RappoRT d’acTiviTés 2015 · P. 8 I Rapport d’activités 2015 ICSA Rapport d’activités 2015 ICSA I P. 9 SALMOCAR Genetic and microbiotal control of salmonella carriage in chicken

Ensemble, innovons pour des élevages sains & respectueux du bien-être des animaux

& de l’environnement

RappoRT d’acTiviTés 2015

P. 30 I Rapport d’activités 2015 ICSA

© Inra - N. Vasquez

sommaire

P. 3

P. 5

P. 7

P. 12

P. 15

P. 18

P. 22

P. 24

P. 27

P. 28

Édito

Les instituts Carnot, un label d’excellence

2015 : les faits marquants

L’Institut Carnot Santé Animale : la recherche pour les entreprises

Appel à projets ICSA 2015

Des projets marquants Construire l’avenir avec les entreprises

Des technologies innovantes développées dans les laboratoires ICSA

Les chiffres de la recherche partenariale en 2015

Perspectives

Publications emblématiques

© Kim Hansen

© Inra - J. Weber

© Inra - G. Paillard

© Inra - C. Maître

© JJ Harrison

© Dimimis

© Kuebi

© Inra - N. Morisson© Inra - C. Maître

© Ethique & Animaux

© Petr Kratochvil

Ensemble, innovons pour des élevages sains

et respectueux du bien-être des animaux et de l’environnement

édito

Institut Carnot en Santé AnimalEn 2015, elles sont 94 entreprises à nous avoir fait confiance !

Les filières de productions animales, c’est à dire l’ensemble des acteurs qui contribuent à la chaîne de valeur autour de l’animal et de ses produits (viande, lait, oeufs notamment), agissent au quotidien pour retrouver la compétitivité indispensable, alors que l’élevage est en crise sur fond de marché extrêmement difficile et de volatilité des cours.ICSA est fier de contribuer par ses travaux en propre et en collaboration avec ses partenaires académiques, agricoles et industriels, à atteindre par l’innovation l’objectif de gestion et de maîtrise de la santé des animaux pour la compétitivité, l’efficacité, la durabilité des élevages, avec la participation des acteurs de la chaîne de valeur. ICSA est fier aussi d’avoir conçu et mis en œuvre cette approche intégrée de la santé actionnant de façon complémentaire les leviers de l’infectiologie, de l’alimentation et de la génétique au profit des élevages pour la santé des animaux et la santé publique, dans une optique One Health / Une seule santé, avant même la mise en place du Plan EcoAntibio 20171 puis de ses utiles développements tels que «produire autrement» ou «agro-écologie».ICSA est fier enfin de constater que les entreprises partenaires ont ainsi bénéficié de travaux en collabora-tion autour du vaccin, diagnostic précoce, diagnostic/dépistage sans a priori, traitements ciblés, vecteurs, alimentation, nutrition, probiotique, microbiote, systèmes d’élevage, modélisation, gènes de résistance, sélection génomique, etc... En particulier les PME ont été nombreuses à s’impliquer avec ICSA sur les enjeux de la santé en élevage. Les relations avec nos partenaires sont une priorité, et c’est pourquoi nous avons développé notre démarche qualité, et nous avons obtenu la certification ISO 9001 sur le périmètre : «Recherche partenariale et propriété intellectuelle : définition, diffusion et évaluation de l’appropriation des bonnes pratiques de contractualisation».Et comme nos partenaires, nous sommes convaincus que l’avenir se construit dès maintenant par la recherche et l’innovation. Tant il est nécessaire d’innover pour préparer le coup d’après.Alors, pourquoi pas vous ?Les femmes et les hommes qui tous les jours font vivre les valeurs d’ICSA sont fiers d’avoir construit un opérateur majeur de la recherche partenariale et de l’innovation pour les entreprises et les filières des productions animales.Vous en saurez plus en lisant notre Rapport d’activité qui vous présente la synthèse de nos actions, au sein du réseau Carnot, au service des entreprises.Si vous vous posez des questions, venez en discuter avec nous, en toute confidentialité. N’hésitez pas à nous contacter : [email protected]

Bonne lecture !

Etienne ZundelDirecteur ICSA

Rapport d’activités 2015 ICSA I P. 3

1. http://agriculture.gouv.fr/ecoantibio-2017-une-seule-sante-une-seule-planete

Rapport d’activités 2015 ICSA I P. 5P. 4 I Rapport d’activités 2015 ICSA

Les instituts Carnot, un label d’excellence

© Inra - B. Nicolas

34 Instituts Carnot

15% des effectifs

de la recherche publique

55%

de la R&D externalisée par les entreprises

vers la recherche publique française

7 500contrats

avec plus de 2000 entreprises dont 900 PME chaque année

Plus de 20 0 0 0publications de rang A par an

Qu’est-ce qu’un institut Carnot ?ICSA fait partie du réseau des Instituts Carnot depuis mai 2011, date à laquelle il a été labellisé pour son excellence scientifique et son professionnalisme. Un institut Carnot est une structure de recherche publique labellisée par le ministère chargé de la recherche à l’issue d’appels à candidatures très sélectifs, qui a démontré sa capacité à mener une recherche amont d’excellence, et à collaborer efficacement avec des partenaires socio-économiques.Chaque institut Carnot prend des engagements forts pour développer son activité R&D en faveur de l’inno-vation des entreprises – PME, ETI, grandes entreprises.

Les instituts Carnot sont reconnus à la fois pour : Leur très haut niveau scientifique

Le professionnalisme de leur relation partenariale

Un réseau de 34 instituts Carnot engagés pour l’innovation des entreprises

Le LAbeL En qUELqUEs ChiffrEs


2015

© Inra - C. Slagmulder

Succès d’ICSA évaluation très favorable par le Comité Carnot ! « Bilan vraiment très satisfaisant » : c’est ainsi qu’ICSA fait partie des 17 instituts Carnot qui ont été jugés « très satisfaisants » par le Comité Carnot de l’ANR chargé du suivi et de l’évaluation du dispo-sitif Carnot. ICSA est considéré comme s’inscrivant « parfaitement dans la vision sociétale One Health».

Obtention de la certification ISO 9001 !ICSA a passé avec succès son audit de certifica-tion en septembre 2015. Aucune non-conformité majeure n’a été identifiée. ICSA a donc obtenu fin 2015 sa certification ISO 9001 sur le périmètre : « Recherche Partenariale et Propriété Intellectuelle : définition, diffusion et évaluation de l’appropriation des bonnes pratiques de contractualisation ».La certification confirme l’appropriation des bonnes pratiques de contractualisation par tous les organismes de rattachement (procédures d’instruc-tion, contrat type, calcul du coût complet, étude de faisabilité, guide, mémo…) et garantit aux entre-prises une instruction et un suivi professionnels des contrats de recherche passés avec les laboratoires ICSA.ICSA s’engage par ailleurs à apporter une réponse à l’ensemble des sollicitations des entreprises, à leur proposer la meilleure offre et à fournir une proposi-tion de contrat moins de 2 mois après la sollicitation. Notamment, si ICSA n’a pas l’expertise en interne ou s’il n’est pas en mesure de traiter la demande dans un délai raisonnable, il redirige les entreprises vers des unités ou partenaires hors ICSA.

