2013 DUATB Grenoble R Et Epidemio Gram

S A N D R I N E B O I S S E T , M C U - P H , B A C T É R I O L O G I E D U T H É R A P E U T I Q U E I N F E C T I E U S E

1 3 F É V R I E R 2 0 1 3

MÉCANISMES ET ÉPIDÉMIOLOGIE DES RÉSISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES CHEZ

LES BACTÉRIES À GRAM POSITIF

BACTÉRIES A GRAM POSITIF

• Staphylococcus

• Streptococcus

• Enterococcus

• Corynebacterium

• Listeria monocytogenes

STAPHYLOCOCCUS AUREUS

STAPHYLOCOCCUS

• Résistances naturelles :

• Acide nalidixique

• Colistine

• S. saprophyticus :

= R fosfomycine

S. AUREUS SENSIBLE À LA PÉNICILLINE 1928 : S. aureus sensible à la pénicilline

Alexander Fleming (1881 1955) 3 Septembre 1928

HISTOIRE DES S. AUREUS RÉSISTANTS

1944 → pénicillinase (actuellement 75% ville - 90% hôpital)

1961 : commercialisation de la méticilline

Pénicilline M (oxacilline / cloxacilline)

1962 : apparition de la résistance à la méticilline Codée par un gène porté par une cassette chromosomique (SCCmec)

Résistance à toutes les béta-lactamines

1962-1993 : SARM confinés aux structure de soins Emergence progressive, très liée à la consommation d’antibiotiques

Dissémination mondiale de 5 clones

Multi-résistance

1993-2000 : premières épidémies de SARM communautaires Australie, Europe, Amérique du Nord

Clones indépendants entre eux et vis à vis des SARM hospitaliers

Multi-résistance rare

RÉSISTANCE AUX b-LACTAMINES

PENICILLINASE

• > 90% des S. aureus et des staphylocoques à

coagulase négative (SCoN)

• gène blaZ, transposon sur plasmide,

• plasmide de grande taille : autres gènes de

résistance

• inactivation des pénicillines G, A, carboxy- et

uréido-pénicillines, céfazoline

• sensibilité aux inhibiteurs de β-lactamases

• détection difficile : test à la nitrocéfine

BORSA & MODSA

• BORSA : borderline oxacillin S. aureus • Pénicillinase hyper produite capable d’hydrolyser

partiellement les pénicillines M

• Ces souches ne possèdent pas le gène mecA

• Activité restaurée par les inhibiteurs de β- lactamases

• MODSA : (Modified S. aureus) • Ces souches ne possèdent pas le gène mecA

• Bas niveau de résistance à la méticilline par modifications des PLP ayant une moindre affinité pour la méticilline

• Mécanismes rares !

GÈNE MEC A ET CASSETTE

• gène mecA = fragment d’ADN de 2,1 kb codant une protéine liant la pénicilline additionnelle (PLP2a)

• Cette transpeptidase PLP2a a une affinité faible vis-à-vis des -lactamines résistance à toute la famille des -

lactamines, notamment à la méticilline ou à l’oxacilline.

• Le gène mecA est inclus dans un élément génétique

mobile : la cassette staphylococcique (SCCmec,

staphylococcal cassette chromosome mec).

COMPOSITION DE LA CASSETTE

• La cassette SCCmec comporte deux éléments essentiels :

• le complexe du gène mecA • gène mecA et gènes régulateurs mecI et mecR1

• 4 classes (A, B, C, D) décrites chez S. aureus

• le complexe de gènes codant des recombinases ccr (cassette chromosome recombinase) qui assurent les phénomènes d’intégration et d’excision de la cassette • gènes ccrA et ccrB codant 2 recombinases → mobilité SCCmec

• 5 types (1,2, 3, 4, 5) • + autres éléments mobiles (résistance à d’autres ATB).

orfX

ccrAB2 Tn554 pUB110mecAmecR1

IRDR

mecI

orfX

Cassette SCCmec

S. aureus

20 à 80 kb

SCCmec

COMPOSITION DE LA CASSETTE

DIFFÉRENTS TYPES SCCMEC

La combinaison des différentes classes

de complexe mec et des 5 types de

recombinases permet de définir huit

types de cassettes (I-VIII).

