Evaluation des stocks et étude de la structure génétique des

Evaluation des stocks et étude de la structure génétique des populations de Paracentrotus

lividus (Oursin violet) en Corse

Sophie Duchaud UMS3514StellaMare–UMR-CNRS6134SPE

EricDurieux.VaninaPasqualini.SoniaTernengoUMS3514StellaMare–UMR-CNRS6134SPE–UniversitédeCorse

StéphaneCoupé.SandrineGaillardEquipeEB2M-LaboratoirePROTEE–UniversitédeToulon

SéminairesurlemilieuMarinSTARESO11mai2016

Etude génétique

Conclusions Etude de la démographie

Contexte

Présentation de l’espèce Paracentrotus lividus

 PrésentenMéditerranéeetAtlanQqueEst Oursinleplusappréciédanslagastronomieméditerranéenne Gonadesappréciées:captureentreenconcurrenceaveclapériodedereproducQon

 Depuislesannées70:diminuQondesstocks Plusieursfacteursresponsables:

 Pêche PolluQondeseaux DestrucQondeshabitats

 Espècemenacée(ConvenQondeBerne–1979) Capturerèglementée(Barcelone–1987)

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En Corse ?

 DiminuQondesstocksconstatée LégislaQonconcernantlescapturesencoreplusdraconienne DemandesenaugmentaQon

Nécessiterdemaintenirlesac/vitésdepêcheenpréservantlespopula/onsnaturelles

Quelles données ?

 DonnéesdisponiblessurlespopulaQonssurdessitesprécis(Bonifacio,Calvi,Galéria,l’étangd’Urbinu) Absenced’étudesurlagénéQquedespopulaQonsàl’échelledelaCorse Absenced’étudecomparaQvedespopulaQonsàl’échelledel’île

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Etude génétique

Etude de la démographie

Contexte Conclusions

Objectifs de l’étude

 Réaliserun1erétatdeslieuxdespopulaQonsàl’échelledelaCorse EtudierlesfacteursinfluençantlesabondancesenP.lividus RéaliseruneanalysegénéQqueautourdelaCorse

Cadre de l’étude

 Réaliséeparl’UniversitédeCorseauseinduprogramme«Oursins»UMS3514StellaMare Danslecadred’unethèse(UMR6134SPE)sousladirecQonduPrVaninaPasqualinietduDrSoniaTernengo

ParQe1:Etudedeladémographie

ParQe2:EtudegénéQque

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Etude génétique

Etude de la démographie

Contexte Conclusions

Objectifs de l’axe

Contexte Etude de la démographie

 Réaliserle1erétatdeslieuxàl’échelledelaCorse Observers’ilexistedesvariaQonsspaQalesettemporellesdesabondances Etudierdesparamètrespouvantinfluencerlesdensités

Macinaggio

AlboNonza

Vallidone

Etang de Diana

Etang d’Urbino

SanguinairesIsolella

Tonnara

Punta di u catu

Méthodologie

 Etuderéaliséeauxprintempsetautomnes2013et2014 RéalisaQondecomptagesvisuelsviatransects(3,6,9m) Analysesdessubstrats+recouvrementvégétal Inventairedespoissonsprésents

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Etude génétique

Conclusions

Existe-t-ildesvariabilitésspa/aleettemporelle?: RéalisaQond’unePermanova(designà4facteurs)sousPrimer

Résultats

 VariabilitéssignificaQves(P<0,05)observéespourlesfacteurs: Année Saison(Année) Site(Prud’homie) 6

Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Zonessignifica/vementdifférentesentermededensités? RéalisaQond’untestdeKruskalWallis

Résultats

 GroupesAetB:significaQvementdifférentsdugroupeD(densitéslesplusimportantes) GroupeC:intermédiaire GroupeA:comprendlesétangsetMacinaggio

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Paramètresinfluençantladensité? RéalisaQond’untestdeSpearman

Résultats

 ParacentrotuslividusetArbacialixulanégaQvementcorrélésà: laprofondeur(moinsd’individusobservéà9m) aurecouvrementvégétal

 ParacentrotuslividusposiQvementcorréléàArbacialixula

*:valeurssignificaQvespourα=0,05**:valeurssignificaQvespourα=0,01***:valeurssignificaQvespourα=0,001

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Influencedurecouvrementvégétaletd’A.lixulasurlesabondancesdesdifférentesclassesdetailledeP.lividus?

 RéalisaQond’uneACP

Résultats

Recouvrementvégétal

Traduc/on Détermina/on

EncrusQng Encroûtant Espècescalcaires

Turfy Rasant Hauteur<1cm

Shrubby ArbusQf 1cm≤Hauteur<10cm

Arborescent Hauteur≥10cm

Posidoniaoceanica

 PeQtsindividussemblentpréférerlesvégétauxrasantsetarbusQfs

 Lesindividusdetaillessupérieuresontdespréférencespourlesalguesencroûtantes

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Influencedurecouvrementvégétaletd’A.lixulasurlesabondancesdesdifférentesclassesdetailledeP.lividus?