CommunicationUn film de 6 minutes a été réalisé pour illustrer des activités de recherche du pôle animal ICSA de Toulouse. Ce beau reportage illustre notamment les collaborations entre les unités ICSA GenPhySe (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) et IHAP (Interactions Hôtes - Agents Pathogènes) dans leurs recherches sur la résistance des animaux d’éle-vage aux bactéries pathogènes.

Pour le visualiser : http://www.toulouse.inra.fr/Toutes-les-actualites/Du-gene-au-territoire

évènementsLancement de l’institut Sciences Animales Paris Saclay

Sur le site de Jouy en Josas, le 12 février 2015, l’Inra a lancé le nouvel institut Sciences Animales Paris Saclay (SAPS), avec ses partenaires AgroParisTech, l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort et l’Anses. Fort d’un collectif de recherche de près de 600 personnes, il s’impose comme un pôle majeur d’envergure internationale en biologie animale, au service de l’agriculture et de la santé. Parmi les unités de recherche composant SAPS, nous retrou-vons les unités membres d’ICSA VIM Virologie et Immunologie Moléculaires et GABI Génétique Animale et Biologie Intégrative.

Les faits marquants


SALMOCAR Genetic and microbiotal control of salmonella carriage in chicken and mice Coordinatrice ICSA :

fanny Calenge, UMr GABi Génétique animale et biologie intégrativeCoordinateur PMI Xavier Montagutelli, unité Génétique fonctionnelle de la sourisMontant du financement : 150 000 € répartis entre iCsA et PMi

Les salmonelles, enjeu de santé publique, sont une des principales causes de toxi-infection alimentaire chez l’homme via la consommation de produits issus de volaille contaminée. Les données publiées ont démontré que l’intensité de portage et d’excrétion de salmonella chez le poulet est influencée par plusieurs facteurs, parmi lesquels la génétique de l’hôte et la composition de son microbiote intestinal jouent des rôles majeurs. Les objectifs de sALMoCAr sont d’améliorer notre compréhension des facteurs génétiques et relatifs au microbiote qui influencent ou contrôlent le portage de salmonella chez le poulet et la souris en utilisant une approche synergique.

INTeReSP impact of the intestinal microbiota on the severity of a respiratory infectionCoordinateur ICSA ronan Le Goffic, Ur ViM Virologie et immunologie moléculairesCoordinateur PMI Gérard Eberl, unité Micro-environnement et immunitéMontant du financement : 110 000 € répartis entre iCsA et PMi

La propension du virus de la grippe à échapper à la protection vaccinale demande la recherche de nouveaux moyens de contrôle. Une solution pourrait être de stimuler notre système immunitaire durant les épidé-mies de grippe. dans ce contexte, intErEsP étudie les relations entre le microbiote et le système immunitaire lors d’infections respiratoires. Ce projet exploratoire fournira des connaissances nouvelles permet-tant d’améliorer la protection contre l’infection grippale.

Relations Inter CarnotLe succès de la première édition de l’appel d’offres conjoint entre ICSA et l’Institut Carnot Pasteur Maladies Infectieuses (PMI), nous a conduit à le renouveler et à l’élargir. Le 2e appel s’inscrit dans les domaines :

Ì des maladies infectieuses, qu’elles soient médiées par des virus, des bactéries, des parasites ou des prions,

Ì de la dysbiose du microbiote intestinal, dans ses relations avec la santé (maladies infectieuses et non-infectieuses, inflammatoires, métaboliques, etc).

Deux projets ont été sélectionnés :

© Aleks © Rama

ICSA à la rencontre des entreprisesOrganisation des premières Rencontres ICSAPour la première fois, ICSA a organisé le 12 mars 2015 à la Maison de l’Agriculture de Rennes, avec le soutien de nombreux partenaires, une journée de rencontres à destination des entreprises du domaine animal qui sont investies dans la santé, l’alimentation, la génétique et le bien-être des animaux d’élevage : firmes services, industrie du médicament vétérinaire, sélectionneurs, équipe-mentiers, ou encore entreprises du diagnostic.Cette journée aura été l’occasion pour les indus-triels de :

Ì rencontrer nos chercheurs lors de rendez-vous d’affaires pré-programmés, ou de manière infor-melle pendants les pauses ;

Ì assister à des conférences pour mieux connaitre ICSA, son fonctionnement et ses compétences à travers des exemples de partenariat présentés par nos chercheurs et leurs partenaires indus-triels ;

Ì participer à des tables rondes et ateliers sur l’innovation dans le domaine de la santé et du bien-être des animaux :

Ì L’accès aux dispositifs d’expérimentation animale toutes espèces : accompagner les entreprises vers les acteurs de la recherche

Ì Quels dispositifs de soutien au partenariat et à l’innovation adaptés à mon entreprise ?

Ì Médicaments et alimentation animale : solutions alternatives ou produire autre-ment, quelle vision pour les entreprises ?

ICSA partenaire de la seconde édition des Rencontres en Santé Animale (ReSA)Pour la seconde année consécutive, ICSA était parte-naire au côté du SIMV de l’organisation des ReSA au sein de la convention d’affaires BioFIT qui a eu lieu les 1er et 2 décembre, à Strasbourg. Ces journées avaient pour objectif d’initier des échanges de haut niveau entre des équipes de recherche privée, publique et des sociétés de biotechnologies, en médecines vétérinaire et humaine, en France et en Europe. A l’occasion de ces Rencontres, des chercheurs et des membres de la gouvernance ICSA se sont déplacés à Strasbourg pour rencontrer les indus-triels. Ils ont participé à environ 40 rendez-vous avec des entreprises du secteur du médicament et du diagnostic vétérinaires.

La journée en chiffres Ì 125 participants dont :

Ì 60 industriels

Ì 50 chercheurs iCsA

Ì 15 autres (association, structure de soutien…)

Ì 30 rdv d’affaires

ICSA était également présent

Ì Aux Rendez-Vous Carnot à Lyon Les 8 et 9 octobre

Ì Aux Journées de la Recherche Organisées successivement pour les différentes filières animales : Equine, Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Porc, Lapin, Ruminants

Ì Au SPACE à Rennes Du 16 au 19 septembre


L’Académie d’Agriculture de France a décerné sa Médaille d’Or à Didier boichard (UMr GABi Génétique animale et biologie intégrative) pour sa contribution essentielle à l’amélioration génétique des bovins laitiers et notamment au développement, au cours de ces dernières années, d’une approche génomique qui a révolutionné les méthodes de sélection.

Le Prix de la Francophonie pour Jeunes Chercheurs « sciences et médecine » de l’Agence Universitaire de la francophonie a été décerné à Jérémy bouyer (UMr CMAEE, Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes) pour l’excellence scientifique, la reconnaissance interna-tionale et l’impact de ses travaux sur les pays du sud.

Laurier Innovation technologique de l’Inra 2015 : Laurent Debrauwer, responsable de la Plateforme de métabolomique et de chimie analy-tique (Metatoul-Axiom) (UMr toxicologie Alimen-taire). dédiés à la toxicologie analytique, ces outils de pointe permettent de connaître l’exposi-tion réelle aux contaminants et leurs effets sur la santé par l’analyse des fluides biologiques (sang, urine…), jusqu’à la modélisation de l’exposition et de ses effets sur le métabolisme.

