Pierre Fabrice Lopez

1985 Baccalauréat série D

1990 Maîtrise de Biochimie - Options Immunologie et BiophysiqueUniversité de la Méditerranée

1992 DESS Informatique Double CompétenceUniversité d’Avignon

2009 DoctoratUniversité de la Méditerranée

De l’analyse de la régulation transcriptionnelle à la modélisation logique des réseaux géniques

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Parcours professionnel

1994 - 1995 Ingénieur d’étude – CESLaboratoire de Chimie Bactérienne (LCB)Jacques Haiech – François DenizotCNRS – Marseille

Mise au point d’un robot de PCR, robotique Programmation orientée objet en Pascal

1996 - 2000 Ingénieur d’étude - CDDInformation Génomique et Structurale (IGS)Jean-Michel ClaverieCNRS - Marseille

2001 Ingénieur d’étude – CDISociété ProjactorAix-en-Provence

Conception et développement en Java de la partie graphique d’un logiciel de gestion de projet

Méthodologie de conception UML (Unified Modeling Language) Rédaction du dossier d’analyse et de conception

2002 - 06/2009 Ingénieur de recherche – CDDTechnologies Avancées pour le Génome et la Clinique (TAGC)Catherine NguyenINSERM - Marseille

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Information Génomique et StructuraleJean-Michel Claverie

Etude de la polyadénylation alternative chez l’homme (ESTs)

Optimisation des plans d’expériences en cristallogenèse des protéines (SAmBA)

programmation algorithmique (backtracking et recuit simulé)

application graphique Java 1.0 (applet) disponible sur le site Web du laboratoire IGS

Etude des propriétés physico-chimiques (hydropathie, structure secondaire …) sur les alignements protéiques

Environnement UNIX sur stations Silicon Graphics (IRIX) et PC (Linux)

Programmation

scripts en SHELL, AWK et PERL

algorithmes en C et C++

interfaces en C++ (QT) et Java 1.0

Outils de comparaison de séquence (BLAST, FASTA …)

Outils d’alignement multiple (ClustalW, TCoffee)

Utilisation des bases de données couramment utilisées en bioinformatique (Ensembl, GenBank, SwissProt, dbEST …)

5 publications

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TAGC – Projet ASTD (2004 - 2006)Daniel Gautheret

Alternative Splicing and Transcript Diversity épissage polyadénylation initiation de la transcription

Génomes

ESTs 3’

ADNc

Pipeline de traitement

Ferme de calcul

89.778 sites 89.778 sites poly(A)poly(A)

Base de données ASTD

Validation expérimentale

Etudes bioinformatiques

Conception et programmation du pipeline (C++, C, AWK, SHELL)

Achat / installation / gestion de la ferme de calcul (10 machines, Linux)

Parallélisme de données avec SGE (Sun Grid Engine) et Ganglia

Rédaction d’une documentation

technique pour l’EBI Présentation du travail lors de

la réunion finale du projet ASTD

ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity databaseKoscielny G, Le Texier V, Gopalakrishnan C, Kumanduri V, Riethoven JJ, Nardone F, Stanley E, Fallsehr C, HofmannO, Kull M, Harrington E, Boué S, Eyras E, Plass M, Lopez F, Ritchie W, Moucadel V, Ara T, Pospisil H, Herrmann A,Reich J. G, Guigó R, Bork P, Doeberitz MK, Vilo J, Hide W, Apweiler R, Thanaraj TA, Gautheret DGenomics 93 213–220. (2009)

The disparate nature of “intergenic” polyadenylation sites.Lopez F, Granjeaud S, Ara T, Ghattas B, Gautheret D. RNA. (2006)

Conservation of alternative polyadenylation patterns in mammals.Ara T, Lopez F, Ritchie W, Benech P, Gautheret D. BMC Genomics. 7:189. (2006)

Validation par RT-PCR 84 sites / 86

Beyond the 3' end: experimental validation of extended transcript isoformsMoucadel V, Lopez F, Ara T, Benech P, Gautheret DNucleic Acids Res. ;35(6):1947-57. (2007)

6 publications

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TAGC – TranscriptomeBrowser (2007)Denis Puthier

Gene Expression Omnibus

Signatures transcriptionnelles

DBF-MCL

Base de données TBrowser

DAVID

Interface TBrowser

Service Web

TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene expression Omnibus databaseLopez F, Textoris J, Bergon A, Didier G, Remy E, Granjeaud S, Imbert J, Nguyen C, Puthier DPLoS ONE. (2008)

Ré-analyse des données publiques de puces à ADN

Extraction de signatures transcriptionnelles

calcul de similarité de profil d’expression partitionnement de graphe mise en place d’un pipeline de traitement (C, PERL, SQL, R, SHELL) conception d’une base de données MySQL pour les signatures librairie RTools4TB disponible dans Bioconductor

