TutoriauxTutoriaux Rasmolet Deep View (Swiss PDBviewer) Rasmolet

TutoriauxTutoriauxTutoriauxTutoriauxRasmol Rasmol

et et

Deep View (Swiss Deep View (Swiss PDBviewer)PDBviewer)

Rasmol Rasmol

et et

Deep View (Swiss Deep View (Swiss PDBviewer)PDBviewer)

RasmolRasmolRasmolRasmol

• La première chose à faire est de télécharger La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: le programme Rasmol:

http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exehttp://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe

• La première chose à faire est de télécharger La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: le programme Rasmol:

http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exehttp://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe

Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol:

1) Barres de menus (limitésau niveau des sélections…)

2) Lignes de commandes (moins intuitif…)

3) Les deux…(plus approprié…)

Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol:

1) Barres de menus (limitésau niveau des sélections…)

2) Lignes de commandes (moins intuitif…)

3) Les deux…(plus approprié…)

http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe

http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe

Rasmol: lignes de commandes Rasmol: lignes de commandes importantes.importantes.Rasmol: lignes de commandes Rasmol: lignes de commandes importantes.importantes.

Boutons de la sourisBoutons de la sourisBouton Gauche (BG)Bouton Gauche (BG) Rotation en X-YRotation en X-Y

Bouton Droit (BD)Bouton Droit (BD) Translation X-YTranslation X-Y

Shift Shift ++ Bouton Gauche Bouton Gauche Zoom in/outZoom in/out

Shift Shift ++ Bouton Droit Bouton Droit Rotation en ZRotation en Z

Ctrl Ctrl ++ Bouton Gauche Bouton Gauche Découper en tranches Découper en tranches selon Z (slab mode)selon Z (slab mode)

Commandes générales importantes à retenir:

load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb)

select + <expression> (ex. select helix, TRP, hetero…)

Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A d’un modèle)

Commandes de représentations importantes à retenir:

wireframe ou wireframe + <valeur> (ex. wireframe 150)

spacefill ou spacefill <valeur> ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120)

ribbons ou ribbons <valeur> (protéine en ruban: ex. ribbons 150)

colour <couleur> en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…)

Commandes générales importantes à retenir:

load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb)

select + <expression> (ex. select helix, TRP, hetero…)

Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A d’un modèle)

Commandes de représentations importantes à retenir:

wireframe ou wireframe + <valeur> (ex. wireframe 150)

spacefill ou spacefill <valeur> ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120)

ribbons ou ribbons <valeur> (protéine en ruban: ex. ribbons 150)

colour <couleur> en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…)

Guide de commandes Rasmol

Guide de commandes Rasmol

Ou http://info.bio.cmu.edu/Courses/Bioch

emMols/RasFrames/REFCARD.PDF

Ou http://info.bio.cmu.edu/Courses/Bioch

emMols/RasFrames/REFCARD.PDF

http://info.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/RasFrames/REFCARD.PDF

Rasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdb

Oups!Oups!

Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…

Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…

déplacerdéplacer

Toutes les commandes de Toutes les commandes de représentation (display) peuvent représentation (display) peuvent se faire via la barre de menu de se faire via la barre de menu de Rasmol, mais les sélections ne Rasmol, mais les sélections ne peuvent s’effectuer qu’à l’aide peuvent s’effectuer qu’à l’aide de la ligne de commandes de la ligne de commandes select <>select <>..


• Vous devriez avoir quelques chose qui Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça!ressemble à ça!

• Vous devriez avoir quelques chose qui Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça!ressemble à ça!

Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait s’effacer!

Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait s’effacer!

Rasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdb• Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi

que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).• Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi

que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).

