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Plan du rapport annuel d’activité 2013

Centre de national de référence des ARBOVIRUS

CNR coordonnateur IRBA Marseille

Responsable : I. Leparc-Goffart

CNR Laboratoire associé Région Antilles Guyane

Institut Pasteur de Guyane Responsable : D. Rousset

CNR Laboratoire associé Région Océan Indien

CHU Saint Denis Réunion Responsable : M-C. Jaffar-Bandjee

Année d’exercice

2012

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Résumé analytique Les maladies virales transmises par des arthropodes hématophages (arboviroses) rassemblent un grand nombre de pathologies affectant différentes espèces animales et/ou l’homme. Pour certaines de ces pathologies, l’impact en santé publique et les répercussions économiques peuvent être conséquentes tant du point de vue santé humaine qu’animale. Elles présentent un potentiel avéré d'émergence ou d'extension à de nouveaux territoires, y compris en zone tempérée, du fait de la présence de vecteurs. Devant le peu de moyens prophylactiques et l’absence de traitement spécifique, la lutte contre ces maladies repose sur des dispositifs de surveillance et d’alerte associés à une gestion du risque vectoriel. Du point de vue géographique, certaines de ces infections circulent de façon quasi-permanente dans la zone inter-tropicale (Dengue), d’autres sont en progression lente mais continue (Fièvre de la Vallée du Rift), d’autres encore ont émergées dans les pays de l’hémisphère Nord (West Nile, Chikungunya), certaines s’y étant implantées de façon pérenne (Toscana dans le sud de la France). La colonisation de nouvelles zones géographiques par les arthropodes vecteurs soulève de nouvelles questions en termes d’évaluation de risque sanitaire.

Situation en France Métropolitaine :

A l’heure actuelle, trois arboviroses (West Nile, Encéphalite à Tique, Toscana) sont reconnues comme endémiques en France métropolitaine. Cette année le premier cas mortel d’infection par le virus de l’encéphalite à tique a été diagnostiqué dans le nord-est de la France (publication en cours).

L’implantation du vecteur Aedes albopictus dans des départements du sud de la France a justifié la mise en place d’un dispositif de surveillance des cas d’importation du chikungunya et de la dengue depuis 2006. L’année 2012, de par l’augmentation du nombre de département où Ae. albopictus est implanté (11 départements), a montré la limite de faisabilité du plan, avec un engorgement des différents acteurs de la surveillance, dont le CNR.

Hors métropole :

La situation épidémiologique de la Dengue aux Antilles est restée calme en 2012 comme en 2011, après une année 2010 marquée par deux épidémies majeures en Martinique et en Guadeloupe. Le nombre de cas suspects de Dengue ainsi que le nombre de cas biologiquement confirmés y sont restés tout au long de l’année en deçà des valeurs maximales attendues même si une augmentation d’activité a été observée en fin d’année. Les 4 sérotypes de Dengue ont été détectés en Guadeloupe sans prédominance de l’un d’entre eux. Dans les Iles du Nord, Saint-Martin et Saint-Barthélemy, une augmentation des indicateurs épidémiologiques a également été observée en fin d’année avec à Saint Martin le dépassement des valeurs maximales attendues. Cette augmentation d’activité était associée à une circulation majoritaire du sérotype DENV-4. Ce sérotype DENV-4 n’ayant pas circulé depuis plusieurs années au sein de ces deux îles, sa réapparition incite à la vigilance.

En Guyane, l’année 2012 a été marquée par une augmentation d’activité de la Dengue au second semestre avec une épidémie déclarée dans le secteur de Kourou à partir de la fin du mois de septembre. Sur le plan virologique, 3 sérotypes de dengue (sérotypes 1, 2 et 4) ont co-circulé tout au long de l’année avec toutefois une nette prédominance du sérotype 2 notamment impliqué dans l’épidémie sur le secteur de Kourou.

Situation dans l’Océan Indien

La surveillance des arbovirus dans cette région du monde est essentiellement focalisée sur les virus Chikungunya, Dengue, West Nile et la Fièvre de la Vallée du Rift. Aucun cas d’infection par le virus Chikungunya n’a été détecté à la Réunion, mais deux cas d’infection ont été confirmés dans la région (1 à Mayotte et 1 à Madagascar). Pour la Fièvre de la Vallée du Rift, un cas a été diagnostiqué en provenance des Comores (publication en cours). Enfin pour le virus de la Dengue, une réémergence a eu lieu en 2012 avec 20 cas autochtones et deux sérotypes circulants : sérotype 1 et sérotype 3. La mise en évidence de

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deux chaines distinctes de transmission virale, montre bien que la situation de la Réunion vis-à-vis de la Dengue est très sensible et que la surveillance et la lutte anti-vectorielle est fondamentale.

Situation mondiale

La détection d’infection par des arbovirus chez des voyageurs et l’activité spécifique du CNR coordonnateur dans le diagnostic des infections qui touchent les militaires en opération extérieure nous permettent d’avoir une image assez représentative de la circulation des arbovirus dans le monde et en particulier en Afrique où ils sont sous-diagnostiqués. Nous avons ainsi pu détecter un cas d’infection par le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift en provenance des Comores, une infection par le virus West-Nile en provenance d’Algérie et enfin la dynamique de circulation de la dengue à Djibouti avec l’émergence de la Dengue de sérotype 3 en 2012 après une circulation active du sérotype 1.

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1 Mission & organisation du CNR et des laboratoires associés

1.1 Rappel des missions et objectifs majeurs du CNR et des laboratoires associés

Voir Annexe 1

1.2 Organisation des équipes du CNR et des laboratoires associés

Voir Annexe 1

1.3 Organisation et description des locaux et des équipements du CNR et des laboratoires associés

Voir Annexe 1 1.4 Description de la démarche qualité du CNR et des laboratoires associés

Tous les laboratoires du CNR des arbovirus sont rentrés dans le processus d’accréditation selon la norme des laboratoires de biologie médicale NF EN ISO 15189. Ce processus représente un challenge économique tout d’abord, car le coût d’un audit COFRAC par exemple est très élevé, et humain d’autre part, car toutes les techniques de diagnostic pour les arbovirus utilisées sont des techniques dites « maison », à accréditer en portée B. Pour rappel, les techniques CNR sont des techniques uniques afin d’adapter au mieux le diagnostic des arbovirus aux souches circulantes et à leurs mutations, exigence qui ne peut être remplie par des kits commerciaux.

1.4.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille

Accréditation 15189 :

Nous sommes engagés avec la Fédération des Laboratoires de l’Hôpital d’Instruction des Armées Laveran dans l’accréditation selon la norme NF EN ISO 15189. En 2013, le CNR des Arbovirus rejoindra la fédération des laboratoires de l’hôpital d’instruction des armées Laveran à Marseille, au sein de l’unité de l’IRBA-ERRIT (Equipe Résidante de Recherche en Infectiologie Tropicale). Le CNR est inscrit dans le calendrier d’accréditation de la fédération des laboratoires de l’hôpital, avec pour objectif l’accréditation des techniques de RT-PCR en temps réel en 2014, et des techniques de sérologie en 2015. Dans cet objectif, en 2012, le CNR a réalisé les travaux suivants : évaluation d’un contrôle interne d’extraction de l’ARN, changement de la procédure de validation des antigènes utilisés en sérologie, étude de la stabilité des antigènes aux changements en température.

Contrôles qualités externes :

1. ENIVD

Le laboratoire a participé au contrôle qualité externe organisé par l’ENIVD (European Network for Diagnostic of Imported Viral Diseases) portant sur la PCR en temps réel pour le virus de la fièvre de la vallée du Rift (RVFV). Nous avons détecté toutes les souches de RVFV de cette étude collaborative quelle que soit la concentration et nous n’avons eu aucun faux positif sur le virus Sand Fly et les contrôles négatifs.

2. SEGA

Le réseau SEGA est le réseau de Surveillance Epidémiologique et de Gestion des Alertes de l’Océan Indien. Nous avons été invités à être laboratoire référent de ce réseau, et à participer en plus à un contrôle qualité pour la RT-PCR chikungunya et dengue à partir de sang sur buvard. Les résultats sont en cours d’analyse (résultats dans le rapport d’activité 2013).

3. Exercice international GHSAG

En 2001, à la suite des attentats du 11 septembre, les pays du G7 (Allemagne, Canada, France, Royaume-Uni (RU), Japon, Italie et USA), en partenariat avec le Mexique, la

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Commission Européenne (CE) et l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), ont initié une collaboration portant sur la détection précoce des menaces dans les domaines biologique, chimique, radio-nucléaire (NRBC) et de la grippe pandémique, la "Global Health Security Initiative". Un groupe de travail, le "Global Health Security Action Group" (GHSAG), a été institué.

Dans le cadre de ce groupe, l’Institut de Recherche Biomédicale des Armées a représenté la France pour un exercice biologique. Il s’agissait d’identifier l’agent pathogène présent dans un échantillon accompagné d’un scénario. Nous avons réussi totalement cet exercice avec la détection dans les différents échantillons animaux et humains du virus de la fièvre de la Vallée du Rift (RVFV). Nous avons pu aussi déterminer que la souche utilisée pour cet exercice était la souche vaccinale MP12 du RVFV.

1.4.2 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de Guyane

En 1996, les Centres Nationaux de Référence (CNR) de l’Institut Pasteur ont entrepris une démarche qualité pour suivre le référentiel GBEA et, depuis 2008, dans le cadre des inspections ANSM, les exigences des arrêtés du 30 juillet 2004 et du 16 juillet 2007 liés aux Micro-Organismes et Toxines (MOT). Conformément à l’ordonnance n°2010-49 du 13 janvier 2010 relative aux activités de biologie médicale, le laboratoire s’est engagé dans le processus d’accréditation au référentiel NF EN ISO 15189, avec pour objectif une accréditation partielle en 2014 et quasi complète avant le 1er novembre 2016. Le laboratoire associé bénéficie de l’accompagnement méthodologique et technique du service Hygiène, Sécurité, Qualité et Environnement de l’Institut Pasteur à Paris et d’un prestataire de service, PREISO qui suit les avancées du laboratoire dans ce processus d’accréditation.

1.4.3 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis Réunion

Le laboratoire du CNR associé de la Réunion fait partie intégrante du laboratoire de microbiologie du l’hôpital Félix Guyon du CHU de la Réunion. Le laboratoire du CHU a mis en place une politique Qualité depuis 2008. Il vient d’obtenir l’Attestation de Qualification le 18 février 2013 par BioQualité, lui permettant de respecter la première échéance réglementaire de "preuve d'entrée dans la démarche d'accréditation" fixée au 1er novembre 2013. Concernant l’activité de CNR, des contrôles de qualité externes ont été mis en place avec le CNR de Marseille, et il a aussi participé à un contrôle de qualité organisé par le groupe SEGA « Réseau de Surveillance et d’Investigation des Epidémies ».

2 Activités d’expertise

2.1 Capacités techniques du CNR et des laboratoires associés

Voir Annexe 1

o Techniques développées en 2012

- Développement et validation de la détection de l’ARN des arbovirus à partir de sang sur buvard. Cette technique est utilisée en routine pour la surveillance de la dengue à Saint Barthélémy et Saint Martin.

- Développement et validation d’un nouveau système de RT-PCR de sérotypage pour les virus de la dengue 4 pour permettre la détection de toutes les souches de virus de dengue de sérotype 4 circulant dans le monde actuellement. La publication de nombreuses séquences de virus de la dengue sérotype 4 sur genbank montrait que le système développé en 2008 ne permettait pas la détection d’un certain nombre de souches circulant actuellement dans le monde.

