LabEx ECOFECT Éco-épidémiologie des

communautés de chiroptères

Projet régionalGrand Rhinolophe & Trame

verte bocagère

Études des facteurs environnementaux influant sur la dynamique des populations

Maxime LEUCHTMANN & Jean-Baptiste PONS

10èmes Rencontres Chiroptères « Grand Sud »

Le Teich – Dimanche 26 novembre 2017

Contexte actuel

Tendance évolutive non significative (1995-2015),

mais…

Evalué VU sur la LRR PC (PCN, 2016)

Baisse significative (2005-2015) – 30 %

Augmentation significative (1995-2005) + 40 %

4ème Pop. Hibernante de France > env. 7000 ind.

Conservation du Grand

rhinolophe

Structure et fonctionnement

de la population

Etat sanitaire de la population

Impacts de l’évolution du

paysage et des pratiques

Les objectifs

Complémentarité

Analyses génétiques

Régime alimentaire Écotoxicologie

Dynamique des populations

Marquage individuel

ECOFECT Grand Rhino

Etude du paysage

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Organisation du projet

1 stage de M1 « Paysage écotox »

1 Thèse de 3 ans sur le

Grand rhino

(Orianne TOURNAYRE)

1 Post-Doc de 3 ans

« génétique et épidémiologie»

Marquage individuel

Les partenaires

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Marquage individuel

Etude du paysageEtude du paysage

Etude du paysage

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Marquage individuel

Régime alimentaire

Espèce Effectif

Rhinolophus ferrumequinum 66

Miniopterus schreibersii 65

Myotis daubentonii 37

Myotis bechsteinii 36

Pipistrellus pipistrellus 31

Myotis emarginatus 24

Barbastella barbastellus 20

Myotis nattereri 20

Myotis myotis 20

Rhinolophus hipposideros 11

Eptesicus serotinus 8

Myotis mystacinus 6

Rhinolophus euryale 5

Myotis alcathoe 3

Pipistrellus kuhlii 3

Plecotus auritus 2

Analyse du régime alimentaire

Mise au point de la méthode en mars

2016 sur 16 espèces à partir de 357

échantillons collectés en 2015

+ Infos sur la méthode > Cf. poster

Family Genus Species

Anthicidae Omonadus floralis

Cercopidae Aphrophora alni

Crambidae Ostrinia nubilalis

Crambidae Nomophila noctuella

Crambidae Cydalima perspectalis

Culicidae Culiseta subochrea

Culicidae Culex quinquefasciatus

Culicidae Anopheles claviger

Depressariidae Carcina quercana

Drosophilidae Drosophila suzukii

Erebidae Euproctis similis

Erebidae Euproctis chrysorrhoea

Geometridae Peribatodes rhomboidaria

Gracillariidae Cameraria ohridella

Muscidae Stomoxys calcitrans

Muscidae Musca autumnalis

Noctuidae Xestia xanthographa

Noctuidae Spodoptera exigua

Noctuidae Helicoverpa armigera

Noctuidae Agrotis segetum

Noctuidae Agrotis ipsilon

Noctuidae Agrotis exclamationis

Notodontidae Thaumetopoea pityocampa

Pyralidae Pyralis farinalis

Pyralidae Euzophera pinguis

Pyralidae Ephestia kuehniella

Pyralidae Ephestia elutella

Pyralidae Achroia grisella

Scarabaeidae Anoxia villosa

Scarabaeidae Amphimallon solstitiale

Sphingidae Deilephila elpenor

Tipulidae Tipula oleracea

Tipulidae Tipula paludosa

Tipulidae Tipula oleracea

Tipulidae Tipula maxima

Tischeriidae Tischeria ekebladella

Tortricidae Spilonota ocellana

Tortricidae Rhopobota naevana

Tortricidae Pandemis heparana

Tortricidae Hedya nubiferana

Tortricidae Eucosma conterminana

Tortricidae Cydia splendana

Drosophile Suzuki

Pyrale du maïs

Processionnaire du pin

Noctuelle des moissonsPyrale du tronc de l’olivier

Quelques milliers de séquences identifiées !

