cours mycologie

LA DÉMARCHE EXPÉRIMENTALE EN PHYTOPATHOLOGIE

observations

( relations hôte-parasite- environnement)

interprétation

distribution spatiale et temporelle de la maladieprécédents du champ, de la variété (fumure, arrosages, pesticides….)

DIAGNOSEmaladie parasitaire

maladie "physiologique" (carence, T°,...)

symptômesépidémiologie

historique culturale

-expérience personnelle

-données bibliographiques

LUTTE

Symptômes: MODIFICATIONS MORPHOLOGIQUESDE LA PLANTE

nécroses

Tâches chlorotiques

Feuilles gaufrées

Balais de sorcières

PARASITES DES VÉGÉTAUX

-Parasites des racines

-Parasites du collet

-Parasites des feuilles et rameaux

PARASITES DES VÉGÉTAUX

-Parasites des fleurs

-Parasites des épis de céréales

-Parasites des fruits

Epidémies : maladies qui s’attaquent à un grand nombre

d’individus, sur de vastes étendues

OR

La propagation des maladies ne se fait pas au hasard mais suit des lois dont les critères doivent être précisés :

-biologie de l ’hôte (vitesse de croissance de l’organisme pathogène)

-climatologie-facteurs environnementaux (nature des sols, disposition

du champ…)

Définitions

EPIDÉMIE ET CYCLE DE L’AGENT PATHOGÈNE

Biologie de l ’hôte : notion de RECEPTIVITE

Divers modes de dissémination:

- l’eau pour les spores flagellées des Oomycètes

- Le vent pour la plupart des spores d’Asco- et Basidiomycètes

- les pratiques culturales pour les espèces telluriques

- les insectes dans certains cas d’Asco- et Basidiomycètes (Claviceps, Botrytis, Graphium, Puccinia…), et surtout dans le cas des virus

ADAPTATION À LA VIE PARASITAIRE

-Parasites obligatoires: incapables de vivre en dehors d ’un hôte vivant

-Parasites facultatifs: capables de se développer en dehors d ’un hôte vivant

Dépendance vis à vis de l ’hôte

Pouvoir pathogène

-Parasites actifs: capables d ’attaquer une plante en état de vie active-Parasites de faiblesse: n’attaquent que les plantes en état de vie ralentie ou déficient

RAPPORTS HÔTE-CHAMPIGNONNÉCROTROPHIE

BIOTROPHIE

Libération d ’enzymes, de toxines, d ’hormones

oïdium

ADAPTATION À LA VIE PARASITAIRE

Différents modes de pénétration

-Directes à travers les ouverture naturelles (stomates…)

-Directe, à travers les téguments périphériques

-Par les blessures

-Par l ’intermédiaire des organes sénescents: fleurs, fruits..

Effraction tissulaire

Action biochimique

Excrétion d’enzymes: cutinase, cellulase, pectinase

STRUCTURES INFECTIEUSES

cuticuleParoi des cellules épidermiques

cire

cire + cutine

Cutine+ cellulose + hémicellulose

plasmalemme

pectine

Structure du revêtement épidermique

paroi

Substances adhésives

papille

Cytoplasme duchampignon

Pénétration directe chez les champignons non filamenteux.

vacuole

Revêtement épidermique

Chytridiales

Pénétration directe chez les champignons non filamenteux

Plasmodiophorales

tube

dardbouchon Substances adhésives

Revètement épidermique

Cytoplasme de la spore

conidie

Tube germinatif

Appressorium mélanisé chez Colletotrichum

Appressorium multipledes Sclerotinia

Cellules épidermiques

mycélium

Appressorium lobé

Infection à partir d ’une colonie mycélienne: Rhizoctonia

Pénétration directe accompagnée de la différenciationd’appressorium

STRUCTURES INFECTIEUSES

cuticule

Cellule épidermique

Chambre sous-stomatique

Cellule du mésophylle

Espace intercellulaire

haustorium

Filament infectieux

urédosporeTube germinatif

vésiculeappressorium

Cellule stomatiqueCoin d’infection

Couche externeCouche mélanisée

Couche interne se prolongeant le long du coin d‘ infection

cuticulemucilage

Couche pectique et paroi cellulaireCoin d ’infection

vésicule

Ultrastructure d’ un appressoriummélanisé

conidieAppressorium mélanisé

Souche sauvage

membrane

Appressorium non mélanisé

filament

Souche mutante

STRUCTURES INFECTIEUSES

Coussins d ’infection

Revêtements subérisés

Coin d ’infection renfoncement

CLÉ DE DÉTERMINATION

Appareilvégétatif

Multiplicationvégétative

Reproductionsexuée

Myxomycètes plasmodeOomycètes

Chytridio-mycètes

Filamentssiphonés

zoospores oogamiesiphonogamePlanogamie,oogamie,

Zygomycètes Filamentssiphonés

aplanospores Zygogamie

Ascomycètes Filaments septés conidies Trichogamie/asques

Basidiomycètes Filaments septés Conidies ou rien Somatogamie/basides

A-DIVISION DES MYXOMYCOTAx Classe des Myxomycètes : organismes saprophytes Physarum sp.x Classe des Plasmodiophoromycètes : organismes parasites des racines et tiges, formant des plasmodes, zoosporesbiflagellées Plasmodiophora brassicae (hernie du choux)