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- Comparaison et validation des RT-PCR pan-flavivirus publiés pour mettre en œuvre dans les laboratoires la technique la plus sensible et permettant la détection de l’ARN de tous les flavivirus.

o Techniques en développement : principes et état d’avancement

Protéines recombinantes : Le diagnostic des arbovirus repose en partie sur la détection des IgM et des IgG. Cette détection se fait par ELISA avec des réactifs produits au laboratoire dont les antigènes viraux inactivés. A l’heure actuelle, la production des antigènes viraux inactivés est une étape lourde et coûteuse, car elle demande un travail hautement qualifié en laboratoire de confinement 3. De plus, les anticorps détectés ne sont pas spécifiques d’un virus mais le plus souvent d’une famille virale du fait du sérocroisement connu pour les flavivirus et les alphavirus. Seule la séroneutralisation peut permettre de préciser la spécificité de ces anticorps, qui est aussi une technique longue nécessitant un travail en confinement 3. Une méthode actuellement évaluée pour pallier ces problèmes est l’utilisation de protéines recombinantes en remplacement de l’antigène viral inactivé. Cette technique utilise comme cible dans l’ELISA une protéine virale (ou une partie) isolée produite de façon recombinante en bactérie. Les protéines virales sont choisies selon la littérature en fonction de leur capacité à entraîner une réponse immunitaire. L’utilisation de protéines recombinantes présente de nombreux avantages. Elles sont relativement peu coûteuses à produire, pourraient pallier le problème du sérocroisement existant entre virus membres de la même famille, comme les Flavivirus, évitant ainsi l’étape de séroneutralisation. L’équipe de Philippe Despres à l’Institut Pasteur Paris nous a fourni des protéines recombinantes pour la plupart des Arbovirus diagnostiqués au CNR. Les évaluations en cours portent sur une comparaison directe entre les protéines recombinantes et les techniques de diagnostic utilisées en routine au CNR, en déterminant le pourcentage de résultats concordants ou discordants. Dans le cas des Flavivirus, le pourcentage de différenciation entre virus est évalué (par exemple pour différencier une réponse contre la Dengue ou contre le virus West Nile), ainsi que le pourcentage de discrimination entre les Dengue de différents sérotypes. Les résultats seront compilés une fois qu’un échantillon statistiquement significatif de serums aura été évalué.

Evaluation de la détection des IgM et IgG arbovirus par ELISA :

Les antigènes de l’IP Cayenne sont fabriqués sur souriceaux nouveau-né, et les antigènes IRBA et du CHU Réunion sur culture cellulaire. Une comparaison sur la sensibilité et spécificité de la détection des anticorps en fonction du système de production des antigènes va être réalisée :

Antigène Mayaro/Sérum hyper immun et Antigène Tonate/Ascites : Evaluation par IP Cayenne des réactifs de l’IRBA par rapport aux réactifs de IP Cayenne.

Antigène Dengue/encéphalite de Saint Louis/Fièvre jaune : Evaluation de ces antigènes pour la détection des IgG pour voir si ces antigènes permettent bien de détecter seulement les IgG d’une infection ancienne et non une trace de vaccination fièvre jaune

Augmentation de nos capacités de diagnostic pour la détection moléculaire (RT-PCR en temps réel) du génome de différents arbovirus

Un programme sur 2 ans de développement et validation par les 3 laboratoires du CNR a été établi pour la détection de l’ARN viral en RT-PCR en temps réel pour les virus : Mayaro, Oropouche, Dengue 3, VEE, Ross River. Ceci doit nous permettre d’avoir les techniques les plus performantes en sensibilité et spécificité. Détection des IgM des différents arbovirus en ELISA indirect :

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La détection des IgM se fait actuellement en MAC-ELISA. Pour cette technique, nous devons utiliser des ascites ou des sérums hyper-immunisés, ressources biologiques très précieuses et difficile à produire. La production de cette ressource biologique se fait en animalerie de confinement 3. Elle demande le passage du virus sur cerveau de souriceau nouveau-né, puis une hyper-immunisation avec du virus vivant chez la souris. Pour pallier cette difficulté, nous avons deux approches :

Développement et validation d’anticorps monoclonaux : nous avons un programme de collaboration avec Biomérieux pour le développement d’anticorps monoclonaux. Un anticorps monoclonal anti-chikungunya a été développé et validé, il y a quelques années et cet anticorps est utilisé en routine au CNR. Un anticorps monoclonal anti-West Nile a été développé et a été validé au cours de l’année 2012. Enfin, un anticorps monoclonal anti-RVF (virus de la Fièvre de la Vallée du Rift) est en cours de développement.

Développement et validation de la détection des IgM en ELISA indirect : la solution la plus pertinente et pouvant s’appliquer à tous les arbovirus serait la détection des IgM en ELISA indirect (antigène fixé sur la plaque, sérum puis anti IgM humain) pour éliminer l’utilisation de la ressource biologique la plus contraignante (ascite ou sérum hyperimmunisé spécifique d’un arbovirus). Pour cela, il faut éliminer les IgG qui peuvent être présents dans l’échantillon biologique et qui peuvent donner des résultats faux négatifs de par la compétition de la reconnaissance de l’antigène par les IgG et IgM. Nous avons testé 3 systèmes différents pour éliminer spécifiquement les IgG dans un sérum et nous n’avons à ce jour aucun résultat satisfaisant quel que soit le système utilisé. Nous poursuivons activement cet axe de développement en testant d’autres systèmes.

o Travaux d’évaluation des techniques, réactifs et trousses : méthode, état

d’avancement, principaux résultats Evaluation de kits de RT-PCR en temps réel pour les virus de la Dengue et du Chikungunya : Pour évaluer les kits nous avons prévu un programme en trois étapes : - évaluation de la sensibilité sur des gammes de dilution de virus titré - évaluation de la spécificité en testant un grand nombre d’arbovirus dans la même famille virale ou des arbovirus donnant le même type de pathologie - évaluation de la détection des arbovirus circulants actuellement dans le monde

Chikungunya : Il existe au moins deux kits sur le marché avec le marquage CE : Realstar® et Bio-Evolution®. L’évaluation de ces 2 kits a été faite en collaboration avec le laboratoire CERBA. La sensibilité et la spécificité a été évaluée pour ces 2 kits, la dernière étape sera réalisée en 2013.

Dengue : Trois kits sur le marché avec le marquage CE sont en cours d’évaluation : Realstar®, Bio-Evolution®, Simplexa™ Dengue

Un rapport sera finalisé au cours de l’année 2013 pour l’évaluation des kits de détection par RT-PCR en temps réel pour les virus de la Dengue et du Chikungunya. Evaluation de kits de détection des anticorps anti-chikungunya :

Evaluation des coffrets Chikungunya Virus IgM et IgG ELISA (IBL INTERNATIONAL)

22 sérums contenant des IgM, IgG ou IgM et IgG anti-chikungunya et 8 sérums positifs pour la présence d’anticorps d’autres arbovirus ont été testés. 32% des sérums positifs en IgM anti-chikungunya n’ont pas été détectés avec le kit de détection des IgM IBL. 59% des sérums positifs en IgG anti-chikungunya n’ont pas été détectés avec le kit de détection IgG

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IBL.

Evaluation des coffrets Chikungunya Virus IgM TDR, SD Bioline

Un panel de 25 sérums a été testé avec le test rapide SD Bioline pour la détection des IgM chikungunya. Pour valider ces résultats, nous avons fait parvenir ce panel de sérums (sauf les sérums Mayaro et Onyong nyong, ressources biologiques trop précieuses) au CDC chez Robert Lanciotti. Il existe une parfaite concordance entre nos résultats et ceux du CDC. Les résultats sont présentés dans le Tableau 1.

in house ELISA CNR CHIK

TDR SD IgM chik

RESULTATS CDC

N° CNR

RATIO IgM

RATIO IgG

RATIO IgM

RATIO IgG

SERO-NEUTRALISATION

IgG CHIK

16459 1,2 16,8 POSITIF 0,64 23,2 5120

16384 1 7,5 NEGATIF 0,56 11 1280

7217 1,4 13,5 POSITIF 1 19,2 >320

IgG+IgM CHIK

15673 6,5 3,1 NEGATIF 4,2 4,2 320

15616 11,8 3,8 NEGATIF 4,6 4,0 40

15110 13 8,9 POSITIF 5,6 8,8 2560

5896 5,5 16,2 NEGATIF 5,3 9,4 1280

7047 4,8 11,2

POSITIF DOUTEUX 3,4 13,3 640

7107 3,2 7,6 POSITIF 3,0 6,2 320

6766 7 7,6 NEGATIF 4,8 6,1 1280

IgM CHIK

12249 7,9 1,1 NEGATIF 3,4 1,1 <10

6575 7,1 1,4 NEGATIF 3,9 0,86 <10

6808 11,5 1,1 NEGATIF 4,5 1,2 80 ??

IgG+IgM MAY 11085 1,9 6,2 NEGATIF

IgG+IgM ONN 5554 12,2 22,0 NEGATIF

IgG+IgM DEN 16569 1,0 1,0 NEGATIF 0,68 0,99 <10

16570 1,0 1,0 NEGATIF 1,1 0,81 <10

NEGATIFS

16719 1,0 1,0 NEGATIF 0,66 0,79 <10

16720 1,0 1,0

POSITIF DOUTEUX 1,3 0,96 <10

8772 0,8 1,0 NEGATIF 0,6 1,4 <10

8759 0,8 1,6 POSITIF ? 0,93 <10

6468 1,0 0,8 NEGATIF 1,5 1 <10

8525 0,7 1,0 NEGATIF 1,1 1,1 <10

6593 0,9 0,7 NEGATIF 0,83 1,3 <10

8580 0,7 0,8 NEGATIF 0,79 1,1 <10

Resultats CDC <2= NEG >3=POS 2-3

=DOUT

Resultats CNR <2,5

= NEG >3=POS 2,5-3

=DOUT

Tableau 1 : Résultats comparatifs, CDC/Sérologie maison du CNR et Test rapide SD IgM chikungunya pour la sérologie IgM et IgG chikungunya sur un panel de 25 sérums.

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La discordance entre nos résultats et ceux du kit TDR IgM SD bioline est de 50% avec 57% de faux positifs et 44% de faux négatifs.

En conclusion : aucun kit évalué pour la sérologie des infections par le virus chikungunya n’a les performances requises pour être utilisé à des fins de diagnostic.

o Techniques transférées vers d’autres laboratoires

Depuis trois ans, la technique de RT-PCR en temps réel pour la détection du génome des virus de la Dengue et du Chikungunya est transférée aux laboratoires des Centres Hospitaliers. Pour l’année 2012, le transfert technologique a été réalisé pour les laboratoires des CH de Nîmes, CHU de Lyon, CH de Mayotte et CH de La Réunion. Pour évaluer la performance des laboratoires de tous les territoires français pour la détection moléculaire des virus de la Dengue, le CNR organise pour 2013 un contrôle qualité pour une quinzaine de laboratoires.

2.2 Bilan d’activité

2.2.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille

Bilan de l’activité globale

Tableau 2 : Bilan du nombre de prélèvements et du nombre d’analyses en 2012

En 2012, le CNR a reçu pour le diagnostic (comprenant les plans de surveillance Dengue/Chikungunya et West Nile) 3704 prélèvements contre 3051 en 2011 (données cumulées de l’IP Paris et de l’IRBA Marseille) (Figure 1 et Tableau 2).

