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Programmes de recherche sur le paludisme:
Saisie et exploitation statistique des données
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Saisie et exploitation des données statistiques
1. Quelques concepts principaux2. Une méthodologie de travail3. Les outils statistiques
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1. Quelques concepts principaux
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L’existant
! une multiplicité de fichiers de donnéesentrainant! un éventail de types de traitement de
données
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Une multiplicité de fichiers de donnéesExemples:
! fiches d’observations médicales dans le cadre de l’essai thérapeutique
! fiche d’évaluation de l’efficacité thérapeutique sur protocole x jours
! entretiens semi-directifs! données entomolgiques basées sur le comportement
de la famille! données écologiques basées sur le comportement
de la famille
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Une multiplicité de fichiers de données (suite)Exemples (suite):
! données sur l’observance! données socio-démographiques! données issues de l’analyse in vitro des
souches! données comparatives entre goutte épaisse et
bandelettes! données comparatives entre moustiquaires
imprégnées et moustiquaires non imprégnées
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Un éventail de types de traitement de données! Fiches d’observation médicales dans le cadre
de l’essai thérapeutique
! unité d’analyse: le patient! objectif: comparer! outils:
! comparaison de deux moyennes! comparaison de deux fréquences! etc…
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Un éventail de types de données! Fiches d’évaluation de l’efficacité
thérapeutique sur protocole x jours
! unité d’analyse: la crise de paludisme chez un patient
! objectif: mesurer le suivi de la crise! outils:
! comparaison de moyennes! mesures répétées! etc…
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Un éventail de types de données! Entretiens semi-directifs
! unité d’analyse: le patient ou la famille! objectif: analyser son discours! outils:
! lexicométrie! analyse de contenu! recodage de textes! etc…
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Un éventail de types de données! Données sur l’observance
! unité d’analyse: le patient ! objectif: analyser le comportement du
patient! outils:
! analyse univariée! analyse bivariée (liens de causalité)! etc…
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Un éventail de types de données! Données socio-démographiques
! unité d’analyse: le groupe familial ou le groupe social
! objectif: compréhension des mécanismes socio-démographiques
! outils:analyses multivariées
! ACP! AFC! typologie! etc…
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Un éventail de types de données! Données comparatives entre goutte épaisse et
bandelettes
! unité d’analyse: le support d’analyse de sang! objectif: comparer les résultats! outils:
! comparaison de moyennes! comparaison de fréquences! etc…
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Une multiplicité de fichiers de données1er concept
Un éventail de types de traitement2ème concept
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Une multiplicité de fichiers de données1er concept :
! Une approche globale dans le programme de recherche sur le paludisme:données cliniques, données socio-démographiques, données écologiques, données entomologiques, données économiques,…
Une approche de toute l’interdépendance des données
! Découverte de nouveaux liens de causalité qui permettront d’élaborer de nouveaux plans d’action
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Un éventail de types de données
2ème concept:
! Nécessité d’une même méthodologie de travail garantissant une rigueur impérative
2. Une même méthodologie de
travail
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Méthodologie de travail
90%
10%
0%
20%
40%
60%
80%
100%
Charge de travail
exploitationstatistiqueprotocole
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Méthodologie de travail
Q Q O Q C C
Quoi Qui
Où Quand
Combien Comment
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Méthodologie de travail! Quoi :
Quels sont les objectifs, les buts à atteindre, les hypothèses à tester :comparaison de deux thérapeutiques, efficacité d’un nouveau produit, influence de la famille sur l’observance,…
Le détail et la précision des objectifs à atteindre sont les garants de la construction et de la pertinence d’un bon questionnaire.Il ne faut pas hésiter à investir du temps à cette étape.
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Méthodologie de travail! Qui :
Quelle est la cible à atteindre :! nombre de groupes en parallèle ( deux ou plus) ou
population à enquêter,! critères d’inclusion (maladie : type de paludisme,
malades : âge, consentement,…)! critères de non-inclusion (maladie : type de
paludisme, malades : femmes enceintes, nourrissons,….., traitements non compatibles),
! non-respects, perdus de vue,…..! …
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Méthodologie de travail! Où
Les lieux d’enquête ou de recueil des données :
! dispensaire,! domicile de la personne,! …
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Méthodologie de travail! Quand
Date de début d’enquête ou de recueil des donnéesDate de fin d’enquête ou de recueil des donnéesSaison des pluiesSaison sècheDate de chaque événement (ex : crise de paludisme) et date de mesure du critère de jugement (ex : température ou imprégnation des moustiquaires,…)
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Méthodologie de travail
! CombienDétermination de la population totaleDétermination de l’échantillon :! taille! constitution ( stratification ou tirage au sort,…)! représentativité
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Méthodologie de travail! Comment
! Construction du questionnaire : anonyme ou non, choix des critères de jugement,
! Test du questionnaire,! Recueil des données et remplissage des
questionnaires en T0, T1, …..Tn,! Saisie : logiciel et logistique! Traitements statistiques : logiciels et logistique! Analyses thématiques et globale.