Outil de visualisation et d’analyse des signatures transcriptionnelles modélisation UML / Patrons de conception / Java ajout de nouvelles fonctionnalités par modules optionnel (plugins) moteur de recherche booléen disponible par Java Web Start et téléchargement sur le site du TAGC mise à disposition de ces données via un service Web

1 publication

TBrowser

GINsim

Intégration de diverses sources de données pour la modélisation Transcriptome, ChIP-on-chip, ChIP-seq, littérature scientifique, « text mining »,

GO, interactions protéine-protéine …

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TAGC – Projet GINsim (2008)Denis Thieffry

Logiciel de modélisation et de simulation des réseaux géniques

Support des fonctions booléennes pour la définition des règles logiques Moteur d’analyse booléen Editeur graphique contextuel Algorithmes de représentation des fonctions logiques

Logical modelling of regulatory networks with GINsim 2.3A. Naldi, D. Berenguier, A. Faure, F. Lopez, D. Thieffry, C. ChaouiyaBioSystems. (2009)

Modular Logical Modelling of the Budding Yeast Cell CycleA. Faure, A. Naldi, F. Lopez, C. Chaouiya, A. Ciliberto, D. ThieffryMolecular BioSystems (2009)

Graphe de régulation nœuds = gènes liens = interactions

Niveau d’expression discret 0 : pas d’expression 1, 2 ... : expression

Définition d’un ensemble de règles logiques (paramètres) pour chaque nœud Simulation de l’évolution du système dans

le temps

2 publications

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TAGC – Projet GINsim (2008)Denis Thieffry

Etablissement d’une communication entre GINsim et TranscriptomeBrowser fonctionnement de TBrowser en mode serveur (démon) utilisation des sockets Java (adresse IP + port)

développement d’une API client dans TBrowser

Documentation des modèles Analyse des interactions Présentations dans le cadre de l’ANR IntegraTCell

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Conclusions et motivations

Bioinformatique travail dans de nombreux domaines (traitement du signal, transcriptomique, génomique, biologie des systèmes, cristallographie …) dans différentes structures

Ingénierie logicielle méthodologie de conception UML et patrons de conception programmation orientée objet (C++ et Java) et procédurale (C) conception de bases de données (MySQL) travail en environnement hétérogène (Unix, Windows)

Travail en étroite collaboration avec les chercheurs coordination et mise en œuvre des projets communication des résultats

Dynamisme et diversité des projets menés au TAGC

Très forte implication dans l’organisation et le développement des projets de recherche au laboratoire TAGC depuis 9 ans

Activité NGS stage de formation à Darmstadt organisé par Applied Biosystems

Compétences ingénierie logicielle

conception et développement d’applications orientées objet (UML, Patrons) programmation algorithmique (C, C++) déploiement des logiciels (services Web, servlets, Java Web Start)

bioinformatique analyse de séquences transcriptome analyse du signal réseaux d’interactions géniques NGS

Outils

SAmBA (plans d’expériences en cristallogenèse) BZScan (quantification d’images de puces à ADN) TranscriptomeBrowser (analyse des données publiques de puces à ADN) GINsim (modélisation et simulation des réseaux géniques)

Publications

16 articles dont 3 en premier auteur

TAGC – Projet BZScan (2002 – 2003)Samuel Granjeaud

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Logiciel de quantification des images de puces à ADN

Modélisation mathématique du signal (spots) correction des valeurs d’expression localisation des spots dans l’image quantification automatique des images

Feature extraction and signal processing for nylon DNA microarrays.Lopez F, Rougemont J, Loriod B, Bourgeois A, Loi L, Bertucci F, Hingamp P, Houlgatte R, Granjeaud S. BMC Genomics. (2004)

AGScan: a pluggable microarray image quantification software based on the ImageJ libraryR. Cathelin; F. Lopez; Ch. KloppBioinformatics ; doi: 10.1093/bioinformatics/btl564. (2006)

Mise en place et gestion du projet étude du domaine d’application réunions d’information avec les futurs utilisateurs cahier des charges et validation définition de l’architecture du logiciel (UML, Patrons de conception) développement Java test (données d’entrainement, utilisation au laboratoire) rédaction de la documentation technique et utilisateur mise à disposition du logiciel par Java Web Start maintenance (correction des erreurs, ajout de fonctionnalités)

2 publications

Perspectives

NGS

mise en place de l’infrastructure matérielle

automatisation des pipelines « génomique » et « ChIP-seq »

conception et développement d’un outil de visualisation des alignements

collaboration avec IGS / SIB

TranscriptomeBrowser développement de nouveaux plugins

PredigMo Text-mining

InteractomeBrowser Interactions protéine-protéine

mises à jour automatiques

GINsim

proposition de nouveaux interacteurs dans les modèles implémentation de la communication avec les plugins

utilisation de TBCommonGenes et TBMap

remplacement des paramètres logiques par les fonctions logiques

intégration de TBrowser dans GINsim ?

réorganisation de GINsim