Elles diffèrent :

• par leur structure et leur taille (20 à 66

kb)

• par leur répertoire de résistances aux

antibiotiques

ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY,

Dec. 2009, p. 4961–4967

DÉTECTION DE LA RÉSISTANCE À LA MÉTICILLINE

• Détection difficile chez les souches peuvent présenter une expression hétérogène de la résistance

EVOLUTION DES RECOMMANDATIONS

• Améliorer l’expression de la résistance à l’oxacilline

in vitro :

• Mueller-Hinton incubé à 30°C

• Mueller-Hinton hypersalé à 37°C

• La présence du gène mecA s’est imposée comme

référence pour la méticillino-résistance

• Marqueurs de substitution à l’oxacilline:

céphamycines (corrélation avec

absence/présence de mecA)

TEST CEFOXITINE

• ≥ 27 mm : souche mecA - : S oxacilline

• 26 - 25 mm : ? PLP2a ou mecA

• <25 mm : souche mecA+ : R oxacilline

Black : mecA+

White : mecA-

Skov et al. J Antimicrob Chemother. 2003 Aug;52(2):204-7.

Oxacilline Cefoxitine

DÉTECTION DE LA PLP2A PAR IMMUNOCHROMATOGRAPHIE

• Clearview Exact

PBP2a (Alere)

A partir de l’isolement primaire

Différent pour les coag neg, meilleure

sensibilité si après induction autour de la cefox

La nature du milieu n’influence pas le résultat

DÉTECTION SUR MILIEUX CHROMOGÈNES

• CHROMagar MRSA (CHROMAGAR)

• S. aureus ID (bioMerieux)

• Colonies vertes : activité a-D-glucosidase

• Brillance MRSA (oxoïd)

• MRSA select (biorad)

• BD BBL CHROMagar MRSA (BD)

COMPARAISON DE 3 MILIEUX CHROMOGENES

Eur J Clin Microbiol Infect Dis (2009) 28:363–369

• Temps de lecture important +++

DÉTECTION PAR BIOLOGIE MOLÉCULAIRE

KITS COMMERCIAUX

• PCR kit commerciaux • GenExpert (Cepheid),

• GeneOhm (BD),

• BD Max (BD)

• LightCycler® MRSA Advanced Test (ROCHE)

• Genotype MRSA (Biocentric/Hain),

• Evigene MRSA kit (I2A)

HISTOIRE DE L’ÉPIDÉMIOLOGIE

• mecA s’est installé initialement dans un clone identifié au Danemark conservation des souches

depuis les années 50 = clone archaïque

• Puis implantation dans 5 lignées pandémiques

• Clone ibérique (Espagne, Europe, Etats-Unis)

• Clone Brésilien

• Clone Hongrois

• Clone New-York-japon

• Clone Pédiatrique

QU’EST QU’UN CLONE ?

A l’intérieur d’une espèce bactérienne, les individus n’existent pas à l’unité car les bactéries se divisent en permanence : la descendance d’une même cellule bactérienne en se divisant forme un clone

Clones = souches de S. aureus ayant un ancêtre commun

CARACTÉRISATION GÉNÉTIQUE DES SOUCHES DE S. AUREUS

L’appartenance d’une souche à un clone est démontrée en caractérisant

la souche par :

le séquençage de 7 gènes de ménages : MLST

(multilocussequencetyping). Un type de séquence ST est attribué à

chaque souche analysée. Tous les ST ayant 5 des 7 gènes en commun

sont regroupés dans un même complexe clonal CC.

La caractérisation du nombre et la structure des répétitions dans la

séquence codante pour la protéine A : spa typing. L’analyse de ces

répétitions par PCR permet d’attribuer à chaque souche un profil « spa

type » dont la définition et la nomenclature sont standardisées au niveau

international.

