ValentinDemets

Manueld'utilisationdesoutilsdédiésautraitementdesdonnéesissuesduProtocoledeSuiviDendrométrique

desRéservesForestières-PSDRF-

Version1.0-11/2016

TabledesmatièresIntroduction.......................................................................................................................................4

1. Installation..................................................................................................................................5

1.1. Installationdeslogiciels....................................................................................................5

1.1.1. Premièreétape:InstallationdulogicielR..................................................................5

1.1.2. Deuxièmeétape:installationdulogicielRStudio......................................................5

1.1.3. Spécificitéwindows:installationdeRtoolsetdeMiKTeX.........................................5

1.2. ParamètragedulogicielRStudio.......................................................................................7

1.2.1. Réglagedesparamètresgénéraux.............................................................................7

1.2.2. PrésentationdeRStudio.............................................................................................8

1.2.3. Installationd’unpackageR.........................................................................................9

2. Organisationdelabasededonnées........................................................................................11

2.1. Définitiondurépertoiredetravail..................................................................................11

2.2. LedossierData.................................................................................................................11

2.3. LedossierImages.............................................................................................................12

2.4. LedossierTables..............................................................................................................12

2.5. LedossierTemplate.........................................................................................................12

2.6. LedossierOut..................................................................................................................13

3. Utilisationdesoutils.................................................................................................................14

3.1. Traitementdesdonnéesd'inventaire:utilisationdupackagePermPSDRF..................14

3.1.1. Présentation.............................................................................................................14

3.1.2. Etapepréparatoire:RStudio-psdrf_Load-installationdespackagesnécessaires.14

3.1.3. Fonctionssansinterface...........................................................................................15

3.1.4. TraitementdesdonnéesduPSDRF..........................................................................19

3.2. Editionautomatiquedesdocumentsdesynthèse.........................................................24

Annexes............................................................................................................................................26

Introduction

LeProtocoledeSuiviDendrométriquedesRéservesForestières(PSDRF)aétéformaliséparAgroParisTech-ENGREF en partenariat avec l’Office National des Forêts (ONF), RéservesNaturellesdeFrance(RNF),l’InstitutNationaldeRechercheenSciencesetTechnologiespourl’Environnement et l’Agriculture (IRSTEA) et l’Institut Géographique National (IGN), surfinancements du ministère de l’environnement en 2005. Il a pour finalité de décrire lespeuplements protégés par les réserves forestières (réserves naturelles et biologiques) demanièrerobusteetharmonisée.Avecl'évolutiondesbesoinsdesgestionnairesdesréserveset lamontéeenpuissancede ceprotocole, lePSDRFaétéadaptéauxmilieuxalluviauxàtravers une déclinaison du protocole originel : le module alluvial. Dans ce qui suit, nousutiliseronsletermePSDRFpourdésigneraussileprotocoleinitialetsonmodulealluvial.Jusqu’alors,lesdonnéesrécoltéessurlesdispositifsfaisaientl’objetd’untraitementsimple,transmis au gestionnaire pour une valorisation locale, via des macro-commandes Excel,élaborées dès le démarrage du PSDRF en 2005. Depuis fin 2014, une nouvelle chaîne detraitementaétéconsolidée.Lanouvelleorganisationdesdonnéesetmétadonnéesapourprincipal objectif d’assurer un traitement fiable et de faciliter l’édition automatisée derapportsd’analyse.Cedocumentconstitueunmanueld'utilisationdesoutilsinformatiquesdédiésautraitementduPSDRFetdéveloppéssurlelogicielRStudio.Ildoitassureràtoutnouvelopérateurlabonnepriseenmainde cesoutils. Il sera scindéenplusieurspartiespourdétailler pas àpas lesdifférentes étapes d'installation des logiciels informatiques, d'utilisation des outils detraitementetd'éditiondesdocumentsd'analyseautomatisés.

1. Installation

1.1. InstallationdeslogicielsL’utilisation des outils informatiques dédiés au PSDRF nécessite l’installation de plusieurslogiciels. Leur installation ne sera possible qu’à condition de disposer des droitsadministrateursetbiensûrd’uneconnexioninternet.

1.1.1. Premièreétape:InstallationdulogicielRLe logicielRconstitue lesupportdebaseduprogrammedetraitementdesdonnées.C’estavec le langage informatiqueutilisédans ce logicielqu'ontétédéveloppés l’ensembledesoutilsdetraitementprésentésici.LelogicielResttéléchargeableàl’adresse:https://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN/Unefoisletéléchargementterminé,ilsuffitd’installerlelogicieldefaçonclassique.

1.1.2. Deuxièmeétape:installationdulogicielRStudioLelogicielRStudiosertd’interfaceaulogicielR.Ilpermetdefaciliterl’utilisationdesdifférentsscriptsconstitutifsdesoutilsdetraitement.C’estàpartirdece logicielqueseront lancéestoutes les commandes ou requêtes relatives à l’utilisation des outils du PSDRF. Ellesprésententl’avantaged’êtrebeaucoupplusaccessiblesd’utilisationquecellesdulogicielR.LelogicelRStudioesttéléchargeableàl’adresse:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download3/Unefoisletéléchargementterminé,ilsuffitd’installerlelogicielselonlaprocédureclassique.

1.1.3. Spécificitéwindows:installationdeRtoolsetdeMiKTeXSousWindows,lelogicielRtoolsestindispensableàlabonneexécutiondecertainesfonctions,etenparticuliercellespermettantd’éditerdesfichiersauformatExcel(".xlsx")quipermettentd’obtenirdesrésultatsd’analysedesinventairessouslaformedeclasseursexcel.De lamêmefaçon, l’éditiondedocumentsPDF(rapportsd’analyseautomatique, fichesderemesures,plandesarbresparplacettes,…)nécessitel’installationd’unéditeurLaTeX.SousWindows,lelogicielMikTeXestrecommandé.

• InstallationdeRtools-2méthodes:

a/ViaRstudio:- Installer (dans l’ordre) lespackagesXMLpuis installr (voir leparagraphe Installationd’unpackageR).Charger le package installr : la commande à exécuter dans la console de R est"library(installr)".- Lancer la fonction install.rtools (commande = install.rtools()) pour télécharger Rtools(danslafenêtredecommandesquiapparaîtchoisirlaversioncorrespondantàvotreversiondeR)etcommencersoninstallation.b/TéléchargerleprogrammeRtoolsàlapage:http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

(ChoisirlaversioncorrespondantàvotreversiondeR.LenuméroestindiquéaudémarragedeR).Une fois le téléchargementachevé, lancer l’installationdeRtools. La fenêtred’installations’ouvre (Intitulée : Bienvenue dans l’assistant d’installation de Rtools). Cliquer sur suivantjusqu’à arriver à la fenêtre d’installation intitulée "Tâches supplémentaires". Cocher lapremièrecase(cfimprim'écranci-dessous).N.B : Cette étapemet à jour la liste des chemins d’accès (PATH) : elle est indispensable à

l’utilisation de fonctions de R présentes dans certains packages et permettant d'éditer lesclasseursExcelderésultats(fonctionsaveWorkbookdupackageopenxlsx).