3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk

3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk

select protein

strands ou menu display Strands

select CYS46, CYS174, HIS67

menu Display Sticks

colour CPK ou menu colour CPK

select ZN

spacefill ou menu Display spacefill


select protein

strands ou menu display Strands

select CYS46, CYS174, HIS67

menu Display Sticks


select ZN

spacefill ou menu Display spacefill


select *B

Strands off

Wireframe off

Spacefill off

<<zoomez>> sur la région d’intérêt

select *B

Strands off

Wireframe off

Spacefill off

<<zoomez>> sur la région d’intérêt

Select EOH

wireframe 100 ou menu Display Sticks


select PAD


colour yellow

Select EOH



select PAD


colour yellow

Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre indiqué…indiqué…

Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre indiqué…indiqué…

1)1)1)1) 2)2)2)2) 4)4)4)4)

5)5)5)5) 6)6)6)6) 7)7)7)7)


Voici ce à quoi ça devrait ressembler!Voici ce à quoi ça

devrait ressembler!

ÉthanolÉthanol

cofacteurcofacteur

H2OH2O

CYS46CYS46

CYS174CYS174

HIS67HIS67ZNZN

Il y a moyen d’afficher l’identité des molécules dans Rasmol

Ex. select cys46.sg

label %n…plus simple si on le fait dans un programme d’image ou de texte

Il y a moyen d’afficher l’identité des molécules dans Rasmol

Ex. select cys46.sg

label %n…plus simple si on le fait dans un programme d’image ou de texte

Pour créer une image:

Tapez write 1adc.bmp

Ou allez dans export et format BMP

Pour créer une image:

Tapez write 1adc.bmp

Ou allez dans export et format BMP

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Télécharger Deep view à: http://www.expasy.org/spdbv/

Barre Barre d’outild’outilBarre Barre d’outild’outil

Panneau Panneau de contrôlede contrôlePanneau Panneau

de contrôlede contrôle

Barre Barre d’alignemed’aligneme

ntnt

Barre Barre d’alignemed’aligneme

ntnt

Barre de Barre de fichiersfichiers

Barre de Barre de fichiersfichiers

Fenêtre de Fenêtre de visualisationvisualisationFenêtre de Fenêtre de

visualisationvisualisation

http://www.expasy.org/spdbv/

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Commande dans la fenêtre de visualisationCommande dans la fenêtre de visualisationRotationRotation + bouton gauche+ bouton gauche

TranslationTranslation+ bouton gauche + bouton gauche

ou bouton droitou bouton droit

Zoom in/outZoom in/out + bouton gauche+ bouton gauche

Effacer/fermerEffacer/fermer deletedelete

Slab modeSlab mode Shift + bouton gaucheShift + bouton gauche

Rotation selon X, Y ou ZRotation selon X, Y ou Z F5 (X), F6 (Y), F7 (Z) + bouton F5 (X), F6 (Y), F7 (Z) + bouton gauchegauche

Centrer/Centrer/

recentrerrecentrer

Centrer/Centrer/

recentrerrecentrer

Fichiers Fichiers

texte pdbtexte pdb

Fichiers Fichiers

texte pdbtexte pdb

TranslatioTranslationn

TranslatioTranslationn

Zoom Zoom in/outin/outZoom Zoom in/outin/out

RotationRotationRotationRotation

Appliquer sur Appliquer sur tout/sélectiotout/sélectio

nn

Appliquer sur Appliquer sur tout/sélectiotout/sélectio

nn


Mesurer la Mesurer la distance entre 2 distance entre 2

atomesatomes

Mesurer la Mesurer la distance entre 2 distance entre 2

atomesatomes

Mesurer l’angle Mesurer l’angle entre 3 atomesentre 3 atomesMesurer l’angle Mesurer l’angle entre 3 atomesentre 3 atomes

Mesurer l’angle Mesurer l’angle de torsion entre de torsion entre 4 atomes/valeur 4 atomes/valeur de Omega, Phi de Omega, Phi

et Psiet Psi

Mesurer l’angle Mesurer l’angle de torsion entre de torsion entre 4 atomes/valeur 4 atomes/valeur de Omega, Phi de Omega, Phi

et Psiet Psi

Identifier un Identifier un atome/a.a.atome/a.a.

Identifier un Identifier un atome/a.a.atome/a.a.