La caractérisation de la cassette contenant le gène de résistance mecA

à la méticilline: SCCmec. Il existe 8 grands types de cassettes et plusieurs

sous-types.

CARACTÉRISATION GÉNÉTIQUE DES SOUCHES DE S. AUREUS

En plus, on caractérise les souches par

Le type d’allèle, agr. Il existe 4 types d’allèles

agrqui représentent le fond génétique de la

souche analysée.

Le profil toxinique

SARM DE L’HÔPITAL ET SARM DES VILLES

• SARM hospitaliers = HA-MRSA (Healthcare

associated MRSA)

• très résistant +++

• aminosides, cyclines, quinolones, macrolides

• Grosse cassette SCCmec manque de fitness

• Patients à risque : long séjour

• SARM communautaires = CA-MRSA (community-

acquired MRSA)

• Peu de résistance : Acide Fusidique ±

Kanamycine/Tobramycine

• Cassette SCCmec plus petite, pas de perte de fitness,

diffusion rapide

SARM HOSPITALIERS PANDÉMIQUES : HA-MRSA

EARSS 2011

Stabilisation et

décroissance dans la

majorité des pays

Sauf pour Italie,

Bulgarie, Allemagne et

Slovénie

EPIDÉMIOLOGIE DES SARM EN FRANCE : EARSS 2007

Dauwalder et al. JCM 2008

• 27 hôpitaux

EPIDÉMIOLOGIE DES S. AUREUS AU CHU GRENOBLE

EN 2011 :

• SASM : 3311 souches

• SARM : 733 souches

• SARM/ S. aureus : 18.1%

(2010 : 21.9% - 2009 : 22.6%)

RESISTANCE DES SASM

0

1.6

4.2

6.8

0.9

0.7

0.5

21.8

2.4

0.8

2010

0 0 0 0 0 0.1 Glycopeptides

2 1.3 1.2 0.5 1.1 0.5 Cotrimoxazole

3.8 4.5 4.2 4.2 4.5 5 Fucidine

5.4 7 4.9 6 4.4 4 Fluoroquinolones

1.1 1.4 1.2 1.1 0.8 2 Rifampicine

0.6 0.7 0.9 1.6 1 1 Fosfomycine

0.6 0.4 1 0.9 0.9 1 Pristinamycine

21.2 23.7 18.5 22.1 20 19 Erythomycine

2 1.5 1.6 1.3 0.8 1.3 Tobramycine

0.8 0.4 0.5 0.4 0.3 0.6 Gentamicine

2011 2009 2008 2007 2006 2005

RÉSISTANCE DES SARM

2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011

Gentamicine 2 1.2 2.8 2.3 1.5 2.4 2.6

Tobramycine 70 64 63.7 60.6 61.7 55.1 49.5

Erythomycine 48 37 36.1 33.5 35.9 22.7 22.7

Pristinamycine 15 6.3 10 5.8 4.3 6.6 4.9

Fosfomycine 11 8.8 9.5 8.9 8.3 5.2 2.6

Rifampicine 10 5.2 10.7 8.2 8.5 6.2 5.6

Fluoroquinolones 94 91 94.1 90.8 93.2 91.4 89.1

Fucidine 11 13.8 16.8 16.7 13.8 14.5 18.5

Cotrimoxazole 0.8 0.2 2 1.5 0.2 1.5 1.4

GISA

(nombre de souches)

11 4 4 2 0 1 2

POURCENTAGE DE BACTÉRIÉMIE À SARM

12,6

18,1 18,1

14,3

9,1

14,7

13

11,4

15

11,4

02468

101214161820

2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011

% SAMR

RELATIONS PHYLOGÉNÉTIQUES DES 5 PRINCIPAUX COMPLEXES

CLONAUX DE CA-MRSA

CA-MRSA & MIGRATION

Frank R DeLeo Lancet 2010

Migrations des SARM-co à

travers le monde

« USA300 »

ST80

Frank R DeLeo Lancet 2010

PRÉVALENCE DES SARM COMMUNAUTAIRES

• Bien que la diffusion des souches CA-MRSA soit

mondiale, leur distribution n’est pas

géographiquement uniforme.