Figure 1 : Evolution du nombre de prélèvements pour le CNR cordonnateur

Activités Nombre de prélèvements Nombres d’analyses

Diagnostic/confirmation 3704 14000

Expertise (Suisse, République Démocratique du Congo, Luxembourg, Algérie, Djibouti)

250

1650

Etudes de séroprévalence 1800 11000

Surveillance animale 184 1000

Production d’antigènes 50 lots

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Cette augmentation est liée essentiellement au plan de surveillance des virus du chikungunya et de la dengue avec un nombre toujours croissant de départements où le vecteur Aedes albopictus est implanté. En 2011, 363 prélèvements (données cumulées de l’IP Paris et de l’IRBA Marseille) ont été reçus pour le plan anti-dissémination. En 2012, ce nombre de prélèvements a été multiplié par 3 avec 1235 prélèvements. La figure 2 représente la répartition par mois du nombre de prélèvements montrant la forte activité pendant les mois d’été.

Figure 2 : Répartition par mois et par activité de diagnostic du nombre de prélèvements en 2012.

Les prélèvements reçus en dehors des plans de surveillance proviennent à 77% des laboratoires hospitaliers, et 23% des LABM. Ceci montre une bonne orientation des prélèvements auprès du CNR en dehors des plans nationaux de surveillance. Les prélèvements viennent des services des urgences, d’infectiologie ou de neurologie. Les prélèvements proviennent essentiellement de patients ayant voyagé ou de patients présentant des syndromes neuro-méningés et pour lesquels aucune autre infection virale n’a pu être diagnostiquée (entérovirus, herpes, etc..).

Les prélèvements reçus au laboratoire sont accompagnés d’une fiche de renseignement clinique comportant les données nécessaires pour décider des virus à rechercher et des techniques à mettre en œuvre : détection par biologie moléculaire et/ou sérologie (Figure 3).

La stratégie de diagnostic en dehors des syndromes neuro-méningés est la suivante :

4 jours ou moins après la date de début des signes (DDS) : RT-PCR.

entre 5 et 7 jours après la DDS : RT-PCR et sérologie

plus de 7 jours après la DDS : uniquement sérologie.

Lors d’un syndrome neuro-méningé, le diagnostic repose sur un diagnostic sérologique (le virus n’est plus présent) sauf pour les infections par le virus Toscana.

La figure 4B montre que pendant la période de surveillance renforcée nous avons beaucoup plus d’analyse par RT-PCR : les prélèvements sont plus précoces. Ceci peut être dû à une forte sensibilisation de la population et des professionnels de santé.

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Figure 3 : A) Répartition globale des analyses mises en œuvre sur les prélèvements ; B) Répartition par mois des analyses mises en œuvre sur les prélèvements.

Résultats globaux des analyses de diagnostic pour l’année 2012 :

Le tableau 3 représente les détections positives par RT-PCR en temps réel des différents arbovirus en fonction des zones géographiques. La Dengue de sérotype 1 est l’arbovirus le plus largement représenté dans le cas d’infection des voyageurs en France métropolitaine pour l’année 2012. Le Service de Santé des Armées a un hôpital à Djibouti et les diagnostics sont confirmés dans notre laboratoire. Ceci explique le nombre important d’infection par la Dengue de sérotype 3 à Djibouti qui sont des cas autochtones. Les virus isolés sont présentés dans le tableau 4. Tout prélèvement positif en RT-PCR est mis en culture pour tenter d’isoler le virus. Le succès de l’isolement est lié à la quantité de virus présent dans le prélèvement initial. Cette année seule des virus de la Dengue ont été isolés.

Dengue 1 Dengue 2 Dengue 3 Dengue 4 PAN

Afrique

Djibouti 5 43 3

Sénégal 1

Somalie 1

Mayotte 1

Burkina Fasso 1

Réunion 1

Arabie Saoudite 1

Madagascar 1

Comores 1

Antilles / Amérique centrale

Guyane 1 3 4

Grenadines 2

Saint Domingue 1

Haiti 1 1

Mexique 1

Amérique du Nord

Texas 1

Amérique du Sud

Colombie 1

Brésil 1 3

Asie du Sud Est

Cambodge 2 1

Bali 2 1

Thailande 7 5 6 1

Sri Lanka 1

Asie du Sud Est 1

Indonésie 2

Laos 3

Malaisie 1

Inde 2 2

Birmanie 1

Vietnam 1

Philippines 1

Europe

Madère 1

Total 3 38 13 51 9 4 0 0 1 1

Dengue

Chikungunya RVFTBE Toscana West Nile

Tableau 3 : Nombre de RT-PCR positives en fonction des virus et des zones géographiques

A B

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Dengue 1 Dengue 2 Dengue 3 Dengue 4

Asie

Cambodge 2 1

Thaïlande 4 4 2

Indonésie 2

Sri Lanka 1

Laos 2

Birmanie 1

Bali 1

Asie du Sud Est 1

Inde 1 2

Afrique

Djibouti 12

Somalie 1

Burkina Faso 1

Moyen Orient

Arabie Saoudite 1

Amériques

Colombie 1

Guyane 1 3 4

Mexique 1

Saint Domingue 1

Brésil 1

Haïti 1

Europe

Madère 1

Total 20 12 16 5

Tableau 4 : Nombre d’isolements viraux en fonction des virus et des zones géographiques

Bilan des cas diagnostiqués en 2012

Dans cette partie de bilan, seuls les cas biologiquement confirmés (diagnostic moléculaire ou diagnostic sérologique avec la spécificité des anticorps confirmée par séroneutralisation) ou probables (diagnostic sérologique) sont signalés.

Dengue

Nous avons diagnostiqué pour l’année 2012, 44 cas importés d’infections par le virus de la Dengue et 57 cas d’infections probables. Ces cas probables reposent sur un diagnostic sérologique avec la présence d’anticorps IgM et IgG anti-flavivirus (sérocroisement dans les flavivirus), sur des données cliniques et épidémiologiques compatibles avec une infection par le virus de la Dengue. Les origines géographiques sont les mêmes que celles présentées dans le tableau 3.

Nous avons aussi diagnostiqué 59 cas d’infections par le virus de la Dengue à Djibouti (cas autochtones).

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Chikungunya

Dix cas importés d’infection par le virus chikungunya ont été diagnostiqués : 1 cas du Cambodge, 1 cas d’Inde, 1 cas d’Indonésie, 1 cas des Philippines, 1 cas de Mayotte, 1 cas de Madagascar, 1 cas du Sénégal et 3 cas du Congo-Brazzaville.

West Nile

Cinq cas d’infection par le virus West Nile ont été diagnostiqués et confirmés par séroneutralisation. Ce sont tous des cas importés. Ces patients ont été infectés pour 1 cas au Canada, 2 cas aux USA, 1 cas à Djibouti et 1 cas en Algérie.

Toscana

Cinq cas d’infection en France métropolitaine par le virus Toscana ont été diagnostiqués dont 1 cas présentant un syndrome neuro-méningé et venant de la région d’Aix en Provence.

Encéphalite à tiques

Un cas autochtone (région des Vosges) mortel d’infection par le virus de l’encéphalite à tique (TBEV) a été diagnostiqué et confirmé (confirmation de la spécificité des anticorps par séroneutralisation). Ce cas est le premier cas mortel en France directement causé par l’infection virale. Le virus n’a pas pu être détecté, en effet au moment de l’apparition du syndrome neuro-méningé, le virus n’est plus présent.

Nous avons aussi diagnostiqué pour le Luxembourg un cas d’infection par TBE au retour d’un voyage en Suède.

Fièvre de la Vallée du Rift

Pour le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift, nous avons diagnostiqué un cas importé des Comores. Nous avons un cas suspect de Mayotte avec la détection des IgM et IgG anti-fièvre de la Vallée du rift mais sans données cliniques et avec une cinétique peu claire. Ce cas doit être confirmé par séroneutralisation.

2.2.2 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de Guyane

Après une forte diminution de l’activité du CNR en 2011, liée à une situation épidémiologique de la Dengue très calme dans la région, l’activité est repartie à la hausse en 2012 avec près de 60% d’augmentation. Ainsi, 2154 prélèvements provenant de 2035 patients ont en effet été reçus en 2012 au CNR des Arbovirus de l’IP Guyane contre 1394 en 2011. Pour certains patients, plusieurs prélèvements ont été reçus, correspondant soit à des prélèvements séquentiels (sérums précoce et tardif) soit à différents types de prélèvements (sérum et LCR).

L’essentiel de ces prélèvements (96.4%) provient de Guyane et concerne la surveillance de la Dengue en cohérence avec une situation épidémiologique qui est restée très calme aux Antilles.

Parmi les prélèvements de Guyane, 26% (n=530) sont issus des centres hospitaliers de Cayenne et de Saint-Laurent ainsi que des Centres de Santé périphériques (avec notamment par ordre de fréquence décroissante : Saint-Georges, Maripasoula, Iracoubo et Papaïchton..). 52% des prélèvements proviennent des LABM de Cayenne et du Centre Médical Inter-Armées tandis que 22% proviennent du LABM de Kourou qui assure les analyses de l’hôpital de Kourou.

Tous les échantillons étaient d’origine humaine, avec quasi exclusivement des prélèvements sanguins (n=2148 parmi lesquels 2089 sérums voire plasmas et 59 prélèvements de sang sur papier buvard essentiellement issus de la surveillance de la dengue dans les îles du

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Nord (Saint-Martin et Saint-Barthélemy) complétés de quelques prélèvements issus des centres de santé de Guyane). Quelques prélèvements de LCR (n=6) ont également été adressés au CNR par l’hôpital de Cayenne (CHAR). Dans 41% des cas un diagnostic d’infection par un arbovirus a été porté (dont 38% de Dengue).

Le tableau 5 présente le détail des prélèvements reçus en fonction de leur origine, des analyses réalisées et des résultats obtenus.

Résultats PCR Dengue Résultats NS1

sérotypage

D1 D2 D4 Den YF Flavi Ton May

GUADELOUPE 22 14 11 3 1 2 5 5 4 WN 4 neg

MARTINIQUE 3 2 21 SN

YF

Pos

1/60

SAINT-BARTH 8 8 2 6 1 2 3

SAINT-MARTIN 45 45 10 35 1 6 28

GUYANE total 2076 1333 633 700 20 624 56 811 732 6 73 1305 1165 64 4 45 25 2

CH Cayenne 308 121 39 82 5 67 10 110 101 2 7 198 169 14 0 9 4 2

CH Saint-Laurent 132 111 57 54 52 2 16 14 2 22 19 3 0 0 0 0

Centres de Santé 90 60 8 52 48 4 9 6 3 36 30 5 0 0 1 0

CMIA (armées) 155 87 76 11 10 1 90 83 7 147 130 3 1 13 0 0

Labo Cayenne 931 527 416 111 4 73 34 523 490 3 30 854 772 37 3 22 20 0 3 Chik 3 neg*

Labo Kourou 460 427 37 390 11 374 5 63 38 1 24 48 45 2 0 1 0 0

TOTAL GENERAL 2154 1400 656 744 22 633 89 811 732 6 73 1312 1172 64 4 45 25 2 8

ORIGINE

Plvts

ag

NS1

Plvts

IgM

arboPos

totNeg Neg Ind Pos

Autres Résult

Résultats IgM arbo

(Den, YF, ESL, Ton, May)Plvts

PCR

Dengue

Total

Plvts

reçus

2012 NegIgM Pos

Tableau 5 : Prélèvements reçus en 2012 en fonction de leur origine, des analyses demandées et des résultats.

Trois principaux types d’analyses ont été réalisés :

RT-PCR nichée Dengue : 65% (1400) des prélèvements ont été testés en RT-PCR Dengue parmi lesquels 53% (744) se sont révélés positifs mettant en évidence la co-circulation de 3 sérotypes :

o Sérotype 2 (85%), o Sérotype 4 (12%) o Sérotype 1 (3%).