Sélectionner les Sélectionner les groupements groupements

dans un rayons dans un rayons de ‘’x’’ Å autour de ‘’x’’ Å autour de la sélectionde la sélection

Sélectionner les Sélectionner les groupements groupements

dans un rayons dans un rayons de ‘’x’’ Å autour de ‘’x’’ Å autour de la sélectionde la sélection

Appliquer le Appliquer le centre de centre de

rotation sur la rotation sur la sélectionsélection

Appliquer le Appliquer le centre de centre de

rotation sur la rotation sur la sélectionsélection

SuperpositioSuperposition de n de

molécules molécules selon une selon une sélectionsélection

SuperpositioSuperposition de n de

molécules molécules selon une selon une sélectionsélection

Mutation Mutation d’un a.a. d’un a.a. Mutation Mutation d’un a.a. d’un a.a.

Ajuster Ajuster manuellement manuellement les angles de les angles de torsion des torsion des

chaînes latéraleschaînes latérales

Ajuster Ajuster manuellement manuellement les angles de les angles de torsion des torsion des

chaînes latéraleschaînes latérales


Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)structure)

Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)structure)

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Commande panneau de contrôleCommande panneau de contrôle

Colonne d’identificateur de groupementsColonne d’identificateur de groupements

Centrer sur un a.a, chaîne ou un Centrer sur un a.a, chaîne ou un éélément de lément de sstructures tructures ssecondaires (econdaires (ésséss))

Bouton droit (BD)Bouton droit (BD)

Sélectionner une série d’a.aSélectionner une série d’a.a

(utilisez(utilisez ctrlctrl pour ajouter une sélection)pour ajouter une sélection)BG sur un BG sur un a.aa.a et shift + BG sur le dernier a.a désiré et shift + BG sur le dernier a.a désiré

(ou click & drag)(ou click & drag)

Sélectionner ‘’tout’’, une chaîne ou un élément Sélectionner ‘’tout’’, une chaîne ou un élément structural au completstructural au complet

Shift + BG pour sélectionner tout, BG sur un une Shift + BG pour sélectionner tout, BG sur un une chaîne chaîne ou un ou un ésséss

Colonne de sélection et de couleurColonne de sélection et de couleur

Appliquer à une colonne complèteAppliquer à une colonne complète Shift + BGShift + BG

Appliquer aux groupes sélectionnésAppliquer aux groupes sélectionnés BG sur BG sur l’en-têtel’en-tête de la colonne de la colonne

Colonne Colonne d’identificateur d’identificateur de groupementsde groupements

Colonne Colonne d’identificateur d’identificateur de groupementsde groupements

ChaîneChaîness

ChaîneChaîness ésséssésséss Résidus/Résidus/

a.aa.aRésidus/Résidus/

a.aa.a

Colonne de sélection Colonne de sélection et de couleuret de couleur

Colonne de sélection Colonne de sélection et de couleuret de couleur

La commande La commande shift + shift + BGBG doit se faire doit se faire

exactement à cet exactement à cet endroit pour être endroit pour être

effectiveeffective

La commande La commande shift + shift + BGBG doit se faire doit se faire

exactement à cet exactement à cet endroit pour être endroit pour être

effectiveeffective

En-têteEn-têteEn-têteEn-tête

Types de Types de représentationreprésentation

ss

Types de Types de représentationreprésentation

ss

Sélectionner Sélectionner un modèle pdb un modèle pdb ((ou la touche ou la touche

tabtab))

Sélectionner Sélectionner un modèle pdb un modèle pdb ((ou la touche ou la touche

tabtab))


Afficher/Cacher la Afficher/Cacher la sélectionsélection

Afficher/Cacher la Afficher/Cacher la sélectionsélection

Afficher/Cacher Afficher/Cacher les chaînes les chaînes latéraleslatérales

Afficher/Cacher Afficher/Cacher les chaînes les chaînes latéraleslatérales

Identifier/Identifier/ÉtiqueterÉtiqueterIdentifier/Identifier/ÉtiqueterÉtiqueter

ReprésentatioReprésentation en rubann en ruban

ReprésentatioReprésentation en rubann en ruban

CouleurCouleurCouleurCouleur

Appliquer à…Appliquer à…Appliquer à…Appliquer à…

Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant d’appliquer la représentation à des résidus…d’appliquer la représentation à des résidus…

Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant d’appliquer la représentation à des résidus…d’appliquer la représentation à des résidus…

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view.Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view.