L’outil evalbVD distingué d’une étoile à Innov’Space : Pauline Ezanno et son équipe (UMr BioEpAr Biologie, Epidémiologie et Analyse de risque en santé animale) ont reçu le trophée innov’space 2015 pour la mise au point du logiciel EvalBVd, outil d’aide à la maîtrise de la diarrhée virale bovine (BVd) en élevage bovin allaitant.

Le programme de recherche KeNAVeAU (Konsommation d’Energie pour l’Alimentation du VEAU) pour des aliments d’allaitement « basse température » pour les veaux de boucherie, a abouti à une solution nutritionnelle innovante primée de deux étoiles par le jury Innov’Space 2015. Etienne Labussière et son équipe (UMr PEGAsE Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les systèmes d’Elevage) sont parte-naires du programme KEnAVEAU qui associe insti-tuts de recherche, organismes de l’énergie et de l’environnement et industriel bretons.

Le projet IVeMA porté par Jérémy Bouyer et son équipe (UMr CMAEE, Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes) a reçu le Prix best Sustainable Development Practices on Food Security, à l’Exposition universelle Milan 2015. Ce projet de grande ampleur, auquel parti-cipent aussi cinq partenaires industriels (sur fonds propres), a développé des méthodes innovantes de lutte et de contrôle des populations vectorielles, en réduisant l’utilisation des traitements insecticides et acaricides.

PRIx DISTINCTIONS

rEçUs En 2015

dEs ProJEtsedin Hamzić : prix de Thèse de l’Association Française de Zootechnie pour son travail sur «Les bases génétiques des réponses à deux agents pathogènes majeurs des poulets de chair et poules pondeuses». (UMr GABi Génétique animale et biologie intégrative)

Hanna Mila : Prix de Thèse « Léopold escande » de l’inPt pour son travail sur : neonatal period in the dog : immunological and nutritional determinants for survival. (UMr ihAP interactions hôtes – agents pathogènes).

Alexandre Nougadère : Prix de Thèse « Leopold escande » de l’inPt pour son travail sur : surveillance des expositions alimentaires aux résidus de pesticides : développement d’une méthode globale d’appréciation quantitative du risque pour optimiser l’évaluation et la gestion du risque sanitaire. (UMr toxalim toxicologie Alimen-taire)...

Michel Doreau : Distinguished Service Award 2015 de la European federation for Animal science en reconnaissance de sa carrière exceptionnelle au service de l’élevage. (UMr herbivores)

Hélène Romé : prix du meilleur résumé pour son poster « GWAs analysis identifies 138 qtL for egg quality variance in layers receiving various diets » présenté au congrès de l’European sympo-sium on Poultry Genetics (tuusula, finlande). (UMr PEGAsE Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les systèmes d’Elevage)

Alice Machet : prix Jules Tournut décerné par l’Association française de médecine vétérinaire porcine (AfMVP) pour sa thèse « étude et évalua-tion des indicateurs de santé chez le porcelet sevré ». (UMr PEGAsE Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les systèmes d’Ele-vage)

Jessie Guyader : prix de Thèse de l’Associa-tion Française de Zootechnie pour son travail sur «La manipulation du pool d’hydrogène dispo-nible dans le rumen pour limiter les émissions de méthane par les ruminants» (UMr herbivores)


Ce que l’ICSA apporte à ses partenaires :

Ì Un contact unique dédié aux entreprises avec accès au large panel de compétences pour mener des collaborations de recherche dans un continuum incluant les maladies infectieuses et parasitaires, l’adaptation des systèmes d’éle-vage (maladies de production, bien-être) et la mobilisation des ressources génétiques (résis-tance aux maladies, robustesse).

Ì Un processus contractuel simplifié pour assurer écoute, traçabilité, fiabilité et rapidité dans l’instruction des contrats.

ICSA est un réseau d’unités de recherche qui a pour ambition de soutenir l’innovation, le transfert de technologies et le partenariat public-privé dans les secteurs de l’infectiologie, de l’alimentation et de la génétique des animaux de production.

Implantation géographique

Institut Carnot Santé animale la recherche pour les entreprises

Des moyens originaux Ì Plateforme d’expérimentation animale

(confinée ou non) pouvant héberger depuis des poissons jusqu’à des vaches en lactation en A3/BSL3

Ì Insectariums tiques et insectes vecteurs Ì Collection de bactéries pathogènes de plus de

2500 souches Ì Chirurgie et imagerie appliquées aux modèles

expérimentaux ovin, caprin, porcin Ì Nombreux modèles animaux : souris, arthro-

podes, ruminants, porcins, volailles, poissons Ì Infrastructures en zone intertropicale

(Caraïbes, Afrique, Océan Indien) Ì Centre AntiPoison Animal et Environnemental

de l’Ouest Ì Nombreuses plateformes « omiques » à haut

débit

ICSA propose aux entreprises une offre de recherche intégrée et multidisciplinaire permettant de répondre aux enjeux de la santé animale dans le cadre du concept « One Health / Une seule santé »

Ì Sélectionner des animaux adaptés à la demande (élevages alternatifs)

Ì Sélectionner des animaux résis-tants à certaines pathologies

Ì Comprendre et maitriser l’adapta-tion des réponses des animaux en vaccinologie et en thérapeutique

Ì Développer des systèmes d’ali-mentation favorables à la santé

Ì Étudier la pertinence d’indicateurs physiologiques de santé

Ì Rechercher des alternatives pour la maîtrise sanitaire

Ì Innover dans l’efficacité, les alter-natives et le renouvellement des médicaments, vaccins et diagnos-tics

Ì Dépister sans a priori des patho-gènes dans leur biodiversité

Ì Évaluer la sécurité sanitaire des produits et de l’environnement

MARCHé ADReSSéS• Médicaments• Vaccins• outils diagnostiques• Alimentation animale• dispositifs d’élevage• sélection génétique• suivi individualisé des animaux

exeMPLeS De PROJeTS MeNéS AVeC DeS PARTeNAIReS INDUSTRIeLS• développement d’un vaccin pédiatrique contre la bron-

chiolite du nourrisson• recherche d’alternatives aux antibiotiques par le biais de

l’alimentation• Mise en place d’un outil d’évaluation de la valeur santé

des ingrédients utilisés en alimentation du bétail• Contrôle des flavobactéries pathogènes d’aquaculture

marine : développement de méthodes de détection et mise au point d’un vaccin

• Maîtrise du parasitisme par l’utilisation de plantes (exemple le sainfoin) dans l’alimentation des animaux

• Epidémiologie et écotoxicologie appliquées à la faune sauvage européenne et aux écosystèmes

Personnel recherche (EtP) 828 avec doctorants 70 (dont 25 CifrE)recettes recherche partenariale 7 064 K€ Publications de rang A 726Contrats avec des partenaires privés 133

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Offre de partenariats


© Inra - B. Nicolas

Pour la 5ème année consécutive, ICSA a réservé une part importante de son abondement (soutien de l’ANR) au ressourcement scientifique, en consacrant 370 000 € de son budget à l’Appel à Projets interne, dont l’intitulé était le suivant :

Appel à projets ICSA 2015 ressourcement et partenariat

OMAP : Optimizing metaphylactic use of antimicrobials in poultry: socio-technical drivers for change

