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Rapport annuel d'activité, année 2014
Laboratoire National de Référence Salmonella spp.
et
Laboratoire National de Référence Salmonelloses aviaires
Nom du responsable du LNR
Bohnert Marylène et Moury Frédérique
coordonnateur et interlocuteur du LR-UE : M. Bohnert
Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre
HQPAP et SEL
Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre
Laboratoire de Ploufragan et Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort
Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau
57
Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du
mandat de LNR
En application de la directive 2009/158/CE, l’arrêté du 29 mars 2011 fixant les mesures
techniques et administratives relatives à la lutte contre la pullorose, crée le « LNR pour les
Salmonelloses aviaires ».
2
L’arrêté du 29 juillet 2013 relatif à la définition des dangers sanitaires de première et
deuxième catégorie, liste en première catégorie « salmonellose aviaire » (cinq sérovars,
pour les espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo).
L’Anses a désigné deux unités localisées dans deux de ses laboratoires :
Les activités des deux laboratoires de référence Salmonella sp. et Salmonelloses aviaires
sont intriquées et ne peuvent être séparées. Les deux laboratoires sont concernés pour les
deux missions.
De plus, le Réseau Salmonella géré par l’unité SEL et le RNOEA géré par l’unité EBEAC
répondent à des missions des LNR.
Les souches de Salmonella isolées à partir des animaux vivants malades et sains, des
denrées alimentaires, et de l’environnement sont traitées par le Réseau Salmonella associé
au LNR. Les Salmonella isolées chez les humains sont traitées par le Centre National de
Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR – Institut Pasteur Paris). Des
collaborations de longue date existent entre ces structures.
Introduction
Les faits marquants de l'année
L’AFNOR a publié le fascicule de documentation FD CEN ISO/TR 6579-3 en octobre 2014.
C’est le premier document normatif qui traite du sérotypage des salmonelles.
1. Méthodes développées ou révisées
Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente
0
Nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d’être prêtes
pour être proposées à l’autorité compétente au cours de l’année N+1
1
Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes
Pour faire suite à l’avis du 15 juillet 2013 rendu par l’Anses, relatif à "L'identification des
variants de Salmonella Typhimurium et leur prise en compte dans le programme officiel de
lutte en élevage avicole», le LNR associé (LSAl, Maisons-Alfort) a développé et validé une
méthode de confirmation moléculaire par PCR des souches de Salmonella variants
monophasiques et immobiles du sérovar Typhimurium (Lailler R., Grout J., Marault M.,
Oudart C., Moury F., Brisabois A. Méthode de confirmation moléculaire des souches de
Salmonella variants monophasiques et immobiles du sérovar Typhimurium. N° 11, Hiver
2013, pp. 14-17).
3
2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons et
souches d'intérêt
Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature
(environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de
conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre d'échantillons
par souche, l'enregistrement associé...).
Dans le cadre des activités de l'unité HQPAP, sont conservées les souches issues de la
réglementation volailles, des enquêtes européennes et des Plans de Surveillance. Elles sont
conservées pour une part en gélose conservation à température ambiante et d'autre part en
bouillon glycérolé peptonné à -70°C. Les commémoratifs sont disponibles en fichiers Excel
ou Access.
Dans le cadre des activités de sérotypage de l'unité SEL, les isolats reçus sont conservés
au froid positif dans leur tube d’origine pendant un an et un mois afin de palier à toute
réclamation ou contestation de résultat. Parmi l’ensemble des isolats reçus dans le cadre du
réseau Salmonella, une collection de souches représentatives des sérovars majeurs est
constituée annuellement ; de plus certaines souches et ADN associés à des travaux de
recherche ou présentant des caractéristiques biologiques particulières sont conservées en
cryobilles à -70°C. Tous les enregistrements sont disponibles en fichiers Excel et/ou Access.
Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mis(es) en collection dans l'année
5500
Nombre de souches/échantillons maintenu(e)s au total
22500
3. Activités d'analyse
3.1 Analyses officielles de première intention
Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année (de biotypie,
sérotypie, caractérisation moléculaire...)
0
4
3.2. Analyses officielles de confirmation
Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année (de biotypie,
sérotypie, caractérisation moléculaire...)