Ces 3 sérotypes avaient également co-circulé dans la région Antilles Guyane en 2011 mais dans des proportions très différentes (1 (62 ,4%) ; 4 (36.1%) et 2 (1,5%)). Aucun sérotype 3 n’a été mis en évidence en 2012. Le sérotype 3 qui avait prédominé en Guyane entre 2001 et 2005, n’avait que très peu circulé entre 2006 et 2008 et n’a plus été détecté en Guyane depuis décembre 2008.

IgM arbovirus (MAC Elisa combinant dans l’algorithme utilisé au laboratoire la recherche d’IgM anti Flavivirus (Dengue, Fièvre jaune, Encéphalite Saint-Louis) et anti Alphavirus (Tonate (complexe VEE) et Mayaro) et d’IgA (Dengue et Fièvre Jaune) : 61% des prélèvements reçus ont été testés permettant ainsi la détection de présence d’IgM dirigées contre au moins l’un de ces virus dans 11% des cas.

Antigénémie NS1 : 38% des prélèvements ont été testés mettant en évidence la présence d’antigène NS1 dans 9% des cas.

D’autres analyses ont été réalisées de façon ponctuelle sur demande : 4 recherches d’infection par le virus West Nile et 3 recherches de virus Chikungunya toutes négatives. A noter parmi les 3 suspicions d’infection à Chikungunya, 2 se sont avérées correspondre à des infections par un virus de la Dengue. Une séroneutralisation pour demande de contrôle de vaccination anti-amarile a également été réalisée.

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Corrélation NS1 et PCR : Parmi les prélèvements testés, 602 prélèvements ont été testés en parallèle en NS1 et en PCR. Les taux de positivité observés sont respectivement de 12% (72/602) et 15% (92/602) : parmi les prélèvements positifs en PCR, 25% des prélèvements PCR positifs n’étaient pas détectés en NS1 tandis que 4% des NS1 positifs n’étaient pas détectés en PCR, permettant de confirmer la sensibilité moindre du test NS1 par rapport à la PCR sur ces prélèvements prélevés pour plus de 98% d’entre eux dans les 6 jours suivant le début des symptômes (cf tableau 6).

NS1 Pos Douteux Neg Total

PCR

Pos 69 3 20 92

Neg 3 3 504 510

Total 72 6 524 602

Tableau 6 – Corrélation des résultats entre le test NS1 et la RT-PCR dengue en 2012 (n=602).

2.2.3 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis Réunion

Le laboratoire CNR de Saint-Denis reçoit des prélèvements des services hospitaliers du CHU et des autres établissements de santé du réseau de surveillance des maladies infectieuses établi par la CIRE de la Réunion qui couvre toute l’île, et vient en appui au laboratoire de Mayotte.

Pour l’année 2012, l’activité concernant la surveillance des arbovirus est présentée dans les Tableaux 7 et 8 :

CHIK Dengue West-Nile Rift

Surveillance* 527 815

CHU Félix Guyon 196 199 4

Mayotte 534 546 3 491

Total 1257 1550 7 491

*Surveillance : comprend les LABM et autre établissements de santé

Tableau 7 : RT-PCR sur l’année 2012

CHIK Dengue

Surveillance* 559 193

CHU Félix Guyon 210 208

Mayotte 567 13

Total 1336 413

*Surveillance : comprend les LABM et autre établissements de santé

Tableau 8 : Sérologie sur l’année 2012

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En 2012, nous n’avons eu aucun cas de Chikungunya à la Réunion en RT-PCR ni en sérologie, et aucun cas positif parmi les examens réalisés pour Mayotte.

10 cas de Dengue diagnostiqués en RT-PCR à la Réunion, présentés en Tableau 9 :

7 cas autochtones déterminés après enquête de la CIRE : 1 cas en février, 3 cas en mars, 2 cas en avril, 1 cas en juin.

Trois cas importés d’Indonésie (janvier), de Guyane (octobre) et d’Inde (octobre)

Tous les prélèvements positifs ont été mis en culture, puis adressés au CNR de Marseille.

ORIGINE DATE TYPAGE

Souche 1 Importé Indonésie 10 01 2012 Sérotype 1

Souche 2 autochtone 04 02 2012 Sérotype 1

Souche 3 autochtone 01 03 2013 Sérotype 1

Souche 4 autochtone 19 03 2012 Sérotype 3

Souche 5 autochtone 24 03 2012 Sérotype 3

Souche 6 autochtone 24 04 2012 Sérotype 3

Souche 7 autochtone 02 06 2012 Sérotype 1

Souche 8 autochtone 04 06 2012 Sérotype 1

Souche 9 Importé Guyane 01 10 2012 Sérotype 2

Souche 10 Importé Inde 26 10 2012 Sérotype 2

Tableau 9 : Cas de Dengue diagnostiqués en RT-PCR à la Réunion en 2012

8 Cas de dengue diagnostiqués à la Réunion en sérologie dont l’enquête avec la CIRE a permis de les classer en : :

4 cas confirmés : 3 autochtones et un importé de Thaïlande

2 cas probables : un autochtone, un importé de Thaïlande

2 cas possibles autochtones

3. Activités de surveillance

3.1. Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections

Le CNR des Arbovirus dans ces trois composantes (métropole, Antilles Guyane, Océan Indien) a travaillé en 2012 en étroite collaboration avec :

o le CNR des Fièvres Hémorragiques Virales, Institut Pasteur, Lyon ; o l’Institut de Veille Sanitaire, avec le département des Maladies Infectieuses ainsi que

le département International et Tropical ; o les ARS/CIRE ; o la Direction Générale de la Santé ; o l’Agence Nationale de Sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) ; o l’Etablissement français du sang (EFS) o les laboratoires hospitaliers et laboratoires de biologie médicale ; o les services hospitaliers et les médecins libéraux ; o les hôpitaux et services médicaux d'unités militaires ; o le département d'épidémiologie et santé publique du Service de santé des armées ; o dans le domaine de la santé animale : l’Agence française de sécurité sanitaire des

aliments (AFSSA), les services vétérinaires départementaux, les vétérinaires du

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Service de santé des armées, le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD) dans l’Océan Indien ;

o dans le domaine de l’environnement : les Ententes Interdépartementales de Démoustication (EID).

3.1.1 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections en métropole

Plan anti-dissémination Chikungunya et Dengue, 2012

Le CNR coordonnateur a reçu 1235 prélèvements dans le cadre de la surveillance renforcée Chikungunya et Dengue dans les départements de niveau 1 (Aedes albopictus implanté) (Figure 4). Il existe une discordance entre le nombre de prélèvements reçus au CNR et le nombre de signalements enregistrés dans la base de données Voozarbo (commune aux CIRE/ARS/InVS et CNR). Cette discordance a plusieurs origines. La principale correspond aux prélèvements des laboratoires de biologie médicale Biomnis et Cerba provenant des départements de niveau 1, qui au début de la saison ont été envoyés systématiquement pour analyse au CNR (sans renseignement) et dont seuls les positifs étaient enregistrés dans la base de données Voozarbo.

Sur la période de surveillance renforcée du 1er mai au 30 novembre, aucun cas autochtone d’infection par les virus de la dengue et du chikungunya n’a été détecté. Pendant cette même période, 7 cas importés d’infection par le virus Chikungunya et 43 cas importés d’infection par le virus de la Dengue ont été diagnostiqués (Figure 5).

La proportion de cas suspects autochtones en 2012 est de 75% (voir figure 6). Cette proportion importante est à la hausse depuis 2010, par rapport aux premières années de mise en place du plan de surveillance.

Figure 4 : Evolution de l’implantation d’Aedes albopictus en France métropolitaine (InVS)

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mai juin juillet août septembre octobre novembre

cas confirmés de chikungunya cas confirmés de dengue

cas suspects signalés

Figure 5 : Répartition par mois du nombre de cas suspects et du nombre de cas importés diagnostiqués. (InVS)

Figure 6 : Evolution du nombre de cas suspects autochtones et importés depuis la mise en place de la surveillance renforcée en 2006 (InVS)

Nombre de cas confirmés Nombre de cas suspects

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Plan de surveillance West Nile, 2012

Le CNR coordonnateur a reçu 174 prélèvements dans le cadre de la surveillance West Nile pour le sud de la France. Cette surveillance repose sur la recherche d’une infection par le virus West Nile dans les syndromes neuro-méningés. Il existe toujours une discordance entre le nombre de prélèvements reçus au CNR et le nombre de signalements (voir Tableau 10). Ceci peut s’expliquer par plusieurs prélèvements pour un cas suspect signalé ou par le non signalement par les laboratoires à la Cire. Aucun cas d’infection par le virus West Nile n’a été diagnostiqué dans le sud de la France. Pour le virus Toscana et dans le cadre du plan de surveillance West Nile, seul un cas d’infection a été diagnostiqué ce qui est particulièrement faible par rapport aux autres années ou en général une dizaine de cas sont détectés.

Les autres cas Toscana diagnostiqués l’ont été hors plan de surveillance.

Tableau 10 : Bilan surveillance West Nile 2012, Données de la CIRE Paca-Corse

3.1.2 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections liées à la Dengue dans la région Antilles Guyane

Le laboratoire associé au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane contribue à la surveillance des arbovirus pour la région Antilles-Guyane en interface avec les ARS concernées et la CIRE Antilles-Guyane, à travers sa participation :

aux activités de surveillance d’investigation et d’alerte menées dans le cadre des Programme de Surveillance, d’Alerte et de Gestion des épidémies de Dengue (PSAGE-Dengue) de chaque département (cf §4. Alerte)

au Comité de suivi des maladies humaines transmises par les insectes (CSMHTI). Ce comité a été mis en place en Guyane suite à l’arrêté préfectoral n°1274/DSDS du 12 juillet 2002 qui institue un comité de suivi dans le cadre du dispositif de lutte contre les maladies humaines transmises par les insectes.

au Groupe des Risques Epidémiques (GRE), comité de sécurité sanitaire placé sous la coprésidence de la préfecture et de l’ARS, chargé d’étudier et de coordonner la réponse et la gestion aux évènements ou risques susceptibles de porter atteinte à la santé de la population (institutionnalisé par arrêté préfectoral du 8 octobre 2012).

Dans le cadre de son mandat, le laboratoire de Virologie de l’IPG, reçoit les prélèvements biologiques suspects d’arboviroses qui lui sont adressés à visée de diagnostic et d’expertise

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biologique, en provenance de la Guyane, mais aussi des Antilles (Martinique, Guadeloupe, Saint-Martin et Saint-Barthélemy).

Les prélèvements en provenance de Guyane sont adressés par les laboratoires hospitaliers, les centres de santé et quelques laboratoires privés dont celui de l’IPG, le plus souvent dans le cadre des activités du PSAGE-Dengue coordonné par la CIRE et l’ARS de Guyane.

Les envois en provenance des Antilles sont organisés dans le cadre de la surveillance interrégionale de la Dengue pilotée par la CIRE Antilles-Guyane : Les CHU de Fort de France et de Pointe à Pitre sont autonomes pour la RT-PCR Dengue à visée diagnostique, permettant le repositionnement du laboratoire associé au CNR des Arbovirus dans son rôle d’expertise et de soutien technique pour la Martinique comme pour la Guadeloupe. Pour ce qui concerne les Iles du Nord (Saint- Martin et Saint-Barthélemy), le CNR a mis en place depuis septembre 2008, un dispositif de surveillance des sérotypes de Dengue à partir des prélèvements positifs pour l’antigène NS1, basé sur le recueil de sang sur papier buvard. Ce dispositif a été développé en partenariat avec les laboratoires de biologie médicale privés, l’ARS de Guadeloupe et la Cire Antilles Guyane.

