Unité de recherche en productions végétales...adaptation aux facteurs biotiques et abiotiques L’écologie des nématodes entomopatghogènes. L’innovation variétale et la lutte

INRA UR 979 Productions Végétales, Domaine Duclos, 97170 Petit-Bourg (Guadeloupe)

Centre Antilles-Guyane

Unité de recherche en productions végétales

Evaluation collective / Bilan 2002-2008

Parcelle de démonstration : hybrides d’ignames résistantes à l’anthracnose.

SOMMAIRE

A- Rapport scientifique.................................................................................................................... 5

Contexte et missions de l’unité.................................................................................................... 5

Stratégie scientifique et partenariale............................................................................................ 9

Présentation et analyse des résultats .......................................................................................... 13

Projet stratégique de l’unité............................................................................................................... 13

Diversité et adaptation des maïs tropicaux........................................................................................ 15

Interactions Bemisia-bégomovirus-plantes maraîchères ................................................................... 17

Collecte et analyse de la diversité de l’igname D. trifida et des virus associés................................. 21

Connaissance et gestion des populations de nématodes entomopathogènes ..................................... 25

Projet intégré Ignames....................................................................................................................... 29

Innovation-transfert........................................................................................................................... 47

Expertise phytosanitaire .................................................................................................................... 49

Organisation et fonctionnement de l’unité................................................................................... 50

Auto-évaluation ........................................................................................................................... 57

B- Production.................................................................................................................................. 59

Production de connaissances génériques et insertion scientifique............................................. 59

Construction de partenariats socio-économiques et de coopérations institutionnelles.............. 65

Production de connaissances opérationnelles et de méthodes pour l'action ..............................66

Expertise collective.................................................................................................................... 67

C- Enseignement et formation par la recherche.......................................................................... 68

Responsabilités dans des écoles doctorales ............................................................................... 68

Formation par la recherche ........................................................................................................ 68

Thèses et stages encadrés dans l'unité ....................................................................................... 69

D- Diffusion de l’information et de la culture scientifique et technique ................................... 71

E- Formation permanente des personnels de l’unité .................................................................. 72

Annexes ........................................................................................................................................... 73

INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 4 sur 79


A- Rapport scientifique

Contexte et missions de l’unité L’Unité de recherche en productions végétales (URPV) est une unité pluridisciplinaire de l’INRA Antilles-Guyane, et regroupe des équipes de deux départements de recherche :

Génétique & Amélioration des Plantes, Santé des Plantes & Environnement.

Les objectifs partagés sont de maîtriser la dynamique des interactions génotypes-bioagresseurs dans les systèmes de culture de diversification* en zone tropicale humide, et de gérer les ressources biologiques pour adapter les plantes cultivées aux contraintes du milieu. Nos missions sont à la fois de produire des connaissances dans le cadre d’une agriculture à moindres intrants, et d’accompagner le développement et le transfert de procédés au bénéfice des partenaires de l’agriculture.

* systèmes de diversification : autres que les grandes cultures (canne, banane), non intensifs

Historique L’URPV est issue de la fusion en 1993 de 4 unités de recherche :

Zoologie, Pathologie végétale, Amélioration des plantes, Physiologie végétale

Cette fusion administrative a été conduite de façon simultanée avec un regroupement physique au sein d’un nouveau bâtiment. Les sept années qui ont suivi ont permis, grâce à une direction novatrice1, la transition d’une juxtaposition de nombreux programmes sans cohésion véritable, vers un projet d’unité permettant de mieux valoriser les ressources humaines en présence.

La dernière évaluation de l’unité remonte à fin 2001, et a abouti au montage d’un projet scientifique relativement ambitieux, validé par la hiérarchie. Les thèmes alors retenus étaient les suivants :

i) Ressources phytogénétiques (connaissance, préservation, valorisation) ii) Adaptation au milieu abiotique (fonctionnement de la plante et tolérance aux stress) iii) Résistance aux bioagresseurs (facteurs génétiques, mécanismes et durabilité) iv) Epidémiologie et protection intégrée Innovations variétales et pratiques culturales

L’année 2002 a constitué une époque charnière, du fait du changement de la direction, du départ de plusieurs chercheurs, et de l’échec de recrutement de deux chargés de recherche. De ce fait, la direction scientifique a souhaité que nous prenions le statut d’unité en évolution, et que nous nous recadrions sur des objectifs en meilleure adéquation avec nos moyens humains. A partir de 2003, l’unité s’est donc engagée dans une animation de fond, visant d’une part à définir les questions et objets de recherche fédérateurs, et d’autre part à construire les partenariats qui pouvaient nous permettre de conforter durablement notre position. Par le biais de différents séminaires inter-organismes, animations scientifiques avec les départements de tutelle et avec l’Unité Agropédoclimatique (URAPC, une autre unité du Centre), nous avons bâti notre projet avec la stratégie suivante :

Entrer dans une dynamique de centre de ressources biologiques (CRB) ‘Plantes tropicales et pathogènes associés’, avec des équipes du CIRAD.

Construire un projet scientifique sur l’élaboration de systèmes de culture innovants à base d’ignames, avec l’URAPC.

Parallèlement à ces deux projets fédérateurs qui ont effectivement commencé en 2006, nous avons clos ou poursuivi les travaux sur :

1 Alain Kermarrec, qui a rejoint trop tôt l’autre côté du chemin


Les interactions plantes/bioagresseurs/facteurs abiotiques dans les pathosystème Bemisia2/bégomovirus/plantes maraîchères, et Anthracnose/Igname D. alata.

La diversité de deux espèces cultivées (maïs tropicaux et igname D. trifida) et leur adaptation aux facteurs biotiques et abiotiques

L’écologie des nématodes entomopatghogènes. L’innovation variétale et la lutte biologique.

Nous avons choisi de présenter notre bilan sur l’ensemble de la période 2002-2008, en développant à la fois les résultats de recherche, et ceux liés à la construction scientifique en partenariat.

Enjeux sociétaux Notre unité fait partie du Centre INRA Antilles-Guyane, elle est située en Guadeloupe. Cette position tropicale insulaire nous offre un champ expérimental étendu, malgré la petite taille du territoire concerné. La diversité des paysages et des écosystèmes est telle que cette île constitue un microcosme du monde tropical humide. Des écosystèmes naturels de grande valeur patrimoniale, labellisés, jouxtent des systèmes cultivés, également diversifiés. On observe un continuum de situations à différents niveaux :

i) celui des types de productions, qui vont des grandes cultures destinées à l’export, aux cultures maraîchères et vivrières dédiées au marché local,

ii) celui des types d’agriculteurs, allant des plus spécialisés, avec un fort niveau de technicité et d’organisation, à ceux qui diversifient leurs productions et sont peu organisés,

iii) celui des niveaux d’intensification, importants en culture bananière et maraîchère, plus limités en culture de canne à sucre et vivrière.

L’intensification de certaines productions est relativement récente, ce qui a généré des problèmes phytosanitaires et agronomiques, face auxquels les agriculteurs sont désarmés. L’emploi des produits phytosanitaires n’a résolu que très partiellement les problèmes, et a parfois généré de graves pollutions. On se trouve donc dans la même situation qu’en Europe ‘continentale’, avec la nécessité politique et environnementale de limiter fortement le recours aux pesticides de synthèse.

Les enjeux socio-économiques sont donc à la fois d’arriver à augmenter les niveaux de production de certaines espèces cultivées, de diversifier les productions pour tendre vers plus d’autosuffisance alimentaire, et de développer des systèmes de culture économes en intrants. Nos recherches ne s’adressent pas qu’aux producteurs des Antilles françaises, elles doivent être suffisamment génériques pour intéresser le monde des tropiques humides.

Enjeux et positionnement scientifiques Les Antilles françaises sont reconnues pour héberger une importante biodiversité, notamment dans les groupements végétaux peu modifiés par les hommes, qui jouxtent les systèmes cultivés. A cette diversité naturelle est associée une diversité d’espèces introduites et/ou cultivées. L’ensemble de ces écosystèmes naturels et cultivés héberge nombre d’invertébrés et de micro-organismes qui interagissent entre eux et avec les espèces végétales. Le climat chaud et humide permet des cycles de culture tout au long de l’année, et favorise le développement rapide des maladies et ravageurs. Par ailleurs, la situation d’archipel favorise les introductions accidentelles des bioagresseurs, au gré des échanges commerciaux et touristiques.

Il est donc important d’acquérir des connaissances sur la diversité, à différents niveaux :

i) diversité des plantes cultivées et des espèces sauvages apparentées, ii) diversité des bioagresseurs, iii) diversité et écologie de la faune auxiliaire associée aux bioagresseurs.

2 Insecte vecteur de virus

Rapport scientifique - Contexte, missions, stratégie


Ces connaissances sont nécessaires si on souhaite développer des méthodes de lutte basées sur la résistance variétale ou l’utilisation d’organismes bénéfiques.

Parallèlement, les interactions entre plantes cultivées, bioagresseurs et facteurs du milieu (climat, pratiques culturales…) doivent être étudiées pour connaître les facteurs génétiques de résistance des plantes aux bioagresseurs, et pour déterminer les facteurs-clés du développement des épidémies. L’intégration de ces connaissances doit permettre d’alimenter la réflexion sur la mise en place de nouveaux systèmes de cultures à moindres intrants.

Le positionnement de notre unité en zone tropicale fait que nos objets d’étude sont dans certains cas peu connus ou étudiés par d’autres équipes dans le monde, ce qui souligne l’importance d’acquérir des connaissances de base sur la diversité, l’écologie ou la génétique des espèces concernées.

Ces enjeux scientifiques se traduisent par un positionnement à différents niveaux dans les schémas stratégiques de nos départements (tableau ci-dessous).

Département

Champ thématique Objectif ou sous-champ Déclinaison unité

Etiologie, diagnostic et systématique des agents pathogènes et des ravageurs

Chez les bioagresseurs et auxiliaires : Identification (veille phytosanitaire), mise au point de méthodes de diagnostic, étude de la diversité génétique

Connaissance des bioagresseurs et mécanismes des épidémies (CT3)

Epidémiologie et dynamique des populations

Recherche des facteurs-clés du développement des épidémies et des populations de ravageurs

SPE3

Stratégies et méthodes de gestion des contraintes biotiques dans les écosystèmes (CT4)

Contribuer à l’élaboration des méthodes alternatives à l’utilisation actuelle des pesticides

Conception et évaluation en partenariat de méthodes de protection intégrée

Connaissance, gestion et exploitation de la diversité des espèces cultivées et de leurs apparentées (CT1)

Renouveler les stratégies de gestion et de valorisation de la diversité génétique

Evaluation de la diversité phénotypique et génotypique d’espèces végétales, dans le cadre d’un CRB Plantes tropicales

Connaissance des génomes végétaux : structure et fonctionnement (CT2)

Déterminants génétiques, physiologiques et moléculaires de caractères cibles chez quel-ques espèces agronomiques

Etude des résistances d’espèces cultivées aux bioagresseurs, et de leur adaptation aux contraintes du milieu physique

GAP4

Innovations variétales : construction, impacts et modalités de gestion (CT3)

Construction et évaluation en partenariat de variétés diversifiées et résistantes aux maladies

Recommandations suite à la précédente évaluation

La commission d’évaluation soulignait différents points de vigilance :

Production scientifique hétérogène selon les équipes, et globalement insuffisante. Cloisonnement disciplinaire et organisationnel trop important. Fragilité de l’unité suite à des départs annoncés.

Deux lettres de mission ont été adressées à la direction (voir en annexe), intégrant les conclusions de l’évaluation collective. En voici un résumé :

3 Santé des Plantes & Environnement 4 Génétique & Amélioration des Plantes


2002

… fédérer les forces de recherche existantes (à l’INRA et hors INRA, notamment au CIRAD) et répondre à l’attente des acteurs locaux. … pendant cette période de réflexion stratégique [2003-2005], … l’Unité mène à bien les projets dans lesquels elle est engagée et pour lesquels elle dispose encore de suffisamment de forces… en stimulant au maximum les synergies avec le CIRAD.

Programmes ‘Diversité génétique & innovation variétale’ (GAP) Programmes Maïs en forte régression avec le départ de C. Welcker

� transférer le programme ‘sols acides’ à l’unité APC. � valoriser le programme résistance aux noctuelles (publication, transfert du matériel

biologique). Programmes Igname restent une priorité

� analyse diversité D. trifida à mener à son terme. � programme D. alata en panne, faute de moteur interne, à développer avec le

CIRAD. Les programmes d’innovation variétale doivent être formalisés. L’échéancier et les moyens à mobiliser doivent être identifiés, pour évaluer leur intérêt et leur faisabilité.

Programme ‘Interactions Bemisia/bégomovirus/plantes maraîchères’ (SPE-GAP) Reste une priorité et doit être mené à son terme dans les deux ans, sur les aspects :

� effets des facteurs biotiques et abiotiques sur les populations de Bemisia. � épidémiologie du couple vecteur/virus sur la tomate. � génétique de la résistance de la tomate aux bégomovirus.

Programme ‘Biologie des populations et épidémiologie’ (SPE) � poursuivre le programme ‘Ecologie des populations de nématodes

entomopathogènes’, sans négliger les opportunités de valorisation en lutte biologique.

� poursuivre le programme ‘Epidémiologie de l’anthracnose’ (incluant l’étude de la diversité génétique de l’agent pathogène), et travailler avec l’URAPC sur l’interface épidémiologie-écophysiologie dans un objectif de compréhension de la nuisibilité.

� être attentifs aux démarches d’agronomie systémique qui se développent à l’URAPC et proposer une contribution à un projet partagé.

… décloisonner les thématiques et modèles biologiques, en développant projets intégratifs et en mettant en place une animation scientifique élargie au CIRAD. 2007

Projet intégré Ignames � en lien avec l’URAPC, poursuivre la construction d’un projet de recherche intégré

sur la thématique ‘Systèmes de culture igname’. � veiller au sein de l’unité au rapprochement des équipes GAP et SPE travaillant sur

la résistance de l’igname à l’anthracnose et sur l’épidémiologie de cette maladie. � poursuivre le dialogue avec les chercheurs travaillant sur l’igname au CIRAD,

notamment sur la durabilité des résistances.

Centre de Ressources Biologiques � poursuivre les efforts en terme d’AQR dans le projet de ‘CRB Igname’ dans le

cadre plus large d’un CRB Plantes tropicales. � veiller au respect des mesures de suivi du transfert de matériel végétal, pour éviter

toute diffusion non intentionnelle de matériel de mauvaise qualité sanitaire.

Valorisation du matériel végétal � appuyer les efforts de valorisation du matériel obtenu ou en cours d’obtention.



Stratégie scientifique et partenariale de l’unité Pour atteindre les objectifs finalisés que sont la diversification des gammes variétales et la mise au point de méthodes de protection intégrée contre les bioagresseurs des cultures, nous avons axé nos objectifs scientifiques sur deux thèmes : la diversité des ressources biologiques, et les interactions plantes-bioagresseurs-facteurs du milieu.

Le premier thème vise à la fois de conserver un patrimoine acquis depuis des dizaines d’années, et de mieux le caractériser à des fins de valorisation directe (variétés, agents de lutte biologique), ou d’amélioration génétique pour des caractères d’adaptation à des milieux, dans le contexte des systèmes de culture. Cet objectif s’appuie en partie sur une démarche de Centre de Ressources Biologiques, qui vise à conserver, caractériser et diffuser les ressources. Nous avons limité les objets d’étude au Maïs (peu cultivé aux Antilles françaises, sauf dans les jardins vivriers, mais présentant des ressources biologiques caraïbes originales), aux Ignames (expertise sur ce genre, ressources diversifiées, questions scientifiques originales) et aux nématodes entomopathogènes (questions scientifiques originales sur leur écologie, fort potentiel de valorisation).

Le second thème vise à mieux comprendre le fonctionnement des pathosystèmes. Nous avons choisi de nous intéresser à la fois aux facteurs de résistance aux bioagresseurs, ou d’adaptation aux contraintes abiotiques, et aux déterminants du développement des épidémies dans les systèmes de culture. Les deux approches nous paraissent nécessaires pour envisager à terme des méthodes de protection ou production intégrées.

Différentes étapes sont à franchir dans notre contexte :

Sur le thème des ressources biologiques

Inventorier, définir une stratégie de collecte des ressources et documenter les collections Comprendre l’organisation de la diversité et la dynamique de son évolution Optimiser les méthodes de gestion et d’utilisation des ressources génétiques

L’inventaire des ressources phytogénétiques tropicales mises en collection aux Antilles, ainsi que des variétés traditionnelles et des savoirs liés, s’inscrit dans une démarche de préservation de la diversité indigène ou introduite. Des bases de données doivent être élaborées, à la fois sur des objectifs de gestion des collections, et d’intégration des ressources locales aux dispositifs nationaux.

Les modèles biologiques privilégiés sont les populations traditionnelles de maïs des Caraïbes et les ignames indigènes d’Amazonie, qui sont complémentaires par leur biologie, leur mode de dissémination et leur biotope.

Chez les populations traditionnelles de maïs des Caraïbes, les déterminants de la structure de la diversité en milieu insulaire et les conditions du maintien des adaptations locales ne sont pas connus. Leur étude permettra de définir des méthodes d’échantillonnage pour le maintien de la diversité caribéenne et, plus généralement, pour la collecte des populations insulaires. Ces travaux devraient conduire à la constitution de pools de populations ouvrant ainsi des possibilités de gestion dynamique de la diversité. Ils fourniront des bases de raisonnement pour l’élargissement de la base génétique en sélection du maïs.

La collecte dans la zone de diversification et la caractérisation de la diversité des ignames américaines (clones domestiqués et formes sauvages) doivent permettre d’appréhender l’organisation de la diversité et sa dynamique induite par les échanges entre les compartiments sauvages et cultivés. La diversité du cortège de pathogènes associés à ces ignames doit être étudiée afin de comprendre la cause de l’érosion de la diversité observée aux Antilles. L’ensemble des résultats permettra de définir des voies d’amélioration de l’espèce.


Pour progresser sur la connaissance des ressources biologiques, il faut évaluer le potentiel de nos collections de plantes cultivées et d’auxiliaires naturels. Notamment, il faut préciser l’importance et l’intérêt de la diversité, ainsi que sa structuration. Pour cela, il est nécessaire de développer des outils moléculaires de marquage des accessions ou isolats, en partenariat avec des équipes de l’Hexagone (UMR DAP pour le développement de marqueurs microsatellites sur Igname, UMR Interactions biotiques et Santé Végétale pour les sondes d’ADN satellite et les ITS et CBGP pour les ITS et microsatellites de nématodes entomopathogènes).

Pour faire connaître nos ressources, rassembler des informations sur les ressources d’autres instituts, et dans certains cas les héberger, nous jouons un rôle moteur dans le réseau Caraïbe des ressources génétiques (CAPGERNET). Nous participons aux animations du Global Crop Diversity Trust (bailleur de fonds) et avons établi des liens avec le Central Tuber Crops Research Institute en Inde et avec l’Institut Agronomique Néo-Calédonien.

Pour nous mettre en capacité de diffuser du matériel végétal, ce qui passe principalement par la maîtrise ou la mise au point des méthodologies d’assainissement, nous développons le partenariat avec le CIRAD de Montpellier sur les méthodes de diagnostic viral et de thermothérapie. Nous travaillons aussi avec l’IRD de Montpellier sur le développement de la cryothérapie.

Sur le thème des interactions plantes-bioagresseurs-facteurs du milieu

Nous nous sommes penchés principalement sur deux pathosystèmes. Le premier correspond à un problème émergent en zone tropicale (Bemisia tabaci et les virus transmis sur cultures maraîchères), et le second, à une maladie de l’igname Dioscorea alata (l’anthracnsoe), considérée au niveau mondial comme un des principaux facteurs limitant la production.

Etapes pour l’étude de la résistance aux bioagresseurs

Comprendre l’organisation sur le génome des facteurs de résistance Comprendre le mode d’action de ces résistances, repérer les modes spécifiques et

aspécifiques Proposer des constructions génétiques des résistances, raisonnées pour une meilleure

durabilité

Pour les deux pathosystèmes, la stratégie consiste à construire des populations en ségrégation pour la résistance aux pathogènes considérés, afin de réaliser une analyse génétique. Les questions de recherche portent sur les types de résistances observées (quantitative vs mono ou oligogéniques), et sur les composantes de ces résistances, en lien avec les différentes étapes des processus épidémiques. Pour ces analyses, il est nécessaire de développer des outils de phénotypage (méthodologie pour quantifier les résistances) adaptés à la diversité de l’agent pathogène, ainsi que des marqueurs moléculaires de résistance. Nous avons mis en place un partenariat avec l’INRA d’Avignon (GAFL) et d’Angers (UMR GenHort), qui ont des compétences fortes sur la thématique de durabilité des résistances et sur la génétique des espèces polyploïdes.

Pour l’agent pathogène de l’anthracnose, il était nécessaire de progresser sur la connaissance de sa diversité génotypique et phénotypique. D’où les questionnements suivants : la diversité des populations de l’agent pathogène est-elle importante ? Est-elle structurée par le génotype de la plante-hôte ? Quels sont la virulence et le pouvoir pathogène des différents isolats sur la collection de référence d’ignames ? Ceci permettra de constituer une gamme d’hôtes différentielle pour les études de génétique de la résistance. Ces études de diversité ont été menées en partenariat avec l’INA-PG.

Dans l’optique de déployer des variétés à résistance durable, il faut évaluer quelle est la réponse de la population du pathogène au déploiement d’une variété résistante. Les QTL mis en évidence par des tests en conditions contrôlées sont-ils valides au champ, et la résistance est-elle stable dans le temps ?



Etapes pour les études épidémiologiques

Rechercher les facteurs-clés du développement des épidémies ou des populations de bioagresseurs

Construire des modèles de développement des épidémies et pullulations selon les paramètres écologiques du milieu et les conditions agroenvironnementales à la parcelle, afin de prévoir les situations à risque.

Construire et évaluer des méthodes de protection intégrée. Selon les modèles étudiés, le niveau d'approche et la stratégie diffèrent. Systèmes maraîchers / Bemisia / bégomovirus. La stratégie est de travailler i) à l'échelle du pathosystème Bemisia/bégomovirus/tomate, et ii) à l'échelle du système maraîcher cucurbitacées-solanées. Pour le vecteur Bemisia tabaci, il est nécessaire de modéliser la dynamique de populations en fonction des paramètres biotiques et abiotiques. Pour les bégomovirus, les parties modélisation et construction de méthodes de lutte intégrée ont été réalisées dans le cadre d'un projet européen (INCO, partenariat NRI). L'approche de protection intégrée en systèmes maraîchers cucurbitacées-solanées a été conduite en partenariat avec l’URAPC et l’Unité expérimentale. Après la phase de modélisation, des systèmes doivent être évalués expérimentalement. Les retombées seront des recommandations pour encourager les sites favorables aux auxiliaires, limiter les transferts d’insectes et/ou de virus entre parcelles, et créer au niveau de la parcelle des conditions limitant le développement et l’impact de la maladie.

Igname / Anthracnose. Chez ce pathosystème, les connaissances de base manquent sur les phases du cycle épidémique et sur les déterminants de l’incidence et la nuisibilité des maladies.

Après avoir identifié les sources d’inoculum et les facteurs de développement de la maladie, les modes de colonisation de la plante et de la parcelle par l’agent pathogène devront être décrits. L’impact sur le rendement et la qualité des tubercules-semences doit être évalué. Les retombées pourront être la définition d’un seuil de nuisibilité, et d'itinéraires techniques (critères de choix de la variété, de la date de plantation...). Un partenariat a été mené avec l’URAPC sur l’écophysiologie et la modélisation, et avec l’UMR BiO-3P de Rennes pour l’épidémiologie

Représentation des différents types de partenariat

La figure page suivante donne une représentation schématique de notre partenariat, décliné selon différents pôles. Il en ressort des partenariats scientifiques nationaux relativement nombreux, qui confortent nos approches. Certains partenariats plus stratégiques sont encore à développer, notamment avec l’Université Antilles-Guyane, pour nous permettre une réelle insertion dans l’enseignement supérieur, et au niveau international, surtout dans le domaine de la gestion des ressources biologiques.

Les partenariats avec les usagers ont été développés pour répondre à l’attente des acteurs locaux, notamment en matière de lutte biologique et de création variétale. En Guadeloupe, Martinique et Guyane, nous sommes maintenant bien reconnus par les Chambres d’Agriculture, pour notre implication dans les projets de transfert et/ou de recherche appliquée. Nos liens avec le groupement des producteurs d’igname de Guadeloupe sont forts et historiques, l’unité ayant été à l’origine de sa création. Ceci nous permet d’avoir une vision souvent actualisée de la demande, et de pouvoir la reformuler et éventuellement la traduire en opérations de recherche. Ces types de partenariats avec les autres socioprofessionnels est peu développé, du fait du manque de structuration des filières horticoles dans les départements français d’Amérique.

