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EndNote X1 :Gestion bibliographique et publication

à quoi ça sert: créer une collection de références bibliographiques personnelles, contenant tous les types de documents (articles de journaux, livres, etc.)

commencer par: introduire les références bibliographiques, manuellement ou mieux, se connecter à ou importer depuis les bases de données (Web of Science, SciFinder, PubMed, GoogleScholar, etc.)

effectuer dans EndNote:trier, dé-dupliquer, éditer et compléter les références (p.ex. ajout fichier.pdf)

préparer des sous-listes thématiques pour vos prochaines publicationsformater les références selon le style du journal où vous allez publier

écrire votre publication dans Word en introduisant vos références:exporter des listes de références entières pour vos publications ou citer les références directement lorsque vous écrivez dans Word

Francine Dreier (2008)Université de Genève

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Démarrer avec EndNote

soit travailler sur les PC de la bibliothèque de Sciences II où EndNote X1 est installé,soit acquérir puis installer le programme (il faut avoir une adresse mail <unige.ch>):

Division informatique http://www.unige.ch/dinf/papat/outils.html GDLPlatform des logiciels GDL – Edition – Bibliographie EndNote X1Prix de EndNote XI SFr. 45.- (contre SFr. 399.- c/o Scientific Solutions)

ouvrir EndNote et créer une New Reference Library exemple: test.enl un répertoire test.DATA est automatiquement généré où se trouveront toutes les options de configuration: fichiers de connexion, filtres d’import, styles et formats de journaux, etc.

voilà, vous êtes prêts pour introduire vos référencesbibliographiques, donc pour créer votre bibliographiepersonnelle

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La bibliographie (1) : constitution

Pour introduire vos références bibliographiques dans EndNote X1, il y a 4 possibilités

1. Se connecter directement depuis EndNote (Menu: Tools – Online Search) à une base de données bibliographique exemples: Web of Science SCI (ISI), PubMed (NLM) ouà un catalogue de Bibliothèque exemple: RERO_Geneve_XI

2. Importer dans EndNote un fichier sauvé contenant les références choisies lors d’une recherche bibliographique exemples: SciFinder Scholar, MathSciNet, GeoRef (save « tagged » Text File),

en sélectionnant ensuite le filtre d’import correspondant à la base de données bibliographique (p.ex. Scifinder CAS) Menu: File – Import – Import Options

3. Exporter la(les) référence(s) – souvent une à une - depuis un site online exemples: sites d’éditeurs comme Blackwell ou Wiley-InterScience (Download Citation)

4. Entrer les références manuellement ou éditer/modifier des références incomplètes

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La bibliographie (2) : exemple / aperçu

Aperçu de votre bibliographie (exemple: résultat de l’Online Search «rigid-rod* AND Matile, S.»

dans Web of Science SCI) après l’ajout automatique des 26 références

Sélection/affichage d’une référence qui est montrée dans le style «Numbered»

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La référence (1) : visualisation / édition

Avec un double-click sur la référence sélectionnée (Menu: References – Edit References),

on passe en mode édition où le contenu des champs peut être manuellement modifié/complété

Attention: le format de chaque champ doit être respecté (p.ex. Author = Nom,^initiale.)

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La référence (2) : ajouts et liens

Exemples d’ajouts typiques: Keywords, URL, Figure, File Attachments (fichiers.pdf) pour afficher les options d’un champ, un click droit affiche les possibilités (ici, File Attachements)

Attention: le lien d’un fichier.pdf est par défaut relatif le fichier se trouvera dans le répertoire.DATA (ici, dans Test.DATA qui contient les fichiers spécifiques à Test.enl)

Pour définir un lien absolu (p.ex. un serveur de document), il faut décocher l’option pardéfaut «copy file to the default folder» Menu: Edit –Preferences – URL & Links

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Gestion des références (1)

Personnaliser l’affichage de la liste de références (choisir quelles colonnes seront affichées) Menu : Edit – Preferences – Display Fields

Trier vos références dans un ordre de classement A-Z / Z-A ou chronologique Classement mono-critère : simple click sur l’en-tête d’une colonne affichée Classement multi-critère Menu : References – Sort References

Dé-dupliquer et éliminer les références qui sont à double après l’import depuis différentesbases de données bibliographiques Menu : References – Find Duplicates

Editer globalement toutes ou partie des références pour changer ou ajouter une mêmeinformation (exemples : un mot-clé, un nom de journal, des notes, etc.)

Menu : References – Change and Move Fields

Créer des sous-listes de références selon certains critères de sélection(exemple : auteur, année, type de document, etc.)