Spongospora subterrenea (galle poudreuse de la pomme de terre)

B-DIVISION DES OOMYCOTAx Classe des Oomycètes : spores biflagellées. La classification est basée sur les caractères des spores et de lafécondation, mais fait parfois intervenir la morphologie du thalle.

xxspores à flagelles polaires et mycélium pourvu de constrictions : Ordre des LeptomitalesLeptomitus

xxspores à flagelles polaires et mycélium sans constriction, régulier : Ordre des SaprolégnialesSaprolegnia, Achlya, Aphanomyces euteiches (pourriture

racinaire sur pois etc..)xx spores à flagelles latéraux (au moins une génération) : Ordre des Péronosporales

xxxsporocystophores filamenteux ou arbusculeux, peu différenciés de l'appareil végétatif, rarement caducs : Famille des Pythiacées

xxxx Sporocyste à paroi lisse- espèce adaptée à la vie aquatique ou souterraine, sporocyste germant en

vésicule fragile :Pythium ultimum, P. de baryanum (fonte des semis)- espèce à tendance terrestre, sporocyste inséré directement sur l'appareil végétatif

: Phytophthora parasitica, P. infestans (mildiou de la pomme de terre, de la tomate ...)xxxxSporocyste à paroi aiguillonnée, germant directement

Trachysphaeraxxxsporocystophores filamenteux ou arbusculeux, nettement différenciés de l'appareil végétatif.

Un sporocyste par stérigmate, caduc : Famille des Péronosporacées (parasites obligatoires responsables dumildiou des végétaux)

-sporocystophore en massue, peu ramifiéSclerospora macrospora (mildiou du maïs)

-sporocystophore arbusculeux à rameaux primaires et secondaires à angle droitPlasmopara viticola (mildiou de la vigne)

-sporocystophore arbusculeux à rameaux primaires et secondaires dichotomes* extrémités des rameaux discoïdes avec stérigmates

Bremia lactucae (mildiou des Composées)* extrémités des rameaux avec deux stérigmates inégaux

Peronospora pisi (mildiou du pois)xxxsporocystophores sous-épidermiques, en massue : Famille des Albuginacées (Cystopées)

Albugo tragopogonis (“rouille blanche” des Composées)

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES

-Thalle filamenteux siphoné, paroi cellulosique-Spores de multiplication bi-flagellées (adaptation au milieuaquatique)

2 ordres:-Peronosporales: presque tous parasites, zoospores

à flagelles latéraux-Saprolegniales: essentiellement saprophytes,

zoospores à flagelles antérieurs

Péronosporées Albuginées=Cystopées

Pythiées

Caractèresmorphologiques du :sporocyste

sporocystophore

Caducs, isolés,globuleux

Bien différencié, ramifié

Caducs, en chaînes

Bien différencié, simple

Souvent caducs

Peu ou pas différencié

Symptômes Mildiou Rouille blanche Exceptionnellementmildiou, le plus souventnécroses, pourritures

Adaptation vieparasitaire

Parasites obligatoires Parasite obligatoire Parasites facultatifs,certains saprophytes

RÉCAPITULATIF DES CARACTÈRES MORPHOLOGIQUESDES PÉRONOSPORALES

OOMYCÈTES Plasmopara Viticola

printempsété

sporocystophore

stérigmate

Sporocyste caduc

5 ou 6 zoospores

Sporocyste germant dans une goutte d’eauCycle asexué

Pénétration parun stomate

Sprocyste caduc

Germination d’une oospore

Oospores dans une feuille morte

hiver

automne

oospore fécondation Méïose

spermatocyste

oocyste

Cycle sexué

Symptôme mildiou sur feuille

oocyste

spermatocyste

oospore

Tube de copulation

sporocystophore

Oospore en germination

Plasmopara halstedi

Plasmopara viticola

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES

- Mycélium siphoné inter- et intracellulaire (suçoirs)

- Sporocystes caducs

-Sporocystophores extérieurs au tissu parasité

-Plusieurs formes de sporocystophores et plusieurs genres

B, C, D et E: sporocystophores de Bremia, Peronospora,Plasmopara,Sclerospora, respectivement

sporocyste

disjoncteur

sporocystophore

Albugo

OOMYCÈTES

Symptômes Peronospora surStellaire

Sporocystophore à stérigmatesinégaux

Bremia lactucae

Symptôme sur feuille, face supérieure et inférieure

sporocyste

sporocystophorestérigmate

SYMPTÔMESModification de la plante hôte:-infection localisée aux feuilles: tâche d ’huile puis point de tapisserie-infection systémique. Très fréquente. Pois/ Peronospora pisi

Betterave/ Peronosporafarinosa

Graminée/ SclerosporaDéformation des organes parasités: tissus épaissis, surface

irrégulière, modification des organes floraux

Organes fongiques: Sporocystophores externes, forment une pubescence blanche.