Pour ce qui est de notre partenariat avec les Politiques/bailleurs, nous avons pu bénéficier de fonds structurels européens réservés aux régions en retard de développement. Cette situation ne perdurera pas au-delà de 2013, et nous devons d’ores et déjà nous préparer à répondre davantage aux appels à projets du PCRD et de l’ANR.


Représentation schématique des principaux partenariats.

UR Génétique Fruits & Légumes Avignon INRA

Pôle 3P La Réunion CIRAD

UMR Génétique & Horticulture Angers INRA

UMR Bio3P Rennes INRA

UR Agropédo-climatiqueGuadeloupe INRA

UPR Amélio Plantes multiplication végétativeGuadeloupe CIRAD

Pôle Recherche AgronomiqueMartinique CIRAD

UMR UMII Montpellier INRA UMR Biologie & Gestion

Pop Invertébrés Montpellier CIRAD

NRI Royaume-Uni

UMR DAP Montpellier CIRAD

UMR Diversité & Génome Plantes Cultivées Montpellier INRA

Université Antilles-GuyaneGuadeloupe

Labo Riz Montpellier CIRAD

Conservatoire BotaniqueGuadeloupe

IITA Nigeria

Unité

Pôle Science

Pôle Usagers

Pôl

e T

echn

olog

ie

Pôle P

olitiques & R

églementation

Groupement Producteurs Ignames

Guadeloupe Chambres AgricultureGroupement

Arboriculteurs Guadeloupe Pôle Excellence

Rural Martinique Groupement Fleurs Guadeloupe

Distributeur phytoAgro-Antilles

Guadeloupe

Entreprise La Teigne Dorée

MétropoleRégion Guadeloupe

MESRMOM

ODEADOM

Global CropDiversity Trust

SPV

ANR

DG UE

Nématodes entomopathogènes

Systèmes Ignames

Ressources biologiques

UR Génétique Fruits & Légumes Avignon INRA

Pôle 3P La Réunion CIRAD

UMR Génétique & Horticulture Angers INRA

UMR Bio3P Rennes INRA

UR Agropédo-climatiqueGuadeloupe INRA

UPR Amélio Plantes multiplication végétativeGuadeloupe CIRAD

Pôle Recherche AgronomiqueMartinique CIRAD

UMR UMII Montpellier INRA UMR Biologie & Gestion

Pop Invertébrés Montpellier CIRAD

NRI Royaume-Uni

UMR DAP Montpellier CIRAD

UMR Diversité & Génome Plantes Cultivées Montpellier INRA

Université Antilles-GuyaneGuadeloupe

Labo Riz Montpellier CIRAD

Conservatoire BotaniqueGuadeloupe

IITA Nigeria

UnitéUnité

Pôle Science

Pôle Usagers

Pôl

e T

echn

olog

ie

Pôle P

olitiques & R

églementation

Groupement Producteurs Ignames

Guadeloupe Chambres AgricultureGroupement

Arboriculteurs Guadeloupe Pôle Excellence

Rural Martinique Groupement Fleurs Guadeloupe

Distributeur phytoAgro-Antilles

Guadeloupe

Entreprise La Teigne Dorée

MétropoleRégion Guadeloupe

MESRMOM

ODEADOM

Global CropDiversity Trust

SPV

ANR

DG UE

Nématodes entomopathogènes

Systèmes Ignames

Ressources biologiques

Rapport scientifique


Présentation et analyse des résultats

Projet stratégique de l’unité

Entre 2004 et 2006, nous avons conduit une phase d’animation avec les scientifiques de l’unité et de l’unité APC d’une part, et avec ceux du CIRAD d’autre part, sur les deux thématiques que nous souhaitions développer :

L’approche systémique en protection intégrée des cultures Cette animation a permis une appropriation progressive des concepts par les acteurs, et une définition plus précise des objectifs et objets d’études à partager. A l’issue de cette phase de construction, un projet a été élaboré et certaines actions sont mises en œuvre depuis 2006. Il est intitulé ‘Production intégrée d’ignames - Vers l’élaboration de systèmes de culture innovants’. Ce projet pluridisciplinaire mobilise environ les deux tiers des forces scientifiques et techniques des deux unités, ainsi que de l’unité expérimentale associée. L’objet de recherche central est le pathosystème Igname (Dioscorea alata) / Anthracnose (Colletotrichum gloeosporioides), et ses principaux objectifs sont i) d’établir un diagnostic agronomique sur les facteurs limitant la production chez l’espèce D. alata, ii) de modéliser le fonctionnement de la plante saine et malade, iii) de modéliser le développement des épidémies en fonction des paramètres climatiques, de la résistance et de l’architecture de la plante, et des pratiques culturales. L’ensemble de ces questionnements doit alimenter le cœur du projet, à savoir la conception de systèmes innovants appropriables. Sur la base de ce projet, des renforcements en compétences scientifiques se sont concrétisés en 2006 (recrutement d’un épidémiologiste à l’URPV) et en 2007 (recrutement d’un agronome système à l’URAPC). Pour la présentation des résultats de l’unité, nous rapporterons l’ensemble des travaux conduits sur l’igname D. alata à ce projet fédérateur, bien qu’il ne soit que partiellement mis en place.

Les ressources phytogénétiques tropicales Une réflexion a été conduite entre 6 équipes du CIRAD de Guadeloupe, Martinique et notre équipe INRA de Guadeloupe, pour jeter les bases d’un projet de Centre de Ressources Biologiques de Plantes tropicales. Un projet a été élaboré, et accepté pour financement fin 2004, dont les objectifs principaux étaient i) la mise en place d’un système d’information ouvert et partagé sur les ressources phytogénétiques disponibles, et ii) le développement d’une démarche qualité permettant à terme une accréditation du dispositif. Ce projet a été piloté jusqu’en 2007 par notre unité.


Ecotypes de maïs de la Guadeloupe.

Rapport scientifique – Résultats


Diversité et adaptation des maïs tropicaux

2002-2004, C. Welcker (IR), J. Félicité (AI), J.-P. Cinna (AI UE) R. Bonhomme (DR), J. Sierra (DR), H. Ozier-Lafontaine (CR) (URAPC)

Financé par PR1, PR2

Contexte et objectifs

En zone tropicale, la production de maïs est encore majoritairement réalisée dans des systèmes traditionnels à faibles niveaux d’intrants. Plus du tiers des récoltes est anéanti par des insectes, Par ailleurs, du fait d’une demande croissante et d’une production intensive pratiquée par les pays leader de cette zone (Brésil), une part grandissante de la production doit s’établir sur des sols acides. L’INRA, en partenariat avec le CIRAD, avait mis en place ce programme de recherche visant à i) comprendre l’organisation de la diversité génétique des maïs de la Caraïbe (travaux en partenariat avec les équipes DGAP du Moulon et de Montpellier), ii) déterminer les bases génétiques de la résistance aux noctuelles défoliatrices (Spodoptera frugiperda) et s’attaquant aux épis (Helicoverpa zea), et iii) identifier les facteurs génétiques, morphologiques et nutritionnels d’adaptation du maïs aux contraintes des sols acides tropicaux (toxicité aluminique). Réalisations

Un audit du programme a été réalisé en 2002. Il a permis de faire le point sur les trois projets en cours, en vue de préciser ce qui pouvait être rapidement valorisé sous forme de publications et de proposer un recentrage réaliste du programme, compte tenu de la reconfiguration de l’équipe Maïs (départ annoncé du chercheur).

Suite à l’audit, les travaux sur l’effet de l’hétérosis sur l’adaptation locale des populations ont été poursuivis dans le cadre d’un projet BRG, et ont été publiés (ACT13, ACL6 ). Par ailleurs, les travaux issus de la collaboration avec les équipes de métropole sur la génétique de la sensibilité à la photopériode ont été menés à leur terme et publiés (ACL2 ). En parallèle, l’analyse moléculaire d’accessions de la collection, dans le cadre plus large d’une analyse de populations européennes et américaines, a permis de confirmer l’importance des ressources biologiques de la Caraïbe, et de mieux comprendre l’histoire de l’introduction et de la dissémination du maïs en Europe (ACL3 ).

Les travaux sur l’adaptation aux sols acides ont donné lieu à une publication (ACL1 ). Puis, ils ont été transférés à l’URAPC, en mettant l’accent sur la nutrition minérale. Ils ont permis de montrer que, bien que la tolérance des racines à la toxicité aluminique soit nécessaire à de bonnes performances de la culture en sols acides, le transfert des assimilats et des nutriments dans les parties supérieures de la plante joue un rôle majeur dans l’adaptation, et peut compenser en partie une faible tolérance racinaire (ACL4 ). Par ailleurs, les mécanismes expliquant les baisses de rendement dans les oxysols de Guadeloupe ont été élucidés : la biomasse racinaire est réduite, ainsi que les indices foliaires et l’interception de la lumière. L’assimilation de l’azote est également réduite mais elle peut être améliorée par la gestion du rapport ammonium/nitrates dans le sol. L’assimilation du phosphore, et la compétition entre tige et racine pour le phosphore absorbé chez les plantes jeunes contrôlent le développement foliaire (ACL5 ).

Le thème de la résistance aux insectes n’a pas été poursuivi, faute d’avoir pu trouver un montage pour impliquer une équipe d’entomologie, sur un programme de recherche de QTL de résistance.

L’ensemble des ressources biologiques disponibles a été inventorié, et une base de données constituée, incluant les informations agro-morphologiques sur les accessions. Le matériel le plus original, inscrit dans la Collection Nationale a été envoyé au CRB Maïs à Montpellier. Jusqu’en 2007, nous avons assumé la mission de réjuvénation des accessions tropicales pour le CRB, puis cette mission a été transférée à l’unité expérimentale au départ en retraite de l’AI de l’équipe. Ce programme Maïs est maintenant achevé.


Etude du pathosystème Bemisia tabaci – bégomovirus – plantes maraîchères. 1 : B. tabaci (adultes et jeunes), vecteurs de bégomovirus. 2 : symptômes de PYMV sur tomate. 3 : symptômes de TYLCV sur tomate. 4 : dispsositif d’inoculation contrôlée par vecteur.

1 2 3 4



Interactions Bemisia - bégomovirus - plantes maraîchères

2002-2005 C. Pavis (CR), N. Sauvion (IR), D. Lafortune (IE), C. Urbino (CIRAD) Financé par PR3, PR5, PR6

Contexte et objectifs

L’apparition dans les années 1990 d’un nouveau biotype de l’aleurode Bemisia tabaci a changé la donne phytosanitaire sur cultures maraîchères dans de nombreuses zones tropicales et sub-tropicales. Des dégâts directs sont causés aux Cucurbitacées, et de graves maladies virales sont transmises à la tomate. Le choix des modèles d’étude s’est porté sur le melon, pour la recherche de résistance à l’insecte, et sur la tomate, pour l’étude de l’épidémiologie de la maladie, la recherche de résistances et d’autres méthodes de protection intégrée. Pendant la période précédente, l’équipe a i) caractérisé les aleurodes présents en Guadeloupe, ainsi que le bégomovirus de la tomate, ii) identifié des sources et mécanismes de résistance chez le melon et la tomate et iii) défini des facteurs biotiques ou abiotiques ayant une influence sur la dynamique des populations du vecteur.

Les objectifs de cette deuxième phase du projet étaient les suivants : Conduire l’analyse génétique des résistances au vecteur chez le melon, et aux bégomovirus

chez la tomate. Modéliser la dynamique des populations du vecteur en fonction des facteurs biotiques et

abiotiques. Modéliser le développement épidémique à la parcelle, en relation avec différentes pratiques

culturales. Réalisations

Génétique des résistances

Des sources de résistance du melon à B. tabaci ont été identifiées au champ (ACL7 ). Des tests biologiques en conditions semi contrôlées ont permis de mettre au point une méthode de phénotypage de résistances quantitatives, et de choisir un géniteur pour la cartographie des résistances (ACL12). Dans une optique de combiner des résistances à une gamme de bioagresseurs, nous avons également analysé la résistance des descendants au puceron Aphis gossypii. Une population en ségrégation a été construite et phénotypée, et nous avons utilisé une carte génétique développée par l’INRA d’Avignon. Trois QTL à effets faibles (6 à 13% de la variation) ont été détectés pour la résistance à B. tabaci, sans co-localisation avec d’autres gènes majeurs de résistance. Pour la résistance à A. gossypii, 4 QTL expliquant de 4 à 16% de la variation ont été détectés, en lien avec une réduction de la ponte (AFF1).

Chez la tomate, des sources de résistance au PYMV et au TYLCV ont été identifiées chez des espèces sauvages (AFF2). Les plus forts niveaux de résistance aux deux virus ont été trouvés chez LA1969 (Solanum chilense), que l’on procède par inoculation par vecteur ou par greffage. Chez LA2187-5 (S. pimpinellifolium), la résistance au TYLCV est partielle, mais elle est très forte contre le PYMV. Une analyse des générations F1 et F2 chez cette accession indique l’existence d’une résistance récessive. Chez LA 1478 (S. pimpinellifolium), on obtient davantage de plants infectés par greffage, par rapport à une inoculation par vecteur. Nous posons l’hypothèse d’une résistance au vecteur, qui pourrait être également efficace contre d’autres bégomovirus (ACL8 ).


Modèle de dynamique des populations de B. tabaci, basé sur les facteurs climatiques et les populations de parasitoïdes (98 données). Valeurs mesurées : carrés, valeurs simulées : trait.

d BEM/dt = 13,78*TNS + 4,193*ES – 0,251*PS – 7,63*PARA – 0,379*BEM, avec r² = 0,532.

BEM : nombre de B. tabaci PARA : nombre de parasitoïdes.

TNS : température minimale seuillée à 23°C, ES : déficit de saturation, PS : cumul pluviométrique plafonné à 37 mm.

Rapport scientifique – Résultats – Bemisia


Epidémiologie et dynamique des populations

Cette partie a été réalisée dans le cadre d’un projet Européen INCO, avec des partenaires de la Caraïbe, et d’une AIP Protection Intégrée des Cultures menée avec l’URAPC et le NRI.

Transmission des virus Après le PYMV (ACL16), nous avons identifié et caractérisé un virus sur la tomate introduit au début des années 2000 aux Antilles françaises : le TYLCV (ACL13, ACL14, ACL17). Les paramètres de la transmission des deux bégomovirus ont été établis et comparés avec ceux d’autres virus de la tomate, en soulignant les implications en terme d’épidémiologie et de sélection (ACL8 ). Il apparaît que le TYLCV a des potentialités épidémiologiques plus fortes que le PYMV, et que les paramètres de transmission sont tels que la lutte chimique contre le vecteur ne peut permettre un contrôle satisfaisant de la maladie. Contrairement à ce qu’indique la littérature, ces bégomovirus n’ont pas été retrouvés chez d’autres espèces adventices ou cultivées, le seul réservoir de virus est donc la tomate.

Recherche des facteurs-clés du développement des populations de B. tabaci

La diversité des auxiliaires naturels (Hyménoptères parasitoïdes) contrôlant les populations de B. tabaci a été analysée (ACL11). Un travail sur les modèles dynamiques a été mené, basé sur des hypothèses de fonctionnement entre 2 ensembles constitués par ‘l’unité expérimentale’ et ‘l’extérieur’. Cette approche a permis d’identifier les paramètres climatiques clés, qui sont la température minimale, le déficit de saturation (effets positifs) et le cumul pluviométrique (effet dépressif). L’incrémentation du modèle avec les données de populations de parasitoïdes a permis une amélioration notable. L’analyse des données issues du parcellaire qui renseignent sur les pratiques culturales (traitements phytosanitaires, présence de barrières naturelles au vent des parcelles, surfaces exploitées en maraîchage) n’ont pas permis de montrer d’effet significatif sur les quantités d’aleurodes présents au niveau des parcelles maraîchères. Ces résultats ne sont pas encore publiés.

Recherche des facteurs-clés du développement des épidémies

Des enquêtes réalisées dans toutes les zones de production de tomate en Guadeloupe ont permis d’identifier les facteurs déterminants pour expliquer l’incidence de la maladie dans les parcelles, en utilisant des modèles généraux linéaires. La présence de parcelles de tomate infectées à proximité est liée à des incidences fortes. La présence de barrières physiques, ou de plantes non-hôtes de Bemisia à proximité des parcelles est liée à des incidences faibles.

Un dispositif expérimental a permis de construire un modèle de développement épidémique, et d’évaluer l’effet d’une barrière physique autour d’une parcelle. Parallèlement, un dispositif de suivi des inoculum primaires, avec détection spécifique des deux virus, a permis de collecter des données de référence. La progression de la maladie est ajustée par un modèle logistique, dont les paramètres varient avec la pression d’inoculum primaire initiale, et avec le type de protection de la parcelle (ACL9 ).

Ces résultats ont été transférés aux professionnels, en soulignant l’importance des pratiques culturales pour limiter l’incidence de la maladie (ACT10, ACT14).


Zone de culture sur abattis en Guyane, où formes sauvages et cultivées de D. trifida peuvent cohabiter.



Collecte et analyse de la diversité de l’igname D. trifida et des virus associés

2002-2004, 2007-2008 M. Bousalem (Post-doctorant), R. Arnolin (IE) Financé par PR7

Contexte et enjeux Depuis les années 1960-1970, la culture de l'igname indienne, Dioscorea trifida, est en forte régression aux Antilles et en Guyane. Les pertes de rendements occasionnés par les potyvirus font que cette espèce, pourtant considérée de grande qualité, est délaissée au profit des espèces d’ignames d’origine Africaine et Asiatique. Les travaux de sélection réalisés par l’INRA Antilles-Guyane n’ont pas permis d’obtenir des niveaux de résistance suffisants aux virus. Cependant, la première collection de D. trifida de l’INRA souffre de l'absence de matériel sauvage. La valorisation des ressources génétiques de D. trifida, de même que la rationalisation de leur conservation, se heurtent aussi à un manque de connaissances sur la génétique de l’espèce, sur les relations génétiques entre formes sauvages et cultivées et sur l’importance de la diversité intra- et inter variétale. Aujourd’hui, les signes d'une érosion génétique pour D. trifida dans son centre d’origine sont déjà observables. Face à ces enjeux, il a paru important de démarrer un programme de collecte et d’analyse de la diversité de Dioscorea trifida et de son cortège de virus, en association avec l’UMR DGPC5 de Montpellier, en collaboration avec l’IRD et le CIRAD.

Le problème de D. trifida n’est pas limité à la question d’érosion de la diversité génétique sous pression virale ; au-delà des impératifs économiques du moment, cette diversité doit être préservée à long terme, et sa dimension culturelle maintenue en tant qu’élément constitutif du patrimoine collectif. Le problème relève aussi de la nécessité d’une diversification des cultures, essentielle à la promotion d’une agriculture durable en zone tropicale.

Objectifs

Compléter la collection de D. trifida par des prospections et l’établissement d’une collection vivante représentative de la diversité génétique de D. trifida en Guyane

Développer des outils moléculaires pour analyser la diversité génétique Acquérir des connaissances en cytogénétique, en vue d’interpréter les patrons de diversité

moléculaire et de l’amélioration génétique Analyser la diversité génétique de D. trifida et des virus associés

Réalisations

Prospection, collecte, établissement d’une core collection vivante et conservation in vitro

Des collectes ont été réalisées en Guyane en collaboration avec la Chambre d’Agriculture de Guyane (ACL27). La stratégie d’échantillonnage a été basée sur l’environnement éco-géographique, les groupes ethniques, le type d’agriculture et le flux des échanges. Les récoltes d’échantillons d’organes secs (graines, feuilles séchées) ont permis d’avoir accès à un échantillonnage important pour des études ciblées (diversité intra-variétale, diversité dans les villages, comparaisons entre ethnies, flux de gènes…) tandis que les tubercules en nombre limité (229 accessions collectées) ont servi à établir une collection vivante. Les Dioscorea sauvages ont aussi été collectées afin d’étudier les proximités génétiques avec la forme cultivée de D. trifida. Cent dix accessions de D. trifida ont été introduites in vitro et maintenues dans la collection INRA, qui couvre l’environnement humain et éco-géographique de la Guyane, considéré comme représentatif de l’origine Amazonienne de D. trifida. 5 Diversité et Génome des Plantes Cultivées


Développement des marqueurs microsatellites nucléaires

Nous avons développé les outils moléculaires nécessaires à la suite du programme (ACL32). Nous avons isolé et caractérisé huit loci microsatellites chez D. trifida. Ces loci se sont avérés être polymorphes chez les accessions cultivées. Ces marqueurs sont transférables à d’autres Dioscorea.

Connaissance de la cytogénétique de D. trifida

Cette étape est nécessaire à l’interprétation des patrons de diversité moléculaire et de l’amélioration génétique. L’analyse de la ségrégation de marqueurs microsatellites et l’utilisation de la méthode bayésienne ont permis de démontrer l’autotétraploïdie de D. trifida, jusque-là supposée octopolyploïde (ACL26). C’est la première étude mettant en évidence ce type de ploïdie chez le genre Dioscorea. Nous avons mis en évidence un seul niveau de ploïdie de 4X et le comptage chromosomique révèle 80 chromosomes. Les analyses de ségrégation et de cytogénétique concordent et mettent en évidence un nouveau nombre de base de chromosomes X= 20. D. trifida a été considérée comme octopolyploïde sur la base d’un nombre de base de chromosomes de 10. Chez les ignames, les nombres chromosomiques de base de 9 et 10 sont très largement acceptés et servent de référence à la détermination du niveau de ploïdie. Nos résultats remettent en cause cette hypothèse.

Découverte de la forme sauvages apparentées de D. trifida

L’identification et la caractérisation des formes sauvages d’une espèce permettent de connaître les facteurs évolutifs qui sont à l’origine de la diversité observée. Ces connaissances sont nécessaires à la compréhension de l’histoire évolutive d’un complexe sauvage-cultivé, du processus de domestication, éléments nécessaires à l’exploitation des ressources génétiques. On ignore tout de la domestication de D. trifida et aucune forme sauvage n’a été reportée jusqu’à présent. Il n’y a par ailleurs, aucune donnée significative permettant d’établir avec précision le centre d’origine et de diversification de cette espèce.

Nous avons découvert la forme sauvage de D. trifida et caractérisé les premiers éléments de sa génétique (soumis). La diploïdie de ces accessions a été démontrée par comparaison avec les autotétraploïdes cultivées. En situation de sympatrie, nous avons pu mettre en évidence une zone de contact et d’hybridation entre forme sauvage et cultivée. Cette configuration originale permet d’envisager des études de flux de gènes entre les différents cytotypes de D. trifida et offre une rare opportunité de tester des hypothèses fondamentales concernant la formation des polyploïdes. Cette étude offre aussi de nouvelles perspectives de recherches dans le domaine des processus de domestication et d’évolution des espèces à propagation clonale.

Des analyses AFLP préliminaires ont permis de donner une première idée globale du positionnement des formes sauvages par rapport aux formes cultivées.

Chez la forme cultivée de D. trifida, nous avons mis en évidence un seul niveau de ploïdie correspondant au niveau tétraploïde. Cela suggère que la domestication n’a ciblé que les formes 4x. Ceci n’est pas surprenant, les formes polyploïdes ayants des avantages génétiques et adaptatifs supérieurs aux diploïdes.

Rapport scientifique – Résultats – Diversité D. trifida


Analyse de la diversité génétique de D. trifida

Une première évaluation de cette diversité a été réalisée avec des marqueurs AFLP pour obtenir une vision globale de la diversité génétique. Les résultats donnent une première idée de l’origine des formes sauvages. Tous les individus sauvages décrits dans le chapitre précédent forment un grand groupe divisé en trois sous-groupes. D’une manière générale, l’analyse AFLP met en évidence une topologie géographie-ethnie, calquée sur les zones de collectes. Les échantillons récoltés sur le littoral et sur les marchés sont comme attendu fortement dispersés, témoignant d’un échange important de tubercules. La moitié des accessions de Guadeloupe et Martinique forment un groupe distinct, le reste est en mélange avec les accessions du littoral et des marchés.

Une deuxième analyse a été réalisée avec des marqueurs microsatellites nucléaires. L'analyse de la diversité neutre des pools cultivés dans les différentes régions (Guyane, Martinique, Guadeloupe) permettra de déterminer i) si la diversité génétique présente dans ces différentes régions est du même ordre de grandeur, ii) s'il existe des groupes génétiques originaux cultivés dans l'une ou l'autre de ces régions. Nous pourrons également mieux comprendre l'origine de la diversité et les principaux facteurs qui déterminent l'organisation spatiale de la diversité cultivée dans ces régions. On cherchera également à déterminer l'importance de la recombinaison entre formes sauvages et cultivées dans l'apparition de nouvelles variétés.

Analyse des caractéristiques virologiques du matériel collecté

Prophylaxie et sélection sanitaire peuvent contribuer largement au contrôle des maladies à virus de l’igname. Cependant, l'amélioration génétique reste la solution la plus facile à mettre en oeuvre. Les phases d'évaluation nécessitent une gamme d'isolats représentative de la variabilité des virus. Cela implique d’identifier les virus présents sur les ignames mais aussi de les caractériser d’un point de vue génétique.