Menu : Tools – Suject Bibliography sélection, puis OK Reference List Layout

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Gestion des références (2)

Quick Search dans votre bibliographie:

Création de sous-groupe(s) : Custom, ici «beta-barrels»

dans la fenêtre des références, click droit add references to create new Group

exemples : références pour une nouvelle publication, update du dernier mois, etc.

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Formater les références : Output Styles

But : Attribuer le style d’un journal spécifique (ici, celui de Angewandte Chemie) à une liste de références pour l’exporter déjà formatée vers Word

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Exporter des listes de référencescomplètes depuis EndNote à Word

Après avoir attribué le style du journal (ici, Angewandte Chemie), Sélectionner les références qui constitueront votre liste de références dans Word Dans EndNote Menu : Edit – Copy Formatted (ctrl + K)

Puis, dans votre document Word : Menu : Edit – Paste (ctrl + V)

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Editer et modifier les Output Styles

Exemple : Liste des journaux avec les noms abrégés «Journal Abbréviations »

1) configurer un nouveau fichier, donc créer une nouvelle bibliographie EndNote et avant d’introduire les références, créer et attribuer une nouvelle « Journal List » Menu : Edit – Preferences – Term Lists

2) chercher sur le web la dernière liste des noms de journaux abrégés : chemical_2007.txt et la copier dans EndNote X1/Term Lists

3) Menu : Tools – Define Term Lists – Lists/Journals :a) Journal Term Listb) Import List chemical_2007.txt c) Link List / Alternate Journal

4) Menu : Edit – Output Styles Journal Names / Abbreviation 1

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Structure de la configuration

Le programme EndNote X1 possède une structure où les modèles et listes sont groupés par répertoires.

Attention : Les fichiers de chaque répertoire possèdent uneextension spécifique.

BIBLIO (.enl .Data)Connections (.enz)Filters (.enf)Styles (.ens)Term Lists (.txt)

Il faut donc ranger une liste personnelle comme celle des noms de journaux abrégés, ici chemical_2007.txt, dans le répertoire correspondant,ici Term Lists

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« Cite while you write » dans Word (1)

Si EndNote est installé sur votre ordinateur, automatiquement une barre d’outils EndNote s’affiche dans Word (sinon l’activation se fait par Menu : Tools – EndNote)

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En passant lentement avec la souris sur les la fonctions 1-14, leur description s’affiche.

Les plus utilisés - activés une à la suite de l’autre - sont certainement :

2 = Go to EndNote, basculer du document Word en rédaction à la bibliographie correspondante dans EndNote pour choisir au fur et à mesure la(les) référence(s)

La barre d’outil correspondante dans EndNote Wordpeut être activée Menu EndNote : Tools - Show Toolbar – CWYW/Add-in

4 = Insert Selected citation(s), la(les) citation(s) sont insérées dans le texte et les références déjà formatées dans EndNote s’ajoutent automatiquement dans la liste des références à la fin du document

6 = Insert Note, p.ex. un renvoi à du supplementary material fonctionne comme l’insertion d’une citation

3 = Format Bibliography encore en cours d’édition un autre style de journal peut être appliqué

13 = Configuration générale des préférences CWYW

14 = Help spécifique pour les fonctions concernant EndNote dans Word / CWYW

FAQ et Plugins http://www.endnote.com/support/ directement sur le site officiel de EndNote

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« Cite while you write » dans Word (2)

Exemple : vous êtes en rédaction de votre texte dans Word insertion de vos citations

à la fin de votre document:votre liste de référencesest générée au fur et à mesure (renumérotée)

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Tips & Tricks

o Connexions et Filtres d’import :essayez de trouver l’interface ou le filtre spécifique pour votre base de données Exemples : chercher/sauver des documents de Medline (OVID) ou PubMed (NLM), sélectionner le filtre le plus spécifique pour votre catalogue de bibliothèque

RERO RERO_XI RERO_Geneve_XI http://www.unige.ch/biblio/chercher/endnote.html

o Création d’un Output Style personnel Menu : Edit – Output Style – Edit  "Numbered"prendre, éditer puis adapter des pages existantes, donc déjà correctement formatés (ici, Templates pour Reference Types)

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Application pratique

o Apprentissage :session pratique pour l’utilisation de EndNote de 1h à la salle de consultation électronique de la Bibliothèque de Sciences II

o Liste d’inscription :travail par petits groupes, si possible de même niveau (EndNote basique ou avancé)

o Votre bibliographie EndNote :exécuter la recherche bibliographique spécifique à votre domaine de recherche construction de votre propre collection de références

Questions ?Francine.Dreier@chimie.unige.ch