CARACTÈRES BIOLOGIQUES

Parasites obligatoiresPénétration directe/ organes intactes, au niveau des stomates

DisséminationPar les sporocystes caducs, attaquent les organes aériens

Conservationoospores en dormance l ’hiver

Dépendance du milieuHygrométrie élevée

CYSTOPÉES

1 seul genre: Albugo ou Cystopus

thalle filamenteux, siphoné, toujours intercellulaire

Suçoirs intracellulaires

B, C, D et E: sporocystophores de Bremia, Peronospora,Plasmopara,Sclerospora, respectivement

sporocyste

disjoncteur

sporocystophore

Albugo

OOMYCÈTES

Albugo bliti sur Amaranthe

Albugo sp. sur Capselle

Coupe de feuille infectée

sporocyste

sporocystophore

SYMPTÔMES

-Déformation de la plante hôte

tâches décolorées sur Amaranthetâches décolorée sur tissu hypertrophiés (Capselle, chou, radis, colza..)

-Organes fongiques

croûtes blanches pulvérulentes, d’où le nom de rouille blanche

PYTHIÉES

Thalle siphoné, ramifié, extérieur aux tissus parasité

Inter- ou intracellulaire

Rarement des suçoirs

2 genres: PythiumPhytophthora

oocyste

oospore

spermatocyste oospore

Pythium debaryanum

Lobulé: ex. P. aphanidermatum

OOMYCÈTES

SYMPTÔMES

-Exceptionnellement de type mildiou-Mort rapide des tissus nécrosés-Fonte des semis

sporocyste

Symptôme sur fruit et tubercule

BIOLOGIE

- Pouvoir pathogène variable selon les espècesParasites facultatifs (souvent chez Pythium)Pénétration directe

-DisséminationSporocystes caducs, voie aériennesporocystes non caducs, plus ou moins inféodés au sol.

-ConservationOospores, mycélium, saprophyte sur résidus de plantes infectées-Dépendance du milieuBesoin en eau très important

4-Division des AscomycètesCe sont des champignons à mycélium septé. La classification suivante est basée sur la disposition et l’organisationstructurale des asques, avec la différenciation de six classes.

xClasse des Hémiascomycètes : asques non protégésxxOrdre des Endomycétales = Saccharomycétales

Saccharomyces cerevisiaexxOrdre des Taphrinales Taphrina deformans (cloque du pêcher)

xClasse des Plectomycètes : asques inclus dans une fructification close (cléistothèce)xxOrdre des Eurotiales (Plectascales) : disposition non organisée des asques dans la fructification

Eurotium amstelodamixxOrdre des Erysiphales = Périsporiales : disposition organisée des asques dans la fructification

xxxFamille des Erysiphacées (Périsporiales) Mycélium blanc ; agents de l’oïdium des végétaux.Anamorphes : Oïdium (sauf mention)

Erysiphe graminis =Blumeria graminis (oïdium desgraminées), Leveillula taurica (sur Composeae ; anamorphe Oïdiopsis), Uncinula necator (vigne), Microsphaeraalphitoïdes (chêne), Podosphaera leucothrica (Rosacées), Sphaerotheca pannosa (pêcher), Phyllactinia corylea et P.suffulta(noisetier et frêne ; anamorphe : Ovulariopsis).

xxxFamille des Périsporiacées Mycélium brun ou noirâtre ; Seraient plus saprophytes que parasitesCapnodium sp. (fumagine des feuilles)xClasse des Loculoascomycètes : asques bituniqués, contenus dans des loges stromatiques ouvertes (périthèce)

xxOrdre des Myriangiales :un seul asque dans un ascostroma Elsinoë ampelina (Sphaceloma ampelinum ;anthracnose de la vigne)

xxOrdre des Dothidéales :asques en bouquet, renflés dans leur partie supérieure, absence de pseudo-paraphyses.

Dothidella ulmi, Mycosphaerella fragariae (Ramulariatulasnei).

xxOrdre des Pléosporales : asques tapissant le fond de la loge, renflés dans leur partie inférieure présence depseudo-paraphyses

Pleospora (Stemphylium), Venturia inaequalis(Cylindrosporium hiemale-Spilocea pomi ; tavelure du pommier), V. pirina (Fusicladium pirinum ; tavelure dupoirier), Leptosphaeria lindquistii, L. maculans , Cochliobolus sativus (Bipolaris), Drechslera teres (Pyrenophorateres), Lewia (Alternaria), Guignardia bidwellii (Phyllosticta ampelicida)

xClasse des Pyrénomycètes : asques unituniqués inclus dans une fructification ouverte (périthèce) doublée ou non d'unstroma

xxOrdre des Sphaeriales : périthèce à paroi carbonacéexxSous-Ordre des Ophiostomales :