Deux potyvirus étaient principalement connus pour être responsables des épidémies en Guadeloupe, Martinique et Guyane et avaient permis le développement d’outils de diagnostic moléculaires adaptés. Nous avons montré l’existence d’un troisième potyvirus sur les trois principales espèces cultivées aux Antilles et en Guyane (ACL30).

Nous avons mené la première évaluation et application de la taxonomie quantitative à la famille des Caulimoviridae (ACL29). C’est aussi la première étude phylogénétique approfondie qui prend en compte l’origine commune entre les LTR retrotransposons et les caulimovirus. Nos résultats confirment la classification actuelle basée principalement sur l’organisation génomique. L’émergence des badnavirus apparaît plutôt liée à notre capacité récente à les mettre en évidence et leur supposée large variabilité à notre incapacité à les classer.

Nous avons appliqué les outils taxonomiques décrits précédemment à la connaissance des badnavirus de l’igname (soumis). L’analyse de la prévalence des badnavirus dans les Caraïbes (Guadeloupe et Martinique), l’Amérique du sud (Guyane) et l’Afrique (Bénin) révèle une très large répartition de ces virus et une prévalence contrastée sur les différentes espèces d’ignames. L’analyse de la diversité moléculaire des badnavirus permet de les classer en 12 espèces distinctes. La phylogénie présente une importante radiation, telle qu’observée chez le genre Badnavirus. Elle n’autorise une interprétation que chez les espèces appartenant à même RGS (related species groups). Deux RGS regroupent 5 espèces d’origine Africaine reliées à D. rotundata. Les espèces africaines de badnavirus sont caractérisées par une large gamme d’hôtes incluant les ignames sauvages et cultivées. Deux autres RGS regroupent 5 espèces, ainsi que deux autres espèces distinctes sont probablement originaires d’Asie-Pacifique. Leur gamme d’hôtes est limitée aux principales Dioscorea (D. alata, D. esculenta et D. pentaphylla) communément cultivées dans ces régions. Les phénomènes de recombinaison dans les conditions naturelles sont rares. L’analyse des substitutions nucléotidiques révèle un rôle majeur de la sélection négative dans l’évolution de la transcriptase inverse des badnavirus. Les mécanismes à l’origine de la spéciation des badnavirus de l’igname et le scénario le plus probable de leur dispersion à l’échelle continentale sont proposés.




Connaissance et gestion des populations de nématodes entomopathogènes

H. Mauléon (IR) Financé par PR9, PR15

Contexte et enjeux

Les nématodes entomopathogènes et leurs bactéries associées offrent des potentialités de traitements phytosanitaires, soit en utilisant les capacités des nématodes eux-mêmes à limiter les populations des bioagresseurs présents dans le sol, soit en exploitant les propriétés bioinsecticides des complexes bactério-helminthiques. Plusieurs firmes commercialisent déjà des préparations biologiques à base de nématodes entomopathogènes. Leur utilisation, par lâchers innondatifs, est réservée aux cultures à forte valeur ajoutée (cultures florales, cultures sous serres, golf), compte tenu du coût élevé de leur fabrication.

L’acquisition de connaissances relatives à leur adaptation au milieu (écologie, dynamique des populations), et aux facteurs et/ou mécanismes qui permettent leur survie dans les sols est un préalable à l’optimisation de leur utilisation.

Les enjeux de ce programme sont de mieux connaître l’écologie des espèces indigènes et leur biodiversité dans la zone caraïbe, en vue de dégager des espèces d’intérêt agronomique. Ils sont également de définir les conditions d’une implantation durable d’espèces exotiques ou de l’expression des potentialités des espèces indigènes.

La position géographique de l’INRA de Guadeloupe (au centre de l’arc antillais) et la mosaïque des climats et des sols de Guadeloupe, en font un lieu privilégié pour l’étude de la biodiversité des nématodes entomopathogènes et de leur efficacité en zone tropicale. L’équipe travaille en collaboration avec l’UMR Écologie microbienne des insectes et interactions hôte-pathogène de Montpellier pour la partie bactériologie, et avec le CIRAD Guadeloupe et Martinique pour la partie lutte biologique.

Objectifs

Développer des outils de caractérisation moléculaire, dans l’optique d’étudier les flux géniques

Caractériser les symbioses nématodes-bactéries Déterminer les facteurs-clés de la répartition spatiale et temporelle des populations de

nématodes dans les sols Concevoir, évaluer et transférer des méthodes de lutte biologique

Réalisations

Connaissance des populations de nématodes

Les travaux de caractérisation conjointe des bactéries symbiotiques (ARN 16S) et sur les nématodes (ADN satellites, ITS) ont fait avancer les connaissances en systématique et sur la spécificité des symbioses (ACT12).

Nous avons développé des marqueurs micro-satellites pour l'étude démographique et génétique des populations de H. indica en Guadeloupe. En tout, 305 clones ont été séquencés, 18 amorces sélectionnées, 4 seulement révèlent du polymorphisme. Ce travail est à poursuivre pour disposer d’un minimum de 8 marqueurs.

Nous avons étudié la répartition spatiale et temporelle des populations d’Heterorhabditis indica dans leurs milieux naturels. Ceci nous a permis de caractériser les différents biotopes et de


Larve infestante de nématode entomopathogène, et bactérie symbiotique associée.

Chenilles de Galerria melonella, utilsées comme hôtes de subsitution pour l’élevage de nématodes.

Charançon du bananier, et dispositif de lutte biologique par piégeage (phéromones et nématodes).

Rapport scientifique – Résultats - Nématodes entomopathogènes


comprendre les relations des nématodes avec leur milieu. Les milieux de bord de mer, excepté les mangroves et falaises volcaniques, hébergent préférentiellement cette espèce (sols sableux et bien drainés), et ils sont le plus souvent associés à la présence de crustacés, indiquant probablement une origine marine (ACL24). L’étude de dynamique de population de deux espèces de nématodes (Heterorhabditis et Steinernema) a montré que les deux espèces cohabitent, avec des effectifs de Steinernema diaprepesi toujours plus importants que ceux d’Heterorhabditis, sauf lors d’un événement exceptionnel de montée des eaux marines, ce qui tend à corroborer l’hypothèse de l’origine marine d’Heterorhabditis. Nous avons en parallèle appuyé une équipe canadienne sur des inventaires de nématodes entomopathogènes (ACL25).

L’ensemble des informations disponibles (données passeport, caractérisation moléculaire avec RAPD, ITS, ADN satellite, résistance à la chaleur et aux UV, pouvoir pathogène sur certains bioagresseurs) sur les souches de nématodes a permis d’incrémenter la base de données associée au souchier, qui a compté jusqu’à 330 accessions

Conception, évaluation et transfert de méthodes de lutte biologique

Contrôle du charançon du bananier, Cosmopolites sordidus

Les enjeux socio-économiques sont très importants, la lutte chimique contre ce ravageur, le plus dommageable en culture bananière, ayant été à l’origine d’une pollution durable des sols aux Antilles françaises et en Afrique. Une souche de nématode a été sélectionnée pour son efficacité sur les larves de ce charançon. Un piège a été conçu, combinant le nématode à une phéromone attractive. Des essais pluriannuels en parcelles expérimentales ont démontré l’efficacité du système (ACL18, ACL19, soumis). Un projet de transfert est en cours de montage, impliquant un groupement de producteurs et des industriels. Un contrat de licence sur savoir-faire qui arrive à échéance a été signé avec un industriel pour la production de nématodes (INRA , 2004).

Contrôle des charançons des agrumes, Diaprepes spp.

Des tests de pathogénie au champ ont permis de sélectionner une souche efficace contre ce ravageur du système racinaire (soumis), dans le cadre d’un contrat de recherche avec le CIRAD. Des sessions techniques annuelles ont été organisées pour sensibiliser les producteurs aux enjeux de la protection intégrée, et les amener à utiliser notre procédé innovant. Enfin, nous avons transféré à la Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles le savoir-faire, pour la prise en charge de la production de nématodes, et leur fourniture aux agrumiculteurs. Des fiches techniques ont été diffusées aux producteurs (ASSOFWI et al., 2006).

Contrôle du charançon de la patate douce, Cylas formicarius

Nous avons signalé l’introduction de ce ravageur en Guadeloupe (ACL20). En relation avec la Chambre d’Agriculture, une enquête a permis de préciser l’aire de répartition et les plantes réservoirs (soumis). Des stations d’avertissement agricole ont été mises en place chez les producteurs, afin de suivre la progression des populations du charançon. Des tests de pathogénie ont été conduits au laboratoire, et ont permis de sélectionner une souche prometteuse. Des essais de lutte combinant nématodes et piège attractif à phéromones sont en cours. Perspectives

L’arrêt de ce programme est prévu pour 2010, du fait du départ en retraite de son responsable. Les activités d’entomo-nématologie du département SPE seront concentrées à Montpellier. Au niveau des projets de lutte biologique, l’équipe doit terminer l’évaluation de la méthode sur le charançon de la patate douce avant d’envisager un transfert de technologie. Un accompagnement devra être fait auprès du porteur de projet (groupement de producteurs) de lutte biologique contre le charançon du bananier, notamment pour la mise en place du pilote de production des nématodes.

La collection de nématodes et la base de données associée sera transférée à Montpellier, qui prendra en charge la caractérisation morphologique et moléculaire des nématodes et de leurs symbiotes, et définira leur spectre d’hôtes sur des ravageurs locaux.


Culture d’igname D. alata tuteurée, sur billon.

Tubercules de D. alata (création INRA).



Projet intégré Ignames

Financé par PR14, PR15, PR16, PR17, PR19, PR20

Contexte et enjeux A l’échelle de la planète, les ignames (Dioscorea spp.) sont des plantes vivrières consommées par 300 millions de personnes, avec une production estimée à 51 millions de tonnes annuelles sur 4 millions d’hectares, ce qui en fait la deuxième plante à racine et tubercule après le manioc. Il y a eu une augmentation de 70 % de la production globale d’igname au cours de la dernière décade (FAO, 2008). Cette liane tubérifère, dont la partie souterraine est consommée, joue un rôle alimentaire et social majeur chez de nombreuses populations tropicales, avec des consommations annuelles souvent comprises entre 20 et 40 kg/personne. Encore largement traditionnels en Afrique de l’Ouest, plus intensifs en Amérique tropicale et en Nouvelle-Calédonie, les systèmes de culture d’ignames sont extrêmement diversifiés. D. alata est l’espèce la plus répandue, D. cayenensis la plus cultivée en Afrique. D. trifida est la plus appréciée aux Antilles-Guyane, mais elle n’est cultivée que de façon anecdotique du faite de maladies virales. Dans les régions de culture intensifiée, des problèmes phytosanitaires sont apparus et ne sont pour le moment pas résolus, l’anthracnose étant la contrainte majeure sur D. alata. Cette contrainte conduit dans de nombreux cas à l’abandon de variétés appréciées et à la déprise. En Afrique, l’intensification s’est produite plus récemment, à travers le défrichement de jachères de longue durée (savanes arborées). Elle s’est accompagnée d’une pression accrue des adventices ce qui se traduit depuis une dizaine d’années par un épuisement des sols et l’abandon de variétés par les paysans. En Guadeloupe, la culture d’ignames est pratiquée par le quart des exploitants agricoles sur environ 1000 ha, et représente la troisième surface agricole après la canne à sucre et la banane. L’intensification y a démarré à la fin des années 1960, et les pratiques agro-techniques sont diversifiées. Malgré leur importance au niveau de la zone intertropicale, les ignames sont des espèces orphelines, des pans entiers de leur biologie et de leurs relations avec le milieu physique et biotique étant méconnus.

Quelles orientations scientifiques pour un projet fédérateur ? La tendance générale en terme de réglementation (interdiction progressive de nombreux pesticides), les pollutions chroniques ou aiguës liées à l’utilisation des produits phytosanitaires, et enfin l’incapacité des équipes de recherche à résoudre durablement des problèmes agronomiques par de simples approches disciplinaires, sont autant de raisons qui orientent le projet vers une approche système, privilégiant un usage limité des intrants.

Le modèle ignames a été retenu a priori, car il permet de se caler sur des critères d’originalité scientifique, et de lisibilité régionale (au sens politique). De nombreux travaux de sélection clonale et de pathologie ont été menés par l’INRA, mais à une période où les traitements phytosanitaires étaient encore admis et d’une relative efficacité.

L’approche système préconise de disposer d’un diagnostic agronomique, axé sur une ou quelques questions centrales. Ce diagnostic doit aider à faire émerger des questions de recherche, et alimenter le schéma d’élaboration du rendement. Une fois les hypothèses posées, et en fonction d’un cahier des charges adressé aux chercheurs, une approche de prototypage et/ou de modélisation doit permettre d’élaborer de nouveaux systèmes, ou d’améliorer des systèmes existants, puis de les évaluer.

Avant d’arriver à cette phase de conception de systèmes, un ensemble de questions scientifiques doit être traité, reposant sur les compétences disciplinaires en place (écophysiologie, bioclimatologie, science du sol, pathologie végétale, génétique, économie & sociologie rurale).


Etat des lieux et pistes de recherche Les situations de production d’igname sont extrêmement contrastées dans les mondes tropicaux, en fonction des espèces cultivées, et des contextes pédoclimatiques et socio-économiques. Au sein d’une entité géographiquement aussi réduite que la Guadeloupe, on observe déjà une très grande diversité des systèmes de production dans lesquels les ignames sont présentes. D’où la difficulté de proposer des questions de recherche visant à résoudre des problèmes à l’échelle locale, tout en gardant un caractère générique.

Cette diversité des situations complexifie aussi l’analyse des problèmes liés à la culture des ignames, ainsi que la hiérarchisation des questions de recherche s’y rapportant. Un travail d’enquête mené par l’INRA en Guadeloupe en 2004 a permis de proposer une typologie des producteurs d’ignames et des contraintes identifiées dans les différents systèmes. Cette typologie a contribué à la définition des cibles à privilégier dans le cadre d’un projet de recherche visant à améliorer les systèmes de culture à base d’ignames à moindres intrants.

De ce qui précède, on aboutit au constat que :

• Le diagnostic agronomique est encore à faire (seule une enquête basée sur les dires d’agriculteurs a été réalisée). Cette démarche de diagnostic est nécessaire pour hiérarchiser les contraintes pesant sur la production des ignames, et identifier des questions plus ciblées à l’adresse des spécialistes de recherche disciplinaire. En fonction des questions à traiter, le diagnostic agronomique devra s’appuyer sur un schéma d’élaboration du rendement et émergera à partir d’enquêtes, d’observations en milieu réel et éventuellement d’expérimentations. Les analyses bibliographiques et les discussions préalables montrent qu’il est possible de proposer un schéma théorique d’élaboration du rendement, prenant en compte les contraintes biotiques et abiotiques. Ce schéma constituera un outil indispensable à la fois pour orienter le diagnostic agronomique et pour mesurer les effets des systèmes de culture sur les paramètres retenus.

• L’approfondissement des connaissances sur le fonctionnement écophysiologique de l’igname est un pré requis indispensable à une meilleure maîtrise des réactions de la plante aux stress biotiques et abiotiques. Du point de vue de la modélisation du fonctionnement de l’igname, les paramètres classiques utilisés pour simuler le fonctionnement d’une culture (mise en place du système foliaire, efficience d’utilisation du rayonnement, partition de la biomasse, nutrition minérale) sont quasiment inconnus sur les ignames. Des avancées sur l’écophysiologie de l’igname saine pourront permettre à terme de comprendre ce qui se passe sous contrainte.

• Le problème de l’anthracnose sur D. alata est partagé dans l’ensemble des zones de production

à l’échelle mondiale. Face aux limites des approches disciplinaires, l’intérêt est d’axer les recherches sur la protection intégrée. Pour ce faire, des connaissances sont à acquérir, sur le fonctionnement du pathosystème, aux niveaux génétique et épidémiologique.

Pour autant, les autres contraintes phytosanitaires sont loin d’être négligeables chez D. cayenensis et D. trifida. Nous proposons de les aborder davantage dans un cadre technique et partenarial, plutôt que scientifique (assainissement de génotypes, définition de cahiers des charges pour la production de semences à partir de plants assainis, fourniture de plants assainis à des pépiniéristes).

Au sein de l’unité, nous avons participé à la définition des objectifs et méthodes du diagnostic agronomique, sans participer aux enquêtes et expérimentations. Nous ne développerons ici que la partie spécifique que nous avons réalisée, sur l’étiologie des pourritures des tubercules, en production et en conservation.

Sur la partie concernant le fonctionnement de la plante, nous présenterons seulement l’analyse des adaptations de l’igname aux facteurs abiotiques.

Enfin, nous présenterons de façon intégrée aux deux unités les travaux traitant des interactions plante-pathogène-environnement.

Rapport scientifique – Résultats – Projet Ignames


Etiologie et contrôle des pourritures de tubercules chez l’Igname

A. Toribio (CR) Contexte et objectif Les parties souterraines des ignames sont soumises à l’influence d’une grande diversité d’organismes telluriques, ayant un impact parfois important sur les rendements. Les rendements des cultures commerciales sont faibles (autour de 10 tonnes.ha-1), par rapport aux potentialités (40-100 tonnes.ha-1). Malgré certains changements opérés dans les itinéraires techniques traditionnels, la situation ne s’est pas améliorée depuis plus d’une décennie, en Guadeloupe et ailleurs.

La littérature sur l’impact de la contrainte parasitaire d’origine tellurique sur l’étiologie des pourritures de semenceaux ou de tubercules en développement dans le sol est rare. Les travaux publiés indiquent l’importance des champignons et des nématodes qui agissent seuls ou en synergie, directement ou à la faveur de blessures diverses. La plupart de ces travaux sont focalisés sur le contrôle des pourritures post-récolte des tubercules et sur la protection des semenceaux avant plantation. Nos objectifs sont de :

Mieux connaître les champignons colonisant les tubercules d’igname pendant leur développement dans le sol et leur stockage.

Déterminer l’impact de cette colonisation sur les pourritures. Mettre au point des méthodes de contrôle des pourritures n’utilisant pas des pesticides.

Réalisations

� Mycoflore des racines de D. alata et détérioration microbienne des semenceaux dans le sol

Les plants d’igname comprennent deux types de racines : les racines d’ancrage et adventives qui apparaissent à la germination des semenceaux, et les racines tuberculaires qui se forment sur les tubercules en développement et sur les bulbilles (tubercules aériens) au contact du sol. Chez D. alata, nous avons observé que la flore fongique des racines tuberculaires à la récolte différait selon la taille des tubercules. Ainsi, chez les petits tubercules, les champignons rencontrés appartiennent principalement aux genres ou espèces Pythium, Rhizoctonia solani et Rhizopus stolonifer qui, se développent généralement dans des tissus végétaux jeunes ou immatures. Chez les gros tubercules, les Fusarium prédominent, particulièrement F. solani. Ce champignon, qui persiste sur les tubercules pendant la conservation, mais sans réels dégâts, est responsable de la pourriture des semenceaux dans le sol.

� Etiologie des pourritures des tubercules de D. rotundata

La demande régionale pour cette espèce désaisonnable est très forte. Mais, aux Antilles comme en Afrique, les tubercules produits sont particulièrement sensibles aux pourritures, qui limitent la disponibilité en semences de qualité.

Symptômes et champignons associés aux pourritures

A partir d’enquêtes sur le terrain et d’analyses effectuées sur des échantillons d’ignames issues directement de parcelles de cultures commerciales et de hangars de conservation, différents types de pourritures de tubercules ont été décrits. Les champignons qui y sont associés ont également été identifiés et les tests de pouvoir pathogène ont montré une réelle pathogénie. Les pourritures se développent rapidement en conservation et, en moins de deux mois, la détérioration des tubercules peut être totale, avec une présence forte de F. solani, de Penicillium et du nématode Pratylenchus coffeae. Cette rapidité suggère l’initiation de l’infection dans le sol.


Dynamique de la colonisation des tubercules dans le sol et incidence sur le développement des pourritures durant la conservation

Le métabolisme des tubercules dans le sol et après la récolte peut être perturbé par l’activité de la mycoflore pathogène. L’analyse des tubercules de D. rotundata récoltés à différents dates après plantation révèle qu’ils sont colonisés tout au long de leur développement par une mycoflore d’une vingtaine de genres ou espèces. Pour les espèces les plus fréquentes dans les pourritures, la colonisation par F. solani est faible sur les tubercules jeunes et augmente significativement par la suite. Les Penicillium apparaissent plus tard dans le cycle de production.

En conservation en salle climatisée, les tubercules récoltés 4 mois après plantation, malgré deux ébourgeonnages, ne présentent aucune pourriture plus de 10 mois après leur récolte et germent à 100 %. Dans les mêmes conditions de conservation, les tubercules récoltés 7 mois après plantation présentent des pourritures sèches dues au complexe F. solani - Penicillium et ont très peu de surface corticale saine.

Conclusions - Perspectives

La mycoflore hébergée par les racines de D. alata n’exerce pas une influence particulière dans la dégradation des tubercules pendant leur stockage. Cependant, le champignon F. solani occasionne la pourriture des semenceaux dans le sol, ce qui constitue un handicap pour la germination du plant et l’établissement de la culture.

Chez D. rotundata, les pourritures de tubercules surviennent à la fois en plein champ, notamment dans les parcelles mal drainées, et surtout pendant leur conservation. Nos résultats suggèrent la possibilité d’une production de tubercules semences différenciée, par rapport à celle de tubercules de conservation. La récolte de tubercules semences interviendrait après 4 à 5 mois de culture, tandis que celle des ignames de consommation pourrait être plus tardive.

Du fait que la colonisation des racines ou des tubercules s’opère dans le sol, la lutte contre la mycoflore pathogène concernée doit être dirigée en grande partie dans l’environnement tellurique. En l’absence de pesticides autorisés en culture d’igname, les méthodes de contrôle des champignons néfastes doivent privilégier l’instauration dans le sol d’un environnement biologique suppressif. Cela pourrait être accompli :

- Par l’amendement du sol avec des composts suppressifs, du fait de leur richesse en micro-organismes antagonistes. Dans cette optique, l’évaluation du potentiel infectieux naturel de composts dirigés obtenus à partir de mélanges particuliers (légumineuse : Stizolobium deeringianum) et graminée : Pennisetum purpureum) est entreprise.

- Par un apport de micro-organismes bénéfiques colonisant le système racinaire, le rendant ainsi moins facilement affecté par les agents pathogènes. Dans cette optique, la prospection de champignons mycorhiziens a commencé en milieu cultivé, chez l’igname, et en milieu non anthropisé, chez des espèces végétales particulièrement adaptées à des situations de stress hydrique ou salin (ACL59, ACL60, ACL61), en amorçant une collaboration avec l’Université Antilles-Guyane.

- Par la culture de plantes de service (en association ou rotation vis-à-vis de l’Igname), ayant, par exemple, des propriétés anti F. solani et/ou anti Penicillium.

En ce qui concerne la protection spécifique des tubercules pendant le stockage, l’étude de l’antagonisme de Trichurus spiralis (qui, par ailleurs, protège les semenceaux de l’invasion de F. solani) est en cours (prospection de souches, pathogènes cibles, survie dans différents substrats, conditions d’application…).



Adaptation des ignames au milieu abiotique

V. Vaillant (IE) Comprendre les mécanismes de la tubérisation

L’objectif est d’aborder les mécanismes de régulation de l’accumulation des glucides dans les organes de réserve (tubercules aériens et/ou souterrains) et rechercher les facteurs limitants avec comme but la maîtrise de la production des tubercules semences ou de consommation.

L’effet de la photopériode sur le développement de D. alata cv Belep a été étudié, en suivant l’induction de tubercules aériens et souterrains en milieu contrôlé. Des phénomènes de compétition entre puits en relation avec le stade végétatif des plants ont été mis en évidence (ACL38).

Le développement de plantes issues de culture in vitro ou de bulbilles (D. alata) ont été comparés. L’induction de la tubérisation est similaire quelle que soit la nature du tubercule mère.

L’effet de phytohormones (ANA et BA) sur la production in vitro de bulbilles chez D. alata et D. trifida a été étudié, ainsi que celui de la concentration en sucres et en azote du milieu de culture.

La formation de bulbilles chez D. alata (phénomène terminal du cycle), n’est pas en compétition avec la production des tubercules. Dans nos conditions, nous avons obtenu entre 20 et 30 bulbilles utilisables comme semences, par plante. Au champ, nous avons comparé les rendements après un cycle de production à partir de bulbilles, de tubercules entiers et de vitroplants

Comprendre les mécanismes de toxicité et de tolérance à l’aluminium

La toxicité aluminique est un facteur limitant pour la production agricole. Dans les sols tropicaux, généralement acides, la forme soluble de l’aluminium retarde le développement des racines. L’objectif des travaux était dans une première approche, d’évaluer différents clones d’igname pour leur tolérance à l’aluminium. Les effets toxiques sur la croissance (inhibition des cellules d’élongation et de division des racines) ont été attribués à la perturbation de plusieurs voies physiologiques et biochimiques.

