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La pathologie digitale utilise des échantillons de pathologie traditionnels et les transforme en images numériques à très haute définition. Elle était jusqu’il y a peu faiblement utilisée. Aujourd’hui, les innovations technologiques ont radicalement modifié la situation, ouvrant la voie à de nouvelles innovations pour lesquelles il existe de nombreux défis à relever. Dans le cadre de cette rencontre, Benjamin Stévens nous a parlé du projet Cytomine, une plateforme logicielle pour l’exploration, l’annotation et l’analyse automatique de lames virtuelles.
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Parole d’expert
Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain
Benjamin STEVENS, ULg - GIGA-R : Systèmes et modélisation
Avec le soutien de :
Cytomine!Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain!
Le 21 novembre 2013 Benjamin Stévens, Project Manager @ Ulg
Contact : about.me/benstevens
www.cytomine.be info@cytomine.be
Anatomopathologie!
Anatomopathologie!• Processus fondamental remonte au 19ème siècle
• Matériel plus sophistiqué mais l’oeil du pathologiste reste incontournable
• Beaucoup d’étapes manuelles (préparation, labélisation, assurance-qualité)!
Du microscope au numérique !
1751!
1980!
Aujourd’hui!
1995!
Pathologie Digitale!Processus qui consiste à numériser des lames
microscopiques afin de les visualiser via un ordinateur d’une façon similaire à celle du microscope!
• Visualisation à différents niveaux de zoom
• Navigation dans toutes les directions
• Focus !
Requiert un microscope Une lame à la fois Analyse manuelles limitées Stockage laborieux Pas de visualisation à distance Non intégré avec les systèmes d’informations (LIS)
Accessibilité (PC, Tablette, …) Plusieurs lames en même temps Algorithmes Archivage & recherche « Anywhere at anytime » Intégré avec les systèmes d’informations (LIS)
Microscope traditionnel! Pathologie Digitale!
Freins au changement!Vitesse d’acquisition faible Mauvaise qualité d’image
Coût élevé (direct et indirect) Largeur de bande du réseau limitée
Solutions locales Pas de format d’images standard!
Réticence au changement
Et maintenant ?!
Temps d’acquisition réduit (1 à 4 min) Bonne qualité d’image, bon focus
Coût du hardware en baisse vDSL, fibre optique, 3G/4G Internet, Infrastructures IT
Dicom part 145
Défis ?!
DICOM Standard ?
Modifications des processus ANAPATH ?
Croissance de budget consacré à l’IT ?
Décroissance du coût en logistique ?
Centralisation des laboratoires d’anatomopathologie ?!
« Healthcare »! Education!
Recherche!
De plus en plus de patients
Pénurie de pathologistes
Complexité des analyses
Logistique!
« Healthcare »!
Augmentation des cas!
Accroissement de la population
Vieillissement de la population
Nouvelles techniques de détection
Conséquence : Le nombre de cas détectés a doublé de 1980 à
maintenant
Source: INVS (Institut de veille sanitaire, France)!
Source: MINISTERE DU TRAVAIL, DE L’EMPLOI ET DE LA SANTE (France) !
Vers la pénurie ?!
Complexité des analyses!
Logistique!
De plus en plus de données
De multiples sources
Besoin de « focus » sur la
recherche, pas les problèmes
Besoin de précision !
Recherche!
Education!
De plus en plus d’étudiants
Restrictions budgétaires
Manque de solution d’apprentissage continu
Préparation au contexte
professionnel!
Comment y répondre ?!
« Plateforme logicielle pour l'exploration et l'analyse automatique de lames virtuelles cyto-
histopathologiques »!
Collaboration
• Déployable sur plusieurs hôpitaux ou laboratoires (exemple : CHU + antennes)
• Distribution des images “local” ou “global” (mais accès global !)
• Utilisateurs + droits d’accès + traces
• Accès concurrents possible, suivi à distance (télépathologie)
Accessibilité
Organisation
Gestion des espaces de travail!
Annotations, Ontologies, Propriétés
Créer votre “biobank”!
Intégration
Connect APPS - PACS – HIS – LIS - …!
Analyse automatique d’images
Calcul!
Cas d’utilisations
Autres applications en cours
Merci Systems and Modeling (GIGA-Research / Montefiore Institute): Loïc Rollus, Raphaël Marée, Gilles Louppe, Olivier Stern, Nathalie Jeanray, Vincent Botta, Pierre Geurts, Louis Wehenkel
ULB Anapath & LBTD CHU Liège: Didier Cataldo, Natacha Rocks, Fabienne Perin, Christine Fink, Sandrine Bekaert, Myriam Remmelink, Caroline Degand, Isabelle Salmon, Sandrine Rorive, Audrey Voncken, Jessica Aceto, Yoann Cure, Benoist Pruvot, Marc Muller, Natacha Leroi, ...
GIGA FEDER, DG06 Wallonie :
- CYTOMINE (2010-2014) Research grant n° 1017072
- SMASH (2012-2014) First Spin-Off grant n° 1217606
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