Guyane

Durant l’année 2012, la situation épidémiologique de la Dengue dans le département de la Guyane est restée calme au cours du 1er semestre avec une circulation sous forme de petits foyers épidémiques (= phase 2 du Psage). Une augmentation des cas de Dengue a été observée au second semestre, essentiellement liée à l’augmentation de l’activité sur le secteur de Kourou à partir de la semaine 38 justifiant le passage de ce secteur en phase épidémique (= phase 4 du PSAGE) à partir du 11 octobre.

Sur le plan virologique l’année a été marquée par une co-circulation de 3 sérotypes (DENV-1, 2 et 4) avec une nette prédominance de DENV-2. Ce sérotype DENV-2 qui n’avait pas été à l’origine d’épidémie depuis plus de 5 ans, a largement prédominé notamment sur le secteur de Kourou (cf §2.2 tableau 5 et figure 7).

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1

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No

mb

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tal d

e c

as

No

mb

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tal d

e s

ért

oty

pes id

en

tifiés

DEN-1 DEN-2 DEN-3 DEN-4 Total cas

Figure 7: Distribution mensuelle des cas cliniquement évocateurs de Dengue et des sérotypes détectés en Guyane de janvier 2004 à décembre 2012. (Source Cire Antilles-Guyane)

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Saint-Martin et Saint-Barthélemy

Sur le plan épidémiologique, l’année 2012 à Saint-Martin a été marquée par une transmission sporadique de la Dengue. Toutefois, une augmentation du nombre de cas biologiquement confirmés a été observée à partir du mois de novembre. Le sérotype 4 qui n’avait été que très ponctuellement identifié depuis 2005, est apparu en fin d’année comme le sérotype circulant majoritaire sur l’île (cf §2.2 Tableau 5 et Figure 8). La situation épidémiologique en fin d’année était donc en phase de vigilance correspondant à des foyers de Dengue à potentiel évolutif et recrudescence saisonnière des cas.

Figure 8: Cas hebdomadaires de Dengue biologiquement confirmés et distribution hebdomadaire des sérotypes détectés à Saint-Martin entre les semaines 2008-39 et 2012-52. (Source Cire Antilles-Guyane)

En 2012, comme d’ailleurs au cours de toute l’année 2011, la situation épidémiologique de la Dengue a été calme à Saint-Barthélemy marquée par une circulation sporadique (Figure 9). Toutefois, comme observée à Saint-Martin, la situation épidémiologique a changé avec l’apparition de quelques cas de Dengue confirmés en fin d’année. Après deux cas de Dengue impliquant respectivement les sérotypes DENV-1 et DENV-2 fin novembre, cinq cas de DENV-4 ont été rapportés en décembre (cf §2.2 Tableau 5 et figure 9).

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Figure 9 : Cas hebdomadaires de dengue biologiquement confirmés et distribution hebdomadaire des sérotypes détectés à Saint-Barthélemy entre les semaines 2008-39 et 2012-52. (Source Cire Antilles-Guyane

Le sérotype DENV-4 n’ayant pas circulé depuis plusieurs années au sein de ces deux îles, sa réapparition incite à la vigilance.

Martinique et Guadeloupe

Comme en 2011, la situation épidémiologique de la Dengue aux Antilles est restée calme en 2012, après une année 2010 marquée par deux épidémies majeures en Martinique et en Guadeloupe.

Le nombre de cas suspects de Dengue ainsi que le nombre de cas biologiquement confirmés y sont restés tout au long de l’année en deçà des valeurs maximales attendues même si une augmentation liée à des foyers de transmission isolés (phase 2, niveau 1 du Psage) ont été observés en octobre et novembre en Martinique et en novembre et décembre 2012 en Guadeloupe). Les 4 sérotypes de Dengue ont été détectés en Guadeloupe sans prédominance de l’un d’entre eux.

3.1.3 Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections dans la région Océan Indien

Le système de surveillance des arboviroses à l’île de la Réunion repose sur le signalement à la Cire océan Indien (Cire OI, antenne régionale de l’InVS) par les laboratoires de tout résultat biologique compatible avec une infection récente par le virus du chikungunya ou de la Dengue (RT-PCR positive ou présence d’IgM spécifiques). Chaque signalement entraîne une investigation épidémiologique réalisée conjointement par la CIRE et la lutte anti-vectorielle (LAV) de l’ARS océan Indien et la mise en place de mesures de gestion. Le CNR associé est un acteur majeur de ce système de surveillance (Figure 10) : d’une part, il est amené à signaler des résultats positifs au même titre que les autres laboratoires ; d’autre part, il est régulièrement sollicité par la Cire OI pour des examens complémentaires (typage) ou des analyses chez les sujets symptomatiques retrouvés dans le cadre de la recherche active autour des cas.

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Figure 10 : Organisation du système de surveillance de la Dengue et du Chikungunya à la

Réunion.

Une rétro-information est assurée auprès des partenaires du système et de l’ensemble du réseau régional de santé publique via l’envoi régulier d’un bulletin épidémiologique.

Problématique de Mayotte pour l’année 2012 : CNR arbovirus, IRBA Marseille

Depuis décembre 2011, le laboratoire du CHM rencontre des difficultés de fonctionnement qui se traduisent par un rendu des diagnostics très fragilisé. Du 12 au 15 mars, le CHM a connu un mouvement de grêve qui a également perturbé le fonctionnement du laboratoire. Malgré les alertes répétées de la Cire océan indien et de l’ARS océan Indien auprès du laboratoire et de la direction du CHM, les analyses n'ont plus été réalisées. C’est pourquoi après intervention de l'ARS, les prélèvements faits à Mayotte entre le 16 mars et le 7 mai ont été regroupés et adressés au CNR des arbovirus IRBA Marseille. Compte tenu des délais de transport et d'analyse, les résultats ont été rendus par le CNR le 14 mai 2012.

Sur 136 échantillons analysés, le CNR a rapporté : - 39 cas confirmés de Dengue (PCR +) avec seulement 3 sérotypages : 2 DENV-1 et 1 DENV-2 ont été identifiés. - 6 cas de Chikungunya (PCR +) plus 1 douteux.

Nous avons communiqué nos résultats à la CIRE Océan Indien et réalisé avec la CIRE Ocean Indien, l’ARS Océan Indien, l’InVS et la DGS une conférence téléphonique. Ces résultats pour nous étaient à prendre avec prudence car pour tous les prélèvements positifs, la détection était très faiblement positive. Nous avons éliminé toute possibilité de contamination dans notre laboratoire (les prélèvements ont été traités dans la routine du laboratoire. Les prélèvements de métropole et de Djibouti ne présentaient aucunement de détection faiblement positive). Nous pouvons émettre l’hypothèse qu’un composant dans ces prélèvements a provoqué une dégradation de la sonde utilisée pour révéler le produit

- Classement final du cas

- Investigations si suspicion de foyer

en lien avec le CNR associé

- Suivi des tendances

CNR des arbovirus, Marseille

CNR associé, CHU Nord Réunion

LABM Biomnis et Cerba

Métropole

LABM de ville et

hospitaliers de la Réunion

Signalement des suspicions de cas

Signalement de tout résultat compatible avec infection récente chikungunya ou dengue

Retour d’enquête

- Vérification du signalement

- Recueil d’informations

- Recueil d’informations

- Traitement anti-vectoriel

- Recherche active d’autres cas

- Education sanitaire

LAV

ARS OI

Rétroinformation

Médecin

prescripteur

Cire OI

Cire OI

Demande

d’infos

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d’amplification. Nous ne pouvons quand même pas éliminer une certaine circulation des virus de la Dengue et du Chikungunya à Mayotte.

Suite à cette « alerte », nous avons été missionné par l’ARS Océan Indien : mission d’appui aux laboratoires du CHU de la Réunion site de Saint-Denis et du CH de Mayotte relative à la confirmation biologique du diagnostic des arbovirus.

Les objectifs de cette mission concernaient le partage des expériences dans le domaine des analyses par RT-PCR et sérologie des arboviroses. Il s’agissait plus spécifiquement de :

faire un état des lieux des méthodes d’analyses utilisées par les différents laboratoires,

caractériser les avantages et les inconvénients des différentes méthodes ainsi que leurs sensibilités,

transférer les compétences du CNR des arboviroses aux laboratoires régionaux,

définir un contrôle qualité partagé,

mettre en place des procédures de prélèvements et de transferts des échantillons,

définir une organisation pour les analyses par PCR dans la région et la confirmation des résultats pour les années à venir.

Suite à cette mission, un certain nombre d’actions ont été mises en œuvre et en particulier une action de formation des personnels du laboratoire du CH de Mayotte : 1 biologiste et 3 techniciens. Cette formation a eu lieu en 2 phases : 15 jours au laboratoire du CNR IRBA Marseille pour la formation aux techniques de biologie moléculaire et sérologie et envoi d’un technicien du CNR 15 jours au laboratoire du CH Mayotte pour mettre en place localement les techniques avec le personnel.

3.2. Détection et investigation des cas groupés et des phénomènes anormaux

Région Océan Indien :

Au cours de l’année 2012, le CNR a mis en évidence 4 cas de Dengue (3 confirmés par PCR et 1 probable) résidant dans un secteur géographique restreint de l’île. La détection de ces cas groupés a permis d’orienter la stratégie de lutte anti-vectorielle en multipliant les efforts sur le secteur concerné afin d’interrompre la transmission virale. Ces mesures de contrôle, mises en place très précocement autour de chaque cas, ont probablement largement contribué à limiter l’ampleur de l’épisode de circulation de Dengue. En effet, au total, l’épidémie a été très modérée avec 31 cas survenus sur l’ensemble de l’île.

Par ailleurs, le typage réalisé en local par le CNR a permis d’identifier très rapidement deux sérotypes différents parmi les cas autochtones, mettant en évidence l’installation de deux chaînes distinctes de transmission virale.

3.3. Contribution aux réseaux de surveillance internationaux

Le CNR coordonnateur participe à l’European Network for the Diagnosis of Imported Viral Disease (ENIVD), chargé par l’eCDC de la surveillance des maladies virales importées, dont les arboviroses. Nous participons au réseau Episouth, réseau établi entre les pays de l'Europe du Sud-Est, de l'Afrique du Nord et du Moyen-Orient pour créer un cadre de collaboration sur les problèmes épidémiologiques, afin de renforcer la veille des maladies transmissibles et le contrôle des risques pour la santé publique via la communication, la formation, l'échange d'informations et l'assistance technique aux pays de la région méditerranéenne.

Le laboratoire associé au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane participe au Réseau des laboratoires de la Dengue en Amérique (RELDA) piloté par l’Organisation Panaméricaine de la Santé (OPS). Le RELDA a pour objectif principal le renforcement des

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capacités scientifiques et techniques de la région afin de fournir une réponse adaptée et de qualité aux programmes de gestion intégrée de prévention et contrôle de la Dengue.

Le laboratoire associé au CNR pour la région Océan Indien participe en tant que membre au « Réseau de Surveillance et d’Investigation des Alertes », réseau SEGA de l’Océan Indien et au contrôle qualité (détection par RT-PCR des virus de la Dengue et du Chikungunya à partir de goutte de sang sur buvard) organisé par ce réseau.

3.4. Enquêtes ou études ponctuelles concourant à la surveillance Etude de séroprévalence pour les arbovirus en Polynésie Française

Le CNR de l’IRBA Marseille a réalisé pour l’institut Malardé une étude de séroprévalence des arbovirus sur 1800 échantillons provenant des différentes iles de Polynésie Française. L’objectif de cette étude était d’étudier si d’autres arbovirus que le virus de la Dengue avait circulé en Polynésie Française, dans un contexte de forte endémicité du virus de la dengue, et en l’absence de données sur cette problématique.