Terminerensuitel’installationdeRtools.

• InstallationdeMiKTeX:

TéléchargerMiKTeXàl’adressesuivante:http://miktex.org/downloadLancerl’installationdeMiKTeXselonlaprocédureclassique.Unefoisl'installationterminée,ilestrecommandéderedémarrerl'ordinateur.Ilestàprésentpossibled'éditerdesdocumentsautomatiques(formatpdf)viaRStudio.Rqe:SousWindows,lorsdelapremièreutilisationdeLaTeX(éditiondupremierdocument.pdf),uncertainnombred’élémentsmanquantsdeMiKTeKsontàinstaller.Validerencasdenotification.

1.2. ParamètragedulogicielRStudioAcetteétape,lesdifférentslogicielsnécessairesàl'utilisationdesoutilsdédiésauPSDRFontétéinstallés.OnpeutàprésentlancerlelogicielRStudioetprocéderauréglagedesprincipauxparamètres.

1.2.1. RéglagedesparamètresgénérauxEffectuerlesréglagessuivantsdanslesparamètresdeRStudio(voirfiguresci-dessous):Allerdanslemenu«Tools»puis«GlobalOptions».• Dans la partie "Code" onglet "Saving", choisir

"UTF-8" comme système d’encodage descaractèresspéciaux.

• Dans la partie "Packages", choisir un des sites

internetpour télécharger lespackagesR.LesiteduCNRSdeLyon("France(Lyon2)[https]-CNRSIBCP,Lyon")estrecommandé.

• Danslapartie"Sweave"réglerlesoptionsØ WeaveRnwfilesusing:knitrØ TypesetLaTexintoPDFusing:pdfLaTex

1.2.2. PrésentationdeRStudioLafenêtredeRStudiosedécomposeen4parties

• lafenêtreenhautàgauchepermetd’ouvriretdevisualiserlesdifférentsscripts

delachaînedetraitement.• lafenêtreenhautàdroitepermetd’afficherlesdifférentsobjetsRcréés.Un

objetpeutêtrededifférentesnatures.Ondistingueglobalementlestableaux(data.frame,matrix),lesvecteurs(chaînesdecaractères,listedenombres,listedenoms,…)etlesfonctions.

• lafenêtreenbasàgaucheestuneconsoledecommandes.ElleestutiliséepourtaperetexécutermanuellementdeslignesdecodeR.

• lafenêtreenbasàdroiteestcomposéede5onglets:Files,Plots,Packages,Help,Viewer.NousnousintéresseronsicienparticulierauxongletsPackagesetHelpquipermettentrespectivementd’installeroudesupprimerdespackagesR,etdeconsulterl’aidefourniesurlesfonctionsprésentesdansunpackage.

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1.2.3. Installationd’unpackageRUn package est une extension du logiciel R qui permet d’ajouter de nouvelles fonctions.L'ensembledelachaînedetraitementdesdonnéesissuesduPSDRFfigured'ailleursdanslepackage"PermPSDRF",développéparl'associationdesRéservesNaturellesdeFrance(RNF).Néanmoinsl'utilisationdecepackageetdesoutilsqu'ilcontientestconditionnéepard'autrespackagesRStudiohomologués.L'installationdespackagesdoitdoncêtreuneopérationdebasemaîtriséeparlesopérateursenchargedutraitementdedonnées.N.B:Asoninstallation,lelogicielR(etdoncégalementRStudio)contientuncertainnombre

depackagesdebase.LalistedetouslespackagesRexistantsestsurlesiteinternetduCRAN

(ComprehensiveRArchiveNetwork).

L'installationdepackagesRhomologuésnécessiteuneconnexioninternet.Ilestdoncnécessairedes'assureraupréalablequel'ondisposed'unaccèssuffisant.- C’estgénéralementlecaspouruneconnexioninternetpersonnelle.- Sivouspassezparleréseaudevotreentreprise,ilestpossiblequel’accèsinternetaitété

limité.Danscecas,veillezàvousaccorderlesdroitsnécessairespourl'installationdespackages.

Unefoislesproblèmesd’accèsinternetrésolus,onpeutréaliserlamanipulationnécessaireàl’installationdespackages.Pourcela,danslafenêtreenbasàdroitedeRStudio,allerdansl’ongletPackages.Cliquersur«Install».Danslafenêtrequiapparaît(voirci-dessous),2choixfigurentdanslalistedéroulanteduchamp"Installfrom":• Installationd'unpackageRhomologué:sile

package à installer est directementtéléchargeablesurleCRAN(ComprehensiveRArchiveNetwork),choisir"Repository(CRAN)".Achaquedemanded'installationdepackage,lelogicielpourrarécupérerlepackagedansledépôt(repository)définidans lesparamètresgénéraux (dépôt "France (Lyon 2) [https] -CNRS IBCP, Lyon" recommandé). Dans lafenêtre « Packages (separate multiple withspaceorcomma)»,entrerlenomdespackagesàinstaller.Unesaisiesemi-automatiquepermetde sélectionnerplus rapidement lenomdespackages, sauf si les connexionsinternetsontlimitéesparunproxy(casdel’ONF).

• Installationd'unpackageRnonhomologué:

silepackagen'estpasdisponiblesurleCRAN(cas du package PermPSDRF) mais estenregistré directement sur le disque dur,choisir "PackageArchive File (.tgz ; .tar.gz)".Cefaisant,unefenêtredenavigateurs'ouvrepour sélectionner le package (présent enlocal)àinstaller.Ilseprésentesouslaformed'unearchivedontl'extensionest".tar.gz".

L’installation des logiciels et extensions nécessaires à l’utilisation du programme detraitementdesdonnéesPSDRFest à présent terminée.Onpeut àprésent sepencher surl’organisationdelabasedesdonnées.

2. Organisationdelabasededonnées

Avantdepouvoirutiliserleprogrammedetraitementdesdonnéesd’inventaireduPSDRF,ilestnécessairederécupéreruncertainnombredefichiersetdelesorganiserselonunordreplusoumoinsstrict.Cesfichierssontcontenusdans4dossiers,eux-mêmescontenusdansunrépertoireuniqueconstituantlesupportdutraitementdedonnées:c'estlerépertoiredetravail.

2.1. DéfinitiondurépertoiredetravailLe répertoire de travail peut être renommé àsouhait, à condition d'éviter les espaces et lesaccents (pour des questions de cheminemententrelesnomsdefichiers).Il contient4dossiersquipeuventmanipulésetcomplétés par l'opérateur, à condition detoujoursrespecterlahiérarchiedebase.

2.2. LedossierDataLe dossier Data est destiné à contenir lesdonnéesd’inventaire(classeursExceletfichiersde localisationdesplacettes). Il doitégalementcontenir les informations gérées parl'administrateur qui interviennent dans letraitementdesdonnées(classeurpsdrfListes).L'organisationdesfichiersàl'intérieurdudossierData est libre. On recommande malgré toutl'organisationsuivanteavec2sous-dossiers:• LedossierExcel,contenant:

Ø le classeur "psdrfListes.xlsx" danslequel figurent les éléments decodification (bois mort,dendromicrohabitats, …) et lesinformations administratives desdispositifsPSDRF(Communes,annéesd’inventaire,opérateurs,…).