Ophiostoma ulmi (Graphium ulmi ) graphiose de l’ormexxSous-Ordre des Microascales :

xxxFamille des Ceratocystidaceae :Ceratocystis fimbriata (Chalara fimbriata )graphiose du platane

xxxSous-Ordre des Xylariales : anneau amyloïde épais, ascospores brunesex : Xylaria hypoxylon

xxxSous ordre des Diatrypales : anneau amyloïde mince, ascospores hyalines, allantoïdesex : Diatrype (= Diatrypella), Eutypa lata (Phomopsis

ribis ; dépérissement des rameaux)xxxSous ordre des Diaporthales : anneau chitinoïde épais, ascospores hyalines

ex : Diaporthe helianthi (Phomopsis heliantii),Cryphonectria parasitica (=Endothia parasitica), Gnomonia leptostyla (Marssonina juglandis), Magnaporthe grisea(Pyricularia oryzae), Gauemannomyces graminis (=Ophiobolus graminis)(Phialophora sp. ; piétin échaudage oupiétin verse)

xxxSous ordre des Sordariales : anneau chitinoïde mince, ascospores brunesex : Sordaria fimicola, Neurospora crassa (Monilia laxa),

Podospora anserina

xxOrdre des Hypocréales : périthèce charnu et coloréxxxFamille des Nectriaceae : absence de bouchon apical, parfois un anneau chitinoïde, périthèces

superficiels ex : Nectria galligena (Cylindrocarpon mali ; chancre dupommier), N. cinnabarina, Gibberella zeae (Fusarium graminearum ; fusariose des Graminées), G. fujikuroi (F.moniliforme)

xxxFamille des Glomerellales : absence de bouchon apical, pas d'anneau chitinoïde, périthècesenfoncés dans le substrat ex : Glomerella (Colletotrichum)

xxxFamille des Clavicipitaceae : présence de bouchon apical. Périthèces dans un stromaex : Claviceps purpurea (ergot du seigle), Epichloe

typhina (tiges en quenouille des Graminées), Cordyceps militaris (parasite d’insectes)

xClasse des Discomycètes : asques inclus dans une fructification présentant généralement une forme de coupe(apothécie)•asques operculés

xxOrdre des PézizalesxxxFamille des Ascobolacées : apothécies rudimentaires, très petites

ex : AscobolusxxxFamille des Pézizacées : apothécies cupuliformes, stipitées ou sessiles

ex : Peziza, Sarcoscypha coccineaxxxFamille des Helvellacées : apothécies stipitées, capitées

ex : Helvella, Morchella esculenta.•asques inoperculés

xxOrdre des Lécanorales : asques inoperculés, champignons lichenisantsxxOrdre des Phacidiales : apothécies incluses dans le substra, asques inoperculés, champignons non

lichenisantsxxxFamille des Hypodermatacées : asques mucronés

ex : Rhytisma acerinum, Lophodermium, CoccomycesxxxFamille des Cryptomycétacées : asques en massue

ex : PhacidiellaxxOrdre des Hélotiales : apothécies superficielles

xxxFamille des Hyaloscyphacées : apothécies poiluesex : Sclerotinia=Monilinia fructicola (Monilia laxa ;

moniliose sur arbres)xxxFamille des Sclérotiniacées : apothécies non poilues, pédicellées, naissant sur sclérote

ex : Sclerotinia sclerotiorum (pourriture du collet),Sclerotinia=Botryotinia fuckeliana (Botrytis cinerea)

xxxFamille des Mollisiacées : apothécies non poilues sessiles, absence de scléroteex : Drepanopeziza, Pseudopeziza trifolii, Fabraea

maculata (Entomosporium maculatum; entomosporiose du cognassier), Diplocarpon rosae (Marssonina rosae),Higginsia hiemalis (=Coccomyces hiemalis) (Cylindrosporium), Pseudopeziza tracheiphila (Brenner de la vigne)

xxOrdre des Tubérales : champignons hypogésex : Tuber melanosporum

xClasse des Laboulbéniomycètes : parasites des insectes à thalle cladomien

Cycle type d’un Ascomycète

HÉMIASCOMYCÈTES

Taphrina deformans

Mycéliumn+n, intercellulaire

asque

Cloque sur Cerisier

Cloque du PeuplierFruits en pochetteBalai de sorcière

PLECTOMYCÈTEA) Erysiphales= Périsporiales

Caractères morphologiques:-Thalle: filamenteux, septé, haploïde, hyalin superficiel (se développe à la surface des organes parasités)

-Formation de suçoirs à l ’intérieur des cellules épidermiques. Présente différentes formes.

-Multiplication végétative: conidies hyalines unicellulaires, à l’air libreen tonnelet: type oïdiumpiriforme: type ovulariopsis

-Reproduction sexuée: ascogone sans trichogyne. Pas de spermatie. Fécondation par une cellule mycélienne.L ’ascocarpe est globuleux, clos: cléistothèce. Présentent desappendices appelés fulcres

Cycle deSphaerotheca pannosa

conidie

Fulcres indifférenciés

cléistothèces Jeune cléistothèce

hiver

Ascosporeslibérées

Fruits, fleurs, bourgeons, tiges, feuillesinfectés

ASCOMYCÈTESPLECTOMYCÈTES

Uncinula necator

Microsphaera alfitoïdes

Phyllactinia corylea

fulcres

périthèces

Blumeria graminis

BIOLOGIE

-Adaptation à la vie parasitaire: parasites obligatoires, actifs, pénétration directe.

