Antibiogramme Vitek2 sur flacons d’hémocultures

Rêve ou réalité?

Dr Christian Cattoen – CH Valenciennes

Symposium Biomérieux – 16 décembre 2019

39ème RICAI - Paris

Rationnel (Clinique)

• Impact clinique: – Bactériémie: infection sévère

– Un gain de 24h pour le rendu du résultat est déterminant

– Littérature:• Mortalité multipliée par 2 en cas de retard de mise en

place d’une antibiothérapie appropriée.

• (Kunar et all Crit Care Med 2006, 34:1589-1596)

• ICU: mortalité 2,5 fois plus élevée (Yagama 2018)

• Coût-efficacité du diagnostic rapide des bactériémies (Edmiston et al, AJIC 2018 – Pliakos et al, Clin MicrobiolRev 2018)

Rationnel (microbiologique)

• Recommandations CA-SFM/EUCAST:– Antibiogramme en diffusion réalisé à partir de colonies

isolées – Ajustement de l’inoculum

• En pratique:– Pour les hémocultures: résultat à J+2 (à partir de colonies)

– De nombreux laboratoires ont adapté leurs pratiques pour un rendu à J+1

• Exigences COFRAC:– Cette pratique était « hors recommandations »: imposait

une « validation de méthode » en portée B, les recommandations du CA-SFM 2018 (Annexe 7) ont levé cette difficulté.

• Quid du milieu liquide et des techniques automatisées?

I Approches concernant la technique de diffusion en gélose

Approches envisagées pour un « antibiogramme rapide »

• 1- Antibiogramme effectué à partir d’un inoculum obtenu après centrifugation du bouillon et lavage / calibration.

• 2- Antibiogramme effectué à partir de cultures précoces obtenues en 5h.

• 3- Antibiogramme effectué directement à partir du bouillon d’hémoculture.

Différentes approches: avantages - inconvénients

Méthode Avantages InconvénientsBouillon centrifugé Maitrise inoculum Plusieurs étapes techniques,

long.

Validation de méthode en portée

B.

Culture précoce Maitrise inoculum

Praticabilité

Réalisable que sur les flacons

positifs du matin (sauf si

24h/24h).

Validation de méthode en

portée B.

Ensemencement direct du

bouillon

Praticabilité

Rapidité

Recommandations CA-SFM

existantes

Portée A.

Maitrise de la technique

(contrôle de l’inoculum).

AST « rapide » à partir du

bouillon avec lecture 4/6/8h

Rapidité

Recommandations EUCAST

existantes

« Timing de lecture » à

respecter

Diamètres critiques différents

selon le temps (4/6/8h)

Que certains couples

bactéries/antibiotiques.

Etude menée par le CA-SFM et recommandations

Autre approche : RAST (EUCAST)

Autre approche : RAST (EUCAST)

Autre approche : RAST (EUCAST)

Autre approche : RAST (EUCAST)

II Approches concernant l’antibiogramme en milieu liquide

sur automate

Automates en milieu liquide

• Approches possibles

– Réalisation inoculum sur culture précoce 5h

– Réalisation inoculum sur culot centrifugé et « lavé »

– Réalisation de l’antibiogramme directement à partir du bouillon d’hémoculture (adaptation de la technique de diffusion en gélose)

II-1 Etude préliminaire réalisée en 2018 (faisabilité)

• Un centre: Centre hospitalier de Valenciennes

• Essais réalisés en double:

– Antibiogramme Vitek à J0 sur bouillon

– Antibiogramme à J1 sur colonie

• Essais réalisés avec les cartes

– Entérobactéries: AST N233 + XN05

– Staphylocoques: AST P631

– Entérocoques: AST 606

• Groupes bactériens étudiés

– Entérobactéries

– Staphylocoque doré

– Staphylocoque coagulase négative

– Entérocoque

Méthodologie

• Inoculum retenu : identique à celui retenu pour la diffusion en gélose:

– Entérobactéries, staphylocoque: 1/50

– Entérocoque: 1/5

• Exploitation des données

– Concordance catégorielle

– Discordances m, M, TM

– Concordance essentielle (+/- 1 CMI)

– Pourcentage de TRM

– Mécanisme de résistance proposé par l’automate

• Critères retenus

– « Essential agreement »: > 90%

– Erreurs TM: < 1,5%

– Erreurs M: < 3%

MÉTHODOLOGIE (2)

• Entérobactéries: 42 (dont 6 souches BLSE)– Escherichia coli: 25

– Klebsiella pneumoniae: 6

– Citrobacter freundii: 1

– Proteus mirabilis: 4

– Proteus vulgaris: 1

– Enterobacter cloacae: 3

– Enterobacter aerogenes: 1

– Serratia marcescens: 1

• Staphylococcus aureus: 19 (dont 3 SARM)

• Staphylocoques coagulase (-): 36

• Entérocoque: 3

SOUCHES BACTÉRIENNES

Nombre Pourcentage

Concordance S/I/R 2544 98,8%

Discordance 31 1,2%

Dm 17 0,66%

DM 5 0,19%

DTM 9 0,35

Nombre de tests 2575

RÉSULTATS GLOBAUX

II-1 Etude multicentrique 2019 (en cours)

Méthodologie

• Identique à l’étude préliminaire de 2018• Multicentrique

– Prise en compte de différents automates et flacons d’hémoculture (Bactec FX, Virtuo)

– Centres:• CH Cahors• CHU Cochin• CH Douai• CHU St Etienne• CH Valenciennes• Laboratoire Cerballiance Côte d’Azur• Laboratoire Cerballiance Lyon

• Logiciel de saisie des résultats pour exploitation statistique– Saisie des résultats de sensibilité – CMI – mécanisme de R.

