12INI215 - ANNEXE I – PLAN D’ACTION

ANNEXE 1 - PLAN D’ACTION

Convention de Subvention 12INI215

Mise à jour des données sur le paludisme

dans trois faciès épidémiologiques en Mauritanie

Référence : 12INI215

Porteur de projet :

Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

Unité Mixte de Recherche 198, Unité de Recherche des Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE) UMR7278, Faculté de médecine La Timone, Université Aix-Marseille, 27 boulevard Jean Moulin, 13385 Marseille cedex 5 Siège de l’IRD : Le Sextant, 44 bd de Dunkerque, CS 900009, 13572 Marseille cedex 02

Membres du consortium :

Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Unité Mixte de Recherche (UMR) MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs, Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle), Centre de Montpellier 911 avenue Agropolis, BP 64501, 34394 Montpellier cedex 5, France La Faculté des Sciences et Techniques, Université des Sciences, de Technologie et de

Médecine, Nouakchott Rue Fayçal Abdel Aziz, Le Ksar, BP 5026, Nouakchott, Mauritanie

Partenaires :

Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Brétigny-sur-Orge, France

Institut National de Recherche en Santé Publique (INRSP), Ministère de la Santé, Nouakchott, Mauritanie Faculté de Médecine, Université des Sciences, de Technologie et de Médecine, Nouakchott,

Mauritanie

Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP), Nouakchott, Mauritanie

Organisation Mondiale de la Santé (OMS), Genève (Suisse) et bureau régional de l’OMS à

Nouakchott, Mauritanie

Lieux de réalisation du projet : Mauritanie - France

Durée du projet : 36 mois

Période : du 01 janvier 2014 au 31 décembre 2016

Référence de l’appel à projets : 5PC – 2012 – 02, Recherche opérationnelle

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LISTE DES SIGLES ET ACRONYMES

CTA combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine

INRSP Institut National de Recherche en Santé Publique

IRBA Institut de Recherche Biomédicale des Armées

IRD Institut de Recherche pour le Développement

IT Ingénieurs/techniciens

MIVEGEC Maladies Infectieuses et Vecteurs, Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle

OMS Organisation Mondiale de la Santé

PNLP Programme National de Lutte contre le Paludisme

UMR Unité Mixte de Recherche

UR Unité de Recherche

URMITE Unité de Recherche des Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes

USTM Université des Sciences, de Technologie et de Médecine (à Nouakchott, Mauritanie)

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PARTIE I – PRESENTATION DU PORTEUR DE PROJET

I. Le porteur de projet

Nom de l’organisme : Institut de Recherche pour le Développement (IRD) Unité Mixte de Recherche 198, Unité de Recherche des Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE). Adresse complète :

Institut de Recherche pour le Développement, Le Sextant, 44 boulevard de Dunkerque, CS 90009, 13572 Marseille cedex 2 Téléphone et adresse mail de l’organisme : Tel. : 04 91 99 95 71 Email : dsa@ird.fr (département Santé) Statut juridique de l’organisme : Etablissement public français à caractère scientifique et technologique Date de fondation de l’organisme : 1937

Nom et fonction des principaux dirigeants : Michel LAURENT, Président de l’IRD ; Hervé TISSOT-DUPONT, Directeur, Département Santé Organigramme de l’organisme : Présidence ; Direction générale déléguée à la Science ; Direction générale déléguée à l’AIRD ; Direction générale déléguée aux Ressources ; Instances et comités ; l’agence comptable.

Nombre de personnels permanents en 2011 :

A l’URMITE, Marseille : 60 chercheurs et 71 ingénieurs et techniciens, dont 4 chercheurs et 4 ingénieurs/techniciens (IT) IT de l’IRD. Nombre de personnels permanents prévus en 2012 : A l’URMITE, Marseille : 60 chercheurs et 71 ingénieurs et techniciens, dont 4 chercheurs et 4 ingénieurs/techniciens (IT) de l’IRD

Nom de la personne contact sur le projet :

BASCO Leonardo – Tel +33 06 59 03 90 45 – Email: lkbasco@yahoo.fr, leonardo.basco@ird.fr

Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme : Avant 2008, les chercheurs de l’IRD 198 appartenaient à l’Unité de Recherche (UR) 77 « Paludologie Afro-tropicale » (chef d’UR, Dr Jean-Françoise Trape), qui avait deux implantations en Afrique : (i) laboratoire de recherche appartenant à l’IRD à Dakar (Sénégal) et (ii) Organisation de Coordination pour la lutte contre les Endémies en Afrique Centrale (OCEAC), Yaoundé (Cameroun). L’OCEAC est un laboratoire de recherche, de formation et d’enseignement créé en 1963 par six états membres de la

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sous-région, à savoir le Cameroun, le Gabon, le Tchad, le Congo-Brazzaville, la Guinée Equatoriale et la République Centrafricaine. L’investigateur principal du présent projet a été affecté à la Division de l’Epidémiologie et la Biologie du Paludisme, Laboratoire de Recherche sur le Paludisme de l’OCEAC pour mener des programmes de recherche et de formation des chercheurs africains entre 1997 et 2010. La majeure partie de nos programmes de recherche a été consacrée à l’évaluation de l’efficacité des médicaments antipaludiques chez les patients camerounais, mais également à l’aide des épreuves in vitro et des tests moléculaires. Dans un premier temps, l’efficacité des monothérapies de première et deuxième intention (chloroquine, amodiaquine, sulfadoxine-pyriméthamine [SP]) a été évaluée chez 1 407 enfants de moins de 5 ans (jusqu’à 10 au Nord du Cameroun) entre 1999 et 2004. Cette étude, réalisée dans 12 sites sentinelles à travers le pays, de l’Extrême Nord au Sud du Cameroun, a démontré sans équivoque la baisse considérable de l’efficacité de la chloroquine, l’efficacité acceptable de la SP et l’efficacité élevée de l’amodiaquine (Basco et al., 2006). Notre étude a servi de base pour recommander au Ministère de la Santé Publique camerounais le changement de politique d’utilisation des médicaments antipaludiques à l’échelle nationale en faveur de la bithérapie artésunate-amodiaquine à partir de 2004.

L’efficacité de 6 nouvelles combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine (CTA) et celle d’une bithérapie amodiaquine-SP ont été évaluées par la suite chez 1 401 enfants camerounais entre 2005 et 2009. Cette série d’études a mis en évidence la haute efficacité de l’artésunate-amodiaquine et l’artéméther-luméfantrine (2 CTA retenues par le Ministère de la Santé Publique camerounais), ainsi que celle de la dihydroartémisinine-pipéraquine (Whegang et al., 2010). Dans le cadre des activités financées par le Fonds Mondial, et à la demande du Ministère de la Santé camerounais, nous avons également comparé l’efficacité de l’artésunate-amodiaquine à celle de l’artéméther-luméfantrine à Ebolowa, Sud-Cameroun.

Une de nos activités était l’évaluation du coût-efficacité d’utilisation systématique d’un test de diagnostic rapide pour le paludisme. Dans cette étude randomisée, le groupe de patients fébriles traités sur la base d’un diagnostic présomptif et le groupe de patients fébriles traités selon les résultats du test de diagnostic rapide ont été comparés. Il ressort de cette étude, première du genre en Afrique Centrale, que les patients du premier groupe avaient 7 fois plus de chance de ne pas être guéris, par rapport aux patients dont le traitement était orienté par le test de diagnostic rapide (Sayang et al., 2009).

Nous étions une des rares équipes de recherche au Cameroun capable de mener ce genre de recherches opérationnelles sur le terrain. Nos programmes de recherche ont permis de former de nombreux chercheurs, étudiants (doctorants, étudiants inscrits en Master 1 et 2), médecins et infirmiers camerounais (aussi congolais et ivoiriens).

Ces programmes de recherche menés au Cameroun ont bénéficié des soutiens de plusieurs bailleurs de fonds : l’Organisation Mondiale de la Santé, les firmes pharmaceutiques (AstraZeneca), l’Union Européenne (2 projets de développement de nouveaux médicaments), le Ministère de la Recherche français (programme VIHPAL, devenu programme PAL+ ; 4 projets financés) et le Fonds Mondial (via le Ministère de la Santé Publique camerounais).

En 2008, l’Unité Mixte de Recherche (UMR) 198 de l’IRD a été créée au sein de l’Unité de Recherche « Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes » (URMITE ; directeur, Professeur Didier Raoult), Faculté de Médecine La Timone, Université de la Méditerranée (appelée « Université Aix-Marseille » à partir de janvier 2012). En pratique, l’investigateur principal est affecté au Laboratoire de

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Parasitologie, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), antenne Marseille, dans l’équipe dirigée par le Professeur Christophe Rogier (jusqu’en 2011) et le Docteur Bruno Pradines (à partir de 2011). Les recherches sur le terrain se poursuivent, notamment l’évaluation de l’efficacité de l’atovaquone-proguanil comparée à celle de l’artésunate-amodiaquine au Cameroun (financée par l’Agence Nationale de la Recherche [ANR] jusqu’en 2013) et l’évaluation de différents tests de diagnostic rapide pour le paludisme (partiellement financée par l’Union Européenne). Suite à la restructuration de la recherche biomédicale des armées françaises, l’antenne Marseille de l’IRBA a été fermée le 14 juin 2013 et sera regroupée, avec trois autres antennes de l’IRBA en France, à Brétigny-sur-Orge à partir de septembre–décembre 2013. Depuis 2010 (date de la fin d’expatriation de l’investigateur principal), 2 doctorants mauritaniens, 2 doctorants camerounais et 1 étudiante gabonaise en Master 2 ont été formés.

II. Les membres du consortium :

Dans le cadre de ce projet, l’Unité Mixte de Recherche 198, Unité de Recherche des Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE) de l’Institut de Recherche pour le Développement s’appuiera sur 2 principaux partenaires : (1) l’Unité Mixte de Recherche MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs, Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle) de l’Institut de Recherche pour le Développement, et (2) la Faculté des Sciences et Techniques, de l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine de Nouakchott.

� Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Unité Mixte de Recherche (UMR)

MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs, Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle), Centre de Montpellier :

Adresse complète : MIVEGEC, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 911 avenue Agropolis, BP 64501, 34394 Montpellier cedex 5, France Téléphone et adresse mail de l’organisme : Tel. : (siège à Marseille) 04 91 99 95 71 ; Email : dsa@ird.fr (Département Santé) Statut juridique de l’organisme : Etablissement public français à caractère scientifique et technologique Date de fondation de l’organisme : 1937 Nom et fonction des principaux dirigeants : Michel LAURENT, Président de l’IRD ; Hervé TISSOT-DUPONT, Directeur, Département Santé ; Didier FONTENILLE, Directeur du MIVEGEC. Nom de la personne contact sur le projet : SIMARD Frédéric Téléphone et adresse mail de la personne contact : MIVEGEC, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 911 avenue Agropolis, BP 64501, 34394 Montpellier cedex 5, France ; Tel : +33 (0)4 67 41 61 47 ; email : frederic.simard@ird.fr

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Organigramme MIVEGEC :

Nombre de personnels permanents en 2011 au sein de cette unité: 44 chercheurs, 12 enseignants-chercheurs et 36 ingénieurs et techniciens, dont 31 chercheurs et 22 techniciens IRD.

Nombre de personnels permanents prévus en 2012 au sein de cette unité: 44 chercheurs, 12 enseignants-chercheurs et 36 ingénieurs et techniciens, dont 31 chercheurs et 22 techniciens IRD.

Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme : La mission de MIVEGEC est de comprendre, à travers des recherches intégratives, les processus de réplication et de transmission des agents infectieux et leurs dynamiques de transmission, d’étudier leurs éventuels vecteurs, et d’analyser les stratégies et mécanismes, en particulier génétiques, d’adaptation et d’évolution des complexes hôtes-pathogènes. L'originalité de l'Unité est d'intégrer tous les niveaux d'étude de ces complexes : de l'agent pathogène à l'environnement, en passant par l'hôte vertébré et le vecteur. Ces travaux conduisent au développement de nouvelles stratégies de contrôle des maladies. Les recherches sont conduites sur différents modèles, sur différents continents, à différentes échelles : écosystèmes, populations d’hôtes et d’agents pathogènes, individus (via des études de génétique et de biologie cellulaire), en intégrant les relations entre les différentes composantes. La diversité des modèles étudiés (Leishmania / phlébotomes, Plasmodium / Anopheles, Trypanosoma / Triatoma, Arboviruses / Aedes, Borrelia, Babesia / Ixodidae, insectes pathogènes, ulcère de Buruli, Toxoplasmose, Mycobacterium et tuberculose, Cholera, virus Influenza A) est une richesse importante de l’Unité. Elle correspond également à la division de MIVEGEC en 10 équipes (voir organigramme). Les recherches sont conduites en Bolivie, au Bénin, au Burkina-Faso, au Cameroun, au Gabon, au Maroc, en Thaïlande, au Viet Nam, en France, y compris en Guyane, en Martinique, à Mayotte et à la Réunion, et en collaboration avec de nombreux autres pays du Sud.

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L’unité est Centre Collaborateur de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) pour les Leishmania et pour l’utilisation des insecticides en santé publique. L’UMR héberge le Centre National de Référence pour les Leishmania, le Centre National de Référence associé pour la toxoplasmose et le Centre National d’Expertise sur les Vecteurs (CNEV) créé en 2011. Les chercheurs de MIVEGEC participent à une trentaine de programmes de recherche ayant des financements variés (Union européenne, Agence Nationale de la Recherche, ministères de la Santé et de l’Environnement, National Institute of

Health, OMS, industrie, etc.) et publient plus de 150 articles référencés par an.

Une grande partie des recherches conduites à l’UMR198-IRD (URMITE) et à l’IRBA-antenne Marseille (URMITE) de l’Infectiopôle Sud-Marseille est centrée sur les agents pathogènes (virus, virus géants, rickettsies, bactéries et parasites). La recherche sur l’entomologie est surtout axée sur les tiques, les punaises et les poux. Les recherches portant sur les moustiques ont été arrêtées à l’URMITE en mai 2012 après le départ de l’entomologiste Frédéric Pagès. L’UMR224-IRD (MIVEGEC) du pôle de recherche en infectiologie de Montpellier développe, entre autres, les recherches sur d’autres vecteurs de maladies humaines : moustiques, phlébotomes, tiques, triatomes et punaises.

Par le passé, URMITE et MIVEGEC ont collaboré sur la recherche de résistance aux antipaludiques au Cameroun (Menard et al., 2012) et l’étude des populations de Plasmodium falciparum en Afrique (Bogreau et al. 2006). Actuellement, l’IRD198-URMITE et l’IRD224-MIVEGEC collaborent sur trois projets :

• Les interactions entre la flore bactérienne de l’anophèle et P. falciparum, à l’OCEAC, Yaoundé, Cameroun (post-doctorante camerounaise, Sandrine Eveline Nsango; co-encadreurs Isabelle Morlais [MIVEGEC] et Leonardo Basco [URMITE] ; durée de projet, 24 mois à partir de septembre 2011). Ce projet est financé, en partie, par la bourse d’excellence postdoctorale de l’Infectiopôle Sud-Marseille.

• Le développement des extraits et des dérivés du quinoa pour la lutte anti-larvaire et pour l’évaluation de l’activité in vitro sur P. falciparum, en partenariat avec les chercheurs boliviens et chiliens (Fabrice Chandre [MIVEGEC] et Leonardo Basco [URMITE]) depuis 2010.

• La surveillance de populations de P. falciparum dans un modèle insulaire (archipel des Comores) après une utilisation massive de dérivés d’artémisinine sur une des 4 îles (projet cofinancé par la bourse doctorale de l’Infectiopôle Sud-Marseille).

Jusqu’à cette année, les Universités mauritaniennes n’avaient pas la capacité de former les doctorants en sciences biologiques. Ainsi, les trois doctorants mauritaniens (2 femmes et 1 homme) directement impliqués dans ce projet sont inscrits à l’Université Cadi Ayyad (Marrakech) ou à l’Université Cheikh Anta Diop (Dakar). Deux d’entre eux ont reçu une formation initiale en paludologie et entomologie à l’IRD198-URMITE à Dakar, Sénégal (Jean-François Trape) en 2008–2009 et à l’IRD198/IRBA-URMITE à Marseille (Leonardo Basco et Hervé Bogreau) en 2010–2012.

� La Faculté des Sciences et Techniques, Université des Sciences, de Technologie et de

Médecine (USTM), Nouakchott

Adresse complète : Unité de Recherche, Génomes et milieux (ex-Laboratoire de Biotechnologies), Faculté des Sciences et Techniques, Université des Sciences, de Technologie et de Médecine, BP 5026, Nouakchott, Mauritanie

Téléphone et adresse mail de l’organisme : 00 222 22 46 83 17 ; ahaouba@yahoo.com

Statut juridique de l’organisme : Etablissement public

Date de fondation de l’organisme : 1981

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Nom et fonction des principaux dirigeants : Ahmedou Ould Haouba, Président de l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine ; Ndongo Mamoudou, Vice président ; Mohamed Vadel Ould Deida, Doyen de la Faculté des Sciences et Techniques

Nom de la personne contact sur le projet : Professeur Ali Ould Mohamed Salem Ould Boukhary

Téléphone et adresse mail de la personne contact : (+222) 36 32 95 29, alimedsalem@gmail.com

Organigramme de l’organisme : Présidence de l’Université ; Conseil d’Administration ; Comité de Gestion ; Conseils de Facultés ; Conseils Scientifiques, Pédagogiques et de Recherche ; Décanats, Départements.