L’effet de l’aluminium sur la croissance de plantules in vitro a été étudié en testant différents paramètres. Nous avons mis en évidence un effet du pH sur D. cayenensis et un effet de l’aluminium sur D. alata cv Oriental. Par ailleurs, nous avons montré un comportement différentiel à la présence d’aluminium dans le milieu de diverses variétés de D. alata. En absence d’aluminium et à pH acide, plusieurs acides organiques sont détectés dans le milieu pour les variétés Grande savane et Belep. Le principal est l’acide oxalique. Les autres acides détectés sont en quantité environ dix fois moindre. En présence d’aluminium, la quantité d’acide oxalique présent dans le milieu est multipliée par 15 (variétés Grande savane et Belep). Pour les variétés Tahiti et Pyramide, les quantités sont équivalentes à celle détectées en absence d’aluminium.

Un mécanisme de tolérance, jamais décrit sur igname, a été mis en évidence. L'existence de degré variable de tolérance entre différentes variétés d'une même espèce peut faciliter l'étude des bases génétiques et moléculaires de la tolérance.

Comprendre le rôle de la fertilisation azotée sur les teneurs en ammonium, nitrate et sur l’activité de la Nitrate Réductase de feuilles d’igname

Les ignames utilisent préférentiellement la forme nitrique. En effet, nous avons montré que l’azote total absorbé par les plants, est 3 à 15 fois plus important en présence de NO3 par rapport au NH4. De plus, les quantités des différentes formes d’azote retrouvées dans la plante sont corrélées à leur concentration dans le milieu de culture.

Nos résultats montrent que l’Activité Nitrate Réductase (NR) est essentiellement localisée dans les feuilles. De plus, l’activité NR ainsi que la teneur foliaire en NO3

- sont corrélées à la concentration de l’ion dans le milieu. Selon l’espèce d’igname, la capacité à réduire et à assimiler les ions NO3

- diffère. Pour une concentration externe identique en nitrate, D. alata a une activité NR moins élevée que celle de D. cayenensis. Ces activités vont augmenter avec les teneurs externes en nitrates. Cela est également le cas des teneurs foliaires en nitrate. Pour les deux espèces les teneurs foliaires en ammonium, NH4+ restent faibles ; elles sont donc utilisées très rapidement dans le métabolisme de l’igname.


Maîtrise de la reproduction sexuée chez D. alata. Fleurs mâles et femelles (en haut), fruits (en bas).



Interactions D. alata / anthracnose

Contexte et enjeux Parmi les ignames, Dioscorea alata est l’espèce la plus largement cultivée au niveau mondial. Elle a un très bon potentiel de production dans des sols peu fertiles et un fort pouvoir de multiplication grâce à la production de bulbilles. Sa vigueur végétative permet un bon contrôle des mauvaises herbes et enfin, ses tubercules ont une meilleure capacité à se conserver après la récolte que les autres espèces.

Dans toutes les zones de production, le développement de cette espèce est ralenti par l'anthracnose, maladie causée par le champignon Colletotrichum gloeosporioides (PENZ.) Penz. & Sacc. L’anthracnose affecte l’ensemble de l’appareil aérien et se manifeste par des nécroses qui réduisent significativement le potentiel de photosynthèse de la plante. On rapporte fréquemment des pertes de rendement supérieures à 80% en cas d’infections précoces. L’anthracnose est particulièrement nuisible lorsque D. alata est cultivé en culture pure ce qui est le cas de la Caraïbe. Dans cette région, la maladie est responsable de la disparition de beaucoup de variétés traditionnelles.

Une forte variabilité morphologique, pathologique et moléculaire a été mise en évidence parmi les souches de C. gloeosporioides dans des études menées au Nigeria et en Guadeloupe. Ces résultats sont liés au fait que la forme sexuée du pathogène y est largement répandue. La grande faculté d’adaptation de ce bioagresseur lui a permis de développer des formes de résistance aux fongicides et de contourner des résistances variétales déployées au champ. Ceci a contribué à privilégier la collecte, l’introduction et la création de variétés génétiquement résistantes à l'anthracnose.

Analyse génétique des résistances de l’igname, D. alata à l’anthracnose

2004-2008 D. Pétro (IE), T. J. Onyeka (Post-Doc), A. Kouassi (Post-Doc) L’amélioration variétale de D. alata, une espèce hétérozygote, polyploïde et dioïque avec un long cycle de croissance et une floraison erratique, est un processus long et difficile. Par ailleurs, l’évaluation des variétés au champ pour la résistance à l’anthracnose nécessite des procédures expérimentales lourdes et n’est pas totalement efficiente puisque les populations de C. gloeosporioides sont dynamiques. Pour prendre en compte la variation parmi les isolats du pathogène, il est important de soumettre le matériel à une large gamme d’isolats pour le screening de la résistance. Ce screening dans un environnement qui favorise à la fois le développement de la maladie et la croissance de la plante parait nécessaire pour évaluer effectivement les réactions de différentes variétés face à l’anthracnose.

Les cas de contournement de résistance observés, liés à la large diversité du pathogène, nous mènent à aborder la construction de résistances durables à partir de plusieurs gènes de résistance. La vitesse et la précision de la création variétale peuvent être améliorées par le développement de cartes génétiques qui peuvent faciliter l’analyse de marqueurs en lien avec des caractères polygéniques comme la résistance à l’anthracnose. L’accès à ces cartes peut fournir les bases pour localiser et désormais manipuler des caractères quantitatifs dans des programmes d’amélioration.

Si l’objectif à moyen terme est bien de construire une résistance durable à l’anthracnose, le présent programme en représente la phase préliminaire indispensable. Il s’agit de : - Mettre au point un test d’évaluation rapide et quantitatif de la résistance à l’anthracnose. - Classer les clones de l’igname D. alata de la collection, en fonction de leur comportement face

aux souches représentatives de la diversité de C. gloeosporioides et ainsi répertorier les différents types de résistances.

- Etudier le déterminisme génétique des résistances à l’anthracnose identifiées dans la collection. - Réaliser la cartographie génétique de D. alata et localiser les facteurs génétiques (QTL) liés à

la résistance à l’anthracnose.


1 : test quantitatif de résistance à l’anthracnose, sur jeunes vitroplants d’ignames. 2 : distribution de la population F1 pour sa réponse à 2 isolats. HR : hautement résistant, R : résistant, MR & MS : modérément résistant & sensible, S : sensible, HS : hautement sensible. 3 : Quatre groupes de liaison sur 20 de la carte de D. alata.

1

2

3



Résultats

� Standardisation d’une méthode d’évaluation et de notation de l’anthracnose basée sur l’utilisation de vitroplants.

La mise en place d’une méthode d’évaluation des niveaux de résistance à l’anthracnose de l’igname en utilisant des bio-essais sur vitroplants a constitué une étape importante à franchir. Différentes méthodes d’inoculation artificielle, de notations des symptômes ont été testées. Différents paramètres de sévérité de la maladie ont été pris en compte. L’inoculation par pulvérisation et l’évaluation des symptômes sur plantes entières et à différents stades de la maladie ont été retenues. Ce test constitue une alternative à l’évaluation au champ. Nous disposons actuellement d’un test rapide, robuste et fiable permettant d’évaluer un grand nombre d’individus telle une collection de clones ou une population d’hybrides (ACL35).

� Variation de la virulence et la résistance dans le pathosystème igname/anthracnose et identification d’une gamme différentielle potentielle.

Nous disposons d’une collection in vitro de clones D. alata, géniteurs potentiels de résistance. Nos travaux menés, à l’aide du test quantitatif de la résistance, sur l’interaction hôte-pathogène nous ont permis d’identifier le large spectre de réactions de 60 clones de cette collection face à la variabilité de l’agent pathogène de l’anthracnose (ACL34). Les génotypes ont été séparés en 4 groupes de réponse à l’anthracnose (résistant, modérément résistant, modérément sensible et sensible). Bien que des résistances totales aient pu être détectées, la résistance de l’igname à l’anthracnose est essentiellement de nature quantitative. Les résultats obtenus dans cette étude indiquent qu’autant des réactions spécifiques à certains isolats que des réactions non spécifiques peuvent être impliquées dans la résistance à l’anthracnose. Douze clones avec une résistance non spécifique ont été identifiés. Tous les clones avec des réactions spécifiques étaient modérément résistants ou modérément sensibles.

� Cartographie des facteurs génétiques liés à la résistance à l’anthracnose

D. alata est allogame et hautement hétérozygote. C’est une espèce dioïque, il est donc impossible d’obtenir des lignées homozygotes et des populations F2. Les populations à cartographier sont des F1 issues de croisement entre parents hétérozygotes non fixés. Une population F1 a été créée à partir de parents diploïdes (2n=2x=40) avec des réactions contrastées face à 2 isolats de C. gloeosporioides modérément et hautement agressifs. La descendance a été évaluée en conditions contrôlées. Une distribution continue et normale de la résistance a été obtenue ce qui confirme l’hérédité polygénique de la résistance. Les valeurs de résistance de certains descendants tombent en dehors des valeurs parentales, indiquant la présence de ségrégation transgressive dans la population.

L’ADN génomique des parents et des hybrides a été extrait. A l’aide de marqueurs AFLP (26 combinaisons d’amorces) et microsatellites (7), la population hybride a été génotypée. Un total de 523 marqueurs polymorphes a été obtenu. Les marqueurs AFLP suivent un modèle de ségrégation disomique comme on pouvait s’y attendre dans le cas d’une population issue de diploïdes inter- croisés. A partir de ces 523 loci, une carte de liaison génétique a été construite avec Joinmap avec un LOD élevé (7.0) réduisant ainsi les fausses liaisons. La carte résultante a une longueur totale de 1627 cM couvrant 82 % du génome et comprend 20 groupes de liaison avec au moins 5 marqueurs. La première carte génétique de l’igname D. alata établie par une équipe de l’IITA au Nigeria couvrait 60 % de la longueur estimée du génome.

Comme indiqué précédemment, la résistance analysée a une hérédité quantitative avec une héritabilité élevée (91 %). Nous avons donc mené une étude pour établir le nombre et la localisation des QTL ayant un effet sur la résistance à l’anthracnose. Au total, 10 QTL liés à la résistance à l’anthracnose ont été identifiés avec un LOD supérieur à 2.5. Parmi ces QTL, 8 ont un effet spécifique pour l’un ou l’autre isolat testé et 2 sont communs aux deux isolats. Ces QTL expriment de 7.5 à 40.5 % de la variation phénotypique mesurée. A ce jour, c’est la carte de liaison génétique la plus saturée chez l’igname, toutes espèces confondues. Cette étude est aussi l’analyse des facteurs de résistance à l’anthracnose la plus complète chez D. alata (soumis).


Empreintes génétiques de souches de C. gloeosporioides obtenues par la technique RAMS (exemple avec une amorce, M = marqueur de taille).

Arbre de classification hiérarchique pour 20 souches de C. gloeosporioides obtenu par analyse RAMS (profils de 5 amorces). Les valeurs statistiques de support sont indiquées au niveau de chaque branche, après 10 000 rééchantillonnages (multiscale bootstrap resampling).

M M M



Interactions génétiques igname D. alata / anthracnose

2006-2008 D. Pétro (IE), S. Guyader (CR)

L’analyse génétique de la résistance est faite en phénotypant différentes accessions de D. alata à l’aide de plusieurs souches de l’agent causal de la maladie, en collection dans la mycothèque. Mais la majorité des souches de cette mycothèque ne sont pas encore caractérisées au niveau moléculaire, et ne le sont que partiellement au niveau phénotypique. Le phénotypage des seules souches utilisées pour l’analyse de la résistance a été entamé par l’équipe de génétique. Il nous est donc apparu crucial d’approfondir et d’élargir phénotypage et génotypage à l’ensemble des souches de la collection.

� Phénotypage des souches

En nous basant sur une première caractérisation du pouvoir pathogène de quelques souches effectué sur une soixantaine de cultivars d’igname, une gamme différentielle d’hôtes a été constituée, composée de 6 cultivars qui nous serviront pour procéder au phénotypage complet de la mycothèque. Cette partie du programme vient de démarrer. Une fois ce phénotypage effectué, une gamme différentielle de souches pourra être constituée pour, en retour, permettre de phénotyper de nouvelles accessions d’igname utilisées dans l’analyse génétique de la résistance.

� Génotypage des souches

Nous avons choisi la technique RAMS (Random Amplified MicroSatellite) qui présente l’avantage de pouvoir résoudre les marqueurs (essentiellement neutres et dispersés sur le génome) sur simple gel d’agarose, et donc d’être facilement réalisable en routine. Un premier test de cette technique sur 20 souches a permis de sélectionner 5 amorces révélant une centaine de marqueurs polymorphes. L’analyse a révélé un profil unique (haplotype) pour chaque souche, en accord avec les résultats d’un premier travail de caractérisation génétique (THE1) utilisant la technique d’AFLP. Notre étude a par ailleurs montré que les haplotypes se scindent en deux groupes distincts même si i) la diversité intra-groupe reste importante et ii) aucun regroupement ne se fait sur la base de l’origine géographique, de la plante source, ni de la date de collecte. Les souches qui avaient été utilisées lors de la cartographie des résistances sont réparties entre les deux groupes, ce qui valide le choix initial. Au niveau de la génétique des populations, le déséquilibre de liaison est apparu très significatif, contrairement aux résultats précédents (THE1) suggérant une multiplication clonale importante chez les populations de C. gloeosporioides analysées. Enfin, trois souches divergent nettement des autres et ne sont pas amplifiées par PCR avec des amorces spécifiques de C. gloeosporioides.

� Durabilité des résistances

La durabilité des résistances est un aspect essentiel pour le projet intégré ignames. Il nous a semblé intéressant d’avoir une approche synthétique du problème, en nous inspirant des travaux réalisés sur le pathosystème Leptosphaeria maculans / Colza (équipe durabilité des résistance, UMR BiO3P Rennes). L’objectif est de placer plusieurs accessions résistantes en monoculture plusieurs années de suite sous forte pression d’infection, et de caractériser les isolats issus de chaque cycle cultural (isolement et culture monospore, puis pathotypage et génotypage) afin d’étudier l’impact de différents gènes ou QTL de résistance sur les populations du bioagresseur. Cette méthode pourrait permettre de prédire les contournements possibles de résistance en culture et d’expliciter l’évolution des souches. L’essai a été mis en place en 2008 avec une première année d’homogénéisation (inoculation d’une variété sensible par un mélange de souches locales, puis restitution des résidus infectés au sol). Les cycles culturaux de test de durabilité proprement dits se dérouleront à partir de 2009, pendant au moins 3 ans.


Début d’épidémie d’anthracnose dans une parcelle d’ignames.



Epidémiologie

2005-2008 S. Guyader (CR), G. Jacqua (IE) (URPV) R. Bonhomme (DR), F. Bussière (CR), J. Sierra (DR) (URAPC)

Les connaissances sur le développement épidémiologique de l’anthracnose de l’igname sont peu abondantes, fragmentées et parfois contradictoires. Ainsi, les sources d’inoculum primaire et leur importance sont mal appréhendées, l’échelle de dispersion de l’inoculum secondaire par le vent n’est pas quantifiée, et les effets des facteurs climatiques et microclimatiques sur le développement du bioagresseur sont mal connus.

� Formes de reproduction et sources d’inoculum primaire

L’agent causal de l’anthracnose de l’igname peut exister sous une forme sexuée ou asexuée. Connaître la fréquence des deux formes renseigne sur les possibilités d’occurrence de la reproduction sexuée, qui est un facteur important de génération de diversité chez le champignon. La fréquence des deux formes a été évaluée sur cultures d’ignames sensibles à l’anthracnose, dans des milieux contrastés de Guadeloupe. La forme asexuée a toujours été observée de façon majoritaire, surtout sur les organes foliaires actifs. La forme sexuée est moins fréquente, présente de façon irrégulière, plus marquée sur les débris de végétation au niveau du sol où elle pourrait constituer une forme de conservation du champignon. Toutefois, même sur des résidus infectés en décomposition au niveau du sol, on rencontre plus fréquemment les conidies de la forme asexuée.

Le suivi de la survie de l’inoculum dans le sol permet d’évaluer le potentiel du sol et des résidus de culture comme source d’inoculum primaire de la maladie. Un tel suivi a été réalisé sur une parcelle d’igname infectée artificiellement. Par l’utilisation de feuilles et tiges « pièges » plantés dans des échantillons de sol, nous avons montré que l’inoculum pathogène peut persister dans le sol plusieurs mois après la fin de la culture. Cet essai, mené sur près de 3 ans à Duclos, est répété à Godet afin d’étudier l’influence possible des conditions pédo-climatiques.

En complément à cette étude, un travail plus précis a été entrepris dans le but d’étudier la survie de l’ inoculum au niveau des débris de culture en cours de décomposition au champ (ACL36). Au cours du temps, nous avons observé une décroissance de la quantité d’inoculum, qui suit la cinétique de décomposition de la portion labile de la matière organique. Cette décroissance correspond donc à la perte de substrat accessible pour le champignon, qui entre ensuite en compétition avec la microflore du sol mieux adaptée à ces conditions environnementales. En effet, l’inoculum disparaît plus rapidement sur les résidus enfouis, là où la compétition avec la microflore tellurique est plus forte. Ainsi, les résidus en surface peuvent encore être source de spores après 4 mois, et ces spores sont encore pathogènes pour l’igname.

Le sol portant des résidus d’ignames infectés peut donc être une importante source d’inoculum primaire.

Une étude sur la contamination par les tubercules a aussi été menée. Les tubercules sains plongés dans une suspension de spores de C. gloeosporioides, ou des tubercules issus d’une culture infestée puis placés en conditions contrôlées, ont germé beaucoup plus difficilement que des tubercules sains. Sur ces tubercules infectés, des nécroses à partir desquelles on isole le champignon apparaissent fréquemment sur les jeunes pousses. Les tubercules infectés au cours d’une saison peuvent donc également être source de maladie pour la saison suivante s’ils sont utilisés comme semenceaux.

Enfin, des prospections ont été réalisées, hors saison de culture, dans des bassins de production d’ignames, pour tenter de détecter la présence de C. gloeosporioides sur des hôtes alternatifs. Des souches du champignon ont été mises en évidence sur 11 espèces, appartenant à 4 familles, et ont pu causer des symptômes typiques de l’anthracnose après inoculation sur D. alata. Ceci suggère que des hôtes alternatifs peuvent être source d’inoculum primaire du bioagresseur. Notons toutefois qu’il s’agit de la première fois que ces hôtes alternatifs sont mis évidence.

Nous avons donc identifié trois sources possibles de contamination des nouvelles cultures : les tubercules infectés utilisés comme semenceaux, les résidus de culture, et probablement dans une moindre mesure les hôtes alternatifs hébergeant le C. gloeosporioides aux abords des cultures.


Cinétique de survie des spores et de dégradation des résidus en fonction du temps. Les barres verticales correspondent à des tests de pathogénicité positifs sur les spores isolées à partir des résidus.

Cinétique de dispersion des spores (rapport spores observées après x gouttes / nombre total de spores observées) en fonction du nombre de gouttes incidentes frappant la lésion. La courbe bleue correspond à l’ajustement d’un modèle Brain-Coussens.

0

25

50

75

100

0 30 60 90 120 150 180

temps (jours après l'enfouissement)

% d

e la

val

eur

initi

ale

Résidus

Spores

0

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0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0 20 40 60 80 100

nombre de gouttes incidentes

ratio

(sp

ores

obs

ervé

es /

tota

l spo

res)



� Germination des spores et mode pénétration

La germination des spores, avec la formation d’appressoria (structure de pénétration) correspond à la première phase de l’infection des feuilles d’igname. Pour le bon déroulement de cette phase, les spores doivent être soumises à des conditions climatiques que nous devons déterminer. A cette fin, une chambre climatique a été conçue. Nous avons pulvérisé des suspensions de spores sur feuilles détachées, pour suivre le processus d’infection jusqu’à l’apparition des premiers symptômes, en mesurant le pourcentage de spores germées et le pourcentage de spores à appressorium en fonction du temps, à différentes températures. Les courbes obtenues ont été ajustées avec un modèle de Weibull. A l’aide de deux paramètres, nous pouvons extraire un indice basé sur la vitesse et le taux maximal de germination et de formation des appressoria qui nous donne une mesure de l’adaptation de la souche à la température. Nous avons montré que pour la souche étudiée, l’optimum se situe à 24°C, mais que ce sont davantage les températures élevés (supérieures à 30°C) que les températures basses qui pénalisent l’initiation de l’infection.

Le mode de pénétration du champignon au niveau des feuilles a été comparé chez deux variétés (sensible ou résistante) et sur les deux faces de la feuille. La germination se fait par pénétration directe de la cuticule foliaire. Aucune différence n’apparaît entre les deux variétés ou les deux faces de la feuille, en ce qui concerne le taux et la vitesse de germination des spores ou la pénétration. Les seules différences sont un retard dans l’apparition et l’extension des symptômes, et une moindre sporulation chez le cultivar résistant.

� Dispersion des spores de C. gloeosporioides

Une fois l’anthracnose initiée sur des plants, la maladie se propage aux plantes voisines sous l’effet de la pluie : les gouttes d’éclaboussures transportent de proche en proche les spores qu’elles détachent des nécroses sporulantes. Une meilleure compréhension des épidémies d’anthracnose nécessite de caractériser ce phénomène de dispersion des spores.

Nous avons déterminé la cinétique de libération des spores à partir d’une lésion ponctuelle, en fonction du nombre de gouttes incidentes. La première goutte heurtant une lésion n’a jamais été suffisante pour la mobilisation des spores, celle-ci devient systématique à partir de la troisième goutte. Généralement, 20 gouttes suffisent pour libérer près de 60% des spores, mais des spores sont toujours mobilisées et dispersées après 100 gouttes incidentes.

La dissémination aérienne du champignon a également été observée en plaçant des plantes saines à plus ou moins grande distance d’une parcelle naturellement infectée, puis en les plaçant à l’abri pour incubation. Alors que 100% des plantes placées à proximité de la parcelle infectée ont été atteintes par la maladie, seule une des 10 plantes placées à distance a été infectée.

Nuisibilité de l’anthracnose

2002-2004 G. Jacqua (URPV), R. Bonhomme (URAPC)

Deux essais sur la nuisibilité de l’anthracnose ont été réalisés pour observer l’effet de la précocité de la maladie sur le rendement. Il en ressort que plus les attaques sont précoces, plus la maladie atteint un niveau élevé en fin de culture. Cela se traduit par une diminution très significative du rendement par rapport au témoin sain, majoritairement due à une réduction du poids des tubercules. Cette réduction au niveau souterrain est corrélée à une réduction importante du poids et de la surface des organes aériens qui assurent le remplissage des tubercules. Quand l’attaque est tardive, la maladie n’a pas d’impact en terme d’incidence. Ainsi, plus l’attaque d’anthracnose est précoce, plus la maladie se développe (AUDPC élevée), et plus elle affecte le rendement.

Le modèle de culture d’igname développé en URAPC devrait permettre une approche analytique de la nuisibilité. La première étape consistera à utiliser le modèle tel quel (simulant le fonctionnement d’un couvert sain) pour simuler l’impact de la réduction, par les nécroses, de surface foliaire sur le rendement de la culture. Si ce mécanisme ne suffit pas à expliquer les impacts observés, d’autres processus comme l’apparition de toxicités affectant le fonctionnement de la plante au delà de la réduction de surface foliaire comme ceux mis en évidence pour le pois devront être évalués puis incorporés dans le modèle.


Cartographie des processus d’acquisition, conservation et diffusion d’accessions d’ignames.

Cartographie des processus

•CLIE

NT

•Satisfaction

CLIE

NT

Exigences

Processus de direction

Processus support

Maintenir les installations

(chambres / champs / informatique)

(INRA)

Gérer les ressources humaines / formation

(URPV +INRA)

Choisir les infrastructures et les fournisseurs

(INRA)

Manager la qualité(URPV)

Processus de réalisation

R1 Recevoir des accessions

R5 Fournir des vitro-plants

sains

Faire respecter la réglementation (RBI + INRA)

R6 Participer à la recherche développement (RBI + INRA)

R4 Diffuser des informations

R2 Conserver des accessions

R3 Produire de l’information basique



Centre de ressources biologiques Ignames

2005-2008 F. Gamiette (IE) Financé par PR10, PR12, PR13, PR18

Contexte et objectifs On compte 600 espèces d’ignames, dont 300 sont américaines. Les espèces alimentaires les plus cultivées sont originaires d’Afrique de l’ouest (D. cayenensis-rotundata) et d’Asie (D. alata). L’espèce alimentaire américaine D. trifida est sous-utilisée du fait de sa sensibilité aux maladies virales. De nombreuses autres espèces alimentaires du genre sont sous-utilisées. L’igname fait partie des plantes reconnues par la FAO comme devant contribuer à la sécurité alimentaire mondiale et être intégrées dans un système multilatéral d’échanges.

