Rapportannueld’activité 2017

Centredenationalderéférence

desvirusentériques

(entérovirusexclus)

Annéesd’exercice

2016

1-i

RésuméanalytiqueI. L’équipeduCNRdesvirusentériques

LeCNRdesvirusentériques(entérovirusexclus)estlocalisédanslelaboratoiredevirologieduCHUdeDijon.Ilybénéficied’uneautonomieadministrative (UFspécifique)maismutualiseauseindupôledebiologie locauxetéquipements.Ilaétérenouveléen2012etsonresponsableestleprofesseurPierrePothier.Sixbiologistes(environ3ETP),5techniciens(4,8ETP)et1secrétaireparticipentàl’activitédeceCNR.

II. LesmissionsetlecontexteLeCNRadesmissionsd’expertise,desurveillanceetd’alerteenlienavecSPFdansledomainedesgastro-entéritesvirales.EnFrancecommeenEurope,lesgastro-entéritesviralesposentsurtoutunproblèmedemorbidité,maisquiestpolymorphe.Polymorpheeneffetcardeuxvirusensontlesprincipauxagents, lesrotaviruset lesnorovirus;nousdisposonsd’unvaccinuniquementpourlepremier;troisgroupesdepatientssontprincipalementconcernésparcesinfections,lesenfantspourlerotavirusetpersonnesâgéesvivantencollectivités(EHPAsurtout)pourlesnorovirusetenfinlesimmunodéprimés;etcesinfectionssurviennentrégulièrementenpériodehivernaleoubienparépidémiesbrutales(casgroupés)lorsdecontaminationsalimentairesouhydriques.

III. LesobjectifsduCNRetlesprincipauxrésultatsen2016Danscecontexte,leCNRdesvirusentériquesaconcentrésesactionsautourde3objectifsprincipaux:1)l’expertisevirologiqueàapporteràlacommunautémédicale,2)lasurveillancedesgastro-entéritesinfantilesàrotaviruset3)lesgastro-entéritesépidémiquesenEHPA.• Activitésd’expertisevirologique- Evaluerlesréactifspourdiffuseruneinformationprécisesurlestroussesdediagnosticdesinfectionsànorovirusetàrotavirus.En2016,nousavonsévaluélasensibilitéetlaspécificitédesréactifsparimmunochromatographiepourladétectiondunouveaunorovirusdegénotypeGII.17.Nousavonsévaluonsdemêmepourlesréactifsmoléculaires.Lesrésultatsnouspermettentunconseilaviséauxcollèguesquinouscontactent.- Investigationsvirologiqueschezlesimmunodéprimés.Nousapportonsnotreexpertisedanslediagnosticetlesuividecespatients.Nousavonssuivi265patientsimmunodéprimésen2016.- Entérocolitesulcéro-nécrosantes:Nousrépondonsauxdemandesd’enquêtevirologiqueémanantdesservicesdepédiatrieoudesantépublique.- Bilanvirologiqueavanttransplantationdemicrobiotefécal.Nousapportonsnotreexpertiseauxinstitutionsenchargedelaréglementeretauxcliniciensutilisantcetraitement(transferttechniqueetconseils)• GastroentéritesinfantilesàrotavirusAfindepouvoirapprécierl’impactdelavaccinationsurl’évolutionoul’émergencedesgénotypesdurotavirus,leCNRaréaliséunesurveillancemoléculairedepuis2001-2002.Lesprincipauxrésultatssont:unevariabilitécycliquedesgénotypesG1,G2,G3G4etG9,unegrandevariabilitégéographique.Lespointssignificatifsdurantlasaison2015-2015sontlaré-émergencedugénotypeG9P[8](66%).Onretrouveunesituationcomparableàlasaison2004-2005.LegénotypeG1P[8]moinsfrésuentcettesaison(16,8%)restelepremier génotype toutes saisons confondues. Le génotype G12P[8] potentiellement en émergence et « àsurveiller»resteprésentmaisstabledepuissonémergenceavecunefréquencede2,6%.

• LesgastroentéritesépidémiquesenEHPA/EHPADou«casgroupés»degastroentéritesLe CNR des virus entériques en collaboration avec SPF, les CIRE et les ARS réalise les investigations virologiquess’intégrantdanslapriseenchargeépidémiologiqueglobaledecesépidémies.- La modification majeure de ces deux saisons hivernales de surveillance (2015-2016 et 2016-2017) a étél’émergencedugénotypeGII.17lorsdelasaisonhivernale2015-2016(129épidémiesàGII.17contre42auGII.42012)etsonremplacementfin2016(saison2016-2017)pardesnouveauxrecombinants(GII.16/GII.42012etGII.16/GII.2)ayantunepolyméraseprochedugénotypeGII.16- Uneétudeprospectiveeffectuéesurseptannéesconsécutivesmontrequelesépidémiesànorovirusreprésententunechargeimportantepourlesdesétablissementsdelongséjourquinécessiteraitd’êtreévaluéesurleplanmédico-économique.

IV. BilanLestravauxduCNRontfaitl’objetde12publicationsdansdesjournauxàcomitédelecturedepuisjanvier2016:2publications àdiffusionnationale,10publications internationales.Deplus,1publication est soumise et 3conférencesontétéeffectuéesentantquemembreinvité.

1-ii

SOMMAIRE

1 Missions et organisation du CNR des virus entériques ........................................................ 11.1. ObjectifsspécifiquesduCNRdesvirusentériques(entérovirusexclus) .............................. 1

1.1. L’équipeetl’organisationduCNR .................................................................................... 1

1.1.1. Fiched’identitéduCNR ............................................................................................ 1

1.1.1. L’équipeduCNR(2016) ............................................................................................ 1

2. ACTIVITESD’EXPERTISE ........................................................................................................... 22.1. EvolutiondestechniquesduCNR ...................................................................................... 2

2.1.1. Techniquesdéveloppéesouendéveloppement ........................................................ 2

2.1.2. Evaluationdestroussesdediagnostic ....................................................................... 3

2.1.3. Transfertdestechniquesàd’autreslaboratoires ....................................................... 32.1.4. Collectiondesouches,antigènesouanticorpsderéférence(annexe2) ....................... 4

2.2. Activitésd’expertiseduCNRen2016 ................................................................................. 4

2.2.1. Investigationsvirologiquesdesépidémies ................................................................. 4

2.2.1.1. Aspectquantitatifdesinvestigations ..................................................................... 4

2.2.1.2. Principalessouchesviralescaractérisées. .............................................................. 52.2.1.3. Conclusionssurlesvirusentériquescaractérisés. ................................................... 7

2.2.2. Bilanvirologiqueavanttransplantationdemicrobiotefécal ....................................... 7

2.2.3. Investigationsvirologiquesdecassporadiques. ......................................................... 7

2.2.3.1. Entérocolitesulcéro-nécrosantes .......................................................................... 72.2.3.2. Surveillancedepatientsimmunodéprimés ............................................................ 7

3. ACTIVITESDESURVEILLANCE ................................................................................................... 9

3.1. Surveillanceépidémiologiquedesgastro-entéritesarotavirus ............................................. 9

3.1.1. Réseaudepartenairesetrépartitiongéographique ................................................... 9

3.1.2. Bilandelasurveillancedelasaison2016-2016 .......................................................... 93.1.2.1. Distributionsaisonnièredesépidémiesàrotavirus: ............................................... 9

3.1.2.2. AnalysedelarépartitiondescombinaisonsgénotypiquesG/P: ............................ 10

3.1.2.3. AnalyseséparéedelarépartitiondesgénotypesGouP: ..................................... 12

3.1.2.4. Variationstemporo-spatialesdescombinaisonsdegénotypesG/P ....................... 14

3.1.3. Conclusion ............................................................................................................. 183.2. Surveillancedescasgroupésdegastro-entérites ............................................................... 19

3.2.1. Réseaudepartenairesetrépartitiongéographique ................................................. 19

3.2.2. Provenancedeséchantillons .................................................................................. 20

3.2.3. Caractéristiquesdesépidémies(2012–2016) ......................................................... 203.2.3.1. Saisonnalitédesépidémies ................................................................................. 20

3.2.3.2. Sitesetmodesdetransmission ........................................................................... 21

3.2.3.3. Virusencause(Figures17à19) ........................................................................... 26

3.3. Participationauxréseauxdesurveillanceinternationaux ................................................... 31

3.3.1. Réseauinternationaux«FBVE-Net»,NoroNet»et«EuroRotaNet» ........................ 31

1-iii

3.3.2. RéseauxaveclespaysAfricains .............................................................................. 31

3.3.2.1. RéseauavecleMaghreb(2016:Tunisie). ............................................................ 313.3.2.2. Programmed’AppuiàlaRechercheenRéseauenAfrique(PARRAF) ..................... 32

3.4. Etudesponctuellesconcourantàlasurveillance ............................................................. 32

3.4.1. SuividesétablissementslongséjourduCHUdeDijon .............................................. 32

3.4.2. Caractérisationdenouveauxvirusdanslessellesdepatients ................................... 324. ALERTE ................................................................................................................................. 33

4.1. CONTACTHEBDOMADAIREAVECSANTEPUBLIQUEFRANCE(SPF) ...................................... 33

4.2. PROCEDURESD’ALERTEDESPFETDESAUTRESPARTENAIRES ............................................ 33

4.2.1. Annonced’uneépidémiepartéléphoneauCNR(paruneARS,unlaboratoire..): ...... 33

4.2.2. Arrivéedeprélèvementssansannoncepréalable: .................................................. 334.3. DESCRIPTIONDEL’INFRASTRUCTUREINFORMATIQUE ...................................................... 33

4.3.1. TransmissiondesdonnéesàSPF ............................................................................. 33

4.3.1.1. Enregistrementd’uneépidémiedanslabaseVoozanoo: ..................................... 33

4.3.1.2. RendudesrésultatsàSPF: ................................................................................. 33

4.3.2. Anonymisationdesprélèvements ........................................................................... 335. Activitésd’information,deformationetdeconseil ................................................................. 35

5.1. Siteweb ....................................................................................................................... 35

5.2. Activitédeconseil ......................................................................................................... 35

5.3. Activitédeformation .................................................................................................... 355.4. Colloquesetréunionsscientifiques ................................................................................ 35

6. Travauxderechercheetpublicationsenlienavecl’activitéduCNR ......................................... 36

6.1. ActivitésderechercheenlienaveclesmissionsduCNR ..................................................... 36

6.1.1. Etudesappliquées:EvaluationderéactifspourladétectiondesnorovirusdontlenouveaugénotypeGII.17 ...................................................................................................... 36

6.1.2. EtudesépidémiologiquesenFranceetEurope: ........................................................ 366.1.2.1. Epidémiologiemoléculairedesnorovirusetévolutiondessouches. ...................... 36

6.1.2.2. Epidémiologiemoléculairedesrotavirus. ............................................................ 36

6.1.2.3. Epidémiologiedesgastro-entéritescommunautaireseteninstitutions. ................ 36

6.1.2.4. Epidémiologiedesgastro-entéritesliéeàlaconsommationd’aliment. .................. 366.1.3. Etudesdecascliniques ........................................................................................... 37

6.1.4. EpidémiologieenAfriquesubsaharienneetTunisie.............................................. 37

6.1.5. Etudesépidémiologiqueschezlesanimaux. ............................................................ 37

6.1.6. RecherchefondamentaleenlienaveclesactivitésdeCNR: ..................................... 37

6.2. PublicationsenlienaveclesactivitésduCNR(2016) ....................................................... 386.2.1. Publicationsnationales: ........................................................................................ 38

6.2.2. Publicationsinternationales: ................................................................................. 38

6.2.3. Communicationsnationales: .................................................................................. 38

6.2.4. Communicationsinternationales: .......................................................................... 38

1-iv

6.2.5. Communicationssurinvitation: ............................................................................. 38

7. Coopérationaveclaboratoiresdesantéanimale,hygiènealimentaire,environnement ............ 407.1. Coopérationsstructurellesdanslecadredenosactivitésdesurveillanceetd’alerte ......... 40

7.2. Coopérationsdanslecadredeprojetsderecherche ....................................................... 40

7.2.1. Coopérationsuniversitaires .................................................................................... 40

7.2.2. ProjetsLABEX,ANRetautresdéposésen2014 ........................................................ 407.2.3. CollaborationindustrielleaveclasociétébioMérieux .............................................. 40

7.2.4. Conclusionsurnoscoopérations ............................................................................. 41

8. Programmed’activitépourlesannéessuivantes .................................................................... 42

8.1. Activitésd’expertise ...................................................................................................... 42

8.1.1. Evaluationdetroussesdediagnostic ....................................................................... 428.1.2. Développementdetechniques: .............................................................................. 42

8.1.3. Modedeconstitution,destockageetmiseàdispositiondescollections: ................. 43

8.1.4. Travauxd’évaluationdetechniques: ...................................................................... 43

8.1.5. Projetsdetransfertsdetechniquesversd’autreslaboratoires: ................................ 44

8.1.6. RechercheliéesaveclesmissionsduCNRdesvirusdesgastro-entérites: .................. 448.2. Activitésdesurveillance ................................................................................................ 45

8.2.1. Surveillanceépidémiologiquedesgastro-entéritesàrotavirus ................................. 45

8.2.2. Surveillanceépidémiologiquedesgastro-entéritesànorovirus ................................ 45

8.3. Contributionàl’alerte ................................................................................................... 458.4. Activitéd’information,formationetconseil. .................................................................. 46

8.4.1. Modalitésdediffusiondel’information .................................................................. 46

8.4.2. Collaborationetexpertisesauprèsd’instancesnationalesouinternationales ........... 46

8.4.3. Activitédeformation ............................................................................................. 46

1

1 Missions et organisation du CNR des virus entériques Lesmissionsetl’organisationduCNRdesvirusentériques(àl’exclusiondesentérovirus)sontdétailléesdansl’annexe1.EllesavaientétédéfiniesdanslecahierdeschargesspécifiquesduCNRparuenjanvier2011pourlapériode2012-2016.Aceniveaunousn’aborderonsquelesmodificationsintervenuesen2016.

1.1. ObjectifsspécifiquesduCNRdesvirusentériques(entérovirusexclus)Lesobjectifsdesurveillancesontprincipalementlesgastro-entéritesinfantilesàrotavirusetlescas groupés de gastro-entérites principalement dues aux norovirus. Nous participons auxréseaux nationaux et internationaux, notamment européens pour optimiser nos actions desurveillanceetd’alerte.Auxobjectifsd’expertiseclassiquesdenotreCNR,nousavonsajoutéuneaideau«diagnosticdécentralisé» : (1)évaluationdes réactifsdediagnosticdesvirusentériques,principalementrotavirusetnorovirus,(2)aideauxindustrielspourledéveloppementderéactifsdediagnosticmoléculaireouimmunochromatographiqueet(3)aideauxlaboratoirespubliques(aidedirecteou transfert de compétence) pour la surveillance des gastro-entérites chez lesimmmunodépriméset les investigationsvirologiquesavanttransfertdeflorefécale(selon lesrecommandationsdel’ANSM).

1.1. L’équipeetl’organisationduCNR1.1.1. Fiched’identitéduCNR

LescoordonnéesduCNRetcellesduresponsablesontinchangées.Parcontrelenomduresponsableadministratifachangéaucoursdel’année2013.Ils’agitdorénavantde:MadameElisabethBEAU,DirectriceGénéraleduCHUdeDijonCHUdeDijon,BP77908,1,BoulevardJeanned’Arc,21079DijonCedex,FranceTéléphone:+33(0)380293575;Fax:+33(0)380293421E-mail:elisabeth.beau@chu-dijon.fr

1.1.1. L’équipeduCNR(2016)L’équipeduCNRn’apasétémodifiéeennombred’ETPdepuis2012.Lesmodificationssurvenuesdurantlapériode2012–2015sont:Iln’yapaseudemodificationniauniveaudesbiologisteouingénieur,niauniveaudel’équipede technicien(ne)s. Demême, au niveau du secrétariat (1ETP) (MadameCatherine ROYERavaitétéremplacéeparMadameAlexandraLIOTIERen2015).

2

2. ACTIVITESD’EXPERTISE2.1. EvolutiondestechniquesduCNR

2.1.1. TechniquesdéveloppéesouendéveloppementNousdisposonsdetouteslestechniquesdebiologiemoléculaire(PCRenpointfinal,PCRentemps réel et séquençage) permettant le diagnostic et la caractérisation génotypiquedesvirusconnuspourêtreresponsablesdegastro-entérites.Lesanalysesdesséquencesviralessontréaliséesàl’aidedelogicielstelsque«CodonCodeAligner»et«Bionumerics»aveclabase de données GenBank et une base de données spécifique du réseau européencontinuellementmiseàjouraveclessouchescaractériséesdanscecadre.Nousutilisons:• Les techniques mutualisées d’extraction automatisées sur EasyMag® (Biomérieux)

optimiséespourl’extractiondanslessellesdesgénomesdesvirus,desparasitesetdesbactériesenuneseuleprised’essai

• destechniquesdePCRentempsréelpourquantifierlesnorovirusmurin,lesnorovirushumainsGIetGIIetlesrotavirus.Cestechniquessontutiliséesentreautrepourquantifierlesvirusexcrétésdanslessellesdepatientsimmunodépriméscommelestransplantésetcelaafind’adapterlestraitementsousuivrelareconstitutionimmunologique.

• Depuis2013nousdisposonsd’unaccèsauxséquenceurshautdébit(RocheGSJunioretIlluminaMiSeq)delaplate-formehospitalière.

• Nousmaîtrisonslestechniquesdeculturecellulairedunorovirusmurinetnousutilisonsce virus très proche des norovirus humains comme substitut dans les évaluations desdésinfectantsetdesantiseptiques.

• Toutes les techniques immunologiques (ELISA, Cytométrie en flux, ELISPOT) pour ladétectiondesantigènesvirauxouréaliserdesétudessurlaréponseimmuneauxinfectionsentériques.

• NousavonsadaptéàlaculturecellulairelesnouvellessouchesdevirusAichi.Aujourd’hui,nous avons une collection des différentes souches et un stock d’antigène pour laréalisationdetestssérologiquespour levirusAichi.Cesstocksd’antigènesvirauxsontnécessairesauxenquêtesdeprévalencequenousconduisonsenFranceetdanslespaysdubassinMéditerranéenoud’Afrique.

• Parailleurs,nousavonsaccèsàunservicedemicroscopieélectroniqueàtransmissionetàbalayageparuneconventionentreleCHUetl’INRA.

Lesprocéduresderéférencedisponiblessontdétailléesdansl’annexe2(findedocument).• détectiondesadénovirusparPCRentempsréel• détectiondesvirusAichiparRT-PCRenpointfinal• détectiondesastrovirusparRT-PCRentempsréel• détectiondesbocavirusparPCRentempsréel• détectiondescoronavirusparRT-PCRenpointfinal• détectiondesrotavirusdugroupeAparRT-PCRentempsréel• génotypagedesrotavirusgroupeAparRT-PCRone-stepenpointfinal• détectiondesnorovirusparRT-PCRentempsréel• détectiondessapovirusparRT-PCRentempsréel

3

2.1.2. EvaluationdestroussesdediagnosticEntre 2012 et 2015 nous avions évalué les trousses de diagnostic des norovirus parimmunochromatographie et par RT-PCR en temps réel et celles pour des rotavirus parimmunochromatographie.RésultatspubliésdansJ.ClinVirol(2013)etJClinMicrobiol(2015)En2016,nousavonsévaluélestroussesdediagnosticdesnorovirusvis-à-visdugénotypeémergentGII.17.LesnorovirusGII.17sontdevenuslegénotypemajeurenAsieen2014/2015(Euro Surveill. 2015; 20(26)) puis en Europe.Nous avons donc évalué contre ceGII.17 lesréactifsdediagnosticdesnorovirusparImmunochromatographiedisponiblesenEurope(EuroSurveill.2016,21(4)).Lesrésultatssontprésentésdansletableau2,ci-dessous.

N°GII.17 Titre* RidaQuick

NorovirusSimple

NorovirusImmunocatchNorovirus

ActimNoro

ImmunoquickNorovirus

SDBioLineNorovirus

NadalNorovirusI+II

A 3,51x1010 Positif Positif Positif Positif Positif Négatif Négatif

B 1,55x1010 Positif Positif Positif Positif Positif Positif Positif

C 1,34x1010 Positif Positif Positif Positif Négatif Négatif Négatif

D 1,35x109 Positif Positif Positif Négatif Négatif Négatif Négatif

E 6,89x108 Positif Positif Positif Positif Positif Positif Négatif

F 4,88x108 Positif Positif Positif Positif Positif Négatif Négatif

G 9,39x106 Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif

H 6,54x106 Positif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif

I 4,90x105 Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif

J 1,12x104 Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif Négatif

Tableau1:Les7troussesdediagnosticévaluéessontcapablesdedétecterlesnorovirusGII.17maisavecunesensibilitédifférenteselon les titresdevirusdans lesselles.Certainestroussesnécessitentd’êtreamélioréespourpouvoirêtreutiliséesenroutinepuisquecettenouvellesoucheGII.17sembledevenirlaprincipalesoucheresponsabledesépidémieshivernales(résultatsdelasaison2015-2016).(RidaQuick®Norovirus(R-BiopharmAG,Darmstadt,Germany),SimpleNorovirus(Operon,S.A.,CuartedeHuerva,Zaragoza,Spain),ImmunocatchNorovirus(EikenChemicalCo.,Ltd.,Tokyo,Japan),ActimNoro(MedixBiochemica,Kauniainen,Finland),Immunoquick Norovirus (Biosynex S.A., Strasbourg, France),SD Bioline Norovirus (Standard Diagnostics, Inc., Yongin-si,Republic of Korea), Nadal Norovirus I + II (Nal vanminden, Regensburg, Germany) ; Immunoquick Norovirus = Norotop;ImmunoCardSTAT!®Norovirus(MeridianBioscienceEurope,Nice,France):nonévalué.)

1. l’évaluation de ces trousses de diagnostic nous permet de donner des conseilsappropriésauxlaboratoiresdemicrobiologievoulantlesutiliser.

2.1.3. Transfertdestechniquesàd’autreslaboratoires• Des réactifs pour le diagnostic des norovirus et des rotavirus sont désormais

commercialisés.Decefait,lademandedetransfertdetechniquesseposerarement.• Pourrépondreàlademandedeslaboratoiresfrançais,maisaussiétrangersoud’Outre-

Mer,nousfournissonsnosprocéduresetnousassuronsunsoutientechniqueàdistance,aubesoinnousaccueillonsunstagiaire.

• Néanmoins,lademandelaplusfréquentedeslaboratoiresfrançais,commeétrangers,estlafournituredetémoinspositifs.Nousdisposonsàceteffetd’unstockd’échantillonsdeselledontlevirusestparfaitementcaractérisé.

• Avec l’objectif de disposer d’un contrôle externe pour les testsimmunochromatographiques, nous avons développé une collection d’antigènessynthétiques sous forme de particules de synthèse (VLP) dérivées principalement desnorovirushumains.CesVLPcorrespondentauxprincipauxgénotypescirculantenFrance,dontlesderniersvariants(annexe2).

4

2.1.4. Collectiondesouches,antigènesouanticorpsderéférence(annexe2)• nosprélèvements,souchescaractérisées,VLPetanticorpssontdisponiblesgratuitement

àtousleslaboratoirespublicsquienfontlademande.• lamiseàdispositiondecesmatérielsbiologiquesvirauxàdessociétésprivéesestpossible

danslecadred’uncontratentrecessociétésetnotreétablissement.

2.2. Activitésd’expertiseduCNRen20162.2.1. Investigationsvirologiquesdesépidémies

2.2.1.1. Aspectquantitatifdesinvestigations• Dans laquasi-totalitédesépidémies, l’alerteaétéeffectuéepar SPF, lesCIREou les

délégationsterritorialesdesARSconcernées.Lesprélèvementsontététransmispardeslaboratoires publics ou privés, ou directement par l’établissement concerné parl’épidémie.L’acheminementaétéeffectuéparvoiepostaledanslaplupartdescasou–lorsque le nombrede prélèvements le justifiait - par un transporteur agréé ayant uneconventionavecleCNR(sociétéTSE,Lyon).

• En2016,nousavonsexpertisé348épidémiesdont290étaientpositivespourunvirusentérique soit 83,3% (pour 94,8% d’entre elles un norovirus était retrouvé dans lesprélèvementsdesellesseulouassociéàunautrevirus).

• Sionanalyseles58épidémies«négatives»(16,7%),onconstatequepour34(58,6%)d’entreellesnousn’avionsqu’unseulprélèvement.L’observationdesdonnéesmontrequ’endisposantde3à4prélèvementsparépidémienouspouvionsprouverl’étiologied’uneépidémiequandelleestvirale(Tableau2).

● Entre2012etavril2016,Nousavonsexpertisé1457épidémiesetdétectéunviruspour1218d’entreellessoit83,6%.Onaretrouvéunnorovirusseulouassociéàd’autresviruspour90,3%decesépidémiespositives.

Épidémiesannée=nombre

Virus Noro Sapo Rota Adéno Astro Aichi Entéro autres Agentinconnu

2012=338Monoinfections:266 237 5 20 4 0 0 0 59(17,5%)Infectionsmixtes:13 13 4 6 4 2 2 1

2013=304Monoinfections:254 232 3 9 7 3 0 0 38(12,5%)Infectionsmixtes:12 7 8 2 5 4 3 1

2014=242Monoinfections:174 156 5 6 3 3 0 1 57(23,6%)Infectionsmixtes:11 11 6 7 5 2 1 0

2015=225*Monoinfections:179 152 6 15 2 1 2 1 27(11,8%)Infectionsmixtes:19 19 7 6 3 3 5 1

2016=348Monoinfections:267 254 1 6 3 2 0 0 1 58(16,9%)

Infectionsmixtes:23 19 8 9 7 2 2 2 0

*:Quatreépidémiesn’ontpasétécomptabilisées.Lesprélèvementsreçusétaientnonconformesetnonanalysés.Tableau2:Prélèvementsanalysésen2016:758;soitparépidémiemoy.:3,2+/-1,8;médiane:2.● Épidémiespositives(290):

- prélèvementsreçus:1034;soitparépidémie:moyenne:3,6+/-1,9;médiane:3.- prélèvementspositifs:791;moyenne:276/épidémie+/-1,5;médiane:2.

● Épidémiesnégatives(58):o prélèvementsreçus:102:enmoyenne:1,8+/-0,9parépidémieetmédiane:1/épidémie.

5

Nombredeprélèvementsanalysés1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 13 15 21 23 24 27 Total

Nom

brede

prélèvemen

tspositifs

0 34 10 10 3 1 581 50 15 11 5 812 47 42 7 2 1 1 1003 26 17 3 1 1 1 1 504 16 6 4 1 1 1 295 9 7 1 176 2 27 1 1 1 38 2 29 1 1

11 1 120 1 121 1 123 1 125 1 1

Total 84 72 89 48 20 14 6 3 1 1 3 1 1 1 1 2 1 348

Tableau3:Nombredeprélèvementspositifsenfonctiondunombredeprélèvementsreçus.Pour137des290épidémiespositives,lenombredeprélèvementspositifscorrespondaitexactementaunombredeprélèvementsreçusaulaboratoireduCNR.Cetteproportionunpeuplusfaibleàcelleobservéelesannéesprécédentes:47,2%contre52,5%(2015),58,5%(2014),60,9%(2013)et49,5%(2012)et55,5%pourl’ensembledelapériode2012-2016.

2.2.1.2. Principalessouchesviralescaractérisées.o Norovirus(tableau4):o 2012–2016:Nousavonscaractérisé1206souchesdenorovirusdans1100épidémies

positives(≥1norovirus).LesnorovirusdugénogroupeII(GGII)représentent87,8%desnorovirus caractérisés durant cette période et sont toujours largementmajoritaires.Entre2012et2015legénotypeGII.4estlargementmajoritaireaveclevairant2012(ouSydney)apparudurantlasaisonhivernale2012-2013.

o 2016:297souchesdenoroviruspour273épidémies≥1norovirus.GGII:92,6%- Place des génotypes GII.4 dans les épidémies en 2016, le variant GII.4 2012 ne

représenteque12,5%dessouchesdenorovirus,soit le2èmegénotypedesnorovirusresponsablesdesépidémies,aprèslegénotypeGII.17.Alafinde2016estapparuunnouveaurecombinantlié–entreautre-àlacapsidedugénotypeGII.4,lerecombinantGII.16/GII.42012(autrerecombinantprocheetapparufin2016:GII.16/GII.2)

- LegénotypeGII.17.Cegénotypeavaitétédétectéponctuellementen2013,2014.Maisc’estungénotypeGII.17légèrementdifférentsquiaémergéen2015.Sonémergenceen France et en Europe cette saison en a fait le génotypemajeur de l’année 2016(Tableau 4, voir également chapitre activité de surveillance – surveillance des casgroupésdegastro-entérites).

- Les autres génotypes, GII.6,GII.7/II.6 et GII.7 sont très proches et peuvent êtrerelativementfréquentsselonlessaisons.Cefutlecasen2012(environ10%dessouchesdenoroviruscaractérisées)eten2014(13,4%)maisilsfurentraresen2016.

o Autresvirusdétectésen2016:- rotavirus:17souchesretrouvéesdans15épidémies.Leprincipalgénotypesretrouvé

étaitG9P[8]suividugénotypeG1P[8].- sapovirus5souchesdegénogroupeGI.2

6

- adénovirus:16souches:principalementdetypes1,2et3(respectivement2,5et2souches)ettype40/41(3souches).

- astrovirus:6souchesprincipalementdetype1(3souches)- Aichivirus:2souchesdetypeBretrouvéesdans2épidémiesl’uned’origine

alimentaire(huîtres)etl’autred’originehydrique(eaudedistribution)

2012 2013 2014 2015 2016

Norovirus GI GII % GI GII % GI GII % GI GII % GI GII %GInontypable 9 3,5% 5 1,9% 14 7,2% 4 2,1% 1 0,3%GI.1 1 0,5% 5 1,7%GI.2 6 3,1% 5 2,6% 2 0,7%GI.3 7 2,7% 9 3,4% 8 4,1% 8 4,1% 5 1,7%GI.4 5 1,9% 4 1,5% 2 1,0% 2 1,0% 4 1,3%GI.5 3 1,6% 4 1,3%GI.6 9 3,4% 10 3,8% 2 1,0% 5 2,6% 1 0,3%GI.7 3 1,2% GI.8 1 0,4% 1 0,5% GI.9 2 0,8% GIInontypable 8 3,1% 10 3,9% 10 5,2% 5 2,6% 14 4,7%GII.1 10 3,9% 3 1,2% 8 4,1% 17 8,9% 3 1,0%GII.2 2 0,8% 6 2,3% 8 4,1% 16 8,2% 9 3,0%GII.16/GII.2 9 3,0%GII.3 3 1,2% 2 1,0% 5 1,7%GII.21/II.3 1 0,4% 3 1,1% 2 1,0% 2 1,0% 1 0,3%GII.41987 1 0,3%GII.42009 91 35,0% 3 1,1% 4 2,1% GII.42009/2012 32 12,2% 25 12,9% 47 24,4% 31 10,4%GII.42012 88 33,8% 152 58,0% 70 36,1% 47 24,4% 37 12,5%GII.e/2012 2 1,0% 4 1,3%GII.16/GII.42012 14 4,7%GII.5 1 0,4% GII.22/II.5 1 0,4% GII.6 9 3,5% 12 4,6% 26 13,4% 3 1,6% 5 1,7%GII.7/II.6 6 2,3% 1 0,4% 1 0,5% GII.7 8 3,1% 2 0,8% 1 0,3%GII.8 1 0,4% GII.12 1 0,5% GII.13 1 0,4% 1 0,5% 1 0,3%GII.21/II.13 1 0,5% 1 0,3%GII.14 3 1,1% 1 0,5% 1 0,3%GII.16 1 0,3%GII.17 1 0,4% 3 1,5% 22 11,4% 133 44,8%GII.21 1 0,5% 1 0,3%GII.22 2 0,7%GIV.1 1 0,5%

total 33(13%)

227(87%) 31

(12%)231(88%) 34

(18%)160(82%) 27

(14%)166(86%) 22

(7,4%)275

(92,6%)

Tableau4:Souchesdenoroviruscaractériséesentre2012et2016.Onconstatelaprédominancedesnorovirus de génogroupe II, principalement les variants du génotype GII.4 (2009 puis 2012). LanomenclatureGII.42009/2012indiqueunediscordanceentreletypedelapolymérase(detype2009danscecas)etlacapsidedetype2012.Cettemêmenomenclatureestutiliséepourd’autresgénotypes,parexemple:GII.7/II.6.Leslettresenminusculeb,c,e,f,g,indiqueunepolymérasenonclasséeouenattentedeclassification. LanomenclatureGII.16/GII.2ouGII.16/GII.42012 indiqueun recombinantpolymérase/capside.

7

2.2.1.3. Conclusionssurlesvirusentériquescaractérisés.

• Lesnorovirusreprésententlamajoritédesvirusisolésàpartirdessellesanalyséesdanslecadred’uneinvestigationdecasgroupésdegastro-entérites.

• Ils’agitessentiellementdugénogroupeII.• LesvariantsdugénotypeGII.4étaientprédominantsetsesuccédaientselonuncyclede

2à3années.En2016,levariantGII.42012resteimportantavecpresque30%dessouchesdenoroviruscaractérisées,maisilarriveensecondepositionderrièrelegénotypeGII.17.

• L’hiver 2015 - 2016 a été marqué par l’apparition du norovirus GII.17. Ce génotypereprésentaitpresque45%dessouchesdenoroviruscaractérisées.

• L’hiver 2016 - 2017 marquée par le retour du génotype GII.4 avec l’apparition d’unnouveaurecombinantGII.16-GII.42012.

2.2.2. Bilanvirologiqueavanttransplantationdemicrobiotefécal

• Nousparticiponsdepuis2014àunprogrammederecherchesurletraitementdemaladieinflammatoire chronique intestinale par transplantation de microbiote fécal. Notreexpérienceaétémiseàdispositiondesautres laboratoiresafindefavoriser l’accèsàcettenouvellethérapeutique.

2.2.3. Investigationsvirologiquesdecassporadiques.2.2.3.1. Entérocolitesulcéro-nécrosantes

Entre2016,nousavonsexploré4«épidémies»d’entérocolitesulcéro-nécrosantes:- Deuxépidémiessansétiologievirale.- Unepositive:adénovirus3associéàunParéchovirus(2nouveau-néssur9analysés),- Unepositive:entérovirus+Parechovirus(3nouveau-néssur15analysés).

2.2.3.2. Surveillancedepatientsimmunodéprimés

Année2016:nousavonsreçu324sellesreprésentantlesuivide265patients.Nousn’avonsreçuqu’unseulprélèvementpour221patientset2à6prélèvementspour44patients.Lessellesde62patients(23,4%)étaientpositivespourunvirus(56patients)ouplusieursvirus(8patients).

- Noroviruspositifchez30patients.PrincipalementlesvariantsdugénotypeGII.4(14souches)etseulement2génotypesGII.17.Aladifférencedelapopulationgénéralenousn’avonspasconstatél’émergencedunouveaugénotypeGII.17durantl’année2016.

- Sapovirus:8positifs.- Adénovirus:14positifs.Principauxtypes:1(2),2(3)et41(2)etgroupeD(3).- Rotavirus:6positifs.- Aichivirus:4positifs(3typeAet1typeB).- Astrovirus:1positif.- CMV:1positif.- Entérovirus:4positifs.

8

Figures1aet1b:a:Répartitionsaisonnièredesvirusisolésdessellesdiarrhéiquesdes1779patientsimmunodépriméssuivis(1prélèvement/patient)entrejanvier2012etdécembre2016.b :Répartitionsaisonnièredesvirusisolésdessellesdiarrhéiquesdes265patientsimmunodépriméssuivis(1prélèvement/patient)entrejanvier2016etdécembre2016.Pourcomparaison,larépartition(%)descasgroupésdegastro-entéritesinvestiguésauCNR(courbepointilléenoire)durantlapériode2012-2016(a)oul’année2016(b)

0%

5%

10%

15%

20%

25%

30%

0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

janv fev mar avr mai juin juil aout sept oct nov dec

2012-2016

Pourcentagede

casg

roup

ésana

lysés

Nbrede

casc

hezlesim

mun

odép

rimés

Norovirus totaldesvirusisoléstotaldesprélèvements casgroupésdeGEreçusaulabo(%)

0%

2%

4%

6%

8%

10%

12%

14%

16%

18%

20%

05101520253035404550

janv fev mar avr mai juin juil aout sept oct nov dec

2016Po

urcentagede

casg

roup

ésana

lysés

Nbrede

casc

hezlesim

mun

odép

rimés

Norovirus totaldesvirusisoléstotaldesprélèvements casgroupésdeGEreçusaulabo(%)

9

3. ACTIVITESDESURVEILLANCE3.1. Surveillanceépidémiologiquedesgastro-entéritesarotavirus

3.1.1. RéseaudepartenairesetrépartitiongéographiqueUnesurveillancemoléculairedessouchesderotavirusenmilieupédiatriqueavaitétémiseenplace en prévision de la prochaine disponibilité de vaccins anti-rotavirus. Depuis 2004 etsurtout l’hiver 2006 nous avons développé un réseau de surveillance épidémiologique etmoléculairedesrotaviruscomprenant11CHUdeprovince,3établissementsdel’AssistancePubliquedeParis(hôpitauxdeSaintVincentdePaul-Necker,RobertDebréetTrousseau)et2CHR(Charleville-MézièresetOrléans).Ce réseau national est connecté à un plus large réseau européen, le réseauEuroRotaNet(figure2).

Figure2:Répartitiondescentresparticipantàl’étuderotavirusenmilieupédiatrique

3.1.2. Bilandelasurveillancedelasaison2016-2016Seize centres participent à cette étude depuis 2006 et 13 centres ont envoyé desprélèvementsdurantlasaison2015-2016.Touslesprélèvementsparvenusontétéanalysés.Autotal,nousavonsreçuetanalysé852prélèvementsdurantlasaison2015-2016(soit8871souchesderotavirus«génotypées»entre2006et2016)

3.1.2.1. Distributionsaisonnièredesépidémiesàrotavirus:

Lesinfectionsàrotavirussontsaisonnièresetsurviennentdurantlesmoisd’hiver.Cependantles résultatsdenotreétudeeuropéenne (réseauEuroRotaNet)montrentungradient Sud-NordetOuest-Estavecunpicd’infectionsplusprécoceenEspagne(décembreàfévrier)etplus tardif (avril-mai) dans les pays du nord et de l’est de l’Europe.En France, le pic desinfectionsdelasaison2015-2016estapparuenmarsetlestroismoisdurantlesquelsilyavaitleplusdeprélèvementspositifsétaientfévrier-mars-avril.Cefutégalementlecaslasaisondernièreetc’estaussicequel’onobservesurlesrésultatscompilésdessaisons2006à2016(figure3).Globalementilyapeudedifférenced’uneannéeàl’autrepuisquelepicdesinfectionsalieuenmars8saisonssur10de2008à2016, lesautresayanteulieuenfévrierpour lasaison

10

2007-08 et en avril pour 2006-07. Lesmois les plus importants sont février à avril pour 7saisons(2006-07,2009-10etde2011à2016)etjanvieràmarspourles3autres(2007-08,2008-09et2010-11).

Figure 3 : Distribution temporelle des infections à rotavirus pour la saison 2015-16 comparée auxmaximumsetminimumsdessaisonsde2006à2016.

3.1.2.2. AnalysedelarépartitiondescombinaisonsgénotypiquesG/P:

• RésultatsobtenusenFrance(figures4):Bilan2006-2016:Lerecueildesprélèvementssurl’ensembledessaisons2006-2007à2013-2014estde8871souchesderotavirustotalementoupartiellementcaractérisées(figure6aettableau4).LessixprincipalescombinaisonsdegénotypesG/P(>1%)ontétédurantcesneufannées:G9P[8](66,0%)suiviedeG1P[8](16,8%),cumulantàellesseules82,8%dessouchesdétectées, puis G3P[8] (6,4%) et G2P[4] (3,8%) Les autres combinaisons d’importancesignificative étaient G4P[8] (2,0%) et G12P[8] (2,6%). Ainsi, les quatre combinaisonsgénotypiquesclassiques(G1P[8],G2P[4],G3P[8]etG4P[8])représentaientseulement29,0%dessouches«génotypées».LegénotypeG9P[8]représentelepremiergénotypeentermedefréquence(66,0%),cequin’avaitpasétéobservédepuissapremièreémergenceaucoursdelasaison2004-05(figure8).Lesgénotypes ou combinaisons atypiques (incluant notamment quelques associations degénotypesGetPclassiques)représentent0,4%etlesinfectionsmixtes0,6%.

Saison2015-2016(figure4bettableau4):Encomparaisonavecl’étudeglobale,lesrésultatsimportantsdecettedernièresaisonsont:

1) LegénotypeG9P[8]aré-émergéavecunefortefréquencededétection(66,0%).2) Lesautresgénotypesimportantssont:

a. G1P[8](16,8%),cegénotypedemeurenéanmoinslepremiergénotypetoutessaisonsconfondues

b. G3P[8]retrouvesonniveaumoyenentermedefréquence(6,4%vs7,3%surlapériode2006-2016).

3) G12P[8]resteprésentmaisstabledepuissonémergenceavecunefréquencede2,6%.

11

Figure4a:DistributiondescombinaisonsdegénotypiquesGetPdesrotavirusdétectésenFrancedurantl’ensembledelasurveillance2006-2016(8859souches).

Figure4b:DistributiondescombinaisonsdegénotypiquesGetPdesrotavirusdétectésenFrancedurantlasaison2015-2016(840souches).

Lapersistanced’uncertainnombredesouchesnontypables(1,4%)estliéeàl’améliorationde nos méthodes de détection et ne reflète pas l’émergence de souches atypiques. Ladétection par PCR en temps réel, plus sensible, entraîne en effet une augmentation desprélèvementsdiagnostiquéspositifssansquel’onpuissecaractériserplusendétaillerotavirusdétectépar les techniquesconventionnellesdebiologiemoléculairecar leschargesviralessontgénéralementtrèsfaibles.

• LesrésultatsobtenusenEurope,2006-2012(figure5)

Les résultats globaux ne sont disponibles que pour les saisons 2006 à 2012. Ils sontsensiblementdifférentsdeceuxobservésenFrancepour2combinaisonsgénotypiques.Le

12

génotypeG9P[8]aété,durantcessixannées,plusfréquentenFrancequedansl’ensembledespayseuropéensparticipantàl’étude,14,5%enFrancecontre11,1%pourl’ensemble.Aucontraire, le génotype G4P[8] a été moins fréquent en France, 3,0% contre 15,4%. Enrevanche,legénotypeG1P[8]estlargementprédominant,mêmesisafréquenceestunpeumoindre.Parailleurs, lesrésultatsdelasaison2011-2012montrentlesmêmestendancesquecellesmentionnées en France ces deux dernières saisons, une diminution de la fréquence dugénotype G9P[8] et l’émergence du génotype G12P[8]. Mais ces résultats globaux nereflètentpasl’extrêmediversitéd’unpaysàl’autre(figures11).

Figure 6 : Distribution des combinaisons génotypiques des rotavirus détectés en Europe durantl’ensembledelasurveillance2006-2012.

3.1.2.3. AnalyseséparéedelarépartitiondesgénotypesGouP:L’analyseséparéedesgénotypesG(tableau7etfigure7aet7b)montreunerépartitiondessouchessemblableàcelleobservéepourlescombinaisonsG/P.LesgénotypesGinhabituelsdétectésenFranceen2015-2016ontétéG6(0,1%)etG10(0,1%).AucungénotypeG5ouG8n’aétécaractérisédurantlasaison2015-2016.

Lefaitmarquantdecettesaison2015-2016estlafréquenceélevéedesrotavirusdegénotypeG9(560prélèvements(65,3%)).LegénotypeG12(22prélèvements(2,6%)sembledésormaisbien implantéet circule régulièrementenFrancedepuis sonémergence,aprèsune saison2013-14plutôt«creuse»(7prélèvements(0,6%)).CetteémergencedugénotypeG12P[8]aétéobservéedanstoutel’Europemaisavecdesdifférencesselonlespays.L’Espagneestlepaysoùcetteémergenceaétélaplusmarquéeavecunefréquence>60%danslaPaysBasque(figure11b).

G1P[8]46,0%

G2P[4]11,6% G3P[8]

6,0%

G4P[8]14,8%

G9P[8]11,1%

G12P[8]:1,9%

souchesatypiques:2,3%

Infectionsmixtes:3,8%Nontypables 2,6%

13

Tableau5:DistributionetprévalenceparannéedesgénotypesGetPdétectésenFranceentre2006et2016etdurantlasaison2015-2016.

Nombredesouchesderotavirusgénotypées 2006-2015 2015-2016 2006-2016 n=7751 n=858 n=8609Ggenotypesa G1 4788 (61,8) 142 (16,6) 4930 (57,3)G2 562 (7,3) 32 (3,7) 594 (6,9)G3 673 (8,7) 55 (6,4) 728 (9,0)G4 205 (2,6) 17 (2,0) 222 (2,6)G6 16 (0,2) 1 (0,1) 17 (0,2)G8 16 (0,2) 16 (0,2)G9 1473 (19,0) 560 (65,3) 2033 (23,6)G10 1 (<0,1) 1 (0,1) 1 (<0,1)G12 116 (1,5) 22 (2,6) 138 (1,6)Gtypemixedinfections G1+G2 18 (0,2) 18 (0,2)G1+G3 21 (0,3) 1 (<0,1) 22 (0,3)G1+G4 8 (0,1) 8 (0,1)G1+G9 52 (0,7) 8 (<0,1) 60 (0,7)G2+G3 1 (<0,1) 1 (<0,1)G2+G4 1 (<0,1) 1 (<0,1)G2+G9 3 (<0,1) 1 (<0,1) 4 (<0,1)G3+G4 2 (<0,1) 2 (<0,1)G3+G9 20 (0,3) 1 (<0,1) 21 (0,3)G4+G9 3 (<0,1) 1 (<0,1) 4 (<0,1)Pgenotypesa P[3] 3 (<0,1) 3 (<0,1)P[4] 569 (7,3) 35 (4,1) 604 (7,0)P[5] 1 (0,1) 1 (<0,1)P[6] 46 (0,6) 3 (0,4) 49 (0,6)P[8] 7131 (92,0) 805 (95,3) 7936 (92,2)P[9] 6 (0,1) 6 (<0,1)P[14] 8 (0,1) 1 (0,1) 9 (<0,1)Ptypemixedinfections P[4]+P[8] 33 (0,4) 33 (0,4)

aIncluslesinfectionsmultiples

LesgénotypesP(tableau4etfigures8aet8b)sontpeudiversifiésettrèslargementdominésparlegénotypeP[8](globalement92,2%et95,3%en2015-1016),alorsquelegénotypeP[4]représenteglobalement7,0%et4,1%cettedernièresaison.

Ce résultat concernant le génotype P[4] est à considérer dans le suivi des effets de lavaccination(enparticulieraveclevaccinRotarix®constituéd’unesoucheG1P[8]atténuée).Entre2006et2016,lesgénotypesatypiquesenFranceétaientreprésentésparP[3],P[5],P[6],P[9]etP[14]:70souchessoit0,8%des8609souches.Durantlasaison2015-2016nousavonsdétectélesgénotypesP[6](3souches),P[5]etP[14](1souchechacun)soit0,6%dessouches.

14

Figure7a:DistributiondesgénotypesGetPdétectésenFranceentre2006et2016.

Figure7b:DistributiondesgénotypesGetPdétectésenFrancedurantlasaison2015-2016

LaconstancedelaprévalencedugénotypeP[8]entre2006et2016estrassuranteetdoitêtre soulignée s’agissant de l’efficacité de la vaccination puisque les deux vaccinscommercialiséspossèdentcettevalenceantigéniquedansleurcomposition.

3.1.2.4. Variationstemporo-spatialesdescombinaisonsdegénotypesG/P

3.1.2.4.1. VariationsdesgénotypesG/Pentre2006-2016(figure9):o ÉvolutiondesgénotypesG/P«classiques»:l’évolutiondesgénotypesG/Pdurantcette

périodedesurveillanceestmarquéepar:1. La prédominance du génotype G9P[8] : après sa brutale émergence en 2004-2005

(65,0%), sa fréquence diminuait régulièrement de 25,1% à 6,3% en 2012-2013. Saréapparitionàuntauxélevéaucoursdes2précédentessaison(21,1%en2013-2014puis30,9%en2014-15)puissa réémergenceaucoursde lasaison2015-16 (66,0%)soulève des questions quant à sa circulation et son évolution. Il sera important decomparer nos résultats à ceuxobtenus en Europe, l’émergencebrutale observée en2004-2005avaitétéunphénomèneobservésurtoutlecontinent.

2. LegénotypeG1P[8]stabledepuis10ansavusafréquencechutéeaveclaréémergencedesG9P[8](entre53,0%et73,1%;16,8%en2015-2016).Phénomèneadéjàobservéen2004-2005.

15

3. GénotypeG12P[8]:sonémergencerécente(4,2%en2011-12et3,0%en2012-2013)laissaitpenserqu’ildeviendraitl’undessixgénotypesimportantsenFrance.Aprèsunesaison2013-2014creuse(7souches;0,6%),cegénotypeaétédétectéàunefréquencede 2,1% (23 souches ; 2,1%) en 2014-2015 puis 2,6% en 2015-2016, confirmant lapersistancedelacirculationdesrotavirusG12enFrance.

4. LesautresgénotypesG2P[4],G3P[8]etG4P[8]évoluentde façoncycliqueselon lessaisons:G2P[4](entre1,6%et17,2%);G3P[8](entre1,6%et19,3%);G4P[8](entre0,3%et7,3%).Lesdifférencesavecletableau1s’expliquentparlefaitquecedernierneprendpasencomptelescombinaisonsdegénotypesGetP.

Figure8 :ÉvolutiondescombinaisonsdegénotypesG/PderotavirusenFranceentre2001et2016.Lapériode2001à 2006 est une étude limitée. Saprésentation sur cette figurea pour but demontrer labrusqueémergencedugénotypeG9lorsdelasaison2004-2005.

o Génotypesoucombinaisonsatypiques:1. en dehors du génotype G12P[8], décrit précédemment dans les souches dites

« classiques », les génotypes atypiques sont des combinaisons associant l’un desgénotypesG6,G8,G10,P[3],P[5],P[6],P[9]etP[14].Surl’ensembledel’étudeellesreprésentent 70 souches (0,8%) dont 5 (0,6%) en 2015-2016. Parmi ces génotypesinhabituels,legénotypeP[6]estleplusimportant(49souchesautotaldont3en2015-2016).Certainesdecessouchespeuventêtred’origineanimale.

2. lescombinaisonsatypiques,parexempleG2associéàP[8]ouG1,G3,G4,G9ouG12associéàP[4]représentent0,9%dessouchesdétectéesde2006à2016et0,3%surladernièresaison(3souchesG9P[4]durantlasaison2015-2016).

3.1.2.4.2. Variabilitégéographiquedesgénotypesderotavirus:Nousavionsmontrédanslesprécédentsrapportsqu’ilexistaitunevariabilitégéographique,selon les centres (figure 9).Nous retrouvons lors de cette saison 2015-2016 cettemêmevariabilitégéographiquemaismoinsmarquée.Elleconcernetouslesgénotypes,notammentlegénotypeG9P[8]responsablede44.3%à79.1%descasdansdescentresgéographiquementéloignés.LegénotypeG2P[4]esttrèsvariablesvoireabsentd’uncentreàl’autre,safréquenceallantde0%(Saint-Etienne,Poitiers,Charleville)à13,6%àDijon.

16

Figure9:DistributiondesgénotypesenFranceselonlescentresdurantlasaison2015-2016.

Pour le génotype G12P[8], quelques souches ont été détectées dans 3 centres (Dijon,MontpellieretParis).Lafigure10montrequeglobalementlegénotypeG12P[8]circuledanstouslescentresduréseaudepuissonémergence.

Figure10:FréquencesdedétectiondugénotypeG12P[8]enFranceselonlescentresde2009à2015(enrouge:saisonsd’émergence;enbleu:saisonsavantetaprèsémergence)

17

LavariabilitégéographiqueenEuropedanslespaysparticipantauréseauestégalementtrèsmarquée (figure 11a). Le génotype G1P[8] est prédominant sauf en Autriche, Belgique etBulgarie.LafréquencedugénotypeG2P[4]variebeaucoupatteignant,elleestimportanteenAutriche, Belgique et Bulgarie. La vaccination est recommandée et remboursée depuisplusieurs années dans les deux premiers pays avec une excellente couverture vaccinale.Cependant,ilestdifficileàcejourd’entirerdesconclusionsquantàlaresponsabilitédecettevaccinationdanslasélectiondecegénotypemoinsbiencontrôléparlevaccinmonovalentRotarix™.LaBelgique,effectivement,utiliseessentiellementcevaccinmonovalent,L’Autricheautiliséalternativementselonlesannéeslevaccinmonovalentoulepentavalent(RotaTeq®),laBulgarieaunefaiblecouverturevaccinale.LaFinlandeestletroisièmepayseuropéenoùlavaccinationestimplantéedepuisplusieursannéesavecuneexcellentecouverturevaccinale;ils’agitprincipalementduvaccinpentavalent.

Figure11a:DistributionglobaledesgénotypesderotavirusenEuropeselonlespaysparticipantauréseauEuroRotaNetdepuis2006jusqu’à2013(n=47549).

Figure11b:DistributiondesgénotypesG12enEuropeselonlessaisonshivernalesentre2006et2013(n=1451).

18

Globalement, la fréquence du génotype G12P[8] est comparable en France, Allemagne,BelgiqueetRoyaume-Uni.ElleestbeaucoupplusimportanteenEspagne,maislorsquel’onsuit l’évolutionde la fréquencedecegénotypeG12aucoursdessaisons,onconstateunediminutionde lacirculationdecegénotypedanstous lespayseuropéens lorsde lasaison2012-2013.

3.1.3. ConclusionCette surveillance épidémiologique des souches de rotavirus s’est effectuée en France endehorsdetoutepressionvaccinale.Eneffet,lacouverturevaccinalenedépassepas8%tousvaccinsconfondus.Lesrésultatssignificatifssont:• Ladistributionsaisonnièredesépidémiesdegastro-entéritesàrotaviruss’étaleenFrance

principalement entredécembreet avril avecde faibles variations selon les saisons. Parcontre, il semble exister une différence entre les centres parisiens, où les épidémiescommenceraientplustôt,dèsdécembre,suiviparlesautrescentresdeprovincedefévrieràavril.

• Répartitiondesgénotypesdesrotaviruso lalargeprédominancedugénotypeG1àl’exceptiondessaisons2004-2005et2015-2016.o l’émergencedenouveauxgénotypes:

- legénotypeG9estdevenu,depuislasaison2004-2005,ungénotype«classique»avecG1,G2,G3etG4.Ilaré-émergéaucoursdelasaison2015-2016avecuneforteprévalence(66,0%).- l’émergence dès la saison 2011-2012 du génotype G12, globalement moinsbrutalequecelledugénotypeG9,représentaitenFranceenviron4%dessouchesavecdesdifférencessignificativesselon lescentres,etselon lespayspour l’étudeeuropéenne.Cegénotyperestemarginalmaisglobalementstablesurles5dernièressaisonsenFrance.

o lavariationcycliquedesgénotypesG2,G3etG4.LegénotypeG2P[4]doitcependantêtre plus particulièrement suivi dans les pays où la couverture vaccinale est élevée,principalementaveclevaccinmonovalent.o lastabilitédelafréquencedessouchesinhabituelles(notammentlegénotypeP[6])etl’existence,parmi celles-ci,desouchesd’origineanimale infectant lesenfantsde cetteétude.

• Outre cette variabilité saisonnière des génotypes, il existe une grande variabilitégéographique. Variabilité selon les centres en France et quelle que soit la saison. Cettevariabilitéestégalementretrouvéeauniveaudespayseuropéens.

19

3.2. Surveillancedescasgroupésdegastro-entérites3.2.1. Réseaudepartenairesetrépartitiongéographique

• SantéPublicFrance(SPF)etlesCIRE,lesDélégationsterritorialesdesARSetd’autrepartlesserviceshospitaliers,lesCLINoulesservicesd’hygiènedesétablissementsdesoins.

LesDélégationsterritorialesdesARSoulesCIREnotifient lesépidémiesetdéclenchentl’alerteetl’investigationvirologique.Plusrarement,l’alertenousestdonnéeparunservicehospitalier,leCLINouleserviced’hygièned’unétablissementdesoins.

Toutes les données nous parvenant sont immédiatement transmises à SPF pour lacoordinationdesinvestigationsépidémiologiquesetvirologiques.SPFetlesCIREréalisentles investigationsépidémiologiques.UnpointhebdomadairetéléphoniqueavecSPFestréalisé tous les mardis pour coordonner et suivre au plus près les investigationsvirologiquesetépidémiologiques.

Outrecepointhebdomadaire,nousavonsaveclesCIRE,lesDélégationsterritorialesdesARSet lesétablissementsconcernésdescontactsétroits toutau longdu traitementdel’épidémie (rendu rapide des résultats, éventuellement résultats intermédiaires,informationsurlesvirusencauseetlesantiseptiquesoudésinfectantsefficaces).

• RéseauSentinelle:NotreinterlocuteurestleDrMathieuRIVIERE.

• Lesautreslaboratoiresderéférence- IFREMER–CentredeNantes(DrSoizicLEGUYADER):laboratoirederéférencepourlesvirusentériquesdans lesproduitsdelamer.Ce laboratoirefaitpartiedumêmeréseaueuropéenquelenôtre(«EVENT/DIVINE»).Nouscollaboronsétroitementetentempsréelpourtouslescasgroupésdegastroentéritesdontl’originesuspectéeestunproduitdelamer(alerte,investigation,comparaisondessouchesetc…).- ANSES–UnitédevirologiedesAlimentsetdel’eau,MaisonsAlfort(DrSylviePERELLE):laboratoirederéférencepourl’eauetlesaliments.Nouscollaboronsaveccelaboratoirepourtous lescasgroupésdegastroentéritesdont l’originesuspectéeestalimentaireouhydrique(alerte,investigation,comparaisondessouches…).- ANSES – Laboratoire d’Hydrologie de Nancy, 40, Rue Lionnois F-54000 NANCY (DrBenoîtGASSILLOUD).- CentresdeRéférencepourlesHépatitesAetE.AP-HP-ParisPaulBrousse(PrAnne-Marie ROQUE-AFONSO) et CHU de Toulouse (Pr Jacques IZOPET). Nous collaboronsétroitement avec ces CNR, notamment pour les épidémies d’origine hydrique oualimentaire.- CentresdeRéférencedesentérovirus,HospicesCivilsdeLyon(PrBrunoLINA)etCHUdeClermont-Ferrand (PrHélènePEIGUE-LAFEUILLE).NouscollaboronsétroitementaveclesCNRdesentérovirus:nousassuronsladétectiondanslesselles,encasdepositivitélevirus ou le prélèvement est adressé au CNR des entérovirus pour une caractérisationmoléculaireetuneenquêtevirologiquespécifique.

20

3.2.2. Provenancedeséchantillons

Figure 12 : Répartition géographique des épidémies reçues durant les années 2012 à 2016 et plusspécifiquementcellesreçuesen2016.Laplupartdesdépartementsnousontenvoyédesprélèvementsaumoinsunefoisdurantlescinqannées.

3.2.3. Caractéristiquesdesépidémies(2012–2016)

3.2.3.1. Saisonnalitédesépidémies

• Saisonnalitéselonlesiteetlemodedetransmission(fig13):Lasaisonnalitéhivernaleesttrèsmarquée pour les épidémies survenant en EHPAD et hôpitaux, au contraire de cellessurvenant dans les centres pour adultes ou lors de réceptions. On retrouve cette mêmedifférencesi l’oncomparelesépidémiestransmissentdepersonne-à-personne(hivernales)decelletransmissentparlesalimentsoul’eau(toutel’année).

21

Figure13:Environ70%desépidémiesanalyséesauCNR(2012-2016)sontsurvenuesentrenovembreetmars.Cettefortesaisonnalitéhivernaleconcernelesépidémiessurvenantenétablissementsdesoins(75%),mais pas celles survenant en collectivités oudans les restaurants (50%). Cettedifférencedesaisonnalitédesépidémiesentremaisonsdesoinsetcollectivitésestmoinsmarquéepourl’année2016(respectivement65%et60%).Onobtient lesmêmesdifférencesdesaisonnalitési l’oncompare lesépidémiestransmisedepersonneàpersonneàcellesd’originealimentaireouhydriques.

3.2.3.2. Sitesetmodesdetransmission

• Mode de transmission (Tableau 8, figures 14a/b et 15) : Durant l’année 2016, le mode detransmissionrestaitinconnuounonrenseignépour72épidémies(20,7%).Lemodedetransmissiondepersonneàpersonne, leplus fréquent,est incriminédans185épidémies (53,2%).Uneoriginealimentaireétait à l’originede83épidémies (23,8%)etuneoriginehydriqueaété trouvéepour8épidémies(2,3%).Respectivementpour2012-2016(total1457épidémies):Origineinconnue:398épidémies(27,3%);personneàpersonne:770(52,8%);alimentaire:265(18,2%);originehydrique:24(1,6%).

• Siteouétablissement(Tableau8etfigures14/bet16):Lamajoritédes348épidémiesen2016est

0

50

100

150

200

250

300

350

janv fev mars avr mai juin juil aout sept oct nov dec

2012-2016

Nbrede

casg

roup

ésana

lysésa

uCN

R

maisonsretraite/Hôpitaux Resto/collectivitésenf-adultes

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

janv fev mars avr mai juin juil aout sept oct nov dec

2016

Nbrede

casg

roup

ésana

lysésa

uCN

R

maisonsretraite/Hôpitaux Resto/collectivitésenf-adultes

22

survenuedansdesEHPAD:223soit64,1%.Lesautressitessontdesserviceshospitaliers(30/8,6%),réceptionsoubanquets(48/13,8%),écolesoucentresd’enfants(20/5,7%),collectivitésd’adultes(21/6,0%)etcommunes(6/1,7%).Respectivementpour2012-2016:LamajoritédesépidémiessontsurvenuesenEHPAD(974/66,8%),168enhôpital(11,5%),148lorsderéceptions(10,2%),47dansdescentrespourenfants(3,5%),99encentrespouradultes(7,3%)et21épidémies(1,7%)dansdescommunesoudistricts.

àQu’ils’agissedumodedetransmissionoudusitedel’épidémie,larépartitionobservéeen2016estsimilaireàl’ensembledelapériode2012-2016.

• Relationsiteetmodedetransmission(Tableau8, figures14aetb) :LamajoritédesépidémiesprovientdesEHPADoudesserviceshospitaliers.Lemodedetransmissionestdepersonne-à-personne(49,1% en 2016 et 48,7% entre 2012-2016) ou inconnu (18,1% en 2016 et 24,8% en 2012-2016).L’originealimentaireyesttoutefoisretrouvéedans5,2%(2016)ou4,4%(2012-2016)desépidémies.Commeattendu,uneoriginealimentaireestprincipalementtrouvéedanslesépidémiessurvenantlorsd’uneréception,danslesécolesetdanslescentrespouradultes.

Modedecontamination2016 persàpers inconnu aliments hydrique Total

EHPAD 156(44,8%) 52(14,9%) 14(4,0%) 1(0,3%) 223(64,1%)hôpitaux 15(4,3%) 11(3,2%) 4(1,1%) 0 30(8,6%)réception 3(0,9%) 1(0,3%) 44(12,6%) 0 48(13,8%)centreenfants 5(1,4%) 4(1,1%) 11(2,6%) 0 20(6,0%)centreadultes 5(1,4%) 4(1,1%) 9(3,2%) 3(0,9%) 21(5,7%)commune 1(0,3%) 0 1(0,3%) 4(1,1%) 6(1,7%)Total 185(53,2%) 72(20,7%) 83(23,9%) 8(2,3%) 348

2012-2016 persàpers inconnu Aliments eau TotalEHPAD 619(42,5%) 299(20,5%) 50(3,4%) 6(0,4%) 974(66,8%)hôpitaux 91(6,2%) 63(4,3%) 14(1,0%) 0 168(11,5%)réception 8(0,5%) 6(0,4%) 134(9,2%) 0 148(10,2%)centresenfants 36(2,5%) 16(1,1%) 41(2,8%) 6(0,4%) 99(6,8%)centresadultes 11(0,8%) 12(0,8%) 24(1,6%) 0 47(3,2%)commune 5(0,3%) 2(0,1%) 2(0,1%) 12(0,8%) 21(1,4%)Total 770(52,8%) 398(27,3%) 265(18,2%) 24(1,6%) 1457

Tableau 8 : Répartition des épidémies selon le site et lemode de contamination. Les observationsrapportées pour 2016 ne sont pas significativement différente de celles des années 2012 à 2016.(Tableau8etfigures14).

• Lenombred’épidémiespar saisonest liéà l’émergenced’unnouveauvirus (variantougénotype).Lasurveillance2012–2016enestunexempleavecuneforteépidémiedurantlasaisonhivernale2012–2013dueaunouveauvariantGII.42012ouSydney(Figures15à19).- Lasaison2015–2016estparticulière, l’épidémieestdueà l’émergenced’ungénotypeGII.17.Elleaétéimportantemaisplustardiveetplusétalée,jusqu’enavril2016,ainsilepicépidémiqueestundesplusbas.ContrairementauxvariantsGII.4plusfréquemmentretrouvédanslesépidémiestransmisesdepersonneàpersonne,cegénotypeGII.17estretrouvédansles épidémies en EHPAD transmises de personne à personne et également dans cellesobservéeslorsderéceptionsoud’originealimentaire.- L’épidémie2016-2017amontréunretourdesvariantsGII.42012,maisprincipalementsousune forme recombinanteGII.16/GII.4 2012 (associé avecunepolyméraseGII.16). LegénotypeGII.17,toujoursprésent,n’estplusmajoritaire.

23

Figure14:Relationentretyped’établissementetlemodedetransmission:(a)Bilandel’activitéduCNRen2016et(b)bilandel’activitéentre2012et2016.Figures15et16:Evolutiondecetteactivitédepuislasaison2011/2012à2016/2017.

persàpersinconnu

alimentshydrique

0

20

40

60

80

100

120

140

160

EHPAD hôpitaux réception centreadultes

centreenfants

EpidémiesexploréesauCNRen2016

Sites

Modedetransmission

Nbrede

casg

roup

és

------------

------------

persàpersinconnu

alimentshydrique

0

100

200

300

400

500

600

700

EHPAD hôpitaux réception centreadultes

centreenfants

EpidémiesexploréesauCNRen2016

Sites

Modedetransmission

Nbrede

casg

roup

és

------------

------------

Figure 14a

2016

Figure 14b

2012 à 2016

24

0 20 40 60 80

100

120

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

20112012

20132014

20152016

2017

Nombre d'épidémiesFig 15: Transm

ission des épidémies de gastroentérites en collectivités (2012 -2016)

Inconnuepers-pers

aliment

Hydrique

nombre d'épidém

ies

25

0 20 40 60 80

100

120

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

20112012

20132014

20152016

2017

Nombre d'épidémiesFig 16 : Epidém

ies de gastroentérites selon le site (2012 -2016)

Maisons de retraite

hôpitalR

éception/restaurantEcole

Centre adultes

nombre d'épidém

ies

26

3.2.3.3. Virusencause(Figures17à19)• Depuisjanvier2012jusqu’àdécembre2016,1457épidémiesontétéinvestiguées,pour1218d’entreellesunvirusétaitretrouvédanslessellesanalysées(83,6%).Levirusencauseestmajoritairementunnorovirus(1100épidémiessoit90,3%desépidémiespositives)etpour1031épidémies(84,6%)ilétait leseulvirusdétecté(lafigure17montrel’évolutiondepuisl’hiver 2011/2012). Parmi les norovirus, ceux du génogroupe II (1026 épidémies et 1059souches) et plus particulièrement le génotypeGII.4 (618 épidémies et 648 souches), sontlargement prédominants (figures 17 et 18). Dans 121 épidémies (9,9% des épidémiespositives) nous avons retrouvé un autre virus responsable : principalement rotavirus,sapovirus,adénovirus,astrovirus.LesvirusAichiétaientretrouvésessentiellementassociésàd’autres virus. Aucun virus n’a été détecté pour 238 épidémies soit 16,3% des épidémiestraitées.

• Pourl’année2016:348épidémiesdont290avecaumoins1virus(83,3%);unnorovirusseulouassociéàunautrevirusdans273épidémies(94,3%desépidémiespositives)etseuldans254épidémies.Unautrevirusaétéretrouvéseuldans13épidémies(4,5%).Aucunvirusn’aétédétectédans58épidémiessoit16,7%.Cesdonnéessontvoisinescellesobtenuessurl’ensembledesannéesrapportées.Lamodificationmajeuredecesderniersmoisdesurveillanceestl’émergencedugénotypeGII.17lorsdelasaisonhivernale2015-2016(129épidémiesàGII.17contre42auGII.42012)etsonremplacementfin2016pardesvariantsGII.42012principalementdecesnouveauxrecombinantsayantunepolyméraseprochedugénotypeGII.16(lesrecombinantsGII.16/GII.42012etGII.16/GII.2(tableau4etfigure19).LegénotypeGII.6ouGII.7ou lesrecombinantsGII.7/6sontresponsablesselon lesannées,d’unnombresignificatifd’épidémies,celaaétélecaslorsdeshivers2011/2012et2013/2014.Nousn’avonspasobservéunnombre significatifd’épidémies liéesà cegénotypeen2016(tableau4).

• CaractéristiquesdesépidémiesduesauxnorovirusGII.4(figure20):Lesfigures20a,b,cetdanalysesladistributiondesgénotypesdenorovirus(20aetb)ainsiqueleurnombre(20cetd)danschaqueprélèvementenfonctiondumodedetransmissionoudusitedesurvenudel’épidémie.Modedetransmission:Lemodedetransmissiondepersonneàpersonnedes infectionsànorovirusGII.4estplusfréquentquepourlesautresgénotypes.Lesépidémiestransmisesdepersonne à personne sont ainsi plus fréquemment dues à un seul virus, voire 2 virus. Aucontraire, les épidémies ànorovirusGII.4 sontnettementmoins fréquentes lorsqu’il s’agitd’unesourcealimentaireoùjusqu’à3norovirusdegénotypesdifférentspeuventêtreisolésSite de l’épidémie : Les norovirus GII.4 sont plus fréquemment détectés dans lesétablissementshébergeantdespersonnesâgées(EHPA)quelesautresgénotypes.

27

0 20 40 60 80

100

120

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

20112012

20132014

20152016

2017

Nombre d'épidémiesFig 17: Virus responsables des épidém

ies (2012 -2016)

norovirusnorovirus + autres virus

autres virusétiologie inconnue

nombre d'épidém

ies

28

0 20 40 60 80

100

120

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

20112012

20132014

20152016

2017

Nombre d'épidémiesFig 18 : R

épartition des génogroupes de norovirus par épidémie (2012 -2016)

GG

II.4G

GII non 4

GG

Im

ixtes GG

I + GG

IInom

bre d'épidémies

29

0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

45

67

89

1011121

23

20112012

20132014

20152016

Nombre de souchesFig 19 : Evolution des "variants" de norovirus G

GII.4 (2012 -2016)

GG

II.4 (2006b)G

GII.4 (2009)

GG

II.4 (2012)G

II.16/GII.4 2012

GII.16/G

II.2G

GII.17

30

Figure20aetb:Caractéristiquesdesépidémiessurvenuesentre2012et2016.Cellesduesauxnorovirusde génotype GII.4 sont plus fréquemment transmises de personne à personne et surviennentprincipalementenmaisonderetraiteoudanslesserviceshospitaliers.Demême,onyretrouveraaumaximum2norovirusdifférents.Aucontraire,danslesépidémiesd’originealimentaireouhydriqueonretrouveplusfréquemmentplusieursnorovirusdifférents(≥).

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

90%

100%

GII.4 Mixtes* Autres*

Génotypesdenorovirus

Hydrique

alimentaire

inconnu

personneàpersonne

2012- 2016

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

90%

100%

GII.4 Mixte* Autres

Génotypesdenorovirus

Commune

CentresadultesCentresenfantsRéceptions/restaurantsHôpitaux

Maisonsderetraite

2012- 2016

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

90%

100%

1virus 2virus ≥3virus

Nbredevirusisoléparépidémie

Hydrique

alimentaire

inconnu

personneàpersonne

2012- 2016

0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

90%

100%

1virus 2virus ≥3virus

Nbredevirusisoléparépidémie

Commune

CentresadultesCentresenfantsRéceptions/restaurantsHôpitaux

Maisonsderetraite

2012- 2016

a b

c d

31

3.3. Participationauxréseauxdesurveillanceinternationaux3.3.1. Réseauinternationaux«FBVE-Net»,NoroNet»et«EuroRotaNet»

Leréseaueuropéen«FBVE-Net»regroupeleslaboratoiresdesréseauxeuropéensconstituésàpartirdefinancementsde laCommunautéEuropéenne.NospartenairesfrançaisdansceréseausontSPF,l’IFREMERetleCNRdesvirusdeshépatitesAetE.LeréseauNoroNetestmondial et spécialisé sur les norovirus ; il regroupe plusieurs laboratoires européens,d’Amérique du Nord et du Sud, Asie et d’Océanie. Nos partenaires français sont SPF etl’IFREMER.LeCNRdesvirusdesgastro-entéritesdeDijonfaitpartiedecesdeuxréseauxdepuis leurcréation.Cesréseauxontpourmission lasurveillanceet lacaractérisationdesvirusresponsablesdegastroentérites,essentiellementlesnorovirus.Ilsnousoffrentl’accèset le partage d’une base de données ; la possibilité d’une comparaison des souches denorovirusetd’unesurveillanceprospectivedesnouveauxvariants.Ilssontdesoutilsmajeursdelacaractérisationdessouchesdenorovirusdétectées.Leréseau«EuroRotanet»apourmissionlasurveillanceetlacaractérisationdesrotavirusresponsablesdesgastroentériteschezlesenfants.LeCNRdesvirusdesgastro-entéritesdeDijon a participé à la création de ce réseau européen. Ce réseau nous permet uneactualisationdenostechniquesdecaractérisationdesgénotypesderotavirusetunpartagedesdonnéesvirologiquesetépidémiologiques.

Outre notre participation aux recherches épidémiologiques dans un cadre européen,l’intégration de notre laboratoire dans ces réseaux nous donne l’accès aux contrôles dequalitéexternes(rotavirusetnorovirus).

• Composition des réseaux européens : Ces réseaux regroupent 14 laboratoires de 12 payseuropéens : Pays Bas: RIVM, Bilthoven (DrM. Koopmans) ; Finlande: Helsinki UniversityCentral Hospital (Dr von Bonsdorff KH) ; Danemark: Virus Diagnostics Laboratory,Copenhague (Dr Böttiger) ; Suède: Karolinska Institute, Slona (Dr Svensson L) ; GrandeBretagne:CentralPublicHealthLaboratory,London(DrBrownD);Allemagne:RobertKoch-Institut,Berlin(DrSchreierE);Espagne:InstitutdeSaludCarlosIII,Madrid(DrSanchezA),UniversitatdeBarcelona(DrBoschA)etUniversitatdeValencia(DrBuesaJ);Italie:InstitoSuperiore di Sanità, Rome (Dr Ruggeri FM), Slovénie : Medical Faculty of Ljubljana (Dr.Poljsak-PrijateljM);Hongrie :CountyInstituteofStatePublicHealthService(DrSzucsG);France:IFREMER(F.LeGuyaderS),CNRhépatitesA(APHPPaulBrousse,E.Roque-Afonso)etE(CHUToulouse,J.Izopet),CNRvirusdesgastro-entérites(CHUDijon,PrPothierP).

• CompositionduréseauNoroNet:Europe(Pays-Bas,Grande-Bretagne,Allemagne,Hongrie,SuèdeetFrance);Amérique(USA,Canada,NicaraguaVenezuela,Chili);AsieIsraël,Japon,Chine,Inde,Malaisie);Océanie(AustralieetNouvelle-Zélande).

3.3.2. RéseauxaveclespaysAfricainsCes collaborations ont pour objectifs 1) la formation de virologistes aux techniques dedétection-caractérisationdesvirusentériqueset2)unesurveillancedel’épidémiologiedesvirus entériques dans la population et dans l’environnement des pays du pourtourméditerranéenetd’Afriqueafind’anticiperunrisquedediffusionenEurope.

3.3.2.1. RéseauavecleMaghreb(2016:Tunisie).

Ces collaborations ont été soutenues par les programmes CMCU et Hubert Curien duMinistèredesAffairesEtrangèresetduMinistèredelaRecherche.

32

Durantl’année2016ceréseauaétéprincipalementactifaveclaTunisie.Nousavonsaccueilli:- MlleSiwarAYOUNI(étudianteenthèse,co-tutelleUniversitédeBourgogne,UniversitédeCarthage)- MmeKhiraSDIRI-LOULIZI(chercheuruniversitaireinvitédel’UniversitédeMonastir)

3.3.2.2. Programmed’AppuiàlaRechercheenRéseauenAfrique(PARRAF)

Dès 2010 nous avions commencé une collaboration avec le Niger (Centre de RechercheMédicale et Sanitaire et l’Université, Niamey). Nous avions étendu cette collaboration auBurkinaFasoàpartirde2011etjusqu’àprésentdanslecadred’unprogramme«PARRAF».

En2016, leprogrammePARRAF regroupe2partenaire«Nord»,notreCNRet l’Unitédesbactéries pathogènes entériques dirigée par le Dr François-XavierWEILL et 5 partenaires«Sud»:l’InstitutPasteurdeDakar(Sénégal),l’UniversitédeOuagadougou(BurkinaFaso),l’InstitutNationaldeSantéPublique (GuinéeConakry), l’InstitutNationaldeRechercheenSantéPublique(Mali),CentredeRechercheMédicaleetSanitairedeNiamey(Niger).

3.4. Etudesponctuellesconcourantàlasurveillance3.4.1. SuividesétablissementslongséjourduCHUdeDijon

• Ce travail prospectif de surveillance a été commencé fin 2016. Il s’agit d’étudier lemicrobiote intestinal chez les patients présentant une diarrhée virale (collaboration avecl’InstitutMICALIS,INRA.PhilippeLANGELLAetHarrySOKOL)

3.4.2. CaractérisationdenouveauxvirusdanslessellesdepatientsEncollaborationaveclelaboratoired’EricDELWART(UniversitédeCalifornie,SanFrancisco,USA)nousrecherchonsparuneapprochemétagénomiquelaprésencedevirusinhabituelsounouveauxdanslessellesdepatientsdiarrhéiquespréalablementsélectionnés.En2015/2016cette recherchenousapermisde caractériserdenouveauxviruspour lesquels lenomdeSmacoviridaeaétéproposépourdénommerlafamillevirale.NgTF,ZhangW,SachsenröderJ,KondovNO,daCostaAC,VegaE,HoltzLR,WuG,WangD,StineCO,AntonioM,MulvaneyUS,MuenchMO,DengX,Ambert-BalayK,PothierP,VinjéJ,DelwartE.AdiversegroupofsmallcircularssDNAviralgenomesinhumanandnon-humanprimatestools.VirusEvol.2015Dec31;1(1):vev017.

33

4. ALERTE4.1. CONTACTHEBDOMADAIREAVECSANTEPUBLIQUEFRANCE(SPF)

Un point hebdomadaire avec Santé Publique France est effectué le mardi par rendez-voustéléphonique.Leréseausentinelleestassociéàcetteréuniontéléphonique.Nos contacts à SPF sontMadameNathalie JOURDAN-DA SILVA etMadameNelly FOURNET.NotreinterlocuteurauréseausentinelleestMonsieurThomasGORONFLOTdepuisl’automne2016.

4.2. PROCEDURESD’ALERTEDESPFETDESAUTRESPARTENAIRES4.2.1. Annonced’uneépidémiepartéléphoneauCNR(paruneARS,unlaboratoire..):

ü Informerledemandeurdel’existencedeformulairesàremplirdisponiblessurlesiteinternet.

ü Déterminer l’identifiant de l’épidémie (code à garder tout au long de l’épidémie)de lamanièresuivante:codedépartement–2premièreslettresdelaville–mois–année(Exemple:épidémieàLaBauleenmars2006=44BA0306)

ü EntrercespremièresinformationsdanslabaseVoozanoodeSPF(https://voozanoo.invs.sante.fr).

4.2.2. Arrivéedeprélèvementssansannoncepréalable:

ü Suivrelaprocéduredécritepouruneépidémieannoncéepartéléphone.

ü SilesprélèvementsnesontpasaccompagnésdesformulairesduCNR,envoyésauprescripteur,parfaxouparmail,lesformulairespouravoirdesrenseignementssurl’épidémie.

Important: Penser à noter la date de réception des prélèvements sur les papiers joints(formulaireduCNR,prescription,feuilledelaboratoire…)

4.3. DESCRIPTIONDEL’INFRASTRUCTUREINFORMATIQUE

4.3.1. TransmissiondesdonnéesàSPF

Voozanoo(https://voozanoo.invs.sante.fr):VoozanooestunebasededonnéespartagéeentreSPFetleCNR,quipermetunéchangeentempsréel des informations épidémiologiques et moléculaires sur les épidémies de gastroentéritesannoncéeset/outraitées(voirparagraphe4.4.etannexe3.Procéduredetraitementd’uneépidémie).

4.3.1.1. Enregistrementd’uneépidémiedanslabaseVoozanoo:

Annonced’uneépidémieauCNRdirectementparunlaboratoire,uneARSü Si l’épidémie n’a pas encore été annoncée à SPF, créer une nouvelle fiche pour entrer les

premièresinformations.

4.3.1.2. RendudesrésultatsàSPF:LesrésultatspréliminairesetdéfinitifssontentrésdanslabaseVoozanoodeSPF.Parallèlement, les résultats définitifs sont entrés dans le système informatique des analyses delaboratoireduCHUdeDijon(Corlabs)pourarchivage;cesystèmeinformatiqueestprotégéparunaccèssécurisé.

4.3.2. Anonymisationdesprélèvements

EnregistrementdesprélèvementsreçusauCNRü Repérersurletableaudesynthèse(S:\CNRVirusEnteriques\Tableauxdesynthèse\Synthèse

échantillons)leoulesnumérosetidentifierchacundeséchantillonsfaceaunuméroenfinde

34

liste(commencerparE...)puislesenregistrersurleserveurduCHU(S:\CNRVirusEntériques\Tableauxdesynthèse\Synthèseéchantillons).

ClassementdesdossiersAnnexerlesdocumentsjointsauxprélèvementsdansunechemiseidentifiéepar:

ü lenomdelavillequiainspirélenumérod’identifiantü l’identifiantdel’épidémie(codedépartement/2premièreslettresdelaville/mois/annéeü lenuméroducartonsuividunumérode lachemise(Exemple :15.03correspondaucarton

n°15,lachemisen°3danscecarton)ü lesnumérosdeséchantillonscorrespondants(E….àE….)

35

5. Activitésd’information,deformationetdeconseil5.1. SitewebIl nouspermetuneprésentationduCNRetde sesmissions. Il détaille lesdifférentesprocédures :conditionsdeprélèvementdesselles,deleurconservationetdeleuracheminementauCNR,lesvirusrecherchésauCNR.Ilestcontinuellementmisàjourafind’êtreundenosmoyensdecommunicationetd’information.Lienweb:www.cnr-ve.org

5.2. Activitédeconseil• ANSM (Agence Nationale de Sécurité duMédicament) : participation régulière au Groupe deTravail«Sécuritévirale».• Comme par le passé, le CNR des virus entériques apporte son aide ou ses conseils auxétablissements publics, aux établissements de soins ou d’hébergement (publics ou privés), auxadministrationsquiluienfontlademande.• Souscertainesconditions,nosconseilspeuventêtredispensésauxentreprisesprivées.

5.3. ActivitédeformationL’activitédeformationsefaitessentiellementparl’accueiletl’encadrementdestagiaires.Uneformationparséminaire,publicationsdidactiquesestégalementproposée.Stagiairesaccueillisen2016:

- MademoiselleSiwarAYOUNI(UniversitédeMonastir,Tunisie),jusqu’enjuin2016- MadameKhiraSDIRI-LOULIZI(UniversitéMonastir,Tunisie),régulièrementen2016.- MademoiselleMélanieJOGUIN- MonsieurVincentTESSON(Doctorant,INRAAvignon)- MonsieurGeorgesTARRIS(interneenanatomiepathologiqueauCHUdeDijon,année

rechercheNov2016-Nov2017)- MonsieurBastienCAUQUIL(interneenbiologieauCHUdeDijon)- Monsieur Philippe PICHERIT-STEINBRUCKER (étudiant en médecine en stage M1

d’initiationàlarecherche).

5.4. Colloquesetréunionsscientifiques• ParticipationsàdescolloquessurinvitationenFrance.Participationsdétailléesdanslechapitre«6.2.5Communicationssurinvitation»

36

6. Travauxderechercheetpublicationsenlienavecl’activitéduCNR6.1. ActivitésderechercheenlienaveclesmissionsduCNR

6.1.1. Etudesappliquées:EvaluationderéactifspourladétectiondesnorovirusdontlenouveaugénotypeGII.17

• EvaluationofimmunochromatographictestsfortherapiddetectionoftheemergingGII.17norovirusinstoolsamples,January2016.(publication5)ThéryL,BidalotM,PothierP,Ambert-BalayK.EuroSurveill.2016;21(4).

Cesévaluationsrépondentàunedemandedesindustrielsdudiagnosticetdeslaboratoires.

6.1.2. EtudesépidémiologiquesenFranceetEurope:

6.1.2.1. Epidémiologiemoléculairedesnorovirusetévolutiondessouches.• EmergenceofnewrecombinantnorovirusGII.P16-GII.4andGII.P16-GII.2,inFrance,winter2016-17.Soumiseàpublication(n°13).BidalotM,ThéryL,KaplonJ,deRougemontA,Ambert-BalayK.SoumisàEurosurveillance

6.1.2.2. Epidémiologiemoléculairedesrotavirus.• ClinicalseverityandmolecularcharacteristicsofcirculatingandemergingrotavirusesinyoungchildrenattendinghospitalemergencydepartmentsinFrance.(Publication7).DeRougemontA,Kaplon,J,FremyC,AhoS,PothierP.FrenchNationalRotavirus,Network.ClinMicrobiolInfect.2016;22(8):737.e9-15.

6.1.2.3. Epidémiologiedesgastro-entéritescommunautaireseteninstitutions.• ArapidinvestigationofanoutbreakofdiarrhoealillnessinparticipantsofAdventureRace-Alpes-Maritimes,France,June2015.(Publication6).SixC,AboukaisS,GironS,D’OliveiraJ-C,Peloux-PetiotF,FrankeF,TerrienH,DassonvilleF,DeniauJ,Ambert-BalayK,ChesnotT,RuimyR,PélandakisM,BassetP,MunozRiveroM,MalfaitP.EuroSurveill.2016;21(23).• Surveillancedesgastro-entéritesaiguës(GEA)enEtablissementd’hébergementpourpersonnesâgéesdépendantes(Ehpad).Bilannationaldescinqsaisonsdesurveillancehivernales(Novembre2010-Mai2015).(Publication1).SeptfonsA,BarretAM,LeonL,BarouxN,TurbelinC,TillautH,NouryU,BarataudD,HubertB,ChironE,Ambert-BalayK,Jourdan-DaSilvaN.BullEpidemiolHebd,2016;(18-19):334-43.

6.1.2.4. Epidémiologiedesgastro-entéritesliéeàlaconsommationd’aliment.• NorovirusGII.17OutbreakLinkedtoanInfectedPost-SymptomaticFoodWorkerinaFrenchMilitaryUnitLocatedinFrance..(Publication11).SanchezMA,CorcostéguiSP,DeBrouckerCA,CabreO,Watier-GrillotS,PerelleS,Ambert-BalayK,PommierdeSantiV.FoodEnvironVirol.2016Dec1.doi:10.1007.• Toxi-infectionalimentairecollectiveànorovirusliéeàlaconsommationd’huîtreslorsd’unrepasd’entreprise–étudedecohorte,Toulouse,Janvier2015.(Publication2).DurandC,FournetN,Camberlin-DefrocourtS,LeSauxJ-C,LeGuyaderS,DonguyM-P,Ambert-BalayK,MoulyD.BullEpidemiolHebd.2016;(26-27):438-43

La surveillance épidémiologique du CNR implique nos différents partenaires travaillant ensantépublique,environnement,hygiènealimentaireetsantéanimale.Elleamisenévidencel’émergencedesnorovirusGII.17durantl’hiver2015/2016(SanchezMAetal,FoodEnvironVirol.2016).L’analysedesinteractionsdecegénotypeàl’aidedeVLPproduitesaulaboratoireaveclesantigènesdegroupesanguin,ligandsnaturelsdesnorovirushumains,estencourspourdéterminerquels sont les facteursexpliquant laprédominancesur le territoiredecenouveaugénotype.

37

6.1.3. Etudesdecascliniques• Fatalcaseofacutegastroenteritiswithmultipleviralcoinfections.(Publication3)LupoJ,Morel-BaccardC,Michard-LenoirAP,GermiR,PothierP,Ambert-BalayK,MorandP.JClinVirol.2016Jan;74:54-6..CecasCliniquerésultedescollaborationsquenousentretenonsavecl’ensembledescliniciensdeshôpitauxfrançais.

6.1.4. EpidémiologieenAfriquesubsaharienneetTunisie.

• PrevalenceandGeneticDiversityofEntericVirusesinChildrenwithDiarrheainOuagadougou,BurkinaFaso.(Publication5).OuédraogoN,KaplonJ,BonkoungouIJ,TraoréAS,PothierP,BarroN,Ambert-BalayK.PLoSOne.2016Apr19;11(4):e0153652.doi:10.1371/journal.pone.0153652.eCollection2016.• Cosavirus,SalivirusandBufavirusinDiarrhealTunisianInfants.(Publication9).AyouniS,EstienneyM,HammamiS,NejiGuedicheM,PothierP,AouniM,BelliotG,deRougemontA.PLoSOne.2016Sep15;11(9):e0162255.doi:10.1371/journal.pone.0162255

CesétudesépidémiologiqueseffectuéesdansdespaysayantdeséchangeshumainsaveclaFrancesontimportantespourapprécierlesrisquesd’importationdenouvellessouchesoudenouveauxvirus.

6.1.5. Etudesépidémiologiqueschezlesanimaux.

• ThemolecularepidemiologyofbovinerotavirusescirculatinginIran:atwo-yearstudy.(Publication8).PourasgariF,KaplonJ,Karimi-NaghlaniS,FremyC,OtarodV,Ambert-BalayK,MirjaliliA,PothierP.ArchVirol.2016Dec;161(12):3483-3494.

L’objectif de ces études est de mieux connaître les souches de virus entériques(essentiellementrotavirusetnorovirus)circulantchezlesanimauxafindemieuxdétectercessouchesanimaleschezl’hommeetdemieuxcomprendrelesmécanismesdetransmissiondel’animalàl’homme.

6.1.6. RecherchefondamentaleenlienaveclesactivitésdeCNR:

• HS-AFMandSERSAnalysisofMurineNorovirusInfection:InvolvementoftheLipidRafts.(Publication10)AybekeEN,BelliotG,Lemaire-EwingS,EstienneyM,LacrouteY,PothierP,BourillotE,LesniewskaE.Small.2017Jan;13(1).doi:10.1002/smll.201600918.• ABiocatalyticNanomaterialfortheLabel-freeDetectionofVirus-likeParticles.(Publication12)SykoraS,CorreroMR,MoridiN,BelliotG,PothierP,DudalY,CorviniP,ShahgaldianP.Chembiochem.2017Mar15.doi:10.1002/cbic.201700126.LeCNRaconstituéunebanquebiologiqueincluantanticorps,antigènedesynthèse(pseudo-particulesviralesouVLP:viruslikeparticle),unnorovirusmurin(MNVsoucheCW1)adaptéàlaculturecellulaireetpouvantservircommelesVLPdesubstitutaunorovirushumains.VLPet MNV sont utilisés par notre laboratoire lors de projets de recherche fondamentale.L’utilisationdecessubstitutsdesnorovirushumainsapermisdedémontrerquel’attachementduMNV à la cellule dépendait des radeaux lipidiques et qu’il y avait une dépendance aucholestérol,cettedépendanceétantabsentepourlesnorovirushumains(Aybekeetal.,Small.2017Jan;13(1)).LeCNRVEestaussiimpliquédansdestravauxappliquéscommelarecherchedesystèmeinnovantdedétectiondesvirusentériquesàpartirdepiègemoléculaireensilice(Sykoraetal.,Chembiochem.2017Mar15).

38

6.2. PublicationsenlienaveclesactivitésduCNR(2016)6.2.1. Publicationsnationales:

1. SeptfonsA,BarretAM,LeonL,BarouxN,TurbelinC,TillautH,NouryU,BarataudD,HubertB,ChironE,Ambert-BalayK,Jourdan-DaSilvaN.Surveillancedesgastro-entéritesaiguës(GEA)enEtablissementd’hébergementpour personnes âgées dépendantes (Ehpad). Bilan national des cinq saisons de surveillance hivernales(Novembre2010-Mai2015).BullEpidemiolHebd,2016;(18-19):334-43.

2. DurandC,FournetN,Camberlin-DefrocourtS,LeSauxJ-C,LeGuyaderS,DonguyM-P,Ambert-BalayK,MoulyD.Toxi-infectionalimentairecollectiveànorovirusliéeàlaconsommationd’huîtreslorsd’unrepasd’entreprise–étudedecohorte,Toulouse,Janvier2015.BullEpidemiolHebd.2016;(26-27):438-43

6.2.2. Publicationsinternationales:

3. LupoJ,Morel-BaccardC,Michard-LenoirAP,GermiR,PothierP,Ambert-BalayK,MorandP.Fatalcaseofacutegastroenteritiswithmultipleviralcoinfections.JClinVirol.2016Jan;74:54-6.

4. Théry L, BidalotM, Pothier P, Ambert-Balay K. Evaluation of immunochromatographic tests for the rapiddetectionoftheemergingGII.17norovirusinstoolsamples,January2016.EuroSurveill.2016;21(4).

5. OuédraogoN,KaplonJ,BonkoungouIJ,TraoréAS,PothierP,BarroN,Ambert-BalayK.PrevalenceandGeneticDiversity of Enteric Viruses in Children with Diarrhea in Ouagadougou, Burkina Faso. PLoS One. 2016 Apr19;11(4):e0153652.doi:10.1371/journal.pone.0153652.eCollection2016.

6. SixC,AboukaisS,GironS,D’OliveiraJ-C,Peloux-PetiotF,FrankeF,TerrienH,DassonvilleF,DeniauJ,Ambert-BalayK,ChesnotT,RuimyR,PélandakisM,BassetP,MunozRiveroM,MalfaitP.Arapidinvestigationofanoutbreak of diarrhoeal illness in participants of Adventure Race - Alpes-Maritimes, France, June 2015Eurosurveillance.EuroSurveill.2016;21(23).

7. De Rougemont A, Kaplon, J, Fremy C, Aho S, Pothier P. Clinical severity and molecular characteristics ofcirculatingandemergingrotaviruses inyoungchildrenattendinghospitalemergencydepartments inFranceFrenchNationalRotavirus,Network.ClinMicrobiolInfect.2016;22(8):737.e9-15

8. Pourasgari F, Kaplon J, Karimi-Naghlani S, Fremy C, Otarod V,Ambert-Balay K, Mirjalili A, Pothier P. Themolecular epidemiology of bovine rotaviruses circulating in Iran: a two-year study. Arch Virol. 2016Dec;161(12):3483-3494.

9. Ayouni S, Estienney M, Hammami S, Neji Guediche M, Pothier P, Aouni M, Belliot G, de Rougemont A.Cosavirus,SalivirusandBufavirus inDiarrhealTunisian Infants.PLoSOne.2016Sep15;11(9):e0162255.doi:10.1371/journal.pone.0162255.

10. AybekeEN,BelliotG,Lemaire-EwingS,EstienneyM,LacrouteY,PothierP,BourillotE,LesniewskaE.HS-AFMandSERSAnalysisofMurineNorovirus Infection: Involvementof theLipidRafts. Small.2017 Jan;13(1).doi:10.1002/smll.201600918.

11. SanchezMA,CorcostéguiSP,DeBrouckerCA,CabreO,Watier-GrillotS,PerelleS,Ambert-BalayK,PommierdeSantiV.NorovirusGII.17OutbreakLinkedtoanInfectedPost-SymptomaticFoodWorkerinaFrenchMilitaryUnitLocatedinFrance.FoodEnvironVirol.2016Dec1..doi:10.1007

12. Sykora S, Correro MR, Moridi N, Belliot G, Pothier P, Dudal Y, Corvini P, Shahgaldian P. A BiocatalyticNanomaterial for the Label-free Detection of Virus-like Particles. Chembiochem. 2017 Mar 15. doi:10.1002/cbic.201700126.

Articlessoumisàpublication:13. BidalotM,ThéryL,Kaplon J,deRougemontA,Ambert-BalayK Emergenceofnewrecombinantnorovirus

GII.P16-GII.4andGII.P16-GII.2,inFrance,winter2016-17.SoumisàEurosurveillance

6.2.3. Communicationsnationales:1.

6.2.4. Communicationsinternationales:

1.

6.2.5. Communicationssurinvitation:

39

1. Actualitéssurlesvirusentériques.CongrèsdelaSociétéFrançaisedeMicrobiologie,SFM2016,Paris,22mars2016(deRougemontA).

2. Actualitéschoisiesenvirologie.CercledesPédiatresdeBourgogne,Dijon,19mai2016(deRougemontA).3. Norovirus:donnéesépidémiologiquesetapprochesdiagnostiques,Colloquevirusetaliments:«Recherche

caractérisationetmaîtrisedudangerviraldanslesaliments»,UMTActiaViroControl,Paris,10juin2016(deRougemontA).

40

7. Coopérationaveclaboratoiresdesantéanimale,hygiènealimentaire,environnement7.1. Coopérationsstructurellesdanslecadredenosactivitésdesurveillanceet

d’alerteSantéPubliqueFrance:nosinterlocuteurssontlesDrNathalieJOURDAN-DASILVAetNellyFOURNETRéseauSentinelle:NotreinterlocuteurestThomasGORONFLOT.IFREMER-CentredeNantes(DrSoizicLEGUYADER):laboratoirederéférencepourlesvirusentériquesdanslesproduitsdelamer.Nouscollaboronsétroitementetentempsréelpourtous les cas groupés de gastroentérites dont l’origine suspectée est un produit de lamer(alerte,investigation,comparaisondessouchesetc…).ANSES–UnitédevirologiedesAlimentsetdel’eau,Laboratoiredesécuritédesaliments,MaisonsAlfort(DrSylviePERELLE):laboratoirederéférencepourl’eauetlesaliments.Nouscollaboronsavecce laboratoirepour tous lescasgroupésdegastroentéritesdont l’originesuspectéeestalimentaireouhydrique(alerte,investigation,comparaisondessouches…).ANSES - Laboratoire d’Hydrologie deNancy, 40, Rue Lionnois F-54000NANCY (Dr BenoîtGASSILLOUD).

7.2. Coopérationsdanslecadredeprojetsderecherche7.2.1. Coopérationsuniversitaires

Leprojet«Spiceclean»est terminéen2013.Ceprojetnousapermisdedévelopperunecollaboration étroite avec le Laboratoire de Génie des Procédés Alimentaires etMicrobiologiques, Agro Sup Dijon, Esplanade Erasme, 21000 Dijon, France. Cettecollaboration s’est déjà concrétiséedans le cadred’un vasteprojet soutenupar laRégionBourgogne.Elleaconduitàl’intégrationdenotreéquipederecherchedanscelaboratoire.

7.2.2. ProjetsLABEX,ANRetautresdéposésen2014ProjeteuropéenOXYVIRLeCNRVEparticiperaàpartirde2017auprojetOXYVIRportantsurlasurviedesnorovirusetl’étude de leur pouvoir infectieux en conchyliculture et en particulier en ostréiculture. LeprojetOXYVIRest subventionnépar les Fondseuropéenspour les affairesmaritimeset lapêche(FEAMP)ets’étalerasur3ans. Dans lecadredeceprojet, leCNRVEapporterasonexpertisescientifiqueettechnologiquesurlesnorovirusetl’utilisationdeparticulesviralesdesynthèse.Lesmembresduconsortiumsontlessuivants:- ACTALIA(SaintLô,associationLoi1901).- Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour l’Environnement (UMR 7564,

UniversitédeLorraine,Nancy).- LaboratoiredeChimieetPhysiquedesmilieuxcomplexes(UniversitédeLorraine,Metz).- SpécialesGILLARDEAU(entrepriseconchylicole).- PôledecompétitivitéAQUIMER(Boulognesurmer).

7.2.3. CollaborationindustrielleaveclasociétébioMérieux

CettecollaborationentreleCNRVEetbioMérieuxaaboutiàlamisesurlemarchéd’unkitdedétectionrapide3en1desrotavirus,desadénovirusetdesnorovirus.Cekitaétémissurle

41

marchéle28novembre2016(http://www.biomerieux-diagnostics.com/bionexia-noro-rota-adeno-rapid-test).Lacollaborationcontinue,elleconsisteenl’évaluationetlamodificationéventuelledukitenfonctiondel’émergencedenouvellesouchecommeparexemplecelledesnorovirusGII.17.

7.2.4. ConclusionsurnoscoopérationsNosactivitésdesurveillancenousontconduitesàcollaborerrégulièrementavecl’IFREMERetl’ANSES.Nosparticipationsàdescontratsderecherche,ANRouautresnousontpermisdecollaboreravecd’autreslaboratoiresaveclesquelsnousavonsconservédescontacts.Outreleslaboratoiresdéjàcités,ilfautmentionnerl’unitédeMicrobiologieEnvironnementale,duLaboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour l’Environnement, Université deLorraineàNancy(PrChristopheGANTZER).Parallèlementàceréseaunational,nousavonsrecherchéàmieuxinsérernotreCNRdanslecontextescientifiquelocaltravaillantdanslesdomainesdelamicrobiologiealimentaireoudel’environnement. Ainsi, notre collaboration avec le laboratoire de Génie des ProcédésAlimentaires et Microbiologiques (Pr Patrick GERVAIS) a été soutenu par la RégionBourgogne.Dèsjanvier2016,notreéquipeaétéintégréedansl’UMRAgroécologiedel’INRADijon où nous trouvons certaines complémentarités, notamment avec sa composanteparasitologiemédicale,etunemutualisationpossibledemoyens.

42

8. Programmed’activitépourlesannéessuivantesCeprogrammed’activitéseréaliseradanslecadredunouveaumandatduCNRdesvirusdesgastro-entéritesdontleresponsableestleDrAlexisdeRougemont.

8.1. Activitésd’expertise8.1.1. Evaluationdetroussesdediagnostic

• Diagnosticdesnorovirus:Nous poursuivrons notre évaluation des nouvelles trousses de diagnostic par immuno-chromatographie. Les évaluations que nous pratiquons montrent une amélioration de lasensibilité, néanmoins les firmes poursuivent le développement et l’amélioration de cestroussescarlasensibilitén’estpasencoresatisfaisante.Nousavonslamêmedémarchepourlestroussesdebiologiemoléculaire.• Diagnosticderotavirus:Contrairement au diagnostic des norovirus, lesméthodes d’immunochromatographie sonttrèssatisfaisantesentermesdesensibilité.Nouspoursuivonscetteveilleetdévelopperonsdesévaluationsdestroussesdediagnosticparbiologiemoléculaire.• Diagnosticdespathogènesentériques:Plusieurs fournisseurs développent une approche « syndromique » du diagnostic enrecherchanttouslespathogènesentériquesenuneseuleanalyse.Outrel’aspecttechniquedecesréactifs,nousévaluonsl’aspectstratégiquedeleurutilisationafindedéfiniretlimiterlesindicationsdecesréactifscoûteux.

8.1.2. Développementdetechniques:• TransfertstechnologiquesetdéveloppementduNGS:Fort de nos collaborations, notamment avec Eric Delwart (Université de Californie à SanFrancisco),nousavonsentreprisunedémarchededéveloppementduséquençagehautdébit(NextGénérationSequencing)pourladétectiondesvirusentériquesdanslessellesàl’aidedelatechnologieIlluminasurMiSeq®.Nostestspréliminairessesontportéssurnotrecapacitéàdétecteretséquencerlesgénomesdenorovirusetderotavirusissusdenotrebiobanque.Àterme, nous prévoyons la possibilité de d’amplifier les génomes de la majorité des virusentériquesàgénomeARN.

● Améliorationdestechniquesdequantificationdesvirusentériquesdanslesselles:Cestechniquesquantitativess’appuientsurl’utilisationdegammesARNdesvirusciblesafind’endéterminerlachargedanslesselles.Lespremiersessaissontencoursdevalidation.

● Développementdel’étudedesconstellationsdegènesderotavirus:Cettetechniqueactuellementennotrepossessionpermetd’étudierl’ensembledes11gènesderotavirusetdemettreenévidencedesrecombinaisons.Cetteapprocheest importantelorsqu’ils’agitdecomparerunrotavirusàunesouchevaccinalelorsdegastro-entéritesaiguespost-vaccinales.

● Détectiondenouveauxvirusimpliquésoususpectésdanslesgastro-entériteshumaines:NotreattentionseportenotammentsurdenouveauxastrovirusrecombinantsappartenantauxcladesMLBetVA,etquipourraientreprésenterprèsd’unquartdesgastro-entéritesàastroviruschez l’homme.Cesvirussontégalementpourvoyeursd’infectionsneurologiquessévères lors de complications. Néanmoins d’autres virus, plus exotiques, peuvent êtreimpliquésdanslesGEA:deuxnouveauxgenresdePirconaviridae:lescosavirusetlessalivirus,

43

etunnouveauProtoparvoviridae,lebufavirus.Nouspossédonsdéjàunecertaineexpériencedansladétectiondecesvirus.

8.1.3. Modedeconstitution,destockageetmiseàdispositiondescollections:• Constitutionetstockage:- Notrecollectioncomprenddes souchesviralespour lesviruscultivant surcellules,des

échantillonsdesellecomprenantdesviruscaractérisés,desgènesclonésetdespseudo-particules virales (VLP),deshybridomeset les anticorpsmonoclonaux.Cette collectionconstituéedepuis2002comprendl’ensembledesvirusresponsablesdegastro-entéritesconnusetlaplupartdesgénotypesdeceux-ci.

- Cettecollectionestanonymepourcequiconcerneleséchantillonsdeselle.- CettecollectionestconservéedansleCentredeRessourcesBiologiques(CRB)Ferdinand-

Cabanne (www.crbferdinandcabanne.fr) dont le numéro d’accréditation est BB-0033-00044.Unepetitepartie,nécessairepournotreactivitéquotidienne,est conservéeenmiroirsousformed’aliquotsdanslesenceintesfroidesà-40°C.

• Miseàdispositiondescollections:- Lessouchescaractérisées,lesVLPetlesanticorpsconservésdansnotreCNRetleCRB«Ferdinand

Cabannes»duCHUdeDijon.- Touslesproduitsousouchesd’intérêtpourlediagnosticbiologiquederoutinedesgastro-entérites

virales sont disponibles gratuitement pour les laboratoires d’analysesmédicales y compris leslaboratoiresprivés.

- Tous les produits ou souches d’intérêt scientifique sont disponibles gratuitement pour leslaboratoiresderechercheacadémiqueselonlesconditionshabituelles,c’est-à-direaprèssignatured’un«MaterialTransfertAgreement»entrenotreétablissementetlesdemandeurs.

- Tous les produits ou souchesd’intérêt denotre collection seront disponibles pour les sociétésprivéesdanslecadred’uncontratentrenotreétablissementetcessociétés.

- Touteslesséquencesgénomiquesviralesd’intérêtsontpartagéesavecnoscollèguesdesréseaux«Noronet»et«EuroRotaNet».CertainesdecesséquencessontinclusesdansdesbanquesdedonnéesaccessiblesàtouscommeGenBank.

8.1.4. Travauxd’évaluationdetechniques:• Collaborationsindustrielles:Durantleprécédentcontrat,nousavonsétablidesrelationsprivilégiéesaveclesindustrielsfabriquantles réactifs dediagnostic des virus responsablesde gastro-entérites, principalementBioMérieuxetCorisBioconceptmaiségalementR-Biopharm,Operon,Diasorin,Diagenode,CertestBiotcetMobidiag.Ces laboratoires nous demandent d’évaluer leurs nouveaux réactifs ou leurs réactifs ayant étémodifiés.Notrecollectioncomplètetantpourlesnorovirusetlesrotavirusquepourlesvirusplusraresnouspermetd’évaluer les réactifs vis-à-vis de tous les génotypesde ces virus et dedisposer d’unéchantillonreprésentatifdesviruscirculantdans lesdifférentesclassesd’âgede lapopulation.Cesélémentsassociésàunestandardisationdenosévaluations représenteraunatoutpourde futuresévaluationsoucollaborationsaveccesindustriels.

• Évaluationsfutures:- Nouspoursuivronslesévaluationsdesnouveauxréactifsdediagnosticcommeprécédemment.Cesévaluationsrégulièresnouspermettentdeconseillernoscollèguesbiologistesdans leurchoix lorsdesappelsd’offre.- Une nouvelle approche de diagnostic, dite « syndromique » retiendra particulièrement notreattention.Nousavonsdéjàévaluécettetechnique(réactifBiofiredeBioMérieux)maisd’autresréactifs

44

sontouserontprochainementsurlemarché.Outrel’évaluationdesperformancesdecesréactifs,ilnousconviendrad’endéfinir l’utilisation.Eneffet, lecoûtélevédeces test,environ140eurosparanalyse,obligeralesbiologistesàenciblerlesindications.Outrelescaractéristiquesvirologiquesdesvirus des échantillons, nos panels d’évaluation tiendront compte des caractéristiques clinique etépidémiologiques(patientsimmunodéprimés,enfants,personnesâgéeseninstitution,etc..).

8.1.5. Projetsdetransfertsdetechniquesversd’autreslaboratoires:- Desréactifspourlediagnosticdesnorovirusetdesrotavirussontcommercialisés,lesdemandesdetransfertdetechniquesdediagnosticpourcesvirusseposentdoncrarement.- Néanmoins,nosprocéduressontdisponiblesetnousassureronsunsoutientechniqueàdistance.Ces processus sont principalement adaptés au virus moins fréquent comme les virus Aichi et lesSapovirus.- Lademande laplus fréquenteprovenantdes laboratoiresest la fourniturede témoinspositifs.Nousdisposonsàceteffetd’unstockd’échantillonsdeselledontlevirusestparfaitementcaractérisé.- En collaboration avec l’ANSM nous avions élaboré un contrôle externe des tests rapides parimmunochromatographiedesrotavirus.L’ANSMs’étaitchargéedeladistributiondecespréparationsaux laboratoiresparticipant à l’évaluationde leur technique.A lademandede cetteAgence,nousserions en mesure de préparer de nouveaux ce contrôle externe pour les rotavirus. Nous avonségalementdéveloppéunecollectiond’antigènessynthétiquessousformedeVLPcorrespondantauxprincipauxgénotypes,dont lesderniersvariants.CesVLPpourraientêtreutiliséescommecontrôleexternedanslestestsdedétectiondesnorovirusparimmunochromatographie.

8.1.6. RechercheliéesaveclesmissionsduCNRdesvirusdesgastro-entérites:• Poursuite de la surveillance des souches de rotavirus du groupe A et de leur dériveantigéniquedansuncontextevaccinalchezl’enfantgrâceàl’extensionduRéseauNationalRotavirus vers le Sud et l’Ouest de la France. En particulier, nous nous intéresserons àl’émergence de nouveaux génotypes ainsi qu’à l’impact de la vaccination sur la sélectionpréférentielledesouchesderotavirus.Nouspoursuivronségalement l’étudede larelationentreHBGA (antigènes tissulairesdegroupes sanguins)et rotavirus,etpour laquellenousavonsacquisunesolideexpérienceauCNR.

• Surveillance des souches de norovirus épidémiques et l’émergence de nouveauxvariants/génotypes dans la population. Nous nous intéresserons tout particulièrement àl’évolution du nouveau norovirus GII.17 aussi bien sur le plan antigéniquequ’épidémiologique.NousévalueronslacapacitéépidémiquedesesnouvellessouchesetleurfixationauxHBGA(antigènestissulairesdegroupessanguins),ligandsnaturelsdesnorovirus.• ÉvaluationdelacirculationetdelaprévalencedesinfectionsauxnouveauxastrovirusrecombinantsMLBetVAdanslapopulationpédiatriquefrançaise.D’aprèslalittérature,cesvirusreprésenteraientprèsde25%descasdegastro-entéritesàastroviruschezl’homme.Cesvirus,issusd’unerecombinaisonentreastrovirushumainsetanimaux,auraientégalementuntropismeneurologique,enparticulierlasoucheMLB1.• Évaluationdelacirculationdenouveauxvirus«exotiques»:uneétudeencoursauCNRviseàmettreenévidence laprésencedenouveauxvirus : lescosavirus, lessaliviruset lesbufaviruschezlesenfantsdemoinsde5ansprésentantunediarrhéeaiguënécessitantuneconsultationauxurgencesduCHU.• ÉtudedesGEAviraleschezdespatientssouffrantd’unepathologieintestinalegrave:ceprojet en cours de réalisation consiste à étudier l’impact des virus entériques chez lespersonnessouffrantdecancerdel’intestinoudemaladieinflammatoirechroniquetellesquelamaladiedeCrohnoulesrectocoliteshémorragiques(RCH).Cetteétudecomporteunvolet

45

clinique visant à étudier l’impact des virus entériques chez les patients et un voletanatomopathologique sur des biopsies intestinales permettant d’établir un lien éventuelentrelaprésencedesHBGAetunrisqueaccrud’infectionchezcespatients.• Étude du microbiote intestinal chez les personnes âgées ayant présenté une GEA ànorovirus:lesobjectifssontdedéterminerlesélémentsdumicrobiotequipourraientprédirelasurvenueet/oulasévéritéd’uneinfectionànorovirusetd’évaluerlesconséquencesGEAsymptomatiquesànorovirus sur la compositiondumicrobiote intestinal. Cetteétude seramenéeaveclesunitésdegériatrieduCHUdeDijonetduCHdeRouffac(Haut-Rhin).Deuxsellesdiarrhéiquesprélevéesà15joursd’intervalleserontanalyséesàlarecherchedesvirusentériquesparqRT-PCRauCNRetlabiodiversitédumicrobioteseraanalyséeparl’équipedegénomiqueINRAdeJouy-en-Josas.·Thématiquesdel’activitéderecherchefondamentaleauCNR:- étudesdesinteractionsvirus-hôteetvirus-environnementcheznorovirusetrotavirus- étudesdesinteractomesprotéine-protéinecheznorovirusetsapovirus- étudedelaréponseimmuneaurotavirus,mécanismesdeprotection,«adressage»des

lymphocytesBselonlavoied’immunisation

8.2. Activitésdesurveillance8.2.1. Surveillanceépidémiologiquedesgastro-entéritesàrotavirus

La surveillance des gastro-entérites infantiles sera poursuivie avec les 15 centresmétropolitains. Nous tenterons d’impliquer des centres d’Outre-Mer, nos actions ontcommencéen2013dansl’iledelaRéunion.Lapoursuitedecettesurveillanceestimportanteetelles’intègredansunesurveillancepluslarge,auniveaueuropéenavecnotreparticipationauréseauEuroRotaNet.Par ailleurs, nos collaborations avec nos partenaires d’Afrique seront poursuivies afin demieuxsurveillerlessouchesencapacitéd’émergenceenFrance.

8.2.2. Surveillanceépidémiologiquedesgastro-entéritesànorovirus

La surveillance des souches de norovirus et l’étude de leur évolution reste un de nosobjectifsprioritairespour2015.NotrecollaborationaveclesdélégationsterritorialesdesARSetdesCIREnouspermettentderecevoirlesépidémiesquisurviennentsurl’ensembledelaMétropole.

Nouspoursuivronsnospartenariats traditionnelscomme l’IFREMER, l’ANSESet les autresCNR, mais également avec d’autres instituts tels que l’INRA, AgroSup, ADRIA pour desrecherchesplusponctuellessurl’environnementoulacontaminationdesaliments.

8.3. Contributionàl’alerteLesprocéduresd’alerteserontpoursuiviesselonuneprocédureformaliséeetactualisée.TousévénementsapparaissantanormalounécessitantunediscussionaveclesépidémiologistessonttransmisàSPFvianoscontacts.Les alertes européennes concernant les risques alimentaires sont diffuséespar internet par leréseauFBVE-Net.SPF,ANSESetIFREMERsontégalementinforméesetparlesmêmesvoiesquenotreCNR.

46

8.4. Activitéd’information,formationetconseil.8.4.1. Modalitésdediffusiondel’information

• SitewebLesitewebestpournousunmoyendecommunicationoud’informationimportant.Ildétaillelesconditionsdeprélèvementsdeselles,deleurconservationetdeleuracheminementauCNR.Lelienwebsimplifiéestwww.cnr-ve.org.Ilestaujourd’huicomplétementsousnotreresponsabilitéetsonactualisationprisenchargeparleCNR.

• ColloquesetréunionsscientifiquesNous participerons régulièrement aux diverses réunions scientifiques organisées par lescliniciens,pédiatresethygiénistes.

8.4.2. Collaborationetexpertisesauprèsd’instancesnationalesouinternationales

LeCNRdesvirusdesgastro-entéritesrépondraàlademandedesautoritéslorsquelesujetconcernerasondomainedecompétence.Commepar lepassé, leCNRdes virusdes gastro-entérites apportera sonaideou ses conseils auxétablissements publics, aux établissements de soins ou d’hébergement (publics ou privés), auxadministrationsquiluienferaientlademande.Souscertainesconditions,nosconseilspeuventêtredispensésauxentreprisesprivées.

8.4.3. ActivitédeformationL’activitédeformationseferaessentiellementparl’accueiletl’encadrementdestagiaires.Uneformationparconférencesetséminairesestplanifiéepour2015(2interventionsenjuin2015).Desenseignementspostuniversitairesetdespublicationsdidactiquessontégalementenvisagés.