < 2 h Flacon stérile

Coprocultures 5 ± 3 °C < 24 h Flacon de coproculture

Expectoration et prélèvementsbroncho-pulmonaires

T ambiante < 2 h Flacon stérile

Hémocultures10 mL*

T ambiante < 24 hFlacons pourhémocultures

Liquides de ponction (articulaire, pleural, etc.)

T ambiante < 2 h Flacon stérile

T ambiante < 24 hÉchantillon avec milieu

de transport

LCR T ambiante Immédiat Flacon stérile

Prélèvement ORL T ambiante< 2 h Flacon stérile

< 24 h 1 eSwab

Peau et phanères (ongles, cheveux, poils)

T ambiante 2-3 jours Flacon stérile

Prélèvements génitaux T ambiante< 2 h 2 écouvillons

< 24 h 1 eSwab

Urines

T ambiante ou

5 ± 3 °C

< 2 h

< 12 h

Flacon ECBU sans borate

T ambiante < 48 hFlacon ECBU avec borate

Tableau III - Conditions préanalytiques en mycologie.

* Volume recommandé.

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Tableau IV - Analyse et gestion des risques : processus préanalytique.

* Durée de la lésion, saisonnalité, antécédents familiaux, exposition professionnelle, traitement médicamenteux, …


Milieu

Altération de l’échantillon biologique : rendu de résultatsinexacts

Conditions de transport (température)

Surveillance des conditions environnementales de transport (température par sonde « Tomkey »)Utilisation des boîtes de prélèvement et mallettes de transportPlan de tournée défini et communiquéAudit du préanalytique : coursiersSensibilisation des préleveurs externes

Conservation avant la prise des échantillons par les coursiers

Méthode


Critères d’acceptation des échan-tillons biologiques (matériels de recueil, délais d’acheminement, …)

Respect de la documentation interne et externeConventions avec les préleveurs externes Sensibilisation des préleveurs (internes et externes) : interrogatoire du patient*

Erreur dans le rendu des résultats Protocole de prélèvement : identification des échantillons, recueil des renseignements cliniques

Allongement des délais de rendu de résultats Traitement des dossiers urgents Respect de la documentation interne

Audits et évaluations des connaissances/compétences

Matériel


Péremption du matériel de prélève-ment

Respect et maîtrise des critères d’acceptation des échantillons(C3-PR01 « Réception des échantillons »)Audit du préanalytique : préparation des boîtes de prélèvementVérification des dates de péremption Sensibilisation des préleveurs (internes et externes)

Intégrité des boîtes de prélèvement et mallettes de transport

Main d’œuvre

Rendu de résultats inexactsCompétence du personnel :préleveurs, coursiers, réception des échantillons

Formation (interne et externe) / habilitation / évaluationRespect des procédures internes

Allongement des délais de rendudes résultats Compétence du personnel

Conventions avec les préleveurs externes Fiches de préconisation remises aux patients Sensibilisation des préleveurs (internes et externes)Audits et évaluations de connaissances/compétences du préanalytique pour le secteur mycologie : prélèvement, transport, réception des échantillons

Erreur dans l’enregistrement informatique des analyses à réaliser : allongement des délaisde rendu des résultats, augmentation des coûts d’analyse

Enregistrement des données patients(prescription, renseignements cliniques, dossiers urgents)

Respect des procédures d’enregistrementFormation (interne et externe) / habilitation / évaluationProtocole de vérification des ordonnancesAudit du secrétariat

Matière


Intégrité de l’échantillon biologique : volume d’échantillon, présence d’agent de conservation

Respect et maîtrise des critères d’acceptation des échantillonsRespect des procédures de prélèvements (C2-ENR01 « Manuel de prélèvement »)Sensibilisation des préleveurs (internes et externes)Conventions avec les préleveurs externes Fiches de préconisation remises aux patientsAudits et évaluations des connaissances / compétences dupréanalytique pour les secteurs concernés : prélèvement,réception des échantillons

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Cellules épithéliales ou polynucléaires

Expression du résultat Nombre par champ (grossissement x100)

Rares (+) < 1

Quelques (++) 1-10

Assez nombreux (+++) 11-25

Nombreux (++++) > 25

Bactéries, levures, champignons

Expression du résultat Nombre par champ (grossissement x1000)

Rares (+) < 1

Quelques (++) 1-10

Assez nombreux (+++) 11-25

Nombreux (++++) > 25

Tableau V - Standardisation des examens microscopiques. Modifié de « Interprétation de l’examen microscopique », Canadian CoalitionFor Quality in Laboratory Medicine (CCQLM), 2004.

Tableau VII - Milieux de culture à ensemencer en fonction des matrices biologiques (choix du LBM Syndibio).

Tableau VI - Quantification pour la standardisation des lectures des cultures. Modifié de (36).

UFC par tube ou boîte Expression du résultat

1-5 Rares +

6-20 Nombreuses ++

> 20 Très nombreuses +++

Matrice biologique

Milieux de cultures

Gélose ChromIDTMCandida(CAN 2)

GéloseSabouraud

chloramphénicol 2(SAB CHL 2-T)

GéloseSabouraud

chloramphénicolActidione®

(SAB CHL-ACTI-T)

Gélose Dermato-T (DTA)

Gélose ChromIDTM CPS

(CPS3)

Biopsies X X

Coprocultures X X

Expectorations et prélèvements

broncho-pulmonairesX X

Sang (10 mL) Flacon BacT/Alert X

Liquides de ponction (articulaire, pleural, etc.)

X X

LCR X X

Prélèvement ORL X X

Peau et phanères (ongles, cheveux, poils)

X X X

Prélèvement vaginal X

Prélèvement urétral X

UrinesX

(si levures à l’examen direct)

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Il s’agit d’une quantification approximative dite appré-ciation de la numération. Le tableau V présente une stan-dardisation des lectures microscopiques pour les cellulesépithéliales et les polynucléaires (grossissement x100) ainsique pour les bactéries, les levures et les champignons(grossissement x1 000).

b) Quantification des colonies sur les milieux de culture La NABM exige que la présence de nombreuses colo-nies sur les milieux de cultures soit signalée. Le tableau VIpropose une expression des résultats pour standardiser lecompte rendu d’analyse en fonction de l’abondance de lacroissance sur les géloses.

c) Les milieux de culture à utiliser en mycologie en pratiquequotidienne

Il est important de signaler que lors des mycoses, lacharge fongique est souvent faible dans l’organisme etdans les prélèvements. Il faut donc des prélèvements abon-dants, bien ciblés, et un ensemencement beaucoup plusriche qu’en bactériologie.

Les techniques d’ensemencement sont les suivantes :– Isolement des levures par méthode bactériologiqued’épuisement par stries ;– Isolement des champignons filamenteux par dépôt« pièce par pièce » du produit pathologique à examinerà la surface du milieu nutritif (en boîtes de Pétri ou entubes) ; l’utilisation des boîtes est plus aisée, celle destubes limite la dessiccation du milieu et les risques decontamination ;– Isolement des champignons par ensemencement en mi-lieu liquide (hémocultures).

Une enquête sur les conditions analytiques des examens de mycologie médicale menée par la SociétéFrançaise de Mycologie Médicale a montré une grande hétérogénéité des pratiques d’analyse (62).