• Etats-Unis : 59% des S. aureus isolés des infections de la peau et

de tissus mous d’origine communautaire. Situation alarmante !

• Afrique du Nord, prévalence des CA-MRSA est de 48,8 %.

• En Europe, la distribution n’est pas uniforme :

• pays à faible diffusion : Royaume-Uni avec moins de 2 % de CA-

MRSA

• pays à forte diffusion telle la Grèce avec 75 % de souches CA-

MRSA

• En France, prévalence des CA-MRSA faible : 3,6 %

LES SARM COMMUNAUTAIRES EN FRANCE

• Clone ST80

• profil caractéristique de résistance aux antibiotiques

• Résistant pénicilline, oxacilline, kanamycine, tétracycline

• Intermédiaire acide fusidique

• cassette SCCmec le plus souvent de type IV ou V

• souvent présence de la leucocidine de Panton Valentine

(PVL)

• Clone Géraldine (clone communautaire et hospitalier)

• Cassette SCCmec type I tronquée

• phénotype de résistance aux antibiotiques caractéristique :

• résistant pénicilline, oxacilline, kanamycine, tobramycine

• Intermédiaire acide fusidique.

• Présence du gène codant la toxine du choc toxique

staphylococcique (TSST-1) et non pas la PVL.

CARACTÉRISTIQUES DE CES 2 CLONES Caractéristiques cliniques de ces deux clones

Robert et al., AAC 2011

Robert et al. 2011

HISTOIRE D’UN NOUVEAU CLONE DE SARM EMERGENT : ST398

• 1ères souches isolées aux Pays-Bas chez le porc dès février

2003 (Van Loo et al. 2007) et aussi en France à la même

période chez l’homme (Armand-Lefevre et al. 2005).

• Le portage humain d’un tel clone a été statistiquement

corrélé au réservoir animal (porc, bovin) et à la profession

d’éleveurs et ce clone était responsable de plus de 20 %

des infections rapportées chez l’homme aux Pays-Bas.

• Détection aux Pays-Bas

• en 2003 : 0%

• en 2007 : 33%

• > 50 en 2010

Bull. Acad. Vét. France — 2010 - Tome 163

NOUVEAU CA-MRSA : ST398

• co-résistance aux antibiotiques : surtout tétracyclines (+/- macrolides)

• portage nasal chez l’homme + fréquent chez les éleveurs de porc, les vétérinaires, voire les employés d’abattoir

• Histoire initiale de SARM mais circulation de SASM ++ & pas de lien retrouvé avec le réservoir animal

• Pouvoir pathogène : • Souche de colonisation +++

• Majorité d’infections cutanéo-muqueuses et pulmonaires avec quelquefois des souches SASM.

• + rare : infections invasives : bacteriémie, endocardite, VAP, défaillance multiviscérale, pneumopathie

• Première souche isolée

chez les vaches

laitières en angleterre

• Nouveau gène mec :

<65% d’homologie

avec mecA

• Nouvelle casette

SCCmec: type XI

• Résistance isolée à la

méticilline

• PCR mecA négative

MECC EN FRANCE

• 1er cas détecté : homme de 67 ans, hospitalisé à Aix-en-Provence en Novembre 2007, pour infection sur prothèse de genou gauche.

• 2nd cas chez 2 vaches avec des mammites dans la même ferme en Meurthe et Moselle en décembre 2008.

STAPHYLOCOQUE ET AMINOSIDES

• inactivation enzymatique :

• ANT = aminosides nucléotidyltransférase

• AAC = aminosides acétyltransférase

• APH = aminosides phosphotransférase

• souvent plusieurs enzymes par souche

• Phénotypes : K, KT, KTG

• gentamicine R ⇒ R à tous les aminosides

STAPHYLOCOQUE ET MACROLIDES

• Méanisme le plus fréquent = Modification de la cible ARNr

23S par méthylation

• méthylation de l’adénine de l’ARNr 23S (A 2058, A2059)