-Dissémination: essentiellement par les conidies anémophiles

-Conservation: par les périthèces lorsqu ’ils existent. Par le mycélium vivant à l ’intérieur des bourgeons et des rameaux des plantes pérennes

-Dépendance des conditions du milieu: Peu exigeant en eau

LOCULO- ET PYRÉNOMYCÈTESCARACTÈRES MORPHOLOGIQUES

-Mycélium: haploïde, parasite inter- ou intracellulaire. Jamais desuçoirs. Sous-cuticulaire, ou dans les vaisseaux de la sève(entraînant des trachéomycoses).

-Formation de structures massives: masses plus ou moins compactes, résultant de l’enchevêtrement d’un plus grand nombre de filaments (stroma ou sclérote).

-Mycélium dicaryotique, plus difficile à observer, car limité aux périthèces.-Ascocarpe: en forme d ’urne, ouvert par une ostiole

-Conidies à l’air libre ou à l ’intérieur de fructifications.

ASCOMYCÈTESLOCULOASCOMYCÈTEVenturia pirina

Cycle sexué et asexué

BIOLOGIE

-Forme conidienne à l’air libre

-Pas de spermatie

-Périthèces à col court, groupés

-Déhiscence des asques par Jack in the Box

-Conservation par mycélium dans les rameaux

SymptômesCette affection apparaît dans le courant du mois de juin et se manifeste d'abord sous forme d'un revêtement peu épais qui se répand à l'intérieur de la plante en occupant les espaces qui séparent les gaines de la tige.

Finalement, le manchon prend une consistance très dure et enserre complètement les organes foliaires qui cessent de croître. Il en est de même de la tige qui ne se dégage que très rarement et ne présente alors que quelques épillets toujours stériles.

PYRÉNOMYCÈTEEpichloë typhina

La quenouille des graminées

PYRÉNOMYCÈTEEpichloë typhina

ConidiesElles sont petites (5 à 6 µm par 3 à 4 µm) et ovoïdes. Elles sont capables de germer immédiatement (Sphacelia typhina).

PérithècesLeur formation coïncide avec le jaunissement de la quenouille. Les conceptacles sont ovoïdes et mesurent environ 300 µm. Leur col sort légèrement du manchon (ce qui donne à celui-ci un aspect rugueux).Chaque conceptacle renferme un grand nombre d'asques étroits. Asques, ascospores libérées par gélification

DISCOMYCÈTESCaractères morphologiques et classification

-Multiplication végétative: conidies et conidiophores à l ’air libre ou dans des fructifications

-Reproduction sexuée: spermaties pas toujours existantesdifférents types d ’asques: operculés

ou inoperculésascospores hyalines ou colorées, formes

variablesascocarpe: apothécie pédicellée ou non,

hyménium exposé à l’air libre

HÉLOTIALES. SCLÉROTINIACÉES

Un seul genre: Sclerotinia.3 sous-genres: Monilinia

BothryotiniaSclerotinia sensu-stricto

Famille la plus importante en phytopathologie.

Provoque des monilioses et des pourritures sur fruits à noyaux et à pépins.

CLASSIFICATIONHyménium typique. Asques inoperculés. Apothécies libres. Hélotiales Parasites

Nécroses sur fruits, organes herbacésou lignifiés

ASCOMYCÈTESDISCOMYCÈTES

Monilia sp.

infectionÉvolution des symptômesà partir des infections.2a, 2b: double attaque à partir des fruits et des rameaux

Conservation

Sous forme de sclérotes libres dans le sol ou les débris de culture

Germination du scléroteet formation des apothécies

Germination mycélienne

Asque et ses 8 ascospores

Sous forme de sclérotes libres dans le sol ou les débris de culture

Conservation

Tâches sur la tigeou le capitule

Formation des sclérotes

Destruction du bourgeon terminal

Germination, fructificationet formation de spores

Contamination par les ascosporessur bourgeon,feuille ou capitule

Colonisation des tissus parle mycélium. Développementd ’une pourriture blanche

Contamination sur racines ou collet.Pourriture du bas de la tige et mort de la plante

1

1

2

2

ASCOMYCÈTESSclerotinia sclerotiorum

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES

-Le thalle: faculté à former des sclérotes. Le mycélium mélangé aux tissus de l ’hôte est à l ’origine des momies. Les momies peuvent être assimilées à des sclérotes.

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUESMultiplication végétative: 2 types conidiens: Monilia : (Fs Monilinia) Conidies hyalines unicellulaires en

chaîne.