Les techniques classiques permettant de détecter les IgG et utilisant le virus entier inactivé étaient inadaptées à cette étude du fait du fort sérocroisement qui existe pour les flavivirus et alphavirus. Les 1800 sérums ont été testé par une technique d’ELISA indirect utilisant des protéines recombinantes de certains flavivirus (virus Dengue sérotypes 1, 2, 3 et 4, West Nile, Murray Valley, Zika et Wesselsbrown ), alphavirus (virus Ross River et Chikungunya) et phlebovirus (Virus de la Fièvre de la Vallée du rift). La présence d’IgG contre un de ces virus a été confirmée par séroneutralisation.

La séroprévalence pour les virus de la Dengue est de 54% avec 2 profils majoritaires : IgG spécifiques de la Dengue sérotypes 1 et 3 et IgG spécifiques de la Dengue sérotypes 1, 2, 3 et 4. Onze sérums (moins de 1%) ont donné un signal positif pour un autre flavivirus qui n’a pas été confirmé par séroneutralisation. Pour les alphavirus, la détection d’IgG anti-Ross River confirmée par séroneutralisation montre la circulation de ce virus dans certaines iles de Polynésie Française.

Ces résultats révèlent, qu’en plus de la circulation active et connue du virus de la Dengue, le virus Ross River pourraient être à l’origine de syndromes se confondant avec la fièvre Dengue, soulignant la nécessité d’étendre la surveillance à d’autres arbovirus, dont la circulation était jusqu’à présent restée non-détectée en Polynésie française.

4. Alerte

Métropole

Tout d’abord, nous avons mis en place une transmission hebdomadaire au département des Maladies Infectieuses des infections par les virus de la Dengue, du Chikungunya et de la Fièvre de la Vallée du Rift (RVF) diagnostiqués par le CNR.

Lors de la détection d’un phénomène anormal, le CNR des Arbovirus contacte immédiatement son correspondant à l’InVS :

- Le département des Maladies Infectieuses, le département International et Tropical mais aussi les CIRE ultra-marines pour les alertes internationales ou ultra-marines. Exemples : cas d’infection de la Fièvre de la Vallée du Rift importé des Comores, cas d’infection par le virus West Nile importé d’Algérie.

Dans le cadre du plan anti-dissémination Chikungunya-Dengue, le CNR contacte les ARS et CIRE (ainsi que l’INVS) pour tous les cas confirmés importés d’infection par les virus de la Dengue et du Chikungunya.

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Région Antilles Guyane

Un Programme de surveillance, d’alerte et de gestion des épidémies de Dengue (Psage-Dengue) spécifique à chaque département (Martinique, Guadeloupe continentale, Guyane et îles du Nord, Saint-Martin et Saint-Barthélemy) a été mis en place à l’initiative de la CIRE Antilles-Guyane. Le Psage (1) précise le rôle et les missions que chacun des partenaires impliqués dans la lutte contre la Dengue s’engage à tenir et (2) fournit les outils nécessaires pour la conduite des différentes actions du programme dans les domaines de la surveillance épidémiologique et entomologique, de la démoustication, de la communication et de la prise en charge des malades. Enfin, il propose une graduation des stratégies de surveillance et de contrôle de la Dengue dans chaque DFA, selon le risque épidémique, évalué à partir des résultats de la surveillance épidémiologique.

Au cours de l’année 2012, et en dehors du fonctionnement des PSAGE-Dengue, aucun phénomène anormal, ou aucun événement n’a fait l’objet d’un signalement ou d’une alerte par le laboratoire associé CNR des Arbovirus.

Région Océan Indien

Au cours de l’année 2012, une circulation autochtone du virus de la Dengue a été mise en évidence. Le CNR associé a contribué à la détection de ce phénomène en signalant le premier cas autochtone confirmé par PCR. Suite à cet événement, une alerte a été lancée au niveau national par la Cire OI (information de l’InVS) et l’ARS OI (information de la DGS). Par la suite, le suivi de la situation épidémiologique a été assuré par l’édition de points épidémiologiques adressés au niveau national jusqu’à l’extinction de la circulation virale.

Par ailleurs, au niveau local, la détection d’une circulation autochtone a conduit à l’activation des niveaux d’alerte 2A puis 2B du plan Orsec de lutte contre la Dengue et le Chikungunya.

Lors de l’alerte, le système de surveillance de la Dengue a été renforcé par une information de l’ensemble des médecins généralistes de l’île. L’activité du CNR associé a alors considérablement augmenté afin de répondre à des demandes croissantes de diagnostic biologique. Cette évolution du système a permis de suivre au mieux l’évolution de la situation épidémiologique dans l’île.

5. Activités d’information, de formation et de conseil 5.1 . Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille

5.1.1 Enseignement et formation

Enseignement

Leparc-Goffart I. Maladies virales vectorielles. Master 2. Université de Paris 6. 17 janvier 2012

Formation

- Master 2 : Emilie Javelle, Etablissement d’un modèle d’infection persistante du virus Chikungunya in vitro.

- Formation aux techniques de biologie moléculaire et sérologie pour les arbovirus : 1 mois, 3 techniciens et 1 biologiste du CH de Mayotte

- Formation à la technique de séroneutralisation : 3 semaines, 1 technicien du CNR associé Océan Indien

- Formation au diagnostic des arbovirus : 3 mois, 1 technicien et 1 biologiste du Service de Santé des Armées du Maroc

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- Formation au diagnostic et à la recherche pour les arbovirus : 9 mois, 1 biologiste du Service de Santé des Armées du Maroc

Conseil

I Leparc-Goffart. Membre de droit du Haut Conseil de la Santé publique au CMVI.

I Leparc-Goffart. Expert du Groupe de Travail Arbovirus, ANSM

I. Leparc-Goffart. Expert pour l’ECDC pour la définition de cas pour les infections par le virus Chikungunya et de la Dengue.

I. Leparc-Goffart. Membre du groupe de travail HAS pour le diagnostic biologique direct précoce du Chikungunya par détection génomique du virus avec RT-PCR.

I. Leparc-Goffart. Membre du groupe de travail HAS pour le diagnostic biologique direct précoce de la Dengue par détection génomique du virus avec RT-PCR.

5.1.2 Diffusion des données de surveillance

Les données des analyses biologiques pour le plan anti dissémination Chikungunya/Dengue et le plan de surveillance West Nile, sont rentrés tous les jours dans Voozarbo (base de données communes à l’InVS, CIRE, ARS et CNR). Une rétro-information hebdomadaire est réalisée par les CIRE auprès des professionnels de santé.

Lors de la confirmation d’une alerte de circulation d’un virus dans une région du monde (exemple le cas d’infection par le virus West Nile importé d’Algérie), nous informons les différents départements concernés de l’InVS et ce cas est ensuite publié dans le Bulletin Hebdomadaire International pour permettre la meilleure diffusion possible de l’information.

Enfin, les cadres du CNR passent 10% de leur temps à conseiller au téléphone les différents professionnels de santé qui nous contactent. Si la question est médicale (traitement, etc.), nous avons un référent: Dr Fabrice Simon, Chef du service d’Infectiologie Tropicale de l’Hôpital d’Instruction des Armées de Laveran (Marseille) qui prend le relais.

Pour le site Internet, nous avons écrit le cahier des charges. Etant un laboratoire d’un institut militaire, la création d’un site internet demande des autorisations particulières qui sont en cours.

5.3. Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles-Guyane, Institut Pasteur de

Guyane

5.3.1. Enseignement et formation

Enseignement :

Séverine Matheus – Mars 2012 - Diplôme universitaire de médecine tropicale - Université Antilles-Guyane. « La Dengue, une arbovirose d’intérêt médical »

Formation

David MOUA : Expérimentation animale de niveau II - Université Claude BERNARD- Mai - juin 2012.

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5.3.2. Diffusion des données de surveillance

Rétro-information aux partenaires

Depuis 2008, la rétro-information relative aux cas de Dengue biologiquement confirmés par le CNR, laboratoire associé pour la région Antilles-Guyane, est automatisée et journalière. Ces données sont transmises de façon sécurisée vers le serveur du système SISMIP de Guyane. Les destinataires de ces informations sont l’ARS de Guyane et la Cire Antilles-Guyane. Cette automatisation permet une mise à disposition en temps réel des données de cas confirmés aux autorités sanitaires compétentes pour une mise en œuvre réactive des actions de lutte anti-vectorielle. Pour les données relatives à la surveillance des sérotypes de Dengue circulants aux Antilles, les résultats sont transmis de façon anonyme et sous forme de fichiers sécurisés par courriel à la Cire Antilles Guyane ainsi qu’aux laboratoires transmetteurs. En parallèle, et dans le cadre d’une demande de diagnostic uniquement, une feuille de résultat nominative est adressée par courrier au laboratoire demandeur.

Ces différents types de recueil de données épidémiologiques font régulièrement l’objet de “Points Epidémiologiques Périodiques“, mensuels ou hebdomadaires en fonction du contexte épidémiologique. Ces bulletins de rétro-information sont édités par la Cire Antilles-Guyane en collaboration avec les différents partenaires impliqués. Ils sont disponibles sur le site Internet de l'InVS et permettent d’assurer une rétro-information auprès des différents professionnels de santé du département, des DFA, de l’InVS et de la DGS, tout en faisant le point sur la situation épidémiologique du moment.

Rapport annuel

Les rapports annuels du CNR sont disponibles sur les pages Web de l’Institut Pasteur dédiées aux CNR (http://www.pasteur.fr/sante/clre/cnractiv/liscnr.html) et sur le site de l’Institut Pasteur de la Guyane fonctionnel depuis septembre 2008 (www.pasteur-cayenne.fr/cnrarbo). Les rapports 2006 à 2011 sont actuellement en ligne.

Activités de conseil aux professionnels

Le laboratoire de Virologie de l’IP Guyane a mis en place via les sites internet de l’Institut Pasteur de la Guyane et de l’Institut Pasteur à Paris des pages spécifiques sur lesquelles sont mis à disposition des documents utiles aux professionnels de santé (fiche de demande d’examen) et des informations générales destinées au grand public. Les coordonnées des cadres y figurent en clair et une adresse courriel générique cnrarbo@pasteur-cayenne.fr est accessible aux professionnels de santé et aux particuliers pour toute demande d’information.

Activités d’information grand public

D. Rousset : participation à une émission radio Guyane 1ère : « point d’interrogation sur la Dengue » 40mn le 02.11.12.

Activités d’expertise

Le LA au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane participe au Comité de suivi des maladies humaines transmises par les insectes (CSMHTI) en tant qu’expert. Ce comité a été mis en place suite à l’arrêté préfectoral n°1274/DSDS du 12 juillet 2002 qui institue un comité de suivi dans le cadre du dispositif de lutte contre les maladies humaines transmises par les insectes.

Le LA au CNR des Arbovirus pour la région Antilles–Guyane participe au Réseau des

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laboratoires de la dengue en Amérique (RELDA) piloté par l’OPS.

5.4. Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis

Réunion

Participation à l’élaboration de la feuille de renseignements avec la Cire OI.

Les données de la surveillance produites par la CNR font l’objet d’une diffusion régulière (trimestrielle en l’absence de circulation virale et hebdomadaire en cas d’alerte) aux partenaires du réseau régional de veille sanitaire (plus de 800 destinataires au total : médecins généralistes et hospitaliers, biologistes, épidémiologistes, etc.). Par ailleurs, elles sont diffusées chaque semaine aux membres du réseau Sega par le biais d’une visioconférence animée par la Commission de l’océan Indien et d’un Bulletin de veille sanitaire de l’océan indien.