7052
Détaillez ici par type d'analyse de confirmation
Le LNR associé a réalisé les analyses suivantes :
- Sérotypage des salmonella par méthode conventionnelle par agglutination : 5083
- Confirmation par serotypage moléculaire ou confirmation de variants : 902
- Caractérisation moléculaire par PFGE : 449
- Typage moléculaire par MLVA : 91
- Antibiogramme Salmonella : 65 (En raison de l'évolution de la méthode et de la
réorganisation du Laboratoire de sécurité des aliments, l'antibiorésistance du souchier du
réseau Salmonella n'a pas pu être analysé en continu. L'analyse sera faite
rétrospectivement en 2015.).
- CMI Salmonella : 462 (cf le rapport annuel 2014 du LNR Résistance aux antimicrobiens).
Taux de confirmations par type d'analyse (= nombre de résultats confirmés / nombre
d'analyses officielles de seconde intention réalisées)
Sans objet car les analyses de seconde intention ont été réalisées sur des cultures pures de
Salmonella.
3.3. Autres analyses
Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec
le mandat de LNR
0
4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs
biologiques
Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs ?
Oui
5
Cette activité est-elle une obligation découlant de textes réglementaires, normatifs ou
infra-réglementaires (notes de service). Si oui, lesquels?
Aucune règlementation.
Quels sont les types de réactifs produits et fournis (vaccins, kits, autres) ?
Sérums anti-Salmonella Gallinarum et sérum anti-Salmonella Abortusovis. Ils servent de
témoins positifs dans la réalisation des normes NF U 47-033, 034 et 014.
Quels est le nombre de lots produits et fournis par an ?
(moyenne sur les 5 dernières années)
0
Quelles sont les quantités produites/fournies par lot ?
(moyenne sur les 5 dernières années)
0
Analyse de l'évolution (augmentation, diminution) des tendances en termes d'activité
sur les 5 dernières années
Un lot est produit tous les 4 à 5 ans. La demande est faible.
Le LNR fournit-il des matériaux de référence ?
Non
Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux ?
Non
5. Activités d'expertise scientifique et technique
5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique du ministère (chargé de
l’agriculture, santé, etc…) ou d’instances communautaires et internationales qui
concernent votre domaine de compétence
Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année
1
6
Détaillez ici les demandes d'EST et les noms des mandataires
Demande de note d'AST en vue du "Plan de surveillance antibiorésistance 2015 des
souches de Salmonella isolées de carcasses de bovins de moins d'un an et porcs
d'engraissement" adressée par la DGAL en octobre 2014. Projet de note d’AST rendu le 8
décembre 2014 (participation du responsable LNR associé -R. Lailler- à la rédaction).
5.2. Autres expertises
Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes:
CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de
normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est
consacré.
- Participation à la commission de Validation d’AFNOR Certification
- Participation au Bureau technique « Microbiologie agroalimentaire » NF VALIDATION des
méthodes alternatives d'analyse (1 à 2 jours tous les 2 mois), expertise de dossiers de
validation de méthodes commerciales pour la détection des Salmonella dans les aliments.
- Participation à des groupes de travail dans le cadre du Bureau technique « Microbiologie
agroalimentaire » NF VALIDATION des méthodes alternatives
• groupe de travail « Attestation de validation et rapport de synthèse »
• groupe de travail « Projet norme ISO 16140 : interprétation des nouvelles exigences,
modalités de transition »
- Participation aux travaux de normalisation de l’AFNOR :
• commission V08B Microbiologie des aliments
• groupe de travail GT2 de la commission U47 (uniquement pour Salmonella) : aucun
travail sur Salmonella en 2014.
- Développement – travaux sur les méthodes normalisées (ISO, CEN) : Le LNR participe
aux travaux internationaux de normalisation envisagés par les commissions ISO/TC 34/SC
9 et CEN /TC275/WG6 sur le sérotypage de Salmonella (création de l’ISO EN 6579 - partie
3) (groupe TAG10) et à la révision de la norme de recherche (ISO EN 6579 - partie 1)
(groupe TAG 8).
- Expert dans les groupes de travail de l’EFSA :
EFSA : GT sur développement de pathogènes (Salmonella) dans les œufs de table et risque
pour la santé publique (Marianne CHEMALY) : Scientific Opinion on the public health risks
of table eggs due to deterioration and development of pathogens. EFSA Journal
2014;12(7):3782, 147 pp
7
5.3. Dossiers de demande d'agrément
Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année
0
5.4. Activités de conseil aux professionnels
Détaillez ici ces activités et estimez le temps qui y est consacré
Sans objet.
6. Animation du réseau de laboratoires officiels
6.1. Organisation d'EILA
Précisez ici le nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année N
2
Nom de l'EILA
- Détection de salmonella dans les échantillons de productions primaires selon trois
méthodes
- Sérotypage des Salmonella
L'EILA est-il réalisé sous accréditation "17043"?