Coordinatrice : Mathilde PaulUMr ihAP interaction hôte-Agents PathogènesMontant du financement ICSA : 96 583 euros

L’utilisation d’antibiotiques chez les animaux de production est une préoccupation majeure de santé publique, en raison de l’émergence de bactéries résistantes. En 2009, on estimait que, dans l’UE, 25000 décès étaient directement attribuables à des infections par des bactéries multirésistantes.En élevage, les volailles occupent le deuxième rang mondial pour la consommation d’antibiotiques. Les spécificités du secteur avicole doivent être prises en compte pour mieux gérer l’utilisation des antibiotiques. La production de volailles est caractérisée par la gestion de troupeaux de plusieurs milliers d’oiseaux et la métaphylaxie est le mode le plus approprié des traitements curatifs.Le projet oMAP vise donc - à travers la combinaison d’approches épidémiologiques, sociologiques, et pharmacologiques - à identifier les facteurs sociaux et techniques critiques pour induire un change-ment dans l’utilisation métaphylactique des antibiotiques dans les élevages de volailles.Ce projet comporte trois objectifs : •l’identification des aspects techniques et sociologiques

qui ont une influence sur l’utilisation des antibiotiques dans les exploitations avicoles.

•le développement de systèmes innovants pour la détec-tion précoce des syndromes pathologiques dans les élevages.

Aujourd’hui, différents paramètres sont régulièrement mesurés et enregistrés dans les exploitations agricoles, tels que le taux de renouvellement d’air, la consommation d’aliments composés et le fonctionnement des circuits de chauffage / refroidissement. Caméras, micros et capteurs peuvent également être utilisés pour surveiller les animaux. La gestion de l’élevage, basée sur une sur-veillance étroite utilisant l’enregistrement automatisé de données, nommée « élevage de précision », peut être utilisée pour optimiser le bien-être, les rendements et l’impact sur l’environnement. L’éle-vage de précision pourrait également aider à mieux gérer la santé animale et adapter les éventuels traitements antibiotiques.

• l’optimisation de l’utilisation thérapeutique des antibio-tiques basée sur l’information pharmacologique actuelle. dans les élevages avicoles, l’eau potable est la voie la plus commune d’admi-nistration des antibiotiques, mais on a peu d’informations sur la quantité d’eau réellement consommée par la volaille et les varia-tions entre individus. de nouvelles études de pharmacocinétique prenant en compte cette variabilité individuelle, sont nécessaires pour permettre la mise à jour des recommandations de prescription en situation réelle dans les fermes.

Quels leviers novateurs pour maintenir et améliorer la santé en élevage, tout en stimulant la maîtrise de l’utilisation des médicaments ?

© Inra transfert


LIPOReG : Nutritional regulation of LxR to prevent Fumoni-sin toxicity

e-Feed-IT: Innovation pour contrôler l’implantation microbienne digestive et améliorer la gestion de la santé par l’interaction entre le comportement alimentaire précoce du jeune lapin et la colonisation microbienne de son tractus intestinal.

Coordinatrice : isabelle oswaldUMr toxicologie AlimentaireMontant du financement ICSA : 91 269 euros

Coordinatrice : sylvie CoMBEs,UMr GenPhysE Génétique, Physiologie et systèmes d’élevage Montant du financement ICSA : 91 125 euros

Ce projet, réalisé en partenariat avec ArtErris et l’itErG, concerne l’étude d’un contaminant naturel de l’alimentation, la mycotoxine fumonisine B1 (fB1), qui est considéré comme substance indési-rable et est réglementé par le Conseil européen (règlement (CE) n° 1126/2007 du 28/9/2007 modifiant le règlement (CE) n° 1 881 / 2006, recommandation du 17/8/2006). En raison de sa fréquente présence dans les céréales et leurs sous-produits dans le monde entier, et de sa toxicité sur les reins, le foie et le système immunitaire, cette mycotoxine est à la fois un problème de santé publique et un problème de santé animale, en particulier pour les monogastriques (porc). Avec plus de 600 millions de tonnes par an, le maïs est l’une des cultures les plus importantes dans le monde. Malheureusement, cette céréale est souvent contaminée par fusarium verticillioides ou f. proli-feratum, deux souches fongiques produisant la fumonisine B1. fB1 est la plus répandue et la plus toxique d’une famille de mycotoxines comprenant plus de 20 dérivés. des contaminations par fB1 ont été observées dans plus de 70% des aliments pour l’homme et l’animal à des doses moyennes de un à plusieurs milliers de mg/kg. Comme d’autres mycotoxines, fB1 est très résistant à la plupart des traite-ments technologiques. Ainsi les stratégies visant à réduire le niveau de cette toxine restent limitées et concernent principalement des pratiques agricoles (rotation des cultures, labour ...). Les adsorbants tels que l’argile ou les parois de levure ont une efficacité limitée et

aucun d’entre eux n’a été approuvé au niveau européen. Le projet LiPorEG vise à répondre aux attentes des agriculteurs, des transformateurs et des consommateurs en termes de sécurité et de qualité.Les données obtenues dans le cadre de LiPorEG permettront de préci-ser l’influence de l’alimentation sur (i) l’activation intestinale de LXr, (ii) la stimulation du cycle entéro-hépatique et (iii) l’élimination de la fB1. L’objectif ensuite sera de transposer ces connaissances de la souris au porc. En effet, en raison de son alimentation riche en céréales, le porc est fortement exposé à fB1, alors même qu’il est très sensible aux mycotoxines. L’objectif final est de mettre en place une stratégie d’ali-mentation rationalisée, stratégie alternative pour limiter la toxicité de fB1, comme outil permettant de maintenir et d’améliorer la santé des animaux.

Ce projet, réalisé en partenariat avec les membres du Groupe d’Expé-rimentation Cunicole (GEC) propose une solution alternative à la pratique courante de l’administration préventive d’antibiotiques pour résoudre les troubles digestifs intervenant au moment du sevrage des jeunes lapins. L’objectif du projet est d’installer précocement un microbiote diges-tif stable chez les lapereaux sous la mère en utilisant l’effet de levier nutritionnel approprié pour améliorer la robustesse des jeunes lapins au moment du sevrage En utilisant une approche pluridisciplinaire, ce projet vise à explorer une nouvelle stratégie de prévention des troubles digestifs autour du sevrage chez le lapin. Le projet est structuré en 4 étapes :1 I Etude comportementale pour caractériser la forme d’alimentation

la plus appropriée2 I Etude nutritionnelle, incluant les résultats de l’étape 13 I Etude de l’écologie microbienne, visant à mesurer la modification

de la composition et du fonctionnement de l’écosystème digestif en fonction des résultats des étapes 1 et 2

4 I Conception d’un nouveau système d’alimentation

Les résultats de ce projet contribueront à diminuer la diffusion des bactéries résistantes aux antibiotiques, à améliorer la gestion de la santé des animaux dans les élevages, à réduire les pertes financières liées à la morbidité et la mortalité. Ce système d’élevage alternatif comprendra la fourniture aux entreprises de l’alimentation animale d’un nouveau support des substrats nutritionnels (additifs alimen-taires, prébiotiques, probiotiques ...) à disposer dans les nids et d’un outil rapide permettant de gérer la santé du tractus gastro-intestinal.