Ø le dossier "Inventaires" contenant le(s) classeur(s) d’inventaire dans le(s)quel(s)figure(nt)lesdifférentsrelevéseffectuéssurleterrain.

• LedossierSIG,contenant:Ø ledossier"Placettes"danslequelsfigurentlesfichiersdelocalisationdesplacettes

d'inventaire.Ø le dossier "Perimetres" dans lequel figurent les fichiers de localisation des

périmètresdudispositif.

2.3. LedossierImagesLe dossier Images ne doit pas être modifié. Ilcontientdeslogosetdesphotos(voirci-contre)utilisés pour l’édition de différents rapportsd'analyse.

2.4. LedossierTablesLe dossier Tables ne doit pas être modifié. Ilcontient de base un ensemble d’archives R(extension de fichier ".rda") contenant desdonnées nécessaires à certaines phases de lavalorisationduPSDRF.C’est également dans ce dossier que serontstockées,souslaformed’archives(extensiondefichier".Rdata")lesdifférentestablesproduitesau cours du traitement (résultats par arbres,placettes ouensembles). Cesnouvelles archivessont automatiquement enregistrées dans cedossier au fur et àmesure de l’avancement dutraitementdesdonnées.

2.5. LedossierTemplateLedossierTemplatenedoitpasêtremodifié.Ilcontientunensemblede fichierscontenant lesscripts nécessaires à l'édition automatique dedifférents documents PDF (rapports devérification ou d'analyse, fiches de remesure,plansdesarbresparplacettes,...).

2.6. LedossierOutCedossierestcrééautomatiquementdanslerépertoiredetravailunefoispasséuncertainstadedansletraitementdesdonnées:ilcontientl'ensembledesrésultatsdelachaînedetraitementdesdonnéesissuesduPSDRF.Pourchaquedispositiftraité,undossiersecrée,nomméd’aprèslenuméroetlenomdudispositif.

3. Utilisationdesoutils

3.1. Traitementdesdonnéesd'inventaire:utilisationdupackagePermPSDRF3.1.1. Présentation

LepackagePermPSDRFestunpackageR.Iln’estpasdisponiblesurleCRANàl’heureactuelleet doit être récupéré auprès de Nicolas Debaive (chargé de projet « forêts » à RéservesNaturellesdeFrance).Pourl'installationdupackage,sereporterauauparagrapheInstallationd’unpackageR.Le package se compose de différentes fonctions permettant chacune d'opérer unemanipulation particulière des données d'inventaire. Ce sont ces manipulations (et lescommandesnécessairesàleurexécution)quenousallonsdétaillerici.Onrappellequelalistedes fonctions du package PermPSDRF, ainsi que leur description (paramètres, commanded'exécution)estdisponiblevial'interfacedeRStudiodanslafenêtred'aide(onglet"Help"delafenêtreenbasàdroite)Onpeutdistinguerdeuxensemblesdefonctions:

• Les fonctions réalisant lesdifférentesétapesdu traitementdesdonnéesduPSDRF.Ellessontaccessiblesparlebiaisd’uneinterfacedestinéeàfaciliterleurutilisation.

• Les fonctions permettant de manipuler les données de base liées à l'inventaire(donnéesadministratives,SIG, ...).Ces fonctionsdoiventêtreappeléesdirectementdanslaconsoleRStudio(fenêtreenbasàgauche).

Danscequisuit,nousdécrironspasàpasl'utilisationdesdifférentesfonctionsdupackage.

3.1.2. Etapepréparatoire:RStudio-psdrf_Load-installationdespackagesnécessaires.

Avantdepouvoir lancer l'exécutiondesfonctionsdupackagePermPSDRF, ilestnécessaired'activeruncertainnombredepackagescomplémentaires.Cetteétapeestdétailléecommesuit:I. OuvrirlelogicielRStudioII. Danslemenu"File"->"OpenFile",ouvrirlefichier"psdrf_Load.R".Ils'agitd'unscriptRdans lequel figure la listedesélémentsnécessairesau lancementdes fonctionnalitésdupackage"PermPSDRF".Ilcontient:

A. lalistedespackagesnécessairesàl'utilisationdel'outil"PermPSDRF".B. la commande permettant d'ouvrir l'interface de traitement des données :"Interface_Traitement()"C. lacommande"repPSDRF <- choose.dir()"permettantdedéfinirlerépertoiredetravail.Unefenêtrededialogues'ouvreetpermetdechoisirlerépertoiredetravail.

N.B:Pourpouvoirallerplusloin,etpourpouvoirutiliserl'ensembledesfonctionnalitésdupackagePermPSDRF,ilestnécessairedevérifierquel'installationdespackageslistésdans le fichier "psdrf_Load.R"abienété réalisée.Cespackages sontdisponibles via leCRAN(cfleparagrapheInstallationd’unpackageR).

III. Activerlespackagesnécessairesàl'utilisationdesoutils.Pourcela,sélectionnertoutesles lignes du script "psdrf_Load.R" commençant par "library" (les lignes sélectionnéesapparaissentsurlignéesenbleu)etcliquersurlebouton .IV. Choisir lerépertoiredetravail (repPSDRF)enexécutant lacommande"repPSDRF <- choose.dir()"Une fois cette étape franchie, l'opérateur est prêt à utiliser les différentes fonctions dupackage"PermPSDRF".Nouscommenceronsparaborderlesfonctionsn'appartenantpasàlachaînedetraitementausensstrict(cffonctionsinterfaceplusbas),maisquipermettentdemettreenformelesdonnéesd'inventaireoudemettreàjourlesdonnéesadministrateurs.

3.1.3. Fonctionssansinterface1.1.1.1. Miseenformedesdonnéesd’inventaire:

Une fois la phase d’inventaire sur le terrain terminée il faut, avant de pouvoir traiter lesdonnées via l'outil PermPSDRF, mettre en forme les données. Cette mise en forme doitadopterlemodèleduclasseurdesaisiedesdonnéesPSDRF.Cetteétapepeutprendredifférentesformes,selonl’outilemployépourréaliserl’inventaire.-UtilisationdulogicielDendro2.Dans lecasoù lesrelevésontétéeffectuésavec le logicielDendro2, lamiseenformedesdonnéessefaitàpartirduclasseurd’inventairesauvegardéparl’application.Unefoisrécupéréceclasseur,lancerlafonction"psdrf_ModeleTablette(repPSDRF, template = "PermPSDRF")" dans la console de RStudio. Dans la fenêtre de dialogue qui apparaît,sélectionner le classeur d’inventaire. Une fois la fonction terminée, un nouveau classeurd’inventaireauraétémisenforme.IlsetrouvedansledossierOut/ModeleSaisie/'Nomdu

dispositif'/PermPSDRF.