À titre indicatif, le tableau VII mentionne le choix quenous avons fait au sein de notre laboratoire concernant lesmilieux de culture à ensemencer, en fonction des diffé-rents types de prélèvement.

Un certain nombre d’éléments sont à connaître :– Pour les milieux chromogéniques, les différents fabri-cants rapportent des sensibilités de l’ordre de 99 % pourla détection de C. albicans ;– Les géloses Sabouraud - chloramphénicol et Sabouraud- chloramphénicol - Actidione® empêchent le dévelop-pement des contaminants (champignons saprophytes etbactéries) ; pour les prélèvements profonds et en fonc-tion du contexte clinique (mycose exotique), on veilleraà ensemencer un milieu de Sabouraud - chloramphéni-col à incuber au moins deux semaines ;– L’Actidione® inhibe la croissance de certains champi-gnons filamenteux (Fusarium, Aspergillus spp, etc.) etpeut empêcher la pousse de certaines espèces du genreCandida telles que C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis, C. tropicalis et C. famata (sensibilité variable à l’Actidione®) ;

– La gélose Sabouraud - tétrazolium - gentamicine - chlo-ramphénicol permet le diagnostic différentiel de certaines espèces du genre Candida qui sont capables deréduire les sels de tétrazolium ; il s’agit donc d’un milieud’identification.

Les cultures doivent être examinées régulièrement pen-dant une durée de 2 à 5 jours pour les levures, de 3 à 7 jourspour les moisissures, de 2 à 4 semaines pour les dermato-phytes (ou plus si la clinique le justifie), et de 3 mois pourles mycoses exotiques dues à Histoplasma et Blastomyces.

Ajoutons encore que le milieu pour blastèse et le milieuPCB (pomme de terre, carotte, bile) ne sont plus commer-cialisés, ni par bioMérieux, ni par Bio-Rad.

Enfin, notons le cas des champignons dimorphiques,qui se présentent sous forme de levure dans les tissus etsous forme filamenteuse en culture ; en ce qui concernel’agent pathogène Sporothrix schenckii, la forme filamen-teuse peut être isolée à 25 °C, mais la forme levure estmieux isolée à 37 °C.

d) Les pièges de l’identification L’identification au niveau de l’espèce est importante,car la sensibilité aux antifongiques peut varier en fonctiondes taxons. Lorsque l’identification par les techniquesconventionnelles est mise en défaut, la spectrométrie demasse est un recours intéressant.

– Si les systèmes Vitek® (bioMérieux) permettent facile-ment d’identifier de très nombreuses levures, certainesespèces sont susceptibles de poser des problèmes d’iden-tification comme C. dubliniensis, C. famata, C. guillermondii,C. lusitaniae et C. rugosa ; il est alors intéressant d’utiliserles capacités des levures à réduire les sels de tétrazolium.

– Sur Sabouraud - tétrazolium, les colonies de C. albicanset de C. krusei sont blanches, et les colonies de C. tropicalis,de C. pseudotropicalis et de C guilliermondii sont violacées.– Test de blastèse : C. tropicalis et C. parapsilosis produisentdes pseudo-tubes germinatifs ; C. dubliniensis produit destubes germinatifs, c’est pourquoi il a longtemps étéconfondu avec C. albicans. Ajoutons que l’intérêt de distinguer C. albicans de C. dubliniensis est d’ordre épidé-miologique et non thérapeutique.

2) Les contrôles de qualité

Les contrôles de qualité, qu’ils soient internes ou ex-ternes, sont indispensables pour sécuriser les processus(63). Ils garantissent la qualité analytique par la maîtrisedes processus. L’analyse des tendances des résultats obtenuspermet d’objectiver la robustesse des techniques utilisées.

a) CIQ Le CIQ permet de vérifier :– Les performances des réactifs utilisés ;– Les performances du personnel qui effectue les analyses ;– La fidélité de la méthode et l’exactitude des résultats.

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Mycologie médicale


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Le CIQ assure une détection immédiate et une identi-fication des erreurs pour définir des actions correctives.La sélection des souches de contrôle est effectuée, d’unepart, en fonction du recrutement du laboratoire (patientset établissements de soin) et, d’autre part, en fonction desrecommandations des fournisseurs.

Au sein du laboratoire Syndibio, nous réalisons un CIQpar semaine. Nous utilisons un souchier ATCC constituéde 21 espèces en microbiologie : 16 souches bactériennes,

4 souches de levures et 1 souche de dermatophyte (Tricho-phyton rubrum).

Ces souches de « référence » correspondent :– à des souches ATCC ou CIP,– à des souches transmises par un organisme d’évaluationexterne de la qualité : ANSM (Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de santé), ABP(Association de Biologie Praticienne), BP (Biologie Prospective).

N° souche ATCC Espèce Date(s) Identification Antifongigramme

34449 Candida lusitaniaeJanvier 2012Janvier 2014

12 7

6258 Candida kruseiJanvier 2012Juillet 2014

14 14

15126 Candida glabrataNovembre 2013Juillet 2014

3 3

14053 Candida albicansAoût 2014Octobre 2014

2 2

28188 Trichophyton rubrum Novembre 2014 1

Tableau VIII - Utilisation des souches ATCC dans le cadre du CIQ.

Tableau IX - Souchier de mycologie issu des EEQ.

Souche Référence Cas clinique

Contrôle National de Qualité

Cladosporum spp (C. cladosporioides) 11 PAR 1 (LUENGO) Tumeur solide pulmonaire

Candida glabrata 10 PAR 1 (SASTRE) Hémoculture, traitement par fluconazole

Microsporum audouinii 09 PAR1 (GABA) Alopécie circulaire, Burkina Faso

Trichophyton rubrum var. africaine 08 PAR1 (BEDAYA) Lésion squameuse à la cuisse, Sénégal

Association de Biologie Praticienne

Trichophyton mentagrophytes var. interdigitale ABP 14-bouchon bleu Espaces inter-orteils

Paecilomyces variotii ABP 14-1 bouchon vert Lavage broncho-alvéolaire

Trichophyton soudanense ABP 13-3 bouchon bleu Enfant africain avec plaques d’alopécie

Acremonium alternatum ABP 13-3 bouchon vert Ongle avec anomalies

Pichia manshurica ABP 13-3 Lavage broncho-alvéolaire

Trichophyton tonsurans ABP 13-2 bouchon bleu Enfant africain avec plaques d’alopécie

Candida rugosa ABP 2013 Conduit auditif externe

Candida kefyr ABP 14-1 Écouvillon rectal

Biologie Prospective

Candida tropicalis 2013-3A Hémoculture

Candida guillermondii 2012-4A Cathéter

Aspergillus versicolor 2013-4A Suspicion d’onychomycose

Scedosporium prolificans 2013-1A Hémoculture et lymphome

Fusarium solani 2011-2A Ongle

Trichosporon inkin 2010-4A Nodules pubiens

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- 57 -

Le tableau VIII mentionne les souches utilisées dans lecadre du CIQ de mycologie au sein du laboratoire Syndi-bio. Une planification pour le passage des CIQ a fait l’objetd’un enregistrement. Le tableau VIII illustre le nombre depassages effectués depuis 2012.

b) EEQ

Les contrôles externes font l’objet d’enquêtes ponc-tuelles. Les souches transmises lors des EEQ sont conser-vées en souchier et utilisées comme des contrôles internesmais aussi à titre pédagogique pour la formation continue(Tableau IX).