© Tuku

© Carly & Art

Mardished : excrétion de Mardivirus au niveau de la peau de poulet : du tropisme à la réponse immunitaire

Coordinatrice : Caroline denesvreUMr isP infectiologie et santé PubliqueMontant du financement ICSA : 91 320€ euros

Le but ultime de ce projet est de trouver et de proposer de nouveaux moyens de lutte contre les infections à herpès-virus chez les volailles en réduisant le relargage des particules virales dans l’environnement.Le virus de la maladie de Marek (MdV) est un alpha-herpèsvirus du genre mardivirus hautement oncogène et spécifique des gallinacés, qui provoque d’importantes pertes économiques dans l’industrie avicole mondiale.Les vaccins actuels contre le MdV protègent contre la formation de tumeurs, mais non de l’infection ni de l’excrétion virale. En outre, contrairement à la plupart des virus enveloppés, le MdV reste conta-gieux dans l’environnement pendant plusieurs mois, vraisemblable-ment en raison de son association avec les squames des plumes. La

décontamination de l’environnement peut être difficile à accomplir, en particulier dans des installations ouvertes. L’excrétion virale et la contamination de l’environnement sont donc des problèmes critiques associés à l’infection par le MdV, surtout lorsqu’on y ajoute la virulence croissante de ce virus au cours des dernières décennies. La proposition actuelle vise à décrypter les mécanismes à l’origine de l’excrétion des mardivirus à partir des plumes et à explorer des moyens biologiques pour la contrôler.Ce projet vise à étudier divers aspects de l’interaction des mardivirus avec la peau de la poule. L’objectif est d’identifier des déterminants du virus et de l’hôte impliqués dans le tropisme et l’excrétion virale à partir de la peau, y compris la réponse immunitaire innée cutanée.

© Dr. Fred Murphy, Sylvia Whitfield, USCDCP


Des projets marquants Construire l’avenir avec les entreprises

Aquaexcel2020 : nouveau projet européen de recherche pour une aquaculture durable, qui récompense en 2015 l’excellence scientifique d’ICSA au niveau européen dans le domaine des sciences animales. AquaExcel2020, un projet d’infrastructures de recherche financé par le programme européen Horizon 2020 a été officiellement lancé le 1er octobre 2015, dans le but de renforcer le développement d’une aquaculture durable en Europe. Ce projet, d’une durée de 5 ans, réunit les principales infras-tructures de recherche européennes en aquacul-ture. Un des objectifs clés du projet : permettre l’accès à des infrastructures de haut niveau et à des services améliorés pour les organismes de recherche et l’industrie. L’aquaculture fournit environ la moitié des poissons consommés dans le monde. Alors que la produc-tion de la pêche reste stable pour préserver les stocks naturels, la demande en poisson continue de croître. L’aquaculture vise à répondre à cette demande croissante, mais ce secteur stagne depuis quelques années en Europe. Une recherche scien-tifique d’excellence, favorisant l’innovation, peut favoriser le développement d’une aquaculture européenne de haute qualité, efficiente et respec-tueuse de l’environnement.C’est l’ambition du projet AquaExcel2020, qui regroupe 39 infrastructures de recherche aquacole européennes couvrant l’ensemble des domaines scientifiques, espèces de poissons et systèmes de production concernés. Le projet constitue un portail unique d’accès à des services de recherche fondamentale et/ou appliquée de haute qualité et harmonisés. Il apportera les bases d’un système d’innovation pour l’aquaculture européenne.Près de la moitié du budget de 9,7 M€ sera alloué à l’accès transnational aux infrastructures de recherche et aux services, aussi bien pour la recherche publique que privée, et notamment pour les PME. L’objectif est de donner par appel d’offres aux équipes intéressées un accès gratuit à des

infrastructures n’existant pas dans leur pays d’ori-gine. Les projets financés seront sélectionnés par un panel d’experts.Le coordinateur d’AquaExcel2020, Marc Vande-putte, est chercheur en génétique aquacole à l’Inra dans l’unité Génétique animale et biologie intégra-tive membre d’ICSA. Il explique : « Nous avons acquis une certaine expérience grâce au précédent projet AquaExcel, également financé par l’Union Européenne de 2011 à 2015. Ce nouveau projet se fonde sur les résultats obtenus avec AquaEx-cel, notamment de nouveaux outils de modélisa-tion et de phénotypage, des lignées de poissons stables et caractérisées pour l’expérimentation et des solutions techniques qui permettent aux chercheurs qui ne sont pas sur place de suivre leurs expérimentations à distance en temps réel. Nous avons aussi une expérience déjà fructueuse de l’accès transnational. L’ambition est d’amener la recherche européenne en aquaculture à un niveau supérieur d’ici à 2020. Pour cela, le projet mettra à disposition de la communauté aquacole des outils et infrastructures essentielles, et de nouveaux services pour la recherche ».

H2020 Encore un nouveau projet sélectionné

Marc VANDePUTTe UMr GABi Génétique animale et biologie intégrative [email protected] www.aquaexcel.eu

CONTACTS SCIeNTIFIqUeS

© Engbretson Eric

Le projet FINDMEDPour les entreprises de la filière Industries et Technologies de Santé-médicaments.

Damien SALAUZe tél. : 01 57 27 43 61 - [email protected] www.findmed.frCoordonnateur : ICM Autres instituts Carnot contractants : CALYM, CEA List, ChiMiE BALArd, CiriMAt, Curie Cancer, ICSA, inria, M.i.n.E.s, Pasteur MI, stAr, Voir et entendre

CONTACTS

Dans le cadre du Programme Investissements d’Avenir, onze instituts Carnot, acteurs majeurs de la recherche publique, dont ICSA, se sont regrou-pés en consortium dans le projet Carnot filières FINDMED pour faciliter l’accès des entreprises à la recherche académique et à ses moyens technolo-giques. Leur objectif commun : renforcer, avec un focus particulier sur les PME et TPE, la compétitivité de la filière industrie du médicament en France. Leur force : la construction d’une offre d’innova-tion coordonnée et structurée pour répondre aux enjeux et aux besoins de la filière.« Industrie du médicament » est à entendre au sens large, le traitement d’un patient, homme ou animal, faisant appel aujourd’hui à des solutions qui vont au-delà du médicament sensu stricto (théranostic, dispositifs médicaux, santé connectée ...).C’est pourquoi FINDMED propose, en lien avec les structures existantes telles que les Pôles de Compé-titivité, les instances représentatives des entre-prises du secteur, les structures de valorisation de la recherche publique, une approche originale de soutien à l’innovation des entreprises selon trois axes :

Ì rendre accessibles les compétences existantes susceptibles d’apporter des solutions aux entre-prises du médicament, y compris l’offre de nos plateformes scientifiques et technologiques de haut niveau, des omics à l’in vivo ;

Ì rencontrer les entreprises du secteur, particu-lièrement celles n’ayant pas ou peu recours à la recherche publique, leur offrir une écoute qualifiée dans leurs problématiques de R&D pour identifier leurs besoins dans un domaine particulier ;

Ì mettre en relation des entreprises avec les plateformes académiques ou laboratoires en proposant des solutions personnalisées répon-dant à leurs besoins de développement, dans les meilleures conditions de délais et de coûts.