Nombre de personnels permanents en 2011 et prévus en 2012 : 120 enseignants-chercheurs ; 20 chercheurs ; 15 techniciens

Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme :

Suite à une restructuration récente, il a été créé en octobre 2012 l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine (USTM), à laquelle on a rattaché la Faculté de Sciences et Techniques et la Faculté de Médecine de l’Université de Nouakchott. L’USTM est un établissement public à caractère administratif. Elle comporte 2 facultés et un institut professionnel. Le nombre d’étudiants inscrits en 2011 est de 3 000 environ dont 20 % sont des filles.. L’USTM a pour mission principale de former les cadres supérieurs et de contribuer à la recherche scientifique pour le développement économique et social du pays. Dans ce cadre, elle a pour objectifs :

- la formation initiale et la formation continue des compétences et la préparation des jeunes à l’insertion dans la vie active ;

- la promotion de la recherche scientifique et technologique pour une maîtrise des sciences, des techniques et du savoir-faire.

L’équipe du Professeur Ali Ould Mohamed Salem Ould Boukhary, responsable du laboratoire de biotechnologie à la faculté des sciences et techniques, est composé de 5 encadrants et 13 chercheurs travaillant sur des thématiques de recherche au développement dont la caractérisation du paludisme en Mauritanie qu’elle développe depuis cinq ans en collaboration avec des équipes de recherche en France et au Sénégal. Cette collaboration a donné lieu à plusieurs publications dans des revues internationales à facteurs d’impacts et a permis la formation de 2 thésards mauritaniens en paludologie.

A ce jour, l’USTM est en cours de travaux. Son ouverture officielle est programmée en septembre 2014. En attendant, l’équipe du Professeur Ali Ould Mohamed Salem Ould Boukhary est toujours à la Faculté des Sciences de l’Université de Nouakchott.

III. Les partenaires

� Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA) Nom de l’organisme : Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA) [ex-Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé des Armées, IMTSSA] Adresse complète (jusqu’au 14 juin 2013) : 58 Boulevard Charles Livon, Le Pharo, 13007 Marseille Nouvelle adresse : Ancienne Base Aérienne 217, BP 73, 91223 Brétigny-sur-Orge cedex, France Téléphone et adresse mail de l’organisme : 04 91 15 01 00, 04 91 15 01 01 ; gf@imtssa.fr, cab@imtssa.fr Statut juridique de l’organisme : Etablissement public, militaire français Date de fondation de l’organisme : 1905

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Nom et fonction des principaux dirigeants : Général Marc Morillon (directeur de l’IRBA, antenne Marseille) Nom de la personne contact sur le projet : Hervé Bogreau Téléphone et adresse mail de la personne contact : 04 91 15 01 49, hervebogreau@yahoo.fr Nombre de personnels permanents en 2011 : 80 Nombre de personnels permanents prévus en 2012 : 70 Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme : L’Unité de Biologie et d’Epidémiologie Parasitaire (IRBA-IMTSSA) est laboratoire associé du Centre National de Référence (CNR) pour le paludisme. Elle a une grande expérience dans l’étude des populations plasmodiales et le génotypage de parasites. En collaboration avec ses partenaires du Sud, elle a développé des outils pour l’étude des populations de P. falciparum et P. vivax. Elle a notamment développé des marqueurs microsatellites pour l’étude de la distribution des populations plasmodiales à différentes échelles spatiales (Sénégal, Côte d’Ivoire, Cameroun et Burkina Faso). Elle effectue également en routine le génotypage de marqueurs moléculaires associés aux résistances aux antipaludiques. L’approche pluridisciplinaire associant épidémiologie, épidémiologie moléculaire et génétique des populations est privilégiée pour l’étude et la surveillance des populations parasitaires (Projet Pal+). Cette approche fut utilisée pour : - étudier les effets de l’urbanisation sur les populations de P. falciparum au Sénégal, au Burkina

Faso, en Côte d’Ivoire et à Djibouti (Bogreau et al. 2006). - investiguer des foyers épidémiques et en comprendre leur fonctionnement et leur origine (Rogier

et al., 2005, Rebaudet et al., 2010) - évaluer l’impact d’une diminution du niveau de transmission palustre sur les populations

plasmodiales après utilisation de moustiquaire imprégnées (en Côte d’Ivoire). Durant ces 9 dernières années, Monsieur Bogreau Hervé a participé à la formation théorique et technique de collaborateurs et d’étudiants du Sud. Cet encadrement et ces formations furent dispensés sur le terrain et au sein du laboratoire. Cet enseignement fut focalisé sur l’apprentissage des outils moléculaires pour le génotypage des plasmodies et des méthodes d’analyses permettant l’interprétation des résultats. Sur le terrain : (i) Madagascar, « Ateliers paludisme » à l’institut Pasteur d’Antananarivo 2006, 2007 et 2009, apprentissage participatif des outils moléculaires et épidémiologiques pour la surveillance des populations de P. falciparum ; (ii) Djibouti, formation du personnel de santé pour la conduite des tests d’efficacité d’antipaludiques in vivo (protocole OMS 2003) et le recueil d’informations épidémiologiques par questionnaire ; (iii) Cameroun, « Atelier EPIMAT » 2010, collaboration entre mathématiciens et biologistes. Au laboratoire de l’IRBA, une formation et un encadrement en biologie moléculaire et/ou génétique des populations fut dispensé à des étudiants et des collaborateurs du Sud.

� Institut National de Recherche en Santé Publique (INRSP)

Nom de l’organisme : Service de parasitologie-mycologie, Institut National de Recherche en Santé Publique (INRSP), Ministère de la Santé, Nouakchott, Mauritanie Adresse : Avenue Jamal Abdnasser, BP 695, Nouakchott, Mauritanie Nom du responsable : Dr Mohamed Ould Abdallahi MOUKAH, chercheur-parasitologue Téléphone et adresse mail : +222 22 04 72 83/+222 45 25 31 75 ; hmoukah2002@yahoo.fr

Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme :

L’INRSP a été créé en 2005, suite à une restructuration du Centre National d’Hygiène (CNH). C’est un établissement public à caractère administratif et vocation scientifique disposant d’une autonomie de

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gestion financière. Il comprend trois unités spécialisées : Unité d’Entomologie Unité de Mycologie Médicale et Unité de Parasitologie Générale. L’INRSP appuie le département de la santé, les Directions Régionales de l’Action Sanitaire (DRAS) et les établissements de soins en rendant disponibles son expertise et ses services spécialisés de laboratoire et de dépistage. En outre, l’INRSP a pour objet d’entreprendre et d’appuyer les recherches visant l’amélioration de la santé des populations. Il est chargé, en particulier de : coordonner et promouvoir la recherche en santé publique ; effectuer les travaux de recherche et de laboratoire intéressant directement la santé publique, favoriser le dépistage, la surveillance épidémiologique et la prévention des principales affections ; assurer les travaux de contrôle et de surveillance de qualité, des eaux de boisson et aliments destinés à la consommation humaine et contribuer à l’élaboration des normes dans le domaine ; promouvoir la coopération scientifique nationale et internationale dans le cadre d’assistance mutuelle ; entreprendre et favoriser les publications scientifiques susceptibles d’enrichir les connaissances dans le domaine des sciences de la santé ; réunir et mettre à la disposition des usagers la documentation complète traitant de la situation sanitaire, de l’hygiène et de la toxicologie ; assurer la vaccination internationale et le conseil aux voyageurs ; appuyer la formation technique, le perfectionnement et la spécialisation des personnels dans les domaines du laboratoire, de la recherche et de l’hygiène ; contribuer à l’amélioration des laboratoires de santé publique par la mise en place d’un programme de contrôle de qualité, de supervision et de formation du personnel de laboratoire ; élaborer des mesures visant à améliorer l’hygiène des populations et la sécurité chimique. En matière de paludisme, l’INRSP dispose d’un service de parasitologie chargé notamment : d’assurer le diagnostic biologique des maladies parasitaires ; d’assurer le support technique des programmes Nationaux du Ministère de la Santé (paludisme, leishmaniose, schistosomiases) ; de réaliser les enquêtes épidémiologiques particulièrement des parasitoses endémiques à la demande du Ministère de la Santé ou en collaboration avec d’autres organismes ; l’élaboration et la standardisation de nouvelles techniques de diagnostics parasitaire. Le Dr MOUKAH est un chercheur parasitologue expérimenté. Ce chercheur appartient à la nouvelle Unité de Recherche [UR] « Génomes et milieux », qui est sur le point d’être accréditée à la Faculté des Sciences et Techniques, USTM. Cette UR sera dirigée par le Professeur Ali Ould Mohamed Salem OULD BOUKHARY. Le Dr MOUKAH assurera la formation des techniciens de laboratoire en diagnostic au microscope, encadrera les travaux des étudiants de l’USTM et participera au recueil de données épidémiologiques sur le terrain.

� Faculté de Médecine, Université des Sciences, de Technologie et de Médecine (Dr Abdallahi Ould WEDDIH, Professeur Agrégé en Pédiatrie, Chef de Service de Pédiatrie, Centre Hospitalier de Nouakchott, Unité de Recherche « Génomes et Milieux »)

Nom de l’organisme : Faculté de Médecine de Nouakchott Adresse : Ilot K, Tevragh Zeina, BP 309, Nouakchott, Mauritanie Nom du responsable : Professeur Sid Ahmed OULD MOGUEYA Téléphone et adresse mail : +222 45 25 62 02 (fixe)/+222 36 30 84 48 (portable) ; smogueya@yahoo.fr Cette nouvelle Faculté de Médecine, créée au sein du campus de l’USTM, vient d’être construite. La première promotion d’étudiants sera accueillie dès septembre 2014. En attendant l’ouverture de cette Faculté de Médecine, Le Professeur Weddih poursuit son enseignement à l’ancienne Faculté de Médecine de l’Université de Nouakchott.

� Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP), Ministère de la Santé

Nom de l’organisme : Programme National de Lutte contre le Paludisme, Ministère de la Santé Adresse : Ilot A 52, Tevragh Zeina, Nouakchott

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Nom du responsable : Dr Mohamed Lemine OULD KHAIRY, coordonnateur du PNLP et d’éradication du ver de Guinée Téléphone et adresse mail : +222 45 25 15 05/+222 46 76 10 09, mlkhairy@yahoo.fr Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme : Dans le cadre de l’initiative de l’OMS, « Faire reculer le paludisme », lancée en 1998, le gouvernement mauritanien a créé le Programme National de lutte contre le paludisme (PNLP) et a adopté un document de politique et stratégies nationales de lutte contre le paludisme. Cet engagement politique a été renforcé dans le cadre de la couverture universelle prônée suite à l’adoption des objectifs du millénaire pour le développement, de la résolution de l’Assemblée mondiale de la santé et de la déclaration du sommet des Chefs d’Etats et des gouvernements africains d’Abuja en 2006. Le PNLP a élaboré, entre 1998 et 2009, trois plans stratégies successifs qui ont visé à mobiliser des ressources et à intensifier la mise en œuvre d’interventions de lutte antipaludique dans les zones à risque. Le PNLP mauritanien est chargé de la planification et de la mise en œuvre des mesures de lutte contre le paludisme dans le pays. Son objectif principal s’inscrit dans la stratégie globale de l’OMS, à savoir, réduire le fardeau du paludisme à un niveau où il n’est plus une cause majeure de morbidité et de mortalité. Son but à moyen terme, avant 2025, est d’arrêter et de commencer à inverser les tendances de l’incidence du paludisme dans la perspective de son élimination. Pour ce faire, les priorités nationales ont été fixées : prévention contre le paludisme, diagnostic et traitement efficaces de tout cas de paludisme, réduction de l’impact des épidémies de paludisme, mobilisation sociale communautaire pour un changement de comportement en faveur de l’utilisation des mesures préventives, approche intégrée de la planification et de la mise en œuvre d’activités de lutte antipaludique, renforcement du système de surveillance-suivi-évaluation et de la recherche opérationnelle pour rendre disponible une information fiable sur le paludisme, renforcement des capacités de gestion et de coordination du programme de lutte contre le paludisme et mobilisation d’un financement viable pour la lutte. Le PNLP compte 25 personnels, dont 12 cadres, 12 personnels de soutien (chauffeurs, femmes de ménage, secrétaires) et 1 infirmier. Le PNLP est piloté par 4 cadres clés (médecins, pharmacien et infirmier) : le Dr Mohamed Lemine OULD KHAIRY (coordinateur du PNLP, médecin), le Dr Mamadou dit Dialaw BA (Chargé de Suivi-évaluation, médecin [muté le 15 aout 2013 au programme VIH/SIDA] ; remplacé par Mr Bouh OULD YAHYE), le Dr Yeslem Ould Mohamed Lemine (pharmacien, logistique) et Mr Mohamed OULD ALEW (infirmier, adjoint technique). Au niveau du Ministère de la Santé mauritanien, le PNLP dépend du (i) Ministre de la Santé, (ii) du Secrétaire Général du Ministère de la Santé, le Dr El Moctar OULD HENDA, (iii) du conseiller technique du Ministre de la Santé, chargé de la communication et président du pilotage du PNLP, le Dr Cheick BAYE et (iv) le directeur de la lutte contre les maladies, le Dr Saidou NIANG. Il est à noter que le Dr NIANG est l’investigateur principal du projet de l’OMS sur l’évaluation de l’efficacité thérapeutique en Mauritanie.

� Organisation Mondiale de la Santé (OMS), Genève, Suisse et le bureau régional de l’OMS à

Nouakchott, Mauritanie

Nom de l’organisme (en Suisse) : Organisation Mondiale de la Santé Adresse (en Suisse) : Drug Resistance and Containment , Global Malaria Programme, Organisation Mondiale de la Santé, 20 Avenue Appia, 1211 Genève 27, Suisse Nom du responsable : Dr Pascal Ringwald, coordonnateur Téléphone et adresse mail de l’organisme (en Suisse) : 41 22 791 34 69 (Suisse), ringwaldp@who.int

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Nom de l’organisme (en Mauritanie) : Organisation Mondiale de la Santé, Représentation en Mauritanie

Adresse (en Mauritanie) : Ilot K 140 – 141 Route de la corniche Ouest, Tevragh Zeina, BP 320, Nouakchott, Mauritanie Nom du responsable : Dr Jean-Pierre Baptiste, représentant Téléphone et adresse mail de l’organisme (en Mauritanie) : 00 222 45 25 24 02 / 00 222 45 29 52 25 Historique et principaux secteurs d’intervention de l’organisme : L’OMS est l’autorité directrice et coordonnatrice, dans le domaine de la santé, des travaux ayant un caractère international au sein du système des Nations Unies (http://www.who.int/about/fr/). Elle est chargée de diriger l’action sanitaire mondiale, de définir les programmes de recherche en santé, de fixer des normes et des critères, de présenter des options politiques fondées sur des données probantes, de fournir un soutien technique aux pays et de suivre et d’apprécier les tendances en matière de santé publique. Les diplomates réunis a San Francisco en 1945 pour fonder les Nations Unies ont envisagé la création d’une organisation internationale de la santé. La constitution de l’OMS est entrée en vigueur le 7 avril 1948. La première assemblée mondiale de la Santé a eu lieu en juin 1948. Les priorités de l’OMS, dont le paludisme, ont été décidées par les délégués de 53 des 55 premiers Etats membres de l’OMS. Depuis sa création, la lutte contre le paludisme a été une des priorités de l’OMS. A l’heure actuelle, l’OMS vise à maîtriser le paludisme et à inverser la tendance actuelle d’ici 2015. L’OMS préconise quatre grandes stratégies de lutte contre le paludisme : (i) la prévention par la protection contre les piqûres de moustiques ; (ii) le traitement rapide à l’aide de médicaments antipaludiques efficaces ; (iii) la protection des femmes enceintes et les enfants en bas âge ; et (iv) la détection des épidémies et une action rapide pour les enrayer. Le but de l’OMS de réduire la charge du paludisme pourrait être atteint avec une ferme volonté politique conjuguée à une bonne stratégie de lutte contre le paludisme. L’OMS apporte les soutiens financiers et techniques aux études cliniques menées conjointement par nos partenaires mauritaniens, à savoir, le PNLP, l’INRSP et l’USTM. Le but principal du projet OMS, qui sera mené en parallèle avec le projet Initiative 5PC, est d’établir un système de surveillance de la chimiorésistance du paludisme en Mauritanie. Les études cliniques définies dans les protocoles de l’OMS ne sont pas financé par le projet Initiative 5PC. Toutefois, les deux projets seront basés sur les mêmes données épidémiologiques sur le paludisme. Le projet Initiative 5PC couvre tous les malades qui consultent aux sites sentinelles ; le projet OMS effectue un dépistage initial pour la présence des parasites du paludisme, exclusivement chez les patients présentant une fièvre, ou qui se présentent avec un antécédent de la fièvre moins de 48 heures avant la consultation, et suivant les critères d’inclusion et d’exclusion, ne retient que 60 malades par site sentinelle par étude (menée durant une saison de transmission, donc entre septembre et novembre chaque année). Le projet Initiative 5PC va analyser la chimiorésistance du paludisme sur la base des marqueurs génétiques, ce qui permet de traiter un plus grand échantillon de population des patients impaludés, mais n’aura pas la réponse clinique. Au contraire, le projet OMS évalue la réponse clinique des 60 malades recrutés dans chaque site. Du point de vue scientifique, les deux projets abordent le problème de la chimiorésistance d’un angle différent et apportent des résultats complémentaires.