Botrytis: (Fs Botryotinia): conidiophores en arbuscules, bruns, bien différenciés. Conidies hyalines unicellulaires, naissent sur les ramificationsterminales

Monilia Botrytis

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUESLa reproduction sexuée

Apothécies pédicellées naissant sur un sclérote ou une momie

SYMPTÔMES-Modification de la plante hôte: Nécroses sur organes aériens herbacés ou lignifiés ou sur racines:

-organes herbacés: fonte des semis (Botryotinia),attaque sur feuilles de salade (Sclerotinia ), fleurs (Monilia ou Botrytis),fruits (Botrytis (sur raisin et fraise) et Monilia (fruits à pépins et à noyaux)

-organes lignifiés: nécrose (Monilia sur Abricotier,Botrytis sur figuier)

-racines: carottes ou endives: Sclerotiniasclerotiorum, trèfle / Sclerotinia trifolium

-Organes fongiques: participent de façon importante à l ’aspect des symptômes: fructifications conidiennes/ coussinets, mycélium externe abondant (blanc cotonneux ou gris), sclérotes, momies

BIOLOGIE

-Adaptation à la vie parasitaire: Parasites facultatifs. Attaquent de préférence les organes en état de vie ralentie comme les fleurs en fin de floraison ou les fruits mûrs. Pénétration par blessure sur les fruits éclatés, blessés par les insectes

-Dissémination: Par les conidies, disséminées par le vent pour Botrytis,le vent et la pluie pour Monilia, par les ascospores pour Sclerotiniasensu-stricto

-Conservation: par les sclérotes et momies, par mycélium dans les organespérennes, dans le sol sur les résidus de culture.

Capitum et phial ide d ’Aspergillus

Phial ide de Penici llium

Conidies en chaîne de Monilia

Phial ide de Thievalopsis formant des conidiesendogènes, appelées phialospores

2 formes de phialide chez Aspergil lus

Conidiophores enfermés dans une pycnide

MULTIPLICATION VÉGÉTATIVESpores non flagellées, non formées dans des sporocystes: conidiesFormation itérative

Conidies et conidiophoresenfermés dans une fructification:Acervule/pycnide

Conidies et conidiophores à l’air libre

Botrytis de la féverolleBotrytis: (Fs Botryotinia): conidiophores en arbuscules, bruns, bien différenciés. Conidies hyalines unicellulaires, naissent sur les ramifications terminales

BiologieLa conservation du champignon se fait sous forme de sclérotes qui sporulent pour donner des conidies au printemps, par temps humide. Les conidies contaminent tous les organes de la plante et déterminent les taches-chocolat.

EpidémiologieL'optimum thermique de progression de la maladie est de 15-20 C.Une humidité relative importante (> 80 p. cent) est nécessaire pour qu'il y ait sporulation de conidies sur les taches. Les conidies se disséminent par le vent. Il n'est pas nécessaire qu'il y ait de l’eau libre sur les feuilles pour que la contamination par les conidies soit possible, une forte hygrométrie (> 90 p. cent) suffit.Par temps sec, le champignon reste à l'état latent dans les tissus de l’hôte ou croît lentement. Par temps humide, croissance rapide de façon intra et extra cellulaire.

Sympômes:En début de végétation, nombreuses ponctuations appelées "taches-chocolat", de quelques millimètres, de forme circulaire sur les folioles, les pétales et les gousses et de forme plus ovalisée sur les tiges.Coalescence et évolution des taches en nécrose de couleur brun-rouille et de forme irrégulière sur tous les organes de la plante.Chute précoce des feuilles et verse des plantes.

Helminthosporium graminearum

Helminthosporiose

BiologieLe stade parfait ne semble jouer aucun rôle dans la reproduction massive du champignon. Le stade imparfait développe un mycélium avec desconidiophores sur lesquels sont produites les conidies.Les conidies sont disséminées par le vent et les pluies et entraînent après germination, de nouvelles infections.Le champignon hiberne sous forme de mycélium sur les plantes infectées et sur les résidus végétaux et il est aussi transmissible par les semences.EpidémiologieHygrométrie et températures élevées, · Résidus de cultures en surface, ·

Variétés sensibles·

Symptômes

Dessèchement précoce du feuillage

Autres grillures de l’orge

Ramulariose de l’orge: Ramularia collo-cygni

Symptômes faces supérieure et inférieure des feuilles, tiges et épis

Pseudocercosporella herpotrichoïdes (téléo Tapesia yallundae)

Champ de blé atteint de piétin-verse

Fusarium roseum

BiologieLa biologie de ce Fusarium le différencie des autres espèces responsables de dépérissements. Ses attaques restent localisées au-dessus du sol et ne touchent pas les racines.Le champignon se conserve dans le sol sous forme de chlamydospore.Les agglomérats (= sporodochies) de microconidies sont pigmentés de rouge. Le champignon produit également desmacroconidies.

EpidémiologieL’infection est favorisée par des stress thermiques(fortes ou faibles températures).

Fusariose

PHOMA DU COLZA (TÉLÉO. LEPTOSPHAERIA MACULANS)

PHOMA DU COLZA

PHOMA DU TOURNESOL

Coryneum beijerenckiiCriblure du cerisier et de l’abricotier

BiologieLe champignon se conserve dans les chancres et les bourgeons desrameaux atteints où il survit d'une année sur l'autre. Il continue d'ailleurs à se développer pendant la saison hivernale si les conditions lui sont favorables.Au printemps, les conidies produites au niveau de cette source d’inoculum, entraînées par les eaux de pluies, contaminent les fleurs puis les jeunes feuilles.

