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R package : R2DOCX by David Gohel
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Motivations
envoyer les sorties R dans un document WORD
Dans un environnement informatique maitrisé et contraint
Simplement et rapidement
une sortie R dans un document Word : Une seule commande R
Recherche reproductible
Ajouter ou Remplacer du contenu
Fonctionnalités
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur
Graphiques Tableaux Textes
Les contenus pris en charge (1)
Les contenus pris en charge (2)
Titres de documentTables des matières
Saut de pageSaut de ligneImage simple
Gestion des modèles de documents
Un document comme modèle de base pour les sorties
Réutilisation des styles du documentChartre graphique libre
Gestion des signets de MS Word pour le remplacement de contenu
Les tableaux
Structure implémentée
Grouped header 1 Grouped header 2
Entête 1 Entête 2 Entête 3 Entête 4
Data[1,1] Data[1,2] Data[1,3] Data[1,4]
… … … …
Data[i,1]
Factor A Factor B Moyenne de X Moyenne de Y Score (en %)
A J 00,91 00,74 00,25
B J 00,69 00,84 00,63
B K 00,76 00,76 00,40
C K 00,60 00,84 00,80
Factor A Factor B Moyenne de X Moyenne de Y Score (en %)
A J 00,91 00,74 25,00%
B J 00,69 00,84 63,00%
B K 00,76 00,76 40,00%
C K 00,60 00,84 80,00%
Variables discriminantes Moyennes Score
Factor A Factor B X Y Score (en %)
A J 00,91 00,74 25,00%
B J 00,69 00,84 63,00%
B K 00,76 00,76 40,00%
C K 00,60 00,84 80,00%
Entêtes de colonnes
Typage des données
« méta-entête »
Variables discriminantes Moyennes Score
Factor A Factor B X Y Score (en %)
A J 00,91 00,74 25,00%
BJ 00,69 00,84 63,00%
K 00,76 00,76 40,00%
C K 00,60 00,84 80,00%
Formatage conditionnel
Les Graphiques
0.00
0.03
0.06
0.09
0.12
10 15 20 25 30 35Miles Per Gallon
Den
sity
gear
3gears
4gears
5gears
Distribution of Gas Milage
my.ggplot = qplot(mpg, data=mtcars, geom="density”…)
doc = addPlot( doc, fun = print, x = my.ggplot, legend = "ggplot example", width = 9, height = 7)
Les paragraphes / textes (1)
doc <- addParagraph( doc, value = c("Hello!", "How are you today?"), stylename = "Normal")
Les paragraphes / textes (2)
x = c( "[animal] eat [food].", "tigers eat [animal]." )# styles used for formating replacements textsrepl.styles = list(animal = textProperties( font.size = 12
, font.family="Courier New", color="#FF3333"), food= textProperties( font.size = 12
, font.family="Courier New", color="#8C8C8C" ))# replacements textsrepl = list( animal = "buffalos" , food = "grass" )
doc <- addParagraph( doc, value = x, stylename = "Normal", replacements = repl, replacement.styles = repl.styles)
Où le trouver
install.packages("devtools")devtools::install_github('R2DOC', 'davidgohel')devtools::install_github('R2DOCX', 'davidgohel')
http://davidgohel.github.io/R2DOCX/index.html
Sur le CRAN début 2014
BientôtR2PPTXGraphiques vectorielsIntégration Shiny
Quelques bonnes pratiquesDeploiement de R
Gestion des packages
• Monter un dépôt de package en interne
La majorité des sociétés ont des protections réseaux qui empêchent l’accès aux images des différents CRAN
(Les codes du proxy permettent de passer outre)
Assurer la compatibilité ascendante de vos codes
• Packager les codes
• R CMD CHECK exécutera les codes contenus dans l’aide de vos fonctions
• Gérer les versions
• Se brancher à un gestionnaire de sources (SVN, Git, etc.)
S3/S4/R5(SetRefClass)
• S3 : méthodes associés à des fonctions (pas des classes)
• S4 : plus rigoureux mais plus verbeux
• R5 : plus proche de la POO, idéal pour les objets qui « changent d’état »
Tester les codes
• Monter des machines virtuelles pour tester les codes sur les différents environnements à supporter
• Commencer par écrire les tests
L’intégration de codes compilés en C/C++/Fortran• Pour Windows, utiliser RTOOLS (Ripley et Murdoch)
• Contient MINGW
• Pour les autres OS, tout va bien (normalement)
L’intégration de codes compilés en JAVA• S’assurer de la disponibilité du JRE 6 ou 7 sur les machines des
utilisateurs
• Positionner NOAWT à 1 sous OS X
Travailler avec TCL/TK
• Programme à installer• Dépendant de la plateforme
• Il faudra modifier les variables d’environnement de votre système!