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PARTIE 2 - PROJET

I. Description du projet

1. Présentation du contexte et justification du projet

1.1 Contexte général : paludisme en Mauritanie

Le paludisme à Plasmodium falciparum sévit, d’une manière endémique, dans 8 régions

(appelées « wilayas ») sur 13, essentiellement au Sud (le long du fleuve Sénégal) et à l’Est du pays. Chaque année, le Ministère de la Santé et des Affaires Sociales enregistre entre 150 000 et 320 000 cas de paludisme, ce qui représente la première cause de morbidité et de mortalité, ainsi que le premier motif de consultation et d’hospitalisation, dans les régions au Sud et au Sud-Est du pays, et le troisième motif de consultations médicales dans les formations sanitaires au niveau national, après les infections respiratoires aigües et les diarrhées (Programme National de Lutte contre le Paludisme [PNLP], 2009). Durant la saison de transmission, 60 % des hospitalisations sont dues au paludisme. Toutefois, les données officielles citées ci-dessus sont peu fiables, étant donné :

(i) la faible fiabilité du diagnostic du paludisme établi sur une base présomptive (présence de la fièvre et des symptômes évocateurs mais peu spécifiques du paludisme),

(ii) un taux de recouvrement bas de la notification des cas de paludisme dans les centres de santé,

(iii) une faible collecte des données des hôpitaux et

(iv) l’incertitude sur le nombre de cas de paludisme traités en dehors du système de santé.

Selon le même rapport officiel, au niveau national, Plasmodium falciparum est l’espèce la plus fréquemment diagnostiquée (80 à 90 %), suivie par P. malariae (environ 10 %), P. vivax (3 %) et P.

ovale (0,1 %).

1.2 Etudes antérieures : l’épidémiologie du paludisme

Les premières études épidémiologiques ont été réalisées aux bords du fleuve Sénégal en 1945–1946 (Sautet et al. 1948). Les auteurs ont trouvé 180 gouttes épaisses positives sur 307 (59 %), dont 74 % à P. falciparum, 8 % à P. vivax et 18 % à P. malariae. Le paludisme à P. falciparum est réparti sur toute l’année. La présence d’Anopheles gambiae sensu lato, An. funestus, An. pharoensis et An. rufipes a été signalée. Dans une enquête menée dans toute Afrique Occidentale Française en 1955–1956, le peu de données recueillies (185 gouttes épaisses réalisées) ont suggéré une faible endémicité du paludisme le long du fleuve Sénégal (Escudié et Hamon, 1961). Une troisième enquête épidémiologique a été effectuée au Nord (Atar) et au Sud (Kaedi, Kiffa, Kankossa, Aioun, Tamchakett) en 1963 chez 2 723 enfants de moins de 15 ans (Barbié et Timbila, 1964). Sur 193 lames positives (soit 7 %), 96,9 % étaient de P. falciparum, 2,6 % de P. malariae et 0,5 % d’infections mixtes de P.

falciparum et P. malariae (aucun P. vivax diagnostiqué). La prévalence par région était de 0,8 % en zone saharienne (Atar), 3,8 % en zone sahélienne (Kiffa, Aioun, Tamchakett) et 29,6 % à Kaédi dans la vallée du fleuve Sénégal. En 1984, 1 an après la construction d’un barrage sur le Gorgol (un affluent de la rive droite du fleuve Sénégal, non loin de la ville de Kaédi), malgré cette retenue d’eau sur environ 150 km² approvisionnant la riziculture, seulement 2 porteurs asymptomatiques de P.

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falciparum et de P. malariae sur 523 personnes ont été répertoriés et il n’y avait aucun anophèles dans les environs durant la saison sèche (Baudon et al., 1986). Depuis cette dernière enquête sur le terrain, aucune étude clinique et parasitologique n’a été menée en Mauritanie, à l’exception de deux études sur la chimiorésistance en 1994 à Kiffa (31 patients inclus et suivis) et en 1998 à Aioun et à Kobeni (162 patients inclus) (voir plus loin sur la chimiorésistance du paludisme en Mauritanie). 1.3 Etudes antérieures : vecteurs en Mauritanie

Douze espèces d’Anopheles ont été documentées en Mauritanie (Hervy et al. 1998). Les sources bibliographiques sur la faune anophélienne de Mauritanie se résument aux travaux de Sautet et al., (1948), Hamon et al. (1964), Barbié et Timbala (1964) et, plus récemment, les travaux de Hervy et al. (1998) et Dia et al. (2009). Certains documents sont difficilement accessibles (Hudleston J. Programme de prééradication du paludisme, Kaedi, Mauritanie. WHO/AFR/MAL/74, 1961 ; Maffi M. Contribution to knowledge of the anopheline fauna of Mauritania. WHO/MAL/434, 1964), d’autres demeurent non publiés (communications personnelles, citées dans Mouchet et al., 2004). L’équipe mauritanienne associée au présent projet a également mené une enquête entomologique préliminaire à Nouakchott (Mint Lekweiry et al., 2009). Il ressort d’une série d’enquêtes menées au Sud, à l’Est et au Centre du pays que trois espèces d’Anopheles prédominent dans ces régions : An.

gambiae s.l. (92 %, dont majoritairement An. arabiensis) dans toutes les zones d’étude et An.

funestus (3 %) et An. pharoensis (5%) dans la vallée du fleuve Sénégal (Dia et al., 2009). Dans cette étude, An. gambiae s.l. était le principal vecteur de P. falciparum. 1.4 Transmission du paludisme : strates épidémiologiques en Mauritanie

Selon MARA/ARMA et l’OMS-AFRO, la transmission du paludisme est saisonnière et dure 2 à 3 mois (juillet–octobre) au Sud du pays (MARA/ARMA 2001 ; OMS, 2006). Le paludisme est endémique le long des frontières sénégalo-mauritanienne et mauritano-malienne. Il existe également une zone de paludisme épidémique au Sud de Nouakchott. Le pays peut ainsi être divisé en trois strates épidémiologiques (voir Figure 1, annexe) :

(i) la zone saharienne et oasienne au Nord désertique (environ 80 % de la surface du pays ; précipitations annuelles < 100 mm) où la transmission est rare et est surtout associée aux oasis. Une étude séro-épidémiologique suggère une prévalence entre 8 et 15 % des antécédents d’une infection à P. falciparum au Nord du pays (Nouahdibou, Akjoujt, Atar, Ksar-Torchane, Chinguetti, Ouadane) (Monjour et al., 1984) ;

(ii) la zone sahélienne ou sahélo-saharienne (suite à la sécheresse et en fonction de la progression de la désertification), au Sud de l’axe est-ouest entre Nouakchott et Néma, principalement au Sud-Est (précipitations annuelles, 100–300 mm), une zone de pâturage, où le paludisme est instable (hypoendémique) et la transmission saisonnière peut entraîner des épidémies (en 1992, 1995, 1999 et 2003) ;

(iii) la région soudanienne du Sud dans la vallée du fleuve Sénégal (l’unique cours d’eau permanent du pays ; précipitations annuelles jusqu’à 300–500 mm), une zone agricole, notamment la riziculture, caractérisée par la présence des barrages, où la transmission est stable (méso-endémique) mais il existe une différence importante de prévalence entre la saison des pluies et la saison sèche. C’est dans les zones sahélienne et soudanienne que se concentre la majeure partie de la population mauritanienne.

Etant donné le caractère saisonnier de la transmission, la prémunition contre la maladie ne se développe pas. De ce fait, le paludisme non compliqué et le paludisme sévère et compliqué touchent toutes les tranches d’âge en Mauritanie (Cortes et al., 2003). Faute de données fiables, la létalité

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n’est pas connue avec précision (toutefois, estimée à environ 1 à 5 %). Néanmoins, le poids supposé du paludisme dans le pays est tel que l’Etat mauritanien inscrit la lutte contre le paludisme parmi ses priorités nationales. En effet, la Mauritanie adopte une politique et stratégie nationale de lutte contre le paludisme depuis 1997. Cette politique de lutte s’insère dans le cadre du programme « Faire reculer le paludisme » (Roll back Malaria) depuis 2000. 1.5 Chimiorésistance du paludisme

L’état de chimiorésistance du paludisme n’est pas bien connu en Mauritanie. Le pays enregistre un retard considérable par rapport aux autres pays de la sous-région, comme le Sénégal et le Mali, dans l’évaluation de l’efficacité clinique des médicaments antipaludiques (aussi pour les données moléculaires sur la chimiorésistance). En 1990, la Mauritanie était le seul pays de l’OCCGE (Organisation de Coopération et de Coordination pour la lutte contre les Grandes Endémies ; Côte d’Ivoire, Dahomey [Bénin], Haute-Volta [Burkina Faso], Mali, Mauritanie, Niger, Sénégal, Togo) qui n’a pas encore été touché par la chloroquino-résistance (Guiguemde et al., 1991). En 1994, une étude in vivo menée à Kiffa (au Sud du pays, entre Kaédi et Aioun) chez 37 patients (dont 6 perdus de vue) avec un suivi de 7 jours montre que 3 patients sur 31 ont toujours une goutte épaisse positive à J7 et 1 patient est fébrile à J7 (Gasquet et al., 1995). Deux études cliniques ont été réalisées sur l’efficacité de la chloroquine en 1998 à Aioun et Kobeni (province de Hodh El-Gharbi), avec des taux d’échec clinique de 36,3 % et 11,6 %, respectivement, qui sont corrélés à la mutation du gène pfcrt (P. falciparum chloroquine resistance transporter), marqueur génétique pour la chloroquino-résistance (Jelinek et al., 2002 ; OMS, 2005). La plupart de ces isolats de P. falciparum ont des codons sauvages sur les gènes dhfr et dhps (Eberl et al. 2001). Seuls 23 et 29 isolats sur 162, soit 14,2 % et 17,9 %, ont respectivement des triples mutations sur le gène dhfr et une mutation Gly-437 sur le gène dhps. La moitié des isolats comportent au moins 2 populations distinctes de parasites (Jordan et al., 2001). Les trois études citées ci-dessus (Eberl et al. 2001 ; Jordan et al., 2001 ; Jelinek et al., 2002) ont été réalisées par des chercheurs allemands, financées par le GTZ/Université de Munich et effectuées sur les mêmes isolats de P. falciparum provenant des patients prélevés lors d’une épidémie en 1998. L’efficacité clinique d’autres médicaments n’a pas été évaluée entre 1999 et 2010 (OMS, 2010). De ce fait, la politique nationale d’utilisation des médicaments antipaludiques en Mauritanie est alignée sur celles du Sénégal et du Mali. L’évaluation de la situation de la chimiorésistance du paludisme n’est pas inscrite parmi les besoins du pays pour la lutte contre le paludisme, bien qu’elle soit indispensable pour toute stratégie de lutte contre le paludisme (PNLP, 2009). Toutefois, cette lacune est sur le point d’être comblée depuis décembre 2012, avec une nouvelle orientation du programme de lutte contre le paludisme focalisé sur la mise en place d’un système de surveillance de la chimiorésistance, avec le soutien de l’OMS-Genève. Ce système de surveillance sera établi, dans un premier temps, sur 4 sites sentinelles où le test de l’efficacité thérapeutique sera réalisé : Kobéni, Timbédra, Nouakchott et Atar. Soixante patients seront recrutés dans chaque site selon le protocole standardisé de l’OMS et les critères d’inclusion et d’exclusion précis, traités à l’artésunate-amodiaquine (aux sites de Kobéni et Timbédra, où les patients atteints de paludisme à P. falciparum seront recrutés) ou à la chloroquine (aux sites de Nouakchott et Atar, où les patients atteints de paludisme à P. vivax seront recrutés) et suivis pendant 28 jours. La réponse clinique et parasitologique des patients observée durant toute la durée de suivi de 28 jours sera classée comme suit : réponse clinique et parasitologique adéquate, échec parasitologique tardif, échec clinique tardif ou échec thérapeutique précoce. Les résultats constitueront une base de données sur l’efficacité thérapeutique des antipaludiques, qui devraient être régulièrement mis à jour.

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Les premières enquêtes en Mauritanie sont en cours de réalisation aux quatre sites sentinelles depuis le 26 septembre 2013. Etant donné que la durée minimale d’études est de 2 mois, nous aurons les résultats préliminaires analysés d’ici 3 ou 4 mois (vers décembre 2013 ou janvier 2014). Comme la saison de transmission du paludisme ne dure qu’environ 2 à 3 mois en Mauritanie, ce type d’intervention sur le terrain ne pourra que se faire une fois par an sur le même site. Les enquêtes sont réalisées par le PNLP, avec la participation des scientifiques et des universitaires de l’USTM de Nouakchott. Outre l’établissement du système de surveillance de la chimiorésistance du paludisme en Mauritanie, ces études permettent de renforcer le partenariat entre plusieurs institutions mauritaniennes et des instituts de recherche français (IRD) et les organismes internationaux (OMS, Fonds Mondial). 1.6 Stratégies actuelles inscrites dans le cadre de Roll Back Malaria en Mauritanie

Les stratégies de lutte contre le paludisme en cours (plan quinquennal, 2009–2013) sont focalisées sur la prévention et la prise en charge appropriée du paludisme, en particulier chez les jeunes enfants de moins de 5 ans et chez les femmes enceintes (PNLP, 2009). Les moyens pour atteindre les objectifs reposent sur la distribution de moustiquaires imprégnées d’insecticide à long durée d’action (LLINs), le traitement précoce et correct et le traitement préventif intermittent chez les femmes enceintes. L’évaluation du programme de lutte contre le paludisme en Mauritanie a montré une

qualité insuffisante de la prise en charge des cas du paludisme à tous les niveaux du système de

santé. Cette contrainte est due à de multiples facteurs, comme l’insuffisance de la connaissance du personnel et de la population sur la biologie de base du paludisme, la mauvaise qualité du diagnostic, le manque de consommables de laboratoire, la rupture de stock des médicaments antipaludiques, la prescription inadaptée pour le traitement du paludisme, une faible couverture des moyens de prévention (la présence d’au moins une moustiquaire dans un foyer [57 %], l’utilisation des moustiquaires imprégnées [12 % des ménages], la chimioprophylaxie antipaludique chez les femmes enceintes [43 %]) et la pauvreté des malades (OMS). 1.7 Soutiens du Fonds Mondial en Mauritanie

La Mauritanie a bénéficié des subventions pour la lutte contre le paludisme du Fonds Mondial, via le PNUD, de 2004 à 2010 ($7,2 M accordés, dont $5,0 M décaissés ; suspension, jusqu’à ce jour, du Fonds Mondial en 2010 suite à un détournement de fonds). Les résultats sont peu satisfaisants. Les subventions du Fonds Mondial ont permis de distribuer seulement 180 000 moustiquaires imprégnées à la population (http://portfolio.theglobalfund.org/fr/Country/Index/MRT). Des centaines, voire des milliers d’exemplaires du test de diagnostic rapide fournis par le Fonds Mondial ont été rendus inutilisables, faute de stockage à une température contrôlée (de préférence à moins de 20°C) et d’un manque de volonté pour les utiliser sur le terrain. Les autres bailleurs de fonds (OMS, UNICEF, Banque Mondiale-organisations de micro-finance, Banque Islamique pour le Développement [BID]) n’envisagent aucun versement de fonds en 2011, 2012 et 2013 (PNLP, 2009). A notre connaissance, il n’existe, à l’heure actuelle, aucun projet scientifique mené par d’autres acteurs sur le paludisme en Mauritanie. Malgré la mise en œuvre du programme de lutte contre le paludisme depuis plus d’une décennie (sensibilisation de la population, distribution des moustiquaires, adoption de la bithérapie à base d’artémisinine), la morbidité et la mortalité liées au paludisme restent stables (OMS, 2012). En ce qui concerne la disponibilité de la CTA, il y a eu des périodes de rupture et de pénurie de médicaments, qui a entraîné la vente de ces médicaments aux patients. A l’heure actuelle, le PNLP a renouvelé son stock de médicaments antipaludiques mais il n’y aurait pas d’études sur l’accès à ces médicaments sur le terrain. Une étude pilote et préliminaire, menée par le réseau WWARN et non financée, est en cours.