Entomosporium maculatum

Entomosporiose du poirier et du cognassier

BiologieAu milieu de la tache foliaire engendrée par le champignon apparaissent les acervules du champignon formant des conidies dont les cellules sont disposées en croix.Au printemps, des apothécies produisant des asques se forment sur les feuilles tombées. Les ascospores et les conidies sont responsables de l'attaque de la plante.

EpidémiologieLe champignon attaque surtout la poire et le coing, particulièrement les sauvageons en pépinière. Les espèces nobles sont moins touchées. Des pluies fréquentes au printemps et en été favorisent l'attaque par les conidies qui se trouvent sur les branches.

SymptômesPetites taches foliaires irrégulières de couleur rouge foncé qui se rejoignent et deviennent marron à noir en formant une croûte. Elles se forment également sur la face inférieure des feuilles.Chute précoce des feuilles lors d'une attaque plus importante. Sur fruit, taches arrondies et irrégulières,brunes à noires, provoquant, en cas d'attaque intense, des déformations et des crevasses sur fruits.Cela engendre des arrêts dans le développement de l'arbre et se répercute sur le travail de greffage des yeux, car l'écorce se détache difficilement.

Septoria tritici (téléo Mycosphaerella graminicola) : Nord de la France, sur gaines et feuillesSeptoria nodorum (téléo Leptosphaeria nodorum) : Midi de la France, attaque aussi épis et grains

LA SEPTORIOSE DU BLÉ

Effet de la présence d ’eau : effet de la pluie dans la dissémination

BASIDIOMYCÈTES

CARACTÈRES GÉNÉRAUX COMMUNS AVEC LES ASCOMYCÈTES

-Groupe hétérogène de champignons .

-Absence de spore flagellée

-Mycélium septé, à paroi chitineuse. Agglomération possible enrhizomorphe ou stroma

-Multiplication par conidie

-Cycle comprenant 2 phases: mictohaploïde et dicaryotique

-Présence d ’un méïosporocyste: la baside

BASIDIOMYCÈTES

CARACTÈRES GÉNÉRAUX DIFFÉRENTS DESASCOMYCÈTES

-Organe de reproduction sexuée rare. Présents que chez les Urédinales

-Production de fructifications basidiogènes différentes des ascocarpes

-Le méïosporocyste est une baside.

-Classification basée sur la morphologie de la baside

-Méïospores externes, bourgeonnant à l ’extérieur de la baside. Souvent par 4

CLASSIFICATION-Basides typiques non cloisonnées: holo- homo ou autobasidiomycètes.Présence de fructifications portant les basides (carpophores). En fonctiondu type de fructification, on défini différents ordres.

-Basides cloisonnées avec fructifications: phragmobasidiomycètesCloisonnement longitudinal: ordre des TrémellalesCloisonnement transversal: ordre des Auriculariales

-Basides cloisonnées sans fructification: Formation de la baside à partird ’une spore à paroi épaisseUrediniomycèteUstilaginomycète.

phragmobasidiomycète

urédiniomycète

ustilaginomycète

Jeune hyphe

Hyphe vieillissant

basidiospores

Pénétration par les stomates (rare) Mycélium envahil’ hôte

Nécrose et sclérote sur et dans les tissus de la plante

tomate

Pomme de terrechou

Pourriture de la graineLe mycélium ou les sclérotes passentl ’hiver dans les débris de pante, sol, graines

graine

débris

mycélium

Structure sexuéerare

PHRAGMOBASIDIOMYCÈTESRhizoctonia Solani

CYCLE DE PUCCINIA GRAMINIS

URÉDINIOMYCÈTES

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES

-Thalle: n ou n+n. Toujours intercellulaire, forme des suçoirs. Cellules riches en carotènes

-Multiplication végétative: Que dans la phase n+n, assurée par lesurédospores.

-Reproduction sexuée: Organes mâles: spermogonies. N ’existe pastoujours, morphologie uniforme

Organes femelles: pro-écies, fécondées par les hyphes flexueux. Écidiospores à morphologie constante. Écidie entourée du pseudo-péridermium.

BASIDIOMYCÈTES. UREDINIOMYCÈTES

4 types d’écidies

Puccinia coronata: rouille couronnée de l ’avoine

Puccinia striiformis: rouille jaune du blé

Puccinia triticina:rouille brune du blé

CLASSIFICATIONPucciniacées: téleutospores pédicellées, disséminées. Nombre variable de cellules.

Uromyces Puccinia Tranzchelia

PhragmidiumGymnosporangium

SYMPTÔMES

-Organes fongiques: coloration pigmentaire (d ’où le nom de rouille),fructifications (écidies) visibles à l ’œil nu.

-Modification de la plante hôte: Pas de nécrose (biotrophes obligatoires)

Quand l ’infection est locale: déformations légères des organes herbacés, sur organes lignifiés, épaississement des tissus parasités.