• gène erm (A, B ou C): erythromycin ribosome methylase

• phénotype MLSb : macrolides, lincosamides, synergistine B

• inductible : R érythromycine, clarithromycine,

azithromycine (macrolides en C14)

• constitutif : R à tous les macrolides, télithromycine,

lincosamides, synergistine B

STAPHYLOCOQUE ET AUTRES ATB

• Fluoroquinolones : • résistances par mutation des cibles et/ou efflux

• topoisomérases : ADN gyrase (gyrA et gyrB) et topoisomérase IV (parC, parE)

• résistance croisée : R à toutes les FQ

• Tétracyclines : • efflux (tet K, tet L) et modification du ribosome (tet M)

• Rifampicine : • résistances par mutation de la cible ARN polymérase : rpoB

• Fosfomycine : mutants du système de transport de la

fosfomycine

• Acide fusidique : mutants fusA codant pour EF-G (facteur d’élongation / ribosome)

Rifampicine, fosfomycine, acide fucidique PAS de monothérapie

STAPHYLOCOCCUS ET GLYCOPEPTIDES

3 catégories

• GISA

• Sensibilité diminuée, population homogène

• La majorité de la population est de sensibilité diminuée

• hVISA

• Sensibilité diminuée, population hétérogène

• Une fraction de la population (10-6 à 10-9) exprime la résistance

• VRSA

• Résistance vraie

• Haut niveau de résistance, mécanisme différent

RECOMMANDATION DU CA-SFM POUR LA DETECTION

• Modification des concentrations critiques des glycopeptides pour les staphylocoques avec différence entre S. aureus et SCN en 2011

• S.aureus et vancomycine/ teicoplanine : une seule

concentration critique (2mg/L)

• SCN : une seule concentration critique différente pour vancomycine (2mg/L) et teicoplanine (4mg/L)

MÉCANISME DE RÉSISTANCE DES GISA ET HGISA

• Epaississement de la paroi

• Biosynthèse du Peptidoglycane

accrue

• Augmentation des couches

polysaccharidiques

=> Augmentation du nombre de

cibles des Glycopeptides

• Inductible par les Glycopeptides

• Pas de support génétique

connue

• Résistance non transférable

K Sieradzki and A Tomasz. J Bacteriol 1997

EPIDÉMIOLOGIE DES GISA

• Les souches hGISA sont plus fréquentes • 1 à 25 % des SARM selon les régions en France

• Exceptionnellement SASM

• Peuvent diffuser en l’absence de sélection par un GP

• En augmentation = « Vancomycin creep » • 2000 à 2005 : ↑ de 1 mg/L des CMI vanco vis-à-vis

des S. aureus catégorisés sensibles

Les souches GISA (homogènes) sont rares

Une dizaine de cas documentés dans le monde depuis

1996

Après exposition prolongée à la vancomycine +++

Ho PL, J Infect, 2010

IMPORTANCE CLINIQUE DES GISA

• Apparition inquiétante car impasse thérapeutique

• Augmentation des CMI corrélée à une mauvaise évolution clinique

=> Nécessaire de les détecter mais difficile

Corrélation entre la CMI vancomycine

et le pronostic des infections à SARM

Source : Soriano A., CID, 2008

DÉTECTION SUR L’ANTIBIOGRAMME

Critères de suspicion de la sensibilité diminuée aux GP : => CMI

• Méthode par diffusion en milieu gélosé :

• Diamètre de la zone d’inhibition autour d’un disque < 17 mm

• Diamètre de la zone d’inhibition autour du disque de teico < 3 mm à celui autour

du disque de vanco

• Quelques colonies présentes dans la zone d’inhibition de l’un des deux GP

• Phénomène d’interaction (synergie ou antagonisme) entre l’un des deux GP et un

disque d’oxacilline à 5 µg

• Méthodes automatisées : souches catégorisés I ou R à l’un des deux GP

ATB Charge du disque Concentrations critiques (mg/L)

Diamètres critiques (mm)