42 espèces de ravageurs / vecteurs

20 ordres et 80 familles identifiées

Pyrale de la farine Petite teigne Omonadus floralis

Family Genus Species

Anthicidae Omonadus floralis

Cercopidae Aphrophora alni

Crambidae Ostrinia nubilalis

Crambidae Nomophila noctuella

Crambidae Cydalima perspectalis

Culicidae Culiseta subochrea

Culicidae Culex quinquefasciatus

Culicidae Anopheles claviger

Depressariidae Carcina quercana

Drosophilidae Drosophila suzukii

Erebidae Euproctis similis

Erebidae Euproctis chrysorrhoea

Geometridae Peribatodes rhomboidaria

Gracillariidae Cameraria ohridella

Muscidae Stomoxys calcitrans

Muscidae Musca autumnalis

Noctuidae Xestia xanthographa

Noctuidae Spodoptera exigua

Noctuidae Helicoverpa armigera

Noctuidae Agrotis segetum

Noctuidae Agrotis ipsilon

Noctuidae Agrotis exclamationis

Notodontidae Thaumetopoea pityocampa

Pyralidae Pyralis farinalis

Pyralidae Euzophera pinguis

Pyralidae Ephestia kuehniella

Pyralidae Ephestia elutella

Pyralidae Achroia grisella

Scarabaeidae Anoxia villosa

Scarabaeidae Amphimallon solstitiale

Sphingidae Deilephila elpenor

Tipulidae Tipula oleracea

Tipulidae Tipula paludosa

Tipulidae Tipula oleracea

Tipulidae Tipula maxima

Tischeriidae Tischeria ekebladella

Tortricidae Spilonota ocellana

Tortricidae Rhopobota naevana

Tortricidae Pandemis heparana

Tortricidae Hedya nubiferana

Tortricidae Eucosma conterminana

Tortricidae Cydia splendana

Quelques milliers de séquences identifiées !

42 espèces de ravageurs / vecteurs

20 ordres et 80 familles identifiées

Culex quinquefasciatus

Mouche d’Automne

Mouche Charbonneuse

Et 60 espèces d’auxiliaires !

Méthode de metabarcoding à partir des fèces : Galan et al., en prép.

Diptères

Lépidoptères

Coléoptères

TipulaPhragmataecia

Phylidorea

Triodia

Carcina

Hyménoptères

Metopius

Xestia Culiseta

Psychoda

Calophasia

Carabus

Agrotis

Culex

Brachygonus

Metzneria

Arhopalus

Oegoconia

Dolicharthria

Hemerobius

Neuroptères

Clogmia

Acronicta

Blastobasis

Noctua

Orthesia

Euthrix

Diceratura

Cydia

Acompsia

Anania

Anoxia

Cabera

Celypha

Chironomus

Chrysoperla

Coenosia

Cossus

Crunoecia

Deilephila

Dypterygia

Enicospilus

Epinotia

Epirrhoe

Eucosma

Euproctis

Hoplodrina

Idaea

Orthoptères

Leptophyes

Metalampra

Nephrotoma

Netelia

Pandemis

Peridroma

Phtheochroa

Phyllodonta

Pleuroptya

Pollenia

Prionus

Rhyacia

Sphinx

Spodoptera Synaphe

Thera

Udea

Wesmaelius

Neolimonia

Etude du paysage

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Marquage individuel

Génétique

Maternityroostssampled

Analyses génétiques (2016)

536 femelles adultes (11 colonies)

18 microsatellites mis au point (16 utilisés)

XaintrayLe PinLessacChap.St.Etienne Faye l’Abesse

12

4

8

16

AnnepontAirvault Allonne Busseau Fenioux St Loup surThouet

Alle

licrich

ness

corr

ect

ed

by s

am

ple

size

Homogénéité des profils génétiques entre les colonies

Grande diversité génétique

Beaucoup de brassage (structuration par les mâles ?)