Participation aux groupes de travail de la HAS sur le diagnostic biologique direct précoce de la Dengue par détection génomique du virus avec RT-PCR

6. Travaux de recherche et publications en lien direct avec l’activité du CNR

6.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille 6.1.1 Travaux de recherche

Développement de nouveaux outils de diagnostic pour les arbovirus :

- Nous avons mis en place depuis 2009 une convention de collaboration avec l’entreprise Biomérieux pour le développement d’anticorps monoclonaux contre différents arbovirus (chikungunya, dengue, West Nile, Fièvre de la Vallée du Rift). Cette collaboration nous permet d’enrichir le nombre d’outils disponibles pour le diagnostic des arbovirus. Grâce à cette collaboration Service de Santé des Armées - Biomérieux, l’anticorps monoclonal Chikungunya (validé depuis plus de 3 ans par le CNR) a été mise à disposition des laboratoires de biologie médicale pour que ceux-ci puissent réaliser les analyses sérologiques chikungunya (pour rappel, il n’existe à l’heure actuelle aucun kit CE utilisable, cf chapitre 2.1).

- Nous avons un projet, pour lequel un financement Ministère de la Défense a été obtenu, afin de mettre au point un kit de diagnostic rapide IgM et IgG contre 5 flavivirus (dengue 1, 2, 3, 4 et West Nile) simultanément, type bandelette diagnostic. Ce projet est réalisé en collaboration avec l’équipe Interactions flavivirus-hôte de Philippe Despres, Institut Pasteur Paris) et une société de biotechnologie, à partir de protéines et fragments de protéines virales recombinantes. L’objectif est de disposer d’un outil de diagnostic IgM et IgG facilement diffusable hors laboratoire de diagnostic spécialisé, et également grâce à l’utilisation d’antigènes adaptés de disposer d’un outil rapide et simple de différenciation entre les réponses anticorps contre les flavivirus, en substitution de la séroneutralisation. Les tests rapides sont toujours en cours de développement. Ils seront ensuite validés avec les collections de sérum du CNR.

Santé publique

- Cycle de transmission du virus Toscana et recherche d’un réservoir animal :

Le virus Toscana (TOSV) est connu comme étant l’agent étiologique le plus important responsable de méningites et méningo-encéphalites non bactériennes dans le bassin méditerranéen, en particulier, pendant la saison estivale. Nous avons pu isoler des souches de virus Toscana chez un patient souffrant de méningite, puis à partir de phlébotomes capturés autour des lieux fréquentés par ce patient, en 2009, avec unité de temps et de lieu. Des captures entomologiques réalisées en 2010 sur les mêmes lieux nous ont permis de mettre à nouveau en évidence la présence du virus chez des phlébotomes (Ph. Perniciosus)

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et de justifier la présence d’un foyer de circulation de ce virus dans les Bouches du Rhône. L’analyse génétique des souches isolées a montré que le virus Toscana présent dans ce foyer est une souche issue de souches espagnoles, mais aujourd’hui génétiquement séparée. Cette situation très particulière de foyer isolé permet pour la première fois l’étude des mécanismes de circulation du virus, à ce jour inconnus. L’étude de ce foyer nous a d’ores et déjà permis de démontrer qu’il y a pour Toscana nécessité d’une transmission horizontale (ce qui était controversé à ce jour) : il existe un hôte amplificateur ou un réservoir animal du virus. Des infections expérimentales chez ce réservoir animal potentiel en collaboration avec l’équipe de Stephan Ziantara (Anses) sont en cours.

- Etude de séroprévalence des arbovirus dans le sud de la France :

Cette étude fait partie du projet ANR ARBO-MED/PRIAM (Etude des Arbopathogènes autour de la Méditerranée) pour lequel un grand nombre de laboratoires participent (sociologues, entomologistes, parasitologues, virologistes, épidémiologistes). Un des objectifs du projet est de déterminer dans une population de 9000 donneur de sang des régions 'Alpes-Méditerranée', 'Pyrénées-Méditerranée' et 'Auvergne-Loire' (consentements et prélèvements déjà obtenus) les paramètres associés avec un risque d’infection par un arbovirus endémique.

Le CNR participe avec le laboratoire de Xavier de Lamballerie à Marseille à l’étude de séroprévalence des arbovirus suivants: Toscana, West Nile, Chikungunya, Dengue, Fièvre Jaune, Encéphalite à Tique. Ces données nous donneront en plus une ligne de référence qui peut évoluer rapidement dans les années à venir au vue de la circulation et l’émergence de certains arbovirus en métropole.

- Etude de séroprévalence des arbovirus en Nouvelle Calédonie :

L’objectif principal de cette étude est de connaitre le profil sérologique des Calédoniens pour les différents types de Dengue et les éventuelles autres arboviroses (West Nile, Ross River, Encéphalite Japonaise, Chikungunya) qui auraient pu toucher la Nouvelle-Calédonie dans le passé. Ces éléments permettraient en effet :

- de mieux connaître l’épidémiologie de ces maladies, - d’améliorer la stratégie de prévention, - d’optimiser le diagnostic précoce, - de planifier les stratégies d’action face à l'introduction ou à la réintroduction d'un de ces virus en Nouvelle Calédonie

Le promoteur de cette étude est le Service des actions sanitaires (DASS) de la Nouvelle Calédonie. Le protocole est rédigé et les prélèvements vont être réalisés courant 2013 après la fin de l’épidémie actuelle de dengue. L’analyse sérologique sera réalisée sous la direction du CNR IRBA Marseille avec la participation de l’Institut Pasteur de Nouméa.

- Etude de séroprévalence des arbovirus au Maroc :

La collaboration entre le Service de Santé des Armées (SSA) Français et Marocain, a permis d’établir des liens privilégiés avec les Biologistes du SSA du Maroc et le CNR des arbovirus. Nous avons ainsi au laboratoire 800 sérums du Maroc pour réaliser une étude préliminaire des arbovirus circulants au Maroc. L’objectif est de connaitre au mieux les arbovirus circulants pour mettre en place une surveillance humaine active de ces arbovirus au Maroc. Cette étude sera finie en 2013.

Recherche fondamentale

- Etude du virus Toscana et de la réponse interféron

Il s’agit du volet recherche fondamentale de nos projets sur le virus Toscana. L’objectif de ce projet de recherche est de déterminer l’impact de la réponse innée interféron sur la multiplication du virus. Ce projet a été réalisé en collaboration avec l’Etablissement Français du Sang de la région PACA et via l’accueil d’une étudiante en thèse de l’EFS.

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Les données obtenues ont montré que le virus Toscana est sensible à l’ajout d’interféron β sur les cellules VERO. Toscana est capable lors de l’infection de cellules 293T et Hela de ne pas induire la réponse interféron et même d’inhiber la production d’IFN-β induite par l’infection par le virus Sendaï. Ces résultats ont été acceptés pour publication dans Virology (Brisbarre NM, Plumet S, de Micco P, Leparc-Goffart I, Emonet S. Toscana virus inhibits the interferon beta response in cell cultures.).

- Etablissement d’une infection persistante du virus chikungunya in vitro :

Le virus Chikungunya, transmis par les moustiques du genre Aedes, a ré-émergé depuis 2005 dans l’Océan Indien, l’Afrique et l’Asie. Ce virus est responsable d’un syndrome fébrile accompagné d’arthralgies touchant principalement les extrémités des membres. Dans certaines épidémies, plus de 60% des patients infectés présentent des arthralgies chroniques plus d’un an après l’infection et certains malades développent même un rhumatisme inflammatoire destructeur. La physiopathologie de ces infections chroniques est peu comprise. La diversité de prévalence de ces atteintes articulaires chroniques en fonction des épidémies pourrait être expliquée en partie par les souches de Chikungunya en cause, certaines données de la littérature suggérant la persistance du virus dans les macrophages. Pour tester cette hypothèse, différentes souches de Chikungunya ont été testées pour leur capacité à établir une infection persistante dans différentes lignées cellulaires in vitro. Les six souches étudiées n’ont établi une infection persistante dans aucune des lignées de monocytes/macrophages testées. En revanche, une infection persistante sur les cellules Hela a pu être initiée, avec un phénotype souches virales-dépendant. Ce modèle de persistance in vitro, doit permettre l’étude du (des) mécanisme(s) de persistance ainsi que l’influence du génotype viral sur celui-ci.

- Etude de la circulation de la Dengue sérotype 3 génotype III en Afrique

De nombreuses souches de Dengue 3 en provenance d’Afrique ont été isolées par le CNR (Institut Pasteur de Paris, mandat précédent et IRBA Marseille). Le séquençage du gène d’enveloppe de ces souches a montré que ces isolats étaient tous du génotype 3 (séquençage réalisé par l’équipe de Valérie Caro, PF8, IP Paris). L’analyse phylogénétique de ces isolats ainsi que de ceux déjà publié dans genbank nous a permis de retracer la circulation (et introduction) de la Dengue 3 génotype III en Afrique. Ces données sont en cours de publication.

6.1.2 Publications internationales

Publications

Capobianchi MR, Castilletti C, Leparc-Goffart I. Arboviruses. European Manual of Clinical Microbiology, 1st Edition, 2012.

Larrieu S, Dehecq JS, Balleydier E, Jaffar MC, Michault A, Vilain P, Leparc-Goffart I, Polycarpe D, Filleul L. Re-emergence of dengue in Reunion, France, January to April 2012. Euro Surveill. 2012;17. pii: 20173.

de Laval F, Plumet S, Simon F, Deparis X, Leparc-Goffart I. Dengue surveillance among French military in Africa. Emerg Infect Dis. 2012;18:342-3.

Kam YW, Lee WW, Simarmata D, Harjanto S, Teng TS, Tolou H, Chow A, Lin RT, Leo YS, Rénia L, Ng LF. Longitudinal analysis of the human antibody response to Chikungunya virus infection: implications for serodiagnosis and vaccine development. J Virol. 2012;86:13005-15.

Couderc T, Gangneux N, Chrétien F, Caro V, Le Luong T, Ducloux B, Tolou H, Lecuit M, Grandadam M. Chikungunya virus infection of corneal grafts. J Infect Dis. 2012;206:851-9.

Gérôme P, Foucher B, Otto MP, Crevon L, Rabar D, Pasquet F, Tolou H. [Plasmacytosis and dengue fever: an underestimated abnormality?]. Rev Med Interne. 2012;33:343-5.

Fernandez JC, Billecocq A, Durand JP, Cêtre-Sossah C, Cardinale E, Marianneau P, Pépin

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M, Tordo N, Bouloy M. The nonstructural protein NSs induces a variable antibody response in domestic ruminants naturally infected with Rift Valley fever virus. Clin Vaccine Immunol. 2012, 19(1):5-10.

Communications invitées:

Leparc-Goffart I. Arbovirus émergents. 12ème journée scientifique de l’association marocaine de lutte contre les maladies infectieuses, Marrakech, 8 décembre 2012.

Leparc-Goffart I, Plumet S, Zouhair S. Seroprevalence study of arboviruses in French Polynesia. Workshop on Dengue and Emerging Arboviruse s in PICs, September 2012, French Polynesia.

Leparc-Goffart I. Les infections du système nerveux central et les arboviroses. Infections

neuro‐méningées. Quels outils diagnostics pour une prise en charge optimale en 2012 ? Société Française de Microbiologie. 11 avril 2012. Paris.

Leparc-Goffart I. Méthodes diagnostiques des arboviroses. CEMI 17 Actualités sur les arboviroses. 15-16 mars 2012. Institut Pasteur Paris.

Leparc-Goffart I. Arbovirus, aspects épidémiologiques, préventifs et environnementaux. Centre Hospitalier d’Ajaccio, ARS CORSE,9 mars 2012.