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1.8 Besoins du pays en matière de lutte contre le paludisme

En réalité, les données épidémiologiques de base, telles que la morbidité, la mortalité, la prévalence du paludisme et la proportion de la population vivant en zone d’endémie qui applique des mesures de prévention et de traitement, sont soit peu fiables, soit inconnues en Mauritanie (OMS-AFRO, 2006 ; PNLP, 2009). Selon Mouchet et al. (2004), « nous n’avons pas de résultats fiables sur la situation du paludisme en Mauritanie depuis les épisodes de sécheresse de 1970, qui persistèrent jusqu’en 1995 et peut-être après. » De même, le Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) de Mauritanie admet dans son dernier rapport que « en effet, le paludisme sévit de façon endémique mais le niveau d’endémicité n’est pas connu ; il n’y a pas eu d’études faites » et « la faiblesse du système national d’information sanitaire est à l’origine d’un problème réel de fiabilité des données, le système de suivi-évaluation a besoin d’être renforcé et un plan de suivi-évaluation pourra tracer le cadre de l’intervention des partenaires dans ce sens. » (PNLP, 2009). La réussite de tout programme de lutte contre une maladie est conditionnée par une connaissance préalable, précise et vérifiable de la situation actuelle de l’épidémiologie de la maladie en question. Dans cette perspective, les besoins spécifiques de la Mauritanie, exposés dans ce projet, sont déterminés, avant tout, par (i) la nécessité de mettre à jour les données épidémiologiques sur le paludisme et par (ii) la mise en œuvre de la recherche appliquée bien en amont des recherches

opérationnelles, qui est à son tour liée au besoin urgent d’une formation des chercheurs mauritaniens en paludologie, au niveau doctoral.

2. Objectif général

Ce projet a pour objectif d’améliorer les stratégies de lutte contre le paludisme en Mauritanie basées sur des données cliniques, parasitologiques et entomologiques à jour et fiables.

3. Objectifs spécifiques

Ce projet vise, dans les trois faciès épidémiologiques du pays, à :

Objectif spécifique 1 : Mesurer la morbidité due au paludisme chez les adultes et enfants, et déterminer la proportion du paludisme à P. falciparum par rapport aux autres espèces de Plasmodium, notamment à P. vivax.

Objectif spécifique 2 : Déterminer la prévalence des parasites résistants aux médicaments antipaludiques par des tests moléculaires.

Objectif spécifique 3 : Estimer le risque de propagation des gènes de résistances aux antipaludiques à travers l’étude de déterminer la distribution spatiale et son évolution dans le temps des populations de P. falciparum et P. vivax.

Objectif spécifique 4 : Identifier les espèces d’Anopheles spp. présentes et impliquées dans la transmission du paludisme.

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Objectif spécifique 5 : Evaluer le niveau de susceptibilité aux insecticides chez les vecteurs majeurs et identifier d’éventuels mécanismes de résistance aux insecticides chez les populations naturelles de vecteurs.

Objectif spécifique 6 : Renforcer les capacités en paludologie d’étudiants et de techniciens de laboratoire mauritaniens.

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II. Bénéficiaires

1. Bénéficiaires directs

Le PNLP et les décideurs du Ministère de la Santé Publique mauritanien bénéficieront de données fiables pour la mise à jour de la stratégie nationale de lutte contre le paludisme.

Entre 1 500 et 2 000 patients fébriles recrutés aux dispensaires et hôpitaux qui bénéficieront d’un examen diagnostic fiable et gratuit chaque année (à partir de 2013).

Les techniciens de laboratoire (environs 10) affectés au laboratoire du centre de santé ou de l’hôpital qui bénéficieront d’une formation continue (techniques de diagnostic, reconnaissance et systématique des anophèles, réalisation des bioessais). Les agents pourront également bénéficier d’une formation de base à la reconnaissance et à la systématique des anophèles ainsi qu’à la réalisation des bioessais pour la détermination du niveau de susceptibilité aux insecticides. Une clé d’identification des espèces majeures d’intérêt médical sera établie et distribuée.

La première formation en diagnostic du paludisme au microscope a été organisée à Nouakchott, du 14 au 19 aout 2013, sous l’égide de l’OMS, et assurée par le chercheur-parasitologue mauritanien, le Dr Mohamed MOUKAH. Au total, 9 personnes ont bénéficié de la formation : 8 techniciens de laboratoire, dont 1 de chaque site sentinelle (Kobéni, Timbédra et Atar ; le technicien rattaché à Teyarett, Nouakchott, a désisté et a été remplacé par 2 autres techniciens non rattachés au secteur public) et 1 étudiante en Master de l’USTM.

Les 3 doctorants mauritaniens qui bénéficieront d’une formation pluridisciplinaire en entomologie, parasitologie, biologie moléculaire, épidémiologie, statistique et informatique.

Le laboratoire de Biotechnologies (UR Génomes et Milieux), de la Faculté des Sciences et Techniques, Université des Sciences, de Technologie et de Médecine, Mauritanie bénéficiera d’un transfert de technologie (à savoir, identification des espèces de Plasmodium et d’Anopheles par PCR, différentiation entre réinfection et recrudescence des parasites par PCR, analyse de la chimiorésistance par marqueurs génétiques à l’aide du séquençage et de la PCR quantitative, détermination de la résistance aux insecticides par les techniques de biochimie et de biologie moléculaire) et d’une formation continue des personnels/doctorants.

2. Bénéficiaires indirects

Les populations exposées au risque de paludisme en Mauritanie.

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III. Méthodologie et résultats attendus

1. Hypothèses de travail

1.1 Prévalence du paludisme

L’étude préliminaire menée par notre partenaire mauritanien a montré que la part du paludisme parmi les enfants fébriles de moins de 14 ans à Nouakchott en 2009–2010 est de 29 % (dont 28 % dus au paludisme à P. vivax et 1 % de P. falciparum) (Mint Lekweiry et al. 2009). L’examen de goutte épaisse par microscopie et le test de diagnostic rapide seront préconisés chez les patients présentant un tableau clinique évoquant un accès palustre, notamment ceux qui sont fébriles. L’introduction systématique de ces deux examens de laboratoire dans les centres de santé (dont les résultats seront confirmés ultérieurement par PCR au laboratoire de recherche) permettrait de :

- diminuer d’au moins 25 % le nombre de cas de paludisme diagnostiqué par des critères cliniques (diagnostic présomptif)

- diminuer d’au moins 25 % le nombre de traitements abusifs à un médicament antipaludique occasionnés par le diagnostic présomptif du paludisme et

- augmenter le taux de guérison des maladies fébriles d’origine non-palustre.

1.2 Transmission du paludisme au Nord

D’après le projet MARA/ARMA (Mapping Malaria Risk in Africa/Atlas du Risque de la Malaria en Afrique) (MARA/ARMA, 2001), qui prédit les zones et le type de transmission du paludisme en fonction des caractéristiques géographiques partiellement confirmées par des enquêtes entomologiques, il n’y a pas de transmission du paludisme au Nord de la Mauritanie, dans les villes situées en zone désertique, comme Nouakchott et Akjoujt. Des études récentes suggèrent cependant le contraire (Cortes et al., 2003 ; Mint Lekweiry et al. 2009). En effet, ces dernières années, les villes dans le désert ont subi une transformation importante, qui comprend l’alimentation de la population urbaine en eau potable (pompée, traitée et transportée via un pipeline depuis le fleuve Sénégal), le développement du maraîchage au sein des zones urbaine et péri-urbaine, la riziculture, l’irrigation et l’assainissement. Ces modifications environnementales favorisent la création, l’entretien et l’extension des gîtes larvaires propices au développement des anophèles. D’autre part, plusieurs études récentes suggèrent que les anophèles du complexe An. gambiae s’adaptent à l’environnement urbain en Afrique (Antonio-Nkondjio et al., 2011 ; Dabire et al., 2012 ; Kamdem et al., 2012), ce qui pourrait également contribuer à un changement de situation entomologique dans les grands centres urbains de Mauritanie. Notre hypothèse de travail est que les cas de paludisme avérés à Nouakchott sont dus à une transmission locale du parasite, et ne sont pas des cas importés du Sud (c’est-à-dire, par le mouvement constant de certaines catégories de la population mauritanienne entre les zones d’endémie du Sud et de l’Est et la zone ‘indemne’ de paludisme au Nord). Les anophèles sont bien présents à Nouakchott. Nous rechercherons Plasmodium spp. dans les glandes salivaires des anophèles femelles.

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1.3 Faune anophélienne actuelle en Mauritanie

La faune décrite dans les enquêtes antérieures, notamment l’abondance d’An. funestus il y a 50 à 60 ans (Sautet et al. 1948 ; Hamon et al., 1964), n’a pas été retrouvée dans les enquêtes plus récentes (Mouchet et al., 2004). En revanche, il y aurait eu une expansion d’An. arabiensis à partir du Sud du pays jusqu’au Nord, suite à l’abondance des pluies sur certaines périodes (Mouchet et al., 2004). A l’heure actuelle, les données disponibles sont antérieures au développement et à l’utilisation de la biologie moléculaire pour l’identification spécifique des espèces d’anophèles à l’intérieur des groupes ou complexes d’espèces jumelles. Une mise à jour de la distribution des différentes espèces et sous espèces (formes moléculaires) d’anophèles est aujourd’hui nécessaire (Fontenille et Simard, 2004). Des enquêtes transversales et un suivi longitudinal s’imposent afin de rendre compte de la distribution et de la dynamique de la faune anophélienne dans le pays, notamment dans un contexte de développement hydrologique et agro-alimentaire du pays. Par ailleurs, le niveau de susceptibilité des anophèles aux insecticides homologués pour une utilisation en Santé Publique est totalement inconnu en Mauritanie et doit être investigué. La présence d’éventuels gènes de résistance aux insecticides, détectables par PCR chez les vecteurs majeurs, doit également être recherchée. Les données disponibles dans les pays voisins suggèrent en effet une forte fréquence des allèles de résistance dans les populations naturelles de vecteurs (Ranson et al., 2011).

2. Méthodologies et sites d’étude

En concertation avec le PNLP, ce projet se déroulera dans cinq villes situées dans trois régions caractérisées par des faciès épidémiologiques distincts (Figure 1, annexe). Le choix de ces sites sentinelles, les avantages et les inconvénients de chaque site ont été longuement discutés et débattus avec le PNLP en décembre 2012 et en juin 2013, et ont été partiellement fondés sur les expériences antérieures du Dr Mohamed Ould Abdallahi Moukah, qui a une longue expérience du travail sur le terrain en Mauritanie. L’atout majeur de quatre sur cinq de ces sites sentinelles est qu’ils seront désormais les sites d’étude de référence pour le PNLP. Il s’agit de : Kobéni, Timbédra, Nouakchott, Atar et Rosso (pour l’instant, ce dernier site n’est pas inclus dans les sites sentinelles de l’OMS). L’OMS est susceptible d’apporter un soutien important pour la mise en œuvre de la surveillance de la chimiorésistance du paludisme dans ces quatre sites sentinelles dans les années à venir.

(1) ville de Kobéni (15°49’1,92’’ Nord, 9°21’55’’ Ouest ; 6 500 habitants en 2000), province de Hodh El-Gharbi, dans la zone sahélienne au Sud-Est du pays vers les frontières mauritano-maliennes. L’élevage transhumant est prédominant. Ces dernières années, la région connaît un changement climatique, notamment des pluies diluviennes accompagnées de violents orages et d’inondations (ex. en 2008). Un hivernage (saison des pluies) précoce, l’abondance du couvert végétal, la reconstitution des pâturages étendus et les zones inondées pourraient attirer les éleveurs de bétail et modifier l’écologie du moustique. La région est également l’une des plus pauvres ; ces dernières années, elle a fait l’objet d’une distribution de plusieurs centaines de tonnes de produits alimentaires et 76 centres de nutrition ont été créés au bénéfice des enfants et des femmes enceintes. Plusieurs études parasitologiques et entomologiques ont été réalisées dans cette zone. (2) Outre Kobéni, situé au Sud-Est du pays, le PNLP propose d’établir un système de surveillance dans la ville de Timbédra, plus à l’est par rapport à Kobéni. La ville de Timbédra (16°14'41" Nord, 08°09'51" Ouest) est une ville et commune urbaine de la région d’El Hodh Echargui, située au

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Sud-Est de la Mauritanie sur la route de l’Espoir à 1 100 km de Nouakchott. La population de Timbédra a été estimée à 11 390 habitants en 2000. Cette ville dispose d’un centre de sante muni d’un laboratoire. La saison hivernale coïncide avec les vacances scolaires qui favorisent l’installation de campements autour de la ville, ce qui augmente de manière considérable la fréquentation du centre de santé.

(3) ville de Rosso (au sud de Nouakchott, située sur la frontière avec le Sénégal ; capitale de la région de Trarza ; 16°30’46’’ Nord et 15°48’18’’ Ouest ; environ 16 000 habitants en 2007), située sur la plaine alluviale du fleuve Sénégal, le seul cours d’eau permanent du pays, dans la zone soudanienne. Rosso est connu pour sa riziculture. Modification (en juin 2013) : Selon les données recueillies par le Dr Mohamed MOUKAH (INRSP) récemment, la prévalence du paludisme à Rosso est de l’ordre < 1% en décembre. Cette observation est confirmée par les données collectées et confirmées de l’autre côté du fleuve Sénégal, où la prévalence du paludisme a chuté à 0,1%. Les mêmes observations ont été constatées les deux côtés du fleuve Sénégal. Cette faible prévalence serait liée à une utilisation effective et massive des moustiquaires impregnées et l’administration systématique des bithérapies à base d’artémisinine pour tous les cas de paludisme confirmé depuis des années. En effet, le Sénégal et la Mauritanie ont mobilisé un effort considérable et ont focalisé leurs programmes de lutte communs dans cette zone, autrefois connue comme fortement endémique du paludisme. Selon le PNLP mauritanien, ces observations à Rosso nécessitent une validation par d’autres études approfondies. (4) ville de Nouakchott (capitale, 18°5’2’’ Nord et 15°58’42’’ Ouest ; au bord de la côte atlantique), située dans la zone saharienne. Un quart de la population mauritanienne, soit environ 813 000 habitants (en 2007), réside à Nouakchott. Il y a 4 hôpitaux (Centre hospitalier de Nouakchott, Hôpital mère et enfant de Nouakchott, Centre hospitalier Cheikh Zayed, Hôpital de l’amitié d’Arafat) et 9 centres de santé. En raison d’une absence de réseau d’assainissement, en saison d’hivernage (juillet-septembre) chaque année, les eaux de pluies stagnent dans la ville, formant des gîtes larvaires. En outre, l’impact du projet Aftout Sahli (officiellement achevé), qui consiste à raccorder Nouakchott à l’eau pompée, traitée (eau potable) et acheminée via un pipeline du fleuve Sénégal partant de Rosso, ainsi que l’impact des pratiques agricoles et du maraîchage au sein de la capitale sur l’écologie du moustique est à étudier. De même, des flux migratoires sont attendus compte tenu de la redistribution aux habitants de Nouakchott de terres cultivables au Sud du pays. (5) Atar, une ville proche d’Akjoujt, fera également l’objet d’une enquête et d’un suivi épidémiologique. Le choix d’Atar est également fondé sur le fait qu’en fin décembre 2012 le PNLP l’a sélectionné comme un des sites sentinelles pour le système de surveillance de la chimiorésistance du paludisme. Atar (20°31'00" Nord, 13°03'00" Ouest) est une ville du centre-ouest de la Mauritanie et la capitale régionale de l’Adrar, situé au bas du plateau de l’Adrar au bord de l’Oued Seguellil à 400 km au nord de la capital Nouakchott. La population d’Atar a été estimée à 24 021 habitants en 2000. Pour cette étude, l’hôpital régional qui dispose d’un laboratoire fonctionnel a été retenu. Cette structure qui constitue un hôpital de référence reçoit beaucoup de malades des divers points de prestations de la région.

Nous proposons donc de focaliser notre attention sur cinq sites sentinelles : (i et ii) une zone d’endémie où sévit P. falciparum, à savoir Kobéni et Timbédra, au Sud-Est de Mauritanie, (iii) la capitale du pays, Nouakchott, au centre/littoral de Mauritanie où la situation du paludisme semble peu contrôlée et à haut risque vu la densité de la population mauritanienne, le mouvement de la population et l’aménagement environnemental qui favorise la création des gîtes larvaires d’anophèle, (iv) Atar au Nord où la situation du paludisme à P. vivax est peu étudiée et peu connue et enfin (v) Rosso au Sud-Ouest du pays, le long du fleuve Sénégal, tout près de la frontière mauritano-sénégalaise.

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3. Considérations éthiques et réglementaires

L’IRD adhère au Comité consultatif de déontologie et d'éthique (CCDE) dont le Président actuel est Ali Benmakhlouf. L’IRD dispose également d’une « Charte du partenariat de la recherche pour le développement » et, depuis avril 2012, l’avis du CCDE sur « l'Éthique du partenariat dans la recherche scientifique à l’IRD ». Nous avons soumis une copie de ce projet au CCDE et avons obtenu leur avis favorable en décembre 2012. L’équipe mauritanienne procédera au prélèvement de sang capillaire seulement après l’obtention du consentement éclairé signé. Dans le consentement sera expliqué et inclus l’autorisation par le patient d’utiliser l’échantillon de sang pour réaliser des tests moléculaires pour déterminer la chimiorésistance du parasite. Le traitement antipaludique sera conforme à la politique actuelle d’utilisation des médicaments antipaludiques, définie par le Ministère de la Santé mauritanien. Un consentement éclairé sera également signé par les volontaires pour la capture sur appât humain et par le chef de la concession pour autoriser l’accès aux habitations pour la capture des anophèles par pulvérisation d’insecticides dans les chambres. Ce projet a été soumis au comité d’éthique institutionnel de l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine (USTM) à Nouakchott.