Pour les partenaires historiques ou potentiels d’ICSA dans le domaine de la santé et du médica-ment, il s’agit d’une réelle opportunité d’ouverture vers des centres académiques d’excellence et des moyens de haut niveau. Pour les partenaires des autres Carnot membres de FINDMED, c’est aussi l’occasion d’accéder auprès d’ICSA à des compé-tences originales, des modèles animaux innovants et des plateformes de haute expertise.


La détection et la caractérisation de virus « émergents » est un enjeu majeur en vaccinologie vétérinaire, pour assurer la pertinence des vaccins, leur qualité et leur sécurité biologique : l’enjeu pour un fabricant de vaccin est d’être capable :

Ì de définir de la manière la plus précise possible et réactive les composantes pertinentes d’un vaccin,

Ì de s’assurer au cours du procédé industriel de fabrication de la qualité de la préparation vacci-nale (notamment du titre de l’agent infectieux constituant le principe actif du vaccin)

Ì de s’assurer de l’absence de contaminant biolo-gique dans la préparation vaccinale.

Cette activité est encadrée par la pharmacopée européenne et au plan national, par l’Agence du médicament vétérinaire (ANMV). L’émergence des technologies de séquençage à très haut débit (séquençage dit « de nouvelle généra-tion » ou NGS) et de PCR quantitative en temps réel à haut débit, ouvrent de nouvelles perspectives, à la fois scientifiques et industrielles, pour la vaccinolo-gie vétérinaire. Dans ce contexte, la société FILAVIE et le laboratoire de virologie de l’UMR IHAP proposent de construire un LabCom, Laboratoire Commun dédié à la mise au point et au transfert d’outils de biologie molécu-laire à haut débit innovants pour identifier et carac-tériser les virus aviaires et cunicoles. Ce laboratoire a une double finalité : industrielle d’une part, pour accompagner la croissance de l’entreprise dans son activité de production et de veille industrielle, et cognitive d’autre part, pour permettre au labora-toire de renforcer son expertise scientifique en virologie aviaire et cunicole, en bénéficiant de la forte connexion de la société partenaire avec les filières animales. L’enjeu pour l’entreprise FILAVIE est de pouvoir disposer d’outils innovants pour assurer la qualité des vaccins produits, leur sûreté biologique et leur pertinence épidémiologique liée aux dérives des agents viraux chez les espèces animales concer-nées.

L’enjeu pour le laboratoire de virologie IHAP est de renforcer sa stratégie scientifique visant à étudier les émergences virales chez les volailles et le lapin, au travers de l’identification de « nouveaux » virus ou variants viraux, du suivi de la dynamique génétique des virus et notamment de leur capacité d’adapta-tion et de virulence. Le laboratoire de virologie IHAP a développé une expertise dans l’utilisation des outils « NGS » pour l’identification virale et le suivi de l’évolution des virus animaux. Dans ce LabCom, la société Filavie identifiera les pathogènes cibles et le matériel biologique à tester (préparations vaccinales, animaux). Le laboratoire de recherche identifiera les cibles moléculaires les plus pertinentes et proposera et mettra en œuvre la stratégie de détection et de typage la plus appro-priée ; il transférera au partenaire Filavie les outils moléculaires finalisés. Filavie bénéficiera ainsi du transfert du savoir-faire généré par le LabCom pour son développement industriel et économique.Coordinateur du projet : Jean-Luc Guérin (UMR INRA-ENVT IHAP Interactions Hôtes-Agents Patho-gènes) [email protected]

Deux projets ANR avec des entreprises

LABCOM VIRALVirologie, Innovation et Recherche pour la vaccinologie des espèces Aviaires et du Lapin

Coordonnateur : Jean-Luc GUéRIN UMr inrA-EnVt ihAP interactions hôtes-Agents Pathogè[email protected]

CONTACT SCIeNTIFIqUe

Le projet Deffilait, coordonné par Philippe Faverdin de l’UMR Pegase et labellisé par le pôle de compé-titivité Valorial, a été sélectionné par l’ANR dans le cadre du programme «Sécurité alimentaire et défi démographique». Deffilait a pour objectif de fournir des éléments essentiels à l’élaboration de stratégies de sélection génétique sur l’efficacité alimentaire des vaches laitières.Le secteur des productions animales est parti-culièrement sensible au contexte alimentaire mondial, à la fois par l’augmentation attendue de la demande des produits animaux, dont le lait, et par son empreinte écologique qui doit être réduite. L’amélioration de l’efficacité alimentaire des vaches laitières devrait contribuer à réduire certaines des émissions directes de gaz à effet de serre (GES) grâce à une meilleure conversion des aliments et avoir un impact positif sur les émissions induites associées aux grandes cultures et sur l’emprise des terres. L’amélioration génétique constitue une stratégie particulièrement intéressante car elle

peut concerner la plupart des élevages laitiers avec un coût limité. L’alimentation de précision constitue une autre voie pour gagner en efficience avec le développement des nouvelles technolo-gies qui peuvent prendre en compte la variabilité inter-individuelle observée. La diminution de l’uti-lisation d’aliments, grâce à ces gains d’efficacité, donnera ainsi un avantage compétitif au secteur de la production laitière tout en contribuant à réduire ses impacts sur l’environnement.Ce projet fournira un cadre cohérent, avec la contribution d’une entreprise pour développer de nouvelles technologies de phénotypage à haut débit par acquisition et analyse d’images, pour entreprendre une sélection génétique équilibrée sur ces caractères et apportera ainsi une contribu-tion significative et durable à l’amélioration de l’effi-cacité alimentaire, au bénéfice des éleveurs, des fabricants d’aliments du bétail et des entreprises de sélection.

DeffilaitUn projet pour améliorer l’efficacité alimentaire des vaches laitières

Philippe FAVeRDIN UMr PEGAsE Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les systèmes d’élevage [email protected]


© Ben23


Des technologies innovantes développées dans les laboratoires iCsA

Ce logiciel développé par l’UMR BioEpAR, membre d’ICSA, pour la maîtrise de la BVD en troupeau bovin allaitant a été distingué au SPACE à Rennes.Cet outil innovant d’aide à la décision et au conseil est destiné aux gestionnaires de la santé des bovins, notamment aux vétérinaires praticiens. Il permet d’estimer l’impact épidémiologique et économique de la diarrhée virale bovine (BVD) en troupeau bovin allaitant et d’évaluer le gain attendu par la mise en place d’une stratégie de maîtrise (vaccination ou dépistage/élimination des animaux infectés permanents).L’utilisateur définit le troupeau concerné (taille, race, renouvellement, structure, etc.), choisit une stratégie de maîtrise, évalue à partir de sorties graphiques fournies par l’outil l’impact et la persis-tance de la BVD, et au final décide / conseille les éleveurs en termes de maîtrise de la maladie.L’accès à l’outil se fait par le web sans nécessité d’ins-taller un logiciel. L’utilisateur choisit le type d’éle-vage bovin allaitant et la situation sanitaire dans lesquels l’impact épidémiologique et économique de la BVD et le gain attendu par la maîtrise sont évalués. La conduite du troupeau est définie par sa taille et le taux de renouvellement des vaches, les périodes de reproduction, de pâturage, de vente et la productivité au sevrage visée par l’éleveur. Chaque utilisateur a un espace personnel dans l’outil lui permettant de sauvegarder ses scénarios. Il peut ainsi comparer simplement deux scénarios.EvalBVD ouvre la voie à une nouvelle génération d’outils, complémentaires des outils déjà mobili-sables par les conseillers des éleveurs pour la gestion des maladies infectieuses en élevage. Il est d’utilisation gratuite, hébergé et maintenu par l’Inra.