N.B:enpréparationdel'utilisationdulogicielDendro2pouruneremesured'inventaire,ilestpossiblederéaliserl'opérationinverseetdemettrelesclasseursd'inventaireauformatdulogiciel.Pourcela,ilsuffitderemplacerlavaleur"PermPSDRF"par"Tablette"pourl'argumenttemplate, soitlacommande: "psdrf_ModeleTablette(repPSDRF, template = "Tablette")". -UtilisationdulogicielDendro(surTerminalDeSaisie;attentionobsolèteàpartirdejanvier2017).Initialementlesrelevésd’inventaireétaientréalisésgrâceàunterminaldesaisie(TDS)àl’aidedulogicielDendro.Cesrelevésétaientsauvegardésdansunfichierdendro.sdf.Pourpouvoirmettreenformecesdonnées,ilfautd’abordextrairedecefichierlesdifférentsfichierscsvqu’ilcontient.L'extractiondecesdonnéesestdétailléecommesuit:

1. Connecter le TDS à l'ordinateur. Dans le dossier "Appareil mobile/Mon appareilWindows Mobile/Storage Card/ONF/Dendro/Sauvegarde", récupérer le fichier"dendro.sdf".Ilcontientlesdonnéesd'inventaire.

2. TéléchargerlelogicielSDFBrowseràl'adressesuivante:3. http://download.cnet.com/SdfBrowser/3000-10254_4-75290142.html4. Lancerlelogicieletouvrirlefichierdendro.sdf.5. Double-cliquersurlepremieronglet(AMORTAUSOLINF30)6. Danslemenu«file»,choisir«generatequeries»puis«select»7. Danslemenu«file»,choisir«executequery»(ouboutondanslabarreenhaut)8. Danslemenu«file»,choisir«exportselecteddata»;pourlenomdufichier,choisir

exactementlemêmeintituléquel’onglet(AMORTAUSOLINF30)9. Répéterlesétapes4à7pourles8autresonglets10. Répéter lesétapes3à8pourtous lesfichiersdendro.sdfdonttudisposes(égalau

nombredeTDSutilisés)Cetteétapefranchie,ilsuffitdelancerlafonction"psdrf_Csv2Xls()"danslaconsoleRStudio.Au lancement de la fonction, une fenêtre de dialogue apparaît dans laquelle il fautsélectionnerledossiercontenantlescsvdudossier.sdf.N.B :pourunmêmedispositif, ilpeutyavoirplusieurs fichiers .sdf.Cesdifférents fichierspeuventêtrecompilésaucoursdecetteopération.Ilsuffitpourcela,desélectionneraufuretàmesurelesdifférentsdossierscontenantlesextractionsdesdifférentsfichiers.sdf.Alafindecetteopération,unclasseurExcelcontenantlesdonnéesetrespectantlamiseenformeduclasseurmodèleestéditédansledernierdossiercontenantdes.csvsélectionné.-Utilisationdefichesderelevéspapier.Si lesrelevésontétéeffectuésavecdesfichespapier, ilsuffitdesaisir lesdonnéesdanslefichierd’inventairemodèle,disponibleauprèsdeNicolasDebaive.

1.1.1.2. MiseàjourdesdonnéesSIG:shapedesplacettesetdespérimètresPour parvenir à exploiter au maximum les possibilités de traitement qu’offre le packagePermPSDRF,ilconvientdedisposerdesdonnéesdelocalisationdudispositif:périmètredudispositifetlocalisationdesplacettes(formatshapefileESRI).Lesystèmedeprojectionutilisén'a pas d'importance (mais doit être clairement défini). Les résultats seront reprojetés enLambert93(EPSG:2154).CesdonnéesSIGdoiventêtrecontenuesdansledossierData/SIG/Vecteurs.

Pouruneanalyseàgrandeéchelle(plusieursdispositifs)ouunemiseàjourdel’ongletSuividuclasseuradministrateur,lesdonnéesdelocalisationdesplacettesdesdifférentsdispositifspeuventêtrecompiléesgrâceàlafonctionpsdrf_RewriteShape().Unefoislacommandepsdrf_RewriteShape(repPSDRF)(avecrepPSDRFlerépertoiredetravail)inscritedanslaconsoleRStudio,sélectionnerlesdifférentsshapesdeplacettesàfusionner.Attentioncesshapesdoiventauminimumcontenirleschamps"NumDisp"et"NumPlac".Sid'autreschampsfigurentdanslatableattributaire,ilsn'apparaîtrontpasdansleshapedesrésultats.Commepourlesdonnéesdeplacettes,ilestégalementpossibledefusionnerlespérimètresdesdispositifsenutilisantlamêmefonction.Seullechamp"NumDisp"estobligatoire.

1.1.1.3. SuividesdonnéesLa fonction "psdrf_EditSuivi()" permet de mettre à jour les informations de suivi desdispositifsPSDRF.Si l'ensembledesdonnées relevéessur le terrainest contenudans lesdifférentsclasseursd'inventaire, lesdonnéesd'ordreplusgénéral(contacts,annéedemiseenplace,statutdeprotection de l'espace forestier, ...) sont contenues dans un classeur administrateur"psdrfListes.xlsx".Eneffet,comptetenudelatailledelabasededonnéesduPSDRF,ilestapparunécessairedepouvoircentraliserlesinformationsdesdifférentsdispositifsafind'enassurerlesuivi.C'estlerôledelafeuille"Suivi"duclasseur"psdrfListes.xlsx".Lafonction"psdrf_EditSuivi()"estutiliséepourmettreà jour les informationscontenuesdanscettefeuille(commande:"psdrf_EditSuivi(repPSDRF)" avec repPSDRFlerépertoiredetravail). Elle génère dans le dossier Data/Excel un classeur excel ("EditSuivi.xlsx") construitautomatiquementàpartirdesinformationscontenuesdanslabasePSDRFetdansleclasseurdesuividesformationsPSDRF(Classeur"Formation.xlsx").Unefoisleclasseurédité,ilsuffitderemplacerlafeuilleSuividuclasseur"psdrfListes.xlsx"parcellecontenudansleclasseur"EditSuivi.xlsx".

1.1.1.4. Fonctiond’extractiondesdonnéesPSDRFPourextrairelesdonnéesdelabasePSDRF,taperlacommandesuivante:"psdrf_Extract(repPSDRF)"repPSDRF est le répertoire detravail.Une fenêtre apparaît, danslaquelle il est possible desélectionner directement (ci-contre)ou

via un filtre personnalisé (ci-contre) les données àextraire. Par exemple, pour choisir manuellementd'extraire les informations relatives à plusieursdispositifs,choisir«estélémentde»dans le filtrepersonnaliséettaperlalistedesvaleursàextraire,séparéesparunevirgule.Lafonctioncréeunearchive"Extraction_Base.RData"dansledossierTables.