4. Activités :

Objectif spécifique 1 : Mesurer la morbidité due au paludisme chez les adultes et enfants, et déterminer la proportion du paludisme à P. falciparum par rapport aux autres espèces de Plasmodium, notamment à P. vivax.

Activité 1 : Etudes cliniques et parasitologiques

La mesure de la morbidité due au paludisme chez les adultes et enfants reposera sur trois méthodes, à savoir la microscopie, le test de diagnostic rapide et la PCR (« polymerase chain reaction »). Dans un premier temps, nous déterminerons le « taux de positivité du test (microscopie ou test de diagnostic rapide) du paludisme » chez les patients fébriles et, dans un deuxième temps, la morbidité proportionnelle due au paludisme (c’est-à-dire, la proportion annuelle de patients soignés dans un centre de santé ayant fait un accès palustre confirmé). Cette valeur mesure le poids du paludisme dans le site d’étude. En corollaire à cet objectif spécifique, il sera déterminé la proportion du paludisme à P. falciparum par rapport aux autres espèces de Plasmodium, notamment à P. vivax. Personnes impliquées : Ali Ould Med Salem Ould Boukhary (coordonnateur local), Mohamed Salem Ould Ahmedou Salem, Khadijetou Mint Lekweiry, Jamila Deida, Mohamed Ould Abadallahi Moukah, Mohamed Lamine Khairy et son équipe du PNLP ; l’assistance technique de l’IRD-URMITE (Leonardo Basco) Durée : 8 trimestres (2014–2015) Cette activité consiste à établir un diagnostic fiable du paludisme, en collaboration avec les médecins traitants, dans les sites sentinelles dans différentes strates géographiques de Mauritanie. Les outils de laboratoire seront un microscope et le test de diagnostic rapide pour le paludisme. Le diagnostic de l’espèce de Plasmodium sera vérifié par PCR nichée et analysé par électrophorèse sur agarose en Mauritanie. Les échantillons négatifs par microscopie et/ou par le test de diagnostic

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rapide seront également traités afin d’exclure les faux-négatifs. Cette activité permettra de déterminer la prévalence du paludisme parmi les patients fébriles et de décrire la répartition précise des différentes espèces de Plasmodium dans les différents faciès épidémiologiques. Cette activité sera assurée de manière continue au cours de l’année pour analyser l’évolution de la prévalence en fonction des saisons. Les méthodes qui seront utilisées sont détaillées ci-dessous. Patients : critères d’inclusion L’étude parasitologique sera menée chez tous les adultes et enfants se présentant spontanément à un centre de santé avec une fièvre au moment de la consultation (température axillaire supérieure ou égale à 37,5°C) ou des antécédents de fièvre au cours des 48 dernières heures précédant la consultation médicale constatés par le malade adulte ou par le parent ou le tuteur accompagnant l’enfant malade. Le médecin traitant qui reçoit le patient établit son diagnostic clinique basé sur la fièvre et les symptômes associés. Le médecin propose au patient des examens de laboratoire, à titre gratuit, afin de confirmer ou infirmer le diagnostic présomptif. Après la signature du consentement éclairé et écrit pour participer à l’étude, les patients subiront des examens sanguins (frottis, goutte épaisse, test de diagnostic rapide) dont les résultats guideront le traitement. Trois gouttes de sang capillaire recueillies au bout du doigt seront nécessaires pour l’étude. La première goutte de sang sera collectée directement sur une lame porte-objet pour confectionner un frottis mince et une goutte épaisse. La deuxième goutte de sang sera déposée sur le test de diagnostic rapide. Une goutte de sang sera conservée sur un papier buvard (FTA elute) pour l’analyse génétique des parasites par PCR (confirmation de l’espèce de Plasmodium, notamment en cas de doute après la microscopie et le test de diagnostic rapide ; analyse de marqueurs moléculaires de résistance aux médicaments antipaludiques ; génotypage au niveau de marqueurs microsatellites pour l’étude des populations plasmodiales). Lorsque les examens sanguins sont positifs, la bithérapie artésunate-amodiaquine et un antipyrétique seront prescrits (le traitement antipaludique subventionné par le gouvernement est gratuit en Mauritanie). D’autres médicaments peuvent être prescrits par le médecin traitant, selon les manifestations cliniques (antibiotique, anti-inflammatoire, etc.). Lorsque les examens sanguins sont négatifs, les résultats seront immédiatement communiqués au médecin traitant qui décidera de prescrire d’autres examens de laboratoire complémentaires et/ou des médicaments appropriés. Patients : critères de non inclusion

Les malades qui présentent des signes cliniques de gravité, définis par l’OMS (OMS, 2000) et qui comportent les troubles de la conscience, des vomissements incoercibles, une déshydratation sévère, une anémie profonde, la léthargie ou perte de connaissance, l’incapacité à boire ou à prendre le sein (pour les nourrissons), l’incapacité à se tenir assis ou debout (pour les jeunes enfants), un ictère, une détresse respiratoire, une prostration et des convulsions répétées ou des antécédents récents de convulsions, seront exclus du protocole d’étude. La prise récente d’un antipaludique n’est pas un critère d’exclusion. Les enfants dont le parent ou le tuteur refuse d’accorder son consentement éclairé seront traités par le médecin traitant sur la base du diagnostic présomptif (paludisme ou d’autres maladies fébriles).

Patients : critères d’exclusion

Le retrait du consentement éclairé entraînera l’exclusion d’un patient.

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Patients : recueil des données

Les renseignements individuels et les caractéristiques personnelles (données cliniques, âge, sexe, prise antérieure de médicaments, température corporelle, espèce de Plasmodium, densité parasitaire, résultat du test de diagnostic rapide, traitement prescrit, antécédents de la maladie, historique des voyages en Mauritanie et à l’étranger) seront recueillis sur un questionnaire standardisé. Critères cliniques et parasitologiques de diagnostic

Etant donné la faible intensité ou le caractère saisonnier de transmission du paludisme dans les zones d’étude urbaines, nous supposons que les enfants de moins de 5 ans, les enfants plus âgés et les adultes mauritaniens n’ont pas acquis d’immunité partielle (c’est-à-dire, la prémunition) par rapport au paludisme. Aussi un « paludisme-infection » (c’est-à-dire, la présence des formes asexuées de Plasmodium spp. dans la circulation sanguine) est synonyme du « paludisme-maladie » en Mauritanie. Un cas de paludisme-maladie est donc défini chez tout patient fébrile mauritanien par la présence d’au moins une forme asexuée de Plasmodium sp. à l’examen microscopique. En cas d’examen négatif (goutte épaisse et test de diagnostic rapide), le paludisme est exclu. Le patient sera référé au médecin traitant pour d’autres examens afin de rechercher la source de la fièvre (infections respiratoires, diarrhées, etc.).

Traitement antipaludique

En cas de paludisme confirmé par la microscopie/test de diagnostic rapide ou en cas de paludisme suspecté par l’examen clinique (diagnostic présomptif ; pour les malades qui refusent de donner leur consentement éclairé), l’artésunate-amodiaquine (4 mg/kg de poids corporel/jour d’artésunate et 10 mg/kg de poids corporel/jour d’amodiaquine par voie orale) ou l’artéméther-luméfantrine (6 doses de formulation adulte ou pédiatrique, selon le patient, par voie orale ; le nombre de comprimés par prise sera déterminé selon la recommandation du fabricant, c’est-à-dire, entre 1 et 4 comprimés par prise ; 2 prises par jour pendant 3 jours, la deuxième prise 8 heures après la première dose) sera prescrit, selon la recommandation du Programme National de Lutte contre le Paludisme de Mauritanie. Outre le traitement spécifique, un antipyrétique (paracétamol) sera prescrit pendant 3 jours. Selon la directive du Ministère de la Santé mauritanien en vigueur depuis 2008, les médicaments antipaludiques sont offerts aux patients gratuitement par le gouvernement. Réalisation du frottis, de la goutte épaisse et du test de diagnostic rapide

Un prélèvement sanguin au bout du doigt sera pratiqué chez tous les patients inclus, après la signature du consentement éclairé, afin de réaliser un frottis sanguin (première goutte de sang capillaire), une goutte épaisse (deuxième goutte de sang capillaire) et le test de diagnostic rapide (troisième goutte de sang capillaire). Frottis sanguin

Le frottis sanguin sera étalé sur une lame porte-objet, séché à température ambiante pendant 5 minutes, fixé au méthanol, puis colorée à une solution de Giemsa à 10 % durant 20 minutes. Le frottis sera rincé et séché pendant dix minutes. Le frottis est observé au microscope à un grossissement de 1 000 x à l’huile à immersion. Le nombre de parasites asexués pour 20 000 hématies (1 champ microscopique vers la queue du frottis où les hématies sont bien étalées, sans superposition, contient approximativement 200 hématies) sera déterminé et la densité parasitaire sera exprimée par le pourcentage d’hématies parasitées. Si aucun parasite asexué n’est observé sur 20 000 hématies, la lecture de lame sera prolongée jusqu’au total de 40 000 hématies avant d’être considérée comme négative.

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Goutte épaisse

Une goutte de sang capillaire déposée sur une autre lame porte-objet sera défibrinée et séchée à température ambiante pendant 15 minutes. Une solution de Giemsa à 10 % sera déposée sur la goutte épaisse pendant 20 minutes pour la déshémoglobiniser et colorer en même temps. La goutte épaisse sera rincée et séchée pendant dix minutes. La lame est examinée au microscope à un grossissement de 1 000 x. Le nombre de parasites asexués pour 200 leucocytes sera déterminé et la densité parasitaire sera exprimée en nombre de formes asexuées par µL de sang (c’est-à-dire, le nombre de parasites est ramené à 8 000 leucocytes). Au moins 200 champs microscopiques seront parcourus avant de conclure à une goutte épaisse négative. Le seuil de détection est de 20 parasites asexués/µL de sang. Test de diagnostic rapide

Un test de diagnostic rapide du paludisme sera pratiqué chez les sujets recrutés au moment de la réalisation de la goutte épaisse. Parmi les différentes marques de test de diagnostic rapide, le Fonds Mondial a retenu SD Bioline malaria antigen Pf/Pv test® (Standard Diagnostics, Inc., Kyonggi-do, Corée du Sud) pour l’utilisation en Mauritanie. Ce test rapide est une épreuve immunochromatographique de détection qualitative de l’histidine-rich protéine-2 (HRP-2), spécifique de P. falciparum, et de la lactate déshydrogénase plasmodiale du genre Plasmodium (pLDH) dans le sang total. Cinq microlitres (5 µL) de sang capillaire sont déposés dans le premier puits avec une micropipette jetable fournie dans le kit, suivis par le dépôt de 4 gouttes de diluent. Au bout de 15 minutes, le test de diagnostic rapide sera interprété. La bande de contrôle doit toujours être bien visible pour un test valable. La présence de P. falciparum (seuil 50 parasites asexués/µL de sang) est indiquée par l’apparition de bandes visibles à l’œil nu aux niveaux de ‘Pf’ et pLDH (2 bandes). De même, la présence de P. vivax, P. ovale et/ou P. malariae (c’est-à-dire, Plasmodium humain autre que P. falciparum) est indiquée par l’apparition d’une bande au niveau de pLDH, sans la bande ‘Pf’. Si la bande ‘Pf’ est visible, sans la bande pLDH, il est probable que le test indique la présence de P.

falciparum, mais à une faible densité parasitaire (car le pLDH est moins sensible que le HRP-2 pour détecter Plasmodium spp.). Dans ce cas de figure, le résultat est positif pour P. falciparum et le patient sera traité pour le paludisme. Le résultat du test de diagnostic rapide sera confronté à celui d’une lecture minutieuse de la goutte épaisse.

Un stock important du test de diagnostic rapide SD Bioline malaria antigen Pf/Pv test® est disponible via le Programme National de lutte contre le Paludisme (PNLP) en Mauritanie. Le test est distribué aux centres de santé à travers le pays et son utilisation, gratuite pour les patients, est fortement encouragée dans le cadre des programmes soutenus par le Fonds mondial. Toutefois, en raison d’un approvisionnement irrégulier, les responsables du PNLP nous recommandent de prévoir une éventuelle commande en cas de rupture du stock des tests de diagnostic rapide. Contrôle de qualité du diagnostic

Toutes les gouttes épaisses seront examinées par un des doctorants mauritaniens et par un technicien de laboratoire expérimenté. Si les densités parasitaires des deux lectures s’écartent de moins de 50 %, la densité parasitaire finale du patient sera la moyenne arithmétique. Si les densités parasitaires des deux lectures s’écartent de plus de 50 %, une troisième lecture par un chercheur expérimenté sera réalisée. La densité parasitaire finale, dans ce cas-là, sera la moyenne du résultat de la troisième lecture et celui qui est plus proche de la troisième lecture, si l’écart est de moins de 50 % par rapport à la troisième lecture. Si non, la densité parasitaire de la troisième lecture sera la densité parasitaire finale du patient. La procédure d’assurance-qualité, établie par l’OMS, sera appliquée. En ce qui concerne le test de diagnostic rapide, la qualité de SD Bioline malaria antigen Pf/Pv test® est en principe assurée par le fabricant, en collaboration avec l’OMS (dans la limite des conditions de stockage précisées par le fabricant, notamment la date de péremption et la durée d’exposition à une température supérieure à 25°C). Néanmoins, en raison du climat extrême dans certaines régions du pays, en fonction de la saison, la qualité de chaque lot de test de diagnostic rapide sera évaluée et

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comparée à l’examen microscopique. Cette activité du contrôle de qualité fera partie de la formation des agents de formation sanitaire. Organisation des études cliniques et parasitologiques sur le

terrain

L’étude aura lieu tout au long de l’année pendant deux années (soit 8 trimestres, 2014–2015) dans chacun des cinq sites d’étude de manière à couvrir les différentes saisons de l’année et à pouvoir comparer les données en fonction de la saison sur deux années (en pratique, les activités seront réduites durant le mois de ramadan). Les doctorants mauritaniens, déjà formés en paludologie de base à l’IRD-Dakar (URMITE-UR198) en 2008–2009, seront hébergés et régulièrement présents sur les sites d’étude. Ils ou elles seront secondé(e)s par un infirmier et un technicien de laboratoire, qu’ils/elles auront la charge de former en diagnostic du paludisme selon les normes établies par l’OMS, y compris l’utilisation du test de diagnostic rapide, et en contrôle de qualité du test de diagnostic rapide (voir sous-section 2.2.9). En outre, le PNLP demandera des missions sur le terrain (c’est-à-dire, sur les 5 sites sentinelles) tous les 3 mois pour recueillir les données épidémiologiques. Ces missions sont budgétisées dans notre projet. En cas de difficultés d’organiser des missions régulières par les personnels du PNLP, une stratégie alternative serait de collecter les tests de diagnostic rapide utilisés, les gouttes épaisses et le registre régulièrement (trimestriel) et les centraliser au laboratoire de recherche du Dr Moukah à Nouakchott. Cette dernière option ne sera appliquée qu’avec l’accord du PNLP. Il n’y aura pas d’impact sur le budget ; le budget pour les missions des personnels du PNLP sera utilisé pour que les scientifiques associés au projet (le Dr Moukah et les universitaires) puissent aller sur le terrain à la place du PNLP.

Prévalence du paludisme parmi les patients fébriles

En principe, le meilleur reflet du poids du paludisme dans la population mauritanienne se trouvera dans un milieu sanitaire (dispensaires, hôpitaux), car contrairement au paludisme sévissant en zone tropicale, le paludisme sahélo-saharien est toujours symptomatique, entraînant une fièvre élevée et des symptômes quasi-incompatibles avec la présence en milieu scolaire. En outre, nous aurons la possibilité de rencontrer plus facilement les patients adultes de tous âges dans les centres de santé. Pour ces raisons, nous privilégierons les enquêtes dans les dispensaires et dans les hôpitaux.

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Objectif spécifique 2 : Déterminer la prévalence des parasites résistants aux médicaments

antipaludiques par des tests moléculaires.