Analyses génétiques (2016)

Etude du paysage

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Marquage individuelMarquage individuel

Etude du paysage

Génétique

Régime alimentaire

Marquage individuel

❖ Principes généraux et mise en œuvre

Le transpondage

Fonctionnement de la population

Liens inter-sitesCorridorsEchanges

(ReproductionTransit

Hibernation)

Structure & dynamique de la population

Taux de surviePhénologie de repro

RecrutementDispersion

Age et sex-ratioEffectifs & variations

Tendances évolutivesIdentification des sites d’importanceFonctionnalité du paysage (Trames)

Priorités pour la conservation

1ère étude par transpondage sur les Rhinolophidae dans le monde

2ème étude par transpondage en France

Mise en œuvre

➢ Organisation des opérations de capture

➢ Suivis annuels des colonies➢ Suivis annuels des sites

d’hibernation

Etude du paysage

Génétique

Régime alimentaire

Marquage individuel

❖ Bilans des captures et du transpondage

Bilan des captures

7 428 chauves-souris capturées

19 espèces

2 592 Grands rhinolophes

2016 33 opérations de capture 22 sites en Poitou-Charentes2 en Gironde1 en Vendée

201733 opérations de capture 23 sites en Poitou-Charentes1 en Gironde2 en Vendée2 en Corrèze1 en Maine-et-Loire

9 morts (RHIFER, RHIHIP, MYOEMA,

MINSCH, PLEAUR)

(1,2‰)

➢ Sexe-ratio équilibré chez les 1A

Détails des captures des Grands rhinolophes

Pression de capture ≠

Bilan du transpondage

730 ind. marqués en 2016

1422 ind. marqués en 2017

= 2152 GR marqués en 2 ans, principalement au sein des colonies de parturition des Deux-Sèvres (79)

1ers résultats (Transpondage)

Individus de 2016 (n=730) :

➢ 61 % de contrôles (n=445)

➢ dont 197 durant les prospections hivernales

Individus de 2017 (n=1422):

➢ 28,3 % de contrôles (n=403)

2152 GR marqués en 2 ans

37,4 % d’ind. contrôlés

>21 000 données de CMR…

Lecteurs

Distance moyenne entre sites de mise-bas et d’hibernation =

53 km (max 121 km)…

Distribution « anarchique »…pour l’instant

Utilisation des sites de transit pour l’hibernation

1ers résultats (Transpondage)

Etude du paysage

Génétique

Régime alimentaire

Marquage individuel

❖ Exemples

Entre 2 sites de transit/hibernation

Max = 78 km

Max = 121 km

40 transpondés en 2016 (34 contrôlés = 85%)

53 transpondés en 2017 (51 contrôlés = 96 %)

91 % d’individus contrôlés

Colonie de Fenioux (79)>env.140 femelles adultes

Au sein d’une colonie de parturition

Déplacements + de 100 km entre été/hiver

116 individus (2686 données de CMR)

Colonie de Fenioux (79)>env.140 femelles adultes

Au sein d’une colonie de parturition

Déplacements individuels

Etude du paysage

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Marquage individuel

Ecotoxicologie

1ers Résultats (ETM)

Eléments Traces Métalliques (ETM)

Non-essentiels(Sans fonction biologique)

Essentiels

Toxiques à faible concentrationToxiques à forte concentration

ou lors de carence

> Dosés à partir des poils avec bulbes

1ers Résultats (ETM) Au sein de 10 colonies de parturition des Deux-Sèvres

1ers Résultats (ETM) Au sein de 10 colonies de parturition des Deux-Sèvres

Zinc➢ Concentrations proches

entre sites➢ Pas de suspicion de

concentration toxique ou de carence

Plomb➢ Concentrations faible mais

1 extrême➢ Les sites très exposés sont

détectés

Etude du paysage

Ecotoxicologie

Génétique

Régime alimentaire

Etat sanitaire

Marquage individuel

Etat sanitaire

http://ecofect.universite-lyon.frhttp://ecofect.universite-lyon.fr

PERSPECTIVES & DISCUSSION

Quelle échelle de travail choisir maintenant…?