Le tableau X concerne un enregistrement d’une for-mation interne tracée à la suite du repiquage d’unesouche.

3) Analyse et gestion des risques

L’analyse et la gestion des risques du processus sont détaillées dans l’encadré 2. Le tableau XI reprend lespoints clés de cette activité.

4) Dossiers de vérification des performances

Pour l’examen mycologique d’un prélèvement, il estnécessaire de compléter le tableau de portée d’accrédita-tion pour la famiL’accréditation en mycologie médicalelleparasitologie-mycologie, conformément aux préconisationsdu document du Cofrac SH INF 50. Les dossiers de vérifi-cation des performances/validation des méthodes devrontêtre réalisés comme suit.– PM 1 : Examen morphologique direct macro- et micro-scopique à l’état frais et/ou après préparation,

Tableau X - Enregistrement pour une souche test utilisée comme CIQ et pour la formation interne.

Date Souche Origine Cas clinique Identification et commentaires Visa

15/05/14Association de BiologiePraticienne 2014-1

Lavage broncho-alvéolaire

Syndrome interstitiel

Paecilomyces variotiiPousse en 48 heures, couleur blanc crème4 jours plus tard :

conidies ovalaires en chaînette Colonies brun rouille en vieillissant

CGJPK

Tableau XI - Analyse et gestion des risques.


Rendu de résultats inexacts

Gestion des contrôles (CIQ, EEQ)non conformes

Respect des procédures internesAnalyse des tendancesDéfinition des objectifs analytiques et limites d’acceptabilité

Rendu de résultats inexacts

Compétence du personnel technique :- mise en culture- lecture et interprétation

Formation (interne et externe) / qualification / habilitation / évaluationRespect des référentiels (Rémic, CA-SFM/EUCAST)fiches d’instruction et notices fournisseursRésultats aux contrôles qualité (souche de référence,CNQ, OCIL)Harmonisation des lectures inter-opérateursD4-D-INS07 « Techniques d’ensemencement en mycologie »D4-D-ENR01 « Milieux de culture en mycologie »Audits de la paillasse de mycologie

Saisie manuelle des résultatsVérification des saisies manuellesAudits de la paillasse de mycologie

Allongement des délais de rendu des résultats

Rupture de stock des réactifs Suivi informatisé de la gestion des stocks

Communication interne des résultats critiques du plateau technique vers les sites périphériques

Protocole de communication interneTraçabilité informatique de la transmission

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Mycologie médicale


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Encadré 2 - Fiche type qualitatif, vérification (portée A) / validation (portée B) d’une méthode de biologie médicale selon le SH FORM 44.

EXAMEN DE BIOLOGIE MÉDICALEMise en culture pour le diagnostic d’une infection fongique

DESCRIPTION DE LA MÉTHODE

Analyte / Mesurande Échantillon biologique pour mise en culture (levures, champignons filamenteux et dermatophytes)

Principe de la mesure

Inoculation de milieu de culture pour isolement des agents pathogènes fongiquesMise en culture des échantillons secs (peau et phanères)Mise en culture des échantillons humides (selles, sécrétion, expectoration, etc.)Mise en culture des échantillons liquides (urine, sang, liquide de ponction, etc.)

Méthode de mesure

Méthode de culture en milieu solide / en milieu liquideIsolement de levures par méthode bactériologique d’épuisement en striesIsolement des champignons filamenteux par dépôt pièce par pièce du produit pathologique à examiner à la surface du milieu nutritif

Marquage CE (Oui / Non) Oui

Codage CNQ (s’il existe) PAR

MISE EN ŒUVRE

Opérateurs (habilitation) DM, CG, CM, EM

Procédure de validation D5-PR01 « Vérification / Validation des méthodes »

Procédure de gestion de la portée flexible D5-PR02 « Gestion des portées »

Période d'évaluation 2013-2014

Date de mise en service 13 juillet 2014

Autorisation par Jean-Paul Klein, biologiste

MAÎTRISE DES RISQUES

Données d'entrée Points critiques à maîtriserIdentification du risque Modalités de maîtrise

Type d'échantillon primaire

(urine, sang, type de récipient : tubes,

additifs, …)

Quantité de l’échantillonQualité de l’échantillonConformité de la demandeFaux négatif dû à un mauvais prélèvementFaux positif dû à une contaminationFormations des préleveurs

Curette dermatologique de Besnier /BrocqContrôle des critères d’acceptationVérification des renseignements cliniquesDiffusion du manuel de prélèvementFiche de prélèvement

Prétraitement de l'échantillon (homogénéisation, centrifugation, dilution, …)

Biopsies, prélèvements ostéo-articulaires (broyageet homogénéisation des échantillons)Examen direct avec préparation (éclaircissementet coloration des structures fongiques)L’examen d’un fragment dilacéré de culture présente un risque de destruction de l’architecturedes appareils sporifères à l’origine de difficultésd’identificationCharge de l’inoculumÂge de la culture

Disperseur - homogénéiseur à billes Ultra-Turrax®Rouge Congo (Mycétocolor®)

Formation des opérateurs

Vitek Densichek (1,8-2,2 McF) 18-96 h

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- 59 -

Encadré 2 - (suite).

MAÎTRISE DES RISQUES (suite)

Données d'entréePoints critiques à maîtriserIdentification du risque

Modalités de maîtrise

Main d'œuvre (habilitation du personnel) :

préciser les références des procédures et enregistrements

Compétence du personnel technique

Documents techniques à disposition

Protection de l’opérateurProtection de l’échantillonProtection de l’environnement

Formation (interne et externe) qualification / habilitation / évaluation

Respect des fiches d’instruction et notices fournis-seursRésultats aux contrôles qualité (souche de référence,CNQ, OCIL)D4-D-INS07 « Techniques d’ensemencement enmycologie »D4-D-ENR01 « Milieux de culture en mycologie »

Audits de la paillasse de mycologieGestion documentaire e-learning (e-MYCOimage)

PSM

Compétence du personnel de secrétariat

Respect des procédures d’enregistrement C1-PR01 « Création du dossier patient sur le SIL »Vérification de concordance entre demande du médecin et code SIL saisi Audit du secrétariat

Conditions ambiantesrequises (ex : tempéra-ture, organisation des locaux, éclairage, …)

Conditions environnementales préconi-sées par le fournisseur d’automate et dePSM 15-30 °C

Travail sous PSM pour les échantillons le nécessitant(groupe 2 et groupe 3) D4-A-INS02 « Manipulations à effectuer sous PSM »Système de surveillance des températures Evisense®Labguard Maintenance des appareils

Référence du réactif (référence fournisseur,

version)

Sensibilité des culturesChoix et sélectivité/spécificité des milieux de cultureMilieu urée/indoleConformité des réactifsLectures des milieux chromogéniquesSubculture des levuresSubculture des champignons filamen-teux

Utilisation de géloses chromogènesSensibilité à l’Actidione®Gélose ChromIDTM CandidaGélose dermatophytesGélose Sabouraud - chloramphénicolGélose Sabouraud - chloramphénicol - Actidione®Gélose Dermatophyte Test MediumGélose Sabouraud - tétrazolium - gentamicine - chloramphénicolMilieu de Borelli (subcultures pour dermatophytes)Incuber les géloses couvercle vers le haut pour leschampignons filamenteuxConditions de conservation conformes aux recom-mandations fournisseursMétrologie des enceintes de stockage des réactifs : cartographie et système de surveillance des tempéra-tures Evisense® LabguardGestion des stocks informatiséeMatériel à usage uniqueUtilisation d’un PSMFiches fournisseurs : connaissance des performancesdes réactifs et des milieux de culture utilisésRespect des délais préconisés par les fabricantsRepiquage en stries comme les bactériesRepiquage des colonies en prélevant un fragment dela culture avec un peu de gélose sous-jacente

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Mycologie médicale


- 60 -

– PM 2 : Mise en culture (voir encadré 2),– PM 3 : Analyse chimique après culture (hémoculture),– PM 4 : Identification phénotypique du taxon,– PM 5 : Étude de la sensibilité aux antifongiques,– PM 6 : Identification de champignons spécifiques par génotypage.