Le but de cette activité est de permettre une détection indirecte rapide d’éventuelles modifications des niveaux de résistances. Cette activité de recherche sera complétée par les tests de l’efficacité thérapeutique, financés par l’OMS et mis en œuvre par le PNLP mauritanien (avec la participation du conseiller temporaire de l’OMS, Leonardo Basco, l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine et l’Institut National de Recherche en Santé Publique). Personnes impliquées : Leonardo Basco, Hervé Bogreau, Mohamed Salem Ould Ahmedou Salem, Khadijetou Mint Lekweiry, Jamila Deida, Mohamed Ould Abdallahi Moukah (INRSP) Durée : 4 trimestres (2015–2016)

Activité 2.1. Diagnostic moléculaire de l’espèce de Plasmodium spp. par PCR classique

Le diagnostic moléculaire de l’espèce est une étape préalable avant d’analyser les marqueurs de résistance. Khadijetou MINT LEKWEIRY et Mohamed Salem OULD AHMEDOU SALEM ont été formés, respectivement, en 2010-2011 et 2012, au diagnostic par PCR nichée et à l’analyse par électrophorèse sur gel d’agarose à l’UMR198-URMITE à Marseille. Désormais, comme la technologie a déjà été transférée à l’équipe mauritanienne, cette activité devrait être menée à l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine. Toutefois, en cas de doute ou en cas de nécessité d’une confirmation, ils seront invités à re-faire le diagnostic par PCR en temps réel à Brétigny-sur-Orge (voir activité 2.2). En vue de transférer la technologie en Mauritanie, les protocoles les mieux adaptés sur le terrain ont été sélectionnés. Ils sont notamment basés sur l’utilisation des endonucléases ou des amorces allèle-spécifiques (ou PCR nichée pour établir l’espèce de Plasmodium) qui nécessiteront une simple électrophorèse sur agarose pour visualiser les résultats. Nous avons mis au point ces protocoles : Eldin de Pécoulas et al., 1995a et 1995b., Tahar et al., 1997. Ces techniques ont déjà été transférées à Mlle Khadijetou Mint Lekweiry et à Mr Mouhamed Salem Ould Ahmedou Salem lors de leurs stages à Marseille en 2010–2012.

Activité 2.2. Diagnostic moléculaire par PCR en temps réel et séquençage des marqueurs

génétiques de chimiorésistance

Les doctorants seront également formés en séquençage d’ADN et PCR en temps réel. Les échantillons de sang capillaire collectés et stockés sur papier buvard seront transportés en France pour l’analyse moléculaire et le transfert de technologie (séquençage, PCR en temps réel). C’est dans ce cadre que les échantillons doivent être transportés en France pour la formation. Lorsque l’espèce de Plasmodium de chaque échantillon sera confirmée par PCR, les marqueurs suivants seront analysés par séquençage du produit de PCR ou élongation d’amorce (Nair et al. 2002) pour P. falciparum : pfcrt (P. falciparum chloroquine resistance transporter ; résistance à la chloroquine), pfmdr1 (P. falciparum multidrug resistance gene 1 ; résistance aux amino-4-quinoléines et amino-alcools), pfdhfr (P. falciparum dihydrofolate réductase ; résistance à la pyriméthamine) et pfdhps (P. falciparum dihydropteroate synthase ; résistance à la sulfadoxine). Les protocoles détaillés pour la PCR et l’interprétation des résultats des marqueurs de résistance chez P. falciparum ont été décrits dans nos publications.

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Pour P. vivax, les marqueurs suivants seront étudiés : pvmdr1 (P. vivax multidrug resistance gene 1 ; résistance aux amino-4-quinoléines), pvdhfr (P. vivax dihydrofolate réductase ; résistance à la pyriméthamine) et pvdhps (P. vivax dihydropteroate synthase ; résistance à la sulfadoxine). Les protocoles de PCR pour les marqueurs de résistance chez P. vivax sont décrits dans une de nos publications récentes (Mint Lekweiry et al., 2011). Le nombre de copie des gènes pfmdr1 et pvmdr1 est associé au niveau de résistance aux amino-alcools. Il sera déterminé par PCR en temps réel. L’URMITE-IRBA possède deux séquenceurs et deux thermocycleurs conçus pour réaliser la PCR en temps réel, qui seront mis à disposition aux stagiaires mauritaniens pour le transfert de technologie.

Objectif spécifique 3 : Estimer le risque de propagation des gènes de résistances aux

antipaludiques à travers l’étude de la distribution spatiale et son évolution dans le temps

des populations de P. falciparum et P. vivax

Personnes impliquées : Leonardo Basco, Hervé Bogreau, Mohamed Salem Ould Ahmedou Salem, Khadijetou Mint Lekweiry, Jamila Deida, Mohamed Ould Abdallahi Moukah Durée : 4 trimestres (2015–2016)

Activité 3.1 : Génétique des populations plasmodiales

Sur la base de comparaison inter sites, il sera possible de caractériser les flux de parasites intra- et inter-régions pour estimer le risque de propagation des gènes de résistances aux antipaludiques à partir de données de paludologie. Une connaissance de la distribution et de la circulation des souches plasmodiales au niveau local ou régional permet d’organiser une surveillance et une lutte efficace. A quelle échelle spatiale et à quelle fréquence faut-il surveiller les populations plasmodiales pour prévenir les propagations de souches résistantes ? Est-ce qu’une intervention (antipaludique ou antivectorielle) uniquement locale sur un foyer palustre sera efficace et pérenne ? Peut-on expliquer une épidémie par l’importation de nouvelles souches parasitaires ? Pour appréhender ces problématiques relatives à la distribution et à la circulation des souches plasmodiales, l’épidémiologie moléculaire et la génétique des populations viendront compléter l’approche socio-épidémiologique. Dans cette perspective, le choix des outils moléculaires est capital. Nous utiliserons des marqueurs moléculaires microsatellites développés dans l’unité IRBA/URMITE (Bogreau et al., 2006). Ces marqueurs permettent de limiter les biais liés à des pressions de sélection (médicamenteuse ou immune) comme on peut l’observer sur certains gènes qui rendent impossible toutes analyses des flux de parasites (Genton et al., 2002). Le génotypage des souches plasmodiales sera fait par l’analyse du polymorphisme de taille des microsatellites (Amplification Fragment Length Polymorphism, AFLP) sur séquenceur à capillaires. Le nombre de marqueurs microsatellites investigués (entre 6 et 12) pourra varier en fonction de la diversité génétique observée, inconnue à ce jour en Mauritanie. Sur la base des fréquences alléliques et génotypiques au niveau de ces marqueurs, des analyses statistiques spécifiques permettront d’investiguer plusieurs questions clés, utiles pour l’optimisation de la surveillance et par la suite de la lutte antipaludique.

- Quels sont les échanges de parasites entre les différents foyers palustres investigués ? Nous

comparerons à l’aide de l’index Fst les populations plasmodiales pour en évaluer les

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ressemblances génétiques, synonymes de mélanges entre foyers (Wright, 1951 ; Weir et Cockerham, 1984).

- Quelle est la proportion de paludisme d’importation dans ces foyers palustres ? Quel est le niveau de diversité génétique localement dans ces foyers ? Pour y répondre nous mesurerons l’index de diversité génétique He (Nei, 1973 ; Nei, 1978), le renouvellement des souches et effectuerons des tests d’assignement pour quantifier la proportion d’accès palustres d’importations (Wilson et Rannala, 2003 ; Paetkau et al., 2004).

- Quel est le niveau de structuration des populations au niveau local ? En d’autres termes, y a-t-il des mélanges entre les populations plasmodiales des différents quartiers d’une ville ou provenant de sites rapprochés ? Nous évaluerons le déséquilibre de liaison entre l’ensemble des allèles des différents microsatellites pour tester l’hypothèse de leurs associations aléatoires synonymes d’importants mélanges (Weir, 1979 ; Weir, 1996).

Ces résultats permettront dans un premier temps d’optimiser la surveillance. En effet, si la circulation de parasites est suffisante pour homogénéiser à l’échelle de la région ou du pays les populations plasmodiales, il sera possible de limiter le nombre de sites sentinelles. En évitant ainsi des sites sentinelles redondants, cette réduction de moyens mis en œuvre pour la surveillance est de nature à favoriser sa pérennité. L’interprétation des résultats du volet génétique des populations plasmodiales s’appuiera sur les données recueillies par ailleurs (épidémiologie, entomologie, sociologie).

Objectif spécifique 4 : Identifier les espèces d’Anopheles spp. présentes et impliquées dans

la transmission du paludisme

Personnes impliquées (sur le terrain, en Mauritanie) : Ali Ould Med Salem Ould Boukhary (coordonnateur local), Mohamed Salem Ould Ahmedou Salem, Khadijetou Mint Lekweiry, Aichetou Mint Mohamed Lemine, Mohamed Ould Abdallahi Moukah (INRSP), Mohamed Lamine Khairy et son équipe du PNLP Personnes impliquées (à Montpellier) : Frédéric Simard, Mohamed Salem Ould Ahmedou Salem, Khadijetou Mint Lekweiry, Aichetou Mint Mohamed Lemine, Mohamed Ould Abdallahi Moukah (INRSP) Durée (en Mauritanie) : 8 trimestres (2014–2015) Durée (à Montpellier) : 4 trimestres (2014 et 2016) Etudes entomologiques : collecte des moustiques et identification morphologique (en Mauritanie) et études moléculaires chez les anophèles vecteurs, IRD224-MIVEGIC (Montpellier).

Activité 4.1 : Etudes des moustiques sur le terrain

La collecte des moustiques et l’identification des gîtes larvaires seront effectuées tout au long de l’année (8 trimestres, 2014–2015) dans les cinq sites d’étude. Les moustiques seront collectés au stade adulte (aérien) et aux stades larvaires aquatiques. Cette activité sera menée en même temps que les études cliniques et parasitologiques. En pratique, la collecte de moustiques aura lieu tôt le matin ou durant la nuit (pour la capture sur l’homme) et la partie clinique et parasitologique sera organisée en fin de matinée (à partir de 10h) jusqu’en fin d’après-midi. L’identification des moustiques sur les critères morphologiques sera effectuée par l’équipe mauritanienne. Les

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moustiques morts seront transportés en France, lors d’un stage de formation à Montpellier, pour les études moléculaires. Les moustiques seront récoltés le matin, entre 7h et 9h, par la méthode de pulvérisation d’insecticides (pyréthrine) dans les habitations, en particulier à l’intérieur des chambres à coucher. Avant la pulvérisation, les issues de sortie sont bouchées et un drap blanc est étalé sur le sol, lits et tables de manière à récolter les moustiques tués ou abattus par l’insecticide (effet knock-down) au bout de 10 minutes. Les moustiques ainsi collectés sont identifiés morphologiquement, comptabilisés et conservés à sec dans des tubes individuels contenant un dessiccateur (silicagel). Les ovaires d’un échantillon de femelles collectées à jeun (N=10 par chambre et par date de collecte) seront disséqués, montés entre lame et lamelle et observés au microscope (X100) pour la détermination du taux de parturité de la population anophélienne. Chaque tube est ensuite archivé et classé selon la date, le lieu, la méthode de collecte et l’espèce morphologique identifiée et stocké au congélateur (-20°C) avant analyse moléculaire et biochimique. La deuxième méthode consiste à capturer les moustiques attirés par des hommes adultes volontaires durant la nuit. Quatre volontaires par site seront formés aux techniques de capture nocturne des moustiques. Les captures de moustiques se dérouleront simultanément à l’intérieur et à l’extérieur de l’habitation de 19h à 07h le lendemain. Deux volontaires captureront les moustiques entre 19h et 01h, un à l’intérieur de l’habitation et l’autre à l’extérieur. Ils seront relayés par deux autres volontaires, de 01h à 07h. Les moustiques qui se posent sur les jambes dénudées seront capturés avant la piqûre. Chaque volontaire sera équipé d’une torche, de tubes à hémolyse, de coton et de sacs de collecte indiquant le lieu et la tranche horaire de la capture. Comme ci-dessus, les moustiques seront identifiés morphologiquement suite la capture et seront stockés individuellement dans des tubes référencés conservés à -20°C jusqu’à analyse au laboratoire. Dans la journée, les gîtes larvaires d’Anopheles seront recherchés dans chaque site d’étude. Les gîtes positifs seront caractérisés et géoréférencés grâce à un GPS. Les larves et les nymphes de moustiques seront collectées par la méthode du « dipping ». Elles seront élevées jusqu’au stade adulte sur le terrain. Les moustiques émergents seront identifiés morphologiquement puis utilisés pour les tests de susceptibilité aux insecticides et l’analyse moléculaire qui s’ensuivra (ci-dessous). Les 4 sites d’étude seront visités en année 1 et 2 du projet, au début et à la fin de saison des pluies, de manière à évaluer la stabilité des profils observés.

Activité 4.2 : Identification moléculaire des moustiques au sein des complexes d’espèces

Les anophèles femelles identifiées morphologiquement sur le terrain comme appartenant au complexe An. gambiae sensu lato seront soumises à une identification par PCR pour la détermination de l’espèce et de la forme moléculaire M ou S au sein d’An. gambiae sensu stricto (Scott et al., 1993 ; Fanello et al., 2002 ; Santolamazza et al., 2008). Les spécimens utilisés pour les bioessais seront également identifiés de la même manière afin de déterminer les fréquences relatives des espèces du complexe dans les populations étudiées. L’ADN sera extrait à partir des pattes des moustiques et conservé à -20°C et pourra servir pour des analyses ultérieures.

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Activité 4.3 : Détermination de l’infection par Plasmodium et du Taux d’Inoculation

Entomologique

La preuve qu’une espèce d’Anopheles est impliquée dans la transmission est apportée par la recherche des parasites de Plasmodium dans les glandes salivaires du moustique. Les têtes et thorax des moustiques collectés au stade adulte seront disséqués et la protéine circumsporozoïtique (CSP) sera recherchée par ELISA, selon le protocole décrit par Wirtz et al. (1987). L’identification de l’espèce plasmodiale sera confirmée par PCR chez les moustiques détectés positifs en ELISA (Bass et al., 2008). Le taux d’inoculation entomologique, exprimé en nombre de piqûres infectées par homme par unité de temps, pourra alors être calculé à partir des données de capture sur appât humain.

Objectif spécifique 5 : Evaluer le niveau de susceptibilité aux insecticides chez les vecteurs

majeurs et identifier d’éventuels mécanismes de résistance aux insecticides chez les

populations naturelles de vecteurs

Personnes impliquées : Frédéric Simard, Mohamed Salem Ould Ahmedou Salem, Khadijetou Mint Lekweiry, Aichetou Mint Mohamed Lemine, Mohamed Ould Abdallahi Moukah (INRSP) Durée : 4 trimestres (2014 et 2016)

Activité 5.1 : Détermination et suivi de la résistance aux insecticides (en Mauritanie)

Le dépistage et la caractérisation phénotypique des spectres et niveaux de résistance se fera par des tests biologiques (bio-essais) réalisés selon la méthodologie standard de l’OMS (OMS, 1998). Le principe consiste à déterminer le temps de Knock-Down (TKd50= Temps nécessaire pour que 50% des moustiques testés soient assommés par l’insecticide) et la mortalité des moustiques adultes en contact avec des papiers imprégnés d’un insecticide à une concentration létale pour une population sensible. A l’aide d’un aspirateur, 20 à 25 moustiques femelles âgés de 2 à 4 jours sont introduits dans un tube d’observation, tapissé de papier filtre. Après une 1h d’acclimatation, les moustiques sont transférés dans un tube d’exposition tapissé de papier filtre imprégné d’insecticide à la dose diagnostique fixée par l’OMS. Pendant l’exposition qui dure 1h, les moustiques assommés sont dénombrés à intervalles de 10 minutes. Après la période d’exposition, les moustiques sont à nouveau transférés dans les tubes d’observation pour un séjour de 24h pendant lequel ils sont nourris par une solution de glucose à 10%. Pour chaque test, 4 lots de moustiques sont exposés à l’insecticide et un lot est non exposé (lot témoin). Au terme de cette période d’observation post-exposition, le taux de mortalité dans les tubes témoin et tests sont calculés. Les taux de mortalité dans la population sont interprétés selon les critères proposés par l’OMS (OMS, 1998). Les tests seront réalisés sur les populations de moustiques provenant du terrain et les résultats obtenus seront comparés entre les différents sites pour chaque période de collecte (distribution spatiale), aux différentes dates de prospection pour chaque site (évolution dans le temps), et par rapport à une souche de référence d’An. gambiae qui sera maintenue en élevage localement, de manière temporaire. Nous testerons deux pyréthrinoïdes (la perméthrine et la deltaméthrine, communément employés pour l’imprégnation des moustiquaires), un organochloré (le DDT), un carbamate (le bendiocarb) et un organophosphoré (le fénitrothion) qui représentent les 4 classes d’insecticides homologués par l’OMS pour une utilisation en santé publique.

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Activité 5.2 : Etudes moléculaires des mécanismes de résistance aux insecticides (à

Montpellier)

Les mutations kdr (Knock-down resistance, provoquant une résistance croisée au DDT et aux pyréthrinoïdes) et ace-1

R (responsable de la résistance aux insecticides organophosphorés et carbamates) seront recherchées sur les individus survivant aux tests de sensibilité et sur les individus témoins non exposés aux insecticides. Ces mutations sont bien caractérisées chez An. gambiae (Martinez-Torres et al., 1998 ; Ranson et al., 2000 ; Weill et al., 2004) et plusieurs protocoles de détection basés sur l’utilisation de la PCR sont disponibles (Bass et al., 2007) et utilisés en routine dans le laboratoire de l’UMR MIVEGEC à Montpellier.

