Documentation Médicale Comment interroger la base de données Pubmed? Ludovic Carron /...

Documentation Médicale

Comment interroger la base de données Pubmed?

Ludovic Carron / documentaliste CIRD

Objectifs

Consulter la base de données Pubmed de façon autonome

Connaître les principes de base de l’utilisation d’un langage documentaire

Réutilisation de ces principes avec d’autres bases de données

Plan de la présentation

Présentation globale de Pubmed Effectuer une recherche par sujet Fonctions avancées de Pubmed

Présentation

Pubmed est une base de données bibliographique porté sur les ressources documentaires biomédicales.

Pubmed est un service de l’US National Library of Medicine.

Possibilités de Pubmed

Recherche par sujet Recherche par auteur Recherche par périodique

Pubmed peut aussi permettre d’accéder au texte intégral de l’article.

Visite rapide de l’interface

Hinari Hinari permet d’accéder en texte

intégral à de nombreux périodiques scientifiques.

Se connecter à Pubmed à partir de Hinari permet de faciliter l’accès à ces ressources (lien vers le texte intégral des articles)

http://who.int/hinari/fr

Rechercher des articles avec Pubmed

Effectuer une recherche par sujet

Exemple de recherche : Je recherche des informations sur

la prévention du paludisme par les antibiotiques.

Mots-clefs : prévention; paludisme; antibiotique;

Terminologie Cismef

Le site Terminologie Cismef permet de traduire les termes médicaux utilisés dans le Mesh, le thésaurus de Pubmed.

http://terminologiecismef.chu-rouen.fr/

Prenons l’exemple du terme paludisme

malaria

Langues et langages documentaires…

Pubmed est une base de données américaine. Il convient de traduire en langue anglaise les termes employés pour notre recherche.

Prévention => prevention Paludism => malaria Antibiotique => Anti-Bacterial

Agents

Opérateurs booléens ET / AND : Il permet de rechercher des

documents contenant obligatoirement plusieurs termes à la fois 

OU / OR : Il permet de rechercher des documents contenant soit le premier terme, soit le second, soit les deux à la fois 

SAUF / NOT : Il permet de rechercher des documents contenant un terme mais pas un autre

Opérateurs booléens

En vert : prevention SAUF malaria

Sujet a Sujet b

En rouge : prevention ET malaria

Ensemble : prevention OU malaria

Première équation de recherche dans Pubmed

En recherche simple Malaria AND Prevention AND Anti-

Bacterial Agents 354 résultats de recherche à

l’équation.

Utilisation du Thésaurus de Pubmed, le MeSh Le MeSh permet d’utiliser une liste

organisée de termes, qui sont unifiés et organisés hiérarchiquement.

Pour trouver un terme du MeSH, il suffit de sélectionner la base de donnée MeSh et d’y entrer le terme recherché.

Avant cela, vous pouvez avoir besoin de traduire le terme recherché.

Prenons l’exemple du terme paludisme.

Vers une nouvelle équation de recherche

Paludisme => malaria Prevention => Prevention and

control (à ajouter en tant que sous sujet (subheading) du terme « malaria »)

Anti-Bacterial Agents

Malaria

Mesh

Vers une nouvelle équation de recherche

Elaborer une nouvelle équation de recherche

Prevention and control

Search box with AND

Send to

Malaria

Malaria/prevention and control[mesh]

Hierarchisation des termes dans le MeSH

Terme Générique (TG)

Terme Spécifique (TS)Descripteur

Elaborer une nouvelle équation de recherche

Anti-bacterial Agents

Malaria/prevention and control[mesh] AND Anti-bacterial Agents[mesh]

Send to

Search box with AND

Equation de recherche

Lancer la recherche en cliquant sur “Search Pubmed”

"Malaria/prevention and control"[Mesh] AND "Anti-Bacterial Agents"[Mesh]

52 résultats trouvés

Opérateurs [mh] = [mesh] , descripteur meSH [majr] , descripteur meSH qui est thème

principal du document [mh:noexp] , descripteur meSH qui ne

prend pas en compte les spécifiques du descripteur

[majr:noexp] , descripteur meSH thème principal du document, ne prend pas en compte les spécifiques du descripteur

Equation de recherche

On souhaite que Malaria/prevention and control soit thème principal des articles recherchés.