EvalBVD Un outil innovant d’aide à la décision et au conseil

INFORMATIONS COMPLéMeNTAIReSPour plus d’informations sur cet outil, consultez le site web du projet : www.inra.fr/mihmes

Pauline eZANNOUMr BioEpAr Biologie Epidémiologie et Analyse de risque en santé animale [email protected]


Le projet Ivema (Integrated VEctor Management, Prix Best Sustainable Development Practices on Food Security, à l’Exposition universelle Milan 2015) coordonné par Jérémy Bouyer (UMR CMAEE, Cirad) vise à réduire l’utilisation des insecticides et amélio-rer la durabilité des molécules encore disponibles. Une modélisation mathématique pointue permet d’analyser les impacts des méthodes testées sur la dynamique des populations cibles. Deux méthodes ont déjà fait l’objet de travaux de recherche.«Nous avons identifié les meilleurs programmes de traitement épicutané (pour-on) des animaux à savoir la localisation des traitements sur l’ani-mal ainsi que les fréquences, périodes et seuils de traitement afin de réduire les doses aux niveaux minimaux requis» dit Jérémy Bouyer. A la suite de ce travail, ICSA a testé au Sénégal, en partenariat et avec le support de CEVA Santé-Animale, un nouvel insecticide pour-on contre les glossines (mouches tsé tsé) vectrices de trypanosomoses animales, et contre les tiques. La méthode du mâle stérile qui évite la reproduc-tion des moustiques est une alternative aux insec-ticides. «Nous avons travaillé sur une stratégie innovante qui vise à utiliser les mâles stériles non seulement comme compétiteurs sexuels avec les mâles sauvages mais également transporteurs spécifiques de biocides. De quoi espérer une ampli-fication de l’effet de la technique du mâle stérile d’un facteur 100.»Sur ce thème, un accord de partenariat a été signé avec l’entreprise Savana, qui a mis en place une nouvelle formulation facilitant le passage du biocide d’insecte à insecte, puis au gîte larvaire. En outre, une collaboration avec l’entreprise mexicaine

Mubarqui, spécialisée dans les lâchers aériens de mâles stériles, a permis de développer et valider une machine de lâchers automatiques. Les densités de mâles stériles à lâcher sont calculées en temps réel en fonction de l’habitat favorable prédit par un modèle de distribution, en intégrant la localisation du gyrocoptère.

IVEMAIntegrated VEctor Management, Prix Best Sustainable Development Practices on Food Security, à l’Exposition universelle Milan 2015

Jérémy bOUYeR UMr Cirad inrA CMAEE Contrôle des maladies Animales Exotiques et Emergentes [email protected]


© © j. bouyer, cirad


Les chiffres de la recherche partenariale en 2015

19 %PME Françaises

Petite et Moyenne Entreprise < 250 salariés

31 %Autres

11 %ETI Françaises Entreprise de Taille Intermédiaire < 5 000 salariés

29 %Entreprises étrangères

10 %GE Françaises Grande Entreprise

60

Nom

bre

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ontr

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50

40

30

20

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Répartition des contrats de recherche partenariale par type d’entreprises

Répartition des contrats de recherche partenariale par objet de recherche

LA GéNéTIqUe L’ALIMeNTATIONeT LeS SYSTèMeS D’éLeVAGe

L’INFeCTIOLOGIe

2 Vaccin

2 Toxicologie

5 Produits sanguins5 Modèles

2 Épidémiologie2 Diagnostic1 autres

21 Médicaments33 Additifs

11 Bien-être

4 Qualité des produits

3 Technique d’élevage

6 Autres aliments coproduits, tourteaux…

1 Bâtiment

1 Modèles

133 contrats de recherche avec 94 partenaires socio-économiques différents.

33 Sélection

1 Environnement/ Biodiversité

La recherche partenariale se subdivise en recherche contractuelle et en recherche collaborative subventionnée.

La recherche contractuelle est effectuée sur la base d’un contrat de recherche avec un partenaire socio-écono-mique, sans subvention aucune des pouvoirs publics.

La recherche collaborative subventionnée est effec-tuée sur la base de contrats de recherche en partie financés par les pouvoirs publics (collectivités territoriales, agences nationales, fonds publics européens…) qui impliquent un ou plusieurs partenaires socio-économiques.

25 %Génétique

21 %Génétique

30 %Infectiologie

51 %Alimentation

Systèmes d’élevage

45 %AlimentationSystèmes d’élevage

28 %Infectiologie

Le premier secteur avec lequel ICSA négocie des contrats de recherche partenariale est celui de l’alimentation et systèmes d’élevage

Répartition des contrats par secteur d’application

Répartition des recettes partenariales

Répartition du chiffre d’affaire par secteur d’applications

52 %Recherche contractuelle Soit 3 700 605 €

48 %Recherche collaborative

subventionnée Soit 3 364 066 €

Rapport d’activités 2015 ICSA I P. 27

© Pexels

Les perspectives

Grâce aux entreprises partenaires, ICSA a bénéficié d’un excellent retour d’expérience : nos partenaires ont un intérêt manifeste pour les autres bénéfices qu’autorisent nos disciplines au-delà des enjeux de santé. Par exemple, l’alimentation et la nutrition peuvent contribuer à accroître le rendement digestif de l’ani-mal, optimiser le système d’élevage et réduire son coût. La génétique peut désormais cibler des finalités multicritères associant la robustesse sanitaire à l’optimisation d’assimilation nutritionnelle et croissance, la construction de la qualité du produit (viande, lait, œuf….), la prolificité, l’adaptation au changement climatique.C’est pourquoi, souhaitant mieux répondre aux besoins de ses partenaires actuels et futurs, l’institut Carnot Santé Animale est candidat en 2016 à la labellisation Carnot pour devenir France Futur Élevage, avec un périmètre élargi aux Instituts Techniques « animaux ».


Parmi les 726 publications scientifiques ICSA recensées en 2015, nous avons choisi de vous en citer quelques-unes soit pour la participation effective d’un industriel [EN ORANGE] aux travaux de recherche, soit pour leur potentiel d’application technique ou scientifique, ou leur facteur d’impact. En effet, si les collaborations de recherches avec nos partenaires se déroulent en toute confidentialité, certains d’entre eux souhaitent légitimement co-signer les publications.

