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Modélisation d’organes à
Cours MIMEDCours MIMED
odé sat o d o ga es àpartir d’images
Elsa AngeliniTélécom ParisTech
2009
Modélisation du Corps
• Modélisation d’organes– Organes– Applications– Equipes
• Organe Virtuel:– Biologiques– Biomécaniques– Représentations de connaissances
Anatomiques– Anatomiques• Difficultés
– Modèle représentatif– Modèle suffisamment précis pour produire des simulations utiles
sur la plan cliniques.– Des modèles manipulables! (… pas trop de calculs ni de
paramètres)
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Modélisation du Corps
• Validation de modèles– Comparaison à des mesures in-vivo– Critères de qualité du modèle:
• Complexité et flexibilité (degrés de liberté)• Robustesse et Automatisation
Modélisation du Corps
• Modélisation d’organes– Organes:O ga es
• Cœur• Poumons• Foie, système ostéo-articulaire• Cerveau, tumeurs cérébrales
– Applications• Simulations de chirurgie, de crash-tests, de dosimétrie.• Correction d’artéfacts de mouvement.• Planification de thérapie (pacemaker), comprehension de
pathologies
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Modélisation du Corps
• Structurer la connaissance!– Ontologies médicales
http://sig.biostr.washington.edu/projects/fm/FME/index.html
DEMO
Modélisation du Corps
• Structurer la i !connaissance!
– Ontologies médicales
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Modélisation du Corps
• Organe virtuel– Biologie + Anatomie
Modèles du Coeur
• Organe virtuel– Biologie + Anatomie– Biologie + Anatomie– Types:
• Modèles géométriques (surface, volume) • Modèles de déformations.
– Données:• Images (projections, coupes, volumes)• Nuage de points (3D)g ( )• Champ de vitesse (phase-contrast MRI, US)• Champ de déplacements (tagged MRI).
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Modèles du Coeur
• Modèles géométriques: surface – Superquadrics + paramètres de déformations
Modèles du Coeur
Variable de position
Modèle de superellipsoidModèle de superellipsoid
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Modèles du CoeurCorrespondence: modèle->points de contours
Twist
Paramètres de déformation
Modèles du CoeurOptimisation des paramètres du modèle
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Modèles du Coeur
Modèles du Coeur
• Modèles géométriques: surface– Sinusoides, Coef de Fourier et Statistiques
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Modèles du CoeurReprésentation de la surface
Paramètres du modèle
Modèle pour les surfaces fermées
Modèles du CoeurParamètres a priori du modèle
Correspondence modèle -> image
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Modèles du CoeurRésultats
Priors
Modèles du Coeur
• Modèles géométriques: surface
Analyse en Composantes Principales (ACP)
géométriques: surface
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Modèles du CoeurRecalage global pour former l’atlas
Modèles du Coeur
Maillage (isosurface) comme points d è (l d k )de repères (landmarks)
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Modèles du Coeur
Modèles du Coeur
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Modèles du Coeur
• Modèles géométriques: volume– NonUniform Rational B-Splines (NURBS)
!! Etude du # de points du moèles vs mesures de volume in vitro.
Modèles du Coeur
• Modèles géométriques: coronaires
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Modèles du Coeur
• Modèles de Déformations– Modèles basés sur la mécanique
• Loi constitutive– Modèles basés images:
• Déplacements de points (DISCRET)• Besoin d’adapter la représentation de la géométrie
à d t i t d déf ti ( lià des contraintes de déformations (spline, maillage,..)
Modèles du Coeur
• Modèles de Déformations
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Modèles du CoeurCardioSense 3D:http://www-sop.inria.fr/CardioSense3D/
Fitting to image dataDepolarization
Modèles du coeur
• Integrative Biology Project – Computational model of the whole heart
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Modèles du Thorax
• Applications:Simulation d’images– Simulation d’images
– Correction d’artéfacts de mouvement
– Evaluation de méthodes de traitement d’images
Modèles du Thorax• Anatomie: Mathematical Cardiac-Torso Phantom
(MCAT) [Univ. North Carolina USA]– Anatomie:
• Définie avec des surfaces continues ( résolution libre)• Variables: Géométrie et mouvements de respiration.
– Physiologie• Distribution 3D des coefficients d’atténuation pour une certaine
énergie de photons ou une distribution de l’activité d’émission des organes (coeur, poumons, foie, rate, estomac).
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Modèles du Thorax
• Anatomie + Respiration: NURBS (NCAT) [UnivNURBS (NCAT) [Univ. North Carolina USA]
Modèles du Thorax
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Modèles du Thorax
Modèles du Thorax
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Modèles du Thorax
Contraintes sur le
modèle
Modèles du Thorax
NCAT
MCAT
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Modèles de Respiration
Modèles de Respiration
• Modèle CT-physiologie
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Modèles Hybrides
Application: Extension du modèle au cas pathologique:• Application: Extension du modèle au cas pathologique:– using these models to begin to study the development cycle of
cardiac disease and cancer tumors.– bringing together clinical and laboratory data from many
sources to evaluate and improve the accuracy of the models. – understanding the fundamental causes of these life-threatening
conditions and how to reduce their likelihood of occurrence. – identifying opportunities for intervention at the molecular andidentifying opportunities for intervention at the molecular and
cellular level using customized drugs and novel treatmentregimes.
Modèles Hybrides
• Physiome Project (New Zealand)
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Modèles Hybrides
• Physiome Project (New j (Zealand)
Modèles Hybrides
• Physiome Project (New Zealand)
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Modèles Hybrides
• Physiome Project (New j (Zealand) Propagation
électrique
Flux dans les
coronaires
Modèles Hybrides
• Physiome Project (New j (Zealand)