 RéalisaQond’uneACP

Résultats

Recouvrementvégétal

Traduc/on Détermina/on

EncrusQng Encroûtant Espècescalcaires

Turfy Rasant Hauteur<1cm

Shrubby ArbusQf 1cm≤Hauteur<10cm

Arborescent Hauteur≥10cm

Posidoniaoceanica

ArbacialixulaposiQvementcorréléavectouteslesclassesdetaille

PosidoniaoceanicanégaQvementcorréléavecP.lividusetA.lixula VégétauxarborescentsnégaQvementcorrélésavecP.lividus

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Objectifs de l’axe

 EtudierladiversitégénéQqueetlastructuraQongénéQqueenCorse ConnexionsentrelesdifférentespopulaQons? LienentrelespopulaQonsd’étangsetdemer?

Contexte Etude génétique

Méthodologie

 EchanQllonnageréaliséauxPrintemps2013et2014 Prélèvementsur

 50juvéniles(<5cm):3piquants/individu 50adultes(≥5cm):5piquants/individu

Macinaggio

Albo

Vallidone

Etang de Diana

Etang d’Urbino

SanguinairesIsolella

Punta di u catu

Urbino Ext.

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Etude de la démographie

Conclusions

Méthodologie (suite)

 TraitementdeséchanQllonsparlelaboratoirePROTEE(Univ.Toulon)

 ExtracQon,amplificaQon(PCR),génotypage 6microsatelliteschoisispourl’analyse:28,Hist,T,L,BetC StructuregénéQque(indicesFST,RST) RéparQQongénéQque(AMOVA)

Résultats

Diversitéallélique:étudielesdifférentesversionsdesallèlesd’ungène,leurgammedetaille,etc.

 Nombred’allèlessimilairesàceuxtrouvésenPACApourlesloci28,HistetT. ≠observéespourleslociL,BetCà2hypothèses:

 Spécificitélocale? Dûaunombred’individuséchanQllonnéplusgrandenCorse?

 DifférenciaQonentrepopulaQons(MarkovChains)

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Contexte Etude génétique

Etude de la démographie

Conclusions

Résultats (suite)

Richesseallélique:permetdedéterminerlenombred’allèlesprésentspourunlocusdonné

 SimilaireentrelescohortestemporellesetlessitesàdiversitégénéQquehomogènepourlaCorseàl’échelledel’aired’échanQllonnage L’apportdenouvellesrecruessemblesuffisantpourmaintenirleniveaudediversitégénéQqueobservédanslapopulaQonadultepourchaquesite

Structuregéné/que:existe-t-ildessouspopulaQonsauseindelapopulaQonCorsed’oursins?Siouiexiste-t-ildesfluxdegènes?UQlisaQond’indicateursFSTetRST

 FST:prendencomptelafréquenceallélique: PopulaQonglobalerelaQvementhomogène.PasdedifférenciaQonstaQsQqueobservéeentrelesgroupes.

 RST:étudielesressemblancesentreallèlesbaséessurlataille: Mêmeconclusionquepourl’indiceFST 13

Contexte Etude génétique

Etude de la démographie

Conclusions

Résultats (suite)

Testdedifférencia/ongéné/que:permetd’analyserlarépar//ondeladiversitégéné/queentrelesdifférentssites,cohortestemporelles,etc.

 PasdedifférenciaQonsignificaQveentrecohortetemporelleobservéeàdiversitégénéQquedesrecrueshomogèned’unegénéraQonàl’autre

 TendanceàladifférenciaQondecertaineszones:Diana,Isolella,Sanguinaires,ValidoneàNécessitéd’affinerlesrésultatspourtesterl’hypothèsed’unestructuraQonetpourquoi?Zonestropexploitées?BaissedeseffecQfsdûàdescausesenvironnementales?DébutdedifférenciaQonpourlesindividusd’étang?

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Contexte Etude génétique

Etude de la démographie

Conclusions

Etude de la démographie

Contexte Conclusions

 FortediversitégénéQquereparQedemanièrehomogèneàl’échelledelaCorse PasdestructuraQonspaQalesignificaQveobservéeàl’échelledelapopulaQonCorsecomptetenudesmarqueursuQlisés DiversitégénéQquedesrecrueshomogèned’unegénéraQonàl’autre Pasdemiseenévidenced’uneffondrementdémographiquelocalsurlessitesétudiés.

Etude génétique

 VariabilitésspaQaleettemporellemisesenévidence CorrélaQonsobservéespourlaprofondeur,lerecouvrementvégétaletlesabondancesenA.lixula TendancesobservéesenfoncQondelaclassedetailledeP.lividus

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Etude génétique

Etude de la démographie

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