1) 1) Ouverture Ouverture de fichierde fichier

1) 1) Ouverture Ouverture de fichierde fichier

2) Importer 2) Importer via pdbvia pdb

2) Importer 2) Importer via pdbvia pdb

3) Faire glisser le fichier pdb 3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop)dans la fenêtre(drag & drop)3) Faire glisser le fichier pdb 3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop)dans la fenêtre(drag & drop)

Voici ce que vous devriez voir…si Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles les préférences sont celles utilisées par défaut…utilisées par défaut…

Voici ce que vous devriez voir…si Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles les préférences sont celles utilisées par défaut…utilisées par défaut…

3 façons de faire…3 façons de faire…3 façons de faire…3 façons de faire…

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Commençons par ajuster nos préférences!Commençons par ajuster nos préférences!Commençons par ajuster nos préférences!Commençons par ajuster nos préférences!

Cochez tout!Cochez tout!Cochez tout!Cochez tout!

À votre guise!À votre guise!À votre guise!À votre guise!

Qualités graphiquesQualités graphiquesQualités graphiquesQualités graphiques

Si vous n’êtes pas à l’aise avec Si vous n’êtes pas à l’aise avec cette mise au point de cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site de préférences fourni sur le site ftp…ftp…

Menu Preferences; open Menu Preferences; open preferences preferences et choisir et choisir dan.prfdan.prf

Si vous n’êtes pas à l’aise avec Si vous n’êtes pas à l’aise avec cette mise au point de cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site de préférences fourni sur le site ftp…ftp…

Menu Preferences; open Menu Preferences; open preferences preferences et choisir et choisir dan.prfdan.prf


Activez ces Activez ces deux deux

options!options!

Activez ces Activez ces deux deux

options!options!

Shift+BGShift+BGShift+BGShift+BG

Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure)Structure)

Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure)Structure)

Amusez-vous à travers les différentes représentations Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre d’outil!du panneau de contrôle et de la barre d’outil!

Amusez-vous à travers les différentes représentations Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre d’outil!du panneau de contrôle et de la barre d’outil!


Pouvez-vous faire mieux?Pouvez-vous faire mieux?Pouvez-vous faire mieux?Pouvez-vous faire mieux?1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…

CYS92CYS92CYS92CYS92




GLY48GLY48GLY48GLY48

Notez les atomes participants à la coordination du complexe Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre!Fer/soufre!Notez les atomes participants à la coordination du complexe Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre!Fer/soufre!


Il y a d’autres tutoriaux plus explicites disponibles à: Il y a d’autres tutoriaux plus explicites disponibles à:

http://www.expasy.org/spdbv/text/tutorial.html

http://www.usm.maine.edu/~rhodes/SPVTut/index.html

‘’‘’Malheureusement’’, ceux-ci sont en anglais…Malheureusement’’, ceux-ci sont en anglais…

VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): Un programme de (Visual Molecular Dynamics): Un programme de visualisation encore plus puissant…visualisation encore plus puissant…

Tutoriel disponible à:Tutoriel disponible à:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/tutorial/html/

http://www.expasy.org/spdbv/text/tutorial.html

http://www.usm.maine.edu/~rhodes/SPVTut/index.html

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/tutorial/html/

VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):

1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme

VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):

1AYF:1AYF: Bovine Bovine Adrenodoxin Adrenodoxin 1AYF:1AYF: Bovine Bovine Adrenodoxin Adrenodoxin

Documents

TutoriauxTutoriaux Rasmolet Deep View (Swiss PDBviewer) Rasmolet