Non
Nombre de laboratoires participants
62
Nombre de laboratoires agréés participants (Na)
41
Le LNR a-t-il participé à l'EILA?
Non
8
Nombre de laboratoires participants en cours de demande d'agrément
1
Nombre d'autres laboratoires participants
20
Détail des autres laboratoires participants: français/étrangers
17 laboratoires sont reconnus par la DGAl.
3 autres laboratoires.
Nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables
0
Nombre de laboratoires agréés non conformes (Nc)
0
Taux de non conformités Nc/Na
0/0
Nature des non conformités (limiter aux laboratoires agréés)
Sans objet.
Gestion des non conformités (limiter aux laboratoires agréés) : actions mises en
œuvre pour l'identification des causes et des mesures correctives
Sans objet.
Suivi de décisions sur l'agrément
Sans objet.
9
Evolution du réseau dans le temps
Réseau fiable et stable.
Nom du 2ème EILA
Sérotypage des Salmonella.
cet EILA est-il réalisé sous accréditation "17043"?
Non
Nombre de laboratoires participants à cet EILA
76
Nombre de laboratoires agréés participants (Na) à cet EILA
41
Le LNR a-t-il participé à cet EILA?
Oui
Nombre de laboratoires participants à cet EILA, en cours de demande d'agrément
1
Nombre d'autres laboratoires participants à cet EILA
34
Détail des autres laboratoires participants à cet EILA: français/étrangers
Sur ces 34 laboratoires, 17 sont des laboratoires reconnus par la DGAL.
Les autres sont des laboratoires publics ou privés d'analyses vétérinaires et agro-
alimentaires.
Nombre de laboratoires ayant obtenu des résultats défavorables lors de cet EILA
1
Nombre de laboratoires agréés non conformes (Nc) lors de cet EILA
0
10
Taux de non conformités Nc/Na lors de cet EILA
0/41 laboratoires agréés et 1/17 laboratoires reconnus.
Nature des non conformités (limiter aux laboratoires agréés) de cet EILA
Le laboratoire non conforme est un laboratoire "reconnu" par la DGAl.
La non-conformité de ce laboratoire correspond à des erreurs de sérotypage.
Gestion des non conformités (limiter aux laboratoires agréés) de cet EILA: actions
mises en œuvre pour l'identification des causes et des mesures correctives
Concerne aussi bien les laboratoires agréés que reconnus.
Le laboratoire participant reçoit une fiche de relevé des écarts listant la ou les erreur(s)
diagnostiquée(s).
En retour, le ou les laboratoire(s) concerné(s) doivent nous proposer la ou les action(s)
mise(s) en place dans leur laboratoire. Et suite à leur retour, le LNR juge la pertinence des
actions proposées par le laboratoire, en considérant celles-ci comme satisfaisantes ou non.
Suivi de décisions sur l'agrément pour cet EILA
sans objet
Evolution du réseau de cet EILA dans le temps
Réseau fiable et stable.
Nom (s) et nombre(s) d'EILA que vous prévoyez d'organiser au cours de l’année N+1
- Détection de Salmonella dans les échantillons de productions primaires : 1
- Sérotypage de Salmonella : 1
Précisez le nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de
validation telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours
de l’année N
0
Précisez le nombre d'EIL (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de
l’année N+1
0
11
6.2. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires
Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés
du réseau, organisées dans l'année
1
Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux
méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année
0
Détaillez ici ces activités et indiquez le nombre de participants par journée
18ème réunion annuelle du réseau Salmonella (Maisons-Alfort, 02 décembre 2014)
Le réseau, créé en 1997, a pour objectif de produire des données relatives à la surveillance
des salmonelles de la « fourche à la fourchette ». Complémentaire de la surveillance des
salmonelles d’origine humaine, il participe au dispositif de sécurité sanitaire des aliments
(http://www.afssapro.fr/reseausalmonella/).
Le réseau, piloté par l’unité SEL du Laboratoire de sécurité des aliments, compte 140
laboratoires partenaires, privés et publics, couvrant la quasi-totalité des départements
français. Ces partenaires alimentent le réseau, sur la base du volontariat, en envoyant des
souches à sérotyper ainsi que des récapitulatifs accompagnés de renseignements
épidémiologiques.