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Grande importance du «qui »: unité d’observation ou d’analyse! Des niveaux différents
Exemple:! Fiche protocole 3 jours crise paludisme! Observance patient! Fiche socio-démographique famille
! Ces données doivent pouvoir être lues et traitées ensemble (approche globale)
! Le critère commun: l’identification de regroupement: la famille
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Grande importance du «qui »: unité d’observation ou d’analyse
! Structuration des données en grappe
traitement 1personne 1 traitement 2
traitement 3! Famille personne 2
personne 3
Données sur la famille
Données sur la personne
Données sur le traitement
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Grande importance du «qui »: unité d’observation ou d’analyse
! Support informatique:
! ce n’est plus un tableur (ex: Excel)mais! une base de données (ex: Access)
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3
! Précision du QQOQCC qualité du protocole donc de l’étude
! Rédaction nécessaire! Collaboration cliniciens-statisticiens
Zoom sur:! quoi! qui! comment
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3! Quoi
! Situation unilatérale ou bilatérale:! Situation unilatérale
démontrer l’efficacité d’un nouveau produit:le nouveau traitement est-il mieux que rien ou plus efficace que le produit de référence dont l’efficacité est connue ?
! Situation bilatérale (cas le plus courant)comparer deux thérapies:le nouveau traitement est-il plus ou moins efficace que le produit de référence ou quel est le meilleur des 2 traitements (recherche de la différence)?
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3
! Quoi (suite)! Pour quel critère de jugement (analyse
statistique)! 1 seul critère, celui qui mesure le mieux
l’effet attendu du traitement (cas idéal)! une combinaison numérique de critères
indépendants, qui résume l’état du malade
Le critère est généralement quantitatif
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3
! Qui! Nécessité d’une comparaison
! entre un nouveau traitement sur un groupeet ! le traitement connu pour être plus efficace ou
un placebo sur le groupe témoin
Il peut y avoir plusieurs groupes
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3! Qui (suite)
! Nécessité d’un tirage au sortPour obtenir des groupes de malades comparables:
! comparables pour tous les caractères connus ou inconnus autres que les traitements,
! afin de porter un jugement de causalité,il faut attribuer les traitements aux malades par
tirage au sort, le tirage étant:! équilibré ou non,! stratifié ou non
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3
! Qui (suite)! Nécessité d’un tirage au sort sur une
population éligible! critères d’inclusion
! maladie: critères cliniques, biologiques,…! malade: âge, sexe,…
! critères de non inclusion! maladie,! malade,! traitements antérieurs ou actuels
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3
! Qui (suite)! Traitements des cas particuliers
! patients ne respectant pas le protocole! patients perdus de vue
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3! Comment
! Essai en aveugle! essai en double aveugle:
malade et médecin ignorent la nature du traitement
! essai en simple aveugle:seul le malade ignore la nature du traitement
Les traitements administés en aveugle doivent être indiscernables.
Seule l’administration en double aveugle garantit le maintien de la comparabilité
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Exemple:QQOQCC et les essais comparatifs ou essais de phase 3
! Comment (suite)! Importance du recueil de données ou questionnaire
! document permettant la lecture en clair des données (le codage est ultérieur)
! document à tester! sur le fond (clarté et précision)! sur l’enchaînement de questions
! organisationqui le remplit, à quel moment, qui le contrôle et l’enregistre ?
3. Les outils statistiques
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Les outils statistiquesLes types de variables:! Variables quantitatives ou métriques
! discrètes! continues
Une variable continue peut être transformée en discrète
! Variables qualitatives! nominales! ordinales! à réponse multiple
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Les outils statistiquesEn général:! Variable quantitative:
! critère de jugement! variable à expliquer! variable explicative
! Variable qualitative! variable de stratification! variable explicative! variable de résultat (succès / échec)
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Les outils statistiques
Le type de variables à traiter structure les arbres de décision pour le choix des traitements statistiques
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Les principaux logiciels:
! logiciels généralistes! logiciels à vocation « analyse des
données »! logiciels à vocation « traitement
d’enquêtes »
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Logiciels généralistes! SAS! JMP! SPSS! STATA! S-PLUS! STATISTICA! SYSTAT! BMDP! SIGMA STAT! STAT GRAPHICS! MINITAB! XLSTAT! …
avec une spécialisation! EPI INFO! STATBOX
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Logiciels d’analyse de données
! Les logiciels généralistes! SPAD! ALICE! …
Logiciels de traitement d’enquêtes! ETHNOS! EOLE! MODALISA! QUESTION! SPHINX! …
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Paramètres de choix d’un logiciel! la richesse fonctionnelle! la lisibilité des résultats! la documentation! la complexité d’utilisation! la notoriété! le prix
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En conclusion
Le statisticien est cet homme qui prétend qu’avoir la tête dans une fournaise et les pieds dans la glace permet de bénéficier d’une température moyenne agréable