Objectif spécifique 6 : Renforcer les capacités en paludologie d’étudiants et de techniciens

de laboratoire mauritaniens

Activité 6.1 : Formation des étudiants mauritaniens – transfert de technologie

Trois étudiants mauritaniens du niveau doctorat/Master sélectionnés par le Professeur Ali BOUKHARY ont été identifiés : une doctorante déjà été formée à l’IRD198/IRBA-URMITE, Marseille, durant 9 mois en parasitologie, biologie moléculaire et entomologie ; un doctorant formé durant 4 mois à l’IRD198/IRBA-URMITE aux techniques de bases de biologie moléculaire appliquées à P.

falciparum ; et une doctorante en 1ère année de thèse en entomologie. C’est par l’intermédiaire de ces trois doctorants qu’aura lieu le transfert de technologie (techniques de biologie moléculaire, comme le séquençage d’ADN et la PCR en temps réel, techniques moléculaires en entomologie appliquées aux anophèles). Outre ces trois doctorants, une étudiante en Master de biologie sera formée en parasitologie (elle a déjà reçu une formation sur le protocole de l’évaluation de l’efficacité thérapeutique (atelier organisé en juin 2013, sous l’égide de l’OMS) et en diagnostic du paludisme par microscopie (atelier de formation en aout 2013, à Nouakchott, sous l’égide de l’OMS).

Activité 6.2 : Formation des étudiants mauritaniens – analyse des données et rédaction des

rapports scientifiques

Une des activités du renforcement des capacités sera l’aide apportée dans l’analyse et l’exploitation des résultats. Les deux derniers trimestres seront consacrés à l’analyse des données épidémiologiques et entomologiques, à l’évaluation finale du projet et à la rédaction des rapports, mémoires de thèse et manuscrits en vue de publication dans des revues scientifiques à comité de lecture. Une version vulgarisée de l’ensemble de nos résultats sera diffusée (exemple, « fiche d’actualité scientifique » et « Sciences au Sud », un journal d’information scientifique, édités par l’IRD et diffusés au monde entier).

Activité 6.3 : Formation des techniciens de laboratoire mauritaniens

Les agents de santé affectés au laboratoire du centre de santé qui participent à nos études recevront une formation à la technique de réalisation du frottis, de la goutte épaisse et du test de diagnostic rapide. La participation de deux agents de santé (1 médecin ou infirmier et 1 technicien de laboratoire) sera sollicitée dans chaque formation sanitaire, soit au total 10 agents, 2 de chacun des 5 sites sentinelles. Cette formation sera assurée par le Dr Moukah, assisté par ses doctorants. Des planches avec photos (éditées par l’OMS) seront distribuées aux agents de santé pour renforcer

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l’enseignement. La formation sera validée par des évaluations périodiques (juste après la formation initiale, ensuite après 1 an et 2 ans), basée sur la concordance des résultats entre les agents de santé formés et les doctorants expérimentés, qui ont reçu la formation en diagnostic du paludisme à l’implantation de l’URMITE-IRD à Dakar en 2008–2010.

5. Coordination du projet

Déplacement des coordinateurs locaux en Mauritanie (USTM) : Les responsables du Ministère de la Santé (PNLP) et de l’INRSP seront amenés à assurer la prise de contact avec les autorités et les populations locales avant le lancement et pendant les enquêtes. La visite des hauts responsables de Nouakchott est indispensable pour sensibiliser les autorités et les populations vivant dans les sites d’études et pour diffuser l’information sur l’importance du paludisme dans ces sites. Deux tournées (une semaine par tournée) des 4 sites sentinelles (hors Nouakchott) sont programmées sur 2 ans.

Mission du coordonnateur local en France : Le coordonnateur local (Professeur Ali BOUKHARY, USTM) sera invité aux laboratoires d’accueil des doctorants mauritaniens en France pour renforcer le processus du transfert de technologie à ses étudiants, étudier les possibilités d’adapter les technologies dans le contexte mauritanien et faire le point à mi-parcours du projet (les avancements, les retards, les points forts et faibles).

Réunions à Nouakchott (USTM) : En raison de multiples partenaires mauritaniens, deux réunions du consortium et des partenaires seront organisées par le Professeur Ali BOUKHARY à Nouakchott pour que le maximum de partenaires et étudiants mauritaniens puissent bénéficier de ces rencontres scientifiques, au démarrage et à la clôture du projet. La première réunion en 2014 présentera les objectifs, les méthodologies et les résultats attendus du projet. Les responsables du PNLP seront invités à présenter l’état actuel de la connaissance, validée ou non, sur l’épidémiologie du paludisme. La deuxième réunion coïncidera à la fin du projet, dont le but sera de valider les résultats des enquêtes aux sites sentinelles, présenter les résultats des doctorants formés en France (parasitologie et entomologie) et discuter les perspectives, en particulier avec les responsables du PNLP.

Missions à Nouakchott : Les trois chercheurs principaux de France se déplaceront à Nouakchott (et d’autres sites sécurisés) pour assister aux réunions (en 2014 et 2016). Durant la première réunion seront présentés ce projet (objectifs, méthodologies) et des séminaires sur chacune des thématiques majeures du projet (parasitologie et chimiorésistance, génétique de la population et son application en épidémiologie du paludisme, entomologie et épidémiologie anophélienne). Durant la deuxième réunion seront présentés les résultats du projet, son impact et son évaluation.

Déplacements entre Paris et Montpellier : Les trois chercheurs principaux de France se réuniront régulièrement à Paris (Brétigny-sur-Orge) ou à Montpellier pour une réunion de concertation. Ces rencontres permettront de mieux gérer le budget, évaluer l'état d'avancement des doctorants accueillis dans nos laboratoires et analyser ensemble les résultats scientifiques.

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6. Résultats scientifiques et opérationnels attendus

Objectif spécifique 1 : Mesurer la morbidité due au paludisme chez les adultes et enfants, et déterminer la proportion du paludisme à P. falciparum par rapport aux autres espèces de Plasmodium, notamment à P. vivax.

Meilleure connaissance de la répartition actuelle du paludisme, notamment l’identification de foyers palustres dans les sites au Nord du pays où la transmission du paludisme à P. vivax est inconnue ou peu documentée ;

Mise à jour des données épidémiologiques du paludisme sur des bases fiables et vérifiables (microscopie, test de diagnostic rapide, PCR) aux 5 sites sentinelles, notamment en déterminant la prévalence du paludisme confirmé parmi les patients fébriles

Objectif spécifique 2 : Déterminer la prévalence des parasites résistants aux médicaments antipaludiques par des tests moléculaires.

Premier aperçu de l’état de chimiorésistance de P. falciparum et de P. vivax dans le pays à l’aide des tests moléculaires, qui sera confronté aux résultats du test de l’efficacité thérapeutique (projet de l’OMS). L’ensemble des données sur la chimiorésistance sera nécessaire pour guider l’actuelle politique national d’utilisation des médicaments antipaludiques.

Objectif spécifique 3 : Estimer le risque de propagation des gènes de résistances aux antipaludiques à travers l’étude de déterminer la distribution spatiale et son évolution dans le temps des populations de P. falciparum et P. vivax.

Estimation de la diversité génétique de P. falciparum et P. vivax en Mauritanie ; cette étude pourrait démontrer l’homogénéité, ou l’hétérogénéité, des souches de P. falciparum et de P. vivax circulant en Mauritanie.

Caractérisation du fonctionnement de ces foyers palustres pour déterminer si ces foyers fonctionnent en « autarcie » avec uniquement une transmission palustre locale, ou s’ils sont régulièrement soumis à l’importation de nouveaux parasites originaires des régions avec un niveau d’endémicité plus importante.

Un niveau élevé de l’homogénéité impliquerait une propagation locale d’un nombre limité de souches de parasites, qui, à son tour, impliquerait une facilité relative de lutter contre le paludisme, soit immédiatement à l’aide des médicaments, soit dans l’avenir à court ou à moyen terme à l’aide d’un vaccin antipalustre (non disponible actuellement). En revanche, un niveau élevé de l’hétérogénéité, comme on observe souvent dans une zone de forte transmission, impliquerait un brassage génétique important entre les parasites qui contribue à leur diversité, et donc, peut-être un niveau de chimiorésistances plus important et un obstacle pour les vaccins antipalustres. En outre, un niveau important de l’hétérogénéité pourrait être du à l’importation des souches de parasites, soit d’une autre zone d’endémie à l’intérieur du pays, soit d’un pays voisin. Cette information aiderait à lutter plus efficacement contre le flux des parasites et focaliser les mesures de lutte contre le paludisme.

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Objectif spécifique 4 : Identifier les espèces d’Anopheles spp. présentes et impliquées dans

la transmission du paludisme

Répartition actuelle des différentes espèces d’Anopheles et détermination de l’importance épidémiologique de chacune des espèces d’Anopheles identifiées pour la transmission des Plasmodium spp. dans les cinq sites d’étude ;

Objectif spécifique 5 : Evaluer le niveau de susceptibilité aux insecticides chez les vecteurs

majeurs et identifier d’éventuels mécanismes de résistance aux insecticides chez les

populations naturelles de vecteurs

Prévalence de la résistance aux insecticides chez les anophèles en Mauritanie et mécanismes éventuellement impliqués. Ces données pourront aider à mieux planifier la lutte anti-vectorielle dans le pays.

Objectif spécifique 6 : Renforcer les capacités en paludologie d’étudiants et de techniciens

de laboratoire mauritaniens

Soutenance de trois thèses de science par les doctorants mauritaniens.

Formation, recyclage, remise à niveau des techniciens de laboratoire dans les 5 sites sentinelles.

Publication des résultats (et l’aide à la publication en anglais) dans une revue internationale à comité de lecture.

7. Originalité du projet

La plupart des procédures décrites ci-dessus sont des méthodes standard dans les domaines de la parasitologie et de l’entomologie. L’originalité de ce projet se trouve dans leur application sur le terrain où aucune enquête clinique, parasitologique et entomologique n’a été menée par les mauritaniens eux-mêmes. Les dernières enquêtes parasitologiques, menées par une équipe allemande, datent de 1998 dans les villes d’Aioun et Kobeni, province de Hodh El-Gharbi (résultats publiés en 2001–2002). En outre, l’introduction et l’utilisation systématique du test de diagnostic rapide, dont le résultat sera appuyé par la lecture microscopique de goutte épaisse, seront novatrices pour la prise en charge du paludisme dans le pays. Quant aux enquêtes entomologiques, la dernière enquête a été réalisée sur 21 sites dans 5 provinces (Trarza, Brakna, Assaba, Tagant et Hodh El-Garbi) en 2003 (résultats publiés en 2009 ; Dia et al., 2009). Nos données permettront d’étoffer et compléter ces résultats en apportant des données nouvelles sur des sites pas ou peu prospectés. Par ailleurs, aucune donnée n’est actuellement disponible sur la résistance des vecteurs aux insecticides dans le pays.

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IV. Partenariats

1. Membres du consortium (IRD-URMITE, IRD-MIVEGEC, USTM)

ACTIVITES Responsabilités

Objectif spécifique 1 : Morbidité due au paludisme et proportion P. falciparum:P. vivax

Activité 1 : Etudes cliniques et parasitologiques USTM*

Objectif spécifique 2 : Prévalence des parasites résistants, tests moléculaires

Activité 2.1 : Diagnostic moléculaire de l’espèce par PCR classique USTM

Activité 2.2 : Diagnostic moléculaire par PCR en temps réel et séquençage des marqueurs génétiques de chimiorésistance

IRD-URMITE

Objectif spécifique 3 : Risque de propagation des gènes de résistance

Activité 3.1 : Génétique des populations plasmodiales IRD-URMITE

Objectif spécifique 4 : Identification des espèces d’Anopheles

Activité 4.1 : Etudes des moustiques sur le terrain USTM

Activité 4.2 : Identification moléculaire des moustiques IRD-MIVEGEC

Activité 4.3 : Détermination de l’infection par Plasmodium et du taux d’inoculation entomologique IRD-MIVEGEC

Objectif spécifique 5 : Susceptibilité aux insecticides

Activité 5.1 : Détermination et suivi de la résistance aux insecticides USTM

Activité 5.2 : Etudes moléculaires des mécanismes de résistance aux insecticides IRD-MIVEGEC

Objectif spécifique 6 : Renforcement des capacités locales

Activité 6.1 : Formation des étudiants mauritaniens – transfert de technologie

IRD-URMITE (parasitologie)

IRD-MIVEGEC (entomologie)

Activité 6.2 : Formation des étudiants mauritaniens – analyse des données et rédaction des rapports scientifiques

IRD-URMITE (parasitologie)

IRD-MIVEGEC (entomologie)

Activité 6.3 : Formation des techniciens de laboratoire mauritaniens USTM

*en collaboration avec le PNLP et avec l’assistance technique de l’IRD-URMITE

2. Partenaires et leurs rôles :

IRBA

L’IRBA est un institut de recherche militaire qui fait partie de l’URMITE. Le Dr Hervé BOGREAU est un chercheur statutaire de l’IRBA qui va encadrer la formation (transfert de technologie) des stagiaires mauritaniens en parasitologie, notamment pour la mise en œuvre des techniques du séquençage d’ADN et la PCR en temps réel.

INRSP

Le Dr MOUKAH est chercheur-parasitologue de l’INRSP. Il appartient à l’UR « Génomes et milieux » dirigée par le Professeur Ali Ould Mohamed Salem OULD BOUKHARY. Par sa formation et son expérience, le Dr MOUKAH est le plus apte en Mauritanie à former les étudiants et les techniciens de

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laboratoire en diagnostic microscopique du paludisme. Il a également des expériences des recherches appliquées sur le terrain, un atout qui lui permettrait de former et encadrer les personnels des centres de santé pour le recueil de données épidémiologiques et pour l’assurance-qualité de la lecture des lames (gouttes épaisses et frottis) au microscope.

Faculté de Médecine, USTM

S’agissant des études cliniques (activité 1), ce projet doit être encadré, au moins en partie, par des médecins. Outre les médecins (généralistes) affectés aux sites sentinelles, nous ferons appel à deux médecins spécialistes parmi nos collaborateurs mauritaniens : le Dr WEDDIH (USTM) et le Dr KHAIRY (PNLP).

Le Dr WEDDIH, pédiatre, sera notre médecin référent pour la bonne conduite des études cliniques, notamment en ce qui concerne le traitement des enfants et en cas d’effets indésirables graves survenant chez les enfants. La majorité des patients qui feront l’objet de nos études seront traitées à l’artésunate-amodiaquine, le médicament de première ligne en Mauritanie. La chloroquine sera administrée dans le cadre du projet OMS pour traiter le paludisme à P. vivax à Nouakchott et à Atar. Les effets indésirables couramment rencontrés chez les patients traités à l’artésunate-amodiaquine ou à la chloroquine sont connus : prurit, asthénie, céphalées, nausées, troubles gastro-intestinaux, troubles transitoires de la vision.

PNLP

Le PNLP a un lien direct avec les médecins-chefs de chaque district sanitaire du pays, via le Ministère de la Santé mauritanien. Le PNLP sera chargé de la prise de contact avec les autorités locales, la sensibilisation de la population locale, la clairance administrative pour mener les enquêtes décrites dans ce projet et coordonnera les études cliniques (tests de l’efficacité thérapeutique des médicaments antipaludiques de première et deuxième lignes) et parasitologiques (épidémiologie du paludisme) dans les sites sentinelles. Le coordonnateur du projet de l’OMS est le Dr Saidou NIANG. Le coordonnateur du PNLP est le Dr Mohamed Lemine KHAIRY.

Le Dr KHAIRY, infectiologue et coordonnateur du PNLP, sera notre médecin référent en cas d’effets indésirables graves survenant chez les patients adultes.

Le PNLP assurera la bonne tenue du registre dans les centres de santé et sera responsable de la transmission régulière des données épidémiologiques des cinq sites sentinelles à leur bureau à Nouakchott. Les cadres du PNLP seront amené à faire une tournée des sites sentinelles (jusqu’à 4 fois par an ; cependant, en l’absence de transmission du paludisme durant environ 8 à 10 mois de l’année, la fréquence des visites sur le terrain pourrait être réduite à 1 ou 2 fois par an), afin de suivre le bon déroulement des enquêtes. Les données recueillies serviront à établir les courbes de l’incidence du paludisme en fonction du lieu et des données météorologiques. Enfin, le PNLP fournira ces données sous forme d’un rapport annuel au Ministère de la Santé mauritanien.

Dans le cadre du projet financé par l’OMS, au moins 2 cadres du PNLP seront formés pour la réalisation de l’évaluation de l’efficacité thérapeutique. Ils participeront activement aux études sur le terrain afin d’assurer la pérennité du système de surveillance épidémiologique du paludisme dans les sites sentinelles.

Enfin, le PNLP mettra à notre disposition les moustiquaires imprégnées, le test de diagnostic rapide et le médicament artésunate-amodiaquine. Commandés par le Ministère de la Santé, ces matériels seront distribués aux patients impaludés, à titre gratuit, comme inscrit dans le plan national de lutte contre le paludisme.