L’INRA a constitué depuis une quarantaine d’années une collection d’ignames qui comprend à ce jour 15 espèces, et 500 accessions dont 200 de l’espèce D. trifida. Dans le cadre du CRB ‘Plantes tropicales INRA-CIRAD aux Antilles françaises’, nous avons comme objectif la certification de la qualité des services rendus par le CRB Ignames, la sécurisation des ressources phytogénétiques conservées, la traçabilité des échanges, la mise en place d’ un système d’information ouvert et partagé. L’objectif à terme est de devenir un centre de référence pour la diffusion d’ignames, auprès de partenaires scientifiques ou professionnels dans les DOM et à l’international. L’IITA en Afrique de l’Ouest gère une collection de 3000 accessions, principalement de l’espèce D. cayenensis-rotundata avec un objectif similaire de diffusion.

Réalisations

� Diffusion de matériel

La diffusion de matériel est pour l’instant limitée aux instituts français de recherche (IRD, CIRAD, INRA, Université Antilles-Guyane), dans le cadre de projets de recherche (cryoconservation, séquençage potexvirus….). La diffusion en dehors du territoire national ne pourra commencer que lorsque nous pourrons garantir l’état sanitaire du matériel.

� Système d’information

Une base de données a été élaborée sur l’ensemble des accessions, intégrant des informations sur leur origine, leur statut juridique, sur leurs caractères agromorphologiques en lien avec le site de culture et sur leurs caractères génotypiques lorsqu’ils étaient connus. Des extractions de données sont possibles, en vue de conduire des analyses de diversité génétique. Cette fonctionnalité en fait un outil au service de la politique d’acquisition de nouvelles accessions. Pour disposer d’un système ouvert et partagé avec les gestionnaires des collections du CIRAD (bananiers, canne à sucre, ananas, fruitiers, plantes ornementales), nous avons développé une interface web et un système d’information trilingue est désormais en ligne http://collections.antilles.inra.fr/. Il est beaucoup plus riche que celui de l’IITA, qui ne fournit que le nom de l’accession et son origine.

� Certification de la qualité des services rendus

La cartographie des processus a été réalisée (voir figure ci-contre), ainsi que la documentation qualité liée. Nous visons une certification pour 2010.


� Sécurisation de la conservation et des échanges

Nous évoluons vers un double moyen de conservation pour toutes les accessions (in vitro et in vivo). En relation avec l’IRD, nous explorons les possibilités de cryoconservation des ignames (ACL31). Nous sommes partenaires dans un projet soumis à l’ANR, porté par l’IRD, visant à développer la cryoconservation sur différentes espèces végétales.

En terme d’infrastructures, nous avons monté un dossier de financement pour augmenter notre capacité de conservation in vitro, améliorer les performances techniques de notre infrastructure et contrôler l’accès aux zones de conservation.

En vue de réceptionner du matériel végétal conformément à la réglementation phytosanitaire en vigueur, nous avons prévu de disposer d’une serre de confinement de niveau 2.

Un système de gestion par codes-barres a été mis en place pour améliorer la traçabilité des opérations effectuées sur les ressources phytogénétiques.

� Caractérisation morpho agronomique

Notre objectif est de disposer d’un descripteur morpho-agronomique associé à la forme conservée au champ. A ce jour, nous avons pu réaliser ce travail sur 200 accessions. Nous avons obtenu un financement du GCDT6 pour la régénération de la collection de D. trifida et sa description.

� Indexage, assainissement

Nous avons indexé la collection pour la présence des cinq virus de l’igname suivant la liste de la FAO. Sur 200 accessions indexées, la totalité présente au moins un des virus. Une centaine d’accessions a subi un cycle d’assainissement (thermothérapie de vitroplants suivie d’une culture de méristèmes. Certaines accessions sont au stade de confirmation de l’assainissement sur plante in vivo.

� Participation à des actions de recherche-développement

Nous avons conduit avec un écologiste de l’Universté Antilles-Guyane une action de recherche intitulée ‘Collecte, caractérisation, valorisation des espèces d’ignames sauvages indigènes des forêts des Antilles Françaises’ (ACT5, AFF6).

En réponse à une demande de la profession agricole, nous avons caractérisé la diversité génétique des variétés de D. rotundata cultivées en Guadeloupe.

� Coopération et partenariat

La FAO fédère la conservation des ressources phytogénétiques, au travers d’incitations financières auprès de réseaux constitués. La Guadeloupe fait partie du réseau CAPGERNET, dédié à la Caraïbe. Ce réseau nous a confié l’organisation de la conservation et des échanges des ignames pour la région. Pour ce faire, nous avons participé à des meetings sur les réseaux de ressources génétiques (AFF7, AFF8, AFF9) et obtenu un financement du GCDT pour les 3 années à venir.

Nous avons eu, lors de leurs séjours en Guadeloupe, des échanges avec les responsables du Central Tuber Crops Research Institute de l’Inde. Ce centre dispose de ressources génétiques notamment de D. alata et atteste de l’existence en Inde d’autres espèces d’igname comestibles sous-utilisées mais consommées par des populations autochtones. Nous avons posé le principe d’un partenariat sur le système d’information. L’Inde souhaite une mise à disposition de notre structure de base de données, et nous pourrions ainsi utiliser leur base renseignée, pour déterminer quelles accessions seraient susceptibles d’être incluses dans le CRB.

6 Global Crop Diversity Trust



Innovation-transfert

C. Pavis (CR), M. Chave (IE URAPC), D. Lafortune (IE) & G. Ano (CR) Financé par PR21

Jusque dans les années 2000, l’unité avait une identité assez marquée dans le domaine de la création variétale d’espèces horticoles au sens large. De nombreux programmes de sélection étaient conduits, et avaient abouti à la création de matériel adapté au contexte pédoclimatique et pathologique des tropiques humides. Puis, l’INRA a recadré ses objectifs de création variétale sur un nombre restreint d’espèces et sur des équipes solidement constituées. Nous avons donc dû revoir nos objectifs sur des cibles mieux identifiées, et en tenant compte des départs successifs des sélectionneurs de l’unité. Les principaux travaux ont été les suivants : Sur la tomate, des lignées associant les résistances au flétrissement bactérien et aux géminivirus ont été sélectionnées (ART1, ART2, ART3). Nous avons construit une dizaine d’hybrides, qui ont en partie été évalués de façon multi-locale en Guadeloupe et Martinique, en partenariat avec les Chambres d’Agriculture. Certains hybrides offrent un compromis intéressant, mais aucun ne présente de résistance totale aux deux maladies. Au terme des évaluations (fin 2010), le matériel sera proposé à Agri-Obtentions, puis le programme clos. Sur le poivron, nous avons poursuivi les travaux dans le cadre du réseau LIRA, visant à la sélection de poivrons multirésistants et adaptés aux conditions de culture en zone intertropicale. Le réseau comprend l’INRA (Unités GAFL-Avignon et URPV-Guadeloupe) et des partenaires institutionnels à Cuba, au Soudan, au Cameroun ou privé (Sénégal). Le programme de sélection est basé sur une population de plantes hétérozygotes commune à l’ensemble des partenaires. Cette population est sélectionnée pour les résistances et pour leurs performances agronomiques dans l’ensemble des pays du réseau. A partir de cette population commune, chaque partenaire, tout en poursuivant le processus de sélection récurrente (cycle 12), sélectionne des lignées homozygotes adaptées à ses propres conditions de culture et de marché. Ces lignées peuvent ensuite être proposées pour une commercialisation, soit utilisées comme parents d’hybrides. Nous disposons à l’heure actuelle de plusieurs lignées de poivrons, qui sont adaptées à la culture de plein champ en Guadeloupe du fait de leurs caractéristiques agronomiques, et d’un certain niveau de résistance aux principales maladies de différentes zones de culture (virus CMV et potyvirus, flétrissement bactérien) (ACL 10, ART8). Il nous reste à confirmer que le matériel est effectivement bien fixé avant d’envisager son transfert. Nous proposons d’expérimenter la sélection en Martinique et en Guyane ou des contacts de partenariat ont été pris, notamment dans le cadre du plan Ecophyto-DOM. Sur les plantes ornementales, l’activité scientifique ne s’est pas poursuivie, mais une démarche de valorisation des résultats a été engagée en partenariat avec les professionnels tant en Guadeloupe qu’en Martinique, avec l’appui de l’ingénieur transfert recruté en Martinique par l’INRA. Nous avions sur la période précédente créé un portefeuille d’une trentaine d’hybrides d’Alpinia purpurata, à coloris légèrement diversifiés, avec des feuillages panachés et des types floraux différents des 3 variétés cultivées aux Antilles. Cette collection a été conservée au champ, et des visites organisées pour les groupements de producteurs. Elargir la gamme variétale est l’enjeu majeur auquel doivent faire face les professionnels de la filière Fleurs pour rester compétitifs sur le marché international. Par ailleurs, le développement de cette filière, soutenu par le Conseil Général de la Martinique, est une des alternatives qui pourrait contribuer à la reconversion des sols les plus pollués par la chlordécone. En Martinique, un projet de transfert a été co-construit avec les différentes parties prenantes (INRA (URPV et UMR QUALITROP), professionnels, Conseil

Rapport scientifique – Résultats - Innovation


Général (station expérimentale et représentants administratifs), CIRAD) et va être soumis aux instances politiques afin de formaliser et de faire financer les actions

Sur Anthurium andreanum, l’unité avait identifié une variété résistante à la bactérie Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae, qui limite fortement la production de cette espèce. Une population hybride avait été construite, la descendance a montré des niveaux de résistance similaires au parent. Nous n’avions pas réussi à multiplier ce matériel in vitro, et n’avions donc pas mené à terme l’analyse des résistances. En 2003, nous avons envoyé les parents et certains hybrides à Agri-Obtentions, qui a confié à son laboratoire UP-vitro de Dijon le soin de mettre au point la culture in vitro. Ce qui fut fait en 2005. Les hybrides ont fleuri, et nous les avons présentés aux producteurs. Ceux-ci sont intéressés par deux d’entre aux, à coloris pâles, qui présentent de très bons débouchés commerciaux. Il nous faut maintenant monter un projet de transfert, qui nécessitera de rapatrier le matériel en Guadeloupe et en Martinique, car la structure chargée de sa conservation (association émanant de la Chambre d’Agriculture) a perdu les hybrides. Là encore, l’appui de l’ingénieur transfert nous permettra de monter et suivre le projet de façon à optimiser l’adoption de l’innovation par les utilisateurs. Enfin, nous avons poursuivi des travaux de sélection classique sur les ignames Dioscorea alata, pour apporter des réponses à court terme face au problème majeur qu’est l’anthracnose. Ceci est complémentaire aux approches de cartographie génétique des résistances que nous avons menées, mais qui ne pourront déboucher qu’à moyen terme sur des applications. Un programme exploratoire de sélection variétale a permis de créer des hybrides, à la fois sur l’espèce D. alata et sur l’espèce D. cayenensis (ART4, ART7). Nous avons donc mené plusieurs campagnes d’évaluation de ces obtentions variétales dans différents terroirs de Guadeloupe et Martinique, en partenariat avec le groupement de producteurs et les Chambres d’Agriculture. Boutou, un des hybrides, hautement résistant à l’anthracnose et très productif, a été adopté dans les deux régions, malgré une qualité jugée moyenne par les consommateurs. En plus de la réaction face à l’anthracnose, la vigueur, la précocité, le rendement, la forme et le nombre des tubercules, nous prenons désormais en compte les critères de couleur, de texture et de goût. A ce stade, nous prévoyons un déploiement progressif des hybrides, en fonction de leur adaptation aux différents terroirs. Sur la démarche du transfert des résultats de la recherche auprès des utilisateurs, nous nous sommes investis au niveau du Centre, en participant au comité d’orientation de la valorisation économique. Nous animons un groupe de travail axé sur l’offre et la demande de transfert. Plus spécifiquement, nous travaillons à la mise en place d’un outil informatique générique, visant à capitaliser les informations sur notre offre de produits potentiellement ‘livrables’, et à les porter à connaissance des partenaires de Guadeloupe, Martinique et Guyane. Cet outil a vocation à être mutualisé avec le CIRAD.



Expertise phytosanitaire

J. Etienne (IE), C. Urbino (CIRAD), A. Toribio (CR), G. Jacqua (IE)

Au plan local

Jusqu’en 2004, nous avons assuré ces missions de diagnostic et veille phytosanitaire (entomologie, pathologie végétale), dans le cadre du Laboratoire d’intérêt scientifique et phytosanitaire du SPV, installé dans nos locaux. Bien que les ingénieurs et techniciens INRA aient pris à l’époque en charge la plus grande partie de cette activité, nous disposions malgré tout d’un appui du SPV (matériel, personnel technique, fonctionnement). Depuis 2004, ce laboratoire a fermé, le SPV n’assurant plus que ses missions régaliennes, principalement l’indexation des vitroplants de bananiers à l’importation. Nous continuons dans la mesure de nos disponibilités à répondre aux demandes des agriculteurs, pour l’identification de maladies et ravageurs et le conseil. Cette activité d’expertise nous a dans certains cas conduits à une production scientifique importante, notamment dans le domaine de l’entomologie (ACL38 à ACL58). A moyen terme, nous n’assumerons plus cette mission, du fait du départ en retraite des personnes compétentes. Malgré notre participation aux animations avec le SPV pour tenter de monter un nouveau laboratoire, l’Etat s’est clairement désengagé de cette mission d’appui au développement et ne soutiendra pas cette initiative.

Par ailleurs, nous avons contribué à la formation des professionnels aux maladies, via des fiches techniques (INRA/URPV et al., 2005a à h), un manuel du planteur d’ignames et des rencontres périodiques d’enseignement sur le terrain ou en salle. Nous avons également joué un rôle d’information des politiques et du public, lors de visites sur le terrain et de la tenue de stands dans différentes manifestations agricoles. Notre expertise a été requise lors de visites de pépinières dans le cadre de schémas de productions de plants sains.

Enfin, nous avons participé une l’expertise collective sur l’agriculture biologique tropicale (EXP1 à

EXP5).

Région Caraïbe

La recherche d’une meilleure couverture alimentaire dans les pays de l’OECS (Organization of East Caribbean States) est l’un des domaines prioritaires où l’ambassade de France porte ses efforts de coopération agricole avec ces pays. Ainsi, l’INRA a été sollicité pour l’identification des contraintes techniques à la production de plantes à tubercules. L’unité a ainsi contribué à ce travail et a proposé des solutions aux difficultés logistiques auxquelles les phytopathologistes sont confrontés. Des possibilités de coopération ont été mises en évidence, notamment dans le domaine des échanges de matériel végétal, ou celui de la formation de techniciens.

Rapport scientifique - Résultats


Organisation et fonctionnement de l’unité L’unité compte 44 agents permanents (moyenne sur la période 2002-2008). Elle est organisée en équipes disciplinaires (physiologie, génétique-épidémiologie, pathologie végétale, nématologie, ressources biologiques), en ateliers transversaux (serres, chambres climatiques, biologie moléculaire) et en équipes d’appui à la recherche (direction, secrétariat, documentation). Le détail de ces équipes est présenté sur l’organigramme ci-contre.

Animations scientifiques et organisationnelles Elles sont traitées à différents niveaux : Le conseil scientifique de l’unité, qui n’est pas formalisé. Il fonctionne selon les besoins, au gré des missions des chefs de départements, de leurs adjoints, d’experts INRA ou extérieurs. Il a un rôle d’orientation scientifique, en conformité avec les schémas stratégiques de département et avec le schéma de centre. Ces moments d’échange sont le plus souvent très fructueux. Ils nous ont permis de structurer nos projets fédérateurs, et d’apporter un appui pour la programmation et le suivi de certaines actions pluridisciplinaires.

Le collège des directeurs d’unité du centre qui se réunit une à deux fois par mois sous l’égide de la présidence de centre. Il permet de définir et organiser certaines activités transversales ou partenariales. Il permet également de débattre sur l’utilisation d’outils et moyens communs, ou de mettre en place des organisations collectives.

Le collège des chercheurs, une instance de réflexion collective de l’unité. Il se réunit environ tous les deux mois. Il traite les dossiers en cours. Il débat des évolutions d’activités et des orientations scientifiques nouvelles, et des questions d’organisation et de gestions des moyens. Il est un lieu d’échange d’information sur la vie du centre, et sur les problèmes rencontrés dans les équipes. L’animation scientifique de fond n’est pas circonscrite au collège de chercheurs ; selon les besoins et les opportunités (accueils d’étudiants, de postdoctorants ou de missionnaires, démarrage de nouvelles actions de recherche…), des exposés sont organisés soit en interne à l’unité, soit dans le cadre d’une animation commune URAPC-URPV. Le rythme de ces exposés est assez soutenu (en moyenne 2 exposés mensuels), avec pour le moment une plus forte proportion d’exposés de l’URAPC.

Les responsables de programmes qui sont chargés de la programmation scientifique et de la gestion des moyens humains et financiers affectés. A ce titre, ils organisent le travail et relayent les informations. Ils sont également responsables de la conduite des entretiens d’évaluation des agents de leur équipe. A ce titre, ils doivent évaluer les besoins de formation, et étudier leur faisabilité en concertation avec la direction et le service formation. On constate une hétérogénéité dans les pratiques des responsables de programmes, qui n’attachent pas tous la même importance à la gestion des ressources humaines.

Différents ateliers communs, à la disposition des équipes : installations expérimentales (serres et chambres climatiques), biologie moléculaire, culture in vitro, collections. Leurs responsables sont chargés de définir les besoins d’équipement et les modes de fonctionnement avec les utilisateurs, et doivent veiller à une bonne maintenance des infrastructures. Ils gèrent les moyens financiers alloués. Ces ateliers sont sous la responsabilité de la directrice, qui peut arbitrer en cas de désaccords entre les différents acteurs.

Par ailleurs, l’unité est utilisatrice de l’unité expérimentale végétale de Duclos-Godet. Le niveau de partenariat avec cette unité est variable selon les activités : il va de la simple prestation de service (mise à disposition de parcelles expérimentales) à une collaboration sur certaines missions (notamment conservation et caractérisation au champ des ressources biologiques).


Unité de Recherche en Productions VégétalesOrganigramme mai 2008

Direction : C. Pavis (CR) Secrétariat : M. Cyrille (TR), M. Girard (TR) UR 979 GAP SPE Doc-com : R. Accipé (TR), N. Edinval (AT), Rousseau M. (TR) AQR & métrologie : 0.1 P. Bade (TR) & 0.1 D. Denon (TR)

Ecologie des nématodes

entomopathogènes

NématologieH. Mauléon (IR)S. Briand (TR)

0.9 D. Denon (TR

Interactions ignames /bioagresseurs / milieu

Epidémiologie S. Guyader (CR), G. Jacqua (IE), M. Salles (AT), M. Pallud (AT), F. Poliphème (AT)

Génétique D. Pétro (IE), Kouassi A. (Postdoc), S. Etienne (TR), P. Renac (AT), J. Gélabale (AT)

Pathologie A. Toribio (CR), F. Papier (AT), 0.5 J. Pauvert (CDI)

Physiologie V. Vaillant (IE), 0.8 P. Bade (TR)

Des variétés et des pratiques

C. Pavis (CR)D. Lafortune (IE)P. Marival (TR)H. Poitout (TR)

Programmes de recherche Programmes d’innovation

Conservation, caractérisation, valorisation des ressources

Herbier

0.1 E . Francius (AT)

Collections entomologiques

0.2 G. Chovet (CM*) , D. Marival (TR)0.2 A. Huc (CM*),

CRB ignamesRessources biologiques

F. Gamiette (IE)D. Lange (AT), R.-M. Gomez (AT), 0.7 S. Rubens (TR), 0.9 E. Francius (AT)

Biologie moléculaire E. Bandou (TR)

Culture in vitro0.1 P. Bade (TR ), 0.3 S. Rubens (TR)

Installations expérimentalesA. Venthou (IE), N. Robin (AT)

Ateliers communs

Centre Antilles Guyane

* CM : chargé de mission

Unité de Recherche en Productions VégétalesOrganigramme mai 2008

Direction : C. Pavis (CR) Secrétariat : M. Cyrille (TR), M. Girard (TR) UR 979 GAP SPE Doc-com : R. Accipé (TR), N. Edinval (AT), Rousseau M. (TR) AQR & métrologie : 0.1 P. Bade (TR) & 0.1 D. Denon (TR)

Ecologie des nématodes

entomopathogènes

NématologieH. Mauléon (IR)S. Briand (TR)

0.9 D. Denon (TR

Interactions ignames /bioagresseurs / milieu

Epidémiologie S. Guyader (CR), G. Jacqua (IE), M. Salles (AT), M. Pallud (AT), F. Poliphème (AT)

Génétique D. Pétro (IE), Kouassi A. (Postdoc), S. Etienne (TR), P. Renac (AT), J. Gélabale (AT)

Pathologie A. Toribio (CR), F. Papier (AT), 0.5 J. Pauvert (CDI)

Physiologie V. Vaillant (IE), 0.8 P. Bade (TR)

Des variétés et des pratiques

C. Pavis (CR)D. Lafortune (IE)P. Marival (TR)H. Poitout (TR)

Programmes de recherche Programmes d’innovation

Conservation, caractérisation, valorisation des ressources

Herbier

0.1 E . Francius (AT)

Collections entomologiques

0.2 G. Chovet (CM*) , D. Marival (TR)0.2 A. Huc (CM*),

CRB ignamesRessources biologiques

F. Gamiette (IE)D. Lange (AT), R.-M. Gomez (AT), 0.7 S. Rubens (TR), 0.9 E. Francius (AT)

Biologie moléculaire E. Bandou (TR)

Culture in vitro0.1 P. Bade (TR ), 0.3 S. Rubens (TR)

Installations expérimentalesA. Venthou (IE), N. Robin (AT)

Ateliers communs

Centre Antilles Guyane

* CM : chargé de mission


Le conseil de service permet de prendre des avis auprès de l’ensemble du personnel sur toute question d’organisation, de gestion des ressources humaines, et d’informer sur la vie de l’unité et du centre de recherche, et sur les relations avec les départements de recherche et les partenaires. Le conseil a été redynamisé, avec des fréquences d’environ 3 à 4 réunions annuelles. Il a significativement contribué à la cohésion de l’unité.

Le service d’appui à la recherche (direction, secrétariat et documentation) est sous la responsabilité de la directrice. Les secteurs de gestion budgétaire et du personnel ont beaucoup évolué depuis quelques années, suite au développement d’outils nationaux. Malgré un investissement en temps important et éprouvant pour les gestionnaires, le bilan est largement positif. La mise en place de ces outils a été l’occasion d’un partage d’expériences entre les gestionnaires du centre. Le résultat en est la mise en commun de pratiques, et au final une amélioration de l’efficacité, bien qu’on soit passé de 4 gestionnaires à 2 dans l’unité.

La direction apporte un appui aux responsables d’équipes pour la réponse aux appels à projets, notamment en coordonnant la rédaction des projets pluridisciplinaires, voire pluri-unités. Elle assure l’interface avec les services administratifs centraux pour les montages financiers, le conventionnement et les justifications. La gestionnaire est également un acteur important sur le suivi de contrats, mais la lourdeur des procédures fait qu’elle ne peut pas s’y conformer de façon autonome.

Sur le plan de l’information scientifique et technique, nous avons adhéré au principe d’un fonctionnement en réseau sur le centre (ERIST), et avons ainsi participé à des actions collectives telles que le catalogage, la réalisation de dossiers thématiques, la mise en place de bases de données documentaires. Force est de constater qu’après 4 ans de fonctionnement, le bilan n’est pas satisfaisant. En attendant que les missions et activités de la responsable ERIST soient plus clairement définies au niveau centre, nous avons recentré nos activités documentaires presque uniquement sur nos besoins propres.

Gestion des compétences

0

10

20

30

40

50

2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008

Total

Chercheurs

Evolution du nombre d’agents permanents dans l’unité.

Le niveau privilégié pour évaluer les besoins en compétences est l’équipe ou programme de recherche. Chaque responsable est tenu d’avoir un dialogue formel (entretiens d’évaluation) et informel avec les agents de son équipe, pour être en mesure de faire un bilan de l’adéquation des objectifs de l’équipe, et de ses compétences. L’ensemble de ces informations remonte régulièrement au niveau de la direction, qui établit et met à jour un tableau de gestion prévisionnelle des emplois et compétences, en fonction des différentes composantes du projet d’unité. Pour chaque besoin ou problème identifié, plusieurs leviers sont possibles : formation, recrutement de CDD sur contrat, concours interne, partenariat, mobilité thématique, transmission de compétences, mutualisation, voire même recrutement INRA.