3.1.4. TraitementdesdonnéesduPSDRF

Onrappelleiciquelesdonnéesd'inventairenepeuventêtretraitéessansavoirétéintégréesdansl'undesmodèlesdesaisie(PSDRFouPSDRFModuleAlluvial).Pourcommencer,ouvrirlefichier"psdrf_Load.R"etlancerlescriptenentier.CelapermetderendreactifslaplupartdespackagesRnécessairesautraitementdedonnéesetd'accéderàl'interfacevialafonction"Interface_Traitement()".Letraitementdesdonnéescomporteplusieursétapes.Commeonpeutleconstaterenlistantles fonctions du package PermPSDRF, chaque étape est assurée par une ou plusieursfonctions.Avecl’utilisationd’uneinterface, iln’estcependantpasnécessaired’appelercesfonctionsvialaconsoleR.Onpeutinteragirdirectementavecl’interface.L’utilisationdecetteinterfaceestdétailléeci-après.

1.Choixdurépertoiredetravail.Ils’agitdurépertoirecontenantlesdonnéesàtraiter.(voirrepPSDRFplushaut)2. Importationdesdonnéesd’inventaire. contenuesdansundossierunique. Lenomdecedossier(nommé"Inventaires"jusqu’ici)n’estpasprédéfini.Ledossierpeutcontenirplusieursfichiers d’inventaire, chacun correspondant à un dispositif (tous cycles confondus).L’importationdesdonnéesutiliselafonctionpsdrf_Xls2Rdata().Cliquersur"Importer"pourlancerl’importationdesdonnées.Unmessagedeconfirmationapparaîtàlafindel’opération.UnearchiveR"psdrfDonneesBrutes.RData"contenant lesdonnées importées,estarchivéedansledossierTables.

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3.Importationdesdonnéesadministrateurs.Choisirlefichier"psdrfListes.xlsx"contenantlesdonnées administrateurs et importer les données en cliquant sur le bouton importer.L’importationdesdonnéesadministrateursutilise la fonctionpsdrf_Codes().UnearchiveR"psdrfCodes.RData"contenantlesdonnéesimportées,estarchivéedansledossierTables.4.Vérificationdesdonnées.CliquersurVérificationdesdonnéespouréditerunrapportdevérification des erreurs au format PDF (édité dans le dossier Out/’répertoire dudispositif’/Verif).Uneboîtededialoguepermettantdesélectionnerlesdispositifsàvérifierapparaît(cesdispositifssontlesmêmesqueceuximportésen3).5.OpérationdecalculdesvariablesN,G,V,…Utiliselafonctionpsdrf_Calculs()dupackage.Cliquerpourlancerl'opération.Uneboîtededialogueapparaît,danslaquelleilestdemandédechoisir lesdispositifspour lesquels il faut lancer l'analyse.Unmessagedeconfirmationapparaîtàlafindel'étapedecalcul.UnearchiveR"psdrfTablesBrutes.RData"contenantlesdonnéesaveclesvariablescalculéespararbre,estarchivéedansledossierTables.6. Agrégation des résultats par

placettes. Utilise la fonctionpsdrf_AgregArbres() et les résultatsdel’opérationprécédente.Aprèsavoircliqué sur "Exécuter", une nouvellefenêtre de dialogue s’ouvre, danslaquelle l’opérateur choisit lesdifférentes caractéristiques qu’ilsouhaite développer à travers lesrésultatsd’agrégation(voirci-contre)Lesrésultatsparplacettessontcontenusdansl'archive"psdrfTablesElaboreesPlac.RData"dansledossierTables.

7.Agrégationdesrésultatsparensembles.Utiliselafonctionpsdrf_AgregPlacettes()etlesrésultats d’agrégations par placettes de l’opération précédente. Après avoir cliqué sur"Exécuter",unefenêtrededialogueapparaît(voirci-dessous)danslaquellel’opérateurpeutchoisirlesensemblessurlesquelsagrégerlesrésultatsfinaux.Pardéfaut,leprogrammedetraitementconsidèrel’ensemble«Dispositif».

Danslapremièreligne(sous«Ensemblesàconsidérerindividuellement(Dispositifconsidérépar défaut) »), l’opérateur peutsélectionner d’autres ensembles pourlesquels des résultats seront agrégés(parexemple,obtenirlesrésultatsparstrate).Dans ladeuxièmepartiedelafenêtre(sous la ligne«Croisementsentre lesensembles (+ par Dispositif) »,l’opérateurpeutchoisirdesensemblesqui seront croisés entre eux pourobtenir de nouveaux résultatsd’agrégation (parexempleobtenir lesrésultats par dispositif, pour chaquestrate, et selon le statut de gestion).L’archive psdrfTablesElaborees.RDatacontenantlesrésultatsparensemblesestcrééedansledossierTablesàlafindel’opération.8.Editiondesrésultatsdansuntableurexcel.Utiliselafonctionpsdrf_Tables2Xls().Selonlescaractéristiquesetlesensemblessélectionnésauxopérations6et7,uncertainnombredetablesderésultats(àl’échelledechaquedispositifetd’autresensembleséventuels)peuventêtreéditésauformatExcel.Aprèsavoircliquésur"Exécuter",unepremièrefenêtrededialogueapparaît,danslaquellel’opérateurchoisitle(s)dispositif(s)pourle(s)quel(s)éditerdesrésultats.

Ensuite, une nouvelle fenêtre dedialogue (voir ci-contre) permet dechoisir les tables à éditer parmi cellesdisponibles.

9. L'édition des résultats par placettes au format shapefile utilise la fonctionpsdrf_ShapesPlac().

Après avoir cliqué sur Editer, une fenêtre de dialogue s’ouvredanslaquellel’opérateursélectionnelefichierdelocalisationdesplacettes.

N.B.1:Pourexécuterlafonctionavecsuccès,ilfautqu'uncertainnombred'agrégationsparplacettes soient disponibles. Pour cela,relancer si nécessaire l'étape 6 et veiller àcocherlespopulationssuivantes:"Toutestigesconfondues"(parcatégoriesdeboisetparessencesregroupées),"Arbresdefranc-pied","Perches","Taillis","Boismorttotal".N.B.2:latableattributairedeceshapedoitcontenirleschampscorrespondantauxcolonnesNumDispetNumPlac.N.B.3:sileshapecontientplusieursnumérosdedispositifs,unefenêtrededialogueapparaîtpoursélectionnerle(s)dispositif(s)àconsidérer.10.Editiondurapportd’analyse.Utiliselafonctionpsdrf_EditCarnet().Aprèsavoirréaliséles5premièresétapesdutraitement,cliquersur"Exécuter"etsélectionnrledispositifdanslafenêtrededialogue.Ilestpossiblederéaliseruneanalyseclassiqueoupargroupes(ausenslarge).C'estlaraisondelafenêtrededialogueci-dessous.Unefoislechoixeffectué,lafonctionutiliselesdonnéestraitées jusqu'à l'étape 5 pour générer toutes les tables de résultats par placettes ou parensemblesnécessairesàl'éditionducarnet(figuresettableaux).