Communications :

Leparc-Goffart I, Gravier P, Cotteaux C, Poujol A, Stolidi P, Delannoy-Vieillard AS, Caro V, Pages F, Plumet S. Genetic and ecological study of Toscana virus on a focus in the south of France. 21th meeting of the European Network for Diagnostics of "Imported" Viral Diseases (ENIVD) May 10th-11th 2012 in Riga.

Zouhair S, Cao-Lormeau VM, Roche C, Paulous, S, Desprès P, Leparc-Goffart I, Plumet S. Etude préliminaire de séroprévalence des arbovirus en Polynésie française. 3es Journées interrégionales de Veille Sanitaire des Antilles Guyane, Gosier, Guadeloupe du 26 au 27 octobre 2012.

Javelle E, Plumet S, Simon F, Emonet S, Leparc-Goffart I. Les manifestations persistantes du chikungunya : du constat clinique à la physiopathologie. 2nd séminaire du département de microbiologie. IRBA. 15 et 16 octobre 2012 École du Val-de-Grâce PARIS.

6.2. Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de Guyane 6.2.1. Travaux de recherche

Projet « EMERGUY » pour Emergences virales en Guyane

En terme de recherche, le laboratoire de virologie va débuter au cours du premier semestre 2013 un programme de recherche clinique en collaboration avec le Centre hospitalier de Cayenne focalisé sur l’étude de syndromes viraux sévères hospitalisés. Ce projet, prévu sur une durée de 3 ans, visera plus précisément à identifier, à partir des échantillons biologiques de patients hospitalisés, l’agent viral responsable de différents tableaux cliniques sévères sans étiologie identifiée. Ce projet devrait permettre de renforcer l’expertise du laboratoire par la mise en place de nouveaux outils de diagnostic à large spectre et ainsi d’apporter un diagnostic étiologique pour une meilleure prise en charge des patients exposés.

Au cours de l’année, le laboratoire a finalisé les démarches règlementaires et éthiques indispensables pour débuter cette étude, et cela en étroite collaboration avec le Pôle Intégré de recherche clinique (PIRC) à l’Institut Pasteur. Suite à ces démarches, le laboratoire dispose aujourd’hui de l’avis favorable du Comité de recherche Clinique (CorC) de l’IP à Paris et des autorités compétentes que sont le Ministère de la Recherche et le CCTIRS pour débuter ce projet. Un dernier dossier sera déposé sous peu auprès de la CNIL. Par ailleurs,

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le laboratoire a obtenu une réponse favorable du Fonds Européen de Développement Régional, suite au dépôt d’une demande de financement. Ce projet de recherche devrait débuter au cours du premier semestre 2013.

Evaluation de trousses prototypes pour le diagnostic de la Dengue

Le laboratoire a été sollicité par une société de biotechnologie pour évaluer les performances (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positives et négatives) de différentes trousses prototypes destinées au diagnostic sérologique in vitro (IgM, IgG et IgA) d'infection par le virus de la Dengue à l’aide d’échantillons biologiques humains (sérums) issus de la sérothèque du Centre National de Référence Arbovirus.

Le CNR a effectué, au même titre que le programme EMERGUY, les démarches réglementaires auprès des autorités compétentes afin d’obtenir les avis favorables requis pour l’utilisation des échantillons biologiques de la collection. L’ensemble de ces différentes démarches ayant abouti favorablement, l’évaluation d’un premier test diagnostique prototype basé sur la détection des IgA anti-Dengue devrait être finalisée au cours du premier semestre 2013.

Conséquences materno-fœtales de l’infection par le virus de la Dengue

Le laboratoire de virologie participe à un programme de recherche intitulé « Conséquences materno-fœtales de l’infection par le virus de la Dengue chez la femme enceinte en Guyane » porté par le Centre Intégré de recherche clinique du Centre hospitalier de Cayenne. Ce projet prévu sur 3 ans a débuté en septembre 2012. Le laboratoire y participe en apportant son expertise diagnostique à partir des échantillons biologiques des patientes incluses dans cette étude. Ce projet vise à comparer les complications chez la femme enceinte indemne d’infection par le virus de la dengue par rapport à celle ayant présenté un tableau clinique de dengue au cours de sa grossesse. Les résultats de cette étude devraient permettre une meilleure prise en charge de la dengue chez la femme enceinte.

6.2.2. Publications internationales

Matheus S, Chappert JL, Cassadou S, Berger F, Labeau B, Bremand L, Winicki A, Huc-Anais P, Quénel P, Dussart P. Virological surveillance of dengue in Saint Martin and Saint Barthelemy, French West Indies, using blood samples on filter paper. Am J Trop Med Hyg. 2012 Jan; 86(1):159-65.

Dussart P, Baril L, Petit L, Beniguel L, Quang LC, Ly S, Azevedo Rdo S, Meynard JB, Vong S, Chartier L, Diop A, Sivuth O, Duong V, Thang CM, Jacobs M, Sakuntabhai A, Nunes MR, Huong VT, Buchy P, Vasconcelos PF. Clinical and virological study of dengue cases and the members of their households: the multinational DENFRAME Project. PLoS Negl Trop Dis. 2012 Jan;6(1):e1482.

Epelboin L, Hanf M, Dussart P, Ouar-Epelboin S, Djossou F, Nacher M, Carme B. Is dengue and malaria co-infection more severe than single infections? A retrospective matched-pair study in French Guiana. Malar J. 2012 May 1;11:142.

Zidane N, Dussart P, Bremand L, Villani ME, Bedouelle H. Thermodynamic stability of domain III from the envelope protein of flaviviruses and its improvement by molecular design. Protein Eng Des Sel. 2013 Mar 10.

Berthet N, Paulous S, Coffey LL, Frenkiel MP, Moltini I, Tran C, Matheus S, Ottone C, Ungeheuer MN, Renaudat C, Caro V, Dussart P, Gessain A, Desprès P. Resequencing microarray method for molecular diagnosis of human arboviral diseases. J Clin Virol. 2013 Mar;56(3):238-43.

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6.3. Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis Réunion

6.3.1. Travaux de recherche

Le Dr M-Christine Jaffar-Bandjee est la directrice adjointe du groupe de recherche sur l’infection et l’immunopathologie (EA 4517) dirigé par le Pr Philippe Gasque. 2 doctorants travaillent sur le modèle cellulaire de l’infection à Chikungunya :

- Immunopathologie et rôle de l’infection à Chikungunya sur des lignées de macrophages humains et murins

- Infection et immuno-pathologie de l’infection de fibroblastes primaires et de lignées humaines par le virus Chikungunya

- Collaboration avec le Dr Philippe Desprès de l’Institut Pasteur : validation de la technique Luminex pour la sérologie Chikungunya

6.3.2. Publications internationales

Larrieu S, Dehecq JS, Balleydier E, Jaffar MC, Michault A, Vilain P, Leparc-Goffart I, Polycarpe D, Filleul L. Re-emergence of dengue in Reunion, France, January to April 2012. Euro Surveill. 2012;17. pii: 20173.

Kumar S, Jaffar-Bandjee MC, Giry C, Connen de Kerillis L, Merits A, Gasque P, Hoarau JJ. Mouse macrophage innate immune response to Chikungunya virus infection. Virol J. 2012; 9:313.

Thon-Hon VG, Denizot M, Li-Pat-Yuen G, Giry C, Jaffar-Bandjee MC, Gasque P. Deciphering the differential response of two human fibroblast cell lines following Chikungunya virus infection. Virol J. 2012;9:213.

Pellot AS, Alessandri JL, Robin S, Sampériz S, Attali T, Brayer C, Pasquet M, Jaffar-Bandjee MC, Benhamou LS, Tiran-Rajaofera I, Ramful D. [Severe forms of chikungunya virus infection in a pediatric intensive care unit on Reunion Island]. Med Trop (Mars). 2012 Mar;72

Jaffar-Bandjee MC, Gasque P. [Physiopathology of chronic arthritis following chikungunya infection in man]. Med Trop (Mars). 2012 Mar;72 Spec No:86-7.

Ribéra A, Degasne I, Jaffar Bandjee MC, Gasque P. [Chronic rheumatic manifestations following chikungunya virus infection: clinical description and therapeutic considerations]. Med Trop (Mars). 2012 Mar;72 Spec No:83-5

Suhrbier A, Jaffar-Bandjee MC, Gasque P. Arthritogenic alphaviruses--an overview. Nat Rev Rheumatol. 2012 May 8;8(7):420-9.

7. Programme d’activité N+1 et N+2 Stratégie du CNR des arbovirus dans ces 3 composantes sur la durée du mandat :

Suivi des génotypages des virus de la Dengue circulants :

Toutes les souches de Dengue isolées par le CNR seront séquencées pour le gène

d’enveloppe (prévision : une centaine d’isolats/an). Ceci devrait nous permettre de

réaliser annuellement des arbres phylogénétiques pour les 4 sérotypes de la Dengue et

de mieux comprendre à terme la circulation de ces virus.

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Caractérisation des souchiers. Séquençage des souches arbovirus des différents

laboratoires (gène d’intérêt).

Augmentation de l’arsenal des outils de diagnostic pour les arbovirus :

L’objectif est d’augmenter nos outils de diagnostic moléculaire et sérologique en utilisant

la force des 3 laboratoires. Nous avons prévu des échanges de réactifs, protocoles, pour

ensuite réaliser les évaluations et validations croisées entre nos laboratoires.

Fiches de renseignement : harmonisation des renseignements cliniques et données

de voyage.

Organisation de contrôles qualités

Collaborations scientifiques Recherche et Développement

Communication : mise en place d’une conférence téléphonique trimestrielle entre les

3 laboratoires composants le CNR arbovirus (La première conférence téléphonique a

eu lieu le 18 mars 2013) et une réunion annuelle.

Gazette des CNRs :

Distribution aux labos collaborateurs pour animer le réseau, fréquence de publication à déterminer. Premier essai automne 2013

Accréditation

Tous les laboratoires du CNR des arbovirus sont rentrés dans le processus d’accréditation selon la norme des laboratoires de biologie médicale NF EN ISO 15189. Ce processus représente un challenge économique tout d’abord, car le coût d’un audit COFRAC par exemple est très élevé, et humain d’autre part, car toutes les techniques de diagnostic pour les arbovirus utilisées sont des techniques dites « maison », à accréditer en portée B. Pour rappel, les techniques CNR sont des techniques uniques afin d’adapter au mieux le diagnostic des arbovirus aux souches circulantes et à leurs mutations, exigence qui ne peut être remplie par des kits commerciaux. Développement et validation de nouveaux outils sérologiques

Protéines recombinantes

Chaque laboratoire par sa collaboration avec Philippe Desprès va évaluer indépendamment les protéines recombinantes (cf chapitre 2.1 pour la description) pour la détection des IgM et des IgG anti-arbovirus soit par ELISA, soit avec la technique du Luminex. Peptides:

Une approche similaire a été engagée avec Cyril Badaut chercheur de l’IRBA. Cette nouvelle approche utilise des fractions ou combinaison de fractions peptidiques de protéines virales sélectionnées pour leur potentiel à générer une réponse immunitaire. L’utilisation de peptides présente les même avantages que l’utilisation de protéines recombinantes, mais en rajoutant une flexibilité accrue sur les séquences peptidiques choisies en fonction des mutations recensées dans la littérature, un coût de production encore réduit, ainsi que une traçabilité optimale pour l’accréditation qualité. Ce projet est en phase initiale : les peptides ont été choisis et commandés. Leur évaluation in vitro et leur comparaison directe avec les tests de diagnostiques utilisés en routine au CNR est prévue pour 2013.