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Version 6.2

Note technique : Détection des souches d’entérobactéries

productrices d’une carbapénèmase

Juillet 2018

Dr. Laurent DORTET, Dr. Agnès JOUSSET, Dr. Lauraine GAUTHIER, Dr. Rémy BONNIN, Dr. Thierry NAAS

CNR associé de la résistance aux antibiotiques, « Entérobactéries productrices de

carbapénèmases ». Hôpital de Bicêtre, Service de Bactériologie-Hygiène, 78 avenue du Général Leclerc, 94270 Le Kremlin-Bicêtre

PLAN

Introduction

1. Identification des EPC à partir de prélèvements cliniques: patients infectés

1.1 Entérobacteries productrices de carbapénèmases 1.2 Quand suspecter une EPC ? 1.3 Les algorithmes de screening

1.3.1 L’algorithme du CA-SFM 1.3.2 L’algorithme faropénème-témocilline

1.4 Méthodes phénotypiques de détection des EPC

1.4.1 Test de Hodge modifié 1.4.2 Tests de détection de la production d’une carbapénèmase

1.4.2.1 Tests biochimiques colorimétriques de détection de la production d’une carbapénèmase

a) Le Carba NP test et ses dérivés

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b) Le CARBA™ test

1.4.2.2 Identification d’une activité carbapénèmase par spectrométrie de masse MALDI-TOF 1.4.2.3 Identification phénotypique d’une activité carbapénèmase : CIM test et dérivés

1.4.3 Tests immunochromatographiques de détection de la production d’une carbapénèmase

1.4.3.1 Les tests simplex (détection d’une seule carbapénèmase) 1.4.3.2 Les tests multiplex (détection de plusieurs carbapénèmases)

1.4.4 Tests phénotypiques d’inhibition

1.5 Méthodes moléculaires de détection des EPC (à partir de colonies)

Fiche résumée : Recommandations pour l’identification des EPC au laboratoire à partir de prélèvements cliniques (patients infectés)

2. Dépistage des patients porteurs d’EPC

2.1 Quels patients dépister ?

2.2 Types et nombre de prélèvements

2.3 Dépistage des patients colonisés par ensemencement de milieux de dépistage

2.3.1 Une étape d’enrichissement est-elle nécessaire ? 2.3.2 Milieux à ensemencer pour la détection des EPC

2.3.2.1 Milieux ne contenant pas d’antibiotique

2.3.2.2 Milieux de dépistage supplémentés avec une céphalosporine

2.3.2.3 Milieux de dépistage spécifiques

a) CHROMagar™ KPC b) ChromID® Carba (bioMérieux) et Brilliance® CRE (Oxoid)

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c) mSuperCARBA™ (CHROMagar) ou SUPERCARBA medium « maison » d) ChromID® OXA-48 (bioMérieux) e) ChromID® CARBA SMART (bioMérieux)

2.4 Détection moléculaire des EPC directement à partir du prélèvement

Fiche résumée : Recommandations pour le dépistage des patients porteurs

d’une souche d’EPC (patients colonisés)

Fiche résumée globale: Recommandations pour la détection des EPC à partir d’une colonie suspecte

(d’après l’épidémiologie française des EPC et les validations réalisées par le CNR)

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Introduction

L’émergence des entérobactéries productrices de carbapénèmase (EPC) impose une identification rapide des patients infectés et porteurs (1-3). Il est donc essentiel de disposer de techniques efficaces de diagnostic.

Les gènes codant pour les carbapénèmases les plus répandues sont le plus souvent localisés sur des plasmides pouvant être transférés de souche à souche, mais aussi entre 2 espèces proches. C’est pourquoi il est essentiel d’identifier les souches hébergeant ce type de mécanismes transférables en raison du danger potentiel qu’elles représentent en tant que sources, réservoirs, et véhicules de gènes de carbapénèmase. Il est ainsi possible d’observer chez certains patients des souches appartenant à des espèces d’entérobactéries différentes et produisant la même carbapénèmase, probablement en raison d’un transfert de plasmides entre les deux espèces dans le tube digestif de l’hôte.

En 2017, 3070 souches d'entérobactéries suspectées de produire une carbapénèmase ont été adressées au CNR à Bicêtre versus 1485 en 2012, 2225 en 2013, 2972 en 2014, 2801 en 2015 et 2839 en 2016 (4, 5) : 1891 exprimaient une carbapénèmase (61,6%). Parmi celles-ci, Klebsiella pneumoniae représentait 647 souches (34,2%), Escherichia coli 636 souches (33,6%), Enterobacter cloacae 225 souches (11,9%) et Citrobacter freundii 228 souches (12,1%). La distribution des carbapénèmases identifiées était la suivante : très majoritairement des OXA-48-like (75,1%) puis des NDM-like (14,5%), suivis de VIM-like (5,0%), KPC-like (2,4%), IMP-like (0,1%), IMI-like (0,7%), TMB-1 (0,1%) et OXA-23 (0,2%), 2,0% des souches produisant plusieurs carbapénèmases.

1. Identification des EPC à partir de prélèvements cliniques: patients infectés Critères à appliquer afin d’optimiser la détection des EPC

1.1 Entérobacteries productrices de carbapénèmases a. Les espèces les plus fréquemment concernées sont Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacter cloacae et Citrobacter freundii. b. Proteus sp. et Morganella morganii sont naturellement moins sensibles à l’imipénème : la présence de carbapénèmase est rare dans ces espèces bactériennes.

1.2 Quand suspecter une EPC ?

Il faut considérer comme SUSPECTE d’EPC toute souche de SENSIBILITE DIMINUEE (I/R) à au moins un des carbapénèmes. La détection des EPC par des tests phénotypiques n’est pas aisée car le niveau de résistance aux carbapénèmes est variable et peut parfois être à la limite du seuil de sensibilité. L’ertapénème est le carbapénème offrant la meilleure sensibilité pour la détection des EPC. Ainsi, d’après les recommandations du CA-SFM, toute souche présentant une diminution de sensibilité à l’ertapénème (CMI > 0,5 mg/L ou un

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diamètre d’inhibition < 28 mm (CA-SFM-2013) ou < 25 mm (CA-SFM 2014 et ultérieurement) ; disque de 10 μg) par test de diffusion en gélose, est à considérer comme suspecte d’EPC. En outre, dans certains cas, la détection de production de carbapénèmase peut être améliorée par l’utilisation d’au moins 2 carbapénèmes différents (ex : imipénème ET ertapénème).

Les recommandations de l’EUCAST, remises à jour en juillet 2017 pour le dépistage des EPC, varient légèrement de celles du CA-SFM, incluant un cut-off de dépistage des EPC (screening cut-off) identiques (pour ertapénème) ou plus bas (pour le méropénème) que les concentrations critiques I/R (http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_mechanisms_170711.pdf). En effet, certaines EPC produisant notamment OXA-48 peuvent être catégorisées comme sensibles aux carbapénèmes mais néanmoins produire une véritable carbapénèmase (activité d’hydrolyse des carbapénèmes détectée par des tests biochimiques). Dans l’expérience du CNR, ces souches représentent une infime partie des EPC (< 0,1% des EPC).

1.3 Les algorithmes de screening

1.3.1 L’algorithme du CA-SFM 2015 En 2015, le CASFM a proposé un algorithme phénotypique de criblage des EPC

au sein des souches non sensibles aux carbapénèmes (cf. annexe 2 CA-SFM 2017, pages 117-118). Cet algorithme est notamment basé sur les diamètres d’inhibition autour des disques de ticarcilline + acide clavulanique, témocilline, imipénème (ou méropénème) et céfépime pour un antibiogramme réalisé par diffusion.

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La première partie de cet algorithme (uniquement basée sur les résultats des

diamètres d’inhibition à la ticarcilline + acide clavulanique, témocilline et imipénème) a été testée par le CNR sur 621 isolats consécutifs présentant une diminution de sensibilité aux carbapénèmes (6). Cet algorithme a montré une excellente sensibilité pour la détection des souches ne produisant pas de carbapénèmase (cf. ci-dessous). Une seconde étude prospective réalisée sur 211 isolats reçus au CNR a permis de confirmer la très bonne sensibilité et valeur prédictive négative de ce test (7).

La seconde partie de l’algorithme, applicable aux entérobactéries du

groupe III (ex : Enterobacter sp., Citrobacter freundii, Serratia sp., etc.…) a été réévaluée par le CNR. Tout d’abord, la détermination du diamètre de l’imipénème ou du méropénème sur gélose MH + cloxacilline repose sur un test complémentaire nécessitant 16h à 24h d’incubation supplémentaire. De plus, d’après les données du CNR de 2017, l’implémentation du céfépime seul (pour un diamètre inférieur à 26 mm) ne permet pas d’exclure avec certitude la présence d’une carbapénèmase de type OXA-48 chez les entérobactéries du groupe III. En effet, parmi les 202 souches consécutives d’E. cloacae, de C. freundii et de S. marcescens productrices d’une carbapénèmase de type OXA-48 reçues entre janvier et septembre 2017, 75 (37,1%) auraient été catégorisées à tort comme étant non productrices de carbapénèmase car le diamètre d’inhibition au céfépime était supérieur ou égal à 26 mm. Sur proposition du CNR, l’algorithme a été modifié dans la version 2018 des recommandations du CA-SFM.

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Avantages : - Peu coûteux - Permet d’éliminer la possibilité de production d’une carbapénèmase dès le résultat de l’antibiogramme pour environ 1/3 des souches Inconvénients : - Cette technique n’est utilisable que pour les laboratoires réalisant des antibiogrammes par diffusion en milieu solide - La mesure des diamètres d’inhibition est toujours sujette à une interprétation plus ou moins subjective du lecteur en cas de « diamètre limite »

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1.3.2 L’algorithme faropénème-témocilline En 2017, le CNR a mis au point et testé un nouvel algorithme phénotypique de criblage des EPC au sein des souches non sensibles aux carbapénèmes. Cette algorithme est basé sur l’interprétation des diamètres d’inhibition de 2 disques antibiotiques, le faropénème (CAT-ID™, MAST Diagnostic) et la témocilline (7).

A. Résultats de l’algorithme faropénème / témocilline. B. Résultats de l’algorithme du CA-SFM C. Images de zone d’inhibition attendue pour le disque contenant du faropénème

CAT-ID™

Temocillin

d≥12mm

d<12mm

d>6mmwithoutsqua>ercolonyintheinhibi,onzone

(n=69)

NoinhibiBonzone

(n=62)

n=43

d>6mmwithsqua>er

colony(ies)intheinhibi,onzone

(n=80)

n=52n=27

NonCPE

n=26

Temocillin

d≥12mm

d<12mm

OXA-48-like

NonCPE

211enterobacterialisolateswithdecreasedsuscepBbilitytocarbapenemsaccordingtoEUCAST(e.g.inhibi,ondiameterimipenemormeropenem<23,orertapenem<25)

n=1n=15

NonCPE

Imipenem

d≥22mm

d<22mm

Compl.Tests

Highlysuspected

CPECompl.tests

needed

n=88

d≥15mm

n=5n=64

NonCPE

Imipenem

d≥22mm

d<22mm

Compl.Tests

Temocillin

d≥15mm

d<15mm

n=126

Compl.Tests

d<15mm

Ticarcilin+clavulanate

n=16 n=195

n=69

1NDM4Non-CPE

1KPC-21OXA-4862Non-CPE

2KPC-212NDM-14NDM-52VIM-11IMP-472OXA-486OXA-181

3NDM-1+OXA-481NDM-1+OXA-232

23Non-CPE

1Non-CPE15Non-CPE1OXA-4842Non-CPE

3KPC-213NDM-14NDM-52VIM-11IMP-430OXA-482OXA-181

2NDM-1+OXA-481NDM-1+OXA-232

32Non-CPE

27Non-CPE 44OXA-484OXA-181

1OXA-48+NDM-14Non-CPE

A B

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Avantages : - Peu coûteux - Permet d’éliminer la possibilité de production d’une carbapénèmase dès le résultat de l’antibiogramme pour environ 1/3 des souches et d’identifier à priori la quasie totalité des souches produisant une carbapénèmase de type OXA-48 (> 98% de spécificité) Inconvénients : - Cette technique n’est utilisable que pour les laboratoires réalisant des antibiogrammes par diffusion en milieu solide - La lecture des diamètres d’inhibition est toujours sujette à une interprétation plus ou moins subjective du lecteur en cas de « diamètre limite » - La détermination de la présence ou de l’absence de micro-colonies (ou colonies squatter) dans la zone d’inhibition du faropénème peut être difficile pour certaines souches et reste donc sujette à une interprétation plus ou moins subjective du lecteur

1.4 Méthodes phénotypiques de détection des EPC

1.4.1 Test de Hodge modifié Ce test permet la mise en évidence d’une synergie d’activité enzymatique entre souches productrices de carbapénèmase (souches à tester) et souches de référence sensibles. Avantages : - Peu coûteux - Bonne détection des souches productrices de carbapénèmase de type OXA-48 et KPC (1ère et 4ème carbapénèmases en France en 2015, respectivement) Inconvénients : - Faux négatifs : essentiellement souches produisant une carbapénèmase de type NDM, 2ème carbapénèmase en France depuis 2013 (8). - Nombreux faux positifs : essentiellement Enterobacter sp. surexprimant leur céphalosporinase naturelle (8). - Nécessite un délai de 24 h à 48 h après obtention de l’antibiogramme, incompatible avec une détection rapide des carbapénèmases - Recommandations du CNR et du CA-SFM : à abandonner

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1.4.2 Tests de détection de la production d’une carbapénèmase

Trois techniques dont deux commercialisées ont été mises au point

récemment : - Tests colorimétriques (Carba NP test et dérivés, b-CARBA)

(commercialisés) - Identification d’une activité carbapénèmase par MALDI-TOF

(commercialisé) - Test électrochimique (BYG test) (non commercialisé)

1.4.2.1 Tests biochimiques colorimétriques de détection de la production d’une carbapénèmase

a) Le Carba NP test et ses dérivés

La première technique biochimique colorimétrique de diagnostic rapide d’une

activité carbapénèmase commercialisée est le Carba NP test. Le principe de ce test repose sur la mise en évidence d’une acidification du milieu lors de l’hydrolyse de l’imipénème par une carbapénèmase. L’indicateur de pH change de couleur (du rouge au jaune) lorsque le milieu devient acide, traduisant la présence d’une carbapénèmase. Ce test a été largement évalué par le CNR (> 4000 souches d'entérobactéries de sensibilité diminuée aux carbapénèmes). Il possède une excellente spécificité et une très bonne sensibilité (9-11). Le protocole du Carba NP test est disponible sur le site du CNR (http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/expertise-des-souches-1.html). Avantages : - Peu coûteux - Peut être réalisé sur les souches isolées (voire directement à partir des hémocultures positives) - Facile à mettre en place dans n'importe quel laboratoire (nécessite des matériels et réactifs courants) - Rapide (< 2h) sur souches isolées - Bonne sensibilité (90 à 100% selon les études) et excellente spécificité (100%) de détection de TOUTES les carbapénèmases Inconvénients : - Certaines études indiquent des difficultés de lecture (virage de couleur peu visible) pour certaines carbapénèmases dont l’activité catalytique est plus faible que les autres (certaines OXA-48-like notamment) Récemment trois tests commerciaux dérivés du Carba NP test ont été mis sur le marché : (i) Le RAPIDECÒ CARBA NP commercialisé par bioMérieux, (ii) le Rapid CARB Screen et (ii) le Neo-Rapid CARB Screen (version améliorée du Rapid CARB Screen) commercialisés tous les deux par ROSCO Diagnostic (distributeur français EUROBIO). Le RAPIDECÒ CARBA NP, le Rapid CARB Screen et le Carba NP test « maison » ont fait l’objet d’une évaluation comparative par le CNR (12). Une collection de 150

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entérobactéries dont 132 possédaient une diminution de sensibilité aux carbapénèmes a été testée. Cette collection incluait 55 souches ne produisant pas de carbapénèmase, 21 souches produisant une carbapénèmase de type KPC, 21 souches produisant une carbapénèmase de type NDM, 17 souches produisant une carbapénèmase de type VIM, 11 souches produisant une carbapénèmase de type IMP, 16 souches produisant une carbapénèmase OXA-48 et 9 souches produisant une carbapénèmase de type OXA-48 (OXA-162, OXA-181, OXA-204, OXA-232 et OXA-244). La sensibilité et la spécificité du RAPIDECÒ CARBA NP, du Rapid CARB Screen et du Carba NP test déterminées lors de cette étude sont indiquées dans le tableau suivant :

Globalement, le RAPIDECÒ CARBA NP (bioMérieux) est le test présentant les meilleures performances quant à la détection des EPC. Ces bonnes performances ont été confirmées dans d’autres études comparatives indépendantes (13-17). Cependant lors de cette évaluation, nous avons pu noter un impact important de l’inoculum bactérien utilisé pour la réalisation du RAPIDECÒ CARBA NP sur les résultats du test (cf. figures ci-dessous). En effet, un inoculum trop faible induit des résultats faussement positifs. Afin de pallier ce problème, nous conseillons aux utilisateurs du RAPIDECÒ CARBA NP d’utiliser comme inoculum bactérien une oëse complète de 10 µL. Cet inoculum sera récupéré

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directement sur l’oëse à l’aide de la tige en plastique fournie dans le coffret puis déposé dans le puits « c » prévu à cet effet. Ce phénomène a également été rapporté par d’autres équipes (15). La notice initiale du RAPIDECÒ CARBA NP (2015) induisant un inoculum trop faible a été corrigée par le fabricant.

Bien que le Neo-Rapid CARB Screen (version améliorée du Rapid CARB Screen) n’ait pas fait l’objet d’une évaluation par le CNR, une comparaison indépendante réalisée par la CNR belge a retrouvé des performances comparables à celles du RAPIDECÒ CARBA NP (18).

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b) Le β-CARBA™ test

Récemment (fin 2015-début 2016), un test colorimétrique de détection rapide d’une activité carbapénèmase, basé sur l’hydrolyse d’un substrat chromogénique (une céphalosporine à large spectre), a été commercialisé par la société Bio-rad sous le nom de β-CARBA™ test. Le principe de ce test repose sur la mise en évidence de l’hydrolyse d’une b-lactamine chromogène substrat des carbapénèmases. Lors que la b-lactamine chromogène est hydrolysée en présence d’une carbapénèmase un changement de coloration du milieu du jaune au rouge-violet est alors observé. Le test est réalisable à partir d’une unique colonie et sa lecture s’effectue au bout de 30 minutes. Le CNR a évalué ce test en 2017 et l’a comparé au Carba NP test « maison » et au RAPIDEC® CARBA NP (BioMérieux) (19). Les résultats de cette étude sont résumés dans le tableau suivant :

Paramètres du test

Enterobacteriaceae (n = 176)

β-CARBA™ test Sensibilité 85.1%

[CI95 = 77.7% - 90.4%]

Spécificité 92.7% [CI95 = 82.7% - 97.1%]

RAPIDEC® CARBA NP

Sensibilité 99.2% [CI95 = 95.5% - 99.9%]

Spécificité 100% [CI95 = 93.5% - 100%]

Pour les 5 familles de carbapénèmase les plus fréquentes (KPC, DNM, VIM, IMP et OXA-48-like), les deux tests possèdent des performances comparables. Cependant il faut noter que contrairement au RAPIDEC® CARBA NP, le β-CARBA™ test n’est pas capable de détecter les carbapénèmases de la classe A de Ambler non-KPC comme IMI, NMC-A, SME et FRI. Avantages : - Peu couteux - Peut être réalisé sur les souches isolées à partir d’une seule colonie - Facile à mettre en place dans n'importe quel laboratoire (nécessite des matériels et réactifs courants) - Rapide (< 30 min) sur souches isolées - Bonne sensibilité et spécificité

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Inconvénients : - Certaines études indiquent des difficultés de lecture (virage de couleur difficile à lire) pour certaines carbapénèmases dont l’activité catalytique est plus faible que les autres (certaines OXA-48-like notamment, et GES-5) - Absence de détection des carbapénèmases de la classe A de Ambler non-KPC comme IMI, NMC-A, SME et FRI

1.4.2.2 Identification d’une activité carbapénèmase par spectrométrie de masse MALDI-TOF

La seconde technique de détection d’une activité carbapénèmase correspond

à la recherche d’une modification du spectre d’un carbapénème sous l’effet d’une carbapénèmase. Il s’agit d’une application de la technique de spectrométrie de masse (MALDI-TOF). Cette technique nécessite une mise au point fine, du personnel formé et un spectromètre de masse (système ouvert). Cette technique est basée sur la détection par spectrométrie de masse de la disparition du pic correspondant au carbapénème testé et de l’apparition d’un pic correspondant au(x) produit(s) d’hydrolyse de ce même carbapénème (20-22), après mise en contact pendant quelques heures (en général 2-3h) avec la souche à tester. Une seule technique commerciale est actuellement disponible sur le marché : MBT STAR®-Carba IVD Kit (Bruker Daltonics). Cette technique a été évaluée au CNR et comparée avec deux autres techniques MALDI-TOF « maison » ainsi qu’une autre technique de détection biochimique d’une activité carbapénèmase, le RAPIDEC® CARBA NP (BioMérieux). Les résultats de cette étude sont résumés dans le tableau suivant :

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Le workflow relatif à cette technique est indiqué dans la figure suivante :

Avantages : - Rapide (< 1h) sur souches isolées - Bonne sensibilité et spécificité - Identification concomitante de la bactérie possible avec le système commercial Inconvénients : - Nécessité de posséder un automate MALDI-TOF Bruker Daltonics - Nécessité d’acquisition d’un module complémentaire (STAR-BL)

1.4.2.3 Identification phénotypique d’une activité carbapénèmase : CIM test et dérivés

a. CIM

Le principe de ce test repose sur l’hydrolyse du méropénème contenu dans un disque chargé à 10 µg (23). Après mise en contact pendant 2h avec la souche à tester, le disque est testé sur une souche de E. coli sensible ATCC 29522. Si la souche produit une carbapénèmase, le méropénème est hydrolysé et la souche de E. coli ATCC pousse au contact du disque. A l’inverse, si la souche ne produit pas de carbapénèmase, le méropénème reste actif et une zone d’inhibition est visible.

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Avantages

- Peu coûteux - Simplicité de mise en place (nécessite des matériels et réactifs courants) et

d’interprétation (présence/absence d’une zone d’inhibition) - Sensible et spécifique (24)

Inconvénients

- Nécessite un délai additionnel de 24h après l’obtention de l’antibiogramme, incompatible avec une détection rapide des carbapénèmases

b. mCIM (modified CIM)

Le mCIM correspond au CIM avec quelques modifications visant à augmenter la sensibilité du test (cf. schéma), certaines études ayant trouvé une sensibilité insuffisante du CIM pour la détection des carbapénèmases OXA-48 like. Le mCIM a fait l’objet d’une évaluation multicentrique (25) et a été intégré aux recommandations du CLSI pour la détection des EPC avec spécification de diamètres limites (6-10mm : souche productrice de carbapénèmase ; ≥ 20 mm : absence de carbapénèmase ; 11-19 mm : résultat douteux, tests complémentaires à effectuer).

MEM 10 µg

400 µl eau stérile

Oese de 10 µl de la bactérie à tester Disque de méropénème

chargé à 10µg

2h 37°C

MEM 10 µg

E. coli ATCC 29522 (suspension à 0,5 McF)

Lecture après 18 à 24h d’incubation

CIM+, présence d’une activité carbapénèmase

CIM-, absence d’activité carbapénèmase

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NB : Le défaut de sensibilité du CIM pour la détection des OXA-48-like n’a pas été retrouvé lors de l’évaluation du test par le CNR (24).

c. rCIM (rapid CIM) Le principe du rCIM repose également sur l’hydrolyse du méropénème contenu dans 2 disques chargés à 10µg, mais après libération de l’antibiotique dans la suspension bactérienne par agitation forte (cf. schéma) (26). 500 µL de surnageant sont testés sur une suspension de E. coli sensible ATCC 29522 d’opacité égale à 1 McF. Si la bactérie testée produit une carbapénèmase, le méropénème est hydrolysé et on observe une croissance de la souche ATCC (croissance en 2h supérieure à 1 McF par rapport à la densité optique de départ). A l’inverse, si la bactérie testée ne produit pas de carbapénèmase, le méropénème présent dans le surnageant reste actif et inhibe la croissance de la souche ATCC (croissance en 2h inférieure à 0,5 McF par rapport à la densité optique de départ).

Croissance souche ATCC < 0,5 McF : absence de carbapénèmase Croissance souche ATCC > 1 McF : présence d’une carbapénèmase Croissance souche ATCC entre 0,5 et 1 McF : tests complémentaires

MEM 10µg

2mlbouillonTS

Oesede1µldelabactérieàtester Disquedeméropénème

chargéà10µg

4h37°C

MEM 10µg

E.coliATCC29522(suspensionà0,5McF)

Lectureaprès18à24hd’incubation

2oesesde10µldebactérieàtester

MEM 10µg

X2 X2

2disquesdeméropénèmechargésà10µl

1000µld’eaustérile

Vortexer1min 30minà37°C

Denouveauvortexer1min Centrifuger5minà10000rpm

500µlsurnageant

2500µlE.coliATCC29522 Suspensionà1McFarland

BouillonTS

Lectureaunéphélomètre

2h37°C

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Avantages - Peu coûteux - Sensible et spécifique - Rapide (< 3h) sur souches isolées

Inconvénients

- Nécessité d’un inoculum bactérien important - Temps de manipulation (plusieurs étapes de préparation)

1.4.3 Tests immuno-chromatographiques de détection de la production d’une carbapénèmase

Ces tests permettent la mise en évidence rapide d’une ou plusieurs carbapénèmases directement à partir d’une colonie bactérienne ayant poussé sur n’importe quel milieu de culture y compris les milieux de dépistage.

1.4.3.1 Les tests simplex (détection d’une seule carbapénèmase) Récemment, plusieurs tests immuno-chromatographiques unitaires ont été mis sur la marché pour la détection des carbapénèmases de type OXA-48 (OXA-48 K-SeT, CORIS Bioconcept) d’une part, et KPC (KPC K-SeT, CORIS Bioconcept), d’autre part. Avantages :

- Très rapides (15 min) - Faciles à utiliser - Excellentes performances du kit OXA-48 K-SeT pour la détection des EPC

de type OXA-48 (100% sensibilité, 100% spécificité) d’après l’évaluation faite par le CNR en 2015 (27).

- Différencient les enzymes de type OXA-48 ayant une activité carbapénèmase (OXA-48, -162, -181, -204, -232, -244, -245) des enzymes de type OXA-48 dépourvues d’activité carbapénèmase (OXA-163, OXA-405).

- Excellentes performances du kit KPC K-SeT pour la détection des EPC de type KPC (100% sensibilité, 100% spécificité d’après les résultats du CNR belge de la résistance aux antibiotiques)

Inconvénients :

- Ne détecte que les carbapénèmases de type OXA-48 ou KPC, d’où la nécessité d’utiliser une autre technique pour la détection des autres familles de carbapénèmases (NDM, VIM, IMP, IMI).

1.4.3.2 Les tests multiplex (détection de plusieurs carbapénèmases)

Il existe actuellement sur le marché trois tests immuno-chromatographiques capables de détecter simultanément plusieurs types de carbapénèmases :

- RESIST-3 O.O.K (CORIS Bioconcept) capable de détecter les carbapénèmases de type OXA-48 et KPC ainsi que les enzymes de type OXA-

19

163 (enzymes prévalentes en Amérique du Sud dont l’activité carbapénèmase est très controversée) (1 bandelette multiplexée).

- RESIST-3 O.K.N (CORIS Bioconcept) capable de détecter les carbapénèmases de type OXA-48, KPC et NDM (1 bandelette multiplexée)

- RESIST-4 O.K.N.V (CORIS Bioconcept) capable de détecter les carbapénèmases de type OXA-48, KPC, NDM et VIM (2 bandelettes multiplexées)

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- NG-Test CARBA 5 (NG Biotech) capable de détecter les carbapénèmases de type OXA-48, KPC, NDM, VIM et IMP (1 bandelette multiplexée)

Les kits RESIST-3 O.K.N (CORIS Bioconcept) et NG-Test CARBA 5 (NG Biotech) ont été évalués par le CNR et possèdent tous les deux d’excellentes sensibilité (100%) et spécificité (100%) à partir de colonies isolées sur différents milieux de cultures (Mueller-Hinton, milieux de culture standard et milieux de culture utilisés pour le dépistage des EPC). Actuellement, seul le kit NG-Test CARBA 5 (NG Biotech) est capable de détecter les 5 familles de carbapénèmases majeures représentant plus de 99% des carbapénèmases identifiées en France entre 2012 et 2017 en une seule bandelette multiplexée. Cependant, du fait de la faible prévalence des enzymes de type IMP en France métropolitaine, le kit RESIST-4 O.K.N.V (CORIS Bioconcept) qui, contrairement, au kit NG-Test CARBA 5 (NG Biotech) ne détecte pas les carbapénèmases de type IMP permet également une détection efficace d’environ 99% des carbapénèmases. Avantages :

- Très rapides (15 min) - Faciles à utiliser - Excellentes performances

Inconvénients : Ne détectent que les enzymes recherchés; à utiliser en association avec un test d’identification d'une activité carbapénèmase.

- Le kit RESIST-3 O.K.N (CORIS Bioconcept) ne détecte pas les carbapénèmases de type VIM (environ 5% des carbapénèmases identifiées en France), de type IMP (0-0,2% des EPC en France) et de type IMI (0,5-0,9% des EPC en France).

- Le kit RESIST-4 O.K.N.V (CORIS Bioconcept) ne détecte pas les carbapénèmases de type IMP (0-0,2% des EPC en France) et de type IMI (0,5-0,9% des EPC en France).

- Le kit NG-Test CARBA 5 (NG Biotech) ne détecte pas les carbapénèmases de type IMI (0,5-0,9% des EPC en France).

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1.4.4 Tests phénotypiques d’inhibition

Ces tests phénotypiques sont basés sur les propriétés inhibitrices de l’acide boronique vis-à-vis des carbapénèmases de type KPC, de l’acide dipicolinique ou de l’EDTA vis-à-vis des métallo-b-lactamases et de la cloxacilline vis-à-vis des céphalosporinases (AmpC) (28). Afin de pouvoir détecter également les carbapénèmases de type OXA-48, un disque contenant de la témocilline est présent dans certains kits commerciaux. En effet, la grande majorité des souches produisant une carbapénèmase de type OXA-48 (98,2%) sont très résistantes à la témocilline (diamètre d’inhibition inférieur à 12 mm pour des disques chargés à 30 µg) (29). La résistance à la témocilline possède une bonne valeur prédictive positive pour les EPC de type OXA-48, cependant certaines espèces sont naturellement résistantes à cet antibiotique (ex. H. alvei) et d’autres mécanismes (assez rares) peuvent induire une résistance à la témocilline. Avantages : - Kits commerciaux (ex : KPC, MBL & OXA-48 confirm kit, ROSCO, ref. # 98015 ou Carbapenemase detection Set + Temocillin 30 µg cartridge disc, MAST Group, ref. D70C + TEM30C) Inconvénients : - Quelques faux positifs : essentiellement Enterobacter sp. surexprimant leur céphalosporinase naturelle qui peut être inhibée par l’acide boronique - Difficultés d’interprétation pour certaines souches d’EPC possédant un bas niveau de résistance au méropénème - Difficultés d’interprétation pour certaines souches d’EPC produisant plusieurs carbapénèmases de différents types (ex : NDM + OXA-48-like, KPC + VIM, ces souches sont encore assez rares en France) - Nécessitent un délai additionnel de 24h à 48h après obtention de l’antibiogramme, incompatible avec l'identification rapide de carbapénèmases

1.5 Méthodes moléculaires de détection des EPC (à partir de colonies)

Ces techniques reposent sur l’utilisation de la PCR ; elles sont complétées ou

non par une technique de séquençage de l’ADN amplifié (utile uniquement à des fins épidémiologiques). Les données épidémiologiques actuelles (2016) des EPC en France impliquent la nécessité d’utiliser des techniques moléculaires capables de détecter au moins les gènes codant les carbapénèmases de type OXA-48 (76,5%), NDM (14,0%), VIM (4,0%) et KPC (2,5%), ce qui correspond ainsi à 97,0% des EPC. Les 3,0% restants correspondent à des carbapénèmases de type IMP (0,2%), IMI (0,9%) et à des associations de plusieurs carbapénèmases (ex : OXA-48-like + NDM). De nombreuses techniques de biologie moléculaire ont été récemment commercialisées :

- Xpert® Carba-R, (Cepheid) - Amplidiag® CarbaR+VRE, Amplidiag® CarbaR+MCR (Mobidiag) - Check Direct CPE on BD MAX™ (Check-Points) - eazyplex® SuperBug CRE (OptiGene) - Carbaplex® IVD PCR (Brucker)

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- CRE ELITe MGB® Kit (ELITech) - Etc…..

Les tests Xpert® Carba-R, (Cepheid) (30, 31) et Amplidiag® CarbaR+VRE (Mobidiag) (32) ont été évalués par le CNR. Dans les deux cas, les sensibilité et spécificité sont bonnes, permettant la détection de plus de 99% des souches d’EPC isolées en France. En revanche, quel que soit le test, certains variants d’OXA-48 ne possédant pas d’activité carbapénèmase (ex : OXA-405) sont systématiquement rendus positifs et les carbapénèmases plus rares régulièrement retrouvées en France (ex : IMI, GES-5, SME) ne sont pas identifiées car elles ne font pas partie du panel des gènes détectés. Avantages : - Excellente spécificité et sensibilité (33) - Permettent de déterminer le type de carbapénèmase - Certains kits utilisables directement sur des prélèvements cliniques (écouvillons rectaux) (ex : Xpert Carba-R, Cepheid ; Check-Direct, Check-points) (cf paragraphe 2.5 en page 29) Inconvénients : - Coût élevé +++ - Ne détectent que les gènes recherchés; à utiliser en association avec un test d’identification d'une activité carbapénèmase

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Fiche résumée : Recommandations pour l’identification des EPC au laboratoire à partir de prélèvements cliniques (patients infectés) 1) Tester au moins l’ertapénème, molécule de carbapénème offrant la meilleure sensibilité de détection des EPC dans le contexte de l’épidémiologie française (~80% d’OXA-48-like parmi les EPC). 2) Pour les laboratoires réalisant des antibiogrammes par diffusion en milieu solide, il est conseillé de tester d’emblée les disques de témocilline et de ticarcilline + acide clavulanique et d’appliquer l’algorithme réactualisé par le CA-SFM en 2018. 3) La témocilline est un bon marqueur pour les souches productrices d’une carbapénèmase de type OXA-48. En effet, la grande majorité de ces souches (98.2%) est très résistante à la témocilline (diamètre d’inhibition inférieur à 12 mm pour des disques chargés à 30 μg). 4) En première intention, devant toute souche suspecte de produire une carbapénèmase, il est conseillé d’effectuer un test immuno-chromatographique pour la détection rapide d’au moins 4 familles majeures de carbapénèmases (OXA-48, KPC, NDM et VIM), directement à partir des colonies. 5) L’utilisation des tests moléculaires, possible pour la détection des principales EPC directement à partir des colonies, est également possible en première intention. Cependant, leur coût unitaire est nettement plus élevé que celui des bandelettes immuno-chromatographiques, pour des performances identiques. 6) En cas de test immuno-chromatographique (ou de test moléculaire) négatif, il est recommandé d’utiliser une technique rapide de détection de l’activité carbapénèmasique, soit biochimique (RAPIDECÒ CARBA NP, β-CARBA™ test, MALDI-TOF), soit phénotypique (CIM test et dérivés) afin de s’assurer de la présence ou non de carbapénèmases plus rares telles que IMI, GES-5, SME, FRI, etc... De par ses caractéristiques, le β-CARBA™ test (absence de détection des carbapénèmases de la classe A de Ambler non-KPC telles que IMI, GES-5, SME, FRI) n’est pas recommandé dans cette indication. 7) Toute souche suspecte de produire une carbapénèmase est à envoyer au CNR associé de Bicêtre (http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/presentation-de-lequipe-1.html). Pour les patients déjà connus comme porteurs d’EPC, merci de nous faire parvenir uniquement la première souche isolée chez ce patient quelle que soit l’espèce. CHU de Bicêtre Service de Bactériologie-Hygiène / CNR de le Résistance aux Antibiotiques 78 avenue du Général Leclerc 94270 Le Kremlin-Bicêtre La souche à expertiser doit être accompagnée du formulaire d’envoi téléchargeable sur le site du CNR : (http://www.cnr-resistance-antibiotiques.fr/ressources/pages/Formulaire_de_demande_v3_2016.pdf).

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2. Dépistage des patients porteurs d’EPC

La détection des porteurs sains est particulièrement importante pour prévenir le développement d’épidémies à EPC en milieu hospitalier. Elle s’adresse essentiellement à 2 types de patients : les patients transférés de tout hôpital étranger et les patients des unités à risque (réanimation, chirurgie importante, immunodéprimés, greffés). Ce dépistage repose actuellement sur un dépistage réalisé à partir des selles des patients grâce à géloses sélectives permettant d’identifier des souches suspectes, résistantes aux carbapénèmes.

2.1 Quels patients dépister ?

Les patients devant subir un dépistage pour la recherche d’EPC sont d’après la circulaire de juillet 2013 du Haut Conseil de la Santé Publique : « Prévention de la transmission croisée des Bactéries Hautement Résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe) », les suivants: • Patients ayant eu dans les 12 derniers mois une hospitalisation de plus de 24 h (quel que soit le secteur) ou une prise en charge dans une filière de soins spécifique (dialyse) à l’étranger. • Patients transférés d’un établissement sanitaire français et ayant été en contact avec un patient porteur de BHRe. • Patients ré-hospitalisés ou admis dans une structure type EHPAD et antérieurement connus comme porteurs de BHRe. • Patients ré-hospitalisés ou admis dans une structure type EHPAD et ayant été au contact d’un cas porteur d’une BHRe.

2.2 Types et nombre de prélèvements

Les entérobactéries faisant partie de la flore digestive, il est recommandé de rechercher les EPC à partir de prélèvements de selles ou d’écouvillonnages rectaux. Les prélèvements de selles n’ont pas un rendement supérieur aux écouvillonnages rectaux dès lors que ces derniers sont réalisés correctement (34). En effet, il est important de vérifier visuellement la présence de matières fécales sur l’écouvillon. Dans le cas contraire, il convient de demander un nouveau prélèvement.

Des données récentes indiquent que certains patients colonisés (1 à 5%) par des

EPC le sont à des taux proches des limites de détection. Ainsi, à l’occasion d’une antibiothérapie, ces patients se retrouvent fortement colonisés et potentiellement « fortement excréteurs » d’EPC. Il est donc conseillé de répéter les prélèvements en cas de forte suspicion de colonisation par une EPC (notamment suite à la mise en place d’une antibiothérapie).

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2.3 Dépistage des patients colonisés par ensemencement de milieux de dépistage

2.3.1 Une étape d’enrichissement est-elle nécessaire ?

Bien qu’il ait été démontré qu’une étape d’enrichissement améliore la détection

des entérobactéries productrices des carbapénèmase de type KPC (35), l’apport d’une telle étape dans la détection des autres EPC n’a pas été clairement établi. Le désavantage majeur de cette étape d’enrichissement est le délai additionnel qu’elle impose (18 h à 24 h) dans la confirmation ou l’infirmation de la détection d’une EPC dans les prélèvements de dépistage. A l’inverse, en situation épidémique, cette étape d’enrichissement pourrait augmenter la sensibilité du dépistage des patients colonisés. Recommandation : 1) Situation non épidémique : Ensemencement des prélèvements directement sur des géloses sélectives (cf. ci-dessous) 2) Situation épidémique (connaissance de premiers cas de colonisation ou d’infection) J0 : Ensemencement des prélèvements directement sur des géloses sélectives + ensemencement d’un bouillon liquide d’enrichissement (bouillon cœur-cervelle ou Tripticase soja) additionné d'ertapénème à 0,5 µg/mL J1 : Si absence de colonies sur les géloses sélectives, ensemencement des mêmes géloses sélectives à partir du bouillon d’enrichissement

2.3.2 Milieux à ensemencer pour la détection des EPC Les différents milieux décrits comme pouvant être utilisés dans la détection des EPC peuvent être répartis en 3 groupes :

- Milieux ne contenant pas d’antibiotique - Milieux additionnés de céphalosporine de 3ème génération - Milieux additionnés de carbapénème ou de témocilline

2.3.2.1 Milieux ne contenant pas d’antibiotique

Il s’agit de milieux sélectifs des bacilles à Gram négatif, généralement Drigalski ou McConkey, sur lesquels sont déposé un disque imprégné d’un carbapénème. Ensemencement Le prélèvement de dépistage (écouvillonnage rectal ou selle) est ensemencé en cadrant et un disque d’ertapénème est placé dans la première partie du deuxième cadrant. Interprétation

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Toute colonie ayant poussé dans un diamètre inférieur à 28 mm autour du disque d’ertapénème est à considérer comme suspecte d’EPC. Avantage Faible coût. Inconvénient - Risque important de faux négatifs, en cas d’inoculum faible. - Absence de sélectivité de l'ensemble de la gélose, la sélectivité n'a lieu que dans le voisinage du disque d'ertapénème. Recommandation Ce milieu n’est PAS recommandé pour la détection des EPC.

2.3.2.2 Milieux de dépistage supplémentés avec une céphalosporine

Il s’agit de milieux sélectifs classiques pour la détection des entérobactéries productrices de β-lactamase à spectre élargi (BLSE) (ex : ChromID® ESBL - bioMérieux, CHROMagar® ESBL - CHROMagar, Brilliance® ESBL – Oxoid, etc.…).

Ex : ChromID ESBL (Biomérieux) Ensemencement La gélose sélective est ensemencée directement avec le prélèvement de dépistage (écouvillonnage rectal ou selle). Interprétation Toute colonie ayant poussé sur ce type de milieux est suspecte de produire une BLSE. Avantage Milieux commerciaux facilement disponibles Inconvénient 20% à 25% des souches d’entérobactéries productrices d’une carbapénèmase de type OXA-48 restent sensibles aux céphalosporines de 3ème génération (pas de BLSE ou de céphalosporinase plasmidique associée) et ne pousseront pas sur ce type de milieux. Cette carbapénèmase étant largement majoritaire en France ce type de milieu n’est PAS recommandé pour la détection des EPC.

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2.3.2.3 Milieux de dépistage spécifiques Ces dernières années, des milieux sélectifs ont été développés pour la détection des EPC. Parmi ces milieux, on distingue essentiellement 6 milieux commerciaux :

- CHROMagar™ KPC (CHROMagar) - ChromID® Carba (bioMérieux) - Brilliance® CRE (Oxoid) - ChromID® OXA-48 (bioMérieux) - mSuperCARBA™ (CHROMagar) ou SUPERCARBA medium « maison » - ChromID® Carba SMART (bioMérieux)

a) CHROMagar™ KPC

Ce milieu contient du méropénème à de fortes concentrations et des chromogènes facilitant l’identification rapide des espèces bactériennes. Il en résulte une détection médiocre des EPC présentant de bas niveaux de résistance aux carbapénèmes (notamment OXA-48). Ainsi, en prenant en compte l’épidémiologie française des EPC, ce milieu n’est PAS recommandé pour le dépistage des EPC.

b) ChromID® Carba (bioMérieux) et Brilliance® CRE (Oxoid) Ces deux milieux contiennent un carbapénème et des chromogènes facilitant l’identification rapide des espèces bactériennes d'entérobactéries. Les études réalisées avec ces deux milieux ont montré de bonnes sensibilité et spécificité pour la détection des EPC, hormis pour certaines souches productrices d’OXA-48 (36-40).

ChromID® Carba Brilliance® CRE

(bioMérieux) (OXOID) Recommandation Ces deux milieux sont donc recommandés pour la détection des EPC en complément d’un milieu additionnel possédant une meilleure sensibilité de détection des entérobactéries productrices d’OXA-48.

c) mSuperCARBA™ (CHROMagar) ou SUPERCARBA medium « maison »

Le SUPERCARBA medium a été mis au point par le CNR de la résistance aux antibiotiques spécifiquement pour la détection des EPC. Ce milieu « maison » possède une très bonne sensibilité de détection vis-à-vis de tous les types d’EPC notamment les souches productrices d’OXA-48. Il contient de l’ertapénème (0,25 mg/L), du sulfate de zinc (70 mg/L) et de la cloxacilline (250 mg/L) (39, 41). Ce milieu « maison » a été adopté par la société CHROMagar qui y a incorporé des chromogènes. Jusqu’à

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récemment, ce milieu de culture devait être préparé par le laboratoire de bactériologie. Depuis fin 2017, le milieu mSuperCARBA™ est vendu directement pré-coulé par la société CHROMagar. Le milieu mSuperCARBA™ n’a pas encore été testé par le CNR.

d) ChromID® OXA-48 (bioMérieux) La gélose ChromID®OXA-48 est un milieu chromogène sélectif destiné au dépistage des entérobactéries productrices de carbapénèmase de type OXA-48 (42). Avantage Milieu commercial chromogène possédant une bonne sensibilité pour la détection des souches productrices d’OXA-48. Inconvénient - Sensibilité médiocre pour la détection des EPC produisant une autre carbapénèmase qu'OXA-48 (KPC, NDM, VIM ou IMP). - Les souches productrices de carbapénèmase OXA-244 peuvent ne pas pousser sur ce milieu (43) Recommandation Ce milieu est recommandé pour la détection des EPC en complément d’un milieu additionnel possédant une bonne sensibilité de détection des entérobactéries productrices de carbapénèmase autre que OXA-48 (ChromID® Carba, Brilliance® CRE) ou en cas de dépistage lors d’une épidémie connue avec une souche productrice d’une carbapénèmase de type OXA-48.

e) ChromID® CARBA SMART (bioMérieux) La gélose ChromID®CARBA SMART est un milieu sélectif chromogénique bi-plate destiné au dépistage de toutes les entérobactéries productrices de carbapénèmase. La moitié de la gélose correspond à la gélose ChromID®CARBA, l’autre moitié correspond à la gélose ChromID®OXA-48.

ChromID® CARBA ChromID® OXA-48

Avantage Milieux commercial chromogène possédant une bonne sensibilité pour la détection des souches productrices de carbapénèmase quel que soit le type de carbapénèmase. Inconvénient - Les souches productrices de carbapénèmase OXA-244 peuvent ne pas cultiver sur ce milieu (43).

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2.4 Détection moléculaire des EPC directement à partir du prélèvement

Ces techniques reposent sur l’utilisation d’une technique PCR directement sur

des échantillons cliniques (écouvillons rectaux). De nombreuses techniques de biologie moléculaire ont été récemment commercialisées :

- Xpert® Carba-R, (Cepheid) - Amplidiag® CarbaR+VRE, Amplidiag® CarbaR+MCR (Mobidiag) - Check Direct CPE on BD MAX™ (Check-Points) - eazyplex® SuperBug CRE (OptiGene) - Carbaplex® IVD PCR (Brucker) - CRE ELITe MGB® Kit (ELITech) - Etc…..

Les tests Xpert® Carba-R, (Cepheid) (30, 31) et Amplidiag® CarbaR+VRE

(Mobidiag) (32) ont été évalués par le CNR. Dans les deux cas, les sensibilité et spécificité sont bonnes, permettant la détection de plus de 99% des souches d’EPC isolées en France (cf section 1.5).

Généralement, les techniques moléculaires sont considérées comme possédant une meilleure sensibilité que les méthodes de dépistage basées sur la culture bactérienne Nous avons notamment montré l’intérêt des méthodes moléculaires par rapport à la culture pour le dépistage de certains variants d’OXA-48 (OXA-244) ne poussant pas ou mal sur les milieux de dépistage des OXA-48 du fait d’une faible activité d’hydrolyse vis-à-vis de la témocilline (43). Cependant, des faux positifs ont également été décrits pour ces tests moléculaires (31). Pour les laboratoires réalisant des tests moléculaires directement sur les prélèvements rectaux, il est conseillé d’effectuer en parallèle un ensemencement sur un milieu de dépistage (ex : ChromID Carba SMART). Devant toute discordance entre les deux tests, on devra s’interroger sur la possibilité d’une culture faussement négative (ex : OXA-244 possédant une faible activité carbapénèmase et ne poussant pas sur certains milieux sélectifs, patient faiblement colonisé) ou une méthode moléculaire faussement positive. Il existe également des faux négatifs avec les méthodes moléculaires pourtant réputées plus sensibles que les méthodes utilisant la culture. Quoiqu’il en soit, devant toute discordance, il est conseillé de répéter les prélèvements.

Avantages : - Excellentes spécificité et sensibilité - Permettent de déterminer le type de carbapénèmase Inconvénients : - Coût élevé - Ne détectent que les gènes recherchés - Risque de faux positifs et de faux négatifs

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Recommandations :

1) Situation non épidémique : Ensemencement des prélèvements directement sur des géloses sélectives (cf. ci-dessus)

2) Situation épidémique (connaissance de premiers cas de colonisation ou infection)

a) Bien s’assurer que le kit de biologie moléculaire est capable de détecter le gène codant pour la carbapénèmase produite par la souche épidémique b) PCR directement à partir des écouvillons rectaux. Permet de gagner 24 h par rapport à la culture. c) Il est conseillé d’effectuer une culture (+/- enrichissement) en parallèle de la détection moléculaire

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Fiche résumée : Recommandations pour le dépistage des patients porteurs d’une souche d’EPC (patients colonisés)

1) Patient ayant eu dans les 12 derniers mois une hospitalisation de plus de 24 h quel que soit le secteur ou une prise en charge dans une filière de soins spécifique (dialyse) à l’étranger.

2) Types de prélèvements : selles ou écouvillonnages rectaux. Il est important de vérifier visuellement la présence de matières fécales sur l’écouvillon.

3) Il est conseillé de répéter les prélèvements en cas de forte suspicion de colonisation par une EPC (3 prélèvements à 3-4 jours d’intervalle). Ne pas hésiter à réaliser un nouveau dépistage après la mise sous antibiothérapie.

4) Méthodologie recommandée pour le dépistage des patients porteur d’une EPC par culture:

5) La détection moléculaire d’EPC directement à partir du prélèvement permet de gagner une journée sur la détection des EPC. Ce type de technique est à privilégier pour le dépistage des patients contact lors d’épidémies. Il conviendra alors de vérifier que le kit de biologie moléculaire est capable de détecter efficacement la souche épidémique avant utilisation directe sur les prélèvements cliniques. 6) Pour les laboratoires réalisant des tests moléculaires directement sur les prélèvements rectaux, il est conseillé d’effectuer en parallèle un ensemencement sur un milieu de dépistage

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Fiche résumée globale: Recommandations pour la détection des EPC à partir d’une colonie suspecte

(d’après l’épidémiologie française des EPC et les validations réalisées par le CNR)

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Dépistage(Conseil:ChromIDCARBASMART)PoussesurmilieudescreeningEPC

An8biogrammeDiminu5ondesensibilitéàau

moinsuncarbapénème(ertapénème+++),Témocilline

«contact»

-+

RAPIDECCARBANP

+

-

Absencedecarbapénèmase

Carbapénèmasedetype:

KPC,NDM,VIM,IMP,OXA-48-like

CarbapénèmasedetypeIMI+++,FRI,GES,TMB-1

ouautre

EnvoidelasoucheauCNRpourtypagedéfini8f

CARBA5(NGBiotech)

RESIST-4O.K.N.VK-Set(CORISBioconcept)OU

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