L’encadré 2 rassemble les données essentielles du dossier de vérification des performances pour la mise enculture conformément au document Cofrac SH FORM 44

(24) ; on remarquera que les données d’entrée demandéespar le formulaire SH FORM 44 ne sont pas toujours bienadaptées à la discipline.

N.B. La ligne de portée PM 2 a été créée pour pouvoirgérer les mises en culture des sites périphériques(PREANA). Cependant, du fait de l’importance de bienmaîtriser la mise en culture, nous avons choisi de mainte-nir sciemment cette vérification des performances dans lecadre de ce travail.

MAÎTRISE DES RISQUES (suite)

Données d'entréePoints critiques à maîtriserIdentification du risque

Modalités de maîtrise

Matériau de références (témoins)

CIQ

EEQ

Candida glabrata ATCC 15126Candida krusei ATCC 6258Candida lusitaniae ATCC 34449Trichophyton rubrum ATCC 28188

BP, ANSM, ABP

Équipements :Exigences métrologiques

(définir les paramètres critiques)

Exigences informatiques spécifiques

Protection de l’opérateurDissémination de spores dans l’environ-nementAllergie aux spores de moisissures (alvéo-lite allergique aspergillaire)Pour les champignons de classe 2, les cultures sont à manipuler sous PSMPour les champignons de classe 3 comme Histoplasma, les souches ne sont patho-gènes que sous forme de spores (cul-tures), alors que la forme levure présentedans les prélèvements n’est pas infectanteà moins de se piquer au cours de la ma-nipulation

Équipement de protection collectif : travailsous PSMMaintenance annuelle du PSMBionettoyage des paillasses et contrôle des surfacesSurveillance des conditions environnemen-tales (température, hygrométrie)Équipement de protection individuel :audit des bonnes pratiques professionnellesApplication des précautions standardVérification de concordance entre demandedu médecin et code SIL saisi

BP : Biologie Prospective ; ANSM : Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de santé ; ABP : Association de Biologie Praticienne.

Commentaires

Ce dossier de vérification consacré à la méthode manuelle d’ensemencement s’applique à l’ensemble des prélèvements mycologiques, c’est-à-dire à toutesles matrices biologiques. L’étape préalable à la rédaction de cette étude a été d’analyser l’état de l’art, c’est-à-dire les connaissances actuelles rapportées dansla littérature, afin que les ensemencements soient réalisés conformément aux bonnes pratiques de laboratoire. Pour vérifier l’harmonisation des inoculationsentre des opérateurs différents, il est judicieux de réaliser des audits de paillasse pour observer les gestes techniques (règles de l’art) lors de l’inoculation desdifférents types de produits pathologiques (selle, urine, prélèvement vaginal, biopsie, cathéter, etc.) et ainsi évaluer les performances analytiques des méthodesutilisées.

Les milieux chromogènes sont surtout faits pour les levures ; ils ne sont pas favorables à la croissance des moisissures.

La sécurisation du processus analytique nécessite l’utilisation de CIQ associés à des EEQ. L’évaluation des performances est effectuée avec des souches testsde type ATCC ou avec des isolats cliniques fournis par des OCIL.

Pour les températures d’incubation, le Rémic 2010 préconise 30 ± 1,5 °C pour la mycologie.

Pour les levures, la température optimale de croissance des espèces du genre Candida est de 37 °C avec une durée d’incubation de 24 à 72 h. Cependant,comme les levures Candida peuvent être retrouvées en association avec d’autres micromycètes non thermophiles, il peut être utile d’incuber un jeu de deuxgéloses, l’une à 25 ± 2 °C, l’autre à 35 ± 2 °C (40). Pour les LCR et les hémocultures la température optimale est de 35 ± 2 °C. Les espèces du genre Aspergillusse développent également mieux à 35 ± 2 °C.

La société bioMérieux recommande une température d’incubation de 25 °C pour les dermatophytes et de 37 °C pour les levures.

En ce qui concerne Trichophyton verrucosum, l’isolement est favorisé par une incubation à 32 °C (e-MYCOimage).

Pour les champignons filamenteux, il faut observer la croissance dès 3 jours d’incubation et conserver les cultures 7 jours pour les moisissures (Aspergillus),jusqu’à 30 jours pour les dermatophytes, et 2 à 3 mois pour Histoplasma et Blastomyces.

La finalisation de ce dossier de vérification des performances permet de conclure sur l’aptitude du processus analytique à isoler les souches pathogènespour leur identification.

13 juillet 2014, Jean-Paul Klein, biologiste.

Encadré 2 - (suite).

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E) Le processus postanalytique

1) Prestations de conseil

La prestation de conseil est au cœur de l’activité du bio-logiste. Elle concerne les médecins, les patients, les préle-veurs externes et les autres professionnels de santé. Ellepeut porter sur tous les processus de réalisation. Nous don-nons ci-après quelques exemples.

• Préanalytique (modalités de prélèvements et de trans-ports des échantillons)

De la qualité des prélèvements et de la connaissance ducontexte clinique, dépend l’identification de l’agent cau-sal. Pour un prélèvement de bonne qualité, il faut :– Une fenêtre thérapeutique de 2 à 3 mois en cas de trai-tement antifongique systémique ou de traitement localpar un vernis ou une solution filmogène (40) ;– Une fenêtre thérapeutique de 15 jours en cas d’applica-tion locale par une crème antifongique.

• Analytique (sensibilité des cultures, incertitudes de me-sures, seuils)– La sensibilité des flacons d’hémocultures se situe entre30 et 80 % selon les études ; les flacons d’hémoculturessont rarement positifs avec les moisissures sauf Fusarium(positif dans 50 % des cas) et Scedosporium prolificans(positif dans 40 % des cas) ;– Toutes les infections fongiques invasives ne sont pas hématogènes ;– Pour les sites superficiels, l’antifongigramme n’est pasutile, sauf si le malade a déjà reçu un traitement antifon-gique ; en revanche, il peut être utile pour les isolats provenant d’un site profond.