L'un des enjeux majeurs du réseau Salmonella est de suivre, au niveau national, les
tendances évolutives et spatio-temporelles des sérovars de Salmonella d'origine non
humaine isolées de 4 secteurs différents (santé et production animales, aliments destinés à
l'homme, aliments destinés aux animaux, écosystème naturel) et permet, aussi, d’apporter
un soutien lors de l’investigation de toxi-infections alimentaires.
Cette 18ème journée d’échanges s’est tenue le 2 décembre dans le bâtiment Copernic à
Maisons-Alfort. Elle a rassemblé 70 participants, principalement des laboratoires associés
au réseau mais également des représentants de la Direction générale de l’alimentation (C.
Danan, P. Chasset et F. Guillon), de l’'Institut de veille sanitaire (N. Jourdan Da Silva), du
Centre national de référence (S. Le Hello) et du Laboratoire national de référence (M.
Bohnert et M. Chemaly). .
En ouverture de la journée, Anne Brisabois, directrice adjointe du Laboratoire de sécurité
des aliments, a remercié toutes les personnes impliquées dans la vie du réseau et a décrit
la nouvelle organisation du Laboratoire de sécurité des aliments en place depuis le 1er
janvier 2014. De nombreuses présentations ont suivi tout au long de la journée et ont permis
de faire un point sur le fonctionnement du réseau, de présenter la synthèse des données de
surveillance 2013 (humaines et non humaines) et d’évoquer diverses actualités ayant trait à
ce pathogène (normalisation, réglementation, variant 1,4,[5],12 :i :-, antibiorésistance ). Des
perspectives d’évolution telles que l’interface web « ACTEOLab » et les nouvelles
technologies basées sur le séquençage du génome bactérien ont également été présentées
12
et discutées lors de la table ronde et au cours des divers temps d’échange prévus tout au
long de la journée.
Marc Savey, de la Direction des laboratoires, a clôturé cette réunion en rappelant toute
l’importance du réseau dans le dispositif national de surveillance des Salmonella et a
souligné la richesse des liens tissés depuis de nombreuses années entre les différents
acteurs de ce dispositif. Il a remercié Anne Brisabois pour son investissement dans la
coordination du réseau ainsi que l’ensemble des partenaires pour la synergie qu’ils créent
dans la mise en application du concept « One Health » !
Détaillez ici ces activités et indiquez la durée moyenne des sessions et le nombre de
participants par session
Sans objet.
6.3. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année
Détaillez les EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National;
UE (EILA organisé par le LRUE); International
- National :
1) Participation à des EILA dans le cadre de l'accréditation, l'organisateur est en France :
• Comparaison interlaboratoires “RAEMA” campagne N°58 et 59 (détection Salmonella)
(unité HQPAP)
• Essai interlaboratoire de sérotypage 2014, organisé par le réseau Salmonella (unité
HQPAP)
- UE (EILA organisé par le LRUE) :
2) Participation aux trois EILA organisés par le LR-UE-Salmonella :
• Interlaboratory Comparison study Feed III (2014) on detection of Salmonella in chicken
feed (unité HQPAP)
• Interlaboratory Comparison study Primary production XVII (2014) on detection of
Salmonella in chicken faeces (unité HQPAP)
• Interlaboratory comparison study on typing (serotyping and PFGE typing) of Salmonella
spp. XIX Study (2014) (unité SEL)
- International :
3) Participation à deux EILA :
• Participation à l'EILA organisé par le SSI (Danemark) pour la méthode MLVA de typage
de salmonella Typhimurium (Salmonella EQA 6-2014-2015) (unité SEL)
• Participation à l'EILA de sérotypage des Salmonella et de détermination de la résistance
aux antibiotiques organisé par le Global Foodborne infection Network piloté par l'OMS (Unité
SEL)
• L'unité HQPAP a été sollicitée par une équipe italienne de l'ISS pour participer à un EILA
dans le cadre d'un projet européen "Baseline" pour valider une méthode PCR de détection
de Salmonella sur des produits de découpe de porcs. . (cf Delibato et al., 2014)
13
7. Participation aux activités de surveillance
7.1 PS/PC
Existe-t-il un ou plusieurs PS/PC élaboré(s) par l'autorité sanitaire dans le champ du
LNR?
Deux plans de surveillance ont été programmés en 2014 :
- Plan de surveillance de la contamination des viandes fraîches de volaille par Salmonella et
de la résistance des souches isolées aux antibiotiques au stade de l'abattoir
(DGAL/SDSSA/2013-9926) = 721 souches.
- Plan de surveillance de la contamination des viandes marinées de volaille et de porc par
Salmonella au stade de la production (DGAL/SDSSA/2013-9927) = 10 souches.