S R S R

Vancomycine 30 µg ≤ 2 > 2 ≥ 17 -

Teicoplanine 30 µg ≤ 2 > 2 ≥ 17 -

MÉTHODES DE DÉTECTION

• Etest®

• Très bonne technique

• 2McF, BHI

• Incubation 48h

• Lecture parfois difficile si souche hétérogène : attention aux

microcolonies dans la zone d’inhibition

• Coût élevé, non automatisable

• Analyse de population

• inoculum 2 McF, 50 l , cœur cervelle

• « gold standard » mais long, fastidieux, réservé à des

laboratoires spécialisés

ANALYSE DE POPULATIONS

Analyse de population : inoculum 2 McF, 50 l , cœur cervelle

témoin Vanco 2 mg/L Vanco 4 mg/L

Vanco 6 mg/L Vanco 8 mg/L Vanco 16 mg/L

CNR des Staphylocoques, LYON

ANALYSE DE POPULATIONS

ÉPIDÉMIOLOGIE DES SARM GISA AU CHU DE GRENOBLE

34

5

11

4 4

2

01

2

0

2

4

6

8

10

12

2002 2004 2006 2008 2010

nombre de patients

VRSA

• Actuellement 10 souches VRSA découvertes depuis

2002 (USA, Iran, Inde)

• Aucun lien entre elles

• Co-infection préalable ERG-SARM

• Acquisition de l’opéron VanA décrit chez les

entérocoques : haut niveau de résistance

• Pas de problèmes de détection

STREPTOCOCCUS

CF COURS DU PNEUMOCOQUE

ENTEROCOCCUS

RÉSISTANCE NATURELLE

• pénicillines (G), M, céphalosporines (C3G)

• aminosides (bas niveau)

• acide nalidixique

• Fluoroquinolones

• Phénicolés

• Macrolides

• Cotrimoxazole

• Colistine

ENTÉROCOQUE ET BETA-LACTAMINES

• Production d’une PLP5 naturelle de faible affinité pour les β-lactamines R naturelle de bas niveau

• Chez E. faecalis,

• l’ampicilline a une relative affinité

• Résistance par augmentation de la production de PLP5

• <5% des souches

• Chez E. faecium

• Résistance modérée par hyperporduction de PLP5 (CMI

entre 4 et 16 mg/l)

• R haut niveau : mutations au niveau du gène codant pour

la PLP5 (CMI entre 16 et 256 mg/l)

ENTÉROCOQUES ET AMINOSIDES

• Résistance naturelle de bas niveau

• CMI=4-256 mg/L

• β-lactamine + aminoside : synergie bactéricide

• R de haut niveau

• par acquisition d’un gène codant pour une enzyme

modificatrice (CMI > 500mg/l)

• perte de la synergie β-lactamine + aminoside

• EARSS 2011, 33.7% des souches de E. faecalis

présentait un haut niveau de résistance à la

gentamicine

EARSS 2011: E. FAECALIS ET AMINOSIDES

ENTÉROCOQUES ET GLYCOPEPTIDES

• Naturellement sensibles aux glycopeptides

CMI modale à la vancomycine : 1 mg/L

CMI modale de la teicoplanine : 0,5 mg/L

• Sauf E. gallinarum, E. casseliflavus, E. flavescens (< 3% des entérocoques isolés)

Résistance naturelle de bas niveau à la vancomycine (CMI 2-32 mg/L) avec une sensibilité conservée à la teicoplanine

• 1ers à avoir acquis une résistance plasmidique acquise aux GP

APPARITION DES VRE

• 1986 : premiers entérocoques résistants à la vancomycine

• Etats-Unis

• Sélection par surconsommation de vancomycine par voie oral

• Epidémies liées à la diffusion de souches clonales au sein d’un hôpital ou entre hôpitaux. Portage extra-hospitalier faible.

• Europe

• Rôle de la chaîne alimentaire ?

• Isolement de E. faecium VanA chez le bétail au Royaume-Uni, en Allemagne et au Danemark

• Rôle de l’avoparcine utilisé comme facteur de croissance chez les animaux en Europe (interdit depuis 1997) ?