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OMS

A la demande du PNLP, Ministère de la Santé mauritanien, l’OMS apporte une assistance technique (conseiller temporaire, L. Basco) et logistique pour la réalisation du système de surveillance de la chimiorésistance du paludisme en Mauritanie. Concrètement, en 2013, l’OMS finance 4 études de l’efficacité thérapeutique aux mêmes sites sentinelles que ceux du projet Initiative 5PC (moins le site de Rosso, qui ne fait pas partie des sites d’étude en 2013), à savoir, Kobéni, Timbédra, Nouakchott et Atar. La réalisation de ces études nécessite, d’abord, une formation des techniciens de laboratoire en microscopie. Sur le terrain, un dépistage préalable des patients impaludés doit être effectué parmi les patients se présentant aux centres de santé avec de la fièvre. Les données du dépistage dans chaque site sentinelle, couplées à l’analyse des registres de malades, servent de base de données épidémiologiques fiables et vérifiables ultérieurement (par PCR), car le diagnostic est obligatoirement établi par microscopie dans le protocole de l’OMS, et accessoirement à l’aide du test de diagnostic rapide (dans le cas des études en cours, le test de diagnostic rapide est pratiqué systématiquement). En 2013, nous utiliserons ces données pour établir la prévalence du paludisme parmi les patients fébriles. L’accord verbal de l’OMS pour l’utilisation de ces données a été obtenu.

Pourcentage du budget géré par chaque membre du consortium :

Institutions

membres

% de budget

géré

IRD-URMITE 30,9 %

IRD-MIVEGEC 31,0 %

USTM 38,2 %

40

V. Ressources humaines

Nom Rôle dans le projet Poste et

organisation

actuelle

Expérience

professionnelle

BASCO Leonardo Investigateur principal (IP) ;

Coordonnateur/parasitologie

Directeur de recherche, HDR, IRD198-URMITE, Marseille-Brétigny-sur-Orge

IP de projets financés par l’OMS, l’Union Européenne, Ministère de la Recherche français (projet PAL+), ANR ; 25 ans de recherches sur le paludisme, dont 13 au Cameroun ; 158 publications (PubMed)

BOGREAU Hervé Encadreur/Coordonnateur plateforme technique – transfert de technologie

Chercheur, IRBA-URMITE, Marseille-Brétigny-sur-Orge

8 années de recherches en épidémiologie moléculaire et génétique des populations plasmodiales ; formation d’une vingtaine de techniciens de recherche, étudiants (en M1/M2 ou en IUT) et doctorants ; 21 publications (PubMed)

SIMARD Frédéric Coordonnateur/entomologie Directeur de recherche, HDR, IRD224-MIVEGEC, Montpellier, France

IP et co-IP de plusieurs projets financés (ANR, EU, NIH) ; directeur adjoint Labex CemeB à Montpellier ; membre de plusieurs comités et instances consultatives (OMS, Commissions Scientifiques IRD) ; 14 années d’expatriation en Afrique; 112 publications (PubMed)

OULD MOHAMED SALEM OULD BOUKHARY Ali

Coordonnateur/activités de laboratoire en Mauritanie (biologie moléculaire)

Professeur d’Université en biochimie et biologie moléculaire (USTM)

Enseignement de génétique, biochimie, biologie cellulaire, biotechnologie depuis 1998 (Faculté des Sciences, Faculté de Médecine, Université de Nouakchott) ; vingtaine de publications en génétique et biologie

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moléculaire

MINT LEKWEIRY Khadijetou

Etudes cliniques, parasitologiques et entomologiques

Doctorante (USTM) Enquêtes parasitologiques et entomologiques à Nouakchott (2008-2010)

Lauréate de la Fondation Oréal, 2008

Stages de formation à l’IRD198, Dakar ou Marseille (2008-2011)

OULD AHMEDOU SALEM Mohamed Salem

Etudes cliniques, parasitologiques et entomologiques

Doctorant (USTM) Enquêtes parasitologiques et entomologiques au Sud de Mauritanie

Stages de formation à l’IRD198, Marseille (3 mois, 2012)

MINT MOHAMED LEMINE Aichetou

Etudes entomologiques Doctorante (USTM) Enquêtes entomologiques à Nouakchott

MINT DEIDA Jamila

Etudes cliniques et parasitologies

Master 2 (USTM) Enquêtes sur l’efficacité thérapeutique des antipaludiques (2013)

MOUKAH Mohamed Ould Abdallahi

Etude parasitologique (contrôle de qualité des lames, supervision des activités de laboratoire aux sites sentinelles, formation des techniciens)

chercheur en parasitologie (INRSP)

Responsable du laboratoire de parasitologie, INRSP, une vingtaine de publication et rapport d’enquêtes sur le paludisme et les schistosomiases

OULD WEDDIH Abdallahi

Etude clinique (symptômes associés au paludisme) chez les enfants ; médecin référent en cas d’effets indésirables graves chez les enfants

Professeur Agrégé en Sciences médicales (Pédiatrie), Faculté de médecine, USTM

chef de service de pédiatrie ; plusieurs publications sur les maladies touchant les enfants

OULD KHAIRY Mohamed Lemine

Coordination des enquêtes sur le terrain (contact avec les autorités et les populations locales), clairance administrative du Ministère, contrôle de qualité des registres des centres de santé, transmission des données épidémiologiques vers

coordinateur du PNLP, Ministère de la Santé

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Nouakchott, analyse des données épidémiologiques, rapports au Ministère de la Santé, communication et diffusion des résultats aux médias locaux ; médecin référent en cas d’effets indésirables graves chez les adultes

VERGE-DEPRE Pédro

Gestion du crédit global ; répartition et virement du crédit aux partenaires ; rapports financiers de l’IRD-URMITE

Administrateur-gestionnaire IRD

Contact : pedro.verge-depre@ird.fr

Tél : 04 91 32 49 83

RAVAT Audrey Gestion du crédit du groupe MIVEGEC, rapports financiers de l’UR MIVEGEC

Assistante gestionnaire d’unité de recherche MIVEGEC, Centre IRD France-Sud, IRD Montpellier, 911 avenue Agropolis, BP 64501, 34394 Montpellier cedex 5

Contact : audrey.ravat@ird.fr

AMADOU Dem Mamadou

Gestion du crédit des équipes mauritaniennes associées au projet, rapports financers de l’USTM et les autres équipes mauritaniennes.

USTM, Nouakchott Contact : mmdem@hotmail.fr

VI. Pérennisation et durabilité

A la fin du projet, l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine aura 3 diplômés du niveau doctoral spécialisés en paludisme. Ces trois mauritaniens sont candidats aux postes d’enseignant-chercheur à l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine. La création du Master 2 de Biologie Moléculaire à l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine, dont le Professeur Ali Ould Mohemed Salem Ould Boukhary est le principal responsable, devrait être à la fois une source d’étudiants qui travailleront sur le paludisme et un moteur pour former d’autres jeunes chercheurs mauritaniens sur différents aspects du paludisme. Les travaux sur le terrain seront également une source d’inspiration pour les médecins mauritaniens, qui favoriseraient le changement d’approches diagnostiques et thérapeutiques.

A ce jour, il n’y a qu’un chercheur mauritanien actif en paludologie (le Dr Mohamed Moukah). Afin d’apporter une garantie de la pérennité du projet, il convient de former des jeunes médecins et scientifiques et de créer une équipe de médecins-chercheurs dans un institut de recherche national ou au sein de l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine.

Un certain nombre de médecins militaires mauritaniens ont reçu une formation sur la lutte antipaludique à l’IRBA-Marseille ces dernières années, conformément à l’accord franco-mauritanien.

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Pour l’instant, il n’existe que peu d’interaction entre ces acteurs potentiels en Mauritanie : universitaires-scientifiques, médecins militaires, médecins civils et autorités sanitaires.

Le PNLP mauritanien sera fortement impliqué dans les recherches de base et recherches opérationnelles menées dans le cadre de ce projet, ainsi que dans le cadre du projet de l’OMS sur l’évaluation de l’efficacité thérapeutique. Une discussion avec le PNLP mauritanien est à l’origine de plusieurs modifications apportées à ce projet en juin et en septembre 2013, notamment le choix des sites sentinelles, leur participation aux enquêtes sur le terrain et le budget. Les enquêtes épidémiologiques (parasitologie) reposeront sur les personnels du PNLP, qui ont des liens directs, via le Ministère de la Santé, avec les médecins-chefs de chaque district sanitaire, et sur le Docteur Mohamed Moukah (INRSP) qui a formé la grande majorité des techniciens de laboratoire mauritaniens en diagnostic microscopique du paludisme depuis environ 20 ans. Toutes ces activités de recherche devraient renforcer les capacités du PNLP à établir et à maintenir un système de surveillance épidémiologique du paludisme, d’abord, aux 5 sites sentinelles sélectionnés à travers le pays dans le cadre du présent projet (2014 – 2016) et, plus tard, à d’autres sites sentinelles.

VII. Suivi et évaluation

1. Système de suivi des activités

La principale source d’information sera les observations directes dans les centres de santé et dans les hôpitaux qui servent de sites sentinelles dans trois faciès épidémiologiques du pays. La performance de ce projet sera surveillée et suivie par la tenue de registres, un rapport mensuel par site d’étude et un rapport annuel par site d’étude. Le registre de l’enquête clinique et parasitologique sera constitué des fiches individuelles de patients, codées et anonymes, contenant des renseignements de base (âge, sexe, résidence, notion de voyage récent), les résultats de l’examen clinique (symptômes, température corporelle) et l’examen de laboratoire (frottis mince/goutte épaisse, espèce de Plasmodium, densité parasitaire, test de diagnostic rapide), les renseignements supplémentaires relatifs à la lutte contre le paludisme (la possession et l’utilisation régulière d’une moustiquaire, imprégnée ou non ; note : cette information sera confirmée lors des captures de moustiques à domicile) et le consentement éclairé. Les informations individuelles seront saisies sur un tableur Excel. Une synthèse de ces données sera présentée sous forme d’un tableau, à la fin de chaque mois passé sur un des sites d’étude. Les rapports mensuels seront la base d’un rapport annuel par site d’étude. La tenue de registres et la saisie de données seront la responsabilité des doctorants désignés à chaque site d’étude. L’exactitude de ces registres et celle des rapports réguliers seront validées par le coordonnateur du PNLP.

2. Méthodologie d’évaluation

Les données seront comparées à celles inscrites sur les registres des centres de santé, qui font partie du système d’information sanitaire officiel, pour collecter les données de base (nombre de consultations, motifs principaux de consultation). Confrontées aux données collectées par notre partenaire mauritanien et constituées à partir des fiches individuelles remplies par les doctorants, le système d’information sanitaire « officiel » doit pouvoir révéler l’écart entre les données confirmées et validées et les données officielles. L’impact de la partie clinique et parasitologique de ce projet sera indiqué par l’écart de morbidité due au paludisme entre les registres du système d’information sanitaire (paludisme suspecté) et nos données (paludisme confirmé). Afin d’affiner cette évaluation, la prévalence du paludisme chez les patients fébriles sera analysée selon différentes tranches d’âge.

Les résultats du projet seront largement affectés par des interventions concomitantes dans et aux alentours des sites d’étude concernés, donc par le taux de couverture des interventions spécifiquement dirigées contre la transmission du paludisme (ex. la disponibilité des médicaments

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antipaludiques à titre gratuit aux centres de santé, l’utilisation des moustiquaires imprégnées). Bien que nous n’ayons pas les ressources humaines pour conduire une enquête à l’échelle communautaire ou urbaine, les données recueillies des patients fébriles se présentant aux centres de santé permettront de décrire la tendance dans la couverture des interventions et d’ajuster l’impact de nos interventions aux centres de santé.

Le système de suivi que nous proposons de mettre en œuvre permettra de déterminer les indicateurs ci-dessous. La base initiale sera déterminée à l’aide des registres des patients fébriles avec un test de diagnostic rapide positif. Au centre de santé de Teyarett à Nouakchott, par exemple, le test de diagnostic rapide est systématiquement pratiqué chez tous les malades dont la fièvre est suspectée d’être d’origine palustre. Ces données sont disponibles au centre de santé de Teyarett depuis 2 ans. Il est à noter que l’objectif du présent projet est limité à déterminer la morbidité, à l’exclusion de la mortalité, cette dernière étant plus contraignante à étudier et à suivre dans les hôpitaux.

- Indicateurs de l’impact (définis comme la diminution de la morbidité et/ou de la mortalité associées au paludisme) :

• la morbidité associée au paludisme (toutes espèces confondues) ; cet indicateur sera mesuré à partir du nombre de cas confirmé de paludisme par tranche d’âge, en particulier parmi les enfants âgés de moins de 5 ans, par an

• la morbidité associée au paludisme à P. falciparum ; le nombre de cas confirmé de paludisme à P. falciparum par tranche d’âge, en particulier parmi les enfants âgés de moins de 5 ans, par an

• la morbidité associée au paludisme à P. vivax ; le nombre de cas confirmé de paludisme à P. vivax par tranche d’âge, en particulier parmi les enfants âgés de moins de 5 ans, par an

• la morbidité proportionnelle associée au paludisme, les cas de paludisme diagnostiqués et confirmés dans une population cible aux centres de santé parmi tous les patients de la même population cible aux mêmes centres de santé par an

- Indicateurs des résultats (définis comme des mesures d’une amélioration des services ou du comportement grâce aux programmes de lutte contre le paludisme) :

• Diagnostic correct du paludisme : le pourcentage des patients fébriles (enfants âgés de moins de 5 ans, c’est-à-dire, la population cible définie par l’OMS, qui sert de base de comparaison de l’avancement de la lutte contre le paludisme à la fois à l’intérieur du pays dans le temps et par rapport aux autres pays d’endémie) atteints de paludisme non compliqué à P. falciparum (ou à P. vivax), correctement diagnostiqués (par microscopie et/ou par le test de diagnostic rapide), parmi tous les patients fébriles de la population cible [qui constitue la totalité de patients de la population cible atteints de paludisme, selon les critères cliniques, soit le diagnostic présomptif du paludisme]

• Prise en charge adéquate : le pourcentage des patients (enfants âgés de moins de 5 ans, la population cible définie par l’OMS) atteints de paludisme confirmé non compliqué à P.

falciparum (ou à P. vivax), qui reçoivent un traitement adéquat (c’est-à-dire, l’artésunate-amodiaquine ou l’artéméther-luméfantrine), selon la politique nationale d’utilisation des médicaments antipaludiques en vigueur [à noter que la Mauritanie n’a pas, à ce jour, défini une politique spécifique pour le traitement du paludisme à P. vivax ; donc, tous les cas de paludisme seront traités selon la même politique, indépendamment de l’espèce de Plasmodium]

• Consultation précoce des enfants fébriles : le nombre de mères (ou à défaut, un tuteur accompagnant l’enfant malade) d’enfants fébriles de moins de 5 ans qui se présentent aux

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centres de santé et déclarent que la fièvre a débuté dans les 24 heures avant la consultation médicale sur le nombre total de mères des enfants fébriles consultant aux centres de santé

• Disponibilité des médicaments antipaludiques : l’état de stock des médicaments antipaludiques (type de médicaments disponibles dans la pharmacie du centre de santé) et si les médicaments sont conformes à la politique nationale actuelle ; le nombre de doses complètes d’artésunate-amodiaquine et/ou d’artéméther-luméfantrine stockées dans la pharmacie du centre de santé au début de chaque mois versus le nombre de cas fébriles (paludisme présomptif) par mois

• Utilisation des moustiquaires imprégnées parmi les enfants fébriles : le nombre d’enfants fébriles, âgés de moins de 5 ans, qui a dormi sous une moustiquaire imprégnée d’insecticide la veille parmi tous les enfants fébriles de la même tranche d’âge consultant les centres de santé

Evaluation de l’impact du projet sur le renforcement de la capacité locale

La soutenance de trois thèses des candidats mauritaniens (dont deux jeunes femmes) est prévue durant la période de ce projet.

Un ou deux étudiants en Master pourraient s’inscrire en thèse portant sur le paludisme durant cette période. En effet, l’Université des Sciences, de Technologie et de Médecine offrira une nouvelle option aux étudiants, un Master 2 en Biologie Moléculaire, à partir de la rentrée universitaire en 2013. Certains étudiants mauritaniens inscrits en Master 2 auront la possibilité de faire leur stage obligatoire sur le paludisme. Dans ce contexte, l’agrandissement de l’équipe mauritanienne travaillant sur le paludisme est tout à fait envisageable dans les années à venir.

En 2013, 9 techniciens de laboratoire et 1 étudiante mauritanienne de l’USTM ont été formés en diagnostic du paludisme par microscopie sous la direction de nos partenaires, le Dr MOUKAH (chercheur associé au projet Initiative 5PC) et Mr Mohamed Salem OULD SIDINA (doctorant de l’USTM). Grâce à cet atelier de formation, organisé et financé par l’OMS, nous avons actuellement (en octobre 2013) sur le terrain des microscopistes nécessaires pour la mise en œuvre de la collecte des données épidémiologiques fiables sur le paludisme. Les 10 techniciens et étudiante ont reçu un pré-test et une évaluation post-formation, selon la modalité de l’évaluation de la compétence technique de l’OMS. Le même type d’atelier de formation en diagnostic microscopique du paludisme sera organisé en 2014 et 2015 pour assurer le recyclage des techniciens (déjà formés en 2013) et pour former d’autres techniciens de laboratoire, notamment ceux de Rosso qui n’ont pas été inclus dans l’atelier de formation organisé en 2013.

46

Annexe 1. Références bibliographiques

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Annexe 3 : Carte géographique de Mauritanie (source : Googlemap).