1. A new adjuvant combined with inactivated influenza enhances specific CD8 T cell response in mice and decreases symptoms in swine upon challenge. Bouguyon E, Goncalves E, shevtsov A, Maisonnasse P, remyga s, Goryushev o, deville s, Bertho n, Ben Arous J. Viral Immunology 2015, 28(9):524-31. IF 1.513 [sEPPiC Air-LiqUidE]

2. Porous nanoparticles as delivery system of complex antigens for an effective vaccine against acute and chronic Toxoplasma gondii infection. dimier-Poisson i, Carpentier r, nguyen ttL, dahmani f, ducournau C, Betbeder d. Biomaterials 2015, 50:164-175. IF 8.557

3. bacterial species-specific activity of a fluoroquinolone against two closely related Pasteurellaceae with similar MICs: Differential in vitro inoculum effects and in vivo efficacies. Lhermie G, El Garch f, toutain PL, ferran A, Bousquet-Mélou A. PloS One 2015, 10(10) : e0141441. IF 3.057 [VEtoqUinoL]

4. Functional characterization of a novel class of morantel-sensitive acetylcholine receptors in nematodes. Courtot E, Charvet C, Beech r, harmache A, Wolstenholme AJ, holden-dye L, o’Connor V, Peineau n, Woods dJ, neveu C. PLoS Pathogens 2015, 11 (12), e1005267. IF 7.562 [ZoEtis]

5. Integrated fly management in european ruminant operations from the perspective of directive 2009/128/eC on sustainable use of pesticides. durel L, Estrada-Pena A, franc M, Mehlhorn h, Bouyer J. Parasitology Research 2015, 114(2):379-389. IF 2.027 [VirBAC]

6. The respiratory DC/macrophage network at steady-state and upon influenza infection in the swine biomedical model. Maisonnasse P, Bouguyon E, Piton G, Ezquerra A, Urien C, deloizy C, Bourge M, Leplat JJ, simon G, Chevalier C, Vincent-naulleau s, Crisci E, Montoya M, schwartz-Cornil i, Bertho n. Mucosal Immunology 2015 Nov 4. doi: 10.1038/mi.2015.105. IF 7.3

7. Influenza D virus in cattle, France, 2011-2014. ducatez Mf, Pelletier C, Meyer G. Emerging Infectious Diseases 2015, 21(2):368-71. IF 6.994

8. Diagnosis and incidence risk of clinical canine monocytic ehrlichiosis under field conditions in Southern europe. rené-Martellet M, Lebert i, Chene J, Massot r, Leon M, Leal A, Badavelli s, Chalvet-Monfray K, ducrot C, Abrial d, Chabanne L, halos L. Parasites & Vectors 2015, 8(1): 3. IF 3.430 [MEriAL]

9. Chlamydiaceae in North Atlantic seabirds admitted to a wildlife rescue centre in Western France. Aaziz r, Gourlay P, Vorimore f, sachse K, siarkou Vi, Laroucau K. Applied and Environmental Microbiology 2015, 81(14): 4581-4590. IF 3.823

10. Coxiella burnetii circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity. Joulié A, Laroucau K, Bailly X, Prigent M, Gasqui P, Lepetitcolin E, Blanchard B, rousset E, sidi-Boumedine K, Jourdain E. Applied and Environmental Microbiology 2015, 81:20. IF 3.668 [AdiAGEnE]

11. Pulsed-field gel electrophoresis and multi locus sequence typing for characterizing genotype variability of Yersinia ruckeri isolated from farmed fish in France. Calvez s, Mangion C, douet dG, daniel P. Veterinary Research 2015, 46(1):73 IF 2.982 [GdsAA]

12. Mapping landscape friction to locate isolated tsetse populations candidate for elimination. Bouyer J, dicko Ah, Cecchi G, ravel s, Guerrini L, solano P, Vreysen MJB, de Meeus t, Lancelot r. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2015, 112(47) 14575-14580. IF 9.423

13. Modelling of paratuberculosis spread between dairy cattle farms at a regional scale. Beaunée G, Vergu E, Ezanno P. Veterinary Research 2015, 46(1):111 IF 2.982

Publications emblématiques

14. diet-animal fractionation of nitrogen stable isotopes reflects the efficiency of nitrogen assimilation in ruminants. Cantalapiedra hijar G, ortigues i, sepchat B, Agabriel J, huneau Jf, fouillet h. British Journal of Nutrition 2015, 113 (7), 1158-1169. IF 3.311

15. quantitative feed restriction rather than caloric restriction modulates the immune response of growing rabbits. Knudsen C, Combes s, Briens C, duperray J, rebours G, salaun JM, travel A, Weissman d, Gidenne t, oswald i. Journal of Nutrition 2015, 145:483-489 IF 3.740 [CCPA, Evialis, tEChnA, sanders, inZo]

16. Intestinal toxicity of the masked mycotoxin deoxynivalenol-3-b-D-glucoside. Pierron A, Mimoun s, Murate Ls, Loiseau n, Lippi Y, Bracarense APfL, Liaubet L, schatzmayr G, Berthiller f, Moll Wd, oswald iP. Archives of Toxicology 2015, Sep 24. DOI: 10.1007/s00204-015-1592-8. IF 6.637 [BioMin]

17. Relative prolactin to progesterone concentrations around farrowing influence colostrum yield in primiparous sows. Loisel f, farmer C, van hees h, quesnel h. Domestic Animal Endocrinology 2015, 53:35-41. IF 1.613

18. Hot-iron disbudding: stress responses and behavior of 1- and 4-week-old calves receiving anti-inflammatory analgesia without or with sedation using xylazine. Caray d, de Boyer des roches A, frouja s, Andanson s, Veissier i. Livestock Science 2015, 179, 22-28. IF 1.293

19. Genome-wide association study and biological pathway analysis of the eimeria maxima response in broilers. hamzić E, Buitenhuis B, hérault f, hawken r, Abrahamsen Ms, servin B, Elsen JM, Pinard-van der Laan Mh, Bed’hom B. Genetics Selection Evolution 2015, 47: 91. IF 2.895 [CoBB]

20. Impact of selection for digestive efficiency on microbiota composition in the chicken. Grasteau s, narcy A, rideau n, Chantry-darmon C, Boscher MY, sellier n, Chabault M, Konsak-ilievski B, Le Bihan-duval E, Gabriel i. Plos One 2015, 10(8), e0135488. IF 3.057

21. early-life establishment of the swine gut microbiome and impact on host phenotypes. Mach n, Berri M, Estellé J, Levenez f, Lemonnier G, denis C, Leplat JJ, Chevaleyre C, Billon Y, doré J, rogel-Gaillard C, Lepage P. Environmental Microbiology Reports 2015, 7:554-569. IF 3.500

22. Genetic relationships between measures of sexual development, boar taint, health and aggressiveness in pigs. Parois s, Prunier A, Mercat MJ, Merlot E, Larzul C. Journal of Animal Science 2015, 93 (8) 3749-3758. IF 1.559

23. A point mutation in suppressor of cytokine signalling 2 (Socs2) increases the susceptibility to inflammation of the mammary gland while associated with higher body weight and size and higher milk production in a sheep model. rupp r, senin P, sarry J, Allain C, tasca C, Ligat L, Portes d, Woloszyn f, Bouchez o, tabouret G, Lebastard M, Caubet C, foucras G, tosser-Klopp G. PLoS Genetics 2015 11;11(12):e1005629. IF 6.661

24. The family secrets of avian egg-specific ovalbumin and its related proteins Y and x. da silva M, Beauclercq s, harichaux G, Labas V, Guyot n, Gautron J, nys Y, rehault-Godbert s. Biology of Reproduction 2015, 93(3), 1-7. IF 3.451

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RappoRT d’acTiviTés 2015 · P. 8 I Rapport d’activités 2015 ICSA Rapport d’activités 2015 ICSA I P. 9 SALMOCAR Genetic and microbiotal control of salmonella carriage in chicken