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Projet de recherches:Projet de recherches:
Détermination du mécanisme Détermination du mécanisme catalytique d’une enzymecatalytique d’une enzyme
bi-fonctionnelle, l’aminopeptidase Bbi-fonctionnelle, l’aminopeptidase B
Biogenèse des Signaux PeptidiquesUniversité Pierre et Marie Curie - ER3 BIOSIPE
Responsables de stage : Sandrine Cadel, Thierry Foulon
Parcours « Molécules et Cibles Thérapeutiques »Année 2009-2010
Présenté par Patricia Masson
1
Plan Plan
I. L’aminopeptidase B
II. Connaissances actuelles
III. Projet et objectifs
IV. Perspectives
2
- R – K -
• Maturation des messagers peptidiquesMaturation des messagers peptidiques
Mécanisme classiqueMécanisme avec
l’aminopeptidase B
- R – K - COOHNH2
+- R - + - K - +
NH2 COOH
Prohormones Prohormones convertasesconvertases
Carboxypeptidase BCarboxypeptidase B
NH2 COOH
COOHNH2
+- R - + - K - +
Aminopeptidase BAminopeptidase B
NRD convertaseNRD convertase
3
- R – K R – K -
I. L’aminopeptidase BI. L’aminopeptidase B
Distribution tissulaire
Localisation subcellulaire
Enzyme ubiquitaire4
Intes
tin g
rêle
Epidi
dym
e
Testic
ule
Cerve
auM
uscle
CœurPo
umon
Foie
72kDa
72kDa
Panc
réas
Rein Gros i
ntes
tinEsto
mac
Rate
• Propriétés Physico-chimiquesPropriétés Physico-chimiques
Enzyme bifonctionnelle: présente in vitro une activité LTA4
hydrolase résiduelle
• Enzyme monomérique, Famille M1
• Zn2+-métallopeptidase
• Hydrolyse séquentielle RK
• Pas d’hydrolyse si proline au voisinage
• Activation par les ions Cl-
• Sensible aux agents réducteurs des ponts disulfures (DTT)
• Active sur une large gamme de pH
Acide arachidonique
LTA4
LTB4
LTA4 Hydrolase
5
• Aspects moléculairesAspects moléculaires
Localisé sur chromosome 1 humain, bande q32.1/q32.2
• Contexte phylogénétiqueContexte phylogénétique
6
HEXXHX18E
C C CCCCCCC CCrLTA4hydrolase
611 aa
CC C C CC CC C CCCCCC
rAp-B 650 aa
Comparaison de séquences: (33% d’identité; 48% de similarité)
7Modélisation et dynamique moléculaireModélisation et dynamique moléculaire
• Modèle 3D de l’Ap-BModèle 3D de l’Ap-B
(LTA4H, Thunnissen et al., 2001)
II. ConnaissancesII. Connaissances actuellesactuelles
(Haeggström et al., 1993)
8
III. Projet et ObjectifsIII. Projet et ObjectifsBut : Identifier des résidus ayant un rôle dans la spécificité de reconnaissance du substrat et le mécanisme enzymatique
Mutagenèse dirigée
Alignements de séquences
Système d’expression
Modèle moléculaire de l’Ap-B9
10
• Cibles de mutagenèse dirigéeCibles de mutagenèse dirigée
Nous effectuerons un certain nombre de mutants concernant :
- Les aspartates de l’Ap-B impliqués dans la fixation du substrat
- Les tyrosines impliquées dans le site catalytique
- Les lysines impliquées dans la fixation du substrat à l’extrémité Cterminal
• Mutation des Asp 403, 405 et 406 de l’Ap-B en Asn et Val
11
Ap-B : DPDDTYLTA4H : DIDPDVAY
Mutants ActivitéD403V -
D403N
D405V -
D405N -
D406V
D406N +++
WT +++
• Les mutantsLes mutants
LTA4H Ap-B
Mutants tyrosines : Tyr 228, 408, 413 et 440 en Phe
• Les mutantsLes mutants
12
• Les mutantsLes mutants
Mutant K600R, K602R, K600X
13
Double mutant F297Y et K600R
• Caractérisation des MutantsCaractérisation des Mutants
• Activités
• Paramètres cinétiques (KM, kcat et kcat/KM)
• Effet du chlore
• Spécificité de substrat
• Profils d’inhibition vis à vis d’inhibiteurs
d’aminopeptidase (bestatine, arphaménine)
14
IV. PerspectivesIV. Perspectives
Décrypter les mécanismes catalytiques
Informations sur les spécificités et mécanismes
enzymatiques des aminopeptidases de la famille M1
Concevoir des inhibiteurs spécifiques
Expression de l’Ap-B dans différentes
pathologies
15
16
• Nouveau mécanisme catalytique Nouveau mécanisme catalytique proposé pour la LTAproposé pour la LTA44 hydrolase hydrolase
17(Tholander et al., Chem. Biol., sept. 2008)
E325
E347
E300
Q170
G298
Y413