Pourquoi R dans QGIS ?
QGIS, un soft plutt pythonesque
Python 2.7 inclus ! Numpy, une bibliothque pour le
calcul matricielf exemple : calculatrice raster
PyQGIS, une bibliothque pour interagir avec linterface de QGIS f exemple : crer des plugins
Mais lintgration de R offre des possibilits supplmentaires
Pour les habitus de R ! Intgration doutils trs
spcialiss et bass sur des packages R comme adehabitatHR(domaines vitaux ou home range)
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Intgration de scripts R dans QGIS
Bote outils de traitements de QGIS 2.6f lorigine un plugin (Sextante), plus tard intgr
dans QGIS
But : appeler des outils Grass, SAGA, R, OrfeoToolbox depuis QGIS
Un certain nombre doutils R sont dj prsents dans QGIS par dfaut comment les faire fonctionner ?
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Installation et configuration
Installer R si ce nest pas dj fait ! Activer R + Configurer le chemin daccs de R et des scripts .rsx dans QGIS f Menu Traitement / Options
Installer les packages R ncessaires au fonctionnement des scripts
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Packages obligatoires
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sp
Ces 3 packages sont obligatoires pour la lecture / criture des donnes SIG
rgdal raster
Ils seront systmatiquement chargs chaque excution dun outil R dans QGIS
Utilis pour charger des vecteurs Utilis pour charger des rasters
Classes pour les donnes spatiales
Quelques packages recommands
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spatstat
adehabitatHR Outils Home Range analysis
rgeos, rasterVis,
maptools
Outils Point pattern analysis
Susceptibles dtre utilis par dautres outils
Clic-droit + Editer script pour voirquel package il utilise
Quel diffrence entre un script .R classique et un script .rsx dans QGIS ?
Le script .rsx intgre une liste des paramtres prcds par des ##f Couches vecteur ou raster en entref Choix dun champ dans la table dun vecteurf Paramtres numriques en entre f Couches vecteur ou raster en sortie
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Source : https://conservationecology.wordpress.com/2013/08/14/port-your-r-scripts-to-qgis-using-sextante/
Interface des outils R dans QGIS
Linterface est automatiquement gnre daprs les paramtres du fichier .rsx !f Dans cet exemple de script, le calcul de polygone convexe partir dune couche de points
ne reprsente quune seule ligne de code (appel de la fonction mcp {adehabitatHR} )
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Outils R pour afficher des graphiques
Possibilit dappeler la fonction plot dans un script .rsxf Exemple : outil Raster Histogramf Gnre un fichier PNG (inclus dans un HTML)
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Outils R pour gnrer des vecteurs / raster
Une bonne connaissance des packages sp, raster et rgdal est requise pour crire vos propres scripts
Exemple : gnrer le trajet dun animal (relier des points ordonnes)f La lecture et lcriture de donnes font
appel aux classes de donnes spatiales du package sp
f Code concis mais complexe
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