Unefoislesagrégationsdesrésultatsparplacettesetàl'échelle du dispositif terminées, sélectionner le shapede localisation desplacettes d'inventaireet du périmètre dudispositif (sidisponible) avant de

pouvoiréditerledocumentPDF.Si leshapedupérimètren'estpasdisponible,ilestpossibledecontinuerl'éditionducarnetencliquantsurnon.Leprogrammegénèrealorsunbufferautourdel'ensembledesplacettesd'inventaire.N.B:Ilestégalementpossibledechoisird'intégrerounonune évaluation de l'état de conservation de l'espaceforestierdanslecarnetd'analyse.Unefenêtrededialoguequiapparaîtlorsdel'éditionducarnetpermetdefairecechoix.Alafindel'éditionducarnet,unefenêtredeconfirmationapparaît.

11. Edition du classeur de remesure. Utilise la fonction psdrf_ClasseurRem(). Elle permetd’obtenirleclasseurdesaisiedesdonnéespourunnouveaupassageeninventaire(casoùlesrelevés sont réalisés à l’aide de fiches d’inventaire). Le nouveau classeur est créé dans ledossierOut/Remesure/Classeur.12.Editiondesfichesderelevéspouruneremesure.Utiliselafonctionpsdrf_EditFichesRem()etlesscriptsdudossierTemplate:

• "psdrf_FichesBMSsup30Rem_New.Rnw"• "psdrf_FichesRem_New.Rnw"• "psdrf_FichesRegeRem_New.Rnw"• "psdrf_FichesTransectRem_New.Rnw"

Une fois le dispositif sélectionné, la fonction édite plusieurs PDF contenant les fiches derelevéscorrespondantauxdifférentesplacettesdansledossierOut/Remesure/FichesRem.13.Editiondesplansd’arbresparplacettes.Utiliselafonctionpsdrf_EditPlansArbres()etlescriptpsdrf_PlanArbres.RnwdudossierTemplate.ProduitunPDFcontenantlareprésentationschématique des arbres présents sur la placette (distinction des essences, de classes dediamètre, de nature de bois). Utilisé pour faciliter la localisation des placettes lors desremesures.

3.2. EditionautomatiquedesdocumentsdesynthèseLes résultats tirés de l'analyse des dispositifs PSDRFpeuvent être exploités à travers troisrapportsautomatiques.Chaquerapportcorrespondàunfichier.Rnwcontenudansledossier"Template"dudossieradministrateur:

• lefichier"Rapport_SuiviDeploiement.Rnw"permetd'éditerundocumentdesuividudéploiementduPSDRFàl'échellenationale.Cedocumentestàl'originedestinéàêtreprésenté aux différents membres du comité de pilotage du PSDRF (membres desRéservesNaturellesdeFranceetdel'OfficeNationaldesForêts).

• le fichier "Rapport_CompletudeBD.Rnw" permet d'éditer un document similaire audocument de vérification des données d'inventaire, à l'échelle de l'ensemble desdispositifs.Ilpermetd'unepartdefaireétatdesinformationsmanquantesdanslabasePSDRF,etd'autrepartdedétecterleserreursouincohérencesquiseraientprésentesdanslabasededonnées.Ilestàl'origineprévupourêtreutiliséparl'administrateurdelabasePSDRF.

• lefichier"EtatConservation_New.Rnw"génèreundocumentdesynthèseprésentantdesrésultatsd'inventairepourlesdifférentsensemblesd'habitatsforestiersetstatutsdeconservationdelabasePSDRF.

Tout comme les carnets d'analyse automatique ou les rapports de vérifications, cesdocumentssontgénérésauformatpdf.Leurcontenureposeintégralementsurl'utilisationdes données contenues dans les archives R produites au cours des différentes étapes dutraitementdedonnéesd'inventairePSDRF.L'utilisationdecesrapportsautomatiquesrestetrèssimple:

1. Afindepouvoiréditercesdocumentsdesynthèseenprenantencomptelesdonnéesdel'ensembledesdispositifsPSDRF,ilfautavoirréalisélesétapesd'importationetdecalcul desdonnées à l'échelle de cet ensemble.DansRStudio, lancer l'interfacedetraitementdedonnéesetopérer les5premièresétapesdutraitementdedonnées(depuisl'importationdesdifférentsclasseursjusqu'aucalculdesvariablespararbre).On dispose alors de l'ensemble des tables utilisées pour éditer les documents desynthèse(dansledossier"Tables").

2. OuvrirensuitedansRstudiolesdocuments".Rnw"correspondantaurapportsouhaité.Cliqueralorssurlebouton"CompilePDF".L'éditiondudocumentdébutealors.Toutaulongdelaconstructiondupdf,l'opérateurdevrainteragiravecuncertainnombrede fenêtresdedialogueexplicites.Certainesapparaîtrontdemanièresystématique(choix du répertoire administrateur, choix du shape des placettes,...) tandis qued'autres pourront être liées à desmessages d'erreur ou d'avertissement quant aucontenudelabasededonnées(cesmessagescontiennentlesindicationsnécessairesàlacorrectiondeceserreurs/incohérences).

3. Une fois l'éditiondudocument terminée,unnouveau rapportpdfapparaîtdans ledossier"Template"

Ilestpossibled'interagiraveclecontenudecesdocumentsenajoutantdescommentairesparle biais de classeurs Excel. Ces classeurs (Rapport_SuiviDeploiement_Comment.xlsx,Rapport_CompletudeBD_Comment.xlsxetEtatConservation_Comment.xlsx)sontconstituésde2colonnes:

• la colonne Section contient les numéros des parties et sous-parties dudocumentqu'ilestpossibledecommenter.

• lacolonneCommentairecontientunensembledecellulesdanslesquelleslescommentairesdoiventêtrerédigés.

Pour intégrer les commentaires dans un rapport, il suffit de compléter les cellules de lacolonnecommentaire,desauvegarderleclasseuretderelancerl'éditiondupdf.Lorsquelafenêtre de dialogue "Choix du classeur de commentaires" apparaît, sélectionner le fichierExcelcorrespondant.

