Zotero perfectionnement - Urfist - Université de Strasbourg€¦ · 1 Rappels sur l’alimentation de la base Zotero 1.1 Utilisation d’identifiants bibliographiques 1.2 Utilisation

Zotero perfectionnement

URFIST de Strasbourg

Université de Strasbourg

Zotero perfectionnement URFIST de Strasbourg2

1 Rappels sur l’alimentation de la base Zotero

1.1 Utilisation d’identifiants bibliographiques

1.2 Utilisation de PDF

1.3 Importation de fichiers

1.4 Flux RSS

2 Gestion de la base

2.1 Mots clés

2.1 Recherche avancée et collections dynamiques

3 Utilitaires pour Zotero

2.2 Zutilo

2.3 Zotfile

4 Sauvegarde de la base Zotero

4.1 Export de fichiers

4.2 Le dossier Zotero

4.3 Synchronisation et compte en ligne

Sommaire

Zotero perfectionnement URFIST de Strasbourg

Ajouter des références dans Zotero

•Sites ou bases

•Utilisation d’identifiants bibliographiques

•À partir de PDF

•Importation de fichiers

•Flux RSS

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En saisissant directement l’identifiant d’un document• ISBN pour un livre• DOI pour un article

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Alimentation de la base Zotero

Utilisation d’identifiants bibliographiques

En créant la référence à partir du fichier PDF

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• dépend de la qualité des métadonnées du PDF• Fonctionne en général avec les articles de revues et les documents provenant de

bases de données• Méthode :

• faire glisser le fichier PDF dans la bibliothèque Zotero (partie centrale)• le sélectionner et choisir dans le menu contextuel (clic droit) : « Récupérer

les métadonnées du PDF » pour créer la référence bibliographique. Le fichier PDF est joint automatiquement à la réféférence ainsi créée.

Nouveauté 2019

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Zotero a signé un partenariat avec RetractionWatch et réalisé une intégration technique entre l'outil de gestion bibliographique d'un côté, et la base de données des rétractations scientifiques de l'autre.Concrétement, quand vous ouvrez votre Zotero, il se connecte à RetractionWatch et, si une référence dans vos bibliographies a été rétractée, il vous en avertit.Pour l’instant, limité aux documents avec un DOI ou un PMID



En important un fichier de données bibliographiques

Fichier produit par autre application (EndNote, Mendeley etc.)• Format RIS• Mais aussi format BibTeX• Menu Fichier/ importer• Une collection portant le même nom que le fichier

d’import est créée dans Zotero


Importer dans Zotero

Choisir le fichier à importer : ici, un fichier au format RIS

Une collection portant le nom du fichier est créée dans la base Zotero. Elle contient les données bibliographiques, et les fichiers joints si l’option a été choisie au moment de l’export.

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À partir d’un flux RSS

Nouveauté de Zotero 5Permet de suivre l’actualité d’une revue ou d’un site

• derniers billets parus sur un blog• derniers articles d’une revue• Nouvelles réponses à une requête enregistrée dans

une base de données• s’abonner à un flux RSS en copiant l’url du flux dans

Zotero.



À partir d’un flux RSSs’abonner à un flux RSS en copiant l’url du flux dans Zotero.

Exemple d’une recherche dans le moteur BASE

Copier l’url obtenue en cliquant sur ce bouton …



À partir d’un flux RSSs’abonner à un flux RSS en copiant l’url du flux dans Zotero.

Exemple d’une recherche dans le moteur BASE

Dans la boite de dialogue

Paramètres du flux…

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À partir d’un flux RSS

Le flux est créé dans Zotero

Liste des résultatsLes éléments non-lus apparaissent en

grasIl s’agit d’une liste de lecture : les

éléments ne sont pas encore intégrés dans la base Zotero

Détail d’un élément de la liste

Ajout de l’élément à une collection

de la base Zotero

˃ Supprimer un document de la collection A ne le supprime pas de la collection B.

Supprimer un document d’une collection ne le supprime pas de la bibliothèque

Supprimer un document d’une collection A ne le supprime pas de la collection B

On peut choisir de supprimer

Une collection mais pas les documents qu’elle contient

une collection avec les documents qu’elle contient

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La bibliothèque est le répertoire racine : elle contient tous les documents importés dans la base Zotero

Une collection est une vue particulière de certains documents de la bibliothèque

Un document peut apparaître dans plusieurs collections, mais il existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque

Organisation de la base :

Rappel: Utilisation des collections

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La bibliothèque est le répertoire racine : elle contient tous les documents importés dans la base Zotero

Une collection est une vue particulière de certains documents de la bibliothèque

Un document peut apparaître dans plusieurs collections, mais il existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque

Organisation de la base :

Rappel: Utilisation des collections


Supprimer le document de la bibliothèque le supprime dans toutes les collections où il était auparavant


En savoir plus sur l’utilisation des mots-clés et des collections :

FLAMERIE, Frédérique, « Comment organiser sa bibliothèque ? », Zotero francophone, 2015, [En ligne : http://zotero.hypotheses.org/756

http://zotero.hypotheses.org/756


Le volet des marqueurs

Organisation de la base

Utilisation de la couleur pour les mots clés

Déplier/replier le volet des marqueurs


Utilisation de la couleur pour les mots clésOrganisation de la base

Clic-droit sur le mot-clé

• Possibilité d’attribuer jusqu’à 6 couleurs à des mots-clés

• Des chiffres sont associés à ces couleurs pour les attribuer à la volée dans une liste en utilisant le pavé numérique du clavier

• Permet de faire ressortir certains documents (ex : à lire / lu) dans une liste



Exemple d’utilisation de la couleur pour les mots clés

Les documents lus apparaissent avec un marqueur rouge dans la colonne centrale



Recherche simple


Tous les champs de la notice + mots-clés˃ Supprimer un document de la collection A ne le supprime pas de la collection B.

Tous les champs de la notice + mots-clés+ les mots des PDF si ceux-ci sont indexés


Tiré de Aide en ligne Zotero : https://www.zotero.org/support/fr/finding_and_sorting21


Recherche avancée

https://www.zotero.org/support/fr/finding_and_sorting



Collections dynamiques˃ Supprimer un document de la collection A ne le supprime pas de la collection B.

Enregistrer une recherche à partir de la recherche avancée

crée une nouvelle collection

. ˃ Supprimer un document de la collection A ne le supprime pas de la collection B.

dans l’arborescence de gauche. Cette collection comprend toutes les références qui correspondent au résultat de la recherche. Cette collection s’actualise à chaque fois qu’une référence ajoutée correspond aux critères de recherche utilisés.


Utilitaires pour Zotero

•Installer une extension

•Exemples

Zutilo

Zotfile

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Installer les Utilitaires pour Zotero

Avec la nouvelle version de Zotero, l’installation directe depuis le navigateur n’est plus

possible. Il faut l'installer manuellement :

1. Pour Zutilo: aller sur la page https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/releases

Pour Zotfile : http://zotfile.com/

2. Choisir la version la plus récente du fichier .xpi

3. clic droit et « Enregistrer sous… » pour télécharger le fichier

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https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/releases

http://zotfile.com/


Installer des extensions pour Zotero2. Dans Zotero, menu Outils / Extensions

Dans la fenêtre qui s’ouvre , dans l'angle supérieur droit, Cliquez sur le bouton

Choisir « install add-on from file » et choisissez le fichier.xpi que vous venez de télécharger

Redémarrer Zotero pour terminer l’installation


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ZutiloExtension de Zotero qui ajoute les fonctions suivantes :

Copier / coller les marqueurs (Mots-clés):

on peut copier les marqueurs( mots-clés) des références sélectionnées vers le bloc-notes et

les coller dans le bloc-notes ; on peut aussi les coller dans une autre référence de la

collection (clic droit -> paste tags from clipboard)

Copier les créateurs (auteurs):

on peut copier les auteurs( mots-clés) des références sélectionnées vers le bloc-notes et les

coller dans le bloc

Afficher / modifier le chemin des pièces jointes :

par un clic droit sur une référence, on voit le chemin actuel par défaut du fichier attaché à la

référence (répertoire storage de Zotero)

Associer les éléments :

sélectionner les références à connecter entre elles, clic droit -> relate selected items ; la

référence connectée se retrouve en cliquant dans l’onglet « connexe »

Plus d’informations :

https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/blob/master/docs/COMMANDS.md

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https://github.com/willsALMANJ/Zutilo/blob/master/docs/COMMANDS.md



ZutiloElément supplémentaire dans le clic-droit après installation de Zutilo

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ZotfileFonctions:

• attacher à une référence les fichiers récemment téléchargés dans un dossier

Téléchargement ou dans tout autre dossier spécifié

• renommer et de gérer les attachements Zotero

• Spécifier les règles de nommage des fichiers

• synchroniser les PDF entre l’ordinateur et la tablette (ipad ou android) et de les

rapatrier sur zotero

• extraire les annotations des PDF pour les transformer en notes rattachées à une

référence

• Extrait les sommaires des PDF (seulement si PDF structuré avec signets)

Plus d’informations : https://zotero.hypotheses.org/2838

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https://zotero.hypotheses.org/2838


ZotfileElément supplémentaire dans le menu contextuel (clic-droit) après installation de Zotfile

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ZotfileExemple de copie de texte surligné d’un PDF dans la partie « Notes » de l’enregistrement dans Zotero

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SauvegarderSynchroniser

•exports

•Support externe

•Synchronisation

Serveur Zotero

Serveur WebDAV

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Sauvegarde de la base

Différence entre sauvegarde et synchronisation• La sauvegarde

• a pour but copier des données sur un support (disque dur externe, clé USB, etc.) ou sur un emplacement (serveur) autre que celui d’origine dans le but de pouvoir les restaurer.

• Le flux de sauvegarde ne va que dans un sens.

• Source Destination

• La synchronisation

• consiste à rendre identiques les contenus de la source et de la destination pour les rendre disponibles sur plusieurs emplacements.

• la synchronisation fonctionne dans les deux sens. Source Destination

• Une fois la première synchronisation effectuée, tout changement (suppression ou modification) effectué sur un fichier d'un côté sera systématiquement répercuté de l'autre.

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Plusieurs options

• Exporter la base Zotero dans un fichier. • export partiel possible (une ou plusieurs collections)• avec ou sans les pièces jointes

• Enregistrer le dossier Zotero sur un support de sauvegarde• Pas de sauvegarde partielle : toute la base est enregistrée• avec les paramétrages personnalisés (styles téléchargés, style de citation par

défaut etc.)

• Synchroniser sa base sur un compte en ligne créé sur le site Zotero• Permet de récupérer sa base bibliographique à partir de n’importe quel poste

relié à internet • Pas de synchronisation partielle : toute la base est synchronisée• avec ou sans les pièces jointes• les paramétrages personnalisés ne sont pas synchronisés

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Exporter la base Zotero

On peut exporter une collection ou toute la bibliothèque Zotero

Formats d’export disponibles permettent les échanges de données entre logiciels notamment : • RIS : format reconnu par tous les

logiciels de gestion bibliographique

• BibTeX et BibLaTeX: permettent d’utiliser les données pour les citations dans LaTeX

• Zotero RDF : échange de données avec une autre base Zotero Par défaut, on n’exporte que les

références bibliographiques. Cocher cette case pour exporter aussi les fichiers attachés

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Enregistrer le dossier Zotero : accéder au dossier 1

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Le chemin du dossier Zotero•Pour Windows : C:\Users\<Nom-d’utilisateur>\Zotero •Pour Mac : Users\<Nom-d’utilisateur>\Zotero


Le dossier ZoteroLe dossier Zotero contient tous les éléments de votre base Zotero : données bibliographiques et fichiers attachés, mais aussi les éléments de personnalisation : styles téléchargés, préférences d’affichage, styles de citation par défaut etc .

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Fichiers attachés : PDF,copies écran etc.

Fichiers de styles CSL

Données bibliographiques

Dossier à sauvegarder


Synchronisation – créer le compte en ligne

Synchronisation – Compte en ligne


Sauvegarde de la bibliothèque Zotero et des pièces jointes sur un compte en ligne (gratuit)

300 Mo maximum pour le compte gratuit. Au delà, seules les références bibliographiques sont enregistrées.

Synchronisation automatique (par défaut) ou sur demande

Synchronisation



Synchronisation avec un compte Zotero – paramétrage

Identifiant et mot de passe définis lors de la création du compte en ligne. Evite d’avoir à les saisir à chaque demande de synchronisation

Quand cette option est décochée, la synchronisation ne sa fait que sur demande, en cliquant sur



Une fois le compte en ligne créé et les identifiants saisis dans Zotero, divers paramétrages sont disponibles :

• choisirla bibliothèque que l’on souhaite synchroniser (si on est abonné à plusieurs bibliothèques).

On peut pas faire de sélection dans les collections : toutes les collections de la

bibliothèque sont synchronisées

• possibilité de télécharger les fichiers attachés sur demande seulement : menu préférences : Synchronisation/“à la demande”

Économise de la place et/ou du temps quand on ne travaille pas sur son poste et qu’on a beaucoup de fichiers attachés.Les fichiers attachés sont téléchargés uniquement quand on clique pour les ouvrir







Le cercle bleu plein indique que la pièce jointe est déjà disponible sur le poste

Sinon, le cercle n’est pas rempli : la pièce jointe sera téléchargée quand on demandera son ouverture

Synchronisation à la demande



WebDAV est une extension du protocole HTTP (le protocole du web), qui détermine le transfert et le management des fichiers.

Certains services de stockage en ligne utilisant ce protocole et vous proposent un stockage supérieur à 300 MoListe indicative sur le site Zotero : https://www.zotero.org/support/kb/webdav_services

Webdav ne peut être utilisé pour l'instant avec les bibliothèques de groupe.

En savoir plus sur la synchronisation : https://paris-sorbonne.libguides.com/zotero_sync/sync

Synchronisation avec un compte WebDav


https://www.zotero.org/support/kb/webdav_services

https://paris-sorbonne.libguides.com/zotero_sync/sync


• Si vous avez les informations sur votre propre compte WebDAV, renseignez l’URL fournie par le service, votre nom d’utilisateur et votre mot de passe dans l’onglet des Préférences de Synchronisation. Validez votre saisie par OK

• Assurez-vous que vous avez bien précisé si vous utilisez ou non WebDAV sécurisé (https) ou non (http). Si vous l’ignorez, vous pouvez essayer les deux, mais le fournisseur doit pouvoir vous donner cette information.

• Ouvrez à nouveau le panneau de synchronisation dans les préférences : votre nom d’utilisateur et votre mot de passe crypté doivent apparaître.

• Cliquez sur “Vérifier le Serveur”. Zotero vérifie le compte avant que la synchronisation soit utilisée. Une fois la vérification terminée, vous êtes prêt à synchroniser les fichiers.

Synchronisation avec un compte Webdav– paramétrage



Travail en groupe dans ZoteroBibliographie partagée

Le compte en ligne permet aussi de créer une bibliothèque partagée avec d’autres personnes (bibliothèque de groupe). Plusieurs personnes peuvent ainsi s’échanger des références dans le cadre d’une bibliographie collaborative.

Distinguer : • Le statut de la bibliothèque en ligne : personnelle /publique (visible par tous)

La bibliothèque peut être celle d’un individu ou d’un groupe

• Le statut du groupe : participation privée (accès réservé) ou publique (ouverte à ceux qui le souhaitent, en fonction des autorisations données par le créateur du groupe)

• Le statut des membres du groupe : propriétaire (créateur), administrateur (droit d’ajouter/modifier des données), membre (consultation seulement)

• Les paramètres et statuts sont gérés par le propriétaire du groupe

La bibliothèque partagée est stockée sur l’espace personnel (300 Mo par défaut) du propriétaire du groupe


Groupes dans ZoteroBibliographie partagée

Groupe Privé Public

Participation Participation restreinte Participation ouverte

Page du groupe visible uniquement par les membres et les invités par tout le monde

Cherchable par moteur de Zotero Non Oui

Devenir membre Sur invitation de l’administrateur du groupe 1. Sur invitation de l’administrateur

2. Demande d’invitation à

l’administrateur

Immédiat, cliquer sur

Lecture de la bibliothèque du groupe (références visibles) Uniquement par les membres Selon paramétrage de l’administrateur :

1. Visible par tous sur le web (références uniquement - pas de

partage de fichiers)

2. Visible uniquement par les membres du groupe

3. Visible uniquement par les administrateurs

Edition de la bibliothèque du groupe

(ajouter/supprimer/modifier des références)

Selon paramétrage de l’administrateur :

1. Tous les membres du groupe

2. uniquement les administrateurs

Editer les fichiers joints Uniquement si groupe privé, selon paramétrage

de l’administrateur :

1. Tous les membres

2. Uniquement les administrateurs

Les fichiers joints ne sont pas autorisés dans les bibliothèques visibles sur

le web

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Informations complémentaires

BIBLIOGUIDES Zotero notamment :

• ZEGHOUD Noreddine, « BiblioGuides: Zotero : gérer sa

bibliographie et ses pdf: Gérer ses PDF et ses pièces

jointes », 22 novembre 2017, consulté le 27

novembre 2017, URL : http://paris-

sorbonne.libguides.com/zotero-gerer-sa-biblio-et-

ses-pdf/gerer-ses-pdf-et-ses-pj .

• ZEGHOUD Noreddine, « BiblioGuides: Zotero :

bibliographie en ligne et bibliographie nomade:

Introduction », Portail documentaire Sorbonne

Universités - Biblioguides, 10 novembre 2017,

consulté le 27 novembre 2017, URL : http://paris-

sorbonne.libguides.com/zotero_sync

• Un exemple de bibliographie collaborative :

HEIMBURGER Franziska. « Bibliographie collaborative

de la Grande Guerre avec Zotero » in La Boite à

outils des historiens [En ligne], 23 janvier 2013.

Disponible sur : http://www.boiteaoutils.info/2013/01/bibliographie-

collaborative-de-la.html (Consulté le 21 février 2013)

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http://paris-sorbonne.libguides.com/zotero-gerer-sa-biblio-et-ses-pdf/gerer-ses-pdf-et-ses-pj

http://paris-sorbonne.libguides.com/zotero_sync

http://www.boiteaoutils.info/2013/01/bibliographie-collaborative-de-la.html


Merci de votre attention

[email protected]

http://urfist.unistra.fr

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http://urfist.unistra.fr/

Documents

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