• En prévision: nouvelles cartes OPUS.

Méthodologie (2)

• Groupes bactériens testés– Entérobactéries

– Staphylocoques (S.aureus et Staphylocoque coagulasenégative)

– Entérocoques

• Type de flacon

• Indifféremment flacons aéro et anaérobies.

• Cartes testées– Entérobactéries : AST-N233 + AST-XN05

– Staphylocoques : AST-P631

– Entérocoques : AST-P606

Méthodologie (3)

– L’analyse des données comprend :• Concordance catégorielle S/I/R globale et par groupes

bactériens

• Concordance essentielle (+/- 1 dilution) en termes de CMI, globale et par groupes bactériens

• Pourcentage de résultats TRM

• Concordance des mécanismes de résistance proposés par Vitek 2

• Analyse des discordances

– Les critères de concordance sont ceux de la FDA• Essential agreement > 90%

• Taux erreurs TM : < 1.5%

• Taux erreurs M < 3%

CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing. 29th Edition. CLSI document M100-S23. CLSI, 2013.

Premiers résultats de l’étude (Centre hospitalier de

Valenciennes)

Recrutement pour l’étudeGroupes bactériens Nombre d’essais Nombre de couples

molécules/bactéries

Entérobactéries

Dont

- E.coli

- Klebsiella spp

- Enterobacter spp

- Proteus mirabilis

- Autres

84

46

19

9

6

4

2772

S.aureus

Dont :

- SASM

- SARM

23

17

6

460

Staphylocoques coagulase négative

Dont :

- S.epidermidis

22

11

429

Entérocoques 7 77

Total 136 3738

Recrutement pour l’étude

• Inclusion de souches présentant divers mécanismes de résistance– E.coli

• Penicillinase acquise: 18

• Céphalosporinase: 3

• BLSE: 2

– K.pneumoniae• BLSE: 7

• Carbapénèmase: 2

– S.aureus• SARM: 6

Résultats globaux: Taux de concordance S/I/R

Nombre Pourcentage

Concordance 3738 98.65

Discordance 51 1.35

dm 28 0.75

DM 15 0.4

DTM 8 0.2

Résultats entérobactéries

Nombre Pourcentage

Concordance 2738 98.7

Discordance 34 1.3

dm 20 0.8

DM 8 0.3

DTM 6 0.2

Résultats S.aureus

Nombre Pourcentage

Concordance 454 98,7

Discordance 6 1,3

dm 3 0,5

DM 3 0,5

DTM 0 0

Résultats Staphylocoques coagulasenégative

Nombre Pourcentage

Concordance 422 98,4

Discordance 7 1,6

dm 3 0,7

DM 3 0,7

DTM 1 0,2

Résultats entérocoques

Nombre Pourcentage

Concordance 73 94,8

Discordance 4 5,2

dm 2 2,6

DM 1 1,3

DTM 1 1,3

Résultats par familles d’antibiotiques

Bêta-lactamines Aminosides Quinolones Autres

Concordance (%)

99% 99,3% 99,2% 97,1%

Discordance (nb)

16 3 5 27

Dm (nb) 8 1 5 14

DM (nb) 5 1 0 9

DTM (nb) 3 1 0 4

Résultats CMI

Nombre de tests molécule/bactérie 3738

Concordance +/- 1 dilution 3719

Pourcentage de concordance 99,5%

Seules ont été prises en compte les différences de CMI > 1 dilutionLes écarts de +/- 1 dilution sont considérés comme identiques au regard de l’incertitude technique

Exemples de dossiers

Exemples de dossiers

Exemples de dossiers

Exemples de dossiers

Exemples de dossiers

Eléments de discussion

• La méthode sur colonie a été considérée comme la technique de référence pour l’analyse des résultats.

• La concordance globale S/I/R est de 98,65%, la concordance en termes de CMI à +/- 1 dilution est de 99,5%– 0,9% des discordances « catégorielles » sont liées

à des écarts de CMI d’une dilution.

• Une part des discordances est liée à l’interprétation du logiciel expert (AES), les résultats interprétés ont été pris en compte.

Eléments de discussion• Une part des discordances correspond à la future

« ZIT », zone d’incertitude technique qui sera intégrée dans la prochaine version du CA-SFM– Association piperacilline-tazobactam– Fluoroquinolones

• Une part des discordances concerne des molécules « mineures »– Chloramphénicol– Furanes

• Le pourcentage de « TRM » n’apparait pas plus élevé.• Il n’est pas relevé de discordances impactantes en

terme de phénotypes ou de mécanisme de résistance. • Le taux de discordance n’est pas lié à l’espèce ou au

niveau de résistance des souches.

Conclusions

• L’antibiogramme Vitek2 réalisé directement sur bouillon apparait bien corrélé à celui réalisé sur colonies– Conformité critères FDA

– Quelque soit le genre ou l’espèce bactérienne

– Quelque soit le phénotype de résistance

• Rapidité de rendu du résultat: Impact patient

• Intérêt de l’étude multicentrique:– Systèmes d’hémocultures différents

– Nombre de dossiers

Remerciements

• CH Cahors: Dr N.Wilhelm

• CHU Cochin: Dr H.Poupet, Dr A.Doloy

• CH Douai: Dr S.Hendricx

• CHU St Etienne: Dr A.Carricajo, Dr M.Lleres-Vadeboin

• Laboratoire Cerballiance Côte d’Azur: Dr L.Prots

• Laboratoire Cerballiance Lyon: Dr E.Chanard

• CH Valenciennes