• Postanalytique (interprétation des résultats en fonctiondu contexte clinique, conseil médical, scientifique et thé-rapeutique)– Candida glabrata a une sensibilité diminuée au flucona-zole ;– La langue noire villeuse correspond à une hyperplasiedes prolongements kératinisés des papilles filiformes ;son origine n’est pas toujours candidosique ;– Différents médicaments sont susceptibles d’induire despathologies de l’ongle (anticancéreux, cyclines, antima-lariques, zidovudine) (64) ;– Une biopsie est préconisée pour les mycoses de typechromoblastomycoses ;– Un antifongigramme n’est pas indiqué pour les traite-ments topiques (ex. : mycose vaginale) sauf dans le casd’un échec thérapeutique.

2) Compte rendu de résultat

Exploiter et interpréter avec rigueur les résultats néces-site de prendre en compte le contexte clinique et l’ensem-ble des arguments diagnostiques (mycose superficielle,mycose profonde, etc.).

Chez les patients atteints de broncho-pneumopathiechronique obstructive (BPCO) ou de mucoviscidose, l’isolement d’Aspergillus spp peut correspondre à une simple colonisation bronchique sans infection réelle, maisil convient de le signaler. Les recommandations pour l’interprétation des examens bactériologiques des expec-torations basées sur le score de Bartlett (rapport entre lenombre de cellules épithéliales et celui des polynucléairesneutrophiles) n’ont pas d’intérêt pour les infections fongiques. D’autres critères doivent être pris en comptequand un champignon est isolé chez des patients prédis-posés ou présentant des signes évocateurs d’une infectionfongique (39).

Les sportifs touchés par des dermatophytes doivent êtretraités rapidement, car c’est un motif de disqualificationpour une compétition.

3) Traitements• Onychomycoses des doigts et orteils à dermatophytes Classiquement, le traitement des onychomycoses sansatteinte matricielle est uniquement local. Lors d’une at-teinte matricielle, un traitement oral est ajouté. Un traitement topique en monothérapie par une solu-tion filmogène ou un vernis, est réservé aux atteintes mi-neures ou modérées. Si atteinte matricielle : terbinafine à la dose de 250 mg/jpendant 6 semaines à 3 mois (ongles des mains) et de 3 à6 mois pour les ongles des pieds. Une surveillance de lafonction hépatique et de la numération formule sanguineest indiquée.• Onychomycoses à levures Traitement antifongique topique (imidazolé, ciclopi-roxolamine).• Onychomycoses à moisissures (Fusarium spp, Acremoniumspp, Scopulariopsis spp, Aspergillus spp, Penicillium spp, Ony-chocola canadensis) Il est important de confirmer que la moisissure est bienà l’origine de l’onychomycose en effectuant un secondprélèvement. L’amphotéricine B en application localereste le traitement de choix après excision de la partie parasitée.

Le traitement de référence des aspergilloses invasivesrepose sur l’utilisation du voriconazole (commentaire EEQBP 2013-2).

Le tableau XII expose une synthèse de l’analyse et dela gestion des risques appliquée au processus postanaly-tique.

F) Sécurisation des processus supports

1) Gestion des ressources humaines : habilitation Les examens biologiques mycologiques ne peuvent êtreréalisés que par du personnel qualifié et habilité. En ce quiconcerne l’habilitation, il faut distinguer l’habilitation ini-tiale avec une phase de tutorat, de l’habilitation sur la basede l’acquis des connaissances et des compétences.

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Mycologie médicale


- 62 -

L’habilitation est basée sur l’ancienneté, le diplôme, lamaîtrise du secteur concerné (évaluée par la présence auposte concerné, les résultats aux contrôles de qualité, lesévaluations de compétences et de connaissances, les auditsinternes et externes), l’aptitude à gérer les difficultés, lesformations réalisées (internes et externes), le programmeMYCOimage de formation continue, et les entretiens in-dividuels d’évaluation.

Il convient de signaler qu’il ne faut pas trop détailler lestâches des opérateurs, afin de rendre la grille d’habilita-tion opérationnelle et de ne pas bâtir un système trop com-plexe et ingérable dans le temps. Il ne s’agit pas de fairede la « surqualité » en habilitant des opérateurs qui ontplusieurs années d’expérience professionnelle.

La personne nouvellement affectée est supervisée du-rant trois phases (observation, tutorat actif et habilitation)qui sont tracées. Le biologiste responsable du laboratoirefixe la durée de ces phases en fonction de la nature duposte, de la qualification et de l’expérience de la personne.Le formulaire d’enregistrement est décliné en fonctiondes postes concernés. À l’issue de la période de formation,le biologiste responsable évalue la formation du nouvelembauché et décide de son habilitation. Un code utilisa-teur lui est attribué pour lui permettre l’accès individualisésur le système informatique du laboratoire (SIL).

Critères d’habilitation La grille d’habilitation a été élaborée sur la base de cri-tères objectifs, permettant de s’assurer de la maîtrise desétapes critiques de l’analyse (mise en situation, quiz, ana-lyses de dix échantillons en doublons, ou d’anciens EEQ).Les autorisations sont regroupées autour de trois niveauxd’habilitation : 3 = référent, formateur et suppléant, 2 = travail autonome, 1 = travail en routine encadré.

Technicien(ne)s Le tableau XIII présente un exemple de grille d’habili-tation des technicien(ne)s pour la mycologie. Les habilitations sont définies pour une période de 2 ans. Elles sont examinées lors des entretiens individuelsd’évaluation et sont également revues en cas d’absenceprolongée (supérieure à 6 mois). Les fonctions de référentnécessitent une habilitation de niveau 3. Le laboratoire doit définir un programme de maintiendes compétences (participation des opérateurs aux EEQ,adhésion à des e-learning, formations internes ou externes,quiz, etc.).

Biologistes Le tableau XIV donne un exemple de grille d’habilita-tion des biologistes pour la mycologie.

* Articles L.6211-2 et L.6211-8-1 du Code de la Santé Publique.

Tableau XII - Analyse et gestion des risques : processus postanalytique.


Non-respect des délais de rendu des résultats

Résultats demandés en urgenceQualité des prélèvements

Examen direct positif

Respect de la documentation interne :C1-PR01 « Création du dossier patient sur Alysé »E2-ENR01 « Délais de rendu des résultats »Ajout automatique du suffixe « U » pour les dossiers présentant des résultats d’urgences vitalesAudits, enquête de satisfaction, indicateur qualitéSi l’examen direct est positif, il convient de traiter

Système informatique du laboratoire (SIL) Transmission des données dans le SIL Vérification périodique des connexions du SIL

et des interfaces connectées

Baisse de la qualité des soinsprodigués aux patients

Non-respect des obligationslégales en matière de rendu de résultat*

Absence ou retard de communicationdes résultats

Suivi des dossiers en cours et en fin de journéeRespect de la documentation interne : E1-ENR01« Grille des critères d’alerte »

Devoir d’informer le patient le caséchéant

Respect de la documentation interne :E1-ENR02 « Avis et interprétation en biologie médicale »

Non-respect des exigenceset besoins des utilisateurs

Transmission des résultats aux destina-taires prévus

Gestion des éditions centraliséesVérification de l’identification lors de la diffusiondes résultats en main propreAudits et enquête de satisfactionTraitement des réclamations

Absence de traçabilité des résultats communiqués par téléphone

Traçabilité du SIL en post-it dossier : date, heured’appel, nom et fonction de la personne contactée,résultats transmis et nom de l’opérateur

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- 63 -

Parmi les compétences requises pour l’exercice de lamycologie médicale, le biologiste responsable de la pail-lasse de mycologie doit particulièrement maîtriser les spécificités propres à cette discipline, en rappelant que laformation et l’expérience doivent garantir la compétence :– Préanalytique : connaissance des manifestations cli-niques associées aux infections fongiques afin d’orienterl’examen mycologique ;– Analytique : choix de la meilleure technique pour répon-dre à la demande ;– Postanalytique : connaissance des agents de mycoses per-mettant de donner un conseil adapté.