• Portage dans la population communautaire (discuté)

MÉCANISME DE RÉSISTANCE

• Support génétique

• Plusieurs gènes « Van » groupés en opérons

• Modification de la cible

• Acquisition de nouvelles enzymes synthétisant des

précurseurs de faible affinité pour les GP

Remplacement du résidu D-Ala-D-Ala terminal par un

D-Ala-D-Ser ou un D-Ala-D-Lac

Elimination des précurseurs normaux de haute affinité

(synthétisés par les enzymes normales)

PHÉNOTYPES DE RÉSISTANCE

Résistance acquise Résistance naturelle

Type VanA VanB VanD VanG VanE

VanC1/C2/C3 Niveau Haut Variable Modéré Faible

Bas niveau

CMI-Van 64->1024 4-1024 64-128 16 8-32 2-32

CMI-Tei 16-512 0,5-1 4-64 0,5 0,5 0,5-1

Expression Inductible Inductible Constitutive Inductible Inductible Constitutive inductible

Localisation Plasmide Chromosome plasmide

Chromosome Chromosome Chromosome

Chromosome

Transférable Tn1546 Tn1547 ou Tn1549

… … … …

Cible modifiée

D-Ala-D-Lac

D-Ala-D-Lac D-Ala-D-Lac D-Ala-D-Ser D-Ala-D-Ser D-Ala-D-Ser

Espèces E. faecium

E. faecalis

E. avium

E. durans

…

E. faecium

E. faecalis

E. faecium E. faecium

E. faecalis E. gallinarum

E.casseliflavus

E.flavescens

DÉTECTION DES SOUCHES ERV

• Détermination des CMI • Lorsque par la méthode de diffusion en gélose, après 24h d’incubation :

• Diamètre de la zone d’inhibition autour d’un disque < 17 mm

• Diamètre de la zone d’inhibition autour du disque de vanco < 3 mm à

celui autour du disque de teico

• Quelques colonies présentes dans la zone d’inhibition de l’un des deux

glycopeptides

• Lorsque les souches sont catégorisés I ou R à l’un des deux GP par les

méthodes automatisés

ATB Charge du disque Concentrations critiques (mg/L)

Diamètres critiques (mm)

S R S R

Vancomycine 30 µg ≤ 4 > 8 ≥ 17 -

Teicoplanine 30 µg ≤ 4 > 8 ≥ 17 -

IMPORTANT : IDENTIFICATION DE L’ESPÈCE

• E. faecium/E. faecalis : risque d’épidémies

• E. casseliflavus/E. gallinarum/E. flavescens : pas de

risque

Galeries d’identification : confusion fréquente E.

faecium et E. gallinarum !!

DÉTECTION SUR MILIEU CHROMOGÈNE

• ChromID VRE ®

(BioMérieux)

• 2 substrats

chromogènes

(α-glucosidase,

β-glucosidase)

• α-glucosidase :

bleu vert → E.

faecalis

• β-glucosidase : violet → E.

faecium

• Vancomycine

(8 mg/L)

DÉTECTION PAR BIOLOGIE MOLECUALIRE

• PCR maison

• PCR + Hybridation GénoType® Enterococcus (Hain –

Lifescience)

• Principe • Extraction de l’ADN à partir de la culture

• Amplification de l'ADN par PCR (amorces biotinylées)

• Hybridation des amplicons sur bandelettes

(sondes)

• Révélation chromogénique (streptavidine-PAL + substrat)

• Délai < 5h

• Identification : spécificité 100%

• Détection génotype 100%

EARSS 2011 : E. FAECIUM ET VANCOMYCINE

EPIDEMIOLOGIE FRANCE

• Jusqu’en 2003 : proportion de VRE stable (< 2%) avec de rares épidémies de diffusion limitée

• Emergence en 2004 : ↑ signalements d’infections nosocomiales à ERG et survenue d’épidémies hospitalières d’ampleur inhabituelle

• Enjeu : • Evolution vers un état

endémique comme aux Etats-Unis

• Risque de transfert des plasmides de résistance aux SARM !