Annexes

A. Présentationduclasseurd'inventaire:1. FeuillePlacettes

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireCycle:NumérodupassageeninventairePoidsPlacette :Surfacereprésentéepar laplacetted'échantillonnage.Lepoidsdépenddumaillaged'aprèslarelation:PoidsPlacette=Pasdelamaille(axe1)xPasdelamaille(axe2)/10000.Exemple:Pourdesplacettesrespectantunmaillagede90mpar90m,leurpoidsestégalà90x90/10000=0,81Strate:strated'échantillonnagePente:pentelaplusforteobservéesurlaplacette.CorrectionPente:argumentindiquantsilapenteabienétécorrigéesurlaplacette.Valeursattendue:"t"ou"f"(true/false)Exposition:expositiondulaplacetteHabitat : Habitat(s) inventoriés sur chaque placette. Si à une placettecorrespondent plusieurs habitats, respecter la nomenclature dumodèlesuivant:Habitat1xHabitat2(pour2habitats)Station:stationinventoriéesurlaplacetteTypologie:typedepeuplementinventoriésurlaplacetteGroupe:possibilitéderegroupementdesplacettesd'inventaireGroupe1:possibilitéderegroupementdesplacettesd'inventaireGroupe2:possibilitéderegroupementdesplacettesd'inventaireRef_Habitat:référenceutiliséepourlesnotationsdelacolonneHabitat

Precision_Habitat:précisionsupplémentairesurl'habitatinventoriéRef_Station:référenceutiliséepourlesnotationsdelacolonneStationRef_Typologie : référence utilisée pour les notations de la colonneTypologieDescriptif_Groupe:descriptiondu/desregroupement(s)utilisé(s)dansdelacolonneGroupeDescriptif_Groupe1 : description du/des regroupement(s) utilisé(s) dansdelacolonneGroupe1Descriptif_Groupe2 : description du/des regroupement(s) utilisé(s) dansdelacolonneGroupe2Date_Intervention : date de dernière intervention (exploitation/travauxsylvicoles)surlaplacetteNature_Intervention : nature de la dernière intervention en date sur laplacetteGestion :statutdegestionsurlaplacette.Valeursattendues:"Géré"ou"Non-géré"PrecisionGPS:précision(enmètres)durelevéGPSeffectuépourlocaliserlaplacetteCheminement : indications sur le cheminementàemprunterpourallersurlaplacette

2. FeuilleCyclesNumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireCycle:NumérodupassageeninventaireCoeff:coefficientd'angleutilisépourl'inventaireàanglefixeDiamLim:limitebassedudiamètredesarbresàinventorierparanglefixeDate:datedelaprisederelevésAnnée:annéedelaprisederelevés

3. FeuilleArbres

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireNumArbre:Numérodel'arbreinventoriésurlaplacetteCycle:NumérodupassageeninventaireEssence:Essencedel'arbreinventoriéAzimut:Azimutdel'arbreinventoriédepuislecentredelaplacetteDist:Distancedel'arbreinventoriédepuislecentredelaplacetteDiam1 : diamètre de l'arbre inventorié, visible depuis le centre de laplacetteDiam2 : diamètre de l'arbre inventorié, mesuré perpendiculairement àDiam1Type:(arbresmorts)typedeboismortsurpied.Valeursattendues:"A","C","S"HautT:(arbresmortsdetypearbreouchandelle)hauteurtotaleduboismortsurpiedinventorié

StadeD:stadededécomposition(dureté)duboismortsurpiedinventoriéStadeE:stadeécorceduboismortsurpiedinventoriéTaillis:argumentindiquantsil'arbreinventoriéserangedanslacatégorietaillis.Valeursattendues:"t"ou"f"(true/false)Coupe : (remesure uniquement) notation indiquant si l'arbre estmanquant.Valeursattendue:"E"(expoité)ou"C"(chablis)Limite:argumentindiquantsil'arbreestlimite.Valeursattendue:"t"ou"f"(true/false)CodeEcolo : code(s) des dendromicrohabitats observés sur l'arbreinventorié.Ref_CodeEcolo:référencedelacodificationutiliséepourlesvaleursdelacolonne CodeEcolo. Valeurs possibles (majuscules ou minuscules) :"AFI","EFI","ENGREF","IRSTEA","PROSILVA"Observation:remarque(s)etcommentaire(s

4. FeuilleRege

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireSsPlac:Numérodelasous-placetted'inventaire.Valeursattendues:"1","2"ou"3"Cycle:NumérodupassageeninventaireEssence:EssenceinventoriéeRecouv : recouvrement (par essence) de la sous-placette d'inventaire.Valeursattenduesenpourcentage(0à100)

Class1:nombredetigesdeclasse1surlasous-placetted'inventaireClass2:nombredetigesdeclasse2surlasous-placetted'inventaireClass3:nombredetigesdeclasse3surlasous-placetted'inventaireTaillis : variable indiquant si la tige appartient à une cépée. Valeurattendues:"t"ou"f"Abroutis : variable indiquant si les plants ont été abroutis. Valeursattendues:"t"ou"f"Observation:remarque(s)etcommentaire(s)

5. FeuilleTransect

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireId:IdentifiantdubilloninventoriésurlaplacetteCycle:NumérodupassageeninventaireEssence:EssenceinventoriéeTransect:Identifiantdutransect.Valeurspossibles:"11","12","21","22","31","32"Dist : Distance au billon de boismort inventorié depuis le centre de laplacetteDiam:diamètredubillondeboismortinventorié

Contact : argument indiquant si le billondeboismort inventorié est encontactaveclesolAngle : angle (en pourcentage) entre le sol et le billon de bois mortinventoriéChablis :argument indiquantsi lebillondeboismort inventoriéest issud'unchablisStadeD:stadededécomposition(dureté)dubillondeboismortinventoriéStadeE:stadeécorcedubillondeboismortinventoriéObservation:remarque(s)etcommentaire(s)

6. FeuilleBMSup30

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireId:IdentifiantdubilloninventoriésurlaplacetteNumArbre:Numérodel'arbreduquelestissuleboismortinventoriéCycle:NumérodupassageeninventaireEssence:EssenceinventoriéeAzimut :Azimutdubillondeboismort inventoriédepuis lecentrede laplacetteDist : Distance au billon de boismort inventorié depuis le centre de laplacetteDiamIni:diamètrefinboutdubillondeboismortinventorié

DiamMed:diamètremédiandubillondeboismortinventoriéDiamFin:diamètregrosboutdubillondeboismortinventoriéLongueur:longueurdubillondeboismortinventoriéContact : argument indiquant si le billondeboismort inventorié est encontactaveclesolChablis :argument indiquantsi lebillondeboismort inventoriéest issud'unchablisStadeD:stadededécomposition(dureté)dubillondeboismortinventoriéStadeE:stadeécorcedubillondeboismortinventoriéObservation:remarque(s)etcommentaire(s)

7. FeuilleReperes

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNumPlac:Identifiantdelaplacetted'inventaireAzimut:AzimutdurepèredepuislecentredelaplacetteDist:DistancedurepèredepuislecentredelaplacetteDiam:diamètredurepèreObservation:remarque(s)etcommentaire(s)

B. Présentationduclasseuradministrateur1. FeuilleCat

NumDisp:Numérodudispositifd'inventairePB:DiamètreinférieurdelacatégoriepetitboisBM:DiamètreinférieurdelacatégorieboismoyenGB:DiamètreinférieurdelacatégoriegrosboisTGB:Diamètreinférieurdelacatégorietrèsgrosbois

2. FeuilleCodeDurete

Id:identifiantducodeduretéCode:valeursducodededuretéutiliséeninventairesurlesboismortsDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeObservation:remarque(s)etcommentaire(s)

3. FeuilleCodeEcologie

Codification:nomdelacodificationCode:valeursdescodesdedendromicrohabitatDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeCouleur:couleurutiliséepourreprésenterlescodesdendromicrohabitatsdanslesgraphiquesdurapportd'analyseautomatique