Évaluation des compétences La diffusion de l’information scientifique et techniqueest un facteur qui est essentiel au développement des pra-tiques professionnelles. Il est tout aussi important de véri-fier la bonne compréhension des dispositions techniquesqui sont prises. C’est le but de l’évaluation des compé-tences.

Cette évaluation peut être effectuée de différentes ma-nières : mise en situation, résultats obtenus aux contrôles

de qualité, observation des gestes techniques à la paillasselors d’audits, suivi des maintenances des automates, apti-tude à gérer les problèmes techniques, entretien indivi-duel, ... À côté de ces modes d’évaluation, la littératureprofessionnelle s’ouvre de plus en plus à l’utilisation decas cliniques ou de quiz (45, 65-70). En annexe, nous pro-posons un questionnaire d’évaluation des connaissancesen mycologie, qui peut être intégré au processus d’habili-tation.

Une synthèse de l’analyse et de la gestion des risquespour assurer la consolidation du processus de gestion desressources humaines est présentée dans le tableau XV.

2) Hygiène et sécurité

Les micro-organismes sont répartis en 4 groupesd’agents pathogènes en fonction de leur niveau de risque(pouvoir pathogène et mode de transmission facile del’homme à l’homme, etc.). En regard du risque biolo-gique, 4 niveaux croissants de sécurité ont été définis pourla manipulation de ces agents infectieux dans les industrieset les laboratoires de recherche, d’enseignement et de biologie médicale (N.B. Il n’existe aucun champignon de

Tableau XIII - Grille d’habilitation des techniciens pour la mycologie.

Tableau XIV - Grille d’habilitation des biologistes pour la mycologie.

Opérateur1

Opérateur2

Opérateur3

Opérateur4

Opérateur5

Opérateur6

Examen direct sans et avec préparation 3 3 2

Mise en culture des différents types de prélèvements 3 2 3 2

Lecture des milieux de culture 3 2 3

Examen microscopique après coloration 3 2 3

Identification automatisée / antifongigramme 3 2 3 2 2 2

Réalisation des contrôles qualité (CIQ, EEQ) 3 2 3

Gestion des commandes 3 2 3

Gestion des abonnements 3 2

Réception des commandes et gestion des stocks 3 2 3 2 2 2

Biologiste1

Biologiste2

Biologiste3

Biologiste4

Biologiste5

Biologiste6

Prélèvement mycologique 3 3 2 2 2 2

Identification taxonomique 3 2 3 2 2 2

Interprétation de l’antifongigramme 3 3

Stratégie de passage des contrôles qualité 3 3

Choix des meilleures techniques pour répondre à la demande 3 3

Formateur interne 3 3

Prestation de conseil 3 3

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niveau 4, qui concerne essentiellement les virus des fièvreshémorragiques).

Des exemples de champignons appartenant auxgroupes 1, 2 et 3, sont présentés dans le tableau XVI.

Pour les champignons du groupe 2, la culture doit êtremanipulée sous poste de sécurité microbiologique (PSM).Les espèces du genre Aspergillusméritent une mention par-ticulière car elles sont allergisantes, c’est pourquoi les opé-rateurs doivent être protégés de l’inhalation des spores,qui sont très volatiles, et manipuler ces agents pathogènessous PSM.

Les agents des mycoses exotiques du groupe 3 commeHistoplasma capsulatum ne sont pathogènes que sous laforme de spores. La forme levure est présente dans les tis-sus. Les cultures sur milieu de Sabouraud se présententsous forme de colonies duveteuses blanches ; le mycéliumporte de grosses spores spiculées (macroconidies) asso-ciées à de petites spores (microconidies). La forme levureprésente dans les prélèvements n’est pas infectante àmoins de se piquer au cours de la manipulation (71-72).

3) Processus supports

Ces processus ne sont pas spécifiques à la mycologie,mais leur maîtrise est indispensable pour être accrédité.

Une synthèse de l’analyse et de la gestion des risquespour assurer la consolidation des processus supports estdonnée par le tableau XVII.

V. - L’AUDIT DE MYCOLOGIE

L’audit est un instrument pivot de l’amélioration conti-nue et aussi un bon outil de management par la qualité. Ildoit apporter une réponse argumentée et informée sur laconformité des pratiques du laboratoire, par rapport auxexigences de la norme ISO 15189 et des référentiels debonnes pratiques de mycologie. L’audit de paillasse estl’occasion de vérifier si les opérateurs techniques sont expérimentés et travaillent dans les règles de l’art (travailde qualité fait avec professionnalisme en suivant les recom-mandations de bonnes pratiques) et conformément àl’état de l’art (connaissance théorique). Il permet aussi

Tableau XV - Maîtrise des points critiques liés au processus « Ressources humaines ».


Non-respect des exigences et besoins des utilisateurs

Rendu de résultats inexacts, allongement des délais

de rendu

Manque de personnel

Définition de l’effectif minimumMise en place des plannings en fonction des compé-tences nécessairesFiches de poste par site

Maintien et suivi des compétences

Mise en place d’une grille d’habilitation par fonctionet par siteG1-ENR17 « Grille d'habilitation secrétaire-coursier-agent d'entretien »G1-ENR19 « Grille d'habilitation techniciens »G1-ENR20 « Grille d'habilitation biologistes »G1-ENR21 « Grille d'habilitation Cellule qualité »Suivi du maintien des habilitations lors des entretiensindividuelsQuestionnaires de compétences/connaissances pourassurer l’évaluation continue de l’ensemble des acteursdu laboratoireRevue de contrat annuelle avec les établissements de soinDéfinition des suppléances aux fonctions clés

Mise en œuvre, développement de nouvelles compétences (intégration, changement deposte, de fonction)

Respect de la documentation interne :G1-INS02 « Intégration d'une nouvelle secrétaire »G1-INS03 « Intégration d'un nouveau technicien »G1-INS05 « Intégration d'un nouvel agent d'entretien »G1-INS06 « Intégration d’un nouveau biologiste »Fiches de formation/habilitation du personnel : G2-ENR02 « Grille de suivi formation/habilitation »

Formation inefficace et/ou insuffisante Gestion des formations

G2-ENR03 « Évaluation des formations à chaud et àfroid »G2-ENR01 « Politique annuelle de formation définieen revue de direction »Indicateur annuel d’efficacité des formations interneset externes, évalué en revue de direction

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Tableau XVI - Classification selon le niveau de risque biologique.

Tableau XVII - Maîtrise des points critiques liés au processus support.

Groupes Exemples Définition

Groupe 1 Aspergillus niger, Penicillium camenbertii

Comprend les agents biologiques non susceptibles de provoquerune maladie chez l’homme.