VRE COLONISATION ET INFECTION

01

20 0 0 0

20 0 0 0 0 0 0 0 0

27

0

5

10

15

20

25

30

2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011

E. faecalisE. faecium

EPIDÉMIES VRE 2011

• 2 phases épidémiques - Mars : 7 patients - juillet février 2012 : 21 patients (dont un faux-positif

non confirmé par la culture) • 3 clones différents en typage moléculaire

- clone St-Julien A1 : 23 patients - clone GRE-A1 : 1 patient - clone GRE-A2 : 1 patient + autres clones

• Prélèvements cliniques 8 patients ont eu un prélèvement clinique positif à VRE dont

deux patients avec hémocultures positives

CORYNEBACTERIUM

CORYNEBACTERIUM ET RÉSISTANCES

• peu de résistances naturelles

• sauf fosfomycine, imidazolés, pénicilline M,

aztréonam, ceftazidime

• sauf C. jeikeium, et C. urealyticum : fréquence des

R acquises, modifiant le phénotype de base

• résistance > 80% acquise aux β-lactamines, aminosides,

macrolides, fluoroquinolones

• absence de pénicillinases ou céphalosporinases

• R souvent croisée aux β-lactamines par modification des

PLP

• sensibilité habituelle à la pristinamycine

• sensibilité constante aux glycopeptides

LISTERIA

LISTERIA ET RESISTANCE

• Résistances naturelles : oxacilline,

céphalosporines, lincosamides,

fosfomycine, fluoroquinolones (bas

niveau)

• Résistance acquise : pas de

conséquence clinique jusqu’à présent

car ne touchent pas les antibio de

premières lignes

• Cependant augmentation des CMI aux aminopénicillines surveillance ++.

ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, June 2010, p. 2728–2731

LES ANTIBIOTIQUES LES PLUS RÉCENTS

DAPTOMYCINE

• Lipopeptides

• Bactéricide

• Composé semi-synthétique: Streptomyces roseosporus

• Action Ca++-dépendante sur la membrane plasmique (dépolarisation et effet bactéricide)

• Spectre limité aux bactéries à Gram positif aérobies ou anaérobies

• Cibles: SARM, GISA, GRE

• Fréquence de mutants spontanés < 10-10

• Mécanismes de R complexes (mutations mprF : régulation de la charge membranaire bactérienne

• Détection phénotypique difficile (Ca++)

Ann. N.Y. Acad. Sci. 1277 (2013) 139-158

TIGÉCYCLINE

• Glycylcyclines

• Composé dérivé de la minocycline (formulation IV

• Inhibition de la synthèse protéique au site A du ribosome 30S (bloque l’attachement de l’aminoacyl ARNt)

• Bactériostatique

• Spectre large: Staphylococcus (SARM, GISA), Streptococcus, Enterococcus (VRE), Campylobacter, Haemophilus, Moraxella, Neisseria, Pasteurella, certaines entérobactéries, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Anaérobies, etc.

• Activité conservée vis-à-vis des souches R aux tétracyclines par efflux ou protection ribosomale

• Résistance par efflux chez Klebsiella, Enterobacter, Acinetobacter. Pas de souche « naturelle » de sensibilité diminuée isolée jusqu’alors.

Diagn Micorbiol Infct Dis (2013)

LINEZOLIDE

• Oxazolidinone

• Composé synthétique

• Inhibition de la synthèse protéique (inhibition de l’initiation

par action au niveau du site P de l’ARNr23S)

• Action limitée aux bactéries à Gram positif (résistance

naturelle par efflux chez les bactéries à Gram négatif)

• Spectre: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus,

Corynebacterium, Anaérobies à Gram positif,

Mycobacterium sp. (not. MTB), Nocardia sp.

• Résistance par mutations du ribosome 23S positions 2505,

2447, 2500, 2576, fréquence faible (10-9 à 10-10) rarement

décrites chez Enterococcus, S. aureus, S. epidermidis

• Résistance par methylation ribosomale gène cfr chez S.

aureus et S. sciuri, méthylation de A2503