4. FeuilleCodeEcorce

Id:IdentifiantducodeécorceCode:valeursducodededuretéutiliséeninventairesurlesboismortsDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeObservation:remarque(s)etcommentaire(s)

5. FeuilleCodeEssence

Id:identifiantducodeessenceNom:nomvernaculairedesespècesvégétalesEssence:codeessence(3lettres)Latin:nomlatindesespècesvégétalesEssReg:codesdesregroupementsd'essencedanslesquelsinsérerlesdifférentesessencesCouleur:couleursutiliséespourreprésenterlesessencesdanslesdifférentsgraphiquesdurapportd'analyseautomatique

6. FeuilleCodeTypoArbresId:identifiantducodepourlestypesd'arbresmortssurpiedCode:codeàutilisereninventairepouridentifierlesdifférentstypesdeboismortsurpiedDescriptif:descriptiondesvaleursdelacolonneCodeObservation:remarque(s)etcommentaire(s)

7. FeuilleCommunes

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:NomdudispositifCPT:codepostaldescommunesVille:nomdescommunesDep:départementdescommunes

8. FeuilleCycles

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:Nomdudispositifd'inventaireCycle:numérodupassageeninventaireMonitor : protocole déployé sur le dispositif, aucycledonnéDateIni : année de début de mise en place dudispositifDateFin:annéedefindemiseenplacedudispositif

9. FeuilleEssReg

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireEssence:codeessence(3lettres)EssRegPar:codesdesregroupementsparticuliersdanslesquelsinsérerlesdifférentesessences

10. FeuilleReferents

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:Nomdudispositifd'inventaireCycle:numérodupassageeninventaireNumRef1 : Identifiantduréférentn°1dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)NomRef1:Nomduréférentn°1dudispositifNumRef2 : Identifiantduréférentn°2dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)

NomRef2:Nomduréférentn°2dudispositifNumRef3 : Identifiantduréférentn°3dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)NomRef3:Nomduréférentn°3dudispositifNumRef4 : Identifiantduréférentn°4dudispositif (seréférerà lafeuilleTiers)NomRef4:Nomduréférentn°4dudispositif

11. FeuilleDispositifs

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireNom:Nomdudispositifd'inventaireNom1:Nomdel'espacenaturelprincipalsurlequelestlocaliséledispositifStatut1 : Statut de l'espace naturel principal sur lequel est localisé ledispositifCode1:identifiant(codeINPN)del'espacenaturelprincipalsurlequelestlocaliséledispositif

DateCreation1:datedecréationdel'arrêtédeprotectiondontbénéficiel'espacenaturelprincipalsurlequelestlocaliséledispositif(correspondauStatut1)Surface1 : Surfacede l'espacenaturel principal sur lequel est localisé ledispositif (pour la partie concerné par l'arrêté de protection du Statut1uniquement)

Nom2 : Nom de l'espace naturel secondaire sur lequel est localisé ledispositifStatut2 : Statut de l'espace naturel secondaire sur lequel est localisé ledispositifCode2 : identifiant(codeINPN)del'espacenaturelsecondairesur lequelestlocaliséledispositif

DateCreation2:datedecréationdel'arrêtédeprotectiondontbénéficiel'espacenaturelsecondairesurlequelestlocaliséledispositif(correspondauStatut2)Surface2:Surfacedel'espacenaturelsecondairesurlequelestlocaliséledispositif (pour la partie concerné par l'arrêté de protection du Statut2uniquement)

12. FeuilleTiers

Id:identifiantdutiers(utilisédanslafeuilleReferents)Nom:NOMPrénomdutiersCPT:codepostaldel'adressedutiersVille:villedutiersAdresse1:adresseprincipaledutiersAdresse2:adressesecondairedutiersPays:paysdutiers

E-Mail:adressemaildutiersTel:numéroddetéléphonefixedutiersPort:numérodeportabledutiersOrganisme:organisme(association,entreprise,...)dontestmembreletiersRole:rôledutiersdansledéploiementduPSDRF.

13. FeuilleTarifs

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireEssence:codeessence(3lettres)TypeTarif :typedutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.Valeurspossibles:"SchTL","SchL","SchI","SchR"NumTarif:numérodutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.ValeurspossiblesTypeTarifIFN:typedutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.Valeurs

possibles:"SchTL","SchL","SchI","SchR".Donnéesrécupéréesauprèsdel'IGNNumTarifIFN:numérodutarifschaefferàutiliserpourchaqueessence.Valeurspossibles.Donnéesrécupéréesauprèsdel'IGN

14. FeuilleSuivi

NumDisp:Numérodudispositifd'inventaireCycle:numérodupassageeninventaireStrate:strated'échantillonnagePoidsPlacette :Surfacereprésentéepar laplacetted'échantillonnage.Lepoidsdépenddumaillaged'aprèslarelation:PoidsPlacette=Pasdelamaille(axe1)xPasdelamaille(axe2)/10000.Exemple:Pourdesplacettesrespectantunmaillagede90mpar90m,leurpoidsestégalà90x90/10000=0,81Annee:annéedelaprisederelevésCoeff:coefficientd'angleutilisépourl'inventaireàanglefixeDiamLim:limitebassedudiamètredesarbresàinventorierparanglefixeCorrectionPente:argumentindiquantsilapenteabienétécorrigéesurlaplacette.Valeursattendue:"t"ou"f"(true/false)Gestion :statutdegestionsurlaplacette.Valeursattendues:"Géré"ou"Non-géré"NbPlac : nombre de placettes (déclinaison par strate => différent deNbPlacTotsiplusieursstrates)NbPlacTot:nombredeplacettestotal(toutesstratesconfondues)PrecisionGPS:précision(enmètres)durelevéGPSeffectuépourlocaliserlaplacetteCheminement : indications sur le cheminementàemprunterpourallersurlaplacette

Ref_CodeEcolo:référencedelacodificationutiliséepourlesvaleursdelacolonne CodeEcolo. Valeurs possibles (majuscules ou minuscules) :"AFI","EFI","ENGREF","IRSTEA","PROSILVA".Surface1 : Surfacede l'espacenaturel principal sur lequel est localisé ledispositifSIG :argument indiquantsi lesdonnéesSIGontété récupérées.Valeursremplies automatiquement : "1" ou "0" (1 = données SIG placettesdisponibles)Id_Formation : Identifiantdelaformation(cffichier"Formations.xlsx")àlaquelleontassistéle(s)référent(s)dudispositifHôte_Formation : organisme hébergeant la formation (cf fichier"Formations.xlsx")Année_Formation:annéeàlaquelleaétéréaliséelaformation(cffichier"Formations.xlsx").Formation_Dendro :argument indiquantsi l'outildesaisieDendroaétéutilisé (ouquel outil de saisie a étéutilisé).Valeurspossibles : "Oui"ou"Non"Data_State : Suivi de l'analyse des données. Valeur remplieautomatiquement : "1" (=données centralisées par l'administrateur -fichiersd'inventairedétectés)Commentaires:commentairessurlejeudedonnéesdudispositifconcerné