Cette démarche permet de traiter globalement les ressources humaines, en tenant compte des besoins, mais aussi des problèmes relationnels et des pertes de compétences attendues. Elle présente l’avantage d’élargir la vision des ressources humaines à l’ensemble du centre, dans le cas de besoins communs à plusieurs unités. A titre d’exemple, le tableau 2007 est présenté en annexe.

Rapport scientifique – Organisation


Gestion des ressources financières Nos ressources proviennent à parts sensiblement égales de la subvention d’état de l’INRA et de ressources contractuelles (figure ci-dessous).

0

100 000

200 000

300 000

Dotation debase

FSE Dotationspécifique

Ministère Autre Collectivité

2007

2006

Somme de Montant

Source

Année

0

100 000

200 000

300 000

Comm

un

Igna

mes

CRB

Inno

vatio

n

Némato

logie

Conse

rvat

ion co

llectio

ns

Equipe

ment

lour

d

2007

2006

Somme de Montant

Equipe/thème

Année

Montants annuels (en €) alloués pour la période, selon l’origine des financements et répartition par équipes.


Notre mode de gestion est relativement souple selon la situation budgétaire. En général, la subvention d’état permet de couvrir les frais fixes de l’unité, les dépenses du collectif et certaines dépenses des équipes ne bénéficiant pas de contrat certaines années. Dans ce cas, la quasi-totalité des contrats est ventilée chez l’équipe bénéficiaire. Une réserve est conservée en cas d’imprévu, puis répartie en fin d’année si elle n’a pas été utilisée.

Nos contrats sont établis principalement avec l’Europe (fonds structurels et PCRD), les Ministères (Outre-Mer, Recherche), la Région Guadeloupe. D’autres bailleurs sont plus occasionnels (ODEADOM, Chambre d’Agriculture, groupements de producteurs). Ces fonds nous ont permis de financer différents types d’opérations (projets de recherche, actions de recherche-développement et de transfert, constructions, aménagements, rénovations des infrastructures (n’apparaît pas dans le bilan financier car géré par l’unité des services d’appui à la recherche), équipements scientifiques, mise en place du système d’information et de la démarche qualité des CRB.

Qualité, sécurité, environnement

Bilan des accidents et incidents, mesures prises Entre 2002 et 2008, 11 accidents de travail sont survenus dans l’unité, et ont concerné 6 agents. Il s’agissait de petits traumatismes et de douleurs consécutives ou non au travail. Sans gravité, ces incidents ont entraîné 3 arrêts de travail, d’un total de 23 jours. Les seules mesures prises ont été de rappeler aux agents de ne pas soulever de charges seuls, et de prendre des précautions élémentaires lorsqu’ils utilisent des instruments, ou lorsqu’ils manipulent des liquides chauds.

En 2005, deux départs de feu ont eu lieu. L’un s’est déclaré au niveau d’un onduleur suite à un court-circuit. L’incident s’est passé pendant le week-end, et le matériel s’est consumé sans flammes. L’onduleur se trouvait dans une salle d’archives non climatisée, et le feu aurait pu se propager dans les cartons. Suite à cela, nous avons installé le nouvel onduleur dans un local dédié à ce seul matériel, et climatisé. Le second départ de feu a concerné un climatiseur, toujours à cause d’un court-circuit. L’incident s’est produit pendant la journée, dans un laboratoire, et le personnel a bien réagi en utilisant de façon appropriée l’extincteur, et en appelant immédiatement les services techniques pour qu’ils démontent l’appareil.

Sur la question de la prévention des risques incendie, il subsiste un problème d’organisation sur le centre, les comptes-rendus de contrôle des extincteurs ne nous étant pas toujours transmis. Un plan d’évacuation a été établi, et un premier exercice d’évacuation a été réalisé en présence du délégué prévention centre. Il nous a permis de pointer un certain nombre de problèmes, qui sont en cours de résolution.

Risques spécifiques

Produits chimiques

Nous utilisons couramment le bromure d’ethidium en biologie moléculaire. Des modes opératoires et procédures strictes encadrent l’utilisation de ce produit dangereux. Des solvants sont utilsés pour l’extraction d’ADN, notamment du mercaptoéthanol, un mélange chloroforme/alcool isoamylique, du dichlorométhane, et plus rarement du phénol. Actuellement, des procédures sont suivies pour manipuler ces solvants sous une sorbonne, le manipulateur étant équipé d’un masque à cartouche filtrante. Nous étudions la possibilité d’acquérir une hotte chimique.

D’une manière générale, le problème de l’élimination des déchets chimiques est complexe, car il n’existe pas de filière simple en Guadeloupe. De ce fait, les produits ont tendance à s’accumuler avant que des prestataires ne les prennent en charge. Un gros travail de tri en vue d’élimination a été fait, et le retard est en train d’être comblé. Certains produits (acide picrique par exemple) ne sont pris en charge par aucun prestataire local. Il est nécessaire que nous investissions dans un local normalisé dédié au stockage des produits chimiques.

Rapport scientifique – Organisation


Climat

Dans les champs, les agents sont soumis à des conditions de travail éprouvantes, les températures étant souvent très élevées. Il n’y a pas réellement de mesures à apporter, si ce n’est de conseiller le port de vêtements et l’hydratation régulière. Sous les serres, les agents sont soumis à des températures allant jusqu’à 40°C. Les équipes organisent leur temps de travail en fonction de cette contrainte.

Pathologies

Leptospirose : du fait de la présence de rats, les agents travaillant dans les champs ou en serre sont susceptibles de contracter cette maladie. Certaines formes peuvent être mortelles, un chercheur de l’unité est décédé de la leptospirose en 1995, sans qu’il ait pu être établi s’il avait été infecté sur les lieux de son travail ou chez lui. Un vaccin est disponible et proposé aux agents, mais il n’immunise que contre certaines souches. Les agents sont sensibilisés à ce risque, et évitent dans la mesure du possible le contact de la peau avec la terre. Des campagnes de dératisations ont lieu deux fois par an sur l’ensemble du centre.

Déjections de chauve-souris : des colonies de ces animaux sont installées sous le toit et dans le faux plafond. Cela entraîne des nuisances du fait des odeurs, et pour certaines personnes allergiques des problèmes pulmonaires. Un traitement répulsif est envisagé, suivi d’un rebouchage immédiat des trous d’accès.

Risques naturels

Le risque cyclonique est fort dans notre région, une procédure d’alerte est en place au niveau du centre et des unités. Du fait de la culture du cyclone aux Antilles, le personnel est sensibilisé et respecte bien les consignes de sécurité.

Le risque sismique est plus délicat à gérer, car il n’y a pas de prémisses ni d’alertes. Les agents sont régulièrement sensibilisés à la conduite à tenir en cas de secousse, mais l’expérience montre qu’il est très difficile de s’y conformer. Pour limiter au maximum le risque, tous les meubles de type étagères sont fixés, et les objets lourds ne sont pas entreposés en hauteur.

Autoclaves

Les utilisateurs sont nombreux et l’utilisation fréquente. Seuls les agents ayant été formés et habilités sont en droit d’utiliser les autoclaves. Une procédure a été portée à la connaissance de chacun et la liste des agents autorisés est affichée.

Produits phytosanitaires

Nous les utilisons fréquemment au champ ou sous les serres, et les manipulateurs dédaignaient souvent les protections, à cause de la chaleur. Différentes sessions de formation ont eu lieu, pour sensibiliser les agents. Nous avons en perspective proche la construction d’un local adapté au stockage et à la manipulation des produits phytosanitaires.

Issues de secours

Elles font défaut dans certaines zones, notamment dans les chambres de culture, et les agents se trouvent parfois isolés dans les salles de culture sans regard sur l’extérieur. Dans le cadre d’un projet de réaménagement des locaux en 2010, nous prévoyons de prendre en compte cet aspect.

Formation des personnels

Les agents sont sensibilisés aux risques de différentes manières : formations spécifiques (utilisation de produits phytosanitaires, habilitation autoclaves…), compagnonnage par les responsables d’équipes, rappels formels lors des assemblées générales et conseils de service, affichage systématique des consignes, modes opératoires ou procédures. Tout nouvel arrivant (stagiaire, nouvelle recrue, partenaire accueilli) fait la visite de l’unité, et les principaux risques lui sont exposés. Un livret d’accueil pointant les risques lui est remis, qu’il doit lire et signer avant de prendre ses fonctions.


Fonctionnement des structures QSE

Un groupe Qualité unité est mis en place, dont la mission est le suivi du plan d’action qualité, et la sensibilisation des agents. Plus récemment, un groupe similaire axé sur la Prévention a été constitué, également pour assurer la définition et le suivi d’un plan d’action, Du fait de l’intrication des approches qualité et prévention, ces deux groupes ont maintenant fusionné en un groupe QSE, animé par la directrice. Le dynamisme des techniciennes du groupe a permis des avancées notables. On note toutefois un manque récurrent d’intérêt des scientifiques pour ces approches.

Différents secteurs de l’unité sont en démarche qualité (recherche, gestion budgétaire, ateliers techniques). La démarche est basée à la fois sur le référentiel qualité de l’INRA, ainsi que sur un référentiel international (ISO 9001) pour les processus de conservation et diffusion de ressources biologiques. Le choix de ce référentiel a été motivé par des exigences de partenaires extérieurs (OCDE). L’audit d’accréditation est prévu en 2010.

Un audit qualité a été organisé en 2007 sur 3 points : i) Management de la qualité et engagement de la direction, ii) Management des ressources humaines et des équipements (balances), iii) Gestion documentaire. Les conclusions de l’audit nous ont aidé à recentrer nos actions.

Concernant la prévention, nous sommes tenus de constituer un document unique de programmation. Nous avons utilisé l’OPPI7, mis en place par l’INRA. Nous avons listé les différents processus réalisés dans les équipes, et effectué le repérage des dangers des activités qui nous paraissaient les plus risquées a priori. Des actions correctives ont pu être mises en place suite à ce repérage. Actuellement, seulement 20% des activités sont décrites.

La méthode INRA nous paraissant trop peu opérationnelle, nous avons réalisé des visites des locaux, avec pour objectif un repérage des dangers en concertation avec les opérateurs. Ceci nous a permis de mettre en place une base de données des risques pièce par pièce, qui permet le suivi des actions correctives.

Enfin, nous avons démarré des actions visant à économiser nos ressources, et à respecter l’environnement. Ainsi, une procédure de gestion des déchets banals a été élaborée et est appliquée. Ceci nous permet de limiter significativement la consommation de papier. Pour les déchets présentant des risques biologiques ou chimiques, nous avons mis en place les procédures d’élimination, conformément à la réglementation. Enfin, pour le montage des dossiers de financement, nous prenons un soin particulier à respecter les critères d’éco-conditionnalité.

7 Outil de Pilotage de la Prévention

Rapport scientifique


Auto-évaluation

L’unité a souffert et souffre encore d’un déficit d’encadrement, le nombre de scientifiques ayant chuté de 60% depuis la dernière évaluation. Nous sommes passés de 2 DR, 5 CR, 3 IR à seulement 3 CR et un IR à ce jour. Les causes de cette érosion scientifique ont été exposées dans l’historique de l’unité et s’expliquent par un arrêt des recrutements de jeunes chercheurs, décidé par la hiérarchie. Les arguments mis en avant étaient notre manque de compétitivité, et le risque pour ces jeunes chercheurs de se trouver dans des conditions défavorables à leur carrière scientifique.

Dans ce contexte, et bien que nous ayons tenté de pallier notre relative faiblesse scientifique par des partenariats et l’accueil de post-doctorants, notre production scientifique primaire a été assez faible sur la période. Cette production est hétérogène selon les thématiques, mais a été en moyenne de 1.2 publications par chercheur et par an (elle tombe à 0.7 si on fait abstraction des publications en entomologie, très nombreuses et reposant uniquement sur un ingénieur). En corollaire, nous n’avons pas eu la capacité d’accueillir de doctorants, à une exception près. Cette situation nous a également conduit à répondre peu souvent à des appels à projets d’envergure, tels que le PCRD ou l’ANR. Enfin, notre participation à l’enseignement supérieur a été limitée, toujours pour ces mêmes raisons. Le diagnostic pourrait être affiné selon les équipes, certaines ayant davantage que d’autres pu impulser une dynamique scientifique porteuse. Mais nous préférons en rester à une analyse collective.

En revanche, nous avons pu nous appuyer sur les spécificités du contexte des DOM, notamment pour développer le partenariat avec les acteurs du développement agricole (groupements de producteurs, Chambres d’Agriculture). De cette manière, nous avons pu co-construire des projets de recherche ou recherche-développement en Guadeloupe, Martinique et Guyane. Cette reconnaissance par les acteurs nous a facilité l’accès aux crédits du fonds structurel européen, dédié aux régions en retard de développement, et donne une bonne image de l’INRA Antilles-Guyane. Nous avons ainsi pu financer assez facilement la modernisation de nos infrastructures et le fonctionnement de nos projets. Par ce dialogue, nous avons pu faire reconnaître à la Région Guadeloupe l’importance des enjeux liés aux CRB, ce qui se traduit aussi par l’allocation de ressources financières que nous n’aurions pas trouvées ailleurs. Notre mission de formation par la recherche a été en partie assumée, avec un taux d’accueil de stagiaires d’environ 7 par an (2 par an pour le niveau Master ou Ingénieur).

L’animation scientifique avec l’unité Agropédoclimatique a été intense et fructueuse. Entre 2003 et 2004, nous avons organisé des échanges destinés à améliorer la connaissance mutuelle des deux unités, et à sensibiliser l’ensemble des chercheurs aux concepts de l’agronomie systémique. Ce préalable nous a permis par la suite d’élaborer un projet fédérateur fin 2005, qui, s’il n’est pas totalement mis en place aujourd’hui, s’est traduit par le recrutement d’un chargé de recherches et par le rapprochement effectif de 3 chercheurs des deux unités, sur un des thèmes du projet. Cette ‘nouvelle équipe’ a ainsi déposé deux demandes de financement couronnées de succès (Région Guadeloupe, ANR). Cependant, nous n’avons pas pour le moment trouvé la bonne formule pour l’animation transversale du projet fédérateur.

Rapport scientifique – Autoévaluation


Par ailleurs, en terme d’animation interne à l’unité, on observe encore parfois une frilosité de certains à partager leurs résultats, voire à participer au collectif. Les causes sont probablement à rechercher dans certaines incompatibilités d’humeur, qui auraient plutôt tendance à s’atténuer avec le temps.

Le bilan est largement positif sur la structuration du partenariat avec le CIRAD, tant sur le plan local qu’avec Montpellier. La démarche de mise en place d’un CRB Plantes tropicales aux Antilles françaises a permis de fédérer 6 gestionnaires de collections en Guadeloupe et Martinique sur des actions mutualisées, grâce à notre action en tant qu’animateur de ce projet INRA-CIRAD. Nous avons également travaillé ensemble pour développer des marqueurs moléculaires (UMR DAP et UPR 75 Montpellier), et des méthodes de diagnostic viral et d’assainissement (UMR BGPI Montpellier). Sur le thème de la lutte biologique à l’aide de nématodes entomopathogènes, nous avons travaillé en interaction forte avec le CIRAD en Martinique (sur les bananiers) et en Guadeloupe (sur les agrumes) ; il en est ressorti des productions communes : un contrat de recherche, une licence de savoir-faire et des publications. Le développement de ce partenariat a été rendu possible non pas par la convention-cadre que nous avons eu beaucoup de mal à finaliser et qui n’a eu aucune retombée concrète, mais grâce à un dialogue régulier et en confiance avec les responsables de l’UPR la plus concernée. Il faut toutefois noter que la démarche CRB s’essouffle, le CIRAD n’ayant pas mis suffisamment de moyens humains pour l’animation du projet.

Enfin, nous dressons un bilan plutôt positif sur les aspects organisationnels de l’unité. Le conseil de service a été relancé, et joue désormais effectivement un rôle de conseil, et plus simplement de chambre d’enregistrement. Les représentants du personnel jouent leur rôle, et alertent régulièrement la direction sur des points sensibles. Les entretiens d’évaluation constituent un outil précieux pour l’organisation, car ils permettent de faire évoluer les missions des agents conformément aux besoins de l’unité, et aux compétences et aspirations des uns et des autres. Un effort devrait être fait sur la conduite des entretiens par certains responsables, afin qu’ils contribuent davantage à l’amélioration de l’organisation.

En conclusion, le contexte et l’état d’esprit des chercheurs et des autres catégories de personnel a nettement évolué entre 2002 et 2008. Partis d’une situation où nous étions tous relativement démoralisés par le manque de confiance de notre hiérarchie, nous avons progressivement mis en place des projets et des modes d’organisation structurants. Le rapprochement avec l’unité APC, mais également l’appui et l’écoute de nos départements, nous ont mis en situation d’envisager l’avenir plus sereinement.

Production


B- Production

Production de connaissances génériques et insertion scientifique

Articles à comité de lecture Diversité et adaptation Maïs ACL1 Eticha, D., The, C., Welcker, C., Narro, L., Stass, A. & Horst, W. J. (2005) Aluminium-induced

callose formation in root apices: inheritance and selection trait for adaptation of tropical maize to acid soils. Field Crops Research, 93, 252-263.

ACL2 Gouesnard, B., Rebourg, C., Welcker, C. & Charcosset, A. (2002) Analysis of photoperiod sensitivity within a collection of tropical maize populations. Genetic Resources and Crop Evolution, 49, 471-481.

ACL3 Rebourg, C., Chastanet, M., Gouesnard, B., Welcker, C., Dubreuil, P. & Charcosset, A. (2003) Maize introduction into Europe: the history reviewed in the light of molecular data. Theoretical and Applied Genetics, 106, 895-903.

ACL4 Sierra, J., Noël, C., Dufour, L., Ozier-Lafontaine, H., Welcker, C. & Desfontaines, L. (2003) Mineral nutrition and growth of tropical maize as affected by soil acidity. Plant and Soil, 252, 215-226.

ACL5 Sierra, J., Ozier-Lafontaine, H., Dufour, L., Meunier, A., Bonhomme, R. & Welcker, C. (2006) Nutrient and assimilate partitioning in two tropical maize cultivars in relation to their tolerance to soil acidity. Field Crops Research, 95, 234-249.

ACL6 Welcker, C., The, C., Andréau, B., De Leon, C., Parentoni, S. N., Bernal, J., Félicité, J., Zonkeng, C., Salazar, F., Narro, L., Charcosset, A. & Horst, W. J. (2005) Heterosis and combining ability for maize adaptation to tropical acid soils: Implications for future breeding strategies. Crop Science Society of America, 45, 2405-2413.

Interactions Bioagresseurs-Plantes maraîchères ACL7 Boissot, N., Lafortune, D., Pavis, C. & Sauvion, N. (2003) Field resistance to Bemisia tabaci in

Cucumis melo. HortScience, 38, 77-80. ACL8 Boissot, N., Urbino, C., Dintinger, J. & Pavis, C. (2008) Vector and graft inoculations of Potato

yellow mosaic virus reveal recessive resistance in Solanum pimpinellifolium. Annals of Applied Biology, 152, 263-269.

ACL9 Holt, J., Pavis, C., Marquier, M., Chancellor, T. C. B., Urbino, C. & Boissot, N. (2008) Insect-screened cultivation to reduce the invasion of tomato crops by Bemisia tabaci: modelling the impact on virus disease and vector. Agricultural and Forest Entomology, 10, 61-67.

ACL10 Lafortune, D., Béramis, M., Daubèze, A. M., Boissot, N. & Palloix, A. (2005) Partial resistance of pepper to bacterial wilt is oligogenetic and stable under tropical conditions. Plant disease, 89, 502-506.

ACL11 Pavis, C., Huc, A., Delvare, G. & Boissot, N. (2003) Diversity of the parasitoids of Bemisia tabaci B-biotype (Hemiptera : Aleyrodidae) in Guadeloupe island (West Indies). Environmental Entomology, 32, 608-613.

ACL12 Sauvion, N., Mauriello, V., Renard, B. & Boissot, N. (2005) Impact of melon accessions resistant to aphids on the demographic potential of silverleaf whitefly. Journal of Economic Entomology, 98, 557-567.

ACL13 Urbino, C. & Dalmon, A. (2007) Occurrence of tomato yellow leaf curl virus in tomato in Martinique, lesser antilles. Plant Disease, 91, 1058-1058.

ACL14 Urbino, C., Gérion, A. L., Poliakoff, F., Coranson, R., Dalmon, A., Tiego, G. & Babo, E. (2003) Les maladies à bégomovirus chez la tomate dans les départements français d'Outre-Mer : 1. Les départements français d'Amérique (Begomovirus diseases on tomatoes in french atlantic overseas departments). Phytoma : la Défense des Végétaux, 556, 52-55.

ACL15 Urbino, C., Le Bellec, F., Fournier, P., Bruyere, S., Ramassamy, S., Chidiac, A., Deroche, J. & Monerville, G. (2004) La maladie de la Tristeza des agrumes est en Guadeloupe : la production de plants de qualité s'impose (Citrus tristeza disease in Guadeloupe: the production of quality plants is now a major issue). Phytoma : la Défense des Végétaux, 573, 26-27.

ACL16 Urbino, C., Polston, J. E., Patte, C. P. & Caruana, M.-L. (2004) Characterization and genetic diversity of Potato yellow mosaic virus from the Caribbean. Archives of Virology, 149, 417-424.

ACL17 Urbino, C. & Tassius, K. (2003) First report of Tomato yellow leaf curl virus in tomato in Guadeloupe. Plant Disease, 87, 1397-1397.


Nématologie ACL18 Chabrier, C., Mauléon, H. & Quénéhervé, P. (2002) Combination of Steinernema carpocapsae

(Weiser) and pheromone lure : a prominsing strategy for biological of the banana black weevil Cosmopolites sordidus (Germar) on banana in Martinique. Nematology, 4, 190-191.

ACL19 Chabrier, C., Mauléon, H., Bertrand, P., Lassoudière, A. & Quénéhervé, P. (2005) En Martinique, méthodes alternatives pour réduire l’utilisation des nématicides et insecticides en bananeraies (Banana crops in the French West Indies: nematicides, insecticides and alternative methods used in banana plantations). Phytoma : la Défense des Végétaux, 584, 12-16.

ACL20 Denon, D. & Mauléon, H. (2004) The sweet potato weevil on Guadeloupe: Cylas formicarius threatens crop survival. Phytoma : la Défense des Végétaux, 14-15.

ACL22 Kermarrec, A., Panoma, S., Quénéhervé, P., Mauléon, H. & Castagnone-Sereno, P. (2002) Genetic variability of Meloidogyne mayaguensis isolates from the Caribbean. Nematology, 4, 171.

ACL23 Le Saux, R. & Queneherve, P. (2002) Differential chemotactic responses of two plant-parasitic nematodes, Meloidogyne incognita and Rotylenchulus reniformis, to some inorganic ions. Nematology, 4, 99-105.

ACL24 Mauléon, H., Denon, D. & Briand, S. (2006) Spatial and temporal distribution of Heterorhabditis indica in their natural habitats of Guadeloupe. Nematology, 8, 603-617.

ACL25 Simard, L., Belair, G., Stock, S. P., Mauléon, H. & Dionne, J. (2007) Natural occurrence of entomopathogenic nematodes (Rhabditida: Steinernematidae) on golf courses in eastern Canada. Nematology, 9, 325-332.

Ignames ACL26 Bousalem, M., Arnau, G., Hochu, I., Arnolin, R., Viader, V., Santoni, S. & David, J. (2006)

Microsatellite segregation analysis and cytogenetic evidence for tetrasomic inheritance in the American yam Dioscorea trifida and a new basic chromosome number in the Dioscoreae. Theoretical and Applied Genetics, 113, 439-451.

ACL27 Bousalem, M., Boulardin, G., Viadier, V., Basso, T., Béreau, D., De Granville, J.-J., Caristan, P., Pham, J.-L. & Arnolin, R. (in press) The american yam, Dioscorea trifida, and its wild relatives in French Guyana : human and ecogeographic environment, collecting and in vitro conservation. Acta Amazonica.

ACL28 Bousalem, M., Dallot, S., Fuji, S. & Natsuaki, K. T. (2003) Origin, world-wide dispersion, bio-geographical diversification, radiation and recombination: an evolutionary history of Yam mild mosaic virus (YMMV). Infection, Genetics and Evolution, 3, 189-206.

ACL29 Bousalem, M., Douzery, E. J. P. & Seal, S. E. (2008) Taxonomy, molecular phylogeny and evolution of plant reverse transcribing viruses. Archives of Virology, 153, 1085-1102.

ACL30 Bousalem, M. & Loubet, S. (2008) Molecular evidence for a new potyvirus species in yam (Dioscorea spp.) on the island of Guadeloupe. Plant Pathology, 57, 389.

ACL31 Gallet, S., Gamiette, F., Filloux, D. & Engelmann, F. (2007) Cryopreservation of yam germplasm in Guadeloupe (FWI). Advances in Horticultural Science, 21, 244-246.