"Malaria/prevention and control"[Majr] AND "Anti-Bacterial Agents"[Mesh]

25 documents trouvés

Affichage des notices

Plusieurs modes d’affichages des notices sont possibles. Affichage sommaire, résumé, nombre

d’articles affichés par page, etc. Il est aussi possible de modifier

l’ordre d’affichage des articles (par date, par auteur, etc.)

Lire la notice d’un document La notice apporte plusieurs

informations. Résumé, noms des auteurs, titre

de l’article, périodique de publication

Le champs descripteur apporte de l’information sur le contenu de l’article, et peut permettre de savoir très rapidement sur quoi porte l’article.

Accès aux documents Sélectionnez l’article qui vous intéresse. Cliquez sur l’icône qui apparaît en haut

à droite de la fenêtre et qui permet d’accéder au document.

Les documents qui ne sont pas accessibles peuvent être consultés par commande via Refdoc Vérifiez tout de même que le périodique

n’est pas accessible en texte intégral => parfois Pubmed ne donne pas le lien vers le périodique en ligne.

Exemple d’accès au document Dans le cas de cet exemple, le

document est accessible via la base de données Science Direct.

Le périodique concerné est consultable par les utilisateurs.

Lien : http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/120747099/PDFSTART

Exemple d’accès au document

Limitations à la recherche

On souhaite que les documents trouvés soient rédigés en français, ou que ceux-ci soient disponible en texte intégral.

Pour ces otions, il faut utiliser l’option « limits » de Pubmed

Equation de recherche

L’équation de recherche reste la même

Documents en français : 2 résultats

Disponible en texte intégral : 14 résultats

Documents disponible en français ET en texte intégral : 0 résultat

Exercice (Application)

Votre patient, un adolescent alcoolique, souffre de malnutrition. Vous désirez vous renseigner afin de mieux le soigner. Quelle sera votre démarche afin de trouver de l’information à ce sujet?

Effectuez cette même recherche sans utiliser les descripteurs MeSh.

Équation utilisée Il s’agit ici d’une équation possible.

Cependant, d’autres équations de recherche sont possible pour répondre à cette question.

"Malnutrition"[Majr] AND "Alcoholism"[Majr] (Limits: Adolescent: 13-18 years)

14 résultats

Recherche d’une référence précise

Il faut utiliser l’onglet « Single citation Matcher », remplir les champs sélectionnés et lancer la recherche

Exemple : Trouvez tous les articles de M.Stefanov dans le périodique « Folia Medica »

Recherche d’une référence précise

Recherche d’une référence précise

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique

Si un thème ou les travaux d’un chercheur qui travaille dans le même domaine que vous, vous intéresse, il est possible de connaître, via votre boîte e-mail, les nouveaux articles publiés et indexés dans Pubmed d’un auteur.

Pour cela, il faut s’inscrire sur le site de Pubmed.

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique

Sauvegarde d’une recherche et veille thématique

Une fois cette opération effectuée, vous pouvez sauvegarder vos recherches.

Il est possible de recevoir des e-mails vous indiquant les nouveaux articles répondants à votre équation de recherche.

Libre accès / Open access

Les publications en libre accès sont des publications qui sont publiés selon un modèle économique différent de la publication traditionnel.

Les articles publiés dans les revues éditant selon ce modèle de publication sont disponibles librement sur Internet.

Libre accès / Open access

Pubmed permet de rechercher uniquement les références éditées dans des revues en libre accès.

Pour cela, il faut sélectionner la base PMC à la place de la base Pubmed.

Libre accès / Open access

Conclusion

Utiliser les fonctions avancées de Pumed peut vous permettre de rechercher de l’information pertinente plus aisément.

Questions, remarques?

A consulter REPERE : Ressources Electroniques,

Pour les Etudiants, la Recherche et l’enseignement

http://issuu.com/elisaformist/docs/repere2008

Liste (exhaustive) de bases de données en langue française en sciences médicales :

http://doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Logique?Mot=base%20de%20donnees.tr&aff=4&tri=100&datt=2&debut=0

A consulter Tutorial de Pubmed en langue

française http://urfist.u-strasbg.fr/supports/b

ddbi_co/pubmed/m1001.html Recherche d'informations

médicales  sur Internet http://www.sfmg.org/Publication/ai

de_publication/biblio_internet/index.htm

Merci de votre attention