BIOBANQUES ET HUG · Médecine personnalisée Big Data Prise de conscience du grand public. Libération de la phase de réalisation ... de maîtriser la totalité du périmètre (contrôle

Libération de la phase de réalisation

BIOBANQUES ET HUG

Julien Virzi, MSc Biobanking & Management

Collaborateur Scientifique

Colloque du CRC

4 novembre 2019 – 12h30


BIOBANQUES ET HUG

1. Introduction

2. État des lieux aux HUG

3. Possibilités actuelles

4. Développements en cours


BIOBANQUES ET HUG

1. Introduction





INTRODUCTION

LES BIOBANQUES, UNE VIEILLE HISTOIRE

La construction et la transmission du savoir se sont toujours

construites autour de la notion de collection.

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INTRODUCTION

LE RENOUVEAU DES BIOBANQUES

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Avènement des –omics

Médecine personnalisée

Big Data

Prise de conscience du grand public


INTRODUCTION

QU’EST CE QU’UNE BIOBANQUE?

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Un même terme pour deux visions

Une collection Une infrastructure


INTRODUCTION

QU’EST CE QU’UNE BIOBANQUE?

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Aucun consensus d’un point de vue international.

Synonymes : biorepository, -thèques, centre de ressources biologiques

Classification des biobanques

Finalité

Type de matériel

Conditions d’accès

…

Ressources Biologiques

= Matériel Biologique + Données associées


INTRODUCTION

DÉFINITIONS OFFICIELLES

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Swiss Biobanking Platform :

Une entité organisée, avec une gouvernance, responsable de la gestion de ressources biologiques.

ISO 20387 :

Une entité juridique ou une partie d'entité juridique pratiquant le biobanking.

Biobanking : processus d'acquisition, et de stockage, ainsi que tout ou partie des activités liées au prélèvement, à la préparation, à la préservation, aux tests, à l'analyse et à la distribution de matériels biologiques définis, y compris les informations et les données associées


INTRODUCTION

LE BIOBANKING : UN ENSEMBLE DE PROCESSUS

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> Sampling conditions

Biological variations? Time?

Sample type? Tubes?

> Transport conditions

Time? Temperature?

Rolling/Shaking?

> Centrifugation

Time? Temperature? Speed?

> Stabilisation

Additive? Time? Temperature?

Concentration?

> Storage

Time? Temperature? Freeze

Thawing?

> Analytical conditions

Methodical issues, laboratory

issues

> Legal and Ethical

considerations

Consent / Scope/…

> End of biological

resources

> Destruction, shipment…


INTRODUCTION

LE BIOBANKING : LA QUALITÉ DE L’ÉCHANTILLON

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Kamlage et al., Clinical Chemistry; 60(2): 399-412, 2014

Percentage of significantly changed metabolite levels (262 metabolites in humanEDTA-plasma)

4°C

12°C

RT

0

5

10

15

20

25

0.5 h2 h

5h16h


BIOBANQUES ET HUG

1. Introduction





ETAT DES LIEUX AUX HUG

RECENSEMENT OPERA 5AS-210/211

23 services

79 congélateurs -80°C

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Expectations


Reality


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ETAT DES LIEUX AUX HUG

MÉTHODOLOGIE - SCORING


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ETAT DES LIEUX AUX HUGRÉSULTATS OPÉRA + ENSEMBLE HUG

Pour Opéra :

23 services, 79 congélateurs

1,2 millions d’échantillons

11 Biobanques Cliniques (40%)

90 Biobanques Recherche (60%)

Sur l’ensemble des HUG :

214 x -80°C

457 x -20°C

30-40 cuves Ln2


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ETAT DES LIEUX AUX HUGCONCLUSIONS

• Aspects éthiques et légaux • Résultat sur la base des déclarations fournies par les différents responsables, impossibilité

de maîtriser la totalité du périmètre (contrôle dans les congélateurs, adéquation entre consentement – conservation – utilisation)

• Nécessité de Directives Institutionnelles et de contrôle • Destruction d’échantillons, durée de conservation, enregistrement des biobanques

• Besoin de support aux activités de biobanking• Système d’information

• Support et conseils

• Prestation de services

• Mise en place de système qualité

• Formation du personnel• Besoin de sensibiliser les différents acteurs


BIOBANQUES ET HUG

1. Introduction





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POSSIBILITÉS ACTUELLESPRINCIPES À PRENDRE EN CONSIDÉRATION

• Quels matériels conserver dans quelles conditions pour quelles analyses?

• Les analyses et technologies employées conditionnent la phase pré-analytique : «Fit for purpose»

• Des ressources pour le biobanking

• Éternel focus sur les analyses…

• Et (trop) peu pour les aspects en amont

• Documentation

• Importance de la traçabilité

• Ne pas oublier

• Propriété des ressources «My samples» : Les HUG restent garants de la conservation et de l’utilisation des ressources.


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POSSIBILITÉS ACTUELLES

WORKFLOW POUR L’ACCÈS ET LA GESTION DE

MATÉRIEL À DES FINS DE RECHERCHE

Consentement général (Sonia)Consentement

spécifique

Accord CCER

Requalification potentielle(Julien)

Obtention consentement / collecte

Délivrance du matériel

Gestion individuelle Prestation de services(Biothèque-SML)


Exemples des volumes :

Chimie Clinique : 2000 échantillons/jour

LIAC : 20000 échantillons / année

Pathologie : 100aines de milliers de blocs

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RESSOURCES POTENTIELLES VIA LE

CONSENTEMENT GÉNÉRAL

Liquides :

Sérum (Sec)

Plasma (EDTA / Héparinate)

LCR

Urine

Autres : Ascites, synovies…

Tissus :

Frais congelés

FFPE

Limitations

Qualité

Comparabilité

Données associées

Ressources


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POSSIBILITÉS ACTUELLES

ASSURER LA TRANSPARENCE DE VOTRE

BIOBANQUE PAR UN RÈGLEMENT

• Assure la reconnaissance de votre

biobanque par l’Institution

• Couvre en un document l’ensemble des

processus de biobanking

• Encadre la gouvernance des ressources

• Valorise votre travail


EN COURS DE DÉVELOPPEMENT :

REGISTRE DE BIOBANQUES AUX HUG

Accessible via l’intranet, possibilité d’enregistrer votre biobanque

et de générer son règlement.

Directory définissant vos ressources à disposition ou pouvant être

ouvertes à la collaboration

Outil pour dynamiser la recherche et les contacts intra-institutionnels

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EN COURS DE DÉVELOPPEMENT :

FORMATION DYNAMIQUE AU BIOBANKING

Accessible par SABA, réservé aux

collaborateurs HUG

Apport théorique des bases du

biobanking (Principes, Pré-analytique,

Informatique, Législatif et éthique)

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EN RÉSUMÉ – LE BIOBANKING

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Accéder à des ressources via le consentement général

Créer une biobanque

La déclarer auprès de l’Institution (Règlements)

Nouer une collaboration

Support et conseils

N’hésitez pas !

[email protected]

[email protected]

Documents

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