ACL32 Hochu, I., Santoni, S. & Bousalem, M. (2006) Isolation, characterization and cross-species amplification of microsatellite DNA loci in the tropical American yam Dioscorea trifida. Molecular Ecology, 6, 137-140.

ACL33 Jacqua, G., Salles, M., Poliphème, F. & Pallud, M. (2008) Anthracnose de l'igname trois données sur son épidémiologie aux Antilles - Comment le champignon responsable pénètre dans les plantes, comment il se disperse, et sur quelles plantes hôte on peut le trouver. Phytoma : la Défense des Végétaux, 617, 26-28.

ACL34 Onyeka, T. J., Pétro, D., Ano, G., Etienne, S. & Rubens, S. (2006) Resistance in water yam (Dioscorea alata) cultivars in the French West Indies to anthracnose disease based on tissue culture-derived whole-plant assay. Plant Pathology, 55, 671-678.

ACL35 Onyeka, T. J., Pétro, D., Etienne, S., Jacqua, G. & Ano, G. (2006) Optimizing controlled environnement assessment of levels of resistance to yam Anthracnose disease using tissue culture-derived whole plants. Journal Phytopathology, 154, 286-292.

ACL36 Ripoche, A., Jacqua, G., Bussière, F., Guyader, S. & Sierra, G. (2008) Survival of Colletotrichum gloeosporioides (causal agent of yam anthracnose) on yam residues decomposing in soil. Applied Soil ecology, 38, 270-278.

ACL37 Vaillant, V., Bade, P. & Constant, C. (2005) Photoperiod affects the growth and development of yam plantlets obtained by in vitro propagation. Biologia Plantarium, 49, 355-359.

Production


Entomologie & botanique ACL38 Etienne, J. (2005) The aphids from Guadeloupe, the Greater and Lesser Antilles (Hemiptera,

Aphididae). Bulletin de la Société Entomologique de France, 110, 455-462. ACL39 Etienne, J. & Flechtmann, C. H. W. (2006) First record of Raoiella indica (Hirst, 1924) (Acari:

Tenuipalpidae) in Guadeloupe and Saint Martin, West Indies. International Journal of Acarology, 32, 331-332.

ACL40 Etienne, J. & Martinez, M. (2002) Agromyzidae from Guadeloupe: new species and additional note (Diptera). Nouvelle Revue d'Entomologie, 19, 249-272.

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ACL42 Etienne, J., Martinez, M. & Boecasse, G. (2004) First known record of the pest Melanagromyza obtusa (Malloch) in the Neotropical Region (Dipt., Agromyzidae). Bulletin de la Societe Entomologique de France, 109, 105-106.

ACL43 Etienne, J. & Streito, J.-C. (2008) Premier signalement en Guadeloupe et en Martinique de Pseudacysta perseae (Heidemann, 1908), un ravageur de l'avocatier (Hemiptera, Tingidae). Bulletin de la société entomologique de France, 113, 121-122.

ACL44 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2002) New records of plant mites (Acari, Acaridae, Tetranichidae) from Guadeloupe and Marie Galante with descriptions of five new eriophyid species. Zootaxa, 47, 1-16.

ACL45 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2003) Two new species of eriophyid mites (Acari: Eriophyidae) from Guadeloupe and Marie Galante, with records on other plant mites. Zootaxa, 271, 1-7.

ACL46 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2004) The red palm mite, Raoiella indica Hirst, a threat to palms in the Americas (Acari: Prostigmata: Tenuipalpidae). Systematic and Applied Acarology, 9, 109-110.

ACL47 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2005a) On plant mites from Guadeloupe, with descriptions of four new species of Eriophyidae. Zootaxa, 1046, 55-68.

ACL48 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2005b) Un nouvel acarien ravageur des palmiers - En Martinique, premier signalement de Raoiella indica dans les Caraïbes (Raoiella indica, new pest of palms in the Carribean). Phytoma : la Défense des Végétaux, 584, 10-11.

ACL49 Flechtmann, H. W. & Etienne, J. (2006) Further notes on plant associated mites (acari) from Guadeloupe and Les Saintes, lesser Antilles International Journal of Acarology, 32, 377-382.

ACL50 Fournet, J. & Sastre, C. (2002) Recent advances in the knowledge of the flora of Guadeloupe and Martinique (Progrès récents dans la connaissance de la flore de Guadeloupe et de Martinique. Acta Botanica Gallica, 149, 481-500.

ACL51 Gagne, R. J. & Etienne, J. (2006) Gephyraulus mangiferae (Felt), N. Comb. (Diptera: Cecidomyiidae): a mango pest from India newly recorded from the western hemisphere. Proceedings of the Entomological Society of Washington, 108, 930-937.

ACL52 Kreiter, S., Tixier, M. S. & Etienne, J. (2006) New records of Phytoseiid mites (Acari : Mesostigmata) from the french Antilles, with description of Neoseiulus cecileae sp.nov. Zootaxa, 1294, 1-27.

ACL53 Matile-Ferrero, D. & Etienne, J. (2006a) Cochenilles des Antilles Françaises et de quelques autres îles des Caraïbes. Revue Française d'Entomologie, 28, 161-190.

ACL54 Matile-Ferrero, D. & Etienne, J. (2006b) Scale insects from the French Antilles and some other Caribbean islands [Hemiptera, Coccoidea]. Revue Francaise d'Entomologie, 28, 161-190.

ACL55 Matile-Ferrero, D., Williams, D. J. & Etienne, J. (2006) The identity of two scale insects described by Alfred Giard in 1897 from Guadeloupe on the roots of coffee [Hemiptera: Coccoidea]. Revue Francaise d'Entomologie, 28, 69-70.

ACL56 Martinez, M. & Etienne, J. (2002a) Deux remarquable espèces nouvelles d'agromyzidae des Antilles francaises [Diptera] Revue Francaise d'Entomologie, 24, 143-150.

ACL57 Martinez, M. & Etienne, J. (2002b) Systematic and biogeographic list of Agromyzidae (Diptera) of the neotropical region. Bollettino di Zoologia Agraria e di Bachicoltura, 34, 25-52.

ACL58 Streito, J.-C., Etienne, J. & Balmès, V. (2007) Aleyrodidae des Antilles et de la Guyane Française [Hemiptera, Sternorrhyncha]. Revue Française d'Entomologie, 29, 57-72.


En partenariat ACL59 Bâ, A. M., Samba, R., Sylla, S. N., Le Roux, C., Neyra, M., Rousteau, A., Imbert, D. & Toribio, A.

(2004) Characterization of the diversity of symbiotic microorganisms in Pterocarpus officinalis in swamp forests of Guadeloupe and Martinique. Revue d'Ecologie-La Terre et la Vie, 59, 163-170.

ACL60 Bandou, E., Lebailly, F., Muller, F., Dulormne, M., Toribio, A., Chabrol, J., Courtecuisse, R., Plenchette, C., Prin, Y., Duponnois, R., Thiao, M., Sylla, S., Dreyfus, B. & Ba, A. M. (2006) The ectomycorrhizal fungus Scleroderma bermudense alleviates salt stress in seagrape (Coccoloba uvifera L.) seedlings. Mycorrhiza, 16, 559-565.

ACL61 Saint-Etienne, L., Paul, S., Imbert, D., Dulormne, M., Muller, F., Toribio, A., Plenchette, C. & Bâ, A. M. (2006) Arbuscular mycorrhizal soil infectivity in a stand of the wetland tree Pterocarpus officinalis along a salinity gradient. Forest Ecology and Management, 232, 86-89.

ACL62 Lorvelec, O., Levesque, A., Barré, N., Feldmann, P., Leblond, G., Jaffard, M. E., Pascal, M. & Pavis, C. (2004) Evolution of the population density of the Lesser Antillean Iguana (Iguana delicatissima) in the Petite Terre Islands Natural Reserve (Guadeloupe, French West Indies) between 1995 and 2002. Revue d' Ecologie-la Terre et la Vie, 59, 331-344.

ACL63 Lorvelec, O. L., Pascal, M., Pavis, C. & Feldmann, P. (2007) Amphibians and reptiles of the french West Indies : Inventory, threats and conservation. Applied Herpetology, 4, 131-161.

Participation aux congrès

Communications avec actes dans des congrès ACT1 Ano, G., Anaïs, G. & Marival, P. (2002a) Création de variétés d'Igname D. Alata résistantes à

l'anthracnose. Proc. of the 38th Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Trois-Ilets (Martinique), 38 : 239-244.

ACT2 Ano, G., Anaïs, G. & Marival, P. (2002b) Création de variétés de tomates résistantes au PYMV et à Ralstonia solanacearum, adaptées aux régions tropicales. Proc. of the 38th Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Trois-Ilets (Martinique), 38 (1) : 235-238.

ACT3 Arnolin, R., Osseux, J. & Kerbellec, F. (2005) La filière vitroplants d'igname. Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41 (2) : 462-472.

ACT4 Coranson-Beaudu, R., Wicker, E., William, A., Anaïs, G., Amar, C. & Blu, F. (2005) Résistance variétale contre le dépérissement bactérien de l'anthurium dû à Ralstonia Solanacearum en Martinique : developpement d'un test de criblage pour la distinction de nouveaux hybrides. Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 574-575.

ACT5 Gamiette, F., Rousteau, A., Fournet, J., Morin, J. & Gomez, R.-M. (2005) Potentialites of valorisation as food crop of the wild yam Dioscorea cordata, native from west indies islands. Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 421-423.

ACT6 Jacqua, G., Bonhomme, R. & Anaïs, G. (2003) Evaluation en plein champ de la nuisibilité de l'Anthracnose de l'igname D. alata selon la période de développement de la maladie. Proc. of the 39th Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Grand Anse (Grenada), 39 : 164-171.

ACT7 Jacqua, G., Farant, M. & Vaillant, V. (2001) Etudes d'isolats de Colletotrichum gloesporioides rencontrés sur l'igname D. alata L., dans différentes zones de culture de la Guadeloupe. Proc. of the 37st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Port of Spain (Trinidad & Tobago), 37: 347.

ACT8 Le Bellec, F., Herzog, D., Fournier, P., Mauléon, H., Renard-Le Bellec, V. & Ramassamy, M. (2005) La production fruitière intégrée en Guadeloupe. Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 257-264.

ACT9 Onyeka, T. J., Pétro, D., Jacqua, G., Etienne, S., Rubens, S., Renac, P. & Gélabale, J. (2005) Assessement of partial resistance to anthracnose in water yam (D. alata) using tissue culture generated whole plants. IOBC WPRS/SROP Conference - Breeeding for Plant Resistance to Pests and Diseases, Mites and Pathogens, pp. 51-57. Bialowieza (Poland).

ACT10 Pavis, C., Urbino, C., Rousseau, M.-L., Lange, D., Robin, M.-N., Huc, A., Gotin, R. & Boissot, N. (2005) En quoi l'étude de l'épidémiologie des maladies à bégomovirus de la tomate peut-elle aider à la conception de systèmes de culture innovants ? Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 294-305.

ACT11 Sicard, M., Pagès, S., Mauléon, H., Moulia, C. & Boëmare, N. (2003) Analyse des ressources génétiques des symbioses bactério-helminthiques Xenorhabdus/Steinernema et Photorhabdus /Heterorhabditis. Les Actes du Bureau des Ressources Génétiques, pp. 491-503.

Production


ACT12 Sicard, M., Pagès, S., Mauléon, H., Moulia, H. & Boëmare, N. (2002) Maintien spatio-temporel et spécificité des symbioses bactério-helminthiques Xenorrhabdus/Steinernema et Photorhabdus/Heterorhabditis. 4. colloque National : Le patrimoine génétique - La diversité et la ressource, pp. 491-503. Les actes du BRG 4

ACT13 Siol, M., Welcker, C., Cinna, J.-P., Félicité, J., Boyat, A. & Gouesnard, B. (2005) Hétérosis, dépression de consanguinité et diversité génétique des maïs de l'archipel guadeloupéen. Colloque du BRG, pp. 85-97.

ACT14 Urbino, C., Pavis, C. & Boissot, N. (2002) BETOCARIB : Un projet pour identifier des stratégies de lutte contre les maladies à bégomovirus dans la Caraïbe. Proc. of the 38th Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Trois-Ilets (Martinique), 38 : 222-225. Trois-Ilets Martinique, Guadeloupe.

ACT15 Vuillaume, C., Teycheney, P. Y., Dollet, M., Daugrois, H., Pavis, C., Palloix, A., Urbino, C., Lavigne, C., Goguey, T., Martinez, D., Lafrançois, T. & Molia, S. (2005) Update on french caribbean safeguarding invasive species CIRAD-INRA initiatives. Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41 : 81-86.

ACT16 Welcker, C., Bernard, B., Cinna, J.-P., Félicité, J., Rebourg, C., Gouesnard, B. & Charcosset, A. (2002) Originalité des populations traditionnelles de maïs de Guadeloupe et structuration de la diversité en milieu insulaire. 4. Colloque national : Le Patrimoine génétique, La diversité et la ressource. Bureau des Ressources Génétiques (BR ), La Châtre.

ACT17 Kermarrec, A., Panoma, S., Quénéhervé, P., Mauléon, H., Castagnone, P. 2002. Genetic variability of Meloidogyne mayaguensis isolates from the Caribbean. Proceeding of the Fourth International Congress of Nematology (8-13 June 2002, Arona, Tenerife, Canary Island).

Communications sans actes dans des congrès

COM1 Boëmare, N. & Mauléon, H. (2004) Implementation of the entomopathogénic bacterium helminthic complexes (Xenorhabdus/Steinernema and Photorhabdus) for biological control of agricultural pest. Oral présentation. Forum on Biocontrol and Environnement-Safety (FBES), China.

COM2 Chabrier, C. & Mauléon, H. (2003) Uso de nematoides entomopatogenicos no contrôle do moleque da bananeira. XXIV. Oral presentation Congresso Brasileiro de Nematologia. Petrolina, Brasil.

Communications par affiches dans des congrès (AFF)

AFF1 Boissot, N., Marchal, C., Sauvion, N., Lafortune, D., Chareyron, V., Etresse, E., Marival, D. & Pavis, C. (2005) Identification of QTL involved in resistance to Hemiptera in Cucumis melo. Poster presented at the Biennal Plant Resistance to Insects Workshop, pp. Baton Rouge (USA).

AFF2 Delatte, H., Urbino, C., Grondin, M., Huc, A., Gamiette, F., Boissot, N., Reynaud, B. & Dintinger, J. (2004) Identification of resistance to Potato yellow mosaic virus (Guadeloupe) and Tomato yellow leaf curl virus (Réunion) among some Lycopersicon species. Poster presented at the1st International Symposium on Tomato Diseases. Orlando, Florida, USA.

AFF3 Fougnies L., Renciot S., Muller F., Dulorme M., Prin Y., Le Roux C., Bouvet S.M., Béna G., Dreyfus B., Toribio A., Plenchette C., Bâ A.M. 2004. Nodulation and growth of mycorrhizal Pterocarpus officinalis (Jacq.) seedlings in response to flooding. 11th Congress of African Association for Biological Nitrogen Fixation. IRD/UCAD/ISRA/CIRAD, Dakar Senegal, November 22-27, 2004.

AFF4 Frézal, L., Jacqua, G. & Neema, C. (2004) Diversité génétique de Colletotrichum gloeosporioides, agent causal de l’anthracnose de l'igname blanche (D. alata) en Guadeloupe. Poster présenté à la Conférence AFPP 2004.

AFF5 Frézal, L., Jacqua, G. & Neema, C. (2005) Genetic diversity of Colletotrichum gloeosporioides causing anthracnose disease on Yam (D. alata) in Guadeloupe and Martinique. Poster présenté au 9ème Atelier international d'épidémiologie végétale 11 - 15 avril 2005, Landernau (France).

AFF3 Gamiette, F., Rousteau, A., Fournet, J. & Morin, J. (2005) Prospect to an agricultural valorisation of the wild yam D.cordata native from the West Indian islands. Poster presented at the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe).

AFF4 Gamiette, F., Pavis, C., Gomez, R.-M., Lange, D., Rubens, S., Lator, J. & Irep, J.-L. (2005) Conservation of yam (Dioscorea spp.) genetic resources in Guadeloupe (French west indies). Poster presented et the Symposium Recursos Généticos para América Latina y el Caribe (SIRGEALC). Montevideo (Uruguay).

AFF5 Gamiette, F., Gallet, S., Gomez, R.-M., Lange, D., Rubens, S., Lator, J., Irep, J.-L. & Bandou, E. (2007) Conservation of yam (Dioscorea spp.) genetic resources in Guadeloupe. Poster presented at the Meeting CAPGERNET Development of a regional strategy fir the conservation of plant genetic resources. (Trinidad & Tobago).

AFF6 Gamiette,F., Boisseau, M.,Jenny, C., Horry J.-P., Roques D., Le Bellec F., Amar & Pavis C. (2007) Implementación de centros de recursos fitogenéticos tropicales en las Antillas Francesas. Poster presented at the Meeting Recursos genéticos para America Latina y el Caribe (SIRGEALC) México.


Projets retenus

N° - Année Objet Bailleur k€ unité

PR1 2002 Maize for sustainable cropping systems on tropical acid soils - from molecular biology to field cultivation

UE INCO 235

PR2 2002 Incidence sur l'hétérosis et l'adaptation locale d'une gestion en populations isolées chez une espèce allogame

BRG 96

PR3 2002 Protection intégrée contre Bemisia tabaci et les bégomovirus en systèmes maraîchers tropicaux

INRA AIP Protection intégrée

23

PR4 2002 Mise en œuvre d’un atelier de caractérisation des ressources biologiques et d’une halle technologique

CPER8

182

PR5 2002 Begomovirus diseases management for sustainable production of tomato in the caribbean

UE INCO 83

PR6 2003 Evaluation des résistances du melon aux aleurodes Bemisia tabaci Ministère Outre-Mer 30 PR7 2003 Diversité et origine des ignames cultivées BRG 11 PR8 2003 Relance de la production d’igname indien à partir de vitroplants ODEADOM 12 PR9 2003 Systématique des nématodes entomoparasites INRA AIP 6 PR10 2004 Collecte, caractérisation et conservation de la biodiversité des

ignames non cultivées Ministère de l'Outre-Mer

30

PR11 2005 Aménagement d'une halle technologique et restructuration du bâtiment recherche

CPER 357

PR12 2005 Mise en place d’un CRB plantes tropicales et pathogènes associés dans les Antilles françaises

Ministère de la Recherche

150

PR13 2006 CRB en Guadeloupe (volet Agronomie et volet Santé humaine) - Assurance qualité, bases de données

Ministère de la Recherche

160

PR14 2006 Production intégrée en culture d’ignames. Vers des systèmes de culture innovants

CPER 231

PR15 2006 Protection intégrée en culture vivrière CPER 72 PR16 2008 Cartographie de la résistance à l’anthracnose chez l’igname INRA séquençage 4 PR17 2008 Développement de marqueurs microsatellites pour le génotypage des

collections d’ignames et la cartographie des descendances pour la résistance à l’anthracnose

INRA-CIRAD AIP 20

PR18 2008 CRB Plantes Tropicales : assurance qualité et assainissement d’accessions d’ignames américaines

Région Guadeloupe 42

PR19 2008 Modélisation du rôle des facteurs de l’environnement sur l’élaboration du rendement, et sur l’expression d’une maladie limitant fortement la production

Région Guadeloupe 60

PR20 2008 Modéliser les interactions entre développement de la plante, architecture du couvert et épidémies de maladies fongiques aériennes

ANR 81

Développement d'instruments mis à la disposition de communautés scientifiques

Centres de ressources biologiques INRA-CIRAD (2005) Centre de ressources biologiques Plantes tropicales des Antilles françaises. Site web

http://collections.antilles.inra.fr/

Bases de données Gamiette (2005) Système d’informations sur les ressources biologiques Ignames.

http://collections.antilles.inra.fr/initBRCCard.do?idBrc=1 Fournet, J. & Pavis, C. (2005) Herbier de Guadeloupe.

http://collections.antilles.inra.fr/initBRCCard.do?idBrc=8 Fournet, J. & Pavis, C. (2005) Système d’informations sur la flore des Antilles françaises.

http://collections.antilles.inra.fr/initBRCCard.do?idBrc=7 Pavis, C., Marival, D. & Chovet, G. Collections entomologiques des Antilles françaises.

8 Contrat de Plan Etat-Région

Production


Construction de partenariats socio-économiques et de coopérations institutionnelles

Définition de nouveaux projets (de recherche-développement, de transfert...) Année Porteur Objet Partenaires 2005 INRA

URPV & URAPC, CIRAD

Production intégrée en culture d’ignames - Vers l’élaboration de systèmes de culture innovants. Projet de recherche-développement

2005 INRA URPV

Appui aux filières de diversification - Protection intégrée en cultures vivrières - Projet de recherche-développement

Groupement de producteurs d’Ignames (UPROFIG), Chambre d’Agriculture de la Guadeloupe

2007 Programme sectoriel Diversification Maîtriser l’enherbement - Réaliser un diagnostic agronomique régional - Définir les ITK post culture in vitro - Elargir la gamme variétale – Développement de la filière de plants issus de vitroculture. Cultures florales : transférer de nouvelles variétés d’Alpinia (coloris diversifiés) et d’Anthurium (résistantes aux maladies)

Chambre d’Agriculture, Service de la Protection des Végétaux, groupement de producteurs d’Ignames

2008

INRA URPV & URAPC

Programme sectoriel Ecophyto-DOM Guadeloupe Mise en place d'un schéma de production de plants sains, basé sur la culture in vitro - Lutte biologique contre les charançons des cultures - Evaluation globale des méthodes à moindres intrants

Chambre d’Agriculture, Service de la Protection des Végétaux, instituts techniques (canne, banane) & groupements de producteurs

2008 INRA Antilles-Guyane

Favoriser le transfert et la recherche-développement en agriculture en Guyane. Projet de mise en place d’un dispositif d’appui

Chambre d’Agriculture de Guyane, groupements de producteurs, services de l’Etat et de la Région, Lycée agricole

Obtention de contrats de recherche financés par des partenaires socio-économiques PR21 (2006) Recherche-développement dans les domaines de la tomate et l'igname. 23 000 €. Chambre

d’Agriculture de la Martinique.

Cours et colloques pour les professionnels (2005, 2006, 2007) Production Fruitière Intégrée en vergers d'agrumes, organisée par WI Phytoservice.

Utilisation de nématodes entomopathogènes pour le contrôle des ravageurs.

Contrats-cadres avec des partenaires institutionnels INRA-CIRAD (2004) Contrat-cadre de recherche sur l'igname de toutes espèces: -la résistance de l'igname

D. alata à l'anthracnose -le marquage précoce du sexe -l'analyse des bases génétiques de l'amélioration des ignames -la mise au points de systèmes de culture innovants. -l'écophysiologie.

Participation à des instances Pavis, C. (2002-2005) Membre du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel de la Guadeloupe. Pavis, C. (2002-2006) Membre du Conseil scientifique du Parc National de la Guadeloupe. Pavis, C. (2006-2008) Vice-présidente du Conseil scientifique du Parc National de la Guadeloupe. Pavis, C. & A. Toribio (2002-2008). Membres de la commission de spécialistes sections CNU 66, 67, 68,

Université Antilles-Guyane.


Production de connaissances opérationnelles et de méthodes pour l'action

Publications dans des revues techniques ou professionnelles

ART1 Ano, G., Anaïs, G. & Chidiac, A. (2002) Création de variétés résistantes aux maladies en Guadeloupe : Eléments indispensables de diversification agricole (Creation and use of disease-resistant varieties in Guadeloupe : essential elements for agricultural diversification). Phytoma : la Défense des Végétaux, 551, 36-37.

ART2 Ano, G., Anaïs, G., Marival, P. & Chidiac, A. (2004) L'amélioration de la tomate pour les régions tropicales de plaine : travaux en Guadeloupe. Phytoma : la Défense des Végétaux, 573, 23-25.

ART3 Ano, G. & Blancard, D. (2004) Les cultures maraîchères en Guadeloupe et leurs problèmes phytosanitaires (The market garden crops in Guadeloupe and their phytosanitary problems). PHM Revue Horticole, 39-44.

ART4 Ano, G., Gélabale, J. & Marival, P. (2005) L’igname D. alata, la génétique et l’anthracnose en Guadeloupe, contribution de l’INRA : passage de la collecte-introduction à la création de variétés résistantes (Genetic against anthracnose of yam breeding program in Guadeloupe). Phytoma : la Défense des Végétaux, 584, 36-39.

ART5 Arnolin, R. & Lombion, K. (2005) L'Igname cousse-cousse Dioscorea trifida et les virus. Phytoma : la Défense des Végétaux, 584, 33-35.

ART6 Mathurin, P., Jaubertie, J. P. & Lemoine, M.-C. (2006) Recherche de clones de patate douce adaptés aux conditions de l'Allier. PHM Revue Horticole, 482, 33-37.