Quelle échelle d’étude pour une compréhension et une conservation pertinente ?

Exemple de zones tampons de 100 km autour des sites

échantillonnés >

Actions 2018

Poursuite des actions d’information et de sensibilisation

Elargissement de la zone d’étude

Optimisation des contrôles

Poursuite des analyses

Poursuite de l’échantillonnage > Recherche d’échantillons génétiques (punchs)

à large échelle en France, Europe et au delà…

Moyens humains (Terrain 2016)

Captures108 personnes mobilisées

13 salariés2 stagiaires

93 bénévoles>2500 heures de terrain

(360 jours)

Comptages hivernaux>40 personnes mobilisées

>10 salariés>30 bénévoles

>500 heures de terrain (70 jours)

>150 personnes mobilisées16 salariés

>130 bénévoles>3000 heures de terrain (430 jours)

dont 1800 heures bénévoles (260 jours)

Merci à tous les participants et aux propriétaires !

ABIADH Awatef, ALLENOU Olivier, ANXIONNAT Diane, AUBOUIN Naïs, AUGE Roxanne,

BARREAULT Gabin, BARRET Virginie, BAYOL Lola, BEAUBERT Romain, BENOIT Laure,

BILLARD Florent, BOILLEAUX Vincent, BONJEAN Coralie, BONNET Mathilde,

BOUSSIQUAULT Elodie, BOYE Agnès, BURET Céline, CHARBONNEL Nathalie, CHASSAING

Laureline, CHERON Alice, CHESNEL Thomas, CHEVILLON Aurélie, CHIRON Damien,

CORBEAU Alexandre, COTREL Nicolas, DAVROUT Sylvain, DECLERCQ Sophie, DECRETON

Thibault, DELAMARE Ludivine, DELAPORTE Philippe, DENTZ Clémentine, DEVAUD Manon,

DOBIGNY Sandra, DORE Florian, DORFIAC Matthieu, DUPAIX Alice, DUTREY Alexandre,

ESCULIER Christian, ESNAULT Sarah, FAGART Sylvain, FICHET Anne, FILIPPI-CODACCIONI

Ondine, FLEUREAU Julien, GALAN Maxime, GAUVIN Thaddeus, GEORGE Guillaume, GIRARD

Thomas, GIRAUDET Pierrick, GODE Nil, GUENON Cécile, HALOUIS Marie-Emmanuelle,

HERCE Thiphanie, HEUDE Sophie, JAOUEN Rémi, JOMAT Emilien, JOMAT Loïc, JOURDE

Philippe, KANIA Gaëlle, LAFORGE Alexis, LALART Nathalie, LARTIGAU Christophe,

LARTIGAU Moea, LATAPIE Sophie, LE GUEN Anthony, LE NOZAHIC Anthony, LESAGE Célia,

LEUCHTMANN Maxime, LOISEAU Anne, LOPES-FERREIRA Lucie, LOUTFI Emilie, MAIANO

Jennifer, MAIANO Sabrina, MAILLET-RODRIGUES Guillaume, MARECHAL Anatole, MARMET

Julie, MEME-LAFOND Benjamin, MEREL Floriane, MOINARD Mathieu, MONEUSE Steve,

ORSEAU Alexis, PAUTROT Meilie, PERROTIN Jean-Baptiste, PESCAY Rémi, PINAUD David,

PLISSONNEAU Fabienne, PONS Florence, PONS Jean-Baptiste, PONS Marie-Odile, PRAT Flavien,

PREAU Louis-Marie, RAIMBOURG Pierre-Antoine, RAINARD Nicolas, RAYMOND Roland,

RENOUX Alexis, RIGAUD Marine, ROUE Sébastien, ROY Florent, RUAULT Antoine, RUCHON

Marius, SERRA Jean-François, SUAREZ David, SUDRAUD Julien, TEXIER Alain, TEXIER Lucie,

TOURNAYRE Orianne, VARENNE François, VIDAL Justine, YOU Félix, YOU Guy-Noël.

Merci et bienvenue aux captures Grands rhinos !!!