Quand l ’infection est systémique: sur plante herbacées, modificationdu développement (nanisme, gigantisme), sur ligneux, formation de balais de sorcières, castration parasitaire (Uromyces sur Euphorbe), modification du feuillage (feuilles arrondies quand infectées par Uromyces)

BIOLOGIE

-Variation des cycles: Alternance d ’hôte: 2 hôtes: espèce hétéroxène1 hôte: espèce autoxène

-Nombre de fructifications: S, I, II, IIICycle complet: macrocycliqueCycles incomplets occasionnels:

P. triticina (rouille brune du blé): stades II et III, S et I peu fréquentsP. striiformis (rouille jaune du blé): pas de stade I

Cycle microcyclique: seulement stade III P. malvacearum-Adaptation parasitaire: parasites obligatoires, actifs, pénétration directe par les stomates ou à travers la cuticule et l’épiderme

BIOLOGIE

-Dissémination: par basidiospores anémophiles, par les écidiosporeset les urédospores. Les téleutospores ont un rôle réduit.

-Conservation:par téleutospores à paroi épaisse. Par les urédospores, mais la longévité est plus courte.

Leur rôle est important parfois, surtout chez les espèces hétéroxènes.Par le mycélium pérennant dans les organes lignifiés.

F

M

Ustilagoavenae

Ustilagotritici

Sphacelotheca reiliana a b c d

ab

c

123

Entyloma ranonculi

Tilletia caries

a b

Urocystis cepulaea b

téliospore

Germination de la baside, méïose

Basidiospores, terminales

Copulationentre basidiospores + et -

Sporidie II à dicaryon

infection

Tilletia carie: germination

BASIDIOMYCÈTE USTILAGINOMYCÈTE

Contamination II

Infection des plantulesou des tissus en croissance

basidiospores

baside

germination

zygote

Chlamydospore=téliospore

Galles remplies de chlamydospores

Dans la galle le mycéliumdicaryotique se transforme en chlamydospore

Mycélium dicaryotique

Le grain infecté grossit et produitune galle

Pénétration du mycélium dicaryotiquedans un grain à travers les téguments

Basidiosporescompatibles

ContaminationIII

Infection surfeuille

Galle sur feuille

Galle sur maïs « adulte »

BASIDIOMYCÈTE-USTILAGINOMYCÈTE

Ustilago maydis

USTILAGINOMYCÈTE

-Thalle: n, levuriforme, saprophyte et n+n, mycélien et parasite.Intercellulaire, peut former des suçoirs.

-Multiplication végétative: exceptionnelle. Sauf chez Entyloma(conidies hyalines, unicellulaires)

-Reproduction sexuée: pas d ’organe sexué: Fusion de deux basidiospores.

•Les chlamydospores sont issues du mycélium n+n, libres ou groupées en glomérules. Cellules enkystées (sauf chez Entyloma).

•2 types de basides: Basides cloisonnées transversalement, chaque celluleva donner une basidiospore: famille des Ustilaginacées

Pas de baside cloisonnée, la chlamydosporebourgeonne des basidiospores allongées. Famille des Tilletiacées.

CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES

USTILAGINOMYCÈTESCLASSIFICATION

Ustilaginacées: 2 genres Ustilago: sur graminées, responsable de symptômes sur inflorescence. La galle charbonneuse n’est pas entouréed ’une enveloppe mycélienne

Sphacelotheca: sur dicotylédones, autour du sorede chlamydospores il y a une enveloppe mycélienne.

Sporisorium: sur monocotylédones, idem queSphacelotheca.

Tilletiacées: 3 genres Tilletia: spores indépendantes, sores pulvérulentsresponsable de caries

Entyloma: spores indépendantes, mais restent enamas dans les tissus de l ’hôte

Tuburcinia (ou Urocystis): chlamydosporesgroupées en glomérules

Tilletia caries

Entylomaranonculi

Épi infecté Épi sain

Ustilago maydis

Ustilago hordeiUstilago tritici

SYMPTÔMES

-Organes fongiques: amas pulvérulents noirs dus aux chlamydospores.Quand les spores sont dans les tissu végétatifs: amas de spores ensores peu différenciés.

-Stries linéaires: sores sous-épidermiques: Ustilago hypodites

-gales sur feuilles et tiges: Ustilago maydis

SYMPTÔMES

-Modification de la plante hôte: jamais de nécrose. Champignonsbiotrophes

-Modifications discrètes: sores non pulvérulents, tâches claires limitées: Entyloma ranunculi/ Ficaire, Dahlia, Souci

-Modification du développement de la plante: 3 types

•Hypertrophie localisée

•Modification générale de l ’appareil végétatif, nanisme, gigantisme

•Modification de l ’appareil reproducteur: castration, inversion sexuelle:Ustilago maydis

BIOLOGIE

-Adaptation parasitaire: semi-obligatoire, actif à pénétration directe

-Variations du cycle: 5 types: pénétration stade plantule Ustilago avenaeinfection des ovaires par le pistil:

Ustilago triticipénétration par méristème apical:

Sphacélothécapar n’importe quel tissu jeune:

Ustilago maydisà n ’importe quel stade de développement:

Entyloma ranunculi

-Dissémination: par chlamydospores, conidies et sporidies chez Entyloma

-Conservation: chlamydospores enkystées. Par le mycélium chez Ustilago tritici dans les semences