ART7 Jacqua, G., Frézal, L. & Neema, C. (2005) Evaluation de la sensibilité de génotypes d'ignames à l'anthracnose (Colletotrichum gloesporidae) : test in vitro sur feuilles isolées. Le Cahier des Techniques de l'INRA, N° spécial 2005, 139-142.

ART8 Lafortune, D. (2005) Evaluation de résistances partielles du poivron à Ralstonia solanacearum. Le Cahier des Techniques de l'INRA, N° spécial 2005, 193-196.

Contrats de licence INRA-CIRAD (2004) Contrat de licence de savoir-faire avec la société NOVAGRICA pour la production de

nématodes entomopathogènes. N° 04055 SF. INRA (2004) Règlement de copropriété de la souche de nématode SK27 (Steinerma carpocapsae)

sélectionnée par l'INRA et les résultats des essais en champ menés par le CIRAD en Martinique pendant 3 ans avec cette souche dans la lutte biologique contre le charançon du bananier.

Nouvelles variétés Patate douce (Ipomoea batatas). Un hybride a faible teneur en sucres solubles (Pomme patate) diffusé. Anthuriums (Anthurium andreanum) - Hybrides résistants à Xanthomonas campestris. 3 hybrides adaptés aux

goûts des producteurs, projet de transfert en cours de montage. Alpinias (Alpinia purpurata) - Hybrides à coloris diversifiés. Portefeuille d’une trentaine d’hybrides, projet

de transfert en cours de montage. Ignames (Dioscorea alata) - Hybrides résistants à l’anthracnose et adaptés aux terroirs. Un hybride transféré

en Guadeloupe et Martinique (Boutou), 5 hybrides en cours de démonstration. Ignames (D. cayenensis) - Hybrides diversifiés en cours de démonstration.

Guides et manuels opératoires Chambres d’Agriculture Guadeloupe & Martinique, INRA (2003) L'igname - Manuel du planteur, 106 pp. INRA/URPV, SPV & UPROFIG (2005) Ravageurs et maladies de l'igname en Guadeloupe – Jeu de 10

fiches techniques. ASSOFWI, INRA & CIRAD (2006) Manuel technique - Cultures fruitières en Guadeloupe : lutte biologique

contre les charançons des agrumes pp. 47-49.

Production


Expertise collective EXP1 Blanchard, E., Toribio, A. & Mbolodi-Baron, H. (2005) Faisabilité économique de la canne à sucre

biologique. In Agriculture biologique en Martinique pp. 408-413. Editions IRD, Paris. EXP2 Toribio, A. (2005a) Les cultures vivrières biologiques. In Agriculture biologique en Martinique pp.

197-207. Editions IRD, Paris. EXP3 Toribio, A. (2005b) Santé des plantes en agriculture biologique. In Agriculture biologique en

Martinique pp. 97-105. Editions IRD, Paris. EXP4 Toribio, A. & Fournet, J. (2005) Gestion des adventices. In Agriculture biologique en Martinique pp.

120-132. Editions IRD, Paris. EXP5 Toribio, A. & Mbolodi-Baron, H. (2005) La canne à sucre biologique. In Agriculture biologique en

Martinique pp. 166-181. Editions IRD, Paris. EXP6 Toribio, A. (2005) Scientific and technical assistance to OECS member states – Technical mission on

root crops in dominica and Saint Lucia, Nov. 6-8 and 9-11 2005. In : ECS Sub-Regional Dialogue on Agriculture and Rural Development I. Ray Gardens Inn – Rodney Bay, Gros Islet, Saint Lucia, November 07-08 2006. CARDI, CIRAD, République Française, IICA, FAO UNDP.

Fonctionnement et vie de l'unité

Séminaires internes INRA URPV & URAPC (2003) Sensibilisation à la thématique ‘Systèmes de culture’. INRA URPV & URAPC (2004) Réflexion sur des projets fédérateurs INRA-CIRAD. INRA URPV & URAPC, CIRAD (2004) Séminaire rapprochement INRA-CIRAD ‘Ressources biologiques’

et ‘Systèmes de culture’. INRA URPV & URAPC (2006) Séminaire annuel du projet intégré Ignames. INRA URPV & URAPC (2007) Séminaire annuel du projet intégré Ignames.

Accueil et échanges de personnel 2002-2005 Accueil C. Urbino, chercheur virologue du CIRAD (Guadeloupe), pour la participation au

programme sur les interactions plantes-insectes-virus.


C- Enseignement et formation par la recherche

Responsabilités dans des écoles doctorales

Du fait du faible nombre de chargés et directeurs de recherche dans l’unité, notre participation à l’enseignement supérieur a été limitée à quelques heures d’enseignement par an. Nous sommes intervenus dans un DEA axé à la fois sur les écosystèmes naturels et cultivés. DEA ‘Environnement et valorisation de la biodiversité tropicale’ Université Antiles-Guyane

2002 Responsabilité du module ‘Gestion durable des écosystèmes cultivés tropicaux’ Conservation et gestion de la biodiversité végétale. C. Welcker (2 h) Caractérisation et utilisation de la biodiversité pour la création variétale. N. Boissot (2 h) Association d’espèces et de variétés cultivées pour une meilleure maîtrise des pressions parasitaires et des atteintes à l’environnement (4h). A. Kermarrec (2 h) et C. Pavis (2 h). 2003 Modèles et dynamique des populations. N. Sauvion (2 h) 2005 Modélisation. Applications à la dynamique des populations et l’épidémiologie. C. Pavis (2 h)

Formation par la recherche

Du fait de la capacité d’encadrement scientifique limitée dans l’unité, nous ne sommes pas en mesure d’accueillir de doctorants (un seul accueilli sur la période). Dans certains cas, nous co-encadrons, ou participons à des comités de pilotage. Cette situation en train d’évoluer, du fait de notre rapprochement avec l’unité APC. Un doctorant co-encadré par deux chercheurs des deux unités est en cours de recrutement.

Nos départements nous ont par contre appuyés, en nous permettant de recruter des post-doctorants, en pathologie et génétique végétales (6 années de post-doctorants sur la période).

Nous avons pu mettre à profit notre expertise en phytotechnie à travers de l’encadrement d’étudiants de Lycées Agricoles (un tiers des accueils).

Nous encadrons régulièrement des étudiants de l’Université Antilles-Guyane (LMD), mais aussi d’universités de métropole et du Canada. Nous bénéficions des volontaires à l’aide technique (VAT), qui ont le plus souvent le niveau ingénieur.

L (20)M2 (10)

M1 (10)

Secondaire (6)

DEUG (5)

Postdoc (3)

Doc (1)

BTS-BEP (24)

VAT (8)

Nombre de stagiaires de différentes origines encadrés entre 2002 et 2007.

Enseignement & formation


Thèses et stages encadrés dans l'unité Thèse THE1 Frézal, L. (2005) Etude de la diversité génétique de Colletotrichum gloeosporioides, responsable de

l'anthracnose de l'igname Dioscorea alata en Guadeloupe. Thèse de doctorat en sciences, Université de Paris-Sud, 113 pp.

Stages Agrapart, J. (2004) Etude du développement épidémique des maladies à bégomovirus PYMV et TYLCV sur

tomate en Guadeloupe ; Effet de la pression d'inoculum primaire, des populations de vecteurs et de protection physique. DESS Gestion des Systèmes Agro-Sylvo-Pastoraux en Zones Tropicales, Université Paris XII Val de Marne, 60 pp.

Anaïs, C. (2002) Obtention de variétés de poivron résistantes aux virus et bactéries. Expérimentation en zone intertropicale - Réseau LIRA. Mémoire BTSA Amélioration des Plantes et Technologies des Semences, Centre de Promotion Rurale Lempdes, 40 pp.

Arite-Zelise, M. (2003) Amélioration variétale de la tomate vis à vis de R. Solanacearum et Geminivirus BTS TV option Amélioration des Plantes et Technologies des semences, 44 pp.

Arthein, M. (2006) Influence de la fertilisation azotée sur les teneurs en ammonium, nitrate et sur l’activité Nitrate Réductase de feuilles d’igname (Dioscorea spp.) Master Bio ressources des Régions Tropicale et Méditerranéennes, Université Paris XII Val de Marne /Créteil, 20 pp.

Beuzelin, J. (2002) Etude de la variabilité phénotypique de souches guadeloupéennes du puceron Aphis gossypii Glover. Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie, Université de Rennes, 32 pp.

Cafe, D., Nicodi, M., Carduner, S., Chatony, M. & Jacoby-Koaly, K. (2002) Impacts, Pertinence et Limites de la Lutte Biologique : Applications Entomologiques de la Lutte Biologique. Maîtrise en Sciences et Techniques Agronomiques et Développement Rural, Université Antilles-Guyane, 42 pp.

Cathorc, E. (2008) Etude de la composition en glucides des tubercules de D. cayenensis cv Grande savane à différents stades de leur croissance en relation avec la photopériode. BTS Biochimie Martinique.

Césaire, L. (2007) Comportement variétal de Disocorea alata face à l'anthracnose. BTSA Rechnologies végétales, amélioration des plantes et technologies des semences et plants, LEGTA Guadeloupe, 64 pp.

Charles, M. (2005) Domestication d'une igname sauvage, Dioscorea cordata. Licence Mémoire de stage de Licence Professionnelle en Agroenvironnement, 30 pp.

D'Amours Loowther, S. J. (2003) Etude de la diversité génétique de Dioscorea trifida. DEUG Baccalauréat en Biologie, Université de Sherbrooke (Canada), 5 pp.

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De la Chevrotière, C. (2004) Caractérisation des bégomovirus présents en Guadeloupe dans les plantes adventices. DEUG Baccalauréat en Biologie, Université de Sherbrooke (Canada), 32 pp.

Delcourt, S. (2008) Cartographie des facteurs génétiques de la résistance à l’anthracnose chez l’igname Dioscorea alata. Master 2 spécialité technologies du végétal et productions spécialisées, Université d’Angers, 29 pp.

Durand, O. (2004) Incidence et prevalence des Badnavirus et des potyvirus chez les ignames (Dioscorea sp.) sauvages et cultivées - Analyse comparative de la diversité de l'hôte et des badnavirus associés. Ecole d'Ingénieur HES, Lulliers/Changins, Suisse, 48 pp.

Edon, K. (2004) Maladies des feuilles jaunes de la canne à sucre : analyse de la dissémination du virus et caractérisation de cultivars résistants au vecteur. DEA Environnement Tropical et Valorisation de la Biodiversité, Université Antilles-Guyane 32 pp.

Faucheux, P. (2008) Igname et anthracnose, éléments d'épidémiologie : modélisation tridimensionnelle des feuilles et dispersion des spores par la pluie. Diplôme d'Agronomie Générale (stage d'année interstitielle), Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie de Rennes, 35 pp.

Frénet, C. (2008) Contribution à la caractérisation des Curvularia sur l’Igname en Guadeloupe . BTS Technologies Végétales, LEGTA de l’Oise, 26 pp.

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Germain, M.-A. (2007) Génotypage à l’aide de marqueurs AFLP d’une population F1 pour la cartographie

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Goudou, L. (2002) Contribution à la mise au point d'une méthode d'estimation conjointe de la colonisation fusarienne et mycorhiziennes des racines chez l'igname. Maîtrise de biologie populations et des écosystèmes, Université Antilles-Guyane, 20 pp.

Guilmette, M. (2002) Recherche de résistance au flétrissement bactérien causé par Ralstonia solanacearum et au PYMV chez différents génotypesnde Lycopersicon esculentum et pimpinellifolium. Maîtrise de Biologie, option Microbiologie, Université de Sherbrooke (Canada), 19 pp.

Jutras, M.-E. (2002) Influence de l'humidité relative sur le cycle biologique de l'aleurode Bemisia tabaci biotype B sur melon. Maîtrise de Biologie, option Ecologie, Université de Sherbrooke (Canada), 29 pp.

Kuhnemuth, S. (2008) Genetic and phenotypic characterisation of Colletotrichum gloeosporioides strains isolated from Yam (Dioscorea alata) Assistant Technicien en Biologie, Lise Meitner Schule (Berlin, Allemagne), en cours.

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Lebrun-Julien, F. (2003) Influence de la photopériode et de l’humidité relative sur le cycle biologique de l’aleurode Bemisia tabaci biotype B sur melon, Maîtrise de Biologie, option Ecologie, Université de Sherbrooke (Canada), 19 pp.

Loiselle, M.-C. (2005) Extraction d’ADN d’une population F1 pour la cartographie de la résistance à l’anthracnose chez Dioscorea alata. Licence Biotechnologie Biologie, Université de Sherbrooke (Canada=, 20 pp.

Luce, N. (2006) Incidence de facteurs externes sur le développement de plantules d’igname (Dioscorea sp.) issues de culture in vitro. L’activité Nitrate Réductase de feuilles d’igname (Dioscorea spp.) Master Sciences de la Vie, de la Terre, de l'Univers et de l'Environnement, Université de Nantes, 16 pp.

Mahloul, M. (2003) Analyse du comportement d'alimentation des Hémiptères : méthodes factorielles, classification, analyse temporelle descriptive et probabiliste. DEA de Biomathématiques, Université Pierre et Marie Curie Paris;, 12 pp

Malcousu, M.-A. (2003) Algorithme de Kohonen : Application à l'analyse de données issues d'études du comportement d'insectes. Maîtrise Mathématique Appliquée aux Sciences Sociales, Université Antilles-Guyane, 16 pp.

Marc, B. (2002) Sélection de variétés de tomates résistantes au flétrissement bactérien causé par Ralstonia solanacearum. BTSA Option Productions Horticultures, 38p.

Marquier, M. (2003) Développement épidémique des maladies à bégomovirus PYMV et TYLCV sur tomate en Guadeloupe : effet de la pression d'inoculum primaire et de barrières physiques. Diplôme des Techniques Agricoles Approfondies Santé du Végétal Agronomie Economie et Environnement, nstitut National d'Horticulture Angers, 47 pp.

Poulin-Laprade, D. (2007) Phénotypage d’une population F1 pour la cartographie de la résistance à l’anthracnose chez Dioscorea alata Licence Biotechnologie Microbiologie, Université de Sherbrooke, Canada, 25 pp.

Ramade, F. (2005) Etude de la diversité génétique et des caractéristiques de la niche écologique d'une espèce d'igname sauvage Dioscorea polygonoïdes des forêts de Guadeloupe. Maîtrise de Biologie des Populations et des Ecosystèmes. Université Antilles-Gyane, 30 pp.

Romain, L. (2007) Influence du photopériodisme sur la tubérisation d’igname issue de vitroplants. BTSA Technologie Végétale - Martinique, 35 pp.

Royer, L. (2007) Analyse de l'influence de la toxicité aluminique sur deux espèces d'igname (Dioscorea cayenensis-rotundata et Dioscorea alata). Master de Chimie option Substances Naturelles et Médicaments,Université de Reims, 25 pp.

Saint-Etienne, L. (2004) Contribution à l’étude du potentiel mycorhizogène de sols cultivés (Igname) et de sols non anthropisés (forêt marécageuse à Pterocarpus officinalis) de Guadeloupe. DEA Environnement Tropical et Valorisation de la Biodiversité, Université Antilles-Gyane, 39 pp.

Saint-Hilaire, M. (2002) Etude de la propagation du PYMV dans des variétés de tomate sensibles et résistantes. Maîtrise de Biologie, option Ecologie, Université de Sherbrooke (Canada) 16 pp.

Sauboua, P. (2007) Identification des souches de R.solanacearum présents en Guadeloupe et évaluation d'hybrides INRA de tomates pour leur résistance aux maladies à bégémovirus PYMV et TYLCV, et au flétrissement bactérien. ENITA de Bordeaux, 115 pp.

Schnell, C. (2008) Présentation des résultats du stage qualité au CRBI de l'INRA Guadeloupe. Rapport de stage en entreprise de fin de deuxième année : Diplôme d'Ingénieur de l'Ecole Nationale Supérieure d'ingénieurs / filière Maîtrise des Risques Industriels, 22 pp.

Enseignement & formation


Simard, G. (2003) Etude de la diversité génétique de Dioscorea trifida et de son cortège de virus. DEUG Baccalauréat en Biologie, Université de Sherbrooke (Canada), 8 p.

Taillon, R. (2006) Sélection des couples d’amorces d’AFLP pour la cartographie de la résistance à

l’anthracnose chez Dioscorea alata. Licence Génie Biotechnologique, Université de Sherbrooke (anada), 17 pp.

Tégar, Z. (2005) Etudes préliminaire sur le charançon, Diaprepes famelicus, ravageur des tubercules d'ignames, Dioscorea sp, aux Antilles Françaises. BTS Anabiotech, Rodez, 22 pp

Thaben, N. (2007) Genetic characterisation of Colletotrichum gloeosporioides isolated from Yam (Dioscorea alata). Assistant Technicien en Biologie, Lise Meitner Schule (Berlin, Allemagne), 12 pp.

Thésauros, G. (2004) Evaluation du comportement de l’igname (Dioscorea sp.) vis-à-vis de l’aluminium. Maîtrise de Chimie, Université Antilles Guyane Pointe-à-Pitre, 24 pp.

Villeneuve, M. A. (2004) Diversité des igames sauvages de Guadeloupe évaluée à partir de catactérisques morphologiques et cytologiques. Université de Sherbrooke, Canada.

Villeneuve, M. A. (2005) Etude des caractéristiques de la résistance de Vyta (variété de tomate sélectionnée à Cuba pour sa résistance au TYLCV) au PYMV et au TYLCV de Guadeloupe. Licence Génie Biotechnologique, Université de Sherbrooke (Canada), 25 pp.

Yuikety, K. (2003) Evaluation de la résistance variétale aux bégomovirus sur la tomate. Licence Génie Biotechnologique, Université de Sherbrooke (Canada), 11 pp.

D- Diffusion de l’information et de la culture scientifique et technique Elle est réalisée principalement par le biais de la Fête de la Science, à laquelle nous participons chaque année. Nous privilégions les supports des collections entomologiques et de l’herbier pour diffuser des informations et des messages relatifs à la biodiversité, la protection intégrée des cultures, et la gestion des ressources biologiques. Lors de ces manifestations, nous utilisons des supports ou moyens tels que boîtes de collection thématiques, exposés, dispositifs pédagogiques. Le public visé est le grand public.

Nous organisons également une à deux fois par an des accueils de scolaires (primaire et secondaire), toujours sur les mêmes thèmes et avec les mêmes supports, mais en adaptant le discours au niveau des élèves.

Certains évènements (soixantenaire du Centre notamment) ont été l’occasion de présenter des stands plus structurés, avec des sessions grand public et des session pour les scolaires. Dans ce cadre, nous avons pu présenter des animations sur le CRB, et sur les techniques utilisées dans l’unité (culture in vitro, biochimie).

Enfin, nous sommes associés à un projet du Conseil Général de la Guadeloupe, qui vise à réhabiliter son jardin botanique, et à mettre en place une exposition permanente sur les insectes et plantes de la Guadeloupe. Les thèmes abordés sont la préservation de la biodiversité et des milieux naturels de la Guadeloupe et la valorisation économique des ressources végétales. Nous apportons notre expertise pour la conception des supports et du contenu des animations.


E- Formation permanente des personnels de l’unité

Les besoins en formation des personnels de l’unité sont évalués plus ou moins formellement, à différentes occasions : lors des entretiens d’évaluation des ingénieurs, techniciens et administratifs, lors d’entretiens individuels demandés par les agents, ou lors d’offres de formation lancée par la Formation permanente du Centre. Une analyse des besoins est réalisée, et se traduit par un plan d’action annuel, remis à jour en continu.

Les formations dédiées aux chercheurs s’organisent de façon plus opportuniste en fonction des offres nationales, où en concertation directe avec des laboratoires d’accueil.

L’analyse des formations suivies a été conduite en réalisant une typologie selon le public (techniciens, administratives, chercheurs), et le contenu de la formation.

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Chercheurs

Administratives

Somme de Nb de jours

Type de formation

Agent

Nombre de jours de formation sur la période 2002-2007.

L’effort a été conséquent, avec en moyenne 3 jours de formation par agent et par an. Classiquement, les formations dans les domaines des langues, des techniques et de l’informatique sont les plus importantes en quantité.

Les formations en rédaction et communication ont consisté principalement à l’accompagnement pour la préparation des campagnes d’avancement, qui se sont soldées par un taux de succès relativement élevé ces dernières années.

Au niveau administratif, les outils de gestion nationaux ont été en constante évolution. Ceci a nécessité des formations fréquentes, aussi bien en gestion budgétaire qu’en gestion des ressources humaines.

Les formations en assurance qualité se sont déroulées sous forme d’atelier et ont permis une bonne sensibilisation générale. Des renforcements sont en cours, avec des formations au référentiel ISO 9001. D’une façon générale, la démarche n’est pas assimilée à tous les niveaux, et on perçoit un besoin de renforcement par une personne ayant vraiment un cursus de qualiticien, et y consacrant suffisamment de temps.

L’évolution de nos programmes ces dernières années s’est accompagnée par des formations assez fréquentes en biologie moléculaire, qui permettent maintenant aux agents d’utiliser des outils de diagnostic, des marqueurs moléculaires, des logiciels de cartographie génétique.

Annexes


Annexes

Lettres de mission à la directrice d’unité


Annexes



Annexes



Tableau de gestion prévisionnelle des emplois et compétences

Réflexion GPEC par projets pour instruction budgétaire 2008-2010 Projet Type Compétences clés Problème ou besoin Leviers possibles Demande Département(s)

Animation du projet et de l’équipe

Besoin de reconnaissance de l’animatrice au niveau IE

Avancement au choix CIPP 2008 CIR 2009

Profil IE Animateur CRB GAP

Maintenance site internet & bases de données web

Assuré par CDD, départ mars 2007

Recrutement VCAT EIC9 2008 Recrutement VCAT et CDD sur projet CPER 2008-2009 Recrutement IE partagé

Profil IE Ingénieur bases de données web GAP SPE GA EA (partagé URZ10, URAPC11)

Management de la qualité

Assuré par CDD, départ juin 2007

CDD qualiticien sur projet CPER 2008 Formation AJT équipe, suivi par animatrice qualité Recrutement ingénieur QSE12 Centre

Profil IE QSE MICSDAR

Détection/assainissement maladies virales

Assuré par VCAT, départ novembre 2007, techniques pas encore au point en routine

CDD 5 mois sur projet Région Formation interne par VCAT, mais à terme, charge de travail trop lourde Redéploiement interne ?

Développement de partenariat international

Pas de personne ressource sur le centre

Partenariat CIRAD ?

CRB Ignames

Projet fédérateur de l’unité,

Caractérisations agro-morphologiques

Manque de bras Mutualisation UE (mais même problème) Recrutement AJT

Profil AJT expérimentation champ GAP

9 Equipe Informatique de Centre 10 Unité de Recherche en Zootechnie 11 Unité de Recherche en Agropédoclimatique 12 Qualité, Sécurité, Environnement

Annexes


Projet Type Compétences clés Problème ou besoin Leviers Demande

Département(s) Actions analyse génétique avec postdoc pas terminée

Génétique

Difficulté pour prendre en charge l’ensemble des activités (analyse génétique, mélanges variétaux, composantes de la résistance)

Nouveau post-doc OK Accueil d’un scientifique sur 7ème PCRD (REGPOT, avec Cirad) 2009 VCAT Pétro/Guyader 2009 Recrutement d’un CR

Profil CR génétique GAP (à définir en 2009)

Projet fédérateur de l’unité

Animation intra et inter thèmes

Parfois insuffisante, pérennité inter-thèmes ?

Remise à niveau conduite de projet Prévoir relais direction des 2 unités

Systèmes Ignames

Avec UE Expérimentations systèmes Ignames

Pas de cadre pour prise en charge projet

Recrutement Profil IE EA

Projets scientifiques

Animation scientifique, leadership

Programmes confiés en grande partie à des IE, IR et AI

Partenariat URAPC et CIRAD, recrutement en génétique

Profil CR génétique GAP (à définir en 2009)

Ateliers communs Culture in vitro Charge de travail trop forte pour la technicienne

Mobilité depuis URAPC, avec formation (mi-temps AJT) ?

Projets d’expertise, d’appui au développement

Expertise phytosanitaire

Agents tous proches de la retraite

Partenariat SPV ou CIRAD (rien en vue) Transmission de compétences + modalités pédagogiques

Conservation et valorisation des collections mortes

Bases de données web Assuré par CDD, départ mars 2007

Recrutement IE partagé Profil IE Ingénieur bases de données web GAP SPE GA EA (partagé URZ, URAPC)

Communication événementielle (vitrine de l’INRA), gestion du patrimoine, mise à jour des bases de données

Entomologistes bientôt à la retraite, reste l’agent chargé de l’herbier

Orienter la mission herbier vers insectes

Projet d’unité

Direction unité DU actuelle jusqu’à fin 2009

Prévoir relais direction des 2 unités

Documents

Unité de recherche en productions végétales...adaptation aux facteurs biotiques et abiotiques L’écologie des nématodes entomopatghogènes. L’innovation variétale et la lutte