Groupe 2

Candida albicans, Candida tropicalis,Epidermophyton floccosum, Trichophyton spp,Microsporum spp,Aspergillus flavus

Comprend les agents biologiques pouvant entraîner une maladiechez l’homme et constituer un danger pour les personnes encontact avec ces agents ; leur propagation à la collectivité est peuprobable ; il existe une prophylaxie et/ou un traitement efficace.

Groupe 3

Histoplasma capsulatum Blastomyces dermatitidis Cladophialophora bantiana Paracoccidiodes brasilensis Coccidioides immitis

Comprend les agents biologiques pouvant entraîner une maladiegrave chez l’homme et constituer un danger sérieux pour les personnes en contact avec ces agents ; la propagation de cesagents à la collectivité est possible, mais il existe généralementune prophylaxie ou un traitement efficace.

ProcessusIdentification des risques

Identification des points critiques

Conduite à tenir pour la maîtrise

Gestion du système d’information

Non-respect des obliga-tions légales (confiden-tialité, protection desdonnées)

Protections des locaux et dessystèmes informatisés Perte des données

Accès limité aux locaux informatiques et archives Accès sécurisé aux applications et logicielsinformatiques Antivirus, Firewall Engagement de confidentialité Définition des durées d’archivage Protocole de sauvegarde automatisée avecexternalisation Tests de restauration des données

Allongement des délaisde rendu des résultats,rendu de résultat inexact

Panne bloquante du systèmeinformatique Fonctionnement des inter-faces informatiques Intégrité des données trans-mises aux prescripteurs

Respect des procédures internes en cas depanne informatique Traçabilité des interventions sur le systèmeinformatique Vérification des connexions automates-Middleware-SIL Convention de preuve avec les prescripteurs(comptes rendus papier, fax, Hprim…)

Gestion des achats et des stocks

Allongement des délais de rendu des résultats,augmentation des coûtsPerte d’efficience

Rupture de stock Compétences des fournis-seurs Réception des commandes Définition des besoins

Gestion informatisée des stocks (quantité,péremption)Évaluation annuelle des fournisseurs Respect des procédures internes (vérifica-tion des livraisons, traçabilité) Critères d’achat

Gestion des équipements et métrologie

Allongement des délaisde rendu des résultats,rendu de résultat inexact

Panne du matériel Étalonnage du matériel critique Entretien du matériel

Respect des procédures dégradées en cas depanne Suivi continu du programme de vérificationdes instruments de mesure Planification informatisée des maintenancesavec alertes et traçabilité Audit de la paillasse de mycologie

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d’explorer et de contrôler la véracité des données et d’éva-luer les perspectives de progrès.

Avant de déposer le dossier d’accréditation au Cofrac,il est très important de réaliser un audit à blanc, afin devérifier la conformité des pratiques par rapport aux exi-gences des référentiels. Les constatations sont toujoursplus objectives lorsque l’on a recours à un auditeur externe à la structure.

L’auditeur doit toujours prendre en compte l’intérêtdu patient.

Processus préanalytique– Quelles sont les modalités de prélèvements pour la mycologie ?– Comment procédez-vous au transport des échantillonsbiologiques et quels sont les milieux de transport utilisés ?– Quelles sont les dispositions prises pour surveiller lesconditions de transport des échantillons ?

Processus analytique– Pouvez-vous me montrer comment vous procédez pourla lecture des examens directs sans et avec préparation ?– Avez-vous une liste des milieux de culture à ensemenceren fonction des différents types de prélèvements ?– Quelle est la démarche diagnostique pour identifier unelevure ?– Quelle est la démarche diagnostique pour identifier unchampignon filamenteux ?– Quelle est votre stratégie de contrôle qualité (interne etexterne) en mycologie ?– Quelles sont les souches tests ATCC ou CIP que vous uti-lisez ?– Comment avez-vous défini les durées et les températuresd’incubation en fonction des isolats cliniques et deschampignons recherchés ?– Quelles sont les modalités de gestion des EEQ (enregis-trement, traitement comme un patient, validation,compte rendu, souchothèque, analyse des tendances) ?– Est-ce que vous connaissez les prélèvements précieux ?– Quelles dispositions avez-vous prises pour traiter lesponctions et les biopsies (durée d’incubation, milieux,broyeur, PSM) ?– Quelles sont les isolats cliniques que vous conservez ensouchothèque ?– Quels sont les indicateurs qualité ou de performanceque vous utilisez ?

Processus postanalytique– Disposez-vous d’une grille de critères d’alerte ?– Comment réalisez-vous le signalement externe ? Est-iltracé ?– Quelles sont les modalités de conservation des échan-tillons primaires ?

– Quelles sont les modalités de sous-traitance de certainsexamens (identification et antifongigramme des souchesdifficiles, transmissions au CNR des mycoses invasives etantifongiques) ?

Processus supports– Quelles dispositions avez-vous prises pour assurer le rac-cordement métrologique : périodicité ? Avez-vous définides critères ou des évènements qui impliqueraient unemodification de cette périodicité ?– Le laboratoire dispose-t-il d’un programme de formation(interne et externe) concernant la mycologie ? Ce pro-gramme est-il suivi et évalué ?– Comment vous assurez-vous de la maîtrise du SIL (véri-fications des interfaces entre les systèmes informatiquesconnectés) ?– Quelles sont les modalités d’habilitation et de suivi descompétences des opérateurs ?

Processus de management– Quelles dispositions avez-vous prises pour assurer uneveille électronique ?– Utilisez-vous des sites internet d’e-learning (e-MYCO-image, Bio Qualité) ?– Quelles dispositions avez-vous prises pour vous assurerde la maîtrise de votre portée flexible standard de typeA ou de votre portée flexible étendue de type B ?

VI. - DISCUSSION

Le processus d’accréditation n’est pas figé. Les disposi-tions de travail sont susceptibles d’être modifiées ou com-plétées en fonction de l’état de l’art et de l’évolution de laNABM, mais aussi dans une logique de contrôle des coûts.La démarche qualité est structurante, car elle met en évi-dence autant les lacunes que les nouvelles orientationspour une harmonisation concertée des pratiques.

L’analyse et l’interprétation de l’information issue dela recherche documentaire, de même que les échangesavec les autres biologistes, permettent de dégager un certain nombre de constats pour orienter les décisions etorganiser les activités d’analyses mycologiques.

En ce qui concerne le processus préanalytique, la prisede renseignements cliniques est un élément clé pourorienter les recherches et faciliter l’interprétation des exa-mens. Il faut s’assurer que les performances analytiquesrépondent bien aux besoins des clients et aux exigencesdes référentiels. Une analyse des risques potentiels permetde cibler les points critiques et de consolider ainsi la fiabi-lité des analyses et la fidélité des méthodes. L’élaborationdes dossiers de vérification des performances permet deconclure sur l’aptitude du processus analytique à isoler etidentifier les souches pathogènes. L’approche méthodo-logique prouve que les performances analytiques répon-dent donc aux besoins des clients et aux exigences desréférentiels.

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Cependant, si l’interprétation des résultats est aisée enprésence d’une croissance fongique, elle est délicate enl’absence de culture et en fonction du contexte clinique(immunodépression, mycose invasive). Il y a alors lieud’utiliser d’autres outils diagnostiques. Lorsqu’il est impos-sible de mettre en évidence le champignon lui-même, lessérologies fongiques sont des méthodes complémentairestrès utiles : cryptococcose (antigène circulant), candidosessystémiques (anticorps, antigène circulant), aspergilloses(anticorps, antigène circulant), etc. Le diagnostic des as-pergilloses invasives et des fongémies à levures a été amé-lioré par le développement de biomarqueurs basés sur ladétection de l’ADN ou celle d’antigènes (galactomannaneet b (1-3)-D-glucane).

VII. - CONCLUSION

Accréditer la paillasse de mycologie nécessite de conso-lider les processus de réalisation en s’appuyant sur uneanalyse des risques et sur les recommandations de bonnespratiques. Si on dresse le bilan de la démarche d’accrédi-tation, on constate qu’elle permet aussi de réactualiser lespratiques professionnelles par la prise en compte des ré-férentiels et de leur adaptation au sein du laboratoire. Lesdéveloppements obtenus peuvent toucher tous les aspectsde la discipline, de l’achat de nouveaux matériels (curettesde prélèvements, lampe de Wood, milieux de culture,

étuves, livres de mycologie, souches ATCC, etc.), jusqu’àl’intégration de commentaires circonstanciés dans lescomptes rendus de résultats.

L’engagement qualité assure aussi, le cas échéant, uneréorganisation de la paillasse en conformité avec l’état del’art conduisant à une optimisation des pratiques tech-niques et des gains de productivité. Cette problématiqueest un thème fédérateur aussi bien pour les techniciensque pour les biologistes. Il en résulte une meilleure priseen charge des patients aussi bien diagnostique que théra-peutique.

Finalement, l’accréditation permet de redécouvrir leschoses, de façon plus précise, plus pratique et donc pluspragmatique. À vous de vous engager.

Remerciements Les auteurs remercient Kim Tang (Vitry-le-François),Patrice Laudat (Tours), Jean-Michel Garnier (Reims),Jean-Pierre Bouilloux (Rodez), Pierre-Olivier Bazin (Beau-voisin), Florian Scherrer (Roussillon), Catherine Kauffmann-Lacroix (Poitiers), Nicolas Chatelain (Valenciennes),Pascal Dumur (Bar-le-Duc), Jean-François Carod (Saint-Claude) et Luc Essemilaire (Condom) pour la lecture critique de ce travail.

Conflit d’intérêt : aucun.

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1. Pour les espèces fongiques à pousse rapide, il est préfé-rable d’ensemencer un milieu de culture en boîte dePétri : q vrai / q faux

2. Pour les champignons filamenteux, il est préférabled’ensemencer un milieu de culture avec une gélose enpente :q vrai / q faux

3. En mycologie médicale, les groupes de micromycètessuivants peuvent être rencontrés (cochez la ou les réponses exactes) :q A. Les levuresq B. Les dermatophytesq C. Les opportunistes filamenteuxq D. Les champignons dimorphiques

4.Un champignon dimorphique se présente sous formede levure dans les tissus et sous forme filamenteuse enculture : q vrai / q faux

5. Pour les champignons dimorphiques, la forme la plussusceptible de produire des aérosols est (cochez la réponse exacte) :q A. La forme levureq B. La forme filamenteuse

6. L’histoplasmose est une infection due à un champignondimorphique : q vrai / q faux

7. La conidiogénèse correspond à la formation de sporesexternes ou conidies : q vrai / q faux

8.Une blastospore est une spore constituée lors du bour-geonnement d’une levure : q vrai / q faux

9. Le test de blastèse ou de filamentation dans le sérum(cochez la ou les réponses exactes) :q A. Est spécifique de Candida albicans dans 95 % des casq B. Est spécifique de Candida albicans dans 100 % des casq C. Produit des tubes germinatifs en 3 heures à 37 °Cq D. Produit des tubes germinatifs à base non étrangléeq E. Produit du pseudomycélium à base étranglée

10. Le pseudomycélium est un ensemble de cellules allon-gées qui ne sont pas séparées par des cloisons : � q vrai / q faux

11. Les phialospores sont des spores formées à partir d’unsac (phialide) chez les champignons filamenteux desgenres (cochez la ou les réponses exactes) :q A. Aspergillusq B. Penicillium

12. Les chlamydospores sont (cochez la ou les réponsesexactes) :q A. Des spores terminales ou latérales rondes ou

ovalesq B. Obtenues sur PCB et RATq C. Caractéristiques de l’espèce Candida albicansq D. Caractéristiques du genre Candida

13. Les spores de dermatophytes sont appelées aleuries : �q vrai / q faux

14. Les conidies sont formées au sommet des phialidespour les genres suivants (cochez la ou les réponsesexactes) :q A. Penicilliumq B. Aspergillusq C. Fusariumq D. Acremonium

15. Candida tropicalis présente une sensibilité diminuée(cochez la ou les réponses exactes) :q A. Aux azolésq B. À la 5-flucytosine

16. Pour Candida tropicalis (cochez la ou les réponsesexactes) :q A. La culture est inhibée par l’actidioneq B. On note l’absence de chlamydiospore sur milieu

RAT ou PCBq C. Le test de filamentation en sérum est négatifq D. Le tétrazolium est réduit (coloration rouge à

violet)

17. Le milieu urée-indole permet de différentier la variétéduveteuse de Trichophyton rubrum de T. mentagrophytesvar. interdigitale : � q vrai / q faux

18. Le cycloheximide (Actidione®) inhibe la croissancedes champignons saprophytes comme Fusarium et As-pergillus et celle de certaines espèces du genre Candida :q vrai / q faux

19. À l’examen direct, la présence de filaments mycéliensest en faveur de la pathogénicité du champignon : � q vrai / q faux

ANNEXE : QUIZ

AC

CR

ÉDIT

ATI


Mycologie médicale


- 70 -

20.Quel est le milieu de culture le mieux adapté pourl’isolement des levures (cochez la réponse exacte) : q A. Milieu de Sabouraud additionné de chloramphé-

nicol et/ou de gentamicineq B. Milieu de Sabouraudq C. Milieu de Sabouraud additionné de chloramphé-

nicol et d’Actidione®

21. Le cycloheximide (Actidione®) peut-il inhiber lapousse de certaines espèces de champignons telles que(cochez la ou les réponses exactes) :q A. Candida glabrataq B. Candida parapsilosisq C. Candida tropicalisq D. Candida famataq E. Fusarium spp.q F. Aspergillus spp.

22. La seule présence de Candida au niveau de la mu-queuse buccale ou digestive autorise-t-elle à affirmerson rôle pathogène :q vrai / q faux

23. Pour les prélèvements des onychomycoses, quelle estla fenêtre thérapeutique (cochez la ou les réponsesexactes) :q A. 2 à 3 mois après un traitement systémique ou un

traitement local par un vernis ou une solution filmogène

q B. 15 jours après un traitement local par une crèmeantifongique

Réponses: 1. vrai ; 2. vrai ; 3. A, B, C, D ; 4. vrai ; 5. B ; 6. vrai ; 7. vrai ; 8. vrai ; 9. A, C ; 10. vrai ; 11. A, B ; 12. A, B, C ; 13. vrai ; 14. A, B, C, D ; 15. A, B ; 16. A, B, C, D ; 17. vrai ; 18. vrai ; 19. vrai ; 20. A ; 21. A, B, C, D, E, F ; 22. faux ; 23. A, B.

AC

CR

ÉDIT

ATI
