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<? Le PHP appliqué à la BioInformatique ?>

Thomas Mouilleseaux

Cours IFT6291 : Projet de Recherche

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<? Sommaire ?>

Introduction Le projet BioPHP Travaux avec BioPHP Mes travaux en PHP Conclusion

IntroLe Projet BioPHPTravaux avec BioPHPMes travaux en PHPConclusion

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<? Introduction ?>

Pourquoi ce sujet ?

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<? Le Projet BioPHP ?>

BioJava, BioPython, BioPerl, BioXml…

Vise à étendre le langage de script PHP pour l'utilisation en biologie

Une collection d'outils pour aider les programmeurs PHP à réaliser des applications bioinformatiques

Lie ensemble des applications et des bases de données bioinformatiques locales et distantes

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<? PHP pour calcul biologique ?> Lire les données de Genbank, Swissprot, Fasta, et Clustal

Effectuer des analyses simples (calculs poids moléculaires, calcul de charge, chaînes de consensus…)

Rechercher des motifs dans des séquences (codons, miroirs, palindromes)

Digérer une séquence nucléique en utilisant une ou plusieurs enzymes ou ribonucléases de restriction

Communiquer avec des programmes externes tels que Clustal, pour aligner plusieurs séquences

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<? Travaux avec BioPHP ?>

Trouvaille Mirror / Palindrome dans un ordre

Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de restriction

Mes applications

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<? Trouvaille Mirror/Palindrome dans un ordre ?> Recherches des miroirs génétiques et palindromes dans un

ordre nucléique donné

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Long Palindrome

Long Subseq

Ordre nucléique

Choix Miroir/Palindrome

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<? Fragments de trouvaille de sommaire d’enzymes de restriction ?> Digère complètement (des coupes) un ordre donné de

nucléotide en utilisant une enzyme donnée de restriction

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<? Mes applications ?>

Exemples de scripts utilisants les classes Protéine Resten Seq SeqAlign SeqDB SeqMatch SubMatrix

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<? Mes travaux en PHP ?> Algorithme des 4 Russes Arbre des suffixes Algorithme de Boyer-Moore

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<? Algorithme des 4 Russes ?>

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<? Arbre des suffixes ?>

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<? Algorithme de Boyer-Moore ?> A Venir…

En cours de développement…

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<? Conclusion ?>

Que m’a apporté ce projet ?

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