Microbial eukaryotes in the
hypersaline anoxic
L’Atalante deep-sea basinBazañez-Marquez TaniaAccolla Chiara
Intérêt croissant pour les environnements hyper salés
Études précédentes : présence d’eucaryotes unicellulaires négligeable
Découvertes récentes : diversité inattendue au sein de la communauté eucaryote
Frontières de la vie des eucaryotes?
1:500 000
35o18.29’N 21o 23.33E
LE BASSIN PROFOND DE L’ATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin)
Caractéristiques Couche entre 3499 m et 3501 m de profondeur
caractérisée par un gradient de salinité très fort
Surface à 3499 m Surface à 3501 m
Salinité (‰) 39 365
Température (°C) 14.03 14.03
Oxygène (μM) 19.08 n.d.
Ammonium (μM) 5.05 3000
LE BASSIN PROFOND DE L’ATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin)
Système Modus-Scipack:
une sonde CTD
une série de bouteilles de Niskin
un senseur de pression
D’après E. Malinverno et al. (2006).
Annals of Geophysics,vol.49,N.2/3
1. Échantillonnage à 3499 et 3501 m
Filtration Destruction chimio-mécanique des cellules Enlèvement de l’ADN avec DNase I Isolement de l’ARN et inhibition de la
RNase Détermination de la concentration de
l’ARN (spectrophotométrie) et de son intégrité
Méthode non liée à la culture traditionnelle suivie par l’observation au microscope ARN ribosomal
2. Extraction des acides nucléiques
transcriptase inverse
ARN cDNA
PCR amplification
Clonage
3. Construction du cDNA
Séquences partielles regroupées en
phylotypes
(unités opérationnelles
taxonomiques)
4. Séquençage et regroupement en phylotypes
similarité de séquence: 99.0%
(DOTUR)
Comparaison des séquences de cDNA avec celles de GenBank
Alignement (programme plus alignement manuel)
Construction d’un premier arbre
Analyse plus détaillée et construction de sous-
arbre
1000 Bootstrap et analyse bayesienne
Affiliation phylogénétique approximative
5. Analyse phylogénétique
•Ciliés
•Uncult. Marine Alveolate
•Fungi
•Radiolaires
•Choanoflagellés
•Jakobida•Métazoaires•Chlorobiontes•Cercomonads•Haptobiontes•Straménopiles
•Ciliés
•Uncult. Marine Alveolate
•Fungi
•Radiolaires
•Choanoflagellés
•Jakobida
•Métazoaires
•Dinobiontes
•Cryptobiontes
UPPER HALOCLINE
LOWER HALOCLINE
Oligohymenophorea
Prostomatea
Plagiopytea
Phyllopharyngea
Séquence non assignable à aucune classe connue
Spirotrichea
Armophorea
Litostomatea
Karyorelictea
Heterotrichea
6 espèces lower halocline1 espèces upper halocline
1 espèces lower halocline1 espèces upper halocline
2 espèces lower halocline
1 espèces upper halocline
4 espèces lower halocline4 espèces upper halocline
2 upper et lower halocline
La mer des les Sargasses
Lost City Vent
lagunes
Zones abyssales
CILIÉS
Apicomplexes
Gonyaulacales
Blastodiniales
Prorocentrales
Peridiniales
Gymnodiniales
Non cultivable Alvéolés Groupe II
Non cultivable Alvéolés Groupe I
Ciliés
La mer des Sargasses
Côte Atlantique
Zone Antarctique
Zones abyssales
L’océan pacifique
Amoebophrya sp.
DINOBIONTES
Bacillariophyta
Hypochytriomycota
Labyrinthulidae
Oomycota
Bicosoecida
Blastocystis nominis
Stramenopiles marins GroupeIII
La mer des Sargasses
Côte Atlantique
Zone Antarctique
Zones abyssales
L’océan pacifique
STRAMÉNOPILES
La Méditerranée
CERCOBIONTESCercomones
2 espèces
La mer des Sargasses
Lost City Vent
L’océan Pacifique
Acantharia
Polycystinea
Acanthoecidae
Choanoflagelle
Amoebidium parasiticum
Ascomycota
Bymenomycetes
Urodinomycetes
Ustilaginomycetes
enivrement non assignable
Basidiomycota
Haplosporidia
Jakobia
Mesodinium/ Myrionecta
Euglenozoa
Heterobosea
Microsporidia
Diplomonadida
Parabasalida
•Antarctique•Groenland•Lagunes oligothrophiques•La mer des Sargasses
cet article donne une possibilité de poursuivre la recherche dans ce domaine.
Ils ont trouvé une grande diversité d’organismes
Les auteurs ont conclu que la méthode d’hybridation in situ est très efficace pour les organismes non cultivables.
Beaucoup de séquences sont proches
des séquences trouvées dans
d’autres environnements
Diversité entre les communautés des
deux couches du gradient
Pression sélective (salinité,ammonium)
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