7.2 Activités de surveillance hors PS/PC
7.2.1 Dispositif(s) hors PS/PC
Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance (hors PS/PC) ?
Oui
En dehors du dispositif PS/PC de la DGAl préciser si le LNR est intégré à un autre
dispositif (Résapath, Salmonella, Resabeille, ...)
Réseau Salmonella.
7.2.2 Gestionnaire du dispositif
Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif
Unité SEL du LSAL - site de Maisons-Alfort.
7.2.3 unités intégrées dans le dispositif
Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos
cotés
Oui
Lesquelles ?
Appui de l'unité UCAS de la Direction des Laboratoires, pour le développement d'outils
épidémiologiques en lien avec la base de données ACTEOLab du réseau Salmonella.
14
7.2.4 Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance
Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif :
Le réseau de laboratoire du LNR
Les laboratoires adhérents au réseau Salmonella peuvent ne pas être agréés, ni reconnus
par la DGAL. Il peut s’agir de laboratoires publics ou privés d'analyses vétérinaires et agro-
alimentaires pouvant être ou non affiliés à l'AFLABV, l'APROLAB et l'ADILVA. D’autre part,
d’autres instituts ou organismes sont partenaires du réseau et reçoivent les informations
associées tels que l’InVS, le CNR et la DGAL
7.2.5 Modalités de surveillance
Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) :
Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des acteurs de
terrain)
Sur des modalités de surveillance programmées (active)
8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence
8.1. Recherches méthodologiques pour la référence
Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année :
objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à
projets...
Pour la détection et le sérotypage, les méthodes officielles sont normalisées (AFNOR
Commission V08B et groupe U47-GT2).
En alternative, les méthodes officielles en microbiologie des aliments peuvent être des
méthodes validées selon la norme ISO 16140. L'AFNOR Certification assure cette
validation. L'unité SEL y participe.
- Nécessité de développer les recherches méthodologiques visant à définir des méthodes
alternatives au sérotypage par agglutination sur plaques des Salmonella basées sur la
biologie moléculaire, NGS, participation au projet 100K genome, à un consortium
COMPARE pour H2020.
- En lien avec la plateforme MALDI de l’Anses Nancy, développement d’une base de
données pour la caractérisation des souches des Salmonella les plus fréquemment
sérotypées par le Réseau Salmonella du LSAL – ANSES de Maisons Alfort par la méthode
MALDI-TOF.
- Caractérisation moléculaire d’isolats de Salmonella Senftenberg et comparaison avec une
base de données. Salomon K., 2014. UBO Brest, département Génie Biologique (option
ABB), DUT 2ème année. 14 avril 20 juin
15
8.2. Recherches associées pour la référence
Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année
(participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections
expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...): objectifs, partenariats,
apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets...
Projet SalmonoVar :
Etude ayant 2 objectifs, dont le 2ème est réalisé dans l’unité SEL.
- Comparaison des performances de différentes méthodes de détection des variants
monophasiques de salmonelles de sérotype Typhimurium, au cours de la fabrication et de la
commercialisation du saucisson sec,
- Evaluation de la stabilité des profils moléculaires des isolats au cours des procédés de
fabrication et d’analyse. Ces travaux se positionnent en cohérence avec le projet d’activités
2014 du LNR associé Salmonella (typage MLVA des isolats). Et, la finalité de ce projet est
en adéquation avec les activités d’expertise scientifiques et techniques prévues par l’unité
SEL pour 2015 : caractérisation des isolats dans le cadre des investigations de cas groupés
humains.
9. Relations avec le CNR
Existence d'un CNR
Oui
Intitulé du CNR
Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella.
Organisme porteur du CNR
Institut Pasteur de Paris.
Collaboration dans le cadre de la surveillance, détailler:
Etroite collaboration LNR - CNR datant de plus de 40 ans.... concernant le développement
de méthodes analytiques et statistiques harmonisées entre les deux.
L'unité SEL est régulièrement sollicitée de la part de la DGAl / InVS / CNR en terme de
consultation de la base de données du réseau, et /ou de consultation de la base de données
des profils moléculaires PFGE et MLVA (Bionumerics), et/ ou de réalisation d'analyses de
typage PFGE et MLVA dans le cadre des investigations microbiologiques en appui aux
investigations épidémiologiques menées par l'InVS suivantes ayant donné lieu à des
rapports d'étude :
16
- Caractérisation de souches d’origine non humaine de S. Agona isolées dans le
cadre d’une augmentation de cas (région PACA) et d’une alerte Européenne, en lien avec le
CNR (Février 2014).
- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica
sérovar Kedougou isolées dans le cadre d’investigations relatives à la survenue de foyers
d’infection sans groupement géographique (Fin 2013 – 1er semestre 2014).
- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica
sérovar S. 4,5,12:i:- isolées dans le cadre d’investigations relatives à la survenue de cas
groupés dans le département 92 (Avril 2014).
- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar
Enteritidis isolées de fromages au lait cru de vache, de brebis ou mixte à l’origine de cas
groupés dans plusieurs départements de France (Dpnt 65, 44, 60 et 91) (Mai 2014).
- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar
Havana isolées dans le cadre d’une augmentation du nombre de foyers d’infection en
Auvergne et Rhône-Alpes (Avril - Juillet 2014).
- Caractérisation de souches d’origine non humaine de Salmonella enterica sérovar
Typhimurium isolées dans le cadre d’une toxi-infection alimentaire survenue dans les
départements 19 et 24 (Octobre 2014).
- Interrogation de la base de données sur la présence du sérovar Paratyphi B (février
2014).
- Interrogation de la base de données sur la présence du sérovar Cotham (février
2014).
- Interrogation de la base de données sur la présence du sérovar Bochum (juin
2014).
Collaboration dans le cadre de projets de recherche, détailler:
L’Unité SEL du Laboratoire de sécurité des aliments de l’ANSES de Maisons-Alfort a été
contactée par le CNR pour participer à un projet " WGS (Whole Genome Sequencing) et
caractérisation en temps-réel des souches de Salmonella d'origine humaine et non
humaine, en situation de TIAC ou d'alerte". Ce projet consiste en une évaluation de
différentes méthodes de typage moléculaire, dont la méthode de référence (PFGE), utilisant
ou non la technologie WGS dans la surveillance en temps réel des TIAC à Salmonella :
application aux alertes S. Kedougou et S. Havana de l'été 2014.
Autres collaborations, détailler:
sans objet
10. Autres mandats
Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de
compétences
Non
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Annexes
Listes des publications et communications:
1. Publications destinées aux professionnels Lailler R., Berta-Van-Rullen I., Alexandre ZL. ACTEOLab-Salmonella : plus qu’une base de données du
Réseau Salmonella français, un outil au service de la surveillance des salmonelles d’origine non
humaine. EuroReference, N°12, Eté 2014, pp 21-23 ;
2. Publications scientifiques internationales
Delibato E., Rodriguez Lazaro D., Gianfranceschi M., De Cesare A., Comin D., Gattuso A., Hernandez
M., Sonnessa M., Pasquali F., Sreter-Lancz Z., Saiz-Abajo M.J., Perez de Juan J., Butron J.,
Prukner-Radovci E., Horvatek Tomic D., Johannnessen G.S., Jakociune D., Olsen J.E., Chemaly M., Le
Gall F., Gonzalez-Garcia P., Lettini A.A., Lukac M., Quesne S., Zampieron C., De Santis P., Lovari S.,
Bertasi B., Pavoni E., Proroga Y.T.R., Capuano F., Manfreda G., De Medici D., (2014). European
validation of Real-Time PCR method for detection of Salmonella spp. in pork meat. International
Journal of Food Microbiology, 184, 134-138
Jakočiūne D., Bisgaard M., Hervé G., Protais J., Olsen J.E, Chemaly M. 2014. Effects of environmental
conditions on growth and survival of Salmonella in pasteurized whole egg. International Journal of
Food Microbiology, 184, 27-30.
3. Communications nationales
Bohnert M., (2014). Information du LNR : résultats de l’EIL de détection. Actualités en normalisation
et règlementation. Journée du Réseau Salmonella. 2 décembre, Maisons-Alfort
Cadel-Six, S. (2014). Points d’actualités : activités de caractérisation moléculaire des Salmonella.
(18ème Journée du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort).
Kérouanton A. (2014). Campylobacter et Salmonella chez les porcs biologiques et conventionnels :
prévalence et caractérisation phénotypique et génotypique. Conseil filière porcine, 11 décembre
2014, Ploufragan.
18
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Point d’actualités réseau. (18ème Journée du Réseau Salmonella - Maisons-Alfort).
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5. Conférences sur invitation
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des Salmonelles. Réunion technique de l’AFLABV (Association Française des Laboratoires d’Analyses
de Biologie Vétérinaire) sur le thème de l’identification bactérienne, 25